FI89185B - Oligonukleotidprober foer bestaemning av bakterier och andra levande organismer - Google Patents

Oligonukleotidprober foer bestaemning av bakterier och andra levande organismer Download PDF

Info

Publication number
FI89185B
FI89185B FI873774A FI873774A FI89185B FI 89185 B FI89185 B FI 89185B FI 873774 A FI873774 A FI 873774A FI 873774 A FI873774 A FI 873774A FI 89185 B FI89185 B FI 89185B
Authority
FI
Finland
Prior art keywords
probe
sequence
dna fragments
bacteria
rnas
Prior art date
Application number
FI873774A
Other languages
English (en)
Finnish (fi)
Other versions
FI873774A (fi
FI873774A0 (fi
FI89185C (sv
Inventor
Philippe Marliere
Patrick Grimont
Original Assignee
Inst Nat Sante Rech Med
Pasteur Institut
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Inst Nat Sante Rech Med, Pasteur Institut filed Critical Inst Nat Sante Rech Med
Publication of FI873774A0 publication Critical patent/FI873774A0/fi
Publication of FI873774A publication Critical patent/FI873774A/fi
Application granted granted Critical
Publication of FI89185B publication Critical patent/FI89185B/fi
Publication of FI89185C publication Critical patent/FI89185C/sv

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Compounds Of Unknown Constitution (AREA)
  • Solid-Sorbent Or Filter-Aiding Compositions (AREA)

Claims (10)

