JP7398712B2 - 乳癌細胞存在率の推定方法 - Google Patents
乳癌細胞存在率の推定方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP7398712B2 JP7398712B2 JP2020546062A JP2020546062A JP7398712B2 JP 7398712 B2 JP7398712 B2 JP 7398712B2 JP 2020546062 A JP2020546062 A JP 2020546062A JP 2020546062 A JP2020546062 A JP 2020546062A JP 7398712 B2 JP7398712 B2 JP 7398712B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- breast cancer
- methylation
- seq
- nucleotide sequence
- nucleotides
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 title claims description 123
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 title claims description 123
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 72
- 230000011987 methylation Effects 0.000 claims description 104
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 claims description 104
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 95
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 76
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 66
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 28
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 claims description 27
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 23
- 238000002651 drug therapy Methods 0.000 claims description 21
- 238000012937 correction Methods 0.000 claims description 16
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 claims description 15
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 claims description 15
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 14
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 13
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 12
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 claims description 11
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 claims description 8
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 claims description 5
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims description 4
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims description 4
- 108091029523 CpG island Proteins 0.000 claims description 3
- 241000270295 Serpentes Species 0.000 claims description 3
- 238000001369 bisulfite sequencing Methods 0.000 claims description 3
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 3
- 238000007855 methylation-specific PCR Methods 0.000 claims description 3
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 3
- 238000007838 multiplex ligation-dependent probe amplification Methods 0.000 claims description 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 78
- 108091029430 CpG site Proteins 0.000 description 67
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 46
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 46
- 101150105781 CCDC181 gene Proteins 0.000 description 25
- 101150029409 CFTR gene Proteins 0.000 description 25
- 101150017499 SIM1 gene Proteins 0.000 description 25
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 17
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 16
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 15
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 15
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 13
- 101001045218 Homo sapiens Peroxisomal multifunctional enzyme type 2 Proteins 0.000 description 11
- 102100022587 Peroxisomal multifunctional enzyme type 2 Human genes 0.000 description 11
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 9
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 description 8
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 description 8
- 102100030507 Coiled-coil domain-containing protein 181 Human genes 0.000 description 7
- 108010079245 Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Proteins 0.000 description 7
- 101000772632 Homo sapiens Coiled-coil domain-containing protein 181 Proteins 0.000 description 7
- 101000703681 Homo sapiens Single-minded homolog 1 Proteins 0.000 description 7
- 102100031980 Single-minded homolog 1 Human genes 0.000 description 7
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 7
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 7
- 102000008371 intracellularly ATP-gated chloride channel activity proteins Human genes 0.000 description 7
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 6
