JP2013529472A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JP2013529472A5 JP2013529472A5 JP2013516983A JP2013516983A JP2013529472A5 JP 2013529472 A5 JP2013529472 A5 JP 2013529472A5 JP 2013516983 A JP2013516983 A JP 2013516983A JP 2013516983 A JP2013516983 A JP 2013516983A JP 2013529472 A5 JP2013529472 A5 JP 2013529472A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- primer
- hla
- pcr
- pairs
- seq
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Claims (21)
- サンプル中の標的核酸のヌクレオチド配列を測定する方法であって、
1)n個のサンプルを提供し、nは1以上の整数であり、前記サンプルは、好ましくは、哺乳類動物に由来し、更に好ましくは、ヒト、特にヒトの血液サンプルに由来する、解析すべきn個のサンプルをm個のグループに分けるのが好ましく、mは整数であり且つn≧m≧1である、
2)増幅:各サンプルに対して、1対又は複数対のタグプライマーを用いて、当該サンプルに由来のテンプレートが存在している場合に、標的核酸を増幅するのに適する条件下でPCR増幅を行い、その内、各1対のタグプライマーは、プライマータグを含む正方向タグプライマーと逆方向タグプライマー(いずれも縮重プライマーであってもよい)から構成され、正方向タグプライマーと逆方向タグプライマーに含まれるプライマータグは同じであってもよいし、異なっていてもよく、異なるサンプルに用いられるタグプライマー対におけるプライマータグは互いに異なる、
3)混合:n>1の場合に、各サンプルのPCR増幅産物を一緒に混合する、
4)断片化:得られた増幅産物を不完全断片化し、精製回収する、
5)シークエンシング:回収されたDNA混合物に対して、シークエンシングを行い、断片化されたDNAの配列を得る、
6)組み立て:サンプルごとの独特なプライマータグを基にして、得られたシークエンシング結果をサンプルと一対一に対応付けさせ、対照プログラムを利用して、各シークエンシング配列をPCR産物の相応するDNAの参考配列に位置決めさせ、配列のオーバラップ及び連鎖関係に基づいて断片化されたDNAの配列から、完全な標的核酸を組み立てる、
ことを含む方法。 - 各1対のプライマータグとPCRプライマー対は1対のタグプライマーを組み合わせて構成し、正逆方向のPCRプライマーの5’末端に、正方向プライマータグと逆方向プライマータグをそれぞれに有する、又は、任意の接続配列により正方向プライマータグと逆方向プライマータグがそれぞれ接続されていることを特徴とする請求項1記載の方法。
- 前記PCRプライマーは、HLA遺伝子を増幅するためのPCRプライマー、特にHLA-A/B遺伝子を増幅するためのPCRプライマー、好ましくはHLA-A/Bの第2、3、4エキソン及びHLA-DRB1の第2エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記HLA-A/Bの第2、3、4エキソンを増幅するためのPCRプライマーは表1または表2に示すものであり、好ましくは前記HLA-DRB1の第2エキソンを増幅するためのPCRプライマーは表7に示すものであることを特徴とする請求項1又は2記載の方法。
- 前記PCRプライマーは、HLA遺伝子を増幅するためのPCRプライマー、特にHLA-C遺伝子を増幅するためのPCRプライマー、好ましくはHLA-Cの第2、第3及び/又は第4エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記PCRプライマーは表3又は4に示すものであることを特徴とする請求項1又は2記載の方法。
- 前記PCRプライマーはHLA遺伝子を増幅するためのPCRプライマー、特にHLA-DRB1遺伝子を増幅するためのPCRプライマー、好ましくはHLA-DQB1の第2及び/又は第3エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記PCRプライマーは表5に示すものであることを特徴とする請求項1又は2記載の方法。
- 前記プライマータグは、PCRプライマーに対して設計し、好ましくはHLAの特定の遺伝子を増幅するためのPCRプライマーに対して設計し、更に好ましくはHLA-A/Bの第2、3、4エキソン及びHLA-DRB1の第2エキソンを増幅するためのPCRプライマーに対して設計し、特に好ましくは表2又は表3又は表7に示されるようなPCRプライマーに対して設計し、前記プライマータグは、特に、表6に示される95対のプライマータグのうちの少なくとも10対、又は少なくとも20対、又は少なくとも30対、又は少なくとも40対、又は少なくとも50対、又は少なくとも60対、又は少なくとも70対、又は少なくとも80対、又は少なくとも90対、又は95対を含み(或いは、前記1組のプライマータグは表1に示される95対のプライマータグのうちの10〜95対(例えば、10〜95対、20〜95対、30〜95対、40〜95対、50〜95対、60〜95対、70〜95対、80〜95対、90〜95対、又は95対)からなる)、かつ、
前記1組のプライマータグは、少なくとも表6に示される95対のプライマータグのうちのPI-1〜PI-10、又は PI-11〜PI-20、又はPI-21〜PI-30、又はPI-31〜PI-40、又はPI-41〜PI-50、又はPI-51〜PI-60、又はPI-61〜PI-70、又はPI-71〜PI-80、又はPI-81〜PI-90、又はPI-91〜PI-95、或いはこれらのうちのいずれか2個又は複数個の組み合わせを含むことが好ましいことを特徴とする請求項1記載の方法。 - 請求項1に記載の1)〜4)のことを含み、
