JP2011523031A5

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Publication number: JP2011523031A5
Application number: JP2011503102A
Authority: JP
Filing date: 2009-03-31
Publication date: 2012-05-24
Anticipated expiration: 2029-03-31

Description

本明細書に説明する任意の方法または組成物が、任意の他の方法または組成物について実装可能であることが想定される。他の目的、特徴、および利点は、以下の詳細な説明から明白になる。しかしながら、本発明の精神および範囲内における種々の変更および修正が、この詳細な説明から明らかになることから、詳細な説明および具体的な例が、本発明の具体的な実施形態を示す一方で、例証のみとして提供されることを理解されたい。
[本発明1001]
対象からの生体試料に関するデータを入手するための機械であって、
ａ．前記生体試料を保持するための生体試料容器と、
ｂ．前記生体試料におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在を検出するように構成される判断モジュールと、
ｃ．前記判断モジュールから出力されたデータを格納するように構成されるストレージ機器と、
ｄ．前記ストレージ機器上に格納される前記データを対照データと比較するように適合される比較モジュールと、
ｅ．クライアントコンピュータ上にユーザのために読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールであって、
（ｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩポリペプチドの存在であり、および／または
（ｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であり、および／または
（ｉｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るという信号であり、および／または
（ｉｖ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であり得る信号である、前記ディスプレイモジュールと、
を備える前記機械。
[本発明1002]
前記判断モジュールが、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定する、本発明1001の機械。
[本発明1003]
前記判断モジュールが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン10（Ｓ10）のリン酸化のレベルを測定する、本発明1001の機械。
[本発明1004]
リン酸化のレベルが、タンパク質結合部分を使用して測定される、本発明1002または1003の機械。
[本発明1005]
前記判断モジュールが、前記生体試料を少なくとも1つのタンパク質結合部分と接触させる、本発明1004の機械。
[本発明1006]
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、3重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、本発明1005の機械。
[本発明1007]
前記判断モジュールが、免疫ブロット分析、免疫組織化学的分析；ＥＬＩＳＡ、イソ型に特異的な化学的もしくは酵素的開裂、タンパク質配列、または質量分析から成る群から選択される方法を使用して、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在を検出する、本発明1006の機械。
[本発明1008]
前記生体試料が、癌または少なくとも1つの癌細胞を含む、本発明1001の機械。
[本発明1009]
前記癌細胞が、癌幹細胞である、本発明1008の機械。
[本発明1010]
前記生体試料が、組織試料、腫瘍試料、生検試料、生体外培養試料、生体外培養腫瘍試料、外科的に解離した組織試料、血液試料、血漿試料、癌試料、リンパ液試料、原発腹水料から成る群から選択される、本発明1001の機械。
[本発明1011]
前記癌が、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、結腸癌、卵巣癌、乳癌、および子宮頸癌から成る群から選択される、本発明1008の機械。
[本発明1012]
前記癌が、難治性癌である、本発明1008の機械。
[本発明1013]
前記癌が、消化管癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、扁平上皮細胞癌（ＳＣＣ）、頭部の扁平上皮細胞癌（ＳＣＣ）、頸部、肺、および食道の扁平上皮細胞癌、頭頸部癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、脳癌、骨髄癌、骨癌、腎臓癌、網膜癌、皮膚癌、膀胱癌、結腸癌、食道癌、精巣癌、子宮頸癌、肝臓癌、腎臓癌、膵臓癌、性器−膀胱癌、消化管癌、歯肉癌、舌癌、腎臓癌、鼻咽頭癌、胃癌、子宮内膜癌、ならびに腸腫瘍細胞癌の群から選択される、本発明1008の機械。
[本発明1014]
前記乳癌が、トリプルネガティブサブタイプ乳癌；またはエストロゲン受容体（ＥＲ）、前記プロゲステロン受容体（ＰＲ）の発現を欠く、およびＨｅｒ−2発現を欠く癌である、本発明1011の機械。
[本発明1015]
トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、本発明1001の機械。
[本発明1016]
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、本発明1001の機械。
[本発明1017]
前記対象が、癌を患っているか、または癌を患っている可能性のあると認められる対象である、本発明1001の機械。
[本発明1018]
前記対象が、ヒト対象である、本発明1001の機械。
[本発明1019]
生物標本に関するデータを入手するためのコンピュータシステムであって、
（ａ）リン酸化情報を受信するように構成される判断モジュールであって、前記リン酸化情報が、
（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベル、または
（ｉｉ）トポイソメラーゼＩのセリン10（Ｓ10）上のリン酸化が存在するか否か、
を含む、前記判断モジュールと、
（ｂ）前記判断モジュールからの出力されたデータを格納するように構成されるストレージ機器と、
（ｃ）前記ストレージ機器上に格納された前記データを参照データと比較し、かつ読み出されたコンテンツを提供するように適合される比較モジュールと、
（ｄ）前記ユーザのために前記読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールであって、
（v）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩポリペプチドの存在であり、および／または
