ES2951470T3

ES2951470T3 - Métodos y kits para la subtipificación molecular de tumores

Info

Publication number: ES2951470T3
Application number: ES18180494T
Authority: ES
Inventors: Ralph Wirtz; Christoph Kneip
Original assignee: Shuwen Biotech Co Ltd; Stratifyer Molecular Pathology GmbH
Current assignee: Shuwen Biotech Co Ltd; Stratifyer Molecular Pathology GmbH
Priority date: 2013-08-19
Filing date: 2014-08-19
Publication date: 2023-10-23
Anticipated expiration: 2034-08-19
Also published as: US10808283B2; SG11201601060RA; RU2016109976A3; RU2690241C2; WO2015024942A1; HK1218313A1; AU2014310606B2; AU2014310606A1; ES2685580T3; CN105473735A; IL243430B; CA2921183A1; KR102241973B1; KR20160044033A; HUE040066T2; US20160201137A1; US20200340065A1; DK2959021T3; MX2016002051A; JP2016527910A

Abstract

La presente invención se refiere a un método in vitro para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer y a un método para estratificar a un paciente con cáncer para el tratamiento del tumor. La presente invención se refiere además a kits que son útiles para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

DESCRIPCIÓN

Métodos y kits para la subtipificación molecular de tumores

Campo técnico

La presente enseñanza se refiere a un método in vitro para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer y a un método par estratificar a un paciente con cáncer para el tratamiento del tumor. La presente enseñanza se refiere además a kits que son útiles para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer.

Antecedentes

El pronóstico de tumores y la predicción de la respuesta a la terapia están estrechamente relacionados con el subtipo molecular del tumor. La metodología actual estándar aplicada a nivel mundial para la detección del estado del receptor de cánceres, p. ej., cánceres de mama, es la inmunohistoquímica (IHC) a partir de biopsia o tejido de resección fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE). Actualmente, la administración de tratamiento sistémico endocrino o dirigido (es decir, trastuzumab) se basa principalmente en IHC.

La preparación de muestra de FFPE y la posterior tinción inmunohistoquímica con anticuerpos específicos es una tecnología que actualmente solo se realiza en laboratorios de patología. A partir del examen microscópico de los tejidos tumorales FFPE, además de la interpretación de los resultados de la tinción, los patólogos derivan información clínica adicional esencial sobre la biología del tumor y la diseminación tumoral. Además, la interpretación del patólogo del examen de tejido FFPE se puede considerar una columna esencial en la toma de decisiones clínicas. En muchos países, los patólogos son una parte integral de la llamada conferencia de caso en las decisiones de gestión del cáncer de mama. Aunque la IHC podría realizarse fácilmente en entornos centralizados, la opinión personal y la experiencia del patólogo examinador son muy valoradas en la decisión del caso individual.

Sin embargo, varios estudios han demostrado una variabilidad entre observadores y variabilidad técnica significativas en hasta el 40 % de los resultados de inmunohistoquímica. Además, la inmunohistoquímica solo permite una declaración cualitativa o, en algunos casos, semicuantitativa, con respecto al estado del receptor respectivo.

Por lo tanto, existe la necesidad de un sistema de ensayo fiable, objetivo, cuantitativo y reproducible para la subtipificación molecular de tumores, p. ej., tumores de mama, que facilite la selección de regímenes de tratamiento de tumores adecuados (estratificación de pacientes), y permita el pronóstico y la predicción del éxito de la terapia y la evaluación del riesgo del paciente para la metástasis distante. Además, dicho sistema de ensayo debería permitir ensayos descentralizados que sean adecuadas para una proporción significativa de pacientes con cáncer.

Aigner et al. (Senologie - Zeitschrift für Mammadiagnostik und Therapie 2012, No. de Acceso 9-A2) describe la subtipificación molecular basada en ARNm para predecir la respuesta a la terapia y supervivencia después de quimioterapia neoadyuvante de cáncer de mama.

Resumen

La presente invención se define por las reivindicaciones adjuntas. La presente divulgación proporciona enseñanzas que, en algunos aspectos, van más allá de la divulgación de la invención como tal, que se define exclusivamente por las reivindicaciones adjuntas. Las enseñanzas se proporcionan para poner la presente invención en un contexto clínico más amplio y para ilustrar los posibles desarrollos técnicos relacionados. Dicha información técnica adicional que no se encuentra en el alcance de las reivindicaciones adjuntas no forma parte de la invención. En particular, los términos “realización, “invención” y “aspecto” no deben considerarse necesariamente que se refieren a la invención reivindicada, a no ser que el contenido en cuestión se encuentre dentro del alcance de las reivindicaciones.

En un aspecto, la enseñanza se refiere a un método in vitro para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer, comprendiendo dicho método las etapas:

(a) determinar el nivel de expresión del transcrito de ARN del receptor 2 del factor de crecimiento epidérmico humano (HER2) en una muestra del tumor;

(b) determinar el nivel de expresión del transcrito de ARN del receptor de estrógeno (ESR1) en una muestra del tumor;

(c) determinar el nivel de expresión del transcrito de ARN del receptor de progesterona (PGR) en una muestra del tumor; y

(d) determinar el nivel de expresión del transcrito de ARN del antígeno de proliferación Ki-67 (Ki67) en una muestra del tumor; y/o

(e) determinar el nivel de expresión del transcrito de ARN de la proteína activadora de RacGTPasa 1 (RACGAP1) en una muestra del tumor.

En una realización, la determinación del nivel de expresión del transcrito de ARN de HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1 comprende determinar si el nivel de expresión del transcrito de ARN de HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1 es menor o mayor que un umbral de expresión definido de transcrito de ARN de HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1. En una realización, la etapa (a) se realiza antes de las etapas (b), (c) y (d) y/o (e).

En una realización, la etapa (d) y/o la etapa (e) se realizan después de las etapas (a), (b) y (c).

En una realización, la etapa (a) se realiza antes de la etapa (b), la etapa (b) se realiza antes de la etapa (c), y la etapa (c) se realiza antes de la etapa (d) y/o la etapa (e)

En una realización, el subtipo molecular se selecciona del grupo que comprende HER2-positivo, triple-negativo, luminal A y luminal B.

En una realización, un nivel de expresión del transcrito de ARN de HER2 que es mayor que un umbral de expresión definido de transcrito de ARN de HER2 identifica el subtipo molecular del tumor como HER2-positivo.

En una realización,

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de HER2 que es menor que un umbral de expresión definido de transcrito de ARN de HER2;

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de ESR1 que es menor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de ESR1;

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de PGR que es menor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de PGR; y

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de Ki67 que es menor o mayor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de Ki67

identifican el subtipo molecular del tumor como triple negativo.

En una realización, el subtipo molecular es luminal A o luminal B.

En una realización,

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de HER2 que es menor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de HER2;

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de ESR1 que es mayor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de ESR1;

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de PGR que es mayor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de PGR; y

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de Ki67 que es mayor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de Ki67

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal B.

En una realización,

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de Ki67 que es menor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de Ki67

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal A.

En una realización,

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de PGR que es inferior a un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de PGR; y

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal B.

En una realización,

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal B.

En una realización,

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal A.

En una realización,

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal B.

En una realización, el subtipo molecular luminal A se asocia con una probabilidad de supervivencia libre de recurrencia distante a 5 años después del tratamiento que es al menos un 11 %, preferiblemente al menos un 13 % mayor que la probabilidad de supervivencia libre de recurrencia distante a 5 años después tratamiento asociado con subtipo molecular luminal B y/o con una probabilidad de supervivencia a 5 años después del tratamiento que es al menos un 7 %, preferiblemente al menos un 9 % mayor que la probabilidad de supervivencia a 5 años después del tratamiento asociado con subtipo molecular luminal B.

En una realización, el método comprende la etapa (d), y

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de ESR1 que es mayor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de ESR1 y

indica un riesgo incrementado de mal resultado clínico para el paciente con cáncer, en particular, un riesgo incrementado de metástasis distante.

En una realización, el método comprende la etapa (e), y un nivel de expresión del transcrito de ARN de RACGAP1 que es mayor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de RACGAP1 indica un riesgo incrementado de mal resultado clínico para el paciente con cáncer.

En una realización, el método comprende las etapas (d) y (e), y

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de Ki67 que es menor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de Ki67 y

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de RACGAP1 que es mayor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de RACGAP1

indica un riesgo incrementado de mal resultado clínico para el paciente con cáncer.

En una realización, el método comprende las etapas (d) y (e), y

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de Ki67 que es mayor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de Ki67 y

indica un riesgo incrementado adicional de mal resultado clínico para el paciente con cáncer.

En una realización, el mal resultado clínico comprende una reducción relativa en o más de supervivencia, supervivencia libre de recurrencia y supervivencia libre de recurrencia distante.

En una realización, el tumor es un tumor sólido.

En una realización, el tumor es un tumor de mama o deriva de un tumor de mama.

En una realización, el cáncer es cáncer de mama.

En una realización, la muestra es ARN extraído del tumor.

En una realización, el nivel de expresión del transcrito de ARN se determina por PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT).

En una realización, la PCR cuantitativa es PCR cuantitativa en tiempo real basada en fluorescencia.

En una realización, el método comprende el uso de cebadores específicos de ESR1 que tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y que comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 1 y 2, y/o cebadores específicos de HER2 que tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y que comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 4 y 5, y/o cebadores específicos de Ki67 que tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y que comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 7 y 8, y/o cebadores específicos de PGR que tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y que comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 10 y 11, y/o cebadores específicos de RACGAP1 que tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y que comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 13 y 14.

En una realización, el método comprende el uso de una sonda específica de ESR1 que tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y que comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 3, y/o una sonda específica de HER2 que tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y que comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 6, y/o una sonda específica de Ki67 que tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y que comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 9, y/o una sonda específica de PGR que tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y que comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 12, y/o una sonda específica de RACGAP1 que tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y que comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 15.

En una realización, el nivel de expresión se normaliza frente al nivel de expresión (media) de uno o más genes de referencia en la muestra del tumor.

En una realización, el uno o más genes de referencia se seleccionan del grupo que comprende CALM2, B2M, RPL37A, GUSB, HPRT1 y GAPDH.

En un aspecto adicional, la enseñanza se refiere a un método para estratificar a un paciente con cáncer para el tratamiento del tumor, comprendiendo dicho método, como primera etapa, identificar un subtipo molecular de un tumor en el paciente con cáncer usando el método in vitro como se define anteriormente y, como una segunda etapa, seleccionar un régimen de tratamiento del tumor sobre la base del subtipo molecular identificado por el método in vitro. En una realización, el subtipo molecular se selecciona del grupo que comprende HER2-positivo, triple-negativo, luminal A y luminal B.

En una realización,

- el subtipo molecular es HER2-positivo, y el régimen de tratamiento del tumor comprende la administración de anticuerpos anti-HER2 y agentes quimioterapéuticos;

- el subtipo molecular es triple negativo, y el régimen de tratamiento del tumor comprende la administración de agentes quimioterapéuticos;

- el subtipo molecular es luminal A, y el régimen de tratamiento del tumor comprende terapia endocrina; o - el subtipo molecular es luminal B, y el régimen de tratamiento del tumor comprende terapia endocrina y, opcionalmente, la administración de agentes quimioterapéuticos.

En una realización, el subtipo molecular es el luminal B, y el régimen de tratamiento del tumor comprende la administración de agentes quimioterapéuticos.

En una realización, el subtipo molecular es el luminal B, y el régimen de tratamiento del tumor comprende la administración de un taxano, preferiblemente docetaxel.

En una realización, el taxano se administra en combinación con fluorouracilo, epirrubicina y ciclofosfamida (FEC). En una realización, el tumor es un tumor sólido.

En una realización, el tumor es un tumor de mama o deriva de un tumor de mama.

En una realización, el cáncer es cáncer de mama.

En un aspecto adicional, la presente enseñanza se refiere a un método de tratamiento del cáncer, comprendiendo dicho método, como primera etapa, estratificar a un paciente con cáncer para el tratamiento del tumor usando el método in vitro como se definió anteriormente, y, como segunda etapa, proporcionar el régimen de tratamiento del tumor seleccionado para el paciente con cáncer.

En un aspecto adicional, la presente enseñanza se refiere a un kit útil para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer mediante PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT), comprendiendo dicho kit:

- al menos un par de cebadores específicos de HER2 y al menos una sonda específica de HER2;

- al menos un par de cebadores específicos de ESR1 y al menos una sonda específica de ESR1;

- al menos un par de cebadores específicos de PGR y al menos una sonda específica de PGR; y

- al menos un par de cebadores específicos de Ki67 y al menos una sonda específica de Ki67; y/o al menos un par de cebadores específicos de RACGAP1 y al menos una sonda específica de RACGAP1.

En una realización, la detección de la sonda se basa en el desplazamiento de la sonda mediado por amplificación. En una realización, la sonda es una sonda de doble etiqueta que comprende un resto informador de fluorescencia y un resto apantallador de la fluorescencia.

En una realización, el kit comprende además una transcriptasa reversa y una ADN polimerasa.

En una realización, la transcriptasa reversa y la polimerasa se proporcionan en forma de una mezcla de enzimas que permite una PCR cuantitativa de transcripción reversa (RT) de una etapa.

En una realización, el kit comprende además al menos un par de cebadores específicos de genes de referencia y al menos una sonda específica de genes de referencia.

En una realización, el gen de referencia es uno o más seleccionados del grupo que comprende CALM2, B2M, RPL37A, GUSB, HPRT1 y GAPDH.

En una realización, el kit comprende además al menos una muestra de ARN de control.

En una realización, los cebadores proporcionan un tamaño de amplicón de menos de 120 pb.

En una realización, los cebadores específicos de ESR1 tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 1 y 2, y/o los cebadores específicos de HER2 tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 4 y 5, y/o los cebadores específicos de Ki67 tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 7 y 8, y/o los cebadores específicos de PGR tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 10 y 11, y/o los cebadores específicos de RACGAP1 tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 13 y 14.

