JP6551967B2 - 肝細胞がんの転移性再発リスクの予測方法 - Google Patents
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Description
(1)被検者から採取した生体試料中のTM4SF19遺伝子、HILPDA遺伝子、KISS1遺伝子、PAPPA遺伝子又はRAB27B遺伝子のmRNAの発現量、又は前記mRNAがコードするタンパク質の発現量を指標として、肝細胞がんの転移性再発リスクを予測する方法。
(2)生体試料が、肝組織であることを特徴とする上記(1)記載の方法。
(3)上記(1)又は(2)記載の方法に用いるためのキットであって、被検者から採取した生体試料中のTM4SF19遺伝子、HILPDA遺伝子、KISS1遺伝子、PAPPA遺伝子又はRAB27B遺伝子のmRNAの発現量を検出するためのプライマー対若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えることを特徴とするキット。
(4)上記(1)又は(2)記載の方法に用いるためのキットであって、被検者から採取した生体試料中のTM4SF19遺伝子、HILPDA遺伝子、KISS1遺伝子、PAPPA遺伝子又はRAB27B遺伝子のmRNAがコードするタンパク質に特異的に結合する抗体、又はこれらの標識物を備えることを特徴とするキット。
転移に関わるがん幹細胞様細胞を誘導するために、まずはHCC由来細胞株から浮遊細胞塊を調製した。
SK−HEP−1を培養して浮遊細胞塊を作製するための無血清培地として、以下の成分A、B、及びCからなるものを作製した。
(1)成分A
DMEM/F12(シグマ−アルドリッチ社製社製) 86mL
1M Hepes(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid) 900μl
Antibiotic/antimycotic liquid(100倍濃度) 900μl
30%グルコース 1.7ml
(2)成分B
DMEM/F12培地(シグマ−アルドリッチ社製) 8.6ml
30%グルコース(シグマ−アルドリッチ社製) 200μl
トランスフェリン(シグマ−アルドリッチ社製) 10mg+H2O 200μl
インスリン(シグマ−アルドリッチ社製)2.5mg+0.1N HCl 100μl(先にインスリンを溶解)+H2O 900μl(溶解後に加える) 計1ml
プトレシン(Alexis Biochemicals社製) 19.33mg
0.3mM 亜セレン酸ナトリウム(シグマ−アルドリッチ社製) 10μl
2mM プロゲステロン(シグマ−アルドリッチ社製) 1μl
(3)成分C
200μg/ml ヒトEGF(シグマ−アルドリッチ社製) 10μl
4μg/ml Basic FGF(和光純薬工業社製) 500μl
1mg/ml ヘパリン(シグマ−アルドリッチ社製) 200μl
10μg/ml LIF(ケミコン社製) 100μl
NSF−1(50倍濃度)(カンブレックス社製) 2ml(最終濃度;2%[w/v])
60mg/ml N−アセチルシステイン(N-acetylcysteine)(シグマ−アルドリッチ社製) 100μl
SK−HEP−1細胞株の生細胞数をトリパンブルー染色より計測し、1.0x105個/mlとなるように上記で作製した無血清培地に懸濁した後、ベントキャップタイプフラスコ(BDファルコン社製)、又は超低接着表面フラスコ カントネック ベントキャップ(Corning社製)に播種し、37℃、5%CO2条件下で培養した。培養後7日目には、SK−HEP−1細胞株由来の浮遊細胞塊を形成した。SK−HEP−1細胞株、及び形成したSK−HEP−1細胞株由来の浮遊細胞塊(SK−sphere)を図1に示す。
(SK−HEP−1細胞株とSK−HEP−1細胞株由来の浮遊細胞塊におけるmRNA発現解析)
DNAチップ法により、SK−HEP−1細胞株とSK−HEP−1細胞株由来の浮遊細胞塊のmRNA発現量を調べて比較した。
摘除手術後2年以上肝内無再発HCC患者(without IHR)及び摘除手術後1年以内肝内再発HCC患者(with IHR)からの摘除標本におけるがん部肝組織、及び非がん部肝組織(non-Tumor)(それぞれn=5)から、TRIzol Reagent(Life Technologies社製)とPureLink Micro-to-Midi Total RNA Purification Kit(Life Technologies社製)を用いて全RNAの抽出・精製及びcDNA合成を行い、DNA Labeling Kits(Roche Applied Science社製)を用いてCy3で上記cDNAを蛍光標識した後、かかるcDNAをHuman Gene Expression 4x72K Arrays(Roche Diagnostics社製)にハイブリダイズさせた。