JP2002296509A - 共焦点光学系を備えたスキャナ、共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系のフォーカス位置データの生成方法および共焦点光学系を備えたスキャナにおけるディジタルデータの生成方法 - Google Patents

共焦点光学系を備えたスキャナ、共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系のフォーカス位置データの生成方法および共焦点光学系を備えたスキャナにおけるディジタルデータの生成方法

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JP2002296509A JP2001389454A JP2001389454A JP2002296509A JP 2002296509 A JP2002296509 A JP 2002296509A JP 2001389454 A JP2001389454 A JP 2001389454A JP 2001389454 A JP2001389454 A JP 2001389454A JP 2002296509 A JP2002296509 A JP 2002296509A
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Abstract

(57)【要約】 （修正有） 【課題】 特別な機構を必要とすることなく、高精度
で、共焦点光学系のフォーカスを調整することができ、
所望のように、生化学解析用のデータが生成することが
できる共焦点光学系を備えたスキャナを提供する。 【解決手段】 対物レンズ１９の位置を、所定の移動ピ
ッチで、変化させて、光検出器３３が検出した蛍光また
はフォトルミネッセンスの信号強度に基づいて、共焦点
光学系１９，３０のフォーカス位置を決定し、生成され
たフォーカス位置データを記憶し、コントロールユニッ
トが、ＥＰＲＯＭに記憶されたフォーカス位置データ
を、ＥＰＲＯＭに保存された位置データにしたがって、
補正し、補正されたフォーカス位置データに基づいて、
ステッピングモータに駆動信号を出力して、対物レンズ
を移動させ、対物レンズの位置を調整するよう構成され
たことを特徴とするスキャナ。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、共焦点光学系を備
えたスキャナ、共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点
光学系のフォーカス位置データの生成方法および共焦点
光学系を備えたスキャナにおけるディジタルデータの生
成方法に関するものであり、さらに詳細には、特別な機
構を必要とすることなく、高精度で、共焦点光学系のフ
ォーカスを調整することができ、所望のように、生化学
解析用のデータが生成することができる共焦点光学系を
備えたスキャナ、共焦点光学系を備えたスキャナの共焦
点光学系のフォーカス位置データの生成方法および共焦
点光学系を備えたスキャナにおけるディジタルデータの
生成方法に関するものである。
【０００２】
【従来の技術】放射線が照射されると、放射線のエネル
ギーを吸収して、蓄積、記録し、その後に、特定の波長
域の電磁波を用いて励起すると、照射された放射線のエ
ネルギーの量に応じた光量の輝尽光を発する特性を有す
る輝尽性蛍光体を、放射線の検出材料として用い、放射
性標識を付与した物質を、生物体に投与した後、その生
物体あるいはその生物体の組織の一部をサンプルとし、
このサンプルを、輝尽性蛍光体層が設けられた蓄積性蛍
光体シートと一定時間重ね合わせることにより、放射線
エネルギーを輝尽性蛍光体に、蓄積、記録し、しかる後
に、電磁波によって、輝尽性蛍光体層を走査して、輝尽
性蛍光体を励起し、輝尽性蛍光体から放出された輝尽光
を光電的に検出して、ディジタル画像信号を生成し、画
像処理を施して、ＣＲＴなどの表示手段上あるいは写真
フイルムなどの記録材料上に、画像を再生するように構
成されたオートラジオグラフィ検出システムが知られて
いる（たとえば、特公平１−６０７８４号公報、特公平
１−６０７８２号公報、特公平４−３９５２号公報な
ど）。
【０００３】蓄積性蛍光体シートを画像の検出材料とし
て使用するオートラジオグラフィ検出システムは、写真
フイルムを用いる場合とは異なり、現像処理という化学
的処理が不必要であるだけでなく、得られた画像データ
に画像処理を施すことによって、所望のように、画像を
再生し、あるいは、コンピュータによる定量解析が可能
になるという利点を有している。
【０００４】他方、オートラジオグラフィシステムにお
ける放射性標識物質に代えて、蛍光物質を標識物質とし
て使用した蛍光検出（fluorescence) システムが知られ
ている。このシステムによれば、蛍光画像を読み取るこ
とによって、遺伝子配列、遺伝子の発現レベル、蛋白質
の分離、同定、あるいは、分子量、特性の評価などをお
こなうことができ、たとえば、電気泳動させるべき複数
のＤＮＡ断片を含む溶液中に、蛍光色素を加えた後に、
複数のＤＮＡ断片をゲル支持体上で電気泳動させ、ある
いは、蛍光色素を含有させたゲル支持体上で、複数のＤ
ＮＡ断片を電気泳動させ、あるいは、複数のＤＮＡ断片
を、ゲル支持体上で、電気泳動させた後に、ゲル支持体
を蛍光色素を含んだ溶液に浸すなどして、電気泳動され
たＤＮＡ断片を標識し、励起光によって、蛍光色素を励
起して、生じた蛍光を検出することによって、画像を生
成し、ゲル支持体上のＤＮＡの分布を検出したり、ある
いは、複数のＤＮＡ断片を、ゲル支持体上で、電気泳動
させた後に、ＤＮＡを変性（denaturation) し、次い
で、サザン・ブロッティング法により、ニトロセルロー
スなどの転写支持体上に、変性ＤＮＡ断片の少なくとも
一部を転写し、目的とするＤＮＡと相補的なＤＮＡもし
くはＲＮＡを蛍光色素で標識して調製したプローブと変
性ＤＮＡ断片とをハイブリダイズさせ、プローブＤＮＡ
もしくはプローブＲＮＡと相補的なＤＮＡ断片のみを選
択的に標識し、励起光によって、蛍光色素を励起して、
生じた蛍光を検出することにより、画像を生成し、転写
支持体上の目的とするＤＮＡを分布を検出したりするこ
とができる。さらに、標識物質により標識した目的とす
る遺伝子を含むＤＮＡと相補的なＤＮＡプローブを調製
して、転写支持体上のＤＮＡとハイブリダイズさせ、酵
素を、標識物質により標識された相補的なＤＮＡと結合
させた後、蛍光基質と接触させて、蛍光基質を蛍光を発
する蛍光物質に変化させ、励起光により、生成された蛍
光物質を励起して、生じた蛍光を検出することによっ
て、画像を生成し、転写支持体上の目的とするＤＮＡの
分布を検出したりすることもできる。この蛍光検出シス
テムは、放射性物質を使用することなく、簡易に、遺伝
子配列などを検出することができるという利点がある。
【０００５】さらに、近年、スライドガラス板やメンブ
レンフィルタなどの担体表面上の異なる位置に、ホルモ
ン類、腫瘍マーカー、酵素、抗体、抗原、アブザイム、
その他のタンパク質、核酸、ｃＤＮＡ、ＤＮＡ、ＲＮＡ
など、生体由来の物質と特異的に結合可能で、かつ、塩
基配列や塩基の長さ、組成などが既知の特異的結合物質
を、スポッター装置を用いて、滴下して、多数の独立し
たスポットを形成し、次いで、ホルモン類、腫瘍マーカ
ー、酵素、抗体、抗原、アブザイム、その他のタンパク
質、核酸、ｃＤＮＡ、ＤＮＡ、ｍＲＮＡなど、抽出、単
離などによって、生体から採取され、あるいは、さら
に、化学的処理、化学修飾などの処理が施された生体由
来の物質であって、蛍光物質、色素などの標識物質によ
って標識された物質をハイブリダイズさせたマイクロア
レイに、励起光を照射して、蛍光物質、色素などの標識
物質から発せられた蛍光などの光を光電的に検出して、
生体由来の物質を解析するマイクロアレイ検出システム
が開発されている。このマイクロアレイ検出システムに
よれば、スライドガラス板やメンブレンフィルタなどの
担体表面上の異なる位置に、数多くの特異的結合物質の
スポットを高密度に形成して、標識物質によって標識さ
れた生体由来の物質をハイブリダイズさせることによっ
て、短時間に、生体由来の物質を解析することが可能に
なるという利点がある。
【０００６】また、メンブレンフィルタなどの担体表面
上の異なる位置に、ホルモン類、腫瘍マーカー、酵素、
抗体、抗原、アブザイム、その他のタンパク質、核酸、
ｃＤＮＡ、ＤＮＡ、ＲＮＡなど、生体由来の物質と特異
的に結合可能で、かつ、塩基配列や塩基の長さ、組成な
どが既知の特異的結合物質を、スポッター装置を用い
て、滴下して、多数の独立したスポットを形成し、次い
で、ホルモン類、腫瘍マーカー、酵素、抗体、抗原、ア
ブザイム、その他のタンパク質、核酸、ｃＤＮＡ、ＤＮ
Ａ、ｍＲＮＡなど、抽出、単離などによって、生体から
採取され、あるいは、さらに、化学的処理、化学修飾な
どの処理が施された生体由来の物質であって、放射性標
識物質によって標識された物質をハイブリダイズさせた
マクロアレイを、輝尽性蛍光体を含む輝尽性蛍光体層が
形成された蓄積性蛍光体シートと密着させて、輝尽性蛍
光体層を露光し、しかる後に、輝尽性蛍光体層に励起光
を照射し、輝尽性蛍光体層から発せられた輝尽光を光電
的に検出して、生体由来の物質を解析する放射性標識物
質を用いたマクロアレイ検出システムも開発されてい
る。
【０００７】これらのシステムは、いずれも、サンプル
に、励起光を照射して、輝尽性蛍光体や蛍光物質などの
標識物質を励起し、輝尽性蛍光体から放出された輝尽光
や蛍光物質から放出された蛍光などを光電的に検出し
て、標識物質の画像データや発光量データなどの生化学
解析用のデータを生成するものであり、これらのシステ
ムのために用いられるデータ生成装置は、スキャナを用
いたものと、二次元センサを用いたものに大別される。
【０００８】二次元センサを用いる場合に比し、スキャ
ナを用いる場合には、高解像度で、データを生成するこ
とができるという利点がある。
【０００９】
【発明が解決しようとする課題】マイクロアレイ検出シ
ステムにおいては、サンプルを、励起光によって、走査
して、蛍光物質などの標識物質を励起し、蛍光物質から
放出された蛍光などを光電的に検出して、標識物質の画
像データや発光量データなどの生化学解析用のデータが
生成されるように構成されており、高精度の検出を可能
にするためには、集光光学系のフォーカスが、高精度で
調整されることが必要不可欠である。
【００１０】そこで、米国特許第５５７８８３２号明細
書および同第５８３４７８５号明細書は、オートフォー
カスによって、集光光学系のフォーカスを調整する方法
を提案している。
【００１１】しかしながら、オートフォーカスによっ
て、集光光学系のフォーカスを調整するためには、反射
光検出光学系、センサ、検出回路などの特別な機構が必
要になり、コストアップを招くという問題があった。
【００１２】したがって、本発明は、特別な機構を必要
とすることなく、高精度で、共焦点光学系のフォーカス
を調整することができ、所望のように、生化学解析用の
データが生成することができる共焦点光学系を備えたス
キャナ、共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系
のフォーカス位置データの生成方法および共焦点光学系
を備えたスキャナにおけるディジタルデータの生成方法
を提供することを目的とするものである。
【００１３】
【課題を解決するための手段】本発明のかかる目的は、
レーザ光を発する少なくとも１つのレーザ励起光源と、
少なくとも１つのサンプルを保持したサンプルキャリア
を載置すべきサンプルステージと、前記サンプルステー
ジを主走査方向および副走査方向に移動させる走査手段
と、共焦点光学系と、共焦点光学系を構成する対物レン
ズを移動可能な駆動手段と、光を光電的に検出する光検
出器と、不揮発性メモリと、制御手段とを備えたスキャ
ナであって、前記不揮発性メモリが、少なくとも１つの
距離測定用デバイスを、サンプルを保持すべきサンプル
キャリアにセットして、前記サンプルキャリアを、前記
サンプルステージに載置し、前記共焦点光学系を構成す
る対物レンズと、前記サンプルキャリアにセットされた
前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの表面の基準
位置および前記基準位置とは異なる少なくとも１つの計
測位置との距離を計測して、生成された位置データを記
憶するとともに、レーザ光の照射を受けると、蛍光また
はフォトルミネッセンスを発する発光材料を備えたフォ
ーカス位置決定用デバイスを、前記発光材料が前記基準
位置に位置するように、前記サンプルキャリアにセット
し、前記フォーカス位置決定用デバイスを、レーザ光に
よって、走査して、前記基準位置に位置した前記発光材
料を励起し、前記発光材料から放出される蛍光またはフ
ォトルミネッセンスを、前記光検出器によって、光電的
に検出し、前記共焦点光学系の対物レンズの位置を、所
定の移動ピッチで、変化させて、前記光検出器が検出し
た前記蛍光またはフォトルミネッセンスの信号強度に基
づいて、前記共焦点光学系のフォーカス位置を決定し、
生成されたフォーカス位置データを記憶し、前記制御手
段が、前記不揮発性メモリに記憶された前記共焦点光学
系のフォーカス位置データを、前記不揮発性メモリに保
存された前記位置データにしたがって、補正し、補正さ
れた前記共焦点光学系のフォーカス位置データに基づい
て、前記駆動手段に駆動信号を出力して、前記共焦点光
学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの位置を
調整するよう構成されたことを特徴とするスキャナによ
って達成される。
【００１４】本発明によれば、少なくとも１つの距離測
定用デバイスを、少なくとも１つのサンプルを保持すべ
きサンプルキャリアにセットして、サンプルキャリア
を、サンプルステージに載置し、共焦点光学系を構成す
る対物レンズと、サンプルキャリアにセットされた少な
くとも１つの距離測定用デバイスの表面の基準位置およ
び基準位置とは異なる少なくとも１つの計測位置との距
離を計測して、生成された位置データが、不揮発性メモ
リに記憶されるとともに、励起光の照射を受けると、蛍
光またはフォトルミネッセンスを発する発光材料を備え
たフォーカス位置決定用デバイスを、発光材料が基準位
置に位置するように、サンプルキャリアにセットし、フ
ォーカス位置決定用デバイスを、レーザ光によって、走
査して、基準位置に位置した発光材料を励起し、発光材
料から放出される蛍光またはフォトルミネッセンスを、
光検出器によって、光電的に検出し、共焦点光学系の対
物レンズの位置を、所定の移動ピッチで、変化させて、
光検出器が検出した蛍光またはフォトルミネッセンスの
信号強度に基づいて、共焦点光学系のフォーカス位置を
決定し、生成されたフォーカス位置データが、不揮発性
メモリに記憶され、制御手段によって、不揮発性メモリ
に記憶された共焦点光学系のフォーカス位置データを、
不揮発性メモリに保存された位置データにしたがって、
補正し、補正された共焦点光学系のフォーカス位置デー
タに基づき、駆動手段に駆動信号を出力して、共焦点光
学系の対物レンズを移動させ、対物レンズの位置を調整
するよう構成されており、サンプルキャリアにセットさ
れた少なくとも１つの距離測定用デバイスと、共焦点光
学系の対物レンズとの実際の距離に基づいて、共焦点光
学系の対物レンズの位置が調整されるから、反射光検出
光学系、センサ、検出回路などの特別な機構を備えたオ
ートフォーカスなどを必要とせずに、共焦点光学系のフ
ォーカスを、所望のように、調整することが可能にな
る。
【００１５】本発明の好ましい実施態様においては、前
記光検出器が検出した前記蛍光またはフォトルミネッセ
ンスの信号強度の積分値が最大となる前記共焦点光学系
の対物レンズの位置が、前記共焦点光学系のフォーカス
位置として決定され、前記不揮発性メモリに、フォーカ
ス位置データとして記憶されている。
【００１６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記サ
ンプルキャリアにセットされた前記少なくとも１つの距
離測定用デバイスの前記表面の基準位置および前記基準
位置とは異なる少なくとも１つの計測位置との距離が計
測され、前記サンプルキャリアにセットされた前記少な
くとも１つの距離測定用デバイスの前記表面の基準位置
に対する前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの表
面の基準位置とは異なる少なくとも１つの計測位置の変
位が算出されて、前記位置データが生成され、前記不揮
発性メモリに記憶されている。
【００１７】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記サ
ンプルキャリアにセットされた前記少なくとも１つの距
離測定用デバイスの前記表面の基準位置と、前記基準位
置とは異なる２以上の計測位置との距離が計測されて、
前記サンプルキャリアにセットされた前記少なくとも１
つの距離測定用デバイスの前記表面の基準位置に対する
前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面の
前記基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位が算出
され、前記距離測定用デバイスの表面の基準位置に対す
る前記基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位が平
均されて、前記位置データが生成され、前記不揮発性メ
モリに記憶されている。
【００１８】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、共焦点光学系を構成する対物レンズと、サンプルキ
ャリアにセットされた少なくとも１つの距離測定用デバ
イスの表面の基準位置と、基準位置とは異なる２以上の
計測位置との距離が計測されて、サンプルキャリアにセ
ットされた少なくとも１つの距離測定用デバイスの表面
の基準位置に対する少なくとも１つの距離測定用デバイ
スの表面の基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位
が算出され、距離測定用デバイスの表面の基準位置に対
する基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位が平均
されて、位置データが生成されているから、より高精度
に、共焦点光学系のフォーカスを調整することが可能に
なる。
【００１９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、スキャナは、さらに、前記スキャナ内の温度を検出
する温度センサを備え、前記不揮発性メモリが、２以上
の異なる温度で、前記共焦点光学系を構成する対物レン
ズと、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なく
とも１つの距離測定用デバイスの前記表面の基準位置
と、前記基準位置とは異なる２以上の計測位置との距離
が計測され、前記サンプルキャリアにセットされた前記
少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面の基準
位置に対する前記少なくとも１つの距離測定用デバイス
の前記表面の前記基準位置とは異なる２以上の計測位置
の変位が算出されて、算出された前記距離測定用デバイ
スの表面の基準位置に対する前記基準位置とは異なる２
以上の計測位置の変位の温度係数を記憶するとともに、
前記温度センサによって検出された前記共焦点光学系の
フォーカス位置データを生成した際の前記スキャナ内の
温度の平均値を記憶するように構成され、前記制御手段
が、前記不揮発性メモリに記憶された前記共焦点光学系
のフォーカス位置データを、前記温度センサによって検
出された前記スキャナ内の温度と前記共焦点光学系のフ
ォーカス位置データを生成した際の前記スキャナ内の温
度の平均値との温度差に応じ、前記不揮発性メモリに記
憶された前記距離測定用デバイスの表面の基準位置に対
する前記基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位の
温度係数にしたがって、補正するように構成されてい
る。
【００２０】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、共焦点光学系を構成する対
物レンズと、サンプルキャリアにセットされた少なくと
も１つの距離測定用デバイスの表面の基準位置と、基準
位置とは異なる２以上の計測位置との距離が計測され、
サンプルキャリアにセットされた少なくとも１つの距離
測定用デバイスの表面の基準位置に対する少なくとも１
つの距離測定用デバイスの表面の基準位置とは異なる２
以上の計測位置の変位が算出されて、算出された距離測
定用デバイスの表面の基準位置に対する基準位置とは異
なる２以上の計測位置の変位の温度係数が、不揮発性メ
モリに記憶されるとともに、共焦点光学系のフォーカス
位置データを生成した際のスキャナ内の温度の平均値
が、不揮発性メモリに記憶されており、制御手段によっ
て、不揮発性メモリに記憶された共焦点光学系のフォー
カス位置データを、温度センサによって検出されたスキ
ャナ内の温度と共焦点光学系のフォーカス位置データを
生成した際のスキャナ内の温度の平均値との温度差に応
じ、不揮発性メモリに記憶された距離測定用デバイスの
表面の基準位置に対する基準位置とは異なる２以上の計
測位置の変位の温度係数にしたがって、補正するように
構成されているから、スキャナ内の温度が変化した場合
にも、所望のように、共焦点光学系のフォーカスを調整
することが可能になる。
【００２１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記サンプルキャリアが、２以上のサンプルを保持
可能に構成され、前記不揮発性メモリが、２以上の距離
測定用デバイスがセットされた前記サンプルキャリア
を、前記サンプルステージに載置し、前記サンプルキャ
リアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイスの
それぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物レン
ズと、前記距離測定用デバイスの表面の３以上の異なる
計測位置との距離が計測され、前記２以上の距離測定用
デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記表面の前記
計測位置の１つを基準位置として、前記２以上の距離測
定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対する
前記計測位置の変位が算出され、前記２以上の距離測定
用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対する前
記計測位置の変位が平均されて、生成された前記位置デ
ータを記憶するように構成され、前記制御手段が、前記
２以上の距離測定用デバイスがセットされた位置に対応
する前記サンプルキャリアの位置にセットされたサンプ
ル毎に、前記不揮発性メモリに記憶された前記位置デー
タに基づいて、前記不揮発性メモリに記憶された前記共
焦点光学系のフォーカス位置データを補正し、補正され
た前記共焦点光学系のフォーカス位置データにしたがっ
て、前記駆動手段に駆動信号を出力して、前記共焦点光
学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの位置を
調整するよう構成されている。
【００２２】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、サンプルキャリアが、２以上のサンプルを保持可能
に構成され、２以上の距離測定用デバイスがセットされ
たサンプルキャリアを、サンプルステージに載置し、サ
ンプルキャリアにセットされた２以上の距離測定用デバ
イスのそれぞれにつき、共焦点光学系を構成する対物レ
ンズと、距離測定用デバイスの表面の３以上の異なる計
測位置との距離が計測され、２以上の距離測定用デバイ
スの１つの距離測定用デバイスの表面の計測位置の１つ
を基準位置として、２以上の距離測定用デバイスのそれ
ぞれにつき、基準位置に対する計測位置の変位が算出さ
れ、２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、基
準位置に対する計測位置の変位が平均されて、生成され
た位置データが、不揮発性メモリに記憶されており、制
御手段によって、２以上の距離測定用デバイスがセット
された位置に対応するサンプルキャリアの位置にセット
されたサンプル毎に、不揮発性メモリに記憶された位置
データに基づいて、不揮発性メモリに記憶された共焦点
光学系のフォーカス位置データを補正し、補正された共
焦点光学系のフォーカス位置データにしたがって、駆動
手段に駆動信号が出力されて、共焦点光学系の対物レン
ズが移動され、対物レンズの位置を調整するよう構成さ
れているから、サンプルキャリアにセットされた複数の
サンプル毎に、所望のように、共焦点光学系のフォーカ
スを調整することが可能になる。
【００２３】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の３以上の異なる計測位置
との距離が計測され、前記２以上の距離測定用デバイス
の１つの距離測定用デバイスの前記表面の１つの計測位
置を基準位置として、前記２以上の距離測定用デバイス
のそれぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置
の変位が算出されて、前記基準位置に対する前記計測位
置の変位の温度係数が算出され、前記不揮発性メモリ
が、前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係
数の平均値を、前記２以上の距離測定用デバイスのそれ
ぞれの温度係数として記憶するとともに、前記温度セン
サによって検出された前記共焦点光学系のフォーカス位
置データを生成した際の前記スキャナ内の温度の平均値
を記憶するように構成され、前記制御手段が、前記２以
上の距離測定用デバイスのそれぞれに対して、前記不揮
発性メモリに記憶された前記共焦点光学系のフォーカス
位置データを、前記温度センサが検出した前記スキャナ
内の温度と前記共焦点光学系のフォーカス位置データを
生成した際の前記スキャナ内の温度の平均値との温度差
に応じ、前記不揮発性メモリに記憶された前記２以上の
距離測定用デバイスのそれぞれの前記温度係数にしたが
って、補正し、補正された前記共焦点光学系のフォーカ
ス位置データに基づいて、前記駆動手段に駆動信号を出
力し、前記共焦点光学系の対物レンズを移動させて、前
記共焦点光学系の前記対物レンズの位置を調整するよう
構成されている。
【００２４】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、サンプルキャリアにセット
された２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、
共焦点光学系を構成する対物レンズと、距離測定用デバ
イスの表面の３以上の異なる計測位置との距離が計測さ
れ、２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定用デ
バイスの表面の１つの計測位置を基準位置として、２以
上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、基準位置に
対する計測位置の変位が算出されて、基準位置に対する
計測位置の変位の温度係数が算出され、基準位置に対す
る計測位置の変位の温度係数の平均値が、２以上の距離
測定用デバイスのそれぞれの温度係数として、不揮発性
メモリに記憶されるとともに、共焦点光学系のフォーカ
ス位置データを生成した際のスキャナ内の平均温度を記
憶されており、制御手段が、２以上の距離測定用デバイ
スのそれぞれに対して、不揮発性メモリに記憶された共
焦点光学系のフォーカス位置データを、温度センサが検
出したスキャナ内の温度と共焦点光学系のフォーカス位
置データを生成した際のスキャナ内の平均温度との温度
差に応じ、不揮発性メモリに記憶された２以上の距離測
定用デバイスのそれぞれの温度係数にしたがって、補正
し、補正された共焦点光学系のフォーカス位置データに
基づいて、駆動手段に駆動信号を出力して、共焦点光学
系の対物レンズを移動させ、対物レンズの位置を調整す
るように構成されているから、スキャナ内の温度が変化
した場合にも、サンプルキャリアにセットされた複数の
サンプル毎に、所望のように、精度よく、共焦点光学系
のフォーカスを調整することが可能になる。
【００２５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記不揮発性メモリが、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に少なく
とも２つの異なる計測位置との距離が計測され、前記２
以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定用デバイス
の前記表面の前記計測位置の１つを基準位置として、前
記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記
基準位置に対する前記計測位置の変位が算出され、前記
２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基
準位置に対する前記計測位置の変位が平均されて、生成
された前記位置データを記憶している。
【００２６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に少なく
とも２つの異なる計測位置との距離が計測され、前記２
以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定用デバイス
の前記表面の前記計測位置の１つを基準位置として、前
記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記
基準位置に対する前記計測位置の変位が算出されて、前
記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係数が算
出され、前記不揮発性メモリが、基準位置に対する計測
位置の変位の温度係数の平均値を、２以上の距離測定用
デバイスのそれぞれの温度係数として、記憶するととも
に、前記温度センサによって検出された前記共焦点光学
系のフォーカス位置データを生成した際の前記スキャナ
内の温度の平均値を記憶するように構成され、前記制御
手段が、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれに
対して、前記不揮発性メモリに記憶された前記共焦点光
学系のフォーカス位置データを、前記温度センサが検出
した前記スキャナ内の温度と前記共焦点光学系のフォー
カス位置データを生成した際の前記スキャナ内の平均温
度との温度差に応じて、前記不揮発性メモリに保存され
た前記温度係数にしたがって、補正し、補正された前記
共焦点光学系のフォーカス位置データに基づいて、前記
駆動手段に駆動信号を出力して、前記共焦点光学系の対
物レンズを移動させ、前記対物レンズの位置を調整する
ように構成されている。
【００２７】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、サンプルキャリアにセット
された２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、
共焦点光学系を構成する対物レンズと、距離測定用デバ
イスの表面の主走査ライン毎に少なくとも２つの異なる
計測位置との距離が計測され、２以上の距離測定用デバ
イスの１つの距離測定用デバイスの表面の計測位置の１
つを基準位置として、２以上の距離測定用デバイスのそ
れぞれにつき、基準位置に対する計測位置の変位が算出
されて、基準位置に対する計測位置の変位の温度係数が
算出され、基準位置に対する計測位置の変位の温度係数
の平均値が、２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの
温度係数として、不揮発性メモリに記憶されるととも
に、共焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際
のスキャナ内の平均温度が記憶されており、制御手段
が、２以上の距離測定用デバイスのそれぞれに対して、
不揮発性メモリに記憶された共焦点光学系のフォーカス
位置データを、温度センサが検出したスキャナ内の温度
と共焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際の
スキャナ内の平均温度との温度差に応じて、不揮発性メ
モリに記憶された２以上の距離測定用デバイスのそれぞ
れの温度係数にしたがって、補正し、補正された共焦点
光学系のフォーカス位置データに基づいて、駆動手段に
駆動信号を出力して、共焦点光学系の対物レンズを移動
させ、対物レンズの位置を調整するように構成されてい
るから、スキャナ内の温度が変化した場合にも、サンプ
ルキャリアにセットされた複数のサンプル毎に、より高
精度で、所望のように、共焦点光学系のフォーカスを調
整することが可能になる。
【００２８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記不揮発性メモリが、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に３つの
異なる計測位置との距離が計測され、前記２以上の距離
測定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記表面
の前記計測位置の１つを基準位置として、前記２以上の
距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に
対する前記計測位置の変位が算出され、前記２以上の距
離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対
する前記計測位置の変位が平均されて、生成された前記
位置データを記憶している。
【００２９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に３つの
異なる計測位置との距離が計測され、前記２以上の距離
測定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記表面
の前記計測位置の１つを基準位置として、前記２以上の
距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に
対する前記計測位置の変位が算出されて、前記基準位置
に対する前記計測位置の変位の温度係数が算出され、前
記不揮発性メモリが、前記基準位置に対する前記計測位
置の変位の温度係数の平均値を、温度係数として記憶す
るとともに、前記温度センサによって検出された前記共
焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際の前記
スキャナ内の平均温度を記憶するように構成され、前記
制御手段が、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞ
れに対して、前記不揮発性メモリに記憶された前記共焦
点光学系のフォーカス位置データを、前記温度センサが
検出した前記スキャナ内の温度と前記共焦点光学系のフ
ォーカス位置データを生成した際の前記スキャナ内の平
均温度との温度差に応じて、前記スキャナの前記メモリ
に保存された前記温度係数にしたがって、補正し、補正
された前記共焦点光学系のフォーカス位置データに基づ
き、前記駆動手段に駆動信号を出力して、前記共焦点光
学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの位置を
調整するように構成されている。
【００３０】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記不揮発性メモリが、前記２以上の距離測定用デ
バイスのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、前記基
準位置に対する前記計測位置の変位が平均されて、生成
された前記位置データを記憶し、前記制御手段が、前記
２以上の距離測定用デバイスがセットされた位置に対応
する前記サンプルキャリアの位置にセットされたサンプ
ルの前記所定数の主走査ラインに対応する主走査ライン
毎に、前記不揮発性メモリに記憶された前記位置データ
に基づいて、前記不揮発性メモリに記憶された前記共焦
点光学系のフォーカス位置データを補正し、補正された
前記共焦点光学系のフォーカス位置データにしたがっ
て、前記駆動手段に駆動信号を出力して、前記共焦点光
学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの位置を
調整するよう構成されている。
【００３１】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数の
主走査ライン毎に、基準位置に対する計測位置の変位が
平均されて、生成された位置データが、不揮発性メモリ
に記憶されており、制御手段によって、２以上の距離測
定用デバイスがセットされた位置に対応するサンプルキ
ャリアの位置にセットされたサンプルの所定数の主走査
ラインに対応する主走査ライン毎に、不揮発性メモリに
記憶された位置データに基づいて、不揮発性メモリに記
憶された共焦点光学系のフォーカス位置データが補正さ
れ、補正された共焦点光学系のフォーカス位置データに
したがって、駆動手段に駆動信号が出力されて、共焦点
光学系の対物レンズが移動され、対物レンズの位置を調
整するよう構成されているから、よりきめこまかく、共
焦点光学系の対物レンズの位置を調整することができ、
したがって、サンプルキャリアにセットされた複数のサ
ンプル毎に、より高精度で、所望のように、共焦点光学
系のフォーカスを調整することが可能になる。
【００３２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
の所定数の主走査ライン毎に、前記共焦点光学系を構成
する対物レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主
走査ライン毎に３つの異なる計測位置との距離が計測さ
れ、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定
用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つを基準位置
として、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの
所定数の主走査ライン毎に、前記基準位置に対する前記
計測位置の変位が算出されて、前記基準位置に対する前
記計測位置の変位の温度係数が算出され、前記不揮発性
メモリが、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
の所定数の主走査ライン毎に、前記基準位置に対する前
記計測位置の変位の温度係数の平均値を、前記２以上の
距離測定用デバイスのそれぞれの所定数の主走査ライン
の温度係数として記憶するとともに、前記温度センサに
よって検出された前記共焦点光学系のフォーカス位置デ
ータを生成した際の前記スキャナ内の平均温度を記憶す
るように構成され、前記制御手段が、前記２以上の距離
測定用デバイスがセットされた位置に対応する前記サン
プルキャリアの位置にセットされたサンプルの前記所定
数の主走査ラインに対応する主走査ライン毎に、前記不
揮発性メモリに記憶された前記共焦点光学系のフォーカ
ス位置データを、前記温度センサが検出した前記スキャ
ナ内の温度と前記共焦点光学系のフォーカス位置データ
を生成した際の前記スキャナ内の平均温度との温度差に
応じ、前記不揮発性メモリに記憶された前記２以上の距
離測定用デバイスのそれぞれの所定数の主走査ラインの
前記温度係数にしたがって、補正し、補正された前記共
焦点光学系のフォーカス位置データに基づき、前記駆動
手段に駆動信号を出力して、前記共焦点光学系の対物レ
ンズを移動させ、前記対物レンズの位置を調整するよう
に構成されている。
【００３３】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、サンプルキャリアにセット
された２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数
の主走査ライン毎に、共焦点光学系を構成する対物レン
ズと、距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に３
つの異なる計測位置との距離が計測され、２以上の距離
測定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの表面の計
測位置の１つを基準位置として、２以上の距離測定用デ
バイスのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、基準位
置に対する計測位置の変位が算出されて、基準位置に対
する計測位置の変位の温度係数が算出され、２以上の距
離測定用デバイスのそれぞれの所定数の主走査ライン毎
に、基準位置に対する計測位置の変位の温度係数の平均
値が、２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数
の主走査ラインの温度係数として、不揮発性メモリに記
憶されるとともに、共焦点光学系のフォーカス位置デー
タを生成した際のスキャナ内の平均温度が記憶されてお
り、制御手段が、２以上の距離測定用デバイスがセット
された位置に対応するサンプルキャリアの位置にセット
されたサンプルの所定数の主走査ラインに対応する主走
査ライン毎に、不揮発性メモリに記憶された共焦点光学
系のフォーカス位置データを、温度センサが検出したス
キャナ内の温度と共焦点光学系のフォーカス位置データ
を生成した際のスキャナ内の平均温度との温度差に応
じ、不揮発性メモリに記憶された２以上の距離測定用デ
バイスのそれぞれの所定数の主走査ラインの温度係数に
したがって、補正し、補正された共焦点光学系のフォー
カス位置データに基づき、駆動手段に駆動信号を出力し
て、共焦点光学系の対物レンズを移動させ、対物レンズ
の位置を調整するように構成されているから、スキャナ
内の温度が変化した場合にも、よりきめこまかく、共焦
点光学系の対物レンズの位置を調整することができ、し
たがって、サンプルキャリアにセットされた複数のサン
プル毎に、より高精度で、所望のように、共焦点光学系
のフォーカスを調整することが可能になる。
【００３４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、スキャナは、さらに、波長の異なるレーザ光を発す
る２以上のレーザ励起光源を備え、前記不揮発性メモリ
が、レーザ光の波長ごとに生成された前記共焦点光学系
のフォーカス位置データを記憶し、前記制御手段が、前
記２以上のレーザ励起光源のうち、サンプルを走査する
ために使用するレーザ励起光源から発せられるレーザ光
の波長に対応する前記共焦点光学系のフォーカス位置デ
ータを、前記不揮発性メモリから読み出し、読み出した
前記共焦点光学系のフォーカス位置データに基づいて、
前記駆動手段に駆動信号を出力して、前記共焦点光学系
の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの位置を調整
するように構成されている。
【００３５】励起光であるレーザ光の波長が異なると、
共焦点光学系のフォーカス位置も異なるが、本発明のさ
らに好ましい実施態様によれば、不揮発性メモリが、レ
ーザ光の波長ごとに生成された共焦点光学系のフォーカ
ス位置データを記憶し、制御手段が、２以上のレーザ励
起光源のうち、サンプルを走査するために使用するレー
ザ励起光源から発せられるレーザ光の波長に対応する共
焦点光学系のフォーカス位置データを、不揮発性メモリ
から読み出し、読み出した共焦点光学系のフォーカス位
置データに基づいて、駆動手段に駆動信号を出力して、
共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズ
の位置を調整するように構成されているから、標識物質
である蛍光色素を最も効率的に励起することのできる波
長のレーザ光を、適宜、選択して、サンプルを励起し
て、サンプルから放出された蛍光を光電的に検出する場
合にも、所望のように、共焦点光学系のフォーカス位置
を調整することが可能になる。
【００３６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記距離測定用デバイスが、表面に金属膜を備え、
静電容量形変位計を用いて、前記位置データが生成され
ている。
【００３７】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、距離測定用デバイスが、表面に金属膜を備え、静電
容量形変位計を用いて、位置データが生成されているか
ら、サブミクロンのオーダーで、位置データを生成する
ことが可能になり、したがって、精度よく、共焦点光学
系のフォーカス位置を調整することが可能になる。
【００３８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記位置データが、光学的に生成されている。
【００３９】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、オートフォーカスやレーザ変位計などを用いて、位
置データを生成する場合にも、生成された位置データを
不揮発性メモリに記憶させておくだけでよく、スキャナ
自体が、オートフォーカス機能を有している必要はない
から、反射光検出光学系、センサ、検出回路などの特別
な機構を備えたオートフォーカスなどを必要とせずに、
共焦点光学系のフォーカスを、所望のように、調整する
ことが可能になる。
【００４０】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記距離測定用デバイスの前記金属膜が、スパッタ
リング、ＣＶＤおよび蒸着よりなる群から選ばれる形成
方法によって形成されている。
【００４１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記距離測定用デバイスの前記金属膜が、スパッタ
リングによって形成されている。
【００４２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記距離測定用デバイスの前記金属膜が、クロム、
アルミニウム、金、ニッケル−クロム合金およびチタン
−ニッケル−クロム合金よりなる群から選ばれる材料に
よって形成されている。
【００４３】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記距離測定用デバイスの前記金属膜が、クロムに
よって形成されている。
【００４４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記フォーカス位置決定用デバイスが、表面に、少
なくとも１種の蛍光色素を含む１つのスポットが形成さ
れたスライドガラス板によって構成されている。
【００４５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記スポットが、効率的に励起可能なレーザ光の波
長を異にする２種以上の蛍光色素を含んでいる。
【００４６】励起光であるレーザ光の波長が異なると、
共焦点光学系のフォーカス位置も異なるが、本発明のさ
らに好ましい実施態様によれば、スポットが、効率的に
励起可能なレーザ光の波長を異にする２種以上の蛍光色
素を含んでいるから、異なる波長のレーザ光に対して、
共焦点光学系のフォーカス位置データを生成して、不揮
発性メモリに記憶させておくことができ、したがって、
標識物質である蛍光色素を最も効率的に励起することの
できる波長のレーザ光を、適宜、選択して、サンプルを
励起して、サンプルから放出された光を光電的に検出す
る場合にも、所望のように、共焦点光学系のフォーカス
位置を調整することが可能になる。
【００４７】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記スポットが、４７０ないし４９０ｎｍの波長の
レーザ光によって効率的に励起可能な蛍光色素、５３０
ないし５４０ｎｍの波長のレーザ光によって効率的に励
起可能な蛍光色素および６３０ないし６５０の波長のレ
ーザ光によって効率的に励起可能な蛍光色素を含んでい
る。
【００４８】励起光であるレーザ光の波長が異なると、
共焦点光学系のフォーカス位置も異なるが、本発明のさ
らに好ましい実施態様によれば、標識物質として使用さ
れる典型的な蛍光色素である４７０ないし４９０ｎｍの
波長のレーザ光によって効率的に励起可能な蛍光色素、
５３０ないし５４０ｎｍの波長のレーザ光によって効率
的に励起可能な蛍光色素および６３０ないし６５０の波
長のレーザ光によって効率的に励起可能な蛍光色素を含
んだスポットを用いて、４７０ないし４９０ｎｍの波長
のレーザ光、５３０ないし５４０ｎｍの波長のレーザ光
および６３０ないし６５０の波長のレーザ光に対する共
焦点光学系のフォーカス位置データを生成して、不揮発
性メモリに記憶させておくことができるから、典型的な
蛍光色素を最も効率的に励起することのできる波長のレ
ーザ光を、適宜、選択して、サンプルを励起して、サン
プルから放出された光を光電的に検出する場合にも、所
望のように、共焦点光学系のフォーカス位置を調整する
ことが可能になる。
【００４９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、蛍光またはフォトルミネッセンスを発し、レーザ光
の照射を受けても劣化することがない無機材料よりなる
支持体上に、前記支持体が露出される開口部が形成され
るように、金属膜を設けることによって、前記フォーカ
ス位置決定用デバイスが形成されている。
【００５０】蛍光色素は、レーザ光の照射を受けると、
経時的に劣化し、蛍光の発光量が低下し、精度よく、共
焦点光学系のフォーカス位置を決定できない場合がある
が、本発明のさらに好ましい実施態様によれば、蛍光ま
たはフォトルミネッセンスを発し、レーザ光の照射を受
けても劣化することがない無機材料よりなる支持体上
に、支持体が露出される開口部が形成されるように、金
属膜を設けることによって、フォーカス位置決定用デバ
イスが形成されているから、所望のように、高精度で、
共焦点光学系のフォーカス位置を決定することが可能に
なる。
【００５１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、ＩＶ族元素、ＩＩ−ＶＩ族化合物、
ＩＩＩ−Ｖ族化合物およびこれらの複合体よりなる群か
ら選ばれた材料によって形成されている。
【００５２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりな
る群から選ばれた材料を主成分とするガラスに、ＣｄＳ
−ＣｄＳｅの固溶体をドープして形成された色ガラスフ
ィルタによって形成されている。
【００５３】蛍光色素は、レーザ光の照射を受けると、
経時的に劣化し、蛍光の発光量が低下し、精度よく、共
焦点光学系のフォーカス位置を決定できない場合がある
が、本発明のさらに好ましい実施態様によれば、支持体
が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群から選ばれ
た材料を主成分とするガラスに、ＣｄＳ−ＣｄＳｅの固
溶体をドープして形成された色ガラスフィルタによって
形成され、レーザ光の照射を受けても劣化することがな
いから、所望のように、高精度で、共焦点光学系のフォ
ーカス位置を決定することが可能になる。
【００５４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりな
る群から選ばれた材料を主成分とするガラスに、ＺｎＳ
−ＣｄＳの固溶体をドープして形成された色ガラスフィ
ルタによって形成されている。
【００５５】蛍光色素は、レーザ光の照射を受けると、
経時的に劣化し、蛍光の発光量が低下し、精度よく、共
焦点光学系のフォーカス位置を決定できない場合がある
が、本発明のさらに好ましい実施態様によれば、支持体
が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群から選ばれ
た材料を主成分とするガラスに、ＺｎＳ−ＣｄＳの固溶
体をドープして形成された色ガラスフィルタによって形
成され、レーザ光の照射を受けても劣化することがない
から、所望のように、高精度で、共焦点光学系のフォー
カス位置を決定することが可能になる。
【００５６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、ＩｎＧａＡｓＰ層と、ＧａＡｓ層と
の積層体によって形成され、前記金属膜が、前記ＩｎＧ
ａＡｓＰ層上に設けられている。
【００５７】蛍光色素は、レーザ光の照射を受けると、
経時的に劣化し、蛍光の発光量が低下し、精度よく、共
焦点光学系のフォーカス位置を決定できない場合がある
が、本発明のさらに好ましい実施態様によれば、支持体
が、レーザ光の照射を受けても劣化することがないＩｎ
ＧａＡｓＰ層と、ＧａＡｓ層との積層体によって形成さ
れ、金属膜が、前記ＩｎＧａＡｓＰ層上に設けられてい
るから、所望のように、高精度で、共焦点光学系のフォ
ーカス位置を決定することが可能になる。
【００５８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属膜が、スパッタリング、ＣＶＤおよび蒸着
よりなる群から選ばれる形成方法によって形成されてい
る。
【００５９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属膜が、スパッタリングによって形成されて
いる。
【００６０】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属膜が、クロム、アルミニウム、金、ニッケ
ル−クロム合金およびチタン−ニッケル−クロム合金よ
りなる群から選ばれる材料によって形成されている。
【００６１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属膜が、クロムによって形成されている。
【００６２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記駆動手段が、ステッピングモータによって構成
されている。
【００６３】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記不揮発性メモリが、前記ステッピングモータに
与える駆動パルスの形で、前記フォーカス位置データを
記憶し、前記制御手段が、前記不揮発性メモリに記憶さ
れている駆動パルス数を補正して、前記ステッピングモ
ータに与え、前記共焦点光学系の対物レンズを移動さ
せ、前記対物レンズの位置を調整するように構成されて
いる。
【００６４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、さらに、データ処理装置を備え、前記不揮発性メモ
リが、前記光検出器が検出した前記蛍光またはフォトル
ミネッセンスの信号強度の積分値を、前記制御手段がプ
ロットし、ｎ次関数でフィッティングして、生成した前
記ｎ次関数の係数を記憶するとともに、前記少なくとも
１つの距離測定用デバイスの前記計測位置の前記基準位
置に対する変位を記憶しているように構成され、前記制
御手段または前記データ処理装置が、前記不揮発性メモ
リに記憶された前記ｎ次関数の係数と前記少なくとも１
つの距離測定用デバイスの前記計測位置の前記基準位置
に対する変位に基づいて、サンプルのディジタルデータ
中のシェーディングを補正するシェーディング補正デー
タを生成し、前記データ処理装置が、前記シェーディン
グ補正データに基づいて、前記サンプルのディジタルデ
ータを補正するように構成されている。
【００６５】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、不揮発性メモリが、光検出器が検出した蛍光または
フォトルミネッセンスの信号強度の積分値を、制御手段
がプロットし、ｎ次関数でフィッティングして、生成し
たｎ次関数の係数を記憶するとともに、少なくとも１つ
の距離測定用デバイスの計測位置の基準位置に対する変
位を記憶しているように構成され、制御手段またはデー
タ処理装置が、不揮発性メモリに記憶されたｎ次関数の
係数と少なくとも１つの距離測定用デバイスの計測位置
の基準位置に対する変位に基づいて、サンプルのディジ
タルデータ中のシェーディングを補正するシェーディン
グ補正データを生成し、シェーディング補正データに基
づいて、サンプルのディジタルデータを補正するように
構成されているから、共焦点光学系のフォーカス位置デ
ータとともに、シェーディング補正データを生成して、
シェーディングが補正されたサンプルのディジタルデー
タを生成することが可能になる。
【００６６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、さらに、データ処理装置を備え、前記不揮発性メモ
リが、前記光検出器が検出した前記蛍光またはフォトル
ミネッセンスの信号強度の積分値を、前記制御手段がプ
ロットし、ｎ次関数でフィッティングして、生成した前
記ｎ次関数の係数と、前記少なくとも１つの距離測定用
デバイスの前記計測位置の前記基準位置に対する変位に
基づいて、前記制御手段によって生成されたサンプルの
ディジタルデータ中のシェーディングを補正するシェー
ディング補正データを記憶しているように構成され、前
記データ処理装置が、前記シェーディング補正データに
基づいて、前記サンプルのディジタルデータを補正する
ように構成されている。
【００６７】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、不揮発性メモリが、光検出器が検出した蛍光または
フォトルミネッセンスの信号強度の積分値を、制御手段
がプロットし、ｎ次関数でフィッティングして、生成し
たｎ次関数の係数と、少なくとも１つの距離測定用デバ
イスの計測位置の基準位置に対する変位に基づいて、制
御手段によって生成されたサンプルのディジタルデータ
中のシェーディングを補正するシェーディング補正デー
タを記憶しているように構成され、データ処理装置が、
シェーディング補正データに基づいて、サンプルのディ
ジタルデータを補正するように構成されているから、共
焦点光学系のフォーカス位置データとともに、シェーデ
ィング補正データを生成して、シェーディングが補正さ
れたサンプルのディジタルデータを生成することが可能
になる。
【００６８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、さらに、メモリを備えたデータ処理装置を備え、前
記データ処理装置によって、光学的な平面性を保持して
加工可能で、レーザ光の照射を受けると、蛍光を放出す
る性質を有する支持体上に、金属膜のマスクが設けられ
て、それによって、前記支持体を露出する多数の開口部
が規則的に形成され、前記サンプルキャリアにセットさ
れて、前記サンプルステージに載置されたシェーディン
グ評価用デバイスを、前記少なくとも１つのレーザ励起
光源から発せられたレーザ光によって、走査し、前記開
口部を介して、前記支持体を励起し、前記支持体から放
出される蛍光を、前記開口部を介して、前記光検出器に
よって光電的に検出し、ディジタル化して、生成された
ディジタルデータに基づいて、前記シェーディング評価
用デバイスのディジタルデータが生成され、前記シェー
ディング評価用デバイスのディジタルデータに基づき、
生成されたシェーディング補正データが、前記不揮発性
メモリあるいは前記データ処理装置のメモリに記憶さ
れ、前記データ処理装置が、前記不揮発性メモリあるい
は前記メモリに記憶された前記シェーディング補正デー
タに基づいて、サンプルのディジタルデータを補正する
ように構成されている。
【００６９】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、さらに、メモリを備えたデータ処理装置を備え、デ
ータ処理装置によって、光学的な平面性を保持して加工
可能で、レーザ光の照射を受けると、蛍光を放出する性
質を有する支持体上に、金属膜のマスクが設けられて、
それによって、支持体を露出する多数の開口部が規則的
に形成され、サンプルキャリアにセットされて、サンプ
ルステージに載置されたシェーディング評価用デバイス
を、少なくとも１つのレーザ励起光源から発せられたレ
ーザ光によって、走査し、開口部を介して、支持体を励
起し、支持体から放出される蛍光を、開口部を介して、
光検出器によって光電的に検出し、ディジタル化して、
生成されたディジタルデータに基づいて、シェーディン
グ評価用デバイスのディジタルデータが生成され、シェ
ーディング評価用デバイスのディジタルデータに基づ
き、生成されたシェーディング補正データが、不揮発性
メモリあるいはデータ処理装置のメモリに記憶され、デ
ータ処理装置が、不揮発性メモリあるいはメモリに記憶
されたシェーディング補正データに基づいて、サンプル