En una realización, la sonda específica de ESR1 tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 3, y/o la sonda específica de HER2 tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos. y comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 6, y/o la sonda específica de Ki67 tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 9, y/o la sonda específica de PGR tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 12, y/o la sonda específica de RACGAP1 tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 15.

En una realización, el tumor es un tumor sólido.

En una realización, el tumor es un tumor de mama o deriva de un tumor de mama.

En una realización, el cáncer es cáncer de mama.

En otro aspecto, la presente enseñanza se refiere al uso de un kit como se definió anteriormente para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer.

En otro aspecto, la presente enseñanza se refiere al uso de un kit como se definió anteriormente para evaluar el riesgo de un paciente con cáncer de metástasis distante.

Breve descripción de las figuras

La Figura 1 representa usos potenciales para los métodos de la presente enseñanza como respaldo para métodos convencionales de clasificación de subtipos (p. ej., IHC) y como un suplemento de métodos convencionales de estratificación de pacientes.

La Figura 2 representa un ensayo de partición para evaluar el valor pronóstico y predictivo del nivel de expresión de ARNm de HER2, ESR1, PGR, Ki67 y RACGAP1 para la tasa de supervivencia a 5 años de pacientes con cáncer de mama. Los datos disponibles de 855 tumores se estratificaron primero por el nivel de expresión de ARNm de HER2 para identificar tumores HER2-positivos (valor del punto de corte > 38). Los tumores HER2-negativos se estratificaron adicionalmente por el nivel de expresión del ARNm de ESR1. A: Los tumores ESR1-positivos (valor del punto de corte > 34) se estratificaron adicionalmente mediante el nivel de expresión del ARNm de Ki67 (valor del punto de corte 31,7) seguido del nivel de expresión del ARNm de PGR (valor del punto de corte 30,2). B: Alternativamente, los tumores ESR1-positivos (valor del punto de corte > 34) se estratificaron adicionalmente mediante el nivel de expresión del ARNm de PGR (valor del punto de corte 30,2) seguido del nivel de expresión del ARNm de Ki67 (valor del punto de corte 31,7). Los análisis de Kaplan-Meier de estos datos se muestran en las Figuras 3 y 4. C: Los tumores Ki67-positivos y Ki67-negativos se estratificaron por el nivel de expresión del ARNm de RACGAP1 (valor del punto de corte 34,2). Para mejorar el número de pacientes para un análisis posterior de RACGAP1, no se dan datos para PGR en la imagen. La consideración adicional de la PGR no altera el resultado general con respecto a RACGAP1. Los datos (véase la Tabla 3) muestran que los niveles de expresión del ARNm de RACGAP1 por debajo o por encima del umbral definido están asociados con diferencias particularmente significativas en la tasa de supervivencia a 5 años.

La Figura 3 representa un análisis de Kaplan Meier de la supervivencia de pacientes con cáncer de mama con tumores HER2-positivos (HER2), luminal A (LumA), luminal B (LumB) o triple negativos (TNT), en donde se identificó el subtipo molecular del tumor según la presente enseñanza, sobre la base de los niveles de expresión de ARNm de HER2, ESR1, PGR y Ki67. El subtipo luminal A, como se define por los presentes inventores, se asocia con una tasa de supervivencia global del 97 % después de 5 años (frente al 87 % para tumores luminal B y HER2 positivos y 84 % para tumores triple negativos).

La Figura 4 representa un análisis de Kaplan Meier de la supervivencia libre de metástasis distante ("DMFS", recurrencia distante X años después de la cirugía) de pacientes con cáncer de mama con tumores HER2-positivos (HER2), luminal A (LumA), luminal B (LumB) o triple-negativos (TNT), en donde el subtipo molecular del tumor se identificó según la presente enseñanza, sobre la base de los niveles de expresión de ARNm de HER2, ESR1, PGR y Ki67. El subtipo luminal A, como se define por los presentes inventores, se asocia con una tasa de DMFS del 92 % después de 5 años (frente al 78 % para los tumores luminal B, HER2 positivos y triple negativos).

La Figura 5 representa un análisis de regresión de Cox multivariante de DMFS que compara la subtipificación molecular mediante inmunohistoquímica (Sotiriou et al (2009), N Engl J Med, 360(8): 790-800) con subtipificación molecular usando el método según la presente enseñanza, sobre la base de los niveles de expresión de ARNm de HER2, ESR1, PGR y Ki67. El análisis muestra claramente la superioridad del método de la presente enseñanza, ya que la subtipificación por inmunohistoquímica pierde su significancia cuando los resultados obtenidos por el método de la presente enseñanza se incluyen en el modelo de riesgos proporcionales de Cox.

Las Figuras 6 a 9 muestran los valores 40-AACT de los marcadores HER2, ESR1, PGR y Ki67 determinados por RT-qPCR para muestras de pacientes 1 a 6 y lotes 1 a 3.

La Figura 10 representa un análisis de Kaplan Meier de la supervivencia global de pacientes con tumores luminal B. A: Cuando se define por RT-qPCR, los pacientes con cáncer luminal B tratados con docetaxel-FEC sobreviven significativamente más tiempo que cuando se trataron con vinorelbina-FEC (97 % frente a 89 % respectivamente, Relación de Riesgo [HR] 0,241; IC: 0,090-0,642) B: Cuando el subtipo de tumor está definido por ⁱH^c, no puede mostrarse el beneficio del docetaxel para los pacientes con luminal B (95 % frente a 92 %, HR 0,617; IC 0,235-1,623).

La Figura 11 representa un análisis de Kaplan Meier de la supervivencia global de pacientes con tumores luminal B, ajustados por tipo histológico tumoral mediante Regresión de Cox como se especifica en el SAP. A: La predicción del beneficio de docetaxel mediante el kit RT-qPCR sigue siendo significativa (97 % frente a 88 %, HR 0,232; IC 0,087 0,624). B: La subtipificación por IHC no es predictiva de un beneficio de docetaxel (96 % frente a 92 %, HR 0,510, IC 0,184-1,414).

La Figura 12 representa un análisis de Kaplan Meier de supervivencia libre de metástasis distante (DMFS) de pacientes con tumor luminal B. A: Cuando se define por RT-qPCR, los pacientes con luminal B tienen una mayor probabilidad de permanecer libres de metástasis distante cuando se tratan con docetaxel-FEC en comparación con vinorelbina-F^eC (89 % frente a 78 % respectivamente, HR 0,471; IC 0,263-0,843) B: Cuando los tumores luminal B se definen por IHC, las diferencias de supervivencia no se observan entre los diferentes regímenes de tratamiento (87 % frente a 86 %, HR 0,938 IC 0,474-1,856).

La Figura 13 representa un análisis de Kaplan Meier de la supervivencia libre de metástasis distante de pacientes con tumores luminal B, ajustada para el número de ganglios linfáticos metastásicos, tamaño del tumor y tipo histológico por Regresión de Cox como se especifica en el SAP. A: Al usar el ensayo de subtipificación de la presente enseñanza, el efecto sigue siendo significativo (90 frente a 78 %, HR 0,409; IC 0,219-0,764). B: Por el contrario, no hay ningún efecto cuando la subtipificación tumoral se produce por IHC (89 % frente a 85 %, HR 0,674; IC 0,307-1,481).

La Figura 14 representa un análisis de Kaplan Meier de la supervivencia global de pacientes con tumores HER2-positivos. A: Cuando se define por RT-qPCR, los pacientes HER2-positivos no tienen mejores tasas de supervivencia global cuando se tratan con docetaxel en comparación con vinorelbina (87 frente a 91 %, HR 1,320; IC 0,556-3,132). B: Se muestran resultados similares para tumores subtipificados por IHC (86 % frente a 89 %, HR 1,175, IC 0,518 2,663).

La Figura 15 representa un análisis de Kaplan Meier de supervivencia libre de metástasis distante de tumores HER2-positivos. A: Cuando se define por el método de la presente enseñanza, los pacientes HER2-positivos no difieren en la supervivencia libre de metástasis distante cuando se tratan con docetaxel en comparación con vinorelbina (80 frente a 81 %, HR 1,070; IC 0,551-2,076). B: De forma similar, cuando se define por iHc , los pacientes HER2 positivos tratados de forma diferente no muestran diferencias en la supervivencia (78 % frente a 77 %, HR 0,975; IC 0,516 1,843).

La Figura 16 representa un análisis de Kaplan Meier de la supervivencia global de los tumores luminal A. A: Cuando se define por RT-qPCR, los pacientes con luminal A tienden a tener tasas de supervivencia global inferiores cuando se tratan con docetaxel en comparación con vinorelbina (95 % frente a 98 %, HR 2,471; IC 0,477-12,809). B: Por el contrario, cuando se define por IHC, los pacientes con luminal A muestran una tendencia débil, pero no significativa, hacia una supervivencia global más prolongada (97 frente a 93 % HR 0,443; IC 0,114-1,716) cuando se tratan con docetaxel en comparación con vinorelbina.

La Figura 17 representa un análisis de Kaplan Meier de la supervivencia libre de metástasis distante de pacientes con tumor luminal A. A: Cuando se define por RT-qPCR, los pacientes con luminal A no difieren en la supervivencia libre de metástasis distante tras el tratamiento con docetaxel o vinorelbina (92 % frente a 90 %, HR 0,826; IC 0,336-2,033) B: Los pacientes subtipificados con IHC tratados con docetaxel en comparación con vinorelbina muestran una tendencia débil, pero no significativa, hacia la supervivencia libre de metástasis distante más prolongada (93 % frente a 88 %, HR 0,553; IC 0,222-1,386).

La Figura 18 representa un análisis de Kaplan Meier de la supervivencia global de pacientes con tumores TNBC. A: Cuando se define por RT-qPCR, los pacientes portadores de TNBC no muestran diferencias en la supervivencia global tras el tratamiento con docetaxel o vinorelbina (84 % frente a 83 %, HR 0,949; IC 0,383-2,665). B: Cuando se define por IHC, los pacientes con TNBC muestran una tendencia débil, pero no significativa, hacia una supervivencia global más prolongada (88 % frente a 80 %, HR 0,552; IC 0,207-1,472).

La Figura 19 representa un análisis de Kaplan Meier de supervivencia libre de metástasis distante de pacientes con tumores TNBC. A: Los pacientes con TNBC tratados de forma diferente definidos por RT-qPCR no difieren significativamente en la supervivencia libre de metástasis distante (74 % frente a 78 %, HR 1,211; IC 0,523-2,802). B: Los pacientes con TNBC definidos por IHC muestran una tendencia débil, pero no significativa, hacia la supervivencia libre de metástasis distante más prolongada (82 % frente a 72 %, HR 0,615; IC 0,284-1,333) cuando se los trata con docetaxel en comparación con vinorelbina.

La Figura 20 A muestra un diagrama de dispersión de las estimaciones continuas de Ki67 por IHC (como se representa por el % de células positivas en el eje y) y RT-qPCR (como se representa por 40-AACT en el eje x). Las líneas ilustran los valores de punto de corte predefinidos del plan de análisis estadístico (horizontal: IHC 20 %; vertical: RT-qPCR 34,8 40-AACT). B resume las concordancias y discordancias entre la categorización basada en RT-qPCR e IHC (positiva [pos] frente a negativa [neg]). C muestra las estadísticas de Kappa que revelan una correlación altamente significativa (p<0,0001), pero una concordancia moderada entre los métodos. D muestra el porcentaje de acuerdo positivo y negativo (PPA y NPA, respectivamente) cuando se ensaya Ki67 mediante RT-qPCR frente a IHC.

La Figura 21 representa un análisis de Kaplan Meier de supervivencia libre de metástasis distante de pacientes con tumores positivos para receptores de estrógenos y resultados discordantes de Ki67 entre RT-qPCR e iHc .

Otros objetos, ventajas y características de la presente enseñanza se pondrán de manifiesto a partir de la siguiente descripción detallada, en particular cuando se considera junto con las figuras adjuntas.

Descripción detallada

A no ser que se definan de otra forma, todos los términos técnicos y científicos usados en la presente memoria tienen los mismos significados que los expertos en la técnica entienden comúnmente.

Preferiblemente, los términos usados en la presente memoria se definen como se describe en "A multilingual glossary of biotechnological terms: (IUPAC Recommendations)", H.G.W. Leuenberger, B. Nagel, y H. Kolbl, Eds., Helvetica Chimica Acta, CH-4010 Basilea, Suiza, (1995).

La práctica de la presente enseñanza empleará, a no ser que se indique otra cosa, métodos convencionales de química, bioquímica, biología celular, inmunología y técnicas de ADN recombinante que se explican en la literatura en el campo (véase, p. ej., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a Edición, J. Sambrook et al. eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor 1989).

A lo largo de esta memoria descriptiva y las reivindicaciones que siguen, a no ser que el contexto requiera otra cosa, se entenderá que la palabra "comprenden" y variaciones tales como "comprende" y "que comprende", implican la inclusión de un miembro, número entero o una etapa o grupo de miembros, números enteros o etapas, pero no la exclusión de ningún otro miembro, número entero o etapa o grupo de miembros, números enteros o etapas, aunque en algunas realizaciones dicho otro miembro, número entero o etapa o grupo de miembros, números enteros o etapas pueden excluirse, es decir, el contenido consiste en la inclusión de un miembro, número entero o etapa o grupo de miembros, números enteros o etapas establecidos. Los términos "un" y "una" y "el/la" y referencia similar usados en el contexto de la descripción de la enseñanza (especialmente en el contexto de las reivindicaciones) deben interpretarse que abarcan tanto el singular como el plural, a no ser que se indique otra cosa en la presente memoria o se contradiga claramente por el contexto. La citación de los rangos de valores en la presente memoria está simplemente destinada a servir como un método abreviado para referirse individualmente a cada valor separado que se encuentre dentro del rango. A no ser que se indique otra cosa en la presente memoria, cada valor individual se incorpora en la memoria descriptiva como si se citara en la presente memoria individualmente. Todos los métodos descritos en la presente memoria se pueden realizar en cualquier orden adecuado a no ser que se indique lo contrario en la presente memoria o se contradiga claramente por el contexto de otra forma. El uso de cualquiera y todos los ejemplos, o un lenguaje ejemplar (p. ej., "tal como"), proporcionado en la presente memoria tiene la intención meramente de ilustrar mejor la enseñanza y no representa una limitación en el alcance de la enseñanza reivindicada de otro modo. Ningún lenguaje en la memoria descriptiva debe interpretarse como indicación de cualquier elemento no reivindicado esencial para la práctica de la enseñanza.

