ES2344074T3 - Secuencias de adn con actividad anti-represora. - Google Patents
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Abstract
Una secuencia de ADN aislada y/o recombinante que tiene actividad anti-represora, seleccionada dicha secuencia del grupo que consiste en: (a) el SEQ ID: 45 de la Figura 20; (b) un fragmento del SEQ ID: 45 de la Figura 20; (c) una secuencia derivada del SEQ ID: 45 de la Figura 20 por deleción inserción y/o mutación de una o más bases; donde la actividad anti-represora de dicha secuencia confiere a una célula de osteosarcoma U-2 OS humana la capacidad para crecer después de 4-5 semanas de cultivo en presencia de 250 μg/ml de Zeocina y 0,1 ng/ml de doxiciclina, cuando dicha célula comprende una proteína de fusión represora de LexA que contiene el dominio de unión a ADN de LexA y una región codificadora de HP1 o HPC2 bajo el control del sistema regulador de la transcripción Tet-Off, cuando dicha secuencia de ADN aislada y/o recombinante es clonada en una secuencia poliligadora en un plásmido, estando situado dicho poliligador entre cuatro sitios operadores de LexA y el promotor de SV40 que controla el gen de resistencia a zeocina, cuando el plásmido está presente en dicha célula.
Description
Secuencias de ADN con actividad
anti-represora.
La invención hace referencia a los campos de la
medicina y la biología celular. La invención en particular hace
referencia a los medios y métodos para la regulación de la
transcripción génica. Adicionalmente la invención hace referencia a
los medios y métodos para determinar si una secuencia de ADN
comprende una cualidad moduladora de la transcripción génica y/o una
cualidad represora de la transcripción génica.
Con el progreso de los diversos proyectos
genoma, se han vuelto asequibles las secuencias de los genomas
completos de los organismos. La avalancha de datos ha incrementado
el interés de muchos investigadores. Uno de los descubrimientos más
notables fue la observación de que el genoma humano no codifica
significativamente más genes que el genoma de organismos simples
como la mosca de la fruta. El enfoque de muchos investigadores se
está desplazando ahora de la identificación de los genes a la
determinación de la expresión génica y la función génica. Los
ejemplos de tales tecnologías son las micromatrices de ADN, las
aplicaciones genómicas funcionales y la proteinómica. Estas
tecnologías tienen en común que están centradas en la función y
expresión de secuencias codificadoras. No obstante, si bien nuestro
conocimiento de los genes aumenta espectacularmente, la comprensión
de cómo está regulada la expresión de los genes está limitando la
capacidad de aplicar este conocimiento rápidamente creciente. Este
es por ejemplo el caso en la generación de plantas y animales
transgénicos y en la terapia génica humana. En estas aplicaciones el
ácido nucleico foráneo es introducido típicamente en células para
obtener la expresión de las secuencias codificadoras. A menudo la
integración del ácido nucleico foráneo en el genoma de la célula es
requerida para el funcionamiento prolongado de las secuencias
introducidas. No obstante, la integración de secuencias en el genoma
conduce a la imprevisibilidad de la expresión debido a que el ADN
circundante influye en la transcripción de las secuencias
integradas. Esta imprevisibilidad es debida en parte al hecho de que
las secuencias introducidas no pueden ser proporcionadas todavía con
la suficiente información genética para aislar funcionalmente las
secuencias integradas de los efectos que influyen en la
transcripción del ADN circundante. Por otra parte esto es debido al
hecho de que no se sabe suficiente sobre los efectos que influyen en
la transcripción del ADN circundante.
La presente invención tiene que ver con las
secuencias de ADN que comprenden la capacidad de influir en la
transcripción de los genes en cis. Típicamente, aunque no
necesariamente, las secuencias investigadas no codifican por sí
mismas una proteína funcional. Diversas secuencias de elementos de
secuencia no codifican por sí mismas una proteína funcional. Se han
identificado diversos elementos de secuencia con la capacidad de
afectar a la transcripción génica en cis. Estos elementos se
extienden desde promotores, intensificadores, y silenciadores de
elementos limítrofes y regiones de anclaje a la matriz.
El hecho de que se hayan descubierto tantos
tipos diferentes de secuencias reguladoras da la impresión de que es
muy fácil diseñar casetes de expresión eficaces. No obstante, más
bien es al contrario. El diseño de casetes de expresión todavía está
dirigido a menudo por el ensayo y error. Bastante a menudo es
posible obtener alguna clase de expresión de un gen foráneo en una
célula diana o en su progenie. No obstante, muy a menudo es difícil
prever con cualquier clase de exactitud el nivel de expresión o la
persistencia de la expresión que una casete de expresión puede
presentar en una célula diana.
Un método para detectar, y opcionalmente
seleccionar, una secuencia de ADN con una cualidad moduladora de la
transcripción génica, comprende proporcionar un sistema de
transcripción con una variedad de vectores que comprenden
fragmentos, comprendiendo dichos vectores i) un elemento con una
cualidad represora de la transcripción génica, y ii) un promotor que
dirija la transcripción de un gen informador, comprendiendo el
método adicionalmente realizar una etapa de selección en dicho
sistema de transcripción con el fin de identificar dicha secuencia
de ADN con dicha cualidad moduladora de la transcripción génica.
Dichos fragmentos pueden estar localizados entre i) dicho elemento
con una cualidad represora de la transcripción génica, y ii) dicho
promotor que dirige la transcripción de dicho gen informador. La ARN
polimerasa inicia el proceso de transcripción tras la unión a una
secuencia especifica, denominada promotor, que señala dónde debe
comenzar la síntesis de ARN. Una cualidad moduladora puede
intensificar la transcripción a partir de dicho promotor en
cis, en un tipo de célula dado y/o un promotor dado. La misma
secuencia de ADN puede comprender una cualidad intensificadora en un
tipo de célula o con un tipo de promotor, mientras puede comprender
o no otra cualidad moduladora de la transcripción génica en otro
tipo de célula o con otro tipo de promotor. La transcripción puede
estar influenciada por un efecto directo del elemento regulador (o
la proteína o las proteínas que se unen a él) sobre la transcripción
de un promotor concreto. No obstante, la trascripción puede estar
influenciada por un efecto indirecto, por ejemplo porque el elemento
regulador afecta a la función de uno o más elementos reguladores
distintos. La cualidad moduladora de la transcripción génica también
puede comprender una cualidad de la transcripción génica estable.
Con estable se quiere significar que el nivel de transcripción
observado no cambia significativamente a lo largo de al menos 30
divisiones celulares. Una cualidad estable es útil en situaciones en
las que las características de expresión deben ser predecibles a lo
largo de muchas divisiones celulares. Los ejemplos típicos son las
líneas celulares transfectadas con genes foráneos. Otros ejemplos
son los animales y plantas transgénicos y las terapias génicas. Muy
a menudo, las casetes de expresión introducidas funcionan de manera
diferente al cabo de un número creciente de divisiones celulares o
generaciones de plantas o animales. En una realización preferida una
cualidad estable comprende la capacidad de mantener la transcripción
génica en generaciones posteriores de una planta o animal
transgénico. Por supuesto en el caso de que la expresión sea
inducible, dicha cualidad comprende la cualidad de mantener la
inducibilidad de la expresión en generaciones posteriores de una
planta o animal transgénico. Frecuentemente, los niveles de
expresión caen espectacularmente con el número creciente de
divisiones celulares. Con un método descrito en el presente
documento es posible detectar y opcionalmente seleccionar una
secuencia de ADN que sea capaz de prevenir al menos en parte la
espectacular caída en los niveles de transcripción con números
crecientes de divisiones celulares. Dicha cualidad moduladora de la
transcripción génica puede comprender una cualidad de transcripción
génica estable. Sorprendentemente, los fragmentos que comprenden una
secuencia de ADN con dicha cualidad de transcripción génica estable
pueden ser detectados y opcionalmente seleccionados con un método
descrito en el presente documento, a pesar del hecho de que dicho
método no mide necesariamente la estabilidad a largo plazo de la
transcripción. En una realización preferida de la invención dicha
cualidad moduladora de la transcripción comprende una cualidad
intensificadora de la transcripción génica estable. Se ha observado
que la incorporación de una secuencia de ADN a un vector de
expresión con un gen de interés, produce un nivel superior de
transcripción de dicho gen de interés, tras la integración del
vector de expresión al genoma de una célula y por otra parte que
dicha expresión génica superior también es más estable que en
ausencia de dicha secuencia de ADN con una cualidad moduladora de la
transcripción génica.
En experimentos diseñados para introducir un gen
de interés en el genoma de una célula y para obtener la expresión de
dicho gen de interés, se ha observado lo siguiente. Si junto con
dicho gen de interés también se había introducido una secuencia de
ADN con una cualidad moduladora de la transcripción génica, se
podían detectar más clones que expresaban más de una cierta cantidad
de producto génico de dicho gen de interés, que cuando dicha
secuencia no era introducida junto con dicho gen de interés. De este
modo la presente invención también proporciona un método para
incrementar el número de células que expresan más de cierto nivel de
un producto génico de un gen de interés tras proporcionar dicho gen
de interés al genoma de dichas células, que comprende proporcionar a
dicha célula una secuencia de ADN que comprende una cualidad
moduladora de la transcripción génica junto con dicho gen de
interés.
interés.
Las oportunidades de detectar un fragmento con
una cualidad moduladora de la transcripción génica varían con la
fuente de la cual derivan los fragmentos. Típicamente, no existe un
conocimiento previo de la presencia o ausencia de fragmentos con
dicha cualidad. En esas situaciones muchos fragmentos no
comprenderán una secuencia de ADN con una cualidad moduladora de la
transcripción génica. En estas situaciones se introduce una etapa de
selección formal para las secuencias de ADN con dicha cualidad. Esto
se realiza por medio de la selección de vectores que comprenden
dicha secuencia basándose en una característica de un producto de
dicho gen informador, que puede ser seleccionado a favor o en
contra. Por ejemplo, dicho producto génico puede inducir
fluorescencia o un depósito de color (v.g. proteína fluorescente
verde y derivados, luciferasa o fosfatasa alcalina) o conferir
resistencia a antibióticos o inducir apoptosis y muerte celular.
Un método como se describe en el presente
documento es particularmente adecuado para detectar y opcionalmente
seleccionar una secuencia de ADN que comprende una cualidad
intensificadora de la transcripción génica. Se ha observado que al
menos alguna de las secuencias de ADN seleccionadas, cuando son
incorporadas a un vector de expresión que comprende un gen de
interés, pueden incrementar espectacularmente la transcripción
génica de dicho gen de interés en una célula huésped incluso cuando
el vector no comprende un elemento con una cualidad represora de la
transcripción génica. Esta cualidad intensificadora de la
transcripción génica es muy útil en las líneas celulares
transfectadas con genes foráneos o en animales y plantas
transgénicos.
Para la presente invención dicho sistema de
transcripción comprende células huésped. El uso de células huésped
garantiza que los fragmentos son detectados y opcionalmente
seleccionados con actividad en las células.
Un elemento con una cualidad represora de la
transcripción génica reprimirá, en el método de la invención la
transcripción de un promotor en el sistema de transcripción
utilizado. Dicha represión no tiene que conducir a niveles de
expresión no detectables. Es importante que la diferencia en los
niveles de expresión en ausencia o presencia de represión sea
detectable y opcionalmente seleccionable. En una realización, la
represión de la transcripción génica en dichos vectores produce
cromatina represora de la transcripción génica. En esta realización
se pueden detectar secuencias de ADN, y opcionalmente seleccionar
que sean capaces, al menos en parte, de contrarrestar la formación
de cromatina represora de la transcripción génica. En un aspecto una
secuencia de ADN capaz de contrarrestar, al menos en parte, la
formación de cromatina represora de la transcripción génica
comprende una cualidad de transcripción génica estable. En una
realización la secuencia de ADN implicada en la represión de la
transcripción génica es una secuencia de ADN que es reconocida por
un complejo proteico y donde dicho sistema de transcripción
comprende dicho complejo. Preferiblemente dicho complejo comprende
una proteína de unión a heterocromatina que comprende HP1, una
proteína del grupo Polycomb (Pc-G), una actividad
histona desacetilasa o MeCP2 (proteína de unión a
metil-CpG). Muchos organismos comprenden una o más
de estas proteínas. Estas proteínas frecuentemente muestran también
actividad en otras especies. Dicho complejo puede por tanto
comprenden también proteínas de dos o más especies. El grupo
mencionado de complejos de proteínas asociadas con cromatina
conocidos es capaz de transmitir la represión de un amplio intervalo
a lo largo de muchos pares de bases. Los complejos también están
implicados en la transferencia estable del estado reprimido de los
genes a las células hijas tras la división celular. Las secuencias
seleccionadas de esta manera son capaces de transmitir la
anti-represión de amplio intervalo a lo largo de
muchos pares de genes (van der Vlag et al., 2000).
El vector utilizado puede ser cualquier vector
que sea adecuado para la clonación de ADN y que pueda ser utilizado
en un sistema de transcripción. Cuando se utilizan células huésped,
se prefiere que el vector sea un vector de replicación episómica. De
esta manera, se evitan los efectos debidos a los sitios de
integración diferentes del vector. Los elementos de ADN que
flanquean el vector en el sitio de integración pueden tener efectos
sobre el nivel de transcripción del promotor y de ese modo imitar
los efectos de los fragmentos que comprenden secuencias de ADN con
una cualidad moduladora de la transcripción génica. En una
realización dicho vector comprende un origen de replicación del
virus de Epstein-Barr (EBV), OriP, y un antígeno
nuclear (EBNA-1). Tales vectores son capaces de
replicar en muchos tipos de células eucarióticas y ensamblarse a la
cromatina en condiciones apropiadas.
Se proporciona una secuencia de ADN que
comprende i) una secuencia de ADN aislada de una planta o
vertebrado, o derivados de los mismos, o ii) una secuencia de ADN
sintético o una construida mediante ingeniería genética, cuya
secuencia de ADN es una secuencia de inhibición de represión que,
por el método descrito en el presente documento, puede ser
detectada, seleccionada y opcionalmente clonada. También se
proporciona una secuencia de ADN que comprende i) una secuencia de
ADN aislada de una planta o vertebrado, o derivados de los mismos, o
ii) una secuencia de ADN sintético o una construida mediante
ingeniería genética, cuya secuencia de ADN es detectada,
seleccionada y opcionalmente clonada por medio del método descrito
en el presente documento. Dicha secuencia de ADN puede comprender
una secuencia como se representa en la Tabla 4 o un homólogo
funcional de la misma. Un homólogo funcional de una secuencia
representada en la Tabla 4 es una secuencia derivada con la
información dada en la Tabla 4. Por ejemplo, una secuencia que puede
ser derivada de una secuencia de la Tabla 4 mediante deleción,
modificación y/o inserción de bases en o de la secuencia enumerada
en la Tabla 4, donde dicha secuencia derivada comprende la misma
actividad en clase, no necesariamente en cantidad, de una secuencia
como se representa en la Tabla 4. Un homólogo funcional es
adicionalmente una secuencia que comprende una parte de dos o más
secuencias representadas en la Tabla 4. Una secuencia de ADN
sintético es una secuencia que no deriva directamente o
indirectamente de una secuencia presente en un organismo. Por
ejemplo una secuencia que comprende una secuencia scs o scs' de
drosophila no es una secuencia sintética, ni siquiera cuando la
secuencia scs o scs' es generada artificialmente.
La presente invención proporciona en particular
una secuencia de ADN aislada y/o recombinante que tiene actividad
antirepresora, dicha secuencia seleccionada de un grupo que consiste
en:
- (a)
- ID SEC.: 45 en la figura 20;
- (b)
- un fragmento de ID SEC.: 45 en la Figura 20;
- (c)
- una secuencia deivada de ID SEC. N°: 45 en la figura 20 por inserción, deleción y/o mutación de una o más bases;
- en la que la actividad antirepresora de dicha secuencia confiere a una célula de osteosarcoma U-2 OS humana la habilidad de crecer después de 4-5 semanas de cultivo en presencia de zeocina 250 \mug/ml y doxiciclina 0,1 ng/ml, cuando dicha célula comprende una proteína de fusión represora de LexA que contiene el dominio de unión a ADN LexA y una región codificante de HP1 o HPC2 bajo control del sistema regulatorio transcripcional Tet-Off, cuando dicha secuencia de ADN aislado y/o recombinante se clona en una secuencia de policlonaje en un plásmido, situándose dicha región de policlonaje entre cuatro sitios operadores LexA y el promotor SV40 que controla el gen de resistencia a zeocina, cuando el plásmido está presente en dicha célula.
\vskip1.000000\baselineskip
En un aspecto la invención se refiere al
conocimiento creciente de la regulación génica de orden superior y a
los medios y métodos para utilizar este conocimiento. Si bien se han
caracterizado elementos, tales como los promotores y los
intensificadores clásicos, que dirigen y regulan la transcripción de
genes individuales, los elementos reguladores de orden superior que
gobiernan las capacidades de la transcripción génica de regiones
cromosómicas completas todavía han recibido poca atención. Gran
parte del conocimiento de los autores de la presente invención
referente a semejantes elementos de orden superior proviene del
estudio de la embriogénesis. Durante la embriogénesis las células
quedan comprometidas en diferentes rutas evolutivas. Una vez
comprometidas, las células raramente cambian su destino, ni siquiera
después de muchas divisiones celulares.