のディジタルデータを補正するように構成されているか
ら、光学的な平面性を保持して加工可能で、レーザ光の
照射を受けると、蛍光を放出する性質を有する支持体上
に、金属膜のマスクが設けられ、支持体が露出される多
数の開口部を規則的に形成されたシェーディング評価用
デバイスを、レーザ光により走査して、シェーディング
補正データを生成し、不揮発性メモリあるいはデータ処
理装置のメモリに記憶させ、不揮発性メモリあるいはデ
ータ処理装置のメモリに記憶されたシェーディング補正
データを用いて、シェーディングが補正されたサンプル
のディジタルデータを生成することが可能になる。
【００７０】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記シェーディング評価用デバイスのディジタルデ
ータが、前記支持体から放出された蛍光を光電的に検出
して生成されたディジタルデータの信号強度を、前記開
口部ごとに積分して、生成されている。
【００７１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記開口部が、スリットによって形成されている。
【００７２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記開口部が、ピンホールによって形成されてい
る。
【００７３】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記シェーディング評価用デバイスのディジタルデ
ータが、前記シェーディング評価用デバイスに規則的に
形成された多数の前記開口部のうち、基準位置に位置す
る前記開口部に、共焦点光学系のフォーカスを合致させ
た後に、前記シェーディング評価用デバイスを、前記レ
ーザ光によって、走査して、前記多数の開口部を介し
て、前記支持体を励起し、前記支持体から放出される蛍
光を、前記多数の開口部を介して、光電的に検出し、デ
ィジタル化して、生成されている。
【００７４】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、基準位置に位置する開口部に対して、共焦点光学系
のフォーカスが最適に調整されているから、基準位置に
位置する開口部内の支持体が励起されて、放出した蛍光
を光電的に検出して得たディジタルデータの信号強度に
比して、基準位置に位置する開口部以外の開口部内の支
持体が励起されて、放出した蛍光を光電的に検出して得
たディジタルデータの信号強度は小さく、したがって、
シェーディング評価用デバイスのディジタルデータに基
づき、基準位置に位置する開口部以外の開口部内の支持
体が励起されて、放出した蛍光を光電的に検出して得た
ディジタルデータの信号強度が、基準位置に位置する開
口部内の支持体が励起されて、放出した蛍光を光電的に
検出して得たディジタルデータの信号強度と等しくなる
ように、ディジタルデータを補正することのできるシェ
ーディング補正データを生成し、こうして生成されたシ
ェーディング補正データを用いて、サンプルのディジタ
ルデータを補正することによって、サンプルのディジタ
ルデータのシェーディングを効果的に補正することが可
能になる。
【００７５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記レーザ光の波長毎に、前記シェーディング補正
データが生成され、前記不揮発性メモリあるいは前記デ
ータ処理装置の前記メモリに記憶されている。
【００７６】レーザ光の波長が異なると、共焦点光学系
のフォーカス位置が変化し、ディジタルデータ中に生成
されるシェーディングも変化するが、本発明のさらに好
ましい実施態様によれば、レーザ光の波長毎に、シェー
ディング補正データを生成され、不揮発性メモリあるい
はデータ処理装置のメモリに記憶されているから、蛍光
物質などの標識物質を最も効率的に励起することのでき
る波長のレーザ光を、適宜、選択して、サンプルを励起
して、サンプルから放出された光を光電的に検出する場
合にも、所望のように、サンプルのディジタルデータの
シェーディングを補正することが可能になる。
【００７７】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、ＩＶ族元素、ＩＩ−ＶＩ族化合物、
ＩＩＩ−Ｖ族化合物およびこれらの複合体よりなる群か
ら選ばれた材料によって形成されている。
【００７８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりな
る群から選ばれた材料を主成分とするガラスに、ＣｄＳ
−ＣｄＳｅの固溶体をドープして形成された色ガラスフ
ィルタによって形成されている。
【００７９】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群から選ばれ
た材料を主成分とするガラスに、ＣｄＳ−ＣｄＳｅの固
溶体をドープして形成された色ガラスフィルタは、光学
的な平面性を保持して加工可能であり、かつ、レーザ光
の照射を受けると、蛍光を放出する性質を有しており、
金属膜のマスクを色ガラスフィルタ上に設けることによ
って、色ガラスフィルタが露出される多数の開口部を規
則的に形成することができるから、レーザ光により、規
則的に形成された多数の開口部内の色ガラスフィルタ
を、走査して、多数の開口部内の色ガラスフィルタから
放出された蛍光を光電的に検出することによって、シェ
ーディング補正データを生成し、不揮発性メモリあるい
はデータ処理装置のメモリに記憶させ、不揮発性メモリ
あるいはデータ処理装置のメモリに記憶されたシェーデ
ィング補正データを用いて、精度よく、シェーディング
が補正されたサンプルのディジタルデータを生成するこ
とが可能になる。
【００８０】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりな
る群から選ばれた材料を主成分とするガラスに、ＺｎＳ
−ＣｄＳの固溶体をドープして形成された色ガラスフィ
ルタによって形成されている。
【００８１】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群から選ばれ
た材料を主成分とするガラスに、ＺｎＳ−ＣｄＳの固溶
体をドープして形成された色ガラスフィルタは、光学的
な平面性を保持して加工可能であり、かつ、レーザ光の
照射を受けると、蛍光を放出する性質を有しており、金
属膜のマスクを色ガラスフィルタ上に設けることによっ
て、色ガラスフィルタが露出される多数の開口部を規則
的に形成することができるから、レーザ光により、規則
的に形成された多数の開口部内の色ガラスフィルタを、
走査して、多数の開口部内の色ガラスフィルタから放出
された蛍光を光電的に検出することによって、シェーデ
ィング補正データを生成し、不揮発性メモリあるいはデ
ータ処理装置のメモリに記憶させ、不揮発性メモリある
いはデータ処理装置のメモリに記憶されたシェーディン
グ補正データを用いて、精度よく、シェーディングが補
正されたサンプルのディジタルデータを生成することが
可能になる。
【００８２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、ＩｎＧａＡｓＰ層と、ＧａＡｓ層と
の積層体によって形成され、前記金属膜が、前記ＩｎＧ
ａＡｓＰ層上に設けられている。
【００８３】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、ＩｎＧａＡｓＰ層と、ＧａＡｓ層との積層体は、光
学的な平面性を保持して加工可能であり、かつ、レーザ
光の照射を受けると、蛍光を放出する性質を有してお
り、金属膜のマスクを色ガラスフィルタ上に設けること
によって、色ガラスフィルタが露出される多数の開口部
を規則的に形成することができるから、レーザ光によっ
て、規則的に形成された多数の開口部内の色ガラスフィ
ルタを、走査して、多数の開口部内の色ガラスフィルタ
から放出された蛍光を光電的に検出することによって、
シェーディング補正データを生成し、不揮発性メモリあ
るいはデータ処理装置のメモリに記憶させ、不揮発性メ
モリあるいはデータ処理装置のメモリに記憶されたシェ
ーディング補正データを用いて、精度よく、シェーディ
ングが補正されたサンプルのディジタルデータを生成す
ることが可能になる。
【００８４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属のマスクが、スパッタリング、ＣＶＤおよ
び蒸着よりなる群から選ばれる形成方法によって形成さ
れている。
【００８５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属のマスクが、クロム、アルミニウム、金、
ニッケル−クロム合金およびチタン−ニッケル−クロム
よりなる群から選ばれる材料によって形成されている。
【００８６】本発明の前記目的はまた、共焦点光学系を
備えたスキャナの共焦点光学系のフォーカス位置データ
の生成方法であって、少なくとも１つの距離測定用デバ
イスを、少なくとも１つのサンプルを保持すべきサンプ
ルキャリアにセットして、サンプルステージに載置し、
前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記サンプ
ルキャリアにセットされた前記少なくとも１つの距離測
定用デバイスの表面の基準位置および前記基準位置とは
異なる少なくとも１つの計測位置との距離を計測し、位
置データを生成して、前記スキャナの不揮発性メモリに
記憶させるとともに、レーザ光の照射を受けると、蛍光
またはフォトルミネッセンスを発する発光材料を備えた
フォーカス位置決定用デバイスを、前記発光材料が前記
基準位置に位置するように、前記サンプルキャリアにセ
ットし、前記フォーカス位置決定用デバイスを、レーザ
光により、走査して、前記基準位置に位置した前記発光
材料を励起し、前記発光材料から放出される蛍光または
フォトルミネッセンスを光電的に検出し、共焦点光学系
の対物レンズの位置を、所定の移動ピッチで、変化させ
て、検出された前記蛍光またはフォトルミネッセンスの
信号強度に基づいて、前記共焦点光学系のフォーカス位
置を決定し、フォーカス位置データを生成して、前記不
揮発性メモリに記憶させることを特徴とするスキャナの
共焦点光学系のフォーカス位置データ生成方法によって
達成される。
【００８７】本発明によれば、少なくとも１つの距離測
定用デバイスを、少なくとも１つのサンプルを保持すべ
きサンプルキャリアにセットして、サンプルステージに
載置し、共焦点光学系を構成する対物レンズと、サンプ
ルキャリアにセットされた少なくとも１つの距離測定用
デバイスの表面の基準位置および基準位置とは異なる少
なくとも１つの計測位置との距離を計測し、位置データ
を生成して、スキャナの不揮発性メモリに記憶させると
ともに、レーザ光の照射を受けると、蛍光またはフォト
ルミネッセンスを発する発光材料を備えたフォーカス位
置決定用デバイスを、発光材料が基準位置に位置するよ
うに、サンプルキャリアにセットし、フォーカス位置決
定用デバイスを、レーザ光により、走査して、基準位置
に位置した発光材料を励起し、発光材料から放出される
蛍光またはフォトルミネッセンスを光電的に検出し、共
焦点光学系の対物レンズの位置を、所定の移動ピッチ
で、変化させて、検出された蛍光またはフォトルミネッ
センスの信号強度に基づいて、共焦点光学系のフォーカ
ス位置を決定し、フォーカス位置データを生成して、不
揮発性メモリに記憶させるように構成されているから、
不揮発性メモリから読み出した共焦点光学系のフォーカ
ス位置データを、不揮発性メモリから読み出した位置デ
ータにしたがって、補正し、補正された共焦点光学系の
フォーカス位置データに基づき、共焦点光学系の対物レ
ンズを移動させ、対物レンズの位置を調整することがで
き、したがって、反射光検出光学系、センサ、検出回路
などの特別な機構を備えたオートフォーカスなどを必要
とせずに、共焦点光学系のフォーカスを、所望のよう
に、調整することが可能になる。
【００８８】本発明の好ましい実施態様においては、検
出された前記蛍光またはフォトルミネッセンスの信号強
度の積分値が最大となる前記共焦点光学系の対物レンズ
の位置を、前記共焦点光学系のフォーカス位置として決
定するように構成されている。
【００８９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記サ
ンプルキャリアにセットされた前記少なくとも１つの距
離測定用デバイスの前記表面の基準位置および前記基準
位置とは異なる少なくとも１つの計測位置との距離を計
測し、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なく
とも１つの距離測定用デバイスの前記表面の基準位置に
対する前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記
表面の基準位置とは異なる少なくとも１つの計測位置の
変位を算出して、前記位置データを生成するように構成
されている。
【００９０】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記サ
ンプルキャリアにセットされた前記少なくとも１つの距
離測定用デバイスの前記表面の基準位置と、前記基準位
置とは異なる２以上の計測位置との距離を計測して、前
記サンプルキャリアにセットされた前記少なくとも１つ
の距離測定用デバイスの前記表面の基準位置に対する前
記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面の前
記基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位を算出
し、前記距離測定用デバイスの表面の基準位置に対する
前記基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位を平均
して、前記位置データを生成するように構成されてい
る。
【００９１】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、共焦点光学系を構成する対物レンズと、サンプルキ
ャリアにセットされた少なくとも１つの距離測定用デバ
イスの表面の基準位置と、基準位置とは異なる２以上の
計測位置との距離を計測して、サンプルキャリアにセッ
トされた少なくとも１つの距離測定用デバイスの表面の
基準位置に対する少なくとも１つの距離測定用デバイス
の表面の基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位を
算出し、距離測定用デバイスの表面の基準位置に対する
基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位を平均し
て、位置データを生成するように構成されているから、
より高精度に、共焦点光学系のフォーカスを調整するこ
とが可能になる。
【００９２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記共焦点光学系を構成す
る対物レンズと、前記サンプルキャリアにセットされた
前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面の
基準位置と、前記基準位置とは異なる２以上の計測位置
との距離を計測して、前記サンプルキャリアにセットさ
れた前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表
面の基準位置に対する前記少なくとも１つの距離測定用
デバイスの前記表面の前記基準位置とは異なる２以上の
計測位置の変位を算出し、算出された前記距離測定用デ
バイスの表面の基準位置に対する前記基準位置とは異な
る２以上の計測位置の変位の温度係数を、前記不揮発性
メモリに記憶させるとともに、前記共焦点光学系のフォ
ーカス位置データを生成した際の前記スキャナ内の平均
温度を、前記不揮発性メモリに記憶させるように構成さ
れている。
【００９３】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、共焦点光学系を構成する対
物レンズと、サンプルキャリアにセットされた少なくと
も１つの距離測定用デバイスの表面の基準位置と、基準
位置とは異なる２以上の計測位置との距離を計測して、
サンプルキャリアにセットされた少なくとも１つの距離
測定用デバイスの表面の基準位置に対する少なくとも１
つの距離測定用デバイスの表面の基準位置とは異なる２
以上の計測位置の変位を算出し、算出された距離測定用
デバイスの表面の基準位置に対する基準位置とは異なる
２以上の計測位置の変位の温度係数を、不揮発性メモリ
に記憶させるとともに、共焦点光学系のフォーカス位置
データを生成した際のスキャナ内の平均温度を、不揮発
性メモリに記憶させるように構成されているから、不揮
発性メモリから読み出した共焦点光学系のフォーカス位
置データを、スキャナ内の温度と共焦点光学系のフォー
カス位置データを生成した際のスキャナ内の平均温度と
の温度差に応じ、不揮発性メモリから読み出した距離測
定用デバイスの表面の基準位置に対する基準位置とは異
なる２以上の計測位置の変位の温度係数にしたがって、
補正して、補正した共焦点光学系のフォーカス位置デー
タに基づき、共焦点光学系の対物レンズを移動させて、
対物レンズの位置を調整することにより、スキャナ内の
温度が変化した場合にも、所望のように、共焦点光学系
のフォーカスを調整することが可能になる。
【００９４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記サンプルキャリアが、２以上のサンプルを保持
可能に構成され、２以上の距離測定用デバイスがセット
された前記サンプルキャリアを、前記サンプルステージ
に載置し、前記サンプルキャリアにセットされた前記２
以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記共焦
点光学系を構成する対物レンズと、前記距離測定用デバ
イスの表面の３以上の異なる計測位置との距離を計測
し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定
用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つを基準位置
として、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれに
つき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位を算出
し、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつ
き、前記基準位置に対する前記計測位置の変位を平均し
て、前記位置データを生成して、前記不揮発性メモリに
記憶させるように構成されている。
【００９５】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、サンプルキャリアが、２以上のサンプルを保持可能
に構成され、２以上の距離測定用デバイスがセットされ
たサンプルキャリアを、サンプルステージに載置し、サ
ンプルキャリアにセットされた２以上の距離測定用デバ
イスのそれぞれにつき、共焦点光学系を構成する対物レ
ンズと、距離測定用デバイスの表面の３以上の異なる計
測位置との距離を計測し、２以上の距離測定用デバイス
の１つの距離測定用デバイスの表面の計測位置の１つを
基準位置として、２以上の距離測定用デバイスのそれぞ
れにつき、基準位置に対する計測位置の変位を算出し、
２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、基準位
置に対する計測位置の変位を平均して、位置データを生
成して、不揮発性メモリに記憶させるように構成されて
いるから、２以上の距離測定用デバイスがセットされた
位置に対応するサンプルキャリアの位置にセットされた
サンプル毎に、不揮発性メモリから読み出した位置デー
タに基づいて、不揮発性メモリから読み出した共焦点光
学系のフォーカス位置データを補正し、補正された共焦
点光学系のフォーカス位置データにしたがって、共焦点
光学系の対物レンズを移動させ、対物レンズの位置を調
整することによって、サンプルキャリアにセットされた
複数のサンプル毎に、所望のように、共焦点光学系のフ
ォーカスを調整することが可能になる。
【００９６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の３以上の異なる計測位置
との距離を計測し、前記２以上の距離測定用デバイスの
１つの距離測定用デバイスの前記表面の１つの計測位置
を基準位置として、前記２以上の距離測定用デバイスの
それぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置の
変位を算出して、前記基準位置に対する前記計測位置の
変位の温度係数を算出し、前記不揮発性メモリに記憶さ
せるとともに、前記共焦点光学系のフォーカス位置デー
タを生成した際の前記スキャナ内の平均温度を、前記不
揮発性メモリに記憶させるように構成されている。
【００９７】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、サンプルキャリアにセットされた２以上の距離測定
用デバイスのそれぞれにつき、共焦点光学系を構成する
対物レンズと、距離測定用デバイスの表面の３以上の異
なる計測位置との距離を計測し、２以上の距離測定用デ
バイスの１つの距離測定用デバイスの表面の１つの計測
位置を基準位置として、２以上の距離測定用デバイスの
それぞれにつき、基準位置に対する計測位置の変位を算
出して、基準位置に対する計測位置の変位の温度係数を
算出し、不揮発性メモリに記憶させるとともに、共焦点
光学系のフォーカス位置データを生成した際のスキャナ
内の平均温度を、不揮発性メモリに記憶させるように構
成されているから、２以上の距離測定用デバイスのそれ
ぞれに対して、不揮発性メモリから読み出した共焦点光
学系のフォーカス位置データを、スキャナ内の温度と共
焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際のスキ
ャナ内の平均温度との温度差に応じ、不揮発性メモリか
ら読み出した２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの
温度係数にしたがって、補正し、補正した共焦点光学系
のフォーカス位置データに基づいて、共焦点光学系の対
物レンズを移動させ、対物レンズの位置を調整すること
によって、スキャナ内の温度が変化した場合にも、サン
プルキャリアにセットされた複数のサンプル毎に、所望
のように、精度よく、共焦点光学系のフォーカスを調整
することが可能になる。
【００９８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記サンプルキャリアにセットされた前記２以上の
距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記共焦点光学
系を構成する対物レンズと、前記距離測定用デバイスの
表面の主走査ライン毎に少なくとも２つの異なる計測位
置との距離を計測し、前記２以上の距離測定用デバイス
の１つの距離測定用デバイスの前記表面の前記計測位置
の１つを基準位置として、前記２以上の距離測定用デバ
イスのそれぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測
位置の変位を算出し、前記２以上の距離測定用デバイス
のそれぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置
の変位を平均して、前記位置データを生成し、前記不揮
発性メモリに記憶させるように構成されている。
【００９９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に少なく
とも２つの異なる計測位置との距離を計測し、前記２以
上の距離測定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの
前記表面の前記計測位置の１つを基準位置として、前記
２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基
準位置に対する前記計測位置の変位を算出して、前記基
準位置に対する前記計測位置の変位の温度係数を算出
し、前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係
数の平均値を、前記不揮発性メモリに記憶させるととも
に、前記共焦点光学系のフォーカス位置データを生成し
た際の前記スキャナ内の平均温度を、前記不揮発性メモ
リに記憶させるように構成されている。
【０１００】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、サンプルキャリアにセット
された２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、
共焦点光学系を構成する対物レンズと、距離測定用デバ
イスの表面の主走査ライン毎に少なくとも２つの異なる
計測位置との距離を計測し、２以上の距離測定用デバイ
スの１つの距離測定用デバイスの表面の計測位置の１つ
を基準位置として、２以上の距離測定用デバイスのそれ
ぞれにつき、基準位置に対する計測位置の変位を算出し
て、基準位置に対する計測位置の変位の温度係数を算出
し、基準位置に対する計測位置の変位の温度係数の平均
値を、不揮発性メモリに記憶させるとともに、共焦点光
学系のフォーカス位置データを生成した際のスキャナ内
の平均温度を、不揮発性メモリに記憶させるように構成
されているから、２以上の距離測定用デバイスのそれぞ
れに対して、不揮発性メモリから読み出した共焦点光学
系のフォーカス位置データを、スキャナ内の温度と共焦
点光学系のフォーカス位置データを生成した際のスキャ
ナ内の平均温度との温度差に応じて、不揮発性メモリか
ら読み出した２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの
温度係数にしたがって、補正し、補正した共焦点光学系
のフォーカス位置データに基づいて、共焦点光学系の対
物レンズを移動させ、対物レンズの位置を調整すること
によって、スキャナ内の温度が変化した場合にも、サン
プルキャリアにセットされた複数のサンプル毎に、より
高精度で、所望のように、共焦点光学系のフォーカスを
調整することが可能になる。
【０１０１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記サンプルキャリアにセットされた前記２以上の
距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記共焦点光学
系を構成する対物レンズと、前記距離測定用デバイスの
表面の主走査ライン毎に３つの異なる計測位置との距離
を計測し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距
離測定用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つを基
準位置として、前記２以上の距離測定用デバイスのそれ
ぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位
を算出し、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位を平
均して、前記位置データを生成し、前記不揮発性メモリ
に記憶させるように構成されている。
【０１０２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に３つの
異なる計測位置との距離を計測し、前記２以上の距離測
定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記表面の
前記計測位置の１つを基準位置として、前記２以上の距
離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対
する前記計測位置の変位を算出して、前記基準位置に対
する前記計測位置の変位の温度係数を算出し、前記基準
位置に対する前記計測位置の変位の温度係数の平均値
を、温度係数として、前記不揮発性メモリに記憶させる
とともに、前記共焦点光学系のフォーカス位置データを
生成した際の前記スキャナ内の平均温度を、前記不揮発
性メモリに記憶させるように構成されている。
【０１０３】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定
数の主走査ライン毎に、前記基準位置に対する前記計測
位置の変位を平均し、前記位置データを生成して、前記
不揮発性メモリに記憶させるように構成されている。
【０１０４】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数の
主走査ライン毎に、基準位置に対する計測位置の変位を
平均し、位置データを生成して、不揮発性メモリに記憶
させるように構成されているから、２以上の距離測定用
デバイスがセットされた位置に対応するサンプルキャリ
アの位置にセットされたサンプルの所定数の主走査ライ
ンに対応する主走査ライン毎に、不揮発性メモリから読
み出した位置データに基づいて、不揮発性メモリから読
み出した共焦点光学系のフォーカス位置データを補正
し、補正した共焦点光学系のフォーカス位置データにし
たがって、共焦点光学系の対物レンズを移動させ、対物
レンズの位置を調整することによって、よりきめこまか
く、共焦点光学系の対物レンズの位置を調整することが
でき、したがって、サンプルキャリアにセットされた複
数のサンプル毎に、より高精度で、所望のように、共焦
点光学系のフォーカスを調整することが可能になる。
【０１０５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
の所定数の主走査ライン毎に、前記共焦点光学系を構成
する対物レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主
走査ライン毎に３つの異なる計測位置との距離を計測
し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定
用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つを基準位置
として、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの
所定数の主走査ライン毎に、前記基準位置に対する前記
計測位置の変位を算出して、前記基準位置に対する前記
計測位置の変位の温度係数を算出し、前記２以上の距離
測定用デバイスのそれぞれの所定数の主走査ライン毎
に、前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係
数の平均値を、温度係数として、前記不揮発性メモリに
記憶させるとともに、前記共焦点光学系のフォーカス位
置データを生成した際の前記スキャナ内の平均温度を、
前記不揮発性メモリに記憶させるように構成されてい
る。
【０１０６】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、サンプルキャリアにセット
された２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数
の主走査ライン毎に、共焦点光学系を構成する対物レン
ズと、距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に３
つの異なる計測位置との距離を計測し、２以上の距離測
定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの表面の計測
位置の１つを基準位置として、２以上の距離測定用デバ
イスのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、基準位置
に対する計測位置の変位を算出して、基準位置に対する
計測位置の変位の温度係数を算出し、２以上の距離測定
用デバイスのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、基
準位置に対する計測位置の変位の温度係数の平均値を、
温度係数として、不揮発性メモリに記憶させるととも
に、共焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際
のスキャナ内の平均温度を、不揮発性メモリに記憶させ
るように構成されているから、２以上の距離測定用デバ
イスがセットされた位置に対応するサンプルキャリアの
位置にセットされたサンプルの所定数の主走査ラインに
対応する主走査ライン毎に、不揮発性メモリから読み出
した共焦点光学系のフォーカス位置データを、スキャナ
内の温度と共焦点光学系のフォーカス位置データを生成
した際のスキャナ内の平均温度との温度差に応じ、不揮
発性メモリから読み出した２以上の距離測定用デバイス
のそれぞれの所定数の主走査ラインの温度係数にしたが
って、補正し、補正した共焦点光学系のフォーカス位置
データに基づき、共焦点光学系の対物レンズを移動さ
せ、対物レンズの位置を調整することによって、スキャ
ナ内の温度が変化した場合にも、よりきめこまかく、共
焦点光学系の対物レンズの位置を調整することができ、
したがって、サンプルキャリアにセットされた複数のサ
ンプル毎に、より高精度で、所望のように、共焦点光学
系のフォーカスを調整することが可能になる。
【０１０７】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、レーザ光の波長ごとに、前記共焦点光学系のフォー
カス位置データを生成して、前記不揮発性メモリに記憶
させるように構成されている。
【０１０８】励起光であるレーザ光の波長が異なると、
共焦点光学系のフォーカス位置も異なるが、本発明のさ
らに好ましい実施態様によれば、レーザ光の波長ごと
に、共焦点光学系のフォーカス位置データを生成して、
不揮発性メモリに記憶させるように構成されているか
ら、２以上のレーザ励起光源のうち、サンプルを走査す
るために使用するレーザ励起光源から発せられるレーザ
光の波長に対応する共焦点光学系のフォーカス位置デー
タを、不揮発性メモリから読み出し、読み出した共焦点
光学系のフォーカス位置データに基づいて、共焦点光学
系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの位置を調
整することによって、標識物質である蛍光色素を最も効
率的に励起することのできる波長のレーザ光を、適宜、
選択して、サンプルを励起して、サンプルから放出され
た光を光電的に検出する場合にも、所望のように、共焦
点光学系のフォーカス位置を調整することが可能にな
る。
【０１０９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記距離測定用デバイスが、表面に金属膜を備え、
静電容量形変位計を用いて、前記位置データを生成する
ように構成されている。
【０１１０】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、距離測定用デバイスが、表面に金属膜を備え、静電
容量形変位計を用いて、位置データが生成されているか
ら、サブミクロンのオーダーで、距離データを生成する
ことが可能になり、したがって、精度よく、共焦点光学
系のフォーカス位置を調整することが可能になる。
【０１１１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記位置データを、光学的に生成するように構成さ
れている。
【０１１２】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、オートフォーカスやレーザ変位計などを用いて、位
置データを生成する場合にも、生成された位置データを
不揮発性メモリに記憶させておくだけでよく、スキャナ
自体が、オートフォーカス機能を有している必要はない
から、反射光検出光学系、センサ、検出回路などの特別
な機構を備えたオートフォーカスなどを必要とせずに、
共焦点光学系のフォーカスを、所望のように、調整する
ことが可能になる。
【０１１３】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記距離測定用デバイスの前記金属膜が、スパッタ
リング、ＣＶＤおよび蒸着よりなる群から選ばれる形成
方法によって形成されている。
【０１１４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記距離測定用デバイスの前記金属膜が、スパッタ
リングによって形成されている。
【０１１５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記距離測定用デバイスの前記金属膜が、クロム、
アルミニウム、金、ニッケル−クロム合金およびチタン
−ニッケル−クロムよりなる群から選ばれる材料によっ
て形成されている。
【０１１６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記距離測定用デバイスの前記金属膜が、クロムに
よって形成されている。
【０１１７】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記フォーカス位置決定用デバイスが、表面に、少
なくとも１種の蛍光色素を含む１つのスポットが形成さ
れたスライドガラス板によって構成されている。
【０１１８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記スポットが、効率的に励起可能なレーザ光の波
長を異にする２種以上の蛍光色素を含んでいる。
【０１１９】励起光であるレーザ光の波長が異なると、
共焦点光学系のフォーカス位置も異なるが、本発明のさ
らに好ましい実施態様によれば、スポットが、効率的に
励起可能なレーザ光の波長を異にする２種以上の蛍光色
素を含んでいるから、異なる波長のレーザ光に対して、
共焦点光学系のフォーカス位置データを生成して、不揮
発性メモリに記憶させておくことができ、したがって、
標識物質である蛍光色素を最も効率的に励起することの
できる波長のレーザ光を、適宜、選択して、サンプルを
励起して、サンプルから放出された光を光電的に検出す
る場合にも、所望のように、共焦点光学系のフォーカス
位置を調整することが可能になる。
【０１２０】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記スポットが、４７０ないし４９０ｎｍの波長の
レーザ光によって効率的に励起可能な蛍光色素、５３０
ないし５４０ｎｍの波長のレーザ光によって効率的に励
起可能な蛍光色素および６３０ないし６５０の波長のレ
ーザ光によって効率的に励起可能な蛍光色素を含んでい
る。
【０１２１】励起光であるレーザ光の波長が異なると、
共焦点光学系のフォーカス位置も異なるが、本発明のさ
らに好ましい実施態様によれば、標識物質として使用さ
れる典型的な蛍光色素である４７０ないし４９０ｎｍの
波長のレーザ光によって効率的に励起可能な蛍光色素、
５３０ないし５４０ｎｍの波長のレーザ光によって効率
的に励起可能な蛍光色素および６３０ないし６５０の波
長のレーザ光によって効率的に励起可能な蛍光色素を含
んだスポットを用いて、４７０ないし４９０ｎｍの波長
のレーザ光、５３０ないし５４０ｎｍの波長のレーザ光
および６３０ないし６５０の波長のレーザ光に対する共
焦点光学系のフォーカス位置データを生成して、不揮発
性メモリに記憶させておくことができるから、典型的な
蛍光色素を最も効率的に励起することのできる波長のレ
ーザ光を、適宜、選択して、サンプルを励起して、サン
プルから放出された光を光電的に検出する場合にも、所
望のように、共焦点光学系のフォーカス位置を調整する
ことが可能になる。
【０１２２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、蛍光またはフォトルミネッセンスを発し、レーザ光
の照射を受けても劣化することがない無機材料よりなる
支持体上に、前記支持体が露出される開口部が形成され
るように、金属膜を設けることによって、前記フォーカ
ス位置決定用デバイスが形成されている。
【０１２３】蛍光色素は、レーザ光の照射を受けると、
経時的に劣化し、蛍光の発光量が低下し、精度よく、共
焦点光学系のフォーカス位置を決定できない場合がある
が、本発明のさらに好ましい実施態様によれば、蛍光ま
たはフォトルミネッセンスを発し、レーザ光の照射を受
けても劣化することがない無機材料よりなる支持体上
に、支持体が露出される開口部が形成されるように、金
属膜を設けることによって、フォーカス位置決定用デバ
イスが形成されているから、所望のように、高精度で、
共焦点光学系のフォーカス位置を決定することが可能に
なる。
【０１２４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、ＩＶ族元素、ＩＩ−ＶＩ族化合物、
ＩＩＩ−Ｖ族化合物およびこれらの複合体よりなる群か
ら選ばれた材料によって形成されている。
【０１２５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりな
る群から選ばれた材料を主成分とするガラスに、ＣｄＳ
−ＣｄＳｅの固溶体をドープして形成された色ガラスフ
ィルタによって形成されている。
【０１２６】蛍光色素は、レーザ光の照射を受けると、
経時的に劣化し、蛍光の発光量が低下し、精度よく、共
焦点光学系のフォーカス位置を決定できない場合がある
が、本発明のさらに好ましい実施態様によれば、支持体
が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群から選ばれ
た材料を主成分とするガラスに、ＣｄＳ−ＣｄＳｅの固
溶体をドープして形成された色ガラスフィルタによって
形成され、レーザ光の照射を受けても劣化することがな
いから、所望のように、高精度で、共焦点光学系のフォ
ーカス位置を決定することが可能になる。
【０１２７】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりな
る群から選ばれた材料を主成分とするガラスに、ＺｎＳ
−ＣｄＳの固溶体をドープして形成された色ガラスフィ
ルタによって形成されている。
【０１２８】蛍光色素は、レーザ光の照射を受けると、
経時的に劣化し、蛍光の発光量が低下し、精度よく、共
焦点光学系のフォーカス位置を決定できない場合がある
が、本発明のさらに好ましい実施態様によれば、支持体
が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群から選ばれ
た材料を主成分とするガラスに、ＺｎＳ−ＣｄＳの固溶
体をドープして形成された色ガラスフィルタによって形
成され、レーザ光の照射を受けても劣化することがない
から、所望のように、高精度で、共焦点光学系のフォー
カス位置を決定することが可能になる。
【０１２９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、ＩｎＧａＡｓＰ層と、ＧａＡｓ層と
の積層体によって形成され、前記金属膜が、前記ＩｎＧ
ａＡｓＰ層上に設けられている。
【０１３０】蛍光色素は、レーザ光の照射を受けると、
経時的に劣化し、蛍光の発光量が低下し、精度よく、共
焦点光学系のフォーカス位置を決定できない場合がある
が、本発明のさらに好ましい実施態様によれば、レーザ
光の照射を受けても劣化することがないＩｎＧａＡｓＰ
層と、ＧａＡｓ層との積層体によって形成され、金属膜
が、前記ＩｎＧａＡｓＰ層上に設けられているから、所
望のように、高精度で、共焦点光学系のフォーカス位置
を決定することが可能になる。
【０１３１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属膜が、スパッタリング、ＣＶＤおよび蒸着
よりなる群から選ばれる形成方法によって形成されてい
る。
【０１３２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属膜が、スパッタリングによって形成されて
いる。
【０１３３】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属膜が、クロム、アルミニウム、金、ニッケ
ル−クロム合金およびチタン−ニッケル−クロムよりな
る群から選ばれる材料によって形成されている。
【０１３４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属膜が、クロムによって形成されている。
【０１３５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、ステッピングモータによって、前記共焦点光学系の
対物レンズの位置を調整するように構成されている。
【０１３６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記フォーカス位置データを、前記ステッピングモ
ータに与える駆動パルスの形で生成し、前記不揮発性メ
モリに記憶させ、前記不揮発性メモリに記憶されている
駆動パルス数を補正して、前記ステッピングモータに与
え、前記共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対
物レンズの位置を調整するように構成されている。
【０１３７】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、さらに、検出した前記蛍光またはフォトルミネッセ
ンスの信号強度の積分値をプロットし、ｎ次関数でフィ
ッティングして、前記ｎ次関数の係数を生成して、前記
不揮発性メモリに記憶させるとともに、前記少なくとも
１つの距離測定用デバイスの前記計測位置の前記基準位
置に対する変位を、前記不揮発性メモリに記憶させるよ
うに構成されている。
【０１３８】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、さらに、検出した蛍光またはフォトルミネッセンス
の信号強度の積分値をプロットし、ｎ次関数でフィッテ
ィングして、ｎ次関数の係数を生成して、不揮発性メモ
リに記憶させるとともに、少なくとも１つの距離測定用
デバイスの計測位置の基準位置に対する変位を、不揮発
性メモリに記憶させるように構成されているから、不揮
発性メモリから読み出したｎ次関数の係数と少なくとも
１つの距離測定用デバイスの計測位置の基準位置に対す
る変位に基づいて、サンプルのディジタルデータ中のシ
ェーディングを補正するシェーディング補正データを生
成し、シェーディング補正データに基づいて、サンプル
のディジタルデータを補正することによって、共焦点光
学系のフォーカス位置データとともに、シェーディング
補正データを生成して、シェーディングが補正されたサ
ンプルのディジタルデータを生成することが可能にな
る。
【０１３９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、さらに、検出した前記蛍光またはフォトルミネッセ
ンスの信号強度の積分値をプロットし、ｎ次関数でフィ
ッティングして、前記ｎ次関数の係数を生成し、前記ｎ
次関数の係数と、前記少なくとも１つの距離測定用デバ
イスの前記計測位置の前記基準位置に対する変位とに基
づいて、サンプルのディジタルデータ中のシェーディン
グを補正するシェーディング補正データを生成して、前
記不揮発性メモリに記憶させるように構成されている。
【０１４０】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、さらに、検出した蛍光またはフォトルミネッセンス
の信号強度の積分値をプロットし、ｎ次関数でフィッテ
ィングして、ｎ次関数の係数を生成し、ｎ次関数の係数
と、少なくとも１つの距離測定用デバイスの計測位置の
基準位置に対する変位とに基づいて、サンプルのディジ
タルデータ中のシェーディングを補正するシェーディン
グ補正データを生成して、不揮発性メモリに記憶させる
ように構成されているから、共焦点光学系のフォーカス
位置データとともに生成され、不揮発性メモリに記憶さ
れたシェーディング補正データを用いて、シェーディン
グが補正されたサンプルのディジタルデータを生成する
ことが可能になる。
【０１４１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、光学的な平面性を保持して加工可能で、レーザ光の
照射を受けると、蛍光を放出する性質を有する支持体上
に、金属膜のマスクが設けられて、それによって、前記
支持体を露出する多数の開口部が規則的に形成されたシ
ェーディング評価用デバイスを、前記サンプルキャリア
にセットして、前記サンプルステージに載置し、レーザ
光によって、走査して、前記開口部を介して、前記支持
体を励起し、前記支持体から放出される蛍光を、前記開
口部を介して、光電的に検出し、ディジタル化して、生
成されたディジタルデータに基づいて、前記シェーディ
ング評価用デバイスのディジタルデータを生成し、前記
シェーディング評価用デバイスのディジタルデータに基
づき、シェーディング補正データを生成して、前記不揮
発性メモリあるいは前記スキャナのメモリに記憶させる
ように構成されている。
【０１４２】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、光学的な平面性を保持して加工可能で、レーザ光の
照射を受けると、蛍光を放出する性質を有する支持体上
に、金属膜のマスクが設けられて、それによって、支持
体を露出する多数の開口部が規則的に形成されたシェー
ディング評価用デバイスを、サンプルキャリアにセット
して、サンプルステージに載置し、レーザ光によって、
走査して、開口部を介して、支持体を励起し、支持体か
ら放出される蛍光を、開口部を介して、光電的に検出
し、ディジタル化して、生成されたディジタルデータに
基づいて、シェーディング評価用デバイスのディジタル
データを生成し、シェーディング評価用デバイスのディ
ジタルデータに基づき、シェーディング補正データを生
成して、不揮発性メモリあるいはスキャナのメモリに記
憶させるように構成されているから、不揮発性メモリあ
るいはスキャナのメモリに記憶されたシェーディング補
正データを読み出して、サンプルのディジタルデータを
補正することが可能になる。
【０１４３】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体から放出された蛍光を光電的に検出して
生成された信号強度を、前記開口部ごとに積分して、前
記シェーディング評価用デバイスのディジタルデータを
生成するように構成されている。
【０１４４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記開口部が、スリットによって形成されている。
【０１４５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記開口部が、ピンホールによって形成されてい
る。
【０１４６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記シェーディング評価用デバイスに規則的に形成
された多数の前記開口部のうち、基準位置に位置する前
記開口部に、共焦点光学系のフォーカスを合致させた後
に、前記シェーディング評価用デバイスを、前記レーザ
光によって、走査して、前記多数の開口部を介して、前
記支持体を励起し、前記支持体から放出される蛍光を、
前記多数の開口部を介して、光電的に検出し、ディジタ
ル化して、前記シェーディング評価用デバイスのディジ
タルデータを生成するように構成されている。
【０１４７】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、基準位置に位置する開口部に対して、共焦点光学系
のフォーカスが最適に調整されているから、基準位置に
位置する開口部内の支持体が励起されて、放出した蛍光
を光電的に検出して得たディジタルデータの信号強度に
比して、基準位置に位置する開口部以外の開口部内の支
持体が励起されて、放出した蛍光を光電的に検出して得
たディジタルデータの信号強度は小さく、したがって、
シェーディング評価用デバイスのディジタルデータに基
づき、基準位置に位置する開口部以外の開口部内の支持
体が励起されて、放出した蛍光を光電的に検出して得た
ディジタルデータの信号強度が、基準位置に位置する開
口部内の支持体が励起されて、放出した蛍光を光電的に
検出して得たディジタルデータの信号強度と等しくなる
ように、ディジタルデータを補正することのできるシェ
ーディング補正データを生成し、こうして生成されたシ
ェーディング補正データを用いて、サンプルのディジタ
ルデータを補正することによって、サンプルのディジタ
ルデータのシェーディングを効果的に補正することが可
能になる。
【０１４８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記レーザ光の波長毎に、前記シェーディング補正
データを生成して、前記不揮発性メモリあるいは前記ス
キャナの前記メモリに記憶させるように構成されてい
る。
【０１４９】レーザ光の波長が異なると、共焦点光学系
のフォーカス位置が変化し、ディジタルデータ中に生成
されるシェーディングも変化するが、本発明のさらに好
ましい実施態様によれば、レーザ光の波長毎に、シェー
ディング補正データを生成され、不揮発性メモリあるい
はスキャナのメモリに記憶させているから、蛍光物質な
どの標識物質を最も効率的に励起することのできる波長
のレーザ光を、適宜、選択して、サンプルを励起して、
サンプルから放出された光を光電的に検出する場合に
も、所望のように、サンプルのディジタルデータのシェ
ーディングを補正することが可能になる。
【０１５０】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、ＩＶ族元素、ＩＩ−ＶＩ族化合物、
ＩＩＩ−Ｖ族化合物およびこれらの複合体よりなる群か
ら選ばれた材料によって形成されている。
【０１５１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりな
る群から選ばれた材料を主成分とするガラスに、ＣｄＳ
−ＣｄＳｅの固溶体をドープして形成された色ガラスフ
イルタによって形成されている。
【０１５２】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群から選ばれ
た材料を主成分とするガラスに、ＣｄＳ−ＣｄＳｅの固
溶体をドープして形成された色ガラスフィルタは、光学
的な平面性を保持して加工可能であり、かつ、レーザ光
の照射を受けると、蛍光を放出する性質を有しており、
金属膜のマスクを支持体上に設けることによって、支持
体が露出される多数の開口部を規則的に形成することが
できるから、レーザ光により、規則的に形成された多数
の開口部内の支持体を、走査して、多数の開口部内の支
持体から放出された蛍光を光電的に検出することによっ
て、データのシェーディングを精度よく評価して、シェ
ーディング補正データを生成し、不揮発性メモリあるい
はスキャナのメモリに記憶させ、不揮発性メモリあるい
はスキャナのメモリに記憶されたシェーディング補正デ
ータを用いて、精度よく、シェーディングが補正された
サンプルのディジタルデータを生成することが可能にな
る。
【０１５３】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりな
る群から選ばれた材料を主成分とするガラスに、ＺｎＳ
−ＣｄＳの固溶体をドープして形成された色ガラスフィ
ルタによって形成されている。
【０１５４】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群から選ばれ
た材料を主成分とするガラスに、ＺｎＳ−ＣｄＳの固溶
体をドープして形成された色ガラスフィルタは、光学的
な平面性を保持して加工可能であり、かつ、レーザ光の
照射を受けると、蛍光を放出する性質を有しており、金
属膜のマスクを支持体上に設けることによって、支持体
が露出される多数の開口部を規則的に形成することがで
きるから、レーザ光により、規則的に形成された多数の
開口部内の支持体を、走査して、多数の開口部内の支持
体から放出された蛍光を光電的に検出することによっ
て、データのシェーディングを精度よく評価して、シェ
ーディング補正データを生成し、不揮発性メモリあるい
はスキャナのメモリに記憶させ、不揮発性メモリあるい
はスキャナのメモリに記憶されたシェーディング補正デ
ータを用いて、精度よく、シェーディングが補正された
サンプルのディジタルデータを生成することが可能にな
る。
【０１５５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、ＩｎＧａＡｓＰ層と、ＧａＡｓ層と
の積層体によって形成され、前記金属膜が、前記ＩｎＧ
ａＡｓＰ層上に設けられている。
【０１５６】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、ＩｎＧａＡｓＰ層と、ＧａＡｓ層との積層体は、光
学的な平面性を保持して加工可能であり、かつ、レーザ
光の照射を受けると、蛍光を放出する性質を有してお
り、金属膜のマスクを支持体上に設けることによって、
支持体が露出される多数の開口部を規則的に形成するこ
とができるから、レーザ光によって、規則的に形成され
た多数の開口部内の支持体を、走査して、多数の開口部
内の支持体から放出された蛍光を光電的に検出すること
によって、データのシェーディングを精度よく評価し
て、シェーディング補正データを生成し、不揮発性メモ
リあるいはスキャナのメモリに記憶させ、不揮発性メモ
リあるいはスキャナのメモリに記憶されたシェーディン
グ補正データを用いて、精度よく、シェーディングが補
正されたサンプルのディジタルデータを生成することが
可能になる。
【０１５７】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属のマスクが、スパッタリング、ＣＶＤおよ
び蒸着よりなる群から選ばれる形成方法によって形成さ
れている。
【０１５８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属のマスクが、クロム、アルミニウム、金、
ニッケル−クロム合金およびチタン−ニッケル−クロム
よりなる群から選ばれる材料によって形成されている。
【０１５９】本発明の前記目的はまた、共焦点光学系を
備えたスキャナにおけるディジタルデータ生成方法であ
って、少なくとも１つの距離測定用デバイスを、サンプ
ルを保持すべきサンプルキャリアにセットして、サンプ
ルステージに載置し、前記共焦点光学系を構成する対物
レンズと、前記サンプルキャリアにセットされた前記少
なくとも１つの距離測定用デバイスの表面の基準位置お
よび前記基準位置とは異なる少なくとも１つの計測位置
との距離を計測して、生成され、前記スキャナの不揮発
性メモリに記憶された位置データを、前記不揮発性メモ
リから読み出すとともに、レーザ光の照射を受けると、
蛍光またはフォトルミネッセンスを発する発光材料を備
えたフォーカス位置決定用デバイスを、前記発光材料が
前記基準位置に位置するように、前記サンプルキャリア
にセットし、前記フォーカス位置決定用デバイスを、レ
ーザ光により、走査して、前記基準位置に位置した前記
発光材料を励起し、前記発光材料から放出される蛍光ま
たはフォトルミネッセンスを光電的に検出し、共焦点光
学系の対物レンズの位置を、所定の移動ピッチで、変化
させて、検出された前記蛍光またはフォトルミネッセン
スの信号強度に基づいて、前記共焦点光学系のフォーカ
ス位置を決定して、生成され、前記不揮発性メモリに記
憶されたフォーカス位置データを、前記不揮発性メモリ
から読み出して、前記共焦点光学系のフォーカス位置デ
ータを、前記位置データにしたがって、補正して、補正
された前記共焦点光学系のフォーカス位置データに基づ
き、前記共焦点光学系の対物レンズの位置を調整するこ
とを特徴とする共焦点光学系を備えたスキャナにおける
ディジタルデータの生成方法によって達成される。
【０１６０】本発明によれば、少なくとも１つの距離測
定用デバイスを、サンプルを保持すべきサンプルキャリ
アにセットして、サンプルステージに載置し、共焦点光
学系を構成する対物レンズと、サンプルキャリアにセッ
トされた少なくとも１つの距離測定用デバイスの表面の
基準位置および基準位置とは異なる少なくとも１つの計
測位置との距離を計測して、生成され、スキャナの不揮
発性メモリに記憶された位置データを、不揮発性メモリ
から読み出すとともに、レーザ光の照射を受けると、蛍
光またはフォトルミネッセンスを発する発光材料を備え
たフォーカス位置決定用デバイスを、発光材料が基準位
置に位置するように、サンプルキャリアにセットし、フ
ォーカス位置決定用デバイスを、レーザ光により、走査
して、基準位置に位置した発光材料を励起し、発光材料
から放出される蛍光またはフォトルミネッセンスを光電
的に検出し、共焦点光学系の対物レンズの位置を、所定
の移動ピッチで、変化させて、検出された蛍光またはフ
ォトルミネッセンスの信号強度に基づいて、共焦点光学
系のフォーカス位置を決定して、生成され、不揮発性メ
モリに記憶されたフォーカス位置データを、不揮発性メ
モリから読み出して、共焦点光学系のフォーカス位置デ
