RU2008104024A - 4с - Google Patents

4с Download PDF

Info

Publication number
RU2008104024A
RU2008104024A RU2008104024/13A RU2008104024A RU2008104024A RU 2008104024 A RU2008104024 A RU 2008104024A RU 2008104024/13 A RU2008104024/13 A RU 2008104024/13A RU 2008104024 A RU2008104024 A RU 2008104024A RU 2008104024 A RU2008104024 A RU 2008104024A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
dna
probes
interaction
sequences
restriction enzyme
Prior art date
Application number
RU2008104024/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2478716C2 (ru
Inventor
ЛАТ Ваутер ДЕ (NL)
ЛАТ Ваутер ДЕ
Франк ГРОСВЕЛД (NL)
Франк ГРОСВЕЛД
Original Assignee
Эрасмус Юниверсити Медикал Сентр (Nl)
Эрасмус Юниверсити Медикал Сентр
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from GBGB0513676.7A external-priority patent/GB0513676D0/en
Priority claimed from GBGB0605449.8A external-priority patent/GB0605449D0/en
Application filed by Эрасмус Юниверсити Медикал Сентр (Nl), Эрасмус Юниверсити Медикал Сентр filed Critical Эрасмус Юниверсити Медикал Сентр (Nl)
Publication of RU2008104024A publication Critical patent/RU2008104024A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2478716C2 publication Critical patent/RU2478716C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/50—Other enzymatic activities
    • C12Q2521/501—Ligase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
    • C12Q2523/10—Characterised by chemical treatment
    • C12Q2523/101—Crosslinking agents, e.g. psoralen
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
    • C12Q2565/501—Detection characterised by immobilisation to a surface being an array of oligonucleotides

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

1. Способ анализа частоты взаимодействия нуклеотидной последовательности-мишени с одной или несколькими представляющими интерес нуклеотидными последовательностями (например, одним или несколькими геномными локусами), включающий в себя стадии ! (a) получения образца поперечно сшитой ДНК; ! (b) расщепления поперечно сшитой ДНК первым ферментом рестрикции; ! (c) лигирования поперечно сшитых нуклеотидных последовательностей; ! (d) удаления поперечных сшивок; ! (e) расщепления нуклеотидных последовательностей вторым ферментом рестрикции; ! (f) лигирования одной или нескольких последовательностей ДНК с известным составом нуклеотидов с доступным сайтом (сайтами) расщепления вторым ферментом рестрикции, который фланкирует одну или несколько представляющих интерес нуклеотидных последовательностей; ! (g) амплификации одной или нескольких представляющих интерес нуклеотидных последовательностей с использованием по меньшей мере двух олигонуклеотидных праймеров, при этом каждый праймер гибридизуется с последовательностями ДНК, которые фланкируют представляющие интерес нуклеотидные последовательности; ! (h) гибридизации амплифицированной последовательности(ей) с чипом; и ! (i) определения частоты взаимодействия между последовательностями ДНК. ! 2. Способ по п.1, в котором реакция лигирования на стадии (f) приводит к образованию колец ДНК. ! 3. Способ по п.1 или 2, в котором нуклеотидная последовательность-мишень выбрана из группы, состоящей из области геномной перестройки, промотора, энхансера, сайленсера, инсулятора, области связывания с матриксом, регуляторной области локуса, транскрипционной единицы, начала репликации, гор

Claims (66)

