ES2268538T3 - Homologo nl3 del ligando del receptor trirosina quinasa tie. - Google Patents

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ES2268538T3 ES04012203T ES04012203T ES2268538T3 ES 2268538 T3 ES2268538 T3 ES 2268538T3 ES 04012203 T ES04012203 T ES 04012203T ES 04012203 T ES04012203 T ES 04012203T ES 2268538 T3 ES2268538 T3 ES 2268538T3
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Paul J. Godowski
Austin L. Gurney
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Abstract

Molécula de ácido nucleico aislada que comprende una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido que tiene por lo menos un 90% de identidad en la secuencia con la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).

Description

Homólogo NL3 del ligando del receptor trirosina quinasa TIE.
Campo de la invención
La presente invención se refiere a moléculas de ácido nucleico aisladas que codifican homólogos del ligando TIE novedosos, las proteínas del homólogo del ligando TIE codificadas por dichas moléculas de ácido nucleico, así como los procedimientos y medios para fabricar y utilizar dichas moléculas de ácido nucleico y proteínas, y anticuerpos que se unen a los homólogos del ligando TIE descritos.
Técnica anterior
Las abreviaturas "TIE" o "tie" son acrónimos, que representan "tirosina quinasa que contienen dominios de homología Ig y EGF" y se idearon para designar una nueva familia de receptores de tirosina quinasa que se expresan casi exclusivamente en células endoteliales vasculares y en células hematopoyéticas tempranas, y se caracterizan por la presencia de un dominio tipo EGF y unidades de plegamiento extracelular estabilizadas por puentes disulfuro entre cadenas, generalmente denominados como plegamientos del tipo "inmunoglobulina (IG)". Partanen y otros Proc. Natl Acad. Sci. USA 87, 8913-8917 (1990) describieron un fragmento de ADNc homólogo de tirosina quinasa de células de leucemia humana (tie). El ARNm de este receptor "tie" humano se ha detectado en todos los tejidos embrionarios fetales humanos y de ratón, y se ha indicado que se pueden localizar en las células endoteliales cardíacas y vasculares. Korhonen y otros, Blood 80, 2548-2555 (1992); Publicación de la Solicitud de PCT No: WO 93/14124 (publicada el 22 de julio de 1993). Maisonpierre y otros, Oncogene 8, 1631-1637 (1993) identificaron el homólogo de rata de tie humano, denominado como "tie-1". Otro receptor tie, denominado "tie-2", se identificó originalmente en ratas (Dumont y otros, Oncogene 8, 1293-1301 (1993)), mientras que el homólogo humano de tie-2, denominado como "ork" se describió en la patente de Estados Unidos No. 5.447.860 (Ziegler). EL homólogo murino de tie-2 se denominó originalmente "tek". La clonación de un receptor tie-2 de ratón a partir de una biblioteca de ADNc capilar de cerebro se describe en la Publicación de la Solicitud de PCT No: WO 95/13387 (publicada el 18 de mayo de 1995). Se cree que los receptores TIE están implicados activamente en la angiogénesis, y pueden también jugar un papel importante en la hematopoyesis.
La clonación de expresiones de ligandos de TIE-2 humanos se ha descrito en la Publicación de la Solicitud de PCT No: WO 96/11269 (publicada el 18 de abril de 1996) y en la Patente de Estados Unidos No. 5.521.073 (publicada el 28 de mayo de 1996). Bajo el No. de acceso ATCC 75928 se ha depositado un vector designado como \lambdagt10 que codifica un ligando de TIE-2 llamado "ligando 1 de htie-2" o "hTL 1". Bajo el No. de acceso ATCC 75928 se ha depositado un plásmido que codifica otro ligando de TIE-2 llamado "htie-2 2" o "hTL 2". Este segundo ligando se ha descrito como un antagonista del receptor TAI-2. Davis y otros, Cell 87, 1161-1169 (1996) han descrito la identificación de ligandos humanos y de ratón secretados para el receptor TIE-2. El ligando humano denominado "Angiopoyetina-1", para reflejar su papel en la angiogénesis y acción potencial durante la hemopoyesis, es el mismo ligando que el ligando denominado de forma variada como "htie-2 1" o "hTL-1" en WO 96/11269. Se ha descrito que la angiopoyetina-1 juega un papel angiogénico posterior y diferente del de VEGF (Suri y otros, Cell, 87, 1171-1180 (1996)). Dado que aparentemente se favorece la expresión de TIE-2 durante la angiogénesis patológica que es un requisito para el crecimiento tumoral (Kaipainen y otros, Cancer Res. 54, 6571-6577 (1994)), se ha sugerido que la angiopoyetina es adicionalmente útil para el seguimiento específico en la vasculatura tumoral (Davis y otros, ver anteriormente).
Descripción resumida de la invención
La presente invención se refiere a homólogos de ligando TIE humanos novedosos con poderosos efectos sobre la vasculatura. La invención también proporciona moléculas de ácido nucleico aisladas que codifican dichos homólogos de ligando y vectores que contienen dichas moléculas de ácidos nucleico. La invención además se refiere a células huésped transformadas con dicho ácido nucleico para fabricar los homólogos de ligando TIE humano nuevos. Los homólogos de ligando nuevos pueden ser agonistas o antagonistas de receptores TIE, conocidos o descubiertos en la presente. Su utilización terapéutica o de diagnóstico, incluyendo la liberación de otros agentes terapéuticos o de diagnóstico a células que expresan los respectivos receptores TIE, está también dentro del alcance de la presente invención.
La presente invención proporciona además anticuerpos que se unen específicamente a los homólogos de ligando TIE de la presente, y la utilización de dichos anticuerpos para la utilización en un tratamiento médico.
En otro aspecto, la invención se refiere a composiciones que comprenden los homólogos de ligando novedosos o anticuerpos que se unen específicamente a los mismos.
En un aspecto adicional, la invención se refiere a conjugados de los homólogos de ligando TIE novedosos de la presente invención con otros agentes terapéuticos o citotóxicos, y composiciones que comprenden dichos conjugados. Se ha descrito que se favorece la expresión del receptor TIE-2 durante la angiogénesis patológica que es un requisito para el crecimiento tumoral, y que otros receptores TIE podrían tener propiedades similares. Por consiguiente, los conjugados de los homólogos de ligando TIE de la presente invención a agentes citotóxicos u otros agentes antitumorales pueden ser útiles en el seguimiento específico en la vasculatura tumoral.
Un procedimiento para identificar una célula que expresa un receptor TIE puede comprender poner en contacto una célula con un homólogo de ligando TIE de la presente invención marcado para ser detectado en condiciones que permi-
ten la unión de dicho homólogo de ligando TIE al receptor TIE, y determinar si efectivamente dicha unión tiene lugar.
Un procedimiento para medir la cantidad de un homólogo de ligando TIE de la presente invención en una muestra biológica puede comprender poner en contacto la muestra biológica con por lo menos un anticuerpo que se une específicamente al homólogo de ligando TIE, y medir la cantidad de complejo homólogo de ligando TIE-anticuerpo formado.
Un procedimiento de cribado para identificar polipéptidos o pequeñas moléculas agonistas o antagonistas de un receptor TIE se puede basar en su capacidad para competir con un homólogo de ligando TIE nativo o variante de la presente invención para unirse al receptor TIE correspondiente.
En otro aspecto, la invención se refiere a la utilización de un homólogo de ligando TIE de la presente invención en la preparación de un medicamento para inhibir el crecimiento tumoral.
La apoptosis de células endoteliales puede inducirse mediante la administración de una cantidad efectiva de un homólogo de ligando TIE de la presente invención.
Los homólogos de ligando TIE de la presente invención se pueden administrar solos, o combinados entre sí y/o con otros agentes terapéuticos o de diagnóstico, incluyendo los miembros de la familia de VEGF. Las terapias de combinación pueden conducir a nuevas aproximaciones para el tratamiento de condiciones asociadas con un crecimiento de células endoteliales no deseada, por ejemplo, tratamiento de tumores.
