JP2006101847A - 気管支喘息の遺伝的素因検査方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】(a)被験者から採取された核酸における、下記(i)および/または(ii)に対応する部位の遺伝子多型を検出する工程、 (i)ヒトIL12B遺伝子のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位 (ii)ヒトIL12B遺伝子の配列の第27677番目(b)上記(i)および/または(ii)の部位について、被験者由来の核酸から特定された配列と上記に記載の配列とを比較する工程、により得られた遺伝子多型情報に基づき、気管支喘息の遺伝的素因、気管支喘息に対する罹患性等を判定する。
【選択図】図1
Description
(i)配列番号1に記載の配列のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位
(ii)配列番号1に記載の配列の第27677番目
〔2〕さらに、被験者由来の核酸から特定された遺伝子多型部位の塩基形態と配列番号1に記載の配列における遺伝子多型部位の塩基形態とを比較する工程を含む、上記〔1〕に記載の遺伝的素因検査方法。
〔3〕下記(a)および(b)の工程を含む気管支喘息の罹患性検査方法。
(a)被験者から採取された核酸における、下記(i)および/または(ii)に対応する遺伝子多型部位の塩基形態を検出する工程
(i)配列番号1に記載の配列のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位
(ii)配列番号1に記載の配列の第27677番目
(b)被験者由来の核酸から特定された遺伝子多型部位の塩基形態から気管支喘息に罹る遺伝的危険性を判定する工程
〔4〕上記(b)において、被験者由来の核酸から特定された遺伝子多型部位の塩基形態と配列番号1に記載の配列における遺伝子多型部位の塩基形態とを比較する、上記〔3〕に記載の気管支喘息の罹患性検査方法。
〔5〕上記(b)において、(i)の遺伝子多型部位の塩基形態がGCである場合および(ii)の遺伝子多型部位の塩基形態がAである場合のうち少なくとも一方に該当する場合は、気管支喘息に罹る遺伝的危険性が相対的に高いと判定する、上記〔3〕に記載の罹患性検査方法。
〔6〕上記(b)において、(i)の遺伝子多型部位の塩基形態がCTCTAAである場合および(ii)の遺伝子多型部位の塩基形態がCである場合のうち少なくとも一方に該当する場合は、気管支喘息に罹る遺伝的危険性が相対的に低いと判定する、上記〔3〕に記載の罹患性検査方法。
〔7〕小児気管支喘息の罹患性を検査する、上記〔3〕から〔6〕のいずれか一項に記載の罹患性検査方法。
〔8〕下記(I)、(II)および(III)からなる群より選ばれる核酸である遺伝的素因マーカー。
(I)配列番号1に記載の配列のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位の遺伝子多型部位を含む核酸
(II)配列番号1に記載の配列の第27677番目の遺伝子多型部位を含む核酸
(III)上記(I)および(II)のいずれかの核酸に対して相補的な配列を有する核酸
〔9〕下記(I)、(II)および(III)からなる群より選ばれる核酸の少なくとも1種と特異的にハイブリダイズする、塩基長が10以上の核酸。
(I)配列番号1に記載の配列のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位の遺伝子多型部位を含む核酸
(II)配列番号1に記載の配列の第27677番目の遺伝子多型部位を含む核酸
(III)上記(I)および(II)のいずれかの核酸に対して相補的な配列を有する核酸
〔10〕気管支喘息の遺伝的素因マーカーを検出するプライマーおよび/またはプローブである、上記〔9〕に記載の核酸。
〔11〕上記〔10〕のプライマーおよび/またはプローブを備える気管支喘息の遺伝的素因検出キット。
〔12〕気管支喘息の予防および/または治療薬のスクリーニング方法であって、ヒトIL12B遺伝子の発現調節領域と、前記発現調節領域により発現が制御される検出可能な発現産物をコードする塩基配列とを備えた組換え核酸を含む発現細胞系に候補薬剤を投与し、前記発現産物の発現を検出することを特徴とするスクリーニング方法。
〔13〕前記発現調節領域にはプロモーター領域が含まれており、プロモーター領域内の遺伝子多型部位の塩基形態が(iv)または(v)のいずれかである、上記〔12〕に記載のスクリーニング方法。
(iv)CTCTAA
(v)GC
