JP2007529001A - 複合試料処理及び試料保持装置を使用する試料分析のための装置及び方法 - Google Patents

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Abstract

本発明は、化学分析装置及び方法に関し、特に、分子、例えばペプチド、及び/又は短悪質などの生物分子を、溶液中の分子の混合体から抽出し、そして分析装置に提示する前に抽出された分子にサンプル処理を行うための特異的な装置に関する。試料の分析方法は、複合試料処理及び試料保持装置を使用する。当該装置は、各アレイ位置に位置するコンパートメントの各々に繋がれた1の側に試料を受け入れるための入口を有するプレートを含み、ここで当該コンパートメントの各々は、プレートを通して液体が流れることを可能にする出口と繋がっている。当該方法は、外部容器にサンプルを供給し;場合により当該サンプルを、外部容器内で第一処理にかけ、当該複合試料処理及び試料保持装置に移し、そして当該試料を装置を通した液体の流れを利用して、第二処理にかけ(ここで媒質が装置内に保持される)工程を含む。

Description

発明の分野
本発明は化学分析のための装置及び方法に関するものである。より詳細には、これは生物学的標本を処理するための装置に関するものである。さらに詳細には、これは分子、例えばペプチド及び/又はタンパク質のような生体分子を、溶液中の分子混合物から抽出し、抽出した分子を分析機器に供する前に、それらに対する試料処理を実施するための装置に関するものである。この分析機器は、光学的(蛍光スキャナー、顕微鏡)又は質量分析計であってよい。使用する質量分析は、好ましくはレーザー脱離/イオン化(LDI)機器、例えばマトリックス支援レーザー脱離/イオン化(MALDI)、表面増強レーザー脱離/イオン化(SELDI)又はレーザー脱離/イオン化のその他の形態である。
背景
化学的、特に生体分子の分析の分野は、速さ、感度及び経済性に対する要求の高まりを経験しつつある。質量分析は生体分子(タンパク質、ペプチド、オリゴヌクレオチド)分析の標準法であり、試料、即ち生体分子が、純粋な形態、即ち妨害物質種(例えば、緩衝物質、塩、酸、塩基、界面活性剤又は不要な生体分子)無しで質量分析計に提供される場合に最も効率的である。さらに、質量分析の前に生体分子試料に対して異なる酵素的及び/又は化学的反応を実施することが必要又は望ましいかも知れない。以降、試料の処理としては、精製又は/及びアフィニティ捕捉又は/及び酵素的若しくは/及び化学的反応を指す。
生体分子の試料処理は通常、レーザー脱離/イオン化プレート表面で直接行われるか、又は別の装置/容器内で行われ、その後にレーザー脱離/イオン化試料保持プレートに移動させる。レーザー脱離/イオン化プレート又はキャリアという語は、質量分析計に試料提供するために使用する支持体を指す。
生体分子試料はしばしば溶液中の濃度が極めて低く、そのためその生体分子の非特異吸着を回避するため、表面積を最小限に維持することが非常に重要となる。生体分子の非特異吸着を回避する一つの方法は、媒質、例えばビーズに結合している間にそれらを移動させ、又は/そしてそのビーズを、試料処理の後に直接生体分子検体を含有する溶液中に添加することである。
レーザー脱離/イオン化プレート表面で直接試料処理を行うことに伴う問題は、試料と試薬を該表面に移動させねばならず、それが検体の喪失又は表面への拡散につながり得ることである。さらに、この表面は生体分子に対して限られた受容力しか持たない。このような表面の製造はしばしば複雑且つ高価であり、1回使用した後には廃棄せねばならない。
平面表面上のアフィニティ媒質が、光学的又はMS分析に付す標的生体分子を捕捉しようとする場合には、この表面の限られた受容力は特に厄介である。それ故、大きさの限定した領域に捕捉された生体分子を高い受容力で結合及び分析することを可能にする技術/方法を発見することは、大きな関心事である。
質量分析計による生体分子の分析に用いる装置は、微量の試料を迅速に且つ並行して取り扱うことができなければならず、そして、最小限の試料移動で効率的、経済的、そして包括的な試料処理工程を提供できなければならないという事が明白である。この装置は、好ましくは現存するロボット工学を使用して、高度な自動化を進めるべきである。最後に、この装置は、処理した試料を、さらなる移動を回避し最大の感度を提供する方法で質量分析計に提供できなければならない。
レーザー脱離/イオン化によるタンパク質同定の場合、最も一般的に用いられるプロトコルは、タンパク質を分離工程、例えばゲル電気泳動又は液体クロマトグラフィーに付すことである。分離の前又は後に、分離したタンパク質を酵素的切断又は化学的開裂にかけ(この工程は試料溶液の数回の移動を包含し得る)、何らかの形態の試料処理、例えば精製に付し、そしてその後LDI保持プレート上に移動させる。
この観点から、質量分析前の試料処理に用いる装置の分野において改善の必要性があることは明白である。
背景技術
ペプチド、タンパク質又はオリゴヌクレオチド混合物の精製は、吸収材料、例えばZipTip(商標)(Millipore Corporationの登録商標)を満たしたピペット先端部に試料溶液を通過させることによって実施できる。ZipTip中の媒質に吸収された生体分子は、MALDI標的上に直接溶出させることができる。Millipore CorporationはZipPlate(商標)と呼ばれる別の製品をも販売しており、これはC18レジン0,3μlを満たした96ウェルフロースルー微量定量SPEプレートである。精製後、試料を別の96ウェルマイクロタイター・プレートに溶出する。
LDI前の生体分子の試料処理を容易にするため、GeLoader tips(商標)(Eppendorf)に捕捉媒質を充填することができる。
Tecanは、Tecan TecPrep 96タンパク質試料調製技術を販売しているが、これは、単一ウェル処理能力で非並行的試料回収を提供し、そして数多くのMALDI標的と共に使用することができる、SPE、微量プレート、及び針打点技術の組み合わせである。DirectSpot(商標)技術は、特に96ウェルMALDI標的用に設計されている。
米国特許出願第2002/0182649 A1号(譲受人Cipergen Biosystems)は、アフィニティ捕捉レーザー脱離/イオン化タンデム質量分析を用いるタンパク質の特性決定、同定、及び配列決定のための装置及び方法を開示している。
アフィニティ捕捉法は、質量分析に接続させた或る種の生体分子の生物特異的選択で知られるようになった。例えば米国特許第6,020,208号、第6,027,942号、又は第5,894,063号(T. W. Hutchens and T. -T. Yip)を参照のこと。このような生物特異的アフィニティ吸着法を生体分子の精製に使用することができる。
BEECHER JODYらのWO0067293は、表面とその表面を被覆する薄膜を有する支持台を含む、質量分析用試料ホルダーを開示している。
米国特許出願2002/0172619 A1は、エレクトロスプレー装置、液体クロマトグラフィー装置及びエレクトロスプレー-液体クロマトグラフィー系を開示している。示されているエレクトロスプレー装置は、ナノエレクトロスプレー沈着により、母プレートから娘プレート、例えばMALDI標的に、再現性をもって試料を分配及び沈着させることもできる。
WHATMAN INC.のUS6124012は、収率と精度の向上のための固相抽出ディスク及び装置を開示している。
米国特許出願2002/0034827 A1は固相ナノ抽出及び脱離のための方法を開示している。
BRUKER DALTONIK GMBHの米国特許US6287872は、プレートの製造及び試料の適用のための方法を包含する、MALDI質量分析用試料支持プレートを開示している。
Schurenberg, Martin et.al.の米国特許出願2002/0045270A1は、質量分光学的分析用の構造化された生体試料支持プレート及び製造と使用のための方法を開示している。この発明は、生体物質を精製するための、そして所望により生体物質のアフィニティ選択を実施するための、親水性アンカーに隣接するアフィニティ吸着体を有する領域を提供し、それにより、最後に調製されるMALDI分析用生体物質を伴うマトリックス試料結晶が、その親水性アンカー上に良好に局在化する。
FINNIGAN MAT LTD(GB)のUS5859431は、質量分析計用試料ホルダーを開示している。この質量分析に使用するための試料ホルダーは、平面を有するプレートを含み、この平面は、粗い表面を持つ第二領域を取り囲む、滑らかな表面を持つ第一領域を含んでいる。第二領域が、試料をロードする位置を規定する。
米国特許出願2002/0155620A1は、検体の脱離及びイオン化のための方法及び装置を開示している。この発明は、質量分析のための試料提示装置を含む。より詳細には、試料提示表面に複合体が固定化されている。
米国特許出願2002/0016450A1(BBI BioSeq, Inc.)は圧力によって増強する抽出及び精製を開示している。
米国特許出願2002/0048531A1は、沈着させた薄膜並びにそれらの検出、付着及び生物医学的適用への使用を開示している。これらの薄膜の適用には、脱離-イオン化質量分析、有機薄膜及び分子の電気的接触、分析のための光エネルギーの光結合、生物学的材料の操作、クロマトグラフィー分離、頭隙吸着媒質、原子的分子吸着又は付着のための媒質、並びに細胞接着用支持台が包含される。
WO00/79238(PCT/AU00/00688)は、化合物の高分解能分離及び分析のための装置と方法を開示している。
