JP2011239697A - パーキンソン病発症リスクマーカー - Google Patents

Abstract

【課題】 パーキンソン病、特に孤発性パーキンソン病の発症に関連する発症リスクマーカーおよび発症リスクの判定方法ならびに判定試薬の提供を目的とする。
【解決手段】 ヒト染色体１ｑ３２において下記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む８塩基以上の連続する塩基配列からなるポリヌクレオチドを、パーキンソン病の発症リスクマーカーとして検出する。
（Ａ１）ヒト染色体１ｑ３２において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ａ２）ヒト染色体１ｑ３２において、前記（Ａ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
【選択図】 なし

Description

本発明は、パーキンソン病の発症リスクマーカーに関する。本発明は、さらに、パーキンソン病の判定方法、判定試薬、判定キット、およびスクリーニング方法に関する。

パーキンソン病は、世界的に高頻度で発症する原因不明の神経変性疾患であり、その発症機構の解明が求められている。パーキンソン病は、一般に、メンデル遺伝形式にしたがって、家族内等で発症する家族性パーキンソン病と、家族とは無関係に発症する孤発性パーキンソン病とに分類される。前者の家族性パーキンソン病は、例えば、α−シヌクレイン遺伝子（ＳＮＣＡ遺伝子）、ロイシン多含反復リン酸化酵素２型（ｌｅｕｃｉｎｅ−ｒｉｃｈ ｒｅｐｅａｔ ｋｉｎａｓｅ２）遺伝子（ＬＲＲＫ２遺伝子）、パーキン遺伝子（Ｐａｒｋｉｎ遺伝子、ＰＡＲＫ２遺伝子）、ピンク１（ＰＴＥＮ−ＩＮＤＵＣＥＤ ＰＵＴＡＴＩＶＥ ＫＩＮＡＳＥ １）遺伝子（ＰＩＮＫ１遺伝子）、パーク７遺伝子（ＰＡＲＫ７遺伝子）、エーティーピー１３エー２（ＡＴＰａｓｅ ＴＹＰＥ１３Ａ２）遺伝子（ＡＴＰ１３Ａ２遺伝子）等の単一遺伝子の変異が原因であることが報告されている（非特許文献１〜５参照）。

一方、パーキンソン病患者の大部分を占める孤発性パーキンソン病は、多数の遺伝要因と多数の環境要因とが重なって発症する、多因子疾患と考えられている。そこで、孤発性パーキンソン病の発症に関与する遺伝要因、すなわち、疾患感受性遺伝子を明らかにするため、多くの研究がなされてきた。これまでに明らかになった、ゲノムワイド有意水準を満たすような、確実なパーキンソン病感受性遺伝子は、ＳＮＣＡ遺伝子およびＧＢＡ遺伝子のみである。しかし、これら２つの遺伝子だけでは、孤発性パーキンソン病の遺伝性は説明できないため、これら２つの遺伝子以外にも、パーキンソン病の疾患感受性遺伝子は存在すると考えられる。こういった、未だ明らかになっていない遺伝要因を発見することは、発症リスクの判定、有効な治療方法および医薬の開発につながると考えられるため、遺伝要因の解明が強く望まれている（非特許文献６〜１０参照）。

Polymeropoulos, M.H. et al. Mutation in the alpha-synuclein gene identified in families with Parkinson's disease. Science 276, 2045-2047 (1997). Paisan-Ruiz, C. et al. Cloning of the gene containing mutations that cause PARK8-linked Parkinson's disease. Neuron 44, 595-600 (2004). Zimprich, A. et al. Mutations in LRRK2 cause autosomal-dominant parkinsonism with pleomorphic pathology. Neuron 44, 601-607 (2004). Farrer M.J. Genetics of Parkinson disease: paradigm shifts and future prospects. Nat. Rev. Genet. 7, 306-318 (2006). Thomas, B. & Beal, M.F. Parkinson’s disease. Hum. Mol. Genet. 16, R183-R194 (2007). Warner, T.T. & Schapira, A.H. Genetic and environmental factors in the cause of Parkinson’s disease. Ann. Neurol. 53(Suppl 3), S16-S23 (2003). Pals, P. et al. a-Synuclein promoter confers susceptibility to Parkinson's disease. Ann. Neurol. 56, 591-595 (2004). Mizuta, I. et al. Multiple candidate gene analysis identifies alpha-synuclein as a susceptibility gene for sporadic Parkinson's disease. Hum. Mol. Genet. 15, 1151-1158 (2006). Muller, J.C. et al. Multiple regions of alpha-synuclein are associated with Parkinson's disease. Ann. Neurol. 57, 535-541 (2005). Aharon-Peretz, J. et al. Mutations in the glucocerebrosidasegene and Parkinson’s disease in Ashkenazi Jews. N. Engl. J. Med. 351, 1972-1977(2004).

そこで、本発明は、パーキンソン病、特に孤発性パーキンソン病の発症に関連する新規の発症リスクマーカー、パーキンソン病の発症リスクの判定方法および判定試薬の提供を目的とする。

前記目的を達成するために、本発明の第１のパーキンソン病の発症リスクマーカーは、
ヒト染色体１ｑ３２において下記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む８塩基以上の連続する塩基配列からなるポリヌクレオチド、または、ヒト染色体４ｐ１５において下記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む８塩基以上の連続する塩基配列からなるポリヌクレオチドであることを特徴とする。
（Ａ１）ヒト染色体１ｑ３２において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ａ２）ヒト染色体１ｑ３２において、前記（Ａ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
（Ｂ１）ヒト染色体４ｐ１５において、ＮＣＢＩの一塩基ＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ｂ２）ヒト染色体４ｐ１５において、前記（Ｂ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ

本発明の第１の判定方法は、被検体の核酸試料について、ヒト染色体１ｑ３２における下記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰ、または、ヒト染色体４ｐ１５における下記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰをタイピングして、被検体のパーキンソン病に対する発症リスクを判定することを特徴とする。
（Ａ１）ヒト染色体１ｑ３２において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ａ２）ヒト染色体１ｑ３２において、前記（Ａ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
（Ｂ１）ヒト染色体４ｐ１５において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ｂ２）ヒト染色体４ｐ１５において、前記（Ｂ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ

本発明の第１の判定試薬は、前記本発明の第１のパーキンソン病の発症リスクマーカーに対してハイブリダイズ可能なタイピング用ポリヌクレオチドを含むことを特徴とする、パーキンソン病の発症リスクを判定するための判定試薬である。

本発明の第１の判定キットは、前記本発明の第１の判定試薬を含むことを特徴とする、パーキンソン病の発症リスクを判定するための判定キットである。

本発明の第１のスクリーニング方法は、パーキンソン病に対する医薬候補物質のスクリーニング方法であって、
前記本発明の第１のパーキンソン病の発症リスクマーカーを発現可能な細胞と、候補物質とを接触させる工程と、
前記細胞における前記第１の発症リスクマーカーの発現を検出する工程とを含み、
前記発現を変化させた候補物質を、医薬候補物質として選択することを特徴とする。

本発明の第２のパーキンソン病の発症リスクマーカーは、
ヒト染色体１ｑ３２において下記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含むポリヌクレオチドでコードされる、ＳＬＣ４５Ａ３タンパク質、ＮＵＣＫＳ１タンパク質、ＲＡＢ７Ｌ１タンパク質、ＳＬＣ４１Ａ１タンパク質およびＰＭ２０Ｄ１タンパク質の少なくとも一つのタンパク質、または、
ヒト染色体４ｐ１５において下記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含むポリヌクレオチドでコードされる、ＢＳＴ１タンパク質であることを特徴とする。
（Ａ１）ヒト染色体１ｑ３２において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ａ２）ヒト染色体１ｑ３２において、前記（Ａ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
（Ｂ１）ヒト染色体４ｐ１５において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ｂ２）ヒト染色体４ｐ１５において、前記（Ｂ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ

本発明の第２のスクリーニング方法は、パーキンソン病に対する医薬候補物質のスクリーニング方法であって、
本発明の第２のパーキンソン病の発症リスクマーカーと候補物質とを接触させる工程と、
前記第２の発症リスクマーカーと前記候補物質との結合の有無を検出する工程とを含み、
前記第２の発症リスクマーカーと結合した前記候補物質を、医薬候補物質として選択することを特徴とする。本発明の第２のスクリーニング方法において、前記第２の発症リスクマーカーは、リスクアレルを有するポリヌクレオチドでコードされるタンパク質である。

本発明者らは、鋭意研究の結果、連鎖不平衡を示すＳＮＰを有する、２つの新たな遺伝子領域を、パーキンソン病の疾患感受性遺伝子座として同定した。これらの疾患感受性遺伝子座において、連鎖不平衡を示す前記各ＳＮＰは、パーキンソン病の発症と強い関連性を示した。このため、前記疾患感受性遺伝子座における前記各種ＳＮＰを、疾患感受性ＳＮＰとして、タイピングすることによって、優れた信頼性で、パーキンソン病の発症リスクを判定することが可能となった。また、これらの疾患感受性ＳＮＰを有する前記疾患感受性遺伝子座およびそれがコードするタンパク質をターゲットとすることで、パーキンソン病の治療に有効な新たな候補物質のスクリーニングも可能となる。

図１は、実施例１において、検定統計量のＱ−Ｑプロットを示す図であり、図１（Ａ）は、品質管理後のＳＮＰ ４３５，４７０個の検定統計量のＱ−Ｑプロットを示し、図１（Ｂ）は、パーキンソン病との強い関連を有する４つの遺伝子座（１ｑ３２、４ｐ１５、４ｑ２２および１２ｑ１２）を除去した後の検定統計量のＱ−Ｑプロットを示す。 図１は、実施例１において、遺伝子座のＳＮＰについて、染色体上の位置との関連の強さを示すプロットおよび連鎖不平衡（ＬＤ）構造を示す図であり、図２（Ａ）は、１ｑ３２、図２（Ｂ）は、４ｐ１５を示す。

