JP2007238462A - エステル結合を有するヌクレオシド誘導体 - Google Patents
エステル結合を有するヌクレオシド誘導体 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2007238462A JP2007238462A JP2006059370A JP2006059370A JP2007238462A JP 2007238462 A JP2007238462 A JP 2007238462A JP 2006059370 A JP2006059370 A JP 2006059370A JP 2006059370 A JP2006059370 A JP 2006059370A JP 2007238462 A JP2007238462 A JP 2007238462A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- group
- general formula
- hydrogen atom
- different
- protecting group
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Landscapes
- Saccharide Compounds (AREA)
Abstract
Description
本発明は、ヌクレオシドの2’あるいは3’あるいは5’位水酸基に、β-位がシリル化されたα,β-不飽和エステル部位を有するヌクレオシド誘導体、及びそのヌクレオシド誘導体を含む核酸誘導体に関する。
本発明のヌクレオシド誘導体及び核酸誘導体は、一般に用いられる塩基条件下でのエステル加水分解条件に対し、高い化学的安定性を示し、β-位がシリル化されたα,β-不飽和エステル部位は加水分解されない。
核酸有機化学分野において、核酸分子の水酸基へのエステル結合の導入は、反応が容易に進行し、安価な試薬が利用可能であることから水酸基の保護基として広く用いられている。中でもアセチル基およびベンゾイル基を有する核酸誘導体は最も広範に用いられており、エタノール溶媒中水酸化ナトリウムで処理することで容易に脱保護される利点を有している。さらにこれら保護基は核酸塩基部の保護にも用いられており、DNAオリゴマーの化学合成において、アンモニア水で処理することで問題なく脱保護される。このように修飾核酸の化学合成において、エステル結合は核酸糖部水酸基や塩基部アミノ基の保護基として大変有用であり、アルカリ条件下、処理することで簡単に除去することができる。一方、エステル結合を核酸糖部2’-水酸基に導入し、得られたエステル誘導体を残した状態でRNAオリゴマーに導入することは、エステル結合が分子内転位反応によりその一部が3’-水酸基に転位してしまうことから非常に困難である。実際、3’-O-アセチルウリジンをpH7に調整したリン酸エステル緩衝液中処理すると、その37%が2’-O-アセチルウリジンに異性化することが報告されている。
近年、アンチセンス法、RNAiを志向した高い酵素耐性を有するRNAオリゴマーの合成研究が盛んに行われているようになっていることから、2’-水酸基に位置選択的に修飾基を導入する反応は重要なキー反応となっている。これまでに2’-メチル基を始め、2-メトキシエチル基、3-アミノプロピル基、2-(N,N-ジメチルアミノオキシ)エチル基、さらに最近本発明者らが開発したシアノエチル基などの官能基の2’-水酸基への修飾が報告されている(特許文献1)。これらはいずれもRNAを用いた遺伝子関連の研究において強力なツールとなる。
アルカリ加水分解条件に対し安定なエステル結合を持つヌクレオシド誘導体が合成できれば、2'-水酸基にエステル結合を導入したRNAを容易に得られるようになる。本発明は、このような技術的背景の下になされたものであり、アルカリ加水分解条件に対し安定なエステル結合を持つヌクレオシド誘導体を提供することを目的とする。
本発明者は、上記課題を解決するため、アルカリ加水分解条件に対し安定であり、分子内転位反応が進行しないようなエステル誘導体について検討を行った。14族原子であるスズ、ゲルマニウム及びケイ素原子はルイス酸性を有しておりユニークな化学的性質を有していることが知られている。特に酸素、窒素、イオウ原子といったヘテロ原子との分子内配位結合が存在すると特異な反応場が形成される。o-スタニルベンゾイルエステルでは、カルボニル酸素からスズ原子への分子内配位結合によるカルボニル基の伸縮振動の低波数シフトが実際に観察されており、求核剤を作用させるとカルボニル基への付加反応ではなく、スズ原子上での求核置換型の反応が進行する。本発明者は、この点に着目し、スズ-炭素結合より結合距離の短いケイ素原子が置換したo-シリルベンゾイルエステル誘導体を用いることでカルボニル基への求核付加反応が抑えられることを見出した。また、構造の類似性からβ-シリルα,β-不飽和エステルについても同様な化学的性質が得られるのではないかと推測した。
本発明は、以上の知見に基づき完成されたものである。
