JP2008516237A - 増強ナノ分光走査のための方法及び装置 - Google Patents

増強ナノ分光走査のための方法及び装置 Download PDF

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Abstract

核酸中の塩基の配列などの、線状高分子サンプル中の化学基の配列を同定するための装置及び方法が開示される。装置は、プラズモン共鳴金属で作られている鏡面、光線の発光源、及び検出領域を定める開口部の周りに配置されている１つ又は複数のプラズモン共鳴粒子からなるレンズアセンブリを有する基板を有する。粒子は、光線が検出領域のサンプル上に当てられたときに、選択された間隔が４０ｎｍ以下であるナノレンズと基板との間のギャップ内で、ナノレンズと基板表面上の直面する検出領域との間の空間内に近接場電磁ギャップモードを発生するように配列される。また、装置には、検出領域でサンプルにより放射された、又はそのサンプルから散乱された光を受け、受けた光をギャップモード増強ラマンスペクトルに変換する検出器、及びレンズアセンブリの開口部を通してレンズアセンブリに対してサンプルを移動し、サンプル内の連続する化学基を検出領域に位置決めするための平行移動メカニズムも含まれる。

Description

本発明は、ナノ分光走査の分野に関するものであり、特に、核酸中の塩基の配列などの、線状高分子サンプル中の化学基の配列を同定するための方法及び装置に関するものである。
参考文献
以下の参考文献は、本発明の背景技術の一部として引用され、及び／又は本発明のいくつかの態様に適用することができる方法論を提供するものとして引用される。これらの参考文献は、参照により本明細書に組み込まれている。
Figure 2008516237

Figure 2008516237
マイクロスケール、さらにはナノスケールのレベルで表面特徴及び構造を調べるためのさまざまなツール及び方法が存在する。走査型プローブ顕微鏡法（ＳＰＭ）では、カンチレバービームの自由端のところに付いている検出器探針をマッピングされる材料の表面全体にわたり、又は横切る形で移動することによりマイクロスケールレベルで表面トポロジーをマッピングすることができる。このタイプの顕微鏡は、表面に直接物理的に接触させることにより（走査型原子間力顕微鏡法又はＡＦＭ）、又はトンネルモードでは、探針が表面から選択された距離のところにある場合にトンネル電流を検出することにより（走査型トンネル顕微鏡法又はＳＴＭ）、動作しうる。
これらのタイプのデバイスは、表面トポグラフィーをマッピングする場合、例えば、集積回路チップ内の欠陥を検出する場合に非常に役立つことが実証されているが、そのように設計されていなくても、特定の化合物又は化学基を検出するように動作させることが可能である。この概念は、並列高速ＡＦＭに拡張されている（例えば、Ｍｉｎｎｅ、１９９８年、１９９９年）。
走査探針アプローチは、さらに、表面のマッピングの光学的検出を行うように適合されている。例えば、米国特許第６，４４１，３５９号は、近接場光学系がカンチレバービームの自由端に取り付けられている近接場光学式走査システムについて説明している。この特許では、さらに、光学式走査システムのこのような光学素子のアレイを構築するための微細加工方法も開示している。装置内の探針からサンプルまでの距離は、先端部をサンプル表面に近い位置に保つ働きをする光学式レベル偏向システムにより制御される。このシステムは、サブ波長次元の開口を走査することにより、又はサンプルに非常に近い位置にある固体油浸レンズを走査することによりサブ波長分解能を達成できる。このデバイスは、個々の化学分子や化学基を検出するように設計されていないし、また個々の化学分子を検出するために使用することもできず、発生する非常に低いレベルのシグナルに、無反応である。走査型近接場光学顕微鏡（ＳＮＯＭ）は、他でも提案されている（例えば、Ｗｏｌｆ）。
化学分析用の非常に感度の高いプローブの１つは、表面増強ラマン分光法又はＳＥＲＳである（例えば、Ｋｎｅｉｐｐ）。それに加えて、ＳＥＲＳは、例えば、米国特許第６，００２，４７１号で説明されているように、サンプル表面から高分解能分光情報を得ることを目的として高分解能走査型顕微鏡に応用された。デバイスは、プローブの付近で放射される光を増強するために、走査型カンチレバービームの自由探針のところに小型導体素子（プラズモン共鳴粒子又はＰＲＰ）を備える。サンプル基板は、ガラス製である。この特許では、ＤＮＡ塩基などの単一化学構造を解決する可能性の高い分光分解能を高めることを目的として電磁ギャップモードを利用する方法を示す、又は示唆することはなく、またこの特許では、複数のサンプル、例えば、伸張ＤＮＡ鎖を並列に読み取ることができるシステムを示す、又は示唆することもない。
本発明は、一態様では、核酸中の塩基の配列などの、線状高分子サンプル中の化学基の配列を同定するための装置に関する。装置は、プラズモン共鳴金属で作られる鏡面を有する基板、光線の発光源、及び検出領域を定める開口部の周りに配置されている１つ以上のプラズモン共鳴粒子からなるレンズアセンブリを備える。粒子は、光線が検出領域のサンプル上に当てられたときに、ナノレンズと４０ｎｍ以下の選択された間隔を有する基板との間のギャップにおいて、ナノレンズと基板表面上の直面する検出領域との間の空間内に近接場電磁ギャップモードを発生するように配列される。また、検出領域のサンプルにより放射、又は散乱された光を受けるための、及び検出領域のサンプルのサンプル化学基を同定できるように、受けた光をギャップモード増強ラマンスペクトルに変換するための検出器、並びにレンズアセンブリの開口部を通ってレンズアセンブリに対してサンプルを移動し、サンプル内の連続する化学基を検出領域に位置決めするための平行移動メカニズムが含まれる。
装置は、さらに、レンズアセンブリを基板表面方向に移動、及びそこから遠ざかるよう移動して、選択された間隔を得るための焦点調整メカニズムを備えることができる。
レンズアセンブリ内のナノレンズは、基板表面の平面に垂直な中心軸の周囲に対称的に配列されている少なくとも３つのプラズモン共鳴粒子を含むことができ、それぞれの粒子は、その最大寸法に関して２００ｎｍ未満であり、粒子の対の間の距離は、光線の波長よりも実質的に小さい。粒子は、球状又は楕円形であってよく、その主軸は、中心軸と交差するように配向される。
光源は、偏光面が中心軸に垂直な円偏光の光線を発生することができる。
