HUE026922T2 - CHROMOSOME CONFORMATION CAPTURE-ON-CHIP (4C) teszt - Google Patents

Claims (7)

1. „CÄOMOSOME CÜNFipMATÄ CAFl^JEE-ON-CIIJr^ <4C) TESZT Szslmïiûmi igényponíok ï, Eljárás eêl 3miiW*ä^sxek.VÄia M égy vsgy több s^íítetíl^sgefevessás Üpl egy vagy több ge-aőtóléfcusz) Μκδ&amp;ί Métámé gyakoriságit: ëfc'ivjx&amp;ér^· %i»ija.a következő lépésekéit {a) keimtköÄÖBl&amp;imiai&amp;ibiztosittsa, b) a esbészíése primer réstrikfiaós te) a fcereâsà^Âm&amp;lïxïM-Siaekvendâk Hgálása,: <j> a kéfesssÉfei^SíVtssxaalaMtása» it) a »ifklg^^tókraacíák.ejKéssáto szekimder restrikciós e«zit«mei, (i) egy vagy főbb, ismeri nxtkleolid-ossze tétel « ÖMS-szekvenem Hgáíásá: agi adott egy vagy több nokleoitik szekvenÄ szegélyező, a sgeifepspier restrikciós enzh» hemséőh'heiő emésztési helyéhez. (helyeihez), (g) 8¾ egy vagy több adott nokléóéíá-szekvmreia ampliïlkâlisa legalább: lét oligonokleodd iáncáidíto alkalt»ii$* sávsí, ahol mindegyik teaeindstö hibribízál na aíioréonkleöíiá-sxekyssciát szegélyezd DNS'Szekvenciákkal, (h) -m aiapKfik&amp;lt s#Éwc#(^fcymciák>MI^M!á#::^*8^s25 és m s:íl^S--seek\eíK:iák::kbgSlíí ntterákesö

   1. Az' L iigéí5ypottisx«riídi eljárás, aboi :8¾ fi) légésbóé szereplő Ijgàfâs cirkuláris #H8 képződését eredményezi 3>: Az l. vagy 2. igénypont szerinti eljárás, ahol a eéi nnkleoíid-szekveriela a következőkből álló cxejterp bői választolt: genoß» újrarendeződés, promóter, cnkaasxer, silencer, iazkúétm rBádixka{sase|ddásb!íégló, lókosz-kmmollrégió, teamzkripciós egység, :mplíkáclós origó,: rekombinációs feotspat, transzlokáeiőx teróspöpí, «étára·», leiomer, géagazdag régió, génskégéáy:rág|iá,; jjst$#l#dő elem és (viras) integrációs hely,
2. 4, Az élózö igénypóíkok feárpíelylke szseri$S e|:átás, ahol a cél mrkteosid--czekvenöia betegséggel kapcsolatos vagy betegséget oksszŐ íRáileolM-ozekvesela, vagy betegséggel kapcsolatos vagy betegséget okozó iokasaU’d liöéatjs BNBAérégláiön legföljebb ! 5Mfe vagy sopp nagyobb távolságra helyezkedik :él,
3. 5. Az előző igénypontok bárinety tbc szerinti eljárás, ahol a cél nnkleoi Id-szekvertóÉ! &amp; következőiből: álló csoportból vâlasziott; AMLMÚL MŸC. BCL, OCR, AMA, lÖH, L¥Lt, TAU. TÁEiS, LM02, IGRsdS, l'CRp és HOX vagy más, betegséggel kapcsolatos lőkasz. &amp; Az előző igénypősnok: bármelyiké: szerinti eljárás, ahst a primer restrikciós enzim ő-kVp méretű; felis-mérési helyet: Msaterö resirikeiós enzim,·: f, A 6. igénypont szerinti: eljárás* altól l|ÜÄ restrikciós enzim ,g következőkből álló csoportból választom: Bg®, MaJÄ, Eco®, BsmMl, Speb Bsi és Máéi:.