本発明について、以下、詳細に説明する。以下の記述は、本発明を説明するための例示であり、本発明を、以下の実施形態のみに限定する趣旨ではない。また、本明細書中で使用する、全ての技術的用語、科学的用語および専門用語は、本発明が属する技術分野のいわゆる当業者により、一般的に理解されるのと同じ意味を有し、単に特定の態様の説明を目的として用いられており、本発明を限定することを意図したものではない。また、本発明は、その要旨を逸脱しない限り、さまざまな形態で実施できる。本明細書において引用した全ての先行技術文献、公開公報、特許公報およびその他の特許文献は、参照として本明細書に組み入れられ、本発明の実施のために用いることができる。

本発明において、「多型」は、一般的に、母集団中で１％以上の頻度で存在する２以上の対立遺伝子を意味し、「ＳＮＰ」は、一塩基多型であり、一般的に、遺伝子の塩基配列において、一塩基が変異した多様性を示す状態およびその部位を意味する。本発明において、「疾患感受性ＳＮＰ」は、疾患の発症に関与するＳＮＰである。本発明において、「疾患感受性遺伝子」は、疾患の発症に関与する遺伝子であり、前記疾患感受性ＳＮＰを有する連鎖不平衡ブロックに位置する遺伝子を意味する。

本発明において、「パーキンソン病」は、家族性パーキンソン病と、孤発性パーキンソン病とがあり、「家族性パーキンソン病」は、メンデル遺伝形式にしたがって発症するパーキンソン病であり、「孤発性パーキンソン病」は、メンデル遺伝形式によらずに発症するパーキンソン病である。

本発明において、「ＮＣＢＩ」は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎであり、「ｒｓ」は、前記ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースに登録されているＳＮＰを特定するリファレンス番号である。

本発明において、「ポリヌクレオチド」は、例えば、ヌクレオチドから構成されており、一本鎖でもよいし、塩基対が形成された二本鎖であってもよい。前記ヌクレオチドは、例えば、リボヌクレオチドおよびデオキシリボヌクレオチドがあげられる。前記ポリヌクレオチドは、例えば、リボヌクレオチドから構成されるリボ核酸（ＲＮＡ）でもよいし、デオキシリボヌクレオチドから構成されるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）でもよいし、リボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドの両方を含んでもよい。また、前記ポリヌクレオチドは、塩基として、天然の塩基を含んでもよいし、非天然の塩基を含んでもよい。前記天然の塩基としては、例えば、アデニン、シトシン、グアニン、チミンおよびウラシル等があげられ、前記非天然の塩基としては、例えば、４−アセチルシチジン、５−（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジン、２’−Ｏ−メチルシチジン、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウリジン、ジヒドロウリジン、２’−Ｏ−メチルシュードウリジン、β−Ｄ−ガラクトシルクエオシン、２’−Ｏ−メチルグアノシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、１−メチルアデノシン、１−メチルシュードウリジン、１−メチルグアノシン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアノシン、２−メチルアデノシン、２−メチルグアノシン、３−メチルシチジン、５−メチルシチジン、Ｎ６−メチルアデノシン、７−メチルグアノシン、５−メチルアミノメチルウリジン、５−メトキシアミノメチル−２−チオウリジン、β−Ｄ−マンノシルクエオシン、５−メトキシカルボニルメチル−２−チオウリジン、５−メトキシカルボニルメチルウリジン、５−メトキシウリジン、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、Ｎ−（（９−β−Ｄ−リボフラノシル−２−メチルチオプリン−６−イル）カルバモイル）トレオニン、Ｎ−（（９−β−Ｄ−リボフラノシルプリン−６−イル）Ｎ−メチルカルバモイル）トレオニン、ウリジン−５−オキシ酢酸−メチルエステル、ウリジン−５オキシ酢酸、ワイブトキソシン、シュードウリジン、クエオシン、２−チオシチジン、５−メチル−２−チオウリジン、２−チオウリジン、４−チオウリジン、５−メチルウリジン、Ｎ−（（９−β−Ｄ−リボフラノシルプリン−６−イル）カルバモイル）トレオニン、２’−Ｏ−メチル−５−メチルウリジン、２’−Ｏ−メチルウリジン、ワイブトシン、３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）ウリジン等があげられる。また、前記ポリヌクレオチドは、例えば、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、ＬＮＡ（Ｌｏｃｋｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ）等を含んでもよい。前記ポリヌクレオチドは、例えば、天然のポリヌクレオチドでもよいし、合成したポリヌクレオチドでもよい。前記天然のポリヌクレオチドは、例えば、生体由来のゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡおよびＲＮＡ等があげられる。合成したポリヌクレオチドは、例えば、ポリメラーゼチェーンリアクション（ＰＣＲ）等の核酸増幅法により合成したＤＮＡおよびＲＮＡ、化学合成したＤＮＡおよびＲＮＡ等があげられる。

＜第１の発症リスクマーカー＞
本発明の第１のパーキンソン病の発症リスクマーカーは、前述のように、ヒト染色体１ｑ３２において下記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む８塩基以上の連続する塩基配列からなるポリヌクレオチドもしくはその相補配列からなるポリヌクレオチド、または、ヒト染色体４ｐ１５において下記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む８塩基以上の連続する塩基配列からなるポリヌクレオチドもしくはその相補配列からなるポリヌクレオチドであることを特徴とする。
（Ａ１）ヒト染色体１ｑ３２において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ａ２）ヒト染色体１ｑ３２において、前記（Ａ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
（Ｂ１）ヒト染色体４ｐ１５において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ｂ２）ヒト染色体４ｐ１５において、前記（Ｂ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ

本発明の第１の発症リスクマーカーは、パーキンソン病の発症に関連することから、パーキンソン病の関連マーカーまたはパーキンソン病の疾患感受性マーカーということもできる。本発明の第１の発症リスクマーカーは、例えば、パーキンソン病の中でも、特に孤発性パーキンソン病の発症リスクマーカーとして有用である。前記各ＳＮＰについて、アレルのうち、前記パーキンソン病の発症の可能性、発症のし易さ、または、発症リスクの高さを示すアレルを、以下、「リスクアレル」という。前記（Ａ１）のＳＮＰのリスクアレルは、メジャーアレルであり、前記（Ａ２）のＳＮＰのリスクアレルは、前記（Ａ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルであり、前記（Ｂ１）のＳＮＰのリスクアレルは、マイナーアレルであり、前記（Ｂ２）のＳＮＰのリスクアレルは、前記（Ｂ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルである。

前記各ＳＮＰは、例えば、パーキンソン病の発症に関連することから、パーキンソン病の関連ＳＮＰまたはパーキンソン病の疾患感受性ＳＮＰということもできる。

ヒト染色体１ｑ３２において前記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む前記塩基配列は、例えば、８塩基以上の連続する塩基配列であればよく、その長さの上限は、特に制限されない。また、ヒト染色体４ｐ１５において前記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む前記塩基配列は、例えば、８塩基以上の連続する塩基配列であればよい。前記塩基配列の下限は、例えば、１０塩基長であり、好ましくは１５塩基長が好ましく、より好ましくは、２０塩基長である。前記塩基配列の上限は、特に制限されないが、例えば、３０塩基長であり、好ましくは、４０塩基長であり、より好ましくは、５０塩基長である。

本発明者は、前述のように、連鎖不平衡を示すＳＮＰを有する、２つの新たな遺伝子領域を、パーキンソン病の疾患感受性遺伝子座として同定した。一方は、前記（Ａ１）および（Ａ２）のＳＮＰを含む疾患感受性遺伝子座であり、以下、「ＰＡＲＫ１６」または「ＰＡＲＫ１６遺伝子座」という。他方は、前記（Ｂ１）および（Ｂ２）のＳＮＰを含む疾患感受性遺伝子座であり、以下、「ＢＳＴ１」または「ＢＳＴ１遺伝子座」という。

前記ＰＡＲＫ１６遺伝子座は、ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＴ＿００４４８７．１９に基づき、ヒト染色体１ｑ３２のゲノムにおいて、例えば、５７，１１５，６２３位〜５７，３０７，８８７位の領域である。

前記ＰＡＲＫ１６遺伝子座は、ＳＬＣ４５Ａ３遺伝子、ＮＵＣＫＳ１遺伝子、ＲＡＢ７Ｌ１遺伝子、ＳＬＣ４１Ａ１遺伝子およびＰＭ２０Ｄ１遺伝子の５つの遺伝子を含む領域である。ヒト染色体１ｑ３２のゲノム配列における、前記５つの遺伝子の配列は、例えば、ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＴ＿００４４８７．１９に登録されている。
前記ＳＬＣ４５Ａ３は、ヒト染色体１ｑ３２のゲノムにおいて、５７，１１５，６２３位〜５７，１３８，２７２位の領域、
前記ＮＵＣＫＳ１遺伝子は、ヒト染色体１ｑ３２のゲノムにおいて、５７，１７０，５８９位〜５７，２０８，００３位の領域、
前記ＲＡＢ７Ｌ１遺伝子は、ヒト染色体１ｑ３２のゲノムにおいて、５７，２２５，７５６位〜５７，２３３，２５２位の領域、
前記ＳＬＣ４１Ａ１遺伝子は、ヒト染色体１ｑ３２のゲノムにおいて、５７，２４６，８６３位〜５７，２７０，８０３位の領域、
前記ＰＭ２０Ｄ１遺伝子は、ヒト染色体１ｑ３２のゲノムにおいて、５７，２８５，７９５位〜５７，３０７，８８７位の領域である。

前記５つの遺伝子のうち、ＮＵＣＫＳ１遺伝子、ＲＡＢ７Ｌ１遺伝子およびＳＬＣ４１Ａ１遺伝子は、パーキンソン病と最も強い関連性を示すｒｓ９４７２１１で特定されるＳＮＰと同じＬＤブロックに含まれる。

前記（Ａ１）に示す、７種類のＳＮＰ、すなわち、ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２で特定されるＳＮＰは、パーキンソン病に対して、強い関連を示し、中でも、ｒｓ９４７２１１で特定されるＳＮＰは、パーキンソン病と最も強い関連性を示す。下記表１に、各ＳＮＰの対立遺伝子（アレル）およびリスクアレルを示す。また、下記表１に、あわせて、前記ＰＡＲＫ１６遺伝子座における前記（Ａ１）の各ＳＮＰを含む部分配列の配列番号ならびに前記部分配列におけるＳＮＰの位置を示す。