Esta quedando cada vez más claro que la
transmisión estable de los patrones de transcripción génica
específicos del tipo de célula no depende del contexto de un
promotor, sino que en lugar de eso está mediada por cambios en la
estructura del ADN y las proteínas asociadas, denominadas
El molde de cromatina es un complejo altamente
condensado de ADN, histonas, y proteínas no histónicas, que es capaz
de empaquetar el genoma completo en el núcleo y simultáneamente
permitir la transcripción apropiada de los genes específicos. El
cromosoma eucariótico no es un molde uniforme para la activación de
la transcripción génica. Se pueden distinguir diferentes tipos de
cromatina y regiones de cromatina, que afectan de modo diferente a
la transcripción génica. Las llamadas regiones de heterocromatina
identifican estructuras de cromatina "cerradas" mientras la
eucromatina está asociada con una estructura de cromatina
"abierta" más difusa. La región de eucromatina puede ser
sometida a cambios estructurales, dando como resultado estructuras
más o menos condensadas, referidas como heterocromatina y
eucromatina facultativas. Se cree que la formación de eucromatina o
heterocromatina facultativa representa el mecanismo subyacente de la
regulación génica mediada por cromatina, manteniendo los genes en un
estado activo o reprimido, de una manera específica del tipo
célular.
En todos los eucariotas se han identificado
numerosos complejos asociados con cromatina que están implicados en
el mantenimiento de la especificidad del tipo celular, uno de los
cuales es el complejo del grupo Polycomb (PcG). El complejo PcG está
implicado en la represión estable de los genes, en los que se cree
que los cambios en la estructura de la cromatina juegan un
importante papel. De un modo similar, se ha identificado una segunda
clase de proteínas, denominada grupo trithorax (Trg), que
contrarresta la acción de las proteínas PcG. Las proteínas TrG están
implicadas en el mantenimiento de la transcripción génica. Basándose
en sus respectivos modos de acción, las proteínas PcG y TrG
representan por lo tanto un sistema de memoria celular que es
importante para la transmisión heredable de los patrones de
transcripción génica.
Cómo están asociados los complejos de PcG y TrG
con sus genes diana todavía no está claro. Estudios genéticos han
caracterizado secuencias reguladoras que actúan en cis que mantienen
estados transcripcionalmente inactivos de los genes. El silencio
mediado por estas secuencias reguladoras que actúan en cis depende
de la presencia de proteínas PcG funcionales, y por tanto estas
secuencias han sido denominadas elementos de respuesta a PcG (PRE).
Se han identificado secuencias que están implicadas en la represión
de la cromatina mediada por PcG. Sin embargo, todavía no se ha
encontrado (en vertebrados ni en plantas) PRE completos que
comprendan toda la información de la secuencia requerida para mediar
la represión de la cromatina. en vertebrados ni en plantas) no se
han encontrado PRE completos que comprendan toda la información de
la secuencia requerida para mediar la represión de la cromatina.
Un elemento de respuesta al grupo Polycomb es un
elemento que es capaz de reprimir la transcripción de un promotor en
respuesta a la interacción directa y/o indirecta de una o más
proteínas del grupo Polycomb con dicho elemento. Un elemento de
respuesta de tipo grupo Polycomb es un elemento de respuesta al
grupo Polycomb o alternativamente es un elemento capaz de reprimir
la transcripción de un promotor tras la interacción directa y/o
indirecta de una o más proteínas con dicho elemento, donde dichas
una o más proteínas no pertenecen al grupo Polycomb, pero donde como
resultado de dicha represión de la transcripción génica por la
interacción se forma cromatina. Los ejemplos de tales proteínas son
proteínas asociadas con cromatina tales como la proteína
heterocromatina 1 (HPLJL) (Eisenberg et al., 1990). Otra
proteína asociada con la cromatina que reprime la actividad génica
es la proteína de unión a metil-CpG, MeCP2 (Nan
et al., 1997). En una realización preferida un elemento
sensible de tipo grupo polycomb de la invención comprende la
capacidad para reprimir la transcripción de un promotor a lo largo
de grandes distancias, preferiblemente a lo largo de más de 2.000
pares de bases (van der Vlag et al., 2000).
Un gen informador es un gen que codifica un
producto de expresión cuya presencia puede ser detectada
directamente o indirectamente en una célula.
Entre los ejemplos de las secuencias de ADN con
una cualidad moduladora de la transcripción génica se encuentran los
denominados elementos STAR enumerados en las Tablas 1 y 2.
Los métodos como se describen en el presente
documento producen la clonación e identificación de numerosos
elementos que comprenden una actividad moduladora de la
transcripción génica. Semejante elemento puede contener ácido
nucleico irrelevante que no es instrumental en el desempeño de dicha
cualidad, por ejemplo no implicado en la formación de cromatina
represora de la transcripción génica. Las secuencias funcionales de
tales elementos pueden ser delineadas por medio de diversos métodos
conocidos en la técnica. En una realización se realizan deleciones
y/o sustituciones en una secuencia de ADN con una cualidad
moduladora de la transcripción génica. El ADN que es modificado de
tal modo, es sometido a ensayo en cuanto a la actividad. Esto se
puede realizar utilizando un ácido nucleico modificado individual o
generando una colección de ácidos nucleicos de ensayo que comprende
dicho ácido nucleico modificado. La elucidación de las secuencias
funcionales dentro de las secuencias de ADN de la invención permite
la elucidación de las secuencias consenso para los elementos con una
cualidad moduladora de la transcripción génica. Se prevé que se
encontrará más de un tipo de secuencias consenso para un elemento
que comprenda una cualidad moduladora de la transcripción génica.
Puede proporcionarse una genoteca de ácidos nucleicos aislados y/o
recombinantes que comprenden cualidades moduladoras de la
transcripción génica y/o represora de la transcripción génica tales
como elementos de respuesta de tipo grupo polycomb. En una
realización dicha genoteca comprende ácidos nucleicos aislados y/o
recombinantes que comprenden la misma secuencia consenso. En una
realización dicha genoteca comprende más de un tipo de secuencias
consenso. Dicha genoteca puede ser utilizada por ejemplo para
determinar si una molécula de ADN dada comprende una cualidad
moduladora del ADN. En una realización dicha genoteca comprende
esencialmente todos los elementos con una función intensificadora de
la transcripción génica, elementos que comprenden una cualidad de la
transcripción génica estable y/o elementos con una cualidad
represora de la transcripción génica tales como elementos de
respuesta de tipo grupo polycomb, de un cromosoma. Junto con el
conocimiento de la localización de estos elementos en el cromosoma
esto permite a un experto en la técnica generar una predicción de la
regulación de orden superior de la expresión génica de genes
naturalmente presentes en dicho cromosoma y de genes (ácido nucleico
foráneo) introducidos en dicho cromosoma mediante medios
recombinantes. Semejante predicción puede ser utilizada por ejemplo
para seleccionar una localización candidato adecuada en dicho
cromosoma para la inserción de ADN foráneo. Una localización
adecuada puede ser la localización que se espera que sea expresada
específicamente en una cierta célula, tipo celular y/o tejido.
Preferiblemente, dicho cromosoma comprende el cromosoma 21 o el
cromosoma 22. En una realización todas las secuencias de ADN que
comprenden una cualidad moduladora de la transcripción génica o
represora de la transcripción génica en una célula, están en la
genoteca. En esta realización se puede utilizar el genoma completo
para la predicción de una localización candidato adecuada. En una
realización dicha genoteca ha sido generada en diferentes líneas
celulares de especies que oscilan entre plantas y humanos. En
diferentes líneas y/o especies celulares se expresarán proteínas
diferentes (o complejos de proteínas) capaces de interaccionar con
secuencias de ADN con una cualidad represora de la transcripción
génica, dando como resultado diferentes elementos de ADN con una
cualidad represora de la transcripción génica. De un modo similar se
expresarán diferentes proteínas que interaccionan directa o
indirectamente con secuencias de ADN que comprenden una cualidad
moduladora de la transcripción génica. Por lo tanto la elaboración
de la genoteca depende del tipo celular y depende de la presencia de
proteínas relevantes. Este también es el caso con los elementos de
respuesta de tipo grupo polycomb. Si HP1 es expresada en el tipo
celular uno, los elementos dependientes de HP1 serán detectados
mediante el método de la invención. Si HP1 no es expresada en el
tipo celular dos, el método de la invención no detectará el elemento
que ha sido recuperado del tipo celular uno.
En un aspecto dicha genoteca comprende al menos
un elemento capaz de contrarrestar, al menos en parte, la formación
de cromatina represora de la transcripción génica. Junto con el
conocimiento de la localización de las secuencias de ADN con una
cualidad represora de la transcripción génica en un cromosoma o
genoma, el conocimiento de la localización de semejantes elementos
contrarrestadores permite la predicción exacta de la regulación de
orden superior de la transcripción génica de genes (insertados) en
dicho cromosoma o genoma. Preferiblemente dicha genoteca comprende
otros elementos reguladores de la transcripción tales como
intensificadores y silenciadores. Aunque tales secuencias han
limitado la influencia sobre la regulación génica de orden superior,
la información sobre la localización de tales otras secuencias
incrementa adicionalmente la exactitud de la predicción de las
localizaciones adecuadas en el genoma para la expresión de
secuencias foráneas introducidas allí. Preferiblemente, dicha
genoteca comprende esencialmente todas las secuencias de ADN que
comprenden una cualidad moduladora de la transcripción génica y/o
todas las demás secuencias reguladoras de un cromosoma.
Considerando que un cromosoma ya consta
típicamente de varias decenas de millones de bases, se prefiere que
la información que la genoteca pueda proporcionar sobre la
regulación génica de orden superior sea incorporada en un sistema al
menos parcialmente automatizado.
Otro uso de una genoteca es la generación de una
predicción de la transcripción de genes tras la modificación elegida
como diana de las secuencias de un cromosoma de manera que las
secuencias reguladoras de "orden superior" sean mutadas. Por
ejemplo, uno o más elementos sensibles de tipo grupo polycomb de la
invención, y/o otros elementos reguladores de dicho cromosoma pueden
ser mutados. Se espera que esto cambie los niveles de transcripción
de los genes que están en las proximidades de los elementos
sensibles de tipo grupo polycomb y/o otros elementos moduladores de
la expresión.
Otro uso más de una genoteca o sistema es la
predicción de la expresión génica resultante de las mutaciones del
genoma. En los casos en los que una mutación da como resultado una
transcripción génica alterada, la detección de semejante
transcripción génica alterada puede indicar la presencia de dicha
mutación de origen natural. Este enfoque es útil por ejemplo al
limitar el número de secuencias de proteínas que van a ser sometidas
a ensayo en un análisis de diagnóstico. Esto es particularmente
importante en los enfoques de micromatrices debido a que en estos
enfoques el número de secuencias expresadas que va a ser sometido a
ensayo, está limitado por el número de secuencias que puede contener
una matriz como máximo. Con los medios y métodos como se describen
en el presente documento es posible limitar el número de secuencias
que van a ser sometidas a ensayo en los enfoques de
micromatrices.
Otro uso más de un sistema o genoteca es el
descubrimiento de las dianas de fármaco. Los elementos reguladores,
sean elementos de "orden superior" o no, funcionan debido a la
proteína (complejos) que se puede unir a ellos. Se puede utilizar un
sistema para determinar si el redireccionamiento de los fármacos
para interferir en la unión o la función de una proteína concreta
(complejo) proporciona la esperanza de la alteración de un gen
concreto.
De acuerdo con la invención también se
proporciona un constructo de ADN con una secuencia de ADN de la
invención. En una realización preferida se proporciona un constructo
de ADN que comprende un promotor conectado operablemente con un
ácido nucleico de interés. Preferiblemente, la cantidad de actividad
de una cualidad de dicha secuencia de ADN con una cualidad
moduladora de la transcripción génica, depende de la orientación de
dicha secuencia de ADN en dicho constructo, en comparación con dicho
promotor. Preferiblemente dicha cualidad moduladora de la
transcripción génica depende de la presencia de una señal.
Preferiblemente, dicha señal comprende una proteína de unión a ADN.
Preferiblemente, dicha señal comprende una proteína TAT del virus de
la inmunodeficiencia
humana.
humana.
Uno de los usos de una secuencia de ADN que
comprende una cualidad moduladora de la transcripción génica es por
supuesto la regulación de la transcripción de un gen de interés. La
transcripción de un gen de interés puede ser alterada alterando las
secuencias en las proximidades de dicho gen de manera que las
secuencias de ADN con cualidades moduladoras de la transcripción
génica se puede generar cualquier clase o cantidad o ambas.
Asimismo es posible diseñar secuencias de ADN
con una cualidad moduladora de la transcripción génica deseada. Las
proteínas de unión a ADN junto con otras proteínas y secuencias de
ADN determinan las cualidades de la secuencia de ADN. Es posible
insertar una o más secuencias de ADN de unión a proteínas en una
secuencia de ADN con una cualidad. Permitiendo la unión de la
proteína o las proteínas de unión es posible interferir en, o
dirigir, la cualidad, permitiendo de este modo la generación de
secuencias de ADN con cualidades constructoras. Por supuesto también
es posible separar sitios de unión a la proteína de una secuencia de
ADN con una cualidad moduladora de la transcripción génica alternado
de ese modo la cualidad de las secuencias de ADN resultantes. La
combinación de la adición y eliminación también es posible. Se
pueden seleccionar cualidades moduladoras de la transcripción génica
concretas poniendo a punto los métodos de detección descritos en la
presente invención. Por ejemplo es posible sintetizar secuencias de
ADN con cualidades moduladoras de la transcripción génica
inducibles. Se encuentran disponibles proteínas de unión a ADN que
solamente se unen a su secuencia diana en ausencia o presencia de
una señal. Los ejemplos no limitantes de tales proteínas son el
represor TET y las diversas mutaciones del mismo, el represor lac,
los receptores de hormonas esteroides, el receptor del ácido
retinoico, y sus derivados. Es posible por ejemplo diseñar una
secuencia de ADN con una cualidad modulador de la transcripción
génica específica del tipo celular. La secuencia de ADN se puede
hacer específica para un complejo de proteína que sea expresado de
una manera específica del tipo célular.
Los constructos de expresión que comprenden una
secuencia de ADN que comprende una cualidad moduladora de la
transcripción génica son adecuados para obtener la expresión de
dicho constructo en células que comprenden más de una copia de dicho
constructo de expresión. Asimismo cuando el constructo de expresión
está presente en el genoma de dicha célula y, asimismo cuando la
casete de expresión está presente en más de una copia de dicha
célula. Por otra parte, incluso funcionan cuando son integrados en
la misma posición en más de una copia.
En una realización preferida de la invención
dicha secuencia de ADN con una cualidad moduladora de la
transcripción génica comprende una secuencia denominada STAR
(Stabilizing Anti-Repression) el constructo está
presente en el genoma de dicha célula y, asimismo cuando la casete
de expresión está presente en más de una copia de dicha célula. Por
otra parte, incluso funcionan cuando son integrados en la misma
posición en más de una copia.
De acuerdo con la invención dicha secuencia de
ADN que tiene actividad anti-represora comprende una
secuencia denominada STAR (Stabilizing
Anti-Repression). Una secuencia STAR según se
utiliza aquí hace referencia a una secuencia de ADN que comprende
una o más de las cualidades moduladoras de la transcripción génica
mencionadas.
Se presentan aquí numerosos métodos para
determinar si una secuencia comprende actividad STAR. La actividad
STAR es confirmada si la secuencia es capaz de realizar al menos una
de las siguiente funciones: (i) inhibir al menos en parte el efecto
de la secuencia que comprende un elemento de represión de la
transcripción génica de la invención, (ii) bloquear al menos en
parte la represión asociada con la cromatina, (iii) bloquear al
menos en parte la actividad de un intensificador, (iv) conferir a un
ácido nucleico conectado operablemente que codifica una unidad de
transcripción en comparación con el mismo ácido nucleico solo
(iv-a) un predictibilidad de la transcripción
superior, (iv-b) un transcripción superior, y/o una
estabilidad de la transcripción a lo largo del tiempo superior.
El gran número de secuencias que comprenden
actividad STAR identificadas en la presente invención abre una
amplia variedad de posibilidades para generar e identificar las
secuencias que comprenden la misma actividad en clase, no
necesariamente en cantidad. Por ejemplo, está dentro del alcance del
experto en la técnica alterar las secuencias identificadas en la
presente invención y someter a ensayo las secuencias alteradas en
cuanto a la actividad STAR. Tales secuencias alteradas son también
por lo tanto parte de la presente invención. La alteración puede
incluir la deleción, inserción y mutación de una o más bases en las
secuencias.
Las secuencias que comprenden actividad STAR
fueron identificadas en tramos de 400 bases. No obstante, no se
espera que sean necesarias las 400 bases para conservar la actividad
STAR. Los métodos para delimitar las secuencias que confieren una
cierta propiedad a un fragmento de entre 400 y 5.000 bases son bien
conocidos. Se estima que la longitud de la secuencia mínima de un
fragmento que comprende actividad STAR es de aproximadamente 50
bases.
La actividad STAR es un rasgo compartido por las
secuencias enumeradas en la Figura 20.
Como se ha mencionado antes, una secuencia STAR
puede ejercer su actividad de un modo direccional, es decir,
conteniéndola un lado del fragmento más que otro. Por otra parte, la
actividad STAR puede ser amplificada en cantidad multiplicando el
número de elementos STAR. Esto último sugiere que un elemento STAR
puede comprender uno o más elementos que comprendan actividad
STAR.
