RU2703394C1 - Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней - Google Patents

Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней Download PDF

Info

Publication number
RU2703394C1
RU2703394C1 RU2018137612A RU2018137612A RU2703394C1 RU 2703394 C1 RU2703394 C1 RU 2703394C1 RU 2018137612 A RU2018137612 A RU 2018137612A RU 2018137612 A RU2018137612 A RU 2018137612A RU 2703394 C1 RU2703394 C1 RU 2703394C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
virus
respiratory syndrome
control sample
bacteriophage
rna
Prior art date
Application number
RU2018137612A
Other languages
English (en)
Inventor
Василий Александрович Баннов
Олег Юрьевич Черных
Денис Владиславович Малышев
Александра Андреевна Котельникова
Иван Михайлович Дунин
Юрий Дмитриевич Дробин
Харон Адиевич Амерханов
Ирина Михайловна Донник
Василий Иванович Дорожкин
Александр Анатолиевич Лысенко
Кирилл Владимирович Племяшов
Роман Анатольевич Кривонос
Владимир Николаевич Шевкопляс
Алексей Александрович Бахарев
Андрей Георгиевич Кощаев
Сергей Николаевич Коломиец
Любовь Анатольевна Дайбова
Анна Сергеевна Кривоногова
Original Assignee
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина"
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" filed Critical Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина"
Priority to RU2018137612A priority Critical patent/RU2703394C1/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2703394C1 publication Critical patent/RU2703394C1/ru

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids

Abstract

Изобретение относится к области биотехнологии. Изобретение представляет собой способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней, включающий выделение РНК из биологического материала инфицированных свиней сорбционным методом, синтез кДНК на матрице РНК путем постановки одноэтапной мультиплексной реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с добавлением внутреннего контрольного образца на основе бактериофага MS2 и положительного контрольного образца, состоящего из внутреннего контрольного образца на основе бактериофага MS2, европейского и американского генотипов вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней, проведение 40 циклов амплификации с детекцией в реальном времени с использованием специфичных для участка генома вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней олигонуклеотидных праймеров, флуоресцентно-меченных зондов и контрольных образцов, измерение накопления флуоресцентного сигнала по каналам соответствующих флуоресцентных красителей и интерпретацию результатов на основании наличия или отсутствия пересечения кривой флуоресценции с пороговой линией, согласно изобретению для внутреннего контрольного образца используют суспензию бактериофага MS2 с концентрацией 5×103 копий нуклеотидных последовательностей на 1 мкл, а для положительного контрольного образца используют смесь, содержащую фрагменты нуклеиновых кислот европейского и американского генотипов вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней и фрагмент генома нативного бактериофага MS2, взятых в соотношении 1:1:1, при этом накопление флуоресцентного сигнала измеряют по каналам: FAM/Green для специфического сигнала европейского генотипа вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней; JOE/Yellow для специфического сигнала американского генотипа этого же вируса и Cy5/Red для сигнала внутреннего контроля, если кривые накопления флуоресцентного сигнала выходят до 35 цикла, то результат реакции считают положительным, а если кривые не пересекают пороговую линию или пересекают ее после 35 цикла, то результат реакции отрицательный. Изобретение позволяет обеспечить достоверную диагностику репродуктивно-респираторного синдрома свиней и выявление различных серотипов вируса. 3 ил., 4 табл.

