JP2005215712A - 個体数カウント用の撮像装置及び制御手段 - Google Patents

個体数カウント用の撮像装置及び制御手段 Download PDF

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Abstract

【課題】CCDによって得られたS/N比が低い画像データの中から背景ノイズとホワイトノイズ(ランダムノイズ)を除去した補正画像データを得ることを目的とする。
【解決手段】特定の波長によって励起光を発する個体を含んだ被写体を搭載するためのステージ2と、被写体を特定波長領域の光で照射するための照射手段83と、前記被写体からの光を受光する光電変換手段84と、露光時間を制御するための露光制御手段82と、前記光電変換手段からの画像データのフレームメモリ86と、制御手段81、から構成され、前記制御手段は、画像データを複数の画素値階層に区分する画素値階層区分手段と、当該複数の画素値階層の中から個体背景を示す背景画素階層区分手段と背景位置特定手段と、前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を各画素の値から減算した補正画像データを得るための背景値演算手段とを含む。
【選択図】 図6

Description

【0001】
【発明の属する技術分野】
本発明は、特定の波長の光によって励起された個体が発する励起光により露光れた光電変換手段によって得られたS/N比が低い画像データの中から、背景ノイズを除去すると共に、画像データ内に一律に含まれるホワイトノイズを除去した画像データを取得する技術に関し、特に、溶液中に分散する所定のサイズを有する個体の個数を計測するための個体数測定装置に関し、特定波長の光に反応する被写体内のバクテリアの数をカウントするための撮像装置に関する。
【0002】
【従来技術】
溶液中に分散する所定径以上のサイズを有する粒子数を測定するために被写体に光を照射しその反射光をCCDやMOSセンサ等の光電変換手段によって撮影し、これによって得られた画像データを処理することにより被写体内に存在する粒子数を測定する粒子数測定装置の例が、特開平7−49300号公報において開示されている。
【0003】
この粒子数測定装置は、分散液中の所定径以上のシリコン粒子数を測定するものであって、シリコン粒子の分散液の一定量が滴下されたフィルタを搭載部に搭載し、発光部から発光された光をフィルタに照射し、CCDセンサで反射光を受光し、光電変換された画像信号に基づいて所定径以上の径を有するシリコン粒子数に対応した波形信号を発生させることによりシリコン粒子数をカウントするものである。
【0004】
このような従来技術に係る粒子数測定装置は、第1の条件としてカウントする粒子が所定径以上のサイズを有する粒子(シリコン粒子)であること、第2の条件として粒子の光反射率が大きくて照射光に対して所定レベル以上の輝度を有するS/N比の高い反射光を発すること、そして、第3の条件として被写体内に溶液と測定対象の粒子以外はほとんど存在していないことを前提としている。
【0005】
このため、食品等に含まれるバクテリアの数をカウントするために、上記のような粒子測定装置を利用することは、所定サイズ以上のバクテリアを対象とした場合であっても、バクテリアは、上記第2の条件及び第3の条件を満たさないために不可能であった。
【0006】
従って、食品等に含まれるバクテリアの計数は、測定の対象物の所定量を顕微鏡等により拡大し、これを写真撮影して対象とするバクテリアをその特定形状から判断しながら、目視によりカウントすることにより行われていたのである。
【0007】
【発明が解決すべき課題】
このような目視によるバクテリア数の測定は、通常極めて長い時間を必要とすると共に、専門家でなければできなかったのである。
【0008】
一方、食品がある種の有害なバクテリアに汚染されているか否かの判断は、食品の製造者のみならず、商品販売者、食堂やレストラン等の飲食物提供者にとっても極めて重大な関心事であって、食品中のバクテリアの数の測定を短時間に且つ簡易に行われることを可能とする技術が長い間待望されていたのである。
【0009】
本発明は、特定波長の照射光を照射した時に当該照射光の波長とは異なる波長の光を励起するバクテリアの特質に鑑みて、専門家でない一般人が、食品中のバクテリアの数の測定を短時間に行えることを可能にした個体数カウント用の撮像装置を提供するものである。
【0010】
また、画像データに対してヒストグラムを適用する技術は広く知られているが、励起光採取の時にコントラストを適正にする為の背景除去に適用する例は、知られていなかった。
【0011】
このため、本発明は、個体から発せられる励起光を受けてその個数を計数する為に、光電変化手段によって得られたS/N比が低い画像データの中から背景ノイズとホワイトノイズを除去した補正画像データを得ることを目的とする。
【0012】
【課題を解決するための手段】
このため、本発明は、特定の波長によって励起光を発する個体を含んだ被写体を搭載するためのステージと、前記ステージに搭載された被写体を特定波長領域の光で照射するための照射手段と、前記被写体からの光を受光して電気信号に変換するための光電変換手段と、前記光学変換装置の露光時間を制御するための露光制御手段と、前記光電変換手段からのビデオ信号をデジタルの画像データに変換するためのA/Dコンバータと、制御手段と、から構成されている。
【0013】
前記制御手段は、所定の露光時間で受光してメモリへ記憶した前記画像データを複数の画素値階層に区分する画素値階層区分手段と、当該複数の画素値階層の中から前記被写体上の個体背景を示す背景画素値階層を特定する背景画素階層区分手段と、前記背景画素値階層の中から背景の値を示す背景位置を特定する背景位置特定手段と、前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を各画素の値から減算した補正画像データを得るための背景値演算手段と、を含む、ことを特徴とする個体数カウント用の撮像装置を提供するものである。
【0014】
さらに、前記照射手段は、少なくとも第1の主波長で発光する第1発光部と第2の主波長で発光する第2発光部とを備えて、前記制御手段は、第1の発光部での照射により画像を取得する第1のモードと、第2の発光部での照射により画像を取得する第2のモードとを有するとともに、前記背景値演算手段は、第1のモードと第2のモードとで各々補正画像データを得ることを特徴とする、個体数カウント用の撮像装置とした。
【0015】
