FI89185B - Oligonukleotidprober foer bestaemning av bakterier och andra levande organismer - Google Patents

Oligonukleotidprober foer bestaemning av bakterier och andra levande organismer Download PDF

Info

Publication number
FI89185B
FI89185B FI873774A FI873774A FI89185B FI 89185 B FI89185 B FI 89185B FI 873774 A FI873774 A FI 873774A FI 873774 A FI873774 A FI 873774A FI 89185 B FI89185 B FI 89185B
Authority
FI
Finland
Prior art keywords
probe
sequence
dna fragments
bacteria
rnas
Prior art date
Application number
FI873774A
Other languages
English (en)
Swedish (sv)
Other versions
FI873774A0 (fi
FI89185C (fi
FI873774L (fi
Inventor
Philippe Marliere
Patrick Grimont
Original Assignee
Inst Nat Sante Rech Med
Pasteur Institut
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Inst Nat Sante Rech Med, Pasteur Institut filed Critical Inst Nat Sante Rech Med
Publication of FI873774A0 publication Critical patent/FI873774A0/fi
Publication of FI873774L publication Critical patent/FI873774L/fi
Publication of FI89185B publication Critical patent/FI89185B/fi
Application granted granted Critical
Publication of FI89185C publication Critical patent/FI89185C/fi

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Solid-Sorbent Or Filter-Aiding Compositions (AREA)
  • Compounds Of Unknown Constitution (AREA)