Breve descripción de las figuras
La figura 1 es una representación gráfica de la relación de los homólogos de ligando NL2, NL3 y FLS139 con los dos homólogos de ligando conocidos del receptor TIE2 (h-TIE2L1 y h-TIE2L2) y con otros homólogos de ligando TIE descritos en la solicitud de No. de Serie 08/933.821, presentada el 19 de septiembre de 1997.
La figura 2 es la secuencia de nucleótidos del ligando TIE NL2 (SEC ID No: 1) (ADN 22780).
La figura 3 es la secuencia de aminoácidos del ligando TIE NL2 (SEC ID No: 2)
La figura 4 es la secuencia de nucleótidos del ligando TIE NL3 (SEC ID No: 3) (ADN 33457).
La figura 5 es la secuencia de aminoácidos del ligando TIE NL3 (SEC ID No: 4)
La figura 6 es la secuencia de nucleótidos del ligando TIE FLS139 (SEC ID No: 5) (ADN 16451).
La figura 7 es la secuencia de aminoácidos del ligando TIE FLS139, posteriormente renombrado NL6 (SEC ID No: 6).
La figura 9 - "Northern blot" que muestra la expresión de los ARNm de homólogos de ligando TIE NL3 en varios tejidos.
Descripción detallada de la invención A. Homólogos de ligando TIE y moléculas de ácido nucleico que los codifican
Entre los homólogos de ligando TIE de la presente invención se incluyen los homólogos de ligando humano nativo denominados NL3 (SEC ID No: 4), y sus homólogos en otras especies mamíferas no humanas, incluyendo, pero sin limitarse a, mamíferos superiores, tales como monos; roedores, tales como ratones, ratas, hámsters; porcinos; equinos; bovinos; variantes alélicas naturales y de corte y empalme ("splice").
La secuencia de aminoácidos de NL3 nativo, tal y como se describe en la presente, tiene aproximadamente un 30% de homología con la de hTL-1 y aproximadamente un 29% de homología con la de hTL-2. Los homólogos de ligando TIE nativo de la presente invención están sustancialmente libres de otras proteínas con las que se asocian en su medio natural. Esta definición no está limitada en ningún modo por el procedimiento o procedimientos mediante los cuales se obtienen los homólogos de ligando TIE de la presente invención, e incluye todos los homólogos de ligando que están dentro de la definición, tanto si están purificados a partir de una fuente natural, obtenidos mediante tecnología de ADN recombinante, sintetizados, o bien, preparados mediante cualquier combinación de éstas y/u otras técnicas. Las variantes de las secuencias de aminoácidos de los homólogos de ligando TIE nativo de la presente invención tendrán por lo menos un 90%, preferiblemente por lo menos un 95%, más preferiblemente por lo menos un 98%, aún más preferiblemente por lo menos un 99% de homología en la secuencia con un homólogo de ligando TIE nativo humano de longitud completa de la presente invención, o con el dominio de tipo fibrinógeno de un homólogo de ligando TIE nativo humano de la presente invención. Dichas variantes de las secuencias de aminoácidos preferiblemente muestran o inhiben una actividad biológica cualitativa de un homólogo de ligando TIE nativo.
El término "dominio de fibrinógeno" o "dominio de tipo fibrinógeno" se utiliza para referirse a aminoácidos desde aproximadamente la posición 278 hasta aproximadamente la posición 498 en la secuencia de aminoácidos conocida de hTL-1; aminoácidos desde aproximadamente la posición 276 hasta aproximadamente la posición 496 en la secuencia de aminoácidos conocida de hTL-2; aminoácidos desde aproximadamente la posición 77 hasta aproximadamente la posición 288 en la secuencia de aminoácidos de NL3; y a dominios homólogos en otros homólogos de ligando TIE. El dominio de tipo fibrinógeno de NL3 es idéntico aproximadamente en un 37% al de hTL-1 y hTL-2.
El término "molécula de ácido nucleico" incluye moléculas de ARN, ADN y ADNc. Se entenderá que, como resultado de la degeneración del código genético, se pueden fabricar una multitud de secuencias de nucleótidos que codifican un ligando de TIE determinado. La presente invención contempla específicamente cada posible variación de secuencias de nucleótidos, que codifican los homólogos de ligando TIE de la presente invención, en base a todas las posibles opciones de codones. Aunque las moléculas de ácido nucleico que codifican los homólogos de ligando TIE de la presente invención son capaces preferiblemente de hibridarse, en condiciones astringentes, a un gen de homólogo de ligando TIE natural, puede ser ventajoso fabricar secuencias de nucleótidos que codifican homólogos de ligando TIE que poseen un tratamiento de codón sustancialmente diferente. Por ejemplo, los codones se pueden seleccionar para incrementar la velocidad a la que tiene lugar la expresión del polipéptido en una célula huésped procariota o eucariota particular, según la frecuencia con la que el huésped utiliza un codón particular. Además, los transcritos de ARN con propiedades mejoradas, por ejemplo semivida, se pueden fabricar mediante la elección correcta de las secuencias de nucleótidos que codifican un homólogo de ligando TIE determinado.
La "Homología en la secuencia" se determinará mediante la alineación de las dos secuencias a comparar siguiendo el método de Clustal de alineación múltiple de secuencias (Higgins y otros, Comput. Apl. Biosci. 5, 151-153 (1989), y Higgins y otros, Gene 73, 237-244 (1988)) que se incorpora en la versión 1.6 del software de biocomputación Lasergene (DNASTAR, Inc., Madison, Wisconsin), o cualquier otra versión actualizada o equivalente de este software.
La "astringencia" de las reacciones de hibridación se puede determinar fácilmente por un experto habitual en la materia, y generalmente es un cálculo empírico dependiente de la longitud de la sonda, la temperatura de lavado, y la concentración de sal. En general, sondas más largas requieren temperaturas más elevadas para una hibridación más correcta, mientras que sondas más cortas necesitan temperaturas más bajas. La hibridación depende generalmente de la capacidad del ADN desnaturalizado para rehibridarse cuando las cadenas complementarias están presentes en un medio por debajo de su temperatura de fusión. Cuanto mayor es el grado de homología deseada entre la secuencia de la sonda y la secuencia de hibridación, mayor es la temperatura relativa que se puede utilizar. Como resultado, se deduce que temperaturas relativas superiores tenderían a hacer las condiciones de reacción más astringentes, mientras que temperaturas inferiores no tanto. Para detalles adicionales y explicaciones de la astringencia de las reacciones de hibridación, ver Ausubel y otros, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995).
"Condiciones astringentes" o "condiciones de astringencia elevada", tal y como se definen en la presente, se pueden identificar por aquéllas que: (1) utilizan una fuerza iónica baja y una temperatura elevada para el lavado, por ejemplo, cloruro sódico 0,015 M/citrato sódico 0,0015 M/dodecil sulfato sódico al 0,1% a 50ºC; (2) utilizan durante la hibridación un agente desnaturalizante, tal como formamida, por ejemplo, formamida al 50% (v/v) con albúmina de suero bovino al 0,1%/Ficol al 0,1%/polivinilpirrolidona al 0,1%/tampón de fosfato sódico 50 mM a pH 6,5 con cloruro sódico 750 mM, citrato sódico 75 mM a 42ºC; o (3) utilizan formamida al 50%, 5 x SSC (NaCl 0,75 M, citrato sódico 0,075 M), fosfato sódico 50 mM (pH 6,8), pirofosfato sódico al 0,1%, 5 x solución de Denhardt, ADN de esperma de salmón sonicado (50 \mug/ml), SDS al 0,1% y sulfato de dextrano al 10% a 42ºC, con lavados a 42ºC en 0,2 x SSC (cloruro sódico/citrato sódico) y formamida al 50% a 55ºC, seguido de un lavado de astringencia elevada que consiste en 0,1 x SSC que contiene EDTA a 55ºC.
Las "condiciones moderadamente astringentes" se pueden identificar tal y como se describen en Sambrook y otros, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Nueva York: Cold Spring Harbor Press, 1989, e incluye la utilización de una solución de lavado y condiciones de hibridación (por ejemplo, temperatura, fuerza iónica y % de SDS) menos astringentes que las descritas anteriormente. Un ejemplo de condiciones moderadamente astringentes es la incubación durante toda la noche a 37ºC en una solución que comprende: formamida al 20%, 5 x SSC (NaCl 150 mM, citrato sódico 15 mM), fosfato sódico 50 mM (pH 7,6), 5 x solución de Denhardt, sulfato de dextrano al 10%, y ADN de esperma de salmón fragmentado desnaturalizado 20 mg/ml, seguido del lavado de los filtros en 1 x SSC a aproximadamente 37-50ºC. El experto en la materia sabrá como ajustar la temperatura, la fuerza iónica, etc. necesarias para acomodar factores, tales como la longitud de la sonda y similares.