El término cualidad en relación con la secuencia
hace referencia a una actividad de dicha secuencia. El término STAR,
secuencia STAR o elemento STAR, según se utiliza aquí, hace
referencia a una secuencia de ADN que comprende una o más de las
cualidades moduladoras de la transcripción génica mencionadas. El
término "secuencia de ADN" según se utiliza aquí, a menos que
se especifique de otro modo, no hace referencia a un listado de
ordenamiento específico de bases sino más bien a una porción física
de ADN. Una cualidad de transcripción con referencia a una secuencia
de ADN hace referencia a un efecto que dicha secuencia de ADN tiene
sobre la transcripción de un gen de interés. Según se utiliza aquí,
"cualidad" hace referencia a las propiedades detectables o
atributos de un ácido nucleico o proteína en un sistema de
transcripción.
Plásmidos y cepas. El vector de seleción
para los elementos STAR,
pSelect-SV40-zeo ("pSelect",
Figura 1) es construido como sigue: el vector pREP4 (Invitrogen
V004-50) es utilizado como esqueleto plasmídico.
Este proporciona el origen de replicación oriP de Epstein Barr y el
antígeno nuclear EBNA-1 para la replicación
episómica de elevado número de copias en líneas celulares de
primate; el gen de resistencia a la higromicina con el promotor de
la timidina quinasa y el sitio de poliadenilación, para la selección
en células de mamífero; y el gen de resistencia a ampicilina y el
origen colE1 derivado de pSV40/Zeo (Invitrogen
V502-20); este es el marcador seleccionable para el
rastreo de STAR.
El vector pSDH (Figura 2) es construido como
sigue: El gen informador de la luciferasa de
pGL3-Control (Promega E1741) es amplificado mediante
PCR e insertado en pUHD10-3 digerido con
SacII/BamHI (Gossen and Bujard, 1992). Este coloca la
luciferasa bajo el control del promotor Tet-Off, y
aguas arriba de la señal de poliadenilación de SV40. Se introducen
múltiples sitios de clonación mediante PCR, aguas arriba del
promotor Tet-Off (MCSI,
XhoI-NotI-EcoRI-SalI) y aguas abajo de
la señal de poliadenilación (MCSII,
NbeI-BglII-EcoRV-HindlII).
Se construyen genotecas génicas mediante
digestión con Sau3AI de ADN genómico humano, ya sea purificado a
partir de placenta (Clontech 6550-1) o portado en
cromosomas artificiales bacteriano/P1 (BAC/PAC). Los clones BAC/PAC
contienen ADN genómico de la región citogenética 1q12 (clones
RP1154H19 y RP3328E19) o a partir de la agrupación HOX de genes
homeóticos (clones RP1167F2 3, RP1170019, y RP11387A1). Los ADN son
fraccionados por tamaño, y la fracción de tamaño 0,5 - 2 kb es
ligada en el vector pSelect digerido con BamHI, mediante
mecanismos normalizados (Sambrook et al., 1989).
La construcción de las células huésped ha sido
descrita (van der Vlag et al., 2000). Brevemente, se basan en
la línea celular de osteosarcoma humano U-2 OS
(American Type Culture Collection HTB-96).
U-2 OS es transfectada establemente con el plásmido
pTet-Off (Clontech K1620-A), que
codifica una quimera de proteína que consta del dominio de unión a
ADN del represor Tet y el dominio de transactivación VP16. La línea
celular es transfectada establemente con posterioridad con genes de
la proteína de fusión que contienen el dominio de unión al ADN LexA,
y las regiones codificadoras de HP1 o HPC2 (dos proteínas del grupo
Polycomb de Drosophila que reprimen la expresión génica cuando se
traban al ADN). Los genes represores de LexA están bajo el control
del sistema regulador transcripcional Tet-Off
(Gossen and Bujard, 1992).
Rastreo de la genoteca y caracterización del
elemento STAR. Los genotecas génicas de pSelect son
transfectadas en la línea celular U-2
OS/Tet-Off/represor LexA mediante precipitación con
fosfato de calcio (Graham and van der Eb, 1973; Wigler et
al., 1978) como recomendaba el proveedor del reactivo de
transfección (Life Technologies). Las células transfectadas son
cultivadas bajo selección con higromicina (25 \mug/ml) y represión
con tetraciclina (doxiciclina, 10 ng/ml) durante 1 semana
(confluencia 50%). Después la concentración de doxiciclina se reduce
a 0,1 ng/ml para inducir los genes represores de LexA, y después de
2 días se añade zeocina a 250 \mug/ml. Las células son cultivadas
durante 4-5 semanas más, hasta que los cultivos de
control (transfectados con pSelect vacío) son eliminados por la
zeocina.
Las colonias resistentes a zeocina de esta
transfección de la genoteca son propagadas, y el ADN plasmídico es
aislado y recuperado en E. coli mediante mecanismos
normalizados (Sambrook et al., 1989). Los elementos STAR
candidatos del ADN rescatado son analizados mediante mapeo con
endonucleasas de restricción (Sambrook et al., 1989),
análisis de la secuencia de ADN (Sanger et al., 1977), y
actividad de STAR (resistencia a zeocina) después de la
re-transfección a U-2
OS/Tet-Off/represor LexA y disminución de la
concentración de doxiciclina.
Los elementos STAR candidatos que tienen una
secuencia de ADN correspondiente a una secuencia conocida en el
genoma humano son identificados mediante búsquedas BLAST (Altschul
et al., 1990) de la base de datos del genoma humano
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/HsBlast.html 20 Junio 2001).
Las localizaciones cromosómicas de los elementos son registradas,
junto con la proporción de ADN repetitivo y la identidad de los
genes adyacentes.
Aquellos candidatos que muestran actividad STAR
tras la re-transfección son caracterizados
adicionalmente por la subclonación del fragmento STAR en el plásmido
pSDH y la integración estable en el ADN cromosómico de
U-2 OS. Los plásmidos de pSDH son
co-transfectados en células U-2 OS
con pBABE puro (Morgenstern and Land, 1990), y seleccionados en
cuanto a la resistencia a la puromicina. Se aíslan y cultivan
poblaciones de aproximadamente 30 clones individuales por elemento
STAR. Los clones son analizados periódicamente en cuanto a la
actividad luciferasa según las instrucciones del fabricante (Roche
1669893).
Caracterización del elemento funcional STAR. Los
rastreos de ADN genómico y de los loci HOX y 1q12 rindieron 17
elementos STAR genuinos. Los criterios son que (a) los elementos
desplegaban actividad STAR tras la re-transfección
de los clones basados en pSelect en la línea celular de osteosarcoma
humano U-2 OS huésped (indicando que la actividad
anti-represora expresada en el rastreo inicial es
específica del plásmido y no debida a cambios por artefactos en las
células huésped); (2) los elementos contienen una secuencia de ADN
que coincide con la secuencia de la base de datos del genoma humano
(indicando que el clon no contiene una secuencia de ADN
contaminante, v.g. de fuentes bacterianas o de vectores).
Los elementos STAR son
sub-clonados en el plásmido pSDH e integrados en el
genoma de la célula huésped. La expresión de los genes informadores
es analizada en poblaciones de transfectantes estables para
demostrar la capacidad de los elementos STAR para proteger los genes
informadores del silenciamiento después de la integración al azar en
el genoma. Esto proporciona información (1) sobre la proporción de
clones que despliegan una expresión elevada, y (2) sobre el grado de
sobre-expresión logrado por los elementos STAR.
La expresión del gen informador de la luciferasa
por un clon es considerada significativa si está dos veces por
encima del nivel medio para los plásmidos que no contienen elementos
STAR (nivel de referencia). Para todos los plásmidos se observa una
distribución en el nivel de expresión entre los clones: desde la no
expresión hasta una expresión significativamente por encima del
nivel de referencia, y desde unos pocos
sobre-expresadores a muchos
sobre-expresadores. La actividad STAR superior es
manifestada por los plásmidos que dan como resultado muchos clones
de sobre-expresión, incluyendo algunos clones
altamente sobre-expresados. Los resultados de un
experimento representativo se muestran en la Tabla 1, y en las
Figuras 3-5:
Los resultados indican que los elementos STAR
humanos que son sometidos a ensayo rinden una proporción mucho mayor
de clones de sobre-expresión que el gen informador
no protegido, o el gen informador protegido por el elemento SCS de
Drosophila (Kellum and Schedl, 1992). Además, el grado de
sobre-expresión por estos plásmidos es mucho mayor a
partir del gen informador protegido con STAR que del informador no
protegido o protegido con SCS.
Secuencia del elemento STAR y datos de la
posición genómica. En la Tabla 2 se enumeran las localizaciones
cromosómicas de cada uno de los 17 elementos STAR, así como la
identidad de los genes inmediatos y el contenido de ADN repetitivo
de los elementos. Los elementos STAR se distribuyen a lo largo de
numerosos cromosomas. Son diversos en su secuencia de ADN real y
contenido en ADN repetitivo, y despliegan diversos grados de
asociación con los genes vecinos.
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Antecedentes: se utiliza la recombinación
de sitio específico para separar precisamente los ADN heterólogos de
sus localizaciones cromosómicas. Esto se lleva a cabo rutinariamente
por medio de uno de dos sistemas: la recombinasa cre y la diana loxP
del bacteriófago P1 (Feng et al., 1999), o la recombinasa FLP
y FRT (diana recombinasa FLP) de la levadura (Wigley et al.,
1994). En estos sistemas, una región de ADN (conteniendo normalmente
un gen informador y/o un marcador seleccionable) está flanqueada en
el cromosoma por la diana loxP o FRT. La actividad de la recombinasa
cataliza después la separación por corte precisa de la región de ADN
del cromosoma. La recombinasa resuelve sus dos secuencias de
reconocimiento en un único sitio, suprimiendo la secuencia entre
ellas. De este modo, un tramo de ADN debe estar flanqueado por
sitios diana que van a ser suprimidos con posterioridad in
vivo tras la introducción o activación de la recombinasa
(Schwenk et al., 1995; Dymecki, 1996). Las recombinasas Cre
y Flp catalizan la recombinación entre dos repeticiones invertidas
de 13 pares de bases, separadas por un espaciador con un mínimo de 6
(loxP) u 8 (FRT) pares de bases (Senecoff et al., 1985). La
secuencia loxP es ATAACTTCGTATA y la secuencia FRT es
GAAGTTCCTATAC.
Protocolo: Utilizando la clonación de ADN
convencional (Sambrook et al., 1989), se construye un gen
informador (que codifica una proteína informadora, por ejemplo la
proteína fluorescente verde (GFP) (Bierhuizen et al., 1997) o
la luciferasa (Himes and Shannon, 2000) que está flanqueado en un
plásmido por un par de elementos STAR. En cada caso, los elementos
están a su vez flanqueados por sitios diana de la recombinasa. Un
elemento está flanqueado por un par de sitios loxP, y el otro está
flanqueado por un par de sitios FRT (Figura 1). Tras la transfección
el plásmido se integra en el cromosoma del huésped en un pequeño
porcentaje de células, y los integrantes se seleccionan mediante
resistencia a antibióticos.
Utilizando los mecanismos convencionales,
("SuperFect Transfection Reagent Handbook", Qiagen, Noviembre,
1997) estos plásmidos son transfectados en la línea celular de
osteosarcoma humano U-2 OS, y seleccionados en
cuanto a la resistencia a la higromicina. Los productos aislados
resistentes a la higromicina tienen el plásmido integrado
establemente en el genoma de la línea celular. Los productos
aislados individuales son propagados en medio de cultivo celular, y
la expresión del gen informador transgénico es analizada, por
ejemplo mediante citometría de flujo (Stull et al.,
2000).
Después utilizando mecanismos convencionales
(transfección, o estimulación con hormonas), los productos aislados
estables anteriores son tratados con el fin de introducir o activar
la actividad recombinasa. Esto se realiza sucesivamente, de manera
que por ejemplo la actividad de la recombinasa cre catalice la
separación por corte de STAR1, y con posterioridad la actividad
recombinasa FLP catalice la separación por corte de STAR2. El nivel
de expresión de este gen informador en estas células es analizado y
el valor comparado con el valor de referencia del producto aislado
que contiene STAR parental.
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Antecedentes: Se aíslan fragmentos de ADN
que contienen elementos STAR mediante selección genética utilizando
el plásmido pSelect (Figura 1). En esta sección se describe el
enfoque para caracterizar las secuencias de ADN dentro de aquellos
fragmentos que tienen actividad STAR.
Protocolos:
Secuencia de ADN: Se diseñan
oligonucleótidos basándose en la secuencia del plásmido pSelect para
secuenciar los fragmentos de ADN. Los fragmentos son secuenciados
utilizando la técnica de terminación de la cadena didesoxi (Sanger
et al., 1977). Las secuencias de ADN son localizadas después
con respecto a su posición en el cromosoma utilizando la base de
datos de la secuencia del genoma humano pública
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/cgibin/Entrez/hum_
srch?chr=hum chr.inf&query). Los genes y la densidad génica en la vecindad del fragmento son registrados a partir de la anotación de la secuencia del genoma. La actividad transcripcional de aquellos genes es determinada a partir de las bases de datos públicas de micromatrices de ADN (http://arrays.rockefeller.edu/xenopus/links.html) y datos SAGE (Serial Analysis of Gene Expression; http://bioinfo.amc.uva.nl/HTM-bin/index.cgi). Una vez recopilada la información posicional sobre las secuencias STAR, los datos son analizados en términos de las secuencias consenso subyacentes. Las secuencias consenso o las tendencias (por estas se entiende las áreas locales ricas en combinaciones de nucleótidos concretas, v.g. ricas en bases C y G) son detectadas utilizando algoritmos de búsqueda de la similitud tales como la puntuación de similitud clustalw (Higgins et al., 1996) y blosum (Altschul and Gish, 1996). Después se utilizan cualquiera de los consensos subyacentes o tendencias encontrados para identificar otros STAR potenciales realizando búsquedas BLAST (Altschul et al., 1990). La búsqueda previa ha identificado proteínas reguladoras de la transcripción que se unen a aislantes y elementos límite conocidos (Gaszner et al., 1999; Gerasimova and Corces, 1998). En los ejemplos descritos antes, los sitios de unión a la proteína coinciden con los sitios hipersensibles a la DNasa I que son esenciales para la función del aislante o el límite. La hipótesis de que los elementos STAR también están unidos por proteínas reguladoras conocidas es examinada investigando la base de datos TRANSFAC de factores de transcripción (http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/) en cuanto a los motivos secuenciales que existen en los elementos STAR. Los motivos secuenciales que son comunes entre los miembros de las colecciones de STAR son indicadores de que el factor de transcripción correspondiente se une a ese elemento.
srch?chr=hum chr.inf&query). Los genes y la densidad génica en la vecindad del fragmento son registrados a partir de la anotación de la secuencia del genoma. La actividad transcripcional de aquellos genes es determinada a partir de las bases de datos públicas de micromatrices de ADN (http://arrays.rockefeller.edu/xenopus/links.html) y datos SAGE (Serial Analysis of Gene Expression; http://bioinfo.amc.uva.nl/HTM-bin/index.cgi). Una vez recopilada la información posicional sobre las secuencias STAR, los datos son analizados en términos de las secuencias consenso subyacentes. Las secuencias consenso o las tendencias (por estas se entiende las áreas locales ricas en combinaciones de nucleótidos concretas, v.g. ricas en bases C y G) son detectadas utilizando algoritmos de búsqueda de la similitud tales como la puntuación de similitud clustalw (Higgins et al., 1996) y blosum (Altschul and Gish, 1996). Después se utilizan cualquiera de los consensos subyacentes o tendencias encontrados para identificar otros STAR potenciales realizando búsquedas BLAST (Altschul et al., 1990). La búsqueda previa ha identificado proteínas reguladoras de la transcripción que se unen a aislantes y elementos límite conocidos (Gaszner et al., 1999; Gerasimova and Corces, 1998). En los ejemplos descritos antes, los sitios de unión a la proteína coinciden con los sitios hipersensibles a la DNasa I que son esenciales para la función del aislante o el límite. La hipótesis de que los elementos STAR también están unidos por proteínas reguladoras conocidas es examinada investigando la base de datos TRANSFAC de factores de transcripción (http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/) en cuanto a los motivos secuenciales que existen en los elementos STAR. Los motivos secuenciales que son comunes entre los miembros de las colecciones de STAR son indicadores de que el factor de transcripción correspondiente se une a ese elemento.
Secuencia esencial mínima: Utilizando
este conocimiento, los elementos STAR son truncados y sometidos a
ensayo en cuanto a su funcionalidad. Esto se realiza utilizando la
reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para clonar
sub-fragmentos de los fragmentos que contienen STAR
en pSelect mediante mecanismos normalizados (Sambrook et al.,
1989). Los plásmidos que contienen los
sub-fragmentos son transfectados en células
U-2 OS y sometidos a ensayo en cuanto a la
funcionalidad analizando la resistencia a antibióticos.
Direccionalidad: Los elementos STAR son
sometidos a ensayo en cuanto a su direccionalidad utilizando el
plásmido pSelect. Por ejemplo, la dirección de los elementos STAR
aislados mediante el rastreo de pSelect es referida como orientación
5'3'. La orientación del elemento es invertida mediante mecanismos
de recombinación de ADN convencionales (Sambrook et al.,
1989). Los plásmidos resultantes son transfectados en la línea
celular U-2 OS y la expresión del gen informador es
analizada (Bierhuizen et al., 1997; Himes and Shannon, 2000).
El nivel de expresión del plásmido con el elemento de orientación
inversa es comparado con el de orientación 5'3'. Si el plásmido de
orientación inversa tiene niveles de expresión similares, el
elemento STAR no muestra direccionalidad.
