JP2005000163A - 糖ヌクレオチド運搬作用を有するタンパク質、組織の癌化の検出方法 - Google Patents
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Abstract
生体内における糖ヌクレオチド運搬因子の仕組みの解明に繋がる新たな糖ヌクレオチド運搬作用を有するタンパク質を提供する。さらに、採取した組織から、信頼性の高い組織の癌化を検出する方法を提供する。
【解決手段】
新たな糖ヌクレオチド運搬活性を有するタンパク質、及び「癌化した組織における、前記タンパク質をコードする核酸の転写産物量」が「健常組織における当該核酸の転写産物量」よりも減少していることを利用した組織の癌化検出方法。
【選択図】 なし
Description
(1) 下記(a)又は(b)のタンパク質。
(a)配列番号2記載のアミノ酸配列からなるタンパク質。
(b)配列番号2記載のアミノ酸配列に1又は数個のアミノ酸の付加、欠失、置換、又は転位を有し、かつ糖ヌクレオチド運搬作用を有するタンパク質。
(2) 糖ヌクレオチド運搬作用が、ウリジン二リン酸−N−アセチル−D−グルコサミン、ウリジン二リン酸−グルコース又はグアノシン二リン酸−マンノース運搬作用であることを特徴とする(1)記載のタンパク質。
(3) (1)又は(2)記載のタンパク質を有効成分として含有する糖ヌクレオチド運搬作用剤。
(5) (1)又は(2)記載のタンパク質の「被検組織における発現量の検出結果」と、「前記被検組織の癌化」とを関連づけることを特徴とする被検組織の癌化の検出方法。
(6) (1)又は(2)記載のタンパク質の「被検組織における発現量の検出結果」が、「(1)又は(2)記載のタンパク質をコードする核酸が被検組織において発現する量」を定量し、該定量によって得られた値と健常組織における該核酸発現量とを対比することによって得られることを特徴とする(5)記載の被検組織の癌化の検出方法。
(A)配列番号1記載の塩基配列;
(B)配列番号1記載の塩基配列の一部を含み、30〜1500bpの塩基配列;
(C)配列番号1記載の塩基配列の一部の塩基配列に相補的な塩基配列を含み、30〜1500bpである塩基配列。
(8) 「配列番号1記載の塩基配列の一部」が、「配列番号1記載の塩基番号849〜919からなる塩基配列」、又は「配列番号1記載の塩基番号49〜1062からなる塩基配列」であることを特徴とする(7)記載の被検組織の癌化の検出方法。
(9) 「核酸が発現する量」が、当該核酸の遺伝情報の転写によって生じる転写産物量を定量することにより得られる(6)〜(8)の何れかに記載の被検組織の癌化の検出方法。
(10) 前記被検組織が胃又は大腸由来の組織であることを特徴とする(5)〜(9)何れか記載の組織の癌化の検出方法。
(12) 配列番号1記載の塩基番号849〜919からなる塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列を含むことを特徴とする(11)記載の核酸。
(13) 配列番号1記載の塩基番号49〜1062からなる塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列を含むことを特徴とする(11)又は(12)記載の核酸。
(15) DNAであることを特徴とする(11)〜(14)何れか記載の核酸。
(16) (11)〜(15)何れか記載の核酸の、組織の癌化の検出のための使用。
(1)本発明タンパク質
本発明タンパク質は、下記(a)又は(b)のタンパク質である。
(a)配列番号2記載のアミノ酸配列からなるタンパク質。
(b)配列番号2記載のアミノ酸配列に1又は数個の置換、欠失、挿入、又は転位を有し、かつ糖ヌクレオチド運搬作用を有するタンパク質。
「本発明核酸」は、配列番号1記載の全塩基配列又はその一部、或いは該塩基配列に相補的な塩基配列を含み、30〜1500bpであることを特徴とする核酸である。
「本発明核酸」は例えば以下の方法により調製することが可能である。
「本発明検出方法」は、本発明タンパク質の、「被検組織における発現量の検出結果」と「前記被検組織の癌化」とを関連づけることを特徴とする被検組織の癌化の検出方法である。
(実施例1)本発明核酸の調製方法
