【発明の詳細な説明】
【0001】背景:本発明は、生物学的サンプルの遺伝
子発現に基づく結腸直腸癌についての診断及び予後に関
する。結腸直腸癌は、次の3種の主要分子機構を通して
出現すると思われる腫瘍から成る異種疾患である:1)
染色体不安定性と組合される、腺腫様結腸ポリポーシス
(APC)遺伝子、又はβ−カテニン遺伝子における突然
変異、2)マイクロサテライト不安定性と連結される、
DNAミスマッチ修復遺伝子、例えばMLH1, MSH2,PMS1, PM
S2及びMSH6における突然変異、及び短い反復体を含む遺
伝子における突然変異、及び3)腫瘍サプレッサー遺伝
子のプロモーター領域の過メチル化により誘発される遺
伝子サイレンシング。
【0002】個々の結腸直腸癌の遺伝的補充は、遺伝的
不安定性、特定の突然変異及び遺伝子サイレンシングの
異なった組み合わせをたぶん包含する。染色体不安定性
(CIN)は、一般的に癌の通常の特徴である。それは、
それらの安全な染色体又は大きな部分が失われているか
又は得られている異数体表現型を包含する。ミクロソー
ム不安定化(MIN)は、短い反復体に高められた突然変
異比率を有する二倍体腫瘍において見出される。両形の
遺伝的不安定性は、結腸直腸癌において通常である。
【0003】従って、結腸直腸癌は、複雑な起源を有
し、そして異なった生物学的経路において多くの相互作
用を包含する。診断、予後又は治療モニターリング決定
を助けるために従来使用されて来た、血清マーカー、組
織学的及び細胞学的試験は、所望する信頼性をしばしば
有さない。同様に、単一の遺伝子マーカー(例えば特定
遺伝子の高められた発現)の使用は有益であるが、癌の
多様性は、遺伝子マーカーのポートフォリオが最良のア
プローチであることをより有望にする。
【0004】発現の要約:本発明は、結腸直腸癌の存在
又は不在、又は結腸直腸癌を有すると思われる個人の適
切な状態の評価方法に関する。この方法においては、患
者サンプルの遺伝子発現プロフィールが、患者が結腸直
腸癌を有するかどうか、患者が結腸直腸癌を有さないか
どうか、患者が結腸直腸癌を得ようとしているかどう
か、又は結腸直腸癌を処理される患者の処理に対する応
答を決定するために分析される。
【0005】前記方法の実施に使用される製品はまた、
本発明の観点である。そのような製品は、遺伝子発現プ
ロフィール、及び機械読み取り可能媒体、例えばコンピ
ューター読み取り可能媒体に固定されるそれらの代表を
包含する。遺伝子発現プロフィールを同定するために使
用される製品はまた、遺伝子発現を捕獲し、そして/又
はその存在、不在又は程度を示すための基質又は表面、
例えばマイクロアレイを包含することができる。
【0006】特定の記載:組織サンプルにおける特定の
核酸配列の単なる存在又は不在が、診断又は予後値を有
することがまれに見出されて来た。他方では、種々のタ
ンパク質、ペプチド又はmRNAの発現についての情報は、
ますます重要なものに見えてきた。ゲノム内のタンパク
質、ペプチド又はmRNA(そのような配列は、“遺伝子”
として言及される)を単独で発現する可能性を有する核
酸配列の単なる存在は、タンパク質、ペプチド又はmRNA
が所定の細胞において発現されるかどうかの決定因子で
はない。
【0007】タンパク質、ペプチド又はmRNAを発現でき
る所定の遺伝子が発現されるか又は否か、及びそのよう
な発現がどれくらいの程度、存在するかは、種々の複雑
な因子により決定される。それらの因子の理解及び評価
における困難性とは関係なく、遺伝子発現のアッセイ
は、重要な現象、例えば腫瘍形成、転移、アポプトシス
及び他の臨床的に適切な現象の発生についての有用な情
報を提供する。遺伝子が活性的であるか又は不活性であ
る程度の相対的表示は、遺伝子発現プロフィールにおい
て見出され得る。本発明の遺伝子発現プロフィールは、
結腸直腸癌について患者を診断し、そして処理するため
に使用される。
【0008】サンプル調製は、患者サンプルの収集を必
要とする。本発明の方法に使用される患者サンプルは、
疾病細胞、例えば結腸サンプル又は手術境界部から採取
される上皮細胞を含むと思われるそれらのサンプルであ
る。疑わしいサンプルを得るための1つの有用な技法
は、Laser Capture Microdisection (LCM) である。LCM
技法は、細胞型異種性により引き起こされる変動性を最
小にする、研究されるべき細胞を選択する手段を提供す
る。従って、正常細胞と癌性細胞との間での遺伝子発現
の適度な又は小さな変化は、容易に検出され得る。
【0009】好ましい方法においては、サンプルは、末
梢血液から抽出される循環性上皮細胞を含んで成る。そ
れらは、多くの方法に従って得られるが、しかし最も好
ましい方法は、引用により本明細書に組み込まれるアメ
リカ特許第6,136,182号(Immunivest Corp.)に記載さ
れる磁気分離方法である。興味ある細胞を含むサンプル
が得られると、RNAが抽出され、そして増幅され、そし
て遺伝子発現プロフィールが、好ましくは適切なポート
フォリオにおける遺伝子について、マイクロアレイを通
して得られる。
【0010】遺伝子発現プロフィールを確立するための
好ましい方法は、タンパク質又はペプチドをコードする
ことができる遺伝子により生成されるRNAの量を決定す
ることを包含する。これは、逆転写酵素PCR(RT−PC
R)、競争RT−PCR、同時RT−PCR、示差表示RT−PCR、ノ
ザンブロット分析及び他の関連する試験により達成され
る。個々のPCR反応を用いて、それらの技法を行うこと
が可能であるが、mRNAから生成されるコピーDNA(cRN
A)を増幅し、そしてマイクロアレイを通してそれを分
析することが最良である。
【0011】多くの異なったアレイ配置及びそれらの生
成方法は、当業者に知られており、そして次のアメリカ
特許(それらは、引用により本明細書に組み込まれる)
に記載されている:アメリカ特許第5,445,934号;第5,5
32,128号;第5,556,752号;第5,242,974号;第5,384,26
1号;第5,405,783号;第5,412,087号;第5,424,186号;
第5,429,807号;第5,436,327号;第5,472,672号;第5,5
27,681号;第5,529,756号;第5,545,531号;第5,554,50
1号;第5,561,071号;第5,571,639号;第5,593,839号;
第5,599,695号;第5,624,711号;第5,658,734号及び第
5,700,637号。
【0012】マイクロアレイ技法は、数千の遺伝子の定
常状態mRNAレベルの同時測定を可能にし、それにより、
制御されていない細胞増殖の開始、阻止又は調節のよう
な効果を同定するための強力な手段を提供する。2種の
マイクロアレイ技法が現在、広く使用されている。第1
の技法はcDNAアレイであり、そして第2の技法はオリゴ
ヌクレオチドアレイである。それらのチップの構成に
は、差異が存在するが、実質的にすべての下流のデータ
分析及び出力は同じである。
【0013】それらの分析の結果は、典型的には、マイ
クロアレイに基づいて既知の位置での核酸配列に対して
ハイブリダイズする、サンプルからのcDNA配列を検出す
るために使用されるラベルされたプローブから受動する
シグナルの強度の測定である。典型的には、シグナルの
強度は、サンプル細胞において発現されるcDNA及び従っ
て、mRNAの量に比例する。多数のそのような技法は入手
でき且つ有用である。遺伝子発現を決定するための好ま
しい方法は、アメリカ特許第6,271,002号(Linsleyな
ど.); 第6,218,122号(Friendなど.);第6,218,114号
(Peckなど.)及び第6,004,755号(Wandなど.)(それ
らの開示は引用により本明細書に組み込まれる)に見出
され得る。
【0014】発現レベルの分析は、そのような強度の比
較によって行われる。これは、試験サンプルにおける遺
伝子の発現強度−対−対照サンプルにおけるそれらの強
度の比率マトリックスを生成することによって最良に行
われる。例えば、疾病組織からの遺伝子発現強度が、同
じタイプの正常組織から生成される発現強度と比較され
得る(例えば、疾病結腸組織サンプル−対−正常結腸組
織サンプル)。それらの発現強度の比は、試験サンプル
と対照サンプルとの間の遺伝子発現における倍率−変化
を示す。
【0015】遺伝子発現プロフィールはまた、多くの手
段で示され得る。最も通常の方法は、縦列が試験サンプ
ルを示し、そして横列が遺伝子を示すグラフ樹状図中
に、原蛍光強度を配置することである。データは、類似
する発現プロフィールを有する遺伝子がお互い、隣接す
るよう配置される。個々の遺伝子についての発現比率
は、色として可視化される。例えば、1未満の比率(ダ
ウン−レギュレーションを示す)は、スペクトルの青色
部分において出現し、そして1以上の比率(アップ−レ
ギュレーションを示す)は、スペクトルの赤色部分にお
ける色として出現する。市販のコンピューターソフトウ
ェアプログラム、例えばSilicon Genetics,Inc. からの
“GENESPRINT”及びPartek, Inc. からの“DISCOVERY”
及び“INFER”ソフトウェアが、そのようなデータを示
すために利用できる。
【0016】本発明の方法に使用される変調された遺伝
子は表1及び表2に示される。差発現される遺伝子は、
疾病細胞においては、アップレギュレートされるか又は
ダウンレギュレートされるかのいずれかであるものとし
て示される。アップレギュレーション及びダウンレギュ
レーションとは、検出できる差異(ノイズを測定するた
