KR101860181B1

KR101860181B1 - 융합유전자를 이용한 폐암 예후예측용 조성물

Info

Publication number: KR101860181B1
Application number: KR1020150136272A
Authority: KR
Inventors: 오충훈; 강근수; 반주연; 방만석; 이정주
Original assignee: 단국대학교 천안캠퍼스 산학협력단
Priority date: 2015-09-25
Filing date: 2015-09-25
Publication date: 2018-05-23
Also published as: KR20170037714A

Abstract

본 발명은 폐암조직에서 특이적으로 발현되는 융합유전자 또는 상기 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질을 검출하는 수단을 포함하는 폐암 예후예측용 조성물, 상기 조성물을 포함하는 폐암 예후예측용 키트 및 상기 조성물 또는 키트를 이용하여 폐암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 폐암 예후예측용 조성물은 폐암이 일정수준 진전된 환자의 폐조직에서도 암발생 영역의 조직에서만 특이적으로 발현되는 융합유전자를 검출함으로써, 폐암의 치료후 예후를 예측하는데 사용될 수 있으므로, 보다 효과적으로 폐암을 치료하는데 널리 활용될 수 있을 것이다.

Description

융합유전자를 이용한 폐암 예후예측용 조성물{Novel composition for prognosing lung cancer using fusion-gene}

본 발명은 융합유전자를 이용한 폐암 예후예측용 조성물에 관한 것으로, 보다 구체적으로, 본 발명은 폐암조직에서 특이적으로 발현되는 융합유전자 또는 상기 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질을 검출하는 수단을 포함하는 폐암 예후예측용 조성물, 상기 조성물을 포함하는 폐암 예후예측용 키트 및 상기 조성물 또는 키트를 이용하여 폐암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.

폐에서 기원하는 악성 종양인 폐암은 그 조직형태에 따라 크게 소세포성 폐암(small cell lung cancer)과 비 소세포성 폐암(non-small cell lung cancer)으로 구분된다. 상기 소세포폐암은 발병 조직의 위치에 의해 폐암의 일부로 구분되기는 하나, 다른 폐암과는 임상 경과, 치료법 및 예후 면에서 확연히 구분되는 특징이 있어 상기와 같이 구분하고 있다. 또한, 비 소세포성 폐암은 조직형에 따라 선암, 편평상피세포암 및 대세포암으로 구분된다.

구체적으로, 소세포폐암은 대체적으로 종괴가 크며 회백색을 띠고 기관지벽을 따라 증식하는 것으로 알려져 있는데, 대부분 진단 당시 수술적 절제가 어려울 정도로 진행되어 있는 경우가 많고, 악성도가 강하여 급속히 성장하며, 림프관이나 혈액 순환을 통하여 전신으로 용이하게 전이되는 반면, 화학요법이나 방사선요법에 의하여 현저한 치료효과를 나타내는 것으로 알려져 있다. 상기 소세포폐암이 전이되는 주요 장기로는 뇌, 간, 뼈, 폐, 부신, 신장 등이 보고되었는데, 주로 기도(기관지나 세기관지)에서 처음 발병하는 것으로 알져져 있다.

반면, 비 소세포성 폐암은 상술한 바와 같이 선암(adenocarcinoma), 편평상피세포암(squamous cell acrcinoma) 및 대세포암(large-cell carcinoma)으로 구분된다. 먼저, 선암은 폐말초 부위에서 주로 발생하고, 여성 또는 비흡연자에게서도 잘 발생하며, 크기가 작아도 전이가 되어 있는 경우가 많고, 최근 그의 발생 빈도가 증가하는 추세에 있다. 다음으로, 편평상피세포암은 주로 폐 중심부에서 발견되고, 주로 기관지 내강으로 자라 기관지를 막는 증상을 나타내며, 남성에게 흔하고, 흡연과 밀접하게 관련된 것으로 알려져 있다. 끝으로, 대세포암은 폐표면 근처(폐 말초)에서 주로 발생하고, 절반 가량은 큰 기관지에서 발생하며, 전체 폐암의 4 내지 10% 정도를 차지하고, 세포 크기가 대체적으로 크며, 그 중 일부는 빠르게 증식 및 전이되는 경향이 있어 다른 비 소세포성 폐암에 비해 예후가 나쁜 것으로 알려져 있다.

특히, 비 소세포성 폐암의 경우, 최근 10년간 생존율은 10% 정도에 불과한데, 이같은 낮은 생존율을 나타내는 주된 이유 중의 하나는 폐암의 진단성공율이 매우 낮다는 점이다. 이러한 폐암의 진단성공율을 향상시킬 수 있는 방법으로, 폐암 특이적인 유전자 이상을 검출하는 방법이 제안되었고, 이를 위하여 폐암 특이적인 유전자 변이에 대한 다양한 연구결과가 보고 되고 있으나, 폐암의 진행초기에는 이러한 유전자의 이상여부를 판단할 판정기준이 모호하다는 단점이 있었다. 즉, 특정 유전자의 변이수준과 폐암의 발병가능성 사이의 상관관계가 명확하지 않아, 다양한 폐암 관련 유전자가 어느정도 변이될 경우에 폐암의 발병이 의심되는지에 대한 명확한 기준이 모호하다는 것이며, 이러한 문제점은 폐암 뿐만 아니라 다른 모든 암의 진단에도 공통적으로 발생하고 있다.

이에, 암의 발병여부를 명확히 판단할 수 있는 유전자의 이상여부 판단기준을 결정하려는 연구가 활발히 진행되고 있다. 예를 들어, 한국등록특허 제709633호에는 폐암에 대한 위험성 진단용 XPG 다형성 마커를 사용하여 폐암의 위험성을 진단하는 기술이 개시되어 있고, 한국등록특허 제884565호에는 폐암 특이적인 메틸화 마커 유전자(CDO1, CREM, FABP4, G0S2, HYAL1, LPXN, NFKBIA, RRAD, THBD, TNNC1 또는 TOM1)를 사용하여 폐암을 진단하는 기술이 개시되어 있다.

