JP2009072206A - リアルタイム核酸増幅データから初期核酸濃度を定量化する方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】生物またはウイルスなどから抽出した核酸(DNAまたはRNA)を酵素を利用して増幅するステップと、核酸の増幅サイクル数または増幅時間によってリアルタイムに表れる増幅サイクルまたは増幅時間の間の増幅効率を表す関数を生成するステップと、関数を利用し、増幅効率の最大値に該当する増幅サイクル数または増幅時間を算出するステップと、算出した増幅サイクル数または増幅時間から核酸の初期濃度を求めるステップと、を含む。これにより、微分/積分方法を使用せずとも核酸の初期濃度を求めることができる。
【選択図】図1
Description
Claims (17)
- (a)核酸を増幅するステップと、
(b)前記核酸の増幅サイクル数または増幅時間によってリアルタイムに表れる前記増幅サイクルまたは増幅時間の間の増幅効率を表す関数を生成するステップと、
(c)前記関数を利用し、前記増幅効率の最大値に該当する増幅サイクル数または増幅時間を算出するステップと、
(d)前記算出した増幅サイクル数または増幅時間から前記核酸の初期濃度を求めるステップと、を含むことを特徴とする初期核酸濃度を定量化する方法。 - 前記(a)ステップは、
酵素を利用し、前記核酸を増幅するステップを含むことを特徴とする請求項1に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。 - 前記(a)ステップは、
熱的サイクルを必要とする核酸増幅法により前記核酸を増幅するステップを含むことを特徴とする請求項1に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。 - 前記(a)ステップは、
等温核酸増幅法により前記核酸を増幅するステップを含むことを特徴とする請求項1に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。 - 前記Rbは、初期蛍光信号の強度に該当する値であることを特徴とする請求項6に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。
- 前記Rbは、最初の増幅サイクルでの蛍光信号の強度(R1)であることを特徴とする請求項6に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。
- 前記Rbは、前記核酸の増幅サイクル数または増幅時間によってリアルタイムに表れる前記核酸の増幅量による蛍光信号間の相関関係を表す関数から求めた前記核酸の背景蛍光信号の強度であることを特徴とする請求項6に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。
- 前記Rbは、−(Rb)sigmoidalであり、これはシグモイドモデルに対する全ての増幅サイクルでの核酸の蛍光強度の最小二乗フィッティングによるものであることを特徴とする請求項9に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。
- 前記Rbは、前記増幅効率の最大値(En)を1にする値であることを特徴とする請求項6に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。
- 前記(c)ステップは、
前記関数からカーブフィッティングを利用し、前記最大増幅効率に該当する増幅サイクル数または増幅時間を算出するステップを含むことを特徴とする請求項1に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。 - 前記カーブフィッティングは、
n次多項式(nは、2以上の整数)を使用することを特徴とする請求項12に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。 - 前記カーブフィッティングは、
サイン関数やコサイン関数を使用することを特徴とする請求項12に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。 - 前記カーブフィッティングは、
ガウス分布関数を使用することを特徴とする請求項12に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。 - 前記カーブフィッティングは、
三次スプライン補間法を使用することを特徴とする請求項12に記載の初期核酸濃度を定量化する方法。 - 前記(d)ステップは、
最大増幅効率に該当する増幅サイクル数または増幅時間と核酸の初期濃度との関係を表す補正曲線を利用し、前記(c)ステップで算出した増幅サイクル数また は増幅時間から前記核酸の初期濃度を求めるステップを含むことを特徴とする請求項1に記載の初期の核酸濃度を定量化する方法。
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