めの使用されるシステムにおけるノイズの寄与を越え
て)が、基線に対する遺伝子の発現の量として見出され
ることを意味する相対的用語である。この場合、基線は
正常細胞の測定された遺伝子発現である。次に、非正常
細胞における興味ある遺伝子が、同じ測定方法を用い
て、基線レベルに対してアップレギュレートされるか又
はダウンレギュレートされる。
【0017】この情況下で、疾病とは、細胞の制御され
ていない増殖により生じるような、身体の機能の適切な
性能を中断するか、又は妨げるか、又は妨げる可能性を
有する身体の状態の変更を言及する。個人の遺伝子型又
は表現型のいくらかの観点が疾病の存在と一致する場
合、疾病の個人は診断される。しかしながら、診断又は
予後を行う行為は、傾向疾病/状態論争、例えば治療モ
ニターリングを包含する。治療モニターにおいては、臨
床学的判断は、遺伝子発現プロフィールが変化したか又
は正常組織とより一致するパターンに変化するかどうか
を決定するために、一定時間にわたって遺伝子の発現を
比較することによって、所定の治療経路の効果に関して
行われる。
【0018】好ましくは、アップレギュレーション及び
ダウンレギュレーションのレベルは、ハイブリダイズさ
れたマイクロアレイプローブの強度測定値の倍率変化に
基づいて区別される。2.0倍の差異が、そのような識別
を行うために、又は0.05未満のp−値のために好まし
い。すなわち、遺伝子が疾病細胞−対−正常細胞におい
て示差的に発現されるといわれる前、疾病細胞は、正常
細胞よりも、少なくとも2倍以上、又は2倍以下の強度
を生成することが見出される。倍率差異が大きいほど、
診断としての遺伝子の使用は、より好ましい。本発明の
遺伝子発現プロフィールのために選択された遺伝子は、
臨床学的実験室計測を用いて、バックグラウンドを越え
る量により正常又は変調されていない遺伝子の発現レベ
ルと区別できるシグナルの生成をもたらす発現レベルを
有する。
【0019】統計学的値は、変調された遺伝子及びノイ
ズと変調されていないそれらとを信頼をもって区別する
ために使用され得る。統計学的試験は、種々のグループ
間で最も有意に異なった遺伝子を見出す。スチューデン
トのt−試験は、2種のグループ間での有意な差異を見
出すために使用され得る強い統計学的試験の例である。
p-値が低いほど、遺伝子が異なったグループ間での差異
を示す証拠をより一層、強制する。
【0020】それもかかわらず、マイクロアレイは1つ
よりも多くの遺伝子を同時に測定するので、10,000の統
計学的試験が1度に行われ得る。このために、偶然、低
いp−値を見出す傾向があり、そしてSidak補正及びラン
ダム化/過突然変異誘発実験を用いて、このための調製
が行われ得る。t−試験による0.05以下のp−値は、遺
伝子が有意に異なる証拠である。より強制証拠は、Sida
k補正が計算に入れられた後の0.05以下のp−値であ
る。個々のグループにおける多数のサンプルに関して
は、ランダム化/過突然変異誘発試験の後の0.05以下の
p−値は、有意な差異の最も強制証拠である。
【0021】変調されていない遺伝子又はノイズのシグ
ナルよりも高いシグナルを生成する遺伝子を選択するた
めに使用され得るもう1つのパラメーターは、絶対シグ
ナル差異の測定の使用である。好ましくは、変調された
遺伝子発現により生成されるシグナルは、正常又は変調
されていない遺伝子のシグナルよりも少なくとも20%異
なる(絶対基礎に基づいて)。そのような遺伝子は、正
常又は変調されていない遺伝子の発現パターンよりも少
なくとも30%異なる発現パターンを生成することが、さ
らにより好ましい。
【0022】グループにおける遺伝子組について得られ
る情報が臨床学的に適切な判断、例えば診断、予後又は
処理選択を行うための正常な基礎を提供するよう遺伝子
がグループ分けされ得る。それらの組の遺伝子が本発明
のポートフォリオを構成する。この場合、ポートフォリ
オにより支持される判断は結腸直腸癌を包含する。遺伝
子発現プロフィールのポートフォリオは、例3に記載さ
れる遺伝子の組合せから成ることができる。ほとんどの
診断マーカーに関しては、正しい医学的判断を行うため
に十分な最少のマーカーを用いることがしばしば、所望
される。これは、さらなる分析を継続する処理の遅延、
及び時間及び供給源の不適切な使用を妨げる。この場
合、そのような最少ポートフォリオは、例4からの遺伝
子の組み合わせから成ることができる。
【0023】好ましくは、ポートフォリオは、そのポー
トフォリオにおける遺伝子の組合せが、個々の遺伝子又
は遺伝子のランダムに選択された組み合わせに対して、
改良された感受性及び特異性を示すよう確立される。本
発明の情況下で、ポートフォリオの感受性は、正常状態
に対する疾病状態における遺伝子の発現により示される
倍率差異において影響され得る。特異性は、遺伝子発現
のシグナル化と興味ある条件との相互関係の統計学的測
定において影響され得る。例えば、標準偏差がそのよう
な測定として使用され得る。ポートフォリオに包含され
るグループを考慮する場合、発現測定値における小さな
標準偏差は、より高い特異性と相互関係する。変動の他
の測定値、例えば相関係数がまた、この能力において使
用され得る。
【0024】遺伝子発現ポートフォリオを確立するため
の最も好ましい方法は、最適化アルゴリズム、例えば株
式ポートフォリオの確立において広く使用される平均偏
差アルゴリズムの使用を通してである。この方法は、Ti
m Jatkoe, などによる、“ポートフォリオ選択”と称す
る名称の同時継続出願に詳細に記載されている。実質的
に、この方法は、リターンの変動性を最少にしながら、
リターン(例えば、生成されるシグナル)を最適化する
であろう1組の入力(財政適用における株式、本明細書
における強度により測定されるような発現)の確立を必
要とする。
【0025】多くの市販のソフトウェアプログラムが、
そのような操作を行うために入手できる。本明細書を通
して“Wagnerソフトウェア”として言及される“Wagner
Associates Mean-Variance Optimization Applicatio
n”が好ましい。このソフトウェアは、効果的境界を決
定するために、“Wagner Associates Mean-Variance Op
timization Library”からの機能を使用し、そしてMark
owitzセンスにおける最適ポートフォリオが好ましい。
【0026】このタイプのソフトウェアの使用は、マイ
クロアレイデータが、株式リターンの場合、入力として
処理され、そしてソフトウェアがその意図された財政分
析目的のために使用される場合、リスク測定値が、使用
されるよう、変換され得ることを必要とする。たとえ
ば、Wagnerソフトウェアが、マイクロアレイ強度測定値
を共に使用される場合、次のデータ変換方法が使用され
る。
【0027】遺伝子はまず、その発現が少なくともいく
らかの最少レベルの分化を示すそれらの遺伝子を同定す
ることによって予備選択される。好ましい予備選択方法
は、次に通りにして行われる。基線の種類が選択され
る。典型的には、これは、興味ある条件を有さない集団
からの遺伝子を含んで成るであろう。例えば、乳癌につ
いての診断である遺伝子のポートフォリオを選択するこ
とに興味がある場合、乳癌を有さない患者からのサンプ
ルが基線の種類を製造するために使用され得る。
【0028】基線の種類が選択されると、算術平均及び
標準偏差が基線の種類サンプルのための個々の遺伝子の
遺伝子発現のインジケーターのために計算される。次
に、コンピューター処理された統計学的データが、個々
の遺伝子についての(X*標準偏差+平均)の基線値を計
算するために使用される。これは、すべての他のサンプ
ルが比較される遺伝子についての基線読み取りである。
Xはポートフォリオを処方する個人により選択される緊
縮変数である。Xの値が高いほど、より緊縮性になる。
好ましくは、Xは0.5〜3の範囲であり、2〜3がより好
ましく、そして3が最も好ましい。
【0029】個々の実験サンプル(興味ある状態を表示
するそれら)−対−基線読み取りの間の比率が計算され
る。次に、その比率が、ソフトウェアによるデータ取り
扱いの容易さのために底10の対数値に変換される。これ
は、Wagnerソフトウェアを用いて、Markman平均−分散
アルゴリズムに従って最適化のために必要な負の値への
ダウンレギュレートされた遺伝子の表示を可能にする。
それらの変換された比率を含んで成る予備処理されたデ
ータは、それが財政分析目的のために使用される場合、
Wagnerソフトウェアに通常使用されるリターン値の代わ
りに入力として使用される。
【0030】効果的境界が処方されると、最適化された
ポートフォリオが、前記境界上の点に対応する所定の入
力レベル(リターン)又は分散のために選択される。そ
れらの入力又は分散は、ポートフォリオを処方する個人
により設定される予定された標準である。換言すれば、
最適なポートフォリオを探究する個人は、許容できる入
力レベル(感染性の表示)又は所定レベルの分散(特異
性の表示)を決定し、そしてその入力レベル又は分散に
対応する効果的な境界にそって存在する遺伝子を選択す
る。Wagnerソフトウェアは、入力レベル又は分散が選択
される場合、そのような遺伝子選択することができる。
それはまた、それが株式ポートフォリオにおける株に関
してであるように、ポートフォリオにおける個々の遺伝
子に重量を割り当てることができる。
【0031】サンプルが、ポートフォリオが診断である
条件を有するかどうかの決定は、患者サンプルについて
のポートフォリオにおける遺伝子の発現と、ポートフォ
