JP2012233902A - 肺がんへの傾向についてのスクリーニングのための方法およびマーカー組合せ - Google Patents
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Abstract
【解決手段】被験者より試験試料を得る段階、試験試料中、パネル中の1つ以上のバイオマーカーの量を定量する段階、バイオマーカーに対して、所定のカットオフと、パネル中の各バイオマーカーの量を比較し、比較に基づいた各バイオマーカーに対するスコアを割り当てる段階、前段階において決定された各バイオマーカーに対する割り当てられたスコアを比較して、被験者に関する総スコアを見つけ出す段階、前段階にて決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、および被験者が総スコアに基づく肺がんの危険性を有するかどうか決定する段階、を含む。
【選択図】図1
Description
本発明は部分的に、肺がんを患っていることが疑われる被験者中の肺がんの検出において補助するための、迅速で感度のよい方法が、バイオマーカーおよびバイオマーカーとバイオメトリックパラメーターの特定の組合せに基づきうるという発見に基づく。
a.被験者より試験試料を得る段階
b.試験試料中、パネル中の1つ以上のバイオマーカーの量を定量する段階、
c.前記バイオマーカーに対して、所定のカットオフと、パネル中の各バイオマーカーの量を比較し、前記比較に基づいた各バイオマーカーに対するスコアを割り当てる段階、
d.段階cにおいて決定された各バイオマーカーに対する割り当てられたスコアを比較して、前記被験者に関する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、および
f.前記被験者が総スコアに基づく肺がんの危険性を有するかどうか決定する段階、
が含まれうる。
a.被験者から少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを得る段階、
b.少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを、前記各バイオメトリックパラメーターに関して、所定のカットオフと比較し、前記比較に基づいた各バイオメトリックパラメーターに対してスコアを割り当てる段階、
c.被験者から試験試料を得る段階、
d.試験試料中、パネル内の2つ以上のバイオマーカーの量を定量し、パネルは、少なくとも1つの抗体および少なくとも1つの抗原を含む段階、
e.パネル中で定量された各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに関する所定のカットオフに対して比較する段階と、前記比較に基づいて各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
f.段階bにて決定した各バイオメトリックパラメーターに対する割り当てられたスコアを、段階eにて定量した各バイオマーカーに対する割り当てられたスコアと統合して、前記被験者の総スコアを見つけ出す段階、
g.段階fで決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、
h.前記被験者が、段階fで決定した総スコアに基づいて、肺がんの危険性を有するかどうかを決定する段階、
が含まれうる。
a.被験者から試験試料を得る段階、
b.パネル中の2つ以上のバイオマーカーの量を、試験試料中で定量し、パネルは、少なくとも1つの抗体と少なくとも1つの抗原を含む段階、
c.パネル中で定量された各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対して所定のカットオフと比較し、前記比較に基づいて各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cにおいて定量された各バイオマーカーに対して割り当てたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、
f.前記被験者が、段階eにて決定された総スコアに基づいて、肺がんの危険性を有するかどうかを決定する段階、
が含まれうる。
a.被験者から試験試料を得る段階、
b.パネル中、少なくとも1つのバイオマーカーの量を、試験試料中で定量し、パネルが、免疫反応性サイクリンE2に対する少なくとも1つの抗体を含む段階、
c.パネル中で定量した各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフに対して比較する段階、および前記比較に基づいて各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cにて定量した各バイオマーカーに対する割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて決定した総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、
f.段階eで決定した総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうか決定する段階、
を含み得る。
a.被験者から試験試料を得る段階、
b.パネル中、少なくとも1つのバイオマーカーを試験試料中で定量し、パネルには、サイトケラチン8、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CEA、CA125、CA15−3、SCC、CA19−9、proGRP、血清アミロイドA、α−1−抗−トリプシンおよびアポリポタンパク質CIIIからなる群より選択される少なくとも1つのバイオマーカーを含む段階、
c.パネル中で定量した各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフと比較する段階、および前記比較に基づいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cにて定量した各バイオマーカーに対する割り当てたスコアを統合し、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて定量した総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、および
f.総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうか決定する段階、
が含まれうる。
a.被験者から試験試料を得る段階、
b.パネル中、少なくとも1つのバイオマーカーを、試験試料中で定量し、パネルは、少なくとも1つのバイオマーカーを含み段階で、バイオマーカーは、Acn6399、Acn9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Pub6453、Pub2951、Pub2433、Pub17338、TFA6453およびHIC3959からなる群より選択される、関心領域である、
c.パネル中で定量した各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対して所定のカットオフと比較する段階、および前記比較に基づいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cで定量した各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて定量した総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、
f.段階eにて決定した総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうかを決定する段階、
が含まれうる。
a.被験者から試験試料を得る段階、
b.パネル中、2つ又はそれ以上のバイオマーカーの量を試験試料中で定量し、パネルは、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CA19−9、CEA、CA15−3、CA125、SCC、proGRP、ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453およびHic3959の2つ以上を含む段階、
c.パネル中の各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフに対して比較し、前記比較に基づいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cにて決定された各バイオマーカーに対する割り当てられたスコアを統合し、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dで決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、および
f.段階eにて決定された総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうかを決定する段階、
を含み得る。
場合により、上記方法でのパネルは、サイトケラチン19、CEA、ACN9459、Pub11597、Pub4789およびTFA2759、サイトケラチン19、CEA、ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759およびTFA9133、サイトケラチン19、CA19−9、CEA、CA15−3、CA125、SCC、サイトケラチン18およびProGRP、Pub11597、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453およびHic3959またはサイトケラチン19、CEA、CA125、SCC、サイトケラチン18、ProGRP、ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133を含み得る。