即ち、本発明は、以下の(1)〜(9)を提供するものである。
即ち、本発明は、以下の(1)〜(9)を提供するものである。
(1) 一般式(I)、(II)、又は(III):
〔式中、R1は三置換シリル基を表し、R2及びR3は同一又は異なって水素原子又はアルキル基を表すか、あるいはR2とR3が一体となって環状構造を形成し、R4は水素原子、水酸基の保護基、又は一般式(IV):
で示される基を表し、R5は水素原子、又は水酸基の保護基を表し、R6は水素原子、保護基を有していてもよい水酸基を表し、Bは保護基又は修飾基を有していてもよい核酸塩基の残基を表す。またR4とR5は同一分子内に存在する場合には、それらが互いに結合してひとつの保護基を形成していてもよい。〕
で表されるヌクレオシド誘導体。
(2)一般式(I)、(II)、及び(III)において、R1がトリメチルシリル基を表す、(1)に記載のヌクレオシド誘導体。
(3)一般式(I)、(II)、及び(III)において、R2とR3が一体となってベンゼン環を形成する、(1)又は(2)に記載のヌクレオシド誘導体。
で示される基を表し、R5は水素原子、又は水酸基の保護基を表し、R6は水素原子、保護基を有していてもよい水酸基を表し、Bは保護基又は修飾基を有していてもよい核酸塩基の残基を表す。またR4とR5は同一分子内に存在する場合には、それらが互いに結合してひとつの保護基を形成していてもよい。〕
で表されるヌクレオシド誘導体を、一般式(V):
で表される化合物と反応させ、一般式(I)、(II)、又は(III):
で表されるヌクレオシド誘導体を得ることを特徴とする、ヌクレオシド誘導体の製造方法。
(5)一般式(I)、(II)、(III)、及び(V)において、R1がトリメチルシリル基を表す、(4)に記載のヌクレオシド誘導体の製造方法。
(6)一般式(I)、(II)、(III)、及び(V)において、R2とR3が一体となってベンゼン環を形成する、(4)又は(5)に記載のヌクレオシド誘導体の製造方法。
(7)一般式(VI):
〔式中、B1、B2及びB3は同一又は異なって保護基又は修飾基を有していてもよい核酸塩基の残基を表し、B2はnの繰り返しにおいて異なっていてもよく、X1、X2及びX3は同一又は異なって水素原子、水酸基、メトキシ基、2−シアノエトキシ、又は一般式(VII):
で示される基を表し、X2はnの繰り返しにおいて異なっていてもよく、Y及びZは同一又は異なって水素原子、リン酸基、又は一般式(VII)で示される基を表し、nは1以上の整数を表す。但し、X1、X2、X3、Y及びZの少なくとも一つは一般式(VII)で示される基を表す。〕
で表される核酸誘導体。
(8)一般式(VII)において、R1がトリメチルシリル基を表す、(7)に記載の核酸誘導体。
(9)一般式(VII)において、R2とR3が一体となってベンゼン環を形成する、(7)又は(8)に記載の核酸誘導体。
本発明の核酸誘導体は、他の修飾核酸の合成中間体になるほか、酵素耐性も向上していると推測されることから、アンチセンス法、RNAiなどに利用できると考えられる。
以下、本発明を詳細に説明する。
本発明のヌクレオシド誘導体は、一般式(I)、(II)、又は(III)で表される。
一般式(I)、(II)、又は(III)におけるR1は、三置換シリル基を表す。三置換シリル基としては、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、tert-ブチルジメチルシリル基、ジメチルメトキシシリル基、メチルジメトキシシリル基、tert-ブチルジフェニルシリル基などを例示することができ、これらの中ではトリメチルシリル基が好ましい。
本発明のヌクレオシド誘導体は、一般式(I)、(II)、又は(III)で表される。
一般式(I)、(II)、又は(III)におけるR1は、三置換シリル基を表す。三置換シリル基としては、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、tert-ブチルジメチルシリル基、ジメチルメトキシシリル基、メチルジメトキシシリル基、tert-ブチルジフェニルシリル基などを例示することができ、これらの中ではトリメチルシリル基が好ましい。
一般式(I)、(II)、又は(III)におけるR2及びR3は同一又は異なって水素原子又はアルキル基を表すか、あるいはR2とR3が一体となって環状構造を形成する。アルキル基としては、メチル基、エチル基、プロピル基、ブチル基などを例示することができる。R2とR3が一体となって形成する環状構造としては、ベンゼン環、ピリジン環、ピリミジン環などを例示することができ、これらの中でも、ベンゼン環が好ましい。
一般式(I)及び(II)におけるR4は水素原子、水酸基の保護基、又は一般式(IV)で示される基を表す。水酸基の保護基としては、ヌクレオシドの3'水酸基に一般的に使用されている保護基でよく、3'水酸基のみを保護する基でも、3'水酸基と5'水酸基を同時に保護する基であってもよい。3'水酸基のみを保護する基としては、tert-ブチルジメチルシリル(TBDMS)基、tert-ブチルジフェニルシリル基などのトリアルキルシリル基、ベンゾイル基、置換ベンゾイル基(例えば、2-メチルベンゾイル基、2-tert-ブチルベンゾイル基)、ナフトイル基などを例示できる。3'水酸基と5'水酸基を同時に保護する基としては、TIPS基、DBS基などを例示できる。