GDP-Fucトランスポーター遺伝子(GenBank accession No.NM_018389)のアミノ酸配列をクエリーとして、TBASTN検索を行った。その結果、オープンフレームリーディング領域(ORF領域)の全長を含む配列番号1記載のcDNA(GenBank Accession No.XM#047286)を同定した。なお、当該塩基配列(GenBank accession No.XM#047286)がUGTrel7とホモロジーを有することも判明した。また、この塩基配列がコードするアミノ酸配列は配列番号2と予測された。
実施例1で得られたDNA断片(以下、実施例1DNA断片という)を、Gatewayクローニングシステム(インビトロジェン社製)の説明書に従って酵母発現ベクターであるYEP352 GAPIIに挿入して組換ベクターYEP352 GAPII-STP1を得た。このベクターを常法に従って酢酸リチウム法により、生育にウラシルを要求する酵母の株W303aに導入して形質転換体を得た。このようにして得た形質転換体をウラシルを含まないSD培地を含む寒天プレートで培養して形質転換体を選別した。得られた形質転換体をウラシルを含まないSD液体培地で大量培養した。
さらに、P10を除去した上清を、4℃で100,000×gの超遠心分離を1時間行い、沈殿を回収した。この沈殿からなる画分(P100)は、ゴルジ体を多く含む画分であった。
P100を除去した超遠心分離の上清をS100とし、サイトゾル画分とした。
その結果、P10及びP100画分に強いUDP-GlcNAc運搬作用が観察された。
実施例1で得たDNA断片(STP1遺伝子)を、Gatewayクローニングシステムにより哺乳類細胞ベクターであるpCXN2に挿入して、組み換えベクターpCXN2-STP1を得た。この組み換えベクターを、ヒト大腸癌由来のHCT116細胞にLipofectamine2000(インビトロジェン社)を使用して説明書に従い遺伝子導入した。その後STP1遺伝子を安定して過剰発現している細胞を、600μg/mlのジェネティシン硫酸塩(G418、インビトロジェン社製)を含む10%ウシ胎仔血清(FBS)含有DMEM:HAM 1:1混合培地で1ヶ月間培養することにより選別し、得られた形質転換体を前記と同じ混合培地で大量培養した。この様に培養した形質転換体から、実施例2と同様の方法で、P10画分、P100画分およびS100画分を得た。
尚、陰性対照の細胞としては、組み換え前のpCXN2ベクターを同様にしてHCT116細胞に導入し、600μg/mlのG418を含む培地で1ヶ月間培養したものを用いた。細胞の継代は、1mMのEDTAと0.25%のトリプシンを含むリン酸緩衝化生理食塩水(PBS)で処理することにより行った。
結果を下記表1に示す。各運搬活性は、P100画分における本発明タンパク質1mg当たりの5分間での各基質の運搬量(pmol/5分/mgタンパク質)で表す。
本実施例には、実施例3と同様の方法により、実施例1DNA断片によってHCT116細胞を形質転換した形質転換細胞を用いた。また、陰性対照の細胞も実施例3と同様の方法で得られた細胞を用いた。
つまり、本発明タンパク質はヘパラン硫酸合成の基質となるUDP-GlcNAcを運搬する作用を有し、生体内においてヘパラン硫酸合成に関与していると考えられる。本発明者らは、HCT116細胞において、糖修飾反応が起こる場所であると知られているゴルジ体で本発明タンパク質が非常に多く発現していることも確認しており、更に、上記実験により本発明タンパク質がヘパラン硫酸合成に関与している事が強く示唆されているので、本発明遺伝子により、種々の生理活性を有するヘパラン硫酸の合成量を調節出来ると推測される。
定量的リアルタイムPCR法を用いてヒト胃癌組織と同一患者の健常胃組織での本発明DNAの発現量を比較した。ヒト胃癌組織及び健常胃組織のRNAを、RNeasy Mini Kit(キアゲン社製)で抽出し、Super-Script II First-Strand Synthesis System(インビトロゲン社製)を用いたoligo(dT)法によりsingle strand DNAとした。このDNAを鋳型として用いてプライマー(5'プライマー:配列番号11、3'プライマー:配列番号12)及びTaqManプローブ(配列番号13)を用いてABI PRISM 7700(アプライドバイオシステムス社製)により定量的リアルタイムPCR法を行なった。PCR反応の条件は、95℃で10分で反応を行った後、95℃で15秒、60℃1分のサイクルを40回繰り返して行なった。内部標準としてβ-アクチン遺伝子を用い、β-アクチン遺伝子(b-Act)の発現量に対する本STP1遺伝子の発現量の比を算出して対比した(表2、図5)。