Description

1 89185 OLIGONUKLEOTIDIKOETTIMIA BAKTEERIEN JA MUIDEN ELÄVIEN ORGANISMIEN MÄÄRITTÄMISTÄ VARTEN - OLIGONUKLEOTIDPROBER FÖR BESTÄMNING AV BAKTERIER OCH ANDRA LEVANDE ORGANIS-MER 5
Keksintö koskee oligonukleotidikoettimia, joita voidaan käyttää bakteerien ja muiden elävien organismien esiintymisen määrittämiseen hybridisaa-tiomenetelmien avulla.
10 Lääkärit, eläinlääkärit, kasvipatologit ja biologit joutuvat usein määrittämään, sisältääkö näyte (ihmis-, eläin-, kasvi-, elintarvike- tai muu näyte) bakteereita tai muita mahdollisia organismeja. Tällä hetkellä käytettävissä olevia menetelmiä elävien mik-15 ro-organismien esiintymisen määrittämiseksi ovat ainoastaan mikroskooppiset menetelmät (valo tai elektroni), viljelymenetelmät, immunologiset määritysmenetelmät ja määritysmenetelmät, joissa käytetään spesifisiä nukle-iinihappo-koettimia.
20 Immunologista määritysmenetelmää on kuvattu esim. julkaisussa WO 84/3716. Immunologinen määritys ja määritys spesifisten nukleiinihappo-koettimien avulla ovat soveltuneet vain tietyille organismeille, esim. Legionella pneumophila-organismille (ks. julkaisu EP 25 174226) tai Salmonella-organismeille. Reagenssi, joka mahdollistaa yhden tai useamman organismin määrityksen, on tavallisesti sopimaton muiden lajien tai sukujen määritykseen (mainittujen reagenssien käyttö perustuu tähän spesifisyysperiaatteeseen).
30 Mikroskooppinen toteaminen rajoittuu pieneen osaan näytteitä, sillä soludebris ja muut partikkelit estävät elävän organismin osoittamisen ja tunnistamisen sellaisenaan.
Viljely soveltuu vain tietylle määrälle orga-35 nismeja (erityisesti bakteereille). Lisäksi on käytettävä kullekin organismille tiettyä kasvualustaa ja tiettyjä olosuhteita (aerobiset tai anaerobiset baktee- 2 89185 rit, tiettyjen kasvutekijöiden tarve jne.)· Mikään kasvualusta itsessään ei pysty kasvattamaan kaikkia viljeltäviä bakteereja. Nykyisin on mahdollista, että bakteerit jäävät huomaamatta ja tunnistamatta, koska ei 5 tiedetä kuinka niitä kasvatetaan. On olemassa lukuisia esimerkkejä tapauksista, joissa bakteerien läsnäolo pystyttiin todistamaan vasta yhden tai useamman vuoden tutkimuksen jälkeen: legioonataudissa (Philadelphia epidemia) taudin aiheuttavat bakteerit, jotka lopulta 10 pystyttiin toteamaan ihmisnäytteistä, eivät tulleet esiin tavallisella värjäyksellä mikroskoopissa ja niitä ei kyetty kasvattamaan tuona ajankohtana tunnetuissa bakteriologisissa kasvualustoissa. Myös bakteerit, jotka infektoivat kasvien puuainetta olivat tunnista-15 mattomia pitkän aikaa. Ne havaittiin vasta pitkällisten mikroskooppitutkimusten jälkeen. Kuten edellisessä tapauksessa, näitä bakteereja ei kyetty kasvattamaan tuona ajankohtana tunnetuissa kasvualustoissa. Edellä olevista esimerkeistä havaitaan, että vaikka traditio-20 naalisin menetelmin tutkittavasta näytteestä ei todeta bakteerikontaminaatiota, niin silti ei välttämättä voida päätyä johtopäätökseen, että tämä näyte on vapaa kaikesta bakteerikontaminaatiosta.
Esillä olevan keksinnön kohteena on poistaa 25 traditionaalisten määritysmenetelmien puutteita. Toisin sanoen keksinnön tarkoituksena on tuoda esiin uudenlainen menetelmä, joka mahdollistaa tietyn näytteen, esim. ihmisnäytteen, steriiliyden tai kontaminaation, esim. bakteerikontaminaation, toteamisen ja joka mene-30 telmä on toteutettavissa aiempaa paremmalla luotettavuudella .
On ilmeistä, että tällainen menetelmä on erittäin hyödyllinen, sillä se mahdollistaa näytteen bakteeri- tai muiden solujen kontaminaation määrittämi-35 sen. Lisäksi, todetut bakteerit tai muut solut on mahdollista jopa laskea. Keksinnön mukainen määritysmenetelmä esim. edistää tehokkaasti bakteerin löytämistä 3 89185 tuntemattoman etiologisen infektion (ihmisen, eläimen, kasvin infektio) tapauksessa.
Esillä oleva keksintö sai alkunsa, eräiden esillä olevan keksinnön keksijöiden, ribosomaalisen 5 RNA:iden tutkimuksesta. Elävien organismien kaikista makromolekulaarisista yhdisteistä ribosomaaliset ri-bonukleiinihapot (RNA) ovat osoittautuneet ensisijassa luotettaviksi biologisen kontaminaation indikaattoreiksi (elävien organismien esiintyminen). Nämä RNA:t muo-10 dostavat huomattavan osan solumateriaalista. Ne ovat välttämättömiä kaikkien tunnettujen elävien solujen toiminnoissa.
Pienen ribosomaalisen alayksikön RNA (tunnetaan 16S RNA:na, joka viittaa sen sedimentaatiovakioon 15 ultrasentrifugoitaessa sukroosigradientilla) tunnetaan tällä hetkellä nukleotiditasolla n. 20 organismilla (esimerkkejä täydellisistä nukleotidisekvensseistä on esitetty julkaisuissa Weisburg at ai. (1985), J. Bacte-riol., voi. 164, no 1, s. 230 - 236; Frydenberg ja 20 Christiansen (1985) DNA, voi. 4, no 2, s. 127 - 137). Nukleotidit numeroidaan tavallisesti 16S RNA-molekyylin 5’ päästä 3' päähän. Escherichia coli -bakteerin 16S RNA käsittää 1542 nukleotidia. Vastaavat molekyylit muissa elävissä organismeissa voivat poiketa E. colin 25 vastaavasta molekyylistä niiden nukleotidien kokonaislukumäärän ja järjestyksen suhteen.