一般的な一実施形態では、基板は、ナノレンズ内に形成される開口部と位置が揃い、かつ間隔が空いている開口部を定め、平行移動メカニズムは、基板及びレンズ開口部を通して線状サンプルを引き出すように動作する。平行移動メカニズムは、デバイスを通して、また基板及びレンズ開口部を通してサンプルを引き出すための電場を含むことができる。それとは別に、サンプルは、その反対端領域に、レーザー又は磁気ピンセットエフェクターと相互作用することができる粒子を付着させておくことができる。ここで、平行移動メカニズムは、粒子と相互作用し、チャネル並びに基板及びレンズ開口部を通してサンプルを引き出すレーザー又は磁気ピンセットエフェクターを備えることができる。
他の一般的な実施形態では、レンズアセンブリは、光線がレンズ検出領域上に届く際に通る開口部をその中に有するカンチレバービーム上に置かれる。サンプルは、支持材上の一端に取り付けられ、レンズ及びカンチレバービーム開口部を可動的に通り抜けるように適合され、平行移動メカニズムによるカンチレバービームに対する支持材の移動は、レンズアセンブリ開口部を通してサンプルを引き出す効果を有する。複数の線状サンプルの配列を決定するために、装置は、複数のそのようなカンチレバービーム、及び関連するレンズアセンブリを備えることができる。
他の態様では、本発明は、核酸中の塩基の配列などの、線状高分子サンプル中の化学基の配列を同定するための方法を含む。この方法は、そのような開口部の周りに配置された１つ以上のプラズモン共鳴粒子からなるレンズアセンブリ内の開口部を通してサンプルを引き出すことを含む。上述のように、これらの粒子は、開口部のところに検出領域を定め、光線がその検出領域のところのサンプルに当てられたときに、ナノレンズと基板表面上の直面する検出領域との間の空間内に近接場電磁ギャップモードを発生するように配列され、基板は、プラズモン共鳴金属で形成された鏡面を有し、ナノレンズと基板との間のギャップは、４０ｎｍ以下の選択された間隔を有する。光線は、サンプルがレンズアセンブリ開口部を通して引き出されるときに、検出領域にあるサンプル上に当てられ、検出領域のサンプルにより放射、又は散乱された光が届き、ギャップモード増強ラマンスペクトルに変換され、それにより、検出領域のところのサンプル化学基を同定することができる。
本発明の方法を実施する際に使用されるさまざまな構造実施形態は、上で説明されているとおりである。
本発明のこれら及び他の目的及び特徴は、付属の図面を参照しつつ本発明の以下の詳細な説明を読むとより完全に理解されるであろう。
Ａ．定義
以下の用語は、断りのない限り、下記の意味を有する。「プラズモン共鳴金属」は、光子及びプラズモンの連成モードである、表面電磁モード−表面プラズモンポラリトン（ＳＰＰ）を担持できる金、銀、又はアルミニウムなどの金属を含む。
サンプル中の「化学基」は、高分子のサブユニット若しくは核酸塩基などのサブユニット構成成分、又はヒドロキシル、アミン、アルキル、酸、若しくはアルデヒド基などの化学置換基を含むことができる。このような化学基は、固有の増強ラマン分光指標又は特徴により特徴付けられる。
「ギャップモード」は、プラズモン共鳴金属面から近い位置（４０ｎｍ未満）、好ましくはプラズモン共鳴粒子が金属表面に置かれている場合に、２つ又はそれ以上のプラズモン共鳴粒子の間の空間内の外部電磁場により励起される電磁ノーマルモード又は電磁固有モードを指す。プラズモン共鳴粒子の例は、典型的には５ｎｍから２００ｎｍの範囲のサイズの最大寸法を有する銀又は金粒子である。
サンプルの「ギャップモード増強ラマンスペクトル」は、サンプルのギャップモードの存在により高められるサンプルのラマンスペクトル中の分光特徴を指す。
Ｂ．ナノ分光走査用の装置
図１は、表面に付着しているサンプル中の化学基を同定するための、一般的に３５で示されている装置を示している。図には、走査ステージ９０が示されており、そのステージには、チップ表面上に固定され互いに並列に配置されている鎖８２などの複数の伸張ＤＮＡ鎖を有するＤＮＡチップ８０が載る。ＤＮＡ鎖などの伸張高分子鎖をチップ表面上に固定する方法について以下で説明する。本実施形態の重要な特徴によれば、サンプルが担持されているチップの表面は、プラズモン共鳴金属、例えば銀、金、又はアルミニウムの鏡面コーティングを持つ。
ＤＮＡ鎖は、圧電、又は電磁動作制御ステージなどのステージ９０を走査することにより走査される。電磁動作制御を行うステージでは、走査面積を最大数十センチメートル以上とすることができ、そのため、個々の染色体全部とともに単一分子ＤＮＡチップを走査することができる。
好ましくはコヒーレントの円偏光の光線が、レーザー１０により発生される。レーザーは、ＣＡＲＳ及びフェムト秒誘導ラマン分光法（Ｄ．ＭｃＣａｍａｎｔ）などの非線形ラマン分光法を実行するため２つのレーザーを含むことができる。例示的なレーザーシステムでは、パルス及び連続動作モードを持つチタン−サファイア波長可変レーザーを使用する。励起光線の波長は、好ましくは、プラズモン共鳴基板のプラズモン共鳴吸収スペクトル内の最大スペクトルピークに近接するように選択され、同調される。プラズモンナノレンズによる走査の場合、システム全体（プラズモンナノレンズ＋プラズモン共鳴基板）のプラズモン共鳴吸収スペクトルが、周波数の調整の際に考慮されなければならない。プラズモンナノレンズがナノスケールでプラズモン共鳴基板の表面に近いため、プラズモン吸収のスペクトルが変化することに留意されたい。
光線は、ビーム拡大器を使って拡大されるか、又はビームラスター２０の走査ビームに変換される。このようにして、単一光線は、光線のアレイに分割され、それぞれの光線はナノレンズ６０のアレイ内の個々のプラズモンナノレンズ内に指向される。それぞれの個別光線は、ビームスプリッタ３０及びコリメーション光学系４０に通され、マイクロレンズアレイ５０に当てられる。マイクロレンズアレイでは、以下でさらに詳しく説明されるように、ビーム６４などの、カンチレバービームの自由端に付けられた、アレイ６０内のレンズ６２など、個々のプラズモンナノレンズ内に指向されるそれぞれの個別光線を個々にデジタル制御することができる。
以下で説明するように、本発明で開示されているプラズモンギャップモードナノレンズは、外部電磁波により金属ナノ粒子の内部で励起された局部的プラズモン（電子の集団振動）がプラズモン共鳴表面に近接する近接場ゾーン内の電磁場を増強し、それをきわめて小さなナノスケール体積中に局在化することができるということに基づいている。この非伝搬電磁場は、ナノ粒子表面の近くに近接して（数１０ナノメートル、３０〜４０ｎｍ）集中し、非近接場ゾーン内の伝搬する電磁場と区別するため「近接場電磁場」と呼ばれる。