リオを確立するために使用される、示差的に発現された
遺伝子の計算された値とを比較することによって行われ
得る。好ましくは、ポートフォリオ値が、ポートフォリ
オにおける個々の遺伝子の、強度値のポートフォリオ選
択工程におけるその遺伝子に割り当てられる重量による
積を要約することによって、最初に生成される。次に、
境界値が、(Y*標準偏差+基線グループについてのポー
トフォリオ値の平均)により計算され、ここでYは上記X
と同じ意味を有する緊縮値である。次に、基線の種類の
境界値よりも高いポートフォリオ値を有するサンプル
が、その条件を有するものとして分類される。所望に
は、この工程は、信頼レベルを改良するための良く知ら
れている統計学的方法に従って、反復して行われ得る。
【0032】任意には、最良の予測正確度が得られるま
で、この工程を反復することができる。未知のもののポ
ートフォリオ選択及び特徴づけの工程は次の通りであ
る:
1.基線の種類を選択し:
2.基線の種類のサンプルンついての個々の遺伝子の平
均及び標準偏差を計算し;
3.個々の遺伝子について(X*標準偏差+平均)を計算
する。これは、すべての他のサンプルが比較される基線
読み取りである。Xは緊縮変数であり、高いX値は、低い
X値よりも緊縮性である。
4.個々の実験サンプル−対−段階3で計算された基線
読み取り間の比率を計算し;
【0033】5.1以下の比率が負であるように比率を
変換し(例えば、対数底10を用いて)。(ダウンレギュ
レートされた遺伝子が現在、MV最適化のために必要な負
の値を正確に有する);
6.それらの変換された比率が、ソフトフェアアプリケ
ーションに通常使用される有用なリターンの変わりに入
力として使用され;
7.前記ソフトウェアは、効果的な境界をプロットし、
そしてその効果的な境界にそってのいずれかの点での最
適化されたポートフォリオを戻し;
8.前記効果的な境界上の所望するリターン又は分散を
選択し;
9.ポートフォリオ選択アルゴリズムにより生成される
重量による、個々の遺伝子の強度値の積を要約すること
により、個々のサンプルについてのポートフォリオ値を
計算し;
【0034】10.(Y×基線のポートフォリオ値の標準
差)+平均ポートフォリオ値により境界値を計算する。
この境界値よりも大きな値は、実験種類として分類され
るであろう;
11.任意には、最良の予測正確度が得られるまで、この
工程を反復することができる。
他方では、遺伝子がまず、発現がいくらかの最少レベル
の分化を示すそれらの遺伝子を同定することによって予
備選択され得る。このもう1つの方法における予備選択
は、好ましくは下記式:
【0035】
【数1】
【0036】により与えられる限界に基づかれており、
ここでμiは疾病又は病状を有することが知られている
サブセットの平均であり、μnは正常サンプルのサブセ
ットの平均であり、そしてσi+σnは組合わされた標準
偏差を表す。シグナル:ノイズカットオフはまた、1つ
の関係、例えば下記式:
【0037】
【数2】
【0038】に従って、データを予備選択することによ
って使用され得る。これは、それらの差変調に基づいて
予備選択される遺伝子が臨床学的に有意な手段で識別さ
れることを確実にする。それは、診断パラメーターを測
定する仕事に適切な計測のノイズレベル以上である。そ
れらの基準に従っての予備選択された個々のマーカーに
関しては、縦列がサンプルを表し、横列がマーカーを表
し、そして個々の要素が、下記関係:
【0039】
【数3】
【0040】(ここでIは強度測定値である)に従って
のマーカーの発現についての標準化された強度測定値で
あるマトリックスが確立される。最適なポートフォリオ
を定義するために追加の境界条件を設定することがまた
可能である。例えば、ポートフォリオサイズは、固定さ
れた範囲又は多くのマーカーに制限され得る。これは、
データ予備選択基準をより厳重にすることにより(例え
ば、下記式:
【0041】
【数4】
【0042】の代わりに、下記式:
【数5】
【0043】を用いて)、又は特徴のプログラミング、
例えばポートフォリオサイズの制限を用いることにより
行われ得る。例えば、効果的境界が最適な10の遺伝子の
みから選択されるべき境界条件を定めることができる。
また、効果的境界を決定するために予備選択されたすべ
ての遺伝子を使用し、そして次に、選択された遺伝子の
数を制限することができる(例えば、10以下)。
【0044】ポートフォリオの選択方法はまた、帰納的
規則の適用を包含することができる。好ましくは、その
ような規則は、生物学、及び臨床学的結果を生成するた
めに使用される技術の理解に基づいて生成される。より
好ましくは、それらは、最適化された方法からの出力に
適用される。例えば、ポートフォリオ選択の平均分散方
法は、乳癌を有する対象において示差的に発現される多
くの遺伝子についてのマイクロアレイデータに適用され
得る。
【0045】前記方法からの出力は、末梢血液、及び疾
病の乳房組織において発現されるいくつかの遺伝子を包
含する最適化された遺伝子組である。試験方法に使用さ
れるサンプルが末梢血液から得られ、そして乳癌の場合
に示差的に発現される一定の遺伝子がまた、末梢血液に
おいて示差的に発現される場合、ポートフォリオが、末
梢血液において示差的に発現されるそれらの遺伝子を除
いて、効果的に境界から選択される帰納的規則が適用さ
れ得る。勿論、前記規則は、データ予備選択の間、前記
規則を適用することにより、効果的境界の形式の前、適
用され得る。
【0046】問題の生物学に必ずしも関連しない他の帰
納的規則が適用され得る。例えば、ポートフォリオの所
定の百分率のみが特定の遺伝子により表され得る規則を
適用することができる。市販のソフトウェア、例えばWa
gnerソフトウェアは、それらのタイプの帰納法を容易に
適応する。これは、例えば、正確度及び精度以外の因子
(例えば、予測される実施許諾料)が1又は複数の遺伝
子の所望性に影響を及ぼす場合、有用であり得る。
【0047】本発明の1つの方法は、上記のようにして
診断を行うために種々の遺伝子(又はポートフォリオ)
について遺伝子発現プロフィールを比較することを包含
する。ポートフォリオを含んで成る遺伝子の個々の遺伝
子発現プロフィールが、媒体、例えばコンピューター読
み取り媒体に固定される。これは、多くの形を取ること
ができる。例えば、疾病を示すシグナル(例えば、強度
測定値)の範囲が入力である表が確立され得る。実際の
患者のデータは、患者サンプルが正常であるか又は疾病
であるかどうかを決定するために、表における値に比較
され得る。より精巧な態様においては、発現シグナル
(例えば、蛍光強度)のパターンがデジタル的に又はグ
ラフ的に記録される。次に、患者サンプルと共に使用さ
れる遺伝子ポートフォリオからの遺伝子発現パターン
が、前記発現パターンに比較される。
【0048】次に、パターン比較ソフトウェアが、患者
サンプルが問題の疾病を示すパターンを有するかどうか
を決定するために使用され得る。もちろん、それらの比
較は、患者の結果が正常であるかどうかを決定するため
に使用され得る。次に、サンプルの発現プロフィール
が、正常又は対照細胞のポートフォリオに比較される。
サンプル発現パターンが結腸直腸癌のための発現パター
ンと一致する場合(対抗する医学的考慮の不在下で)、
患者結腸直腸癌について陽性として診断される。サンプ
ル発現パターンが正常/対照細胞からの発現パターンと
一致する場合、患者は結腸直腸癌について陰性として診
断される。
【0049】多くの良く知られたパターン認識方法が利
用できる。次の参照は、いくつかの例を提供する:
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cademy of Sciences of the USA 98: 15149-15154, 200
1;
【0051】K−隣接(K-nearest Neighbors)
Ramaswamy, S., Tamayo, P., Rifkin, R., Mukherjee,
S., Yeang, CH., Angelo, M., Ladd, C., Reich, M., L
atulippe, E., Mesirov, JP., Poggio, T., Gerald,
W., Loda, M., Lander, ES., Gould, TR. Multiclass c
ancer diagnosisusing tumor gene expression signatu
res Proceedings of the National Academy of Science
s of the USA 98: 15149-15154, 2001;
【0052】相関係数:van’t Veer LJ, Dai H, van d
e Vijver MJ, He YD, Hart AA, Mao M, Peterse HL, va
n der Kooy K, Marton MJ, Witteveen AT, Schreiber G
J, Kerkhoven RM, Roberts C, Linsley PS, Bemards R,
Friend SH. Gene expression profiling predicts cli
nical outcome of breast cancer. Nature. 2002 Jan 3
1: 415 (6871):530-6。
【0053】本発明の遺伝子発現プロフィールはまた、
癌診断、予後又は処理モニターリングにおいて有用な他
の非遺伝的診断方法と共に使用され得る。例えば、いく
つかの環境下では、上記の遺伝子発現に基づく方法の診
断力と、従来のマーカー、例えば血清タンパク質マーカ