El término "epítopo con tag" cuando se utiliza en la presente invención se refiere a un polipéptido quimérico que comprende un polipéptido homólogo de ligando TIE fusionado a un "polipéptido tag". El polipéptido tag tiene residuos suficientes para proporcionar un epítopo frente al que se puede fabricar un anticuerpo, aunque es suficientemente corto, de manera que no interfiere en la actividad del polipéptido al que se fusiona. El polipéptido tag es también preferiblemente bastante único, de manera que el anticuerpo sustancialmente no reacciona de forma cruzada con otros epítopos. Los polipéptidos tag adecuados tienen generalmente por lo menos seis residuos de aminoácidos y habitualmente entre aproximadamente 8 y 50 residuos de aminoácidos (preferiblemente, entre aproximadamente 10 y 20 residuos de aminoácidos).
Los términos "actividad biológica" y "biológicamente activo" con respecto a un homólogo de ligando TIE de la presente invención se refiere a la capacidad de una molécula de unirse específicamente a y comunicarse a través de un receptor nativo de un ligando TIE, conocido o descubierto en la presente, (de aquí en adelante denominado como "receptor TIE"), por ejemplo un receptor TIE-2 nativo, o para bloquear la capacidad de un receptor TIE nativo (por ejemplo, TIE-2) para participar en la transducción de señal. De este modo, los ligados TIE (nativo y variante) de la presente invención incluyen agonistas y antagonistas de un receptor TIE nativo, por ejemplo TIE-2. Las actividades biológicas preferidas de los ligandos TIE de la presente invención incluyen la capacidad de inducir o inhibir la vascularización. La capacidad de inducir la vascularización será útil en el tratamiento de condiciones biológicas y enfermedades, en las que la vascularización es deseable, tales como la curación de heridas, isquemia, y diabetes. Por otro lado, la capacidad de inhibir o bloquear la vascularización puede ser útil, por ejemplo, para prevenir o atenuar el crecimiento tumoral. Otra actividad biológica preferida es la capacidad de afectar al crecimiento o desarrollo muscular. Una actividad biológica preferida adicional es la capacidad de influir en el desarrollo, maduración o crecimiento óseo. Aún otra actividad biológica preferida es la capacidad de inhibir el crecimiento de células endoteliales y/o inducir la apoptosis.
El término "agente citotóxico", tal y como se utiliza en la presente, se refiere a una sustancia que inhibe o evita la función de células y/o provoca la destrucción de células. El término pretende incluir isótopos radioactivos (por ejemplo, I^{131}, I^{125}, Y^{90} y Re^{186}), agente quimioterapéuticos, y toxinas, tales como toxinas enzimáticamente activas de bacterias, hongos, de origen animal o vegetal, o fragmentos de las mismas.
Un "agente quimioterapéutico" es un compuesto químico útil en el tratamiento del cáncer. Entre los ejemplos de agentes quimioterapéuticos se incluyen adriamicina, doxorubicina, epirubicina, 5-fluoroacilo, arabinósido de citosina ("Ara-C"), ciclofosfamida, tiotepa, busulfano, citosina, taxoides, por ejemplo, paclitaxel (Taxol, Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, NJ) y doxetaxel (Taxotere, Rhône-Poulenc Rorer, Anthony, Rnace), taxotere, metotrexato, cisplatino, melfalano, vinblastina, bleomicina, etopósido, ifosfamida, mitomicina C, mitoxantrona, vincristina, vinorelbina, carboplatino, tenipósido, daunomicina, carminomicina, aminopterina, dactinomicina, mitomicinas, esperamicinas (ver Patente de Estados Unidos No. 4.675.187), melfalano y otros gases de nitrógeno relacionados. También se incluyen en esta definición agentes hormonales que actúan para regular o inhibir la acción de la hormona en tumores, tales como tamoxifeno y onapristona.
Cuando se utiliza en la presente un "agente inhibidor del crecimiento" se refiere a un compuesto o composición que inhibe el crecimiento de una célula, especialmente células cancerígenas que sobreexpresan cualquiera de los genes identificados en la presente, ya sea in vitro o in vivo. De este modo, el agente inhibidor del crecimiento es el que reduce significativamente el porcentaje de células que sobreexpresan dichos genes en fase S. Entre los ejemplos de agentes inhibidores del crecimiento se incluyen agentes que bloquean la progresión del ciclo celular (en un lugar distinto a la fase S), tales como agentes que inducen la interrupción de la fase G1 y M. Los bloqueadores habituales de la fase M incluyen los vincas (vincristina y vinblastina), taxol e inhibidores topo II, tales como doxorubicina, epirubicina, daunorubicina, etopósido y bleomicina. Estos agentes que interrumpen G1 también afectan la interrupción de la fase S, por ejemplo, agentes alquilantes de ADN, tales como tamoxifeno, prednisona, dacarbazina, mecloretamina, cisplatino, metotrexato, 5-fluoroacilo, y ara-C. Se puede encontrar más información en The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn e Israel, eds. Capítulo I, titulado "Cell cycle regulation, oncogens, and antineoplastic drugs" por Murakami y otros (WB Saunders: Filadelfia, 1995), especialmente p. 13.
"Doxorubicina" es un antibiótico de antraciclina. El nombre químico completo de doxorubicina es (8S-cis)-10-[(3-amino-2,3,6-tridesoxi-\alpha-L-lixo-hexapiranosil)oxi]-7,8,9,10-tetrahidro-6,8,10-trihidroxi-8-(hidroxiacetil)-1-metoxi-5,12-naftacenodiona.
El término "citoquina" es un término genérico para proteínas liberadas por una población de células que actúa sobre otra célula como mediadores intercelulares. Algunos ejemplos de dichas citoquinas son linfoquinas, monoquinas, y hormonas de polipéptidos tradicionales. Entre las citoquinas se incluyen hormonas del crecimiento, tales como hormona del crecimiento humano, hormona del crecimiento humano N-metionilo, y hormona de crecimiento bovino; hormona paratiroidal; tiroxina; insulina; proinsulina; relaxina; prorelaxina; hormonas de glicoproteínas, tales como hormona estimulante del folículo (FSH), hormona estimulante de la tiroides (TSH), y hormona luteínica (LH); factor de crecimiento hepático; factor de crecimiento de fibroblastos; prolactina; lactógeno placentario; factor \alpha y \beta de necrosis tumoral; sustancia inhibidora mulleriana; péptido asociado a gonadotropina de ratón; inhibina; activina; factor de crecimiento endotelial vascular; integrina; trombopoyetina (TPO); factores de crecimiento nervioso, tales como NGF-\beta; factor de crecimiento plaquetario; factores de crecimiento transformante (TGFs), tales como TGF-\alpha y TGF-\beta, factor de crecimiento I y II de tipo insulina; eritropoyetina (EPO); factores osteoinductivos; interferones, tales como interferón-\alpha, \beta, y \gamma; factores estimulantes de colonias (CSFs), tales como macrófago-CSF (M-CSF); granulocito-macrófago-CSF (GM-CSF); y granulocito-CSF (G-CSF); interleuquinas (ILs), tales como IL-1, IL-1\alpha, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5 IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-11, IL-12; un factor de necrosis tumoral, tal como TNF-\alpha o TNF-\beta, y otros factores de polipéptidos que incluyen LIF y ligando kit (LK). Tal y como se utiliza en la presente, el término citoquina incluye proteínas de fuentes naturales o de cultivos de células recombinantes y equivalentes biológicamente activos de las citoquinas de secuencia nativa.