一般式(I)及び(III)におけるR5は水素原子、又は水酸基の保護基を表す。水酸基の保護基としては、ヌクレオシドの5'水酸基に一般的に使用されている保護基でよく、tert-ブチルジメチルシリル(TBDMS)基、tert-ブチルジフェニルシリル基などのトリアルキルシリル基、ベンゾイル基、置換ベンゾイル基(例えば、2-メチルベンゾイル基、2-tert-ブチルベンゾイル基)、ナフトイル基、TIPS基、DBS基などを例示できる。また、R4が一般式(IV)で示される基である場合には、水酸基の保護基は、4,4'-ジメトキシトリチル(DMTr)基、4-メトキシトリチル(MMTr)基、ピキシル基などであることが好ましい。
一般式(II)及び(III)におけるR6は水素原子、保護基を有していてもよい水酸基を表す。水酸基の保護基としては、ヌクレオシドの2'水酸基に一般的に使用されている保護基でよく、例えば、tert-ブチルジメチルシリル(TBDMS)基、tert-ブチルジフェニルシリル基などのトリアルキルシリル基、ベンゾイル基、置換ベンゾイル基(例えば、2-メチルベンゾイル基、2-tert-ブチルベンゾイル基)、ナフトイル基などを例示できる。
一般式(I)、(II)、又は(III)におけるBは保護基又は修飾基を有していてもよい核酸塩基の残基を表す。核酸塩基としては、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、ウラシルを挙げることができる。保護基又は修飾基としては、アデニン塩基にあっては、N6位のアミノ基が一つまたは2つのアシル基で保護されるか、アミジン型保護基でもよい。チミンにあっては、シアノエチル基などのアルキル基やアシル基で保護されていてもよい。グアニン塩基にあっては、N2位のアミノ基が一つまたは2つのアシル基で保護されるか、アミジン型保護基でもよい。また、グアニン塩基のO6位はシアノエチル基などのアルキル基や、ジフェニルカルバモイル基などのアシル基などで保護されてもよい。ウラシル塩基にあっては、N3位がアルキル基、アシル基で保護されてもよい。また、ピリミジン塩基では、5位にアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アリール基などあるいはそれらに蛍光性官能基、ビオチニル基、アミノ基、スピンラベルなどの置換基が含まれていてもよい。
一般式(IV)におけるR7、R8は同一または異なるアルキル基、もしくはR7とR8が互いに結合してヘテロ原子を含んでもよい環を形成した基を表す。アルキル基としては、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、sec-ブチル基、tert-ブチル基などを例示することができ、これらの中ではイソプロピル基が好ましい。
一般式(IV)におけるR9はリン酸基の保護基を表す。リン酸基の保護基としては、2-シアノエチル基、4-ニトロフェニルエチル基、N-(トリフルオロアセチル)-4-アミノブチル基、又は、N-メチル-N-(トリフルオロアセチル)-4-アミノブチル基をなどを例示することができ、これらの中では2-シアノエチル基が好ましい。
一般式(I)で表される化合物の具体例としては、2'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)アデノシン、2'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)シチジン、2'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)グアノシン、2'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)ウリジン、2'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)アデノシン、2'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)シチジン、2'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)グアノシン、2'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)ウリジンなどを挙げることができる。