ー(例えば、癌胚性抗原)からのデータとを組合すこと
は有益である。広範囲のそのようなマーカー、例えばCA
19-9, CA125, CK-BB及びグアニリルシクラーゼCのよう
な分析物が存在する。
【0054】1つのそのような方法においては、血液が
処理された患者から定期的に採血され、そして次に、上
記血清マーカーの1つについて酵素イムノアッセイにゆ
だねられる。マーカーの濃度が腫瘍の再発又は治療の失
敗を示す場合、遺伝子発現分析に敏感に反応するサンプ
ル源が採取される。疑いのある塊状物が存在する場合、
細い針状吸入物が採取され、そして次に、前記塊状物か
ら採取された細胞の遺伝子発現プロフィールが、上記の
ようにして分析される。他方では、組織サンプルが、腫
瘍が以前に除去されている組織に隣接する領域から採取
され得る。このアプロ−トは、他の試験が不明瞭である
場合、特に有用である。
【0055】遺伝子マーカーの使用と他の診断学との組
み合わせは、他の診断学の信頼性が疑わしい場合、最も
好ましい。例えば、CEAの血清レベルは、患者の癌状態
とは無関係な因子により実質的に影響され得ることが知
られている。結腸癌についての処理に続いてモニターさ
れる患者が通常のCEAアッセイの高められたレベルを示
す場合、組合せ遺伝子発現/CEAアッセイを行うことが有
益である。
【0056】本発明の製品は、疾病を処理し、診断し、
予後し、そして他方では、評価するために有用なポート
フォリオを製造する遺伝子発現プロフィールの表示を包
含する。それらの表示は、機械、例えばコンピューター
読み取り可能媒体(磁気、光学及び同様のもの)により
自動的に読み取られ得る媒体に変換される。製品はま
た、そのような媒体において遺伝子発現プロフィールを
評価するための使用説明書を包含することができる。例
えば、製品は、上記遺伝子のポートフォリオの遺伝子発
現プロフィールを比較するためのコンピューター使用説
明書を有するCD ROMを包含することができる。
【0057】製品はまた、そこにおいてデジタル記録さ
れる遺伝子発現プロフィールを有することができ、その
結果、それらは患者サンプルからの遺伝子発現データと
比較され得る。他方では、前記プロフィールは異なった
表示フォーマットで記録され得る。グラフの記録が1つ
のそのようなフォーマットである。クラスターリングア
ルゴリズム、例えば上記に言及される“GENSPRING”及
び“DISCOVER”コンピュータープログラムに組み込まれ
るそれらは、そのようなデータの可視化において最良に
助けることができる。
【0058】本発明の異なったタイプの製品は、遺伝子
発現プロフィールを示すために使用され、媒体又はフォ
ーマットされたアッセイである。それらは、例えば配列
補体又はプローブが、興味ある遺伝子を示す配列が結合
し、それらの存在を読み取ることができる決定因子を創
造するマトリックスに付加されるマイクロアレイを包含
することができる。他方では、本発明の製品は、結腸直
腸癌を検出するための興味ある遺伝子の発現レベルを示
す、ハイブリダイゼーション、増幅及びシグナル生成を
実施するための試薬キットに形成され得る。
【0059】本発明に従って製造されるキットは、遺伝
子発現プロフィールを決定するためのフォーマットされ
たアッセイを包含する。それらは、アッセイを行うため
に必要とされる材料、例えば試薬及び使用説明書のすべ
て又はいくつかを包含することができる。
【0060】本発明は、次の非制限的例によりさらに例
示される。
例:本発明に従って分析される遺伝子は、GenBankデー
タベースにおける遺伝子識別番号により同定される。そ
れらは典型的には、タンパク質又はペプチドの生成をコ
ードする十分な長さの核酸配列に関連する。当業者は、
十分な長さの配列の識別が分析観点から必要でないこと
を認識するであろう。すなわち、配列又はESTの一部
は、プローブがその対応する遺伝子についての遺伝子発
現を評価するために企画され得る、良く知られた原理に
従って選択され得る。
【0061】
【実施例】例1:サンプル取り扱い及びLCM:27種の新
鮮な凍結組織サンプルを、結腸直腸腫瘍についての手術
を受けた患者から採取した。それらのサンプルの19種は
結腸直腸悪性検体であり、そしてサンプルの8種は正常
結腸粘膜の検体であった。組織を、収穫の20〜30分以内
に液体窒素において凍結し、そしてその後、−80℃で貯
蔵した。レーザー捕獲のために、サンプルを切断し(6
μm)、そして1つの切片をガラススライド上に固定
し、そしてガラススライド上に固定されている第2切片
をフィルム(P.A.L.M.)上に固定した(Micro Slides C
olorfrost, VWR Scientific, Media, PA)。
【0062】ガラススライド上に固定された切片を、そ
の後、冷アセトンにおいて固定し、そしてMayer’s Hae
motoxylin (Sigma, St. Louis, MO) により染色した。
病理学者は、診断及び等級についてサンプルを分析し
た。臨床学的段階を、Dukes分類を用いて、付随する手
術病理学及び臨床学的報告から評価した。フィルム上に
固定された切片を、その後、100%エタノールにおいて
5分間、固定し、エオシン/100%エタノール(脱水され
たエタノール100ml中、エオシン100μg)において、1
分間、対比染色し、100%エタノールにより1度、すば
やくソーキングし、遊離染色物を除去し、そして10分
間、空気乾燥した。
【0063】結腸直腸腺癌は、2種が等級1、10種が等
級2、そして5種が等級3のものであった。1つの悪性
サンプルは、盲腸のカルチノイド腫瘍であり、そして1
つは転移性メラノーマ損傷であった。2種の腺癌サンプ
ルがムチンサブタイプを表し、そして1つはシグネット
細胞サブタイプを表した。腺癌のDuke段階はそれらを次
の通りに分割した:Dukes A: 2, Dukes B: 5, Dukes C:
7, Dukes D: 3。6種の腺癌は手術前に照射された。
【0064】LCMにおける使用の前、膜(LPC-MEMBRANE
PEN FOIL, 1.35μm No8100, P.A.L.M. GmbH Mikrolase
r Technologies, Bernried, Germany) 及びスライド
を、RNアーゼを破壊し、そしてフィルムへの組織サンプ
ルの結合を増強するために前処理した。手短に言及すれ
ば、スライドをDEP水により洗浄し、そしてフィルム
を、RNase AWAY (Molecular Bioproducts, Inc., San D
iego, CA) により洗浄し、そしてDEP水によりすすい
だ。
【0065】ガラススライド上へのフィルムの結合の
後、スライドを+120℃で8時間、焼き、TI−SAD(Diagn
ostic Products Corporation, Los Angleles, CA; DEP
水中、1:50、綿羊毛を通して濾過されている)により処
理し、そして+37℃で30分間インキュベートした。使用
の直前、10μlのアリコートのRNアーゼインヒビター溶
液(Rnasin Inhibitor 2500U=33U/μl N211A, Promega
GmbH, Mannheim, Germany, 0.15モルのNaCl, 10mモルの
トリス(pH8.0)、0.25mモルのジチオトレイトールを含
む凍結溶液400μl中、0.5μl)を、組織サンプルが固定
されるべきであるフィルム上に広げた。
【0066】フィルム上に固定された組織の切片を、LC
Mのために使用した。約2000の上皮細胞/サンプルを、PA
LM Robot-Microbeam技法(P.A.L.M. Mikrolaser Techno
logies, Carl Zeiss, Inc., Thornwood, NY)を用いて
捕獲し、vert 135顕微鏡(Carl Zeiss Jena GmbH, Jen
a, Germany)に結合した。正常粘膜における周囲の支
質、及び癌サンプルにおける時折の介在性支質成分を包
含した。捕獲された細胞を、100%エタノールを含む管
に入れ、そして-80℃で保存した。
【0067】例2:RNA抽出及び増幅:Zymo-Spinカラム
(Zymo Research, Orange, CA 92867)を用いて、LCM捕
獲されたサンプルから全RNAを抽出した。約2ngの全RNA
を、10μlの水に再懸濁し、そして2回のT7 RNAポリメ
ラーゼに基づく増幅を行い、約50μgの増幅されたRNAを
生成した。
【0068】例3:cDNAマイクロアレイ ハイブリダイ
ゼーション及び定量化:約20,000のヒトcDNAクローンか
ら成るcDNAマイクロアレイ組を用いて、サンプルを試験
した。約30種の植物遺伝子を、非特異的ハイブリダイゼ
ーションについての対照としてマイクロアレイ上にプリ
ントした。cy3−ラベルされたcDNAプローブを、LCM捕獲
された細胞のcDNA5μgから合成した。プローブを、Qiag
en’s Nucleotide Removal Columnsにより精製し、そし
て次に、14〜16時間、マイクロアレイにハイブリダイズ
した。スライドを、走査の前、洗浄し、そして空気乾燥
した。cDNAマイクロアレイを、cy3蛍光について走査
し、そしてImaGeneソフトウェア(Biodiscovery, Los A
ngeles, CA)を定量化のために使用した。個々のcDNAク
ローンに関して、4個の測定値を、二重スポットを用い
て得、そして二重アレイ及びその強度を平均した。
【0069】cDNAを、Generation III Micro-array Spo