En una realización, dicho método no comprende la determinación del nivel de expresión, en particular el nivel de expresión del transcrito de ARN, de uno o más genes adicionales no de referencia. En otras palabras, no se determina ningún nivel de expresión, en particular, ningún nivel de expresión del transcrito de ARN, de un gen distinto de HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1 y uno o más genes de referencia.

En una realización, dicho método no comprende ninguna otra etapa de diagnóstico, tal como clasificación histológica o determinación del estado ganglionar linfático.

El término "tumor', tal y como se usa en la presente memoria, se refiere a todo el crecimiento y proliferación de células neoplásicas, ya sea maligno o benigno, y todas las células y tejidos precancerosos y cancerosos. En una realización de la presente enseñanza, el tumor es un tumor sólido. En una realización, el tumor es un tumor de mama o deriva de un tumor de mama (p. ej., por metástasis).

Tal y como se usa en la presente memoria, "cáncer' incluye una enfermedad caracterizada por un crecimiento, proliferación, diferenciación, adhesión y/o migración celular regulado de manera aberrante. El término "cáncer" según la enseñanza comprende leucemias, melanomas, teratomas, linfomas, neuroblastomas, gliomas, cáncer rectal, cáncer endometrial, cáncer de riñón, cáncer adrenal, cáncer de tiroides, cáncer de sangre, cáncer de piel, cáncer del cerebro, cáncer del cuello uterino, cáncer intestinal, cáncer de hígado, cáncer de colon, cáncer de estómago, cáncer de intestino, cáncer de cabeza y cuello, cáncer gastrointestinal, cáncer de ganglios linfáticos, cáncer de esófago, cáncer colorrectal, cáncer de páncreas, cáncer de oreja, nariz y garganta (ENT), cáncer de mama, cáncer de próstata, cáncer del útero, cáncer de ovario y cáncer de pulmón y las metástasis de los mismos. Los ejemplos de los mismos son carcinomas de pulmón, carcinomas de mama, carcinomas de próstata, carcinomas de colon, carcinomas de células renales, carcinomas de cuello uterino, o metástasis de los tipos de cáncer o tumores descritos anteriormente. El término cáncer según la enseñanza también comprende el cáncer de mama. En una realización, el cáncer es cáncer de mama.

El término "cáncer de mama" se refiere a un tipo de cáncer que se origina en el tejido mamario, más comúnmente del revestimiento interno de los conductos de la leche o los lóbulos que proveen los conductos con leche. Los cánceres que se originan en los conductos se conocen como carcinomas ductales, mientras que los que se originan en los lobulillos se conocen como carcinomas lobulares. Ocasionalmente, el cáncer de mama se presenta como enfermedad metastásica. Los sitios comunes de metástasis incluyen huesos, hígado, pulmón y cerebro. El cáncer de mama ocurre en los seres humanos y otros mamíferos. Si bien la abrumadora mayoría de los casos en los seres humanos ocurre en mujeres, también puede presentarse cáncer de mama masculino. El tratamiento del cáncer de mama puede incluir cirugía, medicamentos (terapia hormonal y quimioterapia), radiación y/o inmunoterapia/terapia dirigida.

El término "paciente", tal y como se usa en la presente memoria, se refiere a cualquier organismo tal como vertebrado, particularmente cualquier mamífero, que incluye tanto un ser humano como otro mamífero, p. ej., un animal tal como un roedor, un conejo o un mono. El roedor puede ser un ratón, una rata, un hámster, una cobaya o una chinchilla. Preferiblemente, el paciente es un ser humano.

Según la presente enseñanza, el término "transcrito de ARN" incluye y preferiblemente se refiere a "ARNm" que significa "ARN mensajero" y se refiere a un "transcrito" que codifica un péptido o proteína. El ARNm típicamente comprende una región 5' no traducida (5'-UTR), una región codificante de proteína o péptido y una región 3' no traducida (3'-UTR). El ARNm tiene un tiempo de vida medio limitado en las células e in vitro.

El gen HER2 (también denominado ERBB2; ubicación: 17q12, anotación: cromosoma: 17; NC_000017.10) codifica un miembro de la familia del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGF) de tirosina quinasas de receptores. La amplificación y/o sobreexpresión de este gen se ha informado en numerosos cánceres, incluidos los tumores de mama y de ovario. En la base de datos NCBI, se enumeran dos variantes de ARNm para HER2 que codifican dos versiones de proteínas. Las secuencias de proteínas y ARNm pueden encontrarse bajo los números de acceso NM_001005862.1 (receptor tirosina-proteína quinasa erbB-2 isoforma b) y NM_004448.2 (precursor de receptor tirosina-proteína quinasa erbB-2 isoforma a). La amplificación del gen HER2 ocurre en aproximadamente el 10-20 % de los carcinomas de mama primarios.

El gen ESR1 (ubicación: 6q25, anotación: cromosoma 6, NC_000006.11) codifica un receptor de estrógeno (ER), un factor de transcripción activado por ligando compuesto de varios dominios importantes para la unión de hormonas, unión al ADN y activación de la transcripción. Se sabe que los receptores de estrógenos están implicados en procesos patológicos que incluyen cáncer de mama, cáncer de endometrio y osteoporosis. Se conocen cuatro variantes de ARNm de ESR1, en donde las variantes del transcrito difieren en la 5' UTR y/o usan diferentes promotores, pero cada variante codifica la misma proteína. El 70-80 % de todos los cánceres de mama son ER positivos.

El gen PGR (también denominado RP, ubicación: 11 q22-q23, anotación: cromosoma: 11; NC_000011.9) codifica el receptor de progesterona. Las hormonas esteroideas, como la progesterona y sus receptores, están implicadas en la regulación de la expresión del gen eucariota y afectan la proliferación celular y la diferenciación en los tejidos diana. Este gen usa dos promotores y sitios de inicio de la traducción distintos en el primer exón para producir dos isoformas de ARNm, A y B. Las dos isoformas son idénticas, excepto por los 165 aminoácidos adicionales que se encuentran en el extremo N de la isoforma B. El 40 % de los tumores de mama son positivos para PGR.

El gen Ki-67 (Ki67; ubicación: 10q26.2, anotación: cromosoma: 10; NC_000010.10) codifica una proteína nuclear que se asocia con y puede ser necesaria para la proliferación celular. Se han descrito dos variantes de ARNm. Existe un pseudogen relacionado en el cromosoma 10. Aproximadamente el 25 % de los tumores de mama son positivos para Ki67.

El gen RACGAP1 (ubicación: 12q 13.12, anotación: cromosoma: 12; NC_000012.11) codifica la proteína 1 activadora de RacGTPasa. Se han descrito tres variantes de corte y empalme, y todas codifican la misma proteína. RACGAP1 es un componente del complejo espindlina central y desempeña papeles clave en el control de los procesos relacionados con el crecimiento y la diferenciación.

El término "nivel de expresión", tal y como se usa en la presente memoria, se refiere a la expresión de un gen particular (es decir, HER2, ESR1, PGR, Ki67 o RACGAP1) para producir transcrito y/o proteína. Según la presente enseñanza, el nivel de expresión se determina en el nivel de transcrito de ARN, en particular nivel de ARNm (nivel transcripcional), por ejemplo, midiendo el ARNm transcrito (p. ej., mediante inmunotransferencia Northern) por PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT) o por tinción directamente del ARNm (p. ej., mediante hibridación in situ).

En una realización, el término "muestra del tumor" se refiere a una muestra de tejido tumoral aislada del paciente con cáncer (p. ej., una biopsia o tejido de resección del tumor). En una realización preferida, la muestra de tejido tumoral es una criosección de una muestra de tejido tumoral o es una muestra de tejido tumoral fijada químicamente. En una realización más preferida, la muestra de tejido tumoral es una muestra es una muestra de tejido tumoral fijada con formalina y embebida en parafina (FFPE). En una realización, la muestra del tumor es ARN (total) extraído de la muestra de tejido tumoral. En una realización particularmente preferida, la muestra del tumor es ARN (total) extraído de una muestra de tejido tumoral FFPE. Los expertos en la técnica pueden realizar procedimientos de extracción de ARN. Por ejemplo, el ARN total de una viruta de 5 a 10 μm de tejido tumoral FFPE se puede extraer usando el Kit de Parafina de ^aRⁿUltra Puro (Roche, Basilea, Suiza) o, preferiblemente, el Kit de Extracción de ARN XL XTRAKT (Stratifyer Molecular Pathology, Colonia, Alemania). También es posible almacenar el material de muestra por usar/ensayar en un congelador y llevar a cabo el método de la presente enseñanza en un punto de tiempo apropiado después de descongelar el material de muestra respectivo. La muestra puede obtenerse del paciente con cáncer antes del inicio de un tratamiento terapéutico, durante el tratamiento terapéutico, y/o después del tratamiento terapéutico, es decir, antes de, durante o después de la administración de la terapia contra el cáncer.

El término "subtipo molecular de un tumor", tal y como se usa en la presente memoria, se refiere a subtipos de un tumor que se caracterizan por perfiles moleculares distintos, p. ej., perfiles de expresión génica. En una realización, el subtipo molecular se selecciona del grupo que comprende HER2-positivo, triple-negativo (también denominado "similar a basal"), luminal A y luminal B. El término "similar a basal" se refiere al hecho de que dichos tumores tienen cierta similitud en la expresión génica con la de las células epiteliales basales. El término "luminal" se deriva de la similitud en la expresión génica entre los tumores y el epitelio luminal.

Los subtipos moleculares difieren notablemente en el resultado clínico y la respuesta a la terapia. En una realización, el subtipo molecular luminal A, como se define en la presente memoria, se asocia con una probabilidad de supervivencia libre de recurrencia distante 5 años después del tratamiento que es al menos un 11 %, preferiblemente al menos un 13 % mayor que la probabilidad de supervivencia libre de recurrencia distante 5 años después del tratamiento asociada con el subtipo molecular luminal B y/o con una probabilidad de supervivencia 5 años después del tratamiento que es al menos un 7 %, preferiblemente al menos un 9 % mayor que la probabilidad de supervivencia 5 años después del tratamiento asociada con el subtipo molecular luminal B.

El término "tratamiento (terapéutico)", en particular en relación con el tratamiento del cáncer tal y como se usa en la presente memoria, se refiere a cualquier tratamiento que mejore el estado de salud y/o prolongue (incremente) la vida de un paciente. Dicho tratamiento puede eliminar el cáncer, reducir el tamaño o el número de tumores en un paciente, detener o ralentizar el desarrollo de cáncer en un paciente, inhibir o ralentizar el desarrollo de un nuevo cáncer en un paciente, disminuir la frecuencia o gravedad de los síntomas en un paciente, y/o disminuir las recurrencias en un paciente que actualmente tiene o que ha tenido cáncer anteriormente. En una realización, los términos "tratamiento" y "tratamiento terapéutico" pretenden referirse a uno o más de la extirpación quirúrgica del tumor primario, quimioterapia, terapia hormonal, radioterapia e inmunoterapia/terapia dirigida. La terapia adyuvante es un tratamiento que se administra además del tratamiento primario, principal o inicial. Las cirugías y los regímenes de tratamiento complejos usados en la terapia contra el cáncer han llevado a que el término se use principalmente para describir los tratamientos adyuvantes contra el cáncer. Un ejemplo de terapia adyuvante es el tratamiento adicional (p. ej., quimioterapia) generalmente administrado después de la cirugía (postquirúrgicamente), donde se ha eliminado toda la enfermedad detectable, pero donde permanece un riesgo estadístico de recidiva debido a una enfermedad oculta.

La terapia neoadyuvante es el tratamiento administrado antes del tratamiento primario, principal o inicial (p. ej., quimioterapia prequirúrgica).

Según la presente enseñanza, la etapa de "determinar el nivel de expresión del transcrito de ARN" puede comprender (i) medir el nivel de expresión del transcrito de ARN y (ii) analizar el nivel de expresión del transcrito de ARN medido (p. ej., en comparación con un nivel de expresión de referencia, tal como un umbral de expresión definido), en donde el orden de medición del nivel de expresión del transcrito de ARN de HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1 es independiente del orden de análisis del nivel de expresión medido del transcrito de ARN de HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1.

En una realización, la determinación del nivel de expresión del transcrito de ARN de HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1 comprende determinar si el nivel de expresión del transcrito de ARN de HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1 es menor o mayor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1. En los casos en los que el nivel de expresión es igual al umbral de expresión definido, se considera que el nivel de expresión pertenece al grupo de niveles de expresión que son mayores que el umbral de expresión definido. Por lo tanto, la expresión "mayor que un umbral de expresión definido", tal y como se usa en la presente memoria, incluye niveles de expresión que son mayores o iguales al umbral de expresión definido. Los niveles de expresión que son "mayores que un umbral de expresión definido" también pueden denominarse "expresión positiva", mientras que los niveles de expresión que son "menores que un umbral de expresión definido" también pueden denominarse "expresión negativa".

El término "umbral de expresión definido del transcrito de ARN", tal y como se usa en la presente memoria, puede referirse al valor de punto de corte medio (abreviando: punto de corte) calculado a partir de un número de muestras, obteniéndose dicho número de muestras de un número de sujetos, en particular, sujetos que tienen cáncer. Para obtener el umbral, el número de sujetos puede incluir sujetos que tienen tumores de diferentes subtipos moleculares, p. ej., sujetos que tienen tumores HER2 positivos y/o sujetos que tienen tumores triple negativos y/o sujetos que tienen tumores luminal A y/o sujetos que tienen tumores luminal B. El umbral puede representar una cantidad o concentración del transcrito de ^aRⁿ. En una realización, el umbral se da como valor de CT (umbral de ciclos) (véase a continuación). En una realización, el nivel de expresión (relativo) y el umbral de expresión se expresan como valores 40-ACT o 40-AACT (véase a continuación).