5)ライブラリー構築:断片化されたPCR産物のライブラリーでPCR-Freeシークエンシングライブラリーを構築し、異なるPCR-Freeシークエンシングライブラリーと区別するように、ライブラリーに異なるライブラリーアダプターを付け、用いられたシークエンサーの最大読み取り長から、用いられたシークエンサーに適用されるDNAの最大長範囲までのあらゆるDNAバンド、好ましくは450〜750bpの長さ範囲のDNA断片を精製回収する、
6)シークエンシング:回収されたDNA混合物に対してシークエンシングを行い、断片化されたDNAの配列を得る、
7)組み立て:各ライブラリーの異なるライブラリーアダプター配列とサンプルごとの独特なプライマータグを基にして、得られたシークエンシング結果をサンプルと一対一に対応付けさせ、対照プログラムを利用して、各シークエンシング配列をPCR産物の相応するDNAの参考配列に位置決めさせ、配列のオーバラップ及び連鎖関係に基づいて断片化されたDNAの配列から、完全な標的核酸を組み立てる、
ことを更に含む特徴とする請求項1記載の方法。 - 請求項1〜7のいずれか1項の方法を利用して患者からのサンプル(特に血液サンプル)に対してシークエンシングを行い、シークエンシング結果を、HLAデータベース(例えばIMGT HLA専門的データベース)におけるHLAのエキソン、好ましくはHLA-A/Bの第2、3、4エキソン、HLA-Cの第2、第3及び/又は第4エキソン、HLA-DQB1遺伝子の第2及び/又は第3エキソン遺伝子及び/又はHLA-DRB1の第2エキソンの配列のデータと対照を行い、配列の対照の結果が100%で合致しているものが、対応するサンプルのHLA遺伝子型であることを特徴とする請求項1〜7のいずれか1項に記載のサンプル中の標的核酸のヌクレオチド配列を測定する方法のHLAタイピングにおける用途。
- 1組のプライマータグであって、表6に示される95対のプライマータグのうちの少なくとも10対、又は少なくとも20対、又は少なくとも30対、又は少なくとも40対、又は少なくとも50対、又は少なくとも60対、又は少なくとも70対、又は少なくとも80対、又は少なくとも90対、又は95対を含み(或いは、前記1組のプライマータグは表1に示される95対のプライマータグのうちの10〜95対(例えば、10〜95対、20〜95対、30〜95対、40〜95対、50〜95対、60〜95対、70〜95対、80〜95対、90〜95対、又は95対)からなる)、かつ、
前記1組のプライマータグは、少なくとも表6に示される95対のプライマータグのうちのPI-1〜PI-10、又は PI-11〜PI-20、又はPI-21〜PI-30、又はPI-31〜PI-40、又はPI-41〜PI-50、又はPI-51〜PI-60、又はPI-61〜PI-70、又はPI-71〜PI-80、又はPI-81〜PI-90、又はPI-91〜PI-95、或いはこれらのうちのいずれか2個又は複数個の組み合わせを含むことが好ましい1組のプライマータグ。 - 請求項9に記載の1組のプライマータグをPCRシークエンシング法に使用する用途であって、特に、各1対のプライマータグとPCRプライマー対は1対のタグプライマーを組み合わせて構成し、正逆方向のPCRプライマーの5’末端に、正方向プライマータグと逆方向プライマータグをそれぞれに有する、又は、任意の接続配列により方向プライマータグと逆方向プライマータグがそれぞれ接続されている、用途。
- PCRプライマーは、HLAの特定の遺伝子を増幅するためのPCRプライマー、好ましくはHLA-A/Bの第2、3、4エキソン及びHLA-DRB1の第2エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記HLA-A/Bの第2、3、4エキソンを増幅するためのPCRプライマーは表1または表2に示すものであり、好ましくは前記HLA-DRB1の第2エキソンを増幅するためのPCRプライマーは表7に示すものであり、或いは好ましくはHLA-C遺伝子の第2、第3及び/又は第4エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記PCRプライマーは表3又は4に示すものであり、或いは好ましくはHLA-DQB1の第2及び/又は第3エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記PCRプライマーは表5に示すものであることを特徴とする請求項10に記載の用途。
- 請求項9に記載の1組のプライマータグと測定すべき標的配列を増幅するPCRプライマー対とから組み合わせてなる1組のタグプライマーであって、各1対のプライマータグとPCRプライマー対は1対のタグプライマーを組み合わせて構成し、正逆方向のPCRプライマーの5’末端に、正方向プライマータグと逆方向プライマータグをそれぞれに有する、又は、任意の接続配列により方向プライマータグと逆方向プライマータグがそれぞれ接続されている、タグプライマー。
- 前記PCRプライマーは、HLAの特定の遺伝子を増幅するためのPCRプライマー、好ましくはHLA-A/Bの第2、3、4エキソン及びHLA-DRB1の第2エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記HLA-A/Bの第2、3、4エキソンを増幅するためのPCRプライマーは表1または表2に示すものであり、好ましくは前記HLA-DRB1の第2エキソンを増幅するためのPCRプライマーは表7に示すものであり、或いは好ましくはHLA-C遺伝子の第2、第3及び/又は第4エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記PCRプライマーは表3又は4に示すものであり、或いは好ましくはHLA-DQB1の第2及び/又は第3エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記PCRプライマーは表5に示すものであることを特徴とする請求項12に記載のタグプライマー。
- 請求項1〜7のいずれか一項に記載のサンプル中の標的核酸のヌクレオチド配列を測定する方法を含むHLAタイピング方法であって、