Description

Изобретение относится к ветеринарной вирусологии, а именно к средствам диагностики вирусных и инфекционных заболеваний у животных, в частности к методам выявления РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней (РРСС).
Известно использование метода ПЦР для генотипирования в способе определения нуклеотидной последовательности представляющей интерес нуклеиновой кислоты в образце, включающем получение п образцов, амплификацию, где пару или множество пар индексированных праймеров используют для каждого образца, причем каждая пара индексированных праймеров состоит из прямого индексированного праймера и обратного индексированного праймера, представляющие собой вырожденные праймеры и/или где метод секвенирования второго поколения представляет собой парно-концевой метод (патент РФ 2587606, кл. C12Q 1/68, C12N 15/11, 2016 г.).
Известен способ диагностики вирусных заболеваний методом ПЦР, известный из документа WO/2012/053666, в котором для проведения ПЦР используют так называемые «вырожденные», или «дегенеративные» праймеры, которые фактически представляют собой смесь олигонуклеотидов различной структуры, в той или иной степени специфичных к вирусной ДНК различных генотипов.
Наиболее близким по технической сущности является техническое решение (КОЗЛОВА А.Д., автореферат «Разработка ПЦР-тест-систем для идентификации парвовируса и генотипирования вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней, Москва, 2014 г., стр. 10-13) включающее выделение РНК из биологического материала инфицированных свиней сорбционным методом, синтез кДНК на матрице РНК путем постановки одноэтапной мультиплексной реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с добавлением внутреннего контрольного образца на основе бактериофага MS2 и положительного контрольного образца, состоящего из внутреннего контрольного образца на основе бактериофага MS2, европейского и американского генотипов вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней, проведение 40 циклов амплификации с детекцией в реальном времени с использованием специфичных для участка генома вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней олигонуклеотидных праймеров, флуоресцентно-меченных зондов и контрольных образцов, измерение накопления флуоресцентного сигнала по каналам соответствующих флуоресцентных красителей и интерпретацию результатов на основании наличия или отсутствия пересечения кривой флуоресценции с пороговой линией.
Недостатком известного технического решения является отсутствие возможности получения достоверной диагностики репродуктивно-респираторного синдрома свиней и выявление различных серотипов вируса.
Техническим результатом является обеспечение достоверной диагностики репродуктивно-респираторного синдрома свиней и выявление различных серотипов вируса.
Технический результат достигается тем, что в способе выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней, включающем выделение РНК из биологического материала инфицированных свиней сорбционным методом, синтез кДНК на матрице РНК путем постановки одноэтапной мультиплексной реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с добавлением внутреннего контрольного образца на основе бактериофага MS2 и положительного контрольного образца, состоящего из внутреннего контрольного образца на основе бактериофага MS2, европейского и американского генотипов вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней, проведение 40 циклов амплификации с детекцией в реальном времени с использованием специфичных для участка генома вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней олигонуклеотидных праймеров, флуоресцентно-меченных зондов и контрольных образцов, измерение накопления флуоресцентного сигнала по каналам соответствующих флуоресцентных красителей и интерпретацию результатов на основании наличия или отсутствия пересечения кривой флуоресценции с пороговой линией, согласно изобретению для внутреннего контрольного образца используют суспензию бактериофага MS2 с концентрацией 5×103 копий нуклеотидных последовательностей на 1 мкл, а для положительного контрольного образца используют смесь содержащую фрагменты нуклеиновых кислот европейского и американского генотипов вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней и фрагмент генома нативного бактериофага MS2 взятых в соотношении 1:1:1, со следующими нуклеотидными последовательностями:
EU-F: 5'-GCTGCYGAAGAYGAYATYCG-3' - прямой праймер
EU-R: 5'-AAGCRACGCAGTYCCYGC-3' - обратный праймер
EU-P: FAM-5'-CTGYTTGCAATCGATYCAGACDGC-3' - BHQ1
NA-F: 5'-GCTGGCRTTCTTSAGRCATCYC-3' - прямой праймер
NA-R: 5'-GRTCRCCCTAAMTGAATAGGTG-3' - обратный праймер
NA-P: НЕХ-5'-TGTGGTKAAYGGCACTGATTGACA-3' - BHQ1
MS2F: 5'-TGGCACTACCCCTCTCCGTATTCAC-3' - прямой праймер
MS2R: 5'-GTACGGGCGACCCCACGATGAC-3' - обратный праймер
MS2P: Су5-5'-CACATCGATAGATCAAGGTGCCTACAAGC-3' - BHQ2,
при этом накопление флуоресцентного сигнала измеряют по каналам: FAM/Green для специфического сигнала европейского генотипа вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней; JOE/Yellow для специфического сигнала американского генотипа этого же вируса и Cy5/Red для сигнала внутреннего контроля, если кривые накопления флуоресцентного сигнала выходят до 35 цикла, то результат реакции считают положительным, а если кривые не пересекают пороговую линию или пересекают ее после 35 цикла, то результат реакции - отрицательный.
Новизна заявляемого технического решения заключается в том, что для получения достоверной диагностики репродуктивно-респираторного синдрома свиней, инфекции, вызываемой вирусом PRRSV используют метод ПЦР с использованием вырожденных праймеров и зондов, что позволяет выявлять различные серотипы вируса. Также для получения достоверной диагностики вируса РРСС используют две последовательные реакции: обратной транскрипции вирусной РНК для получения кДНК и полимеразной цепной реакции для амплификации фрагмента полученной кДНК матрицы. Обе реакции проводятся последовательно в одной ПЦР-пробирке (one-tube) с применением разных видов контроля для которых используют различные формы материала бактериофага MS2: суспензия и фрагмент генома со специфическими к нему праймерами и зондом. Такая постановка ОТ-ПЦР в реальном времени сокращает и упрощает процедуру анализа, снижает риск контаминации и возможность ошибки при переносе кДНК в другую пробирку для ПЦР. Кроме того, детекция продуктов амплификации осуществляется с использованием принципа выщепления флуоресцентной метки на 5' конце олигонук-леотидного зонда.
Признаки, отличающие заявляемое техническое решение от прототипа, направлены на достижение технического результата и не выявлены при изучении данной и смежной областей науки и техники и, следовательно, соответствуют критерию «изобретательский уровень».
Заявляемый способ рекомендовано использовать в ветеринарной вирусологии, а именно к средствам выявления и генотипирования вируса РРСС, что соответствует критерию «промышленная применимость».
Сущность изобретения поясняется чертежом, где представлены скриншоты графиков: на фиг. 1 - представлен канал JOE/Yellow для специфического сигнала американского генотипа (тип 1) вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней; на фиг. 2 представлен канал Cy5/Red - для тестирования сигнала внутреннего контрольного образца (ВКО); на фиг. 3 - FAM/Green для специфического сигнала европейского генотипа (тип 2) этого же вируса.
Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней осуществляется следующим образом Предварительно выделяют РНК из биологического материала инфицированных свиней сорбционным методом. В качестве биологического материала по выбору могут быть использованы:
Figure 00000001
плазма крови, сыворотка крови;
Figure 00000002
мазки со слизистой глотки;
Figure 00000001
сперма;
Figure 00000001
плацента и плодовые оболочки от абортировавших животных;
Figure 00000001
фрагменты тканей и органов павших животных (миндалины, селезенка, легкие, печень и др.).