本明細書において使用する、「ポリヌクレオチド」とは、2個以上のヌクレオチドがホスホジエステル結合で結合されてなる物質を意味する。「ポリヌクレオチド」には、「リボヌクレオチド(RNA)」と、「デオキシリボヌクレオチド(DNA)」がある。ここでDNAはcDNAおよびゲノムDNAを含む。また、「ポリヌクレオチド」は、これらに限定されず、ペプチド核酸、モルホリノ核酸、メチルフォスフォネート核酸、S−オリゴ核酸などの人工合成核酸をも包含する。本明細書で使用する「核酸」という用語は、前記「ポリヌクレオチド」と、同義的若しくは、交換的に使用し、DNAまたはRNAを意味する。さらに、「核酸」および「ポリヌクレオチド」という用語は、特に断らない限り単離された核酸およびポリヌクレオチドを指し、これは組換えDNA技術などにより調製された場合は細胞物質、培養培地を実質的に含有せず、化学合成された場合には前駆体化学物質またはその他の化学物質を実質的に含まない、核酸またはポリヌクレオチドを指す。
SnaPshotは、遺伝子多型部位直前までのプライマ一を用いて標識ddNTP(4種類の塩基毎に異なる標識)による一塩基伸長反応を行い、伸長した塩基を標識の種類で判別する方法である。
(i)配列番号1に記載の配列のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位
(ii)配列番号1に記載の配列の第27677番目
被験者から核酸試料(例えば、組織、細胞、血液など)を採取し、常法に従いDNAまたはゲノムDNAを抽出する。得られたDNAサンプルをPCR法により増幅し(遺伝的素因マーカーを含む領域)、各種の一塩基多型の検出方法を用いて、IL12B遺伝子領域の各多型部位(i)および(ii)のうち、1箇所以上における遺伝子多型の塩基の種類を決定する。上記のようにして、関連解析から得られたSNPsと気管支喘息の病態(重症度を含む)との相関関係から、決定したIL12B遺伝子多型を参照してその個体の状態を判定する。
(I)配列番号1に記載の配列のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位の遺伝子多型部位を含む核酸
(II)配列番号1に記載の配列の第27677番目の遺伝子多型部位を含む核酸
(III)上記(I)および(II)のいずれかの核酸に対して相補的な配列を有する核酸
(iv)CTCTAA
(v)GC
FW:5'-GAAAGCCTCTGGCAAGCATG-3'(配列番号2)
RV:5'-GATGGCACTGGTATCAG-3'(配列番号3)
CTCTAAアレル用:5'-agagaggctctaatgtggcc-3'(配列番号4)
GCアレル用:5'-agagagggctgtggcc-3'(配列番号5)
参考文献1(非特許文献1);Morahan G, Huang D, Wu M, Holt BJ, White GP, Kendall GE, Sly PD, Holt PG. Association of IL12B promoter polymorphism with severity of atopic and non-atopic asthma in children. Lancet 2002; 360:455-9.
参考文献2;Mao XQ, Shirakawa T, Yoshikawa T, Yoshikawa K, Kawai M, Sasaki S, Enomoto T, Hashimoto T, Furuyama J, Hopkin JM, Morimoto K. Association between genetic variants of mast-cell chymase and eczema. Lancet 1996; 348: 581-3.
参考文献3;Ozaki K, Ohnishi Y, Iida A, Sekine A, Yamada R, Tsunoda T, Sato H, Sato H, Hori M, Nakamura Y, Tanaka T. Functional SNPs in the lymphotoxin-alpha gene that are associated with susceptibility to myocardial infarction. Nat Genet 2002; 32: 650-4.
参考文献4;Suzuki A, Yamada R, Chang X, Tokuhiro S, Sawada T, Suzuki M, Nagasaki M, Nakayama-Hamada M, Kawaida R, Ono M, Ohtsuki M, Furukawa H, Yoshino S, Yukioka M, Tohma S, Matsubara T, Wakitani S, Teshima R, Nishioka Y, Sekine A, Iida A, Takahashi A, Tsunoda T, Nakamura Y, Yamamoto K. Functional haplotypes of PADI4, encoding citrullinating enzyme peptidylarginine deiminase 4, are associated with rheumatoid arthritis. Nat Genet 2003; 34: 395-402.