Tunnettujen ribosomaalisten RNA:iden nukleoti-disekvenssien vertailu ja sellaisten kohtien löytäminen, jotka ovat näille RNA:ille yhteisiä samankaltai-.. . 30 suus-asteena, joka kaikissa tapauksissa osoitti erit täin suurta samankaltaisuutta yli odotettavissa olevan sekvenssien konservaatiotason, olivat ne tekijät, jotka johtivat keksintöön. Siten on havaittu, että vaihtelut eri organismien välillä eivät ole levinneet yli koko 35 16S RNA -sekvenssin, vaan ne ovat keskittyneet tiettyi hin paikkoihin (erityisesti rakenteen kierteisiin) kun *: taas tietyt alueet (erityisesti silmukat) näyttävät 4 89185 olevan huomattavasti paremmin säilyneet. Erityisesti nämä vaihtelut esiintyvät johdonmukaisella tavalla suurissa taksonomisissa jaotteluissa. Tämän vuoksi 16S RNA -sekvensseissä voidaan määrittää universaaleja 5 yksikköjä, erityisesti eukarioottisia ja bakteriaalisia (prokarioottinen) yksikköjä, sekä yksikköjä, jotka ovat spesifisiä rajoittuneemmille bakteeriryhmille.
16S RNA:t ovat siten osoittautuneet sisältävän universaalin alueen (so. yhteinen eukariooteille ja 10 prokariooteille), joka ulottuu nukleotidista 1492 nukleotidiin 1506 (numerointi sama kuin E. colin 16S RNA sekvenssille käytetty numerointi) ja bakteereille spe-sifisnen alueen (eubakteerit, arkebakteerit (archaebak-teria) ja metanogeeniset sekä halofiiliset bakteerit), 15 joka ulottuu nukleotidista 1527 nukleotidiin 1541. Tässä yhteydessä voidaan viitata seuraavalla sivulla olevaan taulukkoon, jossa A, T, C ja G tarkoittavat neljää standardinukleotidia, jotka muodostavat DNA:itä. Nukleotidi, jota merkitään annetulla referenssinumerolla, 20 vastaa nukleotidiä, joka sijaitsee numeron ensimmäisen merkin alapuolella. Esim. numero 1490 tarkoittaa ura-siiliä (U) RNA:ta vastaavassa nukleotidisekvenssissä.
Suuri joukko bakteerien siirtäjä RNA:ista ovat myös osoittautuneet sisältävän yhteisiä sekvenssejä, 25 erityisesti seuraavan: UCAUAACCCGAAGGUC.
5 89185
-P
< z O? __W—---v / i 2 r> a M 3 E-t ΓΙ C I 3
Cm . <r 3 3 3 o in ΒΊ u u <r « — <T 3 3 3 3' 3 3 <r--3 3 3 3 ^-3-a ----- 2 <X 3333 3 33 .33 W ID uuuuu u u u u <x 2 CD UUUUU UU UUU 3 t-t <r 33333 33 333 3<t<r <r · tJ ID UUUUU UU UUU 333 3·
< CD -UUUUU UU UUU 333 3U
< e— iidnatt <rc <r <r <x <r <x <r <r <r w CO c UUUUU UU UUU UUU <x <t
P3 <r K> 3 <X . 3 3 3 33 333 333 ID ID
w j- bi d c cr a: <1 <t <x <x <r <x s <x <r 3U
H u — CD to ID a ID CD 3 3 3 3 3 3 3 <X <
^ U 3 0 3 3 3 CDID CD 3 3 ID tD 12 tDtD
33333 33 333 . 3 <T <t 3 CD
W CD-3 U U < U-U U-U U --<t <X «X-ID 3 R I CD CD CD CD CD CDCD CD CD CD CDCDCD U3
-a > CD CD CD CD CD CDCD CDCDCD CDCDCD <C U
U U U U 3 UU UUU UUU U <X
·“· CD CD CD CD CD CD 3 CDCDCD CDCDCD CDU
rn:3T3 33 333 3 3 3 3 tD
XJUaaCDCD CDCD UUU UUU 33 — U CD CD U CD CDCD U3U UUU ¢0 <E<I<t<t« C <X <t c <t <t <t <x <x«x c<tst<t<r <t <r c«<r c<r<t <t<£
3 3 3 3 3 33 333 3CD3 3 <E
33333 33 333 333 33
-3UU3U 33 333 333 3 O
3o3UU UU 333 333 <C3 ö c <r <x <r c <<x <z <z <z *x <r <r <cy -33333 33 333 333 3« 111 3 3 3 3 3 33 33 3 333 33 — UUUUU UU UUU UUU 33 - UUUUU UU UUU UUU 33 in <r 3 3 3 3 33 333 333 U 3 2 C <t <X <X C _<t C C C «X «ta3 3 5 M <T-3 3 3 3 3--3 3-333- 333-3« =-< U - 33333 33 333 333 33 3 U 33333 33 333 333 33 o >- e c c <x <x c <r <r <t Ία 3 · « h octscc <2 c dcx a <c ¢. <r · 3 'Π UUUUU u U UUU UUU 3· h h — <c c <x c <r <. «t c α i « <r <t <t u i_ <x<t<r<cc <t c <x <x <r <t <c c <t
3 <X 33333 33 333 333 <X
«5 u 33333 33 333 333 3 3(0 UUUUU UU UUU UUU u « C 3 3-3 3 3 33 ’3 33 333 3
Wu (03333 33 333 333 3 >i_ occ<t<rc cc ¢¢4 ccc <t h I--e—c <x d <i ¢--<r < --< <r <t-ddd-<t S I <r 3 3 3 3 3’ 33 333 3<t<X 3 3 Ό — 3 U 3 3 3 33 3 3 <X <T <T <t 3 ... 33333 33 3U3 333 3 «···· f * · · · ··· · ····· I * · · · ··· · ·««·· ·· · · · ··· · t m e* 3 H ** J-> (£ u a) r. rj <β E (! 10 f
UI R Η— Ό E-IDO-HOW
E-l m Λ «J C U Fh — — — H tt-ιβ HC
h g a E äo —— m— ui <c — Cu O — ·— C Q — _ R — — OD j (0 CQ Si 4 0 O 0 > <0 2 3 jjj — tJ S-ηλ; ω — u Ό huo>-i Οτ>α> ^ — <5 fl Q. ·« n m <C C — — P5iflL.:icJ § — 5 ^OlDOC «tote koOu < — aiji p CD >-Cjfldei 3 guiiDai Ed Se-P <£13 WQ3tn 2<t-p 6 89185 Tämä sekvenssi on osoittautunut kuitenkin vähemmän universaaliksi, kuin yllämainittu bakteereille spesifinen alue, joka ulottuu nukleotidistä 1527 nukleotidiin 1541.
5 Arkebakteerit ovat myös osoittautuneet omaavan kaikille tämän tyyppisille bakteereille yhteisen sekvenssin, joka sekvenssi on seuraavanlainen: UUCGACGAGRUGGGGCGC, missä R on A tai G.
Esillä oleva keksintö perustuu täten edellä 10 mainittuihin havaintoihin ja keksintö tuo esiin spesifisiä nukleotidisekvenssejä, jotka ovat komplementaarisia yllä mainituille sekvensseille ja jotka muodostavat vastaavan määrän koettimia, joista osalla pystytään universaalisesti määrittämään minkä tahansa näytteen 15 sellulaarinen kontaminaatio ja osalla pystytään luokittelemaan solut, jotka voidaan määritellä seuraaviin luokkiin: bakteereihin, joihin kuuluu tietyt arkebakteerit, erityisesti metanogeeniset ja halofiiliset arkebakteerit; arkebakteereihin; ja kaikkiin muihin or-20 ganismien luokkiin silloin, kun hybridisaatiotestit antavat positiivisen vasteen "universaaleilla koettimilla" ja negatiivisen vasteen koettimilla, joilla pystytään määrittämään edellä mainittuihin luokkiin luokitellut mikro-organismit.