図１を引き続き参照すると、カンチレバービームアレイ内のそれぞれのプラズモンナノレンズに当てられる光線は、テキサス州ダラスのＴｅｘａｓ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ，Ｉｎｃ．社が「Ｄｉｇｉｔａｌ Ｍｉｃｒｏｍｉｒｒｏｒ Ｄｅｖｉｃｅ」という商標で販売しているような微小機械加工鏡アセンブリ５０により変調することができる。このシステムにより、それぞれの個別プラズモンナノレンズ照明をデジタル制御し、それぞれのプラズモンナノレンズから散乱される信号を読み出すことができる。このシステムは、高速プログラムされた個別アドレス指定可能な多重チャネルパルスモード照明のデジタル制御の実行、及びコンピュータメモリ内への配列情報の直接２値化を用いて超高速直接ＤＮＡ塩基配列決定を実行するうえで欠かせない散乱信号の取得に特に役立つ。
帰還カンチレバー曲げシステムでは、プラズモンナノレンズとサンプルＤＮＡとの間の距離を維持する。このような制御システムは、よく知られており、原子間力顕微鏡については、例えば米国特許第５，８８３，７０５号で、近接場走査型光学顕微鏡については、例えば米国特許第５，３５４，９８５号で説明されており、これらの特許は参照により本明細書に組み込まれている。走査プロセス実行時にアレイ６０内のそれぞれのカンチレバービームを個々に作動させ、制御する方法の１つは、参照により本明細書に組み込まれている米国特許第６，４４１，３５９号で詳しく開示されているように、ピエゾ抵抗帰還制御を使用している。
図２及び６ａと６ｂに示されているように、近接場電磁ギャップモードの励起によりナノレンズとＤＮＡサンプルと基板の表面との間のギャップ内の場増幅及び局在化を最適化するため、それぞれのプラズモンナノレンズと関連するＤＮＡサンプルとの間の距離は、好ましくは、０．１ｎｍから数ナノメートルまでのレベルに維持される。それぞれのナノレンズとサンプルが載せられる基板表面との間のギャップが変化すると、電磁ギャップモードの局在化と強度も変化する。したがって、ナノレンズとＤＮＡサンプル（又は基板表面）との間の距離を変化させることにより、最大散乱光（読み出し）信号及び最大空間分解能を得ることを目的として、電磁ギャップモードの形状及び局在化を制御することが可能である。これらのギャップモードを最適化することにより、基板の表面上に固定されたＤＮＡ鎖中の個々の塩基を区別することができるレベルの分解能を得ることが可能である。チップ上のＤＮＡ鎖の過剰伸張のレベルに応じて、空間分解能の要件は、塩基毎に、また鎖毎に変化しうる。しかし、距離は、数ナノメートルから１ナノメートル未満までの範囲内にある。
図１に示されている実施形態では、個々のＤＮＡ塩基と相互作用するそれぞれのプラズモンナノレンズからの後方散乱幾何学的形状で反射された光は、マイクロレンズアレイ５０、コリメーション光学系４０、及びビームスプリッタ３０を通り、光ファイバリボン１００の受側端に戻される。しかし、本発明は、後方散乱集光に限定されないことは理解されるであろう。本発明の他の実装では、照明及び集光幾何学的形状は、後方散乱幾何学的形状とは別のものでよく、その場合、照明及び集光光学系は、分離することができる。
光ファイバリボン１００を通る散乱信号光は、多重チャネルスペクトル分析装置１１０の単色光分光器のスリット上に当てられる。入射光を排除するためにノッチフィルタが使用される。回折格子１２０は、散乱光線を、個々のラマンスペクトルに変換される単色光線群に分割する。次いで、検出器アレイ１３０上で得られたスペクトルは、デジタル形式に変換され、コンピュータ１４０に送信され、そこで、処理されて、チップ上のＤＮＡサンプルの配列情報を生成する。ここには示されていない、他の好適な光学設計では、すでに開示されているような干渉分光検出法を利用する（例えば、Ｆ．Ｚｅｎｈａｕｓｅｎ）。
Ｃ．ナノレンズの動作及び加工
この節では、レンズが光線、例えば、コヒーレント及び／又は円偏光線の照射を受けたときに局在化されたギャップモードを発生する、サンプル基板の滑らかな金属面に近接して置かれるように設計された特定のナノレンズ構造について説明する。これらのモードは、サブナノメートル分解能の高い空間分解能及び、ＤＮＡ鎖の個々の塩基などの単一の小分子の分光指標の検出を可能にする信号増幅度で、鏡基板面のナノレンズの間の空間内に置かれた分子の直接光学式読み取りのために使用することができる。
ナノレンズの最も一般的な設計は、互いに関して選択された形状及び選択された粒子幾何学的形状を持つ１つの、及び好ましくは複数の（例えば、２〜６の）金属ナノ粒子を含む。好ましい粒子幾何学的形状は、以下で例示されるように、中心軸を中心とする粒子の対称的配列であるが、不規則なフラクタルなどの他の幾何学的形状も考えられる。レンズを形成するナノ粒子は、異なる形状及び寸法を持つことができ、互いにナノスケールで近接する位置に置かれる。しかし、それぞれのナノ粒子及びシステムの最大寸法は、全体として、照明光の波長を超えない。５〜２００ｎｍ、例えば２０〜５０ｎｍの範囲のサイズのナノ粒子が好ましい。
図２は、６粒子ナノレンズ１８０を自由（遠位）端に持つカンチレバービーム１６０の一部の詳細斜視図である。これから分かるように、レーザー源からの円偏光線１９０は、共焦点レンズ光学系５０を通して、ナノレンズ１８０上に当てられる。ナノレンズは、一実施形態ではナノレンズと走査型プローブデバイス内のサンプルとの間の距離を制御するために使用されるカンチレバー１６０の自由端とすることが可能である、透明誘電体で形成されたホルダ１７０上に載せられる。ナノレンズは、サンプル基板上の金属鏡面２００に近接するように置かれる。共焦点光学系により指向される非近接場光は、回折光学系限界により決定される、１ミクロン程度又はそれよりもわずかに小さいスポットサイズに集束することができ、ナノレンズの直径（ナノレンズ粒子１８２を囲む円の直径）は、好ましくは、５０〜２００ｎｍの範囲内、つまり、照明光の波長よりも短い。図からも分かるように、光照射領域（３５０で示されている点線の円）は、通常、ナノレンズの面積よりも広い。しかし、焦点と一致するように直径０．５〜１．０ミクロンのナノレンズを作成することが可能である。その場合、ナノレンズは、ナノアンテナとして働き、局在化されたプラズモンの励起によりナノレンズの中心に電磁エネルギーが集められる。
