JP2014170012A - 関節リウマチの新規遺伝因子としてのミエリン塩基性蛋白の利用 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】被験者からの生体試料におけるミエリン塩基性蛋白に対する自己抗体を検出することを含む、関節リウマチの検査方法。ミエリン塩基性蛋白を含む、関節リウマチの検査キット。ミエリン塩基性蛋白に対する抗体を含む、関節リウマチ診断マーカー。ミエリン塩基性蛋白遺伝子を発現する細胞に被験物質を添加した後、ミエリン塩基性蛋白遺伝子又はその遺伝子産物の発現量を測定することを含む、関節リウマチの予防及び/又は治療薬として有効な物質をスクリーニングする方法。
【選択図】図4
Description
(1)被験者からの生体試料におけるミエリン塩基性蛋白に対する自己抗体を検出することを含む、関節リウマチの検査方法。
(2)ミエリン塩基性蛋白を含む、関節リウマチの検査キット。
(3)ミエリン塩基性蛋白に対する抗体を含む、関節リウマチ診断マーカー。
(4)被験者のミエリン塩基性蛋白遺伝子上に存在する塩基の一塩基多型又は該塩基と連鎖不平衡にある塩基の一塩基多型を同定することを含む、関節リウマチ罹患のリスクを判定する方法。
(5)ミエリン塩基性蛋白遺伝子上に存在する塩基の一塩基多型が、米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのrs番号rs2000811である(4)記載の方法。
(6)rs2000811の一塩基多型の塩基が少なくとも1つのアレルにおいてTであるか、あるいはrs2000811の一塩基多型の遺伝子型がC/T又はT/Tであれば、関節リウマチへの罹患率が高いと判定する(5)記載の方法。
(7)被験者のミエリン塩基性蛋白遺伝子上に存在する塩基の一塩基多型又は該塩基と連鎖不平衡にある塩基の一塩基多型を検出しうる核酸プローブ及び/又は核酸プライマーを含む、関節リウマチ罹患のリスクを判定するためのキット。
(8)ミエリン塩基性蛋白遺伝子を発現する細胞に被験物質を添加した後、ミエリン塩基性蛋白遺伝子又はその遺伝子産物の発現量を測定することを含む、関節リウマチの予防及び/又は治療薬として有効な物質をスクリーニングする方法。
本明細書は、本願の優先権の基礎である日本国特許出願、特願2011‐95625の明細書および/または図面に記載される内容を包含する。
手法
4つの症例対照群を用い、2つをスクリーニングのためのGWAS、2つをスクリーニング結果の確認に用いた。それぞれの検体数はRAと健常人でスクリーニングが第一セット658人vs934人と第二セット332人vs307人、結果確認が第三セット874人vs855人、第四セット1264人vs948人であった(表2)。スクリーニングの第一セットの健常人934人はJSNPの公開データを用いた。検体は京都大学、道後温泉病院、東京女子医大、東京大学、国立病院機構相模原病院、愛知がんセンターの患者検体(血漿)およびPSCの細胞を用いた。患者は全例ACR分類基準を満たす。研究に当たってはそれぞれの研究機関の倫理委員会の承認を得た。
GWASのチップはイルミナ社のインフィニウムチップを用いた。4つの異なるチップを用い(Human-Hap300, CNV370-Duo, HumanHap550, Human610-Quad)、チップ間共通の277420SNPに注目した。コール成功率が90%未満/他の検体と血縁関係にある/主成分分析で日本人クラスターから外れている/他のDNAの混入が疑われる検体を除外し、コール成功率が95%以上で、マイナーアレル頻度が5%以上のSNPを選別した。結果、検体数は第一セット643vs934、第二セット327vs297となり、マーカーは225079マーカーとなった。第一、二セットそれぞれでマーカーごとに関連解析を行いそれぞれのセットでp値が0.005を下回り、そして第一、二セットのメタ解析でp値が0.0001を下回るマーカーを選別した。日本人RAで関連が既知の領域は除き、複数のマーカーが同一の連鎖不平衡ブロックにある場合、もっともメタ解析のp値の小さいものを選別した。選別されたSNPに関し、第三、四セットで関連の確認を行った。
MBP領域の関連を見出したのち、健常人84人のDNAを用い、遺伝子のプロモーター領域とアミノ酸配列を決定するエクソン領域の配列を調べた。