ータを、位置データにしたがって、補正して、補正され
た共焦点光学系のフォーカス位置データに基づき、共焦
点光学系の対物レンズの位置を調整するように構成され
ているから、反射光検出光学系、センサ、検出回路など
の特別な機構を備えたオートフォーカスなどを必要とせ
ずに、共焦点光学系のフォーカスを、所望のように、調
整することが可能になる。
【０１６１】本発明の好ましい実施態様においては、前
記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記サンプル
キャリアにセットされた前記少なくとも１つの距離測定
用デバイスの前記表面の基準位置および前記基準位置と
は異なる少なくとも１つの計測位置との距離を計測し、
前記サンプルキャリアにセットされた前記少なくとも１
つの距離測定用デバイスの前記表面の基準位置に対する
前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面の
基準位置とは異なる少なくとも１つの計測位置の変位を
算出して、前記位置データが生成され、前記不揮発性メ
モリに記憶されている。
【０１６２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記サ
ンプルキャリアにセットされた前記少なくとも１つの距
離測定用デバイスの前記表面の基準位置と、前記基準位
置とは異なる２以上の計測位置との距離を計測して、前
記サンプルキャリアにセットされた前記少なくとも１つ
の距離測定用デバイスの前記表面の基準位置に対する前
記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面の前
記基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位を算出
し、前記距離測定用デバイスの表面の基準位置に対する
前記基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位を平均
して、前記位置データが生成され、前記不揮発性メモリ
に記憶されている。
【０１６３】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、共焦点光学系を構成する対物レンズと、サンプルキ
ャリアにセットされた少なくとも１つの距離測定用デバ
イスの表面の基準位置と、基準位置とは異なる２以上の
計測位置との距離を計測して、サンプルキャリアにセッ
トされた少なくとも１つの距離測定用デバイスの表面の
基準位置に対する少なくとも１つの距離測定用デバイス
の表面の基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位を
算出し、距離測定用デバイスの表面の基準位置に対する
基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位を平均し
て、位置データが生成され、不揮発性メモリに記憶され
ているから、より高精度に、共焦点光学系のフォーカス
を調整することが可能になる。
【０１６４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記共焦点光学系を構成す
る対物レンズと、前記サンプルキャリアにセットされた
前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面の
基準位置と、前記基準位置とは異なる２以上の計測位置
との距離を計測し、前記サンプルキャリアにセットされ
た前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面
の基準位置に対する前記少なくとも１つの距離測定用デ
バイスの前記表面の前記基準位置とは異なる２以上の計
測位置の変位を算出して、算出され、前記不揮発性メモ
リに記憶されている前記距離測定用デバイスの表面の基
準位置に対する前記基準位置とは異なる２以上の計測位
置の変位の温度係数を、前記不揮発性メモリから読み出
すとともに、前記不揮発性メモリに記憶されている前記
共焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際の前
記スキャナ内の平均温度を読み出し、前記共焦点光学系
のフォーカス位置データを、前記スキャナ内の温度と前
記共焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際の
前記スキャナ内の平均温度との温度差に応じ、前記金属
膜の表面の基準位置に対する前記基準位置とは異なる２
以上の計測位置の変位の温度係数にしたがって、補正
し、補正された前記共焦点光学系のフォーカス位置デー
タに基づき、前記共焦点光学系の対物レンズの位置を調
整するように構成されている。
【０１６５】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、共焦点光学系を構成する対
物レンズと、サンプルキャリアにセットされた少なくと
も１つの距離測定用デバイスの表面の基準位置と、基準
位置とは異なる２以上の計測位置との距離を計測し、サ
ンプルキャリアにセットされた少なくとも１つの距離測
定用デバイスの表面の基準位置に対する少なくとも１つ
の距離測定用デバイスの表面の基準位置とは異なる２以
上の計測位置の変位を算出して、算出され、不揮発性メ
モリに記憶されている距離測定用デバイスの表面の基準
位置に対する基準位置とは異なる２以上の計測位置の変
位の温度係数を、不揮発性メモリから読み出すととも
に、不揮発性メモリに記憶されている共焦点光学系のフ
ォーカス位置データを生成した際のスキャナ内の平均温
度を読み出し、共焦点光学系のフォーカス位置データ
を、スキャナ内の温度と共焦点光学系のフォーカス位置
データを生成した際のスキャナ内の平均温度との温度差
に応じ、金属膜の表面の基準位置に対する基準位置とは
異なる２以上の計測位置の変位の温度係数にしたがっ
て、補正し、補正された共焦点光学系のフォーカス位置
データに基づき、共焦点光学系の対物レンズの位置を調
整するように構成されているから、スキャナ内の温度が
変化した場合にも、所望のように、共焦点光学系のフォ
ーカスを調整することが可能になる。
【０１６６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記サンプルキャリアが、２以上のサンプルを保持
可能に構成され、２以上の距離測定用デバイスがセット
された前記サンプルキャリアを、前記サンプルステージ
に載置し、前記サンプルキャリアにセットされた前記２
以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記共焦
点光学系を構成する対物レンズと、前記距離測定用デバ
イスの表面の３以上の異なる計測位置との距離を計測
し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定
用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つを基準位置
として、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれに
つき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位を算出
し、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつ
き、前記基準位置に対する前記計測位置の変位を平均し
て、生成され、前記不揮発性メモリに記憶されている前
記位置データを、前記不揮発性メモリから読み出し、前
記２以上の距離測定用デバイスがセットされた位置に対
応する前記サンプルキャリアの位置にセットされたサン
プル毎に、前記位置データに基づいて、前記不揮発性メ
モリから読み出した前記共焦点光学系のフォーカス位置
データを補正し、補正された前記共焦点光学系のフォー
カス位置データにしたがって、前記共焦点光学系の対物
レンズを移動させ、前記対物レンズの位置を調整するよ
うに構成されている。
【０１６７】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、サンプルキャリアが、２以上のサンプルを保持可能
に構成され、２以上の距離測定用デバイスがセットされ
たサンプルキャリアを、サンプルステージに載置し、サ
ンプルキャリアにセットされた２以上の距離測定用デバ
イスのそれぞれにつき、共焦点光学系を構成する対物レ
ンズと、距離測定用デバイスの表面の３以上の異なる計
測位置との距離を計測し、２以上の距離測定用デバイス
の１つの距離測定用デバイスの表面の計測位置の１つを
基準位置として、２以上の距離測定用デバイスのそれぞ
れにつき、基準位置に対する計測位置の変位を算出し、
２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、基準位
置に対する計測位置の変位を平均して、生成され、不揮
発性メモリに記憶されている位置データを、不揮発性メ
モリから読み出し、２以上の距離測定用デバイスがセッ
トされた位置に対応するサンプルキャリアの位置にセッ
トされたサンプル毎に、位置データに基づいて、不揮発
性メモリから読み出した共焦点光学系のフォーカス位置
データを補正し、補正された共焦点光学系のフォーカス
位置データにしたがって、共焦点光学系の対物レンズを
移動させ、対物レンズの位置を調整するように構成され
ているから、サンプルキャリアにセットされた複数のサ
ンプル毎に、所望のように、共焦点光学系のフォーカス
を調整することが可能になる。
【０１６８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の３以上の異なる計測位置
との距離を計測し、前記２以上の距離測定用デバイスの
１つの距離測定用デバイスの前記表面の１つの計測位置
を基準位置として、前記２以上の距離測定用デバイスの
それぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置の
変位を算出して、算出され、前記不揮発性メモリに記憶
されている前記基準位置に対する前記２以上の距離測定
用デバイスのそれぞれの前記計測位置の変位の温度係数
を、前記不揮発性メモリから読み出すとともに、前記不
揮発性メモリに記憶されている前記共焦点光学系のフォ
ーカス位置データを生成した際の前記スキャナ内の平均
温度を、前記不揮発性メモリから読み出し、前記２以上
の距離測定用デバイスのそれぞれに対して、前記不揮発
性メモリから読み出した前記共焦点光学系のフォーカス
位置データを、前記スキャナ内の温度と前記共焦点光学
系のフォーカス位置データを生成した際の前記スキャナ
内の平均温度との温度差に応じ、前記不揮発性メモリに
記憶された前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
の前記温度係数にしたがって、補正し、補正された前記
共焦点光学系のフォーカス位置データに基づいて、前記
共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズ
の位置を調整するように構成されている。
【０１６９】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、サンプルキャリアにセット
された２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、
共焦点光学系を構成する対物レンズと、距離測定用デバ
イスの表面の３以上の異なる計測位置との距離を計測
し、２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定用デ
バイスの表面の１つの計測位置を基準位置として、２以
上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、基準位置に
対する計測位置の変位を算出して、算出され、不揮発性
メモリに記憶されている基準位置に対する２以上の距離
測定用デバイスのそれぞれの計測位置の変位の温度係数
を、不揮発性メモリから読み出すとともに、不揮発性メ
モリに記憶されている共焦点光学系のフォーカス位置デ
ータを生成した際のスキャナ内の平均温度を、不揮発性
メモリから読み出し、２以上の距離測定用デバイスのそ
れぞれに対して、不揮発性メモリから読み出した共焦点
光学系のフォーカス位置データを、スキャナ内の温度と
共焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際のス
キャナ内の平均温度との温度差に応じ、不揮発性メモリ
に記憶された２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの
温度係数にしたがって、補正し、補正された共焦点光学
系のフォーカス位置データに基づいて、共焦点光学系の
対物レンズを移動させ、対物レンズの位置を調整するよ
うに構成されているから、スキャナ内の温度が変化した
場合にも、サンプルキャリアにセットされた複数のサン
プル毎に、所望のように、精度よく、共焦点光学系のフ
ォーカスを調整することが可能になる。
【０１７０】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記サンプルキャリアにセットされた前記２以上の
距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記共焦点光学
系を構成する対物レンズと、前記距離測定用デバイスの
表面の主走査ライン毎に少なくとも２つの異なる計測位
置との距離を計測し、前記２以上の距離測定用デバイス
の１つの距離測定用デバイスの前記表面の前記計測位置
の１つを基準位置として、前記２以上の距離測定用デバ
イスのそれぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測
位置の変位を算出し、前記２以上の距離測定用デバイス
のそれぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置
の変位を平均して、生成され、前記不揮発性メモリに記
憶されている前記位置データを読み出し、前記２以上の
距離測定用デバイスがセットされた位置に対応する前記
サンプルキャリアの位置にセットされたサンプル毎に、
前記位置データに基づいて、前記不揮発性メモリから読
み出した前記共焦点光学系のフォーカス位置データを補
正し、補正された前記共焦点光学系のフォーカス位置デ
ータにしたがって、前記共焦点光学系の対物レンズを移
動させ、前記対物レンズの位置を調整するように構成さ
れている。
【０１７１】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に少なく
とも２つの異なる計測位置との距離を計測し、前記２以
上の距離測定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの
前記表面の前記計測位置の１つを基準位置として、前記
２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基
準位置に対する前記計測位置の変位を算出して、前記基
準位置に対する前記計測位置の変位の温度係数を算出
し、前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係
数を平均して、前記基準位置に対する前記計測位置の変
位の温度係数の平均値を、前記不揮発性メモリに記憶さ
せ、前記不揮発性メモリに記憶された前記基準位置に対
する前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの前記
計測位置の変位の温度係数の平均値を、前記不揮発性メ
モリから読み出すとともに、前記不揮発性メモリに記憶
されている前記共焦点光学系のフォーカス位置データを
生成した際の前記スキャナ内の平均温度を、前記不揮発
性メモリから読み出し、前記２以上の距離測定用デバイ
スのそれぞれに対して、前記不揮発性メモリから読み出
した前記共焦点光学系のフォーカス位置データを、前記
スキャナ内の温度と前記共焦点光学系のフォーカス位置
データを生成した際の前記スキャナ内の平均温度との温
度差に応じ、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞ
れの前記温度係数にしたがって、補正し、補正した前記
共焦点光学系のフォーカス位置データに基づいて、前記
共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズ
の位置を調整するように構成されている。
【０１７２】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、サンプルキャリアにセット
された２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、
共焦点光学系を構成する対物レンズと、距離測定用デバ
イスの表面の主走査ライン毎に少なくとも２つの異なる
計測位置との距離を計測し、２以上の距離測定用デバイ
スの１つの距離測定用デバイスの表面の計測位置の１つ
を基準位置として、２以上の距離測定用デバイスのそれ
ぞれにつき、基準位置に対する計測位置の変位を算出し
て、基準位置に対する計測位置の変位の温度係数を算出
し、基準位置に対する計測位置の変位の温度係数を平均
して、基準位置に対する計測位置の変位の温度係数の平
均値を、不揮発性メモリに記憶させ、不揮発性メモリに
記憶された基準位置に対する２以上の距離測定用デバイ
スのそれぞれの計測位置の変位の温度係数の平均値を、
不揮発性メモリから読み出すとともに、不揮発性メモリ
に記憶されている共焦点光学系のフォーカス位置データ
を生成した際のスキャナ内の平均温度を、不揮発性メモ
リから読み出し、２以上の距離測定用デバイスのそれぞ
れに対して、不揮発性メモリから読み出した共焦点光学
系のフォーカス位置データを、スキャナ内の温度と共焦
点光学系のフォーカス位置データを生成した際のスキャ
ナ内の平均温度との温度差に応じ、２以上の距離測定用
デバイスのそれぞれの温度係数にしたがって、補正し、
補正した共焦点光学系のフォーカス位置データに基づい
て、共焦点光学系の対物レンズを移動させ、対物レンズ
の位置を調整するように構成されているから、スキャナ
内の温度が変化した場合にも、サンプルキャリアにセッ
トされた複数のサンプル毎に、より高精度で、所望のよ
うに、共焦点光学系のフォーカスを調整することが可能
になる。
【０１７３】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記サンプルキャリアにセットされた前記２以上の
距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記共焦点光学
系を構成する対物レンズと、前記距離測定用デバイスの
表面の主走査ライン毎に３つの異なる計測位置との距離
を計測し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距
離測定用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つを基
準位置として、前記２以上の距離測定用デバイスのそれ
ぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位
を算出し、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位を平
均して、生成され、前記不揮発性メモリに記憶された前
記位置データを読み出し、前記２以上の距離測定用デバ
イスがセットされた位置に対応する前記サンプルキャリ
アの位置にセットされたサンプル毎に、前記位置データ
に基づいて、前記不揮発性メモリから読み出した前記共
焦点光学系のフォーカス位置データを補正し、補正され
た前記共焦点光学系のフォーカス位置データにしたがっ
て、前記共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対
物レンズの位置を調整するように構成されている。
【０１７４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
につき、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前
記距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に３つの
異なる計測位置との距離を計測し、前記２以上の距離測
定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記表面の
前記計測位置の１つを基準位置として、前記２以上の距
離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対
する前記計測位置の変位を算出して、前記基準位置に対
する前記計測位置の変位の温度係数を算出し、前記基準
位置に対する前記計測位置の変位の温度係数を平均し
て、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの温度
係数として、前記不揮発性メモリに記憶させ、前記不揮
発性メモリに記憶された前記基準位置に対する前記計測
位置の変位の温度係数の平均値を、前記不揮発性メモリ
から読み出すとともに、前記不揮発性メモリに記憶され
ている前記共焦点光学系のフォーカス位置データを生成
した際の前記スキャナ内の平均温度を、前記不揮発性メ
モリから読み出し、前記２以上の距離測定用デバイスの
それぞれに対して、前記不揮発性メモリから読み出した
前記共焦点光学系のフォーカス位置データを、前記スキ
ャナ内の温度と前記共焦点光学系のフォーカス位置デー
タを生成した際の前記スキャナ内の平均温度との温度差
に応じ、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの
前記温度係数にしたがって、補正し、補正した前記共焦
点光学系のフォーカス位置データに基づき、前記共焦点
光学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの位置
を調整するように構成されている。
【０１７５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定
数の主走査ライン毎に、前記基準位置に対する前記計測
位置の変位を平均して、生成され、前記不揮発性メモリ
に記憶されている前記位置データを、前記不揮発性メモ
リから読み出し、前記２以上の距離測定用デバイスがセ
ットされた位置に対応する前記サンプルキャリアの位置
にセットされたサンプルの前記所定数の主走査ラインに
対応する主走査ライン毎に、前記位置データに基づい
て、前記不揮発性メモリから読み出した前記共焦点光学
系のフォーカス位置データを補正し、補正した前記共焦
点光学系のフォーカス位置データにしたがって、前記共
焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの
位置を調整するように構成されている。
【０１７６】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数の
主走査ライン毎に、基準位置に対する計測位置の変位を
平均して、生成され、不揮発性メモリに記憶されている
位置データを、不揮発性メモリから読み出し、２以上の
距離測定用デバイスがセットされた位置に対応するサン
プルキャリアの位置にセットされたサンプルの所定数の
主走査ラインに対応する主走査ライン毎に、位置データ
に基づいて、不揮発性メモリから読み出した共焦点光学
系のフォーカス位置データを補正し、補正した共焦点光
学系のフォーカス位置データにしたがって、共焦点光学
系の対物レンズを移動させ、対物レンズの位置を調整す
るように構成されているから、よりきめこまかく、共焦
点光学系の対物レンズの位置を調整することができ、し
たがって、サンプルキャリアにセットされた複数のサン
プル毎に、より高精度で、所望のように、共焦点光学系
のフォーカスを調整することが可能になる。
【０１７７】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、２以上の異なる温度で、前記サンプルキャリアにセ
ットされた前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
の所定数の主走査ライン毎に、前記共焦点光学系を構成
する対物レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主
走査ライン毎に３つの異なる計測位置との距離を計測
し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定
用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つを基準位置
として、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの
所定数の主走査ライン毎に、前記基準位置に対する前記
計測位置の変位を算出して、前記基準位置に対する前記
計測位置の変位の温度係数を算出し、前記２以上の距離
測定用デバイスのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に
算出され、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
の所定数の主走査ライン毎の温度係数として、前記不揮
発性メモリに記憶させ、前記不揮発性メモリに記憶され
た前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係数
の平均値を、前記不揮発性メモリから読み出すととも
に、前記不揮発性メモリに記憶されている前記共焦点光
学系のフォーカス位置データを生成した際の前記スキャ
ナ内の平均温度を、前記不揮発性メモリから読み出し、
前記２以上の距離測定用デバイスがセットされた位置に
対応する前記サンプルキャリアの位置にセットされたサ
ンプルの前記所定数の主走査ラインに対応する主走査ラ
イン毎に、前記不揮発性メモリから読み出した前記共焦
点光学系のフォーカス位置データを、前記スキャナ内の
温度と前記共焦点光学系のフォーカス位置データを生成
した際の前記スキャナ内の平均温度との温度差に応じ、
前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数の
主走査ライン毎の前記温度係数にしたがって、補正し、
補正した前記共焦点光学系のフォーカス位置データに基
づいて、前記共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前
記対物レンズの位置を調整するように構成されている。
【０１７８】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、２以上の異なる温度で、サンプルキャリアにセット
された２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数
の主走査ライン毎に、共焦点光学系を構成する対物レン
ズと、距離測定用デバイスの表面の主走査ライン毎に３
つの異なる計測位置との距離を計測し、２以上の距離測
定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの表面の計測
位置の１つを基準位置として、２以上の距離測定用デバ
イスのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、基準位置
に対する計測位置の変位を算出して、基準位置に対する
計測位置の変位の温度係数を算出し、２以上の距離測定
用デバイスのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に算出
され、２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数
の主走査ライン毎の温度係数として、不揮発性メモリに
記憶されている基準位置に対する計測位置の変位の温度
係数の平均値を、不揮発性メモリから読み出すととも
に、不揮発性メモリに記憶されている共焦点光学系のフ
ォーカス位置データを生成した際のスキャナ内の平均温
度を、不揮発性メモリから読み出し、２以上の距離測定
用デバイスがセットされた位置に対応するサンプルキャ
リアの位置にセットされたサンプルの所定数の主走査ラ
インに対応する主走査ライン毎に、不揮発性メモリから
読み出した共焦点光学系のフォーカス位置データを、ス
キャナ内の温度と共焦点光学系のフォーカス位置データ
を生成した際のスキャナ内の平均温度との温度差に応
じ、２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数の
主走査ライン毎の温度係数にしたがって、補正し、補正
した共焦点光学系のフォーカス位置データに基づいて、
共焦点光学系の対物レンズを移動させ、対物レンズの位
置を調整するように構成されているから、スキャナ内の
温度が変化した場合にも、よりきめこまかく、共焦点光
学系の対物レンズの位置を調整することができ、したが
って、サンプルキャリアにセットされた複数のサンプル
毎に、より高精度で、所望のように、共焦点光学系のフ
ォーカスを調整することが可能になる。
【０１７９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、ステッピングモータによって、前記共焦点光学系の
対物レンズの位置を調整するように構成されている。
【０１８０】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、さらに、検出した前記蛍光またはフォトルミネッセ
ンスの信号強度の積分値をプロットし、ｎ次関数でフィ
ッティングして、生成され、前記不揮発性メモリに記憶
されている前記ｎ次関数の係数を、前記不揮発性メモリ
から読み出すとともに、前記不揮発性メモリに記憶され
ている前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記
計測位置の前記基準位置に対する変位を、前記不揮発性
メモリから読み出し、前記ｎ次関数の係数と前記少なく
とも１つの距離測定用デバイスの前記計測位置の前記基
準位置に対する変位に基づいて、サンプルのディジタル
データ中のシェーディングを補正するシェーディング補
正データを生成し、前記シェーディング補正データに基
づいて、前記サンプルのディジタルデータを補正するよ
うに構成されている。
【０１８１】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、検出した蛍光またはフォトルミネッセンスの信号強
度の積分値をプロットし、ｎ次関数でフィッティングし
て、生成され、不揮発性メモリに記憶されているｎ次関
数の係数を、不揮発性メモリから読み出すとともに、不
揮発性メモリに記憶されている少なくとも１つの距離測
定用デバイスの計測位置の基準位置に対する変位を、不
揮発性メモリから読み出し、ｎ次関数の係数と少なくと
も１つの距離測定用デバイスの計測位置の基準位置に対
する変位に基づいて、サンプルのディジタルデータ中の
シェーディングを補正するシェーディング補正データを
生成し、シェーディング補正データに基づいて、サンプ
ルのディジタルデータを補正するように構成されている
から、共焦点光学系のフォーカス位置データとともに、
シェーディング補正データを生成して、シェーディング
が補正されたサンプルのディジタルデータを生成するこ
とが可能になる。
【０１８２】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、光学的な平面性を保持して加工可能で、レーザ光の
照射を受けると、蛍光を放出する性質を有する支持体上
に、金属膜のマスクが設けられて、それによって、前記
支持体を露出する多数の開口部が規則的に形成されたシ
ェーディング評価用デバイスを、前記サンプルキャリア
にセットして、前記サンプルステージに載置し、レーザ
光によって、走査して、前記開口部を介して、前記支持
体を励起し、前記支持体から放出される蛍光を、前記開
口部を介して、光電的に検出し、ディジタル化して、生
成されたディジタルデータに基づいて、前記シェーディ
ング評価用デバイスのディジタルデータを生成し、前記
シェーディング評価用デバイスのディジタルデータに基
づき、生成され、前記不揮発性メモリあるいは前記スキ
ャナのメモリに記憶されているシェーディング補正デー
タを、前記不揮発性メモリあるいは前記スキャナのメモ
リから読み出し、前記サンプルのディジタルデータを補
正するように構成されている。
【０１８３】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、光学的な平面性を保持して加工可能で、レーザ光の
照射を受けると、蛍光を放出する性質を有する支持体上
に、金属膜のマスクが設けられて、それによって、支持
体を露出する多数の開口部が規則的に形成されたシェー
ディング評価用デバイスを、サンプルキャリアにセット
して、サンプルステージに載置し、レーザ光によって、
走査して、開口部を介して、支持体を励起し、支持体か
ら放出される蛍光を、開口部を介して、光電的に検出
し、ディジタル化して、生成されたディジタルデータに
基づいて、シェーディング評価用デバイスのディジタル
データを生成し、シェーディング評価用デバイスのディ
ジタルデータに基づき、生成され、不揮発性メモリある
いはスキャナのメモリに記憶されているシェーディング
補正データを、不揮発性メモリあるいはスキャナのメモ
リから読み出し、サンプルのディジタルデータを補正す
るように構成されているから、不揮発性メモリあるいは
スキャナのメモリに記憶されたシェーディング補正デー
タを読み出して、サンプルのディジタルデータを補正す
ることが可能になる。
【０１８４】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記開口部が、スリットによって形成されている。
【０１８５】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記開口部が、ピンホールによって形成されてい
る。
【０１８６】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記シェーディング評価用デバイスに規則的に形成
された多数の前記開口部のうち、基準位置に位置する前
記開口部に、共焦点光学系のフォーカスを合致させた後
に、前記シェーディング評価用デバイスを、前記レーザ
光によって、走査して、前記多数の開口部を介して、前
記支持体を励起し、前記支持体から放出される蛍光を、
前記多数の開口部を介して、光電的に検出し、ディジタ
ル化して、前記シェーディング評価用デバイスのディジ
タルデータを生成し、前記シェーディング評価用デバイ
スのディジタルデータに基づいて、前記シェーディング
補正データが生成され、前記不揮発性メモリあるいはス
キャナの前記メモリに記憶されている。
【０１８７】本発明のさらに好ましい実施態様によれ
ば、基準位置に位置する開口部に対して、共焦点光学系
のフォーカスが最適に調整されているから、基準位置に
位置する開口部内の支持体が励起されて、放出した蛍光
を光電的に検出して得たディジタルデータの信号強度に
比して、基準位置に位置する開口部以外の開口部内の支
持体が励起されて、放出した蛍光を光電的に検出して得
たディジタルデータの信号強度は小さく、したがって、
シェーディング評価用デバイスのディジタルデータに基
づき、基準位置に位置する開口部以外の開口部内の支持
体が励起されて、放出した蛍光を光電的に検出して得た
ディジタルデータの信号強度が、基準位置に位置する開
口部内の支持体が励起されて、放出した蛍光を光電的に
検出して得たディジタルデータの信号強度と等しくなる
ように、ディジタルデータを補正することのできるシェ
ーディング補正データを生成し、こうして生成されたシ
ェーディング補正データを用いて、サンプルのディジタ
ルデータを補正することによって、サンプルのディジタ
ルデータのシェーディングを効果的に補正することが可
能になる。
【０１８８】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記支持体が、ＩＶ族元素、ＩＩ−ＶＩ族化合物、
ＩＩＩ−Ｖ族化合物およびこれらの複合体よりなる群か
ら選ばれた材料によって形成されている。
【０１８９】本発明のさらに好ましい実施態様において
は、前記金属のマスクが、クロム、アルミニウム、金、
ニッケル−クロム合金およびチタン−ニッケル−クロム
よりなる群から選ばれる材料によって形成されている。
【０１９０】
【発明の実施の形態】以下、添付図面に基づいて、本発
明の好ましい実施態様につき、詳細に説明を加える。
【０１９１】図１は、本発明の好ましい実施態様にかか
るスキャナの略斜視図である。
【０１９２】図１に示されるように、本実施態様にかか
るスキャナは、６４０ｎｍの波長のレーザ光４を発する
第１のレーザ励起光源１と、５３２ｎｍの波長のレーザ
光４を発する第２のレーザ励起光源２と、４７３ｎｍの
波長のレーザ光４を発する第３のレーザ励起光源３とを
備えている。本実施態様においては、第１のレーザ励起
光源は、半導体レーザ光源によって構成され、第２のレ
ーザ励起光源２および第３のレーザ励起光源３は、第二
高調波生成（Second Harmonic Generation) 素子によっ
て構成されている。
【０１９３】第１のレーザ励起光源１により発生された
レーザ光４は、コリメータレンズ５により、平行光とさ
れた後、ミラー６によって反射される。第１のレーザ励
起光源１から発せられ、ミラー６によって反射されたレ
ーザ光４の光路には、６４０ｎｍのレーザ光４を透過
し、５３２ｎｍの波長の光を反射する第１のダイクロイ
ックミラー７および５３２ｎｍ以上の波長の光を透過
し、４７３ｎｍの波長の光を反射する第２のダイクロイ
ックミラー８が設けられており、第１のレーザ励起光源
１により発生されたレーザ光４は、第１のダイクロイッ
クミラー７および第２のダイクロイックミラー８を透過
して、光学ヘッド１５に入射する。
【０１９４】他方、第２のレーザ励起光源２より発生さ
れたレーザ光４は、コリメータレンズ９により、平行光
とされた後、第１のダイクロイックミラー７によって反
射されて、その向きが９０度変えられて、第２のダイク
ロイックミラー８を透過し、光学ヘッド１５に入射す
る。
【０１９５】また、第３のレーザ励起光源３から発生さ
れたレーザ光４は、コリメータレンズ１０によって、平
行光とされた後、第２のダイクロイックミラー８により
反射されて、その向きが９０度変えられた後、光学ヘッ
ド１５に入射する。
【０１９６】光学ヘッド１５は、ミラー１６と、その中
央部に、穴１７が形成された穴明きミラー１８と、レン
ズ１９を備えており、光学ヘッド１５に入射したレーザ
光４は、ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１
８に形成された穴１７およびレンズ１９を通過して、サ
ンプルステージ２０にセットされたサンプルキャリア２
１上に入射する。ここに、サンプルステージ２０は、走
査機構（図１においては、図示せず）によって、図１に
おいて、Ｘ方向およびＹ方向に移動可能に構成されてい
る。
【０１９７】本実施態様にかかるスキャナは、スライド
ガラス板を担体とし、蛍光色素によって選択的に標識さ
れた試料の数多くのスポットが、スライドガラス板上に
形成されているマイクロアレイを、レーザ光４によって
走査して、蛍光色素を励起し、蛍光色素から放出された
蛍光を光電的に検出して、生化学解析用のデータを生成
可能に構成され、さらに、蛍光色素によって、選択的に
標識された変性ＤＮＡを含む転写支持体を担体とした蛍
光サンプルを、レーザ光４によって走査して、蛍光色素
を励起し、蛍光色素から放出された蛍光を光電的に検出
して、生化学解析用のデータを生成可能に構成されると
ともに、放射性標識物質によって選択的に標識された試
料の数多くのスポットが形成されたメンブレンフィルタ
などの担体を、輝尽性蛍光体を含む輝尽性蛍光体層が形
成された蓄積性蛍光体シートと密着させて、輝尽性蛍光
体層を露光して得た放射性標識物質の位置情報が記録さ
れた蓄積性蛍光体シートの輝尽性蛍光体層を、レーザ光
４によって走査して、輝尽性蛍光体を励起し、輝尽性蛍
光体から放出された輝尽光を光電的に検出して、生化学
解析用のデータを生成可能に構成されている。
【０１９８】レーザ光４が、光学ヘッド１５から、サン
プル２２上に入射すると、サンプル２２が、マイクロア
レイや蛍光サンプルの場合には、レーザ光４によって、
蛍光物質が励起されて、蛍光が発せられ、また、サンプ
ル２２が、蓄積性蛍光体シートの場合には、輝尽性蛍光
体層に含まれた輝尽性蛍光体が励起され、輝尽光が発せ
られる。
【０１９９】サンプル２２から発せられた蛍光または輝
尽光２５は、光学ヘッド１５のレンズ１９によって、平
行な光にされ、穴明きミラー１７によって反射されて、
４枚のフィルタ２８ａ、２８ｂ、２８ｃ、２８ｄを備え
たフィルタユニット２７のいずれかのフィルタ２８ａ、
２８ｂ、２８ｃ、２８ｄに入射する。
【０２００】フィルタユニット２７は、モータ（図示せ
ず）によって、図１において、左右方向に移動可能に構
成され、使用されるレーザ励起光源の種類によって、所
定のフィルタ２８ａ、２８ｂ、２８ｃ、２８ｄが、蛍光
または輝尽光２５の光路に位置するように構成されてい
る。
【０２０１】ここに、フィルタ２８ａは、第１のレーザ
励起光源１を用いて、サンプル２２に含まれている蛍光
物質を励起し、蛍光を読み取るときに使用されるフィル
タであり、６４０ｎｍの波長の光をカットし、６４０ｎ
ｍよりも波長の長い光を透過する性質を有している。
【０２０２】また、フィルタ２８ｂは、第２のレーザ励
起光源２を用いて、サンプル２２に含まれている蛍光色
素を励起し、蛍光を読み取るときに使用されるフィルタ
であり、５３２ｎｍの波長の光をカットし、５３２ｎｍ
よりも波長の長い光を透過する性質を有している。
【０２０３】さらに、フィルタ２８ｃは、第３のレーザ
励起光源３を用いて、サンプル２２に含まれている蛍光
色素を励起し、蛍光を読み取るときに使用されるフィル
タであり、４７３ｎｍの波長の光をカットし、４７３ｎ
ｍよりも波長の長い光を透過する性質を有している。
【０２０４】また、フィルタ２８ｄは、サンプル２２が
蓄積性蛍光体シートである場合に、第１のレーザ励起光
源１を用いて、蓄積性蛍光体シートに含まれた輝尽性蛍
光体を励起し、輝尽性蛍光体から発せられた輝尽光を読
み取るときに使用されるフィルタであり、輝尽性蛍光体
から発光される輝尽光の波長域の光のみを透過し、６４
０ｎｍの波長の光をカットする性質を有している。
【０２０５】したがって、使用すべきレーザ励起光源の
種類、すなわち、サンプルの種類、試料を標識している
蛍光物質の種類に応じて、これらのフィルタ２８ａ、２
８ｂ、２８ｃ、２８ｄを選択的に使用することによて、
ノイズとなる波長域の光をカットすることが可能にな
る。
【０２０６】フィルタユニット２７のフィルタ２８ａ、
２８ｂ、２８ｃを透過して、所定の波長域の光がカット
された後、蛍光または輝尽光２５は、ミラー２９に入射
し、反射されて、レンズ３０によって、集光される。
【０２０７】レンズ１９とレンズ３０は、共焦点光学系
を構成している。このように、共焦点光学系を採用して
いるのは、サンプル２２が、スライドガラス板を担体と
したマイクロアレイの場合に、スライドガラス板上に形
成された微小なスポット状試料から放出された蛍光を、
高いＳ／Ｎ比で読み取ることができるようにするためで
ある。
【０２０８】レンズ３０の焦点の位置には、共焦点切り
換え部材３１が設けられている。
【０２０９】図２は、共焦点切り換え部材３１の略正面
図である。
【０２１０】図２に示されるように、共焦点切り換え部
材３１は、板状をなし、径の異なる３つのピンホール３
２ａ、３２ｂ、３２ｃが形成されている。
【０２１１】最も径の小さいピンホール３２ａは、サン
プル２２が、スライドガラス板を担体としたマイクロア
レイの場合に、マイクロアレイから放出された蛍光の光
路に配置されるものであり、最も径の大きいピンホール
３２ｃは、サンプル２２が、転写支持体を担体とした蛍
光サンプルの場合に、転写支持体から放出された蛍光の
光路に配置されるものである。
【０２１２】また、中間の径を有するピンホール３２ｂ
は、サンプル２２が、蓄積性蛍光体シートである場合
に、輝尽性蛍光体層から放出された輝尽光の光路に配置
されるものである。
【０２１３】このように、レンズ３０の焦点の位置に、
共焦点切り換え部材３１を設けて、サンプル２２が、ス
ライドガラス板を担体としたマイクロアレイの場合に、
最も径の小さいピンホール３２ａを蛍光の光路に位置さ
せているのは、サンプル２２が、スライドガラス板を担
体としたマイクロアレイの場合には、レーザ光４によっ
て、蛍光色素を励起した結果、蛍光はスライドガラス板
の表面から放出され、発光点は深さ方向にほぼ一定であ
るため、共焦点光学系を用いて、径の小さいピンホール
３２ａに結像させることがＳ／Ｎ比を向上させる上で望
ましいからである。
【０２１４】これに対して、サンプル２２が、転写支持
体を担体とした蛍光サンプルの場合に、最も径の大きい
ピンホール３２ｃを蛍光の光路に位置させているのは、
サンプル２２が、転写支持体を担体とした蛍光サンプル
の場合には、レーザ光４によって、蛍光色素を励起した
ときに、蛍光色素はゲル支持体の深さ方向に分布してお
り、しかも、発光点が深さ方向に変動するので、共焦点
光学系によって、径の小さいピンホールに結像させるこ
とができず、径の小さいピンホールを用いると、試料か
ら放出された蛍光がカットされ、蛍光を光電的に検出し
たときに、十分な信号強度が得られないため、径の大き
いピンホール３２ｃを用いる必要があるからである。
【０２１５】他方、サンプル２２が蓄積性蛍光体シート
である場合に、中間の径を有するピンホール３２ｂを輝
尽光の光路に位置させているのは、レーザ光４によっ
て、輝尽性蛍光体層に含まれた輝尽性蛍光体を励起した
ときは、輝尽光の発光点は輝尽性蛍光体層の深さ方向に
分布し、発光点は深さ方向に変動するので、共焦点光学
系によって、径の小さいピンホールに結像させることが
できず、径の小さいピンホールを用いると、試料から放
出された輝尽光がカットされ、輝尽光を光電的に検出し
たときに、十分な信号強度が得られないが、発光点の深
さ方向における分布も、発光点の深さ方向の変動も、ゲ
ル支持体を担体としたマイクロアレイほどではないた
め、中間の径を有するピンホール３２ｂを用いることが
望ましいからである。
【０２１６】共焦点切り換え部材３１を通過した蛍光あ
るいは輝尽光は、フォトマルチプライア３３によって光
電的に検出され、アナログデータが生成される。
【０２１７】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４によって、ディ
ジタルデータに変換され、データ処理装置３５に送られ
る。
【０２１８】図３は、サンプルステージ２０の走査機構
のうち、主走査機構の詳細を示す略斜視図である。
【０２１９】図３に示されるように、副走査用モータ
（図示せず）により、図３において、矢印Ｙで示される
副走査方向に移動可能な可動基板４０上には、一対のガ
イドレール４１、４１が固定されており、サンプルステ
ージ２０は、一対のガイドレール４１、４１に、スライ
ド可能に取り付けられた３つのスライド部材４２、４２
（図３においては、２つのみ図示されている。）に固定
されている。
【０２２０】図３に示されるように、可動基板４０上に
は、主走査用モータ４３が固定されており、主走査用モ
ータ４３の出力軸４３ａには、プーリ４４に巻回された
タイミングベルト４５が巻回されるとともに、ロータリ
ーエンコーダ４６が取り付けられている。
【０２２１】したがって、主走査用モータ４３を駆動す
ることによって、サンプルステージ２０を、一対のガイ
ドレール４１、４１に沿って、図３において、矢印Ｘで
示される主走査方向に往復移動させ、一方、副走査用モ
ータ（図示せず）によって、可動基板４０を副走査方向
に移動させることによって、サンプルステージ２０を二
次元的に移動させ、サンプルステージ２０にセットされ
たサンプル２２の全面を、レーザ光４によって、走査す
ることが可能になる。
【０２２２】ここに、サンプルステージ２０の位置は、
ロータリーエンコーダ４６により、モニターすることが
できるように構成されている。
【０２２３】図４は、本発明の好ましい実施態様にかか
るスキャナのサンプルステージ２０にセットされるサン
プルキャリア２１の略斜視図であり、サンプルキャリア
２１を裏面側から、すなわち、サンプルステージ２０に
載置される側から見た図面である。
【０２２４】図４に示されるように、サンプルキャリア
２１は、１つの板状部材を加工することによって、作ら
れたフレーム体５０を備え、フレーム体５０には、その
内部に、サンプル２２がセット可能な５つの開口部５
１、５２、５３、５４、５５が形成されている。
【０２２５】各開口部５１、５２、５３、５４、５５の
両側のフレーム体５０の表面には、矩形状をなした板部
材６０、６１、６２、６３、６４、６５が、それぞれ、
その開口部５１、５２、５３、５４、５５側の側部領域
が、開口部５１、５２、５３、５４、５５の長手方向に
沿って、開口部５１、５２、５３、５４、５５上に突出
するように、取り付けられている。
【０２２６】図４に示されるように、各開口部５１、５
２、５３、５４、５５内には、Ｌ字状をなした板ばね５
１ａ、５２ａ、５３ａ、５４ａ、５５ａが、サンプルキ
ャリア２１の裏面側に向けて、ばね力を作用可能に取り
付けられており、また、各開口部５１、５２、５３、５
４、５５の一方の内壁部には、各開口部５１、５２、５
３、５４、５５内にセットされたサンプル２２を、対向
する他方の内壁部に沿って整列させる板ばね５１ｂ、５
２ｂ、５３ｂ、５４ｂ、５５ｂが取り付けられている。
【０２２７】サンプルキャリア２１は、フレーム体５０
の両側部５０ａ、５０ｂが、サンプルステージ２０上に
載置されて、サンプルステージ２０にセットされるよう
に構成されている。
【０２２８】サンプル２２であるスライドガラス板を担
体としたマイクロアレイを、サンプルキャリア２１にセ
ットする場合には、サンプル２２が、図４において、矢
印Ａで示される向きに、各開口部５１、５２、５３、５
４、５５内に挿入される。
【０２２９】各開口部５１、５２、５３、５４、５５の
一方の内壁部には、板ばね５１ｂ、５２ｂ、５３ｂ、５
４ｂ、５５ｂが取り付けられているため、サンプル２２
は、各開口部５１、５２、５３、５４、５５内におい
て、対向する他方の内壁部に沿って整列される。
【０２３０】同時に、各開口部５１、５２、５３、５
４、５５内に挿入されたサンプル２２に、Ｌ字状をなし
た板ばね５１ａ、５２ａ、５３ａ、５４ａ、５５ａの屈
曲部が当接し、板ばね５１ａ、５２ａ、５３ａ、５４
ａ、５５ａのばね力により、サンプル２２は、それぞ
れ、その開口部５１、５２、５３、５４、５５側の側部
領域が、開口部５１、５２、５３、５４、５５の長手方
向に沿って、開口部５１、５２、５３、５４、５５上に
突出するように、取り付けられている板部材６０、６
１、６２、６３、６４、６５の表面に付勢されて、サン
プルキャリア２１に保持される。
【０２３１】図４に示されたサンプルキャリア２１にお
いては、フレーム体５０の表面に、板部材６０、６１、
６２、６３、６４、６５が、その開口部５１、５２、５
３、５４、５５側の側部領域が、開口部５１、５２、５
３、５４、５５の長手方向に沿って、開口部５１、５
２、５３、５４、５５上に突出するように、取り付けら
れ、サンプル２２は、板ばね５１ａ、５２ａ、５３ａ、
５４ａ、５５ａのばね力によって、それぞれ、板部材６
０、６１、６２、６３、６４、６５の表面に付勢され
て、サンプルキャリア２１に保持されるように構成され
ている。
【０２３２】一方、サンプルキャリア２１は、１つの板
状部材を加工することによって作られたフレーム体５０
の両側部５０ａ、５０ｂが、サンプルステージ２０上に
載置されて、サンプルステージ２０にセットされるよう
に構成されている。
【０２３３】したがって、サンプル２２がその表面で支
持される板部材６０、６１、６２、６３、６４、６５の
表面と、サンプルキャリア２１がサンプルステージ２０
によって支持される面とは、つねに、同一平面内にあ
り、したがって、サンプルキャリア２１の位置を調整す
るという煩雑な操作を要することなく、５つのサンプル
２２を、サンプルステージ２０に対して、つねに、同一
の位置的関係で、セットすることが可能になる。
【０２３４】また、単に、フレーム体５０を１つの板状
部材を加工して作り、板部材６０、６１、６２、６３、
６４、６５をフレーム体５０の表面に取り付けるだけ
で、５つのサンプル２２を、サンプルステージ２０に対
して、つねに、同一の位置的関係で、セットすることが
できるから、サンプルキャリア２１のコストを大幅に低
減することが可能になる。
【０２３５】図５は、光学ヘッド１５に設けられたレン
ズ１９の高さ位置を調整するレンズ高さ位置調整装置の
略斜視図であり、図６は、マイクロメータヘッドと移動
方向規制部材の一部切り欠き略側面図である。
【０２３６】図５に示されるように、レンズ高さ位置調
整装置７０は、スキャナの本体に固定された定盤７１上
に設けられ、レンズ１９を支持するレンズ基台７２を有
し、レンズ基台７２は、鉛直方向にのみ移動するように
規制された移動方向規制部材７３に取り付けられてい
る。
【０２３７】図５および図６に示されるように、レンズ
高さ位置調整装置７０は、マイクロメータヘッド７４を
備えており、マイクロメータヘッド７４は、移動方向規
制部材７３に設けられたボールベアリング７５に当接し
ている。
【０２３８】レンズ高さ位置調整装置７０は、さらに、
ステッピングモータ７６を備え、ステッピングモータ７
６の回転は、ギア７７およびギア７８を介して、マイク
ロメータヘッド７４に伝達されるように構成され、本実
施態様においては、ステッピングモータ７６が１回転す
ると、マイクロメータヘッド７４が、５００μｍだけ、
昇降するように構成されている。
【０２３９】以上のように、図５および図６に示された
レンズ高さ位置調整装置７０においては、レンズが取り
付けられたレンズ基台７２は、鉛直方向にのみ移動する
ように規制された移動方向規制部材７３に取り付けら
れ、移動方向規制部材７３に設けられたボールベアリン
グ７５に、マイクロメータヘッド７４が当接しており、
移動方向規制部材７３が、マイクロメータヘッド７４に
よって、直接、昇降されるように構成されているから、
レンズ１９の高さ位置を精密に調整することが可能にな
る。
【０２４０】さらに、マイクロメータヘッド７４が、移
動方向規制部材７３に設けられたボールベアリング７５
に当接するように構成されており、したがって、頻繁
に、繰り返して、レンズ１９の高さ位置を調整しても、
マイクロメータヘッド７３が当接している部分が磨耗す
ることを効果的に防止することが可能になる。
【０２４１】図７は、本発明の好ましい実施態様にかか
るスキャナのの検出系、駆動系、入力系および制御系を
示すブロックダイアグラムである。
【０２４２】図７に示されるように、スキャナの制御系
は、コントロールユニット８０と、ＲＡＭ８１と、ＥＰ
ＲＯＭ８２と、データ処理装置３５を備えている。
【０２４３】図７に示されるように、スキャナの検出系
は、ロータリーエンコーダ４６と、サンプルステージ２
０にセットされたサンプル２２を把持するキャリアの種
類を検出するキャリアセンサ８３と、スキャナ内部の温
度を測定する温度センサ８４と、後に詳述する静電容量
型変位計７９とを備えている。
【０２４４】図７に示されるように、スキャナの駆動系
は、フィルタユニット２７を移動させるフィルタユニッ
トモータ８５と、共焦点切り換え部材３１を移動させる
切り換え部材モータ８６と、サンプルステージ２０を主
走査方向に移動させる主走査用モータ４３と、サンプル
ステージ２０を副走査方向に移動させる副走査用モータ
４７と、サンプルステージ２０に対して、光学ヘッド１
５のレンズ１９を、蛍光あるいは輝尽光２５の光路に沿
って移動させるステッピングモータ７６を備えている。
【０２４５】また、図７に示されるように、スキャナの
入力系は、キーボード８７を備えている。
【０２４６】以上のように構成された本実施態様にかか
るスキャナにおいては、まず、以下のようにして、サン
プルキャリア２１にセットされるべきスライドガラスを
担体としたマイクロアレイと、光学ヘッド１５のレンズ
１９との間の距離データが生成されて、ＥＰＲＯＭ８２
に記憶される。
【０２４７】図８は、マイクロアレイと、光学ヘッド１
５のレンズ１９との間の距離データを生成する際に使用
される距離測定用デバイスの略縦断面図であり、図９
は、マイクロアレイと、光学ヘッド１５のレンズ１９と
の間の距離データを生成する際のサンプルキャリア２１
の略平面図である。
【０２４８】図８に示されるように、マイクロアレイ
と、光学ヘッド１５のレンズ１９との間の距離データを
生成する際に使用される距離測定用デバイス９２ａ、９
２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅは、その全面に、スパッ
タリングによってクロム膜９１が形成されたスライドガ
ラス板９０によって構成され、マイクロアレイと、光学
ヘッド１５のレンズ１９との間の距離データを生成する
にあたっては、サンプルキャリア２１の第一のサンプル
位置である第一の開口部５１に、距離測定用デバイス９
２ａが、第二のサンプル位置である第二の開口部５２
に、距離測定用デバイス９２ｂが、第三のサンプル位置
である第三の開口部５３に、距離測定用デバイス９２ｃ
が、第四のサンプル位置である第四の開口部５４に、距
離測定用デバイス９２ｄが、第五のサンプル位置である
第五の開口部５５に、距離測定用デバイス９２ｅが、そ
れぞれ、クロム膜９１が光学ヘッド１５のレンズ１９側
に位置するように、セットされている。
【０２４９】図１０は、マイクロアレイと、光学ヘッド
１５のレンズ１９との間の距離データを生成する際の光
学ヘッドに設けられたレンズの高さ位置を調整するレン
ズ高さ位置調整装置の略斜視図である。
【０２５０】図１０に示されるように、マイクロアレイ
と、光学ヘッド１５のレンズ１９との間の距離データを
生成するにあたっては、レンズ基台７２から、レンズ１
９が取り外され、レンズ基台７２の上面には、静電容量
型変位計７９が取り付けられている。
【０２５１】レンズ基台７２の上面には、静電容量型変
位計７９が取り付けられると、オペレータによって、距
離計測指示信号が、温度設定信号とともに、キーボード
８８に入力される。本実施態様においては、まず、スキ
ャナ内の温度が１５℃に設定されて、サンプルキャリア
２１の第一の開口部５１ないし第五の開口部５５にセッ
トされるマイクロアレイと、光学ヘッド１５のレンズ１
９との間の距離データが生成されるように構成されてい
る。
【０２５２】距離計測指示信号と温度設定信号は、コン
トロールユニット８０に入力され、スキャナ内の温度が
１５℃になったことが、温度センサ８４から入力された
温度検出信号によって確認されると、コントロールユニ
ット８０は、主走査用モータ４３および副走査用モータ
４７に駆動信号を出力し、静電容量型変位計７９の先端
部７９ａが、クロム膜９１の表面に沿って、図８におい
て、矢印で示される向きに、相対的に移動されるよう
に、サンプルステージ２０を、主走査方向および副走査
方向に移動させる。
【０２５３】静電容量型変位計７９は、サンプルキャリ
ア２１の５つの開口部５１、５２、５３、５４、５５に
セットされた距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２
ｃ、９２ｄ、９２ｅに形成されたクロム膜９１の表面と
の間に、その先端部７９ａが、わずかな間隙を保持する
ように、クロム膜９１の表面に沿って、図８において、
矢印で示されるように、移動され、静電容量型変位計７
９によって、第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットされた距離測定用デバイス９２ａ上の図８に
おいて黒丸で示される計測を開始する基準点の位置に対
する各距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９
２ｄ、９２ｅ上の白丸で示された計測点の位置の変位が
計測されて、コントロールユニット８０に出力される。
【０２５４】コントロールユニット８０は、静電容量型
変位計７９から入力された図８において黒丸で示される
基準点に対する各距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、
９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ上の白丸で示された計測点の位
置の変位をＲＡＭ８１に記憶させる。
【０２５５】こうして、スキャナ内の温度を１５℃に設
定して、図８において、黒丸で示される基準点の位置に
対する各距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、
９２ｄ、９２ｅ上の白丸で示された計測点の位置の変位
が、静電容量型変位計７９によって計測され、ＲＡＭ８
１に記憶されると、オペレータによって、スキャナ内の
温度を２５℃に設定すべき旨の温度設定信号が、１５℃
における第一のサンプル位置である第一の開口部５１に
セットされた距離測定用デバイス９２ａ上の基準点の位
置に対する２５℃における距離測定用デバイス９２ａ上