（vｉ）前記読み出されたコンテンツが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であり、および／または
（vｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るという信号であり、および／または
（vｉｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であり得る信号である、前記ディスプレイモジュールと、
を備える、前記コンピュータシステム。
[本発明1020]
前記判断モジュールが、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定する、本発明1019のコンピュータシステム。
[本発明1021]
前記判断モジュールが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン10（Ｓ10）のリン酸化のレベルを測定する、本発明1019のコンピュータシステム。
[本発明1022]
リン酸化のレベルが、タンパク質結合部分を使用して測定される、本発明1020または1021のコンピュータシステム。
[本発明1023]
前記判断モジュールが、前記生体試料を少なくとも1つのタンパク質結合部分と接触させる、本発明1022のコンピュータシステム。
[本発明1024]
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、3重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、本発明1023のコンピュータシステム。
[本発明1025]
前記判断モジュールが、免疫ブロット分析、免疫組織化学的分析；ＥＬＩＳＡ、イソ型に特異的な化学的もしくは酵素的開裂、タンパク質配列、または質量分析から成る群から選択される方法を使用して、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在を検出する、本発明1024のコンピュータシステム。
[本発明1026]
前記生体試料が、癌または少なくとも1つの癌細胞を含む、本発明1019のコンピュータシステム。
[本発明1027]
トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、本発明1019のコンピュータシステム。
[本発明1028]
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、本発明1027のコンピュータシステム。
[本発明1029]
前記対象が、癌を患っているか、または癌を患っている可能性のあると認められる対象である、本発明1019のコンピュータシステム。
[本発明1030]
前記対象が、ヒト対象である、本発明1019のコンピュータシステム。
[本発明1031]
コンピュータ上で方法を実装するために判断モジュールおよび比較モジュールを含むソフトウェアモジュールを規定するために、コンピュータ可読命令がその上に記録されるコンピュータ可読媒体であって、前記方法が、
（ａ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化情報に関するデータを格納するステップであって、前記リン酸化情報が、
（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベル、または
（ｉｉ）前記判断モジュールからの出力されたトポイソメラーゼＩのセリン10（Ｓ10）上のリン酸化が存在するか否か、
を含む、前記ステップと、
（ｂ）前記ストレージ機器上に格納される前記データを参照データと、前記比較モジュールで比較し、読み出されたコンテンツを提供するステップと、
（ｃ）前記ユーザのために前記読み出されたコンテンツを表示するステップであって、トポイソメラーゼＩポリペプチドの前記リン酸化レベルは、プロファイルであり、前記プロファイルは、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対する癌の反応性を示し、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の検出の非存在は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る癌を示し、10％を上回るリン酸化の存在は、前記癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して無反応であり得ることを示すステップと、
を含む方法である、前記コンピュータ可読媒体。
[本発明1032]
前記判断モジュールが、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定する、本発明1031のコンピュータ可読媒体。
[本発明1033]
前記判断モジュールが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン10（Ｓ10）のリン酸化のレベルを測定する、本発明1031のコンピュータ可読媒体。
[本発明1034]
前記リン酸化のレベルが、タンパク質結合部分を使用して測定される、本発明1032および1033のコンピュータ可読媒体。
[本発明1035]
前記判断モジュールが、前記生体試料を少なくとも1つのタンパク質結合部分と接触させる、本発明1034のコンピュータ可読媒体。
[本発明1036]
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、3重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、本発明1035のコンピュータ可読媒体。
[本発明1037]
前記判断モジュールが、免疫ブロット分析、免疫組織化学的分析；ＥＬＩＳＡ、イソ型に特異的な化学的もしくは酵素的開裂、タンパク質配列、または質量分析から成る群から選択される方法を使用して、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在を検出する、本発明1031のコンピュータ可読媒体。
[本発明1038]
前記生体試料が、癌または少なくとも1つの癌細胞を含む、本発明1031のコンピュータ可読媒体。
[本発明1039]
トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、本発明1031のコンピュータシステム。
[本発明1040]
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、本発明1039のコンピュータ可読媒体。
[本発明1041]
前記対象が、癌を患っているか、または癌を患っている可能性のあると認められる対象である、本発明1031のコンピュータ可読媒体。
[本発明1042]
前記対象が、ヒト対象である、本発明1031のコンピュータ可読媒体。
[本発明1043]
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための本発明1001の機械の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
[本発明1044]