ハイブリダイゼーションは、Hybridization Kits(Roche Applied Science社製)及びNimbleGen Hybridization Systems(Roche Applied Science社製)を用いて42℃にて16時間の条件下で行った。蛍光シグナルのスキャニングは、GenePix 4000B(Molecular Devices社製)を用いて行い、取得した蛍光シグナルの画像解析は、NimbleScan Software(Roche Applied Science社製)を用いて行った。その後の統計学的解析は、GeneSpring GX(アジレント・テクノロジー社製)を用いて行った。
(SK−HEP−1細胞株とSK−HEP−1細胞株由来の浮遊細胞塊におけるmRNA発現解析)
上述のKISS1遺伝子、TM4SF19遺伝子、PAPPA遺伝子、又はHILPDA遺伝子の4種類について、定量PCRによりSK−HEP−1細胞株とSK−HEP−1細胞株由来の浮遊細胞塊のmRNA発現を調べて比較した。まず、SK−HEP−1細胞株とSK−HEP−1細胞株由来の浮遊細胞塊を用いて、miRNeasy(QIAGEN社製)を用いて全RNAを抽出・精製し、さらにPrimeScript RT reagent Kit(TaKaRa Bio社製)を用いてcDNAを合成した。合成したcDNAを鋳型として、LightCycler 480 Probe Master(Roche Diagnostics社製)、Universal ProbeLibrary(Roche Diagnostics社製)、及びLightCycler480 System II(Roche Diagnostics社製)を用いて定量PCRを行った。結果を図3に示す。図3において、縦軸の各mRNAの発現量(mRNA level)はGAPDH及びPGK1を参照遺伝子として標準化した後に、SK−HEP−1細胞株からの発現量を基準(1.0)とした相対値である。
摘除手術後2年以上肝内無再発HCC患者(without IHR)及び摘除手術後1年以内肝内再発HCC患者(with IHR)からの摘除標本において、それぞれ摘除した非がん部肝組織(non-Tumor)及びがん部肝組織(Tumor)(それぞれn=6)から全RNAを抽出・精製し、上記と同様の方法で定量PCRを行ってKISS1遺伝子、TM4SF19遺伝子、又はHILPDA遺伝子のmRNAの発現量を測定した。結果を図4に示す。図4において、縦軸はGAPDH及びPGK1を参照遺伝子として標準化した後に、非がん部肝組織12例の平均値を基準(1.0)とした相対値である。また、カラムの中の太線は中央値であり、fold chargeは平均値を用いて示している。
高分化型HCC(HCC(G1))患者、中分化型HCC(HCC(G2))患者、低分化型HCC(HCC(G3))患者の摘除標本における非がん部肝組織(non-Tumor)及びがん部肝組織(G1,G2,G3)から全RNAを抽出・精製し、上記と同様の方法で定量PCRを行ってKISS1遺伝子、TM4SF19遺伝子のmRNAの発現量を測定した。結果を図5に示す。図5において、縦軸はGAPDH及びPGK1を参照遺伝子として標準化した後に、非がん部肝組織12例の平均値を基準(1.0)とした相対値である。また、カラムの中の太線は中央値である。
iTRAQ標識2D−LC−MS/MS解析により、SK−HEP−1細胞株とSK−HEP−1細胞株由来の浮遊細胞塊のタンパク質発現量を調べて比較した。
摘除手術後2年以上肝内無再発HCC患者(without IHR)及び摘除手術後1年以内肝内再発HCC患者(with IHR)からの摘除標本において、それぞれ摘除した非がん部肝組織(non-Tumor)及びがん部肝組織(Tumor)(それぞれn=6)から全RNAを抽出・精製し、実施例3と同様の方法で定量PCRを行ってRAB27B遺伝子のmRNAの発現量を測定した。結果を図6に示す。図6において、縦軸はGAPDH及びPGK1を参照遺伝子として標準化した後に、非がん部肝組織12例の平均値を基準(1.0)とした相対値である。また、カラムの中の太線は中央値であり、fold chargeは平均値を用いて示している。
Claims (2)
- 被検者から採取した生体試料中のTM4SF19遺伝子のmRNAの発現量、又は前記mRNAがコードするタンパク質の発現量を指標として、肝細胞がんの転移性再発リスクを予測する方法。
- 生体試料が、肝組織であることを特徴とする請求項1記載の方法。
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