ES2556113T3 - Ensayo de captura en chip (4C) de conformación cromosómica - Google Patents
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Abstract
Un método para analizar la frecuencia de interacción de una secuencia nucleotídica diana con una o más secuencias nucleotídicas de interés (por ejemplo, uno o más loci genómicos) que comprende las etapas de: (a) proporcionar una muestra de ADN entrecruzado; (b) digerir el ADN entrecruzado con una enzima de restricción primaria; (c) ligar las secuencias nucleotídicas entrecruzadas; (d) revertir el entrecruzamiento; (e) digerir las secuencias nucleotídicas con una enzima de restricción secundaria; (f) ligar una o más secuencias de ADN de composición nucleotídica conocida con el sitio o sitios disponibles de digestión por enzima de restricción secundaria que flanquean la una o más secuencias nucleotídicas de interés; (g) amplificar la una o más secuencias nucleotídicas de interés usando al menos dos cebadores oligonucleotídicos, en el que cada cebador hibrida con las secuencias de ADN que flanquean las secuencias nucleotídicas de interés; (h) hibridar la secuencias o secuencias amplificadas en una serie; y (i) determinar la frecuencia de interacción entre las secuencias de ADN.
Description
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entre las secuencias de ADN en presencia del agente y (ii) la frecuencia de interacción entre las secuencias de ADN en ausencia del agente es indicativa de un agente que modula la interacción ADN-ADN. En un decimonoveno aspecto se proporciona un método para detectar la localización de un punto de interrupción equilibrado y/o desequilibrado (por ejemplo, una translocación) que comprende la etapa de: (a) realizar las etapas
(a) a (i) del primer y segundo aspecto de la presente invención; y (b) comparar la frecuencia de interacción entre las secuencias de ADN con la de un control; donde una transición de frecuencia de interacción ADN-ADN baja a alta para una región cromosómica en la muestra en comparación con el control es indicativa de la localización de un punto de interrupción.
En un vigésimo aspecto se proporciona un método para detectar la localización de una inversión equilibrada y/o desequilibrada que comprende las etapas de: (a) realizar las etapas (a) a (i) del primer y segundo aspecto de la presente invención; y (b) comparar la frecuencia de interacción entre las secuencias de ADN con la de un control; donde un patrón invertido de frecuencias de interacción ADN-ADN para una región cromosómica para la muestra en comparación con el control es indicativo de una inversión.
En un vigésimo primer aspecto se proporciona un método para detectar la localización de una deleción que comprende las etapas de: (a) realizar las etapas (a) a (i) del primer y segundo aspecto de la presente invención; (b) comparar la frecuencia de interacción entre las secuencias de ADN con la de un control; donde una reducción en la frecuencia de interacción ADN-ADN para una región cromosómica para la muestra en comparación con el control es indicativa de deleción.
En un vigésimo segundo aspecto se proporciona un método para detectar la localización de una duplicación que comprende las etapas de: (a) realizar las etapas (a) a (i) del primer y segundo aspecto de la presente invención; y
(b) comparar la frecuencia de interacción entre las secuencias de ADN con la de un control; donde un aumento o una disminución en la frecuencia de interacción ADN-ADN para una región cromosómica para la muestra del sujeto en comparación con el control es indicativa de una duplicación o inserción.
También se describe en este documento un agente obtenido u obtenible mediante el método de ensayo descrito en este documento.
También se describe en este documento el uso de la secuencia nucleotídica circularizada para identificar una o más interacciones ADN-ADN en una muestra.
También se describe en este documento el uso de una secuencia nucleotídica circularizada para el diagnóstico o pronóstico de una enfermedad o síndrome causado por o asociado con un cambio en una interacción ADN-ADN.
También se describe en este documento el uso de la serie de sondas o del conjunto de sondas descrito en este documento para identificar una o más interacciones ADN-ADN en una muestra.