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229940041181 antineoplastic drug Drugs 0.000 description 6
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 6
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 6
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 6
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 6
- 208000017891 HER2 positive breast carcinoma Diseases 0.000 description 5
- 230000004044 response Effects 0.000 description 5
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 5
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 5
- 239000002168 alkylating agent Substances 0.000 description 4
- 229940100198 alkylating agent Drugs 0.000 description 4
- 239000003534 dna topoisomerase inhibitor Substances 0.000 description 4
- 238000001794 hormone therapy Methods 0.000 description 4
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 4
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 4
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 4
- 229940044693 topoisomerase inhibitor Drugs 0.000 description 4
- 229940125497 HER2 kinase inhibitor Drugs 0.000 description 3
- 108091022875 Microtubule Proteins 0.000 description 3
- 102000029749 Microtubule Human genes 0.000 description 3
- 230000000340 anti-metabolite Effects 0.000 description 3
- 239000002256 antimetabolite Substances 0.000 description 3
- 229940100197 antimetabolite Drugs 0.000 description 3
- 239000003886 aromatase inhibitor Substances 0.000 description 3
- 229940046844 aromatase inhibitors Drugs 0.000 description 3
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 3
- 210000004688 microtubule Anatomy 0.000 description 3
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 229960000575 trastuzumab Drugs 0.000 description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 3
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- 101000904177 Clupea pallasii Gonadoliberin-1 Proteins 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 101800003838 Epidermal growth factor Proteins 0.000 description 2
- 239000000579 Gonadotropin-Releasing Hormone Substances 0.000 description 2
- 101150064023 HSD17B4 gene Proteins 0.000 description 2
- 239000002136 L01XE07 - Lapatinib Substances 0.000 description 2
- PJKKQFAEFWCNAQ-UHFFFAOYSA-N N(4)-methylcytosine Chemical group CNC=1C=CNC(=O)N=1 PJKKQFAEFWCNAQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100033237 Pro-epidermal growth factor Human genes 0.000 description 2
- RJKFOVLPORLFTN-LEKSSAKUSA-N Progesterone Chemical class C1CC2=CC(=O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H](C(=O)C)[C@@]1(C)CC2 RJKFOVLPORLFTN-LEKSSAKUSA-N 0.000 description 2
- 108020004518 RNA Probes Proteins 0.000 description 2
- 239000003391 RNA probe Substances 0.000 description 2
- 101000857870 Squalus acanthias Gonadoliberin Proteins 0.000 description 2
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 2
- 229940046836 anti-estrogen Drugs 0.000 description 2
- 230000001833 anti-estrogenic effect Effects 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 229940116977 epidermal growth factor Drugs 0.000 description 2
- 239000000328 estrogen antagonist Substances 0.000 description 2
- XLXSAKCOAKORKW-AQJXLSMYSA-N gonadorelin Chemical compound C([C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)NCC(N)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)NC(=O)[C@H](CC=1N=CNC=1)NC(=O)[C@H]1NC(=O)CC1)C1=CC=C(O)C=C1 XLXSAKCOAKORKW-AQJXLSMYSA-N 0.000 description 2
- 229960004891 lapatinib Drugs 0.000 description 2
- BCFGMOOMADDAQU-UHFFFAOYSA-N lapatinib Chemical compound O1C(CNCCS(=O)(=O)C)=CC=C1C1=CC=C(N=CN=C2NC=3C=C(Cl)C(OCC=4C=C(F)C=CC=4)=CC=3)C2=C1 BCFGMOOMADDAQU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000370 laser capture micro-dissection Methods 0.000 description 2
- 208000026535 luminal A breast carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 231100000782 microtubule inhibitor Toxicity 0.000 description 2
- 238000013188 needle biopsy Methods 0.000 description 2
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 2
- BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N platinum Chemical compound [Pt] BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000583 progesterone congener Substances 0.000 description 2