(c)試験試料にて定量された、各抗原、抗体および関心の域の量を統合し、所定のカットオフに対して比較するため、前記比較に基づいて定量した、各抗原およびバイオマーカーに対してスコアを割り当てるため、総スコアを得るために定量した各抗原および関心領域に対して割り当てられたスコアを統合すること、総スコアを所定の総スコアと比較すること、および被験者が肺がんを有するかどうか決定することにおける補助として、前記比較を用いるための、1つ以上のアルゴリズム、を含み得る。定量可能な抗原および関心領域の例は、(a)サイトケラチン19、CEAおよびACN9459、Pub11597、Pub4789およびTfa2759、(b)サイトケラチン19およびCEAおよびACN9459、Pub11597、Pub4789、Tfa2759およびTfa9133、および(c)サイトケラチン19、CEA、CA125、SCC、サイトケラチン18、およびProGRPおよびACN9459、Pub11597、Pub4789およびTfa2759である。他の態様において、キットは、(a)試験試料中、1つ以上の抗原を定量するための、少なくとも1つの抗体を含む試薬で、前記抗原は、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CA19−9、CEA、CA15−3、CA125、SCCおよびproGRPである、および(b)試験試料にて定量された、各抗原の量を統合し、所定のカットオフに対して比較するため、および前記比較に基づいて定量した、各抗原に対してスコアを割り当てるため、総スコアを得るために定量した各抗原に対して割り当てられたスコアを統合すること、総スコアを所定の総スコアと比較すること、および被験者が肺がんを有するかどうか決定することにおける補助として、前記比較を用いるための、1つ以上のアルゴリズム、を含み得る。キットを用いて定量可能な抗体の例は、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CA19−9、CEA、CA15−3、CA125、SCCおよびProGRPである。他の態様において、キットは、(a)1つ以上のバイオマーカーを定量するための試薬で、前記バイオマーカーが、Acn9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453およびHic3959からなる群から選択される、関心領域である、および(b)試験試料にて定量された、各バイオマーカーの量を統合し、所定のカットオフに対して比較するため、および前記比較に基づいて定量した、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てるため、総スコアを得るために定量した各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアを統合すること、総スコアを所定の総スコアと比較すること、および被験者が肺がんを有するかどうか決定することにおける補助として、前記比較を用いるための、1つ以上のアルゴリズム、を含む。キットを使用して定量されうる関心領域の例は、Pub11597、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453およびHic3959からなる群から選択可能である。
a.被験者から少なくとも1つのマーカーを得る段階、
b.前記被験者からのマーカーの量を定量する段階、
c.定量した各マーカーの量を、前記マーカーに対して所定のカットオフの数に対して比較する段階、および前記比較に基づいて、各マーカーに対してスコアを割り当てる段階、および、
d.段階cにて定量した各マーカーに対する割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
を含み得る。
a.被験者から少なくとも1つのマーカーを得る段階、
b.前記被験者からのマーカーの量を定量する段階、
c.定量した各マーカーの量を、前記マーカーに対して所定のカットオフの数に対して比較する段階、および前記比較に基づいて、各マーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cにて定量した各マーカーに対する割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、および、
f.段階eにて決定した総スコアに基づいて、病状を発現させる危険性を前記被験者が有するかどうかを決定する段階、
が含まれうる。
定義
本明細書で使用するように、以下の語句は以下の意味を有する。すべての他の技術的および科学的語句が、当業者に一般的に理解される意味を有する。
スコア=AUC*因子/(1−特異性)
式中「因子(factor)」は(0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25などのような)整数であり、「特異性(specificity)」は、1以下である値の選択値である。「因子」の程度は、限定はしないが、より高いAUC値、相対的に小さな標準偏差、高い特異性または感度または低いDFIのような、改善された臨床性能を有するマーカーに対して増加する。その結果、1つのマーカーの測定を、所望の多くの、または少ないスコアに変換可能である。本方法は、関心の集団におけるマーカー/試験性能を反映する、受信者動作特性曲線に基づいている。ROC曲線は、試験の真の陽性率(感度)の、試験の偽陽性率(1−特異性)に対するプロットである。曲線上の各点は、測定している特徴/試験(マーカー)の単一の値を表している。したがって、いくつかの値が、関心の集団(すなわち、肺がんを発現させる危険性である被験者)において、低い偽陽性率を持ち、一方、特徴の他の値が、その集団で高い偽陽性率を持ちうる。本方法は、関心の被験者の集団に対して、低い偽陽性率を有する(それによって高い特異性を有する)特徴値(すなわち、バイオマーカーまたはバイオメトリックパラメーター)に対して、より高いスコアを提供する。本方法は、それよりも低いと試験の結果がスコアの増加となる、偽陽性(1−特異性)の所望のレベルを選択することを含む。言い換えると、高い特異性のマーカーが、特異性の低いマーカーより大きなスコア、またはより大きな範囲のスコアを与える。
1つの実施形態において、本発明は、単離または精製免疫反応性サイクリンE2ポリペプチド、または本明細書で記述した方法にて使用可能である抗体を発生させる、または試験する(またはより一般的に、結合する)免疫原または抗原として使用可能な、それらの生物学的に活性な断片に関する。本発明の免疫反応性サイクリンE2ポリペプチドは、標準のタンパク質精製技術を用いて、細胞または組織起源より単離可能である。あるいは、単離または精製免疫反応性サイクリンE2ポリペプチおよびその生物学的に活性な断片は、組換えDNA技術によって産出可能であり、または化学的に合成可能である。本発明の単離または精製免疫反応性サイクリンE2ポリペプチドは、配列番号1、配列番号3、配列番号4および配列番号5にて示されたアミノ酸配列を有する。配列番号1は、ヒトサイクリンE2のcDNA発現形態のアミノ酸配列である(Genbank受入BC007015.1)。配列番号3は、BC007015.1のC−末端+1アミノ酸(システイン)を含む38アミノ酸配列であり、本明細書ではまた「E2−1」とも呼ばれる。配列番号4は、長さにして37アミノ酸であり、配列番号4がそのアミノ末端で、配列番号3の非常に初期のシステインを含まないことを除いて、配列番号3と同一である。配列番号5は、BC007015.1のC−末端を含む19アミノ酸配列であり、本明細書で「E2−2」と呼ばれる。実施例にてより詳細に記述するが、免疫反応性配列番号1を、配列番号2の免疫反応性と比較した。配列番号2は、ヒトサイクリンE2(Genbank受入BC020729.1)の他のcDNA発現形態である。配列番号1が、がん試料のいくつかのプールと強力な免疫反応性をしめすことがわかり、良性および正常(非がん)プールとは非常に低い反応性を示した。反対に、配列番号2は、がんまたは非がんプール試料とほとんど反応を示さなかった。配列番号1の免疫反応性は、配列番号2には存在しない、配列番号1のC−末端に存在する、最初の37アミノ酸の結果であると決定された。両方とも配列番号1のC−末端から由来する、配列番号3および5は、がんまたは非がんプール間で強力な免疫反応性を示すことがわかった。したがって、任意の配列番号1、配列番号3、配列番号4および配列番号5、または(配列番号1および配列番号3に対して産出された抗体、配列番号1および配列番号4に対して産出された抗体、配列番号1および配列番号5に対して産出された抗体、配列番号1、配列番号3および配列番号4に対して産出された抗体、配列番号1、配列番号3および配列番号5に対して産出された抗体、配列番号1、配列番号4および配列番号5に対して産出された抗体、配列番号1、配列番号3、配列番号4および配列番号5に対して産出された抗体、配列番号3および配列番号4に対して産出された抗体、配列番号3および配列番号5に対して産出された抗体、配列番号3、配列番号4および配列番号5に対して産出された抗体、配列番号4および配列番号5に対して産出された抗体のような)これらの配列の任意の組合せに 対して産出された抗体を、本明細書で記述した方法において利用可能である。たとえば、そのような抗体は、任意の配列番号1、配列番号3、配列番号4および配列番号5またはこれらの配列の任意の組合せに対して産出された被験者抗体であり得る。そのような抗体は、本明細書で記述された本発明の方法における利用のための、1つ以上のキット内に含まれてよい。
他の実施形態において、本発明は、正常被験者と、がんの被験者、または病状、好ましくはがん、より好ましくは肺がんを発現させる危険性にある被験者を区別することにおいて効果的に補助する方法に関する。正常被験者は、がんのような任意の病状で診断されないもの、より好ましくは肺がんと診断されないものと考えられる。
1.少なくとも1つのバイオマーカーを含むパネルで、前記バイオマーカーが、少なくとも1つの抗体と少なくとも1つの抗原である。本パネルはまたさらに、少なくとも1つの関心領域のようなさらなるバイオマーカーを含み得る。
上記のように、それぞれのスペクトルの計算されたTICおよび平均%CVは再現性およびスペクトルの有益な部分を限定するための予測因子として用いることができる。しかし、これらの測定によって、スペクトルのバルク特性に関する良い記述子が得られる一方、それぞれのm/z値での個々の強度などのスペクトルの顕著な特性の再現性についての情報は少しも得られない。この障害は、Wan et. al.(J.Am.Soc.Mass Spectrom.2002,13,85−88)に報告されたSpectral Contrast Angle(SCA)計算の適合によって克服された。SCA計算では、全スペクトルを、個々のm/z値から成るベクターとして扱う。この解釈では、標準的な数式から2つのベクター間のシータ(θ)角が得られる。
b.該被験者から得たマーカーの量の定量化、