1. Способ анализа частоты взаимодействия нуклеотидной последовательности-мишени с одной или несколькими представляющими интерес нуклеотидными последовательностями (например, одним или несколькими геномными локусами), включающий в себя стадии
(a) получения образца поперечно сшитой ДНК;
(b) расщепления поперечно сшитой ДНК первым ферментом рестрикции;
(c) лигирования поперечно сшитых нуклеотидных последовательностей;
(d) удаления поперечных сшивок;
(e) расщепления нуклеотидных последовательностей вторым ферментом рестрикции;
(f) лигирования одной или нескольких последовательностей ДНК с известным составом нуклеотидов с доступным сайтом (сайтами) расщепления вторым ферментом рестрикции, который фланкирует одну или несколько представляющих интерес нуклеотидных последовательностей;
(g) амплификации одной или нескольких представляющих интерес нуклеотидных последовательностей с использованием по меньшей мере двух олигонуклеотидных праймеров, при этом каждый праймер гибридизуется с последовательностями ДНК, которые фланкируют представляющие интерес нуклеотидные последовательности;
(h) гибридизации амплифицированной последовательности(ей) с чипом; и
(i) определения частоты взаимодействия между последовательностями ДНК.
2. Способ по п.1, в котором реакция лигирования на стадии (f) приводит к образованию колец ДНК.
3. Способ по п.1 или 2, в котором нуклеотидная последовательность-мишень выбрана из группы, состоящей из области геномной перестройки, промотора, энхансера, сайленсера, инсулятора, области связывания с матриксом, регуляторной области локуса, транскрипционной единицы, начала репликации, горячей точки рекомбинации, точки разрыва при транслокации, центромеры, теломеры, области с высокой плотностью генов, области с низкой плотностью генов, повторяющегося элемента и сайта интеграции (вируса).
4. Способ по п.1, в котором нуклеотидная последовательность-мишень представляет собой нуклеотидную последовательность, которая ассоциирована с заболеванием или вызывает заболевание, или расположена на расстоянии вплоть до 15 млн.п.о. или более на линейной матрице ДНК от локуса, который ассоциирован с заболеванием или вызывает заболевание.
5. Способ по п.1, в котором нуклеотидная последовательность-мишень выбрана из группы, состоящей из AML1, MLL, MYC, BCL, BCR, ABL1, IGH, LYL1, TAL1, TAL2, LMO2, TCRα/δ, TCRβ и HOX или других локусов, ассоциированных с заболеванием, которые описаны в «Catalogue of Unbalanced Chromosome Aberrations in Man» 2nd edition. Albert Schinzel. Berlin: Walter de Gruyter, 2001. ISBN 3-11-011607-3.
6. Способ по п.1, в котором первым ферментом рестрикции является фермент рестрикции, который узнает сайт узнавания длиной 6-8 п.о.
7. Способ по п.6, в котором первый фермент рестрикции выбран из группы, состоящей из BglII, HindIII, EcoRI, BamHI, SpeI, PstI и NdeI.
8. Способ по п.1, в котором вторым ферментом рестрикции является фермент рестрикции, который узнает сайт узнавания нуклеотидной последовательности длиной 4 или 5 п.о.
9. Способ по п.1, в котором сайт узнавания вторым ферментом рестрикции расположен на расстоянии более чем примерно 350 п.о. от первого сайта рестрикции в нуклеотидной последовательности-мишени.
10. Способ по п.1, в котором нуклеотидная последовательность является меченой.
11. Способ анализа частоты взаимодействия нуклеотидной последовательности-мишени с одной или несколькими нуклеотидными последовательностями (например, одним или несколькими геномными локусами), включающий в себя стадии
(a) получения образца поперечно сшитой ДНК;
(b) расщепления поперечно сшитой ДНК первым ферментом рестрикции;
(c) лигирования поперечно сшитых нуклеотидных последовательностей;
(d) удаления поперечных сшивок;
(e) расщепления нуклеотидных последовательностей вторым ферментом рестрикции;
(f) образования кольцевых нуклеотидных последовательностей;
(g) амплификации одной или нескольких нуклеотидных последовательностей, которые лигированы с нуклеотидной последовательностью-мишенью;
(h) необязательно гибридизации амплифицированных последовательностей с чипом; и
(j) определения частоты взаимодействия между последовательностями ДНК.