米国特許出願2002/0055186A1(Oxford GlycoSciences(UK)Ltd.)は、試料中の目的タンパク質の存在を決定するための方法と装置を提供する発明を提示している。実際には、この方法は、試料を、そのタンパク質を標的ペプチドフラグメントへと断片化できる条件に付すことを含んでいる。次いで標的ペプチドフラグメントを、固体支持体に固定化した捕捉剤、例えば抗体のアレイに接触させる。この捕捉剤が、目的とするタンパク質の標的ペプチドフラグメントを認識する。標的ペプチドフラグメントと抗体の結合が、試料中に目的タンパク質が存在することを示す。この発明はさらに、目的タンパク質の標的ペプチドフラグメントを捕捉するアレイを製造する方法を提供し、その方法は、固体支持体上に捕捉剤を固定化する事を含むものであるが、ここで各捕捉剤は、異なる目的タンパク質由来の標的ペプチドフラグメントの一領域の配列を特異的に認識する。この発明に係る方法及びアレイ(装置)は、プロテオミクス、診断、薬学的プロテオミクス、疾病マーカーの同定、及び薬物標的発見を影響する。この方法及びアレイは特にタンパク質発現に関する情報のデータベースの作製に好適である。
米国特許出願2001/0055765A1は、微小容量液体反応の並行処理のための装置及び方法を開示している。
米国特許出願2002/0151040A1は、微小容量液体反応の並行処理のための装置及び方法を開示している。
米国特許出願2002/0160536A1(Regnier, Fred)は、生体試料分析のための高密度試料ホルダーを開示している。この試料ホルダーは、試料の支持表面を規定している多数の微少な島を規定するよう微細加工された支持台を含んでいる。少なくとも1個の液溜めが隣接する島表面を切り離し、隣接する島表面間の試料の移動を阻んでいる。
米国特許出願2002/0094566A1(Nelson, Randall W)は、生体分子の質量分析のための統合高スループット系を開示している。大表面積材料を含むアフィニティ微小カラムが記載されており、これは、高い流動性と低いデッドボリュームを有し、ハウジング内に入っており、そして活性化された又は活性化可能な大表面積材料の表面に結合したアフィニティ試薬を有している。アフィニティ微小カラム表面に結合したアフィニティ試薬はさらに、生体分子の高スループット分析に集積させるためのアフィニティレセプターを含んでいる。
米国特許出願2002/0164818A1(Nelson, Randall W)は、種々の体液中に存在する特定タンパク質及び変異体の、質量分析的イムノアッセイ分析を開示している。ここには、ピペット先端部(MSIA-チップと名付けられる)構築物が示され、当該構築物は、多孔性の固体支持体であって、構築され、アフィニティリガンドで共有結合により誘導体化され、そして体液をMSIA-Tipsに繰り返し流すことにより特定タンパク質及びそれらの変異体を種々の体液から抽出するために用いられる支持体を含む。
米国特許出願2001/0008615A1(LITTLE, DANIEL P)は、低容量検体元素を調製及び分析するための系と方法が開示されている。
米国特許出願2002/0137199A1は、微量貯蔵、反応及び検出セル並びにそれらの使用のための方法と装置を開示している。
GUSTAFSSON MAGNUSら(Gyros)のWO02075776は、微量液体系を開示している。
米国特許出願2002/0158195A1(Gyros)は微小流体系を開示している。この開示された発明は、液体試料である検体を質量分析計へのMS検体として提供する方法に関するものである。より詳細には、この方法は、検体を含有する液体試料を微小流体装置の微細チャネルの試料入口に適用し(この構造は、質量分析計にインターフェースで連結させることのできる出口(MSポート)をも含む)、検体をこのMSポートを通過させ、それによりこれをMS検体に変換し、そして、このMS検体を、MSポートを介して質量分析計に提示する、という工程を含む。
米国特許出願2002/0000517A1は、分離媒質、多エレクトロスプレーノズル・システム及び方法を開示している。分離材料を伴う微細加工されたシリコンチップ、例えばin situ製造した、微細チャネル中の多孔性ポリマーモノリスが開示されている。ノズルの寸法、適用電圧、及び時間の制御が、ノズルのアレイからの試料の配分又は沈着の精確且つ再現性ある方法、例えば、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間質量分析(MALDI-TOF MS)による分子量測定用試料プレート作成のための方法を提供する。母プレートから娘プレートへの検体の移動能を利用して、他の種類の検定、例えばプロテオミクススクリーニングのための他の娘プレートを作製することもできる。
米国特許出願2002/0000516A1は、多エレクトロスプレー装置、システム及び方法を開示している。マイクロチップを基礎とするエレクトロスプレー装置、システム、及びその製造方法が開示されている。このエレクトロスプレー装置は、注入表面上の入口と排出表面上の出口の間のチャネルを規定する支持台、出口を取り囲む排出表面から陥凹した部分により規定されたノズル、及び、エレクトロスプレーを発生及び最適化させるため、支持台に電位を適用するための電場発生源、を包含する。この系は、MALDi標的プレートに検体を移動させるために使用する。
Moon et. al.の米国特許6464866は、集積モノリス微細加工されたエレクトロスプレー及び液体クロマトグラフィー系及び方法を開示している。
WO0030167は、質量分析のための、ポリマーに基づくエレクトロスプレーノズルを開示している。
米国特許出願2002/0094533A1は、検定、合成及び保存のための装置、並びにそれらの製造、使用、及び操作方法を開示している。この発明は、貫通孔の高密度アレイを有する装置、又は「プラテン」の製造方法、並びにこのプラテン表面の清拭及び磨き直しの方法を特徴とする。この発明はさらに、従来の低密度アレイに優る数多くの利点を有する、化学的、生化学的、及び生物学的化合物の高密度アレイを作製する方法を特徴とする。「本発明のさらに別の利点は、貫通孔アレイに入れた化学的プローブに結合している物質を、さらなる分析のための別個の試料として容易に回収できることである。例えば、結合したウェル内容物を、マトリックス支援レーザー脱離及びイオン化(MALDI)又は表面増強レーザー脱離及びイオン化(SELDI)質量分析、又は核磁気共鳴(NMR)分光分析による分析のための平面支持台上に溶出することができる。或いは、貫通孔の内容物を、その貫通孔から質量分析計へと直接エレクトロスプレーすることもできる。貫通孔の内容物を、x線/シンチレーション検出又は電子回折技術(例えば結晶構造を決定するために)を用いて結晶化及び分析することもできる。本発明のこの態様は、標識されていない検体の高感度検出を可能にする。」
米国特許出願2002/0155509A1は、生物学に適用できる保持クロマトグラフィー及びタンパク質チップアレイを開示している。「[0140] 別の態様では、固相を提供する第一支持台、例えばポリマービーズ又はガラスビーズに吸着剤を付着させ、次にこれを脱離検出器の脱着エネルギーに試料を提示する手段として機能する第二支持台上に配置する。例えば、第二支持台は、前もって決められた特定可能な位置にある一連のウェルを有するプレートの形態とすることができる。このウェルは、吸着剤で誘導体化した第一支持台、例えば吸着剤で誘導体化したポリマービーズの容器として機能できる。この態様の一つの利点は、検体を1個の物理的まとまりとして第一支持台に吸着させ、脱離分析による分析のための試料提示支持台に移動させ得ることである。
WO0138865は、微小流体分析系内にビーズを基礎とする試薬を捕捉するための装置及び方法を開示している。
US6432290は、微小流体分析系内にビーズを基礎とする試薬を捕捉するための装置及び方法を開示している。
米国特許出願2002/0168644A1(Aebersold, Rudolf H)は、試料分子の単離及び標識のための方法を開示している。この発明は、試料分子を、その試料分子が反応性基と共有結合できる条件の下で、開裂し得る官能基、1又はそれ以上の官能基、及び試料分子のための反応性基を含む化学基と結合させた固体支持体と接触させることにより、その分子を標識し;そしてその開裂し得る官能基を開裂させ、それにより1又はそれ以上の官能基(これはタグであってよい)を含む試料分子を放出するための方法を提供する。
米国特許出願2003/0032046A1は、生化学的検定のための剥離可能且つ再密封可能な装置を開示している。
米国特許出願2003/0032013A1は、高能力検定プラットホームを開示している。標的分子を結合させ得る高能力検定プラットホームは、支持台及びその支持台に付着したポリマーマトリックスを包含する。支持台はMALDIプレートとすることができる。
米国特許出願2002/0182114A1は、試料を処理するための装置、その装置の用途、及びその装置の製造方法を開示している。「本発明は、収集室(4)(これは、流体を吸引又は分注するための、そしてこの収集室に働く、ポンプ(5)に接続できる)、及び、これらの試料(2)から分離された有機又は無機粒子(7)の固相抽出及び溶離を行うための、収集室(4)に隣接する分離室(6)、及び、これらの粒子(7)を放出するための開口部(8)、を有する物体(3)を含む、試料(2)を処理するための装置(1)に関するものである。本発明に従う装置は、個々のピペット先端部、及びSPEマイクロプレートに関するものであり、該装置(1)が、収集室(4)又は物体(8)に接続されている毛細管(9)を含み、そしてこれらの試料(2)から分離された有機又は無機粒子(7)を固相抽出するための充填剤(10)を有し、そして分離室(6)として使用されるという点で区別できる。本発明によれば、充填剤(10)を、抽出しようとする有機又は無機粒子(7)の物理化学的性質、及び決められた最小容量に適合させる事ができる。」