c.定量化されたそれぞれのマーカーの量を該マーカーに対するいくつかの所定のカットオフと比較し、その比較に基づいてそれぞれのマーカーのスコアを割り当てること、および
d.段階Cにおいて、定量化されたそれぞれのマーカーに対して割り当てたスコアを総合して該被験者の総スコアを出すこと。
b.該被験者から得たマーカーの量の定量化、
c.定量化されたそれぞれのマーカーの量を該マーカーに対するいくつかの所定のカットオフと比較し、その比較に基づいてそれぞれのマーカーのスコアを割り当てること、
d.段階Cにおいて、定量化されたそれぞれのマーカーに割り当てたスコアを総合して
該被験者の総スコアを出すこと、
e.段階dにおいて決定した総スコアを既定の総スコアと比較すること、および、
f.段階eにおいて決定した総スコアに基づいて、該被験者が病状を発症する危険性を有するかどうかを決定すること。
本明細書において前述のように、出願者らは、1つ以上のバイオマーカー、またはバイオマーカーと生物測定パラメーターの組合せを検出および定量化することが、患者の肺がんを診断する補助として有効であることを見いだした。さらに発明者らは、本明細書に記載の1つ以上のバイオマーカー、および1つ以上のバイオマーカーと1つ以上の生物測定パラメーターの組合せで、肺がんに関連するDFIを有するものが約0.5未満、好ましくは約0.4未満、さらに好ましくは約0.3未満、そしてさらに好ましくは約0.2未満であることを見いだした。表25〜29は、DFIが約0.5未満、約0.4未満、約0.3未満、および約0.2未満である、さまざまなバイオマーカーまたはバイオマーカーと生物測定パラメーターの組合せを含むパネルの例を示す。
本発明の方法を実行する際に使用するために、1つ以上のバイオマーカー、1つ以上の免疫反応性サイクリンE2ポリペプチド、生物測定パラメーター、およびそれらの任意の組合せをキット(パネルなどの)形成に適用できる。一態様においては、キットには配列番号1、配列番号3、配列番号4、配列番号5、またはそれらの組合せからなる群から選択されたペプチドを含めることができる。
(b)試験試料中の少なくとも1種の抗体を定量化するための1種以上種の抗原を含む試薬(ただし、上記抗体としては、抗p53、抗TMP21、抗NPCILICドメイン、抗TMODI、抗CAMKI、抗RGSI、抗PACSINI、抗RCVI、抗MAPKAPK3、および免疫反応性サイクリンE2に対する少なくとも1つの抗体)、
(c)ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453、およびHic3959からなる群から選択された1つ以上の関心領域を定量化するための試薬、および
(d)試験試料中の、定量化されたそれぞれの抗原、抗体、および関心領域の量を総合して所定のカットオフ(または、多数の所定のカットオフ)に対する比較を行い、その比較に基づいて、定量化されたそれぞれの抗原、抗体、および関心領域に対するスコア(または、いくつか可能性のあるスコアの1つから得たスコア)を割り当て、定量化されたそれぞれの抗原、抗体、および関心領域に対して割り当てられたスコアを総合して総スコアを得て、その総スコアを既定の総スコアと比較し、患者が肺がんに罹患しているかどうかを決定する一補助としてその比較を用いる、という段階を行なうための1つ以上のアルゴリズムまたはコンピュータプログラム。
(b)ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453、およびHic3959からなる群から選択された1つ以上の関心領域を定量化するための試薬、および
(c)試験試料中の、定量化されたそれぞれの抗原および被験者領域の量を総合して所定のカットオフ(または、いくつかの所定のカットオフ)に対する比較を行い、その比較に基づいて、定量化されたそれぞれの抗原および被験者領域に対するスコア(または、いくつかの可能性のあるスコアの1つから得たスコア)を割り当て、定量化されたそれぞれの抗原および被験者領域に対して割り当てられたスコアを総合して総スコアを得て、その総スコアを既定の総スコアと比較し、患者が肺がんに罹患しているかどうかを決定する一補助としてその比較を用いる、という段階を行なうための1つ以上のアルゴリズムまたはコンピュータプログラム。あるいは、1つ以上のコンピュータプログラムの代わりに、人間が上記段階を手動で行なうための1つ以上の説明書を備えることもできる。1つ以上の関心領域を定量化するためにキットに含まれる試薬には、パネルに含まれる少なくとも1つの関心領域に結合して保持する吸着剤、その吸着剤に関連して用いる固体担体(ビーズなど)、1つ以上の検出可能な標識などを含めることができる。
本発明のバイオマーカーは、当技術分野の技術者に周知の技術によって単離、精製、および同定することができる。その技術としては、クロマトグラフ法、電気泳動技術、および遠心分離法が挙げられる。これらの技術はCurrent Protocols in Protein Science、J.Wiley and Sons,New York,NY,Coligan et al.(Eds)(2002)およびHarris,E.L.V.,S.Angal in Protein Purification Applications: A Practical Approach,Oxford University Press,New York,NY(1990)などに記載されている。
患者の血清の臨床試料を採取し(実施例1)、マーカー抗原免疫測定の分析をし(実施例2)、ビーズを用いてマーカー抗体免疫測定の分析(実施例3)またはスライドを用いてマーカー抗体免疫測定の分析をして(実施例4)、質量分析によりバイオマーカーを同定する(実施例5)。同定されたマーカーをさまざまなアルゴリズムを用いて分類し優先順位をつける(実施例6)。これらの優先順位をつけたマーカーを、スコア法を用いて総合し(実施例7)、予測モデルを同定して(実施例8)、臨床的有用性を評価する。肺がん罹患が疑われる患者における肺がん検出を補助する方法を用いた実施例を実施例9に例証している。対象領域の質量分析によって同定されたバイオマーカーは、分析しこの組成を決定して同定した(実施例10)。実施例11は、本発明に従って同定したバイオマーカーを、免疫測定法および免疫‐質量分析法を用いて検出、測定する方法が記載されている、机上実施例である。
患者の血清の臨床試料を、施設内倫理委員会(Institutional Review Board)で承認されたプロトコールの下で採取した。標本を提供した全ての患者は、採取され本研究に使用される標本についてインフォームド・コンセントを受けた。血清試料は、血清分離管中に入れて室温で15分間、凝固させた。この血餅を遠沈させて試料を2mLアリコートとした。24時間以内にこの試料を−80℃で凍結させ、さらに先の処理を行なうまでこの温度で維持した。受領次第、試料を解凍し、便宜上、より少ない量に再等分して再凍結させた。この試料は最終的に分析の直前に解凍した。したがって、ひとそろいの試料すべては、分析の前に2度凍結および解凍された。
A.Abbott Laboratories(Abbott Park,IL,以下「Abbott」)Architect(商標)分析
以下の抗原、CEA、CA125、SCC、CA19−9、およびCA15−3のためにArchitect(商標)キットを入手した。分析は全てメーカーの説明書に従って行った。試料中の検体濃度は、Architect(商標)計器によって得た。これらの濃度を用いて下記表1に示すAUCデータを作成した。
Elecsys(商標)2010 system(Roche Diagnostics GmbH,Mannheim,Germany)で、メーカーの説明書に従ってシフラ21−1(Cyfra21−1)(サイトケラチン19、CK−19)測定を行った。シフラ21−1(Cyfra21−1)の濃度はElecsys(商標)計器によって得た。このデータによってROC曲線を作成し、大コホートおよび小コホートについてのAUCを下記表2に記録した。
以下のELISAキットを購入した。Advanced Life Science Institute,Inc.(Japan)のProGRP、IDL Biotech AB(Bromma,Sweden)のTPS(サイトケラチン18、CK−18)、およびIBL Immuno Biological Laboratories(Minneapolis、MN、USA)のパラインフルエンザ1/2/3 IgG ELISA。メーカーの説明書に従って分析を行った。検体の濃度は、メーカーのプロトコールで指示、規定されている計算から導いた。個々の分析で得られたAUCを下記の表3に示す。
A.市販のヒトタンパク質(下記の表4を参照されたい)をLumineX(商標)SeroMap(商標)ビーズ(Austin、Texas)に付着させ、個々のビーズセットを合わせて試薬を調製した。試薬の一部を、存在する任意の抗体がタンパク質に結合できる条件下でヒト血清試料にさらした。結合していない物質を洗い落とし、次いでビーズを、ヒトIgGに特異的に結合する抗体にR−フィコエリトリンを結びつけた蛍光複合体にさらした。洗浄後、ビーズを、内部の色素に従ってそれぞれのビーズを同定するLuminex(商標)100計器に通して、ビーズに結合した蛍光発光(ビーズに結合した抗体の量に対応する)を測定した。このようにして、772の試料(肺がん251、正常244、良性277)について、21のヒトタンパク質、ならびに、対照としていくつかの非ヒトタンパク質(ウシ血清アルブミン(BSA)および破傷風毒素)に対する免疫応答を評価した。
Omega10K 限外ろ過プレート(Pall Corporation,Ann Arbor,Michigan)のウェルに水50uLを加えた。10分後にプレートを真空状態に置いた。ウェルが空になった際には、水10uLを加えて水和状態を保った。それぞれのウェルに5mMのモルホリノエタンスルホン酸(MES)(pH5.6)を50から100uL、指示されたLuminex(商標)SeroMAP(商標)ビーズ、および10から20ugに相当する適切な量の表4に指示されたそれぞれの抗原を加えた。ビーズをピペットで懸濁した。ビーズにEDAC(2.0mg/5mMのMES(pH5.6)1.0mL)10uLを加えた。プレートに蓋をして暗所の振とう機に置いた。14時間後にプレートを真空吸引し、水で洗浄し、最後にビーズを20mMのトリエタノールアミン(TEA)(pH5.6)50uL中に懸濁させた。プレートを暗所で振とう機で攪拌した。2度目のEDAC(2.0mg/5mMのMES(pH5.6)1.0mL)をそれぞれのウェルに加え、プレートを暗所の振とう機に1時間置いた。洗浄後、1%BSAおよび0.08%アジ化ナトリウム(PBN)を含有するPBS緩衝液200uLをそれぞれのウェルに加え、続いてプローブで超音波処理して、暗所に置いた。