一般式(II)で表される化合物の具体例としては、5'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)アデノシン、5'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン、5'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)シチジン、5'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)グアノシン、5'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)ウリジン、5'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)アデノシン、5'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)チミジン、5'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)シチジン、5'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)グアノシン、5'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)ウリジンなどを挙げることができる。
一般式(III)で表される化合物の具体例としては、3'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)アデノシン、3'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン、3'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)シチジン、3'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)グアノシン、3'-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)ウリジン、3'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)アデノシン、3'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)チミジン、3'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)シチジン、3'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)グアノシン、3'-O-(o-トリエチルシリルベンゾイル)ウリジンなどを挙げることができる。
一般式(I)、(II)、又は(III)は、それぞれ一般式(I')、(II')、又は(III')で表されるヌクレオシド誘導体を、一般式(V)で表される化合物と反応させることにより製造できる。
一般式(V)におけるR10はハロゲン原子を表す。ハロゲン原子としては、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子を例示することができ、これらの中では塩素原子が好ましい。なお、R1〜R9は前記と同様の基を表す。
上記反応は、反応を阻害しない溶媒中で行う。このような溶媒としては、ピリジン、塩化メチレン、トルエン、テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、アセトニトリルなどを挙げることができる。また副生するハロゲン化水素を中和するために、水酸化ナトリウム、炭酸ナトリウム、炭酸水素ナトリウムなどのアルカリ、トリエチルアミンなどの三級アミン、DBUなどのアミジン化合物、4−ジメチルアミノピリジンなどのピリジン化合物などを反応系に添加してもよい。
反応温度は特に限定されないが、0 ℃〜100 ℃の範囲内であることが好ましい。
反応時間は特に限定されないが、1〜48時間とすることが好ましい。
反応に用いるヌクレオシド誘導体と一般式(V)で表される化合物の量比は特に限定されないが、前者と後者のモル比が1:1〜1:50の範囲内になるように反応させるのが好ましい。
反応時間は特に限定されないが、1〜48時間とすることが好ましい。
反応に用いるヌクレオシド誘導体と一般式(V)で表される化合物の量比は特に限定されないが、前者と後者のモル比が1:1〜1:50の範囲内になるように反応させるのが好ましい。
本発明の核酸誘導体は、一般式(VI)で表される。
一般式(VI)におけるB1、B2及びB3は同一又は異なって保護基又は修飾基を有していてもよい核酸塩基の残基を表し、B2はnの繰り返しにおいて異なっていてもよい。保護基を有していてもよい核酸塩基の残基は、前述したBの基と同様の基を表す。
一般式(VI)におけるX1、X2及びX3は同一又は異なって水素原子、水酸基、メトキシ基、2−シアノエトキシ、又は一般式(VII)で示される基を表し、X2はnの繰り返しにおいて異なっていてもよい。
一般式(VI)におけるB1、B2及びB3は同一又は異なって保護基又は修飾基を有していてもよい核酸塩基の残基を表し、B2はnの繰り返しにおいて異なっていてもよい。保護基を有していてもよい核酸塩基の残基は、前述したBの基と同様の基を表す。