tter (Molecular Dynamics) により、アミノシラン−被
覆されたスライド(Corning)上にプリントした。cDNA
をPCR増幅し、精製し(Qiagen PCR精製キット)、そし
て10MのNaSCNプリント用緩衝液と共に1:1で混合した。
ハイブリダイゼーションの前、マイクロアレイを、イソ
プロパノールにおいて室温で10分間インキュベートし
た。プローブを、95℃で2分間、室温で4分間インキュ
ベートし、そして次に、3個の複製スライドに適用し
た。カバーカラスを、DPX(Fluka)によりスライド上に
密封し、そして42℃で一晩インキュベートした。次に、
スライドを、1×SSC/0.2%SDS及び0.1×SSC/0.2%SDS
により55℃で5分間、洗浄し、0.1×SSCに浸漬し、そし
て乾燥し、その後、Gen III Array Scanner (Molecular
Dynamics) により走査した。個々のスポットについて
の蛍光強度を、AUTOGENEソフトウェア(Biodiscovery,
Los Angeles)により分析した。
【0070】チップ強度を直線的に標準化し、個々のチ
ップ上で100の値に等しい75%でその強度読み取りを行
った。チップ上のあらゆる遺伝子を、すべてのサンプル
上の遺伝子発現値読み取りのメジアンによりその遺伝子
についての強度読み取りを割り算することによって、そ
れ自体に標準化した。クラスター化の前、少なくとも1
つのサンプルにおける100又はそれ以上の強度読み取り
を有さなかった遺伝子を濾過し、類似性マトリックスに
対するバックグラウンド影響を制限した。6,225個の遺
伝子組を、クラスター化分析のために選択した。
【0071】段階的クラスター化を、負の変化について
のいずれの考慮を伴なわないで、同時に正の変化を遺伝
子と共にサンプルを一緒に分類する類似性の尺度として
の相互関係を用いて行った(Silicon Genitics, Sunnyv
ille, CA)。次に樹状図における主要ノードの個々を、
サンプルのサブグループとして考慮した。示差的に発現
された遺伝子を、正常グループに個々の腫瘍サブグルー
プを比較することによって同定した。選択は、下記式:
【0072】
【数6】
【0073】により与えられるシグナル:ノイズ測定限
界に基づかれ、ここでμiは腫瘍サブセットの平均であ
り、μnは正常サンプルのサブセットの平均であり、そ
してσi+σnは組合された標準偏差を表す。遺伝子の強
度読み取りの変動のグループ内係数は、対様比較に包含
される遺伝子に関して、0.33未満であった。正常グルー
プのメジアンに対する腫瘍グループのメジアンは、アッ
プレギュレーションに関して、2以上か又は2に等し
く、そしてダウン−レギュレーションに関しては、0.5
未満か、又は0.5に等しかった。遺伝子が基準のすべて
を満たす場合、それを選択した。すべての比較において
選択された遺伝子は、結腸直腸癌において一貫して異常
調節されるように思えた。統計学的有意性についてのp-
値を、不均等分散を想定するT−試験を用いて計算し
た。
【0074】クラスター化のための遺伝子組をまた、ソ
フトウェアーパッケージ(Partek,St Louis, MO)を用
いて、主成分分析(PCA)にゆだねた。次に、データ
を、縮小された3次元空間上に投影した。正常及び腫瘍
結腸直腸サンプルを、その投影された発現レベルにより
表した。大きなアップ−レギュレートされた示差を有す
る遺伝子の列挙を創造し、腫瘍サンプルと正常サンプル
との間を区別した。123種の遺伝子を、シグナル:ノイ
ズカットオフとして、下記式:
【0075】
【数7】
【0076】を用いることによって予備選択した。1.5
に等しいか又は1.5以上の比率は、アップーレギュレー
ションについての最少基準であった。遺伝子はまた、下
記式:
【0077】
【数8】
【0078】である場合、包含された。4種の遺伝子の
ポートフォリオを確立し、個々は腫瘍細胞と正常細胞と
の間に少なくとも3倍の発現示差を有した。結腸直腸癌
における示差的に発現された遺伝子。39種の遺伝子を、
正常な結腸粘膜に比較して、すべての腫瘍サンプルにお
いて示差的に発現した。それらのうち37種の遺伝子は、
分離物を除くすべての腫瘍において、有意にダウン−レ
ギュレートされた。それらのうち2種はアップ−レギュ
レートされた。遺伝子の識別を、マイクロアレイ上に配
列されたcDNAクローンを配列決定することによって確証
した。結果は表1及び表2に示される。
【0079】
【表1】
【0080】
【表2】
【0081】例4:結腸直腸についての最適化されたポ
ートフォリオ:平均−分散最適化アルゴリズムを用い
て、複数遺伝子に基づく特徴を生成し、ここで包含され
る遺伝子は正常サンプルと腫瘍サンプルとの間を区別す
るために組合して使用され得る。強度測定値を、例1−
3に記載されるサンプル及びマイクロアレイを用いて処
理した。分析されるべきデータをまず、腫瘍細胞と正常
細胞との間での予備−特定された5倍の示差に基づいて
予備選択した。次に、この基準に従って予備選択された
遺伝子からの発現データーを次の通りに使用した。
【0082】個々の遺伝子についての強度測定値の平均
及び標準偏差を、基線として非転移性サンプルを用いて
計算した。次に、X*(標準偏差+平均)の識別値を、個
々の基線遺伝子について計算した(ここでXは3の値を
割り当てられた)。この値を用いて、得られるポートフ
ォリオが緊縮であることを確証した。次に、識別値:基
腺値の比率を、個々の転移サンプルについて計算した。
次に、この比率を通常のアルゴリズムに変換した。次
に、このデータを、4種の遺伝子のポートフォリオが選
択される効果的境界を生成するWagnerソフトウェア中に
導入した。
【0083】前記組は、未知の配列、I型プロコラーゲ
ン、リボソームタンパク質L21の大きなサブユニット及
びフィブロネクチンを包含した。それらの遺伝子は、配
列番号42, 43, 44及び49として同定された(さらに下記
に同定される)。他方では、ポートフォリオを製造する
ために使用される遺伝子の組み合わせを用いて、結腸直
腸癌についての臨床学的決定を行うために有用である診
断情報を生成することができる。これは、ポートフォリ
オから選択された遺伝子の組み合わせが追加のマーカー
(遺伝子的であるか又はそうではない)と共に結合され
る場合、特に有益である。
【0084】最適化されたポートフォリオのために選択
された遺伝子:
>gi|1264443|gb|N92134.1|N92134 za23F09.r1 Soares胎
児 脾臓 1NFLS ホモ・サピエンスcDNAクローン IMA
GE: 293417 5’ gb|M87908|HUMALNE32ヒト癌細胞−由
来のAlu RNA転写体に類似する、(rRNA); gb:X57025_rn
a1 インシュリン−様成長因子IA受容体(ヒト)、
>gi|2221047|gb|AA490172.1|AA490172 ab06b08.s1 Soar
es胎児 網膜 937202ホモ・サピエンスcDNAクローン
IMAGE:83991 3’ gb:J03464 プロコラーゲンα2(I) 鎖
受容体(ヒト)に類似する、
【0085】>gi|2188918|gb|AA464034.1|AA464034 zx8
6b09. R1 Soares卵巣 腫瘍 NbHOTホモ・サピエンスcD
NAクローン IMAGE:810617 5’ SW:RL21_HUMAN P46778
60S リボソームタンパク質L21に類似する、
>gi|834491|gb|R62612.1|R62612 yi12d01.s1 Soares胎
盤 Nb2HP ホモ・サピエンスcDNAクローン IMAGE:13
9009 3’ gb:X02761_cds1 フィブロネクチン受容体(ヒ
ト)に類似する。
【0086】同じ方法ではない、異なった組の基準を用
いて、追加の4種の遺伝子ポートフォリオを、ソフトウ
ェアにより選択した。それらは、配列番号46, 47, 48及
び45である。2種の遺伝子は最初の4−遺伝子ポートフ
ォリオとオーバーラップする。それらの2種の最適化さ
れたポートフォリオはまた、6−遺伝子ポートフォリオ
を形成するために結合され得る。
【0087】最適化された遺伝子ポートフォリオ:
>gi|2114953|gb|AA431245.1|AA431245 zw78d06.r1 Soar
es_精巣_ NHT ホモ・サピエンスcDNAクローン IMAGE:
782315 5’ WP:F36H1.2 CE05814アンキリン様に類似す
る、
>gi|2156172|gb|AA443497.1|AA443497 zw34d03.s1 Soar
es卵巣 腫瘍 NbHOTホモ・サピエンスcDNAクローン I
MAGE:771173 、
>gi|2221047|gb|2|AA490172.1|AA490172 ab06b08.s1 So
ares胎児 網膜 937202 ホモ・サピエンスcDNAクローン
IMAGE:83991 3’ gb:J03464 プロコラーゲンα2(I)
鎖受容体(ヒト)に類似する、
>gi|1264443|gb|N92134.1|N92134 za23F09.r1 Soares胎
児 脾臓 1NFLS ホモ・サピエンスcDNAクローン IMA
GE: 293417 5’ gb|M87908|HUMALNE32ヒト癌細胞−由
来のAlu RNA転写体に類似する、(rRNA); gb:X57025_rn
a1 インシュリン−様成長因子IA受容体(ヒト)。
【配列表】
SEQUENCE LISTING
<110> Ortho-Clinical Diagnostics,Inc.