25 Kyseisenlaiset sekvenssit voidaan valmistaa helposti nukleotidisynteeseillä. Esillä oleva keksintö siten liittyy erityisesti pentadekadeoksiribonukleoti-diin (deoksiribonukleiinihapposekvenssi, jossa on 15 nukleotidia, lyhennettynä 15-meeri), joka on komplemen-30 taarinen 16S RNAriden 1492 - 1506 alueelle, tämän 15--meerin kyetessä hybridisoitumaan kaikkien elävien organismien 16S RNA:ssa esiintyvän homologisen fragmentin kanssa, kuin myös deoksiribonukleiinihapon (DNA) sellaisen osan kanssa, joka koodaa tällaista RNA-osaa ja 35 joka esiintyy kaikkien elävien organismien genomissa.
Esillä oleva keksintö tuo edelleen esiin koettimia, jotka koostuvat oligonukleotideista, jotka ovat 7 89185 komplementaarisia edellä mainitulle sekvenssille UCAUAACCCGAAGGUC, ja joita voidaan käyttää sellaisten mikro-organismien määrityksessä, jotka voidaan luokitella bakteereihin. Keksintö tuo edelleen esiin koetti-5 mia, jotka ovat komplementaarisia edellä mainitulle sekvenssille UUCGACGAGRUGGGGCGC, näiden koettimien ollessa itsessään karakteristisia arkebakteereille.
Edelleen esillä oleva keksintö tuo esiin 15-nukleotidin (15-meeri) DNA-sekvenssin, joka on komple-10 mentaarinen 16S RNA:iden 1527 - 1541 alueelle. Tämä 15-meeri kykenee hybridisoitumaan bakteerien ja muiden prokarioottien 16S RNAriden sisältämän homologisen fragmentin kanssa, kuin myös näiden organismien DNAzssa olevien vastaavien geenien kanssa, mutta se ei kykene 15 lainkaan tai kykenee vain hyvin heikosti hybridisoitumaan eukarioottisolujen (hiivat, sienet, alkueläimet, ihmisen ja kasvien kudokset) vastaavan RNA:n kanssa tai näiden organismien DNArssa olevien vastaavien geenien kanssa.
20 Esillä oleva keksintö tuo erityisesti esiin seuraavat kompositiot: 1/ Koetin, jota tässä hakemuksessa myöhemmin kutsutaan "universaaliksi koettimeksi" 25
Koetin valmistetaan oligonukleotidisynteesillä ja sillä on seuraavanlainen sekvenssi: (5')d - ACC TTG TTA CGA CTT (3'), jossa (5') ja (3') tarkoittavat polymeerin 5'- ja 3'-30 päitä (ja siten polymeerin polaarisuutta) ja jossa kirjaimet tarkoittavat seuraavia deoksinukleotidejä: A, adenyyli-tähde; C, sytidyyli-tähde; T, tymidyyli-tähde; ja G, guanidyyli-tähde; välilyöntejä käytetään vain sekvenssin, joka sisältää 15 nukleotidia, luettavuuden 35 helpottamiseksi.
Tämä koetin on täysin komplementaarinen (Escherichia colin numeroinnin mukaisesti) ko. mikro-or- 8 89185 ganismin 16S RNA:n 1492 - 1506 osalle ja vastaaville, kaikkien muiden bakteerien julkaistujen RNA:iden osille, prokarioottisille ja eukarioottisille soluille, sekä, vaikkakin vähemmissä määrin, mitokondrioiden 5 RNA:ille. Ammattimies voi päätellä tästä, että käytännössä voidaan täysin olettaa, että tämä koetin toimii myös kaikkien luonnossa olevien solujen RNA:iden kanssa. Tämä koetin voi myös muodostaa parin DNA:iden niiden geenien homologisen osan kanssa, jotka koodaavat 10 näitä 16S RNA:ita ja vastaavia eukarioottisia RNA:ita.
Luonnollisesti keksintö tuo esiin myös koettimen, joka on komplementaarinen edellä mainitulle "universaalille koettimelle" ja joka omaa seuraavan nukleo-tidisekvenssin: (5')d - AAG TCG TAA CAA GGT (3'), 15 joka pystyy muodostamaan parin genomisen DNA:n (geenit, jotka koodaavat 16S RNArita ja vastaavia RNA:ita) vastaavan osan kanssa johtuen sen kaksoissäieluonteesta, vaikkakin se ei enää pysty muodostamaan paria 16S RNA:-iden (joka sisältää vain yhden säikeen) kanssa.
20 2/ Koetin, jota tässä yhteydessä myöhemmin kutsu taan "eubakteereille ja tietyille arkebakteereille spesifinen kompositio" tai "eubakteriaalinen koetin".
Eräs edullinen koetin valmistetaan oligonukle-25 otidisynteesisillä ja sillä on seuraavanlainen sekvenssi : (5')d - AAG GAG GTG ATC CAG (3'), missä (5'), (3'), A, C, T ja G tarkoittavat samaa kuin edellä.
30 Tämä sekvenssi on komplementaarinen bakteeri en, erityisesti eubakteerien, 16S RNA:iden 1527 - 1541 osaa myötäilevän (konsensus) sekvenssin kanssa (Escherichia colin numeroinnin mukaisesti). Tämä sekvenssi ei ole täysin komplementaarinen kaikille tähän mennessä 35 julkaistujen bakteerien 16S RNA-sekvensseille, mutta se eroaa edellisistä enintään vain yhden tai kahden nukleotidin verran. Toisaalta tämän komposition sekvenssi 9 89185 voi muodostaa vain heikosti parin eukarioottien 18S RNA:iden ja mitokondrion 12S RNA:iden (nämä RNA:t vastaavat bakteerien 16S RNA:itä) homologisen alueen kanssa .
5 Keksintö liittyy luonnollisesti myös mihin tahansa koettimeen, joka pystyy muodostamaan parin RNA:iden ja/tai genomisen DNA:iden vastaavien alueiden kanssa, erityisesti sekvenssiin, joka poikkeaa yhden nukleotidin verran edellä kuvatusta "eubakteriaalisesta 10 koettimesta" siten, että se muodostaa parin sekvenssin UGGAUCACCUCCUUA kanssa, jolloin koetin sisältää seuraa-van sekvenssin: (3') ACCTAGTGGAGGAAA (5') tai (jos lukusuunta on käänteinen) 15 (5')d - AAAGGAGGTGATCCA (3'), jotka sekvenssit esiinty vät suurimmassa osassa bakteereja.
Edelleen, esillä oleva keksintö liittyy luonnollisesti myös mihin tahansa pienempään oligonukleoti-dikoettimeen, jonka sekvenssi sisältyy edellä mainit-20 tuun "eubakteereille spesifiseen koettimeen" tai koettimeen, jossa on "muutettu sekvenssi".