Combinaciones y múltiplos de elementos: Para
determinar si los elementos STAR son capaces de funcionar en pares
mezclados, se combinan elementos diferentes y se someten a ensayo.
El análisis se realiza en el plásmido pSDH insertando un elemento
STAR en MCSI y un STAR diferente en MCSII mediante mecanismos de ADN
recombinante (Sambrook et al., 1989). Los plásmidos
resultantes son transfectados, y la expresión del gen informador es
analizada (Bierhuizen et al., 1997; Himes and Shannon, 2000);
los resultados son comparados con la expresión de plásmidos que
contienen el mismo elemento en MCSI y MCSII; si la expresión es
similar para los dos tipos de plásmidos, se concluye que los
elementos STAR diferentes no interfieren entre sí.
La resistencia de los elementos STAR
individuales se compara con las repeticiones en tándem de los
elementos. Esto se realiza mediante concatamerización de los
elementos STAR de interés con ADN ligasa e inserción del producto de
ligadura en el plásmido pSDH mediante mecanismos de ADN recombinante
(Sambrook et al., 1989). Los plásmidos resultantes son
transfectados en células U-2 OS, y la expresión del
gen informador es analizada (Bierhuizen et al., 1997; Himes
and Shannon, 2000); Los resultados se comparan con la expresión de
plásmidos que contienen elementos STAR individuales.
\vskip1.000000\baselineskip
Antecedentes: se utilizan elementos STAR
para optimizar la expresión de transgenes individuales y múltiples.
Para determinar si un único par de elementos STAR puede proteger
transgenes grandes o múltiples del silenciamiento es necesario
determinar el intervalo a lo largo del cual actúan los elementos
STAR.
Protocolo: Los elementos STAR son
sometidos a ensayo en cuanto a su funcionalidad a lo largo de una
distancia utilizando plásmidos derivados basados en pSelect, como
sigue. Se ensambla una genoteca de fragmentos de ADN al azar de 500
pb a 10 kb mediante mecanismos de clonación de ADN normalizados
(Sambrook et al., 1989). De esta genoteca se seleccionan los
fragmentos que no poseen actividad STAR, sometiéndolos a ensayo en
el plásmido pSelect como se ha descrito antes. Para los elementos
STAR, estos fragmentos son insertados entre el sitio de clonación y
el promotor del gen informador en el plásmido pSelect apropiado
(Figura 1). Este grupo de plásmidos es transfectado a la línea
célular U-2 OS, y la expresión es medida como se ha
descrito antes. La resistencia de la expresión del gen informador se
corresponde con la longitud del fragmento de ADN al azar que separa
el elemento STAR y el promotor.
Antecedentes: los STAR son clonados como
fragmentos de ADN recuperados utilizando el plásmido pSelect, lo que
se realiza con fragmentos de ADN genómico de menos de 2 kb. No
obstante, estos podrían ser porciones de un elemento STAR más
ampliado. La actividad de STAR ampliada se examina mediante los
siguientes experimentos.
Protocolo: los elementos STAR clonados en
pSelect son mapeados para la secuencia del genoma humano. Con el fin
de determinar si son porciones de un elemento STAR más ampliado, las
regiones de 4 kb que abarcan los clones son amplificadas mediante
PCR y clonadas en el plásmido pSelect y/o pSDH mediante mecanismos
de ADN recombinante normalizados (Sambrook et al., 1989). Los
plásmidos resultantes son transfectados en células
U-2 OS y analizados en cuanto a la expresión del gen
informador como se ha descrito antes; los plásmidos que contienen el
elemento STAR de 2 kb original son incluidos como control. Se pueden
esperar tres posibles resultados: (1) una expresión similar por los
productos aislados de control y ampliados, demostrando que el
elemento STAR está confinado al fragmento de 2 kb original; (2) una
expresión inferior por los productos aislados de STAR ampliado,
sugiriendo que el elemento STAR está contenido en el fragmento de 2
kb y no actúa eficazmente a lo largo de una distancia o que el
fragmento ampliado contiene un elemento con una cualidad represora
de la transcripción génica; (3) una expresión superior por los
productos aislados de STAR ampliado, sugiriendo que la región
ampliada contiene un elemento STAR más completo. En el caso del
resultado (3), el ejercicio se reitera con un fragmento de PCR más
grande de 6 kb.
Un elemento STAR también puede estar compuesto
por sitios a los cuales se unen diversas proteínas. Por lo tanto los
fragmentos de ADN grandes con una actividad STAR podrían ser
divisibles en fragmentos más pequeños con actividad STAR (ver
ejemplo 3). Los elementos que son mayores de 2 kb son reconocidos
como elementos STAR si todavía presentan actividad STAR tras el
truncamiento a menos de 2 kb (incluyendo por medio de deleción
interna).
Antecedentes: Las propiedades reguladoras
de los elementos STAR están asociadas con la estructura de la
cromatina local, que es determinada por el propio ADN y por las
proteínas asociadas al ADN. Los cambios en la estructura de la
cromatina que están asociados con los cambios en la expresión génica
son producidos a menudo por modificaciones secundarias de las
macromoléculas, especialmente la metilación del ADN o la acetilación
de las proteínas histónicas. La identificación de las modificaciones
secundarias que se producen en los elementos STAR y en los
transgenes adyacentes proporciona sellos para estos elementos.
Protocolo: Metilación de ADN: los
elementos STAR son clonados en el plásmido pSelect mediante
mecanismos normalizados (Sambrook et al., 1989). Las células
U-2 OS son transfectadas establemente con estos
plásmidos, y con pSelect que carece de un elemento STAR como control
para determinar la metilación de ADN basal en el gen informador.
Las células son cosechadas y la cromatina
purificada mediante procedimientos normalizados (Thomas, 1998). El
ADN es digerido con las endonucleasas de restricción HpaII y
MspI en reacciones separadas (Sambrook et al., 1989).
Ambas enzimas de restricción son capaces de cortar la secuencia no
metilada CCGG. Cuando la C externa está metilada, ni MspI ni
HpaII pueden escindir. No obstante, a diferencia de
HpaII, MspI puede escindir la secuencia cuando la C
interna está metilada. El ADN es sometido a transferencia Southern y
la transferencia es analizada mediante marcaje terminal indirecto
(Pazin and Kadonaga, 1998). Como control, el correspondiente
plásmido pSelect en forma de ADN no metilado, desnudo, también es
cortado con las enzimas descritas y sometido a transferencia
Southern. La comparación de los diferentes tamaños de los fragmentos
de ADN revela si el ADN está metilado in vivo o no.
Acetilación de las histonas: Las mismas líneas
celulares transfectadas utilizadas para el análisis de metilación
del ADN se utilizan para estos experimentos. El método descrito más
abajo rinde un mapa de alta resolución del patrón de acetilación de
la histona sobre los elementos STAR y el gen informador (Litt et
al., 2001). Los productos digeridos con nucleasa Microcócica de
los núcleos son fraccionados sobre gradientes de sacarosa, y los
monómeros y dímeros de nucleosoma purificados son enriquecidos en
histonas acetiladas mediante inmunoprecipitación con anticuerpos
anti-acetilhistona. La fracción de nucleosoma y los
productos inmunoprecipitados son sometidos a análisis, por ejemplo,
mediante PCR en tiempo real (Jung et al., 2000) utilizando
cebadores y una sonda Taqman que hibrida con el gen informador o el
elemento STAR para rendir productos de 0,2 kb, con una ventana móvil
de 0,1 kb. La tasa de incremento de la señal fluorescente de la
sonda Taqman durante la PCR (que es proporcional a la abundancia del
ADN molde en la muestra) es medida después. La proporción de la
abundancia del ADN molde en la fracción de nucleosoma y los
productos inmunoprecipitados proporciona una mapa fino del patrón de
acetilación de las histonas para cada 0,1 kb sobre el gen informador
y el elemento STAR (o sobre el gen informador en ausencia de un
elemento).
Antecedentes: La cromatina está formada
por ADN, histonas, y proteínas no histónicas. Las histonas forman
una partícula núcleo que está envuelta por \sim150 pb de ADN para
formar el nucleosoma. Los nucleosomas están separados por
50-75 pb de ADN conector.
Los nucleosomas posicionados establemente sobre
el ADN cromosómico reprimen la expresión génica, y los factores que
excluyen los nucleosomas o la cromatina remodelada de otro modo
pueden superar esta represión. El posicionamiento de los nucleosomas
en una región cromosómica es analizado mediante análisis con
nucleasa microcócica (MNasa); la MNasa corta la cromatina
preferentemente en el ADN conector. De un modo similar, algunas
áreas de ADN están constitutivamente expuestas a las proteínas no
histónicas, y estas son frecuentemente regiones reguladoras, es
decir, sitios donde se unen los factores reguladores que actúan en
cis. Experimentalmente, estos sitios son hipersensibles a la
digestión por la enzima ADNasa I.
Protocolo: Para determinar la posición de
los nucleosomas sobre el gen informador y sobre los elementos STAR,
se utiliza la MNasa (Saluz and Jost, 1993). Los núcleos son
purificados a partir de las células U-2 OS
cultivadas y digeridas con MNasa como se ha descrito antes
(acetilación de histonas). Para investigar los sitios hipersensibles
a la ADNasa I en los elementos STAR o el gen informador, los núcleos
purificados son tratados con ADNasa I a una concentración apropiada
(v.g. 100 \mug/ml de ADN genómico en 20-100 U/ml
de ADNasa I), como se ha descrito (Wallrath et al., 1998). El
ADN desnudo es digerido con ADNasa I como control. Para ambas
técnicas, el gen informador y los elementos STAR son sometidos a
mapeo fino utilizando la prolongación del cebador o el marcaje
terminal indirecto y la transferencia Southern, como se ha descrito
(Tanaka et al., 1996; van der Vlag et al., 2000). El
análisis de la MNasa revela una escala de bandas discretas en un
autorradiograma correspondiente a las posiciones de los nucleosomas
sobre los elementos STAR o el gen informador. Los sitios
hipersensibles a la ADNasa I se manifiestan como bandas discretas en
el autorradiograma resultante que están ausentes o son menos
prominentes en el control de ADN desnudo.
Antecedentes: Se ha informado de que algunos
elementos aislantes o límite pueden mostrar especificidad hacia el
tejido (Takada et al., 2000). Los elementos STAR tienen
muchos rasgos en común con los elementos aislantes y límite. Tanto
los elementos STAR promiscuos como los específicos de tejidos tienen
un valor biotecnológico en las aplicaciones transgénicas. El
análisis descrito más abajo se realiza para evaluar la dependencia
del tipo de célula. La especificidad de la célula y del tejido de
los elementos es examinada adicionalmente examinando la expresión de
los genes en la vecindad de los elementos en el genoma humano,
utilizando las bases de datos públicas de micromatrices de ADN
(http://arrays.rockefeller.edu/xenopus/links.html) y datos
SAGE (Serial Analysis of Gene Expression;
http://bioinfo.amc.uva.nl/HTM-bin/index.cgi).
Protocolo: los elementos STAR son
sometidos a ensayo en el plásmido pSDH. Se transfectan tres líneas
celulares utilizando protocolos normalizados: la línea celular de
osteosarcoma U-2 OS (Heldin et al., 1986), la
línea celular Vero de riñón de mono verde Africano (Simizu et
al., 1967), y la línea celular CHO de ovario de hámster Chino
(Kao and Puck, 1968). Los elementos capaces de funcionar en los tres
tipos celulares son categorizados como promiscuos. Aquellos que
solamente despliegan actividad en una o dos de las líneas celulares
se categorizan como restringidos en su funcionalidad en el tipo
celular.
Especificidad del promotor: los elementos
STAR son actualmente seleccionados y sometidos a ensayo en el
contexto de la función con dos promotores, el promotor de
citomegalovirus completo (CMV) o el Elemento de Respuesta a la
Tetraciclina y el promotor mínimo de CMV (combinado con el activador
transcripcional tTA). Para evaluar la especificidad del promotor, la
función STAR es sometida a ensayo con otros promotores virales
comúnmente utilizados, a saber los promotores temprano y tardío del
virus de simios de tipo 40 (SV40), y los promotores principal y
tardío de EIA adenoviral, y la repetición larga terminal del virus
del sarcoma de Rous (RSV) (Doll et al., 1996; Smith et
al., 2000; Weaver and Kadan, 2000; Xu et al, 1995). Cada
uno de estos promotores es clonado por separado en el plásmido
pSelect mediante mecanismos normalizados (Sambrook et al,
1989) junto con los elementos STAR. Los plásmidos resultantes son
transfectados en la línea celular U-2 OS y
analizados en cuanto a la expresión del gen informador, como se ha
descrito antes. La capacidad de los elementos STAR para protegerse
frente al silenciamiento, es determinada mediante comparación con
los plásmidos que carecen de elementos STAR.
Antecedentes: Se desarrollan elementos
STAR mejorados. Las mejoras rindieron una actividad
anti-represiva de resistencia incrementada, y
elementos con actividad inducible y específica del tejido. Estas
mejoras se realizan por medio de una combinación de técnicas.
Protocolos:
Evolución forzada: Se utiliza una PCR
propensa a errores (Cherry et al., 1999; Henke and
Bornscheuer, 1999) para introducir una media de una o dos mutaciones
puntuales por elemento. Los elementos mutagenizados son rastreados
utilizando plásmidos pSelect conteniendo proteínas de fusión
informador-marcador seleccionable por ejemplo
mediante clasificación celular activada por fluorescencia y
resistencia a antibióticos (Bennett et al., 1998).
Posteriores rondas de PCR propensas a errores y selección se llevan
a cabo para derivar elementos con mejoras adicionales en la
actividad.
Combinaciones en tándem y heterólogas:
Como se ha descrito antes, las combinaciones en tándem y heterólogas
de los elementos son sometidas a ensayo en cuanto a la actividad en
comparación con los elementos individuales (ejemplo 3).
La dominancia relativa de los elementos STAR es
sometida a ensayo caso por caso. Esto se utiliza para someter a
ensayo la resistencia de un elemento; por ejemplo, si un nuevo
elemento STAR es dominante para un elemento fuerte, conocido con una
cualidad represora de la transcripción génica, en ese caso el STAR
es clasificado como muy fuerte. También se considera la posibilidad
de que la relación de dominancia entre un STAR y un elemento con una
cualidad de represión de la transcripción génica sea específica del
tipo celular, del tejido, o del promotor (ejemplo 8). En el ensayo
de dominancia se utiliza el plásmido pSelect, con elementos
individuales con una cualidad represora de la transcripción génica
situada aguas arriba de los elementos STAR individuales mediante
mecanismos de ADN recombinante (Sambrook et al., 1989). Los
plásmidos son transfectados a células U-2 OS y la
expresión del gen informador es analizada. La dominancia de STAR es
manifestada por una expresión superior que el plásmido con sólo un
elemento con una cualidad represora de la transcripción génica.
Introducción de sitios de unión para otras
proteínas de unión a ADN a elementos STAR para añadir
características novedosas (v.g. inducibilidad, especificidad de
tejido)
Antecedentes: se crean elementos STAR
regulables combinándolos con sitios de unión para proteínas de unión
al ADN dependientes de la señal. En un ejemplo esto implicaría la
yuxtaposición de un STAR y un elemento de respuesta a
glucocorticoides (GRE). En ausencia de estimulación por
glucocorticoides el elemento STAR funcionaría como se describe. Tras
la estimulación, el receptor de glucocorticoides de origen natural
se une a GRE e interfiere en la función de STAR.
Protocolo: Utilizando la clonación de ADN
convencional (Sambrook et al., 1989), se introduce un GRE en
el vector pSelect adyacente a los elementos STAR. El plásmido es
transfectado en células U-2 OS como se ha descrito
antes. Las células se dividen en dos cultivos; uno se trata con
glucocorticoides (10 \muM). La expresión del gen informador se
mide y se compara entre los dos cultivos. Las diferencias en la
expresión demuestran la capacidad para regular la función de STAR
mediante la acción de una proteína de unión a ADN dependiente de la
señal.
Elementos STAR promiscuos: El ensayo o la
intensificación de estas características implica el cultivo en
diferentes líneas celulares, y el cultivo a largo plazo sin
selección con antibiótico (ejemplos 8 y 10).
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Antecedentes: En la transgénesis, la
dependencia de los marcadores de selección tiene dos desventajas: el
agente de selección es normalmente caro y conlleva un coste
metabólico para las células, y existen objeciones reguladoras y
éticas para incluir marcadores seleccionables en aplicaciones
transgénicas, especialmente si el propio transgen está en el
producto (v.g. plantas de cultivo, vectores de terapia génica. Los
elementos STAR reducen o eliminan la necesidad de mantener la
selección después de establecer el producto aislado transgénico. Por
consiguiente, el gen de resistencia puede ser separado del genoma
transgénico mediante recombinación de sitio específico con una
pérdida disminuida de la expresión del transgen.
Protocolo: Se producen líneas celulares
U-2 OS transfectadas establemente conteniendo
elementos STAR integrados cromosómicamente flanqueando genes
informadores por medio de co-transfección del
plásmido pSDH con un plásmido de resistencia a antibióticos que
actúan en trans como se ha descrito antes. El experimento implica
someter a ensayo la estabilidad del nivel de expresión del gen
informador en estas líneas celulares durante un cultivo prolongado
(3-6 meses) en ausencia de selección. Este se somete
a ensayo con elementos STAR flanqueando los genes informadores de la
luciferasa o GFP en plásmidos pSDH. El gen de resistencia a
antibióticos es separado construyendo un plásmido de expresión
(basado en pSDH) en el cual el marcador de selección del antibiótico
está flanqueado por sitios diana para la recombinasa. El marcador
seleccionable es separado por corte con posterioridad por medio de
la actividad de la recombinasa, como se ha descrito antes (ejemplo
2).