前記表１に示すＳＮＰの中でも、ｒｓ９４７２１１で特定されるＳＮＰが、パーキンソン病と最も強い関連性を示す。ｒｓ９４７２１１で特定されるＳＮＰは、前記ＲＡＢ７Ｌ１遺伝子の上流でありＳＬＣ４１Ａ１遺伝子の下流に位置する。

前記表１に示すいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰは、例えば、以下で特定されるＳＮＰが例示できる。各ＳＮＰについて、かっこ内に、リスクアレルを示す。ｒｓ１２４０９６３９（Ｇ）、ｒｓ８２３０９２（Ｔ）、ｒｓ８２３０９３（Ｔ）、ｒｓ８２３１０８（Ｃ）、ｒｓ１７７２１４６（Ｔ）、ｒｓ１７７２１４７（Ａ）、ｒｓ１６２０３３４（Ｔ）、ｒｓ８２３１１３（Ｇ）、ｒｓ８２３１１４（Ａ）、ｒｓ８６５４０２（Ｔ）、ｒｓ８２３１１７（Ｔ）、ｒｓ８２３１２３（Ｔ）、ｒｓ１６２６７１０（Ｔ）、ｒｓ１７７２１５０（Ａ）、ｒｓ４３３８４１８（Ａ）、ｒｓ８２３１４４（Ａ）、ｒｓ１７７５１５１（Ｔ）、ｒｓ１７７２１５３（Ｃ）、ｒｓ１０９００５２４（Ａ）、ｒｓ１７７２１５６（Ｃ）、ｒｓ８２３１５７（Ａ）、ｒｓ８２３０６５（Ｇ）、ｒｓ８２３０６６（Ｇ）、ｒｓ８２３０７１（Ｔ）、ｒｓ８２３０７８（Ｃ）等が例示できる。これらのＳＮＰが連鎖不平衡の関係にあることは、国際ＨａｐＭａｐプロジェクトのデータベースから明らかである。

ヒト染色体１ｑ３２において前記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む前記塩基配列は、前述のように、例えば、８塩基以上の連続する塩基配列であればよい。前記塩基配列は、例えば、前記ＰＡＲＫ１６遺伝子座の全長配列でもよいし、前記ＰＡＲＫ１６遺伝子座の部分配列でもよい。前記ＰＡＲＫ１６遺伝子座の全長配列は、前述のように、例えば、ヒト染色体１ｑ３２のゲノムにおいて、ＳＬＣ４５Ａ３遺伝子、ＮＵＣＫＳ１遺伝子、ＲＡＢ７Ｌ１遺伝子、ＳＬＣ４１Ａ１遺伝子およびＰＭ２０Ｄ１遺伝子を含む、５７，１１５，６２３位〜５７，３０７，８８７位の領域があげられる。前記ＰＡＲＫ１６遺伝子座の部分配列は、例えば、ＮＵＣＫＳ１遺伝子、ＲＡＢ７Ｌ１遺伝子およびＳＬＣ４１Ａ１遺伝子を含む、５７，１７０，５８９位〜５７，２７０，８０３位の領域があげられる。この他にも、前記ＰＡＲＫ１６遺伝子座の部分配列は、例えば、ＳＬＣ４５Ａ３遺伝子、ＮＵＣＫＳ１遺伝子、ＲＡＢ７Ｌ１遺伝子、ＳＬＣ４１Ａ１遺伝子およびＰＭ２０Ｄ１遺伝子のいずれかの塩基配列またはその部分配列、前記遺伝子間の配列またはその部分配列、前記遺伝子の上流または下流の配列等があげられる。

前記ＢＳＴ１遺伝子座は、例えば、ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＴ＿００６３１６．１６に基づき、ヒト染色体４ｐ１５のゲノムにおいて、６，８８６，３７０位〜６，９２６，６４５位の領域である。

前記ＢＳＴ１遺伝子座は、ＢＳＴ１遺伝子を含む領域であり、前記ＢＳＴ１遺伝子の上流および下流の配列をさらに含んでもよい。ヒト染色体４ｐ１５のゲノム配列における、前記ＢＳＴ１遺伝子の配列は、例えば、ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＴ＿００６３１６．１６に登録されている。前記ＢＳＴ１遺伝子は、ヒト染色体４ｐ１５のゲノムにおいて、６，８８６，３７０位〜６，９１５，５９３位の領域である。

前記ＢＳＴ１遺伝子座における４種類のＳＮＰ、すなわち、ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５で特定されるＳＮＰは、パーキンソン病に対して、強い関連を示し、中でも、ｒｓ４５３８４７５で特定されるＳＮＰは、パーキンソン病と最も強い関連性を示す。下記表２に、各ＳＮＰの対立遺伝子（アレル）およびリスクアレルを示す。また、下記表２に、あわせて、前記ＢＳＴ１遺伝子座における前記（Ｂ１）の各ＳＮＰを含む部分配列の配列番号ならびに前記部分配列におけるＳＮＰの位置を示す。

前記表２に示すいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰは、例えば、例えば、以下で特定されるＳＮＰが例示できる。各ＳＮＰについて、かっこ内に、リスクアレルを示す。ｒｓ１１９４４１３２（Ｃ）、ｒｓ１６８９２２７１（Ｃ）、ｒｓ６８４４９６８（Ｇ）、ｒｓ１６８９２２７２（Ｃ）、ｒｓ１６８９２２７６（Ｔ）、ｒｓ１２６５１０５２（Ｃ）、ｒｓ１２６４５５１３（Ｇ）、ｒｓ１２６４６３３１（Ｇ）、ｒｓ９７９０６７０（Ｇ）、ｒｓ１６８９２２８３（Ａ）、ｒｓ１６８９２２８７（Ｃ）、ｒｓ１６８９２２８９（Ｇ）、ｒｓ４３２１６２９（Ｃ）、ｒｓ１０５１６２９１（Ｃ）、ｒｓ１６８９８４１３（Ｔ）、ｒｓ４４３５７４５（Ａ）、ｒｓ４４９８１３３（Ｇ）、ｒｓ１０５８２１２（Ａ）、ｒｓ９５５４１０（Ａ）、ｒｓ６８３５７０５（Ｇ）、ｒｓ１１７２４６３５（Ａ）、ｒｓ４２６６２９０（Ｇ）、ｒｓ４６９８４１３（Ｔ）、ｒｓ４６１３５６１（Ｔ）、ｒｓ４２７３４６８（Ｇ）等があげられる。これらのＳＮＰが連鎖不平衡の関係にあることは、国際ＨａｐＭａｐプロジェクトのデータベースから明らかである。

ヒト染色体４ｐ１５において前記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む前記塩基配列は、前述のように、例えば、８塩基以上の連続する塩基配列であればよい。前記塩基配列は、例えば、前記ＢＳＴ１遺伝子座の全長配列でもよいし、前記ＢＳＴ１遺伝子座の部分配列でもよい。前記ＢＳＴ１の全長配列は、前述のように、例えば、ヒト染色体４ｐ１５のゲノムにおいて、ＢＳＴ１遺伝子を含む、６，８８６，３７０位〜６，９２６，６４５位の領域があげられる。前記ＢＳＴ１遺伝子座の部分配列は、例えば、ＢＳＴ１遺伝子の塩基配列またはその部分配列、前記ＢＳＴ１遺伝子の上流または下流の配列等があげられる。

＜第１の判定方法＞
本発明の第１の判定方法は、前述のように、被検体の核酸試料について、ヒト染色体１ｑ３２における下記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰ、または、ヒト染色体４ｐ１５における下記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰをタイピングして、被検体のパーキンソン病に対する発症リスクを判定することを特徴とする判定方法である。以下、ＳＮＰをタイピングする工程を、以下、「タイピング工程」という。
（Ａ１）ヒト染色体１ｑ３２において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ａ２）ヒト染色体１ｑ３２において、前記（Ａ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
（Ｂ１）ヒト染色体４ｐ１５において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ｂ２）ヒト染色体４ｐ１５において、前記（Ｂ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ

判定目的の前記パーキンソン病は、例えば、家族性パーキンソン病でもよいし、孤発性パーキンソン病でもよいが、本発明は、中でも、孤発性パーキンソン病の発症リスクの判定に有用である。

本発明の第１の判定方法は、前記タイピング工程における前記ＳＮＰのタイピングの結果に基づき、パーキンソン病の発症リスクを判定できる。本発明の第１の判定方法は、例えば、前記ＳＮＰのいずれかが、リスクアレルの場合、前記パーキンソン病を発症し易い、前記リスクアレル以外のアレルの場合に、前記パーキンソン病を発症し難いと判定する。本発明の第１の判定方法は、例えば、被検体がリスクアレルの場合、リスクアレル以外のアレルを有する他の被検体よりも、前記パーキンソンを発症し易いと判定し、被検体がリスクアレル以外のアレルの場合に、リスクアレルを有する他の被検体よりも、前記パーキンソン病を発症し難いと判定することもできる。前記パーキンソン病を発症し易いとは、例えば、パーキンソン病を発症するリスクが高いということもでき、前記パーキンソン病を発症し難いとは、例えば、パーキンソン病を発症するリスクが低いということもできる。前記ＳＮＰのリスクアレルは、前述の通りであって、前記（Ａ１）のＳＮＰのリスクアレルは、メジャーアレルであり、前記（Ａ２）のＳＮＰのリスクアレルは、前記（Ａ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルであり、前記（Ｂ１）のＳＮＰのリスクアレルは、マイナーアレルであり、前記（Ｂ２）のＳＮＰのリスクアレルは、前記（Ｂ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレル
である。

前記タイピング工程において、タイピングするＳＮＰの個数は、特に制限されず、例えば、１種類でもよいし、判定の信頼性をさらに向上できることから、２種類以上でもよい。タイピングするＳＮＰが２種類以上の場合、例えば、前記（Ａ１）または（Ａ２）における異なるＳＮＰを２種類以上タイピングしてもよいし、前記（Ｂ１）または（Ｂ２）における異なるＳＮＰを２種類以上タイピングしてもよい。また、前記（Ａ１）、（Ａ２）、（Ｂ１）または（Ｂ２）のＳＮＰを、あわせて２種類以上タイピングしてもよい。前記（Ａ１）のＳＮＰとしては、特に制限されないが、例えば、パーキンソン病との関連性が強いことから、ｒｓ９４７２１１をタイピングすることが好ましい。前記（Ｂ１）のＳＮＰとしては、特に制限されないが、例えば、パーキンソン病との関連性が強いことから、ｒｓ４５３８４７５をタイピングすることが好ましい。