一般式(VI)におけるX1、X2及びX3は同一又は異なって水素原子、水酸基、メトキシ基、2−シアノエトキシ、又は一般式(VII)で示される基を表し、X2はnの繰り返しにおいて異なっていてもよい。
一般式(VI)におけるY及びZは同一又は異なって水素原子、リン酸基、又は一般式(VII)で示される基を表す。
nは1以上の整数を表すが、好適には1〜200の整数を表し、更に好適には8〜100の整数を表す。なお、一般式(VII)におけるR1〜R3は前記と同様の基を表す。
X1、X2、X3、Y及びZは、上述した基を表せばよいが、これらの少なくとも一つは一般式(VII)で示される基を表す。また、X2はn個の基を表すが、n個中の5〜100%が一般式(VII)で示される基であることが好ましい。
nは1以上の整数を表すが、好適には1〜200の整数を表し、更に好適には8〜100の整数を表す。なお、一般式(VII)におけるR1〜R3は前記と同様の基を表す。
X1、X2、X3、Y及びZは、上述した基を表せばよいが、これらの少なくとも一つは一般式(VII)で示される基を表す。また、X2はn個の基を表すが、n個中の5〜100%が一般式(VII)で示される基であることが好ましい。
本発明の核酸誘導体は、上述した本発明のヌクレオシド誘導体から公知の核酸合成法(例えば、ホスホロアミダイト法など)によって合成することができる。
〔実施例1〕
3’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン
アルゴン雰囲気下、o-トリメチルシリル安息香酸(116mg, 0.6mmol)を塩化メチレン(1.0ml)に溶解させ、塩化チオニル(137μl, 1.8mmol)を加えた後、加熱還流下3時間攪拌した。溶媒および残存する塩化チオニルを減圧下留去することでo-トリメチルシリル安息香酸の酸塩化物を調製した。
3’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン
3’-O-tert-ブチルジメチルシリルチミジン(178mg, 0.5mmol)を少量のピリジンで3回共沸脱水し、無水ピリジン(5ml)に溶解させた。o-トリメチルシリル安息香酸の酸塩化物の塩化メチレン溶液(1ml)をゆっくり加え、室温下6時間攪拌した後水で反応を停止した。反応混合物をクロロホルムで抽出し、抽出液を水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥した。溶媒を減圧下留去し得られた残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー (ヘキサン : 酢酸エチル = 9 : 1 - 1 : 1)により分離精製することにより標題化合物(1224mg, 84%)を得た。1H-NMR (d6-DMSO- 270MHz) δ0.07 (6H, s), 0.25 (9H, s), 0.85 (9H, s), 1.57 (5H, s), 2.01-2.45 (2H, m), 4.00-4.04 (1H, m), 4.35-4.54 (3H, m), 6.16-6.21 (1H, m), 7.37 (1H, s), 7.49-7.70 (3H, m), 7.95 (1H, d, J = 7.6 Hz), 11.25 (1H, bs).
アルゴン雰囲気下、o-トリメチルシリル安息香酸(232mg, 1.2mmol)を塩化メチレン(2.0ml)に溶解させ、塩化チオニル(273μl, 3.6mmol)を加えた後、加熱還流下3時間攪拌した。溶媒および残存する塩化チオニルを減圧下留去することでo-トリメチルシリル安息香酸の酸塩化物を調製した。
3’,5’-O-(1,1,3,3-テトライソプロピルジシロキサニリデン)ウリジン(487mg, 1.0mmol)を少量のピリジンで3回共沸脱水し、無水ピリジン(10ml)に溶解させた。o-トリメチルシリル安息香酸の酸塩化物の塩化メチレン溶液(2ml)をゆっくり加え、室温下6時間攪拌した後水で反応を停止した。反応混合物をクロロホルムで抽出し、抽出液を水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥した。溶媒を減圧下留去し得られた残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー (ヘキサン : 酢酸エチル = 9 : 1 - 2 : 1)により分離精製することにより標題化合物(240mg, 36%)を得た。1H-NMR (d6-DMSO- 270MHz) δ0.05 (9H, s), 0.52-0.80 (28H, m), 3.70-3.90 (3H, m), 4.37-4.40 (1H, m), 5.34 (1H, d, J = 8.1 Hz), 5.54-5.56 (2H, m), 7.25-7.45 (4H, m), 7.84 (1H, d, J = 7.6 Hz), 11.17 (1H, bs).