Los elementos STAR funcionan bloqueando las
influencias de la represión transcripcional sobre las unidades de
expresión de los transgenes. Estas influencias de represión pueden
estar debidas a la heterocromatina ("efectos sobre la
posición", (Boivin & Dura, 1998) ) o a copias adyacentes del
transgen ("silenciamiento génico inducido por repeticiones",
(Garrick et al., 1998)). Dos de los beneficios de los
elementos STAR para la producción de proteínas heterólogas son el
incremento de la pronosticabilidad del descubrimiento de células
huésped recombinantes primarias con un elevado nivel de expresión y
el incremento del rendimiento durante los ciclos de producción.
Estas ventajas se ilustran en este ejemplo.
Construcción de vectores pSDH y derivados que
contienen STAR: El vector pSDH-Tet fue
construido mediante amplificación por reacción en cadena de la
polimerasa (PCR) del marco de lectura abierto de la luciferasa a
partir del plásmido pREP4-HSF-Luc
(van der Vlag et al., 2000) utilizando los cebadores C67 y
C68 (todos los cebadores de la PCR y oligonucleótidos mutagénicos se
enumeran en la Tabla 5), e inserción del fragmento SacII/BamHI en
pUHD1o-3 digerido con SacIIIBamHI (Gossen &
Bujard, 1992). La unidad de expresión de la luciferasa fue
re-amplificada con los cebadores C65 y C66, y
re-insertada en pUHD10-3 con el fin
de flanquearla con dos sitios de clonación múltiple (MCSI and
MCSII). Después se introdujo un sitio AscI en MCSI mediante
digestión con EcoRI e inserción de un conector (que constaba de
oligonucleótidos hibridados D93 y D94). El promotor de CMV fue
amplificado a partir del plásmido pCMV-Bsd
(Invitrogen K510-01) con los cebadores D90 y D91, y
utilizado para remplazar el promotor Tet-Off en
pSDH-Tet mediante digestión con SaII/SacII y
ligadura para crear el vector pSDH-CMV. El marco de
lectura abierto de la luciferasa en este vector fue remplazado por
SEAP (Fosfatasa Alcalina Secretada) como sigue: el vector
pSDH-CMV fue digerido con SacII y BamHI y sus
extremos fueron convertidos en romos; el marco de lectura abierto
SEAP fue aislado de pSEAP-basic (Clontech
6037-1) por medio de digestión con EcoRI/SaII, sus
extremos fueron convertidos en romos y fue ligado en
pSDH-CMV para crear el vector
pSDH-CS. El gen de resistencia a la puromicina bajo
el control del promotor de SV40 fue aislado del plásmido
pBabe-Puro (Morgenstern & Land, 1990) mediante
PCR, utilizando los cebadores C81 y C82. Este fue ligado en el
vector pGL3-control (sitio BamHI eliminado) (Promega
E1741) digerido con NcoI/XbaI, para crear pGL3-puro.
pGL3-puro fue digerido con BglII/SalI para aislar el
gen de resistencia a SV40 puro, sus extremos fueron convertidos en
romos y fue ligado en pSDH-CS digerido con NheI, con
los extremos romos. El vector resultante, pSDH-CSP,
se muestra en la Fig 6. Todas las etapas de clonación se llevaron a
cabo siguiendo las instrucciones proporcionadas por los fabricantes
de los reactivos, según los métodos conocidos en la técnica
(Sambrook et al., 1989).
Los elementos STAR fueron insertados en MCSI y
MCSII en dos etapas, mediante digestión del elemento STAR y el
vector pSDH-CSP con una enzima de restricción
apropiada, seguido de ligadura. La orientación de los elementos STAR
en los vectores pSDH recombinantes fue determinada mediante mapeo de
restricción. La identidad y la orientación de los insertos fueron
verificadas mediante análisis de la secuencia de ADN. La
secuenciación fue realizada mediante el método didesoxi (Sanger
et al., 1977) utilizando un secuenciador de ADN automatizado
Beckman CEQ2000, según las instrucciones del fabricante. En resumen,
el ADN fue purificado de E. coli utilizando QIAprep Spin
Miniprep and Plasmid Midi Kits (QIAGEN 27106 y 12145,
respectivamente). La secuenciación del ciclo se llevó a cabo
utilizando los oligonucleótidos C85, E25, y E42 (Tabla 5) de
costumbre, en presencia de terminadores coloreados (CEQ Dye
Terminator Cycle Sequencing Kit, Beckman 608000).
Transfección y cultivo de células CHO con
plásmidos pSDH: La línea celular de Ovario de Hámster Chino
CHO-K1 (ATCC CCL-61) en medio
HAMS-F12 + Suero de Ternera Fetal al 10% conteniendo
glutamina 2 mM, 100 U/ml de penicilina, y 100 microgramos/ml de
estreptomicina a 37°C/CO2 al 5%. Las células fueron transfectadas
con el vector pSDH-CSP, y sus derivados conteniendo
STAR6 o STAR49 en MCSI y MCSII, utilizando SuperFect (QIAGEN) como
describe el fabricante. En resumen, las células fueron sembradas en
recipientes de cultivo y se hicieron crecer durante la noche hasta
una confluencia del 70-90%. El reactivo SuperFect se
combinó con el ADN plasmídico (linealizado en este ejemplo mediante
digestión con PvuI) a una proporción de 6 microlitros por microgramo
(v.g. para una placa Petri de 10 cm, 20 microgramos de ADN y 120
microlitros de SuperFect) y se añadieron a las células. Tras incubar
durante la noche la mezcla de transfección fue remplazada por medio
de nueva aportación, y las células transfectadas fueron incubadas
adicionalmente. Tras cultivar durante la noche, se añadieron 5
microgramos/ml de puromicina. La selección con puromicina se
completó en 2 semanas, después de lo cual se aislaron clones
CHO/pSDH resistentes a la puromicina individuales al azar y se
cultivaron adicionalmente.
Análisis con Fosfatasa Alcalina Secretada
(SEAP): La actividad SEAP (Berger et al., 1988, Henthorn
et al., 1988, Kain, 1997, Yang et al., 1997) en el
medio de cultivo de los clones CHO/pSDH-CSP fue
determinada como describe el fabricante (estuche Clontech Great
EscAPe #K2041). Brevemente, una alícuota del medio fue inactivada
con calor a 65°C, después fue combinada con tampón de análisis y
sustrato quimioluminiscente CSPD e incubada a la temperatura
ambiente durante 10 minutos. La tasa de conversión de sustrato fue
determinada después en un luminómetro (Turner 20/20TD). La densidad
celular fue determinada sometiendo a recuento las células tratadas
con tripsina en un contador celular Coulter ACT10.
Transfección y cultivo de células
U-2 OS con plásmidos pSDH: La línea celular de
osteosarcoma humano U-2 OS (ATCC
#HTB-96) fue cultivada en Medio de Eagle Modificado
de Dulbecco + Suero de Ternera Fetal al 10% conteniendo glutamina,
penicilina, y estreptomicina (supra) a 37°C/CO2 al 5%. Las
células fueron co-transfectadas con el vector
pSDH-CMV vector, y sus derivados conteniendo STAR6 o
STAR8 en MCSII y MCSII, (junto con el plásmido
pBabe-Puro) utilizando SuperFect (supra). La
selección con Puromicina se completó en 2 semanas, tiempo tras el
cual se aislaron clones U-2
OS/pSDH-CMV resistentes a la puromicina al azar y se
cultivaron adicional-
mente.
mente.
Análisis con luciferasa: la actividad
luciferasa fue analizada (Himes & Shannon, 2000) en células
resuspendidas según las instrucciones del fabricante del estuche de
análisis (Roche 1669893), utilizando un luminómetro (Turner
20/20TD). La concentración de proteína celular total fue determinada
mediante el método del ácido bicincónico según las instrucciones del
fabricante (Sigma B-9643), y utilizada para
normalizar los datos de la luciferasa.
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Los clones de las células CHO recombinantes que
contienen el vector pSDH-CSP, o los plásmidos
pSDH-CSP que contienen STAR6 o STAR49 (Tabla 6),
fueron cultivados durante 3 semanas. La actividad SEAP de los
sobrenadantes de cultivo fue determinada después, y es expresada
basándose en el número de células (Fig. 7). Como se puede observar,
se aislaron clones con elementos STAR en las unidades de expresión
que expresan una actividad SEAP 2-3 veces superior
que los clones cuyas unidades de expresión no incluían elementos
STAR. Además, el número de clones que contienen elementos STAR que
expresan actividad SEAP a la actividad máxima o por encima de ella
de los clones STAR negativos es bastante elevado: del 25% al 40% de
las poblaciones de clones STAR excedían la expresión SEAP más
elevada de los clones pSDH-CSP.
Los clones de las células U-2 OS
recombinantes que contenían el vector pSDH-CMV, o
los plásmidos pSDH-CMV que contenían STAR6 o STAR8
(Tabla 6), fueron cultivados durante 3 semanas. La actividad
luciferasa de las células huésped fue determinada después, y
expresada como unidades de luciferasa relativas (Fig. 8),
normalizadas para la proteína celular total. Los clones de
U-2 OS recombinantes con elementos STAR flanqueando
las unidades de expresión que tenían rendimiento mayores que los
clones STAR negativos: la expresión más elevada observada a partir
de los clones STAR8 era 2-3 veces superior que la
expresión observada a partir de los clones STAR negativos. Los
clones STAR6 tenían niveles de expresión máxima 5 veces superiores
que los clones STAR negativos. Los elementos STAR conferían también
una mayor pronosticabilidad: para ambos elementos STAR, de 15 al 20%
de los clones presentaban expresión luciferasa a niveles comparables
o mayores que los clones STAR negativos con el nivel de expresión
más elevado.
Estos resultados demuestran que, cuado se
utilizan con un promotor CMV potente, los elementos STAR incrementan
el rendimiento de proteínas heterólogas (luciferasa y SEAP). Los
tres elementos STAR introducidos en este ejemplo proporcionan
rendimientos elevados. El aumento de pronosticabilidad conferido por
los elementos STAR es manifestado por la gran proporción de los
clones con rendimiento iguales o mayores que los rendimientos más
elevados presentados por los clones STAR negativos.
\vskip1.000000\baselineskip
Durante el cultivo de las células huésped
recombinantes, es una práctica común mantener la selección mediante
antibióticos. Esto está destinado a evitar el silenciamiento
transcripcional del transgen, o la pérdida del transgen a partir del
genoma mediante procedimientos tales como la recombinación. No
obstante no es deseable para la producción de proteínas heterólogas,
por numerosas razones. Primero, los antibióticos que se utilizan son
bastante caros, y contribuyen significativamente al coste unitario
del producto. Segundo, para el uso biofarmacéutico, la proteína debe
ser demostrablemente pura, sin trazas del antibiótico en el
producto. Una ventaja de los elementos STAR para la producción de
proteínas heterólogas es que confieren una expresión estable a los
transgenes durante el cultivo prolongado, incluso en ausencia de
selección con antibiótico; esta propiedad se demuestra en este
ejemplo.
\vskip1.000000\baselineskip
La línea celular U-2 OS fue
transfectada con el plásmido
pSDH-Tet-STAR6 y cultivada como se
describe en el Ejemplo 11. Los clones resistentes a la puromicina
individuales fueron aislados y cultivados adicionalmente en ausencia
de doxiciclina. A intervalos semanales las células fueron
transferidas a recipientes de cultivo nuevos a una dilución 1:20. La
actividad luciferasa fue media a intervalos periódicos como se
describe en el Ejemplo 11. Al cabo de 15 semanas los cultivos fueron
divididos en dos productos replicados; un producto replicado
continuó recibiendo puromicina mientras el otro producto replicado
no recibió antibiótico durante el resto del experimento (25 semanas
en total).
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La Tabla 7 presenta los datos de expresión de la
luciferasa mediante la unidad de expresión flanqueada por STAR6
durante el crecimiento prolongado con o sin antibióticos. Como se
puede observar, la expresión del transgen informador, luciferasa,
permanece estable en las células huésped U-2 OS
durante el experimento. Una vez que los cultivos se dividieron en
dos tratamientos (más antibiótico y sin antibiótico) la expresión de
la luciferasa era esencialmente estable en ausencia de selección con
antibiótico. Esto demuestra la capacidad de los elementos STAR para
proteger los trangenes del silenciamiento o pérdida durante el
cultivo prolongado. También demuestra que esta propiedad es
independiente de la selección con antibiótico.
Por lo tanto la producción de proteínas
heterólogas es posible sin que incurra en los costes del antibiótico
o la dificultad del procesamiento aguas abajo.
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Los elementos STAR fueron aislados del rastreo
genético descrito en el Ejemplo 1. En el rastreo se utilizan
genotecas construidas con ADN genómico humano que estaba fraccionado
por tamaño entre aproximadamente 0,5 - 2 kilobases (supra).
Los elementos STAR oscilan entre 500 y 2.361 pb. (Tabla 6). Es
probable que, para muchos de los elementos STAR que han sido
aislados, la actividad STAR sea conferida por un fragmento de ADN
más pequeño que el clon aislado inicialmente. Es útil determinar
estos tamaños de fragmentos mínimos que son esenciales para la
actividad STAR, por dos razones.
Primera, los elementos STAR funcionales más
pequeños serían ventajosos en el diseño de vectores de expresión
compactos, puesto que los vectores más pequeños transfectan las
células huésped con mayor eficacia.
Segunda, determinar las secuencias STAR
esenciales mínimas permite la modificación de aquellas secuencias
para una funcionalidad intensificada. Dos elementos STAR han sido
sometidos a mapeo fino para determinar sus secuencias esenciales
mínimas.
STAR10 (1.167 pares de bases)) y STAR27 (1.520
pares de bases) han sido sometidos a mapeo fino. Han sido
amplificados mediante PCR para rendir sub-fragmentos
de una longitud aproximadamente igual (leyenda de la Fig. 9). Para
el ensayo inicial, estos han sido clonados en el vector pSelect en
el sitio BamHI, y transfectados en células U-2
OS/Tet-Off/LexA-HP1 como se describe
en el Ejemplo 1. Tras la selección en cuanto a la resistencia a la
higromicina, LexA-HP1 fue inducido disminuyendo la
concentración de doxiciclina. Las células transfectadas fueron
incubadas después con zeocina para someter a ensayo la capacidad de
los elementos STAR para proteger la unidad de expresión
SV40-Zeo de la represión debida a la unión a
LexA-HP1.
En este experimento STAR10 y STAR27 confieren
una buena protección frente al silenciamiento génico, como se
esperaba (Fig. 9). Esto se manifiesta por un fuerte crecimiento en
presencia de zeocina.
De los 3 sub-fragmentos de
STAR10, 10A (\sim400 pares de bases) confiere a las células
transfectadas un crecimiento vigoroso en presencia de zeocina, que
excede el del elemento STAR completo. Las células transfectadas con
los constructos pSelect que contenían los otros 2
sub-fragmentos no crecen en presencia de zeocina.
Estos resultados identifican el fragmento 10A de \sim400 pares de
bases que abarca la secuencia de ADN responsable de la actividad
anti-represión de STAR10. STAR 27 confiere un
crecimiento moderado en zeocina a las células transfectadas en este
experimento (Fig. 9). Uno de los sub-fragmentos de
este STAR, 27B (\sim500 pares de bases), permite un crecimiento
débil de las células huésped en el medio que contiene zeocina. Esto
sugiere que la actividad anti-represión de este STAR
está parcialmente localizada en el sub-fragmento
27B, pero la actividad completa requiere también las secuencias 27A
y/o 27C (cada una de \sim500 pares de bases).
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Los elementos STAR funcionan en diversas cepas
de células de mamífero cultivadas. La elección de la línea de
células huésped para la expresión de la proteína heteróloga es un
parámetro crítico para la cualidad, el rendimiento, y el coste por
unidad de la proteína. Consideraciones tales como las modificaciones
post-traduccionales, la capacidad de la ruta
secretora, y la inmortalidad de la línea celular dictan la línea
celular apropiada para un sistema de producción biofarmacéutico
concreto. Por esta razón, las ventajas proporcionadas por los
elementos STAR en términos de rendimiento, pronosticabilidad, y
estabilidad deben ser obtenibles en diversas líneas celulares. Esto
fue sometido a ensayo comparando la función de STAR6 en la línea
cellar U-2 OS humana en la cual éste había sido
clonado originalmente, y en la línea celular CHO que es ampliamente
aplicada en biotecnología.
Se refieren los experimentos del ejemplo 11.
La expresión del gen informador SEAP en células
CHO es presentada en la Fig. 7; la expresión del gen informador de
luciferasa en las células U-2 OS se presenta en la
Fig. 8. Por medio de la comparación de los resultados de estos dos
experimentos, es evidente que el elemento STAR6 es funcional en
ambas línea celulares: la expresión del gen informador era más
predecible en ambas, y los clones de cada línea celular presentaban
rendimientos más altos, cuando el gen informador era protegido de
los efectos de la posición por STAR6. Estas dos líneas celulares
derivan de diferentes especies (humano y hámster) y diferentes tipos
de tejidos (hueso y ovario), reflejando la amplia gama de huéspedes
en la cual puede ser utilizado este elemento STAR para la mejora de
la expresión de proteínas heterólogas.