그러나, 폐암의 진단 및 치료에 대한 연구가 활발히 이루어지는 것과 달리, 폐암의 예후를 예측하는 방법에 대하여는 그 연구가 미비한 실정이다. 현재, 수술 후 환자의 체중감소, 식욕부진 등의 국소적 증상, 병리학적 종양의 단계, 복부와 서혜부의 진찰, 직장수지검사, 잠혈반응검사, 에스상결장경검사 등의 임상적인 검사를 통해 폐암 환자의 예후를 판단하고 있다. 그러나, 이러한 방법은 그 기준이 객관적이지 않고, 번거로운 절차를 거쳐야 하며, 그 결과가 정확하지 않는 등의 단점이 있다.

최근에는, 폐암을 비롯한 다양한 암의 진단방법으로서, 암세포에서 특이적으로 발현되는 융합유전자를 사용하는 방법이 개발되고 있다. 이러한 융합유전자는 암조직에서 특이적으로 발생되는 염색체 재배열의 결과로서 나타나는데, 예를 들어, 만성 골수성 백혈병(chronic myeloid leukemia, CML)이 발병된 환자에서 발견되는 BCR-ABL 융합유전자 등이 있다. 이러한 융합유전자는 발생여부에 따라 암의 발병여부를 명확히 판단할 수 있기 때문에, 폐암을 비롯한 다양한 암의 조기진단에 사용되고 있으나, 암의 예후예측에는 사용되지 않고 있다. 암세포가 증식함에 따라, 유전적인 변이가 지속적으로 발생하므로, 염색체재배열 역시 지속적으로 발생할 것으로 예상되고 있어, 암의 예후예측에 특정한 융합유전자를 사용하는 것이 가능할 것으로 예상되고 있으나, 암조직에서는 많은 수의 융합유전자가 발현되고 있어, 이들 융합유전자로부터 선별된 암의 예후예측을 위해 특이적으로 사용될 수 있는 융합유전자는 아직까지 보고되지 않고 있는 실정이다.

이러한 배경하에서, 본 발명자들은 폐암의 예후예측에 특이적으로 사용할 수 있는 융합유전자를 발굴하기 위하여, 예의 연구노력한 결과, 5종의 융합유전자가 폐암의 예후예측에 사용될 수 있음을 확인하고, 본 발명을 완성하였다.

본 발명의 하나의 목적은 CD74-ROS1, EML4-ALK, KSR1-LGALS9, KIF5B-RET 및 CLN6-CALML4로 구성된 군으로부터 선택되는 폐암 예후예측용 융합유전자의 mRNA 또는 상기 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질을 검출하는 하나 이상의 제제를 포함하는 폐암 예후예측용 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 다른 목적은 상기 조성물을 포함하는 폐암 예후예측용 키트를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 폐암 예후예측용 조성물을 폐암의 예후를 예측하고자 하는 개체의 시료에 처리하여, 폐암 예후예측용 융합유전자의 mRNA 또는 상기 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질을 검출하는 단계를 포함하는 폐암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.

본 발명자들은 폐암의 예후예측에 특이적으로 사용할 수 있는 융합유전자를 발굴하기 위하여, 폐암환자의 폐조직에 존재하는 정상영역의 조직시료와 암발생 영역의 조직시료를 각각 수득하고, NGS(Next Generation Sequencing) 분석법을 사용하여 이들 조직에서 발현되는 융합유전자를 검출한 결과, 정상조직에서는 251개의 융합유전자가 발현되는 반면 암조직에서는 505개의 융합유전자가 발현됨을 확인하였다. 이에, 상기 암조직에서 발현되는 505개의 융합유전자 중에서 암조직에서만 특이적으로 발현되는 융합유전자를 1차 선별하고, 1차 선별된 융합유전자 중에서 2 이상의 조직에서 검출되는 융합유전자 또는 암의 전이에 관여하는 타이로신 키나아제와 관련된 유전자를 포함하는 융합유전자를 2차 선별하였다. 상기 2차 선별된 111종의 융합유전자 중에서 융합유전자를 구성하는 유전자 사이의 거리 및 유전자의 유사성을 기준으로, 폐암 조직에서 특이적으로 발현되는 5종의 융합유전자(CD74-ROS1, EML4-ALK, KSR1-LGALS9, KIF5B-RET 및 CLN6-CALML4)를 최종 선별하였다.

본 발명자들은 상기 최종 선별된 5종의 융합유전자가 폐암의 예후예측에 사용될 수 있는지를 확인하고자, 폐암발병 후, 치료시술을 받았으나, 아직 치료되지 않은 것으로 판정된 100여명의 환자로부터 수득한 폐암조직에서 상기 각 융합유전자가 검출되는지를 확인하였다. 그 결과, 상기 5종의 융합유전자는 2 내지 58%의 검출율로 상기 환자의 폐암조직에서 검출됨을 확인하였다.

상기 융합유전자는 폐암의 치료시술을 받은 후에도 치료되지 않은 환자의 폐암 조직에서 특이적으로 발현되기 때문에, 상기 환자의 시료에서 상기 융합유전자가 검출되었다는 것으로부터 상기 환자의 증상이 더욱 악화될 것이라고 예측할 수 있었는데, 이러한 예측은 상기 각 환자의 병증의 진행상황으로부터 확인할 수 있었다.

즉, 환자의 시료에서 상기 5종의 융합유전자가 검출된 경우에는 상기 환자의 폐암이 악화될 것으로 그의 예후를 예측할 수 있는 반면, 환자의 시료에서 상기 5종의 융합유전자가 검출되지 않은 경우에는 상기 환자의 폐암이 치료되고 있는 것으로 그의 예후를 예측할 수 있다.

따라서, 상기 융합유전자는 폐암의 예후예측용 마커로서 사용될 수 있음을 알 수 있었다. 뿐만 아니라, 상기 융합유전자는 환자에 따라 서로다른 수준으로 검출되기 때문에, 이들 융합유전자는 단독으로도 사용하여도 폐암의 예후예측용 마커로서 사용될 수 있고, 이들을 조합하여 사용할 경우에는 보다 효과적인 폐암의 예후예측용 마커로서 사용될 수 있음을 알 수 있었다. 이와 같이, 폐암의 예후예측용 마커로서 5종의 융합유전자를 사용하는 기술은 지금까지 전혀 보고되지 않았고, 본 발명자에 의하여 최초로 개발되었다.