の基準点の位置の変位および１５℃における距離測定用
デバイス９２ａ上の基準点の位置に対する２５℃におけ
る各距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２
ｄ、９２ｅ上の白丸で示された計測点の位置の変位を計
測すべき旨の距離計測指示信号とともに、キーボード８
８に入力される。
【０２５６】距離計測指示信号と温度設定信号は、コン
トロールユニット８０に入力され、スキャナ内の温度が
２５℃になったことが、温度センサ８４から入力された
温度検出信号によって確認されると、コントロールユニ
ット８０は、主走査用モータ４３および副走査用モータ
４７に駆動信号を出力し、静電容量型変位計７９の先端
部７９ａが、クロム膜９１の表面に沿って、図８におい
て、矢印で示される向きに、相対的に移動されるよう
に、サンプルステージ２０を、主走査方向および副走査
方向に移動させる。
【０２５７】その結果、１５℃における第一のサンプル
位置である第一の開口部５１にセットされた距離測定用
デバイス９２ａ上の基準点の位置に対する２５℃におけ
る距離測定用デバイス９２ａ上の基準点の位置の変位お
よび１５℃における距離測定用デバイス９２ａ上の基準
点の位置に対する２５℃における各距離測定用デバイス
９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ上の白丸で示
された計測点の位置の変位が、静電容量型変位計７９に
より、計測されて、コントロールユニット８０に入力さ
れる。
【０２５８】コントロールユニット８０は、静電容量型
変位計７９から入力された１５℃における距離測定用デ
バイス９２ａ上の基準点の位置に対する２５℃における
距離測定用デバイス９２ａ上の基準点の位置の変位およ
び１５℃における距離測定用デバイス９２ａ上の基準点
の位置に対する２５℃における各距離測定用デバイス９
２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ上の白丸で示さ
れた計測点の位置の変位を、ＲＡＭ８１に記憶させる。
【０２５９】こうして、スキャナ内の温度を２５℃に設
定した状態で、図８において、黒丸で示された１５℃に
おける距離測定用デバイス９２ａ上の基準点の位置に対
する２５℃における距離測定用デバイス９２ａ上の基準
点の位置の変位および１５℃における距離測定用デバイ
ス９２ａ上の基準点の位置に対する各距離測定用デバイ
ス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ上の白丸で
示された計測点の位置の変位が、ＲＡＭ８１に記憶され
ると、オペレータによって、スキャナ内の温度を３５℃
に設定すべき旨の温度設定信号が、１５℃における距離
測定用デバイス９２ａ上の基準点の位置に対する３５℃
における距離測定用デバイス９２ａ上の基準点の位置の
変位および１５℃における距離測定用デバイス９２ａ上
の基準点の位置に対する３５℃における各距離測定用デ
バイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ上の白
丸で示された計測点の位置の変位を計測すべき旨の距離
計測指示信号とともに、キーボード８８に入力される。
【０２６０】距離計測指示信号と温度設定信号は、コン
トロールユニット８０に入力され、スキャナ内の温度が
３５℃になったことが、温度センサ８４から入力された
温度検出信号によって確認されると、コントロールユニ
ット８０は、主走査用モータ４３および副走査用モータ
４７に駆動信号を出力し、静電容量型変位計７９の先端
部７９ａが、クロム膜９１の表面に沿って、図８におい
て、矢印で示される向きに、相対的に移動されるよう
に、サンプルステージ２０を、主走査方向および副走査
方向に移動させる。
【０２６１】その結果、１５℃における距離測定用デバ
イス９２ａ上の基準点の位置に対する３５℃における距
離測定用デバイス９２ａ上の基準点の位置の変位および
１５℃における距離測定用デバイス９２ａ上の基準点の
位置に対する３５℃における各距離測定用デバイス９２
ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ上の白丸で示され
た計測点の位置の変位が、静電容量型変位計７９によ
り、計測されて、コントロールユニット８０に入力され
る。
【０２６２】コントロールユニット８０は、静電容量型
変位計７９から入力された１５℃における距離測定用デ
バイス９２ａ上の基準点の位置に対する３５℃における
距離測定用デバイス９２ａ上の基準点の位置の変位およ
び１５℃における距離測定用デバイス９２ａ上の基準点
の位置に対する各距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、
９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ上の白丸で示された計測点の位
置の変位を、ＲＡＭ８１に記憶させる。
【０２６３】静電容量型変位計７９の計測結果に基づい
て、１５℃における距離測定用デバイス９２ａ上の図８
において黒丸で示された基準点の位置に対する２５℃お
よび３５℃における距離測定用デバイス９２ａ上の基準
点の位置の変位ならびに１５℃における距離測定用デバ
イス９２ａ上の基準点の位置に対する１５℃、２５℃お
よび３５℃における各距離測定用デバイス９２ａ、９２
ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ上の白丸で示された計測点
の位置の変位が、それぞれ、ＲＡＭ８１に記憶される
と、コントロールユニット８０は、まず、１５℃におけ
る距離測定用デバイス９２ａについて、距離測定用デバ
イス９２ａ上の図８において黒丸で示された基準点の位
置に対する２５℃および３５℃における距離測定用デバ
イス９２ａ上の基準点の位置の変位ならびに１５℃にお
ける距離測定用デバイス９２ａ上の基準点の位置に対す
る各距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２
ｄ、９２ｅ上の白丸で示された計測点の位置の変位を、
ＲＡＭ８１から読み出し、スキャナ内温度に対する各距
離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９
２ｅの各計測点の位置の変位の変化を、最小二乗法によ
って、直線回帰して、各計測点の温度係数を算出する。
【０２６４】次いで、コントロールユニット８０は、距
離測定用デバイス９２ａの各計測点の温度係数の平均値
を算出し、こうして算出した温度係数の平均値を、サン
プル２２が、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位
置である第一の開口部５１にセットされた場合の温度係
数、すなわち、サンプルキャリア２１の第一のサンプル
位置の温度係数として決定し、ＥＰＲＯＭ８２に記憶さ
せる。
【０２６５】同様にして、コントロールユニット８０
は、距離測定用デバイス９２ｂの各計測点の温度係数の
平均値を算出し、こうして算出した温度係数の平均値
を、サンプル２２が、サンプルキャリア２１の第二のサ
ンプル位置である第二の開口部５２にセットされた場合
の温度係数、すなわち、サンプルキャリア２１の第二の
サンプル位置の温度係数として、距離測定用デバイス９
２ｃの各計測点の温度係数の平均値を算出し、こうして
算出した温度係数の平均値を、サンプル２２が、サンプ
ルキャリア２１の第三のサンプル位置である第三の開口
部５３にセットされた場合の温度係数、すなわち、サン
プルキャリア２１の第三のサンプル位置の温度係数とし
て、距離測定用デバイス９２ｄの各計測点の温度係数の
平均値を算出し、こうして算出した温度係数の平均値
を、サンプル２２が、サンプルキャリア２１の第四のサ
ンプル位置である第四の開口部５４にセットされた場合
の温度係数、すなわち、サンプルキャリア２１の第四の
サンプル位置の温度係数として、距離測定用デバイス９
２ｅの各計測点の温度係数の平均値を算出し、こうして
算出した温度係数の平均値を、サンプル２２が、サンプ
ルキャリア２１の第五のサンプル位置である第五の開口
部５５にセットされた場合の温度係数、すなわち、サン
プルキャリア２１の第五のサンプル位置の温度係数とし
て、それぞれ、決定し、ＥＰＲＯＭ８２に記憶させる。
【０２６６】また、コントロールユニット８０は、スキ
ャナ内温度が２５℃に設定された場合におけるサンプル
キャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部
５１にセットされた距離測定用デバイス９２ａの９つの
計測点の位置の１５℃における基準点の位置に対する変
位の平均値を算出し、こうして算出した変位の平均値
を、サンプル２２が、サンプルキャリア２１の第一のサ
ンプル位置である第一の開口部５１にセットされた場合
の９つの計測点の位置の距離補正値、すなわち、第一の
サンプル位置の距離補正値ΔＤ１として決定して、ＥＰ
ＲＯＭ８２に記憶させる。
【０２６７】全く同様にして、コントロールユニット８
０は、スキャナ内温度が２５℃に設定された場合におけ
る距離測定用デバイス９２ｂの９つの計測点の位置の１
５℃における基準点の位置に対する変位の平均値を、サ
ンプル２２が、サンプルキャリア２１の第二のサンプル
位置である第二の開口部５２にセットされた場合の９つ
の計測点の位置の距離補正値、すなわち、第二のサンプ
ル位置の距離補正値ΔＤ２として、スキャナ内温度が２
５℃に設定された場合における距離測定用デバイス９２
ｃの９つの計測点の位置の１５℃における基準点の位置
に対する変位の平均値を、サンプル２２が、サンプルキ
ャリア２１の第三のサンプル位置である第三の開口部５
３にセットされた場合の９つの計測点の位置の距離補正
値、すなわち、第三のサンプル位置の距離補正値ΔＤ３
として、スキャナ内温度が２５℃に設定された場合にお
ける距離測定用デバイス９２ｄの９つの計測点の位置の
１５℃における基準点の位置に対する変位の平均値を、
サンプル２２が、サンプルキャリア２１の第四のサンプ
ル位置である第四の開口部５４にセットされた場合の９
つの計測点の位置の距離補正値、すなわち、第四のサン
プル位置の距離補正値ΔＤ４として、スキャナ内温度が
２５℃に設定された場合における距離測定用デバイス９
２ｅの９つの計測点の位置の１５℃における基準点の位
置に対する変位の平均値を、サンプル２２が、サンプル
キャリア２１の第五のサンプル位置である第五の開口部
５５にセットされた場合の９つの計測点の位置の距離補
正値、すなわち、第五のサンプル位置の距離補正値ΔＤ
５として、それぞれ、決定し、ＥＰＲＯＭ８２に記憶さ
せる。
【０２６８】さらに、コントロールユニット８０は、Ｒ
ＡＭ８１から、サンプルキャリア２１の第一のサンプル
位置である第一の開口部５１にセットされた距離測定用
デバイス９２ａの９つの計測点の位置の１５℃における
基準点に対する変位を読み出し、第一の計測点変位デー
タＶ１として、ＥＰＲＯＭ８２に記憶させる。
【０２６９】全く同様にして、ＲＡＭ８１に記憶された
距離測定用デバイス９２ｂの９つの計測点の位置の１５
℃における基準点に対する変位を、第二の計測点変位デ
ータＶ２として、ＲＡＭ８１に記憶された距離測定用デ
バイス９２ｃの９つの計測点の位置の１５℃における基
準点に対する変位を、第三の計測点変位データＶ３とし
て、ＲＡＭ８１に記憶された距離測定用デバイス９２ｄ
の９つの計測点の位置の１５℃における基準点に対する
変位を、第四の計測点変位データＶ４として、ＲＡＭ８
１に記憶された距離測定用デバイス９２ｅの９つの計測
点の位置の１５℃における基準点に対する変位を、第五
の計測点変位データＶ５として、それぞれ、決定し、Ｅ
ＰＲＯＭ８２に記憶させる。
【０２７０】こうして、第一のサンプル位置の温度係数
Ｋ１ないし第五のサンプル位置の温度係数Ｋ５、第一の
サンプル位置の距離補正値ΔＤ１ないし第五のサンプル
位置の距離補正値ΔＤ５および第一のサンプル位置の計
測点変位データＶ１ないし第五のサンプル位置の計測点
変位データＶ５が、ＥＰＲＯＭ８２に記憶されると、オ
ペレータによって、各距離測定用デバイス９２ａ、９２
ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅが、サンプルキャリア２１
の開口部５１、５２、５３、５４、５５から取り外され
る。
【０２７１】さらに、オペレータにより、サンプルキャ
リア２１の第一の開口部５１内に、図８において、黒丸
で示される距離測定用デバイス９２ａの基準点に対応す
るスライドガラス板の基準位置に、Ｆｌｕｏｒ−Ｘ（登
録商標）、Ｃｙ−３（登録商標）およびＣｙ−５（登録
商標）を含むスポットが形成されたフォーカス位置決定
用デバイスがセットされる。
【０２７２】図１１は、フォーカス位置決定用デバイス
の略正面図である。
【０２７３】図１１に示されるように、フォーカス位置
決定用デバイス９５は、スライドガラス板９６によって
構成され、スライドガラス板９６には、Ｆｌｕｏｒ−Ｘ
（登録商標）、Ｃｙ−３（登録商標）およびＣｙ−５
（登録商標）を含むスポット９７が形成されている。こ
こに、スポット９７は、フォーカス位置決定用デバイス
９５が、サンプルキャリア２１の第一の開口部５１内に
セットされたとき、図８において、黒丸で示される距離
測定用デバイス９２ａの基準点に対応するスライドガラ
ス板９６上の基準位置に形成されている。
【０２７４】フォーカス位置決定用デバイス９５が第一
の開口部５１内にセットされたサンプルキャリア２１が
サンプルステージ２０に載置され、次いで、オペレータ
により、フォーカス位置決定信号が、キーボード５７に
入力されると、フォーカス位置決定信号は、コントロー
ルユニット８０に出力される。
【０２７５】フォーカス位置決定信号が入力されると、
コントロールユニット８０は、光学ヘッド１５のレンズ
１９の位置を検出して、ゼロ位置として、ＲＡＭ８１に
記憶させる。
【０２７６】さらに、コントロールユニット８０は、切
り換え部材モータ８６に駆動信号を出力して、共焦点切
り換え部材３１を、最も径の小さいピンホール３２ａが
光路内に位置するように、移動させる。
【０２７７】次いで、コントロールユニット８０は、フ
ィルタユニットモータ８５に駆動信号を出力して、フィ
ルタユニット２７を移動させ、６４０ｎｍの波長の光を
カットし、６４０ｎｍよりも波長の長い光を透過する性
質を有するフィルタ２８ａを光路内に位置させるととも
に、第１のレーザ励起光源１を起動させる。
【０２７８】その結果、第１のレーザ励起光源１から、
６４０ｎｍの波長のレーザ光４が発せられ、レーザ光４
は、コリメータレンズ５によって、平行な光とされた
後、ミラー６によって反射され、第１のダイクロイック
ミラー７および第２のダイクロイックミラー８を透過し
て、光学ヘッド１５に入射する。
【０２７９】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルステージ２０に載置されて、セットされた
フォーカス位置決定用デバイス９５に入射する。
【０２８０】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動されるとともに、副走査用モータ４７により、
図３において、矢印Ｙで示される副走査方向に移動され
るため、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によって、サン
プルステージ２０に載置されたフォーカス位置決定用デ
バイス９５の全面が走査される。
【０２８１】レーザ光４の照射を受けると、フォーカス
位置決定用デバイス９５のスポット９７中のＣｙ−５
（登録商標）が励起されて、蛍光が放出される。
【０２８２】スポット９７中のＣｙ−５から放出された
蛍光２５は、レンズ１９によって、平行な光とされ、穴
明きミラー１８によって反射され、フィルタユニット２
７に入射する。
【０２８３】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ａ
が光路内に位置するように移動されているため、蛍光２
５は、６４０ｎｍの波長の光をカットし、６４０ｎｍよ
りも波長の長い光を透過させる性質を有するフィルタ２
８ａに入射する。
【０２８４】ここに、蛍光の波長は、励起光であるレー
ザ光４の波長よりも長いため、レーザ光４がカットさ
れ、スポット９７から放出された蛍光２５のみが、フィ
ルタ２８ａを透過する。
【０２８５】フィルタ２８ａを透過した蛍光２５は、ミ
ラー２９によって反射され、レンズ３０によって、最も
径の小さいピンホール３２ａ上に集光され、フォトマル
チプライア３３によって、光電的に検出されて、アナロ
グデータが生成される。
【０２８６】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４により、ディジ
タルデータに変換されて、データ処理装置３５に送られ
る。
【０２８７】図１２は、データ処理装置のブロックダイ
アグラムである。
【０２８８】図１２に示されるように、データ処理装置
３５は、ラインメモリ１００と、データ処理部１０１
と、シェーディング補正データを記憶するシェーディン
グ補正データ記憶部１０２と、シェーディング補正され
たディジタルデータを記憶するデータ記憶部１０３を備
えている。
【０２８９】Ａ／Ｄ変換器３４により、ディジタルデー
タに変換され、データ処理装置３５に出力されたディジ
タルデータは、ラインメモリ１００に記憶される。
【０２９０】フォーカス位置決定用デバイス９５の全面
が、６４０ｎｍの波長のレーザ光４により走査され、ス
ポット９７に含まれたＣｙ−５から放出された蛍光２５
が、フォトマルチプライア３３によって光電的に検出さ
れ、Ａ／Ｄ変換器３４によって、ディジタル化されたデ
ィジタルデータが、ラインメモリ１００に記憶される
と、コントロールユニット８０は、第１のレーザ励起光
源１をオフし、データ処理部１０１に、データ処理信号
を出力して、ディジタルデータを、ラインメモリ１００
から読み出させる。
【０２９１】データ処理部１０１は、ラインメモリ１０
０から読み出したディジタルデータの信号強度を積分し
て、蛍光２５の信号強度の積分値を、コントロールユニ
ット８０に出力する。
【０２９２】コントロールユニット８０は、データ処理
装置３５のデータ処理部１０１から入力された蛍光２５
の信号強度の積分値を、光学ヘッド１５のレンズ１９の
位置、すなわち、光学ヘッド１５のレンズ１９を移動さ
せるステッピングモータ７６に与えた駆動パルスと関連
づけて、ＲＡＭ８１に記憶させる。この時点では、ま
だ、ステッピングモータ７６に、駆動パルスを与えてい
ないため、ゼロ位置が、蛍光２５の信号強度の積分値と
ともに、ＲＡＭ８１に記憶される。
【０２９３】データ処理装置３５のデータ処理部１０１
から、蛍光２５の信号強度の積分値が入力され、ＲＡＭ
８１に記憶させると、コントロールユニット８０は、ス
テッピングモータ７６に、駆動パルス信号を出力して、
光学ヘッド１５のレンズ１９を、蛍光２５の光路に沿っ
て、サンプルステージ２０に対して、１０ミクロンだ
け、移動させ、再び、第１のレーザ励起光源１を起動す
る。
【０２９４】フォーカス位置決定用デバイス９５の全面
が、６４０ｎｍの波長のレーザ光４により走査され、ス
ポット９７に含まれたＣｙ−５から放出された蛍光２５
が、フォトマルチプライア３３によって光電的に検出さ
れ、Ａ／Ｄ変換器３４によってディジタル化されたディ
ジタルデータが、ラインメモリ１００に記憶されると、
コントロールユニット８０は、第１のレーザ励起光源１
をオフし、データ処理部１０１に、ディジタルデータ
を、ラインメモリ１００から読み出させる。
【０２９５】データ処理部１０１は、ラインメモリ１０
０から読み出したディジタルデータの信号強度を積分し
て、蛍光２５の信号強度の積分値を、コントロールユニ
ット８０に出力する。
【０２９６】コントロールユニット８０は、データ処理
装置３５のデータ処理部１０１から入力された蛍光２５
の信号強度の積分値を、光学ヘッド１５のレンズ１９の
位置、すなわち、光学ヘッド１５のレンズ１９を移動さ
せるステッピングモータ７６に与えた駆動パルスと関連
づけて、ＲＡＭ８１に記憶させる。
【０２９７】データ処理装置３５のデータ処理部１０１
から、蛍光２５の信号強度の積分値が入力され、ＲＡＭ
８１に記憶させると、コントロールユニット８０は、ス
テッピングモータ７６に、駆動パルス信号を出力して、
光学ヘッド１５のレンズ１９を、蛍光２５の光路に沿っ
て、サンプルステージ２０に対して、１０ミクロンだ
け、移動させ、再び、第１のレーザ励起光源１を起動す
る。
【０２９８】６４０ｎｍの波長のレーザ光４によるスポ
ット９７に含まれたＣｙ−５の励起、蛍光２５の検出、
ディジタルデータの生成、蛍光２５の信号強度の積分値
の算出およびＲＡＭ８１への積分値の記憶のサイクル
を、所定の回数にわたって、繰り返した後、コントロー
ルユニット５０は、ＲＡＭ５１に記憶されている蛍光２
５の信号強度の積分値と、光学ヘッド１５のレンズ１９
の位置に基づき、蛍光２５の信号強度の積分値の最大値
が生成されたレンズ１９の位置を、光学ヘッド１５のレ
ンズ１９を、ゼロ位置から移動させるために、ステッピ
ングモータ７６に与えた駆動パルス数の形で求めて、第
１のレーザ励起光源１を用いた場合、すなわち、６４０
ｎｍの波長のレーザ光４を用いた場合の共焦点光学系の
フォーカス位置データＰ６４０として、ＥＰＲＯＭ８２
に記憶させるとともに、光学ヘッド１５のレンズ１９の
それぞれの位置と、それに対応する蛍光２５の信号強度
の積分値をＥＰＲＯＭ８２に記憶させる。
【０２９９】こうして、第１のレーザ励起光源１を用い
た場合の共焦点光学系のフォーカス位置データＰ６４０
が決定されて、ステッピングモータ７６に与えた駆動パ
ルスの形で、ＥＰＲＯＭ８２に記憶されると、コントロ
ールユニット８０は、ステッピングモータ７６に駆動信
号を出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を元の位置
に復帰させ、その位置をゼロ位置として、ＲＡＭ８１に
記憶させる。
【０３００】次いで、最も径の小さいピンホール３２ａ
が光路内に位置させたまま、共焦点切り換え部材３１を
保持しつつ、コントロールユニット８０は、フィルタユ
ニットモータ８５に駆動信号を出力して、フィルタユニ
ット２７を移動させ、５３２ｎｍの波長の光をカット
し、５３２ｎｍよりも波長の長い光を透過する性質を有
するフィルタ２８ｂを光路内に位置させるとともに、第
２のレーザ励起光源２を起動させる。
【０３０１】第２のレーザ励起光源２から発せられた５
３２ｎｍの波長のレーザ光４は、コリメータレンズ９に
よって、平行な光とされた後、第１のダイクロイックミ
ラー７に入射して、反射される。
【０３０２】第１のダイクロイックミラー７によって反
射されたレーザ光４は、第２のダイクロイックミラー８
を透過し、光学ヘッド１５に入射する。
【０３０３】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルステージ２０に載置されて、セットされた
フォーカス位置決定用デバイス９５に入射する。
【０３０４】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動されるとともに、副走査用モータ４７により、
図３において、矢印Ｙで示される副走査方向に移動され
るため、５３２ｎｍの波長のレーザ光４によって、サン
プルステージ２０に載置されたフォーカス位置決定用デ
バイス９５の全面が走査される。
【０３０５】レーザ光４の照射を受けると、フォーカス
位置決定用デバイス９５のスポット９７中に含まれたＣ
ｙ−３が励起されて、蛍光が放出される。
【０３０６】スポット９７中に含まれたＣｙ−３から放
出された蛍光２５は、レンズ１９によって、平行な光と
され、穴明きミラー１８によって反射され、フィルタユ
ニット２７に入射する。
【０３０７】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ｂ
が光路内に位置するように移動されているため、蛍光２
５は、５３２ｎｍの波長の光をカットし、５３２ｎｍよ
りも波長の長い光を透過させる性質を有するフィルタ２
８ｂに入射する。
【０３０８】ここに、蛍光の波長は、励起光であるレー
ザ光４の波長よりも長いため、レーザ光４がカットさ
れ、スポット９７に含まれたＣｙ−３から放出された蛍
光２５のみが、フィルタ２８ｂを透過する。
【０３０９】フィルタ２８ｂを透過した蛍光２５は、ミ
ラー２９によって反射され、レンズ３０によって、最も
径の小さいピンホール３２ａ上に集光され、フォトマル
チプライア３３によって、光電的に検出されて、アナロ
グデータが生成される。
【０３１０】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４により、ディジ
タルデータに変換されて、データ処理装置３５に送られ
る。
【０３１１】Ａ／Ｄ変換器３４により、ディジタルデー
タに変換され、データ処理装置３５に出力されたディジ
タルデータは、ラインメモリ１００に記憶される。
【０３１２】フォーカス位置決定用デバイス９５の全面
が、５３２ｎｍの波長のレーザ光４により走査され、ス
ポット９７に含まれたＣｙ−３から放出された蛍光２５
が、フォトマルチプライア３３によって光電的に検出さ
れ、Ａ／Ｄ変換器３４によって、ディジタル化されたデ
ィジタルデータが、ラインメモリ１００に記憶される
と、コントロールユニット８０は、第２のレーザ励起光
源２をオフし、データ処理部１０１に、ディジタルデー
タを、ラインメモリ１００から読み出させる。
【０３１３】データ処理部１０１は、ラインメモリ１０
０から読み出したディジタルデータの信号強度を積分し
て、蛍光２５の信号強度の積分値を、コントロールユニ
ット８０に出力する。
【０３１４】コントロールユニット８０は、データ処理
装置３５のデータ処理部１０１から入力された蛍光２５
の信号強度の積分値を、光学ヘッド１５のレンズ１９の
位置、すなわち、光学ヘッド１５のレンズ１９を移動さ
せるステッピングモータ７６に与えた駆動パルスと関連
づけて、ＲＡＭ８１に記憶させる。この時点では、ま
だ、ステッピングモータ７６に、駆動パルスを与えてい
ないため、ゼロ位置が、蛍光２５の信号強度の積分値と
ともに、ＲＡＭ８１に記憶される。
【０３１５】データ処理装置３５のデータ処理部１０１
から、蛍光２５の信号強度の積分値が入力され、ＲＡＭ
８１に記憶させると、コントロールユニット８０は、ス
テッピングモータ７６に、駆動パルス信号を出力して、
光学ヘッド１５のレンズ１９を、蛍光２５の光路に沿っ
て、サンプルステージ２０に対して、１０ミクロンだ
け、移動させ、再び、第２のレーザ励起光源２を起動す
る。
【０３１６】こうして、第１のレーザ励起光源１を用い
た場合と全く同様に、５３２ｎｍの波長のレーザ光４に
よるスポット９７に含まれたＣｙ−３の励起、蛍光２５
の検出、ディジタルデータ生成、蛍光２５の信号強度の
積分値の算出および積分値のＲＡＭ８１への記憶のサイ
クルを、所定の回数にわたって、繰り返した後、コント
ロールユニット８０は、ＲＡＭ８１に記憶されている蛍
光２５の信号強度の積分値と、光学ヘッド１５のレンズ
１９の位置に基づき、蛍光２５の信号強度の積分値の最
大値が生成されたレンズ１９の位置を、光学ヘッド１５
のレンズ１９を、ゼロ位置から移動させるために、ステ
ッピングモータ７６に与えた駆動パルス数の形で求め、
第２のレーザ励起光源２を用いた場合、すなわち、５３
２ｎｍの波長のレーザ光４を用いた場合の共焦点光学系
のフォーカス位置データＰ５３２として、ＥＰＲＯＭ８
２に記憶させるとともに、光学ヘッド１５のレンズ１９
のそれぞれの位置と、それに対応する蛍光２５の信号強
度の積分値をＥＰＲＯＭ８２に記憶させる。
【０３１７】以上のようにして、第２のレーザ励起光源
２を用いた場合における共焦点光学系のフォーカス位置
Ｐ５３２が決定されて、ステッピングモータ７６に与え
た駆動パルスの形で、ＲＡＭ８１に記憶されると、コン
トロールユニット８０は、ステッピングモータ７６に駆
動信号を出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を元の
位置に復帰させ、その位置をゼロ位置として、ＲＡＭ８
１に記憶させる。
【０３１８】次いで、最も径の小さいピンホール３２ａ
が光路内に位置させたまま、共焦点切り換え部材３１を
保持しつつ、コントロールユニット８０は、フィルタユ
ニットモータ８５に駆動信号を出力して、フィルタユニ
ット２７を移動させ、４７３ｎｍの波長の光をカット
し、４７３ｎｍよりも波長の長い光を透過する性質を有
するフィルタ２８ｃを光路内に位置させるとともに、第
３のレーザ励起光源３を起動させる。
【０３１９】第３のレーザ励起光源３から発せられた４
７３ｎｍの波長のレーザ光４は、第２のダイクロイック
ミラー８によって、反射され、光学ヘッド１５に入射す
る。
【０３２０】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルステージ２０に載置されて、セットされた
フォーカス位置決定用デバイス９５に入射する。
【０３２１】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動されるとともに、副走査用モータ４７により、
図３において、矢印Ｙで示される副走査方向に移動され
るため、４７３ｎｍの波長のレーザ光４によって、サン
プルステージ２０に載置されたフォーカス位置決定用デ
バイス９５の全面が走査される。
【０３２２】レーザ光４の照射を受けると、フォーカス
位置決定用デバイス６０のスポット９７中に含まれたＦ
ｌｕｏｒ−Ｘが励起されて、蛍光２５が放出される。
【０３２３】スポット９７中に含まれたＦｌｕｏｒ−Ｘ
から放出された蛍光２５は、レンズ１９によって、平行
な光とされ、穴明きミラー１８によって反射され、フィ
ルタユニット２７に入射する。
【０３２４】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ｃ
が光路内に位置するように移動されているため、蛍光２
５は、４７３ｎｍの波長の光をカットし、４７３ｎｍよ
りも波長の長い光を透過させる性質を有するフィルタ２
８ｂに入射する。
【０３２５】ここに、蛍光の波長は、励起光であるレー
ザ光４の波長よりも長いため、レーザ光４がカットさ
れ、スポット９７中に含まれたＦｌｕｏｒ−Ｘから放出
された蛍光２５のみが、フィルタ２８ｃを透過する。
【０３２６】フィルタ２８ｃを透過した蛍光２５は、ミ
ラー２９によって反射され、レンズ３０によって、最も
径の小さいピンホール３２ａ上に集光され、フォトマル
チプライア３３によって、光電的に検出されて、アナロ
グデータが生成される。
【０３２７】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４により、ディジ
タルデータに変換されて、データ処理装置３５に送られ
る。
【０３２８】Ａ／Ｄ変換器３４により、ディジタルデー
タに変換され、データ処理装置３５に出力されたディジ
タルデータは、ラインメモリ１００に記憶される。
【０３２９】フォーカス位置決定用デバイス９５の全面
が、４７３ｎｍの波長のレーザ光４によって走査され、
スポット９７中に含まれたＦｌｕｏｒ−Ｘから放出され
た蛍光２５が、フォトマルチプライア３３によって光電
的に検出され、Ａ／Ｄ変換器３４によってディジタル化
されたディジタルデータが、ラインメモリ１００に記憶
されると、コントロールユニット８０は、第３のレーザ
励起光源３をオフし、データ処理部１０１に、ディジタ
ルデータを、ラインメモリ１００から読み出させる。
【０３３０】データ処理部１０１は、ラインメモリ１０
０から読み出したディジタルデータの信号強度を積分し
て、蛍光２５の信号強度の積分値を、コントロールユニ
ット８０に出力する。
【０３３１】コントロールユニット８０は、データ処理
装置３５のデータ処理部１０１から入力された蛍光２５
の信号強度の積分値を、光学ヘッド１５のレンズ１９の
位置、すなわち、光学ヘッド１５のレンズ１９を移動さ
せるステッピングモータ７６に与えた駆動パルスと関連
づけて、ＲＡＭ８１に記憶させる。この時点では、ま
だ、ステッピングモータ７６に、駆動パルスを与えてい
ないため、ゼロ位置が、蛍光２５の信号強度の積分値と
ともに、ＲＡＭ８１に記憶される。
【０３３２】データ処理装置３５のデータ処理部１０１
から、蛍光２５の信号強度の積分値が入力され、ＲＡＭ
８１に記憶させると、コントロールユニット８０は、ス
テッピングモータ７６に、駆動パルス信号を出力して、
光学ヘッド１５のレンズ１９を、蛍光２５の光路に沿っ
て、サンプルステージ２０に対して、１０ミクロンだ
け、移動させ、再び、第３のレーザ励起光源３を起動す
る。
【０３３３】こうして、第１のレーザ励起光源１を用い
た場合と全く同様に、４７３ｎｍの波長のレーザ光４に
よるスポット９７中に含まれたＦｌｕｏｒ−Ｘの励起、
蛍光２５の検出、ディジタルデータ生成、蛍光２５の信
号強度の積分値の算出およびＲＡＭ８１への蛍光２５の
信号強度の積分値の記憶のサイクルを、所定の回数にわ
たって、繰り返した後、コントロールユニット８０は、
ＲＡＭ８１に記憶されている蛍光２５の信号強度の積分
値と、光学ヘッド１５のレンズ１９の位置に基づき、蛍
光２５の信号強度の積分値の最大値が生成されたレンズ
１９の位置を、光学ヘッド１５のレンズ１９を、ゼロ位
置から移動させるために、ステッピングモータ７６に与
えた駆動パルス数の形で求め、第３のレーザ励起光源３
を用いた場合、すなわち、４７３ｎｍの波長のレーザ光
４を用いた場合の共焦点光学系のフォーカス位置データ
Ｐ４７３として、ＥＰＲＯＭ８２に記憶させるととも
に、光学ヘッド１５のレンズ１９のそれぞれの位置と、
それに対応する蛍光２５の信号強度の積分値をＥＰＲＯ
Ｍ８２に記憶させる。
【０３３４】図１３は、以上のようにして、ステッピン
グモータ７６によって、光学ヘッド１５のレンズ１９の
位置を変えつつ、フォーカス位置決定用デバイス９５
を、６４０ｎｍの波長のレーザ光４、５３２ｎｍの波長
のレーザ光４および４７３ｎｍの波長のレーザ光４によ
って、走査し、フォトマルチプライア３３によって、ス
ポット９７中に含まれたＣｙ−５、Ｃｙ−３およびＦｌ
ｕｏｒ−Ｘから放出された蛍光２５を、それぞれ、光電
的に検出し、Ａ／Ｄ変換器３４により、ディジタル化し
たディジタルデータの信号強度の積分値をプロットした
グラフである。
【０３３５】図１３において、×で示されるプロットデ
ータは、６４０ｎｍの波長のレーザ光４を用いて、スポ
ット９７中に含まれたＣｙ−５を励起した場合のディジ
タルデータの信号強度の積分値のプロットデータであ
り、△で示されるプロットデータは、５３２ｎｍの波長
のレーザ光４を用いて、スポット９７中に含まれたＣｙ
−３を励起した場合のディジタルデータの信号強度の積
分値のプロットデータ、□で示されるプロットデータ
は、４７３ｎｍの波長のレーザ光４を用いて、スポット
９７中に含まれたＦｌｕｏｒ−Ｘを励起した場合のディ
ジタルデータの信号強度の積分値のプロットデータであ
る。レーザ光４の波長によって、共焦点光学系のフォー
カスの位置は異なるため、レーザ光４の波長により、そ
れぞれ、異なるプロットデータが得られている。
【０３３６】レンズ１９の焦点に、フォーカス位置決定
用デバイス９５の基準位置に形成されたスポット９７が
位置しているときに、スポット９７に含まれた蛍光色素
から放出された蛍光２５の集光効率が最も大きいため、
図１３に示されるように、各波長のレーザ光４を用いた
場合に、フォトマルチプライア３３によって検出された
蛍光２５の信号強度の積分値のプロットデータは、フォ
ーカス位置決定用デバイス６０の基準位置に形成された
スポット９７が、レンズ１９の焦点に位置していたとき
に、ピークを有している。
【０３３７】したがって、こうして得られた蛍光２５の
信号強度の積分値のプロットデータに基づき、蛍光２５
の信号強度の積分値のプロットデータのピークの位置に
対応するレンズ１９の位置を検出することによって、共
焦点光学系のフォーカス位置を決定することが可能にな
る。
【０３３８】以上のようにして、６４０ｎｍの波長のレ
ーザ光４、５３２ｎｍの波長のレーザ光４および４７３
ｎｍの波長のレーザ光４を用いる場合の共焦点光学系の
フォーカス位置が決定され、フォーカス位置データが、
ＥＰＲＯＭ８２に記憶されると、さらに、コントロール
ユニット８０は、図１３に示された６４０ｎｍの波長の
レーザ光４、５３２ｎｍの波長のレーザ光４および４７
３ｎｍの波長のレーザ光４を、フォーカス位置決定用デ
バイス９５に照射して、生成されたディジタルデータの
信号強度の積分値をプロットして得た×、△および□に
より示される曲線を、ｎ次関数で、フィッティングし
て、ｎ次関数の係数を、各波長毎に、ＥＰＲＯＭ８２に
記憶させる。
【０３３９】さらに、コントロールユニット８０は、６
４０ｎｍの波長のレーザ光４、５３２ｎｍの波長のレー
ザ光４および４７３ｎｍの波長のレーザ光４に対する共
焦点光学系のフォーカス位置データおよびｎ次関数の係
数を求めた際のスキャナ内温度の平均値Ｔ０を、温度セ
ンサ８４から入力された温度検出信号にしたがって、算
出し、ＥＰＲＯＭ８２に記憶させる。
【０３４０】次いで、コントロールユニット８０は、Ｅ
ＰＲＯＭ８２に記憶された第一のサンプル位置の計測点
変位データＶ１ないし第五のサンプル位置の計測点変位
データＶ５、各波長毎のｎ次関数の係数およびスキャナ
内温度の平均値Ｔ０を読み出して、二次元補間演算によ
って、１５℃、２５℃および３５℃における６４０ｎ
ｍ、５３２ｎｍおよび４７３ｎｍの各波長毎の第一のサ
ンプル位置の二次元シェーディング補正データないし第
五のサンプル位置の二次元シェーディング補正データを
生成し、データ処理装置３５のシェーディング補正デー
タ記憶部１０２に記憶させる。
【０３４１】以上のようにして、各種データが決定され
て、ＥＰＲＯＭ８２に記憶されたスキャナは、以下のよ
うにして、スライドガラス板を担体とし、蛍光色素によ
って選択的に標識された試料の数多くのスポットが、ス
ライドガラス板上に形成されているマイクロアレイを、
レーザ光４により、走査して、蛍光色素を励起し、蛍光
色素から放出された蛍光を光電的に検出して、生化学解
析用のデータを生成する。
【０３４２】まず、サンプルステージ２０に、サンプル
２２である５つのマイクロアレイを保持したサンプルキ
ャリア２１が載置されて、セットされると、キャリアセ
ンサ８３によって、サンプルキャリア２１の種類が検出
され、キャリア検出信号がコントロールユニット８０に
出力される。
【０３４３】キャリアセンサ５３からキャリア検出信号
を受けると、コントロールユニット８０は、キャリア検
出信号に基づき、切り換え部材モータ８６に駆動信号を
出力して、共焦点切り換え部材３１を、最も径の小さい
ピンホール３２ａが光路内に位置するように、移動させ
る。
【０３４４】次いで、ユーザーによって、標識物質であ
る蛍光物質の種類およびスタート信号が、キーボード８
８に入力されると、キーボード８８から指示信号がコン
トロールユニット８０に出力される。
【０３４５】たとえば、蛍光物質の種類として、Ｃｙ−
５（登録商標）が入力されると、コントロールユニット
８０は、入力された指示信号にしたがって、フィルタユ
ニットモータ８５に駆動信号を出力して、フィルタユニ
ット２７を移動させ、６４０ｎｍの波長の光をカット
し、６４０ｎｍよりも波長の長い光を透過する性質を有
するフィルタ２８ａを光路内に位置させる。
【０３４６】同時に、コントロールユニット８０は、Ｅ
ＰＲＯＭ８２に記憶された第１のレーザ励起光源１を用
いた場合の共焦点光学系のフォーカス位置データＰ
６４０、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ１、第一のサ
ンプル位置の距離補正値ΔＤ１、６４０ｎｍの波長のレ
ーザ光４に対する共焦点光学系のフォーカス位置データ
ならびに共焦点光学系のフォーカス位置データおよびｎ
次関数の係数を求めた際のスキャナ内温度の平均値Ｔ０
を読み出すとともに、温度センサ８４によって検出さ
れ、入力されたスキャナ内温度Ｔを用いて、次式（１）
にしたがい、ステッピングモータ７６に与える駆動パル
ス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を
出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に
移動させ、その位置に保持させる。
【０３４７】 Ｐ＝Ｐλ＋Ａ×｛ΔＤｉ＋Ｋｉ×（Ｔ−Ｔ０）｝ （１） ここに、Ａは、駆動パルスと距離の換算係数であり、λ
は、標識物質の励起に使用するレーザ光４の波長、ｉは
１ないし５の整数で、サンプルキャリア２１の開口部５
１、５２、５３、５４、５５の位置を示すものであり、
６４０ｎｍの波長のレーザ光４によって、サンプルキャ
リア２１の第一の開口部５１にセットされたマイクロア
レイ２２を走査する場合には、Ｐλ＝Ｐ６４０、ΔＤｉ
＝ΔＤ１、Ｋｉ＝Ｋ１である。
【０３４８】次いで、コントロールユニット５０は、第
１のレーザ励起光源１に駆動信号を出力して、オンさせ
る。
【０３４９】第１のレーザ励起光源１から発せられた６
４０ｎｍの波長のレーザ光４は、コリメータレンズ５に
よって、平行な光とされた後、ミラー６によって反射さ
れ、第１のダイクロイックミラー７および第２のダイク
ロイックミラー８を透過して、光学ヘッド１５に入射す
る。
【０３５０】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルステージ２０の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたサンプル２２であるマ
イクロアレイに入射する。
【０３５１】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動され、副走査用モータ４７によって、図３にお
いて、矢印Ｙで示される副走査方向に移動されるため、
レーザ光４によって、サンプルキャリア２１の第一のサ
ンプル位置である第一の開口部５１にセットされたサン
プル２２であるマイクロアレイの全面が走査される。
【０３５２】レーザ光４の照射を受けると、プローブＤ
ＮＡを標識しているＣｙ−５が励起され、蛍光２５が放
出される。マイクロアレイの担体として、スライドガラ
ス板が用いられている場合には、蛍光色素はスライドガ
ラス板の表面にのみ分布しているので、蛍光２５もスラ
イドガラス板の表面からのみ、発せられる。
【０３５３】スライドガラス板の表面から発せられた蛍
光２５は、レンズ１９によって、平行な光とされ、穴明
きミラー１８によって反射され、フィルタユニット２７
に入射する。
【０３５４】ここに、ＥＰＲＯＭ５２に記憶された第１
のレーザ励起光源１を用いた場合の共焦点光学系のフォ
ーカス位置データに基づいて、光学ヘッド１５のレンズ
１９は、その焦点が、サンプル２２の表面に一致する位
置に保持されているので、スライドガラス板の表面に分
布している蛍光色素から放出された蛍光２５を最も効率
的に集光することが可能になる。
【０３５５】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ａ
が光路内に位置するように移動されているため、蛍光２
５はフィルタ２８ａに入射し、６４０ｎｍの波長の光が
カットされ、６４０ｎｍよりも波長の長い光のみが透過
される。
【０３５６】フィルタ２８ａを透過した蛍光２５は、ミ
ラー２９によって反射され、レンズ３０によって、結像
される。
【０３５７】レーザ光４の照射に先立って、共焦点切り
換え部材３１が、最も径の小さいピンホール３２ａが光
路内に位置するように移動されているため、蛍光２５が
ピンホール３２ａ上に結像され、フォトマルチプライア
３３によって、光電的に検出されて、アナログデータが
生成される。
【０３５８】このように、共焦点光学系を用いて、スラ
イドガラス板の表面の蛍光色素から発せられた蛍光２５
をフォトマルチプライア３３に導いて、光電的に検出し
ているので、データ中のノイズを最小に抑えることが可
能になる。
【０３５９】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４によって、ディ
ジタルデータに変換され、データ処理装置３５に送られ
て、ラインメモリ１００に記憶される。
【０３６０】サンプルステージ２０に載置されたサンプ
ルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口
部５１にセットされたマイクロアレイ２２の全面が、第
１のレーザ励起光源１から発せられた６４０ｎｍの波長
のレーザ光４によって走査され、マイクロアレイ２２に
含まれているＣｙ−５のディジタルデータがラインメモ
リ１００に記憶されると、ラインメモリ１００に記憶さ
れたマイクロアレイ２２に含まれているＣｙ−５のディ
ジタルデータは、データ処理部１０１によって読み出さ
れるとともに、温度センサ８４から入力されたスキャナ
内の温度検出信号が、データ処理装置３５のデータ処理
部１０１に出力される。
【０３６１】ここに、共焦点光学系のフォーカス位置、
すなわち、光学ヘッド１５のレンズ１９の位置は、スキ
ャナ内温度が２５℃に設定された場合におけるサンプル
キャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部
５１にセットされた距離測定用デバイス９２ａの９つの
計測点の位置の１５℃における基準点の位置に対する変
位の平均値である第一のサンプル位置の距離補正値ΔＤ
１に基づいて、設定されており、サンプルキャリア２１
の第一のサンプル位置である第一の開口部５１にセット
された距離測定用デバイス９２ａの９つの計測点の位置
の１５℃における基準位置に対する変位は一定ではない
から、サンプルキャリア２１の第一の開口部５１にセッ
トされたマイクロアレイ２２に含まれているＣｙ−５の
ディジタルデータには、必然的に、シェーディングが含
まれている。
【０３６２】したがって、データ処理部１０１は、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されている６
４０ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１のレーザ励起
光源１を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃
および３５℃における第一のサンプル位置のシェーディ
ング補正データを読み出し、温度センサ８４によって検
出されたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、ス
キャナ内の温度Ｔに対応する第一のサンプル位置のシェ
ーディング補正データを生成する。
【０３６３】さらに、データ処理部１０１は、こうして
生成したスキャナ温度Ｔにおける第一のサンプル位置の
シェーディング補正データに基づいて、ラインメモリ１
００から読み出したサンプルキャリア２１の第一のサン
プル位置である第一の開口部５２にセットされたマイク
ロアレイ２２に含まれているＣｙ−５のディジタルデー
タのシェーディングを補正して、データ記憶部１０３に
記憶させる。
【０３６４】以上のようにして、サンプルキャリア２１
の第一のサンプル位置である第一の開口部５１にセット
されたマイクロアレイの全面が、６４０ｎｍの波長のレ
ーザ光４によって走査され、マイクロアレイに含まれた
Ｃｙ−５から放出された蛍光２５を、フォトマルチプラ
イア３３によって光電的に検出して、アナログデータを
生成し、Ａ／Ｄ変換器３４によって、ディジタル化して
得られたディジタルデータに、データ処理部１０１によ
って、シェーディング補正が施され、データ記憶部１０
３に記憶されると、コントロールユニット８０は、サン
プルキャリア２１の第二のサンプル位置である第二の開
口部５２にセットされたマイクロアレイに対する６４０
ｎｍの波長のレーザ光４の照射を開始する。
【０３６５】第二のサンプル位置である第二の開口部５
２にセットされたマイクロアレイに対する６４０ｎｍの
波長のレーザ光４の照射に先立って、コントロールユニ
ット８０は、まず、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された第二の
サンプル位置の温度係数Ｋ２および第二のサンプル位置
の距離補正値ΔＤ２を読み出して、次式にしたがい、ス
テッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐを決定
し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力して、光
学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動させ、そ
の位置に保持させる。
【０３６６】 Ｐ＝Ｐ６４０＋Ａ×｛ΔＤ２＋Ｋ２×（Ｔ−Ｔ０）｝ 次いで、コントロールユニット５０は、第１のレーザ励
起光源１に駆動信号を出力して、オンさせ、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットされたマイクロアレイの場合と全く同様にし
て、サンプルキャリア２１の第二のサンプル位置である
第二の開口部５２にセットされたマイクロアレイの表面
を、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によって走査し、マ
イクロアレイに含まれたＣｙ−５から放出された蛍光２
５を、フォトマルチプライア３３によって光電的に検出
して、アナログデータを生成し、Ａ／Ｄ変換器３４によ
って、ディジタル化して、ラインメモリ１００に記憶さ
せる。
【０３６７】次いで、データ処理部１０１は、シェーデ
ィング補正データ記憶部１０２に記憶されている６４０
ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１のレーザ励起光源
１を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃およ
び３５℃における第二のサンプル位置のシェーディング
補正データを読み出し、温度センサ８４によって検出さ
れたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、スキャ
ナ内の温度Ｔに対応する第二のサンプル位置のシェーデ
ィング補正データを生成する。
【０３６８】さらに、データ処理部１０１は、こうして
生成したスキャナ温度Ｔにおける第二のサンプル位置の
シェーディング補正データに基づいて、ラインメモリ１
００から読み出したサンプルキャリア２１の第二のサン
プル位置である第二の開口部５２にセットされたマイク
ロアレイ２２に含まれているＣｙ−５のディジタルデー
タのシェーディングを補正して、データ記憶部１０３に
記憶させる。
【０３６９】サンプルキャリア２１の第三のサンプル位
置である第三の開口部５３にセットされたマイクロアレ
イに対しては、次式にしたがって、ステッピングモータ
７６に与える駆動パルス数Ｐを決定し、ステッピングモ
ータ７６に駆動信号を出力して、光学ヘッド１５のレン
ズ１９を所定の位置に移動させ、その位置に保持させ
て、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたマイクロアレイの場合
と、全く同様にして、マイクロアレイ２２に含まれてい
るＣｙ−５のディジタルデータを生成して、ラインメモ
リ１００に記憶させ、シェーディング補正データ記憶部
１０２に記憶されている６４０ｎｍの波長のレーザ光４
を発する第１のレーザ励起光源１を用いた場合のスキャ
ナ内温度が１５℃、２５℃および３５℃における第三の
サンプル位置のシェーディング補正データを読み出し、
温度センサ８４によって検出されたスキャナ内の温度Ｔ
に基づいて、補正して、スキャナ内の温度Ｔに対応する
第三のサンプル位置のシェーディング補正データを生成
して、ラインメモリ１００に記憶されているマイクロア
レイ２２に含まれたＣｙ−５のディジタルデータのシェ
ーディングを補正し、データ記憶部１０３に記憶させ
る。
【０３７０】 Ｐ＝Ｐ６４０＋Ａ×｛ΔＤ３＋Ｋ３×（Ｔ−Ｔ０）｝ また、第四のサンプル位置である第四の開口部５４にセ
ットされたマイクロアレイに対しては、次式にしたがっ
て、ステッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐを
決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力し
て、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動さ
せ、その位置に保持させて、サンプルキャリア２１の第
一のサンプル位置である第一の開口部５１にセットされ
たマイクロアレイの場合と、同様にして、マイクロアレ
イ２２に含まれているＣｙ−５のディジタルデータを生
成して、ラインメモリ１００に記憶させ、シェーディン
グ補正データ記憶部１０２に記憶されている６４０ｎｍ
の波長のレーザ光４を発する６４０ｎｍの波長のレーザ
光４を発する第１のレーザ励起光源１を用いた場合のス
キャナ内温度が１５℃、２５℃および３５℃における第
四のサンプル位置のシェーディング補正データを読み出
し、温度センサ８４によって検出されたスキャナ内の温
度Ｔに基づいて、補正して、スキャナ内の温度Ｔに対応
する第四のサンプル位置のシェーディング補正データを
生成して、ラインメモリ１００に記憶されているマイク
ロアレイ２２に含まれたＣｙ−５のディジタルデータの
シェーディングを補正し、データ記憶部１０３に記憶さ
せる。
【０３７１】 Ｐ＝Ｐ６４０＋Ａ×｛ΔＤ４＋Ｋ４×（Ｔ−Ｔ０）｝ さらに、第五のサンプル位置である第五の開口部５５に
セットされたマイクロアレイに対しては、次式にしたが
って、ステッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐ
を決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力し
て、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動さ
せ、その位置に保持させて、サンプルキャリア２１の第
一のサンプル位置である第一の開口部５１にセットされ
たマイクロアレイの場合と、全く同様にして、マイクロ
アレイ２２に含まれているＣｙ−５のディジタルデータ
を生成して、ラインメモリ１００に記憶させ、シェーデ
ィング補正データ記憶部１０２に記憶されている６４０
ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１のレーザ励起光源
１を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃およ
び３５℃における第五のサンプル位置のシェーディング
補正データを読み出し、温度センサ８４によって検出さ
れたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、スキャ
ナ内の温度Ｔに対応する第五のサンプル位置のシェーデ
ィング補正データを生成して、ラインメモリ１００に記
憶されているマイクロアレイ２２に含まれたＣｙ−５の
ディジタルデータのシェーディングを補正し、データ記
憶部１０３に記憶させる。
【０３７２】 Ｐ＝Ｐ６４０＋Ａ×｛ΔＤ５＋Ｋ５×（Ｔ−Ｔ０）｝ こうして、データ処理装置３５のデータ記憶部１０３に
記憶されたサンプルキャリア２１にセットされた５つの
マイクロアレイに含まれているＣｙ−５のディジタルデ
ータは、ユーザーの指示にしたがって、必要に応じて、
読み出され、所望のデータ処理が施されて、可視画像と
して、ＣＲＴなどの表示手段（図示せず）の画面上に表
示され、あるいは、Ｃｙ−５のディジタルデータに基づ
いて、データ解析が実行される。
【０３７３】一方、スライドガラス板を担体とし、Ｃｙ
−３（登録商標）によって選択的に標識された試料の数
多くのスポットが、スライドガラス板上に形成されてい
る５つのマイクロアレイが、それぞれ、サンプルキャリ
ア２１の第一の開口部５１ないし第五の開口部５５にセ
ットされたときは、ユーザーによって、標識物質がＣｙ
−３である旨およびスタート信号が、キーボード８８に
入力され、キーボード８８から信号がコントロールユニ
ット８０に出力される。
【０３７４】蛍光物質の種類として、Ｃｙ−３が入力さ
れると、コントロールユニット５０は、入力された指示
信号にしたがって、フィルタユニットモータ８５に駆動
信号を出力して、フィルタユニット２７を移動させ、５
３２ｎｍの波長の光をカットし、５３２ｎｍよりも波長
の長い光を透過する性質を有するフィルタ２８ｂを光路
内に位置させる。
【０３７５】同時に、コントロールユニット８０は、Ｅ
ＰＲＯＭ８２に記憶された第２のレーザ励起光源２を用
いた場合の共焦点光学系のフォーカス位置データＰ
５３２、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ１、第一のサ
ンプル位置の距離補正値ΔＤ１、５３２ｎｍの波長のレ
ーザ光４に対する共焦点光学系のフォーカス位置データ
ならびに共焦点光学系のフォーカス位置データおよびｎ
次関数の係数を求めた際のスキャナ内温度の平均値Ｔ０
を読み出すとともに、温度センサ８４によって検出さ
れ、入力されたスキャナ内温度Ｔを用いて、次式（１）
にしたがい、ステッピングモータ７６に与える駆動パル
ス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を
出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に
移動させ、その位置に保持させる。
【０３７６】 Ｐ＝Ｐλ＋Ａ×｛ΔＤｉ＋Ｋｉ×（Ｔ−Ｔ０）｝ （１） ここに、Ａは、駆動パルスと距離の換算係数であり、λ
は、標識物質の励起に使用するレーザ光４の波長、ｉは
１ないし５の整数で、サンプルキャリア２１の開口部５
１、５２、５３、５４、５５の位置を示すものであり、
５３２ｎｍの波長のレーザ光４によって、サンプルキャ
リア２１の第一の開口部５１にセットされたマイクロア
レイ２２を走査する場合には、Ｐλ＝Ｐ５３２、ΔＤｉ
＝ΔＤ１、Ｋｉ＝Ｋ１である。
【０３７７】次いで、コントロールユニット５０は、第
２のレーザ励起光源２に駆動信号を出力して、オンさせ
る。
【０３７８】第２のレーザ励起光源２から発せられた５
３２ｎｍの波長のレーザ光４は、コリメータレンズ９に
よって、平行な光とされた後、第１のダイクロイックミ
ラー７に入射して、反射される。
【０３７９】第１のダイクロイックミラー７によって反
射されたレーザ光４は、第２のダイクロイックミラー８
を透過し、光学ヘッド１５に入射する。
【０３８０】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルステージ２０の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたサンプル２２であるマ
イクロアレイに入射する。
【０３８１】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動され、副走査用モータ４７によって、図３にお
いて、矢印Ｙで示される副走査方向に移動されるため、
レーザ光４によって、サンプルキャリア２１の第一のサ
ンプル位置である第一の開口部５１にセットされたサン
プル２２であるマイクロアレイの全面が走査される。
【０３８２】レーザ光４の照射を受けると、プローブＤ
ＮＡを標識しているＣｙ−３が励起され、蛍光２５が放
出される。マイクロアレイの担体として、スライドガラ
ス板が用いられている場合には、蛍光色素はスライドガ
ラス板の表面にのみ分布しているので、蛍光２５もスラ
イドガラス板の表面からのみ、発せられる。
【０３８３】スライドガラス板の表面から発せられた蛍
光２５は、レンズ１９によって、平行な光とされ、穴明
きミラー１８によって反射され、フィルタユニット２７
に入射する。
【０３８４】ここに、ＥＰＲＯＭ５２に記憶された第２
のレーザ励起光源２を用いた場合の共焦点光学系のフォ
ーカス位置データに基づいて、光学ヘッド１５のレンズ
１９は、その焦点が、サンプル２２の表面に一致する位
置に保持されているので、スライドガラス板の表面に分
布している蛍光色素から放出された蛍光２５を最も効率
的に集光することが可能になる。
【０３８５】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ｂ
が光路内に位置するように移動されているため、蛍光２
５はフィルタ２８ｂに入射し、５３２ｎｍの波長の光が
カットされ、５３２ｎｍよりも波長の長い蛍光２５のみ
が透過される。
【０３８６】フィルタ２８ｂを透過した蛍光２５は、ミ
ラー２９によって反射され、レンズ３０によって、結像
される。
【０３８７】レーザ光４の照射に先立って、共焦点切り
換え部材３１が、最も径の小さいピンホール３２ａが光
路内に位置するように移動されているため、蛍光２５が
ピンホール３２ａ上に結像され、フォトマルチプライア
３３によって、光電的に検出されて、アナログデータが
生成される。
【０３８８】このように、共焦点光学系を用いて、スラ
イドガラス板の表面の蛍光色素から発せられた蛍光２５
をフォトマルチプライア３３に導いて、光電的に検出し
ているので、データ中のノイズを最小に抑えることが可
能になる。
【０３８９】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４によって、ディ
ジタルデータに変換され、データ処理装置３５に送られ
て、ラインメモリ１００に記憶される。
【０３９０】サンプルステージ２０に載置されたサンプ
ルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口