14種の有胎盤哺乳類のDNA塩基配列を公開データベースより取得した。関連のあったSNPを含む領域に転写調節部位がないかを検索した。
簡単には、PSCから取得したEBVで不死化したヒトBリンパ芽球様細胞の中でrs2000811に関しヘテロ型(TC型)の22の細胞に関しDNAとRNAを標準的な手法で抽出した。SNPタイピング用のリアルタイムPCRプローブを用い、mRNA前駆物質の量をアレル間で比較した。
323例のRA患者血清と133例の健常人血清、および162例の他の膠原病疾患患者血清(SLE38例 シェーグレン症候群25例、強皮症25例、ベーチェット20例、混合性結合組織病20例、皮膚筋炎または多発筋炎19例、血管炎15例)を用い、ELISA法により抗MBP抗体の有無の検索を行った。抗原にはヒト脳由来のMBPタンパク(Sigma, St. Louis, MO)を用いた。また、組み換えヒトMBPタンパク(Genscript, Piscataway, NJ.)を作成し、ウサギ骨格PAD (Sigma, St. Louis, MO)によりシトルリン化修飾を行い(Lundberg K, Kinloch A, Fisher BA, Wegner N, Wait R, et al. (2008) Antibodies to citrullinated alpha-enolase peptide 1 are specific for rheumatoid arthritis and cross-react with bacterial enolase. Arthritis Rheum 58: 3009-3019.)、シトルリン化なしの組み換えMBPタンパクおよびシトルリン化組み換えMBPタンパクを用い、自己抗体の反応性を測定した。
関連解析:
4つの症例対照群で合計症例3128例、対照3044例であった(表2)。GWASの結果によるマーカーの選別により、スクリーニングはチップ間共通でアッセイが問題ないと判断された225079マーカーに関して関連解析を行った。平均コール成功率は第一セット99.5%と第二セット99.8%であった。検体の構造化によるp値の低下は見られなかった(λ=1.03, 図5)。第一、二セットのメタアナリシスの結果、これまで日本人RAで関連が既知のHLA(mhp=3.6x10-31) と PADI4 (mhp=3.0x10-5) の2領域が低いp値を示した。これは我々のデータの正しさを示す結果と考えられた(表1)。SNP選別基準により、10SNP5領域が残ったため、それぞれの領域でp値の最も低い5SNPが選別され、第三、四セットでタイピングした。5つの内rs2000811のみが第三セット(p値0.023)および第四セット(p値0.0041)で関連を再現された。4つのセット全ての合計ではp値4.0x10-8 、オッズ比は1.23 (95%信頼区間1.14-1.32)であり、メタ解析ではmhp=2.7x10-8 、オッズ比は1.23 (95% 信頼区間 1.14-1.32)であった。Rs2000811は18番染色体上にあるMBP遺伝子の第二イントロンにあった。第一、二セットのSNPタイピング結果でこの領域の連鎖不平衡を評価したところ、このSNPは218kbの領域に含まれる、2つの連鎖不平衡ブロックに挟まれた18kbの領域にあることが分かった (図1)。この218kbの領域にはMBPの他にLOC100129089という遺伝子があった。GWASのチップの他のSNPとrs2000811は強い連鎖不平衡の関係になかったことから、MBP遺伝子がRAと関連すると考えられた。しかし、rs2000811自体が原因でRAへの感受性が異なるのか、別の原因となる変異があってrs2000811はその変異と連鎖不平衡にある単なるマーカーなのかはわからない。よって、われわれはMBP遺伝子のプロモーター領域とアミノ酸をコードするエクソン領域のDNA塩基配列の決定を84人の健常人DNAを用いて行った。結果、66のSNPと3つの欠失の変異が見つかったが、どれもrs2000811と強い連鎖不平衡の関係にはなかった(図6)。