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 210000003765 sex chromosome Anatomy 0.000 description 2
- VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N uroanthelone Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C(C)C)[C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)CNC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N 0.000 description 2
- CBIAKDAYHRWZCU-UHFFFAOYSA-N 2-bromo-4-[(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)amino]phenol Chemical compound C=12C=C(OC)C(OC)=CC2=NC=NC=1NC1=CC=C(O)C(Br)=C1 CBIAKDAYHRWZCU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QQWUGDVOUVUTOY-UHFFFAOYSA-N 5-chloro-N2-[2-methoxy-4-[4-(4-methyl-1-piperazinyl)-1-piperidinyl]phenyl]-N4-(2-propan-2-ylsulfonylphenyl)pyrimidine-2,4-diamine Chemical compound COC1=CC(N2CCC(CC2)N2CCN(C)CC2)=CC=C1NC(N=1)=NC=C(Cl)C=1NC1=CC=CC=C1S(=O)(=O)C(C)C QQWUGDVOUVUTOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Chemical group 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical group NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- MWWSFMDVAYGXBV-RUELKSSGSA-N Doxorubicin hydrochloride Chemical compound Cl.O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 MWWSFMDVAYGXBV-RUELKSSGSA-N 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 208000000461 Esophageal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 102100032191 Guanine nucleotide exchange factor VAV3 Human genes 0.000 description 1
- 241000589989 Helicobacter Species 0.000 description 1
- 101000775742 Homo sapiens Guanine nucleotide exchange factor VAV3 Proteins 0.000 description 1
- 101000942701 Homo sapiens Liprin-alpha-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000692455 Homo sapiens Platelet-derived growth factor receptor beta Proteins 0.000 description 1
- 101001121506 Homo sapiens Protein odd-skipped-related 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000848744 Homo sapiens Rap guanine nucleotide exchange factor-like 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000752241 Homo sapiens Rho guanine nucleotide exchange factor 4 Proteins 0.000 description 1
- 239000005517 L01XE01 - Imatinib Substances 0.000 description 1
- 239000005411 L01XE02 - Gefitinib Substances 0.000 description 1
- 239000005551 L01XE03 - Erlotinib Substances 0.000 description 1
- 239000002147 L01XE04 - Sunitinib Substances 0.000 description 1
- 239000002139 L01XE22 - Masitinib Substances 0.000 description 1
- 102100032892 Liprin-alpha-3 Human genes 0.000 description 1
- 238000000585 Mann–Whitney U test Methods 0.000 description 1
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 1
- 206010030155 Oesophageal carcinoma Diseases 0.000 description 1
- OYONTEXKYJZFHA-SSHUPFPWSA-N PHA-665752 Chemical compound CC=1C(C(=O)N2[C@H](CCC2)CN2CCCC2)=C(C)NC=1\C=C(C1=C2)/C(=O)NC1=CC=C2S(=O)(=O)CC1=C(Cl)C=CC=C1Cl OYONTEXKYJZFHA-SSHUPFPWSA-N 0.000 description 1
- 229930012538 Paclitaxel Natural products 0.000 description 1
- 102100026547 Platelet-derived growth factor receptor beta Human genes 0.000 description 1
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 102100025660 Protein odd-skipped-related 2 Human genes 0.000 description 1
- 102000004022 Protein-Tyrosine Kinases Human genes 0.000 description 1
- 108090000412 Protein-Tyrosine Kinases Proteins 0.000 description 1
- 102100034586 Rap guanine nucleotide exchange factor-like 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100021709 Rho guanine nucleotide exchange factor 4 Human genes 0.000 description 1
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 1
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 229940123237 Taxane Drugs 0.000 description 1
- 108090001039 Transcription factor AP-2 Proteins 0.000 description 1
- 102000004893 Transcription factor AP-2 Human genes 0.000 description 1
- 208000003721 Triple Negative Breast Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 1
- 239000002250 absorbent Substances 0.000 description 1
- 230000002745 absorbent Effects 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 229960001686 afatinib Drugs 0.000 description 1
- ULXXDDBFHOBEHA-CWDCEQMOSA-N afatinib Chemical compound N1=CN=C2C=C(O[C@@H]3COCC3)C(NC(=O)/C=C/CN(C)C)=CC2=C1NC1=CC=C(F)C(Cl)=C1 ULXXDDBFHOBEHA-CWDCEQMOSA-N 0.000 description 1
- 230000004520 agglutination Effects 0.000 description 1