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Los elementos STAR funcionan en el contexto de
diversos promotores transcripcionales. La transcripción del transgen
se realiza colocando el marco de lectura abierto del transgen bajo
el control de un promotor exógeno. La elección del promotor está
influenciada por la naturaleza de la proteína heteróloga y el
sistema de producción. En la mayoría de los casos, se prefieren los
promotores constitutivos fuertes debido a que pueden proporcionar
elevados rendimientos. Algunos promotores virales tienen estas
propiedades; promotor/intensificador del gen temprano inmediato de
citomegalovirus ("promotor de CMV") se considera generalmente
como el promotor más fuerte en uso biotecnológico común (Boshart
et al., 1985, Doll et al., 1996, Foecking &
Hofstetter, 1986). El promotor del virus de simios SV40 también es
moderadamente fuerte (Boshart et al., 1985, Foecking &
Hofstetter, 1986) y es utilizado frecuentemente para la expresión
ectópica en vectores de células de mamífero. El promotor
Tet-Off es inducible: el promotor es reprimido en
presencia de tetraciclina o antibióticos relacionados (comúnmente se
utiliza doxiciclina) en líneas celulares que expresan el plásmido
tTA (Clontech K1620-A), y la eliminación del
antibiótico produce una inducción transcripcional (Deuschle et
al., 1995, Gossen & Bujard, 1992, Izumi & Gilbert, 1999,
Umana et al., 1999).
La construcción de los vectores
pSDH-Tet y pSDH-CMV se describe en
el Ejemplo 11. pSDH-SV40 fue construido mediante
amplificación por PCR del promotor SV40 (cebadores D41 y D42) del
plásmido pSelect-SV4 0-Zeo (Ejemplo
1), seguido de digestión del producto de la PCR con SacII y SalI. El
vector pSDH-CMV fue digerido con SacII y SalI para
separar el promotor de CMV, y el vector y el fragmento de SV40
fueron ligados entre sí para crear pSDH-SV40. STAR6
fue clonado en MCSI y MCSII como se describe en el Ejemplo 11. Los
plásmidos pSDH-Tet,
pSDH-Tet-STAR6,
pSDH-Tet-STAR7,
pSDH-SV40 y
pSDH-SV40-STAR6 fueron
co-transfectados con pBabe-Puro en
U-2 OS utilizando SuperFect como describe el
fabricante. El cultivo celular, la selección con puromicina, y los
análisis con luciferasa se llevaron a cabo como se describe en el
Ejemplo 11.
Las Figs. 8, 10, y 11 comparan la expresión del
gen informador luciferasa de 3 promotores diferentes: dos promotores
virales fuertes y constitutivos (CMV y SV40), y el promotor
Tet-Off inducible. Los tres promotores fueron
sometidos a ensayo en el contexto del elemento STAR6 en células
U-2 OS. Los resultados demuestran que el rendimiento
y la pronosticabilidad de los 3 promotores aumentaban con STAR6.
Como se describe en los Ejemplo 11 y 14, STAR6
es beneficioso en el contexto del promotor CMV (Fig. 8). Se observan
mejoras similares en el contexto del promotor de SV40 (Fig. 10): el
rendimiento del clon STAR6 más altamente expresado es
2-3 veces mayor que el mejor de los clones
pSDH-SV4 0, y los clones STAR6 (20% de la población)
tienen rendimientos más altos que el mejor de los clones STAR
negativos. En el contexto del promotor Tet-Off a
concentraciones inductoras (poca doxiciclina), STAR6 también mejora
el rendimiento y la pronosticabilidad de la expresión del transgen
(Fig. 11): el clon STAR6 más altamente expresado tiene un
rendimiento 20 veces superior que el mejor clon
pSDH-tet, y los 9 clones STAR6 (35% de la población)
tienen rendimientos más altos que el mejor clon STAR negativo. Se
concluye que este elemento STAR es versátil en sus propiedades
protectoras del transgen, puesto que funciona en el contexto de
diversos promotores de la transcripción biotecnológicamente
útiles.
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Si bien las secuencias de ácido nucleico cortas
pueden ser simétricas (v.g. palindrómicas), las secuencias de origen
natural más largas son típicamente asimétricas. Como resultado, el
contenido de información de las secuencias de ácido nucleico es
direccional, y las propias secuencias pueden ser descritas con
respecto a sus extremos 5' y 3'. La direccionalidad de la
información de la secuencia de ácido nucleico afecta a la
disposición en la cual son ensambladas las moléculas de ADN
recombinante utilizando mecanismos de clonación normalizados
conocidos en la técnica (Sambrook et al., 1989). Los
elementos STAR son secuencias de ADN largas, asimétricas, y tienen
una direccionalidad basada en la orientación en la cual son clonadas
originalmente en el vector pSelect. En los ejemplos dados antes,
utilizando dos elementos STAR en vectores pSDH, esta direccionalidad
es preservada. Esta orientación es descrita como la orientación
natural o 5'-3', relativa al gen de resistencia a la
zeocina (ver la Fig. 12). En este ejemplo se somete a ensayo la
importancia de la direccionalidad para la función STAR en el vector
pSDH-Tet. Puesto que los genes informadores de los
vectores pSDH están flanqueados en ambos lados por copias del
elemento STAR de interés, la orientación de cada copia STAR debe ser
considerada. En este ejemplo se compara la orientación natural con
la orientación contraria (Fig. 12).
El elemento STAR6 fue clonado en
pSDH-Tet como se describe en el Ejemplo 11. Las
células U-2 OS fueron
co-transfectadas con los plásmidos
pSDH-Tet-STAR,66-natural
y
pSDH-Tet-STAR66-contrario,
y cultivadas como se describe en el Ejemplo 11. Los clones
individuales fueron aislados y cultivados; el nivel de expresión de
luciferasa fue determinado como se ha descrito (supra).
Los resultados de la comparación de la actividad
STAR66 en la orientación natural y la orientación contraria se
muestran en la Fig. 13. Cuando STAR66 está en la orientación
contraria, el rendimiento de un solo clon es razonablemente elevado
(60 unidades luciferasa). En contraste, el rendimiento del clon de
expresión más elevada cuando STAR66 está en la orientación natural
es considerablemente mayor (100 unidades luciferasa), y la
pronosticabilidad también es mucho mayor: 7 clones de la población
de orientación natural (30%) expresan la luciferasa por encima del
nivel del clon de expresión más elevada de la población de
orientación contraria, y 15 de los clones de la población de
orientación natural (60%) expresan la luciferasa por encima de
aproximadamente 10 unidades luciferasa relativas. Por lo tanto se
demuestra que la función STAR66 es direccional.
Las unidades de expresión del transgen para la
expresión de la proteína heteróloga son integradas generalmente en
el genoma de la célula huésped para asegurar la retención estable
durante la división celular. La integración puede producir una o
múltiples copias de la unidad de expresión que esté siendo insertada
en el genoma; las copias múltiples pueden estar presentes o no en
forma de disposiciones en tándem. El rendimiento incrementado
demostrado para los transgenes protegidos por elementos STAR
(supra) sugiere que los elementos STAR son capaces de
permitir que las unidades de expresión del transgen funcionen
independientemente de las influencias sobre la transcripción
asociadas con el sitio de integración en el genoma (independencia de
los efectos de la posición (Boivin & Dura, 1998)). Esto sugiere
adicionalmente que los elementos STAR permiten que cada unidad de
expresión funcione independientemente de las copias vecinas de la
unidad de expresión cuando están integradas en forma de una
ordenación en tándem (independencia del silenciamiento del gen
inducido por la repetición (Garrick et al., 1998)). La
dependencia del número de copias se determina a partir de la
relación entre los niveles de expresión del transgen y el número de
copias, como se describe más abajo en el ejemplo.
Las células U-2 OS fueron
co-transfectadas con
pSDH-Tet-STAR10 y cultivadas bajo
selección con puromicina como se ha descrito (supra). Ocho
clones individuales fueron aislados y cultivados adicionalmente.
Después las células fueron cosechadas, y una porción fue analizada
en cuanto a la actividad luciferasa como se ha descrito
(supra). Las células restantes fueron sometidas a lisis y el
ADN genómico fue purificado utilizando el DNeasy Tissue Kit (QIAGEN
69504) como describe el fabricante. Las muestras de ADN fueron
cuantificadas mediante espectrometría de UV. Tres microgramos de
cada muestra de ADN genómico fueron digeridos con PvuII y XhoI
durante la noche como describe el fabricante (New England Biolabs),
y resueltos mediante electroforesis en gel de agarosa. Los
fragmentos de ADN fueron transferidos a una membrana de nailon como
se ha descrito (Sambrook et al., 1989), e hibridados con una
sonda marcada radiactivamente al gen de la luciferasa (aislado de
pSDH-Tet digerido con BamHI/SacII). La transferencia
fue lavada como se ha descrito (Sambrook et al., 1989) y
expuesta a una pantalla de formadora de imágenes con fósforo
(Personal F/X, BioRad). El autorradiograma resultante (Fig. 14) fue
analizado mediante densitometría para determinar la fuerza relativa
de las bandas de ADN de luciferasa, que representa el número de
copias del transgen.
Las actividades de la enzima y los números de
copias (intensidades de las bandas de ADN) de la luciferasa en los
clones de la población de clones pSDH-STAR10 se
muestran en la Fig. 15. El número de copias del transgen está
altamente correlacionado con el nivel de expresión de luciferasa en
estos clones pSDH-STAR10 (r = 0,86). Esto sugiere
que STAR10 confiere una dependencia del número de copias de las
unidades de expresión del transgen, haciendo la expresión del
transgen independiente de otras copias del transgen en disposiciones
en tándem, e independiente de las influencias del silenciamiento del
gen en el sitio de integración.
Los promotores génicos están sujetos tanto a
influencias positivas como negativas sobre su capacidad para iniciar
la transcripción. Una clase importante de elementos que ejercen
influencias positivas son los intensificadores. Los intensificadores
son característicamente capaces de afectar a los promotores incluso
cuando están localizados lejos (muchos kilopares de bases) del
promotor. Las influencias negativas que actúan mediante la formación
de heterocromatina (v.g. proteínas del grupo Polycomb) han sido
descritas antes, y estas son la diana de la actividad STAR. La base
bioquímica para la función intensificadora y para la formación de
heterocromatina es fundamentalmente similar, ya que ambas implican
la unión de proteínas al ADN. Por lo tanto es importante determinar
si los elementos STAR son capaces de bloquear las influencias
positivas así como las influencias negativas, en otras palabras,
proteger los transgenes de los intensificadores genómicos en la
vecindad del sitio de integración. La capacidad para proteger los
transgenes de la actividad intensificadora asegura un funcionamiento
estable y predecible de los transgenes en las aplicaciones
biotecnológicas. Este ejemplo examina el funcionamiento de los
elementos STAR en un análisis de bloqueo del intensificador.
Otro rasgo de la actividad STAR que es
importante para su función es el aumento de rendimiento que
confieren a los transgenes (Ejemplo 11). Los STAR son aislados
basándose en su capacidad para mantener elevados niveles de
expresión de zeocina cuando las proteínas formadoras de
heterocromatina se unen adyacentes a los elementos STAR candidato.
Se pronostica que se producirá una elevada expresión debido a que se
prevé que los STAR bloquearán la diseminación de la heterocromatina
en la unidad de expresión de zeocina. No obstante, un segundo
escenario es que los fragmentos de ADN de los clones resistentes a
zeocina contienen intensificadores. Se ha demostrado que los
intensificadores tienen la capacidad de superar los efectos
represivos de las proteínas del grupo Polycomb tales como las
utilizadas en el método del rastreo con STAR (Zink & Paro,
1995). Los intensificadores aislados mediante este fenómeno serían
considerados falsos positivos, puesto que los intensificadores no
tienen las propiedades reivindicadas aquí para los STAR. Con el fin
de demostrar que los elementos STAR no son intensificadores, estos
han sido sometidos a ensayo en un análisis de intensificador.
El análisis de bloqueo del intensificador y el
análisis de intensificador son metodológicamente y conceptualmente
similares. Los análisis se muestran esquemáticamente en la Fig. 16.
La capacidad de los elementos STAR para bloquear los
intensificadores se realiza utilizando el sistema intensificador
E47/caja E. La proteína E47 es capaz de activar la transcripción por
medio de promotores cuando se une a una secuencia de ADN de la caja
E localizada en la vecindad de esos promotores (Quong et al.,
2002). E47 está implicada normalmente en la regulación de la
diferenciación de linfocitos B y T (Quong et al., 2002), pero
es capaz de funcionar en diversos tipos celulares cuando es
expresada ectópicamente (Petersson et al., 2002). La caja E
es una secuencia de ADN palindrómica, CANNTG (Knofler et al.,
2002). En el análisis de bloqueo del intensificador, se coloca una
caja E aguas arriba del gen informador de la luciferasa (incluyendo
un promotor mínimo) en un vector de expresión. Se coloca un sitio de
clonación para los elementos STAR entre la caja E y el promotor. La
proteína E47 es codificada en un segundo plásmido. El análisis se
realiza transfectando tanto el plásmido E47 como el vector de
expresión de la luciferasa en las células; la proteína E47 es
expresada y se une a la caja E, y el complejo E47/caja E es capaz de
actuar como intensificador. Cuando el vector de expresión de la
luciferasa no contiene un elemento STAR, el complejo E47/caja E
intensifica la expresión de la luciferasa (Fig. 16A, situación 1).
Cuando los elementos STAR son insertados entre la caja E y el
promotor, su capacidad para bloquear el intensificador es demostrada
mediante la expresión reducida de la actividad luciferasa (Fig. 16A,
situación 2); si los STAR no pueden bloquear los intensificadores,
la expresión de la luciferasa es activada (Fig 16A, situación
3).
La capacidad de los elementos STAR para actuar
como intensificadores utiliza el mismo vector de expresión de la
luciferasa. En ausencia de E47, la propia caja E no afecta a la
transcripción. Al contrario, el comportamiento intensificador de los
elementos STAR dará como resultado la activación de la trascripción
de la luciferasa. El análisis es realizado transfectando el vector
de expresión de la luciferasa sin el plásmido E47. Cuando el vector
de expresión no contiene elementos STAR, la expresión de la
luciferasa es baja (Fig. 16B, situación 1). Si los elementos STAR no
tienen propiedades intensificadoras, la expresión de la luciferasa
es baja cuando un elemento STAR está presente en el vector (Fig.
16B, situación 2). Si los elementos STAR tienen propiedades
intensificadoras, la expresión de la luciferasa será activada en los
vectores que contienen STAR (Fig. 16B, situación 3).
El vector de expresión de la luciferasa fue
construido insertando la caja E y un promotor mínimo de la fosfatasa
alcalina humana a partir del plásmido mu-
E5+E2x6-cat(x) (Ruezinsky et al.,
1991) aguas arriba del gen de la luciferasa en el plásmido
pGL3-básico (Promega E1751), para crear
pGL3-caja-E-luciferasa
(donación de W. Romanow). El plásmido de expresión de E47 contiene
el marco de lectura abierto de E47 bajo el control de un promotor de
la beta-actina en el plásmido
pHBAPr-1-neo; E47 es expresado
constitutivamente a partir de este plásmido (donación de W.
Romanow). Los elementos STAR 1, 2, 3, 6, 10, 11, 18, y 27 han sido
clonados en el vector de expresión de la luciferasa. Los clones que
contenían el elemento scs de Drosophila y el núcleo
HS4-6x de la beta-globina de pollo
("HS4") han sido incluidos como controles positivos (se sabe
que bloquean los intensificadores, y no tienen propiedades
intensificadoras intrínsecas (Chung et al., 1993, Kellum
& Schedl, 1992)), y el vector de expresión de luciferasa vacío
ha sido incluido como control negativo. Todos los análisis fueron
realizados utilizando la línea celular U-2 OS. En
el análisis de bloqueo del intensif icador, el plásmido E47 fue
co-transfectado con los vectores de expresión de la
luciferasa (vector vacío, o conteniendo elementos STAR o de control
positivo). En el análisis del intensificador, el plásmido E47 fue
co-transfectado con el vector de expresión de la
luciferasa sin STAR como control positivo para la actividad
intensificadora; todas las demás muestras recibieron un supuesto
plásmido durante la co-transfección. Las células
transfectadas transitoriamente fueron analizadas en cuanto a la
actividad de la luciferasa 48 horas después de la transfección del
plásmido (supra). La actividad de la luciferasa expresada a
partir del plásmido que no contenía los elementos de la caja E o
STAR/control fueron sustraídos, y las actividades de la luciferasa
fueron normalizadas para el contenido de proteína como se ha
descrito (supra).
La Fig. 17 muestra los resultados del análisis
de bloqueo de intensificador. En ausencia de elementos STAR (o de
los elementos scs y HS4 de bloqueo del intensificador conocido), el
complejo intensificador E47/caja E activa la expresión de la
luciferasa ("vector"); este nivel de expresión intensificado ha
sido normalizado a 100. La actividad intensificadora es bloqueada
por todos los elementos STAR sometidos a ensayo. La actividad
intensificadora es bloqueada también por los elementos HS4 y scs,
como se esperaba (Bell et al., 2001, Gerasimova & Corces,
2001). Estos resultados demuestran que además de su capacidad para
bloquear la diseminación del silenciamiento transcripcional
(influencias negativas), los elementos STAR son capaces de bloquear
la acción de los intensificadores (influencias positivas).