12. Кольцевая нуклеотидная последовательность, содержащая первую и вторую нуклеотидные последовательности, в которой каждый конец первой и второй нуклеотидных последовательностей разделены сайтами узнавания разными ферментами рестрикции и в которой указанная первая нуклеотидная последовательность представляет собой нуклеотидную последовательность-мишень, а указанная вторая нуклеотидная последовательность может быть получена посредством поперечного связывания геномной ДНК.
13. Способ получения кольцевой нуклеотидной последовательности, включающий в себя стадии
(a) получения образца поперечно сшитой ДНК;
(b) расщепления поперечно сшитой ДНК первым ферментом рестрикции;
(c) лигирования поперечно сшитых нуклеотидных последовательностей;
(d) удаления поперечных сшивок;
(e) расщепления нуклеотидных последовательностей вторым ферментом рестрикции; и
(f) образования кольцевых нуклеотидных последовательностей.
14. Способ анализа частоты взаимодействия нуклеотидной последовательности-мишени с одной или несколькими нуклеотидными последовательностями (например, одним или несколькими геномными локусами), включающий в себя использование нуклеотидной последовательности по п.12.
15. Матрица зондов, иммобилизованных на подложке, содержащая один или несколько зондов, которые гибридизуются или способны гибридизоваться с нуклеотидной последовательностью по п.12.
16. Набор зондов, последовательность которых комплементарна последовательности нуклеиновой кислоты, граничащей с каждым из первых сайтов узнавания рестрикционными ферментами для первого фермента рестрикции в геномной ДНК.
17. Набор зондов по п.16, в котором последовательность зондов комплементарна последовательности нуклеиновой кислоты, граничащей с каждой стороны с каждым из первых сайтов узнавания рестрикционными ферментами для первого фермента рестрикции в геномной ДНК.
18. Набор зондов по п.16 или 17, в котором последовательности указанных зондов комплементарны последовательности нуклеиновой кислоты, которая расположена на расстоянии менее 300 пар оснований от каждого из первых сайтов узнавания рестрикционными ферментами для первого фермента рестрикции в геномной ДНК.
19. Набор зондов по п.16, в котором зонды комплементарны последовательности, которая расположена на расстоянии менее 300 п.о. от каждого из первых сайтов узнавания рестрикционными ферментами для первого фермента рестрикции в геномной ДНК.
20. Набор зондов по п.16, в котором зонды комплементарны последовательности, расположенной в пределах от 200 до 300 п.о. от каждого из первых сайтов узнавания рестрикционными ферментами для первого фермента рестрикции в геномной ДНК.
21. Набор зондов по п.16, в котором зонды комплементарны последовательности, расположенной в пределах от 100 до 200 п.о. или от 0 до 100 п.о. от каждого из первых сайтов узнавания рестрикционными ферментами для первого фермента рестрикции в геномной ДНК.
22. Набор зондов по п.16, в котором два или более зондов способны гибридизоваться с последовательностью, граничащей с каждым из первых сайтов узнавания рестрикционными ферментами для первого фермента рестрикции в геномной ДНК.
23. Набор зондов по п.22, в котором зонды перекрываются или частично перекрываются.
24. Набор зондов по п.23, в котором перекрывание составляет менее 10 нуклеотидов.
25. Набор зондов по п.16, в котором последовательность зондов соответствует всей или части последовательности между каждым из первых сайтов узнавания рестрикционными ферментами для первого фермента рестрикции и каждым ближайшим вторым сайтом узнавания рестрикционными ферментами для второго фермента рестрикции.
26. Набор зондов по п.16, в котором каждый зонд является по меньшей мере 25-мером.
27. Набор зондов по п.16, в котором каждый зонд является 25-60-мером.
28. Способ получения набора зондов, включающий в себя стадии
(a) идентификации каждого из первых сайтов узнавания рестрикционными ферментами для первого фермента рестрикции в геномной ДНК;
(b) конструирования зондов, которые способны гибридизоваться с последовательностью, граничащей с каждым из сайтов узнавания первым ферментом рестрикции в геномной ДНК;
(c) синтеза зондов; и
(d) объединения зондов с образованием набора зондов или по существу набора зондов.
29. Способ по п.28, в котором зонды являются продуктами ПЦР-амплификации.
30. Набор зондов или по существу набор зондов, который получен или может быть получен способом по п.28 или 20.
31. Чип, содержащий матрицу зондов по п.15 или по существу набор зондов по любому из пп.16-27 или 30.