El término "sujeto", tal y como se usa en la presente memoria, se refiere a cualquier organismo tal como vertebrado, particularmente cualquier mamífero, que incluye tanto un ser humano como otro mamífero, p. ej., un animal tal como un roedor, un conejo o un mono. El roedor puede ser un ratón, una rata, un hámster, una cobaya o una chinchilla. Preferiblemente, el sujeto es un ser humano. En una realización, un sujeto es un sujeto con o de quien se sospecha que tiene una enfermedad, en particular cáncer, también designado como "paciente" en la presente memoria. Para la determinación del valor de punto de corte medio, se ensayan al menos dos sujetos, preferiblemente al menos 5, al menos 10, al menos 20, al menos 30, al menos 40, al menos 50, al menos 60, al menos 70, a al menos 80, al menos 90, al menos 100, al menos 200, al menos 300, al menos 400, al menos 500, al menos 600, al menos 700, al menos 800, al menos 900, al menos 1.000, al menos 1.500, o al menos 2.000 sujetos.

Dado que ya se han realizado varios estudios clínicos con los marcadores de genes usados según la presente enseñanza, un estudio de concordancia en un entorno de prueba de entrenamiento será suficiente para la definición y validación de un punto corte/umbral clínico para la dicotomización de resultados cuantitativos en "expresión positiva" o "expresión negativa". Por lo tanto, en una realización, el punto de corte/umbral se define sobre la base de uno o más estudios clínicos previos. Además, se pueden realizar estudios clínicos adicionales para el establecimiento y la validación del punto corte/umbral. El punto de corte/umbral puede determinarse/definirse mediante técnicas conocidas en la técnica.

En una realización, el punto de corte/umbral se determina/define sobre la base de parámetros clínico-patológicos, tales como IHC-ISH, y/o los datos de supervivencia global (OS), supervivencia libre de enfermedad (DFS), y supervivencia libre de metástasis distante (DMFS), y supervivencia específica de enfermedad (DSS) en cohortes de entrenamiento (p. ej., HE10-97, Pentheroudakis et al (2009), Breast Cancer Res Treat, 116: 131-143), por ensayos de partición (p. ej., Software SAS JMP® 9.0.0) y validadas en cohortes de ensayos clínicos independientes, p. ej., muestras de tejido FFPE del estudio FinHER (Joensuu et al. (2006), N Engl J Med, 354: 809-820).

En una realización, el valor de 40-ACT se calcula de la siguiente manera: 40 - [CT del biomarcador respectivo (es decir, HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1) de una muestra de paciente - CT de un gen de referencia (p. ej., CALM2) de una muestra de paciente] (= método de cálculo 1). Si se usa más de un gen de referencia, el valor de 40-ACT se calcula como sigue: 40 -(CT biomarcador respectivo de una muestra de paciente - CT media de genes de referencia seleccionados de una muestra de paciente) (= método de cálculo 2). Alternativamente, se puede usar un valor de 40-AACT, en donde 40-AACT puede calcularse de la siguiente manera: AACT = 40 -[(CT biomarcador de una muestra de paciente - CT biomarcador de una muestra de referencia) -(CT gen de referencia de muestra de paciente) - CT gen de referencia de una muestra de referencia)] (= método de cálculo 3); p. ej., 40-AACT = 40 -[(CT Ki67 muestra de paciente - CT Ki67 muestra de referencia) -(CT CALM2 de una muestra de paciente - CT CALM2 de una muestra de referencia)]. En una realización, CALM2 se usa como gen de referencia.

En una realización ejemplar, el valor de punto corte medio se da como un valor de 40-ACT según el método de cálculo 2, en donde el valor de punto corte medio para HER2 es un valor de 40-ACT de 38, el valor de punto corte medio para ESR1 es un valor de 40-ACT de 34, el valor de punto de corte medio para PGR es un valor de 40-ACT de 30,2, el valor de punto de corte medio para Ki67 es un valor de 40-ACT de 31,7 , y el valor de punto de corte medio para RACGAP1 es un valor 40-ACT de 34,2.

En otra realización, el nivel de expresión relativa de los biomarcadores se da como un valor de 40-AACT, que se calcula de la siguiente manera: 40 - [(CT biomarcador de una muestra de paciente - CT gen de referencia de la muestra del paciente) -(CT biomarcador de una muestra de control - CT gen de referencia de la muestra de control)] (= método de cálculo 4); p. ej., 40-AACT = 40 - [(CT Ki67, muestra de paciente - CT Media CombRef, muestra de paciente) -(CT Ki67, muestra de control, CT Media CombRef, muestra de control)]. En una realización, el CT es la mediana del CT. El CT del gen de referencia puede ser el CT de un único gen de referencia o el CT medio de dos o más genes de referencia (denominado Media CombRef). Preferiblemente, la misma muestra de control (también denominada calibrador) se usa en todos los análisis y conduce a los mismos resultados de RT-qPCR o qPCR. En una realización, la muestra de control es un ARN de línea celular, un ARN artificial transcrito in vitro o una mezcla equimolar de oligonucleótidos de ADN, que representa el ARNm o ADNc biomarcador o el amplicón de biomarcador o una parte del amplicón de biomarcador con una relación constante. En una realización, se usan CALM2 y B2M como genes de referencia y se usa un control positivo (p. ej., ARN artificial transcrito in vitro) como muestra de control (calibrador).

En una realización ejemplar, el valor de punto de corte medio se da como un valor de 40-AACT según el método de cálculo 4, en donde el valor de punto de corte medio para HER2 es un valor de 40-AACT de 40,90, el valor de punto de corte medio para ESR1 es un valor de 40-AACT de 38,20, el valor de punto de corte medio para PGR es un valor de 40-AACT de 34,90 y el valor de punto de corte medio para Ki67 es un valor de 40-AACT de 34,80 en un módulo AD del Instrumento kPCR Versant (Siemens).

En otra realización ejemplar, el valor de punto de corte medio se da como un valor 40-AACT según el método de cálculo 4, en donde el valor de punto de corte medio para HER2 es un valor 40-AACT de 41,1, el valor de punto de corte para ESR1 es un valor 40-AACT de 38,00, el valor de punto de corte para PGR es un valor 40-AACT de 35,50 y el valor de punto de corte para Ki67 es un valor 40-AACT de 35,50 en un instrumento LightCycler® 480 II (Roche).

En una realización, las etapas (a), (b), (c) y (d) y/o (e) se realizan en orden aleatorio. En una realización, la etapa (a) se realiza antes de las etapas (b), (c) y (d) y/o (e). En una realización, la etapa (d) y/o la etapa (e) se realizan después de las etapas (a), (b) y (c). En una realización, la etapa (a) se realiza antes de la etapa (b), la etapa (b) se realiza antes de la etapa (c) y la etapa (c) se realiza antes de la etapa (d) y/o la etapa (e).

En una realización, un nivel de expresión del transcrito de ARN de HER2 que es mayor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de HER2 identifica el subtipo molecular del tumor como HER2-positivo.

En una realización,

identifican el subtipo molecular del tumor como triple negativo.

En una realización, el subtipo molecular es luminal A o luminal B.

En una realización,

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal B.

En una realización,

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal A.

En una realización,

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal B.

En una realización,

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal B.

En una realización,

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal A.

En una realización,

identifican el subtipo molecular del tumor como luminal B.

En una realización, el método comprende la etapa (d), y

indica un riesgo incrementado de mal resultado clínico para el paciente con cáncer, en particular un riesgo incrementado de metástasis distante.

En una realización, el método comprende la etapa (e), y un nivel de expresión de transcrito de ARN de RACGAP1 que es mayor que un umbral de expresión definido de transcrito de ARN de RACGAP1 indica un riesgo incrementado de mal resultado clínico para el paciente con cáncer (en comparación con el riesgo de un paciente de cáncer con un tumor que tiene un nivel de expresión de transcrito de ARN de RACGAP1 que es menor que el umbral de expresión definido del transcrito de ARN de RACGAP1).

La determinación del nivel de expresión del transcrito de ARN tanto de Ki67 como de RACGAP1 proporciona información más precisa con respecto al resultado clínico de un paciente con cáncer, en donde, generalmente, un nivel de expresión incrementado de transcrito de ARN de Ki67 o RACGAP1 indica un riesgo incrementado de un mal resultado clínico para el paciente con cáncer (en comparación con el riesgo de un paciente con cáncer que tiene un nivel de expresión de transcrito de ARN de Ki67 o RACGAP1 que es menor que el umbral de expresión definido del transcrito de ARN de Ki67 o RACGAP1).

En una realización, el método comprende las etapas (d) y (e), y

indica un riesgo incrementado adicional de mal resultado clínico para el paciente con cáncer (en comparación con el riesgo incrementado de un paciente con cáncer que tiene un tumor con un nivel de expresión del transcrito de ARN de Ki67 que es menor que un umbral de expresión definida de transcrito de ARN de Ki67 y un nivel de expresión del transcrito de ARN de RACGAP1 que es mayor que el umbral de expresión definido del transcrito de ARN de RACGAP1, en donde, preferiblemente, el incremento adicional se refiere a un incremento de al menos un 5 %, más preferiblemente al menos un 10 %).

El término "resultado clínico" se define como el resultado clínico de una enfermedad, en particular después de un tratamiento, p. ej., reducción o mejora de los síntomas. En una realización, el mal resultado clínico comprende una reducción relativa en o más de supervivencia, supervivencia libre de recurrencia y supervivencia libre de recurrencia distante. El término "recurrencia" con respecto al cáncer incluye la reaparición de células tumorales en el mismo sitio y órgano de la enfermedad de origen, metástasis que pueden aparecer incluso muchos años después del diagnóstico inicial y la terapia del cáncer, o eventos locales tales como la infiltración de las células tumorales en los ganglios linfáticos regionales. "Recurrencia distante" se refiere a un escenario en donde las células cancerosas se han diseminado (metastatizado) a una parte distante (es decir, a otro órgano) del cuerpo más allá de los ganglios linfáticos regionales. La supervivencia libre de recurrencia generalmente se define como el tiempo desde la aleatorización hasta el primero de recurrencia, recidiva, segundo cáncer o muerte.

El término "metástasis" pretende referirse a la diseminación de células cancerosas desde su sitio original a otra parte del cuerpo. La formación de la metástasis es un proceso muy complejo y depende de la separación de células malignas desde el tumor primario, la invasión de la matriz extracelular, la penetración de las membranas basales endoteliales para entrar en la cavidad del cuerpo y los vasos, y luego, después de haber sido transportadas por la sangre, infiltración de órganos diana. Finalmente, el crecimiento de un nuevo tumor en el sitio diana depende de la angiogénesis. La metástasis tumoral a menudo ocurre incluso después de la eliminación del tumor primario porque las células o los componentes del tumor pueden permanecer y desarrollar un potencial metastásico.

En una realización, un "riesgo incrementado de mal resultado clínico" se refiere a una probabilidad de supervivencia 5 años después del tratamiento que es al menos un 20 % menor, preferiblemente al menos un 25 % menor que la probabilidad de supervivencia 5 años después del tratamiento de un paciente de cáncer con un tumor que tiene

- un nivel de expresión del transcrito de ARN de RACGAP1 que es menor que un umbral de expresión definido del transcrito de ARN de RACGAP1.

En una realización, un "riesgo incrementado adicional de mal resultado clínico" se refiere a una probabilidad de supervivencia 5 años después del tratamiento que es al menos un 30 % menor, preferiblemente al menos un 35 % menor que la probabilidad de supervivencia 5 años después del tratamiento de un cáncer paciente con un tumor que tiene

En una realización, el nivel de expresión del transcrito de ARN se determina por PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT) (RT-qPCR). Como el ARN no puede amplificarse directamente en la PCR, debe transcribirse de forma inversa en el ADNc usando la enzima transcriptasa inversa. Para este fin, se puede utilizar una RT-qPCR de una sola etapa, que combina las reacciones de transcripción inversa con amplificación de ADN mediante PCR en la misma reacción. En RT-qPCR de una sola etapa, el molde de ARN se mezcla en una mezcla de reacción que contiene transcriptasa inversa, ADN polimerasa, cebadores y sondas, dNTP, sales y detergentes. En una primera etapa de PCR, el ARN diana se transcribe de forma inversa mediante transcriptasa inversa usando los cebadores inversos específicos de la diana. Después, el ADNc se amplifica usando los cebadores/sondas y la ADN polimerasa.

En una realización, la PCR cuantitativa es PCR cuantitativa en tiempo real basada en fluorescencia. La PCR cuantitativa en tiempo real basada en fluorescencia comprende el uso de una sonda marcada fluorescentemente. Preferiblemente, la sonda marcada fluorescentemente consiste en un oligonucleótido marcado tanto con un colorante informador fluorescente como con un colorante apantallador (= sonda de marcaje doble). Los informadores fluorescentes adecuados y colorantes/resto apantalladores son conocidos por un experto en la técnica e incluyen, pero no se limitan a, los colorantes/restos informadores 6-FAM™, JOE™, Cy5®, Cy3® y los colorantes/restos apantalladores dabcyl, TAMRA™, BHQ™-1, -2 o -3. La amplificación del producto específico de la sonda causa la escisión de la sonda (= desplazamiento de la sonda mediada por amplificación), generando de este modo un aumento en la fluorescencia del informador. El aumento de la fluorescencia en la reacción es directamente proporcional al aumento de las dianas amplificadas. Al usar el sistema LightCycler 480 II (Roche) o el sistema Versant kPCR (Siemens) o el sistema Mx3005P (Agilent Technologies) o instrumentos equivalentes en tiempo real para la detección de fluorescencia que se originan en la sonda, se puede medir el aumento de la fluorescencia en tiempo real. El resultado del análisis es un valor CT de cada diana. El valor CT (umbral de ciclos) está determinado por el número de ciclos de amplificación de PCR, después de lo cual la señal de fluorescencia de la sonda supera una determinada señal de fondo, en donde el valor CT es una medida de la cantidad de moléculas diana en la muestra antes de la amplificación por PCR. Preferiblemente, los valores de CT se analizan adicionalmente con un software apropiado (p. ej., Microsoft Excel™) o paquetes de software estadístico (p. ej., SAS JMP® 9.0.0, GraphPad Prism4, Genedata Expressionist™). El valor de CT puede convertirse a una cantidad de molécula diana absoluta (p. ej., ng/μl o moléculas/μl) basándose en los resultados de CT de una curva estándar con concentraciones de la diana conocidas. Alternativamente, la cantidad diana puede informarse como el número de veces x de disminución o aumento de la cantidad con base en una referencia (= ACT). Los valores bajos de ACT (diferencia pequeña) indican mayores cantidades de diana con respecto a la referencia en comparación con ACT alta (diferencia grande). Es adecuado recalcular el ACT restándolo de un valor fijo (tal como el número de ciclos de PCR, p. ej., 40). El resultado es un valor con correlación directa con la cantidad de diana (valor alto = cantidad alta) y expresado como valores 40-ACT, en donde un número entero se refiere a una duplicación de la cantidad de la diana (p. ej., un valor de 34 indica una cantidad que es tanto como dos veces un valor de 33). Dependiendo de la reproducibilidad y precisión deseadas del sistema, es posible agrupar múltiples ensayos de referencia o recalcular/normalizar el ACT de la muestra con el ACT de un calibrador (calibración de 1 punto; Pfaffl (2001), Nucleic Acid Res., 29(9): e45). Al usar diferentes fluoróforos para sondas específicas, también es posible multiplexar diferentes ensayos diana en la misma reacción. Durante la PCR, cada diana en el múltiplex se amplifica en paralelo, pero se detecta por separado utilizando la emisión fluorescente diferente.

Preferiblemente, los cebadores para uso según la presente enseñanza tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos, en particular desoxirribonucleótidos. En una realización, los cebadores están diseñados para (1) ser específicos para la secuencia de ARNm diana (es decir, HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1), (2) proporcionar un tamaño de amplicón de menos de 120 pb (preferiblemente menos de 100 pb), (3) detectar todas las variantes conocidas de corte y empalme de codificación de proteínas, (4) no incluir polimorfismos conocidos (p. ej., polimorfismos de un solo nucleótido, SNP), (5) ser específicos de ARNm (consideración de exones/intrones, preferiblemente sin amplificación de ADN), (6) no tener tendencia a dimerizarse y/o (7) tener una temperatura de fusión Tm en el rango de 58 °C a 62 °C (preferiblemente, la Tm es aproximadamente 60 °C).

Tal y como se usa en la presente memoria, el término "nucleótido" incluye nucleótidos nativos (de origen natural), que incluyen una base nitrogenada seleccionada del grupo que consiste en adenina (A), timidina (T), citosina (C), guanina (G) y uracilo (U), un azúcar seleccionado del grupo de ribosa, arabinosa, xilosa y piranosa, y desoxirribosa (la combinación de la base y azúcar generalmente referida como un "nucleósido"), y de uno a tres grupos fosfato, y que puede formar enlaces internucleosidilo fosfodiéster. Además, tal y como se usa en la presente memoria, "nucleótido" se refiere a análogos de nucleótidos. Tal y como se usa en la presente memoria, "análogo de nucleótido" significará un análogo de A, G, C, T o U (es decir, un análogo de un nucleótido que comprende la base A, G, C, T o U) que es reconocido por ADN o ARN polimerasa (cualquiera que sea aplicable) e incorporado en una cadena de ADN o ARN (cualquiera que sea apropiado). Los ejemplos de dichos análogos de nucleótidos incluyen, sin limitación, 5-propinil pirimidinas (es decir, 5-propinil-dTTP y 5-propinil-dCTP), 7-deaza purinas (es decir, 7-deaza-dATP y 7-deaza-dGTP), aminoalil-dNTP, biotin-AA-dNTP, 2-amino-dATP, 5-metil-dCTP, 5-yodo-dUTP, 5-bromo-dUTP, 5-fluoro-dUTP, N4-metil-dCTP, 2-tio-dTTP, 4-tio-dTTP y alfa-tio-dNTP. También se incluyen análogos marcados, p. ej., análogos fluorescentes tales como DEAC-propilendiamina (PDA)-ATP, análogos basados en análogos de nucleósidos morfolino, así como análogos de ácido nucleico bloqueado (LNA).

La expresión "específico para la secuencia de ARNm diana", como se usa en conexión con cebadores para uso según la presente enseñanza, se refiere a la capacidad del cebador para hibridar (es decir, aparearse) con el ADNc de la secuencia de ARNm diana en condiciones apropiadas de temperatura y fuerza iónica en solución, en particular condiciones de PCR. Las condiciones de temperatura y la fuerza iónica de la solución determinan la astringencia de la hibridación. La hibridación requiere que los dos ácidos nucleicos (es decir, cebador y ADNc) contengan secuencias complementarias, aunque dependiendo de la astringencia de la hibridación, son posibles las faltas de concordancia entre las bases. En una realización, "condiciones apropiadas de temperatura y fuerza iónica en solución" se refieren a una temperatura en el rango de 58 °C a 62 °C (preferiblemente, una temperatura de aproximadamente 60 °C) y una fuerza iónica en solución usada comúnmente en mezclas de reacción de PCR. En una realización, la secuencia del cebador es un 80 %, preferiblemente un 85 %, más preferiblemente un 90 %, incluso más preferiblemente un 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % complementaria a la secuencia correspondiente del ADNc de la secuencia de ARNm diana, como se determina mediante algoritmos de comparación de secuencias conocidos en la técnica.

En una realización, el cebador se hibrida con el ADNc de la secuencia de ARNm diana en condiciones de hibridación astringentes o moderadamente astringentes. Las "condiciones de hibridación astringentes", tal como se definen en la presente memoria, implican hibridación a 68 °C en 5x SSC/5x solución de Denhardt/1,0 % SDS, y lavado en 0,2x SSC/0,1 % SDS a temperatura ambiente, o implican su equivalente reconocido en la técnica (p. ej., condiciones en las que se lleva a cabo una hibridación a 60 °C en tampón 2,5 x SSC, seguido de varias etapas de lavado a 37 °C en una baja concentración de tampón, y permanece estable). Las "condiciones de hibridación moderadamente astringentes", tal como se definen en la presente memoria, implican incluir lavado en 3x SSC a 42 °C, o el equivalente reconocido en la técnica del mismo. Los parámetros de concentración de sal y temperatura pueden variarse para alcanzar el nivel óptimo de identidad entre el cebador y el ácido nucleico diana. La orientación con respecto a dichas condiciones está disponible en la técnica, por ejemplo, en Sambrook et al., 1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, N.Y.; y Ausubel et al. (eds.), 1995, Current Protocols in Molecular Biology, (John Wiley and Sons, N.Y.).

En una realización, el método de la presente enseñanza comprende el uso de cebadores específicos de ESR1 que tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y que comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 1 y 2, y/o cebadores específicos de HER2 que tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y que comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 4 y 5, y/o cebadores específicos de Ki67 que tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y que comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 7 y 8, y/o cebadores específicos de PGR que tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y que comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 10 y 11, y/o cebadores específicos de RACGAP1 que tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y que comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 13 y 14. En una realización, los cebadores específicos comprenden al menos 15 nucleótidos contiguos de las secuencias indicadas anteriormente.

En una realización, el método comprende el uso de cebadores específicos de ESR1 que tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 1 y 2, y/o cebadores específicos de HER2 que tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 4 y 5, y/o cebadores específicos de Ki67 que tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 7 y 8, y/o cebadores específicos de p Gr que tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 10 y 11, y/o cebadores específicos de RACGAP1 que tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 13 y 14.

Preferiblemente, las sondas para uso según la presente enseñanza tienen una longitud de 20 a 35 nucleótidos, en particular desoxirribonucleótidos. En una realización, las sondas están diseñadas para (1) ser específicas para la secuencia de ARNm diana (es decir, HER2, ESR1, PGR y Ki67 y/o RACGAP1), (2) no incluir polimorfismos conocidos (p. ej., polimorfismos de un solo nucleótido, SNP) y/o (3) tener una temperatura de fusión Tm, que es aproximadamente 5 °C a 8 °C más alta que la temperatura de fusión Tm del o de los cebadores correspondientes.

La expresión "específica para la secuencia de ARNm diana", tal y como se usa en conexión con las sondas para uso según la presente enseñanza, pretende referirse a la capacidad de la sonda para hibridar (es decir, aparearse) con el ADNc (amplificado) de la secuencia de ARNm diana en condiciones apropiadas de temperatura y fuerza iónica de la solución, en particular condiciones de PCR. Las condiciones de temperatura y la fuerza iónica de la solución determinan la astringencia de la hibridación. La hibridación requiere que los dos ácidos nucleicos (es decir, sonda y ADNc) contengan secuencias complementarias, aunque dependiendo de la astringencia de la hibridación, son posibles las faltas de concordancia entre las bases. En una realización, "condiciones apropiadas de temperatura y fuerza iónica de la solución" se refieren a una temperatura en el rango de 63 °C a 70 °C y una fuerza iónica de la solución usada comúnmente en las mezclas de reacción de PCR. En una realización, la secuencia de la sonda es un 80 %, preferiblemente un 85 %, más preferiblemente un 90 %, incluso más preferiblemente un 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 % complementaria a la secuencia correspondiente de ADNc (amplificado) de la secuencia de ARNm diana, según se determina mediante algoritmos de comparación de secuencias conocidos en la técnica.

En una realización, la sonda se hibrida con el ADNc (amplificado) de la secuencia de ARNm diana en condiciones de hibridación astringentes o moderadamente astringentes como se definió anteriormente.

En una realización, el método comprende el uso de una sonda específica de ESR1 que tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y que comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 3, y/o una sonda específica de HER2 que tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y que comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 6, y/o una sonda específica de Ki67 que tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y que comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 9, y/o una sonda específica de PGR que tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y que comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 12, y/o una sonda específica de RACGAP1 que tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y que comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 15. En una realización, las sondas específicas comprenden al menos 20 nucleótidos contiguos de las secuencias indicadas anteriormente.

En una realización, el método comprende el uso de una sonda específica de ESR1 que tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 3, y/o una sonda específica de HER2 que tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 6, y/o una sonda específica de Ki67 que tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 9, y/o una sonda específica de PGR que tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 12, y/o una sonda específica de RACGAP1 que tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 15.

Preferiblemente, las sondas como se definieron anteriormente son sondas de marcaje doble que comprenden un resto informador de fluorescencia y un resto apantallador de la fluorescencia.

En una realización, el nivel de expresión se normaliza frente al nivel de expresión (media) de uno o más genes de referencia en la muestra del tumor. El término "gen de referencia", tal y como se usa en la presente memoria, pretende referirse a un gen que tiene un nivel de expresión relativamente invariable en el nivel de transcrito de ARN/ARNm en el sistema que se está examinando, es decir, cáncer. Dicho gen puede denominarse gen de mantenimiento. En una realización, el uno o más genes de referencia se seleccionan del grupo que comprende CALM2, B2M, RPL37A, GUSB, HPRT1 y GAPDH, preferiblemente CALM2 y/o B2M.

Tal y como se usa en la presente memoria, CALM2 se refiere a calmodulina-2, fosforilasa quinasa, delta (Ref. Seq. (ARNm): NM_001743), b2m se refiere a beta-2 microglobulina (Ref. Seq. (ARNm): NM_004048), RPL37A se refiere a proteína ribosómica 60S L37a (Ref. Seq. (ARNm): NM_000998), GUSB se refiere a beta-glucuronidasa (Ref. Seq. (ARNm): NM_000181), HPRT1 se refiere a hipoxantina-fosforibosil-transferasa 1 (Ref. Seq. (ARNm): NM_000194) y GAPDH se refiere a glicerinaldehído-3-fosfato-deshidrogenasa (Ref. Seq. (ARNm): NM_002046).

En un aspecto adicional, la enseñanza se refiere a un método para estratificar a un paciente con cáncer para el tratamiento del tumor, comprendiendo dicho método, como primera etapa, identificar un subtipo molecular de un tumor en el paciente con cáncer usando el método in vitro como se define anteriormente y, como segunda etapa, seleccionar un régimen de tratamiento del tumor basado en el subtipo molecular identificado por el método in vitro.

La "estratificación de un paciente con cáncer para el tratamiento del tumor" según la presente enseñanza comprende la asignación del paciente con cáncer a un grupo de pacientes que tiene un subtipo de tumor molecular particular, que luego permite al médico seleccionar el régimen de tratamiento del tumor más adecuado.

En una realización, dicho método de estratificación de un paciente con cáncer para el tratamiento del tumor no comprende ninguna otra etapa de diagnóstico, tal como la clasificación histológica o la determinación del estado ganglionar linfático, además de la etapa de identificar el subtipo molecular del tumor en el paciente con cáncer usando el método in vitro como se ha definido anteriormente.

En una realización,

- el subtipo molecular es luminal A, y el régimen de tratamiento del tumor comprende terapia endocrina; o

- el subtipo molecular es luminal B, y el régimen de tratamiento del tumor comprende terapia endocrina y, opcionalmente, administración de agentes quimioterapéuticos.

Los anticuerpos monoclonales anti-HER2 incluyen trastuzumab (Herceptin®) y pertuzumab (Peijeta®), que se pueden administrar solos o en combinación. El trastuzumab es efectivo solo en cánceres donde HER2 está sobreexpresado. Otros anticuerpos monoclonales, tales como ertumaxomab (Rexomun®), están siendo sometidos a ensayos clínicos. Los anticuerpos anti-HER2 pueden modificarse adicionalmente para que comprendan un resto/agente terapéutico, tal como un agente citotóxico, un fármaco (p. ej., un inmunosupresor), un agente quimioterapéutico o un radionúclido, o un radioisótopo. Una citotoxina o agente citotóxico incluye cualquier agente que sea perjudicial para y, en particular, mata las células. Los ejemplos incluyen mertansina (DM1), taxol, citocalasina B, gramicidina D, bromuro de etidio, emetina, mitomicina, etopósido, tenopósido, vincristina, vinblastina, colchicina, doxorrubicina, daunorrubicina, dihidroxiantracina, diona, mitoxantrona, mitramicina, actinomicina D, amanitina, 1-deshidrotestosterona, glucocorticoides, procaína, tetracaína, lidocaína, propranolol y puromicina y análogos u homólogos de los mismos. Otros agentes terapéuticos adecuados para formar conjugados de anticuerpos incluyen, pero no se limitan a, antimetabolitos (p. ej., metotrexato, 6-mercaptopurina, 6-tioguanina, citarabina, fludarabina, 5-fluorouracilo descarbazina), agentes alquilantes (p. ej., mecloretamina, tioepaclorambucilo, melfalán, carmustina (BSNU) y lomustina (CCNU), ciclofosfamida, busulfán, dibromomanitol, estreptozotocina, mitomicina C y cis-diclorodiamina platino (II) (DDP) cisplatino), antraciclinas (p. ej., daunorrubicina (anteriormente daunomicina) y doxorrubicina), antibióticos (p. ej., dactinomicina (anteriormente actinomicina), bleomicina, mitramicina y antramicina (AMC)) y agentes antimitóticos (p. ej., vincristina y vinblastina). En una realización preferida, el agente terapéutico es un agente citotóxico o un agente radiotóxico. En otra realización, el agente terapéutico es un inmunosupresor. En otra realización más, el agente terapéutico es GM-CSF. En una realización preferida, el agente terapéutico es doxorrubicina, cisplatino, bleomicina, sulfato, carmustina, clorambucilo, ciclofosfamida o ricina A. Los restos terapéuticos adicionales incluyen restos terapéuticos que actúan sobre la síntesis de ARNm y/o proteínas. Se conocen varios inhibidores de la transcripción. Por ejemplo, la actinomicina D, que es tanto un inhibidor de la transcripción como un agente dañino para el ADN, se intercala en el ADN y por lo tanto inhibe la etapa de iniciación de la transcripción. El flavopiridol se dirige a la etapa de elongación de la transcripción. La a-arnanitina se une directamente a la ARN polimerasa II, lo que conduce a la inhibición de las etapas de iniciación y elongación. Los anticuerpos anti-HER2 también pueden conjugarse con un radioisótopo, p. ej., yodo-131, itrio-90 o indio-111, para generar productos radiofarmacéuticos citotóxicos. Una alternativa a la administración de anticuerpos anti-HER2 es la administración de compuestos pequeños que se dirigen a HER2, tales como lapatinib (Tykerb® o Tyverb®).

Los agentes quimioterapéuticos según la enseñanza incluyen compuestos citostáticos y compuestos citotóxicos. Los agentes quimioterapéuticos tradicionales actúan al matar las células que se dividen rápidamente, una de las principales propiedades de la mayoría de las células cancerosas. Según la enseñanza, el término "agente quimioterapéutico" incluye taxanos, compuestos de platino, análogos de nucleósidos, análogos de camptotecina, antraciclinas y análogos de antraciclina, etopósido, bleomicina, vinorelbina, ciclofosfamida, antimetabolitos, antimitóticos y agentes alquilantes, que incluyen los agentes divulgados anteriormente en conexión con conjugados de anticuerpos y combinaciones de los mismos. Según la enseñanza, una referencia a un agente quimioterapéutico es incluir cualquier profármaco tal como éster, sal o derivado tal como un conjugado de dicho agente. Los ejemplos son conjugados de dicho agente con una sustancia vehicular, p. ej., paclitaxel unido a proteína tal como paclitaxel unido a albúmina. Preferiblemente, las sales de dicho agente son farmacéuticamente aceptables. Los agentes quimioterapéuticos a menudo se administran en combinaciones, generalmente durante 3-6 meses. Uno de los tratamientos más comunes es la ciclofosfamida más doxorrubicina (adriamicina, que pertenece al grupo de antraciclinas y análogos de antraciclina), conocida como AC. A veces, se añade un fármaco de taxano, tal como docetaxel, y el régimen se conoce como CAT; el taxano ataca a los microtúbulos en las células cancerosas. Otro tratamiento común, que produce resultados equivalentes, es ciclofosfamida, metotrexato, que es un antimetabolito, y fluorouracilo, que es un análogo de nucleósido (CMF). Otro tratamiento quimioterapéutico estándar comprende fluorouracilo, epirrubicina y ciclofosfamida (FEC), que se pueden suplementar con docetaxel o vinorelbina.

La terapia endocrina (tratamiento antihormonal) se dirige a los cánceres que requieren estrógeno para seguir creciendo mediante la administración de fármacos que bloquean/regulan a la baja los receptores de estrógeno y/o progesterona, p. ej., tamoxifeno (Nolvadex®) o fulvestrant (Faslodex®) o alternativamente bloquean la producción de estrógeno con un inhibidor de la aromatasa, p. ej., anastrozol (Arimidex®) o letrozol (Femara®). Los inhibidores de la aromatasa, sin embargo, solo son adecuados para pacientes posmenopáusicas. Esto se debe a que la aromatasa activa en mujeres posmenopáusicas es diferente de la forma prevalente en mujeres premenopáusicas, y por lo tanto estos agentes son ineficaces en la inhibición de la aromatasa predominante de mujeres premenopáusicas.

En una realización, el subtipo molecular es luminal B, y el régimen de tratamiento del tumor comprende la administración de agentes quimioterapéuticos.

En una realización, el subtipo molecular es luminal B, y el régimen de tratamiento del tumor comprende la administración de un taxano, preferiblemente docetaxel.

En una realización, el taxano se administra en combinación con fluorouracilo, epirrubicina y ciclofosfamida (FEC). En un aspecto adicional, la presente enseñanza se refiere a un método de tratamiento del cáncer, comprendiendo dicho método, como primera etapa, estratificar a un paciente con cáncer para tratamiento tumoral usando el método in vitro como se definió anteriormente, y, como segunda etapa, proporcionar el régimen de tratamiento tumoral seleccionado al paciente con cáncer. El régimen de tratamiento tumoral se selecciona sobre la base del subtipo molecular identificado por el método in vitro como se definió anteriormente.

En una realización, dicho método comprende usar resultados cuantitativos obtenidos por el método in vitro como se definió anteriormente para la toma de decisiones directa a favor o en contra de la quimioterapia adyuvante/neoadyuvante.

En un aspecto adicional más, la presente enseñanza se refiere a un kit para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer por medio de PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT), comprendiendo dicho kit:

- al menos un par de cebadores específicos de Ki67 y al menos una sonda específica de Ki67; y/o

- al menos un par de cebadores específicos de RACGAP1 y al menos una sonda específica de RACGAP1. En una realización, la PCR cuantitativa es PCR cuantitativa en tiempo real basada en fluorescencia.

En una realización, la detección de la sonda se basa en el desplazamiento de la sonda mediado por amplificación. En una realización, la sonda es una sonda de marcaje doble que comprende un resto informador de fluorescencia y un resto apantallador de fluorescencia.

En una realización, el kit comprende además una transcriptasa inversa y una ADN polimerasa.

En una realización, la transcriptasa inversa y la polimerasa se proporcionan en forma de una mezcla de enzimas que permite una PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT) de una etapa.

En una realización, el kit comprende además al menos un par de cebadores específicos de genes de referencia y al menos una sonda específica de genes de referencia. En una realización, el gen de referencia es uno o más seleccionados del grupo que comprende CALM2, B2M, RPL37A, GUSB, HPRT1 y GAPDH, preferiblemente CALM2 y/o B2M.

En una realización, el kit comprende además al menos una muestra de ARN de control. En una realización, la al menos una muestra de ARN de control se usa como control positivo y/o muestra de control (calibradora), en donde, preferiblemente, la al menos una muestra de ARN de control comprende ARNm sintético que codifica uno o más productos génicos (o partes de los mismos) de uno o más genes seleccionados del grupo que comprende HER2, ESR1, PGR, Ki67, RACGAP1 y uno o más genes de referencia. En una realización, el uno o más genes de referencia se seleccionan del grupo que comprende CALM2, B2M, RPL37A, GUSB, HPRT1 y GAPDH, preferiblemente CALM2 y/o B2M.

En una realización, el kit puede comprender además una ADNasa y un tampón de reacción de la ADNasa.

Preferiblemente, los cebadores y las sondas son como se definieron anteriormente en conexión con el método in vitro de la presente enseñanza.

En una realización, los cebadores proporcionan un tamaño de amplicón de menos de 120 pb, preferiblemente menos de 100 pb.

En una realización, los cebadores específicos de ESR1 tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 1 y 2, y/o los cebadores específicos de HER2 tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 4 y 5, y/o los cebadores específicos de Ki67 tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 7 y 8, y/o los cebadores específicos de PGR tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 10 y 11, y/o los cebadores específicos de RACGAP1 tienen una longitud de 15 a 30 nucleótidos y comprenden al menos 10 nucleótidos contiguos de las secuencias de las SEQ ID NO: 13 y 14. En una realización, los cebadores específicos comprenden al menos 15 nucleótidos contiguos de las secuencias indicadas anteriormente.

En una realización, los cebadores específicos de ESR1 tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 1 y 2, y/o los cebadores específicos de HER2 tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 4 y 5, y/o los cebadores específicos de Ki67 tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 7 y 8, y/o los cebadores específicos de PGR tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 10 y 11, y/o los cebadores específicos de RACGAP1 tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 13 y 14.

En una realización, la sonda específica de ESR1 tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 3, y/o la sonda específica de HER2 tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 6, y/o la sonda específica para Ki67 tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 9, y/o la sonda específica de PGR tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 12, y/o la sonda específica de RACGAP1 tiene una longitud de 20 a 35 nucleótidos y comprende al menos 15 nucleótidos contiguos de la secuencia de la SEQ ID NO: 15. En una realización, las sondas específicas comprenden al menos 20 nucleótidos contiguos de las secuencias indicadas anteriormente.

En una realización, la sonda específica de ESR1 tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 3, y/o la sonda específica de HER2 tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 6, y/o la sonda específica de Ki67 tiene la secuencia de la SEQ. ID NO: 9, y/o la sonda específica de PGR tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 12, y/o la sonda específica de RACGAP1 tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 15.

Preferiblemente, las sondas como se definieron anteriormente son sondas con marcaje doble que comprenden un resto informador de la fluorescencia y un resto apantallador de la fluorescencia.

En una realización, el tumor es un tumor sólido. En una realización, el tumor es un tumor de mama o deriva de un tumor de mama (p. ej., por metástasis). En una realización, el cáncer es cáncer de mama.

Tal y como se usa en la presente memoria, el término "kit de partes (abreviado: kit)" se refiere a un artículo de fabricación que comprende uno o más contenedores y, opcionalmente, un soporte de datos. Dichos uno o más contenedores pueden llenarse con uno o más de los medios o reactivos mencionados anteriormente. Se pueden incluir contenedores adicionales en el kit que contienen, p. ej., diluyentes, tampones y otros reactivos tales como dNTP. Dicho soporte de datos puede ser un soporte de datos no electrónico, p. ej., un soporte de datos gráficos tal como un folleto de información, una hoja de información, un código de barras o un código de acceso, o un soporte de datos electrónicos tal como un disco, un disco compacto (CD), un disco de vídeo digital (DVD), un microchip u otro soporte de datos electrónicos basado en semiconductores. El código de acceso puede permitir el acceso a una base de datos, p. ej., una base de datos de Internet, una base de datos centralizada o descentralizada. Dicho soporte de datos puede comprender instrucciones para el uso del kit en los métodos de la enseñanza. El soporte de datos puede comprender un valor umbral o nivel de referencia de transcrito de ARN, p. ej., ARNm. En el caso en el que el soporte de datos comprenda un código de acceso que permita el acceso a una base de datos, dicho valor umbral o nivel de referencia se deposita en esta base de datos. Además, el soporte de datos puede comprender información o instrucciones sobre cómo llevar a cabo los métodos de la presente enseñanza.

En otro aspecto, la presente enseñanza se refiere al uso de un kit como se define anteriormente para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer.

En otro aspecto, la presente enseñanza se refiere al uso de un kit como se define anteriormente para evaluar el riesgo de un paciente con cáncer de metástasis distante.

La presente enseñanza supera las principales desventajas del método estándar actual de diagnóstico e inmunohistoquímica de la técnica actual y métodos más recientes.

La presente enseñanza permite la subtipificación molecular fiable de tumores, en particular tumores de mama, que luego permite al médico seleccionar el régimen de tratamiento tumoral más adecuado.

Gracias al orden preferido de la evaluación de los cuatro o cinco marcadores (preferiblemente, se determina primero el nivel de expresión del transcrito de ARN de HER2) no hay clasificación errónea de HER2-positivo en subtipos luminal A y B, un problema que a menudo ocurre si la subtipificación se basa en análisis de grupos jerárquicos o análisis de correlación (Perou et al (2000), Nature, 406: 747-752; TCGA (Cancer Genome Atlas Network) (2012), Nature, 490: 61 70). Además, no existe una clasificación errónea de tumores falsos positivos y clínicamente negativos para HER2, que, según Perou et al., pueden ocurrir en hasta el 30 % de estos casos.

La presente enseñanza proporciona métodos y kits para confirmar/reevaluar resultados inciertos o contradictorios de un análisis inmunoquímico, especialmente en los siguientes grupos de pacientes con cáncer de mama identificados por IHC: ESR1/PGR negativo (aproximadamente el 30 % de todos los pacientes con cáncer de mama), ESR1/PGR débilmente positivo (aproximadamente el 15 % de todos los pacientes con cáncer de mama), HER23+ (biopsia tumoral IHC, no confirmada por IHC de disección tumoral, aproximadamente el 15 % de todos los pacientes con cáncer de mama) y HER 2+ (aproximadamente el 20 % de todos los pacientes con cáncer de mama).

Los métodos y kits de la presente enseñanza facilitan la toma de decisiones directa a favor o en contra de la quimioterapia adyuvante/neoadyuvante en el cáncer de mama luminal debido a la distinción de los subtipos luminal A y luminal B mediante la detección fiable del transcrito de ARN de Ki67 y RACGAP1. Esto es particularmente útil para pacientes que tienen tumores ESR1/PGR positivos y hasta grado 2 (aproximadamente el 50 % de todos los pacientes con cáncer de mama).

La presente enseñanza permite una distinción entre los tumores luminal A y luminal B con tasas de supervivencia libre de metástasis distante y supervivencia global claramente diferentes. Mientras que los pacientes con luminal B tienen un riesgo continuamente alto de metástasis, particularmente en los primeros cinco años después del tratamiento (p. ej., cirugía), el riesgo de pacientes con luminal A es constante y claramente más bajo. Por lo tanto, los métodos y kits también permiten la evaluación del riesgo de un paciente de metástasis distante.

Mediante el uso de los métodos de la presente enseñanza, aproximadamente el 77 % de los tumores luminales en el estudio FinHER (Joensuu et al. (2006), N Engl J Med, 354: 809-820) se asignan al grupo de bajo riesgo luminal A y no hay grupos de riesgo intermedios. Además, la clasificación en luminal A y luminal B reduce la significancia de la clasificación histológica y el estado ganglionar, dos parámetros que suelen ser muy importantes para el pronóstico tumoral. Por lo tanto, las incertidumbres con respecto a la terapia de los tumores de grado 2 se resuelven de una manera clínicamente relevante.

Los métodos y kits de la presente enseñanza también permiten la predicción de la respuesta a la terapia sistémica gracias a la determinación cuantitativa del nivel de expresión del transcrito de ARN de ESR1, h ER2, Ki67 y, opcionalmente, RACGAP1. Esto es particularmente útil para los pacientes que tienen cáncer de mama invasivo >1 cm con IHC incierta (aproximadamente el 40 % de todos los pacientes con cáncer de mama).

Las novedades de la presente enseñanza incluyen no solo la estimación basada en ARNm de biomarcadores de cáncer de mama, sino también la definición algorítmica de subtipos. La inclusión de la positividad de PGR obligatoria para la definición luminal A además de la baja Ki67 es un criterio original, no incluido en las guías clínicas de 2011 de St. Gallen en el momento de la enseñanza. Además, los tumores que muestran expresión de ARNm de HER2 que excede el punto de corte predefinido se clasifican como HER2-positivos independientemente del estado de ESR1/PGR, lo que también se desvía de las directrices internacionales de 2011, que todavía están vigentes. Todos estos nuevos aspectos contribuyen al valor predictivo del enfoque y kit basados en RT-qPCR de la presente enseñanza. De hecho, estas novedades, técnicas en términos de estimación de biomarcadores basada en RT-qPCR y teóricas en términos del algoritmo de clasificación, proporcionan una subtipificación más precisa y significativa de los pacientes en el ensayo clínico FinHer, que en última instancia proporciona una herramienta predictiva para el beneficio de docetaxel en un entorno de terapia adyuvante.

Considerada en conjunto, la presente enseñanza satisface las necesidades clínicas actualmente ampliamente insatisfechas para una evaluación fiable, reproducible y cuantitativa del pronóstico y la predicción del éxito de la terapia en al menos el 50 % de todos los pacientes con cáncer de mama (véase también la Figura 1).

La presente enseñanza se ilustra adicionalmente mediante los siguientes ejemplos que no se deben considerar como limitativos del alcance de la enseñanza.

Ejemplos

Ejemplo 1: Determinación de los niveles de expresión de ARNm por PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT) (RT-qPCR)

Se aisló ARN a partir de tejidos fijados con formalina y embebidos en parafina (= tejidos FFPE). Más particularmente, se extrajo el ARN total de una viruta de 5 a 10 μm de tejido tumoral FFPE usando el Kit de Parafina de ARN de Alta Pureza (Roche, Basilea, Suiza) o el Kit de Extracción de ARN XL XTRAKT (Stratifyer Molecular Pathology, Colonia, Alemania), cuantificado mediante el Ensayo de Cuantificación de ARN Ribogreen (Molecular Probes, Eugene, OR) y calificado mediante RT-PCR de fluorescencia en tiempo real de un fragmento del gen de referencia RPL37A. Se reconoció que existen diferencias entre diferentes tecnologías de extracción cuando se comparan datos cuantitativos de genes diana de cortes secuenciales por diferentes metodologías. Para el propósito de la presente enseñanza, se prefirió el uso del Kit de Extracción de ARN XL XTRAKT. En general, se analizaron 2,5 μl de ARN de cada extracción calificada (aproximadamente 50-100 ng) por qRT-PCR como se describe a continuación.

Para un análisis detallado de la expresión génica mediante métodos de RT-PCR cuantitativa, se utilizaron cebadores que flanqueaban la región de interés y una sonda fluorescente marcada que se hibridaba en el medio. Los cebadores y sondas específicos de la diana se seleccionaron usando la herramienta de diseño de cebadores del NCBI (www.ncbi.nlm.nih.go). Se usaron secuencias específicas de cebador/sonda de ARN para permitir mediciones específicas de ARN mediante la localización de secuencias de cebador/sonda a través de los límites exón/exón. Además, se seleccionaron cebadores/sondas que no se unen a regiones de secuencia con polimorfismos conocidos (SNP). En el caso de que existan múltiples isoformas del mismo gen, se seleccionaron cebadores para amplificar todas las variantes de corte y empalme relevantes. Todos los pares de cebadores se verificaron para determinar su especificidad mediante reacciones de PCR convencionales. Después de una mayor optimización de los cebadores/sondas, los cebadores y las sondas enumerados en la Tabla 1 dieron los mejores resultados. Estos cebadores/sondas son superiores a los cebadores/sondas conocidos de la técnica anterior, p. ej., en términos de especificidad y eficiencia de amplificación. Para estandarizar la cantidad de ARN de muestra, los genes CALM2 y B2M se seleccionaron como genes de referencia, ya que no estaban regulados diferencialmente en las muestras analizadas.

Tabla 1 Cebadores y sondas usados

Los experimentos de validación con TaqMan® se realizaron mostrando que las eficiencias de las amplificaciones de la diana y de control son aproximadamente iguales, lo que es un requisito previo para la cuantificación relativa de la expresión génica mediante el método ACT comparativo. Para realizar el análisis de expresión de los genes de interés dentro de una muestra biológica, se prepararon mezclas de ensayos dúplex 4 x mezclando los cebadores/sondas respectivos de dos ensayos específicos. Para la detección por separado de los valores de CT, las sondas de ensayo se modificaron con diferentes sondas fluorescentes. Cada mezcla de ensayo 4 x contenía 2 μM de cebador directo e inverso no modificado y 1,2 μM de sonda. Para cada reacción, se mezclaron 2,5 μl de ARN total extraído de secciones de FFPE (véase anteriormente) con 2,5 μl de mezcla de ensayo, 2,5 μl de mezcla de enzima y 2,5 μl de agua en un pocillo de una placa de reacción óptica de 96 pocillos. Las mediciones de la reacción PCR se realizaron de acuerdo con las instrucciones del fabricante con un Ciclador kPCR Versant (Siemens) o un Cuclador Light 480 (Roche) en condiciones apropiadas (5 minutos, 50 °C, 20 seg., 95 °C, 15 seg. 95 °C, 1 min. 60 °C, 40 ciclos). Antes de la medición del control de muestras biológicas hasta ahora no clasificadas, pueden usarse experimentos con, p. ej., líneas celulares, muestras de control sanas, muestras de subtipos de tumores moleculares definidos para la estandarización de las condiciones experimentales.

Ejemplo 2: Subtipificación molecular de tumores basada en los niveles de expresión de ARNm de HER2, ESR1, PGR, Ki67 y, opcionalmente. RACGAP1

Para la evaluación de los tumores de mama, podrían usarse 855 de 1.010 pacientes con cáncer de mama del estudio FinHER (Joensuu et al. (2006), N Engl J Med, 354: 809-820). Los valores de punto de corte medio (dados como valores 40-ACT) fueron los siguientes: HER2: 38; ESR1: 34; PGR: 30,2; Ki67: 31,7; y RACGAP1: 34,2. Los valores de punto de corte para HER2 y ESR1 se determinaron sobre la base de la evaluación de estudios previos (Koutras et al (2008), Brit. J. of Canc., 99: 1775-1785; Pentheroudakis et al (2009), Breast Cancer Res Treat 2009, 116: 131-143) usando 268 muestras y se aplicaron al estudio FinHER (validación del modelo de riesgos proporcionales). CALM2 sirvió como gen de referencia.

Sobre la base del nivel de expresión de ARNm de HER2, ESR1, PGR y Ki67 (neg/bajo indica un nivel de expresión que es menor que el umbral de expresión definido; pos/aumentado indica un nivel de expresión que es mayor que el umbral de expresión definido) se asignan tumores a los subtipos moleculares HER2-positivo (HER2), luminal A (LumA), luminal B (LumB) y triple negativo (TNT). Como se muestra en la Tabla 2, la subtipificación molecular de tumores según la presente enseñanza difiere de aquellas que se basan en métodos de la técnica anterior, p. ej., inmunohistoquímica (Goldhirsch et al. (2011), Annals of Oncology, 22: 1736-1747, St. Gallen International Expert Consensus on the Primary Therapy of Early Breast Cancer 2011) y análisis de solo tres marcadores génicos (Sotiriou et al. (2009), N Engl J Med, 360(8): 790-800).

Tabla 2. Subtipificación molecular de tumores.

La Figura 2 muestra un ensayo de partición para evaluar el valor pronóstico y predictivo del nivel de expresión de ARNm de HER2, ESR1, PGR, Ki67 y RACGAP1 para la tasa de supervivencia a 5 años de los pacientes con cáncer de mama. Estos datos muestran que los niveles de expresión del ARNm de RACGAP1 por debajo o por encima del umbral definido están asociados con diferencias particularmente significativas en la tasa de supervivencia a 5 años. Más particularmente, un nivel aumentado de expresión de ARNm de RACGAP1 reduce la probabilidad de supervivencia significativamente. La probabilidad de supervivencia se reduce aún más si la expresión de ARNm de RACGAP1 aumenta y la expresión de ARNm de Ki67 es baja (véase la Tabla 3). Con los procedimientos analíticos actuales, estos pacientes de riesgo (que requerirían un tipo diferente de atención de seguimiento, p. ej., un examen con métodos de imagenología particulares) permanecen sin descubrir.

Tabla 3. Expresión de ARNm de RACGAP1/KÍ67 y probabilidad de supervivencia.

Usando el análisis de Kaplan Meier, los inventores analizaron la supervivencia de pacientes con tumores HER2-positivo, luminal A, luminal B y triple negativo, respectivamente, en donde el subtipo molecular del tumor se identificó según la presente enseñanza, es decir, sobre la base de los niveles de expresión del ARNm de HER2, ESR1, PGR y Ki67. Como se muestra en la Figura 3, el subtipo luminal A, como se define por los presentes inventores, se asocia con una tasa de supervivencia global del 97 % después de 5 años (frente al 87 % para tumores luminal B y HER2 positivos y 84 % para tumores triples negativos).

Los inventores analizaron además la supervivencia libre de metástasis distante ("DMFS", recurrencia distante X años después de la cirugía) de pacientes con tumores HER2-positivo, luminal A, luminal B y triple-negativo, respectivamente, en donde el subtipo molecular del tumor se identificó según la presente enseñanza. Como se muestra en la Figura 4, el subtipo luminal A, como se define por los presentes inventores, se asocia con una tasa de supervivencia libre de metástasis distante del 92 % después de 5 años (frente al 78 % para tumores luminal B, HER2 positivos y triples negativos)

En un análisis multivariable de la supervivencia global con los parámetros estándar histopatológicos más importantes (tamaño del tumor, estado ganglionar y clasificación histológica) la subtipificación molecular según la presente enseñanza resultó ser altamente significativa, mientras que tanto la clasificación histológica como el estado ganglionar perdieron su significancia.

Finalmente, se realizó un análisis multivariable de regresión de Cox de DMFS comparando la subtipificación molecular por inmunohistoquímica (Sotiriou et al (2009), N Engl J Med, 360(8): 790-800) con la subtipificación molecular por el método según la presente enseñanza, sobre la base de los niveles de expresión de ARNm de HER2, ESR1, PGR y Ki67 (Figura 5). El análisis muestra claramente la superioridad del método de la presente enseñanza, ya que la subtipificación inmunohistoquímica pierde su significancia cuando los resultados obtenidos por el método de la presente enseñanza se incluyen en el modelo de riesgos proporcionales de Cox.

Ejemplo 3: Medición de los niveles de expresión de ARNm de biomarcadores HER2, ESR1, PGR, Ki67 por PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT) (RT-qPCR) y determinación del subtipo molecular

Se aisló ARN a partir de tejidos de FFPE. Más particularmente, se extrajo el ARN total de secciones de 10 μm de tejido de tumor de mama FFPE usando el Kit de Extracción de ARN XTRAKT (Stratifyer Molecular Pathology, Colonia, Alemania). Los eluatos de ARN se usaron directamente sin determinación de concentración. Se analizaron 2,5 μl de ARN de cada extracción mediante RT-qPCR como se describe a continuación.

Para RT-qPCR, se usaron cebadores que flanqueaban la región de interés y una sonda de hidrólisis marcada fluorescentemente en 5' con un apantallador 3'-TAMRA o Dabcyl para cada diana. Los cebadores y las sondas usados se enumeran en la Tabla 1. Para corregir las diferentes cantidades de ARN de muestra, los genes CALM2 y B2M se usaron como genes de referencia para la normalización de los resultados de expresión. La RT-qPCR se realizó en dúplex en las siguientes combinaciones, HER2/ESR1, Ki67/B2M y PGR/CALM2. Cada una de las tres mezclas de ensayo 4x contenía 2 μM de cebador directo e inverso no modificado y 1,2 μM de sonda. Para cada ensayo, se preparó una mezcla maestra con 2,5 μl de mezcla de ensayo, 2,5 μl de mezcla enzimática 4x (TaqManFast Virus 1-Step MasterMix, Life Technologies) y 2,5 μl de agua por reacción y se transfirieron 7,5 μl de cada mezcla maestra a una placa de reacción de 96 pocillos kPCR por triplicado. Se añadieron 2,5 μl de ARN total extraído de secciones de FFP^e(véase más arriba) o, como alternativa, se añadió control positivo (ARN IVT) o negativo (agua) a cada pocillo. El análisis de los eluatos de ARN derivados de tres muestras de pacientes se realizó con tres lotes de mezclas de ensayo y mezclas de enzimas. La medición de las reacciones de RT-qPCR de 1 etapa se realizó de acuerdo con las instrucciones del fabricante con un Ciclador kpCR Versant (Siemens) con el siguiente perfil térmico: 5 min a 50 °C, 20 seg a 95 °C un ciclo cada uno y 15 seg a 95 °C, 1 min a 60 °C durante 40 ciclos.

Se analizaron 6 muestras de pacientes junto con los controles positivo y negativo con tres lotes de mezclas de ensayo. Los valores 40-AACT se calcularon según la descripción dada anteriormente (método de cálculo 4). Las Figuras 6 a 9 muestran los valores 40-AACT para cada marcador, para cada muestra y lote. Los valores de punto de corte (dados como valores 40-AACT) para la clasificación de los biomarcadores en positivo o negativo fueron los siguientes: HER2: 40,90; ESR1: 38,20; ^pGR: 34,90; Ki67: 34,80. El subtipo molecular se definió como se muestra en la Tabla 4.

Tabla 4. Subtipificación molecular de muestras de pacientes

Tabla 5. Valores de 40-AACT y subtipo demandado por lote de mezcla de ensayo 1.

Tabla 6. Valores de 40-AACT y subtipo demandado por lote de mezcla de ensayo 2.

Tabla 7. Valores de 40-AACT y subtipo demandado por lote de mezcla de ensayo 3.

Solo se pueden observar ligeras diferencias de los resultados entre diferentes lotes de reactivos. El rendimiento del ensayo fue muy robusto y reproducible para todos los marcadores. Las Tablas 5 a 7 muestran los valores de 40-AACT y el resultado positivo o negativo para cada marcador y la traducción al subtipo respectivo como se define en la Tabla 4 (véase también la Tabla 2). Los resultados de los marcadores (pos/neg) y los subtipos fueron consistentes para las 6 muestras medidas con tres lotes de reactivos diferentes.

Ejemplo 4: Comparación de la subtipificación del cáncer de mama por RT-qPCR e IHC en términos del resultado clínico

Las Figuras 10 a 19 representan las curvas de supervivencia de Kaplan-Meier para diferentes subtipos de tumores (luminal B, HER2-positivo, luminal A y cáncer de mama triple negativo [TNBC]) tratados con diferentes agentes de quimioterapia (docetaxel o vinorelbina). Los subtipos definidos por RT-qPCR según la presente enseñanza se muestran en el panel A, mientras que los subtipos definidos por IHC se muestran en el panel B. Las líneas punteadas marcan el punto temporal de 5 años para los cálculos de resultado.

Los datos presentados en las Figuras 10 a 19 resaltan colectivamente la superioridad de la nueva clasificación de cáncer de mama basada en ARN por RT-qPCR en comparación con la IHC convencional basada en proteínas. Los datos indican un beneficio significativo del tratamiento con docetaxel para tumores luminal B. En contraste, la subtipificación basada en IHC no mostró un beneficio significativo en ningún subtipo con algunas tendencias en pacientes con cáncer de mama luminal A, luminal B y triple negativo. Sin embargo, dado que estos 3 subtipos comprenden ~80 % de todos los pacientes, la subtipificación basada en IHC no proporcionó ninguna información predictiva clínicamente útil.

De manera importante, los pacientes definidos por RT-qPCR con tumores luminal B derivan un beneficio estadísticamente significativo y exclusivo de docetaxel en comparación con vinorelbina tras el tratamiento combinado con fluorouracilo, epirrubicina y ciclofosfamida (FEC). Estos pacientes permanecen libres de metástasis y viven significativamente más tiempo cuando reciben tratamiento con docetaxel, mientras que su resultado es claramente peor cuando reciben vinorelbina. Esta diferencia en el resultado entre los dos regímenes quimioterapéuticos no se observa en ningún otro subtipo, excepto en el luminal B. De forma interesante, el docetaxel parece ser incluso inferior a la vinorelbina para los tumores luminal A. Aunque este efecto no alcanza significancia estadística, excluye claramente un posible efecto beneficioso del tratamiento con docetaxel en pacientes con luminal A como se ve en pacientes con luminal B identificados por RT-qPCR.

Por el contrario, cuando los pacientes son subtipificados por IHC, el efecto ejercido sobre el resultado clínico por el tipo de régimen es equívoco, debido a una clasificación inexacta. Esto a su vez genera una variedad de tendencias no concluyentes en las que no se puede confiar para la toma de decisiones clínicas. En conclusión, la presente enseñanza identifica indiscutiblemente un grupo específico de pacientes con cáncer de mama que responden favorablemente a docetaxel, pero no a vinorelbina, mostrando así el poder predictivo para los tumores luminal B en este entorno particular. Esta es una propiedad muy importante para un ensayo de diagnóstico, dado que, como se mostró en el ensayo clínico FinHER, el docetaxel se asocia más comúnmente con efectos adversos que la vinorelbina, un hecho que requirió una reducción de la dosis inicial programada.

Por lo tanto, la presente enseñanza se puede usar para ayudar en la asignación apropiada de tratamientos en cáncer de mama. En particular, como se muestra por primera vez en el contexto de un ensayo clínico aleatorizado, la subtipificación del cáncer de mama mediante RT-qPCR permite limitar los regímenes que contienen docetaxel a los pacientes que tienen tumores luminal B, que responden mejor al tratamiento con docetaxel, y considerar fármacos quimioterapéuticos alternativos para pacientes con otros subtipos de tumores.

Ejemplo 5: Comparación de RT-qPCR y tinción IHC convencional en términos de su sensibilidad hacia Ki67

Un número considerable de casos (16,58 %) son Ki67 negativos por IHC, pero son Ki67 positivos por RT-qPCR. Esto demuestra la mayor sensibilidad y robustez de la determinación de ARNm por la presente enseñanza en comparación con la evaluación basada en proteínas de la técnica anterior. En parte, esto puede deberse a múltiples limitaciones técnicas del método basado en IHC (p. ej., falta de preservación de proteínas debido a problemas de fijación y/o recuperación de antígenos, tiempo de análisis después del corte de tejido, etc.) o problemas de interpretación de la tinción (p. ej., interpretación de manchas de núcleo débiles).

Debido a la mayor sensibilidad de la evaluación basada en ARN de Ki67 por RT-qPCR, la concordancia con la evaluación por IHC de Ki67 es solo moderada (véase la Figura 20 A, C). Además, esto da como resultado un NPA bajo para la presente enseñanza (53,82 %), cuando se usa la evaluación por IHC local como método de referencia (Figura 20 D). Por el contrario, el PPA es alto, ya que RT-qPCR identifica la mayoría de los casos positivos de IHC (94,2 %). En conclusión, ambos métodos se correlacionan significativamente (p<0,0001), pero solo son moderadamente concordantes.

La Tabla 8 es una tabla de contingencia que muestra interrelaciones entre subtipos basados en RT-qPCR y basados en IHC en la población del estudio FinHer, en donde N es el número de observaciones, % (célula) es la frecuencia global de las 16 combinaciones de subtipos potenciales, % (col.) es la distribución de los subtipos RT-qPCR dentro de los subtipos IHC, y % (fila) es la distribución de los subtipos IHC dentro de los subtipos definidos por la presente solicitud. Al establecer los subtipos de IHC como un "estándar de referencia", la concordancia es mayor para los TNBC (85,71 %) y HER2-positivos (79,43 %) y más baja para los tumores luminal A (65,38 %) y luminal B (61,22 %).

Ejemplo 6: La subtipificación basada en RT-qPCR e IHC difiere principalmente en la evaluación de luminal B

La mayor sensibilidad de la evaluación basada en RT-qPCR de Ki67 da como resultado una diferencia sustancial en la determinación de pacientes luminal A y luminal B, en comparación con la evaluación basada en IHC, mientras se usa el mismo algoritmo para combinar ESR1, PGR, HER2 y Ki67 para la subtipificación.

De los 189 pacientes con cáncer de mama que se clasificaron como luminal A por los métodos de IHC, solo el 53,97 % también se clasificaron como luminal A por RT-qPCR, mientras que el 39,68 % resultaron ser pacientes luminal B. Por el contrario, solo el 6,35 % se reclasificó como HER2-positivo y el 0 % resultó ser triple negativo. Además, de los 251 pacientes que se clasificaron como luminal B por los métodos de IHC, el 71,71 % también se clasificaron como luminal B por RT-qPCR, mientras que el 19,12 % resultaron ser pacientes luminal A. Por el contrario, el 6,77 % se reclasificó como HER2-positivo y el 2,39 % resultó ser triple negativo. Por el contrario, solo el 61,22 % de los tumores que fueron clasificados como luminal B por RT-qPCR también fueron clasificados por IHC convencional como luminal B.

Estos datos ilustran la modesta concordancia observada entre los dos ensayos para determinar tumores luminal B sensibles a docetaxel, que está causada principalmente por la sensibilidad y/o robustez limitada de la evaluación semicuantitativa de Ki67 por IHC.

Ejemplo 7: Ki67 alta determinada por RT-qPCR, pero Ki67 baja determinada por IHC se asocia con un mayor riesgo de metástasis distante

El enfoque de la presente enseñanza demuestra tener un poder discriminatorio adicional cuando se considera una población que comprende solo casos ER-positivos como se determina por IHC. En este caso, se encontró que Ki67 era discordante entre los ensayos basados en IHC y RT-qPCR. Como la determinación de Ki67 por RT-qPCR e IHC fue concordante en 514 de los 686 conjuntos de datos disponibles (74,92 %), el número de muestras para demostrar la superioridad de la evaluación basada en ARNm es limitado (n = 172).

Sin embargo, a pesar del pequeño número de muestras, la positividad de Ki67 por RT-qPCR indica un riesgo incrementado de desarrollar metástasis distante en casos discordantes. Como se muestra en la Figura 21 A, a los 5 años de seguimiento, el 5 % de los pacientes ER-positivos con baja expresión de ARNm de Ki67 desarrollaron metástasis distante, mientras que el 15 % de los pacientes con expresión alta de ARNm de Ki67 sufrieron metástasis distante (HR 3,315). Esta tendencia no se vio afectada por el análisis multivariable (Figura 21 B).

Esto demuestra que la mayor sensibilidad con respecto a la evaluación de Ki67 del enfoque de la presente enseñanza proporciona información de pronóstico adicional en comparación con la tinción convencional con IHC.

Claims

REIVINDICACIONES

1. Un kit útil para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer mediante PCR cuantitativa con transcripción inversa (RT), comprendiendo dicho kit:

- un par de cebadores específicos de HER2 y una sonda específica de HER2;

- un par de cebadores específicos de ESR1 y una sonda específica de ESR1;

- un par de cebadores específicos de Ki67 y una sonda específica de Ki67; y

- un par de cebadores específicos de PGR y una sonda específica de PGR,

en donde los cebadores específicos de ESR1 tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 1 y 2, en donde los cebadores específicos de HER2 tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 4 y 5, en donde los cebadores específicos de Ki67 tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 7 y 8, y en donde los cebadores específicos de PGR tienen las secuencias de las SEQ ID NO: 10 y 11.

2. El kit de la reivindicación 1, en donde la PCR cuantitativa es PCR cuantitativa en tiempo real basada en fluorescencia.

3. El kit de la reivindicación 1 o 2, en donde la detección de la sonda se basa en el desplazamiento de la sonda mediado por amplificación, en donde, preferiblemente, la sonda es una sonda con doble marcaje que comprende un resto informador de la fluorescencia y un resto apantallador de la fluorescencia.

4. El kit de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, que comprende además una transcriptasa inversa y una ADN polimerasa, en donde, preferiblemente, la transcriptasa inversa y la polimerasa se proporcionan en forma de una mezcla de enzimas que permite una PCR cuantitativa con transcripción inversa (RT) de una etapa.

5. El kit de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, que comprende además al menos un par de cebadores específicos de genes de referencia y al menos una sonda específica de genes de referencia, en donde, preferiblemente, el gen de referencia es uno o más seleccionados del grupo que comprende CALM2, B2M, RPL37A, GUSB, HPRT1 y GAPDH.

6. El kit de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, que comprende además al menos una muestra de ARN control.

7. El kit de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, en donde los cebadores proporcionan un tamaño de amplicón de menos de 120 pb, preferiblemente menos de 100 pb.

8. El kit de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en donde la sonda específica de ESR1 tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 3, y/o la sonda específica de HER2 tiene la secuencia de la ^sE^qID NO: 6, y/o la sonda específica de Ki67 tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 9, y/o la sonda específica de PGR tiene la secuencia de la SEQ ID NO: 12.

9. El kit de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en donde el tumor es un tumor sólido.

10. El kit de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, en donde el tumor es un tumor de mama o deriva de un tumor de mama.

11. El kit de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10, en donde el cáncer es cáncer de mama.

12. Uso del kit de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8 para identificar un subtipo molecular de un tumor en un paciente con cáncer.

13. Uso del kit de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8 para evaluar el riesgo de un paciente con cáncer de padecer metástasis distante.