さらに、前記制御手段は、前記複数の画素値階層の中から被写体の個体を示す個体画素値階層を特定する個体画素階層区分手段と、前記個体画素値階層の中から個体の値を示す少なくとも一つの個体位置を特定する個体位置特定手段と、前記個体位置の近傍の中であって且つ前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を前記背景の値としたことを特徴とする個体数カウント用の撮像装置とした。
【0016】
これによって、本発明においては、測定対象の固体から発せられる微弱な励起光から背景ノイズと共に、CCD等の光電変換手段が有するホワイトノイズを取り除いた補正画像データを得ることを可能にしたのである。
【0017】
ここで、前記背景位置特定手段の第1の例としては、複数の背景位置を特定して、当該複数の背景位置の画素値の平均値を前記背景の値として補正画像データを得るものである。また、前記背景位置特定手段の第2の例としては、少なくとも一つの背景位置を特定して、当該一つの背景位置における複数の露光時間によって取得した画素値の平均値を前記背景の値として前記補正画像データを得るものである。
【0018】
そして、前記制御手段は、前記補正画像データに基づいて前記ステージ上の被写体内にある前記背景画素値よりも大きい明度の光を発生する個体数をカウントする計数手段を有するのである。
【0019】
本記撮像装置は、前記補正画像データを送信するためのインタフェイス手段を有し、このインタフェイス手段を介して外部のデータ処理装置(例えば、パソコン)と接続される。これによって、前記制御手段を構成する各手段による処理は、前記データ処理装置と協働して行われるように構成できるのである。
【0020】
本発明においては、前記ステージ上の被写体は、複数の領域に分割され、前記制御手段が、各領域毎に前記画像データが得られるように構成されている。
【0021】
また、本発明における前記画素値階層区分手段による前記画像データの複数の画素値階層への区分は、前記所定の露光時間で受光した前記画像データに含まれる画素値の最小値から最大値の画素値範囲を複数区分に等分することにより行われる。また、前記画素階層区分手段による前記背景画素値階層の特定は、前記複数区分に等分された最下位の画素値階層区分とするものである。
【0022】
そして、前記画素階層区分手段による前記画像データの複数の画素値階層区分は、前記画像データを構成する個々の画素値に基づいて所定以上の度数を有する複数の画素値階層を選出することにより行われる、前記画素階層区分手段による前記背景画素値階層の特定は、前記選択された複数の画素値階層の内、最大度数の画素階層区分を検出することにより行われるのである。
【0023】
また、本発明は、特定の波長によって励起光を発する個体を含んだ被写体を搭載するためのステージと、前記ステージに搭載された被写体を特定波長領域の光で照射するための照射手段と、前記被写体からの光を受光して電気信号に変換するための光電変換手段と、前記光学変換装置の露光時間を制御するための露光制御手段と、前記光電変換手段からのビデオ信号をデジタルの画像データに変換するためのA/Dコンバータと、制御手段と、から構成され、この制御手段は、所定の露光時間で受光してメモリへ記憶した前記画像データを複数の画素値階層に区分する画素値階層区分手段と、当該複数の画素値階層の中から前記被写体上の個体背景を示す背景画素値階層を特定する背景画素階層区分手段と、前記背景画素値階層の中から背景の値を示す背景位置を特定する背景位置特定手段と、前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を各画素の値から減算した補正画像データを得るための背景値演算手段と、この背景値演算手段で補正された画像データに基づいて個体数の計数を行う計数手段を備えた。
【0024】
さらに、本発明の制御手段として、ステージ上に菌、バクテリアなどの個体を含んだ被写体を搭載してこの特定の波長の光で照射して励起した個体からの光による映像をデジタル画像として取得する撮像装置を制御する個体カウント用撮像装置の制御手段であって、前記個体カウント用撮像装置の制御手段は、所定の露光時間で受光してメモリへ記憶した前記画像データを複数の画素値階層に区分する画素値階層区分手段と、当該複数の画素値階層の中から前記被写体上の個体背景を示す背景画素値階層を特定する背景画素階層区分手段と、前記背景画素値階層の中から背景の値を示す背景位置を特定する背景位置特定手段と、前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を各画素の値から減算した補正画像データを得るための背景値演算手段と、を備えた制御手段である。
【0025】
【発明の実施の形態】
本発明の撮像装置の詳細を説明する前に、その技術的背景を説明する。
(1)本撮像装置の技術的背景
本撮像装置において、個体数カウントの対象となる検体としては、直接粘着層で固着して計測する為のフィルムキットと、バクテリアを含む溶液を樹脂の受容体に含侵したエンブレムキットが準備される。このエンブレムキットを例にして説明すると、検体には特別に用意された薬液が施されて、特定の波長の光が照射されると検体自身が励起光を発光するようになる。撮影対象の受容体エリア中検査領域の検体に含まれるバクテリアから発光する光の照度は励起光であってきわめて低いので、ある時間連続露光を行って露出を高めないととらえられない。
【0026】
ところが、受容体の樹脂色も完全な黒体ではないので、バクテリアの映像と共に光電変換手段の各画素のレベル(画素値)があがってしまう。これによって、最終的に取得された全体画像のうちの背景部とバクテリア部とのコントラストのS/Nが低くなる。実際に背景のレベルの方が遙かにバクテリアのレベルより高い。よって、その後の画像処理を高速で行う為に簡略な手法を取ると、背景のイズによって正確にバクテリアの認識が出来難くなり、誤動作(誤った計数カウント)を引き起こすことになる。更に、微弱信号の処理を伴うためにホワイトノイズ処理が重畳する。
【0027】
そこで、背景補正を適正に行うことで、画像処理前のバクテリア映像を鮮明にしておくことを提案する。
【0028】
(2)特定波長の励起光を発する菌・バクテリアの説明
背景(バックグラウンド)は、樹脂製の検体含有体、もしくはバクテリアを接着するための粘着層を有するフィルムである。どちらもバクテリアから励起光を効率よく(コントラストよく)取得するために、なるべく暗い色で着色されている。しかし、完全に黒色ではなく濃い灰色程度であって、光が照射されると反射光を生じる。
【0029】
このバクテリア装置においては、照射した光の反射光で検査を行うのではなく、バクテリアに特殊な薬液を含有させて、この状態で、紫外光もしくは緑光を照射する。この紫外光あるいは緑光に応じて、薬液を含有したバクテリアから励起光が発生する。具体的に書くと、主波長が370nm(NSHU590)の紫外光を照射すると、バクテリアからは461nmの主波長の励起光を発する。そして、主波長が525nm(NSPG500S)の緑光を照射すると、617nmの主波長の励起光を発生する。