前記ＳＮＰのタイピング方法は、何ら制限されず、従来公知の方法が採用できる。前記タイピング方法としては、例えば、被検核酸と前記ＳＮＰに特異的なプローブとのハイブリダイズを行う方法、被検核酸を前記ＳＮＰに特異的なプライマーを用いて核酸増幅する方法、被検核酸の塩基配列を解析するシークエンス法、被検核酸を制限酵素処理し、断片長を確認するＲＦＬＰ（Ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ；制限酵素断片長多型）法、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法等があげられる。前記プローブを使用する方法としては、例えば、ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法、インベーダー法等があげられる。

前記ＳＮＰのタイピングに、前記プローブまたは前記プライマーを使用する場合、前記タイピング工程において、前記プローブまたは前記プライマーとして、例えば、タイピング用ポリヌクレオチドが使用できる。前記タイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、本発明の第１の発症リスクマーカーに対してハイブリダイズ可能なポリヌクレオチドがあげられる。

本明細書において、ハイブリダイズは、例えば、ハイブリダイゼーション緩衝液中で、ハイブリダイゼーション反応を行い、洗浄液中で洗浄することにより行える。前記ハイブリダイズは、ストリンジェントな条件下で行われることが好ましい。「ストリンジェントな条件」とは、例えば、前記ハイブリダイゼーション緩衝液中で、温度４０〜７０℃、好ましくは、６０〜６５℃等で、ハイブリダイゼーション反応を行い、塩濃度１５〜３００ｍｍｏｌ／Ｌ、好ましくは１５〜６０ｍｍｏｌ／Ｌ等の前記洗浄液で洗浄する条件があげられる。前記温度および塩濃度は、例えば、使用するプローブの長さ等に応じて、適宜設定可能である。また、前記洗浄の条件は、例えば、０．２×ＳＳＣまたは２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、温度２０〜６８℃で行うことがあげられる。ストリンジェントな条件を、高（ｈｉｇｈ）ストリンジェント条件、中等度（ｍｏｄｅｒａｔｅ）ストリンジェント条件および低（ｍｉｌｄ）ストリンジェント条件のいずれに設定するかは、例えば、洗浄時の塩濃度または温度で差を設けることができる。塩濃度で差を設ける場合、前記洗浄緩衝液として、例えば、高ストリンジェント条件には、０．２×ＳＳＣおよび０．１％ＳＤＳを使用することが好ましく、低ストリンジェント条件には、２×ＳＳＣおよび０．１％ＳＤＳを使用することが好ましい。温度で差を設ける場合、例えば、高ストリンジェント条件は、６８℃、中等度ストリンジェント条件は、４２℃、低ストリンジェント条件は、室温（２０〜２５℃）で洗浄を行うことが好ましく、洗浄液としては、例えば、０．２×ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳを使用できる。また、ハイブリダイゼーションに先立って、例えば、プレハイブリダイゼーションおよびプレ洗浄を行ってもよく、その条件も、特に制限されず、前述のハイブリダイゼーションと同様でもよいし、異なってもよい。いずれの場合も、前記洗浄緩衝液としては、例えば、０．２×ＳＳＣおよび０．１％ＳＤＳを使用できる。

ハイブリダイゼーションの詳細な手順は、例えば、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｎｄ ｅｄ．」（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ （１９８９））、特に、Ｓｅｃｔｉｏｎ９．４７−９．５８、「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ （１９８７−１９９７））、特に、Ｓｅｃｔｉｏｎ６．３−６．４、「ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ １： Ｃｏｒｅ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ， Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ ２ｎｄ ｅｄ．」（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ （１９９５））、特に、条件についてはＳｅｃｔｉｏｎ２．１０等を参照できる。また、市販のツールを使用する場合は、例えば、添付の使用説明書に従って行うことができる。

前記（Ａ１）または（Ａ２）のＳＮＰをタイピングする場合、前記タイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、ヒト染色体１ｑ３２における前記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む８塩基以上の連続する塩基配列からなるポリヌクレオチドもしくはその相補配列からなるポリヌクレオチドがあげられる。

前記（Ａ１）または（Ａ２）のＳＮＰのタイピング用ポリヌクレオチドは、具体例として、以下のポリヌクレオチドがあげられる。
ｒｓ１６８５６１３９のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号１において、３０１位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチド、
ｒｓ８２３１２８のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号２において、２０１位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチド、
ｒｓ８２３１２２のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号３において、２５８位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチド、
ｒｓ９４７２１１のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号４において、３０１位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチド、
ｒｓ８２３１５６のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号５において、３０１位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチド、
ｒｓ７０８７３０のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号６において、２４０位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチド、
ｒｓ１１２４０５７２のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号７において、５０１位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチドがあげられる。

前記（Ｂ１）または（Ｂ２）のＳＮＰをタイピングする場合、前記タイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、ヒト染色体４ｐ１５における前記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む８塩基以上の連続する塩基配列からなるポリヌクレオチドもしくはその相補配列からなるポリヌクレオチドがあげられる。

前記（Ｂ１）または（Ｂ２）のＳＮＰのタイピング用ポリヌクレオチドは、具体例として、以下のポリヌクレオチドがあげられる。
ｒｓ１１９３１５３２のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号８において、３０１位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチド、
ｒｓ１２６４５６９３のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号９において、５０１位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチド、
ｒｓ４６９８４１２のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号１０において、３０１位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチド、
ｒｓ４５３８４７５のタイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、配列番号１１において、３３９位の塩基を含む連続した塩基配列からなるポリヌクレオチドがあげられる。

前記タイピング用ポリヌクレオチドの塩基長は、特に制限されない。前記塩基長の下限は、例えば、８塩基長であり、好ましくは、１０塩基長であり、より好ましくは、１５塩基長であり、さらに好ましくは、２０塩基長であり、特に好ましくは、２５塩基長であり、特に好ましくは２６塩基長である。前記塩基長の範囲は、例えば、８〜５０塩基長または８〜３０塩基長であり、好ましくは、１０〜５０塩基長または１０〜３０塩基長であり、より好ましくは、１５〜５０塩基長または１５〜３０塩基長であり、さらに好ましくは２０〜５０塩基長または２０〜３０塩基長であり、特に好ましくは、２５〜５０塩基長または２５〜３０塩基長であり、特に好ましくは、２６〜３９塩基長または２６〜３５塩基長である。

前記タイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、本発明の第１の発症リスクマーカーの塩基配列に基づいて、化学合成等により調製できる。前記タイピング用ポリヌクレオチドとなるプローブおよびプライマーの調製方法は、周知であり、例えば、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｎｄ ｅｄ．」（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ （１９８９））、「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ （１９８７−１９７７））を参照できる。

前記タイピング工程は、前記タイピング用ポリヌクレオチドを、前記プローブまたは前記プライマーとして使用する場合、例えば、被検核酸を含む被検試料に、前記タイピング用ポリヌクレオチドを接触させることが好ましい。

前記被検試料に含まれる前記被検核酸は、例えば、被検体の生体試料から抽出した生体由来のＤＮＡまたはＲＮＡでもよいし、前記生体由来のＤＮＡから合成したＲＮＡ、ＤＮＡもしくはｃＤＮＡ、または、生体由来のＲＮＡから合成したｃＤＮＡであってもよい。前記生体由来のＤＮＡは、例えば、ゲノムＤＮＡがあげられる。前記生体由来のＲＮＡは、例えば、一次転写産物ＲＮＡまたはスプライシングされた成熟ＲＮＡがあげられる。前者は、例えば、トータルＲＮＡとして、後者は、例えば、ｍＲＮＡとして、前記生体試料から抽出できる。前記生体由来のＤＮＡおよびＲＮＡは、例えば、従来公知の方法によって、前記生体から単離できる。また、前記生体由来のＤＮＡからのＲＮＡの合成は、例えば、前記生体由来のＤＮＡを鋳型として、転写酵素を用いた転写反応により行うことができ、前記生体由来のＤＮＡからのＤＮＡの合成は、例えば、ＤＮＡポリメラーゼ等を用いたＰＣＲ等の核酸増幅反応により行うことができ、前記生体由来のＤＮＡからのｃＤＮＡは、例えば、前記ＤＮＡを鋳型とした転写反応の後、合成したＲＮＡを鋳型とする、逆転写酵素を用いた逆転写（ＲＴ）反応により行うことができる。また、前記生体由来のＲＮＡからのｃＤＮＡの合成は、例えば、逆転写酵素を用いた逆転写反応により行うことができ、さらに、核酸増幅反応により前記ｃＤＮＡを増幅することが好ましく、具体的には、ＲＴ−ＰＣＲを行うことが好ましい。

前記被検試料は、特に制限されず、前記被検核酸を含んでいればよい。前記被検試料としては、例えば、生体試料を含むことが好ましい。前記生体試料としては、例えば、血液、ならびに、口腔粘膜、毛根、爪等の細胞および組織等があげられる。

前記タイピング工程は、前記プローブを使用する場合、例えば、前記プローブと前記被検核酸とのハイブリダイズの有無を検出することによって、ＳＮＰのタイピングを行うことができる。

前記プローブと前記被検核酸とのハイブリダイズの検出方法としては、特に制限されないが、例えば、ノーザンブロット法、サザンブロット法、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法、ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法、インベーダー法等があげられる。前記プローブは、例えば、前記検出方法に応じて、適宜、標識物質を有してもよい。前記標識物質としては、例えば、蛍光物質、消光物質、放射性物質、酵素等があげられる。前記ハイブリダイズの検出は、例えば、前記標識物質の検出により行うことができ、この場合、前記標識物質の種類に応じて、適宜、前記標識物質を検出するための試薬を使用できる。

また、前記タイピング工程は、前記プライマーを使用する場合、例えば、前記被検核酸を鋳型として、前記プライマーを用いた核酸増幅を行い、増幅の有無を検出することによって、ＳＮＰのタイピングを行うことができる。前記プライマーは、例えば、１種類を使用してもよいし、２種類以上を含むプライマーセットとして使用することもできる。前記プライマーは、例えば、前記検出方法に応じて、適宜、標識物質を有してもよい。前記標識物質は、例えば、前述のような標識物質があげられる。