상기 목적을 달성하기 위한 일 실시양태로서, 본 발명은 CD74(Cluster of Differentiation 74)-ROS1(Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS), EML4(Echinoderm microtubule-associated protein-like 4)-ALK(Anaplastic lymphoma kinase), KSR1(kinase suppressor of ras 1)-LGALS9(Galectin-9), KIF5B(Kinesin-1 heavy chain 5B)-RET(receptor tyrosine kinase) 및 CLN6(Ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 6)-CALML4(Calmodulin-like 4)로 구성된 군으로부터 선택되는 폐암 예후예측용 융합유전자의 mRNA 또는 상기 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질을 검출하는 하나 이상의 제제를 포함하는 폐암 예후예측용 조성물을 제공한다.

본 발명의 용어 "폐암 예후예측용 융합유전자"란, 폐암 환자로부터 유래된 폐의 암조직에서 특이적으로 발현되고, 폐의 정상조직에서는 발현되지 않는, 두개의 유전자가 결합된 융합체를 의미한다.

본 발명의 목적상 상기 융합유전자는 동일한 염색체 상에 존재하는 두개의 유전자가 head-to-tail의 형태로 결합된 핵산서열을 포함하거나 또는 서로 다른 염색체 상에 존재하는 두개의 유전자가 head-to-tail의 형태로 결합된 핵산서열을 포함할 수 있다. 이때, 두개의 유전자가 head-to-tail의 형태로 결합된 융합유전자는 온전한 염기서열의 각 유전자가 결합된 형태로 구성될 수도 있고, 일부 염기서열이 결실, 치환 등으로 변이된 염기서열을 가지는 각 유전자가 결합된 형태로 구성될 수도 있다. 이때, 변이된 염기서열 영역은 특별히 이에 제한되지 않으나, 일 예로서, 전체 염기서열의 1 내지 50%일 수 있고, 다른 예로서, 1 내지 20%일 수 있으며, 또 다른 예로서 1 내지 10%일 수 있다.

예를 들어, 본 발명에서 제공하는 상기 융합유전자는 특별히 이에 제한되지 않으나, 서열번호 1의 염기서열로 구성되고, head 유전자로서 CD74 유전자와 tail 유전자로서 ROS1 유전자가 융합된 CD74-ROS1; 서열번호 2의 염기서열로 구성되고, head 유전자로서 EML4 유전자와 tail 유전자로서 ALK 유전자가 융합된 EML4-ALK; 서열번호 3의 염기서열로 구성되고, head 유전자로서 KSR1 유전자와 tail 유전자로서 LGALS9 유전자가 융합된 KSR1-LGALS9; 서열번호 4의 염기서열로 구성되고, head 유전자로서 KIF5B 유전자와 tail 유전자로서 RET 유전자가 융합된 KIF5B-RET; 또는 서열번호 5의 염기서열로 구성되고, head 유전자로서 CLN6 유전자와 tail 유전자로서 CALML4 유전자가 융합된 CLN6-CALML4가 될 수 있다.

상기 융합유전자를 구성하는 각 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있는데, 예를 들어, CD74(Cluster of Differentiation 74) 유전자의 염기서열 및 단백질서열은 각각 NM_001025158 및 NP_001020329에 공지되어 있고; ROS1(Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS) 유전자의 염기서열 및 단백질서열은 각각 NM_002944 및 NP_002935에 공지되어 있으며; EML4(Echinoderm microtubule-associated protein-like 4) 유전자의 염기서열 및 단백질서열은 각각 NM_001145076 및 NP_001138548에 공지되어 있고; ALK(Anaplastic lymphoma kinase) 유전자의 염기서열 및 단백질서열은 각각 NM_004304 및 NP_004295에 공지되어 있으며; KSR1(kinase suppressor of ras 1) 유전자의 염기서열 및 단백질서열은 각각 XM_011525437.1 및 XP_011523739.1에 공지되어 있고; LGALS9(Galectin-9) 유전자의 염기서열 및 단백질서열은 각각 NM_002308 및 NP_002299에 공지되어 있으며; KIF5B(Kinesin-1 heavy chain 5B) 유전자의 염기서열 및 단백질서열은 각각 NM_004521 및 NP_004512에 공지되어 있고; RET(receptor tyrosine kinase) 유전자의 염기서열 및 단백질서열은 각각 NM_000323 및 NP_065681에 공지되어 있으며; CLN6(Ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 6) 유전자의 염기서열 및 단백질서열은 각각 NM_017882 및 NP_060352에 공지되어 있고; CALML4(Calmodulin-like 4) 유전자의 염기서열 및 단백질서열은 각각 NR_104583.1 및 NP_001273624.1에 공지되어 있다.

본 발명의 용어 "융합단백질"이란, 상기 융합유전자로부터 발현되어 폐암 조직에서 특이적으로 검출되어 폐암의 예후예측에 사용될 수 있는 단백질을 의미한다.

본 발명의 목적상 상기 융합단백질은 상기 융합유전자의 핵산서열로부터 코딩된 펩티드서열을 포함할 수 있고, 이는 항체에 의하여 검출되어 폐암의 예후를 예측하는데 사용될 수 있는데, 상기 융합단백질은 특별히 이에 제한되지 않으나, 융합유전자 CD74-ROS1(서열번호 1)으로부터 발현되는 폴리펩티드; 융합유전자 EML4-ALK(서열번호 2)로부터 발현되는 폴리펩티드; 융합유전자 KSR1-LGALS9(서열번호 3)으로부터 발현되는 폴리펩티드; 융합유전자 KIF5B-RET(서열번호 4)로부터 발현되는 폴리펩티드; 융합유전자 CLN6-CALML4(서열번호 5)로부터 발현되는 폴리펩티드 등이 될 수 있다.