図２ａに示されている実施形態では、プラズモンナノレンズ１８５は、粒子１８２などの６金属ナノ粒子からなる星型構造を持ち、それぞれの粒子は離心度の大きい（好ましくは５よりも大きい）長球、又は末端に半球キャップがある円筒ナノロッド、又はナノ金属線の形状を持つ。この粒子幾何学的形状は、さらに、それぞれ５、４、３、及び２つの粒子を含むレンズに対するナノレンズ粒子構成１９５、２０５、２１５、及び２２５とともに、図２Ｂの１８５にも示されている。
上述のように、それぞれのナノレンズの照明は、円偏光を持つレーザービーム又は非コヒーレント電磁波によるものであるのが好ましい。図２ａの２００で示されている、電磁場の最大増強は、ナノレンズの軸の近くにあるレンズの中心部で得られる。この領域の直径は、数ｎｍ以下である。１５００〜３０００までの場増幅率は、以下の図６ａ〜６ｃ、７ａ〜７ｃ、及び８ ８に関して以下で説明されている数値シミュレーションの結果により例示されるようにナノレンズの中心で達成されうる。その増幅率は、球状ナノ粒子及び従来技術で知られている他の形状のナノ粒子からなる構成で達成されうる増幅率を著しく超える。３００の数値シミュレーションで達成される最大局所電場増幅率が報告された（Ｈ．Ｘｕ）。
本発明のナノレンズは、さまざまな知られている方法により構成することができる。一般に、ナノレンズは、電子ビームリソグラフィ若しくは集束イオンビーム（Ｇ．Ｒ．Ｂｒｅｗｅｒ）に基づき、又は走査トンネル顕微鏡リソグラフィに基づき確立されたナノファブリケーション法を使用してカンチレバービームと一体化して加工される。他の加工法は、テンプレート援用自己組織化に基づくことができる（Ｙ．Ｘｉａ）。ディップペンナノリソグラフィなどの代替方法は、異なる担持物質上にプラズモンナノレンズパターンを作成するために使用できる（例えば、Ｄ．Ｇｉｎｇｅｒ）か、又はＤＮＡベースの自己組織化技術とすることができる（例えば、Ｃ．Ｍ．Ｎｉｅｍｅｙｅｒ）。一実施形態では、プラズモンナノレンズは、走査型プローブデバイスの一部であるカンチレバーの自由端のところで一体化することができ、原子間力顕微鏡−ＡＦＭ又は走査型近接場光学顕微鏡−ＳＮＯＭなどの走査型プローブデバイスで走査しているときにナノレンズとサンプルとの間の距離を制御するカンチレバー探針の機能を同時に実行できる。走査型プローブ顕微鏡デバイスのカンチレバーに組み込まれたプラズモンナノレンズの可能な一実装は、図３に示されている。
図３は、走査型プローブ顕微鏡デバイスのカンチレバーの自由端にプラズモンナノレンズをどのように組み込めるか、またサンプルの走査時にナノレンズとサンプルとの間の距離を制御するカンチレバー探針の機能をプラズモンナノレンズがどのように同時に実行できるかを例示している。カンチレバー１６０は、不透明材料部分２６０及び光学的窓２５０を形成する光学的透明部分１７０を持つ複合材料から製作され、これにより、入射円偏光をナノレンズ１８０と相互作用させ、効果的に局在化されたプラズマ（ＬＰ）及びギャップモード（ＧＭ）を励起させることができる。
Ｄ．サンプル含有基板の作製
装置内の基板又は支持材は、表面に近接する電磁場を増強するように設計され、銀、金、又はアルミニウムなどのプラズモン共鳴材料の薄膜でコーティングされる。膜厚は、好ましくは、２５〜２００ｎｍ、例えば、５０ｎｍである。好適な基板、例えば、ガラス基板は、真空蒸発又はｒｆスパッタリング法などの知られている方法により金属膜でコーティングすることができる。例示的な基板コーティング及びその生産方法は、参照により本明細書に組み込まれている米国特許第５，６１１，９９８号「光化学センサーと生産方法（Ｏｐｔｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｓｅｎｓｏｒ ａｎｄ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ）」で、そしてこれもまた参照により本明細書に組み込まれているＶ．Ｍａｔｙｕｓｈｉｎにおいて開示されている。
例えば１００ナノメートルから最大２．５ミリメートルまでの長さを持つＤＮＡ鎖は、図１の８２に示されているように基板上に配置される。鎖間の距離は、２００〜３００ミクロンの範囲内でなければならず、カンチレバーアレイ内の隣接するカンチレバー間の距離に対応していなければならない。好ましい距離は、２５０ミクロンであり、これは、２５０ミクロンのピッチに対応し、光ファイバリボンで使用する標準ピッチである。
図４は、本発明の装置及び方法で使用する例示的なチップ又は基板８０を示している。ここで示されているように、ＤＮＡのサンプルは、例えば、最大２．５ミリメートル（５Ｍｂａｓｅ）の長さを持つ一本鎖ＤＮＡフラグメントの形態のゲノムＤＮＡから得られる。２１０に示されているような鎖は、プラズモン共鳴光学的増強特性８０を持つスライドの表面上に置かれる。これらは、順序付けられた、アドレス指定可能な方法で配置される。ＤＮＡ鎖のそれぞれの末端は、右／左バーコード２２０ａ及び２２０ｂ上の相補的オリゴヌクレオチドに付着される。鎖間の距離は、２００〜３００ミクロンの範囲内でなければならず、カンチレバーアレイ内の隣接するカンチレバー間の距離に対応していなければならない。好ましい距離は、２５０ミクロンであり、これは、２５０ミクロンのピッチに対応し、標準光ファイバリボンのピッチに呼応する。
ＤＮＡ、ＲＮＡ、核酸類似体、ポリペプチド、直鎖状炭水化物類などの線状高分子サンプルを伸張し、配向する方法が知られている。例えば、サンプル高分子、例えばＤＮＡの反対端は、ラテックス又はガラスビーズなどのマイクロスフェアに共有結合することができ、次いで、ビーズは、適当な伸張度、及び好ましくは過剰伸張度が得られるまで、パルスレーザー分子ピンセットにより操作される。このアプローチは、図４に例示されており、ＤＮＡ鎖２１０の反対端に結合されたマイクロスフェア２９０ａ、２９０ｂを示している。それぞれの球体は、ビーム３００ａ、３００ｂなどのレーザービームにより「捕捉され」、これにより球体を操作し、鎖を伸張し、配向して、基板表面上に配置する。この配置が行われた後、鎖の末端領域は、基板のバーコード領域に結合された相補的オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションにより基板に固定される。レーザービームでマイクロスフェアを捕捉し、操作する方法については、例えば、米国特許第５，６２０，８５７号及び米国特許出願第２００４／０００１３７１号で説明されており、両方とも、参照により本明細書に組み込まれている。