4. 8, Áz éldző Igénypont«^ bármelyike szerinti eljárás, séd a srakpnder restrikciós enzim 4 vagy 5 bp méreti felismerési helyét Msmeré restrikciós enzim,
5. 9, Az előző igényfontok bármelyike szerinti eljár8¾ ábtil h szekntejer restrikciós enzim ital Msroeri Mis-merest boly a cél rsnkfeotkf-székyersciás a primer restrikciós hely® 3ŐÖ bp-nál nagyobb távolsága-helyezkedik el m Az előző igénypontok bármelyike szerinti eljárás, ahol a mikleoiid-szekvencia jelölve van. H. Eíjiárás cél nnkleoíid-szekveneia ék egy vágy több nukfeotkl-szekvenda f'pl egy vagv több genonn letesz) között; interakció gyakoriságának elemzésére, sapdy maf&amp;sn foglaljsâ következő lépésekor p) keresztkötöti-iSMS-mmta biztosítása, (b) a kereszíköiött ISnsS emésztése primer restrikciós enzimmel, pja kereszikötötí sokleotkhszeteomÄ tigáiáss, P) a kemsKíköiós vísszaalakism, (éj a si^seoïid-sgekvgîjcÂ; emésztése szelmödsé «estőkdős vtaSumfy. (í) kik vagy több. ismert: raikleotld-összetételi »blS-s^&amp;vescia ligálása sz adaté egy vagy több nokleotid-S^kvesÄ szegélyező, » szeknnder restrikciós enzim bozzáforbetö emésztési betyébe® tbélyelbez)., ami cirkoiarizáija a aukieotid-saskvmciákak (g) a cél irnkkasíkkszekvessaaboz ligáit, egy vagy iöbb adott tHtkleotiá-szekvencsa ampliiikálása legalább két olsgonoklcmiid iármbtóM aikalisáztódtk sW; mindegyik láneindöo Iribriálzál az adott: msklsotid-szekvenciát (bl adott esetben az smpiiíikáit szekvenciák thbrídizálása arrav-bez, és (í) a DN$~xmkvenetáfc^ interakció gyakoriságának meghatározása. 1:2. Bprás «Äfe^ltnukksot^sas^^Bcm előállítására, amely magában foglalja a következő lépéseket: p) keresztkötött'DMS-tninta biztosítása, fb) a kétesstkóto-t DNS: emésztése primer restókeiös easHtstttek (c) a keresnkötöü tadiéöbpazefeyeaclák Ugatása, í'd) a kereszikótes visszaalakítása. |é) a : nrikl&amp;nid-^zekvenciák emésztés«: iSZekonder msírikciös enzimmel, és {:(} egy vagy több, ismeri ntsyedíitkdsszetételd DNS-szekvencia bgálása az átlőtt egy vagy több ndkieotid-szekvenciát szegélyezi, a szekunder restrikciós enzim liozzálépeti mésztM Imlyéhez jhslyeibez), ami eiPnlarizàija a tíMkleobd-szckveneiákat .13. Eljárás egy vagy több, adott beiegségáilapotói jelző DNS-.DNS iníerakció azonosítására, amely magában foglalja a kővetkező lépést: az 1-11. igénypontok bármelyike szerimi p)-(i} lépések végrehajtása, ahol az (á) lépésben beteg &amp; betegségtől mentes sejtekből számaző ketesgÉőtőttriDN^minm bigtesbot, és rsbol a beteg és betegségtől: mentes sejtekből származó DNS-szekvenciak közötti interakció-gyakoriság különbsége jelzi, hogy a DNS-DNS interakció adót betegségáliapot jelzője. M. :B§Ms &amp;NSJMB mterskeiők változása által okozott: vagy azzal összelbggő betegség vagy szlnífeth ma diagnosztizálására, amely magában foglalja a következő lépési: az 1-11. igénypontok bármelyike szerinti PHij lépések végrebajtása, aböl az p) lépés magában feglalja egy alanyból .^mraz4:-ikcíP^tóőtí~Ö^Í^p|st&amp; biztosítását^ és abol az Cíj lépés magában foglalja a következői; a DHS-szekveoesák közötti Imerakplök iyakori-slgáoak Összehasonlítása nem érintett kontói gyakorssagávak ahol a kontrolból származó érték és az alanyból származó ériek közötti különbség jélzs, hogy az alany &amp; betegségben vagy szlndróorábaa szenyeá vagy jelzi, bogy az alany a betegségben vagy szindrómában: fog szenvedni. t|. A 14. igénypont szerinti: eljáms, atel egy kromoszosíális: régió esetén az átmenet alacsony snterakek ős gyakoriságból magas interakciós gyakoriságba töréspont helyét:jelzi:. Μ. á 14. igénypont sxerixnà eljárás,. ahol a boáiméihoz viszonyM*, alanyból sxÉrrnàæS mm- égjr lyornoszctsátis regtója esetén a D'NÇ-DNS-uiterakeîôg^cotàgàfiïk: i«5*as i&amp;x-ssrztót jelest. 17., -M 14. igénypont szermri eljárás, ahol a kontiriiSm v&amp;smyftoÉ, áiisnyból sxámtsxó minta egy kroraomamálís regsója esek!« a DNS-DNSrinterakciógy&amp;koriságek Âktaiése.» álsxtáüssbban clbelyexke# jfeomöszomáÉis régiók DNS· DNS-interakctógyakoriságának aöy^edésé«^ «gyÂéeîéctôt·Jete. IS; A 14, igés>péní:; sasriail eljárás, ahol a koafcoUhox viszonyított.,alanyból számmá tntaia egy.fero* n^^Â^rê^a-«setik.aDÎ^Syb,>lS-mîef&amp;kclôgyjik«>risâgok ríövekedése lbpltfcseiét vsgy Síssssarsiót jefes. 19. A 18. ^énypemt szerinti «près, ahol &amp; kontmi&amp;öx képest ax alabyhö5: xxárniáxó omitában égy kromósxomáRs régió esetén a disxtáíisabban elhelyezkedő 1>NS-régiók között a DNS - DNS- interakciógyako-rlxág<&amp; csökkentek. 29. A !4-59. igénypontok bármelyike szerinti epnN, ahol ax eljárás végrehajtásé előtt spektráiia ksrlotipisáJást és/vagy flSM-t alkalmazik. 21. A14-2Q. iÉ©l*tfcÉeg8% gme8fetí;&amp;sé^s%, 22. A 14-121. Igénypontok bármelyike sxerinb eljárás, ahol á: betegség rák.
