JP2009153522A - 結腸直腸癌の評価 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】結腸直腸癌の存在又は不在、又は結腸直腸癌を有すると思われる個人の同様の状態を評価するための方法は、遺伝子群の発現を分析することによって行われる。種々の媒体、例えばマイクロアレイにおける遺伝子発現プロフィールは、それらを含むキットとして包含される。
【選択図】なし
Description
結腸直腸癌は、次の3種の主要分子機構を通して出現すると思われる腫瘍から成る異種疾患である:1)染色体不安定性と組合される、腺腫様結腸ポリポーシス(APC)遺伝子、又はβ−カテニン遺伝子における突然変異、2)マイクロサテライト不安定性と連結される、DNAミスマッチ修復遺伝子、例えばMLH1, MSH2, PMS1, PMS2及びMSH6における突然変異、及び短い反復体を含む遺伝子における突然変異、及び3)腫瘍サプレッサー遺伝子のプロモーター領域の過メチル化により誘発される遺伝子サイレンシング。
本発明は、結腸直腸癌の存在又は不在、又は結腸直腸癌を有すると思われる個人の適切な状態の評価方法に関する。この方法においては、患者サンプルの遺伝子発現プロフィールが、患者が結腸直腸癌を有するかどうか、患者が結腸直腸癌を有さないかどうか、患者が結腸直腸癌を得ようとしているかどうか、又は結腸直腸癌を処理される患者の処理に対する応答を決定するために分析される。
遺伝子発現プロフィールを同定するために使用される製品はまた、遺伝子発現を捕獲し、そして/又はその存在、不在又は程度を示すための基質又は表面、例えばマイクロアレイを包含することができる。
組織サンプルにおける特定の核酸配列の単なる存在又は不在が、診断又は予後値を有することがまれに見出されて来た。他方では、種々のタンパク質、ペプチド又はmRNAの発現についての情報は、ますます重要なものに見えてきた。ゲノム内のタンパク質、ペプチド又はmRNA(そのような配列は、“遺伝子”として言及される)を単独で発現する可能性を有する核酸配列の単なる存在は、タンパク質、ペプチド又はmRNAが所定の細胞において発現されるかどうかの決定因子ではない。
それらの変換された比率を含んで成る予備処理されたデータは、それが財政分析目的のために使用される場合、Wagnerソフトウェアに通常使用されるリターン値の代わりに入力として使用される。
1.基線の種類を選択し:
2.基線の種類のサンプルンついての個々の遺伝子の平均及び標準偏差を計算し;
3.個々の遺伝子について(X*標準偏差+平均)を計算する。これは、すべての他のサンプルが比較される基線読み取りである。Xは緊縮変数であり、高いX値は、低いX値よりも緊縮性である。
4.個々の実験サンプル−対−段階3で計算された基線読み取り間の比率を計算し;
6.それらの変換された比率が、ソフトフェアアプリケーションに通常使用される有用なリターンの変わりに入力として使用され;
7.前記ソフトウェアは、効果的な境界をプロットし、そしてその効果的な境界にそってのいずれかの点での最適化されたポートフォリオを戻し;
8.前記効果的な境界上の所望するリターン又は分散を選択し;
9.ポートフォリオ選択アルゴリズムにより生成される重量による、個々の遺伝子の強度値の積を要約することにより、個々のサンプルについてのポートフォリオ値を計算し;
11.任意には、最良の予測正確度が得られるまで、この工程を反復することができる。
他方では、遺伝子がまず、発現がいくらかの最少レベルの分化を示すそれらの遺伝子を同定することによって予備選択され得る。このもう1つの方法における予備選択は、好ましくは下記式:
最適なポートフォリオを定義するために追加の境界条件を設定することがまた可能である。例えば、ポートフォリオサイズは、固定された範囲又は多くのマーカーに制限され得る。これは、データ予備選択基準をより厳重にすることにより(例えば、下記式:
加重された投票(Weighted voting):
Golub, TR., Slonim, DK., Tamaya, p., Huard, C., Gaasenbeek, M., Mesirov, JP., Coller, H., Loh, L., Downing, JR., Caligiuri, MA., Bloomfield, CD., Lander, ES. Molecular Classification of cancer class discovery and class Prendiction by gene ezpression monitoring. Science 286: 531-537, 1999;