次に、rs2000811を含む配列が転写にかかわっていないかを調べた。22人健常者で、rs2000811の多形がヘテロ型である人々の不死化したリンパ芽球様細胞からDNAとRNAを抽出し、RNAをcDNAに逆転写した。DNAとcDNAを用いてアレル特異的転写の解析では、rs2000811のRAにかかわる多形がMBP遺伝子の発現上昇に関わっていることが示された(図2)。MBPには大きく分けてclassic MBPとGolli MBPの二種類の転写産物およびタンパクがある。rs2000811の多形別に合計149人の健常者のリンパ芽球様細胞から得たcDNAを用いた検討では、classicMBPの発現とrs2000811の多形との関連は見いだされなかったことから(図7)、rs2000811とGolliMBPの発現との関連が考えられた。
RAにおける炎症は主に関節滑膜にみられる。我々は23人のRAと5人の変形性関節症など非RA患者の滑膜を入手し、抗MBP抗体を用いた免疫染色を行った。その結果、MBPタンパクはRA患者の滑膜に高頻度に強く発現していることが分かった(図3)。
MBP抗体は自己免疫性神経変性疾患である多発性硬化症において重要な役割を果たすことが知られている。我々は323人のRA患者と133人の健常人、162人の他の膠原病患者血清を用い、血清中の抗MBP抗体の測定を行った。抗MBP抗体価は健常人および他の膠原病患者群に比しRAで高かった(p<0.001,図4A)。なお、抗MBP抗体価とrs2000811の型とに関連は見られなかった。抗MBP抗体が認識している抗原を詳しく調べるため、組み換えMBPタンパクを作成し、それらをシトルリン化修飾を行って、シトルリン化修飾を行った組み換えMBPタンパクと行わなかった組み換えMBPタンパクを用いてELISA法で検討した。その結果、組み換えMBPタンパクとヒト脳由来のMBPとの間に相関はなく(r=-0.19, 図4B)、シトルリン化修飾した組み換えMBPタンパクを用いた場合には、自己抗体力価に強い相関が示された(r=0.88, 図4C)。すなわち、抗MBP抗体はシトルリン化組み換えMBPと強く反応したことから(図4B、C)、シトルリン化MBPを主に認識しているものと考えられた。
今回、我々はGWASを元にした解析により、18番染色体上のMBPの第二イントロン上にあるSNPとRAとの関連を明らかにした。このSNPは比較的弱めの連鎖不平衡ブロックに挟まれていた。MBP領域の塩基配列の決定により、エクソンやプロモーター領域にはこのSNPと強い連鎖不平衡に関係にある変異はないということが分かった。MBPの遺伝子発現がこのSNPに関わっていることが分かったが、このSNPを含む配列には既知の転写調節因子の関連性は示せなかった。このことから、rs2000811そのものか、今回見つけられなかったrs2000811と連鎖不平衡にある遺伝子変異が原因でMBP遺伝子の発現が変化するのかは分からなかった。Rs2000811が挟まれる、2つの連鎖不平衡ブロックの間の18kbの領域の塩基配列を調べることにより、真の原因の変異が分かるかもしれない。これまでヨーロッパ人でこの領域が関わるという報告はない。RAの疾患感受性は人種により大きく異なるため、ヨーロッパ人では関連がない可能性もあるが、人種ごとに結果を確認することは疾患の基礎にある病態を理解するために重要である。MBPには神経に存在するclassic MBPと血球系にも存在するGolli-MBPがあり、rs2000811はGolli-MBPをコードする領域のイントロン2番にある。RAで神経症状を呈する例が少ないことから、疾患感受性はGolli-MBPが関わっているのかもしれない。
配列番号1は、rs2000811の多型部位を1102番目(y= C/T)に含む1602塩基長の塩基配列を示す。
配列番号2は、rs9958028の多型部位を501番目(r= A/G)に含む1001塩基長の塩基配列を示す。
Claims (4)
- 被験者からの生体試料におけるミエリン塩基性蛋白に対する自己抗体を検出することを含む、関節リウマチの検査方法。
- ミエリン塩基性蛋白を含む、関節リウマチの検査キット。
- ミエリン塩基性蛋白に対する抗体を含む、関節リウマチ診断マーカー。
- ミエリン塩基性蛋白遺伝子を発現する細胞に被験物質を添加した後、ミエリン塩基性蛋白遺伝子又はその遺伝子産物の発現量を測定することを含む、関節リウマチの予防及び/又は治療薬として有効な物質をスクリーニングする方法。
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