血清試料を、以下のようにマイクロプレート中に調製した。PBN中1:20希釈、各マイクロプレートあたり80試料。上記のビーズセット50uLにウサギ血清(本件で試験したものとは関係ない抗原の免疫を有するウサギ由来)5uLを加えた。ビーズセットをボルテックスして37℃下に置いた。35分後に、5%ウサギ血清および1%CHAPS(BRC)を含有するPBN1mLを加えた。ビーズセットをボルテックスし、遠沈させて、BRC1.05mL中に再懸濁させた。Supor 1.2u filter plate(Pall Corporation)のウェルをPBN100uLで洗浄した。それぞれのウェルにBRC50uL、それぞれの1:20の血清試料10uL、および再懸濁させたビーズ10uLを加えた。プレートを室温、暗所にて1時間振とうし、ろ過して、BRC100uLで10分間、3回洗浄を行った。検出複合体(RPE抗ヒトIgG20uL/BRC5.0mL)50uLを加えてピペットでビーズを再懸濁させた後、プレートを暗所で30分間振とうした。次いでBRC100uLを加え、ビーズをピペットで攪拌して、試料をLuminex(商標)100計器で分析した。
A.抗原調製物
インビトロジェン(Invitrogen)のUltimate ORF Collection(商標)(インビトロジェン、Grand Island,NY)から由来した、およそ5000タンパク質を、グルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)配列の全長ヒトタンパク質との組換え体融合物として調製した。GSTタグによって、タンパク質の他の特徴に依存せずに、アレイに結合する各タンパク質の量の査定が可能になる。
ProtoArrayは、以上で言及したおよそ5000タンパク質でスポットしたニトロセルロースでコートしたガラス表面(スライド)、ならびに多数の対照特徴からなる。
アレイをまず、PBS/1% BSA/0.1% Tween20で、4℃にて1時間ブロックした。次いで、プロファイリング緩衝液(Profiling Buffer)(本明細書で議論した「プロファイリング緩衝液」は、PBS、5mM MgCl2、0.5mMジチオスレイトール、0.05%Triton X−100、5%グリセロール、1%BSAを含む)中1:120で希釈した血清試料に、4℃にて90分間暴露した。アレイを次いで、プロファイリング緩衝液にて3回、洗浄あたり8分間洗浄した。次いでアレイを、AlexaFluor−共役抗−ヒトIgG、プロファイリング緩衝液中0.5ug/mL、44℃にて90分間暴露した。次いでアレイを、プロファイリング緩衝液中で3回、1洗浄あたり8分間洗浄した。遠心での乾燥後、Axon GenePix 4000B蛍光マイクロアレイスキャナー(モレキュラー デバイゼス(Molecular Devices)、Sunnyvale,CA)を用いてスキャンした。
がん患者からの血清の陽性シグナルの分布を、正常患者からのものと比較することによって、がん患者の自己抗体特性を削除しているタンパク質の同定を決定した。制限された数のアレイでの、がん特異的自己抗体を発見する可能性を増加させるために、以下の試料のプールを使用した。それぞれ4から5人の肺がん患者の血清を含む10プール、それぞれ4または5人の正常患者の血清を含む10プール、それぞれ良性肺疾患を有する4から5人の患者からの血清を含む10プール。これらのプールを、以上で記述したように、処理のためにインビトロジェンに送付した。各プローブに対する各タンパク質に相当する蛍光強度を、スプレッドシートにて表した。各タンパク質は2回表され、アレイ上の二重スポットに相当する。
サイクリンE2の2つの形態が、ProtoArray(商標)上で存在していることが分かった。Genebankアクセッション番号BC007015.1(配列番号1)として同定された形態が、がん試料のプールのいくつかと、強力な免疫反応性を示し、良性および正常(非がん)プールと非常に低い応答性を示した。反対に、Genbankアクセッション番号BC020729.1(配列番号2)として同定された形態は、任意のがんまたは非がんプール試料とほとんど反応性を示さなかった。以下に示したように、2つの形態の配列アライメントが、259アミノ酸にわたる同一性を示しており、N−末端およびC−末端領域両方で差がある。BC020729.1は、N−末端に110アミノ酸、C−末端に7アミノ酸を持ち、BC007015.1には存在しない。BC007015.1は、C−末端に、BC020729.1には存在しない37アミノ酸を有する。形態BC007015.1のみが免疫応答性を示しているので、この免疫応答性は、C−末端の37アミノ酸部分に起因する。
A.混合磁気ビーズ(MMB)の連続希釈による試料調製
血清試料を融解し、当量のインビトロジェンゾルB緩衝液と混合した。この混合液をボルテックスし、0.8μmフィルター(サルトリウス(Sartorius)、Goettingen,Germany)を通してろ過して、さらなる処理の前に残余物を精製し取り除いた。自動化試料調製を、Dynal(登録商標)(インビトロジェン)強アニオン交換およびアボットラボラトリーズ(Abbott Laboratories(アボット、Abbott Park,IL)弱カチオン交換磁気ビーズの混合物を用いて、96−ウェルプレートKingFisher(登録商標)(サーモ フィッシャー サイエンティフィック(Thermo Fisher Scientific Inc.)、Waltham,MA)上で実施した。典型的に、アニオン交換ビーズは、アミンに基づく炭化水素、四級アミンまたはジエチルアミン基を、官能末端基として持ち、弱カチオン交換ビーズは典型的に、スルホン酸(カルボキシル酸)に基づく官能基を有する。アボットのカチオン交換ビーズ(CXビーズ)は、濃度2.5%(質量/容量)であり、Dynal(登録商標)強アニオン交換ビーズ(AXビーズ)は、10mg/ml濃度であった。試料調製の直前に、カチオン交換ビーズを、20mM Tris.HCl、pH7.5、0.1%還元Triton X100(Tris−Triton緩衝液)で一回洗浄した。本試料調製で使用する他の試薬、20mM Tris.HCl、pH7.5(Tris緩衝液)、0.5%トリフルオロ酢酸(本明細書以下「TFA溶液(TFA solution)」および50%アセトニトリル(本明細書以下「アセトニトリル溶液(Acetonitrile solution)」は自ら調製した。試薬および試料は以下のように96−ウェルプレートで準備した。
血清試料を、SOLB緩衝液と混合し、実施例5Aにて記述したようなフィルターで精製した。自己試料調製を、100MB−HIC8(ブルッカー ダルトニックス社、Billerica,MA)として公知のCLINPROT Purification Kitsを用いて、96−ウェルプレートKingFisher(登録商標)上で実施した。キットには、C8磁気ビーズ、結合溶液および洗浄溶液が含まれる。すべての他の試薬は、他に言及がない限り、シグマ ケミカル社(Sigma Chem.Co.)から購入した。試薬および試料を、以下のように96−ウェルプレート中で設定した。
以下の試薬を使用した。
器具の捕獲範囲を、m/z 400から100,000に設定した。器具を、2から17kDaの範囲の質量をカバーしているブルッカーの較正標準を用いて、直線モードにて外部にて較正した。高品質スペクトルを回収するために、捕獲を、レーザーを除いて、ファジー制御にて完全に自動化した。レーザーのファジー制御を、レーザー出力が実験の間、一定のままになるようにとめた。器具は一般的に、固定レーザー出力にて較正するので、精度が、一定のレーザー出力を維持することより利益を受ける。他のファジー制御設定は、2から10kDaの質量範囲にて、ピークの分解能およびS/Nを制御した。これらの値は、各捕獲の前に最適化し、試料から試料への、またはスポットからスポットへの失敗した捕獲の数を最小化する一方で、スペクトルの品質を最大化するために選択した。偏向板をまた、低分子量イオン(<400m/z)を偏向するためにオンにし、マトリックスイオンでの検出器の飽和と、試料から発生するシグナルの最大化を防止する。さらに、レーザービームが試料表面を介してラスターしたので、各捕獲の前に、5つのワーニングショット(LP 閾値の約5から10%上)を発射して、任意の過剰なマトリックスを除去した。各分子量スペクトルに対して、600レーザーショットを、以上で設定した分解およびS/N基準を満たす場合にのみ、一緒に加えた。すべての他の粗悪な品質のスペクトルを無視し、廃棄し、ベースライン補正または平滑化アルゴリズムは、生スペクトルの捕獲の間使用しなかった。
器具の捕獲範囲を、m/z1000から20,000に設定し、感度および分解能に対して最適化した。すべての他の捕獲パラメーターおよび較正法を、400レーザーショットを各質量スペクトルに対して一緒に加えたことを除いて、実施例5dにて以上で記述したように設定した。 F.Q−10チップのCiphergen 4000 SELDI−TOFデータ捕獲
Bioprocessorsを、質量範囲0から50,000Daに対する最適化パラメーターを用いて、Ciphergen 4000 MALDI飛行時間質量分析器上にロードした。データをデジタル化し、530捕獲/スポット上で平均化して、イオン電流対質量/電荷(m/z)の単一スペクトルを得た。各スペクトルをサーバーに出力して、続いて捕獲後解析のために、ASCIIファイルとして読み出した。
質量分析データは、0から50,000の質量/電荷値と、これらの相当する強度値からなる。がんおよび非がんデータ組を構築した。がんデータ組は、すべてのがん試料からの質量スペクトルからなり、一方で、非がんデータ組は、正常被験者および良性肺疾患の患者を含む、各非がん試料からの質量スペクトルからなる。がんおよび非がんデータ組を、以下を実施するソフトウェアプログラム内で別々にアップロードした。
多変数解析を、免疫アッセイバイオマーカーおよび関心領域上で実施した。すべての異なる解析を、JMP統計学的パッケージを用いて実施した。目的を単純化するために、判別解析(DA)、主成分分析(PCA)および決定木(DT)を一般的に、本明細書で多変数法(MVM)と呼ぶ。PCAにおいて、データ中の総変数の90%超に相当する、たった最初の15の主成分が抽出されたということは注目に値する。因子ローディングおよび/または平等分配を使用して、各主成分に最も寄与した1つの因子のみ(バイオマーカー)を抽出した。因子ローディングの平方が、各主成分における各因子の相対的寄与を反映するので、これらの値を、各主成分に最も寄与したマーカーの選別のための基礎として使用した。したがって、最初の15主成分に最も寄与している15因子(バイオマーカー)を抽出した。DAにおいて、マーカーを選別する工程を、より多くのマーカーの添加が、分類出力に影響を与えなくなるまで実施した。一般的に、DAは5から8バイオマーカーを使用した。DTsの場合に、約5つのバイオマーカーを有する6−結節木を構築して、評価した。