参考文献5(非特許文献2);Walter MJ, Kajiwara N, Karanja P, Castro M, Holtzman MJ. Interleukin 12 p40 production by barrier epithelial cells during airway inflammation. J Exp Med 2001; 193: 339-51.
20 第2の遺伝子多型部位
30 構造遺伝子
Claims (13)
- 被験者から採取された核酸における、下記(i)および/または(ii)に対応する遺伝子多型部位の塩基形態を検出する工程を含む喘息の遺伝的素因検査方法。
(i)配列番号1に記載の配列のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位
(ii)配列番号1に記載の配列の第27677番目 - さらに、被験者由来の核酸から特定された遺伝子多型部位の塩基形態と配列番号1に記載の配列における遺伝子多型部位の塩基形態とを比較する工程を含む、請求項1に記載の遺伝的素因検査方法。
- 下記(a)および(b)の工程を含む気管支喘息の罹患性検査方法。
(a)被験者から採取された核酸における、下記(i)および/または(ii)に対応する遺伝子多型部位の塩基形態を検出する工程
(i)配列番号1に記載の配列のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位
(ii)配列番号1に記載の配列の第27677番目
(b)被験者由来の核酸から特定された遺伝子多型部位の塩基形態から気管支喘息に罹る遺伝的危険性を判定する工程 - 上記(b)において、被験者由来の核酸から特定された遺伝子多型部位の塩基形態と配列番号1に記載の配列における遺伝子多型部位の塩基形態とを比較する、請求項3に記載の気管支喘息の罹患性検査方法。
- 上記(b)において、(i)の遺伝子多型部位の塩基形態がGCである場合および(ii)の遺伝子多型部位の塩基形態がAである場合のうち少なくとも一方に該当する場合は、気管支喘息に罹る遺伝的危険性が相対的に高いと判定する、請求項3に記載の罹患性検査方法。
- 上記(b)において、(i)の遺伝子多型部位の塩基形態がCTCTAAである場合および(ii)の遺伝子多型部位の塩基形態がCである場合のうち少なくとも一方に該当する場合は、気管支喘息に罹る遺伝的危険性が相対的に低いと判定する、請求項3に記載の罹患性検査方法。
- 小児気管支喘息の罹患性を検査する、請求項3から6のいずれか一項に記載の罹患性検査方法。
- 下記(I)、(II)および(III)からなる群より選ばれる核酸である遺伝的素因マーカー。
(I)配列番号1に記載の配列のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位の遺伝子多型部位を含む核酸
(II)配列番号1に記載の配列の第27677番目の遺伝子多型部位を含む核酸
(III)上記(I)および(II)のいずれかの核酸に対して相補的な配列を有する核酸 - 下記(I)、(II)および(III)からなる群より選ばれる核酸の少なくとも1種と特異的にハイブリダイズする、塩基長が10以上の核酸。
(I)配列番号1に記載の配列のプロモーター領域に含まれるCTCTAA部位の遺伝子多型部位を含む核酸
(II)配列番号1に記載の配列の第27677番目の遺伝子多型部位を含む核酸
(III)上記(I)および(II)のいずれかの核酸に対して相補的な配列を有する核酸 - 気管支喘息の遺伝的素因マーカーを検出するプライマーおよび/またはプローブである、請求項9に記載の核酸。
- 請求項10のプライマーおよび/またはプローブを備える気管支喘息の遺伝的素因検出キット。
- 気管支喘息の予防および/または治療薬のスクリーニング方法であって、ヒトIL12B遺伝子の発現調節領域と、前記発現調節領域により発現が制御される検出可能な発現産物をコードする塩基配列とを備えた組換え核酸を含む発現細胞系に候補薬剤を投与し、前記発現産物の発現を検出することを特徴とするスクリーニング方法。
- 前記発現調節領域にはプロモーター領域が含まれており、プロモーター領域内の遺伝子多型部位の塩基形態が(iv)または(v)のいずれかである、請求項12に記載のスクリーニング方法。
(iv)CTCTAA
(v)GC
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