32. Чип, содержащий набор зондов по любому из пп.16-27 или 30.
33. Чип по п.31 или п.32, в котором матрица содержит примерно 300000-400000 зондов.
34. Чип по п.31, в котором матрица содержит примерно 385000 или более зондов, предпочтительно, примерно 750000 зондов, более предпочтительно 6·750000 зондов.
35. Чип по п.31, в котором матрица содержит или состоит из представления полного генома данного вида при более низком разрешении.
36. Чип по п.35, в котором матрица содержит один из каждых 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 зондов, которые расположены по порядку на линейной хромосомной матрице.
37. Способ получения чипа, включающий в себя стадию иммобилизации на твердой подложке по существу матрицы зондов по п.15 или по существу набора зондов по любому из пп.16-27 или 30.
38. Способ получения чипа, включающий в себя стадию иммобилизации на твердой подложке матрицы зондов по п.16 или набора зондов по любому из пп.16-27 или 30.
39. Чип, который получен или может быть получен способом по п.37 или 38.
40. Способ идентификации одного или нескольких ДНК-ДНК-взаимодействий, которые являются показателем конкретного патологического состояния, включающий в себя стадию осуществления стадий (a)-(i) по пп.1-11, при этом на стадии (a) образец поперечно сшитой ДНК получают из пораженной заболеванием и не пораженной заболеванием клетки, и при этом разница между частотой взаимодействия между последовательностями ДНК из пораженной заболеванием клетки и не пораженной заболеванием клетки свидетельствует о том, что ДНК-ДНК-взаимодействие является показателем конкретного патологического состояния.
41. Способ диагностики или прогнозирования заболевания или синдрома, вызванного или связанного с изменением ДНК-ДНК-взаимодействия, включающий в себя стадию осуществления стадий (a)-(i) по любому из пп.1-11, при этом стадия (a) заключается в получении образца поперечно сшитой ДНК от субъекта; и стадия (i) включает в себя сравнение частоты взаимодействия между последовательностями ДНК с частотой взаимодействия в непораженном контроле; при этом разница между значением, полученным для контроля, и значением, полученным для субъекта, является показателем того, что субъект имеет данное заболевание или синдромом, или является показателем того, что субъект будет иметь данное заболевание или синдром.
42. Способ по п.41, в котором переход от низкой к высокой частоте ДНК-ДНК-взаимодействия является показателем сбалансированной и/или несбалансированной точки разрыва.
43. Способ по п.41, в котором обратная картина частот ДНК-ДНК-взаимодействий для образца, полученного от субъекта, по сравнению с контролем является показателем сбалансированной и/или несбалансированной инверсии.
44. Способ по п.41, в котором уменьшение частоты ДНК-ДНК-взаимодействия для образца, полученного от субъекта, по сравнению с контролем, в комбинации с увеличением частоты ДНК-ДНК-взаимодействия для более отдаленных областей является показателем сбалансированной и/или несбалансированной делеции.
45. Способ по п.41, в котором увеличение или уменьшение частоты ДНК-ДНК-взаимодействия для образца, полученного от субъекта, по сравнению с контролем является показателем сбалансированной и/или несбалансированной дупликации или инсерции.
46. Способ по любому из пп.41-45, в котором применяют спектральное кариотипирование и/или FISH перед осуществлением указанного способа.
47. Способ по п.41, в котором заболевание является наследственным заболеванием.
48. Способ по п.41, в котором заболеванием является злокачественная опухоль.
49. Способ диагностики или прогнозирования заболевания или синдрома, вызванного или ассоциированного с изменением ДНК-ДНК-взаимодействия, включающий в себя стадию осуществления стадий (a)-(i) по любому из пп.1-11, при этом стадия (a) включает в себя получение образца поперечно сшитой ДНК от субъекта; и при этом указанный способ включает в себя дополнительную стадию (j) идентификации одного или нескольких локусов, которые были подвергнуты геномной перестройке, которая ассоциирована с заболеванием.
50. Способ по п.49, в котором две или более амплифицированных последовательностей метят по-разному.
51. Способ по п.49, в котором две или более амплифицированных последовательностей метят идентично в том случае, когда последовательности находятся на разных хромосомах.