El "factor de crecimiento endotelial vascular"/"factor de permeabilidad vascular" (VEGF/VPF) es un mitógeno específico de células endoteliales que se ha observado recientemente que es estimulado por hipoxia y es necesario para la angiogénesis tumoral (Senger y otros, Cancer 46: 5629-5632 (1986); Kim y otros, Nature 362: 841-844 (1993); Schweiki y otros, Nature 359: 843-845 (1992); Plate y otros, Nature 359: 845-848 (1992)). Es una glicoproteína dimérica unida por puentes disulfuro de 34-43 kDa (con la especie predominante de aproximadamente 45 kDa) sintetizada y secretada por un conjunto de células tumorales y normales. Además, se ha demostrado que células retinales humanas cultivadas, tales como células epiteliales del pigmento y pericitos, secretan VEGF e incrementan la expresión del gen de VEGF en respuesta a la hipoxia (Adamis y otros, Biochem. Biophys. Res. Común. 193: 631-638 (1993); Plouet y otros, Invest. Ophtalmol. Vis. Sci. 34: 900 (1992); Adamis y otros, Invest. Ophtalmol. Vis. Sci. 34: 1440 (1993); Aiello y otros, Invest. Opthalmol. Vis. Sci. 35: 1868 (1994); Simorre-pinatel y otros, Invest. Opthalmol. Vis. Sci. 35: 3393-3400 (1994)). En cambio, el VEGF en tejidos normales es relativamente bajo. De este modo, parece que el VEGF juega un papel principal en muchos estados y procesos patológicos relacionados con la neovascularización. La regulación de la expresión de VEGF en tejidos afectados por las diversas condiciones descritas anteriormente podría, por lo tanto, ser la clave en terapias de tratamiento o prevención asociadas con hipoxia.
El término "agonista" se utiliza para referirse a análogos de péptidos y no péptidos de los homólogos de ligando TIE nativo de la presente invención siempre y cuando tengan la capacidad de comunicarse a través de un receptor TIE nativo (por ejemplo, TIE-2). En otras palabras, el término "agonista" se define en el contexto del papel biológico del receptor TIE, y no en relación al papel biológico de un homólogo de ligando TIE nativo, que, según se ha indicado anteriormente, puede ser un agonista o antagonista de la función biológica del receptor TIE. Los agonistas preferidos poseen las actividades biológicas preferidas de los homólogos de TIE, tal y como se enumera anteriormente, e incluyen promotores de vascularización, moléculas que juegan un papel en la formación, maduración o crecimiento óseo y promotores del crecimiento y/o desarrollo muscular.
El término "antagonista" se utiliza para referirse a análogos de péptidos y no péptidos de los homólogos de ligando TIE nativo de la presente invención y a anticuerpos que se unen específicamente a dichos homólogos de ligando TIE nativo, siempre y cuando tengan la capacidad de inhibir la función biológica de un receptor TIE nativo (por ejemplo, TIE-2). Una vez más, el término "antagonista" se define en el contexto del papel biológico del receptor TIE, y no en relación a la actividad biológica de un homólogo de ligando TIE nativo, que puede ser un agonista o antagonista de la función biológica del receptor TIE. Los antagonistas preferidos son inhibidores de la vasculogénesis, o el desarrollo o crecimiento óseo o muscular patológico.
"Tumor", tal y como se utiliza en la presente, se refiere a todo el crecimiento y proliferación de células neoplásicas, tanto malignas como benignas, y a todas las células y tejidos cancerígenos y precancerígenos.
Los términos "cáncer" y "canceroso/a" se refieren o describen la condición fisiológica en mamíferos que se caracteriza habitualmente por un crecimiento celular no regulado. Ente los ejemplos de cáncer se incluyen, pero no se limitan a, carcinoma, linfoma, blastoma, sarcoma y leucemia. Ejemplos más concretos de dichos cánceres incluyen cáncer de mama, cáncer de próstata, cáncer de colon, cáncer de células escamosas, cáncer de pulmón de células pequeñas, cáncer de pulmón de células no pequeñas, cáncer gastrointestinasl, cáncer pancreático, glioblastoma, cáncer cervical, cáncer ovárico, cáncer de hígado, cáncer de vejiga, hepatoma, cáncer colorectal, carcinoma endométrico, carcinoma de las glándulas salivares, cáncer de riñón, cáncer de hígado, cáncer de vulva, cáncer de tiroides, carcinoma hepático y varios tipos de cáncer de cabeza y cuello.
"Tratamiento" es una intervención llevada a cabo con la intención de prevenir el desarrollo o alteración de la patología de un trastorno. Por consiguiente, "tratamiento" se refiere al tratamiento terapéutico y profiláctico o a medidas preventivas. Entre los que tienen necesidad del tratamiento se incluyen tanto aquéllos que ya tienen el trastorno como aquéllos en los que el trastorno se puede evitar. En el tratamiento de tumores (por ejemplo, cáncer), un agente terapéutico puede disminuir directamente la patología de las células tumorales, o hacer que las células tumorales sean más susceptibles al tratamiento mediante otros agentes terapéuticos, por ejemplo, radiación y/o quimioterapia.
La "patología" del cáncer incluye todos los fenómenos que comprenden el bienestar del paciente. Esto incluye, sin limitación, el crecimiento celular anormal o incontrolable, la metástasis, la interferencia con el funcionamiento normal de células vecinas, la liberación de citoquinas u otros productos secretores a niveles anormales, la supresión o empeoramiento de la respuesta inflamatoria o inmunológica, etc.
"Mamífero" para los objetivos del tratamiento se refiere a cualquier animal clasificado como mamífero, incluyendo humanos, animales domésticos y de granja, y animales de zoológico, de deporte o de compañía, tales como perros, caballos, gatos, vacas, etc. Preferiblemente, el mamífero es humano.
La administración "combinada con" uno o más agentes terapéuticos incluye la administración simultánea (concurrente) y consecutiva en cualquier orden.
El término "derivado funcional" se utiliza para definir las variantes de la secuencia de aminoácidos biológicamente activas de los homólogos de ligando TIE nativo de la presente invención, así como modificaciones covalentes, incluyendo derivados obtenidos por reacción con agentes derivatizantes orgánicos, modificaciones post-traduccionales; derivados con polímeros no proteináceos e inmunoadhesinas.
El término "aislado" cuando se utiliza para describir los diversos polipéptidos descritos en la presente, significa polipéptidos que se han identificado y separado y/o recuperado de un componente de su medio natural. Los componentes contaminantes de su medio natural son materiales que habitualmente interferirían con usos diagnósticos o terapéuticos del polipéptido, y pueden incluir enzimas, hormonas y otros solutos proteináceos o no proteináceos. En realizaciones preferidas, se purificará el polipéptido (1) hasta un grado suficiente para obtener por lo menos 15 residuos de una secuencia de aminoácidos N-terminal o interna mediante la utilización de un secuenciador de copa giratoria, o (2) hasta una homogeneidad por SDS-PAGE en condiciones no reductoras o reductoras utilizando azul de Coomassie o, preferiblemente, tinción con plata. Entre el polipéptido aislado se incluye el polipéptido in situ en el interior de células recombinantes, ya que por lo menos un componente del medio natural del ligando TIE no estará presente. Normalmente, sin embargo, el polipéptido aislado se preparará mediante por lo menos una etapa de purificación.
Una molécula de ácido nucleico "aislada" es una molécula de ácido nucleico que se identifica y se separa de por lo menos una molécula de ácido nucleico contaminante con la que está asociada normalmente en el medio natural del ácido nucleico. Una molécula de ácido nucleico aislada está en una forma o composición diferente de la que se encuentra en la naturaleza. Por lo tanto, las moléculas de ácido nucleico aisladas se distinguen de la molécula de ácido nucleico tal como existen en células naturales. Sin embargo, una molécula de ácido nucleico aislada incluye moléculas de ácido nucleico contenidas en células que normalmente expresan un ligando TIE de la presente invención, cuando, por ejemplo, la molécula de ácido nucleico está en una localización cromosómica diferente de la de las células naturales.
El término "variante de secuencia de aminoácidos" se refiere a moléculas con algunas diferencias en sus secuencias de aminoácidos en comparación a una secuencia de aminoácidos nativa.
Las variantes sustitutivas son aquéllas que tienen por lo menos un residuo de aminoácido eliminado en una secuencia nativa y un aminoácido diferente insertado en su lugar en la misma posición. Las sustituciones pueden ser simples, en las que sólo se ha sustituido un aminoácido en la molécula, o pueden ser múltiples, en las que se han sustituido dos o más aminoácidos en la misma molécula.