部５１にセットされたマイクロアレイ２２の全面が、第
２のレーザ励起光源２から発せられた５３２ｎｍの波長
のレーザ光４によって走査されて、マイクロアレイ２２
に含まれているＣｙ−３のディジタルデータがラインメ
モリ１００に記憶されると、ラインメモリ１００に記憶
されたマイクロアレイ２２に含まれているＣｙ−３のデ
ィジタルデータは、データ処理部１０１によって読み出
されるとともに、温度センサ８４から入力されたスキャ
ナ内の温度検出信号が、データ処理装置３５のデータ処
理部１０１に出力される。
【０３９１】ここに、共焦点光学系のフォーカス位置、
すなわち、光学ヘッド１５のレンズ１９の位置は、スキ
ャナ内温度が２５℃に設定された場合におけるサンプル
キャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部
５１にセットされた距離測定用デバイス９２ａの９つの
計測点の位置の１５℃における基準点の位置に対する変
位の平均値である第一のサンプル位置の距離補正値ΔＤ
１に基づいて、設定されており、サンプルキャリア２１
の第一のサンプル位置である第一の開口部５１にセット
された距離測定用デバイス９２ａの９つの計測点の位置
の１５℃における基準位置に対する変位は一定ではない
から、サンプルキャリア２１の第一の開口部５１にセッ
トされたマイクロアレイ２２に含まれているＣｙ−３の
ディジタルデータには、必然的に、シェーディングが含
まれている。
【０３９２】したがって、データ処理部１０１は、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されている５
３２ｎｍの波長のレーザ光４を発する第２のレーザ励起
光源２を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃
および３５℃における第一のサンプル位置のシェーディ
ング補正データを読み出し、温度センサ８４によって検
出されたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、ス
キャナ内の温度Ｔに対応する第一のサンプル位置のシェ
ーディング補正データを生成する。
【０３９３】さらに、データ処理部１０１は、こうして
生成したスキャナ温度Ｔにおける第一のサンプル位置の
シェーディング補正データに基づいて、ラインメモリ１
００から読み出したサンプルキャリア２１の第一のサン
プル位置である第一の開口部５２にセットされたマイク
ロアレイ２２に含まれているＣｙ−３のディジタルデー
タのシェーディングを補正して、データ記憶部１０３に
記憶させる。
【０３９４】以上のようにして、サンプルキャリア２１
の第一のサンプル位置である第一の開口部５１にセット
されたマイクロアレイの全面が、５３２ｎｍの波長のレ
ーザ光４によって走査され、マイクロアレイに含まれた
Ｃｙ−３から放出された蛍光２５を、フォトマルチプラ
イア３３によって光電的に検出して、アナログデータを
生成し、Ａ／Ｄ変換器３４によって、ディジタル化して
得られたディジタルデータに、データ処理部１０１によ
って、シェーディング補正が施され、データ記憶部１０
３に記憶されると、コントロールユニット８０は、サン
プルキャリア２１の第二のサンプル位置である第二の開
口部５２にセットされたマイクロアレイに対する５３２
ｎｍの波長のレーザ光４の照射を開始する。
【０３９５】第二のサンプル位置である第二の開口部５
２にセットされたマイクロアレイに対する５３２ｎｍの
波長のレーザ光４の照射に先立って、コントロールユニ
ット８０は、まず、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された第二の
サンプル位置の温度係数Ｋ２および第二のサンプル位置
の距離補正値ΔＤ２を読み出して、次式にしたがい、ス
テッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐを決定
し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力して、光
学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動させ、そ
の位置に保持させる。
【０３９６】 Ｐ＝Ｐ５３２＋Ａ×｛ΔＤ２＋Ｋ２×（Ｔ−Ｔ０）｝ 次いで、コントロールユニット５０は、第２のレーザ励
起光源２に駆動信号を出力して、オンさせ、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットされたマイクロアレイの場合と全く同様にし
て、サンプルキャリア２１の第二のサンプル位置である
第二の開口部５２にセットされたマイクロアレイの表面
を、５３２ｎｍの波長のレーザ光４によって走査し、マ
イクロアレイに含まれたＣｙ−３から放出された蛍光２
５を、フォトマルチプライア３３によって光電的に検出
して、アナログデータを生成し、Ａ／Ｄ変換器３４によ
って、ディジタル化して、ラインメモリ１００に記憶さ
せる。
【０３９７】次いで、データ処理部１０１は、シェーデ
ィング補正データ記憶部１０２に記憶されている５３２
ｎｍの波長のレーザ光４を発する第２のレーザ励起光源
２を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃およ
び３５℃における第二のサンプル位置のシェーディング
補正データを読み出し、温度センサ８４によって検出さ
れたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、スキャ
ナ内の温度Ｔに対応する第二のサンプル位置のシェーデ
ィング補正データを生成する。
【０３９８】さらに、データ処理部１０１は、こうして
生成したスキャナ温度Ｔにおける第二のサンプル位置の
シェーディング補正データに基づいて、ラインメモリ１
００から読み出したサンプルキャリア２１の第二のサン
プル位置である第二の開口部５２にセットされたマイク
ロアレイ２２に含まれているＣｙ−３のディジタルデー
タのシェーディングを補正して、データ記憶部１０３に
記憶させる。
【０３９９】サンプルキャリア２１の第三のサンプル位
置である第三の開口部５３にセットされたマイクロアレ
イに対しては、次式にしたがって、ステッピングモータ
７６に与える駆動パルス数Ｐを決定し、ステッピングモ
ータ７６に駆動信号を出力して、光学ヘッド１５のレン
ズ１９を所定の位置に移動させ、その位置に保持させ
て、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたマイクロアレイの場合
と、全く同様にして、マイクロアレイ２２に含まれてい
るＣｙ−３のディジタルデータを生成して、ラインメモ
リ１００に記憶させ、シェーディング補正データ記憶部
１０２に記憶されている５３２ｎｍの波長のレーザ光４
を発する第２のレーザ励起光源２を用いた場合のスキャ
ナ内温度が１５℃、２５℃および３５℃における第三の
サンプル位置のシェーディング補正データを読み出し、
温度センサ８４によって検出されたスキャナ内の温度Ｔ
に基づいて、補正して、スキャナ内の温度Ｔに対応する
第三のサンプル位置のシェーディング補正データを生成
して、ラインメモリ１００に記憶されているマイクロア
レイ２２に含まれたＣｙ−３のディジタルデータのシェ
ーディングを補正し、データ記憶部１０３に記憶させ
る。
【０４００】 Ｐ＝Ｐ５３２＋Ａ×｛ΔＤ３＋Ｋ３×（Ｔ−Ｔ０）｝ また、第四のサンプル位置である第四の開口部５４にセ
ットされたマイクロアレイに対しては、次式にしたがっ
て、ステッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐを
決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力し
て、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動さ
せ、その位置に保持させて、サンプルキャリア２１の第
一のサンプル位置である第一の開口部５１にセットされ
たマイクロアレイの場合と、同様にして、マイクロアレ
イ２２に含まれているＣｙ−３のディジタルデータを生
成して、ラインメモリ１００に記憶させ、シェーディン
グ補正データ記憶部１０２に記憶されている５３２ｎｍ
の波長のレーザ光４を発する第２のレーザ励起光源２を
用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃および３
５℃における第四のサンプル位置のシェーディング補正
データを読み出し、温度センサ８４によって検出された
スキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、スキャナ内
の温度Ｔに対応する第四のサンプル位置のシェーディン
グ補正データを生成して、ラインメモリ１００に記憶さ
れているマイクロアレイ２２に含まれたＣｙ−３のディ
ジタルデータのシェーディングを補正し、データ記憶部
１０３に記憶させる。 Ｐ＝Ｐ５３２＋Ａ×｛ΔＤ４＋Ｋ４×（Ｔ−Ｔ０）｝ さらに、第五のサンプル位置である第五の開口部５５に
セットされたマイクロアレイに対しては、次式にしたが
って、ステッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐ
を決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力し
て、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動さ
せ、その位置に保持させて、サンプルキャリア２１の第
一のサンプル位置である第一の開口部５１にセットされ
たマイクロアレイの場合と、全く同様にして、マイクロ
アレイ２２に含まれているＣｙ−３のディジタルデータ
を生成して、ラインメモリ１００に記憶させ、シェーデ
ィング補正データ記憶部１０２に記憶されている５３２
ｎｍの波長のレーザ光４を発する第２のレーザ励起光源
２を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃およ
び３５℃における第五のサンプル位置のシェーディング
補正データを読み出し、温度センサ８４によって検出さ
れたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、スキャ
ナ内の温度Ｔに対応する第五のサンプル位置のシェーデ
ィング補正データを生成して、ラインメモリ１００に記
憶されているマイクロアレイ２２に含まれたＣｙ−３の
ディジタルデータのシェーディングを補正し、データ記
憶部１０３に記憶させる。
【０４０１】 Ｐ＝Ｐ５３２＋Ａ×｛ΔＤ５＋Ｋ５×（Ｔ−Ｔ０）｝ こうして、データ処理装置３５のデータ記憶部１０３に
記憶されたサンプルキャリア２１にセットされた５つの
マイクロアレイに含まれているＣｙ−３のディジタルデ
ータは、ユーザーの指示にしたがって、必要に応じて、
読み出され、所望のデータ処理が施されて、可視画像と
して、ＣＲＴ（図示せず）などの表示手段の画面上に表
示され、あるいは、Ｃｙ−３のディジタルデータに基づ
いて、データ解析が実行される。
【０４０２】これに対して、スライドガラス板を担体と
し、Ｆｌｕｏｒ−Ｘ（登録商標）によって選択的に標識
された試料の数多くのスポットが、スライドガラス板上
に形成されている５つのマイクロアレイが、それぞれ、
サンプルキャリア２１の第一の開口部５１ないし第五の
開口部５５にセットされたときは、ユーザーによって、
標識物質がＦｌｕｏｒ−Ｘである旨およびスタート信号
が、キーボード８８に入力され、キーボード８８から指
示信号がコントロールユニット８０に出力される。
【０４０３】蛍光物質の種類として、Ｆｌｕｏｒ−Ｘが
入力されると、コントロールユニット５０は、入力され
た指示信号にしたがって、フィルタユニットモータ８５
に駆動信号を出力して、フィルタユニット２７を移動さ
せ、４７３ｎｍの波長の光をカットし、４７３ｎｍより
も波長の長い光を透過する性質を有するフィルタ２８ｃ
を光路内に位置させる。
【０４０４】同時に、コントロールユニット８０は、Ｅ
ＰＲＯＭ８２に記憶された第３のレーザ励起光源３を用
いた場合の共焦点光学系のフォーカス位置データＰ
４７３、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ１、第一のサ
ンプル位置の距離補正値ΔＤ１、４７３ｎｍの波長のレ
ーザ光４に対する共焦点光学系のフォーカス位置データ
ならびに共焦点光学系のフォーカス位置データおよびｎ
次関数の係数を求めた際のスキャナ内温度の平均値Ｔ０
を読み出すとともに、温度センサ８４によって検出さ
れ、入力されたスキャナ内温度Ｔを用いて、次式（１）
にしたがい、ステッピングモータ７６に与える駆動パル
ス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を
出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に
移動させ、その位置に保持させる。
【０４０５】 Ｐ＝Ｐλ＋Ａ×｛ΔＤｉ＋Ｋｉ×（Ｔ−Ｔ０）｝ （１） ここに、Ａは、駆動パルスと距離の換算係数であり、λ
は、標識物質の励起に使用するレーザ光４の波長、ｉは
１ないし５の整数で、サンプルキャリア２１の開口部５
１、５２、５３、５４、５５の位置を示すものであり、
４７３ｎｍの波長のレーザ光４によって、サンプルキャ
リア２１の第一の開口部５１にセットされたマイクロア
レイ２２を走査する場合には、Ｐλ＝Ｐ４７３、ΔＤｉ
＝ΔＤ１、Ｋｉ＝Ｋ１である。
【０４０６】次いで、コントロールユニット５０は、第
３のレーザ励起光源３に駆動信号を出力して、オンさせ
る。
【０４０７】第３のレーザ励起光源３から発せられた４
７３ｎｍの波長のレーザ光４は、コリメータレンズ１０
によって、平行な光とされた後、第２のダイクロイック
ミラー８によって反射され、光学ヘッド１５に入射す
る。
【０４０８】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルステージ２０の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたサンプル２２であるマ
イクロアレイに入射する。
【０４０９】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動され、副走査用モータ４７によって、図３にお
いて、矢印Ｙで示される副走査方向に移動されるため、
レーザ光４によって、サンプルキャリア２１の第一のサ
ンプル位置である第一の開口部５１にセットされたサン
プル２２であるマイクロアレイの全面が走査される。
【０４１０】レーザ光４の照射を受けると、プローブＤ
ＮＡを標識しているＦｌｕｏｒ−Ｘが励起され、蛍光２
５が放出される。マイクロアレイの担体として、スライ
ドガラス板が用いられている場合には、蛍光色素はスラ
イドガラス板の表面にのみ分布しているので、蛍光２５
もスライドガラス板の表面からのみ、発せられる。
【０４１１】スライドガラス板の表面から発せられた蛍
光２５は、レンズ１９によって、平行な光とされ、穴明
きミラー１８によって反射され、フィルタユニット２７
に入射する。
【０４１２】ここに、ＥＰＲＯＭ５２に記憶された第３
のレーザ励起光源３を用いた場合の共焦点光学系のフォ
ーカス位置データに基づいて、光学ヘッド１５のレンズ
１９は、その焦点が、サンプル２２の表面に一致する位
置に保持されているので、スライドガラス板の表面に分
布している蛍光色素から放出された蛍光２５を最も効率
的に集光することが可能になる。
【０４１３】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ｃ
が光路内に位置するように移動されているため、蛍光２
５はフィルタ２８ｃに入射し、４７３ｎｍの波長の光が
カットされ、４７３ｎｍよりも波長の長い蛍光２５のみ
が透過される。
【０４１４】フィルタ２８ｃを透過した蛍光２５は、ミ
ラー２９によって反射され、レンズ３０によって、結像
される。
【０４１５】レーザ光４の照射に先立って、共焦点切り
換え部材３１が、最も径の小さいピンホール３２ａが光
路内に位置するように移動されているため、蛍光２５が
ピンホール３２ａ上に結像され、フォトマルチプライア
３３によって、光電的に検出されて、アナログデータが
生成される。
【０４１６】このように、共焦点光学系を用いて、スラ
イドガラス板の表面の蛍光色素から発せられた蛍光２５
をフォトマルチプライア３３に導いて、光電的に検出し
ているので、データ中のノイズを最小に抑えることが可
能になる。
【０４１７】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４によって、ディ
ジタルデータに変換され、データ処理装置３５に送られ
て、ラインメモリ１００に記憶される。
【０４１８】サンプルステージ２０に載置されたサンプ
ルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口
部５１にセットされたマイクロアレイ２２の全面が、第
３のレーザ励起光源３から発せられた４７３ｎｍの波長
のレーザ光４によって走査されて、マイクロアレイ２２
に含まれているＦｌｕｏｒ−Ｘのディジタルデータがラ
インメモリ１００に記憶されると、ラインメモリ１００
に記憶されたマイクロアレイ２２に含まれているＦｌｕ
ｏｒ−Ｘのディジタルデータは、データ処理部１０１に
よって読み出されるとともに、温度センサ８４から入力
されたスキャナ内の温度検出信号が、データ処理装置３
５のデータ処理部１０１に出力される。
【０４１９】ここに、共焦点光学系のフォーカス位置、
すなわち、光学ヘッド１５のレンズ１９の位置は、スキ
ャナ内温度が２５℃に設定された場合におけるサンプル
キャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部
５１にセットされた距離測定用デバイス９２ａの９つの
計測点の位置の１５℃における基準点の位置に対する変
位の平均値である第一のサンプル位置の距離補正値ΔＤ
１に基づいて、設定されており、サンプルキャリア２１
の第一のサンプル位置である第一の開口部５１にセット
された距離測定用デバイス９２ａの９つの計測点の位置
の１５℃における基準位置に対する変位は一定ではない
から、サンプルキャリア２１の第一の開口部５１にセッ
トされたマイクロアレイ２２に含まれているＦｌｕｏｒ
−Ｘのディジタルデータには、必然的に、シェーディン
グが含まれている。
【０４２０】したがって、データ処理部１０１は、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されている４
７３ｎｍの波長のレーザ光４を発する第３のレーザ励起
光源３を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃
および３５℃における第一のサンプル位置のシェーディ
ング補正データを読み出し、温度センサ８４によって検
出されたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、ス
キャナ内の温度Ｔに対応する第一のサンプル位置のシェ
ーディング補正データを生成する。
【０４２１】さらに、データ処理部１０１は、こうして
生成したスキャナ温度Ｔにおける第一のサンプル位置の
シェーディング補正データに基づいて、ラインメモリ１
００から読み出したサンプルキャリア２１の第一のサン
プル位置である第一の開口部５２にセットされたマイク
ロアレイ２２に含まれているＦｌｕｏｒ−Ｘのディジタ
ルデータのシェーディングを補正して、データ記憶部１
０３に記憶させる。
【０４２２】以上のようにして、サンプルキャリア２１
の第一のサンプル位置である第一の開口部５１にセット
されたマイクロアレイの全面が、４７３ｎｍの波長のレ
ーザ光４によって走査され、マイクロアレイに含まれた
Ｆｌｕｏｒ−Ｘから放出された蛍光２５を、フォトマル
チプライア３３によって光電的に検出して、アナログデ
ータを生成し、Ａ／Ｄ変換器３４によって、ディジタル
化して得られたディジタルデータに、データ処理部１０
１によって、シェーディング補正が施され、データ記憶
部１０３に記憶されると、コントロールユニット８０
は、サンプルキャリア２１の第二のサンプル位置である
第二の開口部５２にセットされたマイクロアレイに対す
る４７３ｎｍの波長のレーザ光４の照射を開始する。
【０４２３】第二のサンプル位置である第二の開口部５
２にセットされたマイクロアレイに対する４７３ｎｍの
波長のレーザ光４の照射に先立って、コントロールユニ
ット８０は、まず、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された第二の
サンプル位置の温度係数Ｋ２および第二のサンプル位置
の距離補正値ΔＤ２を読み出して、次式にしたがい、ス
テッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐを決定
し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力して、光
学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動させ、そ
の位置に保持させる。
【０４２４】 Ｐ＝Ｐ４７３＋Ａ×｛ΔＤ２＋Ｋ２×（Ｔ−Ｔ０）｝ 次いで、コントロールユニット５０は、第３のレーザ励
起光源３に駆動信号を出力して、オンさせ、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットされたマイクロアレイの場合と全く同様にし
て、サンプルキャリア２１の第二のサンプル位置である
第二の開口部５２にセットされたマイクロアレイの表面
を、４７３ｎｍの波長のレーザ光４によって走査し、マ
イクロアレイに含まれたＦｌｕｏｒ−Ｘから放出された
蛍光２５を、フォトマルチプライア３３によって光電的
に検出して、アナログデータを生成し、Ａ／Ｄ変換器３
４によって、ディジタル化して、ラインメモリ１００に
記憶させる。
【０４２５】次いで、データ処理部１０１は、シェーデ
ィング補正データ記憶部１０２に記憶されている４７３
ｎｍの波長のレーザ光４を発する第３のレーザ励起光源
３を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃およ
び３５℃における第二のサンプル位置のシェーディング
補正データを読み出し、温度センサ８４によって検出さ
れたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、スキャ
ナ内の温度Ｔに対応する第二のサンプル位置のシェーデ
ィング補正データを生成する。
【０４２６】さらに、データ処理部１０１は、こうして
生成したスキャナ温度Ｔにおける第二のサンプル位置の
シェーディング補正データに基づいて、ラインメモリ１
００から読み出したサンプルキャリア２１の第二のサン
プル位置である第二の開口部５２にセットされたマイク
ロアレイ２２に含まれているＦｌｕｏｒ−Ｘのディジタ
ルデータのシェーディングを補正して、データ記憶部１
０３に記憶させる。
【０４２７】サンプルキャリア２１の第三のサンプル位
置である第三の開口部５３にセットされたマイクロアレ
イに対しては、次式にしたがって、ステッピングモータ
７６に与える駆動パルス数Ｐを決定し、ステッピングモ
ータ７６に駆動信号を出力して、光学ヘッド１５のレン
ズ１９を所定の位置に移動させ、その位置に保持させ
て、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたマイクロアレイの場合
と、全く同様にして、マイクロアレイ２２に含まれてい
るＦｌｕｏｒ−Ｘのディジタルデータを生成して、ライ
ンメモリ１００に記憶させ、シェーディング補正データ
記憶部１０２に記憶されている４７３ｎｍの波長のレー
ザ光４を発する第３のレーザ励起光源３を用いた場合の
スキャナ内温度が１５℃、２５℃および３５℃における
第三のサンプル位置のシェーディング補正データを読み
出し、温度センサ８４によって検出されたスキャナ内の
温度Ｔに基づいて、補正して、スキャナ内の温度Ｔに対
応する第三のサンプル位置のシェーディング補正データ
を生成して、ラインメモリ１００に記憶されているマイ
クロアレイ２２に含まれたＦｌｕｏｒ−Ｘのディジタル
データのシェーディングを補正し、データ記憶部１０３
に記憶させる。
【０４２８】 Ｐ＝Ｐ４７３＋Ａ×｛ΔＤ３＋Ｋ３×（Ｔ−Ｔ０）｝ また、第四のサンプル位置である第四の開口部５４にセ
ットされたマイクロアレイに対しては、次式にしたがっ
て、ステッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐを
決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力し
て、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動さ
せ、その位置に保持させて、サンプルキャリア２１の第
一のサンプル位置である第一の開口部５１にセットされ
たマイクロアレイの場合と、全く同様にして、マイクロ
アレイ２２に含まれているＦｌｕｏｒ−Ｘのディジタル
データを生成して、ラインメモリ１００に記憶させ、シ
ェーディング補正データ記憶部１０２に記憶されている
４７３ｎｍの波長のレーザ光４を発する第３のレーザ励
起光源３を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５
℃および３５℃における第四のサンプル位置のシェーデ
ィング補正データを読み出し、温度センサ８４によって
検出されたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、
スキャナ内の温度Ｔに対応する第四のサンプル位置のシ
ェーディング補正データを生成して、ラインメモリ１０
０に記憶されているマイクロアレイ２２に含まれたＦｌ
ｕｏｒ−Ｘのディジタルデータのシェーディングを補正
し、データ記憶部１０３に記憶させる。
【０４２９】 Ｐ＝Ｐ４７３＋Ａ×｛ΔＤ４＋Ｋ４×（Ｔ−Ｔ０）｝ さらに、第五のサンプル位置である第五の開口部５５に
セットされたマイクロアレイに対しては、次式にしたが
って、ステッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐ
を決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力し
て、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動さ
せ、その位置に保持させて、サンプルキャリア２１の第
一のサンプル位置である第一の開口部５１にセットされ
たマイクロアレイの場合と、全く同様にして、マイクロ
アレイ２２に含まれているＦｌｕｏｒ−Ｘのディジタル
データを生成して、ラインメモリ１００に記憶させ、シ
ェーディング補正データ記憶部１０２に記憶されている
４７３ｎｍの波長のレーザ光４を発する第３のレーザ励
起光源３を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５
℃および３５℃における第五のサンプル位置のシェーデ
ィング補正データを読み出し、温度センサ８４によって
検出されたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、
スキャナ内の温度Ｔに対応する第五のサンプル位置のシ
ェーディング補正データを生成して、ラインメモリ１０
０に記憶されているマイクロアレイ２２に含まれたＦｌ
ｕｏｒ−Ｘのディジタルデータのシェーディングを補正
し、データ記憶部１０３に記憶させる。
【０４３０】 Ｐ＝Ｐ４７３＋Ａ×｛ΔＤ５＋Ｋ５×（Ｔ−Ｔ０）｝ こうして、データ処理装置３５のデータ記憶部１０３に
記憶されたサンプルキャリア２１にセットされた５つの
マイクロアレイに含まれているＦｌｕｏｒ−Ｘのディジ
タルデータは、ユーザーの指示にしたがって、必要に応
じて、読み出され、所望のデータ処理が施されて、可視
画像として、ＣＲＴ（図示せず）などの表示手段の画面
上に表示され、あるいは、Ｃｙ−３のディジタルデータ
に基づいて、データ解析が実行される。
【０４３１】他方、蛍光色素によって、選択的に標識さ
れた変性ＤＮＡを含む転写支持体を担体とした蛍光サン
プルを、レーザ光４によって走査して、蛍光色素を励起
し、蛍光色素から放出された蛍光を光電的に検出して、
生化学解析用のデータを生成する場合には、蛍光色素に
よって、選択的に標識された変性ＤＮＡを含む転写支持
体を担体とした蛍光サンプル２２が保持されたサンプル
キャリア２１が、サンプルステージ２０にセットされ
る。
【０４３２】こうして、蛍光サンプル２２が保持された
サンプルキャリア２１が、サンプルステージ２０にセッ
トされると、キャリアセンサ８３によって、サンプルキ
ャリア２１の種類が検出され、キャリア検出信号がコン
トロールユニット８０に出力される。
【０４３３】キャリアセンサ８３からキャリア検出信号
を受けると、コントロールユニット８０は、キャリア検
出信号に基づき、切り換え部材モータ８６に駆動信号を
出力して、共焦点切り換え部材３１を、最も径の大きい
ピンホール３２ｃが光路内に位置するように、移動させ
る。
【０４３４】次いで、ユーザーによって、標識物質であ
る蛍光物質の種類およびスタート信号が、キーボード８
８に入力されると、キーボード８８から信号がコントロ
ールユニット８０に出力される。
【０４３５】たとえば、試料がローダミンによって標識
されているときは、ローダミンは、５３２ｎｍの波長の
レーザによって、最も効率的に励起することができるか
ら、コントロールユニット８０は第２のレーザ励起光源
２を選択するとともに、フィルタ３２ｂを選択し、フィ
ルタユニットモータ８５に駆動信号を出力して、フィル
タユニット２７を移動させ、５３２ｎｍの波長の光をカ
ットし、５３２ｎｍよりも波長の長い光を透過する性質
を有するフィルタ２８ｂを、蛍光２５の光路内に位置さ
せるとともに、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された５３２ｎｍ
の波長のレーザ光４を発する第２のレーザ励起光源２を
用いた場合の共焦点光学系のフォーカス位置データＰ
５３２、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ１ないし第五
のサンプル位置の温度係数Ｋ５、第一のサンプル位置の
距離補正値ΔＤ１ないし第五のサンプル位置の距離補正
値ΔＤ５、５３２ｎｍの波長のレーザ光４に対する共焦
点光学系のフォーカス位置データならびに共焦点光学系
のフォーカス位置データおよびｎ次関数の係数を求めた
際のスキャナ内温度の平均値Ｔ０を読み出す。
【０４３６】コントロールユニット８０は、ＥＰＲＯＭ
８２から読み出した第一のサンプル位置の温度係数Ｋ１
ないし第五のサンプル位置の温度係数Ｋ５の平均値Ｋ
ＡＶを算出するとともに、ＥＰＲＯＭ８２から読み出し
た第一のサンプル位置の距離補正値ΔＤ１ないし第五の
サンプル位置の距離補正値ΔＤ５の平均値ΔＤＡＶを算
出し、温度センサ８４によって検出され、入力されたス
キャナ内温度Ｔに基づいて、次式（２）にしたがい、ス
テッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐを決定
し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力して、光
学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動させ、そ
の位置に保持させる。
【０４３７】 Ｐ＝Ｐ５３２＋Ａ×｛ΔＤＡＶ＋ＫＡＶ×（Ｔ−Ｔ０）｝ （２） 次いで、コントロールユニット８０は、第２のレーザ励
起光源２に駆動信号を出力して、オンさせる。
【０４３８】第２のレーザ励起光源２から発せられた５
３２ｎｍの波長のレーザ光４は、コリメータレンズ９に
よって、平行な光とされた後、第１のダイクロイックミ
ラー７に入射して、反射される。
【０４３９】第１のダイクロイックミラー７によって反
射されたレーザ光４は、第２のダイクロイックミラー８
を透過し、光学ヘッド１５に入射する。
【０４４０】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルステージ２０にセットされた蛍光サンプル
２２に入射する。
【０４４１】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動され、副走査用モータ４７によって、図３にお
いて、矢印Ｙで示される副走査方向に移動されるため、
レーザ光４によって、サンプルキャリア２１にセットさ
れた蛍光サンプル２２の全面が走査される。
【０４４２】レーザ光４の照射を受けると、試料を標識
している蛍光色素、たとえば、ローダミンが励起され、
蛍光２５が放出される。蛍光サンプル２２の担体とし
て、転写支持体が用いられている場合には、蛍光色素
は、転写支持体の深さ方向に分布しているため、転写支
持体の深さ方向の所定の範囲から、蛍光２５が発せら
れ、発光点の深さ方向の位置も変動する。
【０４４３】転写支持体を担体とした蛍光サンプル２２
から発せられた蛍光２５は、レンズ１９によって、平行
な光とされ、穴明きミラー１８によって反射され、フィ
ルタユニット２７に入射する。
【０４４４】ここに、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された第２
のレーザ励起光源２を用いた場合の共焦点光学系のフォ
ーカス位置データに基づいて、光学ヘッド１５のレンズ
１９は、その焦点が、サンプル２２の表面に一致する位
置に保持されているので、転写支持体に含まれている蛍
光色素から放出された蛍光２５を最も効率的に集光する
ことが可能になる。
【０４４５】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ｂ
が光路内に位置するように移動されているため、蛍光２
５はフィルタ２８ｂに入射し、５３２ｎｍの波長の光が
カットされ、５３２ｎｍよりも波長の長い光のみが透過
される。
【０４４６】フィルタ２８ｂを透過した蛍光は、ミラー
２９によって反射され、レンズ３０によって、集光され
るが、蛍光２５は、転写支持体の深さ方向の所定の範囲
から発せられているため、結像はしない。
【０４４７】レーザ光４の照射に先立って、共焦点切り
換え部材３１が、最も径の大きいピンホール３２ｃが光
路内に位置するように移動されているため、蛍光２５は
最も径の大きいピンホール３２ｃを通過して、フォトマ
ルチプライア３３によって、光電的に検出されて、アナ
ログデータが生成される。したがって、スライドガラス
板を担体としたマイクロアレイの表面の蛍光色素から発
せられた蛍光２５を、高いＳ／Ｎ比で、検出するため
に、共焦点光学系を用いているにもかかわらず、転写支
持体の深さ方向の所定の範囲から発せられた蛍光２５も
高い信号強度で検出することが可能になる。
【０４４８】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４によって、ディ
ジタルデータに変換され、データ処理装置３５に送られ
て、ラインメモリ１００に記憶される。
【０４４９】ここに、共焦点光学系のフォーカス位置、
すなわち、光学ヘッド１５のレンズ１９の位置は、サン
プルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開
口部５１にセットされた距離測定用デバイス９２ａの基
準位置に対して、決定され、ＥＰＲＯＭ８２に記憶され
た５３２ｎｍの波長のレーザ光４を発する第２のレーザ
励起光源２を用いた場合の共焦点光学系のフォーカス位
置データＰ５３２を、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ
１ないし第五のサンプル位置の温度係数Ｋ５の平均値Ｋ
ＡＶおよび第一のサンプル位置の距離補正値ΔＤ１ない
し第五のサンプル位置の距離補正値ΔＤ５の平均値ΔＤ
ＡＶを用いて、補正して、決定されたものであり、サン
プルステージ２０が走査された際における蛍光サンプル
２２と、光学ヘッド１５のレンズ１９との距離は一定で
はないから、こうして生成された蛍光サンプル２２のデ
ィジタルデータには、必然的に、シェーディングが含ま
れている。
【０４５０】したがって、データ処理部１０１は、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されている５
３２ｎｍの波長のレーザ光４を発する第２のレーザ励起
光源２を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃
および３５℃における第一のサンプル位置のシェーディ
ング補正データないし第五のサンプル位置のシェーディ
ング補正データを読み出し、温度センサ８４によって検
出されたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、ス
キャナ内の温度Ｔに対応する蛍光サンプル２２のシェー
ディング補正データを生成する。
【０４５１】さらに、データ処理部１０１は、こうして
生成したスキャナ温度Ｔにおける蛍光サンプル２２のシ
ェーディング補正データに基づき、ラインメモリ１００
から読み出した蛍光サンプル２２のディジタルデータの
シェーディングを補正して、データ記憶部１０３に記憶
させる。
【０４５２】これに対して、放射性標識物質によって選
択的に標識された試料の数多くのスポットが形成された
メンブレンフィルタなどの担体を、輝尽性蛍光体を含む
輝尽性蛍光体層が形成された蓄積性蛍光体シートと密着
させて、輝尽性蛍光体層を露光して得た放射性標識物質
の位置情報が記録された蓄積性蛍光体シートの輝尽性蛍
光体層を、レーザ光４によって走査して、輝尽性蛍光体
を励起し、輝尽性蛍光体から放出された輝尽光を光電的
に検出して、生化学解析用のデータを生成する場合に
は、輝尽性蛍光体層が形成された蓄積性蛍光体シートを
保持したサンプルキャリア２１が、サンプルステージ２
０にセットされる。
【０４５３】輝尽性蛍光体層が形成された蓄積性蛍光体
シートを保持したサンプルキャリア２１が、サンプルス
テージ２０にセットされると、キャリアセンサ８３によ
って、サンプルキャリア２１の種類が検出され、キャリ
ア検出信号がコントロールユニット８０に出力される。
【０４５４】キャリアセンサ８３からキャリア検出信号
を受けると、コントロールユニット８０は、キャリア検
出信号に基づき、切り換え部材モータ８６に駆動信号を
出力して、共焦点切り換え部材３１を、中間の径を有す
るピンホール３２ｂが光路内に位置するように、移動さ
せる。
【０４５５】さらに、コントロールユニット８０は、入
力された指示信号にしたがい、フィルタユニットモータ
８５に駆動信号を出力して、フィルタユニット２７を移
動させ、輝尽性蛍光体から発光される輝尽光の波長域の
光のみを透過し、６４０ｎｍの波長の光をカットする性
質を有するフィルタ２８ｄを光路内に位置させるととも
に、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された６４０ｎｍの波長のレ
ーザ光４を発する第１のレーザ励起光源１を用いた場合
の共焦点光学系のフォーカス位置データＰ６４ ０、第一
のサンプル位置の温度係数Ｋ１ないし第五のサンプル位
置の温度係数Ｋ５、第一のサンプル位置の距離補正値Δ
Ｄ１ないし第五のサンプル位置の距離補正値ΔＤ５、６
４０ｎｍの波長のレーザ光４に対する共焦点光学系のフ
ォーカス位置データならびに共焦点光学系のフォーカス
位置データおよびｎ次関数の係数を求めた際のスキャナ
内温度の平均値Ｔ０を読み出す。
【０４５６】コントロールユニット８０は、ＥＰＲＯＭ
８２から読み出した第一のサンプル位置の温度係数Ｋ１
ないし第五のサンプル位置の温度係数Ｋ５の平均値Ｋ
ＡＶを算出するとともに、ＥＰＲＯＭ８２から読み出し
た第一のサンプル位置の距離補正値ΔＤ１ないし第五の
サンプル位置の距離補正値ΔＤ５の平均値ΔＤＡＶを算
出し、温度センサ８４によって検出され、入力されたス
キャナ内温度Ｔに基づいて、次式（３）にしたがい、ス
テッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐを決定
し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力して、光
学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動させ、そ
の位置に保持させる。
【０４５７】 Ｐ＝Ｐ６４０＋Ａ×｛ΔＤＡＶ＋ＫＡＶ×（Ｔ−Ｔ０）｝ （３） 次いで、コントロールユニット８０は、第１のレーザ励
起光源１に駆動信号を出力して、オンさせる。
【０４５８】第１のレーザ励起光源１から発せられたレ
ーザ光４は、コリメータレンズ５によって、平行な光と
された後、ミラー６によって反射され、第１のダイクロ
イックミラー７および第２のダイクロイックミラー８を
透過して、光学ヘッド１５に入射する。
【０４５９】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルステージ２０にセットされたサンプル２２
である蓄積性蛍光体シートに入射する。
【０４６０】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動され、副走査用モータ４７によって、図３にお
いて、矢印Ｙで示される副走査方向に移動されるため、
レーザ光４によって、サンプルキャリア２１にセットさ
れたサンプル２２である蓄積性蛍光体シートの輝尽性蛍
光体層の全面が走査される。
【０４６１】レーザ光４の照射を受けると、輝尽性蛍光
体層に含まれている輝尽性蛍光体が励起され、輝尽光２
５が放出される。蓄積性蛍光体シートの場合には、輝尽
性蛍光体は輝尽性蛍光体層中に含まれており、ある程
度、輝尽性蛍光体層の深さ方向に分布しているため、輝
尽性蛍光体層の深さ方向の所定の範囲から、輝尽光が発
せられ、発光点の深さ方向の位置も変動する。しかしな
がら、輝尽性蛍光体層は薄いため、転写支持体の場合ほ
ど、発光点は深さ方向に分布してはいない。
【０４６２】輝尽性蛍光体層から放出された輝尽光２５
は、レンズ１９によって、平行な光とされ、穴明きミラ
ー１８によって反射されて、フィルタユニット２７に入
射する。
【０４６３】ここに、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された第１
のレーザ励起光源１を用いた場合の共焦点光学系のフォ
ーカス位置データに基づいて、光学ヘッド１５のレンズ
１９は、その焦点が、サンプル２２の表面に一致する位
置に保持されているので、輝尽性蛍光体層に含まれた輝
尽性蛍光体から放出された輝尽光２５を最も効率的に集
光することが可能になる。
【０４６４】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ｄ
が光路内に位置するように移動されているため、輝尽光
２５はフィルタ２８ｄに入射し、６４０ｎｍの波長の光
がカットされ、輝尽性蛍光体から発光される輝尽光の波
長域の光のみが透過される。
【０４６５】フィルタ２８ｄを透過した輝尽光２５は、
ミラー２９によって反射され、レンズ３０によって、集
光されるが、輝尽光は、蓄積性蛍光体シートに形成され
た輝尽性蛍光体層の深さ方向の所定の範囲から発せられ
ているため、結像はしない。
【０４６６】レーザ光４の照射に先立って、共焦点切り
換え部材３１が、中間の径を有するピンホール３２ｂが
光路内に位置するように移動されているため、輝尽光は
中間の径を有するピンホール３２ｂを通過して、フォト
マルチプライア３３により、光電的に検出されて、アナ
ログデータが生成される。したがって、スライドガラス
板を担体としたマイクロアレイの表面の蛍光色素から発
せられた蛍光２５を、高いＳ／Ｎ比で、検出するため
に、共焦点光学系を用いているにもかかわらず、蓄積性
蛍光体シートに形成された輝尽性蛍光体層の深さ方向の
所定の範囲から発せられた輝尽光２５も高い信号強度で
検出することが可能になる。
【０４６７】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４によって、ディ
ジタルデータに変換され、データ処理装置３５に送られ
て、ラインメモリ１００に記憶される。
【０４６８】ここに、共焦点光学系のフォーカス位置、
すなわち、光学ヘッド１５のレンズ１９の位置は、サン
プルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開
口部５１にセットされた距離測定用デバイス９２ａの基
準位置に対して、決定され、ＥＰＲＯＭ８２に記憶され
た６４０ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１のレーザ
励起光源１を用いた場合の共焦点光学系のフォーカス位
置データＰ６４０を、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ
１ないし第五のサンプル位置の温度係数Ｋ５の平均値Ｋ
ＡＶおよび第一のサンプル位置の距離補正値ΔＤ１ない
し第五のサンプル位置の距離補正値ΔＤ５の平均値ΔＤ
ＡＶを用いて、補正して、決定されたものであり、サン
プルステージ２０が走査された際における蓄積性蛍光体
シートの輝尽性蛍光体層と、光学ヘッド１５のレンズ１
９との距離は一定ではないから、こうして生成された蓄
積性蛍光体シートの輝尽性蛍光体層に含まれた放射性標
識物質のディジタルデータには、必然的に、シェーディ
ングが含まれている。
【０４６９】したがって、データ処理部１０１は、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されている６
４０ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１のレーザ励起
光源１を用いた場合のスキャナ内温度が１５℃、２５℃
および３５℃における第一のサンプル位置のシェーディ
ング補正データないし第五のサンプル位置のシェーディ
ング補正データを読み出し、温度センサ８４によって検
出されたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、ス
キャナ内の温度Ｔに対応する放射性標識物質のシェーデ
ィング補正データを生成する。
【０４７０】さらに、データ処理部１０１は、こうして
生成したスキャナ温度Ｔにおける放射性標識物質のシェ
ーディング補正データに基づき、ラインメモリ１００か
ら読み出した放射性標識物質のディジタルデータのシェ
ーディングを補正して、データ記憶部１０３に記憶させ
る。
【０４７１】本実施態様においては、スライドガラス板
を担体とする５つのマイクロアレイがセットされるべき
サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置ないし第五
のサンプル位置に対応する第一の開口部５１ないし第五
の開口部５５に、全面に、スパッタリングによってクロ
ム膜９１が形成されたスライドガラス板９０により構成
された距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９
２ｄ、９２ｅをセットし、静電容量型変位計７９によっ
て、距離測定用デバイス９２ａ上に決定された基準点の
１５℃における位置に対する２５℃および３５℃におけ
る距離測定用デバイス９２ａ上の基準点および８つの計
測点の位置の変位ならびに１５℃、２５℃および３５℃
における距離測定用デバイス９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、
９２ｅ上の９つの計測点の位置の変位が計測され、各距
離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９
２ｅ上の９つの計測点の温度係数が算出され、その平均
値が、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置ない
し第五のサンプル位置における温度係数Ｋ１、Ｋ２、Ｋ
３、Ｋ４、Ｋ５として決定され、ＥＰＲＯＭ８２に記憶
されるとともに、１５℃における距離測定用デバイス９
２ａ上の基準点の位置に対する２５℃における各距離測
定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ
上の９つの計測点の位置の変位の平均値が算出され、サ
ンプルキャリア２１の第一のサンプル位置ないし第五の
サンプル位置における距離補正値ΔＤ１、ΔＤ２、ΔＤ
３、ΔＤ４、ΔＤ５として決定され、ＥＰＲＯＭ８２に
記憶されている。
【０４７２】さらに、本実施態様においては、スライド
ガラス板９６によって構成され、サンプルキャリア２１
の開口部５１内にセットされたとき、距離測定用デバイ
ス９２ａの基準点に対応するスライドガラス板９６上の
基準位置に、Ｆｌｕｏｒ−Ｘ（登録商標）、Ｃｙ−３
（登録商標）およびＣｙ−５（登録商標）を含むスポッ
ト９７が形成されているフォーカス位置決定用デバイス
９５を、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置で
ある第一の開口部５１にセットし、レンズ高さ位置調整
装置７０のステッピングモータ７６に駆動パルスを与え
て、光学ヘッド１５のレンズ１９を移動させつつ、６４
０ｎｍの波長を有するレーザ光４、５３２ｎｍの波長を
有するレーザ光４および４７３ｎｍの波長を有するレー
ザ光４によって、順次、フォーカス位置決定用デバイス
９５を走査して、スポット９７に含まれたＦｌｕｏｒ−
Ｘ、Ｃｙ−３およびＣｙ−５を、順次、励起し、Ｆｌｕ
ｏｒ−Ｘ、Ｃｙ−３およびＣｙ−５から放出された蛍光
２５が、フォトマルチプライア３３によって光電的に検
出され、Ａ／Ｄ変換器３４によってディジタル化された
ディジタルデータにおける蛍光２５の信号強度の積分値
を、レーザ光４の波長ごとに、プロットし、それぞれの
プロットデータにおいて、信号強度の積分値が最大とな
る光学ヘッド１５のレンズ１９の位置を、それぞれの波
長のレーザ光４の共焦点光学系のフォーカス位置として
決定し、基準となる光学ヘッド１５のレンズ１９のゼロ
位置から、共焦点光学系のフォーカス位置に、光学ヘッ
ド１５のレンズ１９を移動させるために、ステッピング
モータ７６に与えるべき駆動パルス数を、６４０ｎｍの
波長のレーザ光４、５３２ｎｍの波長のレーザ光４およ
び４７３ｎｍの波長のレーザ光４の波長のレーザ光４の
共焦点光学系のフォーカス位置データＰ６４０、Ｐ
５３２およびＰ４７３として、６４０ｎｍの波長のレー
ザ光４、５３２ｎｍの波長のレーザ光４および４７３ｎ
ｍの波長のレーザ光４の波長のレーザ光４の共焦点光学
系のフォーカス位置データＰ６４０、Ｐ５３２およびＰ
４７３を生成した際のスキャナ内の温度Ｔ０とともに、
ＥＰＲＯＭ８２に記憶させている。
【０４７３】本実施態様においては、こうして、算出さ
れて、ＥＰＲＯＭ８２に記憶されたサンプルキャリア２
１の第一のサンプル位置ないし第五のサンプル位置にお
ける温度係数Ｋ１、Ｋ２、Ｋ３、Ｋ４、Ｋ５、サンプル
キャリア２１の第一のサンプル位置ないし第五のサンプ
ル位置における距離補正値ΔＤ１、ΔＤ２、ΔＤ３、Δ
Ｄ４、ΔＤ５ならびに６４０ｎｍの波長のレーザ光４、
５３２ｎｍの波長のレーザ光４および４７３ｎｍの波長
のレーザ光４を用いる場合の共焦点光学系のフォーカス
位置データＰ６４０、Ｐ５３２およびＰ４７３に基づ
き、使用するレーザ光４の波長、スキャナ内温度Ｔおよ
びマイクロアレイがセットされているサンプルキャリア
２１のサンプル位置にしたがって、次式（１）に基づい
て、ステッピングモータ７６に与える駆動パルス数Ｐを
決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を出力し
て、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に移動さ
せ、その位置に保持させるるように構成されている。こ
こに、Ａは、駆動パルスと距離の換算係数であり、λ
は、標識物質の励起に使用するレーザ光４の波長、ｉは
１ないし５の整数で、サンプルキャリア２１の第一の開
口部５１ないし第五の開口部５５の位置を示すものであ
る。
【０４７４】 Ｐ＝Ｐλ＋Ａ×｛ΔＤｉ＋Ｋｉ×（Ｔ−Ｔ０）｝ （１） したがって、レーザ光４の波長およびスキャナ内温度に
よって、共焦点光学系のフォーカス位置は異なり、ま
た、サンプルキャリア２１のサンプル位置によって、共
焦点光学系の最適なフォーカス位置は異なるが、本実施
態様によれば、サンプルキャリア２１の第一のサンプル
位置ないし第五のサンプル位置に対応する第一の開口部
５１ないし第五の開口部５５にセットされたマイクロア
レイに対して、それぞれ、光学ヘッド１５のレンズ１９
を、共焦点光学系の最適なフォーカス位置に移動させ
て、保持し、マイクロアレイに含まれた蛍光色素から放
出された蛍光２５を、所望のように、集光して、フォト
マルチプライア３３に導き、マイクロアレイに含まれた
蛍光色素のディジタルデータを生成することが可能にな
る。
【０４７５】また、本実施態様においては、各距離測定
用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ上
の９つの計測点の位置の１５℃における基準点に対する
変位を、それぞれ、第一の計測点変位データＶ１、第二
の計測点変位データＶ２、第三の計測点変位データＶ
３、第四の計測点変位データＶ４および第五の計測点変
位データＶ５として、ＥＰＲＯＭ８２に記憶させるとと
もに、６４０ｎｍの波長のレーザ光４、５３２ｎｍの波
長のレーザ光４および４７３ｎｍの波長のレーザ光４を
用いる場合の共焦点光学系のフォーカス位置データＰ
６４０、Ｐ５３２およびＰ４７３を生成する際に用いら
れた各波長のレーザ光４の蛍光２５の信号強度の積分値
のプロットデータを、ｎ次関数によって、フィッティン
グし、ｎ次関数の係数を、各波長ごとに、ＥＰＲＯＭ８
２に記憶させ、さらに、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された第
一のサンプル位置の計測点変位データＶ１ないし第五の
サンプル位置の計測点変位データＶ５、各波長毎のｎ次
関数の係数およびスキャナ内温度の平均値Ｔ０を読み出
して、二次元補間演算によって、１５℃、２５℃および
３５℃における６４０ｎｍ、５３２ｎｍおよび４７３ｎ
ｍの各波長毎の第一のサンプル位置の二次元シェーディ
ング補正データないし第五のサンプル位置の二次元シェ
ーディング補正データを生成し、データ処理装置３５の
シェーディング補正データ記憶部１０２に記憶させてい
る。
【０４７６】本実施態様においては、データ処理装置３
５のデータ処理部１０１が、使用されたレーザ光４の波
長とサンプルキャリア２１のサンプル位置に応じて、こ
うして、データ処理装置３５のシェーディング補正デー
タ記憶部１０２に記憶された各波長毎の第一のサンプル
位置の二次元シェーディング補正データないし第五のサ
ンプル位置の二次元シェーディング補正データの中か
ら、対応するレーザ光４の波長およびサンプル位置の１
５℃、２５℃および３５℃における二次元シェーディン
グ補正データを読み出し、温度センサ８４によって検出
されたスキャナ内の温度Ｔに基づいて、補正して、スキ
ャナ内の温度Ｔに対応するシェーディング補正データを
生成し、こうして生成されたシェーディング補正データ
に基づいて、サンプルキャリア２１の対応するサンプル
位置にセットされ、対応する波長のレーザ光４によって
走査されて、生成されたマイクロアレイに含まれた蛍光
色素のディジタルデータのシェーディングを補正して、
シェーディングが補正されたマイクロアレイに含まれた
蛍光色素のディジタルデータを、データ記憶部１０３に
記憶させるように構成されている。
【０４７７】したがって、レーザ光４の波長、サンプル
キャリア２１にセットされたマイクロアレイの位置およ
びスキャナ内温度によって、マイクロアレイに含まれた
蛍光色素のディジタルデータのシェーディングは異なる
が、本実施態様によれば、レーザ光４の波長、サンプル
キャリア２１にセットされたマイクロアレイの位置およ
びスキャナ内温度のいかんにかかわらず、マイクロアレ
イに含まれた蛍光色素のディジタルデータのシェーディ
ングを、所望のように、補正することが可能になる。
【０４７８】さらに、本実施態様によれば、あらかじ
め、共焦点光学系のフォーカス位置が決定されて、ＥＰ
ＲＯＭ８２に記憶され、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された共
焦点光学系のフォーカス位置データに基づいて、光学ヘ
ッド１５のレンズ１９の位置が調整されるように構成さ
れているから、オートフォーカスによって、共焦点光学
系のフォーカスのフォーカスを調整する場合のように、
反射光検出光学系、センサ、検出回路などの特別な機構
が必要でなく、したがって、コストアップを招くことな
く、共焦点光学系のフォーカス位置を調整することが可
能になる。
【０４７９】図１４は、本発明の別の好ましい実施態様
にかかるスキャナの共焦点光学系のフォーカスを決定す
るために用いられるフォーカス位置決定用デバイスの略
断面図であり、図１５は、その略平面図である。
【０４８０】図１４および図１５に示されるように、フ
ォーカス位置決定用デバイス１１０は、珪砂、ソーダ灰
および石灰石よりなる群から選ばれた材料を主成分とす
るガラスに、ＣｄＳ−ＣｄＳｅの固溶体をドープして形
成された色ガラスフィルタよりなる支持体１１１を備
え、支持体１１１上には、クロム膜１１２がスパッタリ
ングによって形成され、距離測定用デバイス９２ａの基
準点に対応するクロム膜１１２の位置には、ピンホール
１１３が形成されている。
【０４８１】本実施態様においては、フォーカス位置決
定用デバイス１１０は、ほぼ矩形状をなし、ピンホール
１１３は、レーザ光４の走査方向に対する幅が、レーザ
光４のビーム径とほぼ同等となるように形成されてい
る。
【０４８２】珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群か
ら選ばれた材料を主成分とするガラスに、ＣｄＳ−Ｃｄ
Ｓｅの固溶体をドープして形成された色ガラスフィルタ
よりなる支持体１１１は、６４０ｎｍの波長のレーザ光
４、５３２ｎｍの波長のレーザ光４および４７３ｎｍの
波長のレーザ光４が照射されたとき、それぞれ、レーザ
光４によって励起されて、蛍光を発する性質を有してお
り、したがって、ピンホール１１３の位置が、図１１に
示されたフォーカス位置決定用デバイス９５のスポット
９７の位置と一致するように、フォーカス位置決定用デ
バイス１１０を、サンプルキャリア２１の第一のサンプ
ル位置である第一の開口部５１にセットし、順次、６４
０ｎｍの波長のレーザ光４、５３２ｎｍの波長のレーザ
光４および４７３ｎｍの波長のレーザ光４によって走査
して、ピンホール１１３を介して、色ガラスフィルタ１
１１を励起し、色ガラスフィルタ１１１から放出された
蛍光２５を、ピンホール１１３を介して、フォトマルチ
プライア３３によって光電的に検出し、Ａ／Ｄ変換器３
４によってディジタル化することによって、前記実施態
様と全く同様にして、６４０ｎｍの波長のレーザ光４、
５３２ｎｍの波長のレーザ光４および４７３ｎｍの波長
のレーザ光４を用いる場合の共焦点光学系のフォーカス
位置データＰ６４０、Ｐ５３２およびＰ４７３を生成
し、ＥＰＲＯＭ８２に記憶させて、レーザ光４の波長、
サンプルキャリア２１にセットされたマイクロアレイの
サンプル位置およびスキャナ内温度に応じて、光学ヘッ
ド１５のレンズ１９を、共焦点光学系の最適なフォーカ
ス位置に移動させて、保持することが可能になる。
【０４８３】スライドガラス板９６上に、蛍光色素を含
むスポット９７を形成し、レーザ光４を照射して、共焦
点光学系のフォーカス位置を決定する場合には、レーザ
光４の照射にともなって、蛍光色素が劣化して、蛍光色
素から放出される蛍光の光量が、経時的に低下し、精度
よく、共焦点光学系のフォーカス位置を決定することが
困難になる場合があるが、色ガラスフィルタ１１１は、
レーザ光４の照射を受けても劣化することがないから、
本実施態様によれば、精度よく、共焦点光学系のフォー
カス位置を決定することが可能になるとともに、フォー
カス位置決定用デバイス１１０を、繰り返し使用して、
共焦点光学系のフォーカス位置を決定することができ
る。
【０４８４】図１６は、本発明の他の好ましい実施態様
にかかるスキャナにおいて、シェーディング補正データ
を生成するために用いられるシェーディング評価用デバ
イスの略平面図であり、図１７は、その略縦断面図であ
る。
【０４８５】図１６および図１７に示されるように、本
実施態様にかかるシェーディング評価用デバイス１２０
は、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１２２とが
積層されたほぼ矩形状の積層体１２３を備え、ＩｎＧａ
ＡｓＰ層１２１の表面には、ＣＶＤによって、クロム膜
１２４が形成され、図８に示された各距離測定用デバイ
ス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅの黒丸で示
される基準点および白丸で示される計測点の位置に、そ
れぞれ、スリット１２５が、規則的に形成されている。
【０４８６】ここに、スリット１２５は、レーザ光４の
走査方向に対する幅が、レーザ光４のビーム径とほぼ同
等となるように形成されている。
【０４８７】ＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１
２２との積層体１２３は、６４０ｎｍの波長のレーザ光
４、５３２ｎｍの波長のレーザ光４および４７３ｎｍの
波長のレーザ光４が照射されたとき、それぞれ、レーザ
光４によって励起されて、蛍光を発する性質を有してお
り、したがって、５つのシェーディング評価用デバイス
１２０を用いて、以下のようにして、シェーディング補
正データを生成することができる。
【０４８８】まず、５つのシェーディング評価用デバイ
ス１２０が、各シェーディング評価用デバイス１２０の
９つのスリット１２５の位置が、それぞれ、図８に示さ
れた各距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９
２ｄ、９２ｅの黒丸で示される基準点および白丸で示さ
れる計測点の位置に合致するように、サンプルキャリア
２１の第一の開口部５１ないし第五の開口部５５にセッ
トされる。
【０４８９】次いで、オペレータによって、シェーディ
ングデータ生成信号が、キーボード８８に入力される
と、シェーディングデータ生成信号は、コントロールユ
ニット８０に出力される。
【０４９０】シェーディングデータ生成信号を受ける
と、コントロールユニット８０は、まず、スキャナ内の
温度を１５℃に設定し、フィルタユニットモータ８５に
駆動信号を出力して、フィルタユニット２７を移動さ
せ、６４０ｎｍの波長の光をカットし、６４０ｎｍより
も波長の長い光を透過する性質を有するフィルタ２８ａ
を光路内に位置させる。
【０４９１】同時に、コントロールユニット８０は、Ｅ
ＰＲＯＭ８２に記憶された第１のレーザ励起光源１を用
いた場合の共焦点光学系のフォーカス位置データＰ
６４０、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ１、第一のサ
ンプル位置の距離補正値ΔＤ１、６４０ｎｍの波長のレ
ーザ光４に対する共焦点光学系のフォーカス位置データ
ならびに共焦点光学系のフォーカス位置データおよびｎ
次関数の係数を求めた際のスキャナ内温度の平均値Ｔ０
を読み出すとともに、温度センサ８４によって検出さ
れ、入力されたスキャナ内温度Ｔを用いて、次式（１）
にしたがい、ステッピングモータ７６に与える駆動パル
ス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を
出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に
移動させ、その位置に保持させる。
【０４９２】 Ｐ＝Ｐλ＋Ａ×｛ΔＤｉ＋Ｋｉ×（Ｔ−Ｔ０）｝ （１） ここに、Ａは、駆動パルスと距離の換算係数であり、λ
は、標識物質の励起に使用するレーザ光４の波長、ｉは
１ないし５の整数で、サンプルキャリア２１の開口部５
１、５２、５３、５４、５５の位置を示すものであり、
この場合には、Ｐλ＝Ｐ６４０、ΔＤｉ＝ΔＤ１、Ｋｉ
＝Ｋ１である。
【０４９３】次いで、コントロールユニット８０は、第
１のレーザ励起光源１に駆動信号を出力して、オンさせ
る。
【０４９４】第１のレーザ励起光源１から発せられたレ
ーザ光４は、コリメータレンズ５によって、平行な光と
された後、ミラー６によって反射され、第１のダイクロ
イックミラー７および第２のダイクロイックミラー８を
透過して、光学ヘッド１５に入射する。
【０４９５】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたシェーディング評価用
デバイス１２０に入射する。
【０４９６】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動されるとともに、副走査用モータ４７により、
図３において、矢印Ｙで示される副走査方向に移動され
るため、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によって、サン
プルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開
口部５１にセットされたシェーディング評価用デバイス
１２０の全面が走査される。
【０４９７】規則的に形成された９つのスリット１２５
を介して、レーザ光４の照射を受けると、シェーディン
グ評価用デバイス１２０のＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、
ＧａＡｓ層１２２との積層体１２３が励起されて、蛍光
２５が放出される。
【０４９８】ＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１
２２との積層体１２３から放出された蛍光２５は、レン
ズ１９によって、平行な光とされ、穴明きミラー１８に
よって反射され、フィルタユニット２７に入射する。
【０４９９】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ａ
が光路内に位置するように移動されているため、蛍光２
５は、６４０ｎｍの波長の光をカットし、６４０ｎｍよ
りも波長の長い光を透過させる性質を有するフィルタ２
８ａに入射する。
【０５００】ここに、蛍光の波長は、励起光であるレー
ザ光４の波長よりも長いため、レーザ光４がカットさ
れ、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３から放出された蛍光２５のみが、フィルタ
２８ａを透過する。
【０５０１】フィルタ２８ａを透過した蛍光２５は、ミ
ラー２９によって反射され、レンズ３０によって、最も
径の小さいピンホール３２ａ上に集光され、フォトマル
チプライア３３によって、光電的に検出されて、アナロ
グデータが生成される。
【０５０２】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４により、ディジ
タルデータに変換されて、データ処理装置３５に送られ
る。
【０５０３】Ａ／Ｄ変換器３４により、ディジタル化さ
れ、データ処理装置３５に送られたディジタルデータ
は、ラインメモリ１００に記憶される。
【０５０４】シェーディング評価用デバイス１２０の全
面が走査され、シェーディング評価用デバイス１２０の
ディジタルデータが、ラインメモリ１００に記憶される
と、コントロールユニット８０は、第１のレーザ励起光
源１をオフする。
【０５０５】ラインメモリ１００に記憶されたディジタ
ルデータは、データ処理部１０１によって読み出され
る。
【０５０６】データ処理部１０１は、ラインメモリ１０
０から読み出したディジタルデータに基づき、蛍光２５
の信号強度を、各スリット１２５ごとに、積分して、シ
ェーディング評価用デバイス１２０のディジタルデータ
を生成する。
【０５０７】ここに、共焦点光学系のフォーカスは、距
離測定用デバイス９２ａ上の図８において黒丸で示され
る基準点に対してのみ、共焦点光学系のフォーカスが調
整されているにすぎず、その他の部分に対しては、共焦
点光学系のフォーカスが調整されていない。
【０５０８】その結果、このようにして生成され、デー
タ処理部１０１により読み出されたシェーディング評価
用デバイス１２０のディジタルデータには、光学ヘッド
１５のレンズ１９と、シェーディング評価用デバイス１
２０の図８に示される距離測定用デバイス９２ａ上の基
準点に対応する基準位置以外に形成された８つのスリッ
ト１２５内のＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離が、光学ヘ
ッド１５のレンズ１９と、シェーディング評価用デバイ
ス１２０の基準位置に形成されたスリット１２５内のＩ
ｎＧａＡｓＰ層１２１の距離と等しくないことに起因し
て、シェーディングが発生し、シェーディング評価用デ
バイス１２０の距離測定用デバイス９２ａ上の基準点に
対応する基準位置に形成されたスリット１２５を介し
て、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によって、ＩｎＧａ
ＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を
走査し、基準位置に形成されたスリット１２５を介し
て、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積
層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得たディ
ジタルデータの信号強度に比して、シェーディング評価
用デバイス１２０に形成された他のスリット１２５を介
して、レーザ光４によって、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１と
ＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を走査し、ＩｎＧａ
ＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３か
ら放出された蛍光２５を検出して得たディジタルデータ
の信号強度は小さくなっている。
【０５０９】したがって、シェーディング評価用デバイ
ス１２０の基準位置以外の部分に形成された８つのスリ
ット１２５を介して、レーザ光４により、ＩｎＧａＡｓ
Ｐ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を走査
し、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積
層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得たディ
ジタルデータの信号強度が、シェーディング評価用デバ
イス１２０の距離測定用デバイス９２ａ上の基準点に対
応する基準位置に形成されたスリット１２５を介して、
６４０ｎｍの波長のレーザ光４によって、ＩｎＧａＡｓ
Ｐ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を走査
し、基準位置に形成されたスリット１２５を介して、Ｉ
ｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１
２３から放出された蛍光２５を検出して得たディジタル
データの信号強度と等しくなるように、ディジタルデー
タを補正するシェーディング補正データを生成して、シ
ェーディング補正データ記憶部１０２に記憶させておけ
ば、シェーディング補正データ記憶部１０２に記憶され
たシェーディング補正データを用いて、サンプルキャリ
ア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５１に
セットされたマイクロアレイに含まれた蛍光物質のディ
ジタルデータを補正することにより、マイクロアレイに
含まれた蛍光物質のディジタルデータのシェーディング
を打ち消すことが可能になる。
【０５１０】そこで、データ処理部１０１は、こうして
得られたシェーディング評価用デバイス１２０のディジ
タルデータに基づき、シェーディング評価用デバイス１
２０の基準位置以外の部分に形成された８つのスリット
１２５を介して、レーザ光４により、ＩｎＧａＡｓＰ層
１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を走査し、
ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体
１２３から放出された蛍光２５を検出して得たディジタ
ルデータの信号強度が、シェーディング評価用デバイス
１２０の距離測定用デバイス９２ａ上の基準点に対応す
る基準位置に形成されたスリット１２５を介して、６４
０ｎｍの波長のレーザ光４によって、ＩｎＧａＡｓＰ層
１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を走査し、
基準位置に形成されたスリット１２５を介して、ＩｎＧ
ａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３
から放出された蛍光２５を検出して得たディジタルデー
タの信号強度と等しくなるように、シェーディング評価
用デバイス１２０のディジタルデータを補正することの
できるシェーディング補正データを生成して、マイクロ
アレイを、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置
である第一の開口部５１にセットし、６４０ｎｍの波長
のレーザ光４を発する第１のレーザ励起光源１を用い
て、スキャナ内温度が１５℃において、マイクロアレイ
に含まれた蛍光物質のディジタルデータを生成する場合
のシェーディング補正データとして、データ処理装置３
５のシェーディング補正データ記憶部１０２に記憶させ
る。
【０５１１】こうして、マイクロアレイを、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットし、６４０ｎｍの波長のレーザ光４を発する
第１のレーザ励起光源１を用いて、スキャナ内温度が１
５℃において、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のデ
ィジタルデータを生成する場合のシェーディング補正デ
ータが、データ処理部１０１によって生成されて、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されると、コ
ントロールユニット８０は、サンプルキャリア２１の第
二のサンプル位置である第二の開口部５２にセットされ
たシェーディング評価用デバイス１２０に対する６４０
ｎｍの波長のレーザ光４の照射を開始する。
【０５１２】第二のサンプル位置である第二の開口部５
２にセットされたシェーディング評価用デバイス１２０
に対する６４０ｎｍの波長のレーザ光４の照射に先立っ
て、コントロールユニット８０は、まず、ＥＰＲＯＭ８
２に記憶された第二のサンプル位置の温度係数Ｋ２およ
び第二のサンプル位置の距離補正値ΔＤ２を読み出し
て、次式にしたがい、ステッピングモータ７６に与える
駆動パルス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆
動信号を出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定
の位置に移動させ、その位置に保持させる。
【０５１３】 Ｐ＝Ｐ６４０＋Ａ×｛ΔＤ２＋Ｋ２×（Ｔ−Ｔ０）｝ 次いで、コントロールユニット５０は、第１のレーザ励
起光源１に駆動信号を出力して、オンさせ、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットされたシェーディング評価用デバイス１２０
の場合と全く同様にして、サンプルキャリア２１の第二
のサンプル位置である第二の開口部５２にセットされた
シェーディング評価用デバイス１２０の９つのスリット
１２５内のＩｎＧａＡｓＰ層１２１を、６４０ｎｍの波
長のレーザ光４によって走査し、シェーディング評価用
デバイス１２０のＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ
層１２２との積層体１２３から放出された蛍光２５を、
フォトマルチプライア３３によって光電的に検出して、
アナログデータを生成し、Ａ／Ｄ変換器３４によって、
ディジタル化して、ラインメモリ１００に記憶させる。
【０５１４】シェーディング評価用デバイス１２０の全
面が走査され、シェーディング評価用デバイス１２０の
ディジタルデータが、ラインメモリ１００に記憶される
と、コントロールユニット８０は、第１のレーザ励起光
源１をオフする。
【０５１５】ラインメモリ１００に記憶されたディジタ
ルデータは、データ処理部１０１によって読み出され、
ラインメモリ１００から読み出したディジタルデータに
基づき、蛍光２５の信号強度が、各スリット１２５ごと
に、積分されて、シェーディング評価用デバイス１２０
のディジタルデータが生成される。
【０５１６】ここに、共焦点光学系のフォーカスは、距
離測定用デバイス９２ａ上の図８において黒丸で示され
る基準点に対してのみ、共焦点光学系のフォーカスが調
整されているにすぎず、その他の部分に対しては、共焦
点光学系のフォーカスが調整されていないから、このよ
うにして生成され、データ処理部１０１により読み出さ
れたシェーディング評価用デバイス１２０のディジタル
データには、光学ヘッド１５のレンズ１９と、サンプル
キャリア２１の第二のサンプル位置である第二の開口部
５２にセットされたシェーディング評価用デバイス１２
０に形成された９つのスリット１２５内のＩｎＧａＡｓ
Ｐ層１２１の距離が、光学ヘッド１５のレンズ１９と、
サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一
の開口部５１にセットされたシェーディング評価用デバ
イス１２０の基準位置に形成されたスリット１２５内の
ＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離と等しくないことに起因
して、シェーディングが発生している。
【０５１７】そこで、データ処理部１０１は、サンプル
キャリア２１の第二のサンプル位置である第二の開口部
５２にセットされたシェーディング評価用デバイス１２
０に形成された９つのスリット１２５を介して、レーザ
光４によって、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１
２２との積層体１２３を走査し、ＩｎＧａＡｓＰ層１２
１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３から放出された
蛍光２５を検出して得たディジタルデータの信号強度
が、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたシェーディング評価用
デバイス１２０の図８に示される距離測定用デバイス９
２ａ上の基準点に対応する基準位置に形成されたスリッ
ト１２５を介して、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によ
って、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３を走査し、第一のサンプル位置である第一
の開口部５１にセットされたシェーディング評価用デバ
イス１２０の基準位置に形成されたスリット１２５を介
して、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得たデ
ィジタルデータの信号強度と等しくなるように、シェー
ディング評価用デバイス１２０のディジタルデータを補
正することのできるシェーディング補正データを生成し
て、マイクロアレイを、サンプルキャリア２１の第二の
サンプル位置である第二の開口部５２にセットし、６４
０ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１のレーザ励起光
源１を用いて、スキャナ内温度が１５℃において、マイ
クロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデータを生
成する場合のシェーディング補正データとして、データ
処理装置３５のシェーディング補正データ記憶部１０２
に記憶させる。
【０５１８】こうして、マイクロアレイを、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットし、６４０ｎｍの波長のレーザ光４を発する
第１のレーザ励起光源１を用いて、スキャナ内温度が１
５℃において、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のデ
ィジタルデータを生成する場合のシェーディング補正デ
ータが、データ処理部１０１によって生成されて、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されると、コ
ントロールユニット８０は、サンプルキャリア２１の第
三のサンプル位置である第三の開口部５３にセットされ
たシェーディング評価用デバイス１２０に対する６４０
ｎｍの波長のレーザ光４の照射を開始する。
【０５１９】サンプルキャリア２１の第三のサンプル位
置である第三の開口部５３にセットされたシェーディン
グ評価用デバイス１２０に対しては、コントロールユニ
ット８０は、ＥＰＲＯＭ８２から、第三のサンプル位置
の温度係数Ｋ３、第三のサンプル位置の距離補正値ΔＤ
３を読み出し、下記の式にしたがって、ステッピングモ
ータ７６に与える駆動パルス数Ｐを決定し、ステッピン
グモータ７６に駆動信号を出力して、光学ヘッド１５の
レンズ１９を所定の位置に移動させ、その位置に保持さ
せて、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置であ
る第一の開口部５１にセットされたシェーディング評価
用デバイス１２０の場合と、全く同様にして、第三のサ
ンプル位置である第三の開口部５３にセットされたシェ
ーディング評価用デバイス１２０の９つのスリット１２
５内のＩｎＧａＡｓＰ層１２１を、６４０ｎｍの波長の
レーザ光４によって走査し、シェーディング評価用デバ
イス１２０のＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１
２２との積層体１２３から放出された蛍光２５を、フォ
トマルチプライア３３によって光電的に検出して、アナ
ログデータを生成し、Ａ／Ｄ変換器３４によって、ディ
ジタル化して、ラインメモリ１００に記憶させる。
【０５２０】 Ｐ＝Ｐ６４０＋Ａ×｛ΔＤ３＋Ｋ３×（Ｔ−Ｔ０）｝ シェーディング評価用デバイス１２０の全面が走査さ
れ、シェーディング評価用デバイス１２０のディジタル
データが、ラインメモリ１００に記憶されると、コント
ロールユニット８０は、第１のレーザ励起光源１をオフ
する。
【０５２１】ラインメモリ１００に記憶されたディジタ
ルデータは、データ処理部１０１によって読み出され、
ラインメモリ１００から読み出したディジタルデータに
基づき、蛍光２５の信号強度が、各スリット１２５ごと
に、積分されて、シェーディング評価用デバイス１２０
のディジタルデータが生成される。
【０５２２】ここに、共焦点光学系のフォーカスは、距
離測定用デバイス９２ａ上の図８において黒丸で示され
る基準点に対してのみ、共焦点光学系のフォーカスが調
整されているにすぎず、その他の部分に対しては、共焦
点光学系のフォーカスが調整されていないから、このよ
うにして生成され、データ処理部１０１により読み出さ
れたシェーディング評価用デバイス１２０のディジタル
データには、光学ヘッド１５のレンズ１９と、サンプル
キャリア２１の第三のサンプル位置である第三の開口部
５３にセットされたシェーディング評価用デバイス１２
０に形成された９つのスリット１２５内のＩｎＧａＡｓ
Ｐ層１２１の距離が、光学ヘッド１５のレンズ１９と、
サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一
の開口部５１にセットされたシェーディング評価用デバ
イス１２０の基準位置に形成されたスリット１２５内の
ＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離と等しくないことに起因
して、シェーディングが発生している。
【０５２３】そこで、データ処理部１０１は、サンプル
キャリア２１の第三のサンプル位置である第三の開口部
５３にセットされたシェーディング評価用デバイス１２
０に形成された９つのスリット１２５を介して、レーザ
光４によって、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１
２２との積層体１２３を走査し、ＩｎＧａＡｓＰ層１２
１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３から放出された
蛍光２５を検出して得たディジタルデータの信号強度
が、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたシェーディング評価用
デバイス１２０の図８に示される距離測定用デバイス９
２ａ上の基準点に対応する基準位置に形成されたスリッ
ト１２５を介して、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によ
って、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３を走査し、第一のサンプル位置である第一
の開口部５１にセットされたシェーディング評価用デバ
イス１２０の基準位置に形成されたスリット１２５を介
して、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得たデ
ィジタルデータの信号強度と等しくなるように、シェー
ディング評価用デバイス１２０のディジタルデータを補
正することのできるシェーディング補正データを生成し
て、マイクロアレイを、サンプルキャリア２１の第三の
サンプル位置である第三の開口部５３にセットし、６４
０ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１のレーザ励起光
源１を用いて、スキャナ内温度が１５℃において、マイ
クロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデータを生
成する場合のシェーディング補正データとして、データ
処理装置３５のシェーディング補正データ記憶部１０２
に記憶させる。
【０５２４】こうして、マイクロアレイを、サンプルキ
ャリア２１の第三のサンプル位置である第三の開口部５
３にセットし、６４０ｎｍの波長のレーザ光４を発する
第１のレーザ励起光源１を用いて、スキャナ内温度が１
５℃において、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のデ
ィジタルデータを生成する場合のシェーディング補正デ
ータが、データ処理部１０１によって生成されて、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されると、コ
ントロールユニット８０は、サンプルキャリア２１の第
四のサンプル位置である第四の開口部５４にセットされ
たシェーディング評価用デバイス１２０に対する６４０
ｎｍの波長のレーザ光４の照射を開始する。
【０５２５】第四のサンプル位置である第四の開口部５
４にセットされたシェーディング評価用デバイス１２０
に対しては、コントロールユニット８０は、ＥＰＲＯＭ
８２から、第四のサンプル位置の温度係数Ｋ４、第四の
サンプル位置の距離補正値ΔＤ４を読み出し、下記の式
にしたがって、ステッピングモータ７６に与える駆動パ
ルス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号
を出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置
に移動させ、その位置に保持させて、サンプルキャリア
２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５１にセ
ットされたシェーディング評価用デバイス１２０の場合
と、全く同様にして、第四のサンプル位置である第四の
開口部５４にセットされたシェーディング評価用デバイ
ス１２０の９つのスリット１２５内のＩｎＧａＡｓＰ層
１２１を、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によって走査
し、シェーディング評価用デバイス１２０のＩｎＧａＡ
ｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１２２との積層体１２３か
ら放出された蛍光２５を、フォトマルチプライア３３に
よって光電的に検出して、アナログデータを生成し、Ａ
／Ｄ変換器３４によって、ディジタル化して、ディジタ
ルデータをラインメモリ１００に記憶させる。
【０５２６】 Ｐ＝Ｐ６４０＋Ａ×｛ΔＤ４＋Ｋ４×（Ｔ−Ｔ０）｝ シェーディング評価用デバイス１２０の全面が走査さ
れ、シェーディング評価用デバイス１２０のディジタル
データが、ラインメモリ１００に記憶されると、コント
ロールユニット８０は、第１のレーザ励起光源１をオフ
する。
【０５２７】ラインメモリ１００に記憶されたディジタ
ルデータは、データ処理部１０１によって読み出され、
ラインメモリ１００から読み出したディジタルデータに
基づき、蛍光２５の信号強度が、各スリット１２５ごと
に、積分されて、シェーディング評価用デバイス１２０
のディジタルデータが生成される。
【０５２８】ここに、共焦点光学系のフォーカスは、距
離測定用デバイス９２ａ上の図８において黒丸で示され
る基準点に対してのみ、共焦点光学系のフォーカスが調
整されているにすぎず、その他の部分に対しては、共焦
点光学系のフォーカスが調整されていないから、このよ
うにして生成され、データ処理部１０１により読み出さ
れたシェーディング評価用デバイス１２０のディジタル
データには、光学ヘッド１５のレンズ１９と、サンプル
キャリア２１の第四のサンプル位置である第四の開口部
５４にセットされたシェーディング評価用デバイス１２
０に形成された９つのスリット１２５内のＩｎＧａＡｓ
Ｐ層１２１の距離が、光学ヘッド１５のレンズ１９と、
サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一
の開口部５１にセットされたシェーディング評価用デバ
イス１２０の基準位置に形成されたスリット１２５内の
ＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離と等しくないことに起因
して、シェーディングが発生している。
【０５２９】そこで、データ処理部１０１は、サンプル
キャリア２１の第四のサンプル位置である第四の開口部
５４にセットされたシェーディング評価用デバイス１２
０に形成された９つのスリット１２５を介して、レーザ
光４によって、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１
２２との積層体１２３を走査し、ＩｎＧａＡｓＰ層１２
１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３から放出された
蛍光２５を検出して得たディジタルデータの信号強度
が、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたシェーディング評価用
デバイス１２０の図８に示される距離測定用デバイス９
２ａ上の基準点に対応する基準位置に形成されたスリッ
ト１２５を介して、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によ
って、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３を走査し、第一のサンプル位置である第一
の開口部５１にセットされたシェーディング評価用デバ
イス１２０の基準位置に形成されたスリット１２５を介
して、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得たデ
ィジタルデータの信号強度と等しくなるように、シェー
ディング評価用デバイス１２０のディジタルデータを補
正することのできるシェーディング補正データを生成し
て、マイクロアレイを、サンプルキャリア２１の第四の
サンプル位置である第四の開口部５４にセットし、６４
０ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１のレーザ励起光
源１を用いて、スキャナ内温度が１５℃において、マイ
クロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデータを生
成する場合のシェーディング補正データとして、データ
処理装置３５のシェーディング補正データ記憶部１０２
に記憶させる。
【０５３０】こうして、マイクロアレイを、サンプルキ
ャリア２１の第四のサンプル位置である第四の開口部５
３にセットし、６４０ｎｍの波長のレーザ光４を発する
第１のレーザ励起光源１を用いて、スキャナ内温度が１
５℃において、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のデ
ィジタルデータを生成する場合のシェーディング補正デ
ータが、データ処理部１０１によって生成されて、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されると、コ
ントロールユニット８０は、サンプルキャリア２１の第
五のサンプル位置である第五の開口部５５にセットされ
たシェーディング評価用デバイス１２０に対する６４０
ｎｍの波長のレーザ光４の照射を開始する。
【０５３１】第五のサンプル位置である第五の開口部５
５にセットされたシェーディング評価用デバイス１２０
に対しては、コントロールユニット８０は、ＥＰＲＯＭ
８２から、第五のサンプル位置の温度係数Ｋ５、第五の
サンプル位置の距離補正値ΔＤ５を読み出し、下記の式
にしたがって、ステッピングモータ７６に与える駆動パ
ルス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号
を出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置
に移動させ、その位置に保持させて、サンプルキャリア
２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５１にセ
ットされたシェーディング評価用デバイス１２０の場合
と、全く同様にして、第五のサンプル位置である第五の
開口部５５にセットされたシェーディング評価用デバイ
ス１２０の９つのスリット１２５内のＩｎＧａＡｓＰ層
１２１を、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によって走査
し、シェーディング評価用デバイス１２０のＩｎＧａＡ
ｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１２２との積層体１２３か
ら放出された蛍光２５を、フォトマルチプライア３３に
よって光電的に検出して、アナログデータを生成し、Ａ
／Ｄ変換器３４によって、ディジタル化して、ディジタ
ルデータをラインメモリ１００に記憶させる。
【０５３２】 Ｐ＝Ｐ６４０＋Ａ×｛ΔＤ５＋Ｋ５×（Ｔ−Ｔ０）｝ シェーディング評価用デバイス１２０の全面が走査さ
れ、シェーディング評価用デバイス１２０のディジタル
データが、ラインメモリ１００に記憶されると、コント
ロールユニット８０は、第１のレーザ励起光源１をオフ
する。
【０５３３】ラインメモリ１００に記憶されたディジタ
ルデータは、データ処理部１０１によって読み出され、
ラインメモリ１００から読み出したディジタルデータに
基づき、蛍光２５の信号強度が、各スリット１２５ごと
に、積分されて、シェーディング評価用デバイス１２０
のディジタルデータが生成される。
【０５３４】ここに、共焦点光学系のフォーカスは、距
離測定用デバイス９２ａ上の図８において黒丸で示され
る基準点に対してのみ、共焦点光学系のフォーカスが調
整されているにすぎず、その他の部分に対しては、共焦
点光学系のフォーカスが調整されていないから、このよ
うにして生成され、データ処理部１０１により読み出さ
れたシェーディング評価用デバイス１２０のディジタル
データには、光学ヘッド１５のレンズ１９と、サンプル
キャリア２１の第五のサンプル位置である第五の開口部
５５にセットされたシェーディング評価用デバイス１２
０に形成された９つのスリット１２５内のＩｎＧａＡｓ
Ｐ層１２１の距離が、光学ヘッド１５のレンズ１９と、
サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一
の開口部５１にセットされたシェーディング評価用デバ
イス１２０の基準位置に形成されたスリット１２５内の
ＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離と等しくないことに起因
して、シェーディングが発生している。
【０５３５】そこで、データ処理部１０１は、サンプル
キャリア２１の第五のサンプル位置である第五の開口部
５５にセットされたシェーディング評価用デバイス１２
０に形成された９つのスリット１２５を介して、レーザ
光４によって、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１
２２との積層体１２３を走査し、ＩｎＧａＡｓＰ層１２
１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３から放出された
蛍光２５を検出して得たディジタルデータの信号強度
が、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたシェーディング評価用
デバイス１２０の図８に示される距離測定用デバイス９
２ａ上の基準点に対応する基準位置に形成されたスリッ
ト１２５を介して、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によ
って、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３を走査し、第一のサンプル位置である第一
の開口部５１にセットされたシェーディング評価用デバ
イス１２０の基準位置に形成されたスリット１２５を介
して、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得たデ
ィジタルデータの信号強度と等しくなるように、シェー
ディング評価用デバイス１２０のディジタルデータを補
正することのできるシェーディング補正データを生成し
て、マイクロアレイを、サンプルキャリア２１の第五の
サンプル位置である第五の開口部５５にセットし、６４
０ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１のレーザ励起光
源１を用いて、スキャナ内温度が１５℃において、マイ
クロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデータを生
成する場合のシェーディング補正データとして、データ
処理装置３５のシェーディング補正データ記憶部１０２
に記憶させる。
【０５３６】こうして、マイクロアレイを、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１ないし第五のサンプル位置である第五の開口部５５に
セットし、６４０ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１
のレーザ励起光源１を用いて、スキャナ内温度が１５℃
において、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のディジ
タルデータを生成する場合のシェーディング補正データ
が生成されて、データ処理装置３５のシェーディング補
正データ記憶部１０２に記憶されると、コントロールユ
ニット８０は、スキャナ内の温度を２５℃に設定して、
６４０ｎｍの波長のレーザ光によって、サンプルキャリ
ア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５１な
いし第五のサンプル位置である第五の開口部５５にセッ
トされたシェーディング評価用デバイス１２０を走査
し、スキャナ内温度が１５℃に設定された場合と全く同
様にして、マイクロアレイを、サンプルキャリア２１の
第一のサンプル位置である第一の開口部５１ないし第五
のサンプル位置である第五の開口部５５にセットし、６
４０ｎｍの波長のレーザ光４を発する第１のレーザ励起
光源１を用いて、スキャナ内温度が２５℃において、マ
イクロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデータを
生成する場合のシェーディング補正データが生成され
て、データ処理装置３５のシェーディング補正データ記
憶部１０２に記憶される。
【０５３７】次いで、コントロールユニット８０は、ス
キャナ内の温度を３５℃に設定し、６４０ｎｍの波長の
レーザ光によって、サンプルキャリア２１の第一のサン
プル位置である第一の開口部５１ないし第五のサンプル
位置である第五の開口部５５にセットされたシェーディ
ング評価用デバイス１２０を走査し、スキャナ内温度が
１５℃に設定された場合と全く同様にして、マイクロア
レイを、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置で
ある第一の開口部５１ないし第五のサンプル位置である
第五の開口部５５にセットし、６４０ｎｍの波長のレー
ザ光４を発する第１のレーザ励起光源１を用いて、スキ
ャナ内温度が３５℃において、マイクロアレイに含まれ
た蛍光物質のディジタルデータを生成する場合のシェー
ディング補正データが生成されて、データ処理装置３５
のシェーディング補正データ記憶部１０２に記憶され
る。
【０５３８】以上のようにして、スキャナ内温度を１５
℃、２５℃および３５℃に設定した場合において、マイ
クロアレイを、サンプルキャリア２１の第一のサンプル
位置である第一の開口部５１ないし第五のサンプル位置
である第五の開口部５５にセットし、６４０ｎｍの波長
のレーザ光４を発する第１のレーザ励起光源１を用い
て、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデ
ータを生成する場合のシェーディング補正データが生成
されて、データ処理装置３５のシェーディング補正デー
タ記憶部１０２に記憶されると、コントロールユニット
８０は、第１のレーザ励起光源１をオフし、ステッピン
グモータ７６に駆動信号を出力して、光学ヘッド１５の
レンズ１９を元の位置に復帰させ、最も径の小さいピン
ホール３２ａが光路内に位置させたまま、共焦点切り換
え部材３１を保持しつつ、スキャナ内の温度を１５℃に
設定する。
【０５３９】同時に、コントロールユニット８０は、Ｅ
ＰＲＯＭ８２に記憶された第２のレーザ励起光源２を用
いた場合の共焦点光学系のフォーカス位置データＰ
５３２、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ１、第一のサ
ンプル位置の距離補正値ΔＤ１、５３２ｎｍの波長のレ
ーザ光４に対する共焦点光学系のフォーカス位置データ
ならびに共焦点光学系のフォーカス位置データおよびｎ
次関数の係数を求めた際のスキャナ内温度の平均値Ｔ０
を読み出すとともに、温度センサ８４によって検出さ
れ、入力されたスキャナ内温度Ｔを用いて、次式（１）
にしたがい、ステッピングモータ７６に与える駆動パル
ス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を
出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に
移動させ、その位置に保持させる。
【０５４０】 Ｐ＝Ｐλ＋Ａ×｛ΔＤｉ＋Ｋｉ×（Ｔ−Ｔ０）｝ （１） ここに、Ａは、駆動パルスと距離の換算係数であり、λ
は、標識物質の励起に使用するレーザ光４の波長、ｉは
１ないし５の整数で、サンプルキャリア２１の開口部５
１、５２、５３、５４、５５の位置を示すものであり、
この場合には、Ｐλ＝Ｐ５３２、ΔＤｉ＝ΔＤ１、Ｋｉ
＝Ｋ１である。
【０５４１】次いで、コントロールユニット５０は、フ
ィルタユニットモータ８５に駆動信号を出力して、フィ
ルタユニット２７を移動させ、５３２ｎｍの波長の光を
カットし、５３２ｎｍよりも波長の長い光を透過する性
質を有するフィルタ２８ｂを光路内に位置させるととも
に、第２のレーザ励起光源２を起動させる。
【０５４２】第２のレーザ励起光源２から発せられた５
３２ｎｍの波長のレーザ光４は、コリメータレンズ９に
よって、平行な光とされた後、第１のダイクロイックミ
ラー７に入射して、反射される。
【０５４３】第１のダイクロイックミラー７によって反
射されたレーザ光４は、第２のダイクロイックミラー８
を透過し、光学ヘッド１５に入射する。
【０５４４】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたシェーディング評価用
デバイス１２０に入射する。
【０５４５】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動されるとともに、副走査用モータ４７により、
図３において、矢印Ｙで示される副走査方向に移動され
るため、５３２ｎｍの波長のレーザ光４によって、サン
プルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開
口部５１にセットされたシェーディング評価用デバイス
１２０の全面が走査される。
【０５４６】規則的に形成された９つのスリット１２５
を介して、レーザ光４の照射を受けると、シェーディン
グ評価用デバイス１２０のＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、
ＧａＡｓ層１２２との積層体１２３が励起されて、蛍光
２５が放出される。
【０５４７】ＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１
２２との積層体１２３から放出された蛍光２５は、レン
ズ１９によって、平行な光とされ、穴明きミラー１８に
よって反射され、フィルタユニット２７に入射する。
【０５４８】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ｂ
が光路内に位置するように移動されているため、蛍光２
５は、５３２ｎｍの波長の光をカットし、５３２ｎｍよ
りも波長の長い光を透過させる性質を有するフィルタ２
８ｂに入射する。
【０５４９】ここに、蛍光の波長は、励起光であるレー
ザ光４の波長よりも長いため、レーザ光４がカットさ
れ、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３から放出された蛍光２５のみが、フィルタ
２８ｂを透過する。
【０５５０】フィルタ２８ｂを透過した蛍光２５は、ミ
ラー２９によって反射され、レンズ３０によって、最も
径の小さいピンホール３２ａ上に集光され、フォトマル
チプライア３３によって、光電的に検出されて、アナロ
グデータが生成される。
【０５５１】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４により、ディジ
タルデータに変換されて、データ処理装置３５に送られ
る。
【０５５２】Ａ／Ｄ変換器３４により、ディジタル化さ
れ、データ処理装置３５に送られたディジタルデータ
は、ラインメモリ１００に記憶される。
【０５５３】シェーディング評価用デバイス１２０の全
面が走査され、シェーディング評価用デバイス１２０の
ディジタルデータが、ラインメモリ１００に記憶される
と、コントロールユニット８０は、第２のレーザ励起光
源２をオフする。
【０５５４】上述のように、こうして、生成されて、ラ
インメモリ１００に記憶されたシェーディング評価用デ
バイス１２０のディジタルデータには、光学ヘッド１５
のレンズ１９と、シェーディング評価用デバイス１２０
の図８に示される距離測定用デバイス９２ａ上の基準点
に対応する基準位置以外に形成された８つのスリット１
２５内のＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離が、光学ヘッド
１５のレンズ１９と、シェーディング評価用デバイス１
２０の基準位置に形成されたスリット１２５内のＩｎＧ
ａＡｓＰ層１２１の距離と等しくないことに起因して、
シェーディングが発生している。
【０５５５】そこで、データ処理装置３５のデータ処理
部１０１は、６４０ｎｍの波長のレーザ光４を用いて、
サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一
の開口部５１にセットされたシェーディング評価用デバ
イス１２０を走査した場合と同様にして、こうして得ら
れたシェーディング評価用デバイス１２０のディジタル
データに基づき、シェーディング評価用デバイス１２０
の基準位置以外の部分に形成された８つのスリット１２
５を介して、５３２ｎｍのレーザ光４により、ＩｎＧａ
ＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を
走査し、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２と
の積層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得た
ディジタルデータの信号強度が、シェーディング評価用
デバイス１２０の距離測定用デバイス９２ａ上の基準点
に対応する基準位置に形成されたスリット１２５を介し
て、５３２ｎｍの波長のレーザ光４によって、ＩｎＧａ
ＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を
走査し、基準位置に形成されたスリット１２５を介し
て、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積
層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得たディ
ジタルデータの信号強度と等しくなるように、シェーデ
ィング評価用デバイス１２０のディジタルデータを補正
することのできるシェーディング補正データを生成し
て、マイクロアレイを、サンプルキャリア２１の第一の
サンプル位置である第一の開口部５１にセットし、５３
２ｎｍの波長のレーザ光４を発する第２のレーザ励起光
源２を用いて、スキャナ内温度が１５℃において、マイ
クロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデータを生
成する場合のシェーディング補正データとして、データ
処理装置３５のシェーディング補正データ記憶部１０２
に記憶させる。
【０５５６】こうして、マイクロアレイを、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットし、５３２ｎｍの波長のレーザ光４を発する
第２のレーザ励起光源２を用いて、スキャナ内温度が１
５℃において、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のデ
ィジタルデータを生成する場合のシェーディング補正デ
ータが、データ処理部１０１によって生成されて、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されると、コ
ントロールユニット８０は、サンプルキャリア２１の第
二のサンプル位置である第二の開口部５２にセットされ
たシェーディング評価用デバイス１２０に対する５３２
ｎｍの波長のレーザ光４の照射を開始する。
【０５５７】第二のサンプル位置である第二の開口部５
２にセットされたシェーディング評価用デバイス１２０
に対する５３２ｎｍの波長のレーザ光４の照射に先立っ
て、コントロールユニット８０は、まず、ＥＰＲＯＭ８
２に記憶された第二のサンプル位置の温度係数Ｋ２およ
び第二のサンプル位置の距離補正値ΔＤ２を読み出し
て、次式にしたがい、ステッピングモータ７６に与える
駆動パルス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆
動信号を出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定
の位置に移動させ、その位置に保持させる。
【０５５８】 Ｐ＝Ｐ５３２＋Ａ×｛ΔＤ２＋Ｋ２×（Ｔ−Ｔ０）｝ 次いで、コントロールユニット８０は、第２のレーザ励
起光源２に駆動信号を出力して、オンさせ、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットされたシェーディング評価用デバイス１２０
の場合と全く同様にして、サンプルキャリア２１の第二
のサンプル位置である第二の開口部５２にセットされた
シェーディング評価用デバイス１２０の９つのスリット
１２５内のＩｎＧａＡｓＰ層１２１を、５３２ｎｍの波
長のレーザ光４によって走査し、シェーディング評価用
デバイス１２０のＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ
層１２２との積層体１２３から放出された蛍光２５を、
フォトマルチプライア３３によって光電的に検出して、
アナログデータを生成し、Ａ／Ｄ変換器３４によって、
ディジタル化して、ラインメモリ１００に記憶させる。
【０５５９】シェーディング評価用デバイス１２０の全
面が走査され、シェーディング評価用デバイス１２０の
ディジタルデータが、ラインメモリ１００に記憶される
と、コントロールユニット８０は、第２のレーザ励起光
源２をオフする。
【０５６０】ラインメモリ１００に記憶されたディジタ
ルデータは、データ処理部１０１によって読み出され、
ラインメモリ１００から読み出したディジタルデータに
基づき、蛍光２５の信号強度が、各スリット１２５ごと
に、積分されて、シェーディング評価用デバイス１２０
のディジタルデータが生成される。
【０５６１】上述のように、共焦点光学系のフォーカス
は、距離測定用デバイス９２ａ上の図８において黒丸で
示される基準点に対してのみ、共焦点光学系のフォーカ
スが調整されているにすぎず、その他の部分に対して
は、共焦点光学系のフォーカスが調整されていないか
ら、このようにして生成され、データ処理部１０１によ
り読み出されたシェーディング評価用デバイス１２０の
ディジタルデータには、光学ヘッド１５のレンズ１９
と、サンプルキャリア２１の第二のサンプル位置である
第二の開口部５２にセットされたシェーディング評価用
デバイス１２０に形成された９つのスリット１２５内の
ＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離が、光学ヘッド１５のレ
ンズ１９と、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位
置である第一の開口部５１にセットされたシェーディン
グ評価用デバイス１２０の基準位置に形成されたスリッ
ト１２５内のＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離と等しくな
いことに起因して、シェーディングが発生している。
【０５６２】そこで、データ処理部１０１は、６４０ｎ
ｍの波長のレーザ光４を用いて、サンプルキャリア２１
の第二のサンプル位置である第二の開口部５２にセット
されたシェーディング評価用デバイス１２０を走査した
場合と同様にして、サンプルキャリア２１の第二のサン
プル位置である第二の開口部５２にセットされたシェー
ディング評価用デバイス１２０に形成された９つのスリ
ット１２５を介して、５３２ｎｍの波長のレーザ光４に
よって、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２と
の積層体１２３を走査し、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧ
ａＡｓ層１２２との積層体１２３から放出された蛍光２
５を検出して得たディジタルデータの信号強度が、サン
プルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開
口部５１にセットされたシェーディング評価用デバイス
１２０の図８に示される距離測定用デバイス９２ａ上の
基準点に対応する基準位置に形成されたスリット１２５
を介して、５３２ｎｍの波長のレーザ光４によって、Ｉ
ｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１
２３を走査し、第一のサンプル位置である第一の開口部
５１にセットされたシェーディング評価用デバイス１２
０の基準位置に形成されたスリット１２５を介して、Ｉ
ｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１
２３から放出された蛍光２５を検出して得たディジタル
データの信号強度と等しくなるように、シェーディング
評価用デバイス１２０のディジタルデータを補正するこ
とのできるシェーディング補正データを生成して、マイ
クロアレイを、サンプルキャリア２１の第二のサンプル
位置である第二の開口部５２にセットし、５３２ｎｍの
波長のレーザ光４を発する第２のレーザ励起光源２を用
いて、スキャナ内温度が１５℃において、マイクロアレ
イに含まれた蛍光物質のディジタルデータを生成する場
合のシェーディング補正データとして、データ処理装置
３５のシェーディング補正データ記憶部１０２に記憶さ
せる。
【０５６３】サンプルキャリア２１の第三のサンプル位
置である第三の開口部５２ないし第五のサンプル位置で
ある第５の開口部５５にセットされたシェーディング評
価用デバイス１２０を、５３２ｎｍの波長のレーザ光４
によって走査した場合にも、５３２ｎｍの波長のレーザ
光４を発する第２のレーザ励起光源２を用いて、生成さ
れた共焦点光学系のフォーカス位置データＰ５３２を用
いる以外は、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によって、
サンプルキャリア２１の第三のサンプル位置である第三
の開口部５２ないし第五のサンプル位置である第５の開
口部５５にセットされたシェーディング評価用デバイス
１２０を走査した場合と同様にして、シェーディング補
正データが生成され、データ処理装置３５のシェーディ
ング補正データ記憶部１０２に記憶される。
【０５６４】こうして、マイクロアレイを、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１ないし第五のサンプル位置である第五の開口部５５に
セットし、５３２ｎｍの波長のレーザ光４を発する第２
のレーザ励起光源２を用いて、スキャナ内温度が１５℃
において、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のディジ
タルデータを生成する場合のシェーディング補正データ
が生成されて、データ処理装置３５のシェーディング補
正データ記憶部１０２に記憶されると、コントロールユ
ニット８０は、スキャナ内の温度を２５℃に設定して、
５３２ｎｍの波長のレーザ光によって、サンプルキャリ
ア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５１な
いし第五のサンプル位置である第五の開口部５５にセッ
トされたシェーディング評価用デバイス１２０を走査
し、スキャナ内温度が１５℃に設定された場合と全く同
様にして、マイクロアレイを、サンプルキャリア２１の
第一のサンプル位置である第一の開口部５１ないし第五
のサンプル位置である第五の開口部５５にセットし、５
３２ｎｍの波長のレーザ光４を発する第２のレーザ励起
光源２を用いて、スキャナ内温度が２５℃において、マ
イクロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデータを
生成する場合のシェーディング補正データが生成され
て、データ処理装置３５のシェーディング補正データ記
憶部１０２に記憶される。
【０５６５】次いで、コントロールユニット８０は、ス
キャナ内の温度を３５℃に設定し、５３２ｎｍの波長の
レーザ光によって、サンプルキャリア２１の第一のサン
プル位置である第一の開口部５１ないし第五のサンプル
位置である第五の開口部５５にセットされたシェーディ
ング評価用デバイス１２０を走査し、スキャナ内温度が
１５℃に設定された場合と全く同様にして、マイクロア
レイを、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置で
ある第一の開口部５１ないし第五のサンプル位置である
第五の開口部５５にセットし、５３２ｎｍの波長のレー
ザ光４を発する第２のレーザ励起光源２を用いて、スキ
ャナ内温度が３５℃において、マイクロアレイに含まれ
た蛍光物質のディジタルデータを生成する場合のシェー
ディング補正データが生成されて、データ処理装置３５
のシェーディング補正データ記憶部１０２に記憶され
る。
【０５６６】以上のようにして、スキャナ内温度を１５
℃、２５℃および３５℃に設定した場合において、マイ
クロアレイを、サンプルキャリア２１の第一のサンプル
位置である第一の開口部５１ないし第五のサンプル位置
である第五の開口部５５にセットし、５３２ｎｍの波長
のレーザ光４を発する第２のレーザ励起光源２を用い
て、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデ
ータを生成する場合のシェーディング補正データが生成
されて、データ処理装置３５のシェーディング補正デー
タ記憶部１０２に記憶されると、コントロールユニット
８０は、第２のレーザ励起光源２をオフし、ステッピン
グモータ７６に駆動信号を出力して、光学ヘッド１５の
レンズ１９を元の位置に復帰させ、最も径の小さいピン
ホール３２ａが光路内に位置させたまま、共焦点切り換
え部材３１を保持しつつ、スキャナ内の温度を１５℃に
設定する。
【０５６７】同時に、コントロールユニット８０は、Ｅ
ＰＲＯＭ８２に記憶された第３のレーザ励起光源３を用
いた場合の共焦点光学系のフォーカス位置データＰ
４７３、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ１、第一のサ
ンプル位置の距離補正値ΔＤ１、５３２ｎｍの波長のレ
ーザ光４に対する共焦点光学系のフォーカス位置データ
ならびに共焦点光学系のフォーカス位置データおよびｎ
次関数の係数を求めた際のスキャナ内温度の平均値Ｔ０
を読み出すとともに、温度センサ８４によって検出さ
れ、入力されたスキャナ内温度Ｔを用いて、次式（１）
にしたがい、ステッピングモータ７６に与える駆動パル
ス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆動信号を
出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定の位置に
移動させ、その位置に保持させる。
【０５６８】 Ｐ＝Ｐλ＋Ａ×｛ΔＤｉ＋Ｋｉ×（Ｔ−Ｔ０）｝ （１） ここに、Ａは、駆動パルスと距離の換算係数であり、λ
は、標識物質の励起に使用するレーザ光４の波長、ｉは
１ないし５の整数で、サンプルキャリア２１の開口部５
１、５２、５３、５４、５５の位置を示すものであり、
この場合には、Ｐλ＝Ｐ４７３、ΔＤｉ＝ΔＤ１、Ｋｉ
＝Ｋ１である。
【０５６９】次いで、コントロールユニット５０は、フ
ィルタユニットモータ８５に駆動信号を出力して、フィ
ルタユニット２７を移動させ、４７３ｎｍの波長の光を
カットし、４７３ｎｍよりも波長の長い光を透過する性
質を有するフィルタ２８ｃを光路内に位置させるととも
に、第３のレーザ励起光源３を起動させる。
【０５７０】第３のレーザ励起光源３から発せられた４
７３ｎｍの波長のレーザ光４は、コリメータレンズ１０
によって、平行な光とされた後、第２のダイクロイック
ミラー８によって反射され、光学ヘッド１５に入射す
る。
【０５７１】光学ヘッド１５に入射したレーザ光４は、
ミラー１６によって反射され、穴明きミラー１８に形成
された穴１７を通過して、レンズ１９によって集光さ
れ、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である
第一の開口部５１にセットされたシェーディング評価用
デバイス１２０に入射する。
【０５７２】サンプルステージ２０は、主走査用モータ
４３によって、図３において、矢印Ｘで示される主走査
方向に、レーザ光４のビーム径とほぼ同等の画素ピッチ
で、移動されるとともに、副走査用モータ４７により、
図３において、矢印Ｙで示される副走査方向に移動され
るため、４７３ｎｍの波長のレーザ光４によって、サン
プルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開
口部５１にセットされたシェーディング評価用デバイス
１２０の全面が走査される。
【０５７３】規則的に形成された９つのスリット１２５
を介して、レーザ光４の照射を受けると、シェーディン
グ評価用デバイス１２０のＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、
ＧａＡｓ層１２２との積層体１２３が励起されて、蛍光
２５が放出される。
【０５７４】ＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１
２２との積層体１２３から放出された蛍光２５は、レン
ズ１９によって、平行な光とされ、穴明きミラー１８に
よって反射され、フィルタユニット２７に入射する。
【０５７５】フィルタユニット２７は、フィルタ２８ｃ
が光路内に位置するように移動されているため、蛍光２
５は、４７３ｎｍの波長の光をカットし、４７３ｎｍよ
りも波長の長い光を透過させる性質を有するフィルタ２
８ｃに入射する。
【０５７６】ここに、蛍光の波長は、励起光であるレー
ザ光４の波長よりも長いため、レーザ光４がカットさ
れ、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３から放出された蛍光２５のみが、フィルタ
２８ｃを透過する。
【０５７７】フィルタ２８ｃを透過した蛍光２５は、ミ
ラー２９によって反射され、レンズ３０によって、最も
径の小さいピンホール３２ａ上に集光され、フォトマル
チプライア３３によって、光電的に検出されて、アナロ
グデータが生成される。
【０５７８】フォトマルチプライア３３によって生成さ
れたアナログデータはＡ／Ｄ変換器３４により、ディジ
タルデータに変換されて、データ処理装置３５に送られ
る。
【０５７９】Ａ／Ｄ変換器３４により、ディジタル化さ
れ、データ処理装置３５に送られたディジタルデータ
は、ラインメモリ１００に記憶される。
【０５８０】シェーディング評価用デバイス１２０の全
面が走査され、シェーディング評価用デバイス１２０の
ディジタルデータが、ラインメモリ１００に記憶される
と、コントロールユニット８０は、第３のレーザ励起光
源３をオフする。
【０５８１】上述のように、こうして、生成されて、ラ
インメモリ１００に記憶されたシェーディング評価用デ
バイス１２０のディジタルデータには、光学ヘッド１５
のレンズ１９と、シェーディング評価用デバイス１２０
の図８に示される距離測定用デバイス９２ａ上の基準点
に対応する基準位置以外に形成された８つのスリット１
２５内のＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離が、光学ヘッド
１５のレンズ１９と、シェーディング評価用デバイス１
２０の基準位置に形成されたスリット１２５内のＩｎＧ
ａＡｓＰ層１２１の距離と等しくないことに起因して、
シェーディングが発生している。
【０５８２】そこで、データ処理装置３５のデータ処理
部１０１は、６４０ｎｍの波長のレーザ光４を用いて、
サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一
の開口部５１にセットされたシェーディング評価用デバ
イス１２０を走査した場合と同様にして、こうして得ら
れたシェーディング評価用デバイス１２０のディジタル
データに基づき、シェーディング評価用デバイス１２０
の基準位置以外の部分に形成された８つのスリット１２
５を介して、４７３ｎｍのレーザ光４により、ＩｎＧａ
ＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を
走査し、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２と
の積層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得た
ディジタルデータの信号強度が、シェーディング評価用
デバイス１２０の距離測定用デバイス９２ａ上の基準点
に対応する基準位置に形成されたスリット１２５を介し
て、４７３ｎｍの波長のレーザ光４によって、ＩｎＧａ
ＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を
走査し、基準位置に形成されたスリット１２５を介し
て、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積
層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得たディ
ジタルデータの信号強度と等しくなるように、シェーデ
ィング評価用デバイス１２０のディジタルデータを補正
することのできるシェーディング補正データを生成し
て、マイクロアレイを、サンプルキャリア２１の第一の
サンプル位置である第一の開口部５１にセットし、４７
３ｎｍの波長のレーザ光４を発する第３のレーザ励起光
源３を用いて、スキャナ内温度が１５℃において、マイ
クロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデータを生
成する場合のシェーディング補正データとして、データ
処理装置３５のシェーディング補正データ記憶部１０２
に記憶させる。
【０５８３】こうして、マイクロアレイを、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットし、４７３ｎｍの波長のレーザ光４を発する
第２のレーザ励起光源２を用いて、スキャナ内温度が１
５℃において、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のデ
ィジタルデータを生成する場合のシェーディング補正デ
ータが、データ処理部１０１によって生成されて、シェ
ーディング補正データ記憶部１０２に記憶されると、コ
ントロールユニット８０は、サンプルキャリア２１の第
二のサンプル位置である第二の開口部５２にセットされ
たシェーディング評価用デバイス１２０に対する４７３
ｎｍの波長のレーザ光４の照射を開始する。
【０５８４】第二のサンプル位置である第二の開口部５
２にセットされたシェーディング評価用デバイス１２０
に対する４７３ｎｍの波長のレーザ光４の照射に先立っ
て、コントロールユニット８０は、まず、ＥＰＲＯＭ８
２に記憶された第二のサンプル位置の温度係数Ｋ２およ
び第二のサンプル位置の距離補正値ΔＤ２を読み出し
て、次式にしたがい、ステッピングモータ７６に与える
駆動パルス数Ｐを決定し、ステッピングモータ７６に駆
動信号を出力して、光学ヘッド１５のレンズ１９を所定
の位置に移動させ、その位置に保持させる。
【０５８５】 Ｐ＝Ｐ４７３＋Ａ×｛ΔＤ２＋Ｋ２×（Ｔ−Ｔ０）｝ 次いで、コントロールユニット５０は、第３のレーザ励
起光源３に駆動信号を出力して、オンさせ、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１にセットされたシェーディング評価用デバイス１２０
の場合と全く同様にして、サンプルキャリア２１の第二
のサンプル位置である第二の開口部５２にセットされた
シェーディング評価用デバイス１２０の９つのスリット
１２５内のＩｎＧａＡｓＰ層１２１を、４７３ｎｍの波
長のレーザ光４によって走査し、シェーディング評価用
デバイス１２０のＩｎＧａＡｓＰ層１２１と、ＧａＡｓ
層１２２との積層体１２３から放出された蛍光２５を、
フォトマルチプライア３３によって光電的に検出して、
アナログデータを生成し、Ａ／Ｄ変換器３４によって、
ディジタル化して、ラインメモリ１００に記憶させる。
【０５８６】シェーディング評価用デバイス１２０の全
面が走査され、シェーディング評価用デバイス１２０の
ディジタルデータが、ラインメモリ１００に記憶される
と、コントロールユニット８０は、第３のレーザ励起光
源３をオフする。
【０５８７】ラインメモリ１００に記憶されたディジタ
ルデータは、データ処理部１０１によって読み出され、
ラインメモリ１００から読み出したディジタルデータに
基づき、蛍光２５の信号強度が、各スリット１２５ごと
に、積分されて、シェーディング評価用デバイス１２０
のディジタルデータが生成される。
【０５８８】上述のように、共焦点光学系のフォーカス
は、距離測定用デバイス９２ａ上の図８において黒丸で
示される基準点に対してのみ、共焦点光学系のフォーカ
スが調整されているにすぎず、その他の部分に対して
は、共焦点光学系のフォーカスが調整されていないか
ら、このようにして生成され、データ処理部１０１によ
り読み出されたシェーディング評価用デバイス１２０の
ディジタルデータには、光学ヘッド１５のレンズ１９
と、サンプルキャリア２１の第二のサンプル位置である
第二の開口部５２にセットされたシェーディング評価用
デバイス１２０に形成された９つのスリット１２５内の
ＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離が、光学ヘッド１５のレ
ンズ１９と、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位
置である第一の開口部５１にセットされたシェーディン
グ評価用デバイス１２０の基準位置に形成されたスリッ
ト１２５内のＩｎＧａＡｓＰ層１２１の距離と等しくな
いことに起因して、シェーディングが発生している。
【０５８９】そこで、データ処理部１０１は、６４０ｎ
ｍの波長のレーザ光４を用いて、サンプルキャリア２１
の第二のサンプル位置である第二の開口部５２にセット
されたシェーディング評価用デバイス１２０を走査した
場合と同様にして、サンプルキャリア２１の第二のサン
プル位置である第二の開口部５２にセットされたシェー
ディング評価用デバイス１２０に形成された９つのスリ
ット１２５を介して、４７３ｎｍの波長のレーザ光４に
よって、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２と
の積層体１２３を走査し、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧ
ａＡｓ層１２２との積層体１２３から放出された蛍光２
５を検出して得たディジタルデータの信号強度が、サン
プルキャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開
口部５１にセットされたシェーディング評価用デバイス
１２０の図８に示される距離測定用デバイス９２ａ上の
基準点に対応する基準位置に形成されたスリット１２５
を介して、４７３ｎｍの波長のレーザ光４によって、Ｉ
ｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１
２３を走査し、第一のサンプル位置である第一の開口部
５１にセットされたシェーディング評価用デバイス１２
０の基準位置に形成されたスリット１２５を介して、Ｉ
ｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１
２３から放出された蛍光２５を検出して得たディジタル
データの信号強度と等しくなるように、シェーディング
評価用デバイス１２０のディジタルデータを補正するこ
とのできるシェーディング補正データを生成して、マイ
クロアレイを、サンプルキャリア２１の第二のサンプル
位置である第二の開口部５２にセットし、４７３ｎｍの
波長のレーザ光４を発する第２のレーザ励起光源２を用
いて、スキャナ内温度が１５℃において、マイクロアレ
イに含まれた蛍光物質のディジタルデータを生成する場
合のシェーディング補正データとして、データ処理装置
３５のシェーディング補正データ記憶部１０２に記憶さ
せる。
【０５９０】サンプルキャリア２１の第三のサンプル位
置である第三の開口部５２ないし第五のサンプル位置で
ある第５の開口部５５にセットされたシェーディング評
価用デバイス１２０を、４７３ｎｍの波長のレーザ光４
によって走査した場合にも、４７３ｎｍの波長のレーザ
光４を発する第３のレーザ励起光源３を用いて、生成さ
れた共焦点光学系のフォーカス位置データＰ４７３を用
いる以外は、６４０ｎｍの波長のレーザ光４によって、
サンプルキャリア２１の第三のサンプル位置である第三
の開口部５２ないし第五のサンプル位置である第５の開
口部５５にセットされたシェーディング評価用デバイス
１２０を走査した場合と同様にして、シェーディング補
正データが生成され、データ処理装置３５のシェーディ
ング補正データ記憶部１０２に記憶される。
【０５９１】こうして、マイクロアレイを、サンプルキ
ャリア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５
１ないし第五のサンプル位置である第五の開口部５５に
セットし、４７３ｎｍの波長のレーザ光４を発する第３
のレーザ励起光源３を用いて、スキャナ内温度が１５℃
において、マイクロアレイに含まれた蛍光物質のディジ
タルデータを生成する場合のシェーディング補正データ
が生成されて、データ処理装置３５のシェーディング補
正データ記憶部１０２に記憶されると、コントロールユ
ニット８０は、スキャナ内の温度を２５℃に設定して、
４７３ｎｍの波長のレーザ光によって、サンプルキャリ
ア２１の第一のサンプル位置である第一の開口部５１な
いし第五のサンプル位置である第五の開口部５５にセッ
トされたシェーディング評価用デバイス１２０を走査
し、スキャナ内温度が１５℃に設定された場合と全く同
様にして、マイクロアレイを、サンプルキャリア２１の
第一のサンプル位置である第一の開口部５１ないし第五
のサンプル位置である第五の開口部５５にセットし、４
７３ｎｍの波長のレーザ光４を発する第３のレーザ励起
光源３を用いて、スキャナ内温度が２５℃において、マ
イクロアレイに含まれた蛍光物質のディジタルデータを
生成する場合のシェーディング補正データが生成され
て、データ処理装置３５のシェーディング補正データ記
憶部１０２に記憶される。
【０５９２】次いで、コントロールユニット８０は、ス
キャナ内の温度を３５℃に設定し、４７３ｎｍの波長の
レーザ光によって、サンプルキャリア２１の第一のサン
プル位置である第一の開口部５１ないし第五のサンプル
位置である第五の開口部５５にセットされたシェーディ
ング評価用デバイス１２０を走査し、スキャナ内温度が
１５℃に設定された場合と全く同様にして、マイクロア
レイを、サンプルキャリア２１の第一のサンプル位置で
ある第一の開口部５１ないし第五のサンプル位置である
第五の開口部５５にセットし、４７３ｎｍの波長のレー
ザ光４を発する第３のレーザ励起光源３を用いて、スキ
ャナ内温度が３５℃において、マイクロアレイに含まれ
た蛍光物質のディジタルデータを生成する場合のシェー
ディング補正データが生成されて、データ処理装置３５
のシェーディング補正データ記憶部１０２に記憶され
る。
【０５９３】本実施態様によれば、シェーディング評価
用デバイス１２０を、６４０ｎｍの波長のレーザ光４、
５３２ｎｍの波長のレーザ光４および４７３ｎｍの波長
のレーザ光４によって走査して、シェーディング評価用
デバイス１２０のディジタルデータを生成し、生成され
たシェーディング評価用デバイス１２０のディジタルデ
ータに基づいて、シェーディング評価用デバイス１２０
に形成された９つのスリット１２５を介して、６４０ｎ
ｍの波長のレーザ光４、５３２ｎｍの波長のレーザ光４
および４７３ｎｍの波長のレーザ光４によって、ＩｎＧ
ａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３
を走査し、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２
との積層体１２３から放出された蛍光２５を検出して得
たディジタルデータの信号強度が、サンプルキャリア２
１の第一のサンプル位置である第一の開口部５１にセッ
トされたシェーディング評価用デバイス１２０の図８に
示される距離測定用デバイス９２ａ上の基準点に対応す
る基準位置に形成されたスリット１２５を介して、４７
３ｎｍの波長のレーザ光４によって、ＩｎＧａＡｓＰ層
１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３を走査し、
第一のサンプル位置である第一の開口部５１にセットさ
れたシェーディング評価用デバイス１２０の基準位置に
形成されたスリット１２５を介して、ＩｎＧａＡｓＰ層
１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３から放出さ
れた蛍光２５を検出して得たディジタルデータの信号強
度と等しくなるように、シェーディング評価用デバイス
１２０のディジタルデータを補正することのできるディ
ジタルデータを生成するだけで、シェーディング補正デ
ータを生成することができ、６４０ｎｍの波長のレーザ
光４、５３２ｎｍの波長のレーザ光４および４７３ｎｍ
の波長のレーザ光４を、フォーカス位置決定用デバイス
９５に照射して、生成されたディジタルデータの信号強
度の積分値をプロットして得た曲線Ａ、ＢおよびＣを、
ｎ次関数で、フィッティングして、各波長毎に、ｎ次関
数の係数を求めることも、また、第一のサンプル位置の
計測点変位データＶ１ないし第五のサンプル位置の計測
点変位データＶ５を求めることも必要がなく、さらに
は、各波長毎に求めたｎ次関数の係数と、第一のサンプ
ル位置の計測点変位データＶ１ないし第五のサンプル位
置の計測点変位データＶ５に基づいて、シェーディング
補正データを生成する必要もなく、したがって、簡易な
演算で、シェーディング補正データを生成することが可
能になる。
【０５９４】また、スライドガラス板９６上に、蛍光色
素を含むスポット９７を形成し、レーザ光４を照射し
て、共焦点光学系のフォーカス位置を決定する場合に
は、レーザ光４の照射にともなって、蛍光色素が劣化し
て、蛍光色素から放出される蛍光の光量が、経時的に低
下し、精度よく、共焦点光学系のフォーカス位置を決定
することが困難になる場合があり、したがって、所望の
ように、シェーディング補正データを生成することがで
きない場合があるが、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡ
ｓ層１２２との積層体１２３は、レーザ光４の照射を受
けても劣化することがないから、本実施態様によれば、
所望のように、シェーディング補正データを生成するこ
とが可能になるとともに、フォーカス位置決定用デバイ
ス１１０を、繰り返し使用して、シェーディング補正デ
ータを生成することが可能になる。本発明は、以上の実
施態様に限定されることなく、特許請求の範囲に記載さ
れた発明の範囲内で種々の変更が可能であり、それらも
本発明の範囲内に包含されるものであることはいうまで
もない。
【０５９５】たとえば、前記実施態様においては、静電
容量型変位計７９を用いて、サンプルキャリア２１の第
一の開口部５１ないし第五の開口部５５にセットされた
距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、
９２ｅと、光学ヘッド１５のレンズ１９との間の距離デ
ータを生成するように構成されているが、オートフォー
カスやレーザ変位計などの光学的手段を用いて、サンプ
ルキャリア２１の第一の開口部５１ないし第五の開口部
５５にセットされた距離測定用デバイス９２ａ、９２
ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅと、光学ヘッド１５のレン
ズ１９との間の距離データを生成するように構成するこ
ともでき、光学的手段を用いて、距離データを生成する
場合には、クロム膜９１などの金属膜を形成する必要は
ない。
【０５９６】さらに、前記実施態様においては、スキャ
ナ内の温度を、１５℃、２５℃および３５℃に設定し、
静電容量型変位計７９を用いて、サンプルキャリア２１
の第一の開口部５１ないし第五の開口部５５にセットさ
れた距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２
ｄ、９２ｅと、光学ヘッド１５のレンズ１９との間の距
離データを生成し、サンプルキャリア２１の第一の開口
部５１ないし第五の開口部５５にセットされた距離測定
用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ
と、光学ヘッド１５のレンズ１９との間の距離データに
基づいて、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ１ないし第
五のサンプル位置の温度係数Ｋ５を算出しているが、マ
イクロアレイの形状およびマイクロアレイの担体の材料
の線膨張係数に基づいて、第一のサンプル位置の温度係
数Ｋ１ないし第五のサンプル位置の温度係数Ｋ５を算出
するように構成することもできる。
【０５９７】また、前記実施態様においては、サンプル
キャリア２１の第一の開口部５１ないし第五の開口部５
５に対応する第一のサンプル位置ないし第五のサンプル
位置毎に、共焦点光学系のフォーカス位置を決定し、レ
ンズ高さ位置調整装置７０を用いて、光学ヘッド１５の
レンズ１９の鉛直方向の位置を調整しているが、一主走
査ライン毎に、あるいは、所定数の主走査ライン毎に、
共焦点光学系のフォーカス位置を決定し、レンズ高さ位
置調整装置７０を用いて、光学ヘッド１５のレンズ１９
の鉛直方向の位置を調整するように構成することもでき
る。
【０５９８】さらに、前記実施態様においては、各距離
測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２
ｅ上の９つの計測点の距離データを計測するように構成
されているが、距離データを計測する点の数は９つに限
定されるものではなく、その数および位置は任意に決定
することができる。
【０５９９】また、前記実施態様においては、あらかじ
め、シェーディング補正データを生成し、シェーディン
グ補正データ記憶部１０２に記憶させるように構成され
ているが、あらかじめ、シェーディング補正データを生
成して、シェーディング補正データ記憶部１０２に記憶
させておくことは必ずしも必要でない。
【０６００】さらに、前記実施態様においては、データ
処理部１０１が、シェーディング補正データを生成する
ように構成されているが、コントロールユニット８０
が、シェーディング補正データを生成するように構成す
ることもできる。
【０６０１】また、図１ないし図１３に示された実施態
様ならびに図１４および図１５に示された実施態様にお
いては、ディジタルデータの信号強度の積分値をプロッ
トして得た曲線Ａ、ＢおよびＣを、ｎ次関数により、フ
ィッティングして生成され、ＥＰＲＯＭ８２に記憶され
た各波長毎のｎ次関数の係数、ＥＰＲＯＭ８２に記憶さ
れた第一のサンプル位置の計測点変位データＶ１ないし
第五のサンプル位置の計測点変位データＶ５ならびに各
波長毎のｎ次関数の係数を求めた際のスキャナ内温度の
平均値Ｔ０に基づいて、コントロールユニット８０が、
シェーディング補正データを生成して、データ処理装置
３５のシェーディング補正データ記憶部１０２に記憶さ
せるように構成されているが、データ処理装置３５のデ
ータ処理部１０１が、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された各波
長毎のｎ次関数の係数、ＥＰＲＯＭ８２に記憶された第
一のサンプル位置の計測点変位データＶ１ないし第五の
サンプル位置の計測点変位データＶ５ならびに各波長毎
のｎ次関数の係数を求めた際のスキャナ内温度の平均値
Ｔ０に基づいて、シェーディング補正データを生成し
て、データ処理装置３５のシェーディング補正データ記
憶部１０２に記憶させるように構成することもできる。
【０６０２】また、図１ないし図１３に示された実施態
様ならびに図１４および図１５に示された実施態様にお
いては、ディジタルデータの信号強度の積分値をプロッ
トして得た曲線Ａ、ＢおよびＣを、ｎ次関数により、フ
ィッティングして、各波長毎のｎ次関数の係数を算出し
ているが、ｎ次関数に代えて、ガウス関数、ローレンツ
関数などの他の関数とそのパラメータを用いることもで
き、フィッティングに代えて、計測点変位データを記憶
し、それを、直線あるいはｎ次で補間するようにしても
よい。
【０６０３】さらに、図１６および図１７に示された実
施態様においては、データ処理装置３５のデータ処理部
１０１が、シェーディング補正データを生成して、デー
タ処理装置３５のシェーディング補正データ記憶部１０
２に記憶させるように構成されているが、コントロール
ユニット８０が、シェーディング補正データを生成し
て、データ処理装置３５のシェーディング補正データ記
憶部１０２に記憶させるように構成することもできる。
【０６０４】また、前記実施態様においては、シェーデ
ィング補正データは、データ処理装置３５のシェーディ
ング補正データ記憶部１０２に記憶されるように構成さ
れているが、ＥＰＲＯＭ８２に記憶させるように構成す
ることもできる。
【０６０５】さらに、前記実施態様においては、スキャ
ナ内温度が、１５℃、２５℃および３５℃の場合につ
き、シェーディング補正データを生成して、シェーディ
ング補正データ記憶部１０２に記憶させ、マイクロアレ
イに含まれた蛍光色素のディジタルデータのシェーディ
ングを補正するにあたって、シェーディング補正データ
記憶部１０２に記憶された１５℃、２５℃および３５℃
におけるシェーディング補正データに基づいて、温度セ
ンサ８４によって検出されたスキャナ内温度に対応する
シェーディング補正データを生成して、マイクロアレイ
に含まれた蛍光色素のディジタルデータのシェーディン
グを補正するように構成されているが、１５℃、２５℃
および３５℃におけるシェーディング補正データに基づ
いて、あらかじめ、スキャナ内温度ごとに、シェーディ
ング補正データを生成して、シェーディング補正データ
記憶部１０２に記憶させるように構成するようにして
も、あるいは、たとえば、２５℃のシェーディング補正
データのみを、シェーディング補正データ記憶部１０２
に記憶させて、スキャナ内温度にかかわらず、２５℃の
シェーディング補正データを用いて、マイクロアレイに
含まれた蛍光色素のディジタルデータのシェーディング
を補正するように構成するようにしてもよい。
【０６０６】また、前記実施態様においては、スキャナ
内の温度が、１５℃、２５℃および３５℃の場合につ
き、サンプルキャリア２１の第一の開口部５１ないし第
五の開口部５５にセットされた距離測定用デバイス９２
ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅと、光学ヘッド１
５のレンズ１９との間の距離データを生成するように構
成されているが、いかなるスキャナ内温度の場合に、サ
ンプルキャリア２１の第一の開口部５１ないし第五の開
口部５５にセットされた距離測定用デバイス９２ａ、９
２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅと、光学ヘッド１５のレ
ンズ１９との間の距離データを生成するかは任意に決定
することができる。
【０６０７】さらに、前記実施態様においては、サンプ
ルキャリア２１の第一の開口部５１ないし第五の開口部
５５にセットされた距離測定用デバイス９２ａ、９２
ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅと、光学ヘッド１５のレン
ズ１９との間の１５℃、２５℃および３５℃における距
離データに基づいて、第一のサンプル位置の温度係数Ｋ
１ないし第五のサンプル位置の温度係数Ｋ５を算出し、
スキャナ内温度にしたがって、共焦点光学系のフォーカ
ス位置データを補正しているが、たとえば、２５℃にお
ける距離データのみを計測して、共焦点光学系のフォー
カス位置を決定するように構成して、スキャナ内温度に
よる共焦点光学系のフォーカス位置データの補正を省略
することもできる。
【０６０８】また、前記実施態様においては、距離測定
用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ
は、その全面に、スパッタリングによってクロム膜９１
が形成されたスライドガラス板９０によって構成されて
いるが、クロム膜９１を、スライドガラス板９０の全面
に形成する必要はなく、少なくとも、距離データを計測
する距離測定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２
ｄ、９２ｅの計測点に、クロム膜９１が形成されていれ
ばよい。
【０６０９】さらに、前記実施態様においては、距離測
定用デバイス９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ
は、その全面に、スパッタリングによってクロム膜９１
が形成されたスライドガラス板９０によって構成されて
いるが、クロム膜９１に代えて、アルミニウム、金、ニ
ッケル−クロム合金およびチタン−ニッケル−クロムよ
りなる群から選ばれる材料によって形成された金属膜を
設けるようにしてもよい。
【０６１０】また、図１４および図１５に示された実施
態様においては、フォーカス位置決定用デバイス１１０
は、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群から選ばれ
た材料を主成分とするガラスに、ＣｄＳ−ＣｄＳｅの固
溶体をドープして形成した色ガラスフィルタよりなる支
持体１１１を備えているが、ガラスに、ＣｄＳ−ＣｄＳ
ｅの固溶体をドープして形成した色ガラスフィルタに代
えて、珪砂、ソーダ灰および石灰石よりなる群から選ば
れた材料を主成分とするガラスに、ＺｎＳ−ＣｄＳの固
溶体をドープして形成された色ガラスフィルタを用いる
こともでき、また、図１６および図１７に示されたシェ
ーディング評価用デバイス１２０と同様に、ＩｎＧａＡ
ｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３によ
って、フォーカス位置決定用デバイス１１０の支持体１
１１を形成してもよく、ＩＶ族元素、ＩＩ−ＶＩ族化合
物、ＩＩＩ−Ｖ族化合物およびこれらの複合体よりなる
群から選ばれた材料によって、フォーカス位置決定用デ
バイス１１０の支持体１１１が形成されていればよい。
【０６１１】さらに、図１６および図１７に示された実
施態様においては、シェーディング評価用デバイス１２
０は、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との
積層体１２３を備えているが、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１
とＧａＡｓ層１２２との積層体１２３に代えて、図１４
および図１５に示された実施態様にかかるフォーカス位
置決定用デバイス１１０の支持体１１１と同様に、色ガ
ラスフィルタを用いることもでき、ＣｄＳ−ＣｄＳｅの
固溶体およびＺｎＳ−ＣｄＳの固溶体よりなる群から選
ばれる材料や、ＩＶ族元素、ＩＩ−ＶＩ族化合物、ＩＩ
Ｉ−Ｖ族化合物およびこれらの複合体よりなる群から選
ばれた材料によって、シェーディング評価用デバイス１
２０を形成するようにしてもよい。
【０６１２】また、図１１に示された実施態様において
は、フォーカス位置決定用デバイス９５のスライドガラ
ス板９６には、Ｆｌｕｏｒ−Ｘ（登録商標）、Ｃｙ−３
（登録商標）およびＣｙ−５（登録商標）を含むスポッ
ト９７が形成されているが、スポット９７が、４７３ｎ
ｍの波長のレーザ光４によって効率的に励起可能な蛍光
色素、５３２ｎｍの波長のレーザ光４によって効率的に
励起可能な蛍光色素および６４０ｎｍの波長のレーザ光
４によって効率的に励起可能な蛍光色素を含んでいれば
よく、スポット９７が、Ｆｌｕｏｒ−Ｘ、Ｃｙ−３およ
びＣｙ−５を含んでいることは必ずしも必要でない。
【０６１３】さらに、図１１に示された実施態様におい
ては、フォーカス位置決定用デバイス９５として、表面
に、Ｆｌｕｏｒ−Ｘ（登録商標）、Ｃｙ−３（登録商
標）およびＣｙ−５（登録商標）を含んだポット９７が
形成されたスライドガラス板９６が用いられ、図１４お
よび図１５に示された実施態様においては、フォーカス
位置決定用デバイス１１０が、色ガラスフィルタよりな
る支持体１１１を備え、いずれも、レーザ光４の照射を
受けたときに、励起されて、蛍光を発するように構成さ
れているが、レーザ光４の照射を受けたときに、励起さ
れて、フォトルミネッセンスを発するように、フォーカ
ス位置決定用デバイス９５、１１を構成することもでき
る。
【０６１４】また、図１６および図１７に示された実施
態様においては、シェーディング評価用デバイス１２０
は、ＩｎＧａＡｓＰ層１２１とＧａＡｓ層１２２との積
層体１２３を備え、レーザ光４の照射を受けたときに、
励起されて、蛍光を発するように構成されているが、レ
ーザ光４の照射を受けたときに、励起されて、フォトル
ミネッセンスを発するように、シェーディング評価用デ
バイス１２０を構成することもできる。
【０６１５】さらに、前記実施態様においては、サンプ
ルキャリア２１には、５つ開口部５１、５２、５３、５
４、５５が形成され、サンプルキャリア２１が、５つの
マイクロアレイを保持可能に構成されているが、サンプ
ルキャリア２１が保持可能なマイクロアレイの数は、任
意に決定することができ、５つに限られるものではな
い。
【０６１６】また、前記実施態様においては、ステッピ
ングモータ７６を用いて、光学ヘッド１５のレンズ１９
を移動させているが、他の駆動手段を用いて、光学ヘッ
ド１５のレンズ１９を移動させるようにしてもよい。
【０６１７】さらに、前記実施態様においては、スキャ
ナは、スライドガラス板を担体とし、蛍光色素によって
選択的に標識された試料の数多くのスポットが、スライ
ドガラス板上に形成されているマイクロアレイを、レー
ザ光４によって走査して、蛍光色素を励起し、蛍光色素
から放出された蛍光を光電的に検出して、生化学解析用
のデータを生成可能に構成され、さらに、蛍光色素によ
って、選択的に標識された変性ＤＮＡを含む転写支持体
を担体とした蛍光サンプルを、レーザ光４によって走査
して、蛍光色素を励起し、蛍光色素から放出された蛍光
を光電的に検出して、生化学解析用のデータを生成可能
に構成されるとともに、放射性標識物質によって選択的
に標識された試料の数多くのスポットが形成されたメン
ブレンフィルタなどの担体を、輝尽性蛍光体を含む輝尽
性蛍光体層が形成された蓄積性蛍光体シートと密着させ
て、輝尽性蛍光体層を露光して得た放射性標識物質の位
置情報が記録された蓄積性蛍光体シートの輝尽性蛍光体
層を、レーザ光４によって走査して、輝尽性蛍光体を励
起し、輝尽性蛍光体から放出された輝尽光を光電的に検
出して、生化学解析用のデータを生成可能に構成されて
いるが、スライドガラス板を担体とし、蛍光色素によっ
て選択的に標識された試料の数多くのスポットが、スラ
イドガラス板上に形成されているマイクロアレイを、レ
ーザ光４によって走査して、蛍光色素を励起し、蛍光色
素から放出された蛍光を光電的に検出して、生化学解析
用のデータを生成可能に構成されていればよく、さら
に、蛍光色素によって、選択的に標識された変性ＤＮＡ
を含む転写支持体を担体とした蛍光サンプルを、レーザ
光４によって走査して、蛍光色素を励起し、蛍光色素か
ら放出された蛍光を光電的に検出して、生化学解析用の
データを生成可能に構成されるとともに、放射性標識物
質によって選択的に標識された試料の数多くのスポット
が形成されたメンブレンフィルタなどの担体を、輝尽性
蛍光体を含む輝尽性蛍光体層が形成された蓄積性蛍光体
シートと密着させて、輝尽性蛍光体層を露光して得た放
射性標識物質の位置情報が記録された蓄積性蛍光体シー
トの輝尽性蛍光体層を、レーザ光４によって走査して、
輝尽性蛍光体を励起し、輝尽性蛍光体から放出された輝
尽光を光電的に検出して、生化学解析用のデータを生成
可能に構成されていることは、必ずしも必要でない。
【０６１８】また、前記実施態様においては、スキャナ
は、第１のレーザ励起光源１、第２のレーザ励起光源２
および第３のレーザ励起光源３を備えているが、３つの
レーザ励起光源を備えていることは必ずしも必要ない。
【０６１９】さらに、前記実施態様においては、第１の
レーザ励起光源１として、６４０ｎｍの波長のレーザ光
４を発する半導体レーザ光源を用いているが、６４０ｎ
ｍの波長のレーザ光４を発する半導体レーザ光源に代え
て、６３３ｎｍの波長を有するレーザ光４を発するＨｅ
−Ｎｅレーザ光源あるいは６３５ｎｍのレーザ光４を発
する半導体レーザ光源を用いてもよく、６３０ないし６
５０ｎｍの波長のレーザ光を発するレーザ光源であれ
ば、第１のレーザ励起光源１として用いることができ
る。
【０６２０】また、前記実施態様においては、第２のレ
ーザ励起光源２として、５３２ｎｍの波長のレーザ光を
発するレーザ光源を用い、第３のレーザ励起光源３とし
て、４７３ｎｍの波長のレーザ光を発するレーザ光源を
用いているが、励起する蛍光物質の種類に応じて、第２
のレーザ励起光源２として、５３０ないし５４０ｎｍの
波長のレーザ光を発するレーザ光源を、第３のレーザ励
起光源３として、４７０ないし４９０ｎｍの波長のレー
ザ光を発するレーザ光源を、それぞれ、用いることもで
きる。
【０６２１】また、前記実施態様においては、スキャナ
は、６４０ｎｍの波長を有するレーザ光４を発する第１
のレーザ励起光源１、５３２ｎｍの波長を有するレーザ
光４を発する第２のレーザ励起光源２および４７３ｎｍ
の波長を有するレーザ光４を発する第３のレーザ励起光
源３を備え、したがって、６４０ｎｍの波長を有するレ
ーザ光４を発する第１のレーザ励起光源１、５３２ｎｍ
の波長を有するレーザ光４を発する第２のレーザ励起光
源２および４７３ｎｍの波長を有するレーザ光４を発す
る第３のレーザ励起光源３を用いた場合のそれぞれにつ
き、共焦点光学系のフォーカス位置を決定し、フォーカ
ス位置データをＥＰＲＯＭ８２に記憶させているが、レ
ーザ光４の波長は任意であり、使用するレーザ光４の波
長に応じて、共焦点光学系のフォーカス位置を決定し、
フォーカス位置データをＥＰＲＯＭ８２に記憶させ、フ
ォーカス位置データを用いて、光学ヘッド１５のレンズ
１９の位置を調整すればよく、６４０ｎｍの波長を有す
るレーザ光４を発する第１のレーザ励起光源１、５３２
ｎｍの波長を有するレーザ光４を発する第２のレーザ励
起光源２および４７３ｎｍの波長を有するレーザ光４を
発する第３のレーザ励起光源３を用いた場合のそれぞれ
につき、共焦点光学系のフォーカス位置を決定し、フォ
ーカス位置データをＥＰＲＯＭ８２に記憶させておくこ
とは必ずしも必要でない。
【０６２２】また、前記実施態様においては、前記実施
態様においては、共焦点切り換え部材３１には、３つの
径の異なるピンホール３２ａ、３２ｂ、３２ｃが形成さ
れ、蛍光色素によって選択的に標識された試料の数多く
のスポットが、スライドガラス板上に形成されているマ
イクロアレイを、レーザ光４によって走査して、蛍光色
素を励起し、蛍光色素から放出された蛍光を光電的に検
出して、生化学解析用のデータを生成するときには、ピ
ンホール３２ａが、輝尽性蛍光体層を露光して得た放射
性標識物質の位置情報が記録された蓄積性蛍光体シート
の輝尽性蛍光体層を、レーザ光４によって走査して、輝
尽性蛍光体を励起し、輝尽性蛍光体から放出された輝尽
光を光電的に検出して、生化学解析用のデータを生成す
るときには、ピンホール３２ｂが、転写支持体を担体と
する蛍光サンプルを、レーザ光４によって走査して、蛍
光色素を励起し、蛍光色素から放出された蛍光を光電的
に検出して、生化学解析用のデータを生成するときに
は、ピンホール３２ｃが、それぞれ、用いられている
が、共焦点切り換え部材３１に、ピンホール３２ａ、３
２ｂのみを形成し、蛍光色素によって選択的に標識され
た試料の数多くのスポットが、スライドガラス板上に形
成されているマイクロアレイを、レーザ光４によって走
査して、蛍光色素を励起し、蛍光色素から放出された蛍
光を光電的に検出して、生化学解析用のデータを生成す
るときには、ピンホール３２ａを介して、蛍光２５を受
光し、輝尽性蛍光体層から放出された輝尽光２５を光電
的に検出して、生化学解析用のデータを生成するときに
は、ピンホール３２ｂを介して、輝尽光を受光し、転写
支持体を担体とした蛍光サンプルから放出された蛍光２
５を光電的に検出して、生化学解析用のデータを生成す
るときには、共焦点切り換え部材３１を、蛍光２５の光
路から退避させ、フォトマルチプライア３３の受光光量
が増大するように構成することもできるし、また、共焦
点切り換え部材３１に、ピンホール３２ａのみを形成
し、蛍光色素によって選択的に標識された試料の数多く
のスポットが、スライドガラス板上に形成されているマ
イクロアレイを、レーザ光４によって走査して、蛍光色
素を励起し、蛍光色素から放出された蛍光を光電的に検
出して、生化学解析用のデータを生成するときにのみ、
ピンホール３２ａを介して、蛍光２５を受光し、輝尽性
蛍光体層から放出された輝尽光２５を光電的に検出し
て、生化学解析用のデータを生成するときおよび転写支
持体を担体とした蛍光サンプルから放出された蛍光２５
を光電的に検出して、生化学解析用のデータを生成する
ときには、共焦点切り換え部材３１を、蛍光２５の光路
から退避させ、フォトマルチプライア３３の受光光量が
増大するように構成することもできる。
【０６２３】さらに、前記実施態様においては、サンプ
ル２２が、転写支持体を担体として用いた蛍光サンプル
の場合および蓄積性蛍光体シートの場合にも、マイクロ
アレイの場合と同様に、共焦点光学系のフォーカスを調
整しているが、サンプル２２が、転写支持体を担体とし
て用いた蛍光サンプルの場合や蓄積性蛍光体シートの場
合には、マイクロアレイに比して、共焦点光学系のフォ
ーカスを、高精度に調整することは要求されていないか
ら、蛍光サンプルや蓄積性蛍光体シートの位置に応じ
て、温度補正、変位補正をおこなうことなく、Ｐ＝Ｐ
５３２として、駆動パルスの駆動信号を、ステッピング
モータ７６に出力し、光学ヘッド１５のレンズ１９を所
定の位置に移動させて、その位置に保持させるように構
成することもできる。
【０６２４】
【発明の効果】本発明によれば、特別な機構を必要とす
ることなく、高精度で、共焦点光学系のフォーカスを調
整することができ、所望のように、生化学解析用のデー
タが生成することができる共焦点光学系を備えたスキャ
ナ、共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系のフ
ォーカス位置データの生成方法ならびに共焦点光学系を
備えたスキャナにおけるディジタルデータの生成方法を
提供することが可能になる。
【図面の簡単な説明】
【図１】図１は、本発明の好ましい実施態様にかかるス
キャナの略斜視図である。
【図２】図２は、共焦点切り換え部材の略正面図であ
る。
【図３】図３は、サンプルステージの走査機構のうち、
主走査機構の詳細を示す略斜視図である。
【図４】図４は、本発明の好ましい実施態様にかかるス
キャナのサンプルステージにセットされるサンプルキャ
リアの略斜視図である。
【図５】図５は、光学ヘッドに設けられたレンズの高さ
位置を調整するレンズ高さ位置調整装置の略斜視図であ
る。
【図６】図６は、マイクロメータヘッドと移動方向規制
部材の一部切り欠き略側面図である。
【図７】図７は、本発明の好ましい実施態様にかかるス
キャナのの検出系、駆動系、入力系および制御系を示す
ブロックダイアグラムである。
【図８】図８は、マイクロアレイと、光学ヘッドのレン
ズとの間の距離データを生成する際に使用される距離測
定用デバイスの略縦断面図である。
【図９】図９は、マイクロアレイと、光学ヘッドのレン
ズとの間の距離データを生成する際のサンプルキャリア
の略平面図である。
【図１０】図１０は、マイクロアレイと、光学ヘッドの
レンズとの間の距離データを生成する際の光学ヘッドに
設けられたレンズの高さ位置を調整するレンズ高さ位置
調整装置の略斜視図である。
【図１１】図１１は、フォーカス位置決定用デバイスの
略正面図である。
【図１２】図１２は、データ処理装置のブロックダイア
グラムである。
【図１３】図１３は、レンズの位置を変えつつ、フォー
カス位置決定用デバイスを、６４０ｎｍの波長のレーザ
光、５３２ｎｍの波長のレーザ光および４７３ｎｍの波
長のレーザ４によって、走査して、得たディジタルデー
タの信号強度の積分値をプロットしたグラフである。
【図１４】図１４は、本発明の別の好ましい実施態様に
かかるスキャナの共焦点光学系のフォーカスを決定する
ために用いられるフォーカス位置決定用デバイスの略断
面図である。
【図１５】図１５は、本発明の別の好ましい実施態様に
かかるスキャナの共焦点光学系のフォーカスを決定する
ために用いられるフォーカス位置決定用デバイスの略平
面図である。
【図１６】図１６は、本発明の他の好ましい実施態様に
かかるスキャナにおいて、シェーディング補正データを
生成するために用いられるシェーディング評価用デバイ
スの略平面図である。
【図１７】図１７は、本発明の他の好ましい実施態様に
かかるスキャナにおいて、シェーディング補正データを
生成するために用いられるシェーディング評価用デバイ
スの略縦断面図である。
【符号の説明】
１ 第１のレーザ励起光源 ２ 第２のレーザ励起光源 ３ 第３のレーザ励起光源 ４ レーザ光 ５ コリメータレンズ ６ ミラー ７ 第１のダイクロイックミラー ８ 第２のダイクロイックミラー ９ コリメータレンズ １０ コリメータレンズ １５ 光学ヘッド １６ ミラー １７ 穴 １８ 穴明きミラー １９ レンズ ２０ ステージ ２１ サンプルキャリア ２２ サンプル ２３ 滴下されたｃＤＮＡ ２５ 蛍光または輝尽光 ２７ フィルタユニット ２８ａ、２８ｂ、２８ｃ、２８ｄ フィルタ ２９ ミラー ３０ レンズ ３１ 共焦点切り換え部材 ３２ａ、３２ｂ、３２ｃ、３２ｄ、３２ｅ ピンホール ３３ フォトマルチプライア ３４ Ａ／Ｄ変換器 ３５ データ処理装置 ４０ 可動基板 ４１、４１ 一対のガイドレール ４２ スライド部材 ４３ 主走査用モータ ４３ａ 主走査用モータの出力軸 ４４ プーリ ４５ タイミングベルト ４６ ロータリーエンコーダ ４７ 副走査用モータ ５０ フレーム体 ５１ 第一の開口部 ５２ 第二の開口部 ５３ 第三の開口部 ５４ 第四の開口部 ５５ 第五の開口部 ５１ａ、５２ａ、５３ａ、５４ａ、５５ａ 板ばね ５１ｂ、５２ｂ、５３ｂ、５４ｂ、５５ｂ 板ばね ６０、６１、６２、６３、６４、６５ 板部材 ７０ レンズ高さ位置調整装置 ７１ 定盤 ７２ レンズ基台 ７３ 移動方向規制部材 ７４ マイクロメータヘッド ７５ ボールベアリング ７６ ステッピングモータ ７７ ギア ７８ ギア ７９ 静電容量型変位計 ８０ コントロールユニット ８１ ＲＡＭ ８２ ＥＰＲＯＭ ８３ キャリアセンサ ８４ 温度センサ ８５ フィルタユニットモータ ８６ 切り換え部材モータ ８７ キーボード ９０ スライドガラス板 ９１ クロム膜 ９２ａ、９２ｂ、９２ｃ、９２ｄ、９２ｅ 距離測定用
デバイス ９５ フォーカス位置決定用デバイス ９６ スライドガラス板 ９７ スポット １００ ラインメモリ １０１ データ処理部 １０２ シェーディング補正データ記憶部 １０３ データ記憶部 １１０ フォーカス位置決定用デバイス １１１ 支持体 １１２ クロム膜 １１３ ピンホール １２０ シェーディング評価用デバイス １２１ ＩｎＧａＡｓＰ層 １２２ ＧａＡｓ層 １２３ 積層体 １２４ クロム膜 １２５ スリット
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｇ０２Ｂ 21/16 Ｇ０１Ｂ 7/00 Ｋ // Ｇ０１Ｂ 7/00 Ｇ０２Ｂ 7/11 Ｈ Ｎ Ｆターム(参考） 2F063 AA01 AA22 AA23 BA00 DA19 DB05 DC08 DD02 HA04 KA01 2F065 AA03 AA07 FF01 GG06 JJ17 LL12 LL20 LL22 MM03 PP12 QQ03 2G043 AA01 BA16 CA09 DA02 EA01 FA01 GA04 GB01 GB02 GB07 GB21 HA01 HA02 JA02 KA02 KA05 KA09 LA02 MA03 NA01 NA02 NA05 NA06 2H051 BA54 CC03 DA22 GB11 2H052 AA08 AA09 AC04 AC15 AC34 AD06 AD14 AD18 AD19 AD32 AD34 AD35 AE00 AF01 AF02

Claims (54)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 レーザ光を発する少なくとも１つのレー
    ザ励起光源と、少なくとも１つのサンプルを保持したサ
    ンプルキャリアを載置すべきサンプルステージと、前記
    サンプルステージを主走査方向および副走査方向に移動
    させる走査手段と、共焦点光学系と、共焦点光学系を構
    成する対物レンズを移動可能な駆動手段と、光を光電的
    に検出する光検出器と、不揮発性メモリと、制御手段と
    を備えたスキャナであって、前記不揮発性メモリが、少
    なくとも１つの距離測定用デバイスを、サンプルを保持
    すべきサンプルキャリアにセットして、前記サンプルキ
    ャリアを、前記サンプルステージに載置し、前記共焦点
    光学系を構成する対物レンズと、前記サンプルキャリア
    にセットされた前記少なくとも１つの距離測定用デバイ
    スの表面の基準位置および前記基準位置とは異なる少な
    くとも１つの計測位置との距離を計測して、生成された
    位置データを記憶するとともに、レーザ光の照射を受け
    ると、蛍光またはフォトルミネッセンスを発する発光材
    料を備えたフォーカス位置決定用デバイスを、前記発光
    材料が前記基準位置に位置するように、前記サンプルキ
    ャリアにセットし、前記フォーカス位置決定用デバイス
    を、レーザ光によって、走査して、前記基準位置に位置
    した前記発光材料を励起し、前記発光材料から放出され
    る蛍光またはフォトルミネッセンスを、前記光検出器に
    よって、光電的に検出し、前記共焦点光学系の対物レン
    ズの位置を、所定の移動ピッチで、変化させて、前記光
    検出器が検出した前記蛍光またはフォトルミネッセンス
    の信号強度に基づいて、前記共焦点光学系のフォーカス
    位置を決定し、生成されたフォーカス位置データを記憶
    し、前記制御手段が、前記不揮発性メモリに記憶された
    前記共焦点光学系のフォーカス位置データを、前記不揮
    発性メモリに保存された前記位置データにしたがって、
    補正し、補正された前記共焦点光学系のフォーカス位置
    データに基づいて、前記駆動手段に駆動信号を出力し
    て、前記共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対
    物レンズの位置を調整するよう構成されたことを特徴と
    するスキャナ。
  2. 【請求項２】 前記光検出器が検出した前記蛍光または
    フォトルミネッセンスの信号強度の積分値が最大となる
    前記共焦点光学系の対物レンズの位置が、前記共焦点光
    学系のフォーカス位置として決定され、前記不揮発性メ
    モリに、フォーカス位置データとして記憶されているこ
    とを特徴とする請求項１に記載のスキャナ。
  3. 【請求項３】 前記共焦点光学系を構成する対物レンズ
    と、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なくと
    も１つの距離測定用デバイスの前記表面の基準位置およ
    び前記基準位置とは異なる少なくとも１つの計測位置と
    の距離が計測され、前記サンプルキャリアにセットされ
    た前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの表面の基
    準位置に対する前記少なくとも１つの距離測定用デバイ
    スの表面の基準位置とは異なる少なくとも１つの計測位
    置の変位が算出されて、前記位置データが生成され、前
    記不揮発性メモリに記憶されていることを特徴とする請
    求項１または２に記載のスキャナ。
  4. 【請求項４】 前記共焦点光学系を構成する対物レンズ
    と、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なくと
    も１つの距離測定用デバイスの表面の基準位置と、前記
    基準位置とは異なる２以上の計測位置との距離が計測さ
    れて、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なく
    とも１つの距離測定用デバイスの前記距離測定用デバイ
    スの表面の基準位置に対する前記少なくとも１つの距離
    測定用デバイスの前記表面の前記基準位置とは異なる２
    以上の計測位置の変位が算出され、前記距離測定用デバ
    イスの表面の基準位置に対する前記基準位置とは異なる
    ２以上の計測位置の変位が平均されて、前記位置データ
    が生成され、前記不揮発性メモリに記憶されていること
    を特徴とする請求項１ないし３のいずれか１項に記載の
    スキャナ。
  5. 【請求項５】 さらに、前記スキャナ内の温度を検出す
    る温度センサを備え、前記不揮発性メモリが、２以上の
    異なる温度で、前記共焦点光学系を構成する対物レンズ
    と、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なくと
    も１つの距離測定用デバイスの表面の基準位置と、前記
    基準位置とは異なる２以上の計測位置との距離が計測さ
    れ、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なくと
    も１つの距離測定用デバイスの表面の基準位置に対する
    前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの表面の前記
    基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位が算出され
    て、算出された前記距離測定用デバイスの表面の基準位
    置に対する前記基準位置とは異なる２以上の計測位置の
    変位の温度係数を記憶するとともに、前記温度センサに
    よって検出された前記共焦点光学系のフォーカス位置デ
    ータを生成した際の前記スキャナ内の温度の平均値を記
    憶するように構成され、前記制御手段が、前記不揮発性
    メモリに記憶された前記共焦点光学系のフォーカス位置
    データを、前記温度センサによって検出された前記スキ
    ャナ内の温度と前記共焦点光学系のフォーカス位置デー
    タを生成した際の前記スキャナ内の温度の平均値との温
    度差に応じて、前記不揮発性メモリに記憶された前記距
    離測定用デバイスの表面の基準位置に対する前記基準位
    置とは異なる２以上の計測位置の変位の温度係数にした
    がって、補正するように構成されたことを特徴とする請
    求項４に記載のスキャナ。
  6. 【請求項６】 前記サンプルキャリアが、２以上のサン
    プルを保持可能に構成され、前記不揮発性メモリが、２
    以上の距離測定用デバイスがセットされた前記サンプル
    キャリアを、前記サンプルステージに載置し、前記サン
    プルキャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デ
    バイスのそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する
    対物レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の３以上
    の異なる計測位置との距離が計測され、前記２以上の距
    離測定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記表
    面の前記計測位置の１つを基準位置として、前記２以上
    の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置
    に対する前記計測位置の変位が算出され、前記２以上の
    距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に
    対する前記計測位置の変位が平均されて、生成された前
    記位置データを記憶するように構成され、前記制御手段
    が、前記２以上の距離測定用デバイスがセットされた位
    置に対応する前記サンプルキャリアの位置にセットされ
    たサンプル毎に、前記不揮発性メモリに記憶された前記
    位置データに基づいて、前記不揮発性メモリに記憶され
    た前記共焦点光学系のフォーカス位置データを補正し、
    補正された前記共焦点光学系のフォーカス位置データに
    したがって、前記駆動手段に駆動信号を出力して、前記
    共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズ
    の位置を調整するよう構成されたことを特徴とする請求
    項４に記載のスキャナ。
  7. 【請求項７】 ２以上の異なる温度で、前記サンプルキ
    ャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイス
    のそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物レ
    ンズと、前記距離測定用デバイスの表面の３以上の異な
    る計測位置との距離が計測され、前記２以上の距離測定
    用デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記距離測定
    用デバイスの表面の１つの計測位置を基準位置として、
    前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前
    記基準位置に対する前記計測位置の変位が算出されて、
    前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係数が
    算出され、前記不揮発性メモリが、前記基準位置に対す
    る前記計測位置の変位の温度係数の平均値を、前記２以
    上の距離測定用デバイスのそれぞれの温度係数として記
    憶するとともに、前記温度センサによって検出された前
    記共焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際の
    前記スキャナ内の温度の平均値を記憶するように構成さ
    れ、前記制御手段が、前記２以上の距離測定用デバイス
    のそれぞれに対して、前記不揮発性メモリに記憶された
    前記共焦点光学系のフォーカス位置データを、前記温度
    センサが検出した前記スキャナ内の温度と前記共焦点光
    学系のフォーカス位置データを生成した際の前記スキャ
    ナ内の温度の平均値との温度差に応じ、前記不揮発性メ
    モリに記憶された前記２以上の距離測定用デバイスのそ
    れぞれの前記温度係数にしたがって、補正し、補正され
    た前記共焦点光学系のフォーカス位置データに基づい
    て、前記駆動手段に駆動信号を出力して、前記共焦点光
    学系の対物レンズを移動させ、前記共焦点光学系の前記