関係するアプローチでは、高分子鎖の末端は、磁気ビーズに共有結合されるか、又は固相担体及び磁気ビーズに共有結合され、適度な伸張及び鎖配向が得られるまでビーズに磁場がかけられる。より一般的には、参照により本明細書に組み込まれている、例えば米国特許第６，３４２，３５３号で開示されているように、鎖の反対端は、一対の相対移動する担体に結合することができ、担体は、所望の程度の伸張及び配向が得られるまで位置決めがなされる。
狭いマイクロチャネル内の電気泳動法により荷電高分子鎖を直線状立体配座に引き込む方法も知られている。
基板への結合のため高分子鎖が伸張され、配向された後、多数の好適な固定方法によりサンプル分子が基板上に固定される。上記のように、基板は、サンプルＤＮＡ鎖の末端領域のところで配列にハイブリッド化できる末端領域オリゴヌクレオチドにより実現できる。鎖が、鎖末端に共有結合されている粒子を操作することにより伸張される場合、基板は、伸張状態の鎖とともに、粒子を基板に固定するため化学基又は磁気構造を含むことができる。金表面に対する通常の化学的付着化学作用の１つは、サンプル鎖の末端領域に共有結合的に担持されるチオール試薬である。
より一般的には、ＤＮＡ分子が固定される基板表面を作製する手順は、ＤＮＡハイブリダイゼーション検出法の当業者に知られている（例えば、Ｊ．Ｐ．Ｒａｂｅを参照）。
Ｅ．走査及び検出方法
上で示されているように、本発明の装置及び方法の重要な応用例は、染色体又は完全ゲノムＤＮＡなどの核酸サンプルの配列決定である。この節では、特定の応用例を参照しつつ本発明の上記の装置の動作及び方法について説明するが、同じ動作及び方法は、どのサンプル中の化学基の調査にも適用されることは理解されるであろう。
最も単純なものでは、この方法は、基板上の定められた検出領域で局在化されている単一分子又は類似の分子の集合体の１つ又は複数の化学基を調べるために使用される。この応用例では、例えば、カンチレバービームの自由端で担持される単一ナノレンズは、サンプルに向かって、特徴的な増強ラマン分光特徴の最大増強が観察されるまで、例えば、１０〜４０ミクロンよりも小さい距離範囲内で移動される。それとは別に、分光特徴は、ナノレンズが、サンプル表面に向かう移動とサンプル表面から遠ざかる移動とを交互に繰り返すときに記録することができ、これにより、サンプルの時間変動スペクトルを得られる。例えば、０．１から１０ｎｍの範囲のナノレンズ振動は、時間変動スペクトルを発生する際に使用することが可能である。
より一般的には、サンプル中の化学基を同定するための本発明の方法は、最初に、サンプルが担持され、プラズモン共鳴金属で形成されている鏡面を有する基板にサンプルを付着させる工程を含む。光線は、上述の種類のナノレンズに当てられ、ナノレンズと基板との間のギャップが３０ｎｍ以下の場合にナノレンズと基板表面上の直面する検出領域との間の空間内に近接場電磁ギャップモードを発生する。次いで、レンズアセンブリが、ナノレンズと基板表面との間の間隔を４０ｎｍ未満として、基板表面方向に、又は基板表面から遠ざかる方向に移動され、検出領域内のサンプルにより発生するラマン分光信号を増強する電磁ギャップモードを発生する。検出領域でサンプルにより放射された、又は散乱された光は、検出領域に届き、ギャップモード増強ラマンスペクトルに変換され、それにより、検出領域のサンプル化学基を同定することができる。
サンプルが、連続する塩基の同定に対する核酸サンプルの場合のように、サンプル分子の直線部分に沿って配列された複数の基を含む場合、ナノレンズが基板に対して移動されるときに、説明したばかりの手順がそれぞれの塩基に連続的に適用される。この移動は、静止ナノレンズに関する基板ステージ移動の静止基板に対するカンチレバー平行移動により実行できる。ナノレンズがそれぞれの連続する位置に配置されるときに、ナノレンズは、サンプルに向かうか、又はサンプルから遠ざかり、これにより、上述のように、最適な検出距離を見つけるか、又は時間変動スペクトルを生成する。レンズ及びサンプル塩基は、さまざまなレジストレーション技術のうちの１つにより登録することができる。例えば、「対照」ナノレンズでは、基板上に載せられている知られている配列のＤＮＡサンプル内の検出塩基を追跡することが可能である。この装置では、１つ以上の知られていない配列のサンプルとともに、この配列を追跡することにより、レンズと基板との間の相対移動がサンプルと連続ＤＮＡ塩基との間のレジストレーションを保存する作用をすることを確認できる。それとは別に、装置内のカンチレバービームの１つは、カンチレバーデバイスのアレイがＤＮＡ鎖に沿って移動するときに、対照ＤＮＡ鎖のそれぞれの塩基上で探針の移動を検出する走査型原子間力顕微鏡探針とすることができる。
より通常の用途では、複数の直鎖サンプル、例えば、ＤＮＡ鎖は、単一基板上に位置を揃えられ、図１の装置内の８２のところに例示されているように、複数のナノレンズにより同時に読み取れる。図５ａ及び５ｂは、基板３１０上に載せられている、鎖２１０などの伸張され位置を揃えられた複数のＤＮＡ鎖を読み取ることに対し適用されるものとして、この動作を例示している。図は、自由端にナノレンズ１８０を付けているカンチレバービーム１６０からなる単一レンズアセンブリを示しているが、装置は、基板上に位置を揃えられた鎖毎に１つずつ、レンズアセンブリのアレイを備える。
レンズアセンブリ群が基板に沿って移動するときに、それぞれのレンズアセンブリは、スペクトル信号が最適化されるように縦方向（基板に向かう方向）に調整される。図５ｂから分かるように、この垂直移動は、近接場電磁モードの集中により生じるギャップモードを、３１０で示されているプラズモン共鳴面を有する、１８５にあるようなＰＲＰにより形成されるレンズの間に置く効果を有する。
それぞれの鎖化学基（塩基）の増強ラマンスペクトルは、多重チャネルラマン分光器を使用して連続的に測定され、デジタル記録方式の二次元ＩＣＣＤアレイを使って２値化される。ラマン分光計からの信号は、それ以降分析できるようにコンピュータメモリ内に格納される。最終結果は、ヌクレオチドの塩基Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃの配列の形態で得られる。走査手順の過程で、ナノレンズ探針により、分光とトポグラフィーの両面において、ＤＮＡ鎖中のそれぞれの塩基（Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ）が検出される。