<120> ASSESSING COLORECTAL CANCER
<130> B035650
<140> 2003-094400
<141> 2003-03-21
<150> 60/368,798
<151> 2002-03-29
<160> 49
<170> PatentIn version 3.1
<210> 1
<211> 1500
<212> DNA
<213> human
<400> 1
atggcttcga ccaccacctg caccaggttc acggacgagt atcagctttt cgaggagctt 60
ggaaaggggg cattctcagt ggtgagaaga tgtatgaaaa ttcctactgg acaaggatat 120
gctgccaaaa ttatcaacac caaaaagctt tctgctaggg atcatcagaa actagaaaga 180
gaagctagaa tctgccgtct tttgaagcac cctaatattg tgcgacttca tgatagcata 240
tcagaagagg gctttcacta cttggtgttt gatttagtta ctggaggtga actgtttgaa 300
gacatagtgg caagagaata ctacagtgaa gctgatgcca gtcattgtat acagcagatt 360
ctagaaagtg ttaatcattg tcacctaaat ggcatagttc acagggacct gaagcctgag 420
aatttgcttt tagctagcaa atccaaggga gcagctgtga aattggcaga ctttggctta 480
gccatagaag ttcaagggga ccagcaggcg tggtttggtt ttgctggcac acctggatat 540
ctttctccag aagttttacg taaagatcct tatggaaagc cagtggatat gtgggcatgt 600
ggtgtcattc tctatattct acttgtgggg tatccaccct tctgggatga agaccaacac 660
agactctatc agcagatcaa ggctggagct tatgattttc catcaccaga atgggacacg 720
gtgactcctg aagccaaaga cctcatcaat aaaatgctta ctatcaaccc tgccaaacgc 780
atcacagcct cagaggcact gaagcaccca tggatctgtc aacgttctac tgttgcttcc 840
atgatgcaca gacaggagac tgtagactgc ttgaagaaat ttaatgctag aagaaaacta 900
aagggtgcca tcttgacaac tatgctggct acaaggaatt tctcagcagc caagagtttg 960
ttgaagaaac cagatggagt aaaggagtca actgagagtt caaatacaac aattgaggat 1020
gaagatgtga aagcacgaaa gcaagagatt atcaaagtca ctgaacaact gatcgaagct 1080
atcaacaatg gggactttga agcctacaca aaaatctgtg acccaggcct tactgctttt 1140
gaacctgaag ctttgggtaa tttagtggaa gggatggatt ttcaccgatt ctactttgaa 1200
aatgctttgt ccaaaagcaa taaaccaatc cacactatta ttctaaaccc tcatgtacat 1260
ctggtagggg atgatgccgc ctgcatagca tatattaggc tcacacagta catggatggc 1320
agtggaatgc caaagacaat gcagtcagaa gagactcgtg tgtggcaccg ccgggatgga 1380
aagtggcaga atgttcattt tcatcgctcg gggtcaccaa cagtacccat caagccaccc 1440
tgtattccaa atgggaaaga aaacttctca ggaggcacct ctttgtggca aaacatctga 1500
<210> 2
<211> 5761
<212> DNA
<213> human
<400> 2
cacaccgcag tatgcggtgc cctttactct gagctgcgca gccggccggc cggcgctggt 60
tgaacagact gccgctgtac tggcgtggcc tggagggact cagcaaattc tcctgccttc 120
aacttggcaa cagttgcctg gggtagctct acacaactct gtccagccca cagcaatgat 180
tccagaggcc atggggagtg gacagcagct agctgactgg aggaatgccc actctcatgg 240
caaccagtac agcactatca tgcagcagcc atccttgctg actaaccatg tgacattggc 300
cactgctcag cctctgaatg ttggtgttgc ccatgttgtc agacaacaac aatccagttc 360
cctcccttcg aagaagaata agcagtcagc tccagtctct tccaagtcct ctctagatgt 420
tctgccttcc caagtctatt ctctggttgg gagcagtccc ctccgcacca catcttctta 480
taattccttg gtccctgtcc aagatcagca tcagcccatc atcattccag atactcccag 540
ccctcctgtg agtgtcatca ctatccgaag tgacactgat gaggaagagg acaacaaata 600
caagcccagt agctctggac tgaagccaag gtctaatgtc atcagttatg tcactgtcaa 660
tgattctcca gactctgact cttctttgag cagcccttat tccactgata ccctgagtgc 720
tctccgaggc aatagtggat ccgttttgga ggggcctggc agagttgtgg cagatggcac 780
tggcacccgc actatcattg tgcctccact gaaaactcag cttggtgact gcactgtagc 840
aacccaggcc tcaggtctcc tgagcaataa gactaagcca gtcgcttcag tgagtgggca 900
gtcatctgga tgctgtatca cccccacagg gtatcgagct caacgcgggg ggaccagtgc 960
agcacaacca ctcaatctta gccagaacca gcagtcatcg gcggctccaa cctcacagga 1020
gagaagcagc aacccagccc cccgcaggca gcaggcgttt gtggcccctc tctcccaagc 1080
cccctacacc ttccagcatg gcagcccgct acactcgaca gggcacccac accttgcccc 1140
ggcccctgct cacctgccaa gccaggctca tctgtatacg tatgctgccc cgacttctgc 1200
tgctgcactg ggctcaacca gctccattgc tcatcttttc tccccacagg gttcctcaag 1260
gcatgctgca gcctatacca ctcaccctag cactttggtg caccaggtcc ctgtcagtgt 1320
tgggcccagc ctcctcactt ctgccagcgt ggcccctgct cagtaccaac accagtttgc 1380
cacccaatcc tacattgggt cttcccgagg ctcaacaatt tacactggat acccgctgag 1440
tcctaccaag atcagccagt attcctactt atagttggtg agcatgaggg aggaggaatc 1500
atggctacct tctcctggcc ctgcgttctt aatattgggc tatggagaga tcctccttta 1560
ccctcttgaa atttcttagc cagcaacttg ttctgcaggg gcccactgaa gcagaaggtt 1620
tttctctggg ggaacctgtc tcagtgttga ctgcattgtt gtagtcttcc caaagtttgc 1680
cctattttta aattcattat ttttgtgaca gtaattttgg tacttggaag agttcagatg 1740
cccatcttct gcagttacca aggaagagag attgttctga agttaccctc tgaaaaatat 1800
tttgtctctc tgacttgatt tctataaatg cttttaaaaa caagtgaagc ccctctttat 1860
ttcattttgt gttattgtga ttgctggtca ggaaaaatgc tgatagaagg agttgaaatc 1920
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ctactaaagt cattagtctt taatacataa tacatatttg aaaagtaaac atattatata 4740
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<223> any kind of base
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tcagtcactc tttcaccctg ccaaagcttc actgtcctac tgattgaatt gtatgtgaga 60
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ccacatatag agaaaacaat taggcaatta aacgatcagc taatatcaag aaaaggtttg 1200
agtcgatctc tattttctgc aactaaaaaa tggtttagtg gcagtaaagt tccagaaaag 1260
agcattaatg acctgaaaaa tacatctggc ttgctgtatc ctccggaagc accagaactt 1320
caaatcagga aaatggctga cttatgtttt ttggtgcagc attatgattt ggcttacagt 1380
tgctatcata ctgcaaagaa agattttctt aatgatcaag caatgcttta tgcagctggt 1440
gccttggaaa tggcagcagt gtctgctttt cttcaaccag gagcacctag gccatatcct 1500
gctcattaca tggatacagc aattcagaca tacagagata tctgcaagaa tatggtgttg 1560
gctgaaagat gtgtgttgct tagtgctgaa cttttaaaaa gccaaagcaa atattcagag 1620
gctgcagctc tcctaatacg gttgaccagt gaggattctg atcttcgaag tgcacttctt 1680
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tttcatatga tattggcagg ccatcgattt agtaaagcag ggcagaaaaa gcatgcttta 1800
cgctgttatt gtcaagccat gcaagtttac aaaggaaaag gctggtctct tgcagaggat 1860
cacattaatt tcactattgg gcgccagtcc tatactctta gacagctgga taatgctgtg 1920
tctgctttta ggcatattct aattaatgaa agtaaacaat ctgctgctca acagggggct 1980
ttcctcagag aatatcttta tgtttacaag aatgtaagtc agctgtcacc agatggtcct 2040
ttgccacagc ttcctttacc gtatattaac agttcagcaa cacgggtttt ttttggccat 2100
gacagacgac cagcggatgg tgaaaaacaa gcagctactc atgtaagtct tgatcaagaa 2160
tatgattctg aatcctctca gcagtggcga gaacttgagg aacaagttgt ttctgtggtt 2220
aacaaaggag taattccatc caattttcat cccacacaat actgtttgaa cagttactca 2280
gataattcaa gatttccact tgcagttgta gaagaaccaa ttacagtgga agtggctttt 2340
agaaaccctt tgaaagttct acttttgttg actgatttgt cattgctttg gaagtttcat 2400
cctaaagatt tcagtggaaa ggataatgaa gaagttaaac aactagttac aagtgaacct 2460
gaaatgattg gagctgaagt tatttcagag ttcttaatta atggcgaaga atcaaaagtg 2520
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aatcttggca ctattcaggg ctctatgaca gtagatggca ttggtgctct tcccggatgt 2640
cacacaggaa aatattcctt gagtatgtca gtccgaggga agcaggattt agaaattcaa 2700
ggtcctcgac ttaacaacac aaaagaagag aaaacatctg ttaaatatgg ccctgatcga 2760
cgtttagatc ccataatcac agaagaaatg ccactgttgg aggtgttctt tatacatttt 2820
cctacagggc ttctctgtgg agaaatccga aaagcatatg tagaatttgt caatgtcagc 2880
aaatgtccac ttactggatt gaaggttgtt tctaaacgtc cagagttctt tactttcggt 2940
ggtaatactg ctgttctaac accactaagt ccctcagctt ctgagaattg tagtgcttac 3000
aagactgttg tgacagatgc tacctctgtg tgtacagcac tcatatcatc agcttcttct 3060
gtagactttg gcattggcac aggaagtcaa ccagaggtga ttcctgttcc ccttcctgac 3120
actgttcttc tacccggagc ctcagtgcag ctgccaatgt ggttacgtgg gcctgatgaa 3180
gaaggtgtcc atgaaattaa ctttttgttt tactatgaaa gtgtcaaaaa gcagccaaaa 3240
atacggcaca gaatattaag acacactgca attatttgta ccagtcggtc tttaaatgta 3300
cgggccactg tctgcagaag taattctctt gaaaatgaag aaggcagagg aggcaatatg 3360
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atagtgcaag tatcaagtag tagcaaacac tggaagttac agaaatctgt aaatctttct 3480
gaaaacaaag atgccaaact tgccagtagg gagaagggaa agttttgctt taaggcaata 3540
agatgtgaga aagaagaagc ggccacacag tcctctgaaa aatatacctt tgcagatatc 3600
atctttggaa atgaacagat aataagttca gcaagcccat gtgcagactt cttttatcga 3660
agtttatctt ctgaattgaa aaaaccacaa gctcacttgc ctgtgcatac agaaaaacag 3720
tcaacagagg atgctgtgag attgattcaa aaatgcagtg aggtagattt gaatattgtc 3780
atattatgga aggcatacgt tgtggaagac agtaaacagc ttattttgga aggtcaacat 3840
catgttattc ttcgcactat aggaaaagaa gccttttcat atcctcagaa acaggagcca 3900
ccagaaatgg aactattgaa atttttcagg ccagaaaaca ttacagtttc ctcaaggcca 3960
tcagtagagc agctttctag tctcattaaa acgagtcttc actacccaga atcatttaat 4020
catccatttc atcaaaaaag cctttgttta gtaccagtca ctcttttact ttccaattgt 4080
tctaaggctg atgtagatgt catagttgat cttcggcata aaacaacaag tccagaagca 4140
ctggaaatcc atggatcatt cacatggctt ggacaaacac agtataaact tcaacttaaa 4200
agccaggaga ttcacagtct gcagctgaaa gcatgctttg ttcatacagg tgtttataac 4260
cttggaactc ctagggtatt tgccaagtta tcggaccaag ttacagtgtt tgaaacaagt 4320
cagcagaatt ccatgcctgc cctgatcatc atcagtaatg tgtgacaact tggaaatttg 4380
tactgaaatc cacaataatc agtttttgct ggatgggttt tacagcagta tttgatatac 4440
ctaacttgtt atggaggttg attgatatct gatccctgca aaatactttg acttgtcatt 4500
ttgttgatga tgcaaagcac gttggactga gaatacttaa cattcttttt ctgtatttct 4560