Далее осуществляют синтез кДНК на матрице РНК путем постановки одноэтапной мультиплексной реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с добавлением внутреннего контрольного образца на основе бактериофага MS2 и положительного контрольного образца, состоящего из внутреннего контрольного образца, европейского и американского генотипов вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней. Для внутреннего контрольного образца используют суспензию бактериофага MS2 с концентрацией 5×103 копий нуклеотидных последовательностей на 1 мкл, если концентрация копий нуклеотидных последовательностей отклоняется в большую или меньшую сторону, то наблюдаются повторности сомнительных образцов. Для положительного контрольного образца используют смесь содержащую фрагменты нуклеиновых кислот европейского и американского генотипов вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней и фрагмент генома нативного бактериофага MS2 взятых в соотношении 1:1:1, если не будут соблюдаться данные соотношения, то будут наблюдаться повторности сомнительных образцов. Фрагменты нуклеиновых кислот европейского и американского генотипов вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней и фрагмент генома нативного бактериофага MS2 представлены следующими нуклеотидными последовательностями:
EU-F: 5'-GCTGCYGAAGAYGAYATYCG-3' - прямой праймер
EU-R: 5'-AAGCRACGCAGTYCCYGC-3' - обратный праймер
EU-P: FAM-5'-CTGYTTGCAATCGATYCAGACDGC-3' - BHQ1
NA-F: 5'-GCTGGCRTTCTTSAGRCATCYC-3' - прямой праймер
NA-R: 5'-GRTCRCCCTAAMTGAATAGGTG-3' - обратный праймер
NA-P: НЕХ-5'-TGTGGTKAAYGGCACTGATTGACA-3' - BHQ1
MS2F: 5'-TGGCACTACCCCTCTCCGTATTCAC-3' - прямой праймер
MS2R: 5'-GTACGGGCGACCCCACGATGAC-3' - обратный праймер
MS2P: Су5-5'-CACATCGATAGATCAAGGTGCCTACAAGC-3' - BHQ2.
Использование нативного бактериофага MS2, т.е. неповрежденного при исследовании обеспечивает стабильное состояние РНК, что улучшает синтез кДНК.
Проводят 40 циклов амплификации с детекцией в реальном времени с использованием специфичных для участка генома вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней олигонуклеотидных праймеров, флуоресцентно-меченных зондов и контрольных образцов. Накопление флуоресцентного сигнала измеряют по каналам: FAM/Green для специфического сигнала европейского генотипа вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней; JOE/Yellow для специфического сигнала американского генотипа этого же вируса и Cy5/Red для сигнала внутреннего контроля, если кривые накопления флуоресцентного сигнала выходят до 35 цикла, то результат реакции считают положительным (РНК вируса репродуктивно-респираторный синдрома свиней присутствует), а если кривые не пересекают пороговую линию или пересекают ее после 35 цикла, то результат реакции - отрицательный.
Пример конкретного осуществления способ выявления и генотипирования
РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней
Для исследования по выбору используют следующий материал:
Figure 00000001
Плазма крови, сыворотка крови. Кровь забирается в пробирку с 6% ЭДТА из расчета 50 мкл раствора ЭДТА на 1 мл крови, закрытую пробирку с кровью несколько раз переворачивают. Для получения сыворотки забирают кровь в пробирку без антикоагулянта;
Figure 00000001
Мазки со слизистой глотки и трахеи берут сухими ватными зондами. Зонд с материалом помещают для транспортировки в пробирки со стерильным физиологическим раствором (конец отламывают, что бы пробирку можно было закрыть);
Figure 00000001
Сперму в объеме не менее 2 мл, в стерильную посуду;
Figure 00000001
Плацента и плодовые оболочки от абортировавших животных берут на исследование целиком;
Figure 00000001
Фрагменты тканей и органов павших животных (миндалины, селезенка, легкие, печень и др.) отбирают в стерильный контейнер.
Мазки и смывы, цельную кровь используют для выделения РНК без предварительной подготовки.
Для получения плазмы пробирку с цельной кровью центрифугируют в течение 10 мин при 1000 g (если кровь стояла при температуре от 2°С до 8°С более 1 ч после ее взятия, то пробирку следует аккуратно несколько раз перевернуть для равномерного перемешивания крови). Переносят плазму в количестве не менее 1 мл одноразовыми наконечниками с фильтром в стерильные пробирки объемом 1,5 мл.
Для получения сыворотки пробирки с кровью (без антикоагулянта) отстаивают при комнатной температуре в течение 30 минут до полного образования сгустка. Затем центрифугируют при 600-1600 g (3000 об./мин на центрифуге «MiniSpin», Eppendorf, Германия) в течение 10 минут при комнатной температуре. Сыворотку переносят отдельными наконечниками с фильтром в стерильные пробирки объемом 1,5 мл.
К образцу спермы добавляют 4 объема стерильного физиологического раствора, тщательно перемешивают и центрифугируют 5 мин при 10000 тыс/оборотов (на центрифуге MiniSpin, Eppendorf, Германия). Для экстракции РНК используют 100 мкл надосадочной жидкости.