También se describe en este documento el uso de la serie de sondas o del conjunto de sondas descrito en este documento para el diagnóstico o pronóstico de una enfermedad o síndrome causado por o asociado con un cambio en una interacción ADN-ADN.
También se describe en este documento el uso de la serie descrita en este documento para identificar una o más interacciones ADN-ADN en una muestra.
También se describe en este documento el uso de la serie descrita en este documento para el diagnóstico o pronóstico de una enfermedad o síndrome causado por o asociado con un cambio en una interacción ADN-ADN.
También se describe en este documento un método, una serie de sondas, un conjunto de sondas, un proceso, una serie, un método de ensayo, un agente, o un uso sustancialmente como se describe en este documento y con referencia a cualquiera de los Ejemplos o Figuras.
Realizaciones preferidas
Preferiblemente, la reacción de ligamiento en la etapa (f) provoca la formación de círculos de ADN.
Preferiblemente, la secuencia nucleotídica diana se selecciona entre el grupo que consiste en un reordenamiento genómico, promotor, un potenciador, un silenciador, un aislante, una región de adhesión a la matriz, una región de control del locus, una unidad de transcripción, un origen de replicación, un punto caliente de recombinación, un punto de interrupción de translocación, un centrómero, un telómero, una región densa en genes, una región pobre en genes, un elemento repetitivo y un sitio de integración (viral).
Preferiblemente, la secuencia nucleotídica diana es una secuencia nucleotídica que está asociada con o causa una enfermedad, o está localizada hasta o más de 15 Mb en un molde de ADN lineal desde un locus que está asociado con o causa una enfermedad.
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Como se usa una enzima de restricción primaria para digerir el ADN antes de la etapa de ligamiento intramolecular, un sitio de reconocimiento enzimático para la enzima de restricción primaria separará la primera secuencia nucleotídica (diana) y la secuencia nucleotídica que se ha ligado. Por consiguiente, el sitio de reconocimiento primario está localizado entre la primera secuencia nucleotídica (diana) y la secuencia nucleotídica ligada (es decir, la segunda secuencia ligada).
Secuencia nucleotídica
La presente invención implica el uso de secuencias nucleotídicas (por ejemplo, moldes 3C, moldes 4C, moldes de ADN, moldes de amplificación, fragmentos de ADN y ADN genómico), que pueden estar disponibles en bases de datos.
La secuencia nucleotídica puede ser ADN o ARN de origen genómico, sintético o recombinante, por ejemplo, ADNc. Por ejemplo, pueden prepararse secuencias nucleotídicas recombinantes usando técnicas de clonación por PCR. Esto implicará preparar un par de cebadores que flanquean una región de la secuencia que se desea clonar, poner los cebadores en contacto con ARNm o ADNc obtenido de, por ejemplo, un mamífero (por ejemplo, célula animal o humana) o célula no de mamífero, realizar una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en condiciones que conseguirán la amplificación de la región deseada, aislar el fragmento amplificado (por ejemplo, purificando la mezcla de reacción en un gel de agarosa) y recuperar el ADN amplificado. Los cebadores pueden diseñarse para que contengan sitios adecuados de reconocimiento por enzimas de restricción de modo que el ADN amplificado pueda clonarse en un vector de clonación adecuado.
La secuencia nucleotídica puede ser bicatenario o monocatenaria representando la hebra con sentido o antisentido o combinaciones de las mismas.
Para algunos aspectos, se prefiere que la secuencia nucleotídica sea ADN monocatenario -tal como cebadores y sondas monocatenarias.
Para algunos aspectos, se prefiere que la secuencia nucleotídica sea ADN bicatenario -tal como moldes 3C y 4C bicatenarios.
Para algunos aspectos, se prefiere que la secuencia nucleotídica sea ADN genómico -tal como uno o más loci genómicos.
Para algunos aspectos, se prefiere que la secuencia nucleotídica sea ADN cromosómico.