前記プライマーを用いた核酸増幅によるタイピングの方法としては、例えば、ＡＳＰ−ＰＣＲ（Ａｌｌｅｌｅ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｐｒｉｍｅｒ ＰＣＲ）法等があげられる。

＜第１の判定試薬＞
本発明の第１判定試薬は、前述のように、本発明の第１の発症リスクマーカーに対して、ハイブリダイズ可能なポリヌクレオチドを含むことを特徴とする、パーキンソン病の発症リスクを判定するための判定試薬である。

前記タイピング用ポリヌクレオチドは、本発明の第１判定方法において説明した、プローブまたはプライマーとして使用可能なタイピング用ポリヌクレオチドと同様である。

本発明の第１の判定試薬は、例えば、前記タイピングの方法に応じて、前記タイピング用ポリヌクレオチド以外に、適宜、試薬、使用説明書、固相等の器具等を含んでもよい。前記タイピング用ポリヌクレオチド以外の試薬としては、特に制限されないが、例えば、被検核酸を増幅するための試薬として、ポリメラーゼ、ｄＮＴＰ等の核酸モノマー、緩衝剤等を含んでもよいし、前記標識物質を検出するための酵素、基質等を含んでもよい。

前記タイピング用ポリヌクレオチドは、例えば、固相に固定化されてもよい。前記固相としては、例えば、マイクロチップ、マイクロアレイがあげられる。このように、前記タイピング用ポリヌクレオチドを前記固相に固定化することによって、例えば、前記タイピング用ポリヌクレオチドと前記被検核酸とを接触させた後、前記タイピング用ポリヌクレオチドに未結合の前記被検核酸を、容易に除去できる。このため、さらに、判定精度を向上できる。一つの固相に固定化する前記タイピング用ポリヌクレオチドの種類は、特に制限されず、いずれか１種類の前記第１の発症リスクマーカーに対するタイピング用ポリヌクレオチドでもよいし、２種類以上の前記第１の発症リスクマーカーに対するタイピング用ポリヌクレオチドでもよい。また、前記固相には、例えば、さらに、他のマーカーに対するタイピング用ポリヌクレオチドを固定化してもよい。

＜第１の判定キット＞
本発明の第１の判定キットは、前記本発明の第１の判定試薬を含むことを特徴とする、パーキンソン病の発症リスクを判定するための判定キットである。本発明の第１の判定キットは、前記本発明の第１の判定試薬を含んでいればよく、その他の構成は、何ら制限されない。前記判定試薬は、前述の通りである。

＜第１のスクリーニング方法＞
本発明の第１のスクリーニング方法は、パーキンソン病に対する医薬候補物質のスクリーニング方法であって、
前記本発明の第１のパーキンソン病の発症リスクマーカーを発現可能な細胞と、候補物質とを接触させる工程と、
前記細胞における前記第１の発症リスクマーカーの発現を検出する工程とを含み、
前記発現を変化させた候補物質を、医薬候補物質として選択することを特徴とする。

本発明の第１のスクリーニング方法において、前記第１の発症リスクマーカーは、リスクアレルの前記ＳＮＰを有する。

このような方法によれば、前記第１の発症リスクマーカーの発現の変化の検出によって、パーキンソン病に対する医薬候補物質を得ることができる。

前記細胞は、特に制限されず、前記第１の発症リスクマーカーを発現可能な細胞が使用できる。具体例としては、例えば、宿主細胞に、前記第１の発症リスクマーカーを連結したベクターを導入し、得られた形質転換体を、前記第１のスクリーニング方法に使用できる。そして、例えば、前記候補物質の存在下で、前記細胞を生育させ、前記第１の発症リスクマーカーの発現を確認する。

前記第１の発症リスクマーカーの発現は、例えば、公知の方法によって検出できる。前記検出方法は、例えば、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、リアルタイム逆転写−ＰＣＲ（リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ）等の核酸増幅法を利用して行うことができる。この他にも、例えば、ノーザンブロット法、ＥＬＩＳＡ、Ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法等があげられる。

前記候補物質の種類は、特に制限されず、例えば、低分子化合物等の化合物、タンパク質、ペプチド、核酸、生物の代謝産物等があげられる。

＜第２の発症リスクマーカー＞
本発明の第２のパーキンソン病の発症リスクマーカーは、前述のように、ヒト染色体１ｑ３２において下記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含むポリヌクレオチドでコードされる、ＳＬＣ４５Ａ３タンパク質、ＮＵＣＫＳ１タンパク質、ＲＡＢ７Ｌ１タンパク質、ＳＬＣ４１Ａ１タンパク質およびＰＭ２０Ｄ１タンパク質の少なくとも一つのタンパク質、または、
ヒト染色体４ｐ１５において下記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含むポリヌクレオチドでコードされる、ＢＳＴ１タンパク質であることを特徴とする。
（Ａ１）ヒト染色体１ｑ３２において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ａ２）ヒト染色体１ｑ３２において、前記（Ａ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
（Ｂ１）ヒト染色体４ｐ１５において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
（Ｂ２）ヒト染色体４ｐ１５において、前記（Ｂ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ

本発明の第２の発症リスクマーカーは、パーキンソン病の発症に関連することから、パーキンソン病の関連マーカーまたはパーキンソン病の疾患感受性マーカーということもできる。本発明の第２の発症リスクマーカーは、例えば、パーキンソン病の中でも、特に孤発性パーキンソン病の発症リスクマーカーとして有用である。

ＳＬＣ４５Ａ３タンパク質、ＮＵＣＫＳ１タンパク質、ＲＡＢ７Ｌ１タンパク質、ＳＬＣ４１Ａ１タンパク質およびＰＭ２０Ｄ１タンパク質において、前記（Ａ１）および（Ａ２）のＳＮＰは、前述したパーキンソン病の疾患感受性ＳＮＰである。前述のように、前記（Ａ１）のＳＮＰのリスクアレルは、メジャーアレルであり、前記（Ａ２）のＳＮＰのリスクアレルは、前記（Ａ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルである。前記第２のリスクマーカーは、前記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも１つのＳＮＰがリスクアレルである前記ポリヌクレオチドでコードされるタンパク質であることが好ましい。

ＳＬＣ４５Ａ３タンパク質、ＮＵＣＫＳ１タンパク質、ＲＡＢ７Ｌ１タンパク質、ＳＬＣ４１Ａ１タンパク質およびＰＭ２０Ｄ１タンパク質は、それぞれ、アミノ酸配列が、例えば、以下に示すＮＣＢＩアクセッションＮｏ．に登録されている。
ＳＬＣ４５Ａ３タンパク質：ＮＣＢＩアクセッションＮｏ．ＮＰ＿１４９０９３．１
ＮＵＣＫＳ１タンパク質：ＮＣＢＩアクセッションＮｏ．ＮＰ＿０７３５６８．２
ＲＡＢ７Ｌ１タンパク質：ＮＣＢＩアクセッションＮｏ．ＮＰ＿００１１２９１３５．１
ＳＬＣ４１Ａ１タンパク質：ＮＣＢＩアクセッションＮｏ．ＮＰ＿７７６２５３．３
ＰＭ２０Ｄ１タンパク質：ＮＣＢＩアクセッションＮｏ．ＮＰ＿６８９７０４．３

ＢＳＴ１タンパク質において、前記（Ｂ１）および（Ｂ２）のＳＮＰは、前述したパーキンソン病の疾患感受性ＳＮＰである。前記（Ｂ１）および（Ｂ２）のＳＮＰは、前述のように、前記（Ｂ１）のＳＮＰのリスクアレルは、マイナーアレルであり、前記（Ｂ２）のＳＮＰのリスクアレルは、前記（Ｂ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルである。前記第２のリスクマーカーは、前記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも１つのＳＮＰがリスクアレルである前記ポリヌクレオチドでコードされるＢＳＴ１タンパク質であることが好ましい。

ＢＳＴ１タンパク質は、アミノ酸配列が、例えば、以下に示すＮＣＢＩアクセッションＮｏ．に登録されている。
ＢＳＴ１タンパク質：ＮＣＢＩアクセッションＮｏ．ＮＰ＿００４３２５．２

＜第２の判定方法＞
本発明の第２の判定方法は、前記本発明の第２の発症リスクマーカーを検出して、被検体のパーキンソン病に対する発症リスクを判定することを特徴とする判定方法である。

判定目的の前記パーキンソン病は、例えば、家族性パーキンソン病でもよいし、孤発性パーキンソン病でもよいが、本発明は、中でも、孤発性パーキンソン病の発症リスクの判定に有用である。

本発明の第２の判定方法は、前記第２の発症リスクマーカーの検出結果に基づき、パーキンソン病の発症リスクを判定できる。本発明の第２の判定方法は、例えば、被検体の生体試料において、前記リスクアレルのＳＮＰを含むポリヌクレオチドでコードされる第２の発症リスクマーカーが検出された場合、前記パーキンソン病を発症し易いと判定し、被検体の生体試料において、前記リスクアレル以外のＳＮＰを含むポリヌクレオチドでコードされる第２の発症リスクマーカーが検出された場合、前記パーキンソン病を発症し難いと判定する。

前記第２の発症リスクマーカーの検出方法は、何ら制限されず、例えば、タンパク質の検出方法により行うことができる。前記検出方法としては、例えば、目的の前記第２の発症リスクマーカーに結合する抗体またはその抗原結合断片等を用いた、抗原抗体反応を利用する方法があげられる。前記抗原結合断片は、前記抗体の一部分、例えば、部分断片であり、且つ、前記第２の発症リスクマーカーを認識するものを意味する。

＜第２の判定試薬＞
本発明の第２の判定試薬は、前述のように、本発明の第２の発症リスクマーカーに結合する抗体またはその抗原結合断片を含むことを特徴とする、パーキンソン病の発症リスクを判定するための判定試薬である。