1. Probe för bestämning av bakterier i ett prov; eller lokalisering av DNA-fragment, vilka inne- 5 halier bakteriers 16S RNA kodande gener, ur elektrofo-retiskt eller kromatografiskt separerade DNA-fragment, kännetecknad därav, att proben bestär av antingen pentadekadeoxiribonukleotider, med sekvensen: (5')d - AAG GAG GTG ATC CAG (3'), 10 väri (5’) och (3') är polymerens 5'- och 3’- ändar och bokstäverna betecknar följande rester (nukleotider): A, adenyl-rest; C, cytidyl-rest; T, tymidyl-rest; och G, guanidyl-rest; eller pentadekadeoxiribonukleotider, med den komplementära sekvensen: 15 (5')d - CTG GAT CAC CTC CTT (3’)·
2. Probe för bestämning av bakterier i ett prov; eller lokalisering av DNA-fragment, vilka inne-häller bakteriers 16S RNA kodande gener, ur elektrofo-retiskt eller kromatografiskt separerade DNA-fragment, 20 kännetecknad därav, att proben bestär av sekvensen: (3') ACCTAGTGGAGGAAA (5'), eller motsvarande komplementära sekvens.
3. Probe för bestämning av bakterier i ett 25 prov; eller lokalisering av DNA-fragment, vilka inne- häller bakteriers 16S RNA kodande gener, ur elektrofo-retiskt eller kromatografiskt separerade DNA-fragment, kännetecknad därav, att proben bestär av en sekvens, vilken väljs ur följande grupp av sekvenser: 30 (5')d - AAGGAGGT (3‘); (5')d - AAAGGAGGT (3'); (5')d - AAGGAGGTG ( 3 ' ) ; (5’)d - AAGGAGGTGA (3'); (5' )d - AAGGAGGTGAT (3'); (5')d - AAGGAGGTGATC (3'); (5' )d - AAGGAGGTGATCC (3'); (5')d - AAGGAGGTGATCCA (3') eller motsvarande komplementära sekvens. .35
4. Probe för bestämning av eukaryotiska eller prokaryotiska organismers celler, bakterierna medräk-nade, ur ett prov; eller lokalisering av DNA-fragment, 20 891 85 vilka innehäller dessa cellers 16S serier RNA kodande gener, ur elektroforetiskt eller gaskromatografiskt separerade DNA-fragment, kännetecknad därav, att proben bestar av antingen pentadekadeoxiri-5 bonukleotider med sekvensen (5 * )d - ACC TTG TTA CGA CTT (3'), vari (5') och (3’) är polymerens 5’ och 3' ändar och bokstäverna betecknar följande rester (nukleoti-der) : A, adenyl-rest; C, cytidyl-rest; T, tymidyl-rest; och G guanidyl-rest; eller pentadekadeoxiribonukleoti-10 der med den komplementära sekvensen: (5')d - AAG TCG TAA CAA GGT (3').
5. Probe för bestämning av arkebakterier (ar-chaebacteria) ur ett prov; eller lokalisering av DNA-fragment, vilka innehäller arkebakteriers 16S RNA ko- 15 dande gener, ur elektroforetiskt eller gaskromatogra-fiskt separerade DNA-fragment, kännetecknad därav, att proben bestär av en sekvens med ätminstone 8 eftervarandra varande nukleotider, vilka ingär i följande sekvens:
20 AAGCTGCTCR'ACCCCGCG, och av högst nämnda 18 nukleotiders sekvens, väri R* är T eller C; eller ovan nämnda komplementära sekvens.
6. Probe enligt nägot av patentkraven 1-5, kännetecknad därav, att en oligonukleotid- 25 probe, med en i patentkraven 1-5 nämnd sekvens, är radioaktivt märkt, med i synnerhet en eller tvä radio-aktiva nukleotider av vilken typ som heist, i ena eller i vardera ändan, eller i synnerhet märkt med enzym-, ligand-, luminicerande eller fluorescerande märken. 30
7. Förfarande för bestämning av bakterier i ett prov, varvid efter att bakteriernas nukleinsyror bringats tili behandling och gjorts ensträngiga bringas nukleinsyrorna i kontakt med proben under förhällanden, vilka gynnar hybridisation, och de möljigen bildade 35 hybriderna bestäms, kännetecknat därav, att säsom probe används en probe enligt patentkrav 1, 2 eller 3. 2i 89185
8. Förfarande för bestämning av eukaryotista eller prokaryotiska organismers, bakterierna medräkna-de, celler ur ett prov, varvid efter att cellernas nukleinsyror bringats tili behandling och gjorts en-5 strängiga bringas nukleinsyrorna i kontakt med proben under förhällanden, vilka gynnar hybridisation, och de möjligen bildade hybriderna bestäms, kanne-t e c k n a t därav, att säsom probe används proben enligt patentkrav 4. 10
9. Förfarande för bestämning av arkeabakterier (archaebacteria) ur ett prov, varvid efter att ar-keabakteriernas nukleinsyror bringats tili behandling och gjorts ensträngiga bringas nukleinsyrorna i kontakt med proben under förhällanden, vilka gynnar hybridisa-15 tion och alla möjliga bildade hybrider bestäms, k ä n-netecknat därav, att säsom probe används proben enligt patentkrav 5.
10. Förfarande för lokalisering av DNA-frag-ment, vilka innehäller 16S seriers RNA kodande gener, 20 ur elektroforetiskt eller gaskromatografiskt separerade DNA-fragment, varvid de separerade och denaturerade DNA-fragmenten bringas i kontakt med en probe under förhällanden vilka tilläter en möjlig hybridisation och de möjligen bildade hybriderna bestäms, k ä n n e -25 tecknat därav, att säsom probe används vilken som heist probe enligt patentkraven 1 - 5 .
FI873774A 1986-04-04 1987-08-31 Oligonukleotidprober för bestämning av bakterier och andra levande org anismer FI89185C (sv)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FR8604914 1986-04-04
FR8604914A FR2596774B1 (fr) 1986-04-04 1986-04-04 Sondes oligonucleotidiques et procedes pour la detection par hybridation des acides nucleiques de bacteries et autres etres vivants
FR8700108 1987-04-03
PCT/FR1987/000108 WO1987005907A1 (fr) 1986-04-04 1987-04-03 Sondes oligonucleotidiques et procedes pour la detection par hybridation des acides nucleiques de bacteries et autres etres vivants

Publications (4)

Publication Number Publication Date
FI873774A0 FI873774A0 (fi) 1987-08-31
FI873774A FI873774A (fi) 1987-10-05
FI89185B true FI89185B (fi) 1993-05-14
FI89185C FI89185C (sv) 1993-08-25

Family

ID=9333957

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
FI873774A FI89185C (sv) 1986-04-04 1987-08-31 Oligonukleotidprober för bestämning av bakterier och andra levande org anismer

Country Status (14)

Country Link
US (1) US5407797A (sv)
EP (1) EP0245129B1 (sv)
JP (1) JP2662556B2 (sv)
KR (1) KR950013772B1 (sv)
AT (1) ATE72567T1 (sv)
AU (1) AU612571B2 (sv)
DE (1) DE3776669D1 (sv)
DK (1) DK453887A (sv)
EG (1) EG18267A (sv)
ES (1) ES2039469T3 (sv)
FI (1) FI89185C (sv)
FR (1) FR2596774B1 (sv)
GR (1) GR3003796T3 (sv)
WO (1) WO1987005907A1 (sv)