상기 융합유전자 또는 융합단백질은 폐암이 계속적으로 진행되어 병세가 악화되고 있는 암조직에서 특이적으로 발현되기 때문에, 폐암의 예후를 예측하는 마커로서 사용될 수 있다. 즉, 상기 융합유전자 또는 융합단백질이 검출될 경우에는 폐암이 그의 예후가 나쁘다고 예측할 수 있고, 상기 융합유전자 또는 융합단백질이 검출되지 않을 경우에는 그의 예후가 좋다고 예측할 수 있다.

본 발명의 용어 "예후예측"이란, "예후"와 동일한 의미로 사용되는데, 질환의 경과 및 결과를 미리 예측하는 행위를 의미한다. 보다 구체적으로, 예후예측이란 질환의 치료 후 경과는 환자의 생리적 또는 환경적 상태에 따라 달라질 수 있으며, 이러한 환자의 상태를 종합적으로 고려하여 치료 후 병의 경과를 예측하는 모든 행위를 의미하는 것으로 해석될 수 있다.

본 발명의 목적상 상기 예후예측은 폐암의 치료 후, 질환의 경과 및 완치여부를 미리 예상하여 폐암 환자의 무병생존율 또는 생존율을 예측하는 행위로 해석될 수 있다. 예를 들어, "예후가 좋다"라고 예측하는 것은 폐암 치료 후 환자의 무병생존율 또는 생존율이 높은 수준을 나타내어, 폐암 환자가 치료될 가능성이 높다는 것을 의미하고, "예후가 나쁘다"라고 예측하는 것은 폐암 치료 후 환자의 무병생존율 또는 생존율이 낮은 수준을 나타내어, 폐암 환자로부터 암이 재발하거나 또는 폐암으로 인하여 사망할 가능성이 높다는 것을 의미한다.

본 발명의 용어 "무병생존율"이란, 폐암의 치료 후, 환자가 암의 재발없이 생존할 수 있는 가능성을 의미한다.

본 발명의 용어 "생존율"이란, 폐암의 치료 후, 환자가 암의 재발여부에 관계 없이 생존할 수 있는 가능성을 의미한다.

한편, 상기 융합유전자에 의하여 예후예측이 가능한 폐암은 특별히 이에 제한되지 않으나, 일 예로서, 소세포성 폐암(small cell lung cancer); 또는 선암, 편평상피세포암, 대세포암 등의 비 소세포성 폐암(non-small cell lung cancer)이 될 수 있다.

본 발명의 용어 "유전자의 mRNA 수준을 측정하는 제제"란, 시료에 포함된 상기 융합유전자의 발현여부를 확인하기 위하여, 상기 융합 유전자로부터 전사된 mRNA의 수준을 측정하는 방법에 사용되는 제제를 의미하는데, 특별히 이에 제한되지 않으나, 일 예로서 RT-PCR, 정량적 실시간 PCR(quantified real time PCR), 경쟁적 RT-PCR(Competitive RT-PCR), 실시간 RT-PCR(real time quantitative RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블럿팅(Northern blotting), DNA 칩 분석법 등의 방법에 사용되는 표적 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 프라이머 염기쌍, 프로브 등이 될 수 있다.

본 발명의 용어 "프라이머"란, 짧은 자유 3말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미하는데, 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시하는데 사용할 수 있다.

본 발명의 목적상 상기 프라이머를 포함하는 조성물을 이용하면 상기 융합유전자를 대상으로 PCR 증폭을 실시할 수 있어, 상기 융합유전자의 검출 여부를 통해 폐암의 예후를 예측할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다. 예를 들어, 본 발명자들은 서열번호 1 내지 5의 염기서열로 구성된 융합유전자의 발현여부를 서열번호 11 내지 20의 폴리뉴클레오티드로 구성된 프라이머를 이용한 PCR 방법에 의해 검출하고, 상기 검출여부에 따라 폐암의 예후를 예측할 수 있었다.

상기 융합유전자의 mRNA를 검출하는 제제로서 상기 서열번호 11 내지 20의 폴리뉴클레오티드로 구성된 프라이머 염기쌍을 폐암 예후예측용 조성물의 구성요소로 사용할 경우, 각 융합유전자를 검출하기 위한 각각의 프라이머 염기쌍을 단독으로 포함할 수도 있고, 이들 각 프라이머 염기쌍을 복합적으로 포함할 수도 있는데, 각 프라이머 염기쌍을 단독으로 포함하는 조성물을 사용할 경우에는, 폐암의 예후예측에 소요되는 비용과 시간을 절감할 수 있고, 각 프라이머 염기쌍을 복합적으로 포함하는 조성물을 사용할 경우에는, 폐암의 예후예측 성공율을 향상시킬 수 있다.

예를 들어, 폐암의 예후예측용 융합유전자의 하나인 CD74-ROS1을 증폭시킬 수 있는 프라이머는 서열번호 6 및 7로 구성된 프라이머 염기쌍이 될 수 있고; EML4-ALK를 증폭시킬 수 있는 프라이머는 서열번호 8 및 9로 구성된 프라이머 염기쌍이 될 수 있으며; KSR1-LGALS9를 증폭시킬 수 있는 프라이머는 서열번호 10 및 11으로 구성된 프라이머 염기쌍이 될 수 있고; KIF5B-RET를 증폭시킬 수 있는 프라이머는 서열번호 12 및 13로 구성된 프라이머 염기쌍이 될 수 있으며; CLN6-CALML4를 증폭시킬 수 있는 프라이머는 서열번호 14 및 15으로 구성된 프라이머 염기쌍이 될 수 있다.

본 발명의 용어 "프로브"란, mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미한다. 상기 프로브는 표지용 물질로 표지하여 특정 mRNA를 검출할 수 있도록 제작될 수 있는데, 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.

본 발명의 목적상 상기 프로브는 상기 융합유전자의 mRNA와 상보적으로 혼성화되는지의 여부를 확인함으로써, 폐암의 예후를 예측할 수 있다. 적당한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.