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Ramaswamy, S., Tamayo, P., Rifkin, R., Mukherjee, S., Yeang, CH., Angelo, M., Ladd, C., Reich, M., Latulippe, E., Mesirov, JP., Poggio, T., Gerald, W., Loda, M., Lander, ES., Gould, TR. Multiclass cancer diagnosis using tumor gene expression signatures Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 98: 15149-15154, 2001;
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例:本発明に従って分析される遺伝子は、GenBankデータベースにおける遺伝子識別番号により同定される。それらは典型的には、タンパク質又はペプチドの生成をコードする十分な長さの核酸配列に関連する。当業者は、十分な長さの配列の識別が分析観点から必要でないことを認識するであろう。すなわち、配列又はESTの一部は、プローブがその対応する遺伝子についての遺伝子発現を評価するために企画され得る、良く知られた原理に従って選択され得る。
27種の新鮮な凍結組織サンプルを、結腸直腸腫瘍についての手術を受けた患者から採取した。それらのサンプルの19種は結腸直腸悪性検体であり、そしてサンプルの8種は正常結腸粘膜の検体であった。組織を、収穫の20〜30分以内に液体窒素において凍結し、そしてその後、−80℃で貯蔵した。レーザー捕獲のために、サンプルを切断し(6μm)、そして1つの切片をガラススライド上に固定し、そしてガラススライド上に固定されている第2切片をフィルム(P.A.L.M.)上に固定した(Micro Slides Colorfrost, VWR Scientific, Media, PA)。
Zymo-Spinカラム(Zymo Research, Orange, CA 92867)を用いて、LCM捕獲されたサンプルから全RNAを抽出した。約2ngの全RNAを、10μlの水に再懸濁し、そして2回のT7 RNAポリメラーゼに基づく増幅を行い、約50μgの増幅されたRNAを生成した。
約20,000のヒトcDNAクローンから成るcDNAマイクロアレイ組を用いて、サンプルを試験した。約30種の植物遺伝子を、非特異的ハイブリダイゼーションについての対照としてマイクロアレイ上にプリントした。cy3−ラベルされたcDNAプローブを、LCM捕獲された細胞のcDNA5μgから合成した。プローブを、Qiagen’s Nucleotide Removal Columnsにより精製し、そして次に、14〜16時間、マイクロアレイにハイブリダイズした。スライドを、走査の前、洗浄し、そして空気乾燥した。cDNAマイクロアレイを、cy3蛍光について走査し、そしてImaGeneソフトウェア(Biodiscovery, Los Angeles, CA)を定量化のために使用した。個々のcDNAクローンに関して、4個の測定値を、二重スポットを用いて得、そして二重アレイ及びその強度を平均した。
大きなアップ−レギュレートされた示差を有する遺伝子の列挙を創造し、腫瘍サンプルと正常サンプルとの間を区別した。123種の遺伝子を、シグナル:ノイズカットオフとして、下記式:
結腸直腸癌における示差的に発現された遺伝子。39種の遺伝子を、正常な結腸粘膜に比較して、すべての腫瘍サンプルにおいて示差的に発現した。それらのうち37種の遺伝子は、分離物を除くすべての腫瘍において、有意にダウン−レギュレートされた。それらのうち2種はアップ−レギュレートされた。遺伝子の識別を、マイクロアレイ上に配列されたcDNAクローンを配列決定することによって確証した。結果は表1及び表2に示される。
平均−分散最適化アルゴリズムを用いて、複数遺伝子に基づく特徴を生成し、ここで包含される遺伝子は正常サンプルと腫瘍サンプルとの間を区別するために組合して使用され得る。強度測定値を、例1−3に記載されるサンプル及びマイクロアレイを用いて処理した。分析されるべきデータをまず、腫瘍細胞と正常細胞との間での予備−特定された5倍の示差に基づいて予備選択した。次に、この基準に従って予備選択された遺伝子からの発現データーを次の通りに使用した。