米国特許5705813は、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間質量分析(MALDI-TOF MS)のための集積液体試料取り扱い系を開示している。
科学的刊行物
多くの科学的刊行物が、LDIに先立つ試料処理についての異なった態様を包含している。これまでのところ、これらの刊行物の中で、最小限の試料移動で、さらなる移動を回避し最大感受性を与える方法で、処理された試料を質量分析計に提供する能力を持ちつつ、一般的な試料処理プロセスもまた可能であるような、効率的且つ経済的に微量の試料の迅速な自動化並行処理を行う必要性に狙いを定めた一般的装置を提示しているものは無い。
幾つかの刊行物が、生体分子の効率的な分析を実現する方法を提示してはいる。LDIの前の生体分子の試料処理を、粒子、ビーズ、膜、Emporeディスク又は類似のものの使用に依拠する多くの方法は、本発明に適合させることができ、そして/又は本発明(複合試料支持体及び保持装置)により改善することができる。
発明の要約
第一の態様では、本発明は、各アレイ位置に位置する各コンパートメントに繋がれた1の側に、処理及び分析される試料を受け入れるための入口を有するプレートを含む、複合試料処理及び試料保持のための装置であって、各コンパートメントが、該プレートを通して液体が流れることを可能にする出口と繋がっていることを特徴とする装置を提供する。
第二の態様では、本発明は、各アレイ位置に位置する各コンパートメントに繋がれた1の側に、処理及び分析される試料を受け入れるための入口を有するプレートを含む、複合試料処理及び試料保持装置であって、各コンパートメントが、該プレートを通して液体が流れることを可能にする出口と繋がっていることを特徴とする装置を使用する、試料の分析方法であって、
試料を外部容器に供給し;
場合により、該試料を外部容器中で第一の処理に付し;
該試料を複合試料処理及び試料保持装置に移し;
該試料を、装置を通して液体が流れることを利用する第二の処理に付す(ここで、媒質が該装置に捕捉される)、
という工程を含む方法を提供する。
本発明は添付された請求項で定義される。
好ましい態様の説明
緒言
本発明は、複合試料支持及び保持装置を提供する。この装置は、溶液から生体分子を選択的に回収及び濃縮し、その後、処理した生体分子を最終分析のためにLDI MS及び/又はMSnに提示することが可能である。
複合試料処理及び保持プレートは、幾つか(2-10000)のアレイ位置を有し、当該アレイ位置は、コンパートメントに捕捉される捕捉媒質で満たされ得るコンパートメントへの入口を有する。各アレイ位置は、個々の試料が分析されうる別個の分析区域を伴う出口をも有する。
捕捉媒質は、非選択的アフィニティ吸着物質又はアフィニティ捕捉/吸着媒質といった既知の種類のいずれかあってよい。当該媒質は、例えばシリカ、ガラス、金属、又はポリマー材料製の粒子又はビーズとすることができる。媒質がビーズ又は粒子で構成されている場合、この媒質の保持は、個々の粒子又はビーズが出口孔/孔群のサイズより大きくなるように出口孔又は出口孔群を設計することにより、達成できる。出口孔/孔群より小さい(五分の一まで)サイズのビーズ又は粒子を使用すること、並びに複合試料処理及び保持プレートの媒質コンパートメント中に媒質を保持のために「キーストーン」効果に頼ることも可能である。当該媒質は、媒質、例えば任意の種類の多孔性ポリマーモノリスのin-chip(in-situ)重合によって、複合試料支持及び保持プレートに供給することもできる。媒質を複合試料支持及び保持プレートに移動させるさらに別の方法は、捕捉媒質の断片、例えば膜、Empore Disks(3M, Minneapolis, MN)又は類似の物の断片を、複合試料処理及び保持プレートの媒質コンパートメントに配置することである。
複合試料処理及び保持プレートは、捕捉した生体分子を効果的に洗浄することができ、その結果、望ましくない物質種を溶離工程において分析区域に移入させないことを保証する。この事により、分析における感度と特異性が増大する。
試料移動を行うことなく、そして生体分子の試料処置の後直ちに、その生体分子を媒質と接触させる方法(例えば、タンパク質消化後に媒質を直接マイクロタイター・プレートに加える、又は、生体分子の分離物を媒質上で直接溶離する)は、顕著な利点を提供するが、それは、低濃度の生体分子がかなり速やかに表面(例えば試料容器の表面)に非特異吸着されるようになることがよく知られているためである。媒質上への生体分子の迅速な捕捉は、それらが非特異吸着のため消失すると言うよりはむしろ、後で分析のために回収できることを確実とする。この事は、より多くの所望生体分子が最終分析に利用できる、即ち、より良い分析結果が得られることを意味する。さらに、生体分子が捕捉媒質に晒され、試料溶液中の生体分子が媒質に結合する場合、溶液中の生体分子濃度は低くなる。この事は、所望の生体分子が別の試料処理プロセスによって持続的に作られる状況、又は所望の生体分子が例えばゲルプラグから一定期間溶液中に漏出している状況では、有利に利用できる。
複合試料処理及び保持装置を実現するための微細加工の利用は、幾つかの有益な態様を提供する。小型化した複合試料処理及び保持装置には少量の試料及び試薬容量しか必要とせず、高密度のアレイ位置が可能となる。もう一つの重要な態様は、複合試料処理及び保持装置中の短い通路長であるが、この場合、検体は媒質上に直接ロードされ、その媒質上で、又は出口分析区域上で分析され、装置表面での検体の非特異吸着を最小限とすることができる。これは、試料検体がかなり大きな表面積を有するチャネルを通って導入及び溶出する、例えばWO0275776に記載された微小流体系と比較して、著しい改善である。複合試料処理及び保持装置は埋没チャネルを使用しても実現できるが、好ましい態様は短い通路長を有するものであり、何故なら埋没チャネルを用いる装置はより複雑で、したがって製造がより高価であるためである。
基本的な考えは、この装置が幾つかの一般的な適用に利用できるという事である。ユーザーは、適用に応じて、この複合試料処理及び保持プレートを満たすために、1つの捕捉媒質又は幾つかの異なる(相補的な)種類の捕捉媒質を選択する。所望の生体分子を、外部容器、例えばマイクロタイター・プレート中でオフラインにて媒質上に捕捉し、その後複合試料処理及び保持プレート上の別々のアレイ位置にロードするか、或いは、媒質をまず個別のアレイ位置にロードし、次いで所望の生体分子を含有する試料溶液を、捕捉用媒質を通過させる。次に、依然として媒質に存在又は結合しているかも知れない不要成分を洗浄除去し、媒質上に所望の生体分子を残す。この時点で所望の生体分子が媒質上に捕捉されており、ここでそれらをさらなる試料処理工程に付すことができる。これらの工程は、酵素処理又は/及び化学的処理、例えば分析を促進し、或いは/そして捕捉された生体分子に関するさらなる情報を取得するためになされるものであってよく、又は、その生体分子の初回分析を行うことができる。所望の試料処理工程が全て完了した後、その生体分子を脱着して溶解を引き起こす溶離液により、複合試料処理及び保持プレート上の分析区域に生体分子を溶出する。この時点で生体分子は分析区域上のさらに別の試料処理工程に付すことができる。これ以上の試料処理を望まない場合は、プレートをLDI MSによる分析に付すか、又はプレートを後の分析のために保存することができる。複合試料処理及び保持プレートは、これがLDI MS機器に直接取り付けられるように、又は、ホルダーの働きをする支持台に取り付けて複合試料処理及び保持プレートがLDI MS機器に挿入できるように製造される。
本発明の幾つかの態様は、生体分子試料をエレクトロスプレーMS機器(ESI)に提示するために使用することもできる。これらの態様では、1又は数本の電極を、複合試料処理及び試料保持プレートに組み込む。これらの電極を用いてエレクトロスプレー/ナノスプレーを発生させ、又は、これらを用いて媒質への、若しくは媒質からの検体の移動を促進することができる。
複合試料処理及び保持プレートの媒質上に所望生体分子が捕捉されるとその後、直ちに次の工程が遂行される、即ち、分析が遂行されるまで複合試料処理及び保持プレートをしまい込むことができる、という事が一つの利点である。
捕捉された生体分子の、複合試料処理及び保持プレートの分析区域上への溶出は、MALDIに必要なマトリックス又はLDIに必要なその他任意の成分を含有する溶離液を用いて実施できる。LDIを可能にする/促進するこのマトリックス又は/及び成分(化学物質、金属粉、半導体粉)は、例えば分注、スプレー、蒸気沈着、遠心分離、又は化学結合により、分析区域に捕捉された生体分子の溶出前、又は捕捉された生体分子の、分析区域への溶出後に、分析区域に適用することができる。
複合試料処理及び保持プレートは、ビーズ、試料、洗浄及び溶離液をロードするための常套的ピペット操作ロボットに、インターフェースで容易に連結できる。複合試料処理及び保持プレートを用いる試料の処理は、試料の移動を最小限とし、したがって、表面、例えばピペット先端部、試料容器、連結管系上への生体分子検体の非特異吸着をも最小限とする。
複合試料処理及び保持プレートは、最終的に、この複合試料処理及び保持プレートの分析区域上の生体分子検体をLDI MS機器に提示する。これは、生体分子検体を別個のLDI MSプレートに移動させる必要が無く、検体の吸着損失及びこの移動を行うための、手動による又はロボット操作によるさらなる工程の必要性をも回避する事を意味する。
複合試料処理及び保持プレート上面に、タンパク質の2-DE分離物から切り取ったゲルプラグを保持できる貫通孔ウェル(複合試料処理及び保持プレートの入口に合わせてある)を持つ第二プレートを配置することにより、ゲル内消化、ペプチド捕捉(そのペプチドの濃縮/精製)、複合試料処理及び保持プレート上への捕捉されたペプチドの溶出、並びにLDI MS分析という全工程を、その複合試料処理及び保持プレート外部への試料移動無しに実施できる。即ち、ゲルプラグをそのウェルに入れた後の全工程が、同じ単一のロボットステーションで実施される。