前記ライブラリーアダプタータグ技術を結合して、断片化されたPCR産物のライブラリーでPCR-Freeシークエンシングライブラリーを構築することは、m種のライブラリーを用いて、2)で得られたm個のPCR産物のライブラリーにアダプターを付加し、各PCR産物のライブラリーごとに異なるライブラリーアダプターを使用することによって、m個のアダプタータグシークエンシングライブラリーを構築することであり、m個のアダプタータグシークエンシングライブラリーを等モルで混合して混合アダプタータグシークエンシングライブラリーを構築し、その中のライブラリーアダプターの接続方法とは、PCR工程を行うことなくDNA接続酵素で直接的に接続することを指していることを特徴とするHLAタイピング方法。 - HLA遺伝子タイピング用のPCRプライマーであって、前記PCRプライマーは、HLA-A/Bの第2、3、4エキソン及びHLA-DRB1の第2エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記HLA-A/Bの第2、3、4エキソンを増幅するためのPCRプライマーは表1または表2に示す如くであり、好ましくは前記HLA-DRB1の第2エキソンを増幅するためのPCRプライマーは表7に示すものであり、或いは、HLA-C遺伝子の第2、第3及び/又は第4エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記PCRプライマーは表3又は4に示すものであり、或いはHLA-DQB1の第2及び/又は第3エキソンを増幅するためのPCRプライマーであり、好ましくは前記PCRプライマーは表5に示すものであることを特徴とするHLA遺伝子タイピング用のPCRプライマー。
- HLA-A、B遺伝子タイピング用の1セットのPCRプライマーであって、前記PCRプライマーは表1又は表2に示すものであり、好ましくは前記タイピングは、第2世代シークエンシング法とサンガー法を含めるシークエンシング法により行われる1セットのPCRプライマー。
- 請求項16に記載のPCRプライマーがHLA遺伝子タイピングに用いる用途であり、請求項16に記載のPCRプライマーを使用して請求項1に記載の方法により得られた結果に基づいて組立と対照解析を行い、シークエンシング結果をデータベースにおける標準配列と比較し、HLA遺伝子タイピング結果を得ることを特徴する用途。
- サンプル中のHLA-C遺伝子の第2、3及び/又は4エキソンにシークエンシングを行う方法であって、
1)サンプルを1つ提供して当該サンプルのDNAを抽出する、
2)SEQ ID NO:25及びSEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27及びSEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29及びSEQ ID NO:30、若しくはSEQ ID NO:31及びSEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33及びSEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35及びSEQ ID NO:36からなる群より選ばれるプライマー対を用いて前記DNAを増幅してPCR産物を取得し、好ましくはPCR産物を精製する、
3)前記PCR産物に対してシークエンシングを行う、
ことを含む方法。 - HLA-C遺伝子タイピング方法であって、
1)SEQ ID NO:25及びSEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27及びSEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29及びSEQ ID NO:30、若しくはSEQ ID NO:31及びSEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33及びSEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35及びSEQ ID NO:36からなる群より選ばれるプライマー対を用いてPCR増幅を行い、決定すべきサンプルのHLA-C遺伝子の第2、3及び/又は4エキソンを増幅する、
2)増幅されたエキソンに対してシークエンシングを行い、シークエンシング結果をデータベースにおける基準サンプルと比較して遺伝子タイピング結果を特定する、
ことを含むHLA-C遺伝子タイピング方法。 - サンプル中のHLA-DQB1の第2及び/又は第3エキソンにシークエンシングを行う方法であって、
1)サンプルを1つ提供して当該サンプルのDNAを抽出する、
2)SEQ ID NO:37及びSEQ ID NO:38、及び/又はSEQ ID NO:39及びSEQ ID NO:40のプライマー対を使用して前記DNAを増幅してPCR産物を取得し、好ましくはPCR産物を精製する、
3)前記PCR産物に対してシークエンシングを行う、
ことを含む方法。 - HLA-DQB1遺伝子タイピング方法であって、
1)SEQ ID NO:37及びSEQ ID NO:38、及び/又はSEQ ID NO:39及びSEQ ID NO:40のプライマー対を用いてPCR増幅を行い、決定すべきサンプルのHLA-C遺伝子の第2及び/又は第3エキソンを増幅する、
2)増幅されたエキソンに対してシークエンシングを行い、シークエンシング結果をデータベースにおける基準サンプルと比較して遺伝子タイピング結果を特定する、
ことを含むHLA-DQB1遺伝子タイピング方法。
Applications Claiming Priority (11)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201010213717.6 | 2010-06-30 | ||
CN201010213717.6A CN101921840B (zh) | 2010-06-30 | 2010-06-30 | 一种基于dna分子标签技术和dna不完全打断策略的pcr测序方法 |
CN201010213721.2 | 2010-06-30 | ||
CN201010213719.5 | 2010-06-30 | ||
CN 201010213721 CN101921842B (zh) | 2010-06-30 | 2010-06-30 | Hla-a,b基因分型用pcr引物及其使用方法 |