3’,5’-O-(1,1,3,3-テトライソプロピルジシロキサニリデン)-2’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)ウリジン(199mg, 0.3mmol)を3mlのTHFに溶解させ、これにトリエチルアミン-3フッ化水素(240μl, 5mmol)を加え室温下、2時間攪拌した。5mlの水を加えて反応を停止し、クロロホルムで抽出を行った後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させた。溶媒を減圧下除去した後得られた残査を(クロロホルム : メタノール = 98 : 2)により分離精製することにより標題化合物(126mg, 100%)を得た。1H-NMR (CDCl3- 270MHz) δ0.27 (9H, s), 2.32 (1H, bs), 2.39 (1H, bs), 3.86-4.05 (2H, m), 4.21 (1H, s), 4.71 (1H, s), 5.57-5.61 (1H, m), 5.75 (1H, d, J = 8.1 Hz), 6.04 (1H, d, J = 4.9 Hz), 7.41-7.71 (4H, m), 8.05 (1H, d, J = 7.6 Hz), 8.21 (1H, bs). 13C-NMR (CDCl3- 67.8MHz) δ. 0.03, 61.8, 69.9, 75.8, 84.9, 89.9, 103.0, 129.0, 130.3, 132.4, 133.6, 135.8, 141.4, 144.0, 150.1, 162.6, 166.9.
〔試験例〕 塩基性条件等に対する安定性
(1)28%アンモニア水-エタノール(9:1)下における安定性の検討
3’ -O-(tert-ブチルジメチルシリル)-5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(27mg、約0.05mmol)をエタノール(0.5ml)に溶解させ、セプタムキャップで密封した反応系中に28%アンモニア水(4.5ml)を加え、室温下、または55℃下で反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、加水分解は受けず安定であることが分かった(表1)。
(1)28%アンモニア水-エタノール(9:1)下における安定性の検討
3’ -O-(tert-ブチルジメチルシリル)-5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(27mg、約0.05mmol)をエタノール(0.5ml)に溶解させ、セプタムキャップで密封した反応系中に28%アンモニア水(4.5ml)を加え、室温下、または55℃下で反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、加水分解は受けず安定であることが分かった(表1)。
(2)28%アンモニア水-エタノール(3:1)下における安定性の検討
3’ -O-(tert-ブチルジメチルシリル)-5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(27mg、約0.05mmol)をエタノール(2.0ml)に溶解させ、セプタムキャップで密封した反応系中に28%アンモニア水(6.0ml)を加え、55℃下で反応をさせた。以降上記と同様の操作を行ったところ、加水分解は受けず安定であることが分かった(表1)。
3’ -O-(tert-ブチルジメチルシリル)-5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(27mg、約0.05mmol)をエタノール(2.0ml)に溶解させ、セプタムキャップで密封した反応系中に28%アンモニア水(6.0ml)を加え、55℃下で反応をさせた。以降上記と同様の操作を行ったところ、加水分解は受けず安定であることが分かった(表1)。
(3)tert-ブトキシカリウムージエチルエーテル下における安定性の検討
0℃下、水(4μl)にtert-ブトキシカリウム(0.09g, 約0.87mmol)を加え、さらにジエチルエーテル(1.66ml)加え5分間撹拌させた。そこに、3’ -O-(tert-ブチルジメチルシリル)-5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(54mg, 約0.1mmol)を加え激しく撹拌しながら、室温下においてTLCによって反応を追ったところ、加水分解は受けず安定であることが分かった(表1)。
0℃下、水(4μl)にtert-ブトキシカリウム(0.09g, 約0.87mmol)を加え、さらにジエチルエーテル(1.66ml)加え5分間撹拌させた。そこに、3’ -O-(tert-ブチルジメチルシリル)-5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(54mg, 約0.1mmol)を加え激しく撹拌しながら、室温下においてTLCによって反応を追ったところ、加水分解は受けず安定であることが分かった(表1)。
(4)NaOH下における安定性の検討
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)を0.5 M水酸化ナトリウム/エタノール(0.5ml)に溶解させ、室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、24時間で完全に出発物質がチミジンに変化したことを確認した(表1)。
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)を0.5 M水酸化ナトリウム/エタノール(0.5ml)に溶解させ、室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、24時間で完全に出発物質がチミジンに変化したことを確認した(表1)。