ＳＥＲＳスペクトルは、それぞれの塩基について連続的に登録されるため、ＤＮＡ鎖中のそれぞれの特定の塩基（Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ）をその塩基に特徴的な固有の増強分光指標により同定でき、これによりＤＮＡ分子の個々のフラグメントの直接的な新しい配列を決定できる。プラズモン共鳴基板上で得られるＡ、Ｔ、Ｇ、及びＣのＳＥＲＳスペクトルは、異なる塩基を同定できる特徴的なスペクトルを与えることが知られている。本発明では、レンズと基板との間の小さなギャップに励起場を集束させ、ラマン信号のギャップモード増強を利用することにより、ＤＮＡの個々の塩基を同定することができ、したがって、直接的な塩基毎のＤＮＡ読み取りが可能になる。
アレイで使用できる光ファイバ探針を持つカンチレバーの数は、原理上無制限であるが、最大のヒト染色体（約２億６３００万個の塩基を含むヒト染色体Ｎｏ．１）の１回の走査配列決定については、装置は、それぞれ約２．５〜３．０Ｍｂａｓｅの断片を読み取る約１００個のレンズアセンブリを必要とする。サンプリング時間を０．０１秒と仮定すると、装置は、約１０時間未満の走査時間内にこの染色体の配列決定を完了する。このデバイスを実用的に使用することで、１塩基につき０．０１から１秒のサンプリング速度で最大数百のチャネルを並列にアレイに実装することが可能である（１チャネルにつき１本のＤＮＡ鎖）。
より一般的には、サンプル中の化学基を同定するための本発明の方法は、サンプルが担持され、そしてプラズモン共鳴金属で形成された鏡面を有する基板に最初にサンプルを付着させる工程を含む。光線は、上述の種類のナノレンズに当てられ、ナノレンズと基板との間のギャップが４ｎｍ以下の場合にナノレンズと基板表面上の直面する検出領域との間の空間内に近接場電磁ギャップモードを発生する。次いで、レンズアセンブリが、ナノレンズと基板表面との間の間隔を４０ｎｍ未満として、基板表面方向に、又は基板表面から遠ざかる方向に移動され、検出領域内のサンプルにより発生するラマン分光信号を増強する電磁ギャップモードを発生する。検出領域でサンプルにより放射方向に、又は散乱された光は、検出領域に届き、ギャップモード増強ラマンスペクトルに変換され、それにより、検出領域のサンプル化学基を同定することができる。
本発明で達成可能なラマンスペクトル増幅度は、図６〜８を見ると分かる。これらの図では、電磁場強度Ｅは、システムをモデル化し、積分方程式近似を使用して近接場近似でマクスウェルの方程式を解くことにより計算された。図６ａは、３粒子レンズに対するｅＶの関数としてＥの変動を示している。レンズの中心領域内の場分布は、図６Ｃに示されている。図６ｂは、直線ｘ＝０に沿って、図６Ｃのｙ軸に沿って取られた電磁場強度のプロットである。これから分かるように、電磁場強度の増幅は、図６ｃの上側粒子に近い、点ｙ＝０．５において最大値約１，４００（入射光上の増幅）に達する。
図７ａ〜７ｃに類似の一連のプロットが示されているが、ここのレンズは、図７ｃの場分布図から分かるように４個の対称的粒子で構成される。図７ｂは、ｙ座標が下から上に変化するときに０に等しい直線ｘにそったＥの対称的分布を示している。プロットが−１、−１と＋１、＋１の間の対角線に沿って描かれたときに、図８に示されているプロットが得られ、これは、中心から離れる粒子間に近い位置の点でほぼ３０００の増幅度を示している。
一般的なメカニズムによれば、ラマン増強は電磁的メカニズムであり、ラマン信号は、Ｅ４に比例し（Ｍ．Ｍｏｓｋｏｖｉｔｓ，Ｒｅｖ．Ｍｏｄ．Ｐｈｙｓ．ｖ．５７，ｐ．７８３，１９８５）、Ｅは、分子の領域内の場の局所増強である。場増幅率５００の場合、ラマン信号増強は、５００４＝６．２５ １０１０であり、これは、文献に報告されている値よりも著しく高い。この増強を行うために、サンプル分子は、多粒子ナノレンズの中心になければならない。しかし、分子がさらにプラズモン共鳴表面にも近い場合、場増強は、３，０００と高くなり、これにより、ラマン信号増強は最大８．１×１０１３となり、単一分子化学基を検出できる。
本発明は、特定の実施形態及び応用に関して説明されているが、本発明から逸脱することなく、さまざまな変更及び修正を加えられることは理解されるであろう。
Ｆ．プラズモンナノレンズとナノ細孔デバイスとの組合せ
本発明のラマンプラズモンナノレンズを使用することにより長さの長いバイオポリマー巨大分子（ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はポリペプチドなど）の配列を分光的に読み取る他の方法では、図９に例示されているように、ナノレンズが取り付けられているナノメートルサイズの孔を通じてバイオポリマー分子を引き出す。
この図を参照すると、バイオポリマー（ＤＮＡ鎖）２１０は、電場を使って人工的ナノ細孔２８０を通って引き出される（電気泳動又は電気浸透法）。人工的ナノ細孔デバイスの実施例は、例えば、Ｊ．Ｌｉ ｅｔ ａｌ．「ナノ細孔顕微鏡におけるＤＮＡ分子及び構造（ＤＮＡ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ａｎｄ ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎｓ ｉｎ ａ ｓｏｌｉｄ−ｓｔａｔｅ ｎａｎｏｐｏｒｅ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ）」、Ｎａｔｕｒｅ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ，Ｖｏｌ．２，ｐ．６１１〜６１５（２００３）並びにＤ．Ｈａｎｓｆｏｒｄ及びＭａｕｒｏ Ｆｅｒｒａｒｉの２００３年１１月６日に出願された米国特許出願公開公報第ＵＳ２００３０２０５５５２Ａ１号で開示されている。これらのデバイスでは、塩基がナノ細孔を通過する速度は、毎秒１００万塩基程度と非常に高速になる場合があるが、上の参考文献で開示されているように、印加される電場と媒体の電解質組成に応じて調節することができる。