Tämä koetin sisältää ainakin sekvenssin TGGAGGAA (5') (joka on komplementaarinen 16S RNA:n alueelle, joka sijaitsee nukleotidien 1534 ja 1541 25 välissä), erityisesti (5')d - AAGGAGGT (3') (5’)d - AAAGGAGGT (3’) (5')d - AAGGAGGTG (3') (5’)d - AAGGAGGTGA (3') 30 (5’)d - AAGGAGGTGAT (3') (5’)d - AAGGAGGTGATC (3') (5')d - AAGGAGGTGATCC (3') (5')d - AAGGAGGTGATCCA (3').
35 Myös sekvenssit, jotka ovat komplementaarisia edellä mainittujen kanssa, kuuluvat keksinnön mukaisten • ' koettimien ryhmään.
ίο B 91 8 5
On kuitenkin syytä painottaa, että pisimmät koettimet ovat edullisia johtuen niiden parinmuodostus-stabiilisuudesta. Lisäksi sekvenssissä yhden nukleotidin korvaaminen toisella voi mahdollisesti lisätä af-5 finiteettiä tietyn bakteriaalisen ryhmän 16S RNA:ille, mutta mahdollisesti heikentää niiden komplementaari-suutta muihin nähden. Toisaalta pidennys 3'-päässä kokonaisella tai osittaisella CCGCA-yksiköllä ei lisäisi spesifisyyttä, sillä sen yksikön komplementti esiin-10 tyy selkärankaisten 18S RNAsissa.
3/ Arkebakteereille spesifinen koetin
Edelleen esillä oleva keksintö tuo esiin erityisesti arkebakteereille spesifisen koettimen. Tämä 15 koetin omaa sekvenssin, jossa on ainakin 8 peräkkäistä nukleotidia, jotka esiintyvät seuraavassa sekvenssissä: AAGCTGCTCR’ACCCCGCG, ja jossa sekvenssissä on enintään nämä 18 nukleotidiä R':n ollessa T tai C.
20 Keksinnön mukaisten koettimien valmistusta ja käyttösovellutuksia kuvataan seuraavassa yksityiskohtaisemmin.
Universaalit koettimet ja spesifisemmät koettimet eubakteereille ja arkebakteereille (ja komple-25 mentaarisille kompositioille) on edullisesti leimattu. Mitä tahansa sinänsä tunnettua leimausta voidaan käyttää. Kompositiot voidaan leimata käyttäen radioaktiivisia aineita, kuten 32P, 35S, 125I, 3H tai 14C, jotka ovat tavallisimmin käytettyjä aineita. Radioaktiivinen lei-30 maus voidaan suorittaa millä tahansa menetelmällä, esim. terminaalisella leimauksella 3'- tai 51-päähän käyttäen radioleimattua nukleotidiä, polynukleotidi-kinaasia (yhdessä tai ilman defosforylaatiota fosfataa-sin kanssa) tai ligaasia (riippuen leimattavasta pääs-35 tä). Näissä tapauksissa leimattu kompositio sisältäisi 16 nukleotidiä (radioaktiivinen nukleotidi lisättynä 3'- tai 5'-päähän ja ollen minkä tahansa tyyppinen).
11 8 91 C 5
Jokin keksinnön mukaisista koettimista (myös komplimen-taarinen kompositio) voi toimia templaattina lyhyen säikeen synteesille (n. 15 nukleotidiä) koostuen radioaktiivisista nukleotideistä tai radioaktiivisten ja 5 ei-radioaktiivisten nukleotidien yhdistelmästä. Keksinnön mukaiset koettimet voidaan valmistaa myös kemiallisilla synteeseillä käyttäen yhtä tai useampaa radioaktiivista nukleotidiä. Eräs edullinen radioaktiivinen leimausmenetelmä on keksinnön mukaisten koettimien 10 kemiallinen jodinaatio, jolloin oligomeereihin sitoutuu useita I-atomeja. Jos keksinnön mukainen koetin (tai komplementaarinen koetin) on tehty radioaktiiviseksi ja sitä käytetään hybridisaatiossa ei-radioaktiivisen RNA:n tai DNA:n kanssa, niin hybridisaation määritys-15 menetelmä riippuu käytetystä radioaktiivisesta aineesta ja voi pohjautua autoradiografiaan, nestetuiketekniik-kaan, gammalaskuritekniikkaan tai muuhun tekniikkaan, joka mahdollistaa radioaktiivisen aineen emittoiman ionisoivan säteilyn määrittämisen.
20 Ei-radioaktiivista leimausta voidaan myös käyttää yhdistelemällä keksinnön mukaiset koettimet sellaisten tähteiden kanssa, joilla on immunologisia ominaisuuksia (antigeenit, hapteenit), spesifistä affiniteettia tiettyihin reagensseihin (ligandit), ominai-25 suuksia, jotka mahdollistavat todettavien entsyymireak-tioiden tapahtumisen (entsyymit tai koentsyymit, ent-syymisubstraatit tai muu aine, joka liittyy entsymaat-tiseen reaktioon), tai karakteristisia fysikaalisia ominaisuuksia, kuten fluoresenssia tai valon emissiota 30 tai absorbtiota jollakin aallonpituudella, näiden ollessa vain muutamia mainittuja esimerkkejä. Vasta-aineita, jotka tunnistavat spesifisesti DNA/RNA-hybridit, voidaan myös käyttää.
Edellä mainittu kemiallinen leimaus voidaan 35 suorittaa keksinnön mukaisten koettimien kemiallisen synteesin aikana, jolloin adenosiini-, guanosiini-, sytidiini- ja tymidiini-tähteet voidaan yhdistää muihin 12 891 05 kemiallisiin tähteisiin, joilla mahdollistetaan komposition tai hybridin, joka on muodostettu komposition ja komplementaarisen DNA- tai RNA-fragmentin välille, määrittäminen. Kuitenkin, komposition sekvenssi, jossa 5 on modifioitu nukleotidejä yhdistämällä niitä muihin kemiallisiin tähteisiin, tulee tällöin olla sama kuin jonkin keksinnön mukaisen koettimen nukleotidisekvens-si.
Esillä oleva keksintö liittyy myös hybridisaa-10 tioon perustuviin määritysmenetelmiin, joissa menetelmissä käytetään keksinnön mukaisia koettimia, jotka on aikaisemmin leimattu tai saatettu edellä mainitun mukaisesti määritettävään muotoon.