CN201010213719.5A CN101921841B (zh) | 2010-06-30 | 2010-06-30 | 基于Illumina GA测序技术的HLA基因高分辨率分型方法 |
PCT/CN2010/002150 WO2012083506A1 (zh) | 2010-12-24 | 2010-12-24 | Hla-dqb1基因分型的方法及其相关引物 |
PCT/CN2010/002149 WO2012083505A1 (zh) | 2010-12-24 | 2010-12-24 | Hla-c基因分型的方法及其相关引物 |
CNPCT/CN2010/002150 | 2010-12-24 | ||
CNPCT/CN2010/002149 | 2010-12-24 | ||
PCT/CN2011/076688 WO2012000445A1 (zh) | 2010-06-30 | 2011-06-30 | 新的的pcr测序方法及其在hla基因分型中的应用 |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2013529472A JP2013529472A (ja) | 2013-07-22 |
JP2013529472A5 true JP2013529472A5 (ja) | 2014-08-14 |
JP5968879B2 JP5968879B2 (ja) | 2016-08-10 |
Family
ID=45401405
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013516983A Active JP5968879B2 (ja) | 2010-06-30 | 2011-06-30 | Dna分子タグ技術及びdna不完全断片化技術に基づいたpcrシークエンシング法及びそれを用いたhla遺伝子タイピング法 |
Country Status (12)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US9957564B2 (ja) |
EP (1) | EP2599877B1 (ja) |
JP (1) | JP5968879B2 (ja) |
KR (1) | KR101709826B1 (ja) |
AU (1) | AU2011274090B2 (ja) |
BR (1) | BR112012032586B1 (ja) |
CA (1) | CA2803940C (ja) |
DK (1) | DK2599877T3 (ja) |
MY (1) | MY173793A (ja) |
RU (1) | RU2587606C2 (ja) |
SG (1) | SG186876A1 (ja) |
WO (1) | WO2012000445A1 (ja) |
Families Citing this family (30)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP3597772A1 (en) * | 2013-04-17 | 2020-01-22 | Agency For Science, Technology And Research | Method for generating extended sequence reads |
JP6308724B2 (ja) * | 2013-05-09 | 2018-04-11 | ジェノダイブファーマ株式会社 | Hla遺伝子のマルチプレックスdnaタイピング方法及びキット |
JP2016528913A (ja) * | 2013-08-26 | 2016-09-23 | ザ・トランスレーショナル・ジェノミクス・リサーチ・インスティチュート | 病原体試料におけるマイナー変異体突然変異検出のための単一分子重複読み取り分析 |
GB201409282D0 (en) | 2014-05-23 | 2014-07-09 | Univ Sydney Tech | Sequencing process |
CN106661636A (zh) * | 2014-09-05 | 2017-05-10 | 凯杰有限公司 | 衔接子连接的扩增子的制备 |
CN105400864B (zh) * | 2014-09-12 | 2020-04-14 | 深圳华大基因股份有限公司 | 用于基于血液样品构建测序文库的方法及其在确定胎儿遗传异常中的用途 |
ES2726149T3 (es) * | 2014-09-12 | 2019-10-02 | Mgi Tech Co Ltd | Oligonucleótido aislado y su uso en la secuenciación de ácidos nucleicos |
US10233490B2 (en) | 2014-11-21 | 2019-03-19 | Metabiotech Corporation | Methods for assembling and reading nucleic acid sequences from mixed populations |
US10429342B2 (en) | 2014-12-18 | 2019-10-01 | Edico Genome Corporation | Chemically-sensitive field effect transistor |
US10006910B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-06-26 | Agilome, Inc. | Chemically-sensitive field effect transistors, systems, and methods for manufacturing and using the same |
US9859394B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-01-02 | Agilome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