(5)DBU-THF下における安定性の検討
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)をTHF (0.5 mL)に溶解し、DBU(40 μL, 0.25 mmol)を加え、室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、出発物質は48時間まで安定であることが分かった(表1)。
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)をTHF (0.5 mL)に溶解し、DBU(40 μL, 0.25 mmol)を加え、室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、出発物質は48時間まで安定であることが分かった(表1)。
(6)TBAF-THF下における安定性の検討
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)をTHF (0.35 mL)に溶解し、1M TBAF/THF(0.15 mL)を加え、室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、出発物質は1週間まで安定であることが分かった(表1)。
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)をTHF (0.35 mL)に溶解し、1M TBAF/THF(0.15 mL)を加え、室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、出発物質は1週間まで安定であることが分かった(表1)。
(7)3HF-Net3下における安定性の検討
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)をTHF (0.48 mL)に溶解し、 3HF-NEt3(25 μL)を加え、室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、出発物質は1週間まで安定であることが分かった(表1)。
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)をTHF (0.48 mL)に溶解し、 3HF-NEt3(25 μL)を加え、室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、出発物質は1週間まで安定であることが分かった(表1)。
(8)TFA下における安定性の検討
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)を塩化メチレン (0.49 mL)に溶解し、トリフルオロ酢酸(5 μL)を加え、室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、出発物質は24時間まで安定であることが分かった(表1)。
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)を塩化メチレン (0.49 mL)に溶解し、トリフルオロ酢酸(5 μL)を加え、室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、出発物質は24時間まで安定であることが分かった(表1)。
(9)TCA下における安定性の検討
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)をジクロロ酢酸/塩化メチレン (3:97,v/v,0.5mL)に溶解し、ト室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、出発物質は24時間まで安定であることが分かった(表1)。
5’-O-(o-トリメチルシリルベンゾイル)チミジン(21mg、0.05mmol)をジクロロ酢酸/塩化メチレン (3:97,v/v,0.5mL)に溶解し、ト室温下反応をさせた。時間経過ごとにセプタムキャップに刺したシリンジ針を通してキャピラリを用いてTLCに反応液をスポットすることにより反応を追ったところ、出発物質は24時間まで安定であることが分かった(表1)。
Claims (9)
- 一般式(I)、(II)、又は(III):
で示される基を表し、R5は水素原子、又は水酸基の保護基を表し、R6は水素原子、保護基を有していてもよい水酸基を表し、Bは保護基又は修飾基を有していてもよい核酸塩基の残基を表す。またR4とR5は同一分子内に存在する場合には、それらが互いに結合してひとつの保護基を形成していてもよい。〕
で表されるヌクレオシド誘導体。 - 一般式(I)、(II)、及び(III)において、R1がトリメチルシリル基を表す、請求項1に記載のヌクレオシド誘導体。
- 一般式(I)、(II)、及び(III)において、R2とR3が一体となってベンゼン環を形成する、請求項1又は2に記載のヌクレオシド誘導体。
- 一般式(I')、(II')、又は(III'):
で示される基を表し、R5は水素原子、又は水酸基の保護基を表し、R6は水素原子、保護基を有していてもよい水酸基を表し、Bは保護基又は修飾基を有していてもよい核酸塩基の残基を表す。またR4とR5は同一分子内に存在する場合には、それらが互いに結合してひとつの保護基を形成していてもよい。〕
で表されるヌクレオシド誘導体を、一般式(V):
で表される化合物と反応させ、一般式(I)、(II)、又は(III):
で表されるヌクレオシド誘導体を得ることを特徴とする、ヌクレオシド誘導体の製造方法。 - 一般式(I)、(II)、(III)、及び(V)において、R1がトリメチルシリル基を表す、請求項4に記載のヌクレオシド誘導体の製造方法。
- 一般式(I)、(II)、(III)、及び(V)において、R2とR3が一体となってベンゼン環を形成する、請求項4又は5に記載のヌクレオシド誘導体の製造方法。
- 一般式(VI):