Исследуемые пробы тканей и органов (небольшие кусочки до 1 г весом) гомогенизируют с использованием стерильных фарфоровых ступок и пестиков или автоматических гомогенизаторов. Затем готовят 10% суспензию на стерильном физиологическом растворе или фосфатном буфере. Суспензию переносят в пробирку объемом 1,5 мл и центрифугируют при 600-1600 g (3000 об./мин на центрифуге «MiniSpin», Eppendorf, Германия) в течение 2 мин. Аликвоту надосадочной жидкости (0,1 мл) используют для экстракции РНК.
Для проведения анализа используют набора реагентов «ПЦР-РРСС-ФАКТОР».
Исследование состоит из трех этапов:
Figure 00000001
экстракция нуклеиновых кислот (НК), на этом этапе дополнительно используют реактивы для экстракции, например набор «ДНК/РНК-С-ФАКТОР»;
Figure 00000001
проведение ОТ-ПЦР РВ;
Figure 00000001
учет результатов анализа.
Набор позволяет специфически амплифицировать фрагмент генома вируса РРСС и генома внутреннего положительного контроля (бактериофага MS2) в мультиплексной полимеразной цепной реакции.
Набор состоит из комплекта реагентов для проведения мультиплексной ПЦР (комплект №1) и комплекта контрольных образцов (комплект №2).
Набор выпускается в двух вариантах:
1) Для анализа 55 образцов (включая контрольные образцы)
2) Для анализа 110 образцов (включая контрольные образцы). Состав набора приведен в Таблицах 1 и 2.
Наборы используются в соответствии с инструкцией по применению набора реагентов «ПЦР-РРСС-ФАКТОР» для выявления РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней в биологическом материале методом совмещенной реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции (ПЦР) с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени (ОТ ПЦР РВ) ТУ 21.10.60-131-51062356-2017, для диагностики in vitro http://www.vetfaktor.ru/.
Figure 00000003
Figure 00000004
* Возможна легкая опалесценция
Реакция ОТ-ПЦР РВ проводится в одной пробирке.
Экстракция (выделение) НК из исследуемых проб
Отбирают необходимое количество одноразовых пробирок объемом 1,5 мл, включая отрицательный контроль выделения. Вносят во все пробирки с исследуемыми образцами, включая пробирку для отрицательного контрольного образца (ОКО), по 10 мкл внутреннего контрольного образца (ВКО), в качестве которого используют суспензию бактериофага MS2 с концентраци-ей 5×103 копий нуклеотидных последовательностей на 1 мкл РРСС.
Вносят исследуемые пробы в объеме согласно инструкции к набору для выделения НК, в пробирку отрицательного контроля выделения вместо исследуемой пробы вносят ОКО (пробирку обозначить как ВК-).
Выделяют НК из анализируемых и контрольных образцов согласно протоколу инструкции производителя набора для выделения НК.
Выделенную РНК можно хранить до 3 часов при температуре от 2°С до 8°С или в течение месяца при температуре не выше минус 70°С.
Подготовка образцов к проведению ПЦР
Общий объем реакционной смеси - 25 мкл, объем РНК-пробы - 10 мкл.
Успешное прохождение реакции контролируют использованием положительного контрольного образца (ПКО) РРСС, ВКО РРСС и РНК буфера.
В отдельной пробирке смешивают компоненты набора из расчета на каждую реакцию:
10 мкл ПЦР БУФЕР РРСС
5 мкл ПЦР СМЕСЬ РРСС
0,75 мкл RT PCR ENZ.
Перемешивают смесь на вортексе и сбрасывают капли кратковременным центрифугированием. Отбирают необходимое количество пробирок для амплификации НК исследуемых и контрольных проб и вносят по 15 мкл приготовленной реакционной смеси.
Используя наконечники с фильтром в подготовленные пробирки вносят:
а) в пробирку отрицательного контроля ПЦР (К-) 10 мкл РНК буфера;
б) в ряд пробирок для исследуемых проб - в каждую вносят по 10 мкл НК соответствующей пробы (включая пробу ВК-);
в) в пробирку с положительным контролем ПЦР (К+) 10 мкл ПКО РРСС.
Проведение реакции ПЦР РВ с флуоресцентной детекцией осуществляют с помощью прибора «Rotor-Gene Q»
Параметры температурно-временного режима амплификации на этом приборе представлены в таблице 3.
Figure 00000005
Далее помещают подготовленные для проведения ПЦР пробирки в ячейки амплификатора, программируют прибор согласно инструкции производителя.
Интерпретация результатов анализа
Полученные данные - кривые накопления флуоресцентного сигнала анализируются с помощью программного обеспечения используемого прибора для проведения ПЦР в соответствии с инструкцией производителя к прибору.