A.改善分割スコア法(SSM)
Mor et al.(PNAS,102(21):7677(2005)を参照のこと)によって記述されたスプリットポイントスコアリング法を実行するためのインタラクティブソフトウェアが、マイクロソフト(Microsoft)(登録商標)ウィンドウズ(登録商標)下で実行すると記述された。本ソフトウェアは、試料の組に対するマーカー(バイオマーカーおよびバイオメトリックパラメーター)解析の結果を保存するための普通の媒体である、マイクロソフト(登録商標)Excelスプレッドシートを読む。データを、試料の疾患を指定するための領域を有する単一ワークシート上に保存可能であり、1つが疾患試料に対して、他が非疾患試料に対しての、2つのワークシート上に、および1対がトレーニング試料、疾患および非疾患で、他の対がトレーニング試料、疾患および非疾患に対してである、4つのワークシート上に保存可能である。最初の2つの場合、ユーザーは、入力からの無作為に選別したトレーニングおよび試験対を自動的に産出するために、本ソフトウェアを使用してよい。最後の場合、多数のExcelファイルを、一度に読み出して、単一の履行で解析してよい。
本明細書で先に議論したように、本方法は、1つのマーカーの測定を、1つの多くの可能性のあるスコアに変換することに関与する、加重スコアリング法である。これらのスコアは、等式:
スコア=AUC*因子/(1−特異性)
を用いて誘導される。
スコア=AUC*因子/(1−特異性)
スコア=0.70*3/(1−0.90)
スコア=21
3.3ng/mL超のサイトケラチン19の任意の値に対して、このようにスコア21を与えた。1.9より大きいが、3.3より小さいサイトケラチン19の任意の値に対して、スコア8.4を与え、以下同様である(以下の表17aを参照のこと)。
A.免疫アッセイバイオマーカーのSSM
実施例2にて議論したように、いくつかのバイオマーカーを、免疫学的アッセイによって検出した。これらには、サイトケラチン19、CEA、CA125、SCC、proGRP、サイトケラチン18、CA19−9およびCA15−3が含まれた。これらのデータを、SSMを用いて評価した。一緒に示されたこれらのバイオマーカーが臨床利用を制限した。良性肺疾患および肺がんを表している小コホートにおいて、陽性結果として4以上の閾値を有する、8つのバイオマーカーパネルの精度が、10小コホート試験組にわたり、平均64.8%精度(AUC0.69)を達成した。正常ならびに良性肺疾患および肺がんを表している、大コホートにおいて、陽性結果として4以上の閾値を有する、8つのバイオマーカーパネルの精度は、10大コホート試験組にわたり、平均77.4%精度(AUC0.79)を達成した。
のこれらのバイオマーカーの予想精度を改善した。したがって、4以上の閾値を陽性結果として有する、8つのバイオマーカーおよび1つのバイオメトリックパラメーターパネルの精度が、10小コホート試験組にわたり、平均69.6%精度(AUC0.75)を達成した。
推定バイオマーカーを、多変数統計学的方法を用いて同定した、実施例6とは反対に、ROC/AUC解析が関与する、単純な、非パラメトリー法をこの場合に使用して、推定バイオマーカーを同定した。本方法を適用することによって、許容可能な臨床性能を有する(AUC>0.6)個々のマーカーをさらなる解析のために選択した。トップ15のバイオマーカーとバイオメトリックパラメーター(ピークイヤー)のみが、選択され、群は、本明細書以下で、16AUC群(小および大)と意味される。
1つの多変数法の例は、決定木解析である。決定木解析のみを用いて同定されたバイオマーカーを、ひとまとめにして考え、SSMにて使用した。この群のバイオマーカーは、16AUCとして指定されたバイオマーカーの群と同様の臨床利用性を示した。例として、試験組1(10のうち)は、バイオメトリックパラメーターパックイヤーなしで、0.90、バイオメトリックパラメーターパックイヤーありで、0.91(試験)のAUC(試験)を有する。
続く段階において、(10トレーニング組中)5以上の頻度を有するすべてのマーカー(バイオマーカーおよびバイオメトリックパラメーター)を統合して、両コホートに対する、AUCおよびMVM群両方からのマーカーを含むマーカーの第二リストを産出した。SSM結果より、5以上の頻度を有する、小コホートから16の固有マーカー、大コホートから15の固有マーカーを選択した。以下の表22は、選択したマーカーを要約している。
小コホートに対する13バイオマーカーおよびバイオメトリックパラメーターのリストのサブセット(以上表23aを参照のこと)が、良好な臨床利用性を提供する。たとえば、分割スコア法におけるパネルとして一緒に利用する8つの最も頻度の高いバイオマーカーおよびバイオメトリックパラメーターは、試験サブセット1に対して、AUC0.90を有する(以上表23bを参照のこと)。
A.HPLC画分化
表22中のMSバイオマーカー候補の同定を得るために、まずプールされた、および/または個々の血清試料を、標準のプロトコールを用いて、逆相HPLCによって画分化する必要があった。ゲル電気泳動のため、およびMS解析のために十分な物質を得ることは、いくつかの画分化サイクルを必要とした。個々の画分を、MALDI−TOF MSによって特性化し、関心のピークを含む画分を一緒にプールし、スピードバック内で濃縮した。すべての他のバイオマーカー候補を以上で記述したように処理した。
濃縮後、候補バイオマーカーを含む画分を、SDS−PAGEにかけて、候補バイオマーカーに相当する分子量を有する所望のタンパク質/ペプチドを単離した。ゲル電気泳動(SDS−PAGE)を、製造業者(インビトロジェン社(Invitorgen,Inc.))によって提供された標準の方法を用いて実施した。簡単に記すと、手順には、候補バイオマーカーと公知の分子量の標準タンパク質を含む試料を、図3で示したような同一のゲル中、異なるウェル内にロードすることが含まれる。標準タンパク質の遊走距離を、「未知」試料のものと比較することによって、所望の分子量を有するバンドを同定し、ゲルより切り出した。
バイオマーカー候補を完全に特性化するために、そこから由来するタンパク質を同定することが必須であった。未知タンパク質の同定は、ゲル内消化と、続くトリプシン断片のタンデム質量分析が関与した。MS/MS処理の結果である産物イオンを、Swiss−Protタンパク質データベースに対して検索して、供給源タンパク質を同定した。低分子量を有するバイオマーカー候補に対して、タンデム質量分析と、続くde−novoシークエンシング、およびデータベース検索が、供給源タンパク質を同定するための選択の方法であった。検索によって、ホモサピエンス(Homo sapiens)ゲノムのみを考慮し、前駆体イオンに対して±1.2Daの質量精度、および産物イオンに対して±0.8Daの質量精度が考慮された(MS/MS)。1つの見逃された開裂のみがトリプシンに対して許可された。2つの可変改変のみが、データベース検索に対して許容され、カルバミドメチル化(C)および酸化(M)であった。Mascot検索エンジン結果および関連MSおよびMS/MSスペクトルの手動解釈を調整した後、最終タンパク質IDを帰した。結果の精度を、反復測定によって検証した。
A.ペプチドまたはタンパク質の免疫アッセイ:上記実施例9にて記述したバイオマーカーを、免疫アッセイ技術によって検出および測定可能である。たとえば、アボット ダイアグノスティックス(Abbott Diagnostics)からのArchitect(商標)免疫アッセイ系を、本発明のバイオマーカーを含むことが予想される試料中、未知の自己アッセイのために使用する。当分野で公知のように、本システムは、抗体でコートした磁気マイクロ粒子を利用し、関心のバイオマーカーに結合可能である。器具制御下、試料の分液を、当量の抗体−コート磁気マイクロ粒子と混合し、緩衝液、塩、界面活性剤および可溶性タンパク質を含む、標本希釈液の容量の2倍と混合した。インキュベーション後、マイクロ粒子を、緩衝液、塩、界面活性剤および保存剤を含む洗浄緩衝液で洗浄した。アクリジニウム標識共役物の分液を、当量の標本希釈液にそって加え、粒子を再分散させた。混合液をインキュベートし、洗浄緩衝液で洗浄した。洗浄した粒子を、硝酸および過酸化水素を含む酸性プレトリガー中に再分散させて、アクリジニウム共役物をマイクロ粒子から分離した。NaOHの溶液をついで加えて、化学発光反応をトリガーした。光を、光電子増倍管によって測定し、未知の結果は、標準曲線を構築するために使用した公知の量のバイオマーカーペプチドを含む一連の試料によって放射される光との比較によって定量する。次いで標準曲線を使用して、同一の様式で処理した臨床試料中のバイオマーカーの濃度を推測する。結果は、それ自身によって、または以下で記述したような他のマーカーとの組合せで、使用可能である。
Claims (73)
- 肺がんの疑いのある被験者の診断を補助する方法であり、
a.被験者より試験試料を得る段階、
b.試験試料において、パネル中の1つ以上のバイオマーカーの量を定量する段階、
c.パネル中の各バイオマーカーの量を前記バイオマーカーに対する所定のカットオフと比較し、および前記比較に基づいて各バイオマーカーに対するスコアを割り当てる段階、
d.段階cにおいて決定された各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に関する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、ならびに
f.総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんの危険性を有するかどうか決定する段階、
を含む、方法。 - 1つ又はそれ以上のバイオマーカーが、抗体、抗原および関心領域の群から選択される、請求項1の方法。
- 被験者から少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを得ることをさらに含む、請求項1の方法。
- 少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターが、被験者の喫煙歴に基づく、請求項3の方法。
- 少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを、前記バイオメトリックパラメーターのそれぞれに対する所定のカットオフと比較し、および前記比較に基づき各バイオメトリックパラメーターに対してスコアを割り当てる段階をさらに含み、各バイオメトリックパラメーターに対して割り当てられたスコアを、段階cにて定量した各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアと統合して、段階dでの前記被験者に対する総スコアを見つけ出し、段階eで総スコアを所定の総スコアと比較し、および段階fにおいて総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんの危険性を有するかどうかを決定する、請求項3の方法。
- 定量されるバイオマーカーが、抗−p53、抗−TMP21、抗−NPC1L1C−ドメイン、抗−TMOD1、抗−CAMK1、抗−RGS1、抗−PACSIN1、抗−RCV1、抗−MAPKAPK3、免疫反応性Cycllin E2に対する少なくとも1つの抗体、サイトケラチン8、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CEA、CA125、CA15−3、SCC、proGRP、CA19−9、血清アミロイドA、アルファ−1−抗−トリプシン、アポリポタンパク質CIII、Acn6399、Acn9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Pub6453、Pub2951、Pub2433、Pub17338、TFA6453およびHIC3959の1つ以上である、請求項1の方法。
- 肺がんに関連するバイオマーカーのDFIが、約0.4未満である、請求項1の方法。
- 肺がんの疑いのある被験者の診断を補助する方法であり、
a.被験者から少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを得る段階、
b.少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを、前記各バイオメトリックパラメーターに対して先に決定したカットオフと比較し、および前記比較に基づいて各バイオメトリックパラメーターに対してスコアを割り当てる段階、
c.被験者から試験試料を得る段階、
d.試験試料において、パネル内の2つ以上のバイオマーカーの量を定量(パネルは、少なくとも1つの抗体および少なくとも1つの抗原を含む。)する段階、
e.パネル中の定量された各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフに対して比較し、および前記比較に基づいて各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
f.段階bにて決定した各バイオメトリックパラメーターに対して割り当てられたスコアを、段階eにて定量した各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアと統合して、前記被験者の総スコアを見つけ出す段階、
g.段階fで決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、ならびに
h.段階fで決定した総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんの危険性を有するかどうかを決定する段階、
を含む、方法。 - パネルが、抗−p53、抗−TMP21、抗−NPC1L1C−ドメイン、抗−TMOD1、抗−CAMK1、抗−RGS1、抗−PACSIN1、抗−RCV1、抗−MAPKAPK3および免疫反応性サイクリンE2に対する少なくとも1つの抗体からなる群より選択される少なくとも1つの抗体を含む、請求項8の方法。
- パネルが、サイトケラチン8、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CEA、CA125、CA15−3、SCC、proGRP、CA19−9、血清アミロイドA、α−1−抗−トリプシンおよびアポリポタンパク質CIIIからなる群から選択される少なくとも1つの抗原を含む、請求項8の方法。
- パネルがさらに、Acn6399、Acn9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Pub6453、Pub2951、Pub2433、Pub17338、TFA6453およびHIC3959からなる群より選択される、少なくとも1つの関心領域を含む、請求項8の方法。
- 肺がんに関連したバイオマーカーのDFIが、約0.4未満である、請求項8の方法。
- バイオメトリックパラメーターが、被験者の喫煙歴、年齢、発がん物質への暴露および性別からなる群より選択される、請求項8の方法。
- バイオメトリックパラメーターが、喫煙のパックイヤーである、請求項13の方法。
- 段階bが、各バイオメトリックパラメーターの量を、前記バイオメトリックパラメーターに対する所定のカットオフの数に対して比較し、および前記比較に基づいて、各前記バイオメトリックパラメーターに対して可能性あるいくつかのスコアの1つを割り当てることを含み、段階eが、パネル中の各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフの数に対して比較し、および前記比較に基づいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てることを含み、段階fが、段階bでのバイオメトリックパラメーターに対する割り当てられたスコアを、段階eで定量された各バイオマーカーに対する割り当てられたスコアと統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出すことを含み、段階gが、段階fで決定した総スコアを、先に決定したいくつかの総スコアと比較することを含み、段階gが、段階gで決定した総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうかを決定することを含む、請求項8の方法。
- 肺がんの疑いのある被験者の診断を補助する方法であり、
a.被験者から試験試料を得る段階、
b.試験試料において、パネル中の2つ以上のバイオマーカーの量を定量(パネルは、少なくとも1つの抗体と少なくとも1つの抗原を含む。)する段階、
c.パネル中で定量された各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフと比較し、および前記比較に基づいて各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cにおいて定量された各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、ならびに
f.段階eにて決定された総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんの危険性を有するかどうかを決定する段階、
を含む、方法。 - パネルが、抗−p53、抗−TMP21、抗−NPC1L1C−ドメイン、抗−TMOD1、抗−CAMK1、抗−RGS1、抗−PACSIN1、抗−RCV1、抗−MAPKAPK3および免疫反応性サイクリンE2に対する少なくとも1つの抗体からなる群より選択される少なくとも1つの抗体を含む、請求項16の方法。
- パネルが、サイトケラチン8、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CEA、CA125、CA19−9、CA15−3、SCC、proGRP、血清アミロイドA、α−1−抗−トリプシンおよびアポリポタンパク質CIIIからなる群から選択される少なくとも1つの抗原を含む、請求項16の方法。
- パネルがさらに、Acn6399、Acn9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Pub6453、Pub2951、Pub2433、Pub17338、TFA6453およびHIC3959からなる群より選択される、少なくとも1つの関心領域を含む、請求項16の方法。
- 肺がんに関連したバイオマーカーのDFIが、約0.4未満である、請求項16の方法。
- 段階cが、パネル中の各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフの数と比較し、および前記比較に基づいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てることを含み、段階dが、段階cにて定量した各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出すことを含み、段階eが、段階dで決定した総スコアを、所定の総スコアの数と比較することを含み、ならびに段階fが、段階eで決定した総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうかを決定することを含む、請求項16の方法。
- 肺がんの疑いのある被験者の診断を補助する方法であり、
a.被験者から試験試料を得る段階、
b.試験試料においてパネル中の少なくとも1つのバイオマーカーの量を定量する(パネルが、免疫反応性サイクリンE2に対する少なくとも1つの抗体を含む。)段階、
c.パネル中の定量した各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフに対して比較し、および前記比較に基づいて各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cにて定量した各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて決定した総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、ならびに
f.段階eで決定した総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうか決定する段階、
を含む、方法。 - 肺がんに関連したバイオマーカーのDFIが、約0.4未満である、請求項22の方法。
- 段階cが、パネル中の各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフの数に対して比較し、および前記比較に基づいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てることを含み、段階dが、段階cにて定量した各バイオマーカーに対する割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出すことを含み、段階eが、段階dで決定した総スコアを、所定の総スコアの数と比較することを含み、ならびに段階fが、段階eで決定された総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうかを決定することを含む、請求項22の方法。
- 方法がさらに、被験者の少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを得ること、および少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを、各前記バイオメトリックパラメーターに対する所定のカットオフに対して比較すること、および前記比較に基づいて、各バイオメトリックパラメーターに対してスコアを割り当てること、を含む、請求項22の方法。
- さらに、試験試料中の少なくとも1つの抗原を定量すること、試験試料中の少なくとも1つの抗体を定量すること、または試験試料中の少なくとも1つの抗原および少なくとも1つの抗体の組合せを定量することを含む請求項22の方法。
- 定量される少なくとも1つの抗原が、サイトケラチン8、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CEA、CA125、CA15−3、SCC、CA19−9、proGRP、血清アミロイドA、α−1−抗−トリプシンおよびアポリポタンパク質CIIIからなる群から選択される、請求項26の方法。
- 定量される少なくとも1つの抗体が、抗−p53、抗−TMP21、抗−NPC1L1C−ドメイン、抗−TMOD1、抗−CAMK1、抗−RGS1、抗−PACSIN1、抗−RCV1、抗−MAPKAPK3からなる群より選択される、請求項26の方法。
- 試験試料中、Acn6399、Acn9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Pub6453、Pub2951、Pub2433、Pub17338、TFA6453およびHIC3959からなる群より選択される、少なくとも1つの関心領域を定量する段階をさらに含む、請求項22の方法。
- 肺がんの疑いのある被験者の診断において補助する方法であり、
a.被験者から試験試料を得る段階、
b.試験試料において、パネル中の少なくとも1つのバイオマーカーを定量(パネルには、サイトケラチン8、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CEA、CA125、CA15−3、SCC、CA19−9、proGRP、血清アミロイドA、α−1−抗−トリプシンおよびアポリポタンパク質CIIIからなる群より選択される少なくとも1つのバイオマーカーを含む。)する段階、
c.パネル中の定量した各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフと比較する段階、および前記比較に基づいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cにて定量した各バイオマーカーに対して割り当てたスコアを統合し、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて定量した総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、ならびに
f.総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうか決定する段階、
を含む、方法。 - 方法が、少なくとも1つの被験者のバイオメトリックパラメーターを得ること、および少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを各前記バイオメトリックパラメーターに対する所定のカットオフに対して比較し、および前記比較に基づいて、各バイオメトリックパラメーターに対してスコアを割り当てることをさらに含む、請求項30の方法。
- パネルがさらに、試験試料中の少なくとも1つの抗体を、試験試料中で定量する段階を含む、請求項30の方法。
- 少なくとも1つの抗体が、抗−p53、抗−TMP21、抗−NPC1L1C−ドメイン、抗−TMOD1、抗−CAMK1、抗−RGS1、抗−PACSIN1、抗−RCV1、抗−MAPKAPK3からなる群より選択される、請求項31の方法。
- パネルがさらに、Acn6399、Acn9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Pub6453、Pub2951、Pub2433、Pub17338、TFA6453およびHIC3959からなる群より選択される、少なくとも1つの関心領域を含む、請求項30の方法。
- 肺がんに関連したバイオマーカーのDFIが、約0.4未満である、請求項30の方法。
- 段階cが、パネル中の各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフの数に対して比較すること、および前記比較に基づいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てることを含み、段階dが、段階cにて定量した各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出すことを含み、段階eが、段階dにて決定された総スコアを、所定の総スコアの数と比較することを含み、ならびに段階fが、段階eにて決定した総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうかを決定することを含む、請求項30の方法。
- 肺がんの疑いのある被験者の診断において補助する方法であり、
a.被験者から試験試料を得る段階、
b.試験試料においてパネル中の少なくとも1つのバイオマーカーを(パネルは、少なくとも1つのバイオマーカーを含み段階で、バイオマーカーは、Acn6399、Acn9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Pub6453、Pub2951、Pub2433、Pub17338、TFA6453およびHIC3959からなる群より選択される、関心領域である。)定量する段階、
c.パネル中の定量した各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフと比較し、および前記比較に基づいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cで定量した各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて定量した総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、ならびに
f.段階eにて決定した総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうかを決定する段階、
を含む、方法。 - 方法がさらに、被験者の少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを得ること、および少なくとも1つのバイオメトリックパラメーターを、各前記バイオメトリックパラメーターに対する所定のカットオフに対して比較し、および前記比較に基づいて、各バイオメトリックパラメーターに対してスコアを割り当てること、を含む、請求項37の方法。
- パネルがさらに、少なくとも1つの抗原、少なくとも1つの抗体、または少なくとも1つの抗原と少なくとも1つの抗体の組合せを含む、請求項37の方法。
- 少なくとも1つの抗原は、サイトケラチン8、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CEA、CA125、CA15−3、SCC、CA19−9、proGRP、血清アミロイドA、α−1−抗−トリプシンおよびアポリポタンパク質CIIIからなる群から選択される、請求項39の方法。
- 少なくとも1つの抗体が、抗−p53、抗−TMP21、抗−NPC1L1C−ドメイン、抗−TMOD1、抗−CAMK1、抗−RGS1、抗−PACSIN1、抗−RCV1、抗−MAPKAPK3からなる群より選択される、請求項39の方法。
- 肺がんに関連したバイオマーカーのDFIが、約0.4未満である、請求項37の方法。
- 段階cが、パネル中の各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のいくつかのカットオフと比較し、および前記比較にもとづいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てることを含み、段階dが、段階cにて定量された各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出すことを含み、段階eが、段階dで決定された総スコアを、所定の総スコアの数を比較することを含み、段階fが、段階eにて決定された総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうかを決定することを含む、請求項37の方法。
- 肺がんの疑いのある被験者の診断において補助する方法であり、
a.被験者から試験試料を得る段階、
b.パネル中の2つ又はそれ以上のバイオマーカーを試験試料中において、定量(パネルは、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CA19−9、CEA、CA15−3、CA125、SCC、proGRP、ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453およびHic3959の2つ以上を含む。)する段階、
c.パネル中の各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフに対して比較し、および前記比較に基づいて、各バイオマーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cにて決定された各バイオマーカーに対する割り当てられたスコアを統合し、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dで決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、ならびに
f.段階eにて決定された総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうかを決定する段階、
を含む、方法。 - 肺がんに関連するバイオマーカーのDFIが、約0.4未満である、請求項44の方法。
- パネルが、サイトケラチン19、CEA、ACN9459、Pub11597、Pub4789およびTFA2759を含む、請求項44の方法。
- パネルが、サイトケラチン19、CEA、ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759およびTFA9133を含む、請求項44の方法。
- パネルが、サイトケラチン19、CA19−9、CEA、CA15−3、CA125、SCC、サイトケラチン18およびProGRPを含む、請求項44の方法。
- パネルが、Pub11597、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453およびHic3959を含む、請求項44の方法。
- パネルが、サイトケラチン19、CEA、CA125、SCC、サイトケラチン18、ProGRP、ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133を含む、請求項44の方法。
- 段階cが、パネル中の各バイオマーカーの量を、前記バイオマーカーに対する所定のカットオフの数と比較し、および前記比較に基づいて各バイオマーカーに対してスコアを割り当てることを含み、段階dが、段階cにて定量した各バイオマーカーに対する割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出すことを含み、段階eが、段階dにて決定した総スコアを、所定の総スコアの数と比較することを含むみ、ならびに段階fが、段階eにて決定された総スコアに基づいて、前記被験者が肺がんを有するかどうかを決定することを含む、請求項44の方法。
- 配列番号1、配列番号3、配列番号4、配列番号5またはその組合せからなる群より選択されるペプチドを含むキット。
- 免疫反応性サイクリンE2に対する少なくとも1つの抗体を含むキット。
- a.試験試料において1つ以上の抗原を定量するための、少なくとも1つの抗体を含む試薬(前記抗原は、サイトケラチン8、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CEA、CA125、CA15−3、SCC、CA19−9、proGRP、血清アミロイドA、α−1−抗−トリプシンおよびアポリポタンパク質CIIIである。)、
b.試験試料において、少なくとも1つの抗体を定量するための、1つまたははそれ以上の抗原を含む試薬(前記抗体は、抗−p53、抗−TMP21、抗−NPC1L1C−ドメイン、抗−TMOD1、抗−CAMK1、抗−RGS1、抗−PACSIN1、抗−RCV1、抗−MAPKAPK3、および免疫反応性サイクリンE2に対する少なくとも1つの抗体である。)、
c.ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453およびHic3959からなる群から選択される、1つ以上の関心領域を定量するための試薬、ならびに
d.試験試料において定量された、各抗原、抗体および関心領域の量を所定のカットオフに対して統合および比較するため、および前記比較に基づいて定量した、各抗原、抗体および関心領域に対してスコアを割り当てるため、定量した各抗原、抗体および関心領域に対して割り当てられたスコアを統合して総スコアを得るため、総スコアを所定の総スコアと比較するため、および被験者が肺がんを有するかどうか決定することにおける補助として、前記比較を用いるためのアルゴリズム、
を含むキット。 - a.試験試料において1つ以上の抗原を定量するための、少なくとも1つの抗体を含む試薬(前記抗原は、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CA19−9、CEA、CA15−3、CA125、SCC、およびproGRPである。)、
b.ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Pub6453、およびHic3959からなる群から選択される、1つ以上の関心領域を定量するための試薬、ならびに
c.試験試料において定量された、各抗原および関心領域の量を所定のカットオフに対して統合および比較するため、および前記比較に基づいて定量した、各抗原および関心領域に対してスコアを割り当てるため、定量した各抗原および関心領域に対して割り当てられたスコアを統合して総スコアを得るため、総スコアを所定の総スコアと比較するため、および被験者が肺がんを有するかどうか決定することにおける補助として、前記比較を用いるための、1つ以上のアルゴリズム、
を含むキット。 - 定量すべき抗原が、サイトケラチン19およびCEAであり、ならびに定量すべき関心領域が、Acn9459、Pub11597、Pub4789およびTfa2759からなる群より選択される、請求項55のキット。
- 定量されるべき抗原が、サイトケラチン19およびCEAであり、ならびに定量すべき関心領域が、Acn9459、Pub11597、Pub4789、Tfa2759およびTfa9133からなる群より選択される、請求項55のキット。
- 定量されるべき抗原が、サイトケラチン19、CEA、CA125、SCC、サイトケラチン18およびProGRPであり、ならびに定量すべき関心領域が、ACN9459、Pub4789およびTfa2759からなる群より選択される、請求項55のキット。
- a.試験試料において1つ以上の抗原を定量するための、少なくとも1つの抗体を含む試薬(前記抗原は、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CA19−9、CEA、CA15−3、CA125、SCC、およびproGRPである。)、ならびに
b.試験試料において定量された、各抗原の量を所定のカットオフに対して統合および比較するため、および前記比較に基づいて定量した各抗原に対してスコアを割り当てるため、定量した各抗原に対して割り当てられたスコアを統合して総スコアを得るため、総スコアを所定の総スコアと比較するため、および被験者が肺がんを有するかどうか決定することにおける補助として、前記比較を用いるための、1つ以上のアルゴリズム、
を含むキット。 - 定量されるべき抗原が、サイトケラチン19、サイトケラチン18、CA19−9、CEA、CA15−3、CA125、SCC、およびproGRPである、請求項56のキット。
- a.1つ以上のバイオマーカーを定量するための試薬(前記バイオマーカーが、ACN9459、Pub11597、Pub4789、TFA2759、TFA9133、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453、およびHic3959からなる群から選択される、関心領域である。)、
b.試験試料において定量された、各バイオマーカーの量を、所定のカットオフに対して統合および比較するため、および前記比較に基づいて定量した各バイオマーカーに対してスコアを割り当てるため、定量した各バイオマーカーに対して割り当てられたスコアを統合して総スコアを得るため、総スコアを所定の総スコアと比較するため、および被験者が肺がんを有するかどうか決定することにおける補助として、前記比較を用いるための、1つ以上のアルゴリズム、
を含むキット。 - 定量されるべき関心領域が、Pub11597、Pub3743、Pub8606、Pub4487、Pub4861、Pub6798、Tfa6453およびHic3959からなる群から選択される、請求項61のキット。
- 配列番号3および配列番号3のアミノ酸配列に対して60%相同性を有するポリペプチドからなる群より選択されるアミノ酸配列を有する単離ポリペプチド。
- 配列番号4および配列番号4のアミノ酸配列に対して60%相同性を有するポリペプチドからなる群より選択されるアミノ酸配列を有する単離ポリペプチド。
- 配列番号5および配列番号5のアミノ酸配列に対して60%相同性を有するポリペプチドからなる群より選択されるアミノ酸配列を有する単離ポリペプチド。
- a.被験者から少なくとも1つのマーカーを得る段階、
b.前記被験者からのマーカーの量を定量する段階、
c.定量した各マーカーの量を、前記マーカーに対する所定のカットオフの量に対して比較し、および前記比較に基づいて、各マーカーに対してスコアを割り当てる段階、および、
d.段階cにて定量した各マーカーに対する割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
を含む、被験者から得た1つ以上のマーカーをスコア化するための方法。 - マーカーが、バイオマーカー、バイオメトリックパラメーター、またはバイオマーカーとバイオメトリックパラメーターの組合せである、請求項66の方法。
- 所定のカットオフが、ROC曲線に基づく、請求項66の方法。
- 各マーカーに対するスコアが、マーカーの特異性に基づいて計算される、請求項66の方法。
- 被験者の病状を発現させる危険性を決定するための方法であり、
a.被験者から少なくとも1つのマーカーを得る段階、
b.前記被験者からのマーカーの量を定量する段階、
c.定量した各マーカーの量を、前記マーカーに対する所定のいくつかのカットオフの量に対して比較し、および前記比較に基づいて、各マーカーに対してスコアを割り当てる段階、
d.段階cにて定量した各マーカーに対する割り当てられたスコアを統合して、前記被験者に対する総スコアを見つけ出す段階、
e.段階dにて決定された総スコアを、所定の総スコアと比較する段階、ならびに
f.段階eにて決定した総スコアに基づいて、病状を発現させる危険性を前記被験者が有するかどうかを決定する段階、
を含む、方法。 - マーカーが、バイオマーカー、バイオメトリックパラメーター、またはバイオマーカーとバイオメトリックパラメーターの組合せである、請求項70の方法。
- 所定のカットオフが、ROC曲線に基づく、請求項70の方法。
- 各マーカーに対するスコアが、マーカーの特異性に基づいて計算される、請求項70の方法。
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