    対物レンズの位置を調整するよう構成されたことを特徴
    とする請求項６に記載のスキャナ。
  8. 【請求項８】 前記不揮発性メモリが、前記サンプルキ
    ャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイス
    のそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物レ
    ンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主走査ライン
    毎に少なくとも２つの異なる計測位置との距離が計測さ
    れ、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定
    用デバイスの表面の前記計測位置の１つを基準位置とし
    て、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつ
    き、前記基準位置に対する前記計測位置の変位が算出さ
    れ、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつ
    き、前記基準位置に対する前記計測位置の変位が平均さ
    れて、生成された前記位置データを記憶していることを
    特徴とする請求項６または７に記載のスキャナ。
  9. 【請求項９】 ２以上の異なる温度で、前記サンプルキ
    ャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイス
    のそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物レ
    ンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主走査ライン
    毎に少なくとも２つの異なる計測位置との距離が計測さ
    れ、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定
    用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つを基準位置
    として、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれに
    つき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位が算出
    されて、前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温
    度係数が算出され、前記不揮発性メモリが、前記基準位
    置に対する前記計測位置の変位の温度係数の平均値を、
    前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの温度係数
    として記憶するとともに、前記温度センサによって検出
    された前記共焦点光学系のフォーカス位置データを生成
    した際の前記スキャナ内の平均温度を記憶するように構
    成され、前記制御手段が、前記２以上の距離測定用デバ
    イスのそれぞれに対して、前記不揮発性メモリに記憶さ
    れた前記共焦点光学系のフォーカス位置データを、前記
    温度センサが検出した前記スキャナ内の温度と前記共焦
    点光学系のフォーカス位置データを生成した際の前記ス
    キャナ内の温度の平均値との温度差に応じて、前記不揮
    発性メモリに記憶された前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれの前記温度係数にしたがって、補正し、補
    正された前記共焦点光学系のフォーカス位置データに基
    づいて、前記駆動手段に駆動信号を出力して、前記共焦
    点光学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの位
    置を調整するように構成されたことを特徴とする請求項
    ８に記載のスキャナ。
  10. 【請求項１０】 前記不揮発性メモリが、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物
    レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主走査ライ
    ン毎に３つの異なる計測位置との距離が計測され、前記
    ２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定用デバイ
    スの前記表面の前記計測位置の１つを基準位置として、
    前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前
    記基準位置に対する前記計測位置の変位が算出され、前
    記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記
    基準位置に対する前記計測位置の変位が平均されて、生
    成された前記位置データを記憶していることを特徴とす
    る請求項８に記載のスキャナ。
  11. 【請求項１１】 ２以上の異なる温度で、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物
    レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主走査ライ
    ン毎に３つの異なる計測位置との距離が計測され、前記
    ２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定用デバイ
    スの前記表面の前記計測位置の１つを基準位置として、
    前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前
    記基準位置に対する前記計測位置の変位が算出されて、
    前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係数が
    算出され、前記不揮発性メモリが、前記基準位置に対す
    る前記計測位置の変位の温度係数の平均値を、温度係数
    として記憶するとともに、前記温度センサによって検出
    された前記共焦点光学系のフォーカス位置データを生成
    した際の前記スキャナ内の平均温度を記憶するように構
    成され、前記制御手段が、前記２以上の距離測定用デバ
    イスのそれぞれに対して、前記不揮発性メモリに記憶さ
    れた前記共焦点光学系のフォーカス位置データを、前記
    温度センサが検出した前記スキャナ内の温度と前記共焦
    点光学系のフォーカス位置データを生成した際の前記ス
    キャナ内の温度の平均値との温度差に応じて、前記スキ
    ャナの前記メモリに保存された前記温度係数にしたがっ
    て、補正し、補正された前記共焦点光学系のフォーカス
    位置データに基づき、前記駆動手段に駆動信号を出力し
    て、前記共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対
    物レンズの位置を調整するように構成されたことを特徴
    とする請求項１０に記載のスキャナ。
  12. 【請求項１２】 前記不揮発性メモリが、前記２以上の
    距離測定用デバイスのそれぞれの所定数の主走査ライン
    毎に、前記基準位置に対する前記計測位置の変位が平均
    されて、生成された前記位置データを記憶し、前記制御
    手段が、前記２以上の距離測定用デバイスがセットされ
    た位置に対応する前記サンプルキャリアの位置にセット
    されたサンプルの前記所定数の主走査ラインに対応する
    主走査ライン毎に、前記不揮発性メモリに記憶された前
    記位置データに基づいて、前記不揮発性メモリに記憶さ
    れた前記共焦点光学系のフォーカス位置データを補正
    し、補正された前記共焦点光学系のフォーカス位置デー
    タにしたがって、前記駆動手段に駆動信号を出力して、
    前記共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対物レ
    ンズの位置を調整するよう構成されたことを特徴とする
    請求項６、８および１０のいずれか１項に記載のスキャ
    ナ。
  13. 【請求項１３】 ２以上の異なる温度で、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、前記共焦点
    光学系を構成する対物レンズと、前記距離測定用デバイ
    スの表面の主走査ライン毎に３つの異なる計測位置との
    距離が計測され、前記２以上の距離測定用デバイスの１
    つの距離測定用デバイスの前記表面の前記計測位置の１
    つを基準位置として、前記２以上の距離測定用デバイス
    のそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、前記基準位置
    に対する前記計測位置の変位が算出されて、前記基準位
    置に対する前記計測位置の変位の温度係数が算出され、
    前記不揮発性メモリが、前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、前記基準位
    置に対する前記計測位置の変位の温度係数の平均値を、
    前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数の
    主走査ラインの温度係数として記憶するとともに、前記
    温度センサによって検出された前記共焦点光学系のフォ
    ーカス位置データを生成した際の前記スキャナ内の平均
    温度を記憶するように構成され、前記制御手段が、前記
    ２以上の距離測定用デバイスがセットされた位置に対応
    する前記サンプルキャリアの位置にセットされたサンプ
    ルの前記所定数の主走査ラインに対応する主走査ライン
    毎に、前記不揮発性メモリに記憶された前記共焦点光学
    系のフォーカス位置データを、前記温度センサが検出し
    た前記スキャナ内の温度と前記共焦点光学系のフォーカ
    ス位置データを生成した際の前記スキャナ内の温度の平
    均値との温度差に応じ、前記不揮発性メモリに記憶され
    た前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数
    の主走査ラインの前記温度係数にしたがって、補正し、
    補正された前記共焦点光学系のフォーカス位置データに
    基づき、前記駆動手段に駆動信号を出力して、前記共焦
    点光学系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの位
    置を調整するように構成されたことを特徴とする請求項
    １２に記載のスキャナ。
  14. 【請求項１４】 波長の異なるレーザ光を発する２以上
    のレーザ励起光源を備え、前記不揮発性メモリが、レー
    ザ光の波長ごとに生成された前記共焦点光学系のフォー
    カス位置データを記憶し、前記制御手段が、前記２以上
    のレーザ励起光源のうち、サンプルを走査するために使
    用するレーザ励起光源から発せられるレーザ光の波長に
    対応する前記共焦点光学系のフォーカス位置データを、
    前記不揮発性メモリから読み出し、読み出した前記共焦
    点光学系のフォーカス位置データに基づいて、前記駆動
    手段に駆動信号を出力して、前記共焦点光学系の対物レ
    ンズを移動させ、前記対物レンズの位置を調整するよう
    に構成されたことを特徴とする請求項１ないし１３のい
    ずれか１項に記載のスキャナ。
  15. 【請求項１５】 さらに、データ処理装置を備え、前記
    不揮発性メモリが、前記光検出器が検出した前記蛍光ま
    たはフォトルミネッセンスの信号強度の積分値を、前記
    制御手段がプロットし、ｎ次関数でフィッティングし
    て、生成した前記ｎ次関数の係数を記憶するとともに、
    前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記計測位
    置の前記基準位置に対する変位を記憶しているように構
    成され、前記制御手段あるいは前記データ処理装置が、
    前記不揮発性メモリに記憶された前記ｎ次関数の係数と
    前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記計測位
    置の前記基準位置に対する変位に基づいて、サンプルの
    ディジタルデータ中のシェーディングを補正するシェー
    ディング補正データを生成し、前記データ処理装置が、
    前記シェーディング補正データに基づいて、前記サンプ
    ルのディジタルデータを補正するように構成されたこと
    を特徴とする請求項１ないし１４のいずれか１項に記載
    のスキャナ。
  16. 【請求項１６】 さらに、データ処理装置を備え、前記
    不揮発性メモリが、前記光検出器が検出した前記蛍光ま
    たはフォトルミネッセンスの信号強度の積分値を、前記
    制御手段がプロットし、ｎ次関数でフィッティングし
    て、生成した前記ｎ次関数の係数と、前記少なくとも１
    つの距離測定用デバイスの前記計測位置の前記基準位置
    に対する変位に基づいて、前記制御手段によって生成さ
    れたサンプルのディジタルデータ中のシェーディングを
    補正するシェーディング補正データを記憶しているよう
    に構成され、前記データ処理装置が、前記シェーディン
    グ補正データに基づいて、前記サンプルのディジタルデ
    ータを補正するように構成されたことを特徴とする請求
    項１ないし１４のいずれか１項に記載のスキャナ。
  17. 【請求項１７】 さらに、メモリを備えたデータ処理装
    置を備え、前記データ処理装置によって、光学的な平面
    性を保持して加工可能で、レーザ光の照射を受けると、
    蛍光を放出する性質を有する支持体上に、金属膜のマス
    クが設けられて、それによって、前記支持体を露出する
    多数の開口部が規則的に形成され、前記サンプルキャリ
    アにセットされて、前記サンプルステージに載置された
    シェーディング評価用デバイスを、前記少なくとも１つ
    のレーザ励起光源から発せられたレーザ光によって、走
    査し、前記開口部を介して、前記支持体を励起し、前記
    支持体から放出される蛍光を、前記開口部を介して、前
    記光検出器によって光電的に検出し、ディジタル化し
    て、生成されたディジタルデータに基づいて、前記シェ
    ーディング評価用デバイスのディジタルデータが生成さ
    れ、前記シェーディング評価用デバイスのディジタルデ
    ータに基づき、生成されたシェーディング補正データ
    が、前記不揮発性メモリあるいは前記データ処理装置の
    メモリに記憶され、前記データ処理装置が、前記不揮発
    性メモリあるいは前記メモリに記憶された前記シェーデ
    ィング補正データに基づいて、サンプルのディジタルデ
    ータを補正するように構成されたことを特徴とする請求
    項１ないし１４のいずれか１項に記載のスキャナ。
  18. 【請求項１８】 前記シェーディング評価用デバイスの
    ディジタルデータが、前記支持体から放出された蛍光を
    光電的に検出して生成された信号強度を、前記開口部ご
    とに積分して、生成されたことを特徴とする請求項１７
    に記載のスキャナ。
  19. 【請求項１９】 前記シェーディング評価用デバイスの
    ディジタルデータが、前記シェーディング評価用デバイ
    スに規則的に形成された多数の前記開口部のうち、基準
    位置に位置する前記開口部に、共焦点光学系のフォーカ
    スを合致させた後に、前記シェーディング評価用デバイ
    スを、前記レーザ光によって、走査して、前記多数の開
    口部を介して、前記支持体を励起し、前記支持体から放
    出される蛍光を、前記多数の開口部を介して、光電的に
    検出し、ディジタル化して、生成されたことを特徴とす
    る請求項１７または１８に記載のスキャナ。
  20. 【請求項２０】 共焦点光学系を備えたスキャナの共焦
    点光学系のフォーカス位置データの生成方法であって、
    少なくとも１つの距離測定用デバイスを、少なくとも１
    つのサンプルを保持すべきサンプルキャリアにセットし
    て、サンプルステージに載置し、前記共焦点光学系を構
    成する対物レンズと、前記サンプルキャリアにセットさ
    れた前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの表面の
    基準位置および前記基準位置とは異なる少なくとも１つ
    の計測位置との距離を計測し、位置データを生成して、
    前記スキャナの不揮発性メモリに記憶させるとともに、
    レーザ光の照射を受けると、蛍光またはフォトルミネッ
    センスを発する発光材料を備えたフォーカス位置決定用
    デバイスを、前記発光材料が前記基準位置に位置するよ
    うに、前記サンプルキャリアにセットし、前記フォーカ
    ス位置決定用デバイスを、レーザ光により、走査して、
    前記基準位置に位置した前記発光材料を励起し、前記発
    光材料から放出される蛍光またはフォトルミネッセンス
    を光電的に検出し、共焦点光学系の対物レンズの位置
    を、所定の移動ピッチで、変化させて、検出された前記
    蛍光またはフォトルミネッセンスの信号強度に基づい
    て、前記共焦点光学系のフォーカス位置を決定し、フォ
    ーカス位置データを生成して、前記不揮発性メモリに記
    憶させることを特徴とするスキャナの共焦点光学系のフ
    ォーカス位置データ生成方法。
  21. 【請求項２１】 検出された前記蛍光またはフォトルミ
    ネッセンスの信号強度の積分値が最大となる前記共焦点
    光学系の対物レンズの位置を、前記共焦点光学系のフォ
    ーカス位置として決定することを特徴とする請求項２０
    に記載の共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系
    のフォーカス位置データの生成方法。
  22. 【請求項２２】 前記共焦点光学系を構成する対物レン
    ズと、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なく
    とも１つの距離測定用デバイスの前記表面の基準位置お
    よび前記基準位置とは異なる少なくとも１つの計測位置
    との距離を計測し、前記サンプルキャリアにセットされ
    た前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面
    の基準位置に対する前記少なくとも１つの距離測定用デ
    バイスの前記表面の基準位置とは異なる少なくとも１つ
    の計測位置の変位を算出して、前記位置データを生成す
    ることを特徴とする請求項２０または２１に記載の共焦
    点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系のフォーカス
    位置データの生成方法。
  23. 【請求項２３】 前記共焦点光学系を構成する対物レン
    ズと、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なく
    とも１つの距離測定用デバイスの前記表面の基準位置
    と、前記基準位置とは異なる２以上の計測位置との距離
    を計測して、前記サンプルキャリアにセットされた前記
    少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面の基準
    位置に対する前記少なくとも１つの距離測定用デバイス
    の前記表面の前記基準位置とは異なる２以上の計測位置
    の変位を算出し、前記距離測定用デバイスの表面の基準
    位置に対する前記基準位置とは異なる２以上の計測位置
    の変位を平均して、前記位置データを生成することを特
    徴とする請求項２０ないし２２のいずれか１項に記載の
    共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系のフォー
    カス位置データの生成方法。
  24. 【請求項２４】 ２以上の異なる温度で、前記共焦点光
    学系を構成する対物レンズと、前記サンプルキャリアに
    セットされた前記少なくとも１つの距離測定用デバイス
    の前記表面の基準位置と、前記基準位置とは異なる２以
    上の計測位置との距離を計測して、前記サンプルキャリ
    アにセットされた前記少なくとも１つの距離測定用デバ
    イスの前記表面の基準位置に対する前記少なくとも１つ
    の距離測定用デバイスの前記表面の前記基準位置とは異
    なる２以上の計測位置の変位を算出し、算出された前記
    距離測定用デバイスの表面の基準位置に対する前記基準
    位置とは異なる２以上の計測位置の変位の温度係数を、
    前記不揮発性メモリに記憶させるとともに、前記共焦点
    光学系のフォーカス位置データを生成した際の前記スキ
    ャナ内の平均温度を、前記不揮発性メモリに記憶させる
    ことを特徴とする請求項２３に記載の共焦点光学系を備
    えたスキャナの共焦点光学系のフォーカス位置データの
    生成方法。
  25. 【請求項２５】 前記サンプルキャリアが、２以上のサ
    ンプルを保持可能に構成され、２以上の距離測定用デバ
    イスがセットされた前記サンプルキャリアを、前記サン
    プルステージに載置し、前記サンプルキャリアにセット
    された前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつ
    き、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記距
    離測定用デバイスの表面の３以上の異なる計測位置との
    距離を計測し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つ
    の距離測定用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つ
    を基準位置として、前記２以上の距離測定用デバイスの
    それぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置の
    変位を算出し、前記２以上の距離測定用デバイスのそれ
    ぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位
    を平均して、前記位置データを生成して、前記不揮発性
    メモリに記憶させることを特徴とする請求項２３に記載
    の共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系のフォ
    ーカス位置データの生成方法。
  26. 【請求項２６】 ２以上の異なる温度で、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物
    レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の３以上の異
    なる計測位置との距離を計測し、前記２以上の距離測定
    用デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記表面の１
    つの計測位置を基準位置として、前記２以上の距離測定
    用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対する前
    記計測位置の変位を算出して、前記基準位置に対する前
    記計測位置の変位の温度係数を算出し、前記不揮発性メ
    モリに記憶させるとともに、前記共焦点光学系のフォー
    カス位置データを生成した際の前記スキャナ内の平均温
    度を、前記不揮発性メモリに記憶させることを特徴とす
    る請求項２５に記載の共焦点光学系を備えたスキャナの
    共焦点光学系のフォーカス位置データの生成方法。
  27. 【請求項２７】 前記サンプルキャリアにセットされた
    前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前
    記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記距離測定
    用デバイスの表面の主走査ライン毎に少なくとも２つの
    異なる計測位置との距離を計測し、前記２以上の距離測
    定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記表面の
    前記計測位置の１つを基準位置として、前記２以上の距
    離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対
    する前記計測位置の変位を算出し、前記２以上の距離測
    定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対する
    前記計測位置の変位を平均して、前記位置データを生成
    し、前記不揮発性メモリに記憶させることを特徴とする
    請求項２５または２６に記載の共焦点光学系を備えたス
    キャナの共焦点光学系のフォーカス位置データの生成方
    法。
  28. 【請求項２８】 ２以上の異なる温度で、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物
    レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主走査ライ
    ン毎に少なくとも２つの異なる計測位置との距離を計測
    し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定
    用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つを基準位置
    として、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれに
    つき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位を算出
    して、前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度
    係数を算出し、前記基準位置に対する前記計測位置の変
    位の温度係数の平均値を、前記不揮発性メモリに記憶さ
    せるとともに、前記共焦点光学系のフォーカス位置デー
    タを生成した際の前記スキャナ内の平均温度を、前記不
    揮発性メモリに記憶させることを特徴とする請求項２７
    に記載の共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系
    のフォーカス位置データの生成方法。
  29. 【請求項２９】 前記サンプルキャリアにセットされた
    前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前
    記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記距離測定
    用デバイスの表面の主走査ライン毎に３つの異なる計測
    位置との距離を計測し、前記２以上の距離測定用デバイ
    スの１つの距離測定用デバイスの前記表面の前記計測位
    置の１つを基準位置として、前記２以上の距離測定用デ
    バイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対する前記計
    測位置の変位を算出し、前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位
    置の変位を平均して、前記位置データを生成し、前記不
    揮発性メモリに記憶させることを特徴とする請求項２７
    に記載の共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系
    のフォーカス位置データの生成方法。
  30. 【請求項３０】 ２以上の異なる温度で、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物
    レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主走査ライ
    ン毎に３つの異なる計測位置との距離を計測し、前記２
    以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定用デバイス
    の前記表面の前記計測位置の１つを基準位置として、前
    記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記
    基準位置に対する前記計測位置の変位を算出して、前記
    基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係数を算出
    し、前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係
    数の平均値を、温度係数として、前記不揮発性メモリに
    記憶させるとともに、前記共焦点光学系のフォーカス位
    置データを生成した際の前記スキャナ内の平均温度を、
    前記不揮発性メモリに記憶させることを特徴とする請求
    項２９に記載の共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点
    光学系のフォーカス位置データの生成方法。
  31. 【請求項３１】 前記２以上の距離測定用デバイスのそ
    れぞれの所定数の主走査ライン毎に、前記基準位置に対
    する前記計測位置の変位を平均し、前記位置データを生
    成して、前記不揮発性メモリに記憶させることを特徴と
    する請求項２６、２８および３０のいずれか１項に記載
    の共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系のフォ
    ーカス位置データの生成方法。
  32. 【請求項３２】 ２以上の異なる温度で、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、前記共焦点
    光学系を構成する対物レンズと、前記距離測定用デバイ
    スの表面の主走査ライン毎に３つの異なる計測位置との
    距離を計測し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つ
    の距離測定用デバイスの前記金属膜の表面の前記計測位
    置の１つを基準位置として、前記２以上の距離測定用デ
    バイスのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、前記基
    準位置に対する前記計測位置の変位を算出して、前記基
    準位置に対する前記計測位置の変位の温度係数を算出
    し、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定
    数の主走査ライン毎に、前記基準位置に対する前記計測
    位置の変位の温度係数の平均値を、温度係数として、前
    記不揮発性メモリに記憶させるとともに、前記共焦点光
    学系のフォーカス位置データを生成した際の前記スキャ
    ナ内の平均温度を、前記不揮発性メモリに記憶させるこ
    とを特徴とする請求項３１に記載の共焦点光学系を備え
    たスキャナの共焦点光学系のフォーカス位置データの生
    成方法。
  33. 【請求項３３】 レーザ光の波長ごとに、前記共焦点光
    学系のフォーカス位置データを生成して、前記不揮発性
    メモリに記憶させることを特徴とする請求項２０ないし
    ３２のいずれか１項に記載の共焦点光学系を備えたスキ
    ャナの共焦点光学系のフォーカス位置データの生成方
    法。
  34. 【請求項３４】 さらに、検出した前記蛍光またはフォ
    トルミネッセンスの信号強度の積分値をプロットし、ｎ
    次関数でフィッティングして、前記ｎ次関数の係数を生
    成して、前記不揮発性メモリに記憶させるとともに、前
    記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記計測位置
    の前記基準位置に対する変位を、前記不揮発性メモリに
    記憶させることを特徴とする請求項２０ないし３３のい
    ずれか１項に記載の共焦点光学系を備えたスキャナの共
    焦点光学系のフォーカス位置データの生成方法。
  35. 【請求項３５】 さらに、検出した前記蛍光またはフォ
    トルミネッセンスの信号強度の積分値をプロットし、ｎ
    次関数でフィッティングして、前記ｎ次関数の係数を生
    成し、前記ｎ次関数の係数と、前記少なくとも１つの距
    離測定用デバイスの前記計測位置の前記基準位置に対す
    る変位とに基づいて、サンプルのディジタルデータ中の
    シェーディングを補正するシェーディング補正データを
    生成して、前記不揮発性メモリあるいは前記スキャナの
    メモリに記憶させることを特徴とする請求項２０ないし
    ３３のいずれか１項に記載の共焦点光学系を備えたスキ
    ャナの共焦点光学系のフォーカス位置データの生成方
    法。
  36. 【請求項３６】 光学的な平面性を保持して加工可能
    で、レーザ光の照射を受けると、蛍光を放出する性質を
    有する支持体上に、金属膜のマスクが設けられて、それ
    によって、前記支持体を露出する多数の開口部が規則的
    に形成されたシェーディング評価用デバイスを、前記サ
    ンプルキャリアにセットして、前記サンプルステージに
    載置し、レーザ光によって、走査して、前記開口部を介
    して、前記支持体を励起し、前記支持体から放出される
    蛍光を、前記開口部を介して、光電的に検出し、ディジ
    タル化して、生成されたディジタルデータに基づいて、
    前記シェーディング評価用デバイスのディジタルデータ
    を生成し、前記シェーディング評価用デバイスのディジ
    タルデータに基づき、シェーディング補正データを生成
    して、前記不揮発性メモリあるいは前記スキャナのメモ
    リに記憶させることを特徴とする請求項２０ないし３３
    に記載の共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系
    のフォーカス位置データの生成方法。
  37. 【請求項３７】 前記支持体から放出された蛍光を光電
    的に検出して生成された信号強度を、前記開口部ごとに
    積分して、前記シェーディング評価用デバイスのディジ
    タルデータを生成することを特徴とする請求項３６に記
    載の共焦点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系のフ
    ォーカス位置データの生成方法。
  38. 【請求項３８】 前記シェーディング評価用デバイスに
    規則的に形成された多数の前記開口部のうち、基準位置
    に位置する前記開口部に、共焦点光学系のフォーカスを
    合致させた後に、前記シェーディング評価用デバイス
    を、前記レーザ光によって、走査して、前記多数の開口
    部を介して、前記支持体を励起し、前記支持体から放出
    される蛍光を、前記多数の開口部を介して、光電的に検
    出し、ディジタル化して、前記シェーディング評価用デ
    バイスのディジタルデータを生成することを特徴とする
    請求項３６または３７に記載の共焦点光学系を備えたス
    キャナの共焦点光学系のフォーカス位置データの生成方
    法。
  39. 【請求項３９】 前記レーザ光の波長毎に、前記シェー
    ディング補正データを生成して、前記不揮発性メモリあ
    るいは前記スキャナのメモリに記憶させることを特徴と
    する請求項３６ないし３８のいずれか１項に記載の共焦
    点光学系を備えたスキャナの共焦点光学系のフォーカス
    位置データの生成方法。
  40. 【請求項４０】 共焦点光学系を備えたスキャナにおけ
    るディジタルデータ生成方法であって、少なくとも１つ
    の距離測定用デバイスを、少なくとも１つのサンプルを
    保持すべきサンプルキャリアにセットして、サンプルス
    テージに載置し、前記共焦点光学系を構成する対物レン
    ズと、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なく
    とも１つの距離測定用デバイスの表面の基準位置および
    前記基準位置とは異なる少なくとも１つの計測位置との
    距離を計測して、生成され、前記スキャナの不揮発性メ
    モリに記憶された位置データを、前記不揮発性メモリか
    ら読み出すとともに、レーザ光の照射を受けると、蛍光
    またはフォトルミネッセンスを発する発光材料を備えた
    フォーカス位置決定用デバイスを、前記発光材料が前記
    基準位置に位置するように、前記サンプルキャリアにセ
    ットし、前記フォーカス位置決定用デバイスを、レーザ
    光により、走査して、前記基準位置に位置した前記発光
    材料を励起し、前記発光材料から放出される蛍光または
    フォトルミネッセンスを光電的に検出し、共焦点光学系
    の対物レンズの位置を、所定の移動ピッチで、変化させ
    て、検出された前記蛍光またはフォトルミネッセンスの
    信号強度に基づいて、前記共焦点光学系のフォーカス位
    置を決定して、生成され、前記不揮発性メモリに記憶さ
    れたフォーカス位置データを、前記不揮発性メモリから
    読み出して、前記共焦点光学系のフォーカス位置データ
    を、前記位置データにしたがって、補正して、補正され
    た前記共焦点光学系のフォーカス位置データに基づき、
    前記共焦点光学系の対物レンズの位置を調整することを
    特徴とする共焦点光学系を備えたスキャナにおけるディ
    ジタルデータの生成方法。
  41. 【請求項４１】 前記共焦点光学系を構成する対物レン
    ズと、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なく
    とも１つの距離測定用デバイスの前記金属膜の表面の基
    準位置および前記基準位置とは異なる少なくとも１つの
    計測位置との距離を計測し、前記サンプルキャリアにセ
    ットされた前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの
    前記表面の基準位置に対する前記少なくとも１つの距離
    測定用デバイスの前記表面の基準位置とは異なる少なく
    とも１つの計測位置の変位を算出して、前記位置データ
    が生成され、前記不揮発性メモリに記憶されたことを特
    徴とする請求項４０に記載の共焦点光学系を備えたスキ
    ャナにおけるディジタルデータの生成方法。
  42. 【請求項４２】 前記共焦点光学系を構成する対物レン
    ズと、前記サンプルキャリアにセットされた前記少なく
    とも１つの距離測定用デバイスの前記表面の基準位置
    と、前記基準位置とは異なる２以上の計測位置との距離
    を計測して、前記サンプルキャリアにセットされた前記
    少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記表面の基準
    位置に対する前記少なくとも１つの距離測定用デバイス
    の前記表面の前記基準位置とは異なる２以上の計測位置
    の変位を算出し、前記距離測定用デバイスの表面の基準
    位置に対する前記基準位置とは異なる２以上の計測位置
    の変位を平均して、前記位置データが生成され、前記不
    揮発性メモリに記憶されたことを特徴とする請求項４０
    または４１に記載の共焦点光学系を備えたスキャナにお
    けるディジタルデータの生成方法。
  43. 【請求項４３】 ２以上の異なる温度で、前記共焦点光
    学系を構成する対物レンズと、前記サンプルキャリアに
    セットされた前記少なくとも１つの距離測定用デバイス
    の前記表面の基準位置と、前記基準位置とは異なる２以
    上の計測位置との距離を計測し、前記サンプルキャリア
    にセットされた前記少なくとも１つの距離測定用デバイ
    スの前記表面の基準位置に対する前記少なくとも１つの
    距離測定用デバイスの前記表面の前記基準位置とは異な
    る２以上の計測位置の変位を算出して、算出され、前記
    不揮発性メモリに記憶されている前記距離測定用デバイ
    スの表面の基準位置に対する前記基準位置とは異なる２
    以上の計測位置の変位の温度係数を、前記不揮発性メモ
    リから読み出すとともに、前記不揮発性メモリに記憶さ
    れている前記共焦点光学系のフォーカス位置データを生
    成した際の前記スキャナ内の平均温度を読み出し、前記
    共焦点光学系のフォーカス位置データを、前記スキャナ
    内の温度と前記共焦点光学系のフォーカス位置データを
    生成した際の前記スキャナ内の平均温度との温度差に応
    じ、前記距離測定用デバイスの表面の基準位置に対する
    前記基準位置とは異なる２以上の計測位置の変位の温度
    係数にしたがって、補正し、補正された前記共焦点光学
    系のフォーカス位置データに基づき、前記共焦点光学系
    の対物レンズの位置を調整することを特徴とする請求項
    ４２に記載の共焦点光学系を備えたスキャナにおけるデ
    ィジタルデータの生成方法。
  44. 【請求項４４】 前記サンプルキャリアが、２以上のサ
    ンプルを保持可能に構成され、２以上の距離測定用デバ
    イスがセットされた前記サンプルキャリアを、前記サン
    プルステージに載置し、前記サンプルキャリアにセット
    された前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつ
    き、前記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記距
    離測定用デバイスの表面の３以上の異なる計測位置との
    距離を計測し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つ
    の距離測定用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つ
    を基準位置として、前記２以上の距離測定用デバイスの
    それぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置の
    変位を算出し、前記２以上の距離測定用デバイスのそれ
    ぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位
    を平均して、生成され、前記不揮発性メモリに記憶され
    ている前記位置データを、前記不揮発性メモリから読み
    出し、前記２以上の距離測定用デバイスがセットされた
    位置に対応する前記サンプルキャリアの位置にセットさ
    れたサンプル毎に、前記位置データに基づいて、前記不
    揮発性メモリから読み出した前記共焦点光学系のフォー
    カス位置データを補正し、補正された前記共焦点光学系
    のフォーカス位置データにしたがって、前記共焦点光学
    系の対物レンズを移動させ、前記対物レンズの位置を調
    整することを特徴とする請求項４２に記載の共焦点光学
    系を備えたスキャナにおけるディジタルデータの生成方
    法。
  45. 【請求項４５】 ２以上の異なる温度で、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物
    レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の３以上の異
    なる計測位置との距離を計測し、前記２以上の距離測定
    用デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記表面の１
    つの計測位置を基準位置として、前記２以上の距離測定
    用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対する前
    記計測位置の変位を算出して、算出され、前記不揮発性
    メモリに記憶されている前記基準位置に対する前記２以
    上の距離測定用デバイスのそれぞれの前記計測位置の変
    位の温度係数を、前記不揮発性メモリから読み出すとと
    もに、前記不揮発性メモリに記憶されている前記共焦点
    光学系のフォーカス位置データを生成した際の前記スキ
    ャナ内の平均温度を、前記不揮発性メモリから読み出
    し、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれに対し
    て、前記不揮発性メモリから読み出した前記共焦点光学
    系のフォーカス位置データを、前記スキャナ内の温度と
    前記共焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際
    の前記スキャナ内の平均温度との温度差に応じ、前記不
    揮発性メモリに記憶された前記２以上の距離測定用デバ
    イスのそれぞれの前記温度係数にしたがって、補正し、
    補正された前記共焦点光学系のフォーカス位置データに
    基づいて、前記共焦点光学系の対物レンズを移動させ、
    前記対物レンズの位置を調整することを特徴とする請求
    項４４に記載の共焦点光学系を備えたスキャナにおける
    ディジタルデータの生成方法。
  46. 【請求項４６】 前記サンプルキャリアにセットされた
    前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前
    記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記距離測定
    用デバイスの表面の主走査ライン毎に少なくとも２つの
    異なる計測位置との距離を計測し、前記２以上の距離測
    定用デバイスの１つの距離測定用デバイスの前記表面の
    前記計測位置の１つを基準位置として、前記２以上の距
    離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対
    する前記計測位置の変位を算出し、前記２以上の距離測
    定用デバイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対する
    前記計測位置の変位を平均して、生成され、前記不揮発
    性メモリに記憶されている前記位置データを読み出し、
    前記２以上の距離測定用デバイスがセットされた位置に
    対応する前記サンプルキャリアの位置にセットされたサ
    ンプル毎に、前記位置データに基づいて、前記不揮発性
    メモリから読み出した前記共焦点光学系のフォーカス位
    置データを補正し、補正された前記共焦点光学系のフォ
    ーカス位置データにしたがって、前記共焦点光学系の対
    物レンズを移動させ、前記対物レンズの位置を調整する
    ことを特徴とする請求項４４または４５に記載の共焦点
    光学系を備えたスキャナにおけるディジタルデータの生
    成方法。
  47. 【請求項４７】 ２以上の異なる温度で、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物
    レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主走査ライ
    ン毎に少なくとも２つの異なる計測位置との距離を計測
    し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定
    用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つを基準位置
    として、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれに
    つき、前記基準位置に対する前記計測位置の変位を算出
    して、前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度
    係数を算出し、前記基準位置に対する前記計測位置の変
    位の温度係数を平均して、前記基準位置に対する前記計
    測位置の変位の温度係数の平均値を、前記不揮発性メモ
    リに記憶させ、前記不揮発性メモリに記憶された前記基
    準位置に対する前記２以上の距離測定用デバイスのそれ
    ぞれの前記計測位置の変位の温度係数の平均値を、前記
    不揮発性メモリから読み出すとともに、前記不揮発性メ
    モリに記憶されている前記共焦点光学系のフォーカス位
    置データを生成した際の前記スキャナ内の平均温度を、
    前記不揮発性メモリから読み出し、前記２以上の距離測
    定用デバイスのそれぞれに対して、前記不揮発性メモリ
    から読み出した前記共焦点光学系のフォーカス位置デー
    タを、前記スキャナ内の温度と前記共焦点光学系のフォ
    ーカス位置データを生成した際の前記スキャナ内の平均
    温度との温度差に応じ、前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれの前記温度係数にしたがって、補正し、補
    正した前記共焦点光学系のフォーカス位置データに基づ
    いて、前記共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記
    対物レンズの位置を調整することを特徴とする請求項４
    ６に記載の共焦点光学系を備えたスキャナにおけるディ
    ジタルデータの生成方法。
  48. 【請求項４８】 前記サンプルキャリアにセットされた
    前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前
    記共焦点光学系を構成する対物レンズと、前記距離測定
    用デバイスの表面の主走査ライン毎に３つの異なる計測
    位置との距離を計測し、前記２以上の距離測定用デバイ
    スの１つの距離測定用デバイスの前記表面の前記計測位
    置の１つを基準位置として、前記２以上の距離測定用デ
    バイスのそれぞれにつき、前記基準位置に対する前記計
    測位置の変位を算出し、前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれにつき、前記基準位置に対する前記計測位
    置の変位を平均して、生成され、前記不揮発性メモリに
    記憶された前記位置データを読み出し、前記２以上の距
    離測定用デバイスがセットされた位置に対応する前記サ
    ンプルキャリアの位置にセットされたサンプル毎に、前
    記位置データに基づいて、前記不揮発性メモリから読み
    出した前記共焦点光学系のフォーカス位置データを補正
    し、補正された前記共焦点光学系のフォーカス位置デー
    タにしたがって、前記共焦点光学系の対物レンズを移動
    させ、前記対物レンズの位置を調整することを特徴とす
    る請求項４６に記載の共焦点光学系を備えたスキャナに
    おけるディジタルデータの生成方法。
  49. 【請求項４９】 ２以上の異なる温度で、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれにつき、前記共焦点光学系を構成する対物
    レンズと、前記距離測定用デバイスの表面の主走査ライ
    ン毎に３つの異なる計測位置との距離を計測し、前記２
    以上の距離測定用デバイスの１つの距離測定用デバイス
    の前記表面の前記計測位置の１つを基準位置として、前
    記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれにつき、前記
    基準位置に対する前記計測位置の変位を算出して、前記
    基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係数を算出
    し、前記基準位置に対する前記計測位置の変位の温度係
    数を平均して、前記２以上の距離測定用デバイスのそれ
    ぞれの温度係数として、前記不揮発性メモリに記憶さ
    せ、前記不揮発性メモリに記憶された前記基準位置に対
    する前記計測位置の変位の温度係数の平均値を、前記不
    揮発性メモリから読み出すとともに、前記不揮発性メモ
    リに記憶されている前記共焦点光学系のフォーカス位置
    データを生成した際の前記スキャナ内の平均温度を、前
    記不揮発性メモリから読み出し、前記２以上の距離測定
    用デバイスのそれぞれに対して、前記不揮発性メモリか
    ら読み出した前記共焦点光学系のフォーカス位置データ
    を、前記スキャナ内の温度と前記共焦点光学系のフォー
    カス位置データを生成した際の前記スキャナ内の平均温
    度との温度差に応じ、前記２以上の距離測定用デバイス
    のそれぞれの前記温度係数にしたがって、補正し、補正
    した前記共焦点光学系のフォーカス位置データに基づ
    き、前記共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対
    物レンズの位置を調整することを特徴とする請求項４８
    に記載の共焦点光学系を備えたスキャナにおけるディジ
    タルデータの生成方法。
  50. 【請求項５０】 前記２以上の距離測定用デバイスのそ
    れぞれの所定数の主走査ライン毎に、前記基準位置に対
    する前記計測位置の変位を平均して、生成され、前記不
    揮発性メモリに記憶されている前記位置データを、前記
    不揮発性メモリから読み出し、前記２以上の距離測定用
    デバイスがセットされた位置に対応する前記サンプルキ
    ャリアの位置にセットされたサンプルの前記所定数の主
    走査ラインに対応する主走査ライン毎に、前記位置デー
    タに基づいて、前記不揮発性メモリから読み出した前記
    共焦点光学系のフォーカス位置データを補正し、補正し
    た前記共焦点光学系のフォーカス位置データにしたがっ
    て、前記共焦点光学系の対物レンズを移動させ、前記対
    物レンズの位置を調整することを特徴とする請求項４
    ５、４７および４９のいずれか１項に記載の共焦点光学
    系を備えたスキャナにおけるディジタルデータの生成方
    法。
  51. 【請求項５１】 ２以上の異なる温度で、前記サンプル
    キャリアにセットされた前記２以上の距離測定用デバイ
    スのそれぞれの所定数の主走査ライン毎に、前記共焦点
    光学系を構成する対物レンズと、前記距離測定用デバイ
    スの表面の主走査ライン毎に３つの異なる計測位置との
    距離を計測し、前記２以上の距離測定用デバイスの１つ
    の距離測定用デバイスの前記表面の前記計測位置の１つ
    を基準位置として、前記２以上の距離測定用デバイスの
    それぞれの所定数の主走査ライン毎に、前記基準位置に
    対する前記計測位置の変位を算出して、前記基準位置に
    対する前記計測位置の変位の温度係数を算出し、前記２
    以上の距離測定用デバイスのそれぞれの所定数の主走査
    ライン毎に算出され、前記２以上の距離測定用デバイス
    のそれぞれの所定数の主走査ライン毎の温度係数とし
    て、前記不揮発性メモリに記憶させ、前記不揮発性メモ
    リに記憶された前記基準位置に対する前記計測位置の変
    位の温度係数の平均値を、前記不揮発性メモリから読み
    出すとともに、前記不揮発性メモリに記憶されている前
    記共焦点光学系のフォーカス位置データを生成した際の
    前記スキャナ内の平均温度を、前記不揮発性メモリから
    読み出し、前記２以上の距離測定用デバイスがセットさ
    れた位置に対応する前記サンプルキャリアの位置にセッ
    トされたサンプルの前記所定数の主走査ラインに対応す
    る主走査ライン毎に、前記不揮発性メモリから読み出し
    た前記共焦点光学系のフォーカス位置データを、前記ス
    キャナ内の温度と前記共焦点光学系のフォーカス位置デ
    ータを生成した際の前記スキャナ内の平均温度との温度
    差に応じ、前記２以上の距離測定用デバイスのそれぞれ
    の所定数の主走査ライン毎の前記温度係数にしたがっ
    て、補正し、補正した前記共焦点光学系のフォーカス位
    置データに基づいて、前記共焦点光学系の対物レンズを
    移動させ、前記対物レンズの位置を調整することを特徴
    とする請求項５０に記載の共焦点光学系を備えたスキャ
    ナにおけるディジタルデータの生成方法。
  52. 【請求項５２】 さらに、検出した前記蛍光またはフォ
    トルミネッセンスの信号強度の積分値をプロットし、ｎ
    次関数でフィッティングして、生成され、前記不揮発性
    メモリに記憶されている前記ｎ次関数の係数を、前記不
    揮発性メモリから読み出すとともに、前記不揮発性メモ
    リに記憶されている前記少なくとも１つの距離測定用デ
    バイスの前記計測位置の前記基準位置に対する変位を、
    前記不揮発性メモリから読み出し、前記ｎ次関数の係数
    と前記少なくとも１つの距離測定用デバイスの前記計測
    位置の前記基準位置に対する変位に基づいて、サンプル
    のディジタルデータ中のシェーディングを補正するシェ
    ーディング補正データを生成し、前記シェーディング補
    正データに基づいて、前記サンプルのディジタルデータ
    を補正することを特徴とする請求項４０ないし５１のい
    ずれか１項に記載の共焦点光学系を備えたスキャナにお
    けるディジタルデータの生成方法。
  53. 【請求項５３】 光学的な平面性を保持して加工可能
    で、レーザ光の照射を受けると、蛍光を放出する性質を
    有する支持体上に、金属膜のマスクが設けられて、それ
    によって、前記支持体を露出する多数の開口部が規則的
    に形成されたシェーディング評価用デバイスを、前記サ
    ンプルキャリアにセットして、前記サンプルステージに
    載置し、レーザ光によって、走査して、前記開口部を介
    して、前記支持体を励起し、前記支持体から放出される
    蛍光を、前記開口部を介して、光電的に検出し、ディジ
    タル化して、生成されたディジタルデータに基づいて、
    前記シェーディング評価用デバイスのディジタルデータ
    を生成し、前記シェーディング評価用デバイスのディジ
    タルデータに基づき、生成され、前記不揮発性メモリあ
    るいは前記スキャナのメモリに記憶されているシェーデ
    ィング補正データを、前記不揮発性メモリあるいは前記
    スキャナの前記メモリから読み出し、前記サンプルのデ
    ィジタルデータを補正することを特徴とする請求項４０
    ないし５１のいずれか１項に記載の共焦点光学系を備え
    たスキャナにおけるディジタルデータの生成方法。
  54. 【請求項５４】 前記シェーディング評価用デバイスに
    規則的に形成された多数の前記開口部のうち、基準位置
    に位置する前記開口部に、共焦点光学系のフォーカスを
    合致させた後に、前記シェーディング評価用デバイス
    を、前記レーザ光によって、走査して、前記多数の開口
    部を介して、前記支持体を励起し、前記支持体から放出
    される蛍光を、前記多数の開口部を介して、光電的に検
    出し、ディジタル化して、前記シェーディング評価用デ
    バイスのディジタルデータを生成し、前記シェーディン
    グ評価用デバイスのディジタルデータに基づいて、前記
    シェーディング補正データが生成され、不揮発性メモリ
    あるいはスキャナの前記メモリに記憶されていることを
    特徴とする請求項５３に記載の共焦点光学系を備えたス
    キャナにおけるディジタルデータの生成方法。
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