La secuencia nucleotídica puede comprender una primera secuencia nucleotídica (diana) y/o una segunda secuencia nucleotídica.
Los sitios de reconocimiento por enzima de restricción primaria y secundaria serán diferentes entre sí y típicamente existirán solamente una vez en la secuencia nucleotídica.
En un aspecto, se proporciona una secuencia nucleotídica circularizada que comprende una primera secuencia nucleotídica y una segunda secuencia nucleotídica (por ejemplo, ligada) separada (por ejemplo, dividida o separada) por un sitio de reconocimiento por enzima de restricción primaria y secundaria, donde dicha primera secuencia nucleotídica es una secuencia nucleotídica diana y dicha segunda secuencia nucleotídica se puede obtener por entrecruzamiento de ADN genómico (por ejemplo, in vivo o in vitro). Los sitios de reconocimiento por enzima de restricción primaria y secundaria serán diferentes entre sí y típicamente existirán solamente una vez en la secuencia nucleotídica.
También se describe en este documento una secuencia nucleotídica circularizada que comprende una primera secuencia nucleotídica y una segunda secuencia nucleotídica (por ejemplo, ligada) separada (por ejemplo, dividida o separada) por un sitio de reconocimiento por enzima de restricción primaria y secundaria, donde dicha primera secuencia nucleotídica es una secuencia nucleotídica diana y dichas primera y segunda secuencias nucleotídicas se pueden obtener por un proceso que comprende las etapas de: (a) entrecruzamiento de ADN genómico (por ejemplo, in vivo o in vitro); (b) digestión del ADN entrecruzado con una enzima de restricción primaria; (c) ligamiento de las secuencias nucleotídicas entrecruzadas; (d) reversión del entrecruzamiento; y (e) digestión de las secuencias nucleotídicas con una enzima de restricción secundaria para circularizar las secuencias nucleotídicas.
Preferiblemente, la segunda secuencia nucleotídica interseca (por ejemplo biseca) la primera secuencia nucleotídica (diana). Por consiguiente, la secuencia nucleotídica comprende la segunda secuencia nucleotídica, que separa la primara secuencia nucleotídica (diana) en dos partes o fragmentos -tal como aproximadamente dos partes o fragmentos de igual tamaño. Típicamente, las partes o fragmentos serán de al menos aproximadamente 16 nucleótidos de longitud.
Primera secuencia nucleotídica
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http://www.progenetix.net/progenetix/P14603437/ideogram.html
http://www.changbioscience.com/cytogenetics/cyto1.pl?query=47,xy
http://www.possum.net.au/
http://www.lmdatabases.com/
http://www.wiley.com/legacy/products/subject/life/borgaonkar/index.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM
http://www.sanger.ac.uk/PostGenomics/decipher/
http://agserver01.azn.n1:8080/ecaruca/ecaruca.jsp Otros ejemplos se describen en "Catalogue of Unbalanced Chromosome Aberrations in Man" 2ª edición. Albert Schinzel. Berlín: Walter de Gruyter, 2001. ISBN 07-3.
En una realización, el término "adyacente" significa "directamente adyacente" de modo que no existen nucleótidos intermedios entre dos secuencias adyacentes.
En otra realización, el término "adyacente" en el contexto de la secuencia de ácido nucleico y el sitio de reconocimiento por enzima de restricción primaria significa "directamente adyacente" de modo que no existen nucleótidos intermedios entre la secuencia de ácido nucleico y el sitio de reconocimiento por enzima de restricción primaria.
Segunda secuencia nucleotídica
La segunda secuencia nucleotídica se puede obtener, se obtiene, se identifica, o se puede identificar por entrecruzamiento de ADN genómico (por ejemplo, in vivo o in vitro).