- 229940045799 anthracyclines and related substance Drugs 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 229960005395 cetuximab Drugs 0.000 description 1
- 238000012767 chemiluminescent enzyme immunoassay Methods 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 238000010219 correlation analysis Methods 0.000 description 1
- KTEIFNKAUNYNJU-GFCCVEGCSA-N crizotinib Chemical compound O([C@H](C)C=1C(=C(F)C=CC=1Cl)Cl)C(C(=NC=1)N)=CC=1C(=C1)C=NN1C1CCNCC1 KTEIFNKAUNYNJU-GFCCVEGCSA-N 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- 229940121647 egfr inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 238000011984 electrochemiluminescence immunoassay Methods 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 229960001433 erlotinib Drugs 0.000 description 1
- AAKJLRGGTJKAMG-UHFFFAOYSA-N erlotinib Chemical compound C=12C=C(OCCOC)C(OCCOC)=CC2=NC=NC=1NC1=CC=CC(C#C)=C1 AAKJLRGGTJKAMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000004101 esophageal cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 1
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 1
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 1
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 1
- 229960002584 gefitinib Drugs 0.000 description 1
- XGALLCVXEZPNRQ-UHFFFAOYSA-N gefitinib Chemical compound C=12C=C(OCCCN3CCOCC3)C(OC)=CC2=NC=NC=1NC1=CC=C(F)C(Cl)=C1 XGALLCVXEZPNRQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical group O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- KTUFNOKKBVMGRW-UHFFFAOYSA-N imatinib Chemical compound C1CN(C)CCN1CC1=CC=C(C(=O)NC=2C=C(NC=3N=C(C=CN=3)C=3C=NC=CC=3)C(C)=CC=2)C=C1 KTUFNOKKBVMGRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960002411 imatinib Drugs 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 238000012744 immunostaining Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 229960003881 letrozole Drugs 0.000 description 1
- HPJKCIUCZWXJDR-UHFFFAOYSA-N letrozole Chemical compound C1=CC(C#N)=CC=C1C(N1N=CN=C1)C1=CC=C(C#N)C=C1 HPJKCIUCZWXJDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000026534 luminal B breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 description 1
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 1
- 229960004655 masitinib Drugs 0.000 description 1
- WJEOLQLKVOPQFV-UHFFFAOYSA-N masitinib Chemical compound C1CN(C)CCN1CC1=CC=C(C(=O)NC=2C=C(NC=3SC=C(N=3)C=3C=NC=CC=3)C(C)=CC=2)C=C1 WJEOLQLKVOPQFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 238000012164 methylation sequencing Methods 0.000 description 1
- 229950003968 motesanib Drugs 0.000 description 1
- RAHBGWKEPAQNFF-UHFFFAOYSA-N motesanib Chemical compound C=1C=C2C(C)(C)CNC2=CC=1NC(=O)C1=CC=CN=C1NCC1=CC=NC=C1 RAHBGWKEPAQNFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229950008835 neratinib Drugs 0.000 description 1
- ZNHPZUKZSNBOSQ-BQYQJAHWSA-N neratinib Chemical compound C=12C=C(NC\C=C\CN(C)C)C(OCC)=CC2=NC=C(C#N)C=1NC(C=C1Cl)=CC=C1OCC1=CC=CC=N1 ZNHPZUKZSNBOSQ-BQYQJAHWSA-N 0.000 description 1
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 1
- 150000002894 organic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 229940127084 other anti-cancer agent Drugs 0.000 description 1
- 229960001592 paclitaxel Drugs 0.000 description 1
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 238000010827 pathological analysis Methods 0.000 description 1
- 229960002087 pertuzumab Drugs 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 229910052697 platinum Inorganic materials 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000002203 pretreatment Methods 0.000 description 1
- 102000027426 receptor tyrosine kinases Human genes 0.000 description 1
- 108091008598 receptor tyrosine kinases Proteins 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 238000005057 refrigeration Methods 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 description 1
- 229960001796 sunitinib Drugs 0.000 description 1
- WINHZLLDWRZWRT-ATVHPVEESA-N sunitinib Chemical compound CCN(CC)CCNC(=O)C1=C(C)NC(\C=C/2C3=CC(F)=CC=C3NC\2=O)=C1C WINHZLLDWRZWRT-ATVHPVEESA-N 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- DKPFODGZWDEEBT-QFIAKTPHSA-N taxane Chemical class C([C@]1(C)CCC[C@@H](C)[C@H]1C1)C[C@H]2[C@H](C)CC[C@@H]1C2(C)C DKPFODGZWDEEBT-QFIAKTPHSA-N 0.000 description 1
- RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N taxol Chemical compound O([C@@H]1[C@@]2(C[C@@H](C(C)=C(C2(C)C)[C@H](C([C@]2(C)[C@@H](O)C[C@H]3OC[C@]3([C@H]21)OC(C)=O)=O)OC(=O)C)OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)C=1C=CC=CC=1)C=1C=CC=CC=1)O)C(=O)C1=CC=CC=C1 RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N 0.000 description 1
- 230000004797 therapeutic response Effects 0.000 description 1
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical group CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960001612 trastuzumab emtansine Drugs 0.000 description 1
- 208000022679 triple-negative breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 229940121358 tyrosine kinase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 239000005483 tyrosine kinase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P15/00—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/154—Methylation markers
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Zoology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Reproductive Health (AREA)
- Endocrinology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Description
〔1〕以下(1)および(2)を含む、乳癌細胞存在率の推定方法:
(1)ヒト被験体由来サンプルにおいて、以下:
(a)配列番号1のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(b)配列番号2のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(c)配列番号3のヌクレオチド配列における1001番目と1002番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率を解析すること;および
(2)(1)で解析されたメチル化率に基づいて、ヒト被験体由来サンプル中の乳癌細胞存在率を推定すること。
〔2〕解析が、亜硫酸水素塩、1以上のプライマー、1以上の核酸プローブ、制限酵素、抗メチル化シトシン抗体、およびナノポアからなる群より選ばれる1または2以上の手段を用いて行われる、〔1〕の方法。
〔3〕解析が、バイサルファイトシーケンシング法、バイサルファイト・パイロシーケンシング法、メチル化特異的PCR法、制限酵素ランドマーク・ゲノム・スキャニング(RLGS)法、単一ヌクレオチド・プライマー伸長(SNuPE)法、CpGアイランド・マイクロアレイ法、メチライト法、COBRA法、質量分析(マスアレイ)法、メチル化特異的制限酵素の使用、高解像度融解解析(HRM)法、ナノポア解析法、ICONプローブ法、メチル化特異的MLPA法、またはイムノアッセイにより行われる、〔1〕または〔2〕の方法。
〔4〕以下(1)~(4)を含む、乳癌に対する薬物療法の効果の予測方法:
(1)ヒト被験体由来サンプルにおいて、乳癌マーカーの値を測定すること;
(2)ヒト被験体由来サンプルにおいて、以下:
(a)配列番号1のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(b)配列番号2のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(c)配列番号3のヌクレオチド配列における1001番目と1002番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率を解析すること;
(3)(1)で測定された乳癌マーカーの値を(2)で解析されたメチル化率で補正して、乳癌マーカーの補正値を計算すること;および
(4)(3)で補正された乳癌マーカーの補正値に基づいて、乳癌に対する薬物療法の効果を予測すること。
〔5〕以下(1)および(2)を含む、乳癌の判定方法:
(1)ヒト被験体由来サンプルにおいて、以下:
(a)配列番号1のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(b)配列番号2のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(c)配列番号3のヌクレオチド配列における1001番目と1002番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率を解析すること;および
(2)(1)で解析されたメチル化率に基づいて、乳癌の罹患可能性を評価すること。
〔6〕以下:
(a)配列番号1のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(b)配列番号2のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(c)配列番号3のヌクレオチド配列における1001番目と1002番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率の解析手段を含む、乳癌細胞存在率の推定用試薬。
〔7〕以下:
(a)配列番号1のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(b)配列番号2のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(c)配列番号3のヌクレオチド配列における1001番目と1002番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率の解析手段を含む、乳癌の判定用試薬。
〔8〕以下(1)および(2)を含むキット:
(1)以下:
(a)配列番号1のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(b)配列番号2のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(c)配列番号3のヌクレオチド配列における1001番目と1002番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率解析手段;および
(2)乳癌マーカーの測定手段。
本発明の予測方法は、例えば、乳癌患者に対する外科的手術の要否および薬物療法の選択の判断における指標として有用である。
本発明の判定方法は、例えば、乳癌の診断に有用である。
本発明の試薬およびキットは、例えば、本発明の方法の簡便な実施に有用である。
本発明において対象とされる癌は、乳癌である。乳癌は、HER2陽性型、ルミナルA型、ルミナルB型、およびトリプルネガティブ型のサブタイプに分類することができる。本発明において対象とされる癌は、いずれのサブタイプの乳癌であってもよいが、特定の局面ではHER2陽性型が好ましい。
乳癌細胞存在率=(乳癌細胞の個数)/〔(乳癌細胞の個数)+(非乳癌細胞の個数)〕
本発明は、乳癌細胞存在率の推定方法を提供する。
(1)ヒト被験体由来サンプルにおいて、以下:
(a)SIM1遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(b)CCDC181遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(c)CFTR遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率を解析すること;および
(2)(1)で解析されたメチル化率に基づいて、ヒト被験体由来サンプル中の乳癌細胞存在率を推定すること。
本発明はまた、乳癌に対する薬物療法の効果の予測方法を提供する。
(1)ヒト被験体由来サンプルにおいて、乳癌マーカーの値を測定すること;
(2)ヒト被験体由来サンプルにおいて、以下:
(a)SIM1遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(b)CCDC181遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基; (c)CFTR遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率を解析すること;
(3)(1)で測定された乳癌マーカーの値を(2)で解析されたメチル化率で補正して、乳癌マーカーの補正値を計算すること;および