US9618474B2 (en) | 2014-12-18 | 2017-04-11 | Edico Genome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
US9857328B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-01-02 | Agilome, Inc. | Chemically-sensitive field effect transistors, systems and methods for manufacturing and using the same |
US10020300B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-07-10 | Agilome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
CN107002153B (zh) * | 2015-02-04 | 2020-10-27 | 深圳华大生命科学研究院 | 一种构建长片段测序文库的方法 |
KR101651817B1 (ko) | 2015-10-28 | 2016-08-29 | 대한민국 | Ngs 라이브러리 제작용 프라이머 세트 및 이를 이용한 ngs 라이브러리 제작방법 및 키트 |
US20190048413A1 (en) * | 2016-02-23 | 2019-02-14 | Novozymes A/S | Improved next-generation sequencing |
EP3459115A4 (en) | 2016-05-16 | 2020-04-08 | Agilome, Inc. | GRAPHEN-FET DEVICES, SYSTEMS AND METHODS FOR USE THEREOF FOR SEQUENCING NUCLEIC ACIDS |
JP6941680B2 (ja) | 2016-10-24 | 2021-09-29 | ジェネインフォセック、インコーポレイテッド | 核酸内に存在する情報の秘匿化 |
EP3541826B1 (en) | 2016-11-15 | 2023-09-27 | Quest Diagnostics Investments LLC | Methods for detecting dna mutations using mitra tip extraction |
WO2018093723A1 (en) * | 2016-11-15 | 2018-05-24 | Quest Diagnostics Investments Llc | Methods for detecting cystic fibrosis mutations using mitra tip extraction |
EP3626835A1 (en) | 2018-09-18 | 2020-03-25 | Sistemas Genómicos, S.L. | Method for genotypically identifying both alleles of at least one locus of a subject's hla gene |
RU2703394C1 (ru) * | 2018-10-24 | 2019-10-16 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" | Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней |
RU2703401C1 (ru) * | 2018-10-24 | 2019-10-16 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" | Тест-система для выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней |
FR3100820A1 (fr) | 2019-09-12 | 2021-03-19 | Bionobis | Procédé de génotypage adapté au traitement d’un grand nombre d’échantillons, notamment en cas de polymorphisme élevé |
FR3106596B1 (fr) | 2020-01-27 | 2022-12-02 | Bionobis | Procede de genotypage hla simple et rapide |
CN111235266B (zh) * | 2020-03-10 | 2023-12-01 | 广州医科大学附属第二医院 | Hla亚型检测试剂盒及其应用 |
FR3110178B1 (fr) | 2020-05-18 | 2022-05-27 | Bionobis | Procédé de génotypage adapté au traitement simultané d’un grand nombre de patients |
CN112553313A (zh) * | 2020-12-30 | 2021-03-26 | 武汉康圣达医学检验所有限公司 | 用于Sanger法的测序反应产物的变性方法 |
KR102507110B1 (ko) * | 2022-02-15 | 2023-03-07 | 주식회사 네오젠티씨 | 주조직 적합성 복합체의 타입들을 분석하기 위한 방법 및 장치 |
Family Cites Families (19)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0656065A1 (en) * | 1991-10-31 | 1995-06-07 | University Of Pittsburgh | Reverse dot blot hybridization using tandem head-to-tail monomers containing probes synthesized by staggered complementary primers |