La Fig. 18 muestra los resultados del análisis
de intensificador. El nivel de expresión de luciferasa debido a la
intensificación por el complejo E47/caja-E se ajusta
a 100 ("E47"). En comparación, ninguno de los elementos STAR
ocasiona una activación significativa de la expresión de la
luciferasa. Como se esperaba, los elementos scs y HS4 tampoco
ocasionan la activación del gen informador. Por lo tanto se concluye
que al menos los elementos STAR sometidos a ensayo no poseen
propiedades intensificadoras.
El análisis BLAT de la secuencia de ADN STAR
frente a la base de datos del genoma humano
(http://genome.ucsc.
edu/cgi-bin/hgGateway) revela que algunas de estas secuencias tienen una elevada conservación de la secuencias con otras regiones del genoma humano. Estas regiones duplicadas son elementos STAR candidatos; si muestran actividad STAR, serían considerados parálogos de los STAR clonados (se dice que dos genes o elementos genéticos son parálogos si derivan de un evento de duplicación (Li, 1997)).
edu/cgi-bin/hgGateway) revela que algunas de estas secuencias tienen una elevada conservación de la secuencias con otras regiones del genoma humano. Estas regiones duplicadas son elementos STAR candidatos; si muestran actividad STAR, serían considerados parálogos de los STAR clonados (se dice que dos genes o elementos genéticos son parálogos si derivan de un evento de duplicación (Li, 1997)).
El análisis BLAST de los STAR humanos frente al
genoma de ratón
(http://www.ensembl.org/Mus_musculus/
blastview) también revela regiones de elevada conservación de la secuencia entre ratón y humano. Esta conservación de la secuencia ha sido demostrada para fragmentos de 15 de los 65 elementos STAR humanos. La conservación oscila entre el 64% y el 89%, sobre longitudes de 141 pares de bases a 909 pares de bases (Tabla 8). Estos grados de conservación de la secuencia son notables y sugieren que estas secuencias de ADN pueden conferir actividad STAR también dentro del genoma de ratón. Algunas de las secuencias de los genomas de ratón y humano de la Tabla 8 podrían ser definidas estrictamente como ortólogos (se dice que dos genes o elementos genéticos son ortólogos si derivan de un evento de especiación (Li, 1997)). Por ejemplo, STAR6 está entre los genes SLC8A1 y HAAO en los genomas tanto humano como de ratón. En otros casos, un STAR humano clonado tiene un parálogo dentro del genoma humano, y su ortólogo ha sido identificado en el genoma de ratón. Por ejemplo, STAR3a es un fragmento de la región 15q11.2 del cromosoma humano 15. Esta región es idéntica en un 96,9% (paráloga) con un fragmento de ADN en 5q33.3 del cromosoma humano 5, que está cerca del gen de la interleuquina IL12B. Estos ADN humanos comparten aproximadamente una identidad del 80% con un fragmento de la región 11B2 del cromosoma de ratón 11. El fragmento 11B2 también está cerca del gen de la interleuquina IL112B (de ratón). Por lo tanto STAR3a y el fragmento 11B2 de ratón pueden ser definidos estrictamente como parálogos.
blastview) también revela regiones de elevada conservación de la secuencia entre ratón y humano. Esta conservación de la secuencia ha sido demostrada para fragmentos de 15 de los 65 elementos STAR humanos. La conservación oscila entre el 64% y el 89%, sobre longitudes de 141 pares de bases a 909 pares de bases (Tabla 8). Estos grados de conservación de la secuencia son notables y sugieren que estas secuencias de ADN pueden conferir actividad STAR también dentro del genoma de ratón. Algunas de las secuencias de los genomas de ratón y humano de la Tabla 8 podrían ser definidas estrictamente como ortólogos (se dice que dos genes o elementos genéticos son ortólogos si derivan de un evento de especiación (Li, 1997)). Por ejemplo, STAR6 está entre los genes SLC8A1 y HAAO en los genomas tanto humano como de ratón. En otros casos, un STAR humano clonado tiene un parálogo dentro del genoma humano, y su ortólogo ha sido identificado en el genoma de ratón. Por ejemplo, STAR3a es un fragmento de la región 15q11.2 del cromosoma humano 15. Esta región es idéntica en un 96,9% (paráloga) con un fragmento de ADN en 5q33.3 del cromosoma humano 5, que está cerca del gen de la interleuquina IL12B. Estos ADN humanos comparten aproximadamente una identidad del 80% con un fragmento de la región 11B2 del cromosoma de ratón 11. El fragmento 11B2 también está cerca del gen de la interleuquina IL112B (de ratón). Por lo tanto STAR3a y el fragmento 11B2 de ratón pueden ser definidos estrictamente como parálogos.
Con el fin de someter a ensayo la hipótesis de
que la actividad STAR es compartida entre regiones de elevada
conservación de la secuencia en el genoma de ratón y humano, uno de
los STAR humanos con una secuencia conservada en el ratón, STAR18,
ha sido analizada con mayor detalle. La conservación de la secuencia
en el genoma de ratón detectada con el clon STAR18 original se
extiende hacia la izquierda del cromosoma 2 humano durante
aproximadamente 500 pares de bases (la Fig. 19; izquierda y derecha
hacen referencia a la descripción normalizada de los brazos del
cromosoma 2). En este ejemplo los autores de la presente invención
examinan si la región de conservación de la secuencia define un
elemento STAR de "origen natural" en humanos que es más extensa
en longitud que el clon original. Los autores de la presente
invención también examinan si la función STAR de este elemento STAR
está conservada entre ratón y humano.
La región de conservación de la secuencia de
ratón/humano en torno a STAR 18 fue recuperada del clon BAC humano
RP11-387A1 mediante amplificación por PCR, en tres
fragmentos: la región completa (cebadores E93 y E94), la mitad
izquierda (cebadores E93 y E92), y la mitad derecha (cebadores E57 y
E94). Los correspondientes fragmentos de la región de ratón homóloga
fueron recuperados del clon BAC RP23-400H17 de la
misma manera (cebadores E95 y E98, E95 y E96, y E97 y E98,
respectivamente). Todos los fragmentos fueron clonados en el vector
pSelect y transfectados en una línea celular U-2
OS/Tet-Off/LexA-HP1 (supra).
Tras la transfección, se llevó a cabo la selección con higromicina
para seleccionar las células transfectadas. La proteína
LexA-HP1 fue inducida disminuyendo la concentración
de doxiciclina, y la capacidad de las células transfectadas para
resistir al antibiótico zeocina (una medida de la actividad STAR)
fue evaluada controlando el crecimiento celular.
El clon STAR18 original fue aislado de ADN
humano digerido con Sau3AI ligado en el vector pSelect basándose en
su capacidad para prevenir el silenciamiento de un gen resistente a
la zeocina. El alineamiento del clon STAR18 humano (497 pares de
bases) con el genoma de ratón reveló una elevada similitud de
secuencia (72%) entre las regiones STAR18 de humano y de ratón
ortólogas. También dejaba patente una elevada similitud (73%) en la
región que se prolongaba durante 488 pares de bases inmediatamente
hacia la izquierda del sitio Sau3AI que define el extremo izquierdo
de la región clonada (Fig. 19). Fuera de estas regiones la similitud
de secuencia entre el ADN humano y de ratón cae por debajo del
60%.
Como se indica en la Fig. 19, los elementos
STAR18 tanto humanos como de ratón confieren supervivencia en
zeocina a las células huésped que expresan la proteína represora
lexA-HP1. El clon STAR18 de 497 pares de bases y su
ortólogo de ratón confieren ambos capacidad de crecimiento (Fig. 19,
a y d). Las regiones de 488 pares de bases adyacentes de elevada
similitud de ambos genomas también confieren capacidad para crecer,
y de hecho su fenotipo de crecimiento es más vigoroso que el del
clon STAR18 original (Fig. 19, b y e). Cuando la región completa de
similitud de secuencia era sometida a ensayo, estos ADN tanto de
ratón como de humano confieren crecimiento, y el fenotipo de
crecimiento es más vigoroso que los dos
sub-fragmentos (Fig. 19, c y f). Estos resultados
demuestran que la actividad STAR de STAR18 humano es conservada en
su ortólogo de ratón. La elevada conservación de la secuencia entre
estas regiones ortólogas es particularmente notable debido a que no
son secuencias codificadoras de proteínas, conduciendo a la
conclusión de que tienen alguna función reguladora que ha evitado su
divergencia evolutiva por medio de mutaciones.
Este análisis demuestra que los elementos STAR
clonados identificados mediante el programa de rastreo original
pueden representar en algunos casos elementos STAR parciales, y que
el análisis del ADN genómico en el cual están embebidos puede
identificar secuencias con una actividad STAR más fuerte.
Utilizando el rastreo genético descrito en la
solicitud de patente original, se aislaron inicialmente sesenta y
seis (66) elementos STAR a partir de ADN genómico humano y se
caracterizaron con detalle (Tabla 6). El rastreo se realizó sobre
genotecas génicas construidas mediante digestión con Sau3AI de ADN
genómico humano, ya sea purificado de placenta (Clontech
6550-1) o llevado a cabo en cromosomas artificiales
bacteriano/P1 (BAC/PAC). Los clones BAC/PAC contienen ADN genómico
de regiones del cromosoma 1 (clones RP1154H19 y RP3328E19), de la
agrupación HOX de genes homeóticos (clones RP1167F23, RP1170019, y
RP11387A1), o del cromosoma humano 22 (Research Genetics
96010-22). Los ADN fueron fraccionados por tamaño, y
la fracción de tamaño 0,5 - 2 kb fue ligada en el vector pSelect
digerido con BamHI, mediante mecanismos normalizados (Sambrook et
al., 1989). Los plásmidos pSelect que contenían ADN genómico que
confería resistencia a zeocina a bajas concentraciones de
doxiciclina fueron aislados y propagados en Escherichia coli.
Los rastreos que rendían los elementos STAR de la Tabla 6 han
analizado aproximadamente el 1-2% del genoma
humano.
Los insertos de ADN genómico humano en estos 66
plásmidos fueron secuenciados mediante el método didesoxi (Sanger
et al., 1977) utilizando un secuenciador de ADN automático
Beckman CEQ2000, empleando las instrucciones del fabricante.
Brevemente, el ADN fue purificado a partir de E. coli
utilizando QIAprep Spin Miniprep y Plasmid Midi Kits (QIAGEN 27106 y
12145, respectivamente). La secuenciación en ciclos se llevó a cabo
utilizando los oligonucleótidos de costumbre correspondientes al
vector pSelect (cebadores D89 y D95, Tabla 5), en presencia de
terminadores coloreados (CEQ Dye Terminator Cycle Sequencing Kit,
Beckman 608000). Las secuencias de ADN STAR ensambladas fueron
localizadas en el genoma humano (contrucciones de bases de datos
Agosto y Diciembre 2001) utilizando BLAT (Basic Local Alignment Tool
(Kent, 2002); http://genome.ucsc.edu/cgibin/hgGateway; Tabla 6).
Además, las secuencias STAR combinadas comprenden 85,6 kilopares de
bases, con una longitud media de 1,3 kilopares de bases.
Fig. 1. La familia de plásmidos pSelect para la
selección y caracterización de elementos STAR. Un marcador de
resistencia (zeocina o puromicina) o un gen informador (GFP o
luciferasa) bajo el control del promotor de SV40 promiscuo es
adyacente a un sitio de clonación BamHI flanqueado por los sitios
AscI y HindIII. Aguas arriba del sitio de clonación están los
operadores lexA a los cuales se puede unir la proteína lexA. La
unión de las proteínas del grupo lexA-Polycomb
quiméricas a los operadores ocasiona la represión del gen marcador o
informador. Los fragmentos de ADN insertados en el sitio de
clonación que bloquean la represión son identificados mediante la
expresión persistente del gen marcador o informador. El plásmido
replica episómicamente en células de mamífero cultivadas debido a la
secuencia de oriP.
Fig. 2. La familia pSDH de plásmidos para
someter a ensayo los elementos STAR. Dos sitios de clonación
múltiple (MCSI y MCSII) flanquean un gen informador (GFP o
luciferasa) cuya expresión es conducida por un promotor aguas arriba
(CMV, Tet-off, o SV40). Los elementos STAR a someter
a ensayo son insertados en MCSI y MCSII. Estos contienen sitios de
restricción únicos (MCSI: XhoI, NotI, EcoRI, y SaII; MCSIL HindIII,
EcoRV, BglII, y NheI). El plásmido replica después de la integración
al azar en el genoma de células de mamífero.
Fig. 3. Proporción de clones que
sobre-expresan la luciferasa. Las células de
osteosarcoma humano U-2 OS fueron transfectadas
establemente con plásmidos pSDH (conteniendo el gen informador de la
luciferasa bajo el control del promotor tet-off), y
los clones transfectados individuales fueron aislados y cultivados.
La expresión de la luciferasa fue medida enzimáticamente. Se
determinó la expresión de luciferasa media por los clones que
contenían el pSDH sin STAR ("nivel de referencia"). Los clones
de los grupos de todos los plásmidos fueron puntuados como
"sobre-expresión" si su actividad luciferasa
era más de dos veces más alta que el nivel de referencia. Se traza
el porcentaje de clones con sobre-expresión en cada
grupo de plásmidos.
Fig. 4. Veces de sobre-expresión
por los clones con sobre-expresión. El intervalo de
sobre-expresión en los plásmidos pSDH que contienen
STAR integrado en el ADN genómico fue determinado dividiendo las
actividades de la luciferasa de cada clon por el nivel de
referencia. Para aquellos que presentaban una expresión
significativa (más de dos veces por encima del nivel de referencia),
se observaron incrementos en veces reales; los valores mínimo y
medio de estos datos se trazan para cada plásmido.
Fig. 5. Veces de sobre-expresión
por los clones con sobre-expresión. El intervalo de
sobre-expresión en los plásmidos pSDH que contienen
STAR integrado en el ADN genómico fue determinado dividiendo las
actividades de la luciferasa de cada clon por el nivel de
referencia. Para aquellos que presentaban una expresión
significativa (más de dos veces por encima del nivel de referencia),
se observaron incrementos en veces reales; los valores máximos de
estos datos se trazan para cada plásmido.
Fig 6. El plásmido pSDH-CSP
utilizado para someter a ensayo la actividad STAR. El gen informador
de la Fosfatasa Alcalina Secretada (SEAP) está bajo el control del
promotor CMV, y el marcador seleccionable de resistencia a la
puromicina (puro) está bajo el control del promotor de SV40.
Flanqueando estos dos genes se encuentran múltiples sitios de
clonación en los cuales los elementos STAR pueden ser clonados. El
plásmido también tiene un origen de replicación (ori) y un gen de
resistencia a ampicilina (ampR) para la propagación en
Escherichia coli.
Fig. 7. STAR6 y STAR49 mejoran la
pronosticabilidad y el rendimiento de la expresión del transgen. Se
determinó la expresión de SEAP a partir del promotor CMV por las
células CHO transfectadas con pSDH-CSP,
pSDH-CSP-STAR6, o
pSDH-CSP-STAR,49. Los constructos
que contienen STAR confieren mayor pronosticabilidad y un elevado
rendimiento en relación con el constructo pSDH-CSP
solo.
Fig. 8. STAR6 y STAR8 mejoran la
pronosticabilidad y el rendimiento de la expresión del transgen. Se
determinó la expresión de luciferasa a partir del promotor de CMV
por las células U-2 OS transfectadas con
pSDH-CMV,
pSDH-CMV-STAR6, o
pSDH-CMV-STAR8. Los constructos que
contienen STAR confieren mayor pronosticabilidad y un elevado
rendimiento en relación con el constructo pSDH-CMV
solo.
Fig. 9. Secuencias esenciales mínimas de STAR10
y STAR27. Las porciones de los elementos STAR fueron amplificadas
mediante PCR: STAR10 fue amplificado con los cebadores E23 y E12
para rendir el fragmento 10A, E13 y E14 para rendir el fragmento
10B, y E15 y E16 para rendir el fragmento 10C. STAR27 fue
amplificado con los cebadores E17 y E18 para rendir el fragmento
27A, E19 y E20 para rendir el fragmento 27B, y E21 y E22 para rendir
el fragmento 27C. Estos sub-fragmentos fueron
clonados en el vector pSelect. Tras la transfección en células
U-2
OS/Tet-Off/LexA-HP1, se verificó el
crecimiento de los cultivos en presencia de zeocina. Las tasas de
crecimiento variaban de vigoroso (+++) a escaso (+/-), mientras
algunos cultivos no lograban sobrevivir al tratamiento con zeocina
(-) debido a la ausencia de actividad STAR en el fragmento de ADN
sometido a ensayo.
Fig. 10. Función del elemento STAR en el
contexto del promotor SV40. pSDH-SV40 y
pSDH-SV40-STAR6 fueron transfectados
en la línea celular de osteosarcoma humano U-2 OS, y
la expresión de la luciferasa fue analizada con o sin protección del
silenciamiento del gen por STAR6 en clones resistentes a la
puromicina.
Fig. 11. Función del elemento STAR en el
contexto del promotor Tet-Off.
pSDH-Tet y
pSDH-Tet-STAR6 fueron transfectados
en la línea celular de osteosarcoma humano U-2 OS, y
la expresión de la luciferasa fue analizada con o sin protección del
silenciamiento del gen por STAR6 en clones resistentes a la
puromicina.
Fig. 12. Diagrama esquemático de la orientación
de elementos STAR a medida que son clonados en el vector pSelect
(panel A), a medida que son clonados en vectores pSDH para conservar
su orientación natural (panel B), y a medida que son clonados en el
vector pSDH en la orientación contraria (panel C).