複合試料処理及び保持プレートの分析区域上に生体分子検体を溶出している最中に小スポットが形成するのを容易にするため、複合試料処理及び保持プレートを疎水性試薬で処理し、そして/又は、分析区域を、該分析区域上に検体密度の高い小領域の形成を促進するように構築することができる。この、複合試料処理及び保持プレート表面の構築は、他のプレート(例えば、第二の複合試料処理及び保持プレート)との結合を可能にする役割をも果たし、又は、より大容量の試料のロードを可能にする。
流体の運搬を達成するために裏面(即ち、分析区域を有する側)に施す減圧の使用は、LDI試料調製プロセスの重要な幾つかのパラメータを制御する手段を提供する。これらのパラメータには、スポットの大きさ、結晶の成長及び大きさがある。
複合試料処理及び試料保持プレートの大きさは任意の寸法とすることができるが、その複合試料処理及び試料保持プレートを分析することになっている分析機器の標準的標的プレートと同じ寸法を持っているのが好ましい。
図面に関する説明
図1は、複合試料処理及び試料保持プレートの一例、並びに入口(101)、媒質コンパートメント(105)、出口(106)及び分析区域(108)の、可能な幾つかの設計を示す。
図1aは、96個の個々のアレイ位置(110)を有する複合試料処理及び試料保持プレート(100)の実施態様を示す。各辺(102)及び(104)は典型的には4〜20cmの間であり、そしてこの複合試料処理及び試料保持プレート(100)の厚さ(103)は典型的には1μm〜2cmであるが、好ましくは200μm〜4mmである。
各アレイ位置(110)は、定められた幾何学的外形を有し、これは、その複合試料処理及び試料保持プレート全てで同じ種類の外形であるか、又は、複合試料処理及び試料保持プレートは異なる形状を持つ複数のアレイ位置を持つこともできる。
図1bは、好ましいアレイ外形の一つにおける2個のアレイ位置の側面図を示す。入口101は500nm〜2cmの間の辺/直径を有しうるが、好ましくは100〜500μmの間の辺/直径を持ち、また、出口106は典型的には1mm〜2cmの辺/直径を持つが、好ましくは1〜50μmの間の辺/直径を持つ。分析区域(108)は、出口(106)を取り囲む領域である。入口(101)及び出口(106)が、その外形により規定される容量を持つコンパートメント(105)を規定する。コンパートメント(105)には、任意の所望機能を有する任意の種類の媒質が充填されうる。
アレイ位置(110)の入口(101)及び出口(106)は任意の既知の外形、例えば正方形、長方形、円形、楕円形、三角形、菱形、八面体等を持つことができる。出口と入口は同じ外形であってよいが、出口と入口が異なる外形、例えば円形の入口と正方形の出口を持つことも可能である。アレイ位置(110)は、多数の出口を持つ任意の種類のものであってもよく、例えば図1c、1d、1i及び1jを参照のこと。
アレイ位置(110)の外形は、既知の任意の形態、例えば図1c、1fのような円錐形又は図1dのような円柱形、又はこれらの組み合わせ、図1eをとることができる。図1g-1jは正方形及び角錐形の外形を持つ幾つかの例を示している。図1kは三角形の外形の例、図11は菱形、そして図1mは長方形の外形の例である。
入口(101)及び/又は出口(106)及び/又はコンパートメント(105)に構造体を含めることも可能である。図1nはそのような構造化された設計を示すものであり、ここでは、媒質がコンパートメント(105)を満たすようにさせつつ大きな物質がコンパートメント(105)に入るのを防ぐため、棒材(109)を入口(101)に含められた。
図2aは、多数の個々のアレイ位置(210)を有する複合試料処理及び試料保持プレート(200)の、別の態様を示す。各々のアレイ位置(210)は、コンパートメント(203)を規定する入口(201)と出口(202)を持つ。このコンパートメントは媒質(204)で満たすことができる。
図2bは、アレイ位置実施態様の側面図を示す。このアレイ位置は、入口(201)、出口(202)及び媒質(204)で満たされるコンパートメント(203)を持つ。この実施態様では、入口と出口はコンパートメントの容量を規定しない。代わりにこのコンパートメントは、複合試料処理及び試料保持プレートを含む材料において該プレートと同じ平面に(水平に)向いたチャネルとして伸長している。この事により、入口と出口によってのみ規定されるコンパートメントに比較して、より大きな容量のコンパートメントが可能となる。出口は、媒質(204)の保持ができる狭い開口部である。出口は、構築された分析区域(205)へとつながる。この構造体は分析区域の大きさを規定する役割を持つ。
図2cは、図2bに示した設計のもう一つの態様であるが、ここでは、コンパートメント(203)容量を規定する入口(201)と出口(202)を有するアレイ位置を伴っている。
図2dの平面図及び図2eの側面図は、媒質を保持するためのグリッドを形成する幾つかの壁(206)を利用するアレイ位置の設計を示す。
図2fの平面図及び図2gの側面図は、媒質を保持するためのグリッドを形成する幾つかの柱(207)を利用するアレイ位置の設計を示す。
図2hの平面図及び図2iの側面図は、媒質の捕捉と保持を可能にする制限部を提供するヒール(208)を利用するアレイ位置の設計を示す。
図2d−2iに記載の設計は、複合試料処理及び試料保持プレートを含む材料においてコンパートメントを水平に伸長させることにより、コンパートメント(203)容量を拡大できるという点で共通している。制限構造体(206、207、208)を入口の縁へと動かすことにより、入口と出口により規定されるコンパートメント(203)容量を持つ、図2cに記載のような設計が実現できるということにも留意すべきである。
図3aは、各々の個々のアレイ位置(310)が極めて浅い媒質捕捉コンパートメント(303)を有する、複合試料処理及び試料保持プレート(300)の一態様を示している。図3bは、2個のアレイ位置の、より拡大図である。コンパートメント(303)の容量は入口(301)と出口(302)で規定される。この事により、媒質(304)上に捕捉された検体の容易且つ直接的な分析、即ち、捕捉された検体を分析区域に溶出せずに分析することが可能となる。コンパートメント(303)はいかなる深さであってもよいが、この態様(300)では、図3c及び3dに示すように、媒質(304)が入口(301)と同じ水準にあることが好ましい。何故なら、この態様(300)の入口(301)は分析区域としても働くためである。より具体的には、媒質(304)表面が分析区域(306)である。出口(302)を取り囲む表面もまた分析区域(305)として働き得ることに留意すべきである。
図4aは、複合試料処理及び試料保持プレートの同側に入口(401)、出口(402)及び分析区域(405)を有する、多数のアレイ位置(410)を持つ複合試料処理及び試料保持プレート(400)の、もう一つの態様を示す。図4bは、複合試料処理及び試料保持プレートを含む材料においてコンパートメントを該プレートと同じ平面に(水平に)向いたチャネルとして伸長させることにより、コンパートメント(403)容量を拡大できる設計を示している。制限構造体(404)を入口(401)の縁及び出口(402)の縁へと動かすことにより、入口と出口により規定されるコンパートメント(203)容量を持つ、図4cに記載のような設計が実現できるということにも留意すべきである。制限構造体(404)は、柱、壁、ヒール又は開口部といった既知の任意の種類のものであってよい。
図4dは、図4bに記載のようなアレイ位置(410)の側面図を示し、矢印は、媒質(406)で満たされたコンパートメント(403)を通る流れの向きを示している。
図5aは、多数のアレイ位置(510)を有する複合試料処理及び試料保持プレート(500)の、さらに別の態様を示している。図5bは、各々異なった媒質(506)を満たした2個のアレイ位置(510)の側面図を示す。支持台(507)中のアレイ位置(510)は、任意の形状及び外形を持つことができる。ここでの相違は、媒質(506)を保持する働きをする制限部(504)が、薄い透過性の膜(504)である事である。入口(501)に送達されたいかなる液体も、コンパートメント(503)と透過性である膜(504)を通り抜ける。すなわち、通過/出口を有する(502)。分析区域(505)は、検体が媒質(506)から溶出した後、最終的に到達する領域である。
図6に示すように、複合試料処理及び試料保持プレートのアレイ位置は、入口及び/又は媒質コンパートメント及び/又は出口(分析区域)並びにこれらを取り囲む領域に、既知の任意の種類のさらなる構造体を有することができる。この構造体は、例えば、より大容量の充填を可能にし、より高い媒質の充填能力を実現し、分析を向上若しくは容易にし、又は捕捉された検体を分析区域上に溶出する際、試料スポットで規定された小領域の創成を容易にする、といったような、異なった望ましい性質を実現する働きを持つことができる。
図6aは、コンパートメント(603)を規定する入口(601)と出口(602)を有する複合試料処理及び試料保持プレートを含むプレート材料(604)における、非構造化アレイ位置(610)の側面図を示す。図6bは、媒質(605)から所望の検体を溶離した直後に出口(602)を取り囲む分析区域(608)上に得られる小滴(606)の側面図を示す。図6cは、出口(602)と分析区域(608)を有する複合試料処理及び試料保持プレートの底面図を示す。図6dは、コンパートメント(603)を規定する入口(601)と出口(602)を有する複合試料処理及び試料保持プレートを含むプレート材料(604)における、構造化アレイ位置(610)の側面図を示す。分析区域は出口(602)にあるウェル(616)の構造体によって規定される。図6eは、ウェル(616)による溶離された液体の保持状態の側面図を示す。図6fは、出口(602)及びウェル/分析区域(616)を有する複合試料処理及び試料保持プレートの底面図を示す。図6gは、構造化された分析区域が、出口を取り囲む一組の同心円状の円形壁(609)である、別の態様の側面図を示し、また図6hは、溶離液の保持状態を示す。図6iは、円形壁(609)を有する図6gの底面図である。図6jは、柱(611)の形態をとっている、可能なもう一つの構造体を示す。図6kは、分析区域が煙突様構造(612)によってどのように規定されるかを示す。図6lは、溶離液の保持状態を示し、そして図6mはこの構造体の底面図である。図6n−pでは、溝(617)構造を用いて分析区域に溶離液を閉じ込めている。
図6q−sは、分析区域に溶離液を保持するためにパターン化/構造体(613、614)をどのように使用できるかを示す。パターン化/構造体は、既知の任意の手段で複合試料処理及び試料保持プレートに付け加えることができ、そして、疎水性(614)及び親水性(613)又はナノ多孔性(614)及び平面状(613)といった既知の任意の種類であってよい。
無論このパターン化/構造体は、図6t−uに示すように、入口と出口を取り囲む領域に適用することができる。図6vは、入口に適用した構造体(615)を示す。このようにパターン化及び構造体は、複合試料処理及び試料保持プレートの特定の属性を亢進するために、入口と出口の両方、及び/又は入口を取り囲む領域、コンパートメント、及び/又は出口に、任意の組み合わせで(図6w)適用できる。
この装置の任意の面を疎水性に、又はこの装置表面全体を疎水性とすることも可能である。
図7に示すように、既知の任意の種類の媒質(705−707)を、既知の任意の手段、例えばin situ重合、スラリー状のビーズ又は媒質片、例えばEmpore disks(商標)(3M)によってコンパートメント(703)中に充填することができる。
図7aは、複合試料処理及び試料保持プレート上の個々のアレイ位置の媒質コンパートメント(703)中に、2種類の異なる媒質を充填する例を示している。媒質は、ビーズ懸濁液(705)の形態で充填でき、これを入口(701)に適用し、この複合試料処理及び試料保持プレートの下部を減圧して、媒質を媒質コンパートメント(703)中に充填することができる。媒質(705)はコンパートメント(703)中に保持されるが、ビーズ懸濁液に使用した溶媒(704)は出口(702)を通り抜ける。媒質を充填する別の方法は、コンパートメント(703)にぴったり合う媒質片(707)を配置することである。
図7bは、複合試料処理及び試料保持プレート上の1個のアレイ位置が、どのようにして異なる機能を持つ媒質で満たされ得るかを示している。所望の物理的特徴を獲得するために、例えば、大きなビーズ(706)を使用して小さなビーズ(705)をコンパートメントに保持し、又は、特定のそして多次元試料処理工程を実現するために、異なる種類の媒質を使用できる。
図8は、複合試料処理及び試料保持プレート(800)の使用のための幾つかの異なる戦略を示している。
図8aでは、まず、(1) 媒質をビーズスラリー(814)の形態で、例えばピペット操作ロボット(813)によって外部容器(811)、例えばマイクロタイター・プレート中の検体に加える。この媒質は、外部容器(811)のアレイ位置において所望の検体を捕捉し、その後、(2) 複合試料処理及び試料保持プレート(800)上の対応するアレイ位置(810)に移される。例えば複合試料処理及び試料保持プレートの底部を減圧とすることにより、媒質の充填及びその他の試料処理プロセスを可能にする器具(812)に複合試料処理及び試料保持プレートを設置する。
図8bでは、まず、(1) 媒質をビーズスラリー(814)の形態で、ピペット操作ロボット(813)によって、複合試料処理及び試料保持プレート(800)のアレイ位置(810)のコンパートメントに加える。
次に、(2) 所望の検体を含有する試料溶液を、外部容器(811)から、複合試料処理及び試料保持プレート(800)上の対応するアレイ位置(810)に移す。次いで、所望の検体を媒質と結合させるが、ここで、検体を分析区域上に溶出させる前に、さらなる試料処理プロセスを遂行することもできる。
図8cは、溶離方法の例を示す。ピペット操作ロボット(813)は、適当量の溶離液(804)をアレイ位置(810)の入口(801)にデリバリーする。複合試料処理及び試料保持プレート(800)の下部を減圧とすることにより、この溶離液がコンパートメントと出口(802)を通って移動する。したがって溶離液は、コンパートメントにある媒質(803)上に捕捉された所望の検体を移動させ、検体は最後には分析区域(805)に到達する。(−P)は、複合試料処理及び試料保持プレートの下部に適用する減圧を意味する。
図8dに示すように、検体が分析区域に溶出された後、複合試料処理及び試料保持プレートを逆さまにして出口(802)/分析区域(805)が上向きとなるようにする。この時点で複合試料処理及び試料保持プレート(800)は、この複合試料処理及び試料保持プレートの分析を可能にする適当な機器に直接挿入でき、又は必要ならば、まず、その機器に適合させるための器具(815)に配置することができる。
図9は、複合試料処理及び試料保持プレートでの検体の固相精製の簡単な図解例を示している。(−P)は、複合試料処理及び試料保持プレートの下部に適用する減圧を意味する。
図9aでは、まず、(1) 試料(904)を既知の任意の方法(905)でアレイ位置(910)の入口(901)にデリバリーさせる。所望の検体は媒質コンパートメント中の媒質(903)に結合し、一方、不要成分の殆どは出口(902)を通り抜ける。
図9bは、残留している不要成分を洗浄液(906)によって洗い流す第二の工程(2)を示す。
図9cは、精製及び濃縮された検体が、溶離液(907)によって媒質から分析区域(908)上に溶出される、第三の工程(3)を示す。
図9dは、複合試料処理及び試料保持プレートを逆さまにして分析機器中に挿入し、検体のイオン化(911)を惹起するレーザー(909)を用いて各分析区域(908)からデーターをとる、最終的なLDI MS分析工程(4)を示す。
図10は、複合試料処理及び試料保持プレート上に捕捉された検体の分析に使用できる、異なった検出原理の例を示している。
アレイ位置(1010)にある検体は、光学的に(図10a)、又はレーザー(図10b)(1005)、脱離/イオン化(1006)によって、まだ媒質(1003)と結合している間に、即ち、出口(1002)を下向きにした状態で入口(1001)からの分析によって分析できる。
或いは、検体を、出口(1002)を取り囲む分析区域(1007)上に溶出し、即ち、分析機器に対して出口(1002)を上向きにして分析する。分析機器は光学的、例えば蛍光分析(図10c)、又はレーザー(図10d(1005))、脱離/イオン化(1006)でありうる。
図11に示すように、幾つかのプロセスを容易にするため、例えば試料の移動を最小限とし、そして試料処理プロトコルの自動化を単純にするために、複合試料処理及び試料保持プレート(1100)を、やはりフロースルー型のさらなる試料処理プレート(1111)に対合させることができる。複合試料処理及び試料保持プレート(1100)の上又は下に合うように製造される範囲で、さらなる試料処理プレート(1111)は、任意の外形及び機能を持つことができる。
図11bは、ゲル内消化処理をさせるさらなる試料処理プレート(1111)を複合試料処理及び試料保持プレート(1100)と対合させる例(側面図)を示す。このさらなる試料処理プレート(1111)は、ゲルプラグ(1115)を保持できるコンパートメント(1114)を規定する、入口(1112)と出口(1113)を有する。出口(1113)は、コンパートメント(1114)に、ゲルプラグ(1115)を保持し且つ液体を選択的に保持するような大きさを持つ。例えば、複合試料処理及び試料保持プレート(1100)下部に減圧を適用すると、液体のみが、出口(1113)を通って、この複合試料処理及び試料保持プレートの入口(1101)、媒質(1103)及び/又は出口(1102)に至る。複合試料処理及び試料保持プレート(1100)への、このさらなる試料処理プレート(1111)の対合を改善するため、この対合を容易にする構造(1104)、例えばOリングを、両方又は片方のプレート(1111又は1100)に含めることができる。
図12は、この複合試料処理及び試料保持プレート(1200)が、どのようにして異なった試料のスクリーニングデータ検索に利用できるかの例を示している。複合試料処理及び試料保持プレート(1200)を減圧器具(1213)に配置する。複合試料処理及び試料保持プレートの個々のアレイ位置(1210)を、異なる種類の媒質で満たす。例えば、複合試料処理及び試料保持プレート(1200)上のアレイ位置(1210)を、96の異なる抗体(媒質に結合させてある)で満たすことができる。次に試料(1212)をこの複合試料処理及び試料保持プレート(1200)を取り囲む試料溜まり(1211)に分注し、充分なインキュベート時間の後、試料溶液(1212)を全ての位置から排水/吸引する。最後にこの96個の分析位置を個別に分析する。この種の試料スクリーニングデータ検索は、当然任意のフォーマット、例えば複合試料処理及び試料保持プレート(1200)上にある12個の個々の試料溜まり(1211)(各試料溜まり(1211)が4 x 2のアレイ位置をカバーしている)を用いて実施することができる。これにより、12の個別試料(1212)を、各々8種類の異なる媒質上で処理することができる。
図13aに示すように、アレイ位置(1310)のぴったり合った数枚の複合試料処理及び試料保持プレート(1300)を積み重ねることにより、さらなる試料処理を実施できるが、これは、この複合試料処理及び試料保持プレート(1300)の積層物を通り抜けるように試料を吸引することにより同時に、又は、まず、1個の複合試料処理及び試料保持プレート(1300)上で試料処理を行い、次にそれを別の複合試料処理及び試料保持プレート(1300)の上に載せ、検体をその複合試料処理及び試料保持プレート(1300)に移動させることにより、連続的に実施できる。したがって、複合試料処理及び試料保持プレート(1300)の積層は、既知の任意の試料処理プロセスを容易にするための、任意の数又は順序で実施することができる。
図13bは、3枚の複合試料処理及び試料保持プレートの積層の例を示す。入口(1301)にある二つの試料(1307、1308)は、底部にある複合試料処理及び試料保持プレートの出口に減圧を適用して、複合試料処理及び試料保持プレート積層物の、3種類の異なる媒質、例えば親水性媒質(1303)、疎水性媒質(1304)及び強力な陽イオン交換媒質(1305)中を排水/吸引することにより、処理できる。次いでこの積層物をばらばらにし、各々の複合試料処理及び試料保持プレートを別々に溶離及び分析した後、各試料についてのデータを集める。
もう一つの可能な例は、まず、試料(1307、1308)を、媒質(1303)が選択的抗体を有する、1枚の複合試料処理及び試料保持プレート上で処理することである。次にこの複合試料処理及び試料保持プレートを、IMAC媒質(1304)を有する複合試料処理及び試料保持プレートに配置/積層し、選択的に捕捉された検体を抗体媒質(1303)から溶離し、IMAC媒質(1304)上に捕捉する。次いで抗体媒質(1303)を有する複合試料処理及び試料保持プレートを取り外し、IMAC媒質(1304)上の検体を、この媒質(1304)上に捕捉されている間に試料処理プロセス、例えば酵素による切断に付し、その後、疎水性媒質(1305)を有する複合試料処理及び試料保持プレート上に配置する。得られたIMAC媒質(1304)上の検体を、疎水性媒質(1305)上に溶離及び捕捉する。次いでこの検体を試料処理、例えば洗浄に付し、出口(1302)を取り囲む分析区域上に溶出し、この複合試料処理及び試料保持プレートをLDI MSで分析する。
図14aは、多数のアレイ位置(1410)を有する複合試料処理及び試料保持プレート(1400)のもう一つの態様を示している。出口(1411)は、ESI MS機器への送達ができるエレクトロスプレー又はナノスプレーの生成を可能にするノズルである。
図14bは、構造体(1412)により一定量の液体を保持できる入口(1420)を有する1個のアレイ位置(1410)の側面図を示す。入口(1420)と出口/ノズル(1411)が、媒質(1419)が充填されるコンパートメントを規定する。コンパートメント表面には、エレクトロスプレー/ナノスプレー(1414)の生成に必要な電圧を供給するための電極(1413)がある。ESI MS機器(1418)の入口に向けられる複合試料処理及び試料保持プレート(1400)上にアレイ位置(1410)を並べることにより、エレクトロスプレー/ナノスプレー(1414)がESI MS機器に送達される。
図14c−eは幾つかの可能なノズル(1411)の態様を示し、図14cは角錐形ノズルを、図14dは円柱形ノズルを、そして図14eは円錐形ノズルを示す。
図15aは、多数のアレイ位置(1510)を持つ複合試料処理及び試料保持プレート(1500)の、もう一つの代替実施態様を示し、出口(1502)は、ESI MS機器に送達可能なエレクトロスプレー又はナノスプレーの生成をも可能にするノズルである。
図15bは、アレイ位置(1510)実施態様の側面図を示す。このアレイ位置は、入口(1501)、出口(1502)、及び媒質を満たすことのできるコンパートメント(1503)を持っている。この実施態様では、入口と出口はコンパートメントの容量を規定しない。代わりにこのコンパートメントは、複合試料処理及び試料保持プレートを含む材料中で水平に伸長している。この事により、入口と出口によってのみ規定されるコンパートメントに比較して、より大きな容量、したがってより高い能力を持つコンパートメントが複合試料処理及び試料保持プレートを占める。
図15cは、図15bに記載のアレイ位置(1510)の設計の、別の態様であるが、ここではコンパートメント容量を規定する入口(1501)と出口(1502)を持つアレイ位置を有している。
図15dは、液体を満たすことのできる入口(1420)を有する1個のアレイ位置(1510)の側面図を示す。この寸法と外形のため、アレイ位置を、毛管力によって入口(1501)から出口/ノズル(1502)まで液体で満たすことが可能である。コンパートメント(1503)の表面は、エレクトロスプレー/ナノスプレー(1505)生成に必要な電圧を適用するための電極(1504)を有している。ESI MS機器(1507)の入口に向けられる複合試料処理及び試料保持プレート(1500)上にアレイ位置(1510)を並べることにより、エレクトロスプレー/ナノスプレー(1505)がESI MS機器に送達される。
図15e−gは幾つかの可能なノズル(1502)態様を、図15eは角錐形ノズルを、図15fは円柱形ノズルを、そして図15gは円錐形ノズルを示している。
ペプチドの固相抽出において複合試料処理及び試料保持プレートを用いる使用サイクルの例
1. 定められた容量/量の媒質(ビーズ)を、異なる試料溶液を各ウェルに含む96ウェルマイクロタイター・プレートの各ウェルに加える。
2. 捕捉 − 所望の生体分子を媒質に結合させるため、適当な時間インキュベートする。
3. 複合試料処理及び試料保持プレートを、入口を上に向けて減圧器具に配置し、(その複合試料処理及び試料保持プレートの下部に)適当な減圧を適用する。
4. 充填 − 媒質を含有する試料溶液を、ピペット操作により96ウェルマイクロタイター・プレートのウェル位置から吸引し、複合試料処理及び試料保持プレート上の対応位置に移す。この減圧により、試料溶液は目的位置の出口を通り抜け、一方、媒質(所望の生体分子が捕捉されている)は、その位置の媒質コンパートメント中に捕捉される。96ウェルマイクロタイター・プレートの位置から媒質が全て移動するのを確実とするため、追加容量の液体(好ましくは洗浄液)をウェルに加え、吸引(残っている媒質があればそれと共に)し、複合試料処理及び試料保持プレートの現在の目的位置に移す。このプロセスを96の試料位置について全て反復する。
5. 洗浄 − この時点で媒質が入っている複合試料処理及び試料保持プレートの各位置に、適当容量の洗浄液を加え、減圧とすることにより排水する。所望の生体分子のみが媒質に結合して残っていることが確実となるまで、これを反復することができる。
6. 特に汚れた試料を処理した場合は、減圧を停止し、出口のそばの分析位置に到達した不要の汚染物質を洗い流す。
7. 溶離 − 再度適当な(典型的には充填及び洗浄時よりは低い)減圧を適用し、そしてそれぞれの位置に、捕捉された生体分子を媒質から解放させる、決められた溶離液を加える。この時点で生体分子は分析区域(出口周囲の)へと移る。
8. LDI分析 − 複合試料処理及び試料保持プレートを逆さまにし(出口を上向きにする)、LDI機器に挿入できる支持台に配置する。個々の位置を分析し、各位置からのデータを記録する。
結論
本発明は、LDI(レーザー脱離イオン化)による分析のための複合試料処理及び試料保持プレートを提供する。この試料処理及び試料保持プレートは、各々の個別アレイ位置が、充填用の入口孔、定められた容量のコンパートメント、及び1個の出口孔又は幾つかの出口孔を有する、フロースルーアレイ装置である。生体分子のアフィニティ選択のための媒質(ビーズ、粒子、膜又はEmporeディスク片)、好ましくはコンパートメント内にビーズを確実に捕捉するように選ばれた寸法を有するビーズを捕捉するようにコンパートメントが使用される。コンパートメントはさらに、in-situ重合により媒質を満たすことができる。出口孔/出口孔群を取り囲む表面は試料分析位置として働く。
入口孔はまた、媒質保持するコンパートメントの容量を規定する。入口は複合試料処理及び試料保持プレートを含む支持台に垂直に伸長し、任意の幾何学的形状又は断面、例えば円柱形、正方形、菱形、円錐又は角錐形のものであってよい。この入口/コンパートメントの底には入口1個につき1個の出口、又は入口位置1個につき数個の出口があってよい。出口もまた任意の幾何学的形状であってよい。
或いは入口孔は、複合試料処理及び試料保持プレートを含む支持台に水平に伸長する、媒質コンパートメントを規定するチャネルにつながっていてもよい。このチャネルは任意の幾何学的形状、例えば円柱形、正方形、菱形、円錐又は角錐形のものであってよい。チャネルは媒質を保持し出口を有する制限部(例えばヒール、グリッド)を含む。
標的プレートは、好ましくはこれが既知の任意の手段、好ましくは物理的手段により複合試料処理及び試料保持プレートを収容する支持体により、通常のLDI(MALDI、SELDI、DIOS)標的に付着できるように設計する。或いは、複合試料処理及び試料保持プレートを、MS機器に直接(支持体無しで)送り込むことができるように設計する。
複合試料処理及び試料保持プレートは、ケイ素、金属、又はポリマー材料での微細加工といった既知の任意の製造手段によって製造できる。
本発明はさらに、質量分析のための試料処理及び保持装置の使用に関するものである。処理される検体は、本発明に係る試料処理及び保持プレート上でのMS分析に好適な生体分子(ペプチド、タンパク質、オリゴヌクレオチド)又は有機分子であってよい。
生体分子検体のイオン化をさせる伝導性材料を得るため、ポリマー材料は金属、例えばAu、Ag、Cu、Ptでメッキされうる。
媒質、好ましくはビーズを捕捉して生体分子を選択的に捕捉を可能にする。捕捉される媒質は、RP、SCX、IEXといった既知の任意の官能性を持つものとすることができる。媒質上に捕捉される実体は、生体分子、例えば抗体、ペプチド、DNA、タンパク質、炭水化物であってもよく、この検体を分析区域上に溶出させる。充填される媒質は、単一の種類、又は種類別に積層されたもの、又は異なる親和性を有する媒質の混合物であってよい。
溶液及び/又は媒質は、既知の任意の手段、例えば高圧分注、ピペット操作又はその他任意の形態の分注によって当該装置に送達する。
ビーズ/媒質、試料溶液、洗浄液、その他の溶液(例えば反応体を含有する)をロードし、該プレートの1の側、好ましくは分析区域のある側に減圧を施すことによって通過排水させる。或いは、毛管力又は圧力を適用することによって溶液が装置の中を通過する。
プレートは、圧力、例えば入口の中/上にピペット先端部を挿入することにより、溶離を可能にするカバープレートに対合させることができる。
標的生体分子を含有する検体溶液を、媒質を通過させ、処理及びその後の、分析(好ましくは質量分析、好ましくはLDI MS(MALDI、SELDI、DIOSによる)のための試料分析位置への溶出のために媒質と結合させることができる。試料は外部容器、例えばマイクロタイター・プレート、エッペンドルフチューブ又は類似のものに入っている媒質に結合でき、次いでこの媒質を、その後の処理及び分析のための装置に移動させる。
検体溶液をコンパートメント中の媒質に通過させることにより、試料が結合でき、処理(化学的又は酵素的)に付した後、試料分析位置上に溶出させる。或いは、溶出した生体分子検体を分析区域/位置上で酵素又は化学反応に付し、その後MSで分析する。試薬は任意の手段、例えばピペット操作、分注又は密着プリンティングによって当該位置に供給できる。検体は、媒質に結合している間に、又はMS分析前の分析区域にある間に、酵素的又は化学的配列決定工程に付すことができる。
試料処理、例えば媒質上に捕捉されたタンパク質の切断を行うために、1以上のさらなるプレート/プレート群を上又は下に配置できる。この、さらなるプレートは、第一のものの複製であってよく、又はさらなるプレートはその他任意の設計及び材料であってよい。2枚又は数枚のこのようなプレートを、各プレートに異なった媒質を用いて積み重ね、各々の個別プレートを後で分析するために、検体溶液がこの積層したプレートの中を通過する(プレート1 IMAC/プレート2 RP、プレート −SH/プレート2 RP ・・・・)。
複合試料処理及び試料保持プレート上の異なるコンパートメントに異なる捕捉部分を有する媒質を満たし、異なる媒質上の特異的生体分子を選択的に捕捉するために、試料溶液をこれらのコンパートメントを通過させる。
結合した検体は、MS分析の前に補足的技術、例えば蛍光又はSPRを用いる分析のための試料分析位置に溶出できる。
本発明に係る装置を、結合、ロード又は溶離を促進、阻害又はその他の点で変更する表面処理に付すことができる。
試料分析区域を表面修飾して、特異的挙動、例えば小さな試料スポット、結晶化の増強を提供し、又は表面からの直接イオン化(DIOS)を可能にできる。
分析区域は構造支持体を付け加えることにより規定できる。
分析区域は疎水性/親水性層のパターン化により規定できる。
分析区域は、溶離された検体/マトリックス、例えば多孔性ケイ素の結晶化を促進する既知の任意の手段で改変できる。
この装置を異なる発現分析に使用できる。例えば、異なる条件から得た試料を混合し、得られた検体又は幾つかの特別に得られた検体を捕捉し、MSにより分析される。異なる検体の発現をMS分析で視覚化するために、既知の任意の種類のアイソトープ標識法が適用できる。捕捉に使用する媒質は任意の種類のもの(RP、ビオチン、−SH)であってよい。
生体分子検体を、まだ媒質上に捕捉されている間に、又は複合試料処理及び試料保持プレートの分析区域上に溶出された後に、光学的手段、例えば蛍光スキャナー、顕微鏡検査、シンチレーション検出又は類似の手段で分析できる。
溶離した検体は、MWを導出するための(LDI) MS、ペプチドマップフィンガープリント法の遂行、又は、配列及び/又は実体及び/又は検体の量的レベルを確立するためのMS/MSによって分析できる。検体を分析区域上に溶出し、LDI MS/MS技術、例えばMALDI TOF-TOF又はMALDI Q-TOFにより分析する。
媒質を使用して、特別に修飾した検体を捕捉する。例えばIMACが使用でき、捕捉された検体(ホスホペプチド(群))をMS/MSで分析(同定)する。
別の適用では、このホスホペプチドを、そのペプチドのリン酸化を確認するために、媒質に捕捉されている間に、又は分析区域上で、脱リン酸化工程に付すことができる。
媒質に結合した検体は、まだ媒質に結合している間に、又は分析区域上で、MS検出の強化又はMSn分析中の検体のフラグメント化を促進/指令するための化学反応、例えばリジンからホモアルギニンへの変換又はトリメチル化に付すことができる。
検体は、LDIに必要なマトリックス(例えばDHB、CHCA、FA、SA、THAP、・・・・)をも含有する溶液で、媒質から移すことができ、このマトリックスは分析区域で結晶化する。
検体は、溶離液のみを用いて媒質から移すことができ、LDIに必要なマトリックスを、ピペット操作、分注、e-スプレーといった既知の任意の手段により、後で溶出区域(分析区域)に添加する。
この装置は、ロード、溶離、生物学的、化学的変化、又はその他の特徴を実現するために、圧力、湿度及び/又は温度を制御した環境で使用できる。
この複合試料処理及び試料保持プレートを使用して、捕捉した生体分子のその後の試料処理及び最終的には分析のために、生体分子の分離物(例えば、液体クロマトグラフィー、等電点電気泳動、毛管クロマトグラフィー)から画分を集めることができる。
当該装置は後の分析のために媒質に結合した試料を保存するのに利用されうる。
本発明の範囲は添付の特許請求の範囲にのみ制限を受ける。
本発明の態様を以下の説明に開示し、以下の図面の助けを借りて説明する。
図1aは、本発明に係る複合試料支持及び保持プレートの一態様の斜視図であり; 図1bは、そのようなプレートの断面図であり; 図1c〜1nは、プレート内のコンパートメントの様々な形状の図である。 図2aは、本発明に係る複合試料支持及び保持プレートの別の態様の斜視図であり; 図2b〜2iは、図2aに記載の態様において、チャネル内の制限部の様々な形状を示す図である。 図3aは、本発明に係る複合試料支持及び保持プレートの、別の態様の斜視図であり; 図3b〜3dは、図2aに記載の態様中のコンパートメントの様々な図である。 図4aは、本発明に係る複合試料支持及び保持プレートの、別の態様の斜視図であり; 図4b〜4dは、図4aに記載の態様における、別のコンパートメントの様々な図である。 図5aは、本発明に係る複合試料支持及び保持プレートの、別の態様の斜視図であり; 図5bは、図5aに記載の態様における、2個のコンパートメントの側面図である。 図6a〜6wは、本発明に係るプレートの出口における構造の様々な態様の様々な図である。 図7a及び7bは、コンパートメントに適用される媒質の様々な形態の側面図である。 図8a〜8dは、媒質と検体を適用する方法の、様々な模式図である。 図9a〜9dは、本発明に係るプレートによる検体の固相精製の模式図である。 図10a〜10dは、本発明に係るプレートによる分析の、異なる検出原理の模式図である。 図11aは、別のプレートと対合している複合試料支持及び保持プレートの、別の態様の斜視図であり; 図11bは、図11aに記載の2枚のプレートの側面図である。 図12は、試料溜まりに接続した本発明に係る複合試料支持及び保持プレートの斜視図である。 図13aは、3枚のプレートを積み重ねた、複合試料支持及び保持プレートの別の態様の斜視図であり; 図13bは、図13aに記載の3枚のプレートの側面図である。 図14aは、エレクトロスプレー用に配置した、本発明に係る複合試料支持及び保持プレートの別の態様の斜視図であり; 図14bは、図14aに記載のプレートのコンパートメント及びノズル配置の側面図であり; 図14c〜14eは、ノズル態様の斜視図である。 図15aは、エレクトロスプレー用に配置した、本発明に係る複合試料支持及び保持プレートのさらに別の態様の斜視図であり; 図15b〜15dは、図15aに記載のプレートの、様々なコンパートメント及びノズル配置の側面図であり;そして、 図15e〜15gは、ノズル態様の斜視図である。

Claims (62)

  1. 各アレイ位置に位置するコンパートメントの各々に繋がれた1の側に、処理及び分析される試料を受け入れるための入口を有するプレートを含む、複合試料処理及び試料保持のための装置であって、当該コンパートメントの各々が、当該コンパートメントを通して液体が流れることを可能にする出口と繋がっていることを特徴とする、前記装置。
  2. 前記出口の各々が、媒質を保持するための制限部としての機能を同時に果たすことを特徴とする、請求項1に記載の装置。
  3. 前記出口の各々が、媒質を保持するための制限部を含むことを特徴とする、請求項1に記載の装置。
  4. 前記出口が、制限孔(106’)を有する構造物を含むことを特徴とする、請求項3に記載の装置。
  5. 前記出口が透過性の膜(504)を含むことを特徴とする、請求項3に記載の装置。
  6. 前記出口が、前記入口の反対側のプレートのもう一方の側に配置されており、ここで、前記コンパートメントの各々が当該入口と当該出口との間で形成されることを特徴とする、請求項1に記載の装置。
  7. 前記コンパートメントの形状が、円錐形、円柱形、正方形、長方形、三角形、菱形若しくは角錐形のいずれか一つ、又はこれらの組み合わせであることを特徴とする、請求項1〜6のいずれか1項に記載の装置。