Las variantes de inserción son aquéllas con uno o más aminoácidos insertados inmediatamente adyacentes a un aminoácido en una posición particular en una secuencia nativa. Inmediatamente adyacente a un aminoácido significa conectado al grupo funcional \alpha-carboxilo o \alpha-amino del aminoácido.
Las variantes de eliminación son aquéllas con uno o más aminoácidos eliminados de la secuencia de aminoácidos nativa. Normalmente, las variantes de eliminación tendrán uno o dos aminoácidos eliminados en una región concreta de la molécula. Las variantes de eliminación incluyen eliminaciones (truncados) C- y/o N-terminales así como variantes con eliminaciones internas de uno o más aminoácidos. Las variantes de eliminación preferidas de la presente invención contienen eliminaciones fuera del dominio tipo fibrinógeno de un homólogo de ligando TIE nativo de la presente invención.
Las variantes de la secuencia de aminoácidos pueden contener varias combinaciones de sustituciones, inserciones y/o eliminaciones de aminoácidos para producir moléculas con características óptimas.
Los aminoácidos se pueden clasificar según la composición y las propiedades químicas de sus cadenas laterales. Se clasifican ampliamente en dos grupos, cargados y no cargados. Cada uno de estos grupos se divide en subgrupos para clasificar los aminoácidos de forma más precisa.
I. Aminoácidos cargados
Residuos ácidos: ácido aspártico, ácido glutámico
Residuos básicos: lisina, arginina, histidina
II. Aminoácidos no cargados
Residuos hidrofílicos: serina, treonina, asparagina, glutamina
Residuos alifáticos: glicina, alanina, valina, leucina, isoleucina
Residuos no polares: cisteína, metionina, prolina
Residuos aromáticos: fenilalanina, tirosina, triptófano
Las sustituciones conservativas implican el intercambio de un miembro en un grupo por otro miembro del mismo grupo, mientras que las sustituciones no conservativas supondrán un intercambio de un miembro de una de estas clases por otro. Se espera que las variantes obtenidas mediante sustituciones no conservativas den lugar a cambios significativos en las propiedades/funciones biológicas de la variante obtenida.
Las eliminaciones de las secuencias de aminoácidos generalmente varían desde aproximadamente 1 a 30 residuos, más preferiblemente desde aproximadamente 1 a 10 residuos, y habitualmente son contiguas. Las eliminaciones se pueden introducir en regiones no directamente implicadas en la interacción con un receptor TIE nativo. Las eliminaciones se realizan preferiblemente fuera de las regiones tipo fibrinógeno en el extremo C-terminal de los homólogos de ligando TIE de la presente invención.
Las inserciones de aminoácidos incluyen fusiones de extremos N-terminales y/o carboxi-terminales que varían en longitud desde un residuo hasta polipéptidos que contienen cien o más residuos, así como inserciones intrasecuenciales de uno o múltiples residuos de aminoácidos. Las inserciones intrasecuenciales (es decir, inserciones dentro de la secuencia de aminoácidos del homólogo de ligando TIE) puede variar generalmente desde aproximadamente 1 a 10 residuos, más preferiblemente de 1 a 5 residuos, más preferiblemente de 1 a 3 residuos. Entre los ejemplos de inserciones terminales se incluyen los homólogos de ligando TIE con un residuo metionilo N-terminal, un artefacto de su expresión directa en el cultivo de células recombinantes bacterianas, y fusión de una secuencia señal N-terminal heteróloga al N-terminal de la molécula de homólogo de ligando TIE para facilitar la secreción del homólogo de ligando TIE maduro a partir de células huésped recombinantes. Dichas secuencias señal se obtendrán generalmente a partir de, y por lo tanto homólogas a, las especies de células huésped deseadas. Entre las secuencias adecuadas se incluyen, por ejemplo, STII o Ipp para E. coli, factor alfa para levadura, y señales víricas, tales como herpes gD para células de mamíferos.
Otras variantes de inserción de las moléculas de ligando TIE nativo incluyen la fusión del extremo N- o C-terminal de la molécula de homólogo de ligando TIE a polipéptidos inmunogénicos, por ejemplo, polipéptidos bacterianos, tales como beta-lactamasa o un enzima codificado por el locus trp de E.coli, o proteína de levadura, y fusiones C-terminales con proteínas que tienen una larga vida media, tales como regiones de inmunoglobulina (preferiblemente regiones constantes de inmunoglobulina), albúmina o ferritina, tal y como se describe en la WO 89/02922 publicada el 6 de abril de 1989.
Dado que es habitualmente difícil predecir por adelantado las características de una variante de homólogo de ligando TIE, se entenderá que se necesitará cierto cribado para seleccionar la variante óptima.
Las variantes de la secuencia de aminoácidos de homólogos de ligando TIE nativo de la presente invención se preparan mediante procedimientos conocidos en la técnica introduciendo cambios de nucleótidos apropiados en un ADN de homólogo de ligando TIE nativo o variante, o mediante la síntesis in vitro del polipéptido deseado. Existen dos tipos de variables principales en la construcción de variantes de secuencia de aminoácidos: la localización del sitio de la mutación y la naturaleza de la mutación. Con la excepción de los alelos naturales, que no requieren la manipulación de la secuencia del ADN que codifica el homólogo de ligando TIE, las variantes de la secuencia de aminoácidos de los homólogos de ligando TIE se construyen preferiblemente mutando el ADN, para llegar a un alelo o a una variante de secuencia de aminoácidos que no existe en la naturaleza.
Se creará un grupo de mutaciones dentro del dominio o dominios de los homólogos de ligando TIE de la presente invención identificados por estar implicados en la interacción con un receptor TIE, por ejemplo, TIE-1 o TIE-2, o un receptor aún por descubrir.
Alternativamente o adicionalmente, las alteraciones de aminoácidos se pueden realizar en sitios que difieren de los homólogos de ligando TIE de varias especies, o en regiones altamente conservadas, dependiendo del objetivo a conseguir.
Los sitios en dichas localizaciones se modificarán habitualmente en serie, por ejemplo, mediante (1) la sustitución en primer lugar con selecciones conservativas y a continuación con selecciones más radicales dependiendo de los resultados conseguidos, (2) la eliminación del residuo o residuos diana, o (3) la inserción de residuos de la misma o diferente clase adyacentes al sitio localizado, o combinaciones de las opciones 1-3.
Una técnica útil se denomina "rastreo de alanina" (Cunningham, y Wells, Science 244, 1081-1085 [1989]). En la misma, un residuo o grupo de residuos diana se identifican y sustituyen por alanina o polialanina. A continuación, aquellos dominios que demuestran una sensibilidad funcional a las sustituciones de alanina se refinan introduciendo más u otros sustituyentes en o para los sitios de sustitución de alanina.
Después de identificar la mutación o mutaciones deseadas, el gen que codifica una variante de la secuencia de aminoácidos de un homólogo de ligando TIE puede, por ejemplo, obtenerse por síntesis química tal y como se ha descrito anteriormente en la presente.