(4)(3)で補正された乳癌マーカーの補正値に基づいて、乳癌に対する薬物療法の効果を予測すること。
乳癌マーカーの補正値=(ヒト被験体由来サンプルにおいて測定された乳癌マーカーの値)/(ヒト被験体由来サンプル中の乳癌細胞存在率)
本発明はまた、乳癌の判定方法を提供する。
(1)ヒト被験体由来サンプルにおいて、以下:
(a)SIM1遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(b)CCDC181遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(c)CFTR遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率を解析すること;および
(2)(1)で解析されたメチル化率に基づいて、乳癌の罹患可能性を評価すること。
本発明はまた、乳癌細胞存在率の推定用試薬を提供する。
(a)SIM1遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(b)CCDC181遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(c)CFTR遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率の解析手段を含む。
(a)SIM1遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(b)CCDC181遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(c)CFTR遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率の解析手段を含む。
(1)以下:
(a)SIM1遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(b)CCDC181遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;
(c)CFTR遺伝子のCpGサイト中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率解析手段;および
(2)乳癌マーカーの測定手段。
1-1.生体由来サンプル
乳癌患者由来サンプルとして、195検体の乳癌組織サンプルを195人の乳癌患者から取得した。各患者の乳癌組織サンプルは、乳癌と診断された患者から針生検により収集した。サンプルを、PAX遺伝子組織システム(Qiagen,ヒルデン,ドイツ)を用いて固定し、低融点パラフィン中に埋包した。10枚の10μm薄切切片を作成し、DNAを抽出した。同時に、サンプルの顕微鏡検査を実施し、癌細胞画分を決定した。上記の195検体のうち、HER2陽性型乳癌患者由来検体61検体については、トラスツズマブに対する治療応答を決定し、サンプル中に癌細胞が残存しない状態を、病理学的完全奏効(pCR)、それ以外を非完全奏功(Non-pCR)と定義した。さらに、61個のサンプルのうち10個のサンプルを、レーザー捕捉マイクロダイセクション(LCM)により癌細胞および非癌細胞に分離した。
培養乳癌細胞株サンプルとして、全体で20個の乳癌細胞株(BT-474、SK-BR-3、MDA-MB-453、HCC38、MDA-MB-231、T-47D、Hs 578T、MCF7、UACC-3199、ZR-75-1、BT-20、MDA-MB-436、HCC1937、MDA-MB-468、HCC1428、BT-549、AU565、HCC1395、MDA-MB-157、およびHCC1954)を、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクションから購入した(ロックビル,MD)。
培養通常細胞株サンプルとして、ヒト乳房上皮細胞(HMECs)を、Cambrex(イーストラザフォード,NL)から購入した。
2-1.DNAメチル化レベルの測定方法
ゲノム特異的DNAメチル化レベルは、バイサルファイト・パイロシーケンシングにより解析した。バイサルファイト・パイロシーケンシングは、具体的には、以下の手順により行った。ゲノムDNAをBamHIで消化し、1μgのBamHI消化ゲノムDNAを、既報(Yamashita S, Takahashi S, McDonell N, Watanabe N, Niwa T, Hosoya K et al. Methylation silencing of transforming growth factor-beta receptor type II in rat prostate cancers. Cancer research. 2008;68(7):2112-21)のとおりバイサルファイト修飾に供した。バイサルファイト修飾DNAを40μlのTE緩衝液中に懸濁し、1μlのアリコートを、既報(Yoshida T, Yamashita S, Takamura-Enya T, Niwa T, Ando T, Enomoto S et al. Alu and Satalpha hypomethylation in Helicobacter pylori-infected gastric mucosae. International journal of cancer. 2011;128(1):33-9)のとおりバイサルファイトシーケンシングに供した。標的ゲノム領域を、ビオチニル化プライマーにより増幅した。ビオチン標識PCR産物を、0.2μMパイロシーケンシング・プライマーに対してアニールさせ、バイロシーケンシングを、PSQ 96パイロシーケンシング・システム(QIAGEN,バレンシア,CA,USA)を用いて行った。メチル化レベルは、PSQアッセイ・デザイン・ソフトウェア(QIAGEN)を用いて取得した。
2-2-1.画分マーカーのスクリーニング
常染色体および性染色体中の477,344のCpGサイトより、1-2で調製した培養通常細胞株(非癌細胞)でメチル化率が低く、培養乳癌細胞株でメチル化率の高いCpGサイトを探索し、3つのCpGサイトを画分マーカーとして見出した。各CpGサイトの詳細を表1に示す。
画分マーカーの乳癌評価の正確性を判定するために、HER2陽性型乳癌サンプル51検体(CFTRについては33検体)について、各画分マーカー(SIM1、CCDC181、およびCFTR)、およびこれらの組み合わせにより評価される癌細胞画分と、顕微鏡検査により評価された癌細胞含有率との間の相関を判定した。画分マーカーを組み合わせる場合は、3つのマーカーの最高メチル化率を採用した。結果を図1~3に示す。画分マーカーにより評価された癌細胞画分および病理による癌細胞含有率の間で有意な相関を確認した(R=0.38~0.77)。したがって、これらの画分マーカーは、乳癌細胞画分を評価することができるマーカーであると考えられた。
3-1.乳癌マーカーの値の測定
上記1-1でpCRとNon-pCRを判定したHER2陽性型乳癌サンプル61検体について、HSD17B4遺伝子のメチル化レベルを測定した。HSD17B4メチル化レベルは、上記2-1にしたがってバイサルファイト・パイロシーケンシングにより測定した(非特許文献3参照)。
上記3-1で測定したHSD17B4のメチル化レベルを、画分マーカーにより、または顕微鏡検査により評価された乳癌細胞画分により、以下のとおり補正した:[補正HSD17B4メチル化レベル=100×(HSD17B4メチル化レベル)/(癌細胞画分)]。
相関解析は、ピアソンの積率相関係数を用いて行った。トラスツズマブ応答者(pCR)と非応答者(Non-pCR)との間のHSD17B4の補正メチル化レベルにおける差異を、マン-ホイットニーU検定により評価した。全ての解析は、PASW統計バージョン18.0(SPSS Japan Inc.,東京,日本)を用いて行い、両側p値<0.05を、統計学的に有意とみなした。
癌細胞画分を評価することにより癌細胞がHSD17B4メチル化レベルをどの程度補正できるか評価した。メチル化の生データに基づくと、pCRおよびNon-pCR試料間において、HSD17B4メチル化レベルにおいて如何なる有意な差異も認められなかった(p=0.245)(図4)。対照的に、補正後では、メチル化レベルは、Non-pCR試料よりもpCR試料において有意により高かった(顕微鏡検査:p=0.0001;画分マーカー:p=0.0004)。pCRを予測する感度および特異性(表2)に関しては、補正前はそれぞれ13.6%および94.9%であった。DNAメチル化マーカーによる補正後の感度および特異性(59.1%および84.6%)は、顕微鏡検査により補正されたもの(59.1%および87.2%)と同等であった。表2において、HSD17B4メチル化レベルを既報(前述のFujii S et al.)に基づくカットオフ値(50%)を用いて高レベルおよび低レベルに分類した。pCRは、病理学的完全奏効を示す。
1-1でpCR/Non-pCR判定を行った61検体を除く、134検体の乳癌サンプル(HER2陽性型、ルミナルA型、ルミナルB型、およびトリプルネガティブ型)について、非癌細胞も混入した状態で画分マーカー(SIM1、CCDC181、およびCFTR)メチル化率を測定した。メチル化率20%をカットオフとして、3つのマーカーのいずれかがカットオフ以上のメチル化率を示した検体を「陽性」と判定した。結果を表3に示す。表3中、HER2はHER2陽性型、TNBCはトリプルネガティブ型を表す。
配列番号2は、CCDC181遺伝子のメチル化レベル測定CpGサイト(1000および1001番目のヌクレオチド残基)前後1000bpのゲノム領域の塩基配列を示す。