Fig. 13. Direccionalidad de la función STAR66.
El elemento STAR66 fue clonado en pSDH-Tet en
orientación natural (STAR66 natural) o en orientación contraria
(STAR66 contraria), y transfectado en células U-2
OS. La actividad de la luciferasa fue analizada en clones
resistentes a la puromicina.
\newpage
Fig. 14. Dependencia del número de copias de la
función STAR. Transferencia Southern de unidades de expresión de la
luciferasa en pSDH-Tet-STAR10,
integrado en ADN genómico de U-2 OS. La sonda de ADN
de luciferasa radiactiva para detectar la cantidad de ADN de
transgen en el genoma de cada clon, que después fue cuantificado con
un aparato para la formación de imágenes con fósforo.
Fig. 15. Dependencia del número de copias de la
función STAR. Se determinó el número de copias de unidades de
expresión pSDH-Tet-STAR10 en cada
clon mediante formación de imágenes con fósforo, y se comparó con la
actividad de la enzima informadora luciferasa expresada por cada
clon.
Fig. 16. Análisis de bloqueo del intensificador
e intensificador. Los vectores de expresión de luciferasa utilizados
para someter a ensayo los STAR en cuanto a la actividad de bloqueo
del intensificador y del intensificador se muestran
esquemáticamente. El sitio de unión a la caja-E para
la proteína intensificadora E47 está aguas arriba de un sitio de
clonación para los elementos STAR. Aguas abajo del sitio de
clonación STAR está el gen de la luciferasa bajo el control de un
promotor mínimo de la fosfatasa alcalina humana (mp). Los
histogramas indican los resultados esperados para las tres posibles
situaciones experimentales (ver el texto).
Panel A: Análisis de bloqueo del
intensificador.
Panel B: Análisis del intensificador.
Fig. 17. Análisis de bloqueo del intensificador.
La expresión de la luciferasa de un promotor mínimo es activada por
el intensificador E47/caja-E en el vector vacío
(vector). La inserción de los bloqueadores del intensificador (scs,
HS4) o de los elementos STAR (elementos STAR 1, 2, 3, 6, 10, 11, 18,
y 27) bloquean la activación de la luciferasa por el intensificador
E47/caja-E.
Fig. 18. Análisis de intensificador. La
expresión de la luciferasa de un promotor mínimo es activada por el
intensificador E47/caja-E en el vector vacío (E47).
La inserción de los elementos scs y HS4 o diversos elementos STAR
(STAR 1, 2, 3, 6, 10, 11, 18, y 27) no activan las transcripción del
gen informador.
Fig. 19. Conservación de la secuencia de STAR18
entre ratón y humano. La región del genoma humano que contiene
STAR18 de 497 pares de bases (recuadros negros); el elemento existe
entre los genes del homeodominio HOXD8 y HOXD4 del cromosoma humano
2. Está alineado con una región en el cromosoma de ratón 2 que
comparte una identidad de secuencia del 72%. La región del cromosoma
2 humano inmediatamente a la izquierda de STAR18 está altamente
conservada con el cromosoma 2 de ratón (identidad del 73%, recuadros
grises); más allá de esta región, la identidad cae por debajo del
60%. Se indica la capacidad de estas regiones de humano y de ratón,
ya sea por separado o combinadas, para conferir crecimiento en
zeocina: -, sin crecimiento; +, crecimiento moderado; ++,
crecimiento vigoroso; +++, crecimiento rápido.
Fig. 20. Secuencias que comprenden STAR1 -
STAR65 (SEQ ID:1 - 65)
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\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
<110> Chromagenics B.V.
\hskip1cm Otte, Arie P.
\hskip1cm Arthur, Kruckeberg L.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<120> Secuencias de ADN que tienen
actividad anti-represora
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<130> 0103 EP 07 DIV
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<150> EP 01202581.3
\vskip0.400000\baselineskip
<151>
04-07-2001
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/303.199
\vskip0.400000\baselineskip
<151>
05-07-2001
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<160> 122
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<170> PatentIn versión 3.1
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 749
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR1
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 2
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 883
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR2
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 2
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 2126
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR3
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1625
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR4
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1571
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR5
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 6
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1173
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR6
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 6
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 2101
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR7
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 8
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1821
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR8
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 8
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1929
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR9
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 9
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1167
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR10
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica_misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (452)..(1143)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 10
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 11
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1377
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR11
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 11
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1051
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR12
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 12
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1291
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR13
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 13
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 14
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 711
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR14
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 14
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 15
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1876
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR16
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 15
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 16
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1282
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR17
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 16
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 17
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 793
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR17
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 17
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 492
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR18
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1840
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 780
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 607
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR21
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1380
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR22
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 23
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1246
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR23
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 23
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 939
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR24
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 25
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1067
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR25
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 25
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<210> 26
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 540
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR26
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 26
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\vskip1.000000\baselineskip
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<210> 27
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1520
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR27
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 27
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 28
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 961
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR28
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 28
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 29
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 2233
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR29
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 29
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 30
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1851
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR30
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 30
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 31
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1701
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR31
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica_misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (159)..(1696)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 31
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 32
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 771
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR32
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 32
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 33
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1368
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR33
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 33
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 34
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 755
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR34
\vskip1.000000\baselineskip
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<400> 34
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<210> 35
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<211> 1193
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR35
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica_misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (355)..(1191)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica_misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (312)..(1191)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 35
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 36
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1712
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
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\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR36
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 36
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 37
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1321
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR37
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 37
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 38
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1445
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Secuencia Artificial
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\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR38
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica_misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (348)..(949)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 38
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 39
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 2331
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> secuencia de STAR39
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 39
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 40
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1071
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
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\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR40
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<400> 40
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<210> 41
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<211> 1135
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<212> ADN
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<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR41
\newpage
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<400> 41
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<210> 42
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 735
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
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<223> secuencia de STAR42
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<400> 42
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<210> 43
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<211> 1227
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR43
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\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1586
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR44
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 44
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 45
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1981
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR45
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<400> 45
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 46
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1859
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
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<223> secuencia de STAR46
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<400> 46
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\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
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<211> 1082
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR47
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 47
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 48
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1242
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR48
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<211> 1015
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> secuencia de STAR49
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 49
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<210> 50
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 2355
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR50
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<400> 50
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<210> 51
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<211> 2289
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR51
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<400> 51
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<210> 52
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1184
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR52
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 52
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 53
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1431
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR53
\vskip1.000000\baselineskip
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<400> 53
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<210> 54
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 975
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR54
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 54
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 55
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 501
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR55
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 55
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<210> 56
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 741
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR56
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 56
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<210> 57
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1365
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR57
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 57
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<210> 58
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1401
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR58
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 58
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\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 59
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 866
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR59
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 59
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\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 60
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 2067
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR60
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica_misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (92)..(1777)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Todos los "N" en diferentes
posiciones representan cualquier ácido nucleico
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 60
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 61
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1470
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR61
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica_misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (130)..(976)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 61
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 62
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1011
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR62
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 62
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 63
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1410
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR63
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 63
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 64
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1414
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR64
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 64
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 65
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1310
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de STAR65
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 65
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 66
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 2500
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de T2F (STAR66F)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 66
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 67
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 2500
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia de T2R (STAR66R)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 67
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 68
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia loxP
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 68
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipataacttcgt ata
\hfill13
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 69
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> secuencia FRT
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 69
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgaagttccta tac
\hfill13
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 70
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 631
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> elementos STAR en STAR3 directo
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica_misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (5)..(630)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 70
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 71
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 774
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> elementos STAR en STAR3 inverso
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<220>
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<221> característica_misc
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<222> (637)..(762)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 71
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 72
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<211> 717
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<212> ADN
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> elementos STAR en STAR4 directo
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<220>
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<221> característica_misc
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<222> (444)..(704)
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<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 72
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\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 73
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<211> 541
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> elementos STAR en STAR4 inverso
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<220>
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<221> característica_misc
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<222> (6)..(533)
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<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
\newpage
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<210> 74
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<211> 794
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> elementos STAR en STAR6 directo
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<221> característica_misc
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<222> (374)..(792)
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<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
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<400> 74
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<210> 75
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<211> 379
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<212> ADN
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> elementos STAR en STAR6 inverso
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<220>
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<221> característica_misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (287)..(379)
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<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
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\vskip0.400000\baselineskip
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<210> 76
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 398
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> elementos STAR en STAR8 directo
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<221> característica_misc
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<222> (98)..(395)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico en diferentes posiciones
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 76
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\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> elementos STAR en STAR8 inverso
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<220>
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<221> característica_misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (72)..(72)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico
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\vskip0.400000\baselineskip
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 78
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 606
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> elementos STAR en STAR18 directo
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<220>
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<221> característica_misc
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<222> (524)..(524)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> "N" representa cualquier ácido
nucleico
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 78
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 79
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 465
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> elementos STAR en STAR18 inverso
\newpage
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<400> 79
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<210> 80
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 48
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido C65
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\vskip0.400000\baselineskip
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\hfill48
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 81
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 54
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido C66
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<400> 81
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
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\hfill54
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 82
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 39
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido C67
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\vskip0.400000\baselineskip
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<211> 32
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido C68
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\vskip0.400000\baselineskip
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\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
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\hfill32
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<210> 84
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 33
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido C81
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 84
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaaaccatggc cgagtacaag cccacggtgc gcc
\hfill33
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 85
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 35
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido C82
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 85
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaaatctagat caggcaccgg gcttgcgggt catgc
\hfill35
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 86
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido C85
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 86
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcatttccccg aaaagtgcca cc
\hfill22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 87
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D30
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 87
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptcactgctag cgagtggtaa actc
\hfill24
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 88
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 28
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D41
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 88
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgaagtcgacg aggcaggcag aagtatgc
\hfill28
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 89
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 29
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D42
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 89
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgagccgcggt ttagttcctc accttgtcg
\hfill29
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 90
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 23
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D51
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 90
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptctggaagct ttgctgaaga aac
\hfill23
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 91
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D89
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 91
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgggcaagatg tcgragtcag g
\hfill21
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 92
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 30
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D90
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 92
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaggcccatgg tcacctccat cgctactgtg
\hfill30
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 93
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D91
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 93
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipctaatcactc actgtgtaat
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 94
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 15
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D93
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 94
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattacaggc gcgcc
\hfill15
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 95
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 15
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D94
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 95
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaattggcgcg cctgt
\hfill15
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 96
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 25
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D95
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 96
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptgctttgcat acttctgcct gcctc
\hfill25
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 97
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E12
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 97
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptaggggggat ccaaatgttc
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 98
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E13
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 98
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcctaaaagaa gatctttagc
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 99
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E14
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 99
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaagtgttgga tccactttgg
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 100
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E15
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 100
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptttgaagatc taccaaatgg
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 101
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E16
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 101
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgttcgggatc cacctggccg
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 102
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E17
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 102
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptaggcaagat cttggccctc
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 103
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 103
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcctctctagg gatccgaccc
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 104
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 104
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipctagagagat cttccagtat
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 105
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 105
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipagagttccgg atccgcctgg
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 106
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E21
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 106
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipccaggcagac tcggaactct
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 107
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 107
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptggtgaaacc ggatccctac
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 108
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E23
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 108
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaggtcaggag atctagacca
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 109
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E25
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 109
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipccattttcgc ttccttagct cc
\hfill22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 110
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E42
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 110
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcgatgtaacc cactcgtgca cc
\hfill22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 111
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E57
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 111
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipagagatctag gataatttcg
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 112
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 36
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E92
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 112
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaggcgctagc acgcgttcta ctcttttcct actctg
\hfill36
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 113
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 35
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E93
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 113
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatcaagctt acgcgtctaa aggcatttta tatag
\hfill35
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 114
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 35
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E94
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 114
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaggcgctagc acgcgttcag agttagtgat ccagg
\hfill35
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 115
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 35
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E95
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 115
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgatcaagctt acgcgtcagt aaaggtttcg tatgg
\hfill35
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 116
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 36
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E96
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 116
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaggcgctagc acgcgttcta ctctttcatt actctg
\hfill36
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 117
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 26
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E97
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 117
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcgaggaagct ggagaaggag aagctg
\hfill26
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 118
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 25
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido E98
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 118
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcaagggccgc agcttacaca tgttc
\hfill25
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 119
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 17
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D58
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 119
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipccaagttgac cagtgcc
\hfill17
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 120
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D80
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 120
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipgttcgtggac acgacctccg
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 121
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D70
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 121
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptacaagccaa ccacggcct
\hfill19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 122
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido D71
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 122
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipcggaagtgct tgacattggg
\hfill20
Claims (17)
1. Una secuencia de ADN aislada y/o recombinante
que tiene actividad anti-represora, seleccionada
dicha secuencia del grupo que consiste en:
- (a)
- el SEQ ID: 45 de la Figura 20;
- (b)
- un fragmento del SEQ ID: 45 de la Figura 20;
- (c)
- una secuencia derivada del SEQ ID: 45
de la Figura 20 por deleción inserción y/o
mutación de una o más bases; donde la actividad
anti-represora de dicha secuencia confiere a una
célula de osteosarcoma U-2 OS humana la capacidad
para crecer después de 4-5 semanas de cultivo en
presencia de 250 \mug/ml de Zeocina y 0,1 ng/ml de doxiciclina,
cuando dicha célula comprende una proteína de fusión represora de
LexA que contiene el dominio de unión a ADN de LexA y una región
codificadora de HP1 o HPC2 bajo el control del sistema regulador de
la transcripción Tet-Off, cuando dicha secuencia de
ADN aislada y/o recombinante es clonada en una secuencia
poliligadora en un plásmido, estando situado dicho poliligador entre
cuatro sitios operadores de LexA y el promotor de SV40 que controla
el gen de resistencia a zeocina, cuando el plásmido está presente en
dicha célula.
\vskip1.000000\baselineskip
2. Un constructo de ADN recombinante provisto de
una secuencia de ADN según la reivindicación 1.
3. Un constructo de ADN según la reivindicación
2, que comprende adicionalmente un promotor conectado operablemente
a una secuencia de ácido nucleico de interés.
4. Un constructo de ADN según la reivindicación
3, donde dicha secuencia de ácido nucleico de interés es un marco de
lectura abierto de un transgen.
5. Un constructo de ADN según la reivindicación
4, donde dicho promotor es un promotor exógeno.
6. Un constructo de ADN según una cualquiera de
las reivindicaciones 3-5, donde dicho promotor es un
promotor constitutivo fuerte, preferiblemente un promotor viral, o
un promotor inducible.
7. Un constructo de ADN según una cualquiera de
las reivindicaciones 3-6, donde dicho promotor es un
promotor de CMV, un promotor de SV40 o un promotor
Tet-Off.
8. Un constructo de ADN según una cualquiera de
las reivindicaciones 3-7, que comprende en el
siguiente orden:
- (i)
- una secuencia de ADN según la reivindicación 1,
- (ii)
- el promotor conectado operablemente a la secuencia de ácido nucleico de interés, y
- (iii)
- una secuencia de ADN según la reivindicación 1, preferiblemente en orientación opuesta a (i).
\vskip1.000000\baselineskip
9. Un método para obtener una célula anfitriona
que comprende la etapa de transfectar la célula anfitriona con un
constructo de ADN según una cualquiera de las reivindicaciones
3-8.
10. Una célula que comprende un constructo de
ADN según una cualquiera de las reivindicaciones
3-8.
11. Una célula según la reivindicación 10, que
comprende múltiples copias de dicho constructo de ADN.
12. Una célula según la reivindicación 10 u 11,
que es una célula CHO.
13. Un método para producir un producto génico
en una célula que comprende proporcionar una casete de expresión que
comprende:
- (i)
- un transgen que codifica dicho producto génico, y
- (ii)
- una secuencia de ADN según la reivindicación 1,
y permitir la transcripción de dicha casete de
expresión en una célula.
\vskip1.000000\baselineskip
14. Un método según la reivindicación 13, donde
dicha célula es una célula CHO.
\newpage
15. Un método según la reivindicación 13 o 14,
donde la casete de expresión comprende en el siguiente orden:
- (i)
- una secuencia de ADN según la reivindicación 1,
- (ii)
- el transgen que comprende un promotor conectado operablemente a un marco de lectura abierto que codifica dicho producto génico, y
- (iii)
- una secuencia de ADN según la reivindicación 1, preferiblemente en orientación opuesta a (i).
\vskip1.000000\baselineskip
16. Un método según una cualquiera de las
reivindicaciones 13-15, donde se proporciona una
multiplicidad de dichas casetes de expresión y se permite la
transcripción de las mismas en dicha célula, y la expresión de dicho
transgen depende del número de copias.
17. El uso in vitro de una secuencia de
ADN según la reivindicación 1, para regular la transcipción de un
ácido nucleico de interés.
Applications Claiming Priority (5)
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---|---|---|---|
EP01202581 | 2001-07-04 | ||
EP01202581A EP1273666A1 (en) | 2001-07-04 | 2001-07-04 | Method of selecting a DNA sequence with transcription modulating activity using a vector comprising an element with a gene transcription repressing activity |
US30319901P | 2001-07-05 | 2001-07-05 | |
US303199P | 2001-07-05 | ||
US10/190,312 US7192741B2 (en) | 2001-07-04 | 2002-07-05 | DNA sequences comprising gene transcription regulatory qualities and methods for detecting and using such DNA sequences |
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