본 발명의 용어 "표지용 물질"이란, 상기 프로브의 존재여부를 가시적으로 확인하도록 보조하는 물질을 의미하는데, 대체로 효소, 형광물, 리간드, 발광물, 미소입자(microparticle), 레독스 분자 및 방사선 동위원소 등이 될 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다. 예를 들어, 이용 가능한 효소로는 β-글루쿠로니다제, β-D-글루코시다제, β-D-갈락토시다제, 우레아제, 퍼옥시다아제 또는 알칼라인 포스파타아제, 아세틸콜린에스테라제, 글루코즈 옥시다제, 헥소키나제와 GDPase, RNase, 글루코즈 옥시다제와 루시페라제, 포스포프럭토키나제, 포스포에놀피루베이트 카복실라제, 아스파르테이트 아미노트랜스페라제, 포스페놀피루베이트 데카복실라제, β-라타마제 등이 될 수 있고, 이용 가능한 형광물로는 플루오레신, 이소티오시아네이트, 로다민, 피코에리테린, 피코시아닌, 알로피코시아닌, o-프탈데히드, 플루오레스카민 등이 될 수 있으며, 이용 가능한 리간드로는 바이오틴 유도체 등이 될 수 있고, 이용 가능한 발광물로는 아크리디늄 에스테르, 루시페린, 루시퍼라아제 등이 될 수 있으며, 이용 가능한 미소입자로는 콜로이드 금, 착색된 라텍스 등이 될 수 있고, 이용 가능한 레독스 분자로는 페로센, 루테늄 착화합물, 바이올로젠, 퀴논, Ti 이온, Cs 이온, 디이미드, 1,4-벤조퀴논, 하이드로퀴논 등이 될 수 있으며, 이용 가능한 방사선동위원소로는 ³H, ¹⁴C, ³²P, ³⁵S, ³⁶Cl, ⁵¹Cr, ⁵⁷Co, ⁵⁸Co, ⁵⁹Fe, ⁹⁰Y, ¹²⁵I, ¹³¹I , ¹⁸⁶Re 등이 될 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다.

본 발명의 프라이머 또는 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.

본 발명의 용어 "단백질 발현수준 측정"이란, 목적하는 개체에서 폐암의 예후를 예측하기 위하여 상기 개체로부터 수득한 생물학적 시료에서 상기 융합유전자에서 발현된 단백질의 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정을 의미하는데, 통상적으로는 상기 유전자의 단백질에 대하여 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머를 이용하여 단백질의 양을 확인함으로써 수행될 수 있다. 이를 위하여 웨스턴 블럿(western blotting), ELISA(enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: Radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 오우크테로니(Ouchterlony) 면역 확산법, 로케트(rocket) 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법(Immunoprecipitation Assay), 보체 고정 분석법(Complement Fixation Assay), FACS 및 단백질 칩(protein chip) 분석법 등이 사용될 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다.

본 발명의 용어 "항체"란, 당해 분야에서 공지된 용어로서 항원성 부위에 대해서 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미한다. 본 발명의 목적상, 상기 항체는 본 발명의 상기 융합유전자로부터 발현되는 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미하며, 이러한 항체는, 각 유전자를 통상적인 방법에 따라 발현벡터에 클로닝하여 상기 마커 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 얻고, 얻어진 단백질로부터 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 여기에는 상기 단백질에서 만들어질 수 있는 부분 펩티드도 포함되며, 본 발명의 부분 펩티드로는, 최소한 7개 아미노산, 바람직하게는 9개 아미노산, 더욱 바람직하게는 12개 이상의 아미노산을 포함한다. 본 발명의 항체의 형태는 특별히 제한되지 않으며 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체 또는 항원 결합성을 갖는 것이면 그것의 일부도 본 발명의 항체에 포함되고 모든 면역 글로불린 항체가 포함된다. 나아가, 본 발명의 항체에는 인간화 항체 등의 특수 항체도 포함된다.

본 발명의 융합유전자로부터 발현된 단백질의 검출에 사용되는 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 뜻하며 Fab, F(ab'), F(ab') 2 및 Fv 등이 있다.

본 발명의 용어 "앱타머(aptamer)"란, 시료 내의 검출하고자 하는 표적 물질과 특이적으로 결합할 수 있는 물질로 그 자체로 안정된 삼차 구조를 가지는 단일 가닥 핵산(DNA, RNA, 또는 변형 핵산)을 의미하는데, 상기 결합을 통하여 특이적으로 시료 내의 표적 물질의 존재를 확인할 수 있다. 상기 앱타머의 제조는 일반적인 앱타머의 제조 방법에 따라, 확인하고자 하는 표적 단백질에 대해 선택적이고 높은 결합력을 가지는 올리고뉴클레오티드의 서열을 결정하여 합성한 후, 올리고뉴클레오티드의 5' 말단이나 3' 말단을 링커의 작용기에 결합할 수 있도록, -SH, -COOH, -OH 또는 -NH2로 변형시킴으로써 이루어질 수 있다.

본 발명에 있어서, 상기 앱타머는 본 발명에서 제공하는 폐암 예후예측용 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질에 특이적으로 결합할 수 있는 앱타머가 될 수 있고, 일 예로서, 상기 융합단백질에 특이적으로 결합할 수 있는 DNA 앱타머가 될 수 있다.

본 발명은 다른 양태로서, 상기 폐암 예후예측용 조성물을 포함하는 폐암 예후예측용 키트를 제공한다.

본 발명의 키트는 폐암 특이적 융합유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 융합단백질의 검출여부를 확인함으로써 폐암의 예후를 예측할 수 있다. 본 발명의 폐암 예후예측용 키트에는 폐암 특이적 융합유전자의 발현 여부를 검출하기 위한 프라이머, 프로브 또는 융합단백질을 특이적으로 검출할 수 있는 항체뿐만 아니라 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치가 포함될 수 있다.

구체적인 일 예로서, 본 발명의 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. RT-PCR 키트는, 마커로 사용된 융합유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 RT-PCR 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한, 정량 대조구로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다.

다른 예로서, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 예후예측용 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는, 상기 융합유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한, 기판은 정량 대조구 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다.

또 다른 예로서, 본 발명의 키트는 항체의 면역학적 검출을 위하여 기질, 적당한 완충용액, 발색 효소 또는 형광물질로 표지된 2차 항체, 발색 기질 등을 포함할 수 있다. 상기에서 기질은 니트로셀룰로오스 막, 폴리비닐 수지로 합성된 96 웰 플레이트, 폴리스티렌 수지로 합성된 96 웰 플레이트 및 유리로 된 슬라이드글라스 등이 이용될 수 있고, 발색효소는 퍼옥시다아제(peroxidase), 알칼라인 포스파타아제(Alkaline Phosphatase)가 사용될 수 있고, 형광물질은 FITC, RITC 등이 사용될 수 있고, 발색 기질액은 ABTS(2,2'-아지노-비스(3-에틸벤조티아졸린-6-설폰산)) 또는 OPD(o-페닐렌디아민), TMB(테트라메틸 벤지딘)가 사용될 수 있다.

본 발명은 또 다른 양태로서, 상기 폐암 예후예측용 조성물을 폐암의 예후를 예측하고자 하는 개체의 시료에 처리하여, 폐암 예후예측용 융합유전자의 mRNA 또는 상기 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질을 검출하는 단계를 포함하는 폐암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.

본 발명의 용어 "개체"란, 폐암의 예후을 예측하고자 하는 대상을 의미하는데, 대체로 폐암발병 후, 폐암치료 시술을 받은 개체를 의미한다. 이때, 상기 개체는 사람을 비롯하여, 개, 말, 소, 쥐, 염소, 토끼, 닭, 오리, 거위 등의 폐암이 발병될 수 있는 동물이라면 제한없이 포함할 수 있다.

본 발명의 용어 "시료"란, 상기 개체로부터 유래되어 폐암 특이적 융합유전자 또는 융합단백질을 검출할 수 있는 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 뇌척수액 또는 뇨와 같은 시료 등을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.

상기 방법을 통하여, 폐암의 예후를 예측하고자 하는 환자의 시료에서 융합유전자 또는 융합단백질의 검출여부를 확인함으로서 상기 환자의 예후가 좋은지 아니면 나쁜지를 예측하기 위한 정보를 제공할 수 있다. 즉, 상기 시료에서 상기 융합유전자의 mRNA 또는 융합단백질이 검출될 경우, 상기 개체의 예후가 나쁘다고 판정할 수 있고, 이에 반하여, 상기 시료에서 상기 융합유전자의 mRNA 또는 융합단백질이 검출되지 않을 경우, 상기 개체의 예후가 좋다고 판정할 수 있다.

이때, 융합유전자를 mRNA 수준에서 검출하기 위하여 역전사효소 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사효소 중합효소반응(competitive RT-PCR), 실시간 역전사효소 중합효소반응(real time quantitative RT-PCR), RNase 보호 분석법(RNase protection method), 노던 블랏팅(Northern blotting), DNA 칩 방법(DNA chip technology) 등의 분석방법을 사용할 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다.

또한, 융합단백질을 검출하기 위하여 웨스턴 블랏(western blotting), ELISA(enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radial immunodiffusion), 오우크테로니 면역 확산법(Ouchterlony immunodiffusion), 로케트 면역전기영동(rocket immunoelectrophoresis), 면역조직화학염색법(immunohistochemical staining), 면역침전분석법(immunoprecipitation assay), 보체 고정 분석법(complement Fixation Assay), 면역형광법(immunofluorescence), 면역크로마토그래피법(immunochromatography), FACS 분석법(fluorescenceactivated cell sorter analysis), 단백질 칩 방법(protein chip technology) 등의 분석방법을 사용할 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다.

본 발명의 폐암 예후예측용 조성물은 폐암이 일정수준 진전된 환자의 폐조직에서도 암발생 영역의 조직에서만 특이적으로 발현되는 융합유전자를 검출함으로써, 폐암의 치료후 예후를 예측하는데 사용될 수 있으므로, 보다 효과적으로 폐암을 치료하는데 널리 활용될 수 있을 것이다.

도 1은 폐암 환자의 정상조직과 암조직에서 발현되는 융합유전자의 수준을 비교한 결과를 나타내는 그래프로서, N은 정상영역의 조직시료에서 발현되는 융합유전자의 수를 나타내고, T은 암발병 영역의 조직시료에서 발현되는 융합유전자의 수를 나타낸다.

이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.

실시예 1: 폐암 특이적인 융합유전자의 발굴

NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)에서 얻은 71명 폐암환자와 임상경로를 통해 수집한 10명의 폐암환자로부터 각각의 폐조직을 수득하고, 상기 수득한 각 폐조직으로부터 정상영역의 폐조직과, 암발병 영역의 폐조직을 각각 분리하여 수득하였다. 상기 분리수득한 각 폐조직으로부터 이들 각각의 RNA-서열 데이터를 수득하고, 상기 수득한 RNA-서열 데이터를 FusionMap tool에 적용하여, 상기 정상영역의 폐조직과 암발병 영역의 폐조직에서 발현되는 각각의 융합유전자를 분석하였다(도 1).

도 1은 폐암 환자의 정상조직과 암조직에서 발현되는 융합유전자의 수준을 비교한 결과를 나타내는 그래프로서, N은 정상영역의 조직시료에서 발현되는 융합유전자의 수를 나타내고, T은 암발병 영역의 조직시료에서 발현되는 융합유전자의 수를 나타낸다. 도 1에서 보듯이, 정상조직에서는 251개의 융합유전자가 발현되는 반면 암조직에서는 505개의 융합유전자가 발현됨을 확인하였으므로, 암조직에서 다양한 형태의 융합유전자가 발현됨을 알 수 있었다.

이어, 상기 암조직에서 발현되는 505개의 융합유전자 중에서, 정상조직에서 유의하게 발현되지 않고, 암조직에서만 유의하게 발현되는 융합유전자를 1차 선별하였다. 상기 1차 선별된 융합 유전자를 대상으로, 2 이상의 폐암환자 시료에서 검출되는 융합유전자 63종을 2차 선별하였다. 상기 2차 선별된 63종의 융합유전자 중에서, 암의 전이에 직접적으로 관여하는 타이로신 키나아제의 발현 및 작용 신호전달 경로에 관여하는 유전자를 포함하는 5종의 융합유전자를 최종 선별하였다. 이때, 상기 최종 선별된 5종의 융합유전자는 CD74-ROS1, EML4-ALK, KSR1-LGALS9, KIF5B-RET 및 CLN6-CALML4임을 확인하였다.

실시예 2: 폐암 특이적인 융합유전자의 검증

상기 실시예 1에서 최종 선별된 5종의 융합유전자(CD74-ROS1, EML4-ALK, KSR1-LGALS9, KIF5B-RET 및 CLN6-CALML4)가 폐암환자의 예후를 예측하는데 사용될 수 있는지의 여부를 확인하고자 하였다.

먼저, 상기 5종의 융합유전자를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 설계하고 합성하였다.

CD74-ROS1 F: 5'-CCCGGAGAACCTGAGACACCTT-3'(서열번호 6)

CD74-ROS1 R: 5'-TGCCAGACAAAGGTCAGTGGGA-3'(서열번호 7)

EML4-ALK F: 5'-GGCAGTGTTTAGCATTCTTGGGG-3'(서열번호 8)

EML4-ALK R: 5'-GGTCACTGATGGAGGAGGTCTTG-3'(서열번호 9)

KSR1-LGALS9 F: 5'-GCAGGAGAGACCCAGCTTCAGC-3'(서열번호 10)

KSR1-LGALS9 R: 5'-GAGCTGAGAACGGTCCCATTG-3'(서열번호 11)

KIF5B-RET F: 5'-CGGCAACTTTAGCGAGTATAGATG-3'(서열번호 12)

KIF5B-RET R: 5'-TCCTTGACCACTTTTCCAAATTC-3'(서열번호 13)

CLN6-CALML4 F: 5'-CGGGGACATCGCCCACTACT-3'(서열번호 14)

CLN6-CALML4 R: 5'-CTCATTAAGGACGCCATCTGCA-3'(서열번호 15)

다음으로, 폐암발병 후, 치료시술을 받았으나, 아직 치료되지 않은 것으로 판정된 104명의 폐암환자의 암조직으로부터 총 RNA를 수득하고, 수득한 총 RNA로부터 각각의 cDNA를 합성하였다. 이때, 조직시료를 제공한 104명의 환자에 대한 임상정보는 표 1에 기재된 바와 같다.

폐암환자의 임상정보

확인항목	구분	측정수치
성별	남성 여성 불명	74 19 11
폐암진행도	Ⅰa Ⅰb Ⅱa Ⅱb Ⅲa Ⅲb Ⅳ 불명	16 27 18 7 8 1 2 25
흡연여부	과다흡연 흡연중 비흡연 불명	21 41 21 21
병력	SQ(squamous carcinoma) AD(adenocarcinoma) Large 불명	45 54 3 2
연령	65세 이상 65세 미만 블명	47 46 11

상기 합성된 cDNA를 주형으로 하고, 상기 합성된 각 프라이머를 이용한 qPCR을 수행하여, 상기 각 융합유전자를 검출하였으며, 이로부터 각 융합유전자의 검출율을 산출하였다(표 2).

폐암조직에서 융합유전자의 검출결과

융합유전자	검출율(%)
CD74-ROS1 EML4-ALK KSR1-LGALS9 KIF5B-RET CLN6-CALML4	2 9 35 10 58

상기 표 2에서 보듯이, 상기 각 융합유전자는 2 내지 58%의 검출율로 폐암조직에서 검출됨을 확인하였다.

상기 융합유전자는 폐암의 치료시술을 받은 후에도 치료되지 않은 환자의 폐암 조직에서 특이적으로 검출되기 때문에, 상기 104명 환자의 폐암조직 시료에서 상기 융합유전자가 검출되었다는 것으로부터 상기 환자의 증상이 더욱 악화될 것이라고 예측할 수 있었는데, 이러한 예측은 상기 각 환자의 병증의 진행상황으로부터 확인할 수 있었다.

따라서, 상기 융합유전자는 폐암의 예후예측용 마커로서 사용될 수 있음을 알 수 있었다. 뿐만 아니라, 상기 융합유전자는 환자에 따라 서로다른 수준으로 검출되기 때문에, 이들 융합유전자는 단독으로도 사용하여도 폐암의 예후예측용 마커로서 사용될 수 있고, 이들을 조합하여 사용할 경우에는 보다 효과적인 폐암의 예후예측용 마커로서 사용될 수 있음을 알 수 있었다.

<110> Dankook University Cheonan Campus Industry Academic Cooperation Foundation <120> Novel composition for prognosing lung cancer using fusion-gene <130> KPA151042-KR <160> 15 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 268 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD74-ROS1 <400> 1 aatgctgacc ccctgaaggt gtacccgcca ctgaagggga gcttcccgga gaacctgaga 60 caccttaaga acaccatgga gaccatagac tggaaggtct ttgagagctg gatgcaccat 120 tggctcctgt ttgaaatgag caggcactcc ttggagcaaa agcccactga cgctccaccg 180 aaagatgatt tttggatacc agaaacaagt ttcatactta ctattatagt tggaatattt 240 ctggttgtta caatcccact gacctttg 268 <210> 2 <211> 324 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> EML4-ALK <400> 2 aaatatgaaa agccaaaatt tgtggcagtg tttagcattc ttggggaatg gagatgttct 60 tactggagac tcaggtggag tcatgcttat atggagcaaa actactgtag agcccacacc 120 tgggaaagga cctaaagtgt accgccggaa gcaccaggag ctgcaagcca tgcagatgga 180 gctgcagagc cctgagtaca agctgagcaa gctccgcacc tcgaccatca tgaccgacta 240 caaccccaac tactgctttg ctggcaagac ctcctccatc agtgacctga aggaggtgcc 300 gcggaaaaac atcaccctca ttcg 324 <210> 3 <211> 226 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KSR1-LGALS9 <400> 3 gagatcctgt cggcctgctg ggctttcgac ctgcaggaga gacccagctt cagcctgctg 60 atggacatgc tggagaaact tcccaagctg gctgtcccct tttctgggac tattcaagga 120 ggtctccagg acggacttca gatcactgtc aatgggaccg ttctcagctc cagtggaacc 180 agaaccggcg gctctcccac cctggacact tctggaagtc agctga 226 <210> 4 <211> 292 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KIF5B-RET <400> 4 gcaactttag cgagtataga tgctgagctt cagaaactta aggaaatgac caaccaccag 60 aaaaaacgag cagctgagat gatggcatct ttactaaaag accttgcaga aataggaatt 120 gctgtgggaa ataatgatgt aaaggaggat ccaaagtggg aattccctcg gaagaacttg 180 gttcttggaa aaactctagg agaaggcgaa tttggaaaag tggtcaaggc aacggccttc 240 catctgaaag gcagagcagg gtacaccacg gtggccgtga agatgctgaa ag 292 <210> 5 <211> 304 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CLN6-CALML4 <400> 5 gcatggctct gtgagcgctg atgaggctgc ccgcacggct cccttccacc tcgacctctg 60 gttctacttc acactgcaga actgggttct ggactttggg cgtcccattg ccatgacgga 120 aatggagagc tggatttctc cacttttctg accattatgc acatgcaaat aaaacaagaa 180 gacccaaaga aagaaattct tctagccatg ttgatggtgg acaaggagaa gaaaggttac 240 gtcatggcgt ccgacctgcg gtcaaaactc acgagtctgg gggagaagct cacccacaag 300 gaag 304 <210> 6 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 cccggagaac ctgagacacc tt 22 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 tgccagacaa aggtcagtgg ga 22 <210> 8 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 ggcagtgttt agcattcttg ggg 23 <210> 9 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 9 ggtcactgat ggaggaggtc ttg 23 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 10 gcaggagaga cccagcttca gc 22 <210> 11 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 11 gagctgagaa cggtcccatt g 21 <210> 12 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 12 cggcaacttt agcgagtata gatg 24 <210> 13 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 13 tccttgacca cttttccaaa ttc 23 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 14 cggggacatc gcccactact 20 <210> 15 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 15 ctcattaagg acgccatctg ca 22

Claims

KSR1(kinase suppressor of ras 1)-LGALS9(Galectin-9)인 융합유전자의 mRNA 또는 상기 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질을 검출하는 제제를 포함하는 폐암 예후예측용 조성물.
제1항에 있어서,
CD74(Cluster of Differentiation 74)-ROS1(Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS), EML4(Echinoderm microtubule-associated protein-like 4)-ALK(Anaplastic lymphoma kinase), KIF5B(Kinesin-1 heavy chain 5B)-RET(receptor tyrosine kinase) 및 CLN6(Ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 6)-CALML4(Calmodulin-like 4)로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폐암 예후예측용 융합유전자의 mRNA 또는 상기 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질을 검출하는 제제를 더 포함하는 폐암 예후예측용 조성물.
제1항에 있어서,
KSR1-LGALS9 융합유전자는 서열번호 3의 염기서열로 구성되는, 폐암 예후예측용 조성물.
제2항에 있어서,
CD74-ROS1 융합유전자는 서열번호 1의 염기서열로 구성되고, EML4-ALK 융합유전자는 서열번호 2의 염기서열로 구성되고, KIF5B-RET 융합유전자는 서열번호 4의 염기서열로 구성되고, CLN6-CALML4 융합유전자는 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 것인 폐암 예후예측용 조성물.
제1항 또는 제2항에 있어서,
상기 제제는 상기 융합유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍 또는 프로브인 것인 폐암 예후예측용 조성물.
삭제
제1항 또는 제2항에 있어서,
상기 제제는 상기 융합단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머인 것인 폐암 예후예측용 조성물.
제1항 또는 제2항의 폐암 예후예측용 조성물을 포함하는 폐암 예후예측용 키트.
제8항에 있어서,
상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트인 것인 폐암 예후예측용 키트.
제1항 또는 제2항의 폐암 예후예측용 조성물을 폐암의 예후를 예측하고자 하는 개체에서 분리된 시료에 처리하여, 폐암 예후예측용 융합유전자의 mRNA 또는 상기 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질을 검출하는 단계를 포함하는, 폐암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법.
제10항에 있어서,
상기 개체는 폐암발병 후, 폐암치료 시술을 받은 개체인 것인 방법.
제10항에 있어서,
상기 시료는 개체로부터 유래된 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 뇌척수액 또는 뇨인 것인 방법.
제10항에 있어서,
상기 융합유전자의 검출은 역전사효소 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사효소 중합효소반응(competitive RT-PCR), 실시간 역전사효소 중합효소반응(real time quantitative RT-PCR), RNase 보호 분석법(RNase protection method), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩 방법(DNA chip technology)에 의해 수행되는 것인 방법.
제10항에 있어서,
상기 융합단백질의 검출은 웨스턴 블랏(western blotting), ELISA(enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radial immunodiffusion), 오우크테로니 면역 확산법(Ouchterlony immunodiffusion), 로케트 면역전기영동(rocket immunoelectrophoresis), 면역조직화학염색법(immunohistochemical staining), 면역침전분석법(immunoprecipitation assay), 보체 고정 분석법(complement Fixation Assay), 면역형광법(immunofluorescence), 면역크로마토그래피법(immunochromatography), FACS 분석법(fluorescenceactivated cell sorter analysis) 또는 단백질 칩 방법(protein chip technology)에 의해 수행되는 것인 방법.
제10항에 있어서,
상기 시료로부터 폐암 예후예측용 융합유전자의 mRNA 또는 상기 융합유전자로부터 발현되는 융합단백질이 검출되는 경우, 폐암의 예후가 나쁘다고 판정하는 것인 방법.