他の実施形態では、レーザー又は磁気ピンセット３００ａ及び３００ｂを使用したＤＮＡバイオポリマーによる機械式操作を使用することができる。ナノ細孔２８０を通る単量体転座の速度は、広範囲にわたって制御することができ、単量体毎秒数千個にまで減らすことができ、これは、プラズモンナノレンズを使用する単量体のラマン分光検出に適している。レーザー源１９０からの照射ビームを使用して、ＤＮＡ塩基（単量体）からの増強ラマン信号を励起する。増強のメカニズムは、上述のとおりであり、ナノレンズ１８０を構成する異なるプラズモンナノ粒子間、並びに誘電体２７０からの膜上に置かれるプラズモンナノ粒子１８０とプラズモン共鳴基板３１０との間の、２通りのギャップモード−ＧＭの励起による場局在化及び増強によるものである。散乱信号１９５は、光学レンズにより集められ、上述のようにラマン分光計により分析される。
上で説明されているのものに勝る本発明の重要な利点は、ブラウン運動がなくなり、しかも溶液中にバイオポリマーが保持され、それにより固体表面上のバイオポリマー（ＤＮＡ）操作に関連する問題を回避できるという点である。ブラウン運動を低減又は排除すると、それぞれの単量体に固有の化学基を区別することにより、それぞれ個別の単量体をラマン分光法で検出するために使用されるプラズモンナノレンズを、効率よく作動させることができる。
Ｇ．ファウンテンチップのアレイを備えた走査デバイスと組み合わせたプラズモンナノレンズの使用
本発明の他の実施形態は、図１０に例示されている。ＤＮＡ鎖２１０は、ポリマーアンカー２９０を使用することにより固体基板の表面に結合することができる。結合は、スライド面上にパターン形成された相補的オリゴヌクレオチドバーコード２２０を使用してアドレス指定可能な方法で実行することができる。ナノレンズ１８０を含むナノ細孔は、カンチレバーファウンテンチップ３４０の自由端に取り付けられており、細孔の中に孔があり（ナノピペット設計）、孔は走査デバイスのカンチレバー１６０上に置かれている、この場合、バイオポリマーの移動速度も、走査デバイスの走査速度により制御され、広範囲にわたって変更することができる。カンチレバー探針は、頂点端部にナノ孔を有するファウンテンタイプとして作られなければならない。本発明で使用することができるアレイ走査デバイスの一実施例は、Ｅｒｉｃ Ｈｅｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．の２００４年４月６日に出願された米国特許第６，７１６，５７８号、及びＪ．Ｘｕ ｅｔ ａｌ．「生物学的マイクロ／ナノアレイを作製するための微細加工クイール型表面パターン形成ツール（Ｍｉｃｒｏｆａｂｒｉｃａｔｅｄ Ｑｕｉｌｌ−Ｔｙｐｅ Ｓｕｒｆａｃｅ Ｐａｔｔｅｒｎｉｎｇ Ｔｏｏｌｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｃｒｅａｔｉｏｎ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｉｃｒｏ／Ｎａｎｏ Ａｒｒａｙｓ）」、Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｍｉｃｒｏｄｅｖｉｃｅｓ，ｖ．６，ｐ．１１７〜１２３，（２００４）で開示されている。ラマンスペクトルは、レーザービーム１９０を使用してカンチレバーの頂点からのナノレンズ１８０の照明により、またラマン分光計で分析される後方散乱ビーム１９５を集光することにより集められる。カンチレバーは、走査プロセスにおいてＤＮＡ鎖２１０が置かれるチャネル３３０を持つ。
ナノ細孔上に取り付けられたナノレンズの正確なチューニングは、例えば、Ｊ．Ｐｒｉｋｕｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｎｏ Ｌｅｔｔｅｒｓ，ｖ．４，ｐ．１１５〜１１８，（２００４）で開示されているように、多重ビーム光ピンセットを使用して行うことができる。
本発明は、特定の実施形態及び応用に関して説明されているが、請求されているように本発明から逸脱することなく、さまざまな変更及び修正を加えられることは理解されるであろう。
本発明の一実施形態により製作された装置内のコンポーネントの配列を示す図である。 ６粒子ナノレンズを有する本発明の一実施形態により製作されたナノレンズ上に円偏光線を当てることにより近接場電磁ギャップモードを生じさせる電磁現象を示す図である。 ２から６までのＰＲＰで形成されたナノレンズを示す図である。 本発明による、一体化ナノレンズを有するカンチレバービームの端部領域の斜視図である。 本発明による、一体化ナノレンズを有するカンチレバービームの端部領域の断面図である。 伸張ＤＮＡ鎖のアレイが上面に固定されている基板を示す図である。 伸張ＤＮＡサンプル内の連続する個別塩基を検出するため本発明で利用される光学現象の斜視図である。 伸張ＤＮＡサンプル内の連続する個別塩基を検出するため本発明で利用される光学現象の断面図である。 ナノレンズの中心の場振幅の周波数依存性が２．４５ｅＶのプラズモン共鳴に相当する、３エッジスターシルバーナノレンズ（ｔｈｒｅｅ ｅｄｇｅ ｓｔａｒ ｓｉｌｖｅｒ ｎａｎｏｌｅｎｓ）の数値シミュレーション結果を示す図である。 場分布がｙ軸に沿っている、３エッジスターシルバーナノレンズ（ｔｈｒｅｅ ｅｄｇｅ ｓｔａｒ ｓｉｌｖｅｒ ｎａｎｏｌｅｎｓ）の数値シミュレーション結果を示す図である。 場分布のトポグラフィーを上から見た、３エッジスターシルバーナノレンズ（ｔｈｒｅｅ ｅｄｇｅ ｓｔａｒ ｓｉｌｖｅｒ ｎａｎｏｌｅｎｓ）の数値シミュレーション結果を示す図である。 図６ａと同様であるが、４エッジスターシルバーナノレンズ（ｆｏｕｒ ｅｄｇｅ ｓｔａｒ ｓｉｌｖｅｒ ｎａｎｏｌｅｎｓ）の数値シミュレーションの結果を示す図である。 図６ｂと同様であるが、４エッジスターシルバーナノレンズ（ｆｏｕｒ ｅｄｇｅ ｓｔａｒ ｓｉｌｖｅｒ ｎａｎｏｌｅｎｓ）の数値シミュレーションの結果を示す図である。 図６ｃと同様であるが、４エッジスターシルバーナノレンズ（ｆｏｕｒ ｅｄｇｅ ｓｔａｒ ｓｉｌｖｅｒ ｎａｎｏｌｅｎｓ）の数値シミュレーションの結果を示す図である。 ＰＲＰの表面の近くで最大振幅３０００を示す、ｘ軸に沿う４エッジスターナノレンズ（ｆｏｕｒ ｅｄｇｅ ｓｔａｒ ｎａｎｏｌｅｎｓ）内の場分布を示す図である。 ナノ細孔デバイスと組み合わせたプラズモンナノレンズを例示する図である。 探針のアレイを持つ走査デバイスと組み合わせたプラズモンナノレンズを例示する図である。

Claims (20)

  1. 核酸中の塩基の配列などの、線状高分子サンプル中の化学基の配列を同定するための装置であって、
    プラズモン共鳴金属で作られる鏡面を有する基板、
    光線の発生源、