【0030】
励起光は照射光に対して微弱であるのに加えて、それぞれの波長が近いために、受光する光路中で照射光の波長がカットされねばならない。
【0031】
そのため、紫外光に対しては、360nmから急激に減衰して約400nm点で透過率0%にする特性を有したカットフィルタ(U−360)を装着して照射することで、約400nm点で透過率0%にする。これにより、光源のNSPG500Sが400nm点発する少々のパワーをほとんどカットする。そして受光側にL42と称する420nmより長い波長を透過するフィルタを挿入する。これにより、主波長が461nmである励起光が適正に取得できる。この励起光は、生菌と死菌と共に発生する。
【0032】
同じように緑側もフィルタを使う。緑光に対しては、450nmから550nmまでのみ透過するバンドパスフィルタBP535を緑光源(主波長536nm)に装着する。光源のNSPG500Sは主波長525nmで450nmから650nmまでを発光するが、上述のバンドパスフィルタによって、裾野はカットされている。受光側にO58と称する580nm以上を透過するフィルタを挿入する。主波長が617nmである励起光を取得できる。この励起光は死菌のみ発生する。
【0033】
以上のようにして励起光は取得できることになるが、それぞれ透過する波長域は当然残ることになる。照射光源はフィルタカットされているが、光源光量はきわめて大きく、特に緑光源は検体照射面において2000ルクス程度もある。
【0034】
このため、励起光のみを拾うことが出来ず、しかも励起光が弱いことから2秒程度の露光時間を必要とし、背景レベルとして最大255の分解の時に128程度も上昇してくる。これに励起光の出力の数10がのるので、背景レベルを除去しておいた方が、後段の画像認識に好ましい。特に、装置を安価に構成する為に画像処理をある程度単純に構成するときには重要になる。
【0035】
(3)画像データにおける背景レベルの検出
背景を検出するエリアとして20ドット掛ける20ドットと想定する。これは20でなければいけないものではない。バクテリアは小さいもので1μm程度であって、光電変換手段の画素に換算すると1ドット程度のものであり、どんなに多くのバクテリアがあっても緻密ではないので、背景は存在するとしている。そこで、この性質を利用して、対象400ドット領域の値をスキャンする。その結果、画素値としての最大値、最小値が得られる。最大値から最小値を引いて、画素値の分布する幅を検査する。
【0036】
そして、最小値からたとえば値5ごとにバンド化して、それぞれのバンドに存在するドット数をカウントする。5であるのがよいかは、装置の検出ばらつきを見て決定すればよい。これはいわゆるヒストグラムを取っていることになる。バクテリアが存在すれば、度数のピークはバクテリアの値付近と、背景の値付近に集中する。バクテリアの励起光が入力されなければ、背景のみの値でピークは1つになる。そこで、このピークを判定して、もしピークが1つなら背景のみであるとする。2つなら低い方の値のピークを背景とすればよい。
【0037】
本例での実施の形態は、後に詳細に述べるように紫外光に反応して死んだバクテリアと生きたバクテリアが励起する第1のモードと、死んだバクテリアのみが反応する第2のモードとがあって、その個体数計数値の差分から、生きているバクテリアの個体数を知る。この時に、第1のモードでのヒストグラム分布と、第2モードでのヒストグラム分布とでは、分布も度数も異なる。
【0038】
後段の画処理で利用する形態が高速性とコスト抑制を狙っている為、2値化を採用していて、厳密な背景処理を必要としていない。但し、2値化である故に背景値の処理は必要になる。そこで1つのやり方としては、度数のピークをもつバンドの中での最小値を黒レベルとする。そして、2値化の時に使用する閾値に多少のオフセット値を加えればよい。
【0039】
(4)画像データにおけるホワイトノイズの消去
ところが、このようにして取得した黒レベルには素子や回路から発生するホワイトノイズが重畳している。このホワイトノイズを消去すると更に好ましい。
【0040】
積極的にホワイトノイズを検出することでも良いが、容易な方法として時系列的に平均化する方法を提案する。すなわち、黒レベルの成長具合を調べることで達成される。上述の背景レベル検出工程を経た後に、一端、CCDをリセットするが、その前に、先ほどの検出工程において、先ほどの度数のピークをもつバンドの中での最小値に相当する画素の座標を記憶しておかねばならない。
【0041】
CCDをリセットしたら再度光源照射して出力監視を行う。上記記憶した座標の画素について調べる。CCDの露光時間が2秒であるから、この2秒の時点での背景値を使用してビデオ信号から背景除去を行わなければならない。
【0042】
画素値は、CCD後段のA/Dコンバータの速度に基づいて決定されるサンプリングスピードで取得される。たとえば、20フレーム/秒のレートがとれるのであれば、ある画素の値を50ms単位で、又は異なった露出時間で光電変換素子を制御して取得できる。2秒前後の10サンプリングを行う。つまり、1.5秒から2.5秒に掛けて21回のサンプリングを行う。
【0043】
21回で充分か否かはあるが、ホワイトノイズはランダムに重畳するし、そのレベルも長い観察では平均が一定している。そのため基本的にはこの21回のサンプリング値の平均値を演算することにより、ホワイトノイズを除去した背景レベルを取得することが出来るのである。平均結果は、2秒が中心であるので、値としては2秒の時点での映像値として得られて、ホワイトノイズの薄まったものとなっている。
【0044】
以下、本発明に係る個体数カウント用の撮像装置の実施の形態例を図面を参照しつつ説明する。
【0045】
図1は、本発明に係る被写体の個体数をカウントするための撮像装置1全体の側面図を示す。撮像装置1はコマンドコントロールを画像からバクテリアなどの個体数を判定するデータ処理装置100にインタフェイスケーブル101で接続されている。ステージ2は、上テーブル20の上面とキットホルダー21との間に形成されていて検体を付着させたメンブレムキット40もしくはフィルムキット41を装着する。キットホルダー21は、ロックレバー22で固定される。上テーブル20はXテーブル25上に固定されており、Xテーブル25はYテーブル26上に固定される。Xテーブル25上の上テーブル20は3カ所のバネ35で3点支持されており、位置決め冶具を仮止めして、バネ付勢された上テーブル20がこの冶具に当接し、水平度を出すようにされている。そして、この位置だしをしながらロック板36でねじ固定される。その後冶具がカメラユニットに取り付け直される。
【0046】