52. Способ по п.49, в котором две или более амплифицированных последовательностей метят идентично в том случае, когда последовательности находятся на одной и той же хромосоме на расстоянии, которое является достаточно большим, чтобы было минимальное перекрывание между сигналами ДНК-ДНК-взаимодействия.
53. Способ анализа для идентификации одного или нескольких агентов, которые модулируют ДНК-ДНК-взаимодействие, включающий в себя стадии
(a) контактирования образца с одним или несколькими агентами; и
(b) осуществления стадий (a)-(i) по любому из пп.1-11, при этом стадия (a) включает в себя получении поперечно сшитой ДНК из образца;
при этом разница между (i) частотой взаимодействия между последовательностями ДНК в присутствии агента и (ii) частотой взаимодействия между последовательностями ДНК в отсутствие агента является показателем того, что агент модулирует ДНК-ДНК-взаимодействие.
54. Способ определения положения сбалансированного и/или несбалансированного точечного разрыва (например, в случае транслокации), включающий в себя стадию
(a) осуществления стадий (a)-(i) по любому из пп.1-11; и
(b) сравнения частоты взаимодействия между последовательностями ДНК с частотой взаимодействия в контроле;
при этом переход от низкой к высокой частоте ДНК-ДНК-взаимодействия в образце по сравнению с контролем является показателем положения точки разрыва.
55. Способ определения положения сбалансированной и/или несбалансированной инверсии, включающий в себя стадии
(a) осуществления стадий (a)-(i) по любому из пп.1-11; и
(b) сравнения частоты взаимодействия между последовательностями ДНК с частотой взаимодействия в контроле;
при этом обратная картина частот ДНК-ДНК-взаимодействий для образца по сравнению с контролем является показателем инверсии.
56. Способ определения положения делеции, включающий в себя стадии
(a) осуществления стадий (a)-(i) по любому из пп.1-11; и
(b) сравнения частоты взаимодействия между последовательностями ДНК с частотой взаимодействия в контроле;
при этом уменьшение частоты ДНК-ДНК-взаимодействия в образце по сравнению с контролем является показателем делеции.
57. Способ определения положения дупликации, включающий в себя стадии
(a) осуществления стадий (a)-(i) по любому из пп.1-11; и
(b) сравнения частоты взаимодействия между последовательностями ДНК с частотой взаимодействия в контроле;
при этом увеличение или уменьшение частоты ДНК-ДНК-взаимодействия в случае образца от субъекта по сравнению с контролем является показателем дупликации или инсерции.
58. Агент, который получен или может быть получен способом анализа по п.53.
59. Применение нуклеотидной последовательности по п.12 для идентификации одного или нескольких ДНК-ДНК-взаимодействий в образце.
60. Применение нуклеотидной последовательности по п.12 для диагностики или прогнозирования заболевания или синдрома, вызванного или ассоциированного с изменением ДНК-ДНК-взаимодействия.
61. Применение матрицы зондов по п.15 или набора зондов по любому из пп.16-27 или 30 для идентификации одного или нескольких ДНК-ДНК-взаимодействий в образце.
62. Применение матрицы зондов по п.15 или набора зондов по любому из пп.16-27 или 30 для диагностики или прогнозирования заболевания или синдрома, вызванного или ассоциированного с изменением ДНК-ДНК-взаимодействия.
63. Применение чипа по любому из пп.31-36 или 39 для идентификации одного или нескольких ДНК-ДНК-взаимодействий в образце.
64. Применение чипа по любому из пп.31-36 или 39 для диагностики или прогнозирования заболевания или синдрома, вызванного или ассоциированного с изменением ДНК-ДНК-взаимодействия.
65. Применение по любому из пп.61, 63 или 65, в котором диагностика или прогнозирование являются пренатальной диагностикой или прогнозированием.
66. Способ, матрица зондов, набор зондов, прием, чип, способ анализа, агент или применение, по существу, как описано в данной публикации со ссылками на любые примеры или фигуры.
RU2008104024/10A 2005-07-04 2006-07-03 Улавливание и характеристика совместно локализованного хроматина RU2478716C2 (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GB0513676.7 2005-07-04
GBGB0513676.7A GB0513676D0 (en) 2005-07-04 2005-07-04 4c
GB0605449.8 2006-03-17
GBGB0605449.8A GB0605449D0 (en) 2006-03-17 2006-03-17 4c
PCT/IB2006/002268 WO2007004057A2 (en) 2005-07-04 2006-07-03 Chromosome conformation capture-on-chip (4c) assay