Накопление флуоресцентного сигнала измеряли по каналам: FAM/Green для специфического сигнала европейского генотипа (тип 1) вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней; JOE/Yellow для специфического сигнала американского генотипа (тип 2) этого же вируса и Су5/Red для сигнала внутреннего контроля. Учет результатов ОТ-ПЦР РРСС РВ проводится по наличию или отсутствию пересечения кривой флуоресценции с установленной на соответствующем уровне пороговой линией (что соответствует наличию или отсутствию значения порогового цикла «Ct» для исследуемого образца), если кривые накопления флуоресцентного сигнала выходят до 35 цикла, то результат реакции считают положительным, а если кривые не пересекают пороговую линию или пересекают ее после 35 цикла, то результат реакции - отрицательный.
Результат считается достоверным в случае корректного прохождения положительных и отрицательных контролей амплификации и экстракции НК в соответствии с таблицей 4 и фиг. 1, 2, 3).
Figure 00000006
Появление любого значения Ct в таблице результатов для отрицательного контроля этапа экстракции ВК- на каналах FAM/Green, JOE (HEX)/Yellow и для отрицательного контроля этапа ПЦР К - на любом из каналов свидетельствует о наличии контаминации реактивов или образцов. В этом случае результаты анализа по всем пробам считаются недействительными. Требуется повторить анализ всех проб, а также предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации.
Образцы, для которых по каналу Cy5/Red значение Ct отсутствует или превышает 35 цикл (при этом по всем каналам FAM/Green, JOE (HEX)/Yellow и отсутствует значение Ct) требуют повторного проведения исследования. Задержка в значениях пороговых циклов для исследуемых образцов на канале Cy5/Red указывает на присутствие ингибиторов в пробе(ах) или на ошибки при постановке реакции ОТ-ПЦР РРСС РВ. Требуется провести исследование, начиная с этапа экстракции НК.
Результат амплификации кДНК вируса РРСС европейского генотипа (тип 1) регистрируется на канале FAM/Green, результат амплификации кДНК вируса РРСС американского генотипа (тип 2) регистрируется на канале JOE/Yellow, результат амплификации экзогенного ВКО регистрируется на канале Cy5/Red.
Образец считается положительным (РНК вируса репродуктивно-респираторный синдрома свиней присутствует) если наблюдается экспотенциальный рост сигнала на хотя бы одном из каналов FAM/Green, JOE (HEX)/Yellow, при этом значение Ct на данном канале, соответствующем амплификации кДНК вируса РРСС, определяется не позднее 37 цикла, a Ct контрольных образцов находятся в пределах нормы (табл. 4, фиг. 1, 2, 3).
Если для исследуемого образца по каналу (каналам) детектирующим наличие вируса РРРС (FAM/Green, JOE (HEX)/Yellow) значение Ct определяется позднее 37 цикла при корректном прохождении положительных и отрицательных контролей - он считается спорным и исследуется повторно с этапа выделения НК. Если при повторной постановке наблюдается схожий результат (Ct), тогда требуется повторное взятие материала от того же животного для проведения ПЦР-исследования и (или) использование альтернативных методов диагностики.
При получении сомнительных результатов рекомендуется исследование смывов с поверхностей в лаборатории для исключения риска внутри лабораторной контаминации.
Образец считается отрицательным (НК вируса репродуктивно-респираторный синдрома свиней отсутствует) если не наблюдается рост сигнала флуоресценции ни на одном из каналов - FAM/Green, JOE (HEX)/Yellow, при этом значения Ct контрольных образцов находятся в пределах нормы (см. Табл. 4, фиг. 1, 2, 3).
Для доказательства эффективности использования ПЦР с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени с применением разных видов контроля с различными формами материала бактериофага MS2: суспензии и фрагмента генома со специфическими к нему праймерами и зондом проводился сравнительный анализ чувствительности и специфичности заявляемого с прототипом. В результате исследований чувствительность и специфичность заявляемого способа на 1,5-2% выше, чем у прототипа, а именно имеет чувствительность 104 коп/мл РНК вируса РРСС в крови, сыворотке крови, суспензии внутренних органов и 7×103 коп/мл в сперме.