配列番号3は、CFTR遺伝子のメチル化レベル測定CpGサイト(1001および1002番目のヌクレオチド残基)前後1000bpのゲノム領域の塩基配列を示す。
配列番号4~6はそれぞれ、SIM1遺伝子のCpGサイトのメチル化レベル測定用フォワードプライマー、リバースプライマー、およびシークエンシングプライマーの塩基配列を示す。
配列番号7~9はそれぞれ、CCDC181遺伝子のCpGサイトのメチル化レベル測定用フォワードプライマー、リバースプライマー、およびシークエンシングプライマーの塩基配列を示す。
配列番号10~12はそれぞれ、CFTR遺伝子のCpGサイトのメチル化レベル測定用フォワードプライマー、リバースプライマー、およびシークエンシングプライマーの塩基配列を示す。
Claims (5)
- 以下(1)および(2)を含む、乳癌細胞存在率の推定方法:
(1)ヒト被験体由来サンプルにおいて、以下:
(a)配列番号1のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(b)配列番号2のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(c)配列番号3のヌクレオチド配列における1001番目と1002番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率を解析すること;および
(2)(1)で解析されたメチル化率に基づいて、ヒト被験体由来サンプル中の乳癌細胞存在率を推定すること。 - 解析が、亜硫酸水素塩、1以上のプライマー、1以上の核酸プローブ、制限酵素、抗メチル化シトシン抗体、およびナノポアからなる群より選ばれる1または2以上の手段を用いて行われる、請求項1に記載の方法。
- 解析が、バイサルファイトシーケンシング法、バイサルファイト・パイロシーケンシング法、メチル化特異的PCR法、制限酵素ランドマーク・ゲノム・スキャニング(RLGS)法、単一ヌクレオチド・プライマー伸長(SNuPE)法、CpGアイランド・マイクロアレイ法、メチライト法、COBRA法、質量分析(マスアレイ)法、メチル化特異的制限酵素の使用、高解像度融解解析(HRM)法、ナノポア解析法、ICONプローブ法、メチル化特異的MLPA法、またはイムノアッセイにより行われる、請求項1または2に記載の方法。
- 以下(1)~(4)を含む、乳癌に対する薬物療法の効果の予測を補助する方法:
(1)ヒト被験体由来サンプルにおいて、乳癌マーカーの値を測定すること;
(2)ヒト被験体由来サンプルにおいて、以下:
(a)配列番号1のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(b)配列番号2のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(c)配列番号3のヌクレオチド配列における1001番目と1002番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率を解析すること;
(3)(1)で測定された乳癌マーカーの値を(2)で解析されたメチル化率で補正して、乳癌マーカーの補正値を計算すること;および
(4)(3)で補正された乳癌マーカーの補正値に基づいて、乳癌に対する薬物療法の効果の予測を補助すること。 - 以下(1)および(2)を含む、乳癌の判定を補助する方法:
(1)ヒト被験体由来サンプルにおいて、以下:
(a)配列番号1のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(b)配列番号2のヌクレオチド配列における1000番目と1001番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;
(c)配列番号3のヌクレオチド配列における1001番目と1002番目のヌクレオチドからなるCG部分中のシトシン残基;または
(d)これらの組合せ
のメチル化率を解析すること;および
(2)(1)で解析されたメチル化率に基づいて、乳癌の罹患可能性の評価を補助すること。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2018171850 | 2018-09-13 | ||
JP2018171850 | 2018-09-13 | ||
PCT/JP2019/035774 WO2020054782A1 (ja) | 2018-09-13 | 2019-09-11 | 乳癌細胞存在率の推定方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2020054782A1 JPWO2020054782A1 (ja) | 2021-12-02 |
JP7398712B2 true JP7398712B2 (ja) | 2023-12-15 |
Family
ID=69778441
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020546062A Active JP7398712B2 (ja) | 2018-09-13 | 2019-09-11 | 乳癌細胞存在率の推定方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20210285057A1 (ja) |
EP (1) | EP3851543A4 (ja) |
JP (1) | JP7398712B2 (ja) |
CN (1) | CN112673114A (ja) |
WO (1) | WO2020054782A1 (ja) |
Families Citing this family (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN114984027A (zh) * | 2022-04-24 | 2022-09-02 | 浙江大学智能创新药物研究院 | 柴胡皂苷a在制备减轻egfr抑制剂毒副作用的药物中的应用 |
WO2024073730A2 (en) * | 2022-09-29 | 2024-04-04 | The University Of Chicago | Methods and systems for rna sequencing and analysis |
CN117538544A (zh) * | 2023-11-22 | 2024-02-09 | 湛江中心人民医院 | 检测基因Ccdc181表达量的试剂在制备精子异常诊断产品中的应用 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013509872A (ja) | 2009-11-05 | 2013-03-21 | ゲノミクトリー インコーポレーテッド | 腸癌診断のための腸癌特異的メチル化マーカー遺伝子のメチル化検出方法 |
JP2014505475A (ja) | 2011-01-20 | 2014-03-06 | ユニヴェルシテ リブル ドゥ ブリュッセル | ヒトの乳癌のエピジェネティックな肖像 |
WO2016083360A1 (en) | 2014-11-25 | 2016-06-02 | Ait Austrian Institute Of Technology Gmbh | Diagnosis of lung cancer |
Family Cites Families (10)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2474629B1 (en) | 2007-02-21 | 2015-04-22 | Oslo Universitetssykehus HF | New markers for cancer |
WO2009136501A1 (ja) | 2008-05-07 | 2009-11-12 | 北海道公立大学法人札幌医科大学 | 癌の検出方法および検出用キット、ならびに癌治療剤 |
JP2012090555A (ja) | 2010-10-26 | 2012-05-17 | Sapporo Medical Univ | Rasgrf1の定量的メチル化測定を用いた発癌リスク予測 |
JP2012230019A (ja) | 2011-04-27 | 2012-11-22 | National Institute Of Advanced Industrial & Technology | メチル化核酸検出法 |
US20150011396A1 (en) * | 2012-07-09 | 2015-01-08 | Benjamin G. Schroeder | Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing |
JP6451632B2 (ja) | 2013-08-21 | 2019-01-16 | 富士レビオ株式会社 | 異種核酸プローブを用いた修飾核酸塩基の測定方法およびキット |
JP6451633B2 (ja) | 2013-08-21 | 2019-01-16 | 富士レビオ株式会社 | 固相プローブを用いた修飾核酸塩基の測定方法およびそのキット |
US20160202249A1 (en) | 2013-08-21 | 2016-07-14 | Fujirebio Inc. | Method for measuring modified nucleobase using absorbent polynucleotide and kit for same |
CN107075505A (zh) | 2014-09-29 | 2017-08-18 | 富士瑞必欧株式会社 | 含有修饰核酸碱基的靶核酸的测定方法及试剂盒 |