Families Citing this family (33)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0277237A4 (en) * 1986-07-10 1990-02-22 Toray Industries METHOD AND PROBE FOR SCREENING FOR BACTERIA IN SAMPLES.
US5541308A (en) * 1986-11-24 1996-07-30 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms
US7087742B1 (en) 1986-11-24 2006-08-08 Gen-Probe Incorporated Oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
US5994059A (en) * 1986-11-24 1999-11-30 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes and methods for detecting Streptomyces enterococci
US6150517A (en) 1986-11-24 2000-11-21 Gen-Probe Methods for making oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
AU616646B2 (en) * 1986-11-24 1991-11-07 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms
US7138516B1 (en) 1986-11-24 2006-11-21 Gen-Probe Incorporated Oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
AU619170B2 (en) * 1987-01-09 1992-01-23 Abbott Laboratories Diagnostic assays using nucleic acid probes
GB8716367D0 (en) * 1987-07-10 1987-08-19 Reeders S T Genetic identification
JP2823566B2 (ja) * 1987-08-14 1998-11-11 アンスティテュ パストゥール バクテリア診断プローブ
ES2058566T3 (es) * 1988-04-15 1994-11-01 Innogenetics Nv Sondas de hibridacion para detectar las cepas de neisseria.
AU623889B2 (en) * 1988-04-20 1992-05-28 Fuso Yakuhin Kogyo Kabushiki Kaisha Method for diagnosis of infectious diseases and method of detecting and identifying microorganisms
DE68926455T2 (de) * 1988-07-05 1996-10-31 Baylor College Medicine Verfahren zur identifizierung von bakterien
GB8818066D0 (en) * 1988-07-29 1988-09-01 Evans D J Bacterial dna probe
US7172863B1 (en) 1988-12-09 2007-02-06 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes and methods for detecting Neisseria gonorrhoeae
DE3843784A1 (de) * 1988-12-24 1990-06-28 Battelle Institut E V Verfahren zum nachweis von gramnegativen mikroorganismen sowie hierfuer geeignete dna-proben und antikoerper
CA2025236A1 (en) * 1989-02-06 1990-08-07 Walter King Probes and methods for the detection of listeria
ATE127530T1 (de) * 1989-05-31 1995-09-15 Amoco Corp Universelle nukleinsäuresonden für eubakterien sowie methoden.
EP0452596A1 (en) * 1990-04-18 1991-10-23 N.V. Innogenetics S.A. Hybridization probes derived from the spacer region between the 16S and 23S rRNA genes for the detection of non-viral microorganisms
US5472843A (en) * 1991-04-25 1995-12-05 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Haemophilus influenzae
US6028187A (en) * 1991-08-01 2000-02-22 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Listeria monocytogenes
US5292874A (en) * 1991-09-04 1994-03-08 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Staphylococcus aureus
US5284747A (en) * 1991-12-18 1994-02-08 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Coccidioides immitis
US5558990A (en) * 1991-12-18 1996-09-24 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to blastomyces dermatitidis and paracoccidioides brasiliensis
DE4217134A1 (de) * 1992-05-23 1993-11-25 Boehringer Mannheim Gmbh Thermostabile Ligase aus Archaebakterien
GB9422891D0 (en) * 1994-11-12 1995-01-04 Univ Nottingham Improvements in and relating to the amplification and identification of nucleotide sequences
US5622827A (en) * 1995-02-07 1997-04-22 Gen-Probe Incorporated Amplification primers and nucleic acid probes targeted to coccidioides immitis nucleic acid
US6489114B2 (en) 1999-12-17 2002-12-03 Bio Merieux Process for labeling a ribonucleic acid, and labeled RNA fragments which are obtained thereby
US6902891B2 (en) 1999-12-17 2005-06-07 Bio Merieux Process for labeling a nucleic acid
EP1158057A1 (en) * 2000-05-18 2001-11-28 Centre National De La Recherche Scientifique Compositions and methods applicable to genetic analyses
US20040005555A1 (en) * 2000-08-31 2004-01-08 Rothman Richard E. Molecular diagnosis of bactermia
ES2283856T3 (es) * 2002-12-05 2007-11-01 Siemens Aktiengesellschaft Arbol de turbina asi como fabricacion de un arbol de turbina.
US20140147856A1 (en) * 2012-11-29 2014-05-29 Rush University Medical Center Intestinal Permeability Assay for Neurodegenerative Diseases

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0155359B1 (en) * 1981-09-25 1988-01-07 John A. Webster, Jr. Method for identifying and characterizing organisms
DE3486467T3 (de) * 1983-01-10 2004-10-14 Gen-Probe Inc., San Diego Verfahren zum Nachweis, Identifizieren und Quantifizieren von Organismen und Viren
WO1984003716A1 (en) * 1983-03-21 1984-09-27 John A Webster Jr Method for identifying and characterizing organisms
FR2568588B1 (fr) * 1984-08-02 1987-02-13 Inst Nat Sante Rech Med Sonde et procede pour la detection de micro-organismes determines, notamment des legionella dans les milieux les contenant

Also Published As

Publication number Publication date
DK453887D0 (da) 1987-08-28
ATE72567T1 (de) 1992-02-15
EP0245129B1 (fr) 1992-02-12
KR880700811A (ko) 1988-04-12
FI873774A (fi) 1987-10-05
FI873774A0 (fi) 1987-08-31
JPH01500001A (ja) 1989-01-12
US5407797A (en) 1995-04-18
FR2596774A1 (fr) 1987-10-09
KR950013772B1 (ko) 1995-11-15
DK453887A (da) 1987-08-28
FR2596774B1 (fr) 1988-07-22
EP0245129A1 (fr) 1987-11-11
DE3776669D1 (de) 1992-03-26
AU612571B2 (en) 1991-07-18
EG18267A (en) 1992-12-30
ES2039469T3 (es) 1993-10-01
WO1987005907A1 (fr) 1987-10-08
AU7232587A (en) 1987-10-20
FI89185C (sv) 1993-08-25
GR3003796T3 (sv) 1993-03-16
JP2662556B2 (ja) 1997-10-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
FI89185B (fi) Oligonukleotidprober foer bestaemning av bakterier och andra levande organismer
EA005577B1 (ru) Продукт, содержащий иммобилизованную нуклеиновую кислоту, полученный способом с участием химерного олигонуклеотидного праймера, днк-полимеразы и эндонуклеазы
US20150140568A1 (en) Reference markers for biological samples
EP3144396A1 (en) Compositions of toehold primer duplexes and methods of use
CN101230394A (zh) 短串联重复基因座的多重扩增
EP1721991B1 (en) Method of detecting nucleic acid and utilization thereof
Zhao et al. Recent advances in peptide nucleic acids for rapid detection of foodborne pathogens
EP2058392B1 (en) Dna fragment used in the form attached to 5'-terminus of primer for use in amplification reaction of nucleic acid, and use thereof
CN109415721B (zh) 用于检测2个以上的目标核酸的引物组、试剂盒及方法
US20240167076A1 (en) Selective enrichment
EP1802771B1 (en) Detection, identification and differentiation of serratia species using the spacer region
TW202043485A (zh) 基於使用單核苷酸多型性標籤序列之單一檢測探針檢測多個目標的方法
WO2020114998A1 (en) Compositions and methods for detection of candida auris
CN110628920A (zh) 人类y染色体35个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用
KR20010051353A (ko) 변동된 종결 분석에 의한 핵산 서열의 변형 검출 방법
Gale et al. Evaluation of 15 Polymerases and Phosphorothioate Primer Modification for Detection of UV‐induced C: G to T: A Mutations by Allele‐specific PCR¶
JPH0690798A (ja) 黄色ブドウ球菌検出用プローブ及び検出方法
US7049070B2 (en) Materials and methods for detection and characterization of nucleic acid sequence variability
Saunders Analysis of restriction fragment length polymorphisms in the study of bacteria
WO1999005325A1 (en) Methods and compositions for determining species of bacteria and fungi
JP2004344065A (ja) オリゴヌクレオチド及びそれを用いた結核菌群の検出方法
Lidiya et al. Nucleic acids probes in seafood authentication
WO2023094992A1 (en) Systems, formulations and methods for microbial detection and quantification
CN1995982A (zh) 同时对乙肝病毒基因型定型和定量的方法
WO1991010748A1 (en) Dna sequences from specific human genomic loci useful for identification of individuals

Legal Events

Date Code Title Description
BB Publication of examined application
MM Patent lapsed
MM Patent lapsed

Owner name: INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE

Owner name: INSTITUT PASTEUR