US5580730A (en) * | 1994-08-19 | 1996-12-03 | Olympus America, Inc. | Enzyme digestion method for the detection of amplified DNA |
EP0986650A4 (en) | 1997-02-11 | 2004-07-07 | William H Hildebrand | CLASS-I BASED TYPING OF HLA-A, -B, -C ALLELS BY DIRECT DNA SEQUENCING |
EP0953650A1 (en) * | 1998-04-20 | 1999-11-03 | Innogenetics N.V. | Method for typing of HLA alleles |
AU2004254552B2 (en) | 2003-01-29 | 2008-04-24 | 454 Life Sciences Corporation | Methods of amplifying and sequencing nucleic acids |
US7300755B1 (en) * | 2003-05-12 | 2007-11-27 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Methods for haplotyping genomic DNA |
US20070111213A1 (en) * | 2003-10-28 | 2007-05-17 | Lu Wang | Primers, methods and kits for amplifying or detecting human leukocyte antigen alleles |
DE602006019855D1 (de) * | 2005-05-10 | 2011-03-10 | Oregon State | Verfahren zur kartierung von polymorphismen und polymorphismus-mikroarrays |
WO2007044091A2 (en) * | 2005-06-02 | 2007-04-19 | Fluidigm Corporation | Analysis using microfluidic partitioning devices |
WO2007037678A2 (en) * | 2005-09-29 | 2007-04-05 | Keygene N.V. | High throughput screening of mutagenized populations |
JP5166276B2 (ja) | 2005-11-14 | 2013-03-21 | ケイヘーネ・エヌ・ブイ | トランスポゾンタギング集団のハイスループットスクリーニングおよび挿入部位の大規模並行配列特定のための方法 |
EP2789696B1 (en) * | 2005-12-22 | 2015-12-16 | Keygene N.V. | Method for high-throughput AFLP-based polymorphism detection |
EP2035578A4 (en) | 2006-06-09 | 2010-01-27 | Conexio 4 Pty Ltd | IDENTIFICATION OF A NUCLEIC ACID MOLECULE |
US20100086914A1 (en) * | 2008-10-03 | 2010-04-08 | Roche Molecular Systems, Inc. | High resolution, high throughput hla genotyping by clonal sequencing |
WO2009049889A1 (en) * | 2007-10-16 | 2009-04-23 | Roche Diagnostics Gmbh | High resolution, high throughput hla genotyping by clonal sequencing |
RU2393231C1 (ru) * | 2008-12-29 | 2010-06-27 | Федеральное государственное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ("РосНИПЧИ "Микроб") | Способ определения генетического родства штаммов холерных вибрионов методом секвенирования генов, фланкирующих кластер генов биосинтеза о-антигена |
CN101921841B (zh) | 2010-06-30 | 2014-03-12 | 深圳华大基因科技有限公司 | 基于Illumina GA测序技术的HLA基因高分辨率分型方法 |
CN101921842B (zh) * | 2010-06-30 | 2013-08-07 | 深圳华大基因科技有限公司 | Hla-a,b基因分型用pcr引物及其使用方法 |
CN101921840B (zh) | 2010-06-30 | 2014-06-25 | 深圳华大基因科技有限公司 | 一种基于dna分子标签技术和dna不完全打断策略的pcr测序方法 |
-
2011
- 2011-06-30 US US13/807,660 patent/US9957564B2/en active Active
- 2011-06-30 BR BR112012032586-8A patent/BR112012032586B1/pt active IP Right Grant
- 2011-06-30 RU RU2013103795/10A patent/RU2587606C2/ru active IP Right Revival
- 2011-06-30 SG SG2012096616A patent/SG186876A1/en unknown
- 2011-06-30 EP EP11800190.8A patent/EP2599877B1/en active Active