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tattaagccc catcttaaga aaacacaaag tctaagtctg ctgttacaac ttgtcaatgg 4680
tatacgaata ttaggagatg attctgagaa aggaaaggcc ttgttggcag tactcctgtt 4740
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ttttcctgtc ttgcttcaca cagttcctta aaatcagttt tgaactttgg tcatagagtc 4860
ttcatatttc agtatttggt ggtccctatg acttatacat aactttgt 4908
<210> 17
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<212> DNA
<213> human
<220>
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<222> (30)..(30)
<223> any kind of base
<220>
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<220>
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<220>
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<223> any kind of base
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<220>
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<223> any kind of base
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ggtagaaatg attgtgatgt acaaattttn tattttgatc atacttaana agacagagca 60
gactcacatt cattnncnna atagtatcac tgtacacata gcgaatttnt ggcgctttta 120
gattgctctg aaaatnnctg aagagttgnc catagcagcc tggtaagcct tttcctttcc 180
cccaaagctc tcctgccctt tgcagaaaga ctgttggtga caactgntgc taactnaata 240
gcatgnggtt gaacttcgcc aaaatccttc cacctcctcc catagggcaa caggggtgac 300
ttgggcttaa agggcattga gtaagcaagt aggttatcag anaacagagg gaagattcca 360
ttntagataa tttccaaata ttacaattng tggaactcag agttcaactg ctcagttcct 420
tcttcngctg accct 435
<210> 18
<211> 2224
<212> DNA
<213> human
<400> 18
ctttagatct gtgcagcctt tgcgtgccaa acttgtgaaa ttccttttac cttttttgga 60
gtacttgcta taaagccacc tgtcaacaaa cccccattat gtacagaata ggacctatcc 120
agtagccagg ccagtaggca gttggggaag gtgggaagga tccagcgagg cccctgagcc 180
tgcacctgga caggtgtacg tctgcaccca tcaccctcag caccaggcca ccctgcagtc 240
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ccacctcaaa tgacaataaa aaactggtcc aacgaagaca ctgctcagca cttcagccat 480
caggactaat ccatcgatga ctggaaaaga ggctagcttt gaggaaaaca gcctgggctc 540
ttgggagcag agtccagtgg gtgtgaggct gacttgccga cggtcggcag gtaatggctc 600
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ggtgcctgtt tggtggcagc ttcagcctag ggatacctga agctgttgag caacaccttt 720
atgaaatgtt gccagagcag caacacttcc ctgtgggcac agccccggga aatccggtac 780
caagtgagca aggtggcagg acccacccaa gcctgatacg catctgggcc cgccgggctc 840
agcaggggag gctgctacgg ctgcccactt cccagcaccg tctgtcaggc ttgaacccct 900
ctgtgctgtt cccttcctgg ctaataggga gacccttcgc aggcacccac tgtttcaact 960
tgaccctccc accccctgct actctcctcc acacacccct ccgttccgct agcctaccct 1020
gtcagccttt caataaaagt tatgcacaaa tgtgaacacc tgagatggag ctgaacattt 1080
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ccaagagaaa caggaaaaag gttacatgtt tttgtttact gagagtaaga tcacctgcat 1200
ctggaagacg ggctggtaaa ttggtttggc tacagaacag aaagaaaaca aaaacaaacc 1260
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aactgcaagt gccgtaagtg ggcctgtgac gtcacaccgc ccggcccgag gtatcgcatg 1380
tgcgggggag gcccacacta cagctgtcct ctcgtctaga aggcaccacc tcgctttcat 1440
gtcccgtgtg ttttggaaaa gcagtatggt gtgtcatgtc tagcggcgaa cacttccctc 1500
cctctgtcct tgaggttgta atataaaaac tgtgtttctg tacgtgtggg tgggaattct 1560
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gaaataaaaa cgttgcccca ttaacagatt tcctctggaa tgtcttccct acctcacctg 1740
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<212> DNA
<213> human
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gttgtttaaa agcaaggcat gcttgtggat gactctgtaa cagactaatt ggaattgttg 60
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cagctgaaga cctgttatgt agaggaaata cgaggggtgg tgctagaaga cagacatctg 720
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acacaattcc taccaataat aaatcgatca actctatcta ttcaggaaag caggaagcat 1200
ttggaccaca gtgcatgaaa acttcaacat tctgttatta gataatgaat caaccaaatg 1260
aacaatccag agaaaagaaa attgcaataa taaaaggtaa attaacagaa agataatata 1320
agcaagatag taatagttga ccattctgaa aagcttataa catcactcat catccagcat 1380
cctttctgaa aacaaaggat ttttaaatca ctttatgcac atatacaaca taggaggttg 1440
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aaatgaccat tgtgtcttaa tttagattat gaataccaca ttagtcaggt atttgcacta 1560
acccttaata gtatatacag tttctatgga aaattcagtg gtccaaaaat ttccgtagaa 1620
tttgagagga cgttggtggg ctgaagatag ctccttgagg gtcactgatg taggctgcaa 1680
tgggggttca caaggccctg acaccgtatt tatagtctaa cctttttatg aaaatctgac 1740
tacagctatt taaggagtag tcttaatagc tgaaaatgaa gatagagaaa gacaccaaga 1800
atatgacaca gtttacattc tagtgaggga cacaacaaaa tcaaatttaa aaaagagtgt 1860
aatagatgct gataaatact gtagataaag cacataagaa aatagaaata aaggctgtca 1920
atggagaagt catgattttt attttattta tttatttatt tatttgagac agagtcaggc 1980
tctgtgcagg ctggagtgca atggtgtgat ctcgctcact acaacctctg ctcctggctc 2040
aagctatcct cccacctcag ctctcaagta gctgggatca caggtgcgtg ctaccatgcc 2100
cggctaattt tttgtagaga tgaggttttg ccatgttgcc caggctggtc tcgaactcct 2160
ggactcaact gaccccacct cggcctctca aagtgctgag attataggcg tgcagccggc 2220
agctggccat tgtttatgtt ctgc 2244
<210> 20
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<212> DNA
<213> human
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<221> misc_feature
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<223> any kind of base
<220>
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<220>
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<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (220)..(220)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (276)..(276)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (300)..(300)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
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<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
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<223> any kind of base
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tctacttcca catcggcgag accgagaagc gctgtttcat cgaggaaatc cccgacgaga 60
cnatggtcat cggcaactat cgtacccaga tgtgggataa gcagaaggag gtcttcctgc 120
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atcaaatctg tctgcactcc aattcttacc aggatngctc tctttcgctg gtgggcaaan 300
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<212> DNA
<213> human
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accttccaac ccagccctcg gctgagccgc gccgcaccat gcccgccgtg gacaagctcc 60
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ccgttgcaga catggttcaa agcattcagg tagaactgga accgaggcgg aaaagatgcg 780
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tattaatttg ggaaaagaaa ttattgaggt tcagaaggat ccagaagcac tggctcaatt 1920
aatgctgtcc ataccactaa ccaatgatgg aaaatatgta ctgttaaacg atcaaccaga 1980
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gacatacagg cacactgacc tgatttccga aggctgacaa tcgtttgtgg aatgtaatct 2160
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catctacaat gttattttag gtgctttgtg gtaagtcttt tttcttagat tgcgctaaaa 2280
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tttaagtgcc tgtcgttctg aaaattgtgt atttataatt cagcttatct cataattgga 2520
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<210> 22
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<212> DNA
<213> human
<400> 22
agcatctcag gccatcatcc tgaaacttgg cagccttcgt ggagtataag gacagcatta 60
ttagccatca ttgggtttac tgccaacaaa aggagaggga gccataggtt ctctagatta 120
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tgatatacct acaacattcc agggtgctac ggccagtaca tcgtacggac tccagaattc 420
ctcagcagca tcctttcatc aacctaccca acctgtagct aagaatacct ccatgagccc 480
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catcctgact ttggcattgg cagctcttat attccgacga atatatctgg caaacgaata 660
catatttgac tttgagttat aatatggttt tgtgacttat gagctgtgac tcaactgctt 720
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<210> 23
<211> 3473
<212> DNA
<213> human
<400> 23
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<220>
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ttagattatt ttcaatttat tattcagaat aaatatatct tttttcttta acttctcaaa 60
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<212> DNA
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cgaacaatac aattaaaagc actaaagatt attatattaa ttcaactttg atctgatata 1440
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atactttgaa tcaataaaac cattagtcta caaatcaaat tgtgaactta atctctagaa 1560
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<212> DNA
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<222> (261)..(261)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (237)..(237)
<223> any kind of base
<400> 26
tcaagtcata agataaagtt taatcatttg atcatgttaa aagacacaaa acacagccaa 60
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cacttaaacg tccttttcac ctagaaatca ttaaatccac agatcaacaa taaaaccaat 180
tctctgcatt taccacttca agatacaatt gttctatttt aaagataaca caaactncac 240