Claims (11)

  1. Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней, включающий выделение РНК из биологического материала свиней сорбционным методом, синтез кДНК на матрице РНК путем постановки одноэтапной мультиплексной реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с добавлением внутреннего контрольного образца на основе бактериофага MS2 и положительного контрольного образца, состоящего из внутреннего контрольного образца на основе бактериофага MS2, европейского и американского генотипов вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней, проведение 40 циклов амплификации с детекцией в реальном времени с использованием специфичных для участка генома вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней олигонуклеотидных праймеров, флуоресцентно-меченных зондов и контрольных образцов, измерение накопления флуоресцентного сигнала по каналам соответствующих флуоресцентных красителей и интерпретацию результатов на основании наличия или отсутствия пересечения кривой флуоресценции с пороговой линией, отличающийся тем, что для внутреннего контрольного образца используют суспензию бактериофага MS2 с концентрацией 5×103 копий нуклеотидных последовательностей на 1 мкл, а для положительного контрольного образца используют смесь, содержащую фрагменты нуклеиновых кислот европейского и американского генотипов вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней и фрагмент генома нативного бактериофага MS2, взятых в соотношении 1:1:1, со следующими нуклеотидными последовательностями:
  2. EU-F: 5`-GCTGCYGAAGAYGAYATYCG-3` - прямой праймер
  3. EU-R: 5`-AAGCRACGCAGTYCCYGC-3` - обратный праймер
  4. EU-P: FAM-5`-CTGYTTGCAATCGATYCAGACDGC-3` - BHQ1
  5. NA-F: 5`-GCTGGCRTTCTTSAGRCATCYC-3` - прямой праймер
  6. NA-R: 5`-GRTCRCCCTAAMTGAATAGGTG-3` - обратный праймер
  7. NA-P: HEX-5`-TGTGGTKAAYGGCACTGATTGACA-3`-BHQ1
  8. MS2F: 5`-TGGCACTACCCCTCTCCGTATTCAC-3` - прямой праймер
  9. MS2R: 5`-GTACGGGCGACCCCACGATGAC-3` - обратный праймер
  10. MS2P: Cy5-5` - CACATCGATAGATCAAGGTGCCTACAAGC-3` - BHQ2-зонд,
  11. при этом накопление флуоресцентного сигнала измеряют по каналам: FAM/Green для специфического сигнала европейского генотипа вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней; JOE/Yellow для специфического сигнала американского генотипа этого же вируса и Cy5/Red для сигнала внутреннего контроля, если кривые накопления флуоресцентного сигнала выходят до 35 цикла, то результат реакции считают положительным, а если кривые не пересекают пороговую линию или пересекают ее после 35 цикла, то результат реакции отрицательный.
RU2018137612A 2018-10-24 2018-10-24 Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней RU2703394C1 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2018137612A RU2703394C1 (ru) 2018-10-24 2018-10-24 Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2018137612A RU2703394C1 (ru) 2018-10-24 2018-10-24 Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2703394C1 true RU2703394C1 (ru) 2019-10-16