Más preferiblemente, el ADN que codifica una variante de secuencia de aminoácidos del homólogo de ligando TIE se prepara mediante mutagénesis dirigida de sitio de ADN que codifica una variante preparada anteriormente o una versión no variante del ligando. La mutagénesis dirigida de sitio (específica de sitio) permite la producción de variantes de ligando a través de la utilización de secuencias de oligonucleótidos específicos que codifican la secuencia de ADN de la mutación deseada, así como un número suficiente de nucleótidos adyacentes, para proporcionar una secuencia cebadora de suficiente tamaño y complejidad de secuencia para formar un dúplex estable en ambas partes de la unión de eliminación que se atraviesa. Habitualmente, se prefiere un cebador de aproximadamente 20 a 25 nucleótidos de longitud, con aproximadamente 5 a 10 residuos en ambas partes de la unión de la secuencia que se altera. En general, las técnicas de mutagénesis específica de sitio son bien conocidas en la técnica, tal y como se ejemplifica mediante publicaciones, tales como Edelman y otros, DNA 2, 183 (1983). Tal y como se entenderá, la técnica de mutagénesis específica de sitio utiliza habitualmente un vector fago que existe tanto en forma de cadena única como doble. Entre los vectores habituales útiles en la mutagénesis dirigida de sitio se incluyen vectores, tales como el fago M13, por ejemplo, descrito por Messing y otros, Third Cleveland Symposium on Macromolecules and Recombinant DNA, A. Walton, ed., Elsevier, Ámsterdam (1981). Éste y otros vectores fagos están disponibles comercialmente y su utilización es conocida por los expertos en la materia. Zoller, M.J. y Smith, M., Nucleic Acids Res. 10, 6487-6500 [1982]) publicaron un procedimiento versátil y eficaz para la construcción de mutaciones dirigidas específicas de sitio de oligodesoxiribonucleótidos en fragmentos de ADN utilizando vectores derivados de M13. Además, se pueden utilizar vectores plásmido que contienen un origen de replicación de fago de cadena única (Veira y otros, Meth. Enzymol. 153, 3 [1987]) para obtener ADN de cadena única. Alternativamente, las sustituciones de nucleótidos se introducen sintetizando el fragmento de ADN apropiado in vitro, y amplificándolo mediante procedimientos de PCR conocidos en la técnica.
En general, la mutagénesis específica de sitio de la presente se lleva a cabo mediante la obtención en primer lugar de un vector de cadena única que incluye en su secuencia una secuencia de ADN que codifica la proteína pertinente. Se prepara, generalmente de forma sintética, un cebador de oligonucleótido que transporta la secuencia mutada deseada, por ejemplo, mediante el procedimiento de Crea y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75, 5765 (1978). A continuación, este cebador se hibrida con el vector que contiene la secuencia de la proteína de cadena única, y se somete a enzimas de polimerización de ADN, tales como fragmento Klenow de polimerasa I de E. Coli, para completar la síntesis de la cadena que lleva la mutación. De este modo, se forma un heterodúplex en el que una cadena codifica la secuencia original no mutada y la segunda cadena lleva la mutación deseada. A continuación, se utiliza este vector heterodúplex para transformar células huésped apropiadas, tales como células JP101, y se seleccionan clones que incluyen vectores recombinantes que llevan la adaptación de secuencia mutada. A continuación, la región mutada se puede extraer y colocar en un vector de expresión adecuado para la producción de proteínas.
La técnica de PCR también se puede utilizar en la creación de variantes de secuencias de aminoácidos de un ligando TIE. Cuando se utilizan pequeñas cantidades de ADN plantilla como material de partida en una PCR, se pueden utilizar cebadores que se diferencian ligeramente en la secuencia de la región correspondiente en un ADN plantilla para generar cantidades relativamente grandes de un fragmento de ADN específico que difiere de la secuencia plantilla sólo en las posiciones en las que los cebadores difieren de la plantilla. Para la introducción de una mutación en un ADN plásmido, se diseña uno de los cebadores para solapar la posición de la mutación y contener la mutación; la secuencia del otro cebador debe ser idéntica a un tramo de la secuencia de la cadena opuesta del plásmido, pero esta secuencia se puede localizar en 200 nucleótidos desde el primero, de manera que en el extremo toda la región amplificada de ADN unida por los cebadores se puede secuenciar fácilmente. La amplificación por PCR utilizando una pareja de cebadores como la que se acaba de describir da lugar a una población de fragmentos de ADN que difieren en la posición de la mutación especificada por el cebador, y posiblemente en otras posiciones, ya que la copia de plantilla es propensa a error.
Si la proporción de plantilla con respecto al material producto es extremadamente baja, la gran mayoría de los fragmentos de ADN producto incorporan la mutación o mutaciones deseadas. Este material producto se utiliza para sustituir la región correspondiente en el plásmido que servía como plantilla para la PCR utilizando tecnología de ADN estándar. Las mutaciones en posiciones separadas se pueden introducir simultáneamente utilizando un segundo cebador mutante o bien, llevando a cabo una segunda PCR con diferentes cebadores mutantes y uniendo de forma simultánea los dos fragmentos de PCR resultantes al fragmento de vector en una unión de tres (o más) partes.
En un ejemplo específico de mutagénesis por PCR, el ADN plásmido de plantilla (1 \mug) se linealiza por digestión con una endonucleasa de restricción que tiene un único sitio de reconocimiento en el ADN plásmido fuera de la región a amplificar. De este material, se añaden 100 ng a una mezcla de PCR que contiene tampón de PCR, que contiene los cuatro desoxinucleótidos trifosfatos y se incluyen en los kits de GeneAmp^{R} (obtenido de Perkin-Elmer Cetus, Norwalk, CT y Emeryville, CA), y 25 pmoles de cada cebador de oligonucleótido, hasta un volumen final de 50 \mul. La mezcla de reacción se cubre con 35 \mul de aceite mineral. La reacción se desnaturaliza durante 5 minutos a 100ºC, colocada brevemente sobre hielo, y a continuación se añade 1 \mul de ADN polimerasa de Thermus aquaticus (Taq) (5 unidades/l), adquirida de Perkin-Elmer CETUR, Norwalk, CT y Emeryville, CA) por debajo de la capa de aceite mineral. A continuación, la mezcla de reacción se inserta en un Ciclador Térmico de ADN (adquirido de Perkin-Elmer CETUR) programado tal y como se indica:
2 min a 55ºC,
30 s a 72ºC, a continuación 19 ciclos del siguiente:
30 s a 94ºC,
30 s a 55ºC, y
30 s a 72ºC
Al final del programa, el recipiente de reacción se extrae del ciclador térmico y la fase acuosa se transfiere a un nuevo recipiente, se extrae con fenol/cloroformo (50:50 vol), y se precipita con etanol, y el ADN se recupera mediante procedimientos estándar. Este material se somete posteriormente a tratamientos adecuados para la inserción en un vector.
Otro método para preparar variantes, mutagénesis por inserción de cassette, se basa en la técnica descrita por Wells y otros [Gene 34, 315 (1985)]. El material de partida es el plásmido (o vector) que comprende el ADN del homólogo de ligando TIE a mutar. Se identifican el codón o codones del homólogo de ligando TIE a mutar. Debe haber un único sitio de endonucleasa de restricción en cada parte del sitio o sitios de mutación identificados. Si no existen dichos sitios de restricción, se pueden generar utilizando el procedimiento de mutagénesis mediado por oligonucleótidos descrito anteriormente para introducirlos en localizaciones adecuadas en el ADN que codifica el homólogo de ligando TIE. Después de introducir los sitios de restricción en el plásmido, el plásmido se corta en estos sitios para linealizarlo. Utilizando procedimientos estándar se sintetiza un oligonucleótido de doble cadena que codifica la secuencia del ADN entre el sitio de restricción, pero que contiene la mutación o mutaciones deseadas. Las dos cadenas se sintetizan por separado y a continuación se hibridan utilizando técnicas estándar. Este oligonucleótido de doble cadena se denomina el cassette. Este cassette se diseña con extremos 3' y 5' que son compatibles con los extremos del plásmido linearizado, de manera que se pueden unir directamente al plásmido. Este plásmido contiene entonces la secuencia de ADN de homólogo de ligando TIE mutado.