前記抗体またはその抗原結合断片は、本発明の第２の判定方法において説明した、抗体またはその抗原結合断片と同様である。

本発明の第２の判定試薬は、例えば、前記抗体またはその抗原結合断片以外に、適宜、試薬、使用説明書、固相等の器具等を含んでもよい。

前記抗体またはその抗原結合断片は、例えば、固相に固定化されてもよい。前記固相としては、例えば、マイクロアレイがあげられる。このように、前記抗体または抗原結合断片を前記固相に固定化することによって、例えば、前記抗体またはその抗原結合断片と前記被検体の生体試料とを接触させた後、未結合の前記生体試料を、容易に除去できる。このため、さらに、判定精度を向上できる。

＜第２の判定キット＞
本発明の第２の判定キットは、前記本発明の第２の判定試薬を含むことを特徴とする、パーキンソン病の発症リスクを判定するための判定キットである。本発明の第２の判定キットは、前記本発明の第２の判定試薬を含んでいればよく、その他の構成は、何ら制限されない。前記判定試薬は、前述の通りである。

＜第２のスクリーニング方法＞
本発明の第２のスクリーニング方法は、パーキンソン病に対する医薬候補物質のスクリーニング方法であって、
前記本発明のパーキンソン病の第２の発症リスクマーカーと候補物質とを接触させる工程と、
前記第２の発症リスクマーカーと前記候補物質との結合の有無を検出する工程とを含み、
前記第２の発症リスクマーカーと結合した前記候補物質を、医薬候補物質として選択することを特徴とする。

本発明の第２のスクリーニング方法において、前記第２の発症リスクマーカーは、前記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも１つのＳＮＰがリスクアレルである前記ポリヌクレオチドでコードされる、ＳＬＣ４５Ａ３タンパク質、ＮＵＣＫＳ１タンパク質、ＲＡＢ７Ｌ１タンパク質、ＳＬＣ４１Ａ１タンパク質およびＰＭ２０Ｄ１タンパク質の少なくとも一つのタンパク質、または、前記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも１つのＳＮＰがリスクアレルである前記ポリヌクレオチドでコードされるＢＳＴ１タンパク質である。

このような方法によれば、前記第２の発症リスクマーカーとの結合の検出によって、パーキンソン病に対する医薬候補物質を得ることができる。

前記第２の発症リスクマーカーと前記候補物質とは、両者が直接接触できればよく、その形式は特に制限されない。具体例としては、例えば、前記第２の発症リスクマーカーを、プレート等の固相に固定化して、これに前記候補物質を添加する方法があげられる。前記第２の発症リスクマーカーと前記候補物質との結合の有無は、特に制限されず、例えば、分子間相互作用解析により行うことができる。前記分子間相互作用解析は、例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ等の市販のシステムを使用できる。

前記候補物質の種類は、特に制限されず、例えば、低分子化合物等の化合物、タンパク質、ペプチド、抗体、核酸、生物の代謝産物等があげられる。

つぎに、以下の実施例により、本発明を具体的に説明するが、本発明は、これらの実施例には制限されない。市販の試薬は、特に示さない限り、それらのプロトコールに基づいて使用した。

［実施例１］
１．サンプル
日本人のパーキンソン症例（以下、「症例」という）２，０１１サンプルのゲノムＤＮＡ、および、日本人の非パーキンソン症例（以下、「対照」という）１８，３８１サンプルのゲノムＤＮＡを準備した。前記症例のサンプルは、パーキンソン病と診断された被検体のサンプルであり、前記対照のサンプルは、パーキンソン病に罹患していない被検体のサンプルである。また、前記各サンプルのゲノムＤＮＡは、既存の方法を用いて、前記各被検体から抽出した。

２．ゲノムワイド関連解析（ＧＷＡＳ）
症例１，０７８サンプルおよび対照２，６２８サンプルのサンプルセットを使用した。これらのサンプルについて、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｕｍａｎＨａｐ５５０ ａｒｒａｙ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製）を用いて、常染色体および性染色体におけるＳＮＰ ５６１，２８８個のジェノタイピングを行った。なお、実施例において、ヒトゲノムは、ＮＣＢＩのｂｕｉｌｄ３６．１に基づき、解析した。

そして、これらの症例サンプル、対照サンプルおよびＳＮＰについて、品質管理を行った。症例サンプルおよび対照サンプルの品質管理では、まず、コール率（ｃａｌｌ ｒａｔｅ）９５％未満の症例サンプルと、コール率９８％未満の対照サンプルを除外し、症例１，０１２サンプルおよび対照２，５７３サンプルを選択した。つぎに、ＰＬＩＮＫ１．０１（Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．２００７年、８１巻、ｐ．５５９−５７５参照）を用いて、性別チェック機能により、性別不明のサンプル（ｎ＝１８）を除外し、さらに、前記ＰＬＩＮＫ１．０１を用いて、同祖（ＩＢＳ；ｉｄｅｎｔｉｔｙ−ｂｙ−ｓｔａｔｅ）の類似性を決定し、サンプルの各ペアについて潜在的な血縁関係を評価し、類似性の高いサンプルを除外した（ｎ＝５５）。続いて、残りの合計３，５１２サンプルについて、日本人集団に属さない検体を検出するため、血縁関係を有しないＨａｐＭａｐ被検体２０１人（４２ ＪＰＴ、４５ ＣＨＢ、５７ ＣＥＰＨ、５７ ＹＲＩ）とともに、評価した。ｒ^２＜０．２のＳＮＰ ４９，６０５個のＩＢＳスコアをコンピュータ処理し、多次元尺度法により、非アジア系先祖を持つと考えられる３名を同定し、これを除外した。以上の品質管理の結果、症例９８８サンプルおよび対照２，５２１サンプルに絞り込んだ。他方、ＳＮＰについては、症例サンプルまたは対照サンプルにおけるコール率９５％未満（ｎ＝７，９２７）、全サンプルにおけるマイナーアレル頻度５％未満（ｎ＝１１７，９０８）、または、対照サンプルにおけるハーディ ワインベルグ平衡の偏差のＰ値（ＰＨＷＥ）０．００１未満のＳＮＰ（ｎ＝３，０４５）を除外した。さらに、パーキンソン病と強い関連性を示すＳＮＰのクラスタープロットの目視検査において、プロットがクラスター化していないＳＮＰ（ｎ＝６９）を除外した。品質管理されたＳＮＰの全ジェノタイプコール率の中央値は、９９．９％であった。

つぎに、前記品質管理をパスした症例９８８サンプルおよび対照２，５２１サンプルのＳＮＰ ４３５，４７０個のジェノタイプデータについて、自由度１のコクラン アーミテージ検定（Ｃｏｃｈｒａｎ−Ａｒｍｉｔａｇｅ ｔｅｓｔ）により、前記各ＳＮＰとパーキンソン病との関連を検定した。得られた検定結果から、ｓｎｐＭａｔｒｉｘパッケージのカイ二乗関数Ｑ−Ｑプロット機能を用いて、Ｑｕａｎｔｉｌｅ−Ｑｕａｎｔｉｌｅプロット（Ｑ−Ｑプロット）を作成した。また、自由度１のカイ二乗分布の期待値９０％未満の平均値で、検定統計量９０％未満の平均値を割り、ｇｅｎｏｍｉｃ ｉｎｆｌａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ（λ）を算出した。また、ロジスティック回帰分析により、オッズ比（ＯＲ）および９５％信頼区間（９５％ＣＩ）を評価した。

３．再現解析１
前記ＧＷＡＳステージのサンプルとは異なる、症例６１２サンプルおよび対照１４，１３９サンプルのサンプルセットを使用した。そして、これらのサンプルセットについて、ＶｅｒａＣｏｄｅプラットフォーム用のＩｌｌｕｍｉｎａ Ｇｏｌｄｅｎｇａｔｅ Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｓｓａｙ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製）、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＳＮＰ Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｓｓａｙｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社製）およびＩｌｌｕｍｉｎａ Ｉｎｆｉｎｉｕｍ ＨｕｍａｎＨａｐ６１０ ａｒｒａｙ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製）を用いて、前記ＧＷＡＳステージにおいて最も関連を示したＳＮＰ ３３７個（Ｐ≦０．０００５３３）のジェノタイピングを行った。Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｇｏｌｄｅｎｇａｔｅ Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｓｓａｙは、症例サンプルのＳＮＰ ３３５個のジェノタイピングに使用し、前記ＴａｑＭａｎ Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｓｓａｙは、症例サンプルのＳＮＰ ２個のジェノタイピングに使用し、前記Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｉｎｆｉｎｉｕｍ ＨｕｍａｎＨａｐ６１０ ａｒｒａｙは、対照サンプルのＳＮＰ ３３７個のジェノタイピングに使用した。

そして、これらの症例サンプル、対照サンプルおよびＳＮＰについて、品質管理を行った。症例サンプルおよび対照サンプルの品質管理では、コール率９０%未満を除外した。他方、ＳＮＰについては、症例サンプルまたは対照サンプルにおけるコール率９５％未満、対照サンプルにおけるハーディ ワインベルグ平衡の偏差のＰ値（Ｐ_ＨＷＥ）０．００１未満、前記目視検査において、クラスター化していないＳＮＰを除外した。この品質管理によって得た、症例５５９サンプルおよび対照１４，０２６サンプルのＳＮＰ ２７９個のジェノタイプデータを用いた以外は、前記ＧＷＡＳステージと同様にして、統計解析を行った。品質管理されたＳＮＰの全ジェノタイプコール率の中央値は、９９．７％であった。

４．再現解析２
前記ＧＷＡＳステージおよび再現解析１とは異なる、症例３２１サンプルおよび対照１，６１４サンプルのサンプルセットを使用した。そして、これらのサンプルセットについて、ＶｅｒａＣｏｄｅプラットフォーム用のＩｌｌｕｍｉｎａ Ｇｏｌｄｅｎｇａｔｅ Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｓｓａｙ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製）、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＳＮＰ Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｓｓａｙｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社製）およびＩｌｌｕｍｉｎａ Ｉｎｆｉｎｉｕｍ ＨｕｍａｎＨａｐ６１０ ａｒｒａｙ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製）を用いて、前記ＧＷＡＳステージにおいて最も関連したＳＮＰ ３３７個（Ｐ≦０．０００５３３）のジェノタイピングを行った。Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｇｏｌｄｅｎｇａｔｅ Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｓｓａｙは、症例サンプルおよび対照サンプルのＳＮＰ ３３５個のジェノタイピングに使用し、前記ＴａｑＭａｎ Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｓｓａｙは、症例サンプルおよび対照サンプルのＳＮＰ ２個のジェノタイピングに使用した。