La segunda secuencia nucleotídica (por ejemplo, secuencia nucleotídica de interés) llega a ligarse a la primera secuencia nucleotídica (diana) después de tratar una muestra con un agente de entrecruzamiento y digerir/ligar los fragmentos de ADN entrecruzado. Dichas secuencias se entrecruzan con la primera secuencia nucleotídica (diana) porque estaban originalmente cerca en el espacio nuclear y se ligan con la primera secuencia nucleotídica (diana) porque las condiciones de ligamiento favorecen el ligamiento entre fragmentos de ADN entrecruzados (intramoleculares) sobre eventos de ligamiento aleatorio.
Las enfermedades basadas en alteraciones -tales como translocaciones, deleciones, inversiones, duplicaciones y otros reordenamientos genómicos -generalmente están causadas por interacciones ADN-ADN aberrantes. La tecnología 4C mide las frecuencias de interacción ADN-ADN, que son principalmente una función de la separación de sitios genómicos, es decir, las frecuencias de interacción ADN-ADN son inversamente proporcionales a la distancia lineal (en kilobases) entre dos loci de ADN presentes en el mismo molde de ADN físico (Dekker et al., 2002). Por tanto, una o más alteraciones que crean nuevos moldes y/o diferentes físicamente de ADN, están acompañadas por interacciones ADN-ADN alteradas y esto puede medirse por tecnología 4C.
Adecuadamente, la segunda secuencia nucleotídica es de al menos 40 pares de bases.
Los agentes de entrecruzamiento -tales como formaldehído -pueden usarse para entrecruzar proteínas con otras proteínas adyacentes y ácido nucleico. Por tanto, dos o más secuencias nucleotídicas pueden entrecruzarse solamente mediante proteínas unidas a (una de) estas secuencias nucleotídicas. También pueden usarse agentes de entrecruzamiento diferentes a formaldehído de acuerdo con la presente invención, incluyendo aquellos agentes de entrecruzamiento que entrecruzan directamente secuencias nucleotídicas. Ejemplos de agentes que entrecruzan ADN incluyen, aunque sin limitación, luz UV, mitomicina C, mostaza de nitrógeno, melfalán, 1,3-butadieno diepóxido, cis diaminedicloroplatino(II) y ciclofosfamida.
Adecuadamente, el agente de entrecruzamiento formará entrecruzamientos que unen distancias relativamente cortas -tales como aproximadamente 2 Å -seleccionado de ese modo interacciones íntimas que pueden revertirse.
El entrecruzamiento puede realizarse por, por ejemplo, incubación de las células en formaldehído al 2% a temperatura ambiente -tal como incubación de 1 × 107 células en 10 ml de DMEM-FCS al 10% suplementado con formaldehído al 2% durante 10 min a temperatura ambiente.
Enzima de restricción primaria
Como se usa en este documento, la expresión "enzima de restricción primaria" se refiere a una primera enzima de restricción que se usa para digerir el ADN entrecruzado.
La enzima de restricción primaria se elegirá dependiendo del tipo de secuencia diana (por ejemplo, locus) a analizar. Es deseable que se realicen experimentos preliminares para optimizar las condiciones de digestión.
La enzima de restricción primaria puede seleccionarse entre enzimas de restricción que reconocen secuencias de al menos 6 pb o más de ADN.
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Las enzimas de restricción que reconocen secuencias de 6 pb de ADN incluyen, aunque sin limitación, AcII, HindIII, SspI, BspLU11I, AgeI, MluI, SpeI, BglII, Eco47III, StuI, ScaI, ClaI, AvaIII, VspI, MfeI, PmaCI, PvuII, NdeI, NcoI, SmaI, SacII, AvrII, PvuI, XmaIII, SplI, XhoI, PstI, AflII, EcoRI, AatII, SacI, EcoRV, SphI, NaeI, BsePI, NheI, BamHI, NarI, ApaI, KpnI, SnaI, SalI, ApaLI, HpaI, SnaBI, BspHI, BspMII, NruI, XbaI, BclI, MstI, BalI, Bsp1407I, PsiI, AsuII y AhaIII.