Adicionalmente, el denominado procedimiento de expresión de fagémidos puede ser útil en la fabricación de variantes de secuencias de aminoácidos de homólogos de ligando TIE nativo o variante. Este procedimiento implica (a) construir un vector de expresión replicable que comprende un primer gen que codifica un receptor a mutar, un segundo gen que codifica por lo menos una parte de un fago de proteína de recubrimiento natural o salvaje en el que el primer y segundo gen son heterólogos, y un elemento regulador de la transcripción unido operativamente al primer y segundo genes, formando así una fusión de genes que codifica una proteína de fusión; (b) mutar el vector en una o más posiciones seleccionadas dentro del primer gen formando así una familia de plásmidos relacionados; (c) transformar las células huésped adecuadas con los plásmidos; (d) infectar las células huésped transformadas con un fago de ayuda que tiene un gen que codifica el fago de la proteína de recubrimiento; (e) cultivar las células huésped infectadas transformadas en condiciones adecuadas para la formación de partículas de fagémidos recombinantes que contienen por lo menos una parte del plásmido y son capaces de transformar el huésped con las condiciones ajustadas de manera que sólo una pequeña cantidad de partículas de fagémidos expresan más de una copia de la proteína de fusión en la superficie de la partícula; (f) poner en contacto las partículas de fagémidos con un antígeno adecuado de manera que por los menos una parte de las partículas de fagémidos se unen al antígeno, y (g) separar las partículas de fagémidos que se unen de las que no. Las etapas (d) a (g) se pueden repetir una o más veces. Preferiblemente, en este procedimiento el plásmido está bajo el estrecho control del elemento regulador de la transcripción, y las condiciones de cultivo se ajustan de manera que la cantidad o número de partículas de fagémidos que expresan más de una copia de la proteína de fusión en la superficie de la partícula es inferior a aproximadamente el 1%. Además, preferiblemente, la cantidad de partículas de fagémidos que expresan más de una copia de la proteína de fusión es inferior al 10% de la cantidad de partículas de fagémidos que expresan una única copia de la proteína de fusión. Más preferiblemente, la cantidad es inferior al 20%. Habitualmente en este procedimiento, el vector de expresión también contendrá una secuencia señal secretora fusionada al ADN que codifica cada subunidad del polipéptido y el elemento regulador de la transcripción será un sistema promotor. Los sistemas promotores preferidos se seleccionan de entre los promotores lac Z, \lambda_{PL}, tac, polimerasa T7, triptófano, y fosfatasa alcalina y combinaciones de los mismos. Además, normalmente, el procedimiento utilizará un fago de ayuda seleccionado de entre M13K07, M13R408, M13-VCS, y Phi X174. El fago de ayuda preferido es M13K07, y la proteína de recubrimiento preferida es la proteína de recubrimiento del gen III del fago M13. El huésped preferido es E. coli, y las cepas deficientes de proteasa de E. coli.
En libros de texto generales, tales como, por ejemplo, Sambrook y otros, Molecular Cloning: A laboratory Manual (Nueva Cork: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989), y Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel y otros, eds., Wiley-Interscience, 1991, se encuentran más detalles de las técnicas de mutagénesis anteriores y similares.
Las "inmunoadhesinas" son quimeras que se construyen habitualmente a partir de una secuencia receptora unida a una secuencia de dominio constante adecuada de inmunoglobulina (inmunoadhesinas). Dichas estructuras son conocidas en la técnica. Entre las inmunoadhesinas descritas en la literatura se incluyen fusiones del receptor de células T* [Gascoigne y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 2936-2940 (1987)]; CD4* [Capon y otros, Nature 337, 525-531 (1989); Traunecker y otros, Nature 339, 68-70 (1989); Zetmeissl y otros, DNA Cell Biol. USA 9, 347-353 (1990); Byrn y otros, Nature 344, 667-670 (1990)]; L-selectina (receptor casero) [Watson y otros, J. Cell. Biol. 110, 2221-2229 (1990); Watson y otros, Nature 349, 164-167 (1991)]; CD4* [Aruffo y otros, Cell 61, 1303-1313 (1990)]; CD28* y B7* [Linsley y otros, J. Exp. Med. 173, 721-730 (1991)]; CTLA-4* [Lisley y otros, J. Exp.Med. 174, 561.569 (1991)]; CD22* [Stamenkovic y otros, Cell 66, 1133-1144 (1991)]; receptor TNF [Ashkenazi y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 10535-10539 (1991); Lesslauer y otros, Eur. J. Inmunol. 27, 2883-2886 (1991); Peppel y otros, J. Exp. Med. 174, 1483-1489 (1991)]; receptores NP [Bennett y otros, J. Biol. Chem. 266, 23060-23067 (1991)]; cadena \alpha de receptor IgE* [Ridgway y Gorman, J. Cell. Biol. 115, resumen 1448 (1991)]; receptor HGF [Mark, M.R. y otros, 1992, J. Biol. Chem. presentado], donde el asterismo (*) indica que el receptor es miembro de la superfamilia de las inmunoglobulinas.
Las quimeras ligando-inmunoglobulina también son conocidas y se describen, por ejemplo, en las Patentes de Estados Unidos Nos: 5.304.640 (para ligandos L-selectina); 5.316.921 y 5.328.837 (para variantes HGF). Estas quimeras se pueden fabricar de una manera similar a la construcción de quimeras receptor-inmunoglobulina.
Las modificaciones covalentes de los homólogos de ligando TIE de la presente invención se incluyen dentro del alcance de la presente invención. Dichas modificaciones se introducen habitualmente reaccionando los residuos de aminoácidos marcados del ligando TIE con un agente derivatizante orgánico que es capaz de reaccionar con residuos laterales o terminales determinados, o aprovechando mecanismos de modificación post-traduccionales que actúan en células huésped recombinantes determinadas. Los derivados covalentes resultantes son útiles en programas dirigidos a identificar residuos importantes en la actividad biológica, para inmunoensayos, o para la preparación de anticuerpos anti-ligando TIE para la purificación por inmunoafinidad del recombinante. Por ejemplo, la inactivación completa de la actividad biológica de la proteína después de la reacción con ninhidrina sugeriría que por lo menos un residuo arginil o lisil es crítico para su actividad, después de lo cual los residuos individuales que se modificaron en condiciones determinadas se identifican mediante el aislamiento de un fragmento de péptido que contiene el residuo de aminoácido modificado. Dichas modificaciones están dentro del estado de la técnica y se llevan a cabo sin una experimentación excesiva.
Los residuos cisteinilos se hacen reaccionar más habitualmente con \alpha-haloacetatos (y las correspondientes aminas), tales como ácido cloroacético o cloroacetamida, para obtener derivados de carboximetilo o carboxiamidometilo. Los residuos cisteinilos también se derivatizan mediante la reacción con bromotrifluoroacetona, ácido \alpha-bromo-\beta-(5-imidozoil) propiónico, fosfato de cloroacetilo, N-alquilmaleimidas, disulfuro de 3-nitro-2-piridilo, disulfuro de metil 2-piridilo, p-cloromercuribenzoato, 2-cloromercuri-4-nitrofenol, o cloro-7-nitrobenzo-2-oxa-1,3-diazol.
Los residuos histidilos se derivatizan mediante la reacción con dietilpirocarbonato a pH 5,5-7,0 ya que este agente es relativamente específico para la cadena lateral de histidilo. El bromuro de para-bromofenacilo también es útil; la reacción se lleva a cabo preferiblemente en cacodilato sódico 0,1 M a pH 6,0.
Los residuos lisinilo y amino terminales se hacen reaccionar con anhídridos de ácido succínico u otros ácidos carboxílicos. La derivatización con estos agentes tiene el efecto de invertir la carga de los residuos lisinilos. Entre otros reactivos adecuados para derivatizar residuos que contienen \alpha-amino se incluyen imidoésteres, tales como picolinimidato de metilo; fosfato de piridoxal; piridoxal; cloroborohidruro; ácido trinitrobencenosulfónico; O-metilisourea; 2,4-pentanodiona; y reacción con glioxilato catalizada por transaminasa.
Los residuos arginilos se modifican mediante la reacción con uno o varios reactivos convencionales, entre ellos fenilglioxal, 2,3-butanodiona, 1,2-ciclohexanodiona, y ninhidrina. La derivatización de residuos de arginina requiere que la reacción se lleve a cabo en condiciones alcalinas debido al pK_{a} elevado del grupo funcional guanidina. Además, estos reactivos pueden reaccionar con los grupos de lisina así como con el grupo epsilon-amino de arginina.
La modificación específica de residuos tirosilo se puede realizar, con interés particular en la introducción de marcas espectrales en los residuos tirosilo, mediante la reacción con compuestos de diazonio aromático o tetranitrometano. Más habitualmente, se utiliza N-acetilimidizol y tetranitrometano para formar especies de O-acetilo tirosilo y 3-nitro derivados, respectivamente. Los residuos tirosilo se yodan utilizando ^{125}I o ^{131}I para preparar proteínas marcadas para su utilización en radioinmunoensayo.