6. 23. Eljárás JN9S-IPNS iíkerakelNr o^lteása állal okozott vágy ami bssxefoggó betegség vagy sNodré-«a diagnosxhxálásara, amely magába» fogls|a a Mx?éifcs2Ö tépést: m 1-15, igénypontok bármelyike szerinti (s.jHÍ) lépésék #g:teká|tása, ahol (a) 1#« stagáissn foglalja egy alanyból származó, jceresxtktkött-DNS-nilotä biztosítását; és ahol ssx eljárás magéban jéglap a következő, Mii lépést is: {)> betegséggel összefíiggi, ge~ nómi átrerfoezödésen átesett: égy vágyni^ 24. : fészlelési eljárás DNS-DNS: ioierakeldl mődoslié egy vagy több szer »xonospsma, amely magában foglalta â Mpike# lépéseket: (0 stptn érlntkextetése egy: vagy több sxerrek és jb) m I 4 í> igénypontok ölpsélyike szerinti lépések végrehajtása, ahol: azj«} lépés toagábaa ioglaljs ksresstkötötí-;DNS biztosítását a mintából,. aboi a különbség a követkézŐk között: (I) a DNS-sxekx enctók kőxíM hnenfoeiők gyakorísága a szer jelenlét-éfcen és -|ij a NMS-sxekvcsfoilk közötti interakciók gyakorisága a szer jelenléte: nélkül .DNS-DNS interakciót röóáosilá szeri: jelex, :|S, 'Eljárás kiegyeméjyoxait és/vagy Mégyeo;m}yott;sí]an téPspobilpi. tísnsxlokáeió} helyének kinmtatsV sáta!: gtsely magában fogltfos a kbeetkexö íépésekét: (aj ax :|.-||. igénypontok bártselysbe sxeriott (&amp;)«(»} lépések végrehajtásáé«! (b) á DNS-skekvenolák kSxoítirimerskciÓk gynkonsagának összePsotílítáisa kontroli gyakoriságával, aboi: á íbísíálíaxs egy kns?íosx<íniális régió esetén az átmenet alacsony immikclÓS gyakoriságból: magas Interakciós: gyakoriságba kmlxóilkox viszonyítva töréspont helyét jelei. 2b. Eprás kíegyensólyoxött ésNágy kiégyéítsnlyexalno Invotzíri helyének Mmotatásáía. amely mágálpi jogislja a köyöíksxó lépéseket:: :{a) ax 1-11. sxetitti íáM*t lépések Pgrehajiíásá és (bj: a DNS-saekvenelák közötti foterifoeÄgyakorishgkonk koatroMba* vfezoay&amp;vs· a régiója esetéé &amp;:|>HS-î^|^«^dSgiy^<af*s%isk, isvere rtó«áxal&amp; iaverzi&amp;j^kz. 2% E|Éis isiidé h«ây^kMmôtaîà8âr% Â8iÿ §à foglalj» a kővetkező Réseket: (a) ·»: M l. igéstystoatok bfeîeiy&amp;s szerinti (a)-(i) késsek végrehajtása &amp; :(¾) .s DNS-ssekvesciák közötti íöierakpók gyakomágáa»k össssthasoalitfe koatóoll gyakoriságával., ahol a kasítroHhoz: viszonyítva a ómba egy kromosxomibs régiója eseté« a DNS-DNS · àasrakcïôgyakensàgok ssökkenésea diszzáilsabban elhelyezkedő kromoszómák* régiók DNS-DNS-baltaaikciógyakonságáTíak t-őveko' áésévei egyőií deledét idéz:.
7. 28. Eljárás daplikádó vagy béresé helyének kimutatására.. amely magában; feglalja a kővetkező tépéseket: (a.t aa M L i^iypoatakbámdyűm szmati {»Ki) lépések végídmfíá.sa és jb) a OîSiS-szekvendàk közötti ioterakslök gyakorijának aiKfi a köatitilihoz viszonyává a vizsgák mktn: egy kromoazomMis régiója esetés a D$041$Sd»iijkÄ vagy ÄmMjifc.