- 2011-06-30 WO PCT/CN2011/076688 patent/WO2012000445A1/zh active Application Filing
- 2011-06-30 DK DK11800190.8T patent/DK2599877T3/da active
- 2011-06-30 AU AU2011274090A patent/AU2011274090B2/en active Active
- 2011-06-30 CA CA2803940A patent/CA2803940C/en active Active
- 2011-06-30 KR KR1020137002332A patent/KR101709826B1/ko active IP Right Grant
- 2011-06-30 MY MYPI2012005591A patent/MY173793A/en unknown
- 2011-06-30 JP JP2013516983A patent/JP5968879B2/ja active Active
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2013529472A5 (ja) | ||
Grover et al. | Development and use of molecular markers: past and present | |
He et al. | Genotyping-by-sequencing (GBS), an ultimate marker-assisted selection (MAS) tool to accelerate plant breeding | |
Singh et al. | CAAT box-derived polymorphism (CBDP): a novel promoter-targeted molecular marker for plants | |
RU2013103795A (ru) | Новый способ пцр-секвенирования и его применение в генотипировании hla | |
JP2018516569A (ja) | 次世代ゲノムウォーキングのための方法ならびに関連する組成物およびキット | |
Chen et al. | Detection and genotyping of restriction fragment associated polymorphisms in polyploid crops with a pseudo-reference sequence: a case study in allotetraploid Brassica napus | |
Saeed et al. | Microsatellites in pursuit of microbial genome evolution | |
Roy et al. | Marker utility of transposable elements for plant genetics, breeding, and ecology: a review | |
WO2017028753A1 (zh) | 多重pcr引物及其应用 | |
JP2018524014A5 (ja) | ||
JP2013529471A5 (ja) | ||
Holliday et al. | Genotyping and sequencing technologies in population genetics and genomics | |
Saski et al. | Genomic resources for water yam (Dioscorea alata L.): Analyses of EST-sequences, de novo sequencing and GBS libraries | |
JP7203276B2 (ja) | メチル化されたdnaの標的領域に基づいてシーケンシングライブラリーを構築する方法及びキット | |
US11078507B2 (en) | Probability-directed isolation of nucleotide sequences (PINS) | |
Shu et al. | SNPs discovery and CAPS marker conversion in soybean | |
Sahebi et al. | Suppression subtractive hybridization versus next-generation sequencing in plant genetic engineering: challenges and perspectives | |
Gorden et al. | Capture enrichment and massively parallel sequencing for human identification | |
Aralaguppe et al. | Multiplexed next-generation sequencing and de novo assembly to obtain near full-length HIV-1 genome from plasma virus | |
Wright et al. | SISPA-Seq for rapid whole genome surveys of bacterial isolates | |
Blattner | TOPO6: a nuclear single-copy gene for plant phylogenetic inference | |
WO2017139715A1 (en) | Systems and methods for the detection of infectious diseases | |
Martins et al. | Complete mitochondrial genomes of the Spondias tuberosa Arr. Cam and Spondias mombin L. reveal highly repetitive DNA sequences | |
CN109136217B (zh) | 一种测序文库构建的方法、建库试剂及其应用 |