そして、これらの症例サンプル、対照サンプルおよびＳＮＰについて、品質管理を行った。症例サンプルおよび対照サンプルの品質管理では、コール率９０%未満を除外した。他方、ＳＮＰについては、症例サンプルまたは対照サンプルにおけるコール率９５％未満、対照サンプルにおけるハーディ ワインベルグ平衡の偏差のＰ値（Ｐ_ＨＷＥ）０．００１未満のＳＮＰを除外した。この品質管理によって得た、症例３１８サンプルおよび対照１，５９０サンプルのＳＮＰ ２４個のジェノタイプデータを用いた以外は、前記ＧＷＡＳステージと同様にして、統計解析を行った。品質管理されたＳＮＰの全ジェノタイプコール率の中央値は、９９．７％であった。

５．メタ解析
前記ＧＷＡＳ、再現解析１および２で用いた全サンプルについて、コクラン マンテル ヘンツェル（Ｃｏｃｈｒａｎ−Ｍａｎｔｅｌ−Ｈａｅｎｚｅｌ）検定により、前述の統計解析と同様にして、メタ解析を行った。

６．連鎖不平衡（ＬＤ）評価
Ｈａｐｌｏｖｉｅｗ ４．１を用いて、前記メタ解析においてパーキンソン病との関連を示した遺伝子座を含む領域におけるＬＤ構造を推測した。ＬＤパターンは、ガブリエルらの方法を用いて、マイナーアレル頻度＞５％、ジェノタイピング率＞９５％およびＰ_ＨＷＥ＞０．００１のアジア系（ＣＨＢおよびＪＰＴ）ＨａｐＭａｐデータから作成した。

図１（Ａ）および（Ｂ）に、ＧＷＡＳにおける、コクラン アーミテージ検定の検定量のＱ−Ｑプロットを示す。図１（Ａ）は、品質管理後のＳＮＰ ４３５，４７０個の検定統計量のＱ−Ｑプロットを示し、図（Ｂ）は、パーキンソン病との強い関連を有する４つの遺伝子座（１ｑ３２、４ｐ１５、４ｑ２２および１２ｑ１２）を除去した後の検定統計量を示す。図１（Ａ）および（Ｂ）において、直線は、カイ二乗観測値および期待値との一致を示し、破線は、ｇｅｎｏｍｉｃ ｉｎｆｌａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ（λ＝１．０５５）を示し、網掛け領域は、各統計について、帰無仮説下、各分布の２．５ｔｈパーセンタイルおよび９７．５ｔｈパーセンタイルを算出することにより形成した９５％ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ ｂａｎｄ（９５％信頼区間）を示す。

図１（Ａ）および（Ｂ）に示すように、Ｑ−Ｑプロットは、帰無分布下、期待された検定統計量に、密接にマッチした（ｇｅｎｏｍｉｃ ｉｎｆｌａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒλ＝１．０５５）。これは、集団の階層による、ゲノムワイドな統計量全体としてのインフレーションが、極めて少ないことを示し、また、多数のＳＮＰが、帰無仮説下の期待値を超えるＰ値であることを表わしている。

下記表３に、パーキンソン病との関連を示したＳＮＰについて、前記ＧＷＡＳおよび前記再現解析の結果を示す。下記表３において、「ＧＷＡＳ＋Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ１」は、ＧＷＡＳと再現解析１とのメタ解析の結果を示し、「ＧＷＡＳ＋Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ １＋２」は、前記ＧＷＡＳと前記再現解析１と前記再現解析２とのメタ解析の結果を示す。下記表３において、Ｐ_{ｔｒｅｎｄ}は、コクラン アーミテージ検定によるＰ値を示し、Ｐ_ｃｍｈは、前記メタ解析における前記検定による合算Ｐ値を示し、ＭＡＦは、マイナーアレル頻度を示す。下記表３におけるヌクレオチドポジションは、ＮＣＢＩ ｂｕｉｌｄ ３６を参照した。

前記表３に示すように、２つの遺伝子座（１ｑ３２および４ｐ１５）において、パーキンソン病と強い関連性を示す１１個のＳＮＰ（ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０、ｒｓ１１２４０５７２、ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２、ｒｓ４５３８４７５）が確認された。中でも、前記表３の前記ＧＷＡＳと前記再現解析１と前記再現解析２とのメタ解析に示すように、１ｑ３２においては、ｒｓ９４７２１１が、Ｐ＝１．５２×１０^−１２、ＯＲ＝１．３０という最も強い関連性を示した。前記表３の前記ＧＷＡＳと前記再現解析１と前記再現解析２とのメタ解析に示すように、４ｐ１５においては、ｒｓ４５３８４７５が、Ｐ＝３．９４×１０^−９、ＯＲ＝１．２４という最も強い関連性を示した。また、前記表３の前記ＧＷＡＳと前記再現解析１と前記再現解析２とのメタ解析に示すように、両遺伝子座で最も有意なＳＮＰは、有意水準Ｐ＜５×１０^−８で、パーキンソン病との強い関連を示した。また、前記２つの各遺伝子座において、最も有意性の高い変異は、リスクアレル頻度が０．５０である１ｑ３２上のｒｓ９４７２１１、リスクアレル頻度が０．３８である４ｐ１５上のｒｓ４５３８４７５であった。そして、これらのＳＮＰの集団寄与危険度は、前記ｒｓ９４７２１１が１３％であり、前記ｒｓ４５３８４７５が８％と評価された。

つぎに、図２に、前記２つの遺伝子座（１ｑ３２および４ｐ１５）におけるＳＮＰの、染色体上の位置との関連の強さを示すプロット、および連鎖不平衡（ＬＤ）構造を示す。図２において、（Ａ）は１ｑ３２、（Ｂ）は４ｐ１５である。図２（Ａ）および（Ｂ）において、各上図の縦軸は、各ＳＮＰのＧＷＡＳステージにおける−ｌｏｇ_１０Ｐ（コクラン−アーミテージ傾向検定）であり、横軸は、各染色体上の位置（Ｍｂ、ＮＣＢＩ ｂｕｉｌｄ ３６参照）である。また、白三角（△）は、前記再現解析に選択したＳＮＰを示し、白丸（○）は、前記再現解析に選択しなかったＳＮＰを示し、菱型（◇）は、前記メタ解析における、前記再現解析に選択したＳＮＰの−ｌｏｇ_１０合算Ｐ（コクラン−マンテル−ヘンツェル検定）を示し、図中に示すＳＮＰ名は、前記メタ解析において最も有意な関連を持つＳＮＰのリファレンス番号である。

図２（Ａ）に示すように、１ｑ３２上の７つのＳＮＰ（ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２）は、前記組み合わせ解析において、Ｐ＜５×１０^−７の有意水準でパーキンソン病との関連を示した。この中でも、ｒｓ９４７２１１は、特にパーキンソン病との強い関連を示した（Ｐ＝１．５２×１０^−１２、ＯＲ＝１．３０）。パーキンソン病との関連が最も強いＳＮＰ（ｒｓ９４７２１１）は、ＲＡＢ７Ｌ１の８．５ｋｂ上流であり、ＳＬＣ４１Ａ１の５．６ｋｂ下流に位置することがわかった。また、連鎖不平衡（ＬＤ）解析により、前記有意水準でパーキンソン病と関連する前述のＳＮＰは、それぞれ、ＳＬＣ４５Ａ３、ＮＵＣＫＳ１、ＲＡＢ７Ｌ１、ＳＬＣ４１Ａ１およびＰＭ２０Ｄ１（ＦＬＪ３２５６９ともいう）の５つの遺伝子を含むいくつかのＬＤブロック内に位置した。また、３つの遺伝子（ＮＵＣＫＳ１、ＲＡＢ７Ｌ１およびＳＬＣ４１Ａ１）は、ｒｓ９４７２１１と同じＬＤブロック内に含まれることがわかった。ｒｓ９４７２１１は、他の６つのＳＮＰと弱い関連性を示し（ｒ^２＝０．０７〜０．２５）、ｒｓ９４７２１１と他の６つのＳＮＰとを、全体データの条件解析において組み合わせた場合、残存関連シグナルが確認された。これは、この遺伝子座が、多数の独立したシグナルを有することを示唆している。これらのＳＮＰ（ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２）を含む領域を、「ＰＡＲＫ１６」と命名した。

図２（Ｂ）に示すように、４ｐ１５上の４つのＳＮＰ（ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５）は、前記組み合わせ解析において、Ｐ＜５×１０^−７の有意水準でパーキンソン病との関連を示した。これらのＳＮＰは、いずれもＰＤとの強い関連性を示した（Ｐ＝３．９４×１０^−９〜１．７８×１０^−８、ＯＲ＝１．２４）。この中でも、ｒｓ４５３８４７５は、特にＰＤとの強い関連を示した（Ｐ＝３．９４×１０^−９、ＯＲ＝１．２４）。これらの４つのＳＮＰは、ＢＳＴ１のイントロン８から４．１ｋｂ下流に位置することがわかった。また、ＬＤ解析により、前記有意水準でパーキンソン病と関連する前述のＳＮＰは、それぞれ、ｒ^２＞０．７８で相関し、遺伝子ＢＳＴ１を含む１５ｋｂのＬＤブロック内に含まれることがわかった。

前記ＰＡＲＫ１６およびＢＳＴ１のＳＮＰとパーキンソン病との関連について、ヨーロッパ系統のＧＷＡＳのデータを参照した。その結果、前記ＰＡＲＫ１６のＳＮＰのパーキンソン病との関連は、アジア系統およびヨーロッパ系統の集団において共通した。この結果から、前記ＰＡＲＫ１６のＳＮＰは、アジア系統およびヨーロッパ系統の集団に共通するパーキンソン病感受性遺伝子座であることが示唆された。また、前記ＢＳＴ１は、アジア系統のみで検出されることがわかった。この結果から、前記ＢＳＴ１は、パーキンソン病のリスクの程度について集団遺伝的不均一性を示すことが示唆された。