Xテーブル25の下部には、X1シャフト27とX2シャフト28へそれぞれ摺動可能に嵌合するX1スリーブ31とX2スリーブ32と、Yテーブル26の下部にはY1シャフト29とY2シャフト30へそれぞれ摺動可能に嵌合するY1スリーブ33とY2スリーブ34とが備えられている。それぞれ、X駆動部8、Y駆動部7によりベルトで牽引され移動する。
【0047】
電源スイッチ10により装置へ電源が投入されて、先ずイニシャル動作に入る。イニシャル動作において、ステージ2を基準位置に移動する。この基準位置は、被写体を撮影する位置であって、レンズユニット3の真下に設定される。
【0048】
ステージ2は、X1シャフト、X2シャフト、並びにY1シャフト、Y2シャフトそれぞれのシャフト方向に沿って、X方向の基準位置に配置されたX−HPセンサ11と、Y方向の基準位置に配置されたY−HPセンサ12とが、共にONとなる位置に移動する。
【0049】
イニシャル動作が完了すると、装置は待機状態に入る。フロントカバー5を開放すると、操作者によってカバーが開放されたことを示す信号がカバーセンサ(図示せず)から発せれる。この信号(カバー開放信号)に従って、ステージ2はフロントカバー5の開放位置であるフロントに移動する。フロントカバー5の開放は、コイルバネ5aによってその開放状態が維持される。
【0050】
ステージ2上に被写体(検体)が装着されてフロントカバー5が操作者によって閉じられると、カバーセンサの信号が所定のインタフェイスを介して接続されたデータ処理装置に送られ、準備が完了したことをディスプレイ上に表示する。操作者はデータ処理装置100に指示して撮影を開始する。指示されたデータ処理装置は、撮影開始コマンドを撮像装置に送る。本撮像装置の制御部は、Y駆動部を制御してステージ2を撮影用のホームポジションである撮影位置の初期位置に移動させる。尚、本例ではデータ処理装置100がパソコンである。
【0051】
本装置における被写体の撮影は、ステージ2の位置を少しずつ変更しながら繰り返し行われる。メンブレムキット40を測定する場合とフィルムキット41を計測する場合とで異なるが、被読取体の外形が数ミクロンメートルの極めて小サイズの場合、例えば、読取対象の全エリアが12mm*9mmであり、1回の撮影で取得できるエリアが1.2mm*0.9mmの場合、100回の撮影フレームが必要になる。読み取りプロセスは、Y方向に10回位置移動しながら撮影して、X方向に移動してこれを繰り返す。
【0052】
一つのフレームの撮影が終わる毎に、その画像はデータ処理装置100へ送信される。データ処理装置100は、画像データの取得が完了したら、次のフレームの取得を撮像装置に要求し、これにより撮像装置は位置移動と再撮影を行う。このようにして、必要なフレームの撮影が繰り返される。必用な全フレームの撮影が完了した後に、ステージ2は上述したホームポジションに戻る。上記動作については、図15にフローチャートとして示した。
【0053】
図2は、本撮像装置1の上面から見た主に光源周辺を示す平面図である。ステージ2は光源ユニット4から照射されるが、この光源ユニット4は4本のロッド光源6a、6b、6c、6dからなる。各ロッド光源6は端部に基板50a、50b、50c、50dを備え、この基板上にロッド内方向に向いてそれぞれ発光ダイオード64a、64b、64c、64dが設置されている。光源6から異なる2つの波長領域の光を照射する必要がある場合、ロッド光源6aとロッド光源6bとは同じ波長(主波長370nm)による発光、ロッド光源6cとロッド光源6dとは同じ波長(主波長525nm)による発光である。それぞれの発光分布においてじゃまになる裾野部分をカットするカットフィルタである、U380フィルタ73aがロッド光源6a、6b内に、BP535フィルタ73bがロッド光源6c,6d内に備えられていて発光分布をシャープにしている。さらに、第3の異なる波長の光の照射が必要な場合は、第3の対のロッド光源を増設すればよい。
【0054】
図3に、ロッド光源6aを例にして内部構造を描いている。発光ダイオードの色やフィルタの色、レンズなど370nm光源と、525nmとで異なるが、基本構造は同じである。もちろんコストダウンの為には、共通構造共通部品で構成することも出来る。大きく分けると、光源6は、ロッド60aとこれより細い径のロッド61aとで構成されている。ロッド60aの1端の基板55aにダイオードスペーサ63aを介して発光ダイオード64aが基板に半田付けで固定されている。
【0055】
発光ダイオード64aの発光方向前方にはリング72で固定されたレンズ65aが備えられている。ロッド60aの他端には、ロッド61aが刺入されている。ロッド61aの1端には、リング74aとスペーサ67aとで固定されたレンズ66aと帯域カットフィルタ(U−360フィルタ)73aとが構成されている。そして、ロッド61aの他端には、リング70aとスペーサ71aとで固定されたレンズ68aとレンズ69aとがある。
【0056】
ロッド61aは、フランジ51へ取り付ける為の取り付け部62aを有する。そして、2つのロッド60aとロッド61aとの径の差異によって作られる段差52aがフランジ51に契合する。
【0057】
同じ波長のロッド光源6対は、ステージ2上でレンズユニット3に対して対称角度による斜め照射を行い、照射面をほぼ均一の明るさにしている。被写体の撮影するステージ2上の領域全般に渡って、しかも、2つの対がどちらも均一になるよう各ロッド光源6は、1つのフランジ51に固定され、各ロッド外壁に形成された段差52a、52b、52c、52dがフランジ51に契合して位置だしができるようになっている。これにより調整を容易にしている。
【0058】
ステージ2は、光源ユニット4の光が送出される基板取り付けと反対の端の発光端の下方に位置する。発光端の上方には、レンズユニット3が備えられているが、このレンズユニット3と発光端との間には、ステージ2の面に平行に進退するフィルターユニット55が位置する。フィルターユニット55には、420nmから下をカットするL42フィルタ55aと、580nmから下をカットする058フィルタ55bが取り付けられている。
【0059】
図4は、本撮像装置1のステージ2へメンブレムキット40を装着した図を示す。メンブレムキット40には、注射針(図示せず)が計測器40bに連結して下方に延びている。検査したい食物をくだいて浸水させ、注射針はその溶液を吸い上げたり、直接食物中の液を吸い上げたりすることが出来る。吸い上げた液が計測部40bに含侵し、計測部40bは、吸い上げた液にバクテリアが存在すると判定する。
【0060】
図5は、本撮像装置1のステージ2上にフィルムキット41を装着した図を示す。フィルムキット41は接着面を有し、保存時は保護フィルムが沈着しているが使用時にこれをはがして被検物から採取を行う。
【0061】
メンブレムキット40は、鍔部40aの上部に計測部40bを有している為、この分鍔部40aより高い位置になる。一方フィルムキット41はフィルム状の形態であって、メンブレムキット40のような高さを有しない。一方、レンズユニット3は、拡大光学系であると共に、被写体の個体数計測に個体の輪郭形状が重要であるから、撮影の焦点深度がきわめて厳しく狭められる。しかも、バクテリアは小さいもので1μmオーダであって1画素程度しかない。よって、撮影面の高さは、2のキット間で同一にされなければならない。
【0062】
この高さ調整の為、フィルムキット41を装着する場合には、中間プレート42がフィルムの下支えを兼ねて使用される。つまり、ステージ2にはメンブレムキットを挿入する為の穴20aが存在するから、そのままフィルムキット41を装填すると中央が下に沈んでしまって、所望の焦点位置が得られなくなるからである。
【0063】
図6は、本装置の制御ブロック図を示す。操作者は、インタフェイス80に接続されたデータ処理装置100(パソコン)に指示して計測を開始する。指示されたデータ処理装置100は、計測開始コマンドを撮像装置1に送る。インタフェイス80を介して計測開始コマンドを受信した制御手段81は計測指示データを露光制御手段82に送信する。制御手段81は、画素値階層区分手段と、背景位置特定手段と、背景値演算手段と、計数手段とを有している。
【0064】
上記の計数手段は、この撮像装置内にある必要はなく、むしろデータ処理装置100内にある方が都合がいいこともある。それは、個体数のカウントは背景の黒の中に存在する白の領域を特定する為に、輪郭抽出法などを採用したい場合には高速の実数演算を必要とする。この為に、昨今高速になっているパソコンを利用する方が好ましい。また、このアルゴリズムをバージョンアップなどする点でも、利便性が良い。この形態においては、加算された画像データはインタフェイス80を介してデータ処理装置100に送られて、データ処理装置100内で画像データに基づいて被写体の個体数(例えば、バクテリアの数)を計数手段によりカウントする。このような動作の形態については、図15に示した。
【0065】
ところで、ここで画像データを光電変換して取得するための光電変換手段(CCD)について簡単に説明する。
【0066】
図17に記載したように、パッケージ内にフォトセンサ(フォトダイオードなど)が2次元状に整列配置されている。この配列エリアは、透明な窓を有して光が入るようになっている。端子VDDとGNDは基本電圧の印加を行う。ビデオ信号を取り出すVOUT端子からの水平のビデオ信号転送に同期するクロックのHφ1、Hφ2端子がある。そして、Vφ1、Vφ2、Vφ3、Vφ4は水平同期を垂直方向に繰り返す為の為の垂直同期クロックであって、4相で動作する。φRG端子はリセットゲートであって、1画面の露光時間を制御する。φSUB端子は、露光による光電変換で内部蓄積された電荷が、転送クロックでの受け渡しで残留してしまう微量電荷をクリアする為のクロック用端子である。
【0067】
このように、光電変換手段の各端子に与えるクロックを制御することで、露光時間や出力取り出しの制御が行われる。
【0068】
露光制御手段は制御手段81から受信した指示データに基づき各ロッド光源に対し制御した露光指示データを照射手段83に送信する。露光データを受信した照射手段83は、特定波長領域の光を所定の露光時間で、所定の回数の照射をステージ上の検体に対して行う。この時、制御手段81は光電変換手段84の転送クロック及び/又はリセットパルスを制御することによって露光時間を調整する。
【0069】
照射光によって発光するステージ2上の検体からの励起光のデータは光電変換手段84に送信される。光電変換手段84は受信したビデオ信号を2進数の画像データに変換するためにA/Dコンバータ85に送信し、A/Dコンバータ85はデジタル変換されたデータを計測データとしてフレームメモリ86に送信する。
【0070】
照射が終了するとフレームメモリ86は蓄積したデータを制御手段81に送信する。カウント手段(計数手段)は照射した特定波長領域の光とは異なる波長の励起光を発光する検体内の個体数をカウントする。
【0071】
ここで、本発明における検体に含まれる固体(バクテリア)のカウント方法例について説明する。
【0072】
図16のフローチャートで示すように、概略は各画像データから背景の値を引くに当たって、その背景レベルを見つけることがポイントになっている。
【0073】
制御手段は、検体全体の内の1部エリア(例えば20dotX20dot)について所定の露光時間例えば2秒間で1ショット撮像する。
【0074】
そして、背景画素階層区分手段は、受光した画像データを複数の画素階層に区分する。画素値レベル(8Bit:0〜255)を例えば0〜63、64〜127、128〜191、192〜255の4区分に区分する。
【0075】
背景位置特定手段は、この内0〜63の区分に入ってきた画素位置を記録する。例えば、座標(5、3)、(7、10)、(11、12)・・・・・・。
記録は全部でも良いし、5点位でも良いが、ここでは3点としてこれらをP1、P2、P3の3点とする。これを背景3点の代表とする。
【0076】
ここで、背景値演算手段はCCDをリセットしてもう一度スタートする。前記では2秒後の値を固定してメモリに記録したが、今度は、P1、P2、P3の3点だけに着目して連続してA/D変換を繰り返して記録する。例えば100ms単位で行う。
【0077】
次に2.0秒のレベルが欲しいので、1.8、1.9、2.0、2.1、2.2の5つの各秒でのレベルの和e(1.8)+e(1.9)+e(2.0)+e(2.1)+e(2.2)を5で割るとレベルは2.0秒の値でホワイトノイズをキャンセルした値になる。
【0078】
さらに、またP1、P2、P3の3点で上記の5点行ったと同様な処理を行い3点の平均値を算出する。この値を、Bkとする。
これを、被写体上の固体背景を示す背景画素値階層として特定する。
【0079】
そして、さきに取得した2秒露出で1ショットの全体画像の各画素の値を、
LV(X、Y):X、Yはエリアの座標
とした時、全X,Yについて、LV(X、Y)−Bkを演算する。この全データを紫外光照射で取得した撮像データとしてインタフェイスを介してデータ処理装置に送信する。
さらに、同様に緑光の照射撮像についても行い緑光で取得した撮像データとしてインタフェイスを介してデータ処理装置に送信する。
データ処理装置はこの2つのフレーム画像を用いてバクテリアのカウントをして、生菌を算出する。
【0080】
撮像装置1は、画像データを送信するためのインタフェイス手段80と、当該インタフェイス手段80を介して外部のデータ処理装置と接続され、制御手段81を構成する各手段による処理は、前記データ処理装置と協働して行われるように構成されている。従って、画素値階層区分手段、背景画素階層区分手段、背景値演算手段、計数手段のいずれも、光電変換素子を有する撮像装置側にあっても良いし、光電変換素子を有する撮像装置に対して制御を行うデータ処理装置側にあっても良い。
【0081】
更に、それらはハードウエア、ソフトウエアどちらで実現されても良いし、そのソフトウエアは記録媒体で提供されても良いし、通信などによるダウンロード提供の形態でも可能である。あるいは、これらの画素値階層区分手段、背景画素階層区分手段、背景値演算手段、計数手段のいずれも独立したユニットとして存在して接続されても良いし、ASICやマスクROMのような形態として提供されても良いのである。
【0082】
図7の(a)、(b)、(c)は、照射光と撮像素子への露光(フィルタ特性を含む)の波長関係を示す。(a)は、試薬特性を示し、試薬に波長358nmの入力1(紫外光)を照射すると461nmにピークを有する露光1(DAPI生死菌含む)が得られ、波長536nmの入力2で617nmにピーク値を有する露光2(PI死菌)が得られることを示している。(b)は、LEDの品種型番により発光特性の違いを示している。NSU590は主波長370nmの紫外光をNSPG500Sは主波長525nmの緑光を発光する。(c)は、フィルタにより各入力の照射光と露光とが干渉しないように干渉する部分の波長をカットするフィルタ分光特性を示している。入力1に対してU−360フィルタは400nmで透過率0にする。そして受光側に420nm以上を透過するL42フィルタを挿入する。そうすると露光1の主波長が適正に得られる。
【0083】
同じように入力2に対してもフィルタを使う。入力2(緑光)に対しては、450nmから550nmまでのみ透過するバンドパスフィルタBP535(536nm)を使用する。入力2の光源NSPG500Sは450nmから650nmまでを発光するが、上述のバンドパスフィルタによって、裾野はカットされている。受光側に058と称する580nm以上を透過するフィルタを挿入する。主波長が617nmである露光2を取得できる。
【0084】
これらの特性を利用して本発明は被写体の個体数をカウントすることを可能としたのである。
【0085】
以下、図8乃至14に基づいて、本発明における背景レベルと輝点を除いた画素データの取得について説明する。
【0086】
図8は、理想的な被写体(バクテリア映像)レベルの露光時間に対するグラフである。しかしながら現実的には、図12に示すように被写体周辺の背景レベルが露出するため、図10の「菌+背景」レベルの線の様に背景レベルが大きく利くことによる。
【0087】
言い換えると、本システムは紫外線や緑光で照射されたバクテリアが励起エネルギを得て蛍光し、その励起光を取得しようとするシステムなので受光レベルが低いだけでなく背景と被写体とのコントラストが低いことである。
【0088】
このような悪条件下で被写体を捕らええるためには、通常CCDの使用可能な露光時間を大きく越えて、例えば星座の撮影をするように一定時間開放露光しなければならない。ところが、CCDはその製造プロセス上の欠陥から使用可能時間を越えた時間帯で使用すると、画素中に「輝点」と呼ばれる異常値を呈する画素が存在する。この出現状態を示したのが図9であって所定時間TLMTを越えた時間からこの輝点が出現する度数が上昇していく様子がグラフ化されている。
【0089】
また、図8に現された蛍光開始時間Tsであるが、バクテリアのような大きい分子に与えられた特定波長光がエネルギ蓄積する所定時間であってこのT後に蛍光発生する。従って、図8と図9から判るように輝度に於ける異常信号を発生することなく露出(CCDを)できる時間帯は、図9に示した使用可能範囲のT<t<TLMTある。
【0090】
図11は、T<t<TLMTを満足する時間ごとに露光を1stフレーム、2ndフレーム、3rdフレームと繰り返している図でありそれぞれあるバクテリアの白レベルがV、V、Vに達している。
【0091】
そして、CCDは各画素への入力光量と出力電圧のクリアリティが保証されている為に、線計演算が可能であってV+V+Vを演算することにより連続露光した結果と同等であり、かつ、輝点の存在しない映像となる。このように生成された輝点のない映像を、あらかじめ実験的に求めておいた所定値を用いて2値化すると、バクテリア部分だけが白と認識できる。もし輝点を含んだまま2値化をすれば、その輝点をバクテリアの点を誤認識してしまうことになる。
【0092】
従って、この輝点が発生しない範囲での露光時間で取得した映像を、所望のレベル程度になるまで複数回重ね合わせを行っての後に、2値化をすることはきわめて重要である。また、以上においては2値化をすることで、個体の検出を行うと述べているが、輪郭強調等のフィルタリングによって個体を浮き上がらせることも可能であって、この種々の方法の選定は、個体認識を行う為の検出処理アルゴリズムによって、最適な方法を検討することになる。
【0093】
さて、励起された蛍光の明るさは小さい為その背景の反射光レベルに対して十分なコントラストを有してなく、実際には図12で示す背景出力が重なり、さらに半導体特有のホワイトノイズ等が重畳している。このために、上述のような2値化を行う為のレベルが、背景値と目的地との間に設定されなければならないところ、デリケートになってしまう。
【0094】
そこで、フレームに分けて取得したビデオレベルV、V、Vから黒レベルを排除することを行う。この時、図13のように各フレームごとに黒レベルBをBF1、BF2、BF3のように取得し、V−BF1、V−BF2、V−BF3とすることで綺麗になりそうだが、実際には異なる。ホワイトノイズは、その発生周期がランダムであって相合わせをしてキャンセルすることは出来ない。そのため、上記引き算の結果は、むしろノイズ幅を増大させ(負+負、正+正の様に悪化させるケースがある)る。このため、ホワイトノイズのレベルNの対処と、黒レベルBの対処とはフェーズを分けて処理した方が好ましい。
【0095】
例えば、図12のようにT+T+T時間で露光する黒レベルBtotalの値を用いてV+V+V−BtotalとすることでNの重みを1/3に減らせられる。
【0096】
又、黒レベルがリニアに上昇する性質を用いて目標時間T+T+T時の前後を繰り返し露出(サンプリング)でA/D変換し、デジタル上で得た前後数たとえば10ポイントの値を平均するとBtotalのセンターの値に近似できる。
【0097】
この方法は具体的には、例えばT+T+Tが2秒で前後10ポイントを10msごとに使用するとすれば、1.90、1.91、1.92、-----1.99、2、2.01、2.02、----2.1の21ポイントでA/D変換された値をメモリ上に保持し、これらの値、V1.90、V1.91、----V2.1に対して、
【数1】
Figure 2005215712
とするのである。
【0098】
或いは、
【数2】
Figure 2005215712
とすることも可能である。
【0099】
このようにして得たNを除いたB*を開いて、
−B*、V−B*、V−B*
とする。
【0100】
さらに、このB*を得た時と同一の考え方の処理によって
【数3】
Figure 2005215712
を得て、画像処理に供する最終出力値Voutを、
【数4】
Figure 2005215712
が得られる。尚、以上の説明では、同一画素を異なる時間での露出にて複数回サンプリングして、その複数回の画素値を利用して背景除去とノイズキャンセルを行っているが、背景点は近傍点で略同一であると見なせるから演算値取得対象の画素位置を厳密に同一にしないで近傍点を複数利用することでも良い。
【0101】
図13において、BFiはi番目のフレームにおける黒レベルであり、露出にかかわらず常にホワイトノイズ±Nが重畳している。
【0102】
図12乃至14において各フレームタイムT、T、T(連続して露光スタートが出来るとして)は、各々蛍光開始時間Tを含む(T以上でなければならない、T>T、T>T、T>T)。
【0103】
以上詳しく説明したように、本発明は、所定の露光時間で受光した前記画像データを複数の画素値階層に区分する画素値階層区分手段と、当該複数の画素値階層の中から前記被写体上の個体背景を示す背景画素値階層を特定する背景画素階層区分手段と、前記背景画素値階層の中から背景の値を示す背景位置を特定する背景位置特定手段と、前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を各画素の値から減算した補正画像データを得るための背景値演算手段との構成により、発光した微弱な励起光を光電変化手段で受けることで得られたS/N比が低い画像データの中から、背景ノイズとホワイトノイズを除去して、安易な個体計数方法にも対処できうるようにした補正画像データを得ることを実現したのである。
【0104】
さらには、異なる複数の波長域で感応する異なる励起光から適正に個体数計数の処理をする為に、それぞれのモードでそれぞれの背景処理を行って計数し、その後にバクテリア(菌)の状態を特定した為に、誤った計数のない測定が可能になった。
【0105】
以上のような、撮像装置に構成したわけであるが、この装置の骨幹になるところの、背景値を演算する制御部分のみを抽出して構成した手段装置として構成しても良い。つまり、所定の露光時間で受光してメモリへ記憶した前記画像データを複数の画素値階層に区分する画素値階層区分手段と、当該複数の画素値階層の中から前記被写体上の個体背景を示す背景画素値階層を特定する背景画素階層区分手段と、前記背景画素値階層の中から背景の値を示す背景位置を特定する背景位置特定手段と、前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を各画素の値から減算した補正画像データを得るための背景値演算手段と、で構成されるものをユニット化して、撮像装置外に配設できるようにしたり、撮像装置にインタフェイス接続して、撮像装置からの画像を得手処理するコンピュータに搭載するソフトウエアやオプションボードとして機能させることも用意に可能であるとともに、本発明の範疇内である。
【図面の簡単な説明】
【図1】 本発明に係る被写体の個体数をカウントするための撮像装置の側面図がデータ処理装置に接続されている図を示す。
【図2】 図1の本撮像装置を上面から見た主に光源周辺を示す図である。
【図3】 ロッド光源の内部構造の断面図を示す。
【図4】 本撮像装置のステージへメンブレムキットを装着した(a)平面図と、(b)断面図を示す。
【図5】 本撮像装置のステージへフィルムキットを装着した(a)平面図と、(b)断面図を示す。
【図6】 本撮像装置の制御ブロック図を示す。
【図7】 照射光と撮像素子への露光(フィルタ特性を含む)の波長関係を示す。
【図8】 は理想的な被写体(バクテリア映像)レベルの露光時間に対するグラフである。
【図9】 「輝点」の出現状態を示した図である。
【図10】 「菌+背景」レベルの線をとフレームごとの背景レベルを示した図である。
【図11】 画素フレームの使用可能範囲を示す図である。
【図12】 背景出力が重なり、さらに半導体特有のホワイトノイズ等が重畳していることを示す図である。
【図13】 BFiはi番目のフレームにおける黒レベルであり、露出にかかわらず常にホワイトノイズ±NWが重畳していることを示す図である。
【図14】 あるバクテリアのビデオレベルにホワイトノイズ±Nが重畳していることを示す図である。
【図15】 画像データ取得を行う手順を示すフローチャートである。
【図16】 背景レベル除去を示すフローチャートである。
【図17】 撮像手段へクロックを与えるの端子を示す図である。
【符号の説明】
1 撮像装置
2 ステージ
3 レンズユニット
4 光源ユニット
5 フロントカバー
6 ロッド光源
20テーブル
21 キットホルダー
40 メンブレムキット
41 フィルムキット
50 基板
55 フィルターユニット
55a L42フィルタ
55b 058フィルタ
64 発光ダイオード
73a U380フィルタ
73b BP535フィルタ
80 インタフェイス
81 制御手段
82 露光制御手段
83 照射手段
84 光電変換手段
85 A/Dコンバータ
86 フレームメモリ

Claims (16)

  1. 特定の波長によって励起光を発する個体を含んだ被写体を搭載するためのステージと、
    前記ステージに搭載された被写体を特定波長領域の光で照射するための照射手段と、
    前記被写体からの光を受光して電気信号に変換するための光電変換手段と、
    前記光学変換装置の露光時間を制御するための露光制御手段と、
    前記光電変換手段からのビデオ信号をデジタルの画像データに変換するためのA/Dコンバータと、
    制御手段と、から構成され、
    前記制御手段は、
    所定の露光時間で受光してメモリへ記憶した前記画像データを複数の画素値階層に区分する画素値階層区分手段と、
    当該複数の画素値階層の中から前記被写体上の個体背景を示す背景画素値階層を特定する背景画素階層区分手段と、
    前記背景画素値階層の中から背景の値を示す背景位置を特定する背景位置特定手段と、
    前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を各画素の値から減算した補正画像データを得るための背景値演算手段と、を含む、
    ことを特徴とする個体数カウント用の撮像装置。
  2. 前記照射手段は、少なくとも第1の主波長で発光する第1発光部と、第2の主波長で発光する第2発光部とを備えて、
    前記制御手段は、第1の発光部での照射により画像を取得する第1のモードと、
    第2の発光部での照射により画像を取得する第2のモードとを有するとともに、
    前記背景値演算手段は、第1のモードと第2のモードとで各々補正画像データを得ることを特徴とする、請求項1に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  3. 前記制御手段は、
    前記複数の画素値階層の中から被写体の個体を示す個体画素値階層を特定する個体画素階層区分手段と、
    前記個体画素値階層の中から個体の値を示す少なくとも一つの個体位置を特定する個体位置特定手段と、
    前記個体位置の近傍の中であって且つ前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を前記背景の値としたことを特徴とする請求項1に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  4. 前記背景位置特定手段は、複数の背景位置を特定して、当該複数の背景位置の画素値の平均値を前記背景の値として補正画像データを得ることを特徴とする請求項1に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  5. 前記背景位置特定手段は、少なくとも一つの背景位置を特定して、当該一つの背景位置における複数の露光時間によって取得した画素値の平均値を前記背景の値として前記補正画像データを得ることを特徴とする請求項1に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  6. 前記制御手段は、前記補正画像データに基づいて前記ステージ上の被写体内にある前記背景画素値よりも大きい明度の光を発生する個体数をカウントする計数手段を有することを特徴とする請求項4又は5に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  7. 前記撮像装置は、前記補正画像データを送信するためのインタフェイス手段を有することを特徴とする請求項1に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  8. 前記ステージ上の被写体は、複数の領域に分割され、前記制御手段が、各領域毎に前記画像データが得られるように構成されたことを特徴とする請求項1に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  9. 前記画素値階層区分手段による前記画像データの複数の画素値階層への区分は、前記所定の露光時間で受光した前記画像データに含まれる画素値の最小値から最大値の画素値範囲を複数区分に等分することにより行われることを特徴とする請求項1に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  10. 前記画素階層区分手段による前記背景画素値階層の特定は、前記複数区分に等分された最下位の画素値階層区分とする請求項8に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  11. 前記画素階層区分手段による前記画像データの複数の画素値階層区分は、前記画像データを構成する個々の画素値に基づいて所定以上の度数を有する複数の画素値階層を選出することにより行われることを特徴とする請求項1に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  12. 前記画素階層区分手段による前記背景画素値階層の特定は、前記選択された複数の画素値階層の内、最大度数の画素階層区分を検出することにより行われる請求項10に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  13. 前記撮像装置は、前記インタフェイス手段を介して外部のデータ処理装置と接続され、前記制御手段を構成する各手段による処理は、前記データ処理装置と協働して行われるように構成された請求項6に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  14. 特定の波長によって励起光を発する個体を含んだ被写体を搭載するためのステージと、
    前記ステージに搭載された被写体を特定波長領域の光で照射するための照射手段と、
    前記被写体からの光を受光して電気信号に変換するための光電変換手段と、
    前記光学変換装置の露光時間を制御するための露光制御手段と、
    前記光電変換手段からのビデオ信号をデジタルの画像データに変換するためのA/Dコンバータと、
    制御手段と、から構成され、
    この制御手段は、
    所定の露光時間で受光してメモリへ記憶した前記画像データを複数の画素値階層に区分する画素値階層区分手段と、
    当該複数の画素値階層の中から前記被写体上の個体背景を示す背景画素値階層を特定する背景画素階層区分手段と、
    前記背景画素値階層の中から背景の値を示す背景位置を特定する背景位置特定手段と、
    前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を各画素の値から減算した補正画像データを得るための背景値演算手段と、
    この背景値演算手段で補正された画像データに基づいて個体数の計数を行う計数手段を備えたことを特徴とする、個体数カウント用の撮像装置。
  15. 前記個体カウント用の撮像装置は、
    前記画像データを送信するためのインタフェイス手段を有し、
    当該インタフェイス手段を介して外部のデータ処理装置と接続されて前記制御手段を構成する各手段による処理が前記データ処理装置と協働して行われるように構成された請求項14に記載の個体数カウント用の撮像装置。
  16. ステージ上に菌、バクテリアなどの個体を含んだ被写体を搭載してこの特定の波長の光で照射して励起した個体からの光による映像をデジタル画像として取得する撮像装置を制御する個体カウント用撮像装置の制御手段であって、
    前記個体カウント用撮像装置の制御手段は、
    所定の露光時間で受光してメモリへ記憶した前記画像データを複数の画素値階層に区分する画素値階層区分手段と、
    当該複数の画素値階層の中から前記被写体上の個体背景を示す背景画素値階層を特定する背景画素階層区分手段と、
    前記背景画素値階層の中から背景の値を示す背景位置を特定する背景位置特定手段と、
    前記背景位置の画素値に基づいて決めた値を各画素の値から減算した補正画像データを得るための背景値演算手段と、
    を備えたことを特徴とする個体数カウント用撮像装置用の制御手段。
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