Keksinnön mukaisten koettimien valinta riippuu 15 tutkittavasta kohteesta: prokarioottisten ja eukarioot-tisten solujen määritys (universaalikompositio), DNA:iden tai DNA-fragmenttien, jotka sisältävät 16S--sarjojen RNA:ita koodaavia geenejä ja jotka ovat peräisin prokariootti- tai eukarioottisoluista ilman 20 erottelua (universaalikompositio tai koetin, joka on tälle komplementaarinen), yksinomaan bakteerisolujen määritys (eubakteereille spesifinen koetin), DNAsiden tai DNA-fragmenttien, jotka sisältävät bakteriaalisia 16S RNA:ita koodaavat geenit, määritys- tai paikallis-25 taminen (eubakteereille spesifinen koetin tai sille komplementaarinen koetin). Yhden tai useamman keksinnön mukaisen koettimen käyttöä ei voida rajoittaa tiettyyn hybridisaatiotekniikkaan.
Jos täytyy määrittää elävistä organismeista 30 olevia soluja (tai jotka itsessään ovat eläviä organismeja), niin näiden solujen RNA:t ja/tai DNA täytyy tehdä käsiteltäväksi (osittaisella tai täydellisellä solujen lyysillä käyttäen kemiallisia tai fysikaalisia menetelmiä) ja ne on saatettava kosketuksiin yhden tai 35 useamman keksinnön mukaisen koettimen kanssa koetti-men/koettimien itsessään ollessa tehty määritettäväksi. Tämä kosketuksiin saattaminen voidaan suorittaa 13 89 1 85 sopivassa kantajassa, kuten nitroselluloosa-, selluloosa-, (modifioitu tai modifioimaton) tai nailonsuodatti-messa (vain tavalliset kantajat mainittaessa) tai ku-dosleikkeessä tai solupreparaatissa; tai ilman kantajaa 5 nestemäisessä väliaineessa. Tämä kosketuksiin saattaminen suoritetaan optimaalisissa tai rajoittavissa olosuhteissa (so. olosuhteissa, jotka sallivat hybridien muodostuksen vain, jos sekvenssit ovat täydellisen homologisia molekyylin koko pituudella, joka pituus 10 kasvaa olosuhteiden tullessa enemmän "rajoittaviksi") lämpötilaan ja ionikonsentraatioon nähden, yhdessä tai ilman aineita, jotka alentavat nukleiinihappojen parinmuodostukselle optimaalista lämpötilaa (formamidi, di-methyylisulfoksidi, urea), ja yhdessä tai ilman ainei-15 ta, jotka pienentävät oleellisesti reaktiotilavuutta (dekstraani, dekstraanisulfaatti).
Koettimen reagoimattomien molekyylien tai molekyylifragmenttien poisto kantajasta voidaan suorittaa pesemällä puskuriliuoksella, jolla on sopiva ioni-20 vahvuus, sopivassa lämpötilassa, käsittelemällä tai ei-käsittelemällä Sl-nukleaasilla tai muilla entsyymeillä, jotka pilkkovat yksisäikeistä DNA:ta tai yksisäikeistä RNA:ta mutta ovat pilkkomatta DNA/RNA-hybridejä tai kaksoissäikeistä DNA:ta. Nestemäisessä väliaineessa 25 koetinmolekyylit (tai -fragmentit), jotka ovat muodostaneet parin RNA- tai DNA-fragmenttien kanssa, voidaan erottaa vastaavasta reagoimattomasta materiaalista kromatografisesti hydroksiapatiitilla tai Sl-nukleaasi-* käsittelyn jälkeen millä tahansa erotusmenetelmällä, 30 joka soveltuu kaksoissäikeisten fragmenttien erotukseen vapaista nukleotideista (kromatografisesti hydroksiapatiitilla tai DEAE-selluloosalla; ekskluusiokromatogra-fisesti, jakokiteytyksellä tai dialyysillä vain tavallisimmat menetelmät mainittaessa.) 35 Käytetyn komposition molekyylit (tai fragmen tit) määritetään sitten kaikkein edullisimmalla menetelmällä riippuen valitusta leimaustyypistä.
14 891 8 5
Teknisistä yksityiskohdista on selostettu erilaisissa julkaisuissa (Maniatis et ai. (1982), "Molecular cloning, A Laboratory manual", Cold Spring Harbor Laboratory; Grimont et al. (1985), J. Clin. Mlc-5 robiol. (vol. 21, No. 3, s. 431 - 437) tai patenttijulkaisuissa (FR: 84/12,250, 78/10,975, 81/24,631; EP: 0,133,288, 0,063,879). Ko. teknisiä yksityiskohtia voidaan soveltaa edullisesti keksinnön mukaisille kompositioille.
10 Mikäli kromosomaalisia DNA-fragmentteja, jot ka sisältävät 16S RNArita (tai vastaavia RNA:ita) koo-daavia geenejä on tarkoitus paikallistaa DNA:n yhdellä tai useammalla restriktioentsyymillä käsittelyn, fragmenttien erotuksen elektroforeettisesti tai kromato-15 grafisesti ja DNA-fragmenttien denaturaation, so. kahden säikeen erotus, jälkeen, niin jokin keksinnön mukaisista koettimista saatetaan yhteyteen DNA-fragment-tien kanssa olosuhteissa, jotka suosivat hybridisaatiota. Tämän jälkeen, kun on kulunut riittävä aika 20 hybridisaation loppuun viemiseksi, komposition ei-hyb-ridisoituneet fragmentit erotetaan hybridoiduista fragmenteista ja leimaus visualisoidaan edellä esitetyn mukaisesti solujen toteamiseksi.
Teknillisiä yksityiskohtia, joita on kuvattu 25 patentissa EP 0,120,658 (John A. Webster Jr.) tai
Maniatis et ai. työssä tai julkaisussa Grimont et ai. (mainittu aikaisemmin tekstissä), voidaan soveltaa mille tahansa keksinnön mukaiselle koettimelle. Tulee huomata, että sellaisten kromosomaalisten DNA-fragment-30 tien, jotka sisältävät 16S RNA:ita koodaavat geenit, paikallistamisessa antaa jokin keksinnön mukainen koetin ja sille komplementaarinen koetin täsmälleen samat tulokset.
Tavallisesti, keksinnön mukaiset erilaiset 35 koettimet voidaan myös sisällyttää rekombinaatti DNA- rekombinantteihin, jotka mahdollistavat koettimien kloonauksen, edellyttäen, että heterologisen DNA:n is 89185 läsnäolo ei huononna koettamien spesifisyyttä edellä esitetyissä sovellutuksissa.
Lopuksi halutaan sanoa, että koettimet, joissa tymidiiniryhmät on korvattu urasiiliryhmillä (nämä 5 koettimet katsotaan siten täysin selityksessä tarkemmin suojattuja koettimia vastaaviksi), myös muodostavat osan keksintöä vaikkakin niiden synteesi on vaikeampi suorittaa.

Claims (10)

1. Koetin bakteerien määrittämiseksi näytteestä; tai DNA-fragmenttien, jotka sisältävät baktee- 5 rien 16S RNA:ita koodaavat geenit, paikallistamiseksi elektroforeettisesti tai kromatografisesti erotetuista DNA-fragmenteista, tunnettu siitä, että koetin koostuu joko pentadekadeoksiribonukleotidista, jolla on sekvenssi: 10 (5’)d - AAG GAG GTG ATC CAG (3’), jossa (5') ja (3') tarkoittavat polymeerin 5’- ja 3'-päitä ja kirjaimet tarkoittavat seuraavia tähteitä (nukleotidejä): A, adenyyli-tähde; C, sytidyyli-tähde; T, tymidyyli-tähde; ja G, guanidyyli-tähde; tai penta-15 dekadeoksiribonukieotidista, jolla on komplementaarinen sekvenssi: (5')d - CTG GAT CAC CTC CTT (3’).
2. Koetin bakteerien määrittämiseksi näytteestä; tai DNA-fragmenttien, jotka sisältävät baktee- 20 rien 16S RNA:ita koodaavat geenit, paikallistamiseksi elektroforeettisesti tai kromatografisesti erotetuista DNA-fragmenteista, tunnettu siitä, että koetin koostuu sekvenssistä: (3') ACCTAGTGGAGGAAA (5'), 25 tai vastaavasta komplementaarisesta sekvenssistä.
3. Koetin bakteerien määrittämiseksi näytteestä; tai DNA-fragmenttien, jotka sisältävät bakteerien 16S RNA:ita koodaavat geenit, paikallistamiseksi elektroforeettisesti tai kromatografisesti erotetuista
30 DNA-fragmenteista, tunnettu siitä, että koetin koostuu sekvenssistä, joka valitaan seuraavien sekvenssien ryhmästä: (5’)d - AAGGAGGT (3 ' ); (5')d - AAAGGAGGT ( 3 ' ) ; (5')d - AAGGAGGTG (3'); (5')d - AAGGAGGTGA (3'); 35 (5')d - AAGGAGGTGAT (3 ' ); (5')d - AAGGAGGTGATC (3'); (51)d - AAGGAGGTGATCC (3'); (5')d - AAGGAGGTGATCCA (3 ' ) tai vastaavista komplementaarisista sekvensseistä. 17 891 85
4. Koetin eukarioottisten tai prokarioottis-ten organismien solujen, bakteerit mukaanlukien, määrittämiseksi näytteestä; tai DNA-fragmenttien, jotka sisältävät näiden solujen 16S sarjojen RNA:ita koodaa- 5 vat geenit, paikallistamiseksi elektroforeettisesti tai kromatografisesti erotetuista DNA-fragmenteista, tunnettu siitä, että koetin koostuu joko penta-dekadeoksiribonukleotidista, jolla on sekvenssi: (5’)d - ACC TTG TTA CGA CTT (3'), 10 jossa (5’) ja (3') tarkoittavat polymeerin 5'- ja 3'-päitä ja kirjaimet tarkoittavat seuraavia tähteitä (nukleotideja): A, adenyyli-tähde; C, sytidyyli-tähde; T, tymidyyli-tähde; ja G, guanidyyli-tähde; tai penta-dekadeoksiribonukleotidistä, jolla on komplementaarinen 15 sekvenssi: (5')d - AAG TCG TAA CAA GGT (31)
5. Koetin arkebakteerien (archaebacteria) määrittämiseksi näytteestä; tai DNA-fragmenttien, jotka sisältävät arkebakteerien 16S RNA:ita koodaavat geenit, 20 paikallistamiseksi elektroforeettisesti tai kromatografisesti erotetuista DNA-fragmenteista, tunnettu siitä, että koetin koostuu sekvenssistä, jossa on ainakin 8 peräkkäistä nukleotidia, jotka sisältyvät seuraavaan sekvenssiin:
25 AAGCTGCTCR'ACCCCGCG, ja enintään mainitusta 18 nukleotidin sekvenssistä, jossa R’ on T tai C; tai yllä mainituille komplementaarisesta sekvenssistä.
6. Jonkin patenttivaatimuksista 1-5 mukai-30 nen koetin, tunnettu siitä, että oligonukle- otidikoetin, jolla on patenttivaatimuksissa 1-5 mainittu sekvenssi, on leimattu radioaktiivisesti, erityisesti minkä tahansa tyyppisellä yhdellä tai kahdella radioaktiivisella nukleotidilla, yhdessä tai molemmissa 35 päissä, tai leimattu, erityisesti entsyymi-, ligandi-, luminoivilla tai fluorisoivilla, leimoilla.
7. Menetelmä bakteerien määrittämiseksi näyt- ie 89185 teestä, jolloin bakteerien nukleiinihappojen käsiteltäväksi ja yksisäikeiseksi saattamisen jälkeen nukleiinihapot saatetaan yhteyteen koettimen kanssa olosuhteissa, jotka suosivat hybridisaatiota, ja mahdollisesti 5 muodostuneet hybridit määritetään, tunnettu siitä, että koettimena käytetään patenttivaatimuksen 1, 2 tai 3 mukaista koetinta.
8. Menetelmä eukarioottisten tai prokarioot-tisten organismien, bakteerit mukaanlukien, solujen 10 määrittämiseksi näytteestä, jolloin solujen nukleiinihappojen käsiteltäväksi ja yksisäikeiseksi saattamisen jälkeen nukleiinihapot saatetaan yhteyteen koettimen kanssa olosuhteissa, jotka suosivat hybridisaatiota, ja mahdollisesti muodostuneet hybridit määritetään, 15 tunnettu siitä, että koettimena käytetään patenttivaatimuksen 4 mukaista koetinta.
9. Menetelmä arkebakteerien (archaebacteria) määrittämiseksi näytteestä, jolloin arkebakteerien nukleiinihappojen käsiteltäväksi ja yksisäikeiseksi 20 saattamisen jälkeen nukleiinihapot saatetaan yhteyteen koettimen kanssa olosuhteissa, jotka suosivat hybridisaatiota, ja kaikki mahdollisesti muodostuvat hybridit määritetään, tunnettu siitä, että koettimena käytetään patenttivaatimuksen 5 mukaista koetinta.
10. Menetelmä DNA- fragmenttien, jotka sisäl tävät 16S sarjojen RNA:ita koodaavat geenit, paikallistamiseksi elektroforeettisesti tai kromatografisesti eroitetuista DNA-fragmenteista, jolloin erotetut ja denaturoidut DNA-fragmentit saatetaan yhteyteen koetti- 30 men kanssa olosuhteissa, jotka sallivat mahdollisen hybridisaation, ja mahdollisesti muodostuneet hybridit määritetään, tunnettu siitä, että koettimena käytetään minkä tahansa patenttivaatimuksista 1-5 mukaista koetinta. 19 891 Π 5
FI873774A 1986-04-04 1987-08-31 Oligonukleotidprober foer bestaemning av bakterier och andra levande organismer FI89185C (fi)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FR8604914A FR2596774B1 (fr) 1986-04-04 1986-04-04 Sondes oligonucleotidiques et procedes pour la detection par hybridation des acides nucleiques de bacteries et autres etres vivants
FR8604914 1986-04-04
FR8700108 1987-04-03
PCT/FR1987/000108 WO1987005907A1 (fr) 1986-04-04 1987-04-03 Sondes oligonucleotidiques et procedes pour la detection par hybridation des acides nucleiques de bacteries et autres etres vivants

Publications (4)

Publication Number Publication Date
FI873774A0 FI873774A0 (fi) 1987-08-31
FI873774L FI873774L (fi) 1987-10-05
FI89185B true FI89185B (fi) 1993-05-14
FI89185C FI89185C (fi) 1993-08-25

Family

ID=9333957

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
FI873774A FI89185C (fi) 1986-04-04 1987-08-31 Oligonukleotidprober foer bestaemning av bakterier och andra levande organismer

Country Status (14)

Country Link
US (1) US5407797A (fi)
EP (1) EP0245129B1 (fi)
JP (1) JP2662556B2 (fi)
KR (1) KR950013772B1 (fi)
AT (1) ATE72567T1 (fi)
AU (1) AU612571B2 (fi)
DE (1) DE3776669D1 (fi)
DK (1) DK453887D0 (fi)
EG (1) EG18267A (fi)
ES (1) ES2039469T3 (fi)
FI (1) FI89185C (fi)
FR (1) FR2596774B1 (fi)
GR (1) GR3003796T3 (fi)
WO (1) WO1987005907A1 (fi)

Families Citing this family (33)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1988000618A1 (fr) * 1986-07-10 1988-01-28 Toray Industries, Inc. Procede et sonde de depistage de bacteries dans des echantillons
US7087742B1 (en) 1986-11-24 2006-08-08 Gen-Probe Incorporated Oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
US7138516B1 (en) 1986-11-24 2006-11-21 Gen-Probe Incorporated Oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
US5994059A (en) * 1986-11-24 1999-11-30 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes and methods for detecting Streptomyces enterococci
US6150517A (en) 1986-11-24 2000-11-21 Gen-Probe Methods for making oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
US5541308A (en) * 1986-11-24 1996-07-30 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms
WO1988003957A1 (en) * 1986-11-24 1988-06-02 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms
AU619170B2 (en) * 1987-01-09 1992-01-23 Abbott Laboratories Diagnostic assays using nucleic acid probes
GB8716367D0 (en) * 1987-07-10 1987-08-19 Reeders S T Genetic identification
JP2823566B2 (ja) * 1987-08-14 1998-11-11 アンスティテュ パストゥール バクテリア診断プローブ
AU615286B2 (en) * 1988-04-15 1991-09-26 N.V. Innogenetics S.A. Hybridization probes for detecting neisseria strains
AU623889B2 (en) * 1988-04-20 1992-05-28 Fuso Yakuhin Kogyo Kabushiki Kaisha Method for diagnosis of infectious diseases and method of detecting and identifying microorganisms
ATE137806T1 (de) * 1988-07-05 1996-05-15 Baylor College Medicine Verfahren zur identifizierung von bakterien
GB8818066D0 (en) * 1988-07-29 1988-09-01 Evans D J Bacterial dna probe
US7172863B1 (en) 1988-12-09 2007-02-06 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes and methods for detecting Neisseria gonorrhoeae
DE3843784A1 (de) * 1988-12-24 1990-06-28 Battelle Institut E V Verfahren zum nachweis von gramnegativen mikroorganismen sowie hierfuer geeignete dna-proben und antikoerper
JP3015462B2 (ja) * 1989-02-06 2000-03-06 ジーン‐トラック・システムス リステリア検出のためのプローブ類及び方法
CA2031499A1 (en) * 1989-05-31 1990-12-01 David J. Lane Universal eubacteria nucleic acid probes and methods
EP0452596A1 (en) * 1990-04-18 1991-10-23 N.V. Innogenetics S.A. Hybridization probes derived from the spacer region between the 16S and 23S rRNA genes for the detection of non-viral microorganisms
US5472843A (en) * 1991-04-25 1995-12-05 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Haemophilus influenzae
US6028187A (en) * 1991-08-01 2000-02-22 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Listeria monocytogenes
US5292874A (en) * 1991-09-04 1994-03-08 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Staphylococcus aureus
US5284747A (en) * 1991-12-18 1994-02-08 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to Coccidioides immitis
US5558990A (en) * 1991-12-18 1996-09-24 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes to blastomyces dermatitidis and paracoccidioides brasiliensis
DE4217134A1 (de) * 1992-05-23 1993-11-25 Boehringer Mannheim Gmbh Thermostabile Ligase aus Archaebakterien
GB9422891D0 (en) * 1994-11-12 1995-01-04 Univ Nottingham Improvements in and relating to the amplification and identification of nucleotide sequences
US5622827A (en) * 1995-02-07 1997-04-22 Gen-Probe Incorporated Amplification primers and nucleic acid probes targeted to coccidioides immitis nucleic acid
US6489114B2 (en) 1999-12-17 2002-12-03 Bio Merieux Process for labeling a ribonucleic acid, and labeled RNA fragments which are obtained thereby
US6902891B2 (en) 1999-12-17 2005-06-07 Bio Merieux Process for labeling a nucleic acid
EP1158057A1 (en) * 2000-05-18 2001-11-28 Centre National De La Recherche Scientifique Compositions and methods applicable to genetic analyses
US20040005555A1 (en) * 2000-08-31 2004-01-08 Rothman Richard E. Molecular diagnosis of bactermia
WO2004051056A1 (de) * 2002-12-05 2004-06-17 Siemens Aktiengesellschaft Turbinenwelle sowie herstellung einer turbinenwelle
US20140147856A1 (en) * 2012-11-29 2014-05-29 Rush University Medical Center Intestinal Permeability Assay for Neurodegenerative Diseases

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0155359B1 (en) * 1981-09-25 1988-01-07 John A. Webster, Jr. Method for identifying and characterizing organisms
DE131052T1 (de) * 1983-01-10 1987-03-19 Gen-Probe Partners, San Diego, Calif. Verfahren zum aufspueren, identifizieren und quantifizieren von organismen und viren.
JP2539189B2 (ja) * 1983-03-21 1996-10-02 ウエブスター，ジヨン エー．，ジユニヤ 有機体の同定および特徴づけ方法
FR2568588B1 (fr) * 1984-08-02 1987-02-13 Inst Nat Sante Rech Med Sonde et procede pour la detection de micro-organismes determines, notamment des legionella dans les milieux les contenant

Also Published As

Publication number Publication date
FI873774A0 (fi) 1987-08-31
FR2596774B1 (fr) 1988-07-22
AU612571B2 (en) 1991-07-18
DK453887A (da) 1987-08-28
EG18267A (en) 1992-12-30
FR2596774A1 (fr) 1987-10-09
FI89185C (fi) 1993-08-25
ES2039469T3 (es) 1993-10-01
DK453887D0 (da) 1987-08-28
JP2662556B2 (ja) 1997-10-15
FI873774L (fi) 1987-10-05
EP0245129A1 (fr) 1987-11-11
US5407797A (en) 1995-04-18
JPS64500001A (fi) 1989-01-12
GR3003796T3 (fi) 1993-03-16
ATE72567T1 (de) 1992-02-15
DE3776669D1 (de) 1992-03-26
EP0245129B1 (fr) 1992-02-12
WO1987005907A1 (fr) 1987-10-08
AU7232587A (en) 1987-10-20
KR950013772B1 (ko) 1995-11-15
KR880700811A (ko) 1988-04-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
FI89185B (fi) Oligonukleotidprober foer bestaemning av bakterier och andra levande organismer
US6238866B1 (en) Detector for nucleic acid typing and methods of using the same
Schwieger et al. A new approach to utilize PCR–single-strand-conformation polymorphism for 16S rRNA gene-based microbial community analysis
US9809840B2 (en) Reference markers for biological samples
CN101230394A (zh) 短串联重复基因座的多重扩增
EA004327B1 (ru) Способ амплификации последовательности нуклеиновой кислоты
CN110628920A (zh) 人类y染色体35个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用
CN109415721B (zh) 用于检测2个以上的目标核酸的引物组、试剂盒及方法
US20240167076A1 (en) Selective enrichment
US20090191558A1 (en) Detection, identification and differentiation of serratia species using the spacer region
EP2058392A1 (en) Dna fragment used in the form attached to 5&#39;-terminus of primer for use in amplification reaction of nucleic acid, and use thereof
EP1721991B1 (en) Method of detecting nucleic acid and utilization thereof
KR20010051353A (ko) 변동된 종결 분석에 의한 핵산 서열의 변형 검출 방법
Gale et al. Evaluation of 15 Polymerases and Phosphorothioate Primer Modification for Detection of UV‐induced C: G to T: A Mutations by Allele‐specific PCR¶
US6630302B1 (en) Methods and compositions for determining species of bacteria and fungi
JPH0690798A (ja) 黄色ブドウ球菌検出用プローブ及び検出方法
US7049070B2 (en) Materials and methods for detection and characterization of nucleic acid sequence variability
Saunders Analysis of restriction fragment length polymorphisms in the study of bacteria
EP4332220A1 (en) Method for amplifying target gene having specific gc content
KR20260035341A (ko) 인간 유래 세포를 검출하기 위한 AluYb9 올리고 뉴클레오티드 프라이머 세트 및 이의 용도
WO2023094992A1 (en) Systems, formulations and methods for microbial detection and quantification
KR20260035339A (ko) 인간 유래 세포를 검출하기 위한 AluYa5 올리고 뉴클레오티드 프라이머 세트 및 이의 용도
JP5310997B2 (ja) 細菌による汚染の汚染源特定方法
WO1991010748A1 (en) Dna sequences from specific human genomic loci useful for identification of individuals
JPH05219997A (ja) リステリア検出用プローブ及び検出方法

Legal Events

Date Code Title Description
BB Publication of examined application
MM Patent lapsed
MM Patent lapsed

Owner name: INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE

Owner name: INSTITUT PASTEUR