5 Las enzimas de restricción que reconocen una secuencia de más de 6 pb de ADN incluyen, aunque sin limitación, BbvC I, AscI, AsiS I, Fse I, Not I, Pac I, Pme I, Sbf I, SgrA I, Swa I, Sap I, Cci NI, FspA I, Mss I, Sgf I, Smi I, Srf I y Sse8387 I.
10 Para algunos aspectos de la presente invención, en el caso de enzimas de restricción que reconocen secuencias de 6 pb, se prefieren BglII, HindIII o EcoRI.
La expresión "sitio de reconocimiento por enzima de restricción primaria" se refiere al sitio en una secuencia nucleotídica que se reconoce y escinde por la enzima de restricción primaria.
15 Enzima de restricción secundaria
Como se usa en este documento, la expresión "enzima de restricción secundaria" se refiere a una segunda enzima de restricción que se usa después de la digestión con enzima de restricción primaria, ligamiento del ADN
20 entrecruzado, reversión del entrecruzamiento y (opcional) purificación del ADN. En una realización, la enzima de restricción secundaria se usa para proporcionar extremos definidos de ADN en la secuencias nucleotídicas de interés, que permite el ligamiento de secuencias de composición nucleotídica conocida con los sitios de reconocimiento por enzima de restricción secundaria que flanquean las secuencias nucleotídicas de interés.
25 En una realización, el ligamiento de secuencias de composición nucleotídica conocida con los sitios de reconocimiento por enzima de restricción secundaria que flanquean (por ejemplo, están a cada lado o extremo de) las secuencias nucleotídicas de interés implica el ligamiento en condiciones diluidas para favorecer el ligamiento intramolecular entre los sitios de reconocimiento por enzima de restricción secundaria que flanquean secuencias nucleotídicas diana y las secuencias nucleotídicas ligadas de interés. Esto provoca de forma eficaz la formación de
30 círculos de ADN en que secuencias nucleotídicas diana conocidas flanquean secuencias desconocidas de interés.
En otra realización, el ligamiento de secuencias de composición nucleotídica conocida con los sitios de reconocimiento por enzima de restricción secundaria que flanquean (por ejemplo, están en cada lado de o extremo de) las secuencias nucleotídicas de interés implica la adición de secuencias de ADN únicas de composición
35 nucleotídica conocida, seguido por ligamiento en condiciones que favorecen el ligamiento intermolecular entre los sitios de reconocimiento por enzima de restricción secundaria que flaquean las secuencias nucleotídicas de interés y las secuencias de ADN únicas introducidas de composición nucleotídica conocida.
En una realización, la enzima de restricción secundaria se elige de modo que no haya sitios para enzima de 40 restricción secundaria en aproximadamente 350 pb (por ejemplo, 350-400 pb) desde el sitio de restricción primario.
En otra realización, la enzima de restricción secundaria se elige de modo que el mismo sitio para enzima de restricción secundaria esté probablemente localizado en la secuencia nucleotídica ligada (es decir, la secuencia entrecruza ligada). Como los extremos de la primera secuencia nucleotídica (diana) y la secuencia nucleotídica
45 ligada pueden ser extremos cohesivos (o romos) compatibles, las secuencias pueden incluso ligarse para circularizar el ADN. Por consiguiente, la etapa de digestión está seguida por ligamiento en condiciones diluidas que favorecen interacciones intramoleculares y circularización opcional del ADN mediante los extremos compatibles.
Preferiblemente, el sitio de reconocimiento por enzima de restricción secundaria es un sitio de reconocimiento de
50 secuencia nucleotídica de 4 o 5 pb. Las enzimas que reconocen secuencias de 4 o 5 pb de ADN incluyen, aunque sin limitación, TspEI, MaeII, AluI, NlaIII, HpaII, FnuDII, MaeI, DpnI, MboI, HhaI, HaeIII, RsaI, TaqI, CviRI, MseI, Sth132I, AciI, DpnII, Sau3AI y MnlI.
En una realización preferida, la enzima de restricción secundaria es NIaIII y/o DpnII.
55 La expresión "sitio de reconocimiento por enzima de restricción secundaria" se refiere al sitio en la secuencia nucleotídica que se reconoce y escinde por la enzima de restricción secundaria.
Después de la digestión con la enzima de restricción secundaria, se realiza una reacción de ligamiento adicional. En
60 una realización, esta reacción de ligamiento une secuencias de ADN de composición de secuencia nucleotídica conocida con el sitio de digestión por enzima de restricción secundaria de la una o más secuencias que están ligadas a la secuencia nucleotídica diana.
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secuencias en las diversas posiciones concretas en el sustrato sólido. La patente de Estados Unidos Nº 5.837.832 describe un método mejorado para producir series de ADN inmovilizadas en sustratos de silicio basados en tecnología de integración a escala muy grande. En particular la patente de Estados Unidos Nº 5.837.832 describe una estrategia llamada "agrupamiento" para sintetizar conjuntos específicos de sondas en localizaciones espacialmente definidas sobre un sustrato que puede usarse para producir las bibliotecas de ADN inmovilizadas descritas en este documento. La patente de Estados Unidos Nº 5.837.832 también proporciona referencias para técnicas previas que también pueden usarse. Las series descritas en este documento también pueden construirse usando química de foto deposición.
Las series de péptidos (o peptidomiméticos) también pueden sintetizarse sobre una superficie de un modo que coloca cada distinto miembro de la biblioteca (por ejemplo, secuencia peptídica única) en una localización predefinida concreta en la serie. La identidad de cada miembro de la biblioteca se determina por su localización espacial en la serie. Se determinan las localizaciones en la serie donde suceden interacciones de unión entre una molécula predeterminada (por ejemplo, una diana o sonda) y miembros reactivos de la biblioteca, identificando de ese modo las secuencias de los miembros reactivos de la biblioteca en base a la localización espacial. Estos métodos se describen en la patente de Estados Unidos Nº 5.143.854; documento WO90/15070 y documento WO92/10092; Fodor et al. (1991) Science, 251: 767; Dower y Fodor (1991) Ant. Rep. Med. Chem., 26: 271.
Para ayudar a la detección, típicamente se usan marcadores (como se ha analizado anteriormente) -tal como cualquier indicador fácilmente detectable, por ejemplo, un indicador fluorescente, bioluminiscente, fosforescente, radiactivo, etc. Dichos indicadores, su detección, acoplamiento a dianas/sondas, etc se analizan en otra parte en este documento. El marcaje de sondas y dianas también se describe en Shalon et al., 1996, Genome Res 6(7):639
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Ejemplos específicos de series de ADN son los siguientes (para referencia):
Formato I: se inmoviliza ADNc de sonda (500-5.000 bases de longitud) en una superficie sólida tal como vidrio usando deposición puntual con robot y se expone a un conjunto de dianas por separado o en una mezcla. Este método se considera ampliamente como desarrollado en Stanford University (Ekins y Chu, 1999, Trends in Biotechnology, 1999, 17, 217-218).
Formato II: una serie de oligonucleótidos (oligos de 20-25 monómeros, preferiblemente, oligos de 40-60 monómeros)
o sondas de ácido peptidonucleico (PNA) se sintetizan in situ (sobre chip) o por síntesis convencional seguida por inmovilización sobre chip. La serie se expone a ADN de muestra marcado, se hibrida, y se determina la entidad/abundancia de secuencias complementarias. Dicho chip de ADN se vende por Affymetrix, Inc., con la marca GeneChip®. Agilent y Nimblegen también proporcionan series adecuadas (por ejemplo, series de agrupamiento genómico).
Ejemplos de algunos formatos de microserie disponibles en el mercado se exponen en la siguiente Tabla 1 (véase también Marshall y Hodgson, 1998, Nature Biotechnology, 16(1), 27-31).
Tabla 1: Ejemplos de formatos de microserie de hibridación disponibles
- Empresa
- Nombre del producto Método de formación de serie Etapa de hibridación Lectura
- Affymetrix.
- In situ (sobre chip) 10.000-260.000 oligo Fluorescencia
- Inc., Santa Clara, California
- GeneChip® Síntesis fotolitográfica de oligos de ∼20-25 monómeros en obleas de silicio, que se pican en virutas de 1,25 cm2 o 5,25 cm2 Presenta sondas con fragmentos marcados de 30-40 nucleótidos de ADNc de muestra o ARN antisentido
- Brax, Cambridge, RU
- Oligo sintético corto, sintetizado fuera de chip 1000 oligos en un "chip universal" sondeado con ácido nucleico marcado Espectrometría de masas
- Gene Logic, Inc., Columbia, Maryland
- READS™
- Genometrix Inc., The Woodlands, Texas
- Universal Arrays™
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- Empresa
- Nombre del producto Método de formación de serie Etapa de hibridación Lectura
- GENSET, París, Francia
- Hyseq Inc., Sunnyvale, California
- HyChip™ Muestras de ADN de 500-2000 nt impresas en membranas de 0,6 cm2 (HyGnostics) o ∼18 cm2 (Gene Discovery) 64 machas de ADNc de muestra sondeadas con 8.000 oligos de 7 monómeros (HyGnostics) o <=55,000 manchas de ADNc de muestra sondeadas con 300 oligo de 7 monómeros (Gene Discovery) Radioisótopo
- Oligos de 5 monómeros fabricados impresos como series de 1,15 cm2 en vidrio (HyChip)
- 1024 manchas de oligo universal sondeadas con ADNc de muestra de 10 kb, oligo de 5 monómeros marcado, y ligasa Fluorescencia
- Incyte
- GEM Impresión <=1000 (finalmente Fluorescencia y radioisótopo
- Pharmaceutica
- piezoeléctrica para 10.000)
- Is. Inc., Palo
- aplicar puntualmente oligo/manchas de
- Alto, California
- fragmentos de PCR y síntesis sobre chip de oligos fragmento de PCR sondeadas con ARN marcado
- Molecular
- Storm® ADNc de 500-5000 ∼10.000 manchas de Fluorescencia
- Dynamics,
- FluorImager nt impresos por ADNc sondeadas con
- Inc.,
- ® estilográfica en ∼10 ADNc de muestra
- Sunnyvale,
- cm2 en portaobjetos marcados de 200-400
- California
- de vidrio nt
- Nanogen, San
- Semiconduc Oligos de ∼20 25, 64, 400 (y Fluorescencia
- Diego,
- tor Microchip monómeros finalmente 10.000)
- California
- prefabricados, capturados en manchas electroactivas en obleas de silicio, que se pican en virutas de <=1 cm2 manchas de oligo polarizadas para potenciar la hibridación con ADNc de muestra marcados de 200-400 nt
- Protogene
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- Laboratories.
- de oligos de 40-50 oligo sondeadas con
- Palo Alto,
- monómeros en ácidos nucleicos de
- California
- viruta de vidrio de 9 cm2 mediante impresión en una serie de tensión superficial muestra marcados de 200-400 nt
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- MassArray Impresión off-set de 250 localizaciones por Espectrometría de masas
- Hamburgo,
- SpectroChip serie; oligos de SpectroChip
- Alemania, y
- aproximadamente interrogado por
- San Diego,
- 20-25 monómeros desorción laser y
- California
- espectrometría de masas
- Synteni. Inc.,
- UniGEM™ ADNc de 500-5.000 <=10.000 manchas de Fluorescencia
- Fremont,
- nt impresos por ADNc sondeadas con
- California
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