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための本発明1001の機械の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチド上のセリン10（Ｓ10）のリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
[本発明1045]
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための本発明1019のコンピュータシステムの使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
[本発明1046]
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための本発明1019のコンピュータシステムの使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチド上のセリン10（Ｓ10）のリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
[本発明1047]
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための本発明1031のコンピュータ可読媒体の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
[本発明1048]
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための本発明1031のコンピュータ可読媒体の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチド上のセリン10（Ｓ10）のリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
[本発明1049]
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応である癌の可能性を識別する方法であって、少なくとも1つの癌細胞におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップを含み、リン酸化の存在がトポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在が検出される癌に比べて、トポイソメラーゼ阻害剤に対してより非反応であり得る前記癌を識別する、前記方法。
[本発明1050]
対象における癌を処置するための方法であって、
（ｉ）前記対象から入手した癌細胞を含む生体試料におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップと、
（ｉｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのレベルを検出するステップであって、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化される場合、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であるものとして識別されるか、または前記トポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化されない場合、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るものとして識別されるステップと、
（ｉｉｉ）トポイソメラーゼＩ阻害剤以外の抗癌剤を対象に投与するステップであって、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であると識別されるステップと、
を含む、前記方法。
[本発明1051]
前記トポイソメラーゼＩポリペプチドの前記リン酸化が、トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン10（Ｓ10）のリン酸化である、本発明1049または1050の方法。
[本発明1052]
前記トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、本発明1049または1050の方法。
[本発明1053]
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、本発明1052の方法。
[本発明1054]
前記対象が、ヒトである、本発明1049または1050の方法。
[本発明1055]
リン酸化トポイソメラーゼＩに対して特異親和性を有するタンパク質結合部分であって、前記リン酸化トポイソメラーゼＩが、前記セリン10（Ｓ10）アミノ酸残基においてリン酸基を含む、タンパク質結合部分。
[本発明1056]
前記タンパク質結合部分が、抗体またはそのフラグメントである、本発明1055のタンパク質結合部分。
[本発明1057]
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、3重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、本発明1055のタンパク質結合部分。
[本発明1058]
本発明1049または1050の方法に従って、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応である癌の可能性を識別するための、本発明1055のタンパク質結合部分の使用。
[本発明1059]
本発明1055の前記タンパク質結合部分を含む、キット。

Claims

トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応である癌の可能性を識別するためのアッセイ法であって、対象から入手した少なくとも１つの癌細胞におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップを含み、リン酸化の存在がトポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在が検出される癌に比べて、トポイソメラーゼ阻害剤に対してより非反応であり得る前記癌を識別する、前記アッセイ法。
前記トポイソメラーゼＩポリペプチドの前記リン酸化が、トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化である、請求項１に記載のアッセイ法。
前記トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）、トポテカンおよびイリノテカンまたはその類似体もしくは模倣剤である、請求項１に記載のアッセイ法。
前記対象が、ヒトである、請求項１に記載のアッセイ法。
対象における癌を処置するための方法において使用するための、トポイソメラーゼＩ阻害剤以外の抗がん剤であって、該方法が、
（ｉ）前記対象から入手した癌細胞を含む生体試料におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップと、
（ｉｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのレベルを検出するステップであって、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化される場合は、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であるものとして識別され、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化されない場合は、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るものとして識別されるステップと、
（ｉｉｉ）トポイソメラーゼＩ阻害剤以外の抗癌剤を対象に投与するステップであって、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であると識別されるステップと、
を含む、前記剤。
リン酸化トポイソメラーゼＩに対して特異親和性を有するタンパク質結合部分であって、前記リン酸化トポイソメラーゼＩが、前記セリン１０（Ｓ１０）アミノ酸残基においてリン酸基を含む、前記タンパク質結合部分。
前記タンパク質結合部分が、抗体もしくはそのフラグメント；組み換え抗体、キメラ抗体、３重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、請求項６に記載のタンパク質結合部分。
請求項６に記載の前記タンパク質結合部分を含む、キット。
リン酸化のレベルが、請求項６に記載のタンパク質結合部分を使用して測定される、請求項１に記載のアッセイ法。
前記タンパク質結合部分が、免疫ブロット分析、免疫組織化学的分析；ＥＬＩＳＡ、イソ型に特異的な化学的もしくは酵素的開裂、タンパク質配列、または質量分析から成る群から選択される方法において使用される、請求項９に記載のアッセイ法。
前記癌が、難治性癌、または以下からなる群から選択される癌である、請求項１に記載のアッセイ法：
消化管癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、扁平上皮細胞癌（ＳＣＣ）、頭部、頸部、肺、および食道の扁平上皮細胞癌（ＳＣＣ）、頭頸部癌、肺癌、非小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、神経系の癌、脳癌、骨髄癌、骨癌、腎臓癌、網膜癌、皮膚癌、膀胱癌、結腸癌、食道癌、精巣癌、子宮頸癌、肝臓癌、腎臓癌、膵臓癌、性器−膀胱癌、消化管癌、歯肉癌、舌癌、腎臓癌、鼻咽頭癌、胃癌、子宮内膜癌、ならびに腸腫瘍細胞癌。
対象からの生体試料に関するデータを入手するための機械であって、
ａ．前記生体試料を保持するための生体試料容器と、
ｂ．前記生体試料におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在を検出するように構成された判断モジュールと、
ｃ．前記判断モジュールから出力されたデータを格納するように構成されたストレージ機器と、
ｄ．前記ストレージ機器上に格納された前記データを対照データと比較するように適合された比較モジュールと、
ｅ．クライアントコンピュータ上にユーザのために読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールであって、
（ｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩポリペプチドの存在であり、および／または
（ｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であり、および／または
（ｉｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るという信号であり、および／または
（ｉｖ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であり得る信号である、前記ディスプレイモジュールと、
を備える前記機械。
生物標本に関するデータを入手するためのコンピュータシステムであって、
（ａ）リン酸化情報を受信するように構成された判断モジュールであって、前記リン酸化情報が、
（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベル、または
（ｉｉ）トポイソメラーゼＩのセリン１０（Ｓ１０）上のリン酸化が存在するか否か、
を含む、前記判断モジュールと、
（ｂ）前記判断モジュールからの出力されたデータを格納するように構成されたストレージ機器と、
（ｃ）前記ストレージ機器上に格納された前記データを参照データと比較し、かつ読み出されたコンテンツを提供するように適合される比較モジュールと、
（ｄ）前記ユーザのために前記読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールであって、
（v）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩポリペプチドの存在であり、および／または
（vｉ）前記読み出されたコンテンツが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であり、および／または
（vｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るという信号であり、および／または
（vｉｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であり得る信号である、前記ディスプレイモジュールと、
を備える、前記コンピュータシステム。
コンピュータ上で方法を実装するために判断モジュールおよび比較モジュールを含むソフトウェアモジュールを規定するために、コンピュータ可読命令がその上に記録されるコンピュータ可読媒体であって、前記方法が、
（ａ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化情報に関するデータを格納するステップであって、前記リン酸化情報が、
（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベル、または
（ｉｉ）前記判断モジュールからの出力されたトポイソメラーゼＩのセリン１０（Ｓ１０）上のリン酸化が存在するか否か、
を含む、前記格納するステップと、
（ｂ）前記ストレージ機器上に格納される前記データを参照データと、前記比較モジュールで比較し、読み出されたコンテンツを提供するステップと、
（ｃ）前記ユーザのために前記読み出されたコンテンツを表示するステップであって、トポイソメラーゼＩポリペプチドの前記リン酸化レベルは、プロファイルであり、前記プロファイルは、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対する癌の反応性を示し、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の検出の非存在は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る癌を示し、１０％を上回るリン酸化の存在は、前記癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して無反応であり得ることを示す、前記表示するステップと
を含む、前記コンピュータ可読媒体。