JP6876304B2 (ja) * | 2016-06-10 | 2021-05-26 | 国立研究開発法人国立がん研究センター | 癌に対する薬物療法の効果の予測方法 |
-
2019
- 2019-09-11 CN CN201980059667.XA patent/CN112673114A/zh active Pending
- 2019-09-11 WO PCT/JP2019/035774 patent/WO2020054782A1/ja active Application Filing
- 2019-09-11 JP JP2020546062A patent/JP7398712B2/ja active Active
- 2019-09-11 US US17/275,871 patent/US20210285057A1/en active Pending
- 2019-09-11 EP EP19860288.0A patent/EP3851543A4/en not_active Withdrawn
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013509872A (ja) | 2009-11-05 | 2013-03-21 | ゲノミクトリー インコーポレーテッド | 腸癌診断のための腸癌特異的メチル化マーカー遺伝子のメチル化検出方法 |
JP2014505475A (ja) | 2011-01-20 | 2014-03-06 | ユニヴェルシテ リブル ドゥ ブリュッセル | ヒトの乳癌のエピジェネティックな肖像 |
WO2016083360A1 (en) | 2014-11-25 | 2016-06-02 | Ait Austrian Institute Of Technology Gmbh | Diagnosis of lung cancer |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
DEDEURWAERDER, Sarah,DNA methylation profiling reveals a predominant immune component in breast cancers,EMBO Mol. Med.,2011年,vol.3,p.726-741 |
DING, Sheng et al.,Methylation profile of the promoter CpG islands of 14 "drug-resistance" genes in hepatocellular carc,World J Gastroenterol,2004年,vol.10, no.23,p.3433-3440 |
MIYAMOTO, Kazuaki et al.,Identification of 20 genes aberrantly methylated in human breast cancers,Int. J. Cancer,2005年,vol.116,p.407-414 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JPWO2020054782A1 (ja) | 2021-12-02 |
EP3851543A4 (en) | 2023-01-04 |
WO2020054782A1 (ja) | 2020-03-19 |
US20210285057A1 (en) | 2021-09-16 |
CN112673114A (zh) | 2021-04-16 |
EP3851543A1 (en) | 2021-07-21 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11143657B2 (en) | Topographic genotyping for determining the diagnosis, malignant potential, and biologic behavior of pancreatic cysts and related conditions | |
Li et al. | EGFR mutations in lung adenocarcinomas: clinical testing experience and relationship to EGFR gene copy number and immunohistochemical expression | |
Fleischmann et al. | Her2 amplification is significantly more frequent in lymph node metastases from urothelial bladder cancer than in the primary tumours | |
DK2456889T3 (en) | Markers of endometrial cancer | |
JP7398712B2 (ja) | 乳癌細胞存在率の推定方法 | |
JP2016047044A (ja) | Bcl−2ファミリー阻害剤耐性腫瘍及び癌を有する被験者を同定、分類及びモニターするための方法及び組成物 | |
JP2011515109A (ja) | FISH法を用いた循環腫瘍細胞中のIGF1R/Chr15を検出するための方法 | |
WO2006062118A1 (ja) | 甲状腺乳頭癌の予後を予測するための新規のマーカー | |
Kim et al. | In situ analysis of HER2 mRNA in gastric carcinoma: comparison with fluorescence in situ hybridization, dual-color silver in situ hybridization, and immunohistochemistry | |
US20120277110A1 (en) | Parp and adjuvant cisplatin-based chemotherapy in non-small-cell lung cancer | |
US20120004136A1 (en) | Msh2 and adjuvant cisplatin-based chemotherapy in non-small-cell lung cancer | |
JP5858405B2 (ja) | 肺腺がんの予後予測方法、および、肺腺がんの検出キット | |
JP6551967B2 (ja) | 肝細胞がんの転移性再発リスクの予測方法 | |
EP3368684B1 (en) | Biomarker for breast cancer | |
CN109642257B (zh) | 药物疗法对癌的效果的预测方法 | |
JP2012085556A (ja) | 乳がんの診断方法 | |
JP2012085555A (ja) | 乳がん診断用マーカー | |
JP2012085554A (ja) | 乳がんのサブタイプの判別方法 | |
WO2017119510A1 (ja) | 乳がんの診断のための検査方法、遺伝子マーカー、および検査薬 | |
JP6820014B2 (ja) | 子宮体がんのリンパ節転移能の評価方法 | |
JP2015177745A (ja) | 肺癌の検査方法 | |
US20090011423A1 (en) | Genes for prognosis of cancer | |
Li et al. | Correlation of HER2 Protein Level With mRNA Level Quantified by RNAscope in Breast Cancer | |
JPWO2015105191A1 (ja) | リンパ節腫脹病変の評価方法 | |
Evans | MOLECULAR DIAGNOSIS |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
AA64 | Notification of invalidation of claim of internal priority (with term) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A241764 Effective date: 20210615 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210629 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20220728 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230808 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20231010 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20231018 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20231031 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20231124 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7398712 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313117 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |