JP2019519845A - 生物学的データに対するグラフィカルユーザインターフェースのための方法およびシステム - Google Patents
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Abstract
Description
本明細書に説明される様々な実施形態によると、グラフィカルユーザインターフェース(GUI)のための外れ値円形データ視覚化は、外れ値増幅データのより明らかな識別を可能にし得る方式で生物学的データを提示するために使用され得る。外れ値円形はまた、より従来のタイプのデータ視覚化で明らかではない場合がある情報への効率的なフィルタリングおよび直感的なドリルダウンを可能にする方式で生物学的データを表す。
遺伝子型決定アプリケーションにおいて、異なる対立遺伝子標的からの増幅データは、異なる対立遺伝子標的間を区別することができるように共にプロットされる。このタイプのプロットは、対立遺伝子区別プロットと呼ばれる。対立遺伝子区別プロットは、第1の対立遺伝子のみ、第2の対立遺伝子のみ、第1および第2の対立遺伝子の両方を含むか、または対立遺伝子のいずれも含まないサンプルがどれかを示す。しかしながら、これらの遺伝子型決定クラスタ位置は、他の基板(例えば、マイクロタイタプレート、サンプルカード、サンプルプレート、サンプルチップ等)からのサンプルが組み合わされたとき、蛍光空間内にシフトするように知られており、結果として生じる遺伝子型決定クラスタの増加した散乱をもたらす。これは、例えば、履歴データの使用を制限し得る、履歴データの重ね合わせの問題をもたらし得る。
RCA:+ユーザ選択された基準基板+自動化されたデータ通信(角度のみ)
RCAA:+ユーザ選択された基準基板+自動化されたデータ通信(角度および振幅または倍率)
RA:+ユーザ選択された基準基板(角度のみ)、自動化されたデータ通信なし
RAA:+ユーザ選択された基準基板(角度および振幅または倍率)、自動化されたデータ通信なし
A:(角度のみ)、ユーザ選択された基準基板なし、自動化されたデータ通信なし
AA:(角度および振幅または倍率)、ユーザ選択された基準基板なし、自動化されたデータ通信なし
Claims (36)
- グラフィカルユーザインターフェース(GUI)のための外れ値円形データ視覚化を生成するコンピュータ実装方法であって、
複数の増幅反応から放射データを受信することと、
前記放射データを使用して外れ値円形データ視覚化を生成することであって、前記外れ値円形データ視覚化が、複数の線を含み、各線が、前記複数の増幅反応のうちの増幅反応からの放射データを表し、各線が、長さおよび視覚インジケータを有し、各線の前記長さが、前記放射データの蛍光強度の成長を表し、前記視覚インジケータが、前記放射データの関連付けられたサイクル数を示し、各線が、前記複数の線が円形に構成されるように角度位置と関連付けられる、生成することと、
前記外れ値円形データ視覚化をGUI上に表示することと、を含むコンピュータ実装方法。 - 蛍光対増幅サイクル数の放射データを使用して増幅曲線プロットを生成することと、
前記GUI上の前記外れ値円形データ視覚化に沿って前記増幅曲線プロットを表示することと、をさらに含む、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。 - 各線と関連付けられた前記角度位置がプレート内の前記関連付けられた増幅反応の位置に基づく、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 各線と関連付けられた前記角度位置が、前記線と関連付けられた前記放射データの特徴に基づく、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- ユーザから前記複数の線の一部分の選択を受信することと、
前記増幅曲線プロットを動的に調節して、前記選択に対応する増幅曲線を表示すること、をさらに含む請求項2に記載のコンピュータ実装方法。 - 前記複数の増幅反応の特徴選択を受信することと、
前記外れ値円形データ視覚化を動的にフィルタリングして、前記特徴選択に合致する前記複数の線を含めること、をさらに含む請求項1に記載のコンピュータ実装方法。 - 前記特徴選択は、
サブアレイ、サンプル、増幅状態、標的、Cq、終点Rn、および増幅スコアからなる群から選択される、請求項6に記載のコンピュータ実装方法。 - グラフィカルユーザインターフェース(GUI)のための外れ値円形データ視覚化を生成するためのシステムであって、
メモリと、
プロセッサであって、
複数の増幅反応から放射データを受信することと、
複数の線を含む前記放射データを使用して外れ値円形データ視覚化を生成することであって、前記外れ値円形データ視覚化内に含められた各線が、前記複数の増幅反応のうちの増幅反応からの放射データを表し、各線が、長さおよび視覚インジケータを有し、各線の前記長さが、前記放射データの蛍光強度の成長を表し、前記視覚インジケータが、前記放射データの関連付けられたサイクル数を示し、各線が、前記複数の線が円形に構成されるように角度位置と関連付けられる、生成することと、
前記外れ値円形データ視覚化をGUI上に表示することと、を行うように構成された、プロセッサとを備えるシステム。 - 前記プロセッサは、
蛍光対増幅サイクル数の放射データを使用して増幅曲線プロットを生成することと、
前記GUI上の前記外れ値円形データ視覚化に沿って前記増幅曲線プロットを表示することと、を行うようにさらに構成されている請求項8に記載のシステム。 - 各線と関連付けられた前記角度位置が、プレート内の前記関連付けられた増幅反応の位置に基づく、請求項8に記載のシステム。
- 各線と関連付けられた前記角度位置が、前記線と関連付けられた前記放射データの特徴に基づく、請求項8に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、
ユーザから前記複数の線の一部分の選択を受信することと、
前記増幅曲線プロットを動的に調節して、前記選択に対応する増幅曲線を示すことを行うようにさらに構成されている、請求項9に記載のシステム。 - 前記プロセッサは、
前記複数の増幅反応の特徴選択を受信することと、
前記外れ値円形データ視覚化を動的にフィルタリングして、前記特徴選択に合致する前記複数の線を含めることを行うようにさらに構成されている、請求項8に記載のシステム。 - 前記特徴選択は、
サブアレイ、サンプル、増幅状態、標的、Cq、終点Rn、および増幅スコアからなる群から選択される、請求項13に記載のシステム。 - 遺伝子型決定データを正規化するコンピュータ実装方法であって、
複数の基板からの一組の放射データを受信し、前記放射データが、第1の染色の強度および第2の染色の強度を含み、前記第1の染色が、第1の標的対立遺伝子の存在を示し、前記第2の染色が、第2の標的対立遺伝子の存在を示すことと、
前記第1の染色の前記強度を前記第2の染色の前記強度に対してプロットすることによって前記一組の放射データのプロットを生成することと、
角変換に基づいて前記プロット内の前記放射データを正規化することを含む、コンピュータ実装方法。 - 前記放射データの振幅に基づいて前記プロット内の前記放射データを正規化することをさらに含む、請求項15に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記角変換に基づいて前記プロット内の前記放射データを正規化することに、
高密度の点の前記プロット内の位置を決定することと、
最小標準偏差を有する決定された位置内の一組のデータを基準として決定することと、
前記基準と残りのデータとの間の最小Θ標準偏差を生成する角度を決定して、前記角変換を選択することを含む、請求項15に記載のコンピュータ実装方法。 - 前記基準の95番目のパーセンタイル信号を計算して、振幅倍率を決定することをさらに含む、請求項17に記載のコンピュータ実装方法。
- 遺伝子型決定データを正規化するためのシステムであって、
メモリと、
プロセッサであって、
複数の基板からの一組の放射データを受信し、前記放射データが、第1の染色の強度および第2の染色の強度を含み、前記第1の染色が、第1の標的対立遺伝子の存在を示し、前記第2の染色が、第2の標的対立遺伝子の存在を示す、
前記第1の染色の前記強度を前記第2の染色の前記強度に対してプロットすることによって前記一組の放射データのプロットを生成することと、
角スケーリング変換に基づいて前記プロット内の前記放射データを正規化することと、を行うように構成されたプロセッサとを備えるシステム。 - 前記プロセッサは、
前記放射データの振幅に基づいて前記プロット内の前記放射データを正規化するようにさらに構成されている、請求項19に記載のシステム。 - 前記プロセッサは、前記角変換に基づいて前記プロット内の前記放射データを正規化するように構成されており、これは、
高密度の点の前記プロット内の位置を決定することと、
最小標準偏差を有する決定された位置内の一組のデータを基準として決定することと、
前記基準と残りのデータとの間の最小Θ標準偏差を生成する角度を決定して、前記角変換を選択することと、によってなされる、請求項19に記載のシステム。 - 前記プロセッサは、
前記基準の95番目のパーセンタイル信号を計算して、振幅倍率を決定するようにさらに構成されている、請求項21に記載のシステム。 - グラフィカルユーザインターフェース(GUI)のための外れ値円形データ視覚化を生成するコンピュータ実装方法であって、
複数の増幅反応から放射データを受信することと、
前記放射データを使用して外れ値円形データ視覚化を生成することであって、前記外れ値円形データ視覚化が複数の線を含み、各線が前記複数の増幅反応のうちの増幅反応からの放射データを表し、各線が長さおよび視覚インジケータを有し、各線の前記長さが前記放射データの蛍光強度の成長を表し、前記視覚インジケータが前記放射データの関連付けられたサイクル数を示し、前記線の各々が共通点から進む複数の放射状の線のうちの1つの放射状の線に沿って配設される、
前記外れ値円形データ視覚化をGUI上に表示することを含むコンピュータ実装方法。 - 蛍光対増幅サイクル数の放射データを使用して増幅曲線プロットを生成することと、
前記GUI上の前記外れ値円形データ視覚化に沿って前記増幅曲線プロットを表示することと、をさらに含む、請求項23に記載のコンピュータ実装方法。 - 各線と関連付けられた前記角度位置は、プレート内の前記関連付けられた増幅反応の位置に基づく、請求項23に記載のコンピュータ実装方法。
- 各線と関連付けられた前記角度位置は、前記線と関連付けられた前記放射データの特徴に基づく、請求項23に記載のコンピュータ実装方法。
- ユーザから前記複数の線の一部分の選択を受信することと、
前記増幅曲線プロットを動的に調節して、前記選択に対応する増幅曲線を表示することと、をさらに含む、請求項24に記載のコンピュータ実装方法。 - 前記複数の増幅反応の特徴選択を受信することと、
前記外れ値円形データ視覚化を動的にフィルタリングして、前記特徴選択に合致する前記複数の線を含めることと、をさらに含む、請求項23に記載のコンピュータ実装方法。 - 前記特徴選択は、
サブアレイ、サンプル、増幅状態、標的、Cq、終点Rn、および増幅スコアからなる群から選択される、請求項28に記載のシステム。 - グラフィカルユーザインターフェース(GUI)のための外れ値円形データ視覚化を生成するためのシステムであって、
メモリと、
プロセッサであって、
複数の増幅反応から放射データを受信することと、
複数の線を含む前記放射データを使用して外れ値円形データ視覚化を生成することであって、前記外れ値円形データ視覚化内に含められた各線が前記複数の増幅反応のうちの増幅反応からの放射データを表し、各線が長さおよび視覚インジケータを有し、各線の前記長さが前記放射データの蛍光強度の成長を表し、前記視覚インジケータが前記放射データの関連付けられたサイクル数を示し、前記線の各々が共通点から進む複数の放射状の線のうちの1つの放射状の線に沿って配設される、
前記外れ値円形データ視覚化をGUI上に表示することを行うように構成されたプロセッサを備えるシステム。 - 前記プロセッサは、
蛍光対増幅サイクル数の放射データを使用して増幅曲線プロットを生成することと、
前記GUI上の前記外れ値円形データ視覚化に沿って前記増幅曲線プロットを表示することと、を行うようにさらに構成されている、請求項30に記載のシステム。 - 各線と関連付けられた前記角度位置は、プレート内の前記関連付けられた増幅反応の位置に基づく、請求項30に記載のシステム。
- 各線と関連付けられた前記角度位置は、前記線と関連付けられた前記放射データの特徴に基づく、請求項30に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、
ユーザから前記複数の線の一部分の選択を受信することと、
前記増幅曲線プロットを動的に調節して、前記選択に対応する増幅曲線を示すことを行うようにさらに構成されている、請求項31に記載のシステム。 - 前記プロセッサは、
前記複数の増幅反応の特徴選択を受信することと、
前記外れ値円形データ視覚化を動的にフィルタリングして、前記特徴選択に合致する前記複数の線を含めることを行うようにさらに構成されている、請求項30に記載のシステム。 - 前記特徴選択は、
サブアレイ、サンプル、増幅状態、標的、Cq、終点Rn、および増幅スコアからなる群から選択される、請求項35に記載のシステム。
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