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2008104024A true RU2008104024A (ru) 2009-08-10
RU2478716C2 RU2478716C2 (ru) 2013-04-10

Family

ID=37604842

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2008104024/10A RU2478716C2 (ru) 2005-07-04 2006-07-03 Улавливание и характеристика совместно локализованного хроматина

Country Status (18)

Country Link
US (2) US20070231817A1 (ru)
EP (1) EP1899488B1 (ru)
JP (1) JP5416405B2 (ru)
KR (1) KR101383593B1 (ru)
AU (1) AU2006264564B2 (ru)
BR (1) BRPI0611702B1 (ru)
CA (1) CA2614118C (ru)
CY (1) CY1117260T1 (ru)
DK (1) DK1899488T3 (ru)
ES (1) ES2556113T3 (ru)
HU (1) HUE026922T2 (ru)
IL (1) IL187919A (ru)
NO (1) NO20076430L (ru)
NZ (1) NZ564262A (ru)
PL (1) PL1899488T3 (ru)
RU (1) RU2478716C2 (ru)
SI (1) SI1899488T1 (ru)
WO (1) WO2007004057A2 (ru)

Families Citing this family (29)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB0603251D0 (en) 2006-02-17 2006-03-29 Isis Innovation DNA conformation
US8071296B2 (en) 2006-03-13 2011-12-06 Agency For Science, Technology And Research Nucleic acid interaction analysis
AU2008204338B2 (en) * 2007-01-11 2014-03-06 Erasmus University Medical Center Circular chromosome conformation capture (4C)
US8263367B2 (en) 2008-01-25 2012-09-11 Agency For Science, Technology And Research Nucleic acid interaction analysis
WO2010036323A1 (en) * 2008-09-25 2010-04-01 University Of Massachusetts Medical School Method of identifing interactions between genomic loci
EP4063518A1 (en) 2010-07-09 2022-09-28 Cergentis B.V. V3-d genomic region of interest sequencing strategies
GB2519255B (en) 2013-02-01 2016-01-06 Univ California Methods for genome assembly and haplotype phasing
US9411930B2 (en) 2013-02-01 2016-08-09 The Regents Of The University Of California Methods for genome assembly and haplotype phasing
GB2517936B (en) * 2013-09-05 2016-10-19 Babraham Inst Chromosome conformation capture method including selection and enrichment steps
GB201320351D0 (en) * 2013-11-18 2014-01-01 Erasmus Universiteit Medisch Ct Method
GB2520765A (en) 2013-12-02 2015-06-03 Vanadis Diagnostics Ab Multiplex detection of nucleic acids
GB2520763A (en) 2013-12-02 2015-06-03 Vanadis Diagnostics Ab Nucleic acid probe and method of detecting genomic fragments
WO2015089243A1 (en) 2013-12-11 2015-06-18 The Regents For Of The University Of California Methods for labeling dna fragments to recontruct physical linkage and phase
CA2956925C (en) 2014-08-01 2024-02-13 Dovetail Genomics, Llc Tagging nucleic acids for sequence assembly
EP3031929A1 (en) 2014-12-11 2016-06-15 Mdc Max-Delbrück-Centrum Für Molekulare Medizin Berlin - Buch Genome architecture mapping
CA2976902A1 (en) 2015-02-17 2016-08-25 Dovetail Genomics Llc Nucleic acid sequence assembly
GB2554572B (en) 2015-03-26 2021-06-23 Dovetail Genomics Llc Physical linkage preservation in DNA storage
WO2016207647A1 (en) 2015-06-24 2016-12-29 Oxford Biodynamics Limited Epigenetic chromosome interactions
KR20180096586A (ko) 2015-10-19 2018-08-29 더브테일 제노믹스 엘엘씨 게놈 어셈블리, 하플로타입 페이징 및 표적 독립적 핵산 검출을 위한 방법
WO2017066907A1 (zh) * 2015-10-19 2017-04-27 安诺优达基因科技(北京)有限公司 一种构建高可利用数据率的Hi-C文库的方法
SG11201807117WA (en) 2016-02-23 2018-09-27 Dovetail Genomics Llc Generation of phased read-sets for genome assembly and haplotype phasing
GB201608000D0 (en) 2016-05-06 2016-06-22 Oxford Biodynamics Ltd Chromosome detection
EP3954771A1 (en) 2016-05-13 2022-02-16 Dovetail Genomics, LLC Recovering long-range linkage information from preserved samples
WO2018100381A1 (en) * 2016-12-01 2018-06-07 Oxford Biodynamics Limited Application of epigenetic chromsomal interactions in cancer diagnostics
JP7045086B2 (ja) * 2016-12-23 2022-03-31 オックスフォード バイオダイナミックス パブリック リミテッド カンパニー 分類法
US12006547B2 (en) * 2017-10-02 2024-06-11 Oxford BioDynamics PLC Detection of chromosome interactions as indicative of amyotrophic lateral sclerosis
USD877547S1 (en) 2018-07-09 2020-03-10 Apple Inc. Retail fixture
GB202111195D0 (en) 2021-08-03 2021-09-15 Cergentis B V Method for targeted sequencing
GB202111194D0 (en) 2021-08-03 2021-09-15 Cergentis B V Method

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2003214395A1 (en) * 2002-03-08 2003-09-22 The Babraham Institute Tagging and recovery of elements associated with target molecules
AU2008204338B2 (en) * 2007-01-11 2014-03-06 Erasmus University Medical Center Circular chromosome conformation capture (4C)

Also Published As

Publication number Publication date
US20070231817A1 (en) 2007-10-04
JP5416405B2 (ja) 2014-02-12
BRPI0611702A2 (pt) 2010-09-28
WO2007004057A2 (en) 2007-01-11
KR101383593B1 (ko) 2014-04-09
US20100075861A1 (en) 2010-03-25
AU2006264564B2 (en) 2012-04-19
US8153373B2 (en) 2012-04-10
DK1899488T3 (en) 2015-12-21
SI1899488T1 (sl) 2016-05-31
KR20080016953A (ko) 2008-02-22
IL187919A0 (en) 2008-03-20
AU2006264564A1 (en) 2007-01-11
CA2614118C (en) 2013-11-26
WO2007004057A3 (en) 2007-05-18
ES2556113T3 (es) 2016-01-13
EP1899488A2 (en) 2008-03-19
IL187919A (en) 2012-10-31
HUE026922T2 (en) 2016-07-28
PL1899488T3 (pl) 2016-03-31
RU2478716C2 (ru) 2013-04-10
JP2009500031A (ja) 2009-01-08
CA2614118A1 (en) 2007-01-11
NZ564262A (en) 2010-02-26
CY1117260T1 (el) 2017-04-26
BRPI0611702B1 (pt) 2015-05-19
EP1899488B1 (en) 2015-09-16
NO20076430L (no) 2008-04-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2008104024A (ru) 4с
CA2737643C (en) Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by sequencing
JP2019170390A (ja) 核酸分析のための方法、組成物およびキット
JP2010515449A5 (ru)
US20140051585A1 (en) Methods and compositions for reducing genetic library contamination
US20030175908A1 (en) Methods and means for manipulating nucleic acid
EP2904113B1 (en) High-throughput genotyping by sequencing low amounts of genetic material
Bono et al. Validation of a semiconductor next‐generation sequencing‐based protocol for preimplantation genetic diagnosis of reciprocal translocations
WO2014028778A1 (en) Methods and compositions for reducing genetic library contamination
EP3565906B1 (en) Quantifying dna sequences
Carson et al. Strategies for the detection of copy number and other structural variants in the human genome
Fujiki et al. Short DNA probes developed for sample tracking and quality assurance in gene panel testing
RU2508407C2 (ru) Способ количественной оценки терминальных нуклеотидов g-цепи теломерной днк человека с помощью полимеразной цепной реакции и дуплекс-специфического анализа, наборы синтетических олигонуклеотидных праймеров и зондов для осуществления этого способа
CN110603328B (zh) 定量pcr扩增引物对及其应用
US20220145368A1 (en) Methods for noninvasive prenatal testing of fetal abnormalities
Busanello et al. Transcriptomics applied to rice grain quality
Van Cauwenbergh et al. Genetic testing techniques
Sasaki et al. Characteristics of oligonucleotide tiling arrays measured by hybridizing full-length cDNA clones: Causes of signal variation and false positive signals
Gallardo et al. Application to Assisted Reproductive of Whole-Genome Treatment Technologies
AU2021200569A1 (en) Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by sequencing
Rizzo et al. All things ChIP: ChIP-Chip, ChIP-Seq, ChIP-PCR
Rodriguez et al. Special Techniques
FR2920159A1 (fr) Methode et reactifs pour la quantification, la comparaison et l'identification d'alleles sur support solide
EP2684964A1 (en) Microarray-based methods for identifying single nucleotides at specific positions in nucleic acids
Gallardo et al. Application of Whole-Genome Technologies to Assisted Reproductive Treatment

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20160704