tagtctggtt aggaatttat ntgcattata catatattat 280
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<212> DNA
<213> human
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cgaaccccca cagctggagg gcgaggccag ctgtacccgg ccccagtgcc ctttcgcggc 60
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cgatacacag tggagttccc aggccttgtt tgcaggaagc cgactgtaaa gacagcccca 1560
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gcttcaaaat aagtcacgaa cacaaattct ttgtaaatta tgtaaattcc tgtttatata 1680
aattggcaac aacttatacc gtctgacagt tcaaaatctc tttcagctgc gctcttccca 1740
ccgagccgag cttactgtga gtgtggagat gttatcccac catgtaaagt cgcctgcgca 1800
ggggagggct gcccatctcc ccaacccagt cacagagaga taggaaacgg catttgagtg 1860
ggtgtccagg gccccgtaga gagacattta agatggtgta tgacagagca ttggccttga 1920
ccaaatgtta aatcctctgt gtgtatttca taagttatta caggtataaa agtgatgacc 1980
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tccacggttc tgtgcagcta ttacaattca gccctgacga cagcagtggt tggagccatc 600
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agctaaagag tctgcagcag gattggagac tgacttgtga ctgcgggctg ggggggcatt 840
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gctggtttcc cagaagattc tgagccaatc agtatttcgc atggcaacta tacaaaacag 360
tatccggtgt ttgtgggcca caagccagga cggaacacca cacagaggca caggctggac 420
atccagatga ttatgatcat gaacggaacc ctctacattg ctgctaggga ccatatttat 480
actgttgata tagacacatc acacacggaa gaaatttatt gtagcaaaaa actgacatgg 540
aaatctagac aggccgatgt agacacatgc agaatgaagg gaaaacataa ggatgagtgc 600
cacaacttta ttaaagttct tctaaagaaa aacgatgatg cattgtttgt ctgtggaact 660
aatgccttca acccttcctg cagaaactat aagatggata cattggaacc attcggggat 720
gaattcagcg gaatggccag atgcccatat gatgccaaac atgccaacgt tgcactgttt 780
gcagatggaa aactatactc agccacagtg actgacttcc ttgccattga cgcagtcatt 840
taccggagtc ttggagaaag ccctaccctg cggaccgtca agcacgattc aaaatggttg 900
aaagaaccat actttgttca agccgtggat tacggagatt atatctactt cttcttcagg 960
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<212> DNA
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<220>
<221> misc_feature
<222> (351)..(351)
<223> any kind of base
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<212> DNA
<213> human
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<221> misc_feature
<222> (361)..(361)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (362)..(362)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (363)..(363)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (401)..(401)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (428)..(428)
<223> any kind of base
<400> 42
ctttttatat ttattttcat cgctacacaa acatttttta ggagtttgat tctacctcca 60
ttttggttag atatacaaac tctaccccat gagggantgt atggtgtatt tctagattta 120
gcaacaattt tcttgaaaaa tgtacaatac tatagaaaaa tgaagatagt aaataccagg 180
tataagttaa taacagtgtt tcttttgttc agtaataatg aactgtgtac tagcactgaa 240
ctttaggccc tcctatttgc gtattttctg tttgtatatt tttaaataga ggaattgtga 300
ttataatatt attattttgg aatatcctaa atcataaatt caaaacntna tttagttttt 360
nnnttttttt tttaagatgg agtcccgctt tgtcccaggc nggagtgcag tggcatgatc 420
tcagctcnct g 431
<210> 43
<211> 669
<212> DNA
<213> human
<220>
<221> misc_feature
<222> (641)..(641)
<223> any kind of base
<400> 43
ttcttttgga aaaccaaaca tgctttattt catttttttc acaatttatt taaacatctc 60
acatatacaa aataggtaca atttaatttt tctgcttgcc caagaaacaa agcttctgtg 120
gaaccatgga agaagatgaa aatgagactg gcaaagaaca aatgctgaat ctgaagaaga 180
ggacaacttt gggcaaataa tctgcatact tttaattggg aataagatgg aaaatatgaa 240
tgctaaatca aattttttaa aaaatacacc acacgataca actcaataca ggagtatttc 300
ttctcaaatt cttctagcac catcaacatt cttcaagtat ctgaaatact attaattagc 360
acctttgtat tatgaacaaa acaaaacaag gacctcagtt catctctgtc taggtcagca 420
cctaacaatg tggatcacac tcatgggaaa gtgttttgag gtagtttaaa cctttggaag 480
tttgggtttt aaacttccct ctgtggaaga tattcaaaag ccacaagtgg tgcaaatgtt 540
tatggttttt atttttcaat ttttattttg gttttcttac aaaggttgac atttttcata 600
acaggtgtaa gagtgttgaa aaaaaaattt caatttttgg ngggaacggg ggaaggagtt 660
aatgaaact 669
<210> 44
<211> 287
<212> DNA
<213> human
<400> 44
gccggagagt ctacaatgtt acccagcatg ctgttggcat tgttgtaaac aaacaagtta 60
agggcaagat tcttgccaag agaattaatg tgcgtattga gcacattaag cactctaaga 120
gccgagatag cttcctgaaa cgtgtgaagg aaaatgatca gaaaaagaaa gaagccaaag 180
agaaaggtac ctgggttcaa ctaaagcgcc acgctgctcc acccagagaa gcacactttg 240
tgagaaccaa tgggaaggag cctgagctgc tggaacctat tccctat 287
<210> 45
<211> 383
<212> DNA
<213> human
<220>
<221> misc_feature
<222> (147)..(147)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (309)..(309)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (349)..(349)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (365)..(365)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (372)..(372)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (380)..(380)
<223> any kind of base
<400> 45
ggaacggaaa aggagaattc aagtgtgacc ctcatgaggc aacgtgttat gatgatggga 60
agacatacca cgtaggagaa cagtggcaga aggaatatct cggtgccatt tgctcctgca 120
catgctttgg aggccagcgg ggctcgnctt gtgacaactg ccgcagacct ggggggtgaa 180
cccagtcccg aaggcactac tggccagtcc tacaaccagt attcttcaga gataccattc 240
agagaacaaa cactaatgtt taatttgccc aatttgagtg cttcatgcct tttaggatgt 300
tacaggctng acagagaagg ttttcccgag gagttaaatc atctttttnc catttcccga 360
ggggncaagg cntgtttttn ttt 383
<210> 46
<211> 523
<212> DNA
<213> human
<400> 46
cagaggggca gggcggacgg ctaggagttc aagaaacatc ctggtctgag ggaaaggctg 60
cagctgcacc gccatgaata agcttttcag cttctggaag aggaagaatg agacccgcag 120
ccagggctac aaccttcgag aaaaggattt aaagaaactt cacagagctg cttcagtcgg 180
ggatttgaag aagctgaagg aataccttca gatcaagaaa tatgatgtaa atatgcagga 240
ctatgaatac agaacacctt tgcacctagc ctgtgctaat ggacatacag atgttgtact 300
tttcctaatt gagcaacaat gcaagataaa tgtccgggat agtgaaaaca aatccccatt 360
gattaaggca gtacagtgtc aaaatgagga ttgtgctact attctgctaa actttggtgc 420
agacccagat ctgagggata ttcgttataa tactgttctt cactatgctg tttgtggtca 480
aagtttgtca ttagttgaaa aactgcttga atacgaagct gat 523
<210> 47
<211> 390
<212> DNA
<213> human
<400> 47
tccaaggtca tggcaaaaca tctgaagttc atcgccagga ctgtgatggt acaggaaggg 60
aacgtggaaa gcgcatacag gaccctaaac agaatcctca ctatggatgg gctcattgag 120
gacattaagc atcggcggta ttatgagaag ccatgccgcc gcgacagagg gaaagctatg 180
aaaggtgccg gcggatctac aacatggaaa tggctcgcaa gatcaacttc ttgatgcgaa 240
agaatcgggc agatccgtgg cagggctgct gaggcctgtg ggtgggacac cagtgcgaaa 300
ccctcatcca gttttctctc catctctttt ctttgtacaa tcccatttcc tattaccatt 360
ctctgcaata aactcaaatc acatgtctgc 390
<210> 48
<211> 669
<212> DNA
<213> human
<220>
<221> misc_feature
<222> (641)..(641)
<223> any kind of base
<400> 48
ttcttttgga aaaccaaaca tgctttattt catttttttc acaatttatt taaacatctc 60
acatatacaa aataggtaca atttaatttt tctgcttgcc caagaaacaa agcttctgtg 120
gaaccatgga agaagatgaa aatgagactg gcaaagaaca aatgctgaat ctgaagaaga 180
ggacaacttt gggcaaataa tctgcatact tttaattggg aataagatgg aaaatatgaa 240
tgctaaatca aattttttaa aaaatacacc acacgataca actcaataca ggagtatttc 300
ttctcaaatt cttctagcac catcaacatt cttcaagtat ctgaaatact attaattagc 360
acctttgtat tatgaacaaa acaaaacaag gacctcagtt catctctgtc taggtcagca 420
cctaacaatg tggatcacac tcatgggaaa gtgttttgag gtagtttaaa cctttggaag 480
tttgggtttt aaacttccct ctgtggaaga tattcaaaag ccacaagtgg tgcaaatgtt 540
tatggttttt atttttcaat ttttattttg gttttcttac aaaggttgac atttttcata 600
acaggtgtaa gagtgttgaa aaaaaaattt caatttttgg ngggaacggg ggaaggagtt 660
aatgaaact 669
<210> 49
<211> 431
<212> DNA
<213> human
<220>
<221> misc_feature
<222> (97)..(97)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (347)..(347)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (349)..(349)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (361)..(361)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (362)..(362)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (363)..(363)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (401)..(401)
<223> any kind of base
<220>
<221> misc_feature
<222> (428)..(428)
<223> any kind of base
<400> 49
ctttttatat ttattttcat cgctacacaa acatttttta ggagtttgat tctacctcca 60
ttttggttag atatacaaac tctaccccat gagggantgt atggtgtatt tctagattta 120
gcaacaattt tcttgaaaaa tgtacaatac tatagaaaaa tgaagatagt aaataccagg 180
tataagttaa taacagtgtt tcttttgttc agtaataatg aactgtgtac tagcactgaa 240
ctttaggccc tcctatttgc gtattttctg tttgtatatt tttaaataga ggaattgtga 300
ttataatatt attattttgg aatatcctaa atcataaatt caaaacntna tttagttttt 360
nnnttttttt tttaagatgg agtcccgctt tgtcccaggc nggagtgcag tggcatgatc 420
tcagctcnct g 431
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(51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考)
G01N 37/00 102 C12N 15/00 ZNAA
Fターム(参考) 4B024 AA11 CA04 HA14 HA15
4B063 QA01 QA19 QQ08 QQ38 QQ42
QR32 QR48 QR51 QR56 QR82
QS33 QS34 QS36 QX02