本発明によれば、パーキンソン病の疾患感受性遺伝子であるＰＡＲＫ１６およびＢＳＴ１は、パーキンソン病の発症と強い関連性を示すことから、前記疾患感受性遺伝子における各種ＳＮＰをタイピングすることによって、優れた信頼性で、パーキンソン病の発症リスクを判定することが可能である。また、これらの疾患感受性遺伝子および疾患感受性ＳＮＰの同定により、パーキンソン病の治療に有効な新たな候補物質のスクリーニングも可能となる。

Claims (24)

1. ヒト染色体１ｑ３２において下記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む８塩基以上の連続する塩基配列からなるポリヌクレオチドもしくはその相補配列からなるポリヌクレオチド、または、ヒト染色体４ｐ１５において下記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む８塩基以上の連続する塩基配列からなるポリヌクレオチドもしくはその相補鎖からなるポリヌクレオチドであることを特徴とする、パーキンソン病の発症リスクマーカー。
   （Ａ１）ヒト染色体１ｑ３２において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
   （Ａ２）ヒト染色体１ｑ３２において、前記（Ａ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
   （Ｂ１）ヒト染色体４ｐ１５において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
   （Ｂ２）ヒト染色体４ｐ１５において、前記（Ｂ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
2. 前記ＳＮＰが、パーキンソン病の発症リスクを示すリスクアレルであり、
   前記（Ａ１）のＳＮＰのリスクアレルが、メジャーアレルであり、
   前記（Ａ２）のＳＮＰのリスクアレルが、前記（Ａ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルであり、
   前記（Ｂ１）のＳＮＰのリスクアレルが、マイナーアレルであり、
   前記（Ｂ２）のＳＮＰのリスクアレルが、前記（Ｂ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルである、請求項１記載の発症リスクマーカー。
3. 前記ｒｓ１６８５６１３９で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＣ、
   前記ｒｓ８２３１２８で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＡ、
   前記ｒｓ８２３１２２で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＴ、
   前記ｒｓ９４７２１１で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＧ、
   前記ｒｓ８２３１５６で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＡ、
   前記ｒｓ７０８７３０で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＡ、
   前記ｒｓ１１２４０５７２で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＣ、
   前記ｒｓ１１９３１５３２で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＴ、
   前記ｒｓ１２６４５６９３で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＧ、
   前記ｒｓ４６９８４１２で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＡ、および
   前記ｒｓ４５３８４７５で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＡである、請求項２に記載の発症リスクマーカー。
4. 前記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む前記ポリヌクレオチドが、ヒト染色体１ｑ３２の５７，１１５，６２３位〜５７，３０７，８８７位の塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは前記塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチドである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の発症リスクマーカー。
5. 前記ポリヌクレオチドが、ＳＬＣ４５Ａ３遺伝子、ＮＵＣＫＳ１遺伝子、ＲＡＢ７Ｌ１遺伝子、ＳＬＣ４１Ａ１遺伝子およびＰＭ２０Ｄ１遺伝子の少なくともいずれか遺伝子の塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは前記塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチドである、請求項４記載の発症リスクマーカー。
6. 前記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む前記ポリヌクレオチドが、ヒト染色体１ｑ３２の５７，１７０，５８９位〜５７，２７０，８０３位の塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは前記塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチドである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の発症リスクマーカー。
7. 前記ポリヌクレオチドが、ＮＵＣＫＳ１遺伝子、ＲＡＢ７Ｌ１遺伝子およびＳＬＣ４１Ａ１遺伝子の少なくともいずれかの遺伝子の塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは前記塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチドである、請求項６記載の発症リスクマーカー。
8. 前記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含む前記ポリヌクレオチドが、ヒト染色体４ｐ１５の６，８８６，３７０位〜６，９２６，６４５位の塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは前記塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチドである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の発症リスクマーカー。
9. 前記ポリヌクレオチドが、ＢＳＴ１遺伝子の塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは前記塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチドである、請求項８記載の発症リスクマーカー。
10. 被検体の核酸試料について、ヒト染色体１ｑ３２における下記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰ、または、ヒト染色体４ｐ１５における下記（Ｂ１）および（Ｂ２）の少なくとも一つのＳＮＰをタイピングして、被検体のパーキンソン病に対する発症リスクを判定することを特徴とする判定方法。
    （Ａ１）ヒト染色体１ｑ３２において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
    （Ａ２）ヒト染色体１ｑ３２において、前記（Ａ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
    （Ｂ１）ヒト染色体４ｐ１５において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
    （Ｂ２）ヒト染色体４ｐ１５において、前記（Ｂ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
11. 前記ＳＮＰが、パーキンソン病の発症リスクを示すリスクアレルの場合に、前記ＳＮＰが前記リスクアレル以外のアレルの場合と比較して、前記パーキンソン病の発症リスクが高いまたは前記パーキンソン病に罹患している可能性が高いと判定し、
    前記（Ａ１）のＳＮＰのリスクアレルが、メジャーアレルであり、
    前記（Ａ２）のＳＮＰのリスクアレルが、前記（Ａ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルであり、
    前記（Ｂ１）のＳＮＰのリスクアレルが、マイナーアレルであり、
    前記（Ｂ２）のＳＮＰのリスクアレルが、前記（Ｂ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルである、請求項１０記載の判定方法。
12. 前記タイピング工程において、タイピング用ポリヌクレオチドを使用し、
    前記タイピング用ポリヌクレオチドが、請求項１から９のいずれか一項に記載の発症リスクマーカーに対して、ハイブリダイズ可能なポリヌクレオチドである、請求項１０または１１記載の判定方法。
13. 前記タイピング用ポリヌクレオチドが、プローブまたはプライマーである、請求項１２に記載の判定方法。
14. 前記タイピング用ポリヌクレオチドの塩基長が、８塩基長以上である、請求項１２または１３に記載の判定方法。
15. 前記パーキンソン病が、孤発性パーキンソン病である、請求項１０から１４のいずれか一項に記載の判定方法。
16. 請求項１から９のいずれか一項に記載のパーキンソン病の発症リスクマーカーに対してハイブリダイズ可能なタイピング用ポリヌクレオチドを含むことを特徴とする、パーキンソン病の発症リスクを判定するための判定試薬。
17. 前記タイピング用ポリヌクレオチドが、固相に固定化されている、請求項１６に記載の判定試薬。
18. 前記固相が、マイクロアレイである、請求項１７に記載の判定試薬。
19. 請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の判定試薬を含むことを特徴とする、パーキンソン病の発症リスクを判定するための判定キット。
20. パーキンソン病に対する医薬候補物質のスクリーニング方法であって、
    請求項２から９のいずれか一項に記載のパーキンソン病の発症リスクマーカーを発現可能な細胞と、候補物質とを接触させる工程と、
    前記細胞における前記発症リスクマーカーの発現を検出する工程とを含み、
    前記発現を変化させた候補物質を、医薬候補物質として選択することを特徴とするスクリーニング方法。
21. ヒト染色体１ｑ３２において下記（Ａ１）および（Ａ２）の少なくとも一つのＳＮＰを含むポリヌクレオチドでコードされる、ＳＬＣ４５Ａ３タンパク質、ＮＵＣＫＳ１タンパク質、ＲＡＢ７Ｌ１タンパク質、ＳＬＣ４１Ａ１タンパク質およびＰＭ２０Ｄ１タンパク質の少なくとも一つのタンパク質、または、
    ヒト染色体４ｐ１５において下記（Ｂ１）および（Ｂ１）の少なくとも一つのＳＮＰを含むポリヌクレオチドでコードされる、ＢＳＴ１タンパク質であることを特徴とする、パーキンソン病の発症リスクマーカー。
    （Ａ１）ヒト染色体１ｑ３２において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１６８５６１３９、ｒｓ８２３１２８、ｒｓ８２３１２２、ｒｓ９４７２１１、ｒｓ８２３１５６、ｒｓ７０８７３０およびｒｓ１１２４０５７２の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
    （Ａ２）ヒト染色体１ｑ３２において、前記（Ａ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
    （Ｂ１）ヒト染色体４ｐ１５において、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号ｒｓ１１９３１５３２、ｒｓ１２６４５６９３、ｒｓ４６９８４１２およびｒｓ４５３８４７５の少なくとも一つで特定されるＳＮＰ
    （Ｂ２）ヒト染色体４ｐ１５において、前記（Ｂ１）のいずれかのＳＮＰと連鎖不平衡にあるＳＮＰ
22. 前記ＳＮＰが、パーキンソン病の発症リスクを示すリスクアレルであり、
    前記（Ａ１）のＳＮＰのリスクアレルが、メジャーアレルであり、
    前記（Ａ２）のＳＮＰのリスクアレルが、前記（Ａ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルであり、
    前記（Ｂ１）のＳＮＰのリスクアレルが、マイナーアレルであり、
    前記（Ｂ２）のＳＮＰのリスクアレルが、前記（Ｂ１）のリスクアレルと同一ハプロタイプに存在するアレルである、請求項２１記載の発症リスクマーカー。
23. 前記ｒｓ１６８５６１３９で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＣ、
    前記ｒｓ８２３１２８で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＡ、
    前記ｒｓ８２３１２２で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＴ、
    前記ｒｓ９４７２１１で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＧ、
    前記ｒｓ８２３１５６で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＡ、
    前記ｒｓ７０８７３０で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＡ、
    前記ｒｓ１１２４０５７２で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＣ、
    前記ｒｓ１１９３１５３２で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＴ、
    前記ｒｓ１２６４５６９３で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＧ、
    前記ｒｓ４６９８４１２で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＡ、および
    前記ｒｓ４５３８４７５で特定されるＳＮＰのリスクアレルがＡである、請求項２２に記載の発症リスクマーカー。
24. パーキンソン病に対する医薬候補物質のスクリーニング方法であって、
    請求項２２または２３に記載のパーキンソン病の発症リスクマーカーと候補物質とを接触させる工程と、
    前記発症リスクマーカーと前記候補物質との結合の有無を検出する工程とを含み、
    前記発症リスクマーカーと結合した前記候補物質を、医薬候補物質として選択することを特徴とするスクリーニング方法。