    検出領域を定める開口部の周りに配置され、光線が検出領域のサンプル上に当てられたときに、ナノレンズと４０ｎｍ以下の選択された間隔を有する基板との間のギャップにおいて、前記ナノレンズと前記基板表面上の直面する検出領域との間の空間内に近接場電磁ギャップモードを発生するように配列された、１つ以上のプラズモン共鳴粒子からなるレンズアセンブリ、
    前記検出領域で前記サンプルにより放射、又は散乱された光を受けるため、及び検出領域のサンプルのサンプル化学基を同定できるように、受けた光をギャップモード増強ラマンスペクトルに変換するための検出器及び
    レンズアセンブリの前記開口部を通ってレンズアセンブリに対して前記サンプルを移動し、サンプル内の連続する化学基を検出領域に位置決めするための平行移動メカニズム、
    を備える装置。
  2. さらに、前記レンズアセンブリを前記基板表面方向に移動、及び前記基板表面から遠ざかるよう移動して、前記選択された間隔を得るための焦点調整メカニズムを備える、請求項１に記載の装置。
  3. 前記アセンブリ内の前記ナノレンズは、前記基板表面の平面に垂直な中心軸の周囲に対称的に配列されている少なくとも前記３つのプラズモン共鳴粒子を含み、それぞれの粒子は、その最大寸法に関して２００ｎｍ未満であり、粒子の対の間の距離は、前記光線の波長よりも実質的に小さい請求項１に記載の装置。
  4. 前記粒子は、球状である請求項３に記載の装置。
  5. 前記粒子は、長円体であり、その主軸が前記中心軸と交差するように配向される形で配列されている請求項３に記載の装置。
  6. 前記光源は、偏光面が前記中心軸に垂直な円偏光の光線を発生する請求項３に記載の装置。
  7. 前記基板は、前記ナノレンズ内に形成される前記開口部と位置が揃い、かつ間隔が空いている開口部を定め、前記平行移動メカニズムは、前記基板及びレンズ開口部を通して前記線状サンプルを引き出すように動作する請求項１に記載の装置。
  8. ナノ細孔チャネルデバイスを備え、前記平行移動メカニズムは、前記デバイスを通して、並びに前記基板及びレンズ開口部を通して前記サンプルを引き出すための電場を含む請求項７に記載の装置。
  9. 前記サンプルは、反対端領域に、レーザー又は磁気ピンセットエフェクターと相互作用することができる粒子を付着しており、前記平行移動メカニズムは、前記粒子と相互作用し、前記チャネル並びに前記基板及びレンズ開口部を通して前記サンプルを引き出すためのレーザー又は磁気ピンセットエフェクターを備える請求項７に記載の装置。
  10. 前記レンズアセンブリは、前記光線が前記レンズ検出領域上に届く際に通る開口部をその中に有するカンチレバービーム上に載せられ、前記サンプルは、前記支持材上の一端に取り付けられ、前記レンズ及びカンチレバービーム開口部を可動的に通り抜けるように適合され、前記平行移動メカニズムによる前記カンチレバービームに対する前記支持材の移動は、前記レンズアセンブリ開口部を通して前記サンプルを引き出す効果を有する請求項１に記載の装置。
  11. 複数の線状サンプルの配列を決定するために、複数の前記カンチレバービーム、及び関連するレンズアセンブリを備える請求項１０に記載の装置。
  12. 核酸中の塩基の配列などの、線状高分子サンプル中の化学基の配列を同定するための方法であって、
    開口部の周りに配置された一以上のプラズモン共鳴粒子から構成される開口部を通してサンプルを引き出すことであって、前記粒子は、開口部のところに検出領域を定め、光線がその検出領域のところのサンプルに当てられたときに、ナノレンズと基板表面上の直面する検出領域との間の空間内に近接場電磁ギャップモードを発生するように配列されており、前記基板は、プラズモン共鳴金属で形成された鏡面を有し、前記ナノレンズと基板の間の前記ギャップは、４０ｎｍ以下の選択されたギャップを有しており、
    前記サンプルが前記レンズアセンブリ開口部を通して引き出されるときに、前記検出領域にあるサンプル上に当てること、
    前記検出領域で前記サンプルにより放出、又は散乱された光を受け取ること、
    前記検出領域の前記サンプル化学基の同定を可能とするために、前期の受け取った光をギャップモード増強ラマンスペクトルに変換すること、
    を含む方法。
  13. さらに、前記レンズアセンブリを前記基板表面方向に移動、及び前記基板表面から遠ざかるように移動して、前記選択された間隔を得ることを含む請求項１２に記載の方法。
  14. 前記光線を当てることは、前記光線を、前記基板表面の平面に垂直な中心軸の周囲に対称的に配列されている少なくとも前記３つのプラズモン共鳴粒子からなり、それぞれの粒子はその最大寸法に関して２００ｎｍ未満であり、いずれの粒子の対の間の距離も前記光線の波長よりも実質的に小さい、ナノレンズ上に当てることを含む請求項１２に記載の方法。
  15. 前記光線を当てることは、前記レンズ上に、偏光面が前記中心軸に垂直な円偏光の光線を当てることを含む請求項１４に記載の方法。
  16. 前記基板は、前記ナノレンズ内に形成される前記開口部と位置が揃い、かつ間隔が空いている開口部を定め、前記サンプルは、前記基板及びレンズ開口部を通して引き出される請求項１２に記載の方法。
  17. 前記サンプルは、ナノ細孔チャネルデバイス内に含まれ、前記デバイスを通して、並びに前記基板及びレンズ開口部を通して電場により引き出される請求項１６に記載の方法。
  18. 前記サンプルは、反対端領域に、レーザー又は磁気ピンセットエフェクターと相互作用することができる粒子を付着しており、前記サンプルは、前記チャネル並びに前記基板及びレンズ開口部を通してレーザー又は磁気ピンセット操作により引き出される請求項１７に記載の方法。
  19. 前記レンズアセンブリは、前記光線が前記レンズ検出領域上に届く際に通る開口部をその中に有するカンチレバービーム上に載せられ、前記サンプルは、前記支持材上の一端に取り付けられ、前記レンズ及びカンチレバービーム開口部を可動的に通り抜けるように適合され、前記平行移動メカニズムによる前記カンチレバービームに対する前記支持材の移動は、前記レンズアセンブリ開口部を通して前記サンプルを引き出す効果を有する請求項１２に記載の方法。
  20. 複数の線状サンプルの配列を決定するために、複数の前記カンチレバービーム、及び関連するレンズアセンブリを備える請求項１９に記載の方法。
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