で示される基を表し、X2はnの繰り返しにおいて異なっていてもよく、Y及びZは同一又は異なって水素原子、リン酸基、又は一般式(VII)で示される基を表し、nは1以上の整数を表す。但し、X1、X2、X3、Y及びZの少なくとも一つは一般式(VII)で示される基を表す。〕
で表される核酸誘導体。 - 一般式(VII)において、R1がトリメチルシリル基を表す、請求項7に記載の核酸誘導体。
- 一般式(VII)において、R2とR3が一体となってベンゼン環を形成する、請求項7又は8に記載の核酸誘導体。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2006059370A JP2007238462A (ja) | 2006-03-06 | 2006-03-06 | エステル結合を有するヌクレオシド誘導体 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2006059370A JP2007238462A (ja) | 2006-03-06 | 2006-03-06 | エステル結合を有するヌクレオシド誘導体 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2007238462A true JP2007238462A (ja) | 2007-09-20 |
Family
ID=38584348
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006059370A Pending JP2007238462A (ja) | 2006-03-06 | 2006-03-06 | エステル結合を有するヌクレオシド誘導体 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP2007238462A (ja) |
-
2006
- 2006-03-06 JP JP2006059370A patent/JP2007238462A/ja active Pending
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US9896689B2 (en) | Purification of triphosphorylated oligonucleotides using capture tags | |
JPWO2005070859A1 (ja) | フルオラス担体およびそれを用いたオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法 | |
JP2005089441A (ja) | 立体規則性の高いリン原子修飾ヌクレオチド類縁体の製造法 | |
JP2011088935A (ja) | リン原子修飾ヌクレオチド類縁体の製造のための光学活性ヌクレオシド3’−ホスホロアミダイト | |
CN112424213A (zh) | 寡核苷酸合成用片段及其制造方法、以及使用其的寡核苷酸的合成方法 | |
US11214590B2 (en) | Photoresponsive nucleotide analog capable of photocrosslinking in visible light region | |
JP7045669B2 (ja) | リボ核酸h-ホスホネートモノマーの合成方法および本モノマーを用いたオリゴヌクレオチド合成 | |
JP5194256B2 (ja) | 2’水酸基修飾リボヌクレオシド誘導体 | |
US20230212178A1 (en) | Method of producing photoreactive nucleotide analog | |
JP3485023B2 (ja) | ヌクレオシド化合物 | |
JP2007238462A (ja) | エステル結合を有するヌクレオシド誘導体 | |
KR101259648B1 (ko) | 2′,2′-디플루오로뉴클레오시드 및 중간체의 새로운 제조방법 | |
Hari et al. | Synthesis and duplex-forming ability of oligonucleotides containing 4′-carboxythymidine analogs | |
EP4349846A1 (en) | Chimeric nucleic acid oligomer including phosphorothioate and boranophosphate, and method for producing same | |
WO2023113038A1 (ja) | オリゴヌクレオチドの製造方法 | |
JP4805143B2 (ja) | 2‘水酸基を修飾された新規人工rna | |
JP2009256335A (ja) | 2’位にアルキル型保護基を有するリボ核酸の製造法 | |
JP2006248956A (ja) | トリチル型化合物 | |
US20190315794A1 (en) | Compositions and Methods for Reverse Automated Nucleic Acid Synthesis | |
US10414790B2 (en) | Exocyclic nitrogen atom protected nucleoside and method for producing and using the same | |
JP3054699B2 (ja) | O−シリル化含水酸基環状エーテルの製造方法 | |
JP2021020883A (ja) | 光応答性ヌクレオチドアナログ | |
JP2015093853A (ja) | ボラノホスフェート化合物、及び核酸オリゴマー | |
WO2024135609A1 (ja) | 核酸合成用リンカー、及び担体、並びにそれらの製造方法 | |
WO2006095740A1 (ja) | 置換カルバモイル基を保護基とした核酸の合成方法 |