定量的リアルタイムPCR法を用いてヒト大腸癌組織と同一患者の健常大腸組織での本発明DNAの発現量を比較した。ヒト大腸癌組織及び健常大腸組織のRNAを、RNeasy Mini Kit(キアゲン社製)で抽出し、Super-Script First-Strand Synthesis System(インビトロゲン社製)を用いたoligo(dT)法によりsingle strand DNAとした。このDNAを鋳型として用いてプライマー(5'プライマー:配列番号11、3'プライマー:配列番号12)及びTaqManプローブ(配列番号13)を用いてABI PRISM 7700(アプライドバイオシステムス社製)により定量的リアルタイムPCR法を行なった。PCR反応の条件は、95℃で10分で反応を行った後、95℃で15秒、60℃で1分のサイクルを40回繰り返して行なった。内部標準としてβ-アクチン遺伝子を用い、β-アクチン遺伝子(b-Act)の発現量に対する本STP1遺伝子の発現量の比を算出して対比した(表2、図6)。また、参考として検体採取した患者の末梢血における腫瘍マーカーCA19-9を市販のCA19-9測定キットを用いて測定した(表3、図6)。
Claims (16)
- 下記(a)又は(b)のタンパク質。
(a)配列番号2記載のアミノ酸配列からなるタンパク質。
(b)配列番号2記載のアミノ酸配列に1又は数個のアミノ酸の付加、欠失、置換、又は転位を有し、かつ糖ヌクレオチド運搬作用を有するタンパク質。 - 糖ヌクレオチド運搬作用が、ウリジン二リン酸−N−アセチル−D−グルコサミン、ウリジン二リン酸−グルコース又はグアノシン二リン酸−マンノース運搬作用であることを特徴とする請求項1記載のタンパク質。
- 請求項1又は2記載のタンパク質を有効成分として含有する糖ヌクレオチド運搬作用剤。
- 請求項1又は2記載のタンパク質の、糖ヌクレオチド運搬作用剤としての使用。
- 請求項1又は2記載のタンパク質の「被検組織における発現量の検出結果」と、「前記被検組織の癌化」とを関連づけることを特徴とする被検組織の癌化の検出方法。
- 請求項1又は2記載のタンパク質の「被検組織における発現量の検出結果」が、「請求項1又は2記載のタンパク質をコードする核酸が被検組織において発現する量」を定量し、該定量によって得られた値と健常組織における該核酸発現量とを対比して得られることを特徴とする請求項5記載の被検組織の癌化の検出方法。
- 「請求項1又は2記載のタンパク質をコードする核酸が被検組織において発現する量」が下記(A)、(B)又は(C)記載の塩基配列からなる核酸が発現する量であることを特徴とする請求項6記載の被検組織の癌化の検出方法。
(A)配列番号1記載の塩基配列;
(B)配列番号1記載の塩基配列の一部を含み、30〜1500bpの塩基配列;
(C)配列番号1記載の塩基配列の一部の塩基配列に相補的な塩基配列を含み、30〜1500bpである塩基配列。 - 「配列番号1記載の塩基配列の一部」が、「配列番号1記載の塩基番号49〜1062からなる塩基配列」、又は「配列番号1記載の塩基番号849〜919からなる塩基配列」であることを特徴とする請求項7記載の被検組織の癌化の検出方法。
- 「核酸が発現する量」が、当該核酸の遺伝情報の転写によって生じる転写産物量を定量することにより得られる請求項6〜8の何れか1項記載の被検組織の癌化の検出方法。
- 前記被検組織が胃又は大腸由来の組織であることを特徴とする請求項5〜9何れか一項記載の被検組織の癌化の検出方法。
- 配列番号1記載の全塩基配列の一部又は該一部の塩基配列に相補的な塩基配列を含み、30〜1500bpであることを特徴とする核酸。
- 配列番号1記載の塩基番号849〜919からなる塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列を含むことを特徴とする請求項11記載の核酸。
- 配列番号1記載の塩基番号49〜1062からなる塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列を含む核酸であることを特徴とする請求項11又は12記載の核酸。
- 配列番号1記載の塩基番号49〜1062からなる塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列からなることを特徴とする請求項11記載の核酸。
- DNAであることを特徴とする請求項11〜14何れか一項記載の核酸。
- 請求項11〜15何れか一項記載の核酸の、被検組織の癌化の検出のための使用。
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