  8. 前記出口が、前記入口から離れているプレートのもう一方の側に配置されており、ここで前記コンパートメントの各々が当該入口と当該出口との間に形成されていることを特徴とする、請求項1〜5のいずれか1項に記載の装置。
  9. 前記出口が、前記入口から離れているプレートの同じ側に配置されており、ここで、前記コンパートメントの各々が当該入口と当該出口の間に形成されていることを特徴とする、請求項1に記載の装置。
  10. 前記コンパートメントの各々が、プレートと同じ平面に向けられるチャネルとして形成されることを特徴とする、請求項8又は9に記載の装置。
  11. 前記コンパートメントの各々が、媒質を保持するための制限部を含むことを特徴とする、請求項10に記載の装置。
  12. 前記制限部がグリッドを含むことを特徴とする、請求項11に記載の装置。
  13. 前記グリッドが壁(206)又は柱(207)を含むことを特徴とする、請求項12に記載の装置。
  14. 前記制限部がヒール(208)を含むことを特徴とする、請求項11に記載の装置。
  15. 前記入口の各々が、前記コンパートメントに物体が入るのを妨げるための構造、例えば棒材(109)を含むことを特徴とする、請求項1〜14のいずれか1項に記載の装置。
  16. 分析区域が各出口に配置されていることを特徴とする、請求項1〜15のいずれか1項に記載の装置。
  17. 良好に規定された分析領域を達成するために、分析区域が構造化されていることを特徴とする、請求項16に記載の装置。
  18. 前記分析区域の構造が、ウェル(616)、円形壁(609)、柱(611)、煙突様構造(612)、溝(617)又はこれらの組み合わせを含むことを特徴とする、請求項17に記載の装置。
  19. 前記分析区域の構造が、パターン化された構造、例えば親水性層(614)若しくは疎水性層(613)、又はナノ多孔性表面(614)若しくは平面表面(613)、或いはこれらの組み合わせを含むことを特徴とする、請求項17に記載の装置。
  20. 前記構造化された区域(615)が各入口に配置されていることを特徴とする、請求項1〜19のいずれか1項に記載の装置。
  21. 前記構造化された区域が、ウェル、円形壁(615)、柱、煙突様構造、溝又はこれらの組み合わせを含むことを特徴とする、請求項20に記載の装置。
  22. 前記構造化された区域が、パターン化された構造、例えば親水性層(614)若しくは疎水性層(613)、又はナノ多孔性表面(614)若しくは平面表面(613)又はこれらの組み合わせを含むことを特徴とする、請求項20に記載の装置。
  23. 前記装置の1の側又は両側が疎水性となっていることを特徴とする、請求項1〜19のいずれか1項に記載の装置。
  24. 前記装置が吸引器具(812)に接続可能であることを特徴とする、請求項1〜23のいずれか1項に記載の装置。
  25. 前記装置が、さらなる装置に接続できるように積層可能であることを特徴とする、請求項1〜24のいずれか1項に記載の装置。
  26. 前記装置が嵌め合わせ手段、例えば反復する出口と入口の周囲に密封のために配置されたOリング手段を含むことを特徴とする、請求項25に記載の装置。
  27. 前記装置がエレクトロスプレーを発生するように配置されることを特徴とする、請求項1〜26のいずれか1項に記載の装置。
  28. 前記装置が、各出口にノズル(1411、1502)を、そして各コンパートメントに電極(1413、1504)を含むことを特徴とする、請求項27に記載の装置。
  29. 前記ノズルが、角錐形ノズル、円柱形ノズル又は円錐形ノズルの形態であることを特徴とする、請求項28に記載の装置。
  30. 該装置がポリマー材料で製造されることを特徴とする、請求項1〜29のいずれか1項に記載の装置。
  31. 前記装置が微細加工技術により製造されることを特徴とする、請求項1〜30のいずれか1項に記載の装置。
  32. 前記装置が金属、例えばAu、Ag、Cu、又はPtでメッキされることを特徴とする、請求項30又は31に記載の装置。
  33. 各アレイ位置に位置するコンパートメントの各々に繋がれた1の側に、処理及び分析される試料を受け入れるための入口を有するプレートを含む複合試料処理及び試料保持装置(ここで、各コンパートメントは、当該コンパートメントを通して液体が流れることを可能にする出口と繋がっている)を使用する試料の分析方法であって、
    試料を外部容器に供給し;
    場合により、当該試料を外部容器内で第一の処理にかけ;
    当該試料を複合試料処理及び試料保持装置に移し;
    当該試料を、当該装置を通して液体が流れることを利用する第二処理にかけ(ここで、媒質が当該装置に捕捉される)、
    というステップを含む方法。
  34. 前記試料が検体と媒質を含み、ここで、前記第一処理は検体中の物質を媒質に捕捉させることを含むことを特徴とする、請求項33に記載の方法。
  35. 前記試料が検体を含み、そして前記複合試料処理及び試料保持装置に媒質を別々に供給し、ここで、第二処理は検体中の物質を媒質に捕捉させることを含むことを特徴とする、請求項33に記載の方法。
  36. 前記外部容器が、その中に複合試料処理及び試料保持装置が沈められて、試料を移す容器であることを特徴とする、請求項35に記載の方法。
  37. 前記第二処理が洗浄を含み、ここで、洗浄液が前記複合試料処理及び試料保持装置を通して排出されることを特徴とする、請求項33〜36のいずれか1項に記載の方法。
  38. 前記第二処理が溶離を含み、ここで、溶離液は前記複合試料処理及び試料保持装置を通して排出されることを特徴とする、請求項33〜37のいずれか1項に記載の方法。
  39. 前記第二処理が、前記試料を前記複合試料処理及び試料保持装置上の分析区域へ移すことを特徴とする、請求項33〜38のいずれか1項に記載の方法。
  40. 前記試料が、前記複合試料処理及び試料保持装置を通して分析区域へと排出されることを特徴とする、請求項33〜39のいずれか1項に記載の方法。
  41. 前記試料を前記分析区域において結晶化にかけることを特徴とする、請求項39又は40に記載の方法。
  42. LDIのためのマトリックス、例えばDHB、CHCA、FA、SA及びTHAPを含有する溶液で、複合試料処理及び試料保持装置を通して、前記分析区域へと試料を排出することを特徴とする、請求項41に記載の方法。
  43. 前記分析区域が下側に位置し、そして前記プレートを分析機器にかけるために前記複合試料処理及び試料保持装置を逆さまにすることを特徴とする、請求項39〜42のいずれか1項に記載の方法。
  44. 前記第二処理が分析機器に対して前記試料をエレクトロスプレーすることを含むことを特徴とする、請求項33〜38のいずれか1項に記載の方法。
  45. 前記複合試料処理及び試料保持装置を、それぞれのステップにおいて必要である場合に該装置を通して液体を吸引するよう操作される吸引器具に配置することを特徴とする、請求項33〜44のいずれか1項に記載の方法。
  46. 前記媒質が種々の生体分子に対する選択的親和性を有することを特徴とする、請求項34〜45のいずれか1項に記載の方法。
  47. 前記媒質が、親水性、疎水性、カチオン交換、RP、SCX、IMAC又はIEX機能を有することを特徴とする、請求項46に記載の方法。
  48. 媒質がビーズ、粒子、膜又はEmporeディスク片を含むことを特徴とする、請求項46又は47に記載の方法。
  49. 前記媒質が、in−situ(in−chip)重合によって複合試料処理及び保持プレートに供給され、例えば多孔性ポリマーモノリスの媒質であることを特徴とする、請求項46〜48のいずれか1項に記載の方法。
  50. 前記複合試料処理及び試料保持装置が幾つかの積層されたプレートを含むことを特徴とする、請求項33〜49のいずれか1項に記載の方法。
  51. 異なる媒質が異なるプレートによって保持されることを特徴とする、請求項50に記載の方法。
  52. 前記第二処理を、積層されたプレートにおいて同時に行うことを特徴とする、請求項51に記載の方法。
  53. 前記第二処理の一部を積層されたプレートで同時に行い、次いで、プレートを別々に処理するためにこの積層物をばらばらにすることを特徴とする、請求項51に記載の方法。
  54. 第二の処理後の複合試料処理及び試料保持装置を分析にかけることを特徴とする、請求項33〜53のいずれか1項に記載の方法。
  55. 前記分析が光学的、例えば蛍光検出、レーザー検出、シンチレーション検出又は顕微鏡検査であることを特徴とする、請求項54に記載の方法。
  56. 前記分析が、質量分析(MS)、例えばLDI、ESI、SELDI、DIOS、MALDI TOF−TOF、MALDI Q−TOFを含むことを特徴とする、請求項54に記載の方法。
  57. 前記第二処理が、酵素又は化学反応のための試薬での処理を含むことを特徴とする、請求項33〜56のいずれか1項に記載の方法。
  58. 前記第二処理が酵素切断を含むことを特徴とする、請求項57に記載の方法。
  59. 前記第二処理が脱リン酸化を含むことを特徴とする、請求項57に記載の方法。
  60. 前記試料及び/又は試薬を分注又はコンタクト・プリンティングにより供給することを特徴とする、請求項57〜59のいずれか1項に記載の方法。
  61. 前記試料が、ペプチド、タンパク質、オリゴヌクレオチド、抗体、DNA、炭水化物、又はホスホペプチドなどの生体分子を含む検体を含有することを特徴とする、請求項33〜60のいずれか1項に記載の方法。
  62. 前記外部容器がマイクロタイター・プレートであることを特徴とする、請求項33〜61のいずれか1項に記載の方法。
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