Family

ID=68280351

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018137612A RU2703394C1 (ru) 2018-10-24 2018-10-24 Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2703394C1 (ru)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2740097C1 (ru) * 2020-08-11 2021-01-11 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" Способ выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции нового типа (nCov19) у приматов
RU2741887C1 (ru) * 2020-08-11 2021-01-29 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" Тест-система для выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции нового типа (nCov19) у приматов

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2587606C2 (ru) * 2010-06-30 2016-06-20 БиДжиАй Дженомикс Ко., Лтд Новый способ пцр-секвенирования и его применение в генотипировании hla

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2587606C2 (ru) * 2010-06-30 2016-06-20 БиДжиАй Дженомикс Ко., Лтд Новый способ пцр-секвенирования и его применение в генотипировании hla

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
КОЗЛОВА А.Д. Разработка ПЦР-Тест-систем для идентификации парвовируса и генотипирования вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней, авто диссертации, Москва, 2014. *
КОЗЛОВА А.Д. Разработка ПЦР-Тест-систем для идентификации парвовируса и генотипирования вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней, автореферат диссертации, Москва, 2014. *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2740097C1 (ru) * 2020-08-11 2021-01-11 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" Способ выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции нового типа (nCov19) у приматов
RU2741887C1 (ru) * 2020-08-11 2021-01-29 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" Тест-система для выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции нового типа (nCov19) у приматов

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2680094C1 (ru) Тест-система для выявления ДНК возбудителя лептоспироза (Leptospira spp.) у сельскохозяйственных животных
CN111004870B (zh) 新型冠状病毒n基因核酸检测试剂盒
CN110643745B (zh) 一种用于检测猫杯状病毒和猫细小病毒的组合物、试剂盒及其应用
RU2703394C1 (ru) Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней
RU2703401C1 (ru) Тест-система для выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней
RU2694558C1 (ru) Способ выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции у крупного рогатого скота
RU2681473C1 (ru) Тест-система для обнаружения генома вируса парагриппа 3 типа у крупного рогатого скота с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени
KR20230101589A (ko) 돼지 유행성 설사병 바이러스 검출용 조성물 및 이를 이용한 돼지 유행성 설사병 바이러스 검출 방법
CN111647686B (zh) 肠道病毒ev71、ca16、ev通用型核酸检测试剂
RU2700481C1 (ru) Способ выявления РНК возбудителя вируса артериита у лошадей
CN108315481A (zh) 一种应用直扩法检测猪流行性腹泻病毒的诊断方法和专用试剂盒
RU2698662C1 (ru) Тест-система для выявления РНК возбудителя вируса артериита у лошадей
CN111926110A (zh) 非洲猪瘟病毒实时荧光pcr扩增引物对、探针引物、及制备的试剂盒
CN110607398A (zh) 一种荧光可视化快速检测猪流行性腹泻病毒的rt-lamp试剂盒
CN111926109A (zh) 非洲猪瘟病毒荧光热对流pcr扩增引物对、探针引物、及制备的试剂盒
RU2726242C1 (ru) Тест-система для выявления ДНК вируса нодулярного дерматита (LSDV) в биологическом материале животных с помощью полимеразной цепной реакции в режиме реального времени
CN109355436A (zh) 一种检测prrsv的rt-lamp引物组合物及其应用
RU2689718C1 (ru) Способ выявления генома возбудителя ротовирусной инфекции у сельскохозяйственных животных
KR101786311B1 (ko) Sfts 바이러스 검출용 프라이머 세트 및 그를 이용한 중증열성혈소판감소증후군 진단 키트
RU2694501C1 (ru) Тест-система для обнаружения генома возбудителя ротовируса типа А у сельскохозяйственных животных с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени
RU2696306C1 (ru) Способ выявления РНК вируса болезни Шмалленберга у сельскохозяйственных животных
RU2694719C1 (ru) Тест-система для выявления РНК вируса болезни Шмалленберга у сельскохозяйственных животных
RU2700254C1 (ru) Тест-система для выявления ДНК вируса ринотрахеита (bovine herpes virus 1, BoHV-1) у крупного рогатого скота
RU2700449C1 (ru) Способ выявления ДНК вируса ринотрахеита (bovine herpes virus 1, BoHV-1) у крупного рогатого скота
RU2782427C1 (ru) Способ выявления ДНК возбудителя криптоспоридиоза (Cryptosporidiosis) в биологическом материале животных и кормах с помощью полимеразной цепной реакции в режиме реального времени

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20201025