JP2007014292A - アプタマーの同定方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】 標的分子と結合しうるアプタマーを同定する方法であって、
(a) 標的分子を固定化した第1の担体と、少なくとも1つの非標的分子を固定化した第2の担体とを用意し、
(b) 1本鎖核酸のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(c) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、そして
(d) 回収した1本鎖核酸の塩基配列を決定する、
の各工程を含む方法。
【選択図】図1
Description
(a) 標的分子を固定化した第1の担体と、少なくとも1つの非標的分子を固定化した第2の担体とを用意し、
(b) 1本鎖核酸のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(c) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、そして
(d) 回収した1本鎖核酸の塩基配列を決定する、
の各工程を含む方法を提供する。
(a) 標的分子を固定化した第1の担体と、少なくとも1つの非標的分子を固定化した第2の担体を用意し、
(b) 1本鎖核酸のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(c) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、
(d) 回収した1本鎖核酸を増幅し、
(e) 増幅した1本鎖核酸を、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(f) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、
(g) 必要により工程(d)−(f)を繰り返し、そして
(h) 回収した1本鎖核酸の塩基配列を決定する、
の各工程を含む方法を提供する。
(a) 標的分子を固定化した第1の担体と、少なくとも1つの非標的分子を固定化した第2の担体を用意し、
(b) 1本鎖核酸のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(c) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、
(d) 回収した1本鎖核酸の塩基配列を決定し、
(e) 決定された塩基配列に基づいて1本鎖核酸の第2のライブラリを用意し、ここで、1本鎖核酸の第2のライブラリは、一部の配列が前記決定された塩基配列と同じであり残りの配列が前記決定された塩基配列と異なる塩基配列を有する複数の1本鎖核酸から構成されており、
(f) 1本鎖核酸の第2のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(g) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、
(h) 必要により工程(e)−(g)を繰り返し、そして
(i) 回収した1本鎖核酸の塩基配列を決定する、
の各工程を含む方法を提供する。
(a) 第1の標的分子を固定化した第1の担体と、第2の標的分子を固定化した第2の担体とを用意し、
(b) 1本鎖核酸のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(c) 第1の担体と第2の担体とを分離し、
(d) 第1の担体上に固定化された第1の標的分子と結合した1本鎖核酸と第2の担体上に固定化された第2の標的分子と結合した1本鎖核酸を別々に回収し、そして
(e) 回収した各1本鎖核酸の塩基配列を決定する、
の各工程を含む方法を提供する。
Claims (13)
- 標的分子と結合しうるアプタマーを同定する方法であって、
(a) 標的分子を固定化した第1の担体と、少なくとも1つの非標的分子を固定化した第2の担体とを用意し、
(b) 1本鎖核酸のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(c) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、そして
(d) 回収した1本鎖核酸の塩基配列を決定する、
の各工程を含む方法。 - 工程(b)と工程(c)との間に、第1の担体を第2の担体から分離する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 標的分子と結合しうるアプタマーを同定する方法であって、
(a) 標的分子を固定化した第1の担体と、少なくとも1つの非標的分子を固定化した第2の担体を用意し、
(b) 1本鎖核酸のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(c) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、
(d) 回収した1本鎖核酸を増幅し、
(e) 増幅した1本鎖核酸を、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(f) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、
(g) 必要により工程(d)−(f)を繰り返し、そして
(h) 回収した1本鎖核酸の塩基配列を決定する、
の各工程を含む方法。 - 工程(b)と工程(c)との間に、第1の担体を第2の担体から分離する工程をさらに含む、請求項3に記載の方法。
- 工程(e)と工程(f)との間に、第1の担体を第2の担体から分離する工程をさらに含む、請求項3または4に記載の方法。
- 標的分子と結合しうるアプタマーを同定する方法であって、
(a) 標的分子を固定化した第1の担体と、少なくとも1つの非標的分子を固定化した第2の担体を用意し、
(b) 1本鎖核酸のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(c) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、
(d) 回収した1本鎖核酸の塩基配列を決定し、
(e) 決定された塩基配列に基づいて1本鎖核酸の第2のライブラリを用意し、ここで、1本鎖核酸の第2のライブラリは、一部の配列が前記決定された塩基配列と同じであり残りの配列が前記決定された塩基配列と異なる塩基配列を有する複数の1本鎖核酸から構成されており、
(f) 1本鎖核酸の第2のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(g) 第1の担体上に固定化された標的分子と結合した1本鎖核酸を回収し、
(h) 必要により工程(e)−(g)を繰り返し、そして
(i) 回収した1本鎖核酸の塩基配列を決定する、
の各工程を含む方法。 - 工程(b)と工程(c)との間に、第1の担体を第2の担体から分離する工程をさらに含む、請求項6に記載の方法。
- 工程(f)と工程(g)との間に、第1の担体を第2の担体から分離する工程をさらに含む、請求項6または7に記載の方法。
- 第1の標的分子と結合しうるアプタマーと第2の標的分子と結合しうるアプタマーとを同定する方法であって、
(a) 第1の標的分子を固定化した第1の担体と、第2の標的分子を固定化した第2の担体とを用意し、
(b) 1本鎖核酸のライブラリを、前記第1の担体と第2の担体とが1本鎖核酸との結合について競合する条件下で、前記第1の担体および第2の担体と接触させ、
(c) 第1の担体と第2の担体とを分離し、
(d) 第1の担体上に固定化された第1の標的分子と結合した1本鎖核酸と第2の担体上に固定化された第2の標的分子と結合した1本鎖核酸を別々に回収し、そして
(e) 回収した各1本鎖核酸の塩基配列を決定する、
の各工程を含む方法。 - 1本鎖核酸を回収する工程が、標的分子に結合することが知られているリガンドを用いて行われる、請求項1−9のいずれかに記載の方法。
- 担体が蛋白質を固定化しうる膜である、請求項1−10のいずれかに記載の方法。
- 担体が蛋白質を固定化しうるビーズである、請求項1−10のいずれかに記載の方法。
- 担体がマイクロ流路上に備えられている、請求項1−10のいずれかに記載の方法。
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