>gi|1264443|gb|N92134.1|N92134 za23F09.r1 Soares胎児 脾臓 1NFLS ホモ・サピエンスcDNAクローン IMAGE: 293417 5’ gb|M87908|HUMALNE32ヒト癌細胞−由来のAlu RNA転写体に類似する、(rRNA); gb:X57025_rna1 インシュリン−様成長因子IA受容体(ヒト)、
>gi|2221047|gb|AA490172.1|AA490172 ab06b08.s1 Soares胎児 網膜 937202 ホモ・サピエンスcDNAクローン IMAGE:83991 3’ gb:J03464 プロコラーゲンα2(I) 鎖受容体(ヒト)に類似する、
>gi|834491|gb|R62612.1|R62612 yi12d01.s1 Soares胎盤 Nb2HP ホモ・サピエンスcDNAクローン IMAGE:139009 3’ gb:X02761_cds1 フィブロネクチン受容体(ヒト)に類似する。
>gi|2114953|gb|AA431245.1|AA431245 zw78d06.r1 Soares_精巣_ NHT ホモ・サピエンスcDNAクローン IMAGE:782315 5’ WP:F36H1.2 CE05814アンキリン様に類似する、
>gi|2156172|gb|AA443497.1|AA443497 zw34d03.s1 Soares卵巣 腫瘍 NbHOT ホモ・サピエンスcDNAクローン IMAGE:771173 、
>gi|2221047|gb|2|AA490172.1|AA490172 ab06b08.s1 Soares胎児 網膜 937202 ホモ・サピエンスcDNAクローン IMAGE:83991 3’ gb:J03464 プロコラーゲンα2(I) 鎖受容体(ヒト)に類似する、
>gi|1264443|gb|N92134.1|N92134 za23F09.r1 Soares胎児 脾臓 1NFLS ホモ・サピエンスcDNAクローン IMAGE: 293417 5’ gb|M87908|HUMALNE32ヒト癌細胞−由来のAlu RNA転写体に類似する、(rRNA); gb:X57025_rna1 インシュリン−様成長因子IA受容体(ヒト)。
Claims (10)
- 配列番号42〜49から成る群から選択された遺伝子の組み合わせ(但し、配列番号42、43、44及び49で示される遺伝子からなる組み合わせを除く)における単離された核酸配列、それらの相補体又はそれらの一部を含んで成る診断ポートフォリオ。
- そこに含まれる遺伝子の差発現を同定するために適切なマトリックスにおける、請求項1記載の診断ポートフォリオ。
- 前記マトリックスが、マイクロアレイに使用される、請求項2記載の診断ポートフォリオ。
- 前記マイクロアレイが、cDNAマイクロアレイである、請求項3記載の診断ポートフォリオ。
- 前記マイクロアレイが、オリゴヌクレオチドマイクロアレイである、請求項3記載の診断ポートフォリオ。
- 配列番号42〜49から成る群から選択された遺伝子の組み合わせ(但し、配列番号42、43、44及び49で示される遺伝子からなる組み合わせを除く)における単離された核酸配列、それらの相補体、又はそれらの一部を含んで成る、結腸直腸癌の診断のためのキット。
- マイクロアレイ分析を行うための試薬をさらに含んで成る、請求項6記載のキット。
- 媒体をさらに含んで成り、それを通して、前記核酸配列、そらの相補体又はそれらの一部がアッセイされる、請求項6記載のキット。
- 配列番号42〜49から成る群から選択された遺伝子の組み合わせ(但し、配列番号42、43、44及び49で示される遺伝子からなる組み合わせを除く)における単離された核酸配列、それらの相補体又はそれらの一部を含んで成る結腸直腸癌状態の評価のための製品。
- 配列番号42〜49から成る群から選択された遺伝子の組み合わせ(但し、配列番号42、43、44及び49で示される遺伝子からなる組み合わせを除く)における単離された核酸配列、それらの相補体又はそれらの一部の代表を含んで成る結腸直腸癌状態の評価のための製品。
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