Los grupos laterales carboxilo (aspartilo o glutamilo) se modifican selectivamente mediante la reacción con carbodiimidas (R'-N=C=N-R'), tales como 1-ciclohexil-3-(2-morfolinil-4-etil) carbodiimida o 1-etil-3-(4-azonia-4,4-dimetilpentil) carbodiimida. Además, los residuos aspartilo y glutamilo se convierten en residuos asparagilo y glutaminilo mediante la reacción con iones amonio.
Los residuos glutaminilo y asparaginilo habitualmente se desamidan para obtener los correspondientes residuos glutamilo y aspartilo. Alternativamente, estos residuos se desamidan en condiciones ligeramente ácidas. Cualquier forma de estos residuos está dentro del alcance de la invención.
Entre otras modificaciones se incluyen la hidroxilación de prolina y lisina, fosforilación de grupos hidroxilo de residuos serilo, treonilo o tirosilo, metilación de los grupos \alpha-amino de lisina, arginina y cadenas laterales de histidina (T.E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., San Francisco, pp. 79-86 [1983]), acetilación de la amina N-terminal y la amidación de cualquier grupo carboxilo C-terminal. Las moléculas se pueden además unir covalentemente a polímeros no proteináceos, por ejemplo, polietilenglicol, polipropilenglicol o polioxialquilenos, de la manera establecida en las Patentes de Estados Unidos 4.640.835; 4.496.689; 4.301.144; 4.670.417; 4.791.192 ó 4.179.337.
La derivatización con agentes bifuncionales es útil para la preparación de agregados intramoleculares del ligando TIE con polipéptidos así como para reticular el polipéptido de ligando TIE a una matriz o superficie soporte insoluble en agua para utilizar en ensayos o purificación de afinidad. Además, un estudio de las reticulaciones entre cadenas proporcionará una información directa sobre la estructura conformacional. Entre los agentes de reticulación utilizados habitualmente se incluyen 1,1-bis(diazoacetil)-2-feniletano, glutaraldehído, ésteres de N-hidroxisuccinimida, imidoésteres homobifuncionales y maleimidas bifuncionales. Los agentes derivatizantes, tales como metil-3-[(p-azidofenil)ditio]propioimidato, producen intermedios fotoactivables que son capaces de formar reticulaciones en presencia de luz. Alternativamente, para la inmovilización y reticulación de proteínas se utilizan matrices reactivas insolubles en agua, tales como carbohidratos activados con bromuro de cianógeno y los sustratos reactivos de sistemas descritos en las Patentes de Estados Unidos Nos: 3.959.642; 3.969.287; 3.691.016; 4.195.128; 4.247.642; 4.229.537; 4.055.635 y 4.330.440.
Ciertas modificaciones post-traduccionales son el resultado de la acción de células huésped recombinantes en el polipéptido expresado. Los residuos glutaminilo y asparaginilo con frecuencia se desamidan post-traduccionalmente a los correspondientes residuos de glutamilo y aspartilo. Alternativamente, estos residuos se desamidan en condiciones ligeramente ácidas. Cualquier forma de estos residuos está dentro del alcance de la invención.
Entre otras modificaciones post-traduccionales se incluyen la hidroxilación de prolina y lisina, fosforilación de grupos hidroxilo de residuos serilo, treonilo o tirosilo, metilación de los grupos \alpha-amino de las cadenas laterales de lisina, arginina e histidina [T.E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., San Francisco, pp. 79-86 (1983)].
Otros derivados comprenden los péptidos novedosos de esta invención unidos covalentemente a un polímero no proteináceo. El polímero no proteináceo normalmente es un polímero sintético hidrofílico, es decir, un polímero que no se encuentra en la naturaleza. Sin embargo, los polímeros que existen en la naturaleza y se producen por procedimientos recombinantes o in vitro son útiles, ya que son polímeros que se aíslan de la naturaleza. Los polímeros de polivinilo hidrofílicos están dentro del alcance de la presente invención, por ejemplo, polivinilalcohol y polivinilpirrolidona. Los éteres de polivinilalquileno, tales como polietilenglicol, polipropilenglicol son particularmente útiles.
Los homólogos de ligando TIE se pueden unir a varios polímeros no proteináceos, tales como polietilenglicol (PEG), polipropilenglicol o polioxialquilenos, de la menara establecida en las Patentes de Estados Unidos Nos. 4.640.835; 4.496.689; 4.301.144; 4.670.417; 4.791.192 ó 4.179.337. Estas variantes, como las inmunoadhesinas de la presente invención, se espera que tengan unas semividas más largas que los correspondientes homólogos de ligando TIE nativo.
Los homólogos de ligando TIE se pueden introducir en microcápsulas preparadas, por ejemplo, mediante técnicas de coacervación o mediante polimerización interfacial, en sistemas de liberación de fármacos coloidales (por ejemplo, liposomas, microesferas de albúmina, microemulsiones, nanopartículas y nanocápsulas) o en macroemulsiones. Dichas técnicas se describen en Remington's Pharmaceutical Sciences, 16ª Edición, Osol, A. Ed. (1980).
El término "receptor TIE nativo" se utiliza en la presente para referirse a un receptor TIE de cualquier especia animal, incluyendo, pero sin limitarse a, humanos, otros primates superiores, por ejemplo, monos, y roedores, por ejemplo, ratas y ratones, conocidos o descubiertos en la presente. La definición incluye específicamente el receptor TIE-2, descrito, por ejemplo, en la Solicitud PCT de No. de Serie WO 95/13387 (publicada el 18 de mayo de 1995), y el receptor tirosina quinasa de células endoteliales denominado "TIE" en la Publicación de la Solicitud de la PCT No. WO 93/14124 (publicada el 22 de julio de 1993), y preferiblemente es TIE-2.
B. Anticuerpos de homólogo de ligando anti-TIE
La presente invención cubre anticuerpos que se unen específicamente a los homólogos de ligando TIE. Los anticuerpos pueden ser monoclonales o policlonales, e incluyen, sin limitación, anticuerpos maduros, fragmentos de anticuerpos (por ejemplo, Fab, F(ab')_{2}, F_{v}, etc.), anticuerpos de cadena única y varias combinaciones de cadenas.
El término "anticuerpo" se utiliza en el sentido más amplio y cubre específicamente anticuerpos monoclonales únicos que se unen específicamente a un ligando TIE de la presente invención y composiciones de anticuerpos con especificidad poliepitópica.
El término "anticuerpo monoclonal", tal y como se utiliza en la presente, se refiere a un anticuerpo obtenido de una población de anticuerpos sustancialmente homogéneos, es decir, los anticuerpos individuales que comprenden la población son idénticos a excepción de posibles mutaciones naturales que pueden estar presentes en pequeñas cantidades. Los anticuerpos monoclonales son altamente específicos, dirigiéndose contra un único sitio antigénico. Además, a diferencia de preparaciones de anticuerpos convencionales (policlonales) que habitualmente incluyen anticuerpos diferentes dirigidos contre determinantes (epítopos) diferentes, cada anticuerpo monoclonal se dirige contra un único determinante en el antígeno.
Los anticuerpos monoclonales de la presente incluyen anticuerpos híbridos y recombinantes producidos por splicing (corte y empalme) de un dominio variable (incluyendo hipervariable) de un anticuerpo de homólogo de ligando anti-TIE con un dominio constante (por ejemplo, anticuerpos "humanizados"), o una cadena ligera con una cadena pesada, o una cadena de una especie con una cadena de otra especie, o fusiones con proteínas heterólogas, independientemente de la especie de origen o la designación de la clase o subclase de la inmunoglobulina, así como fragmentos de anticuerpos (por ejemplo, Fab, F(ab')_{2}, F_{v}), siempre y cuando muestren la actividad biológica deseada. Ver, por ejemplo, la Patente de Estados Unidos No. 4.816.567 y Mage y otros, en Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 79-97 (Marcel Dekker, Inc.: Nueva York, 1987).
De este modo, el modificador "monoclonal" indica el carácter del anticuerpo que se obtiene de una población sustancialmente homogénea de anticuerpos, y no se interpreta como la producción requerida del anticuerpo mediante ningún procedimiento concreto. Por ejemplo, los anticuerpos monoclonales a utilizar según la presente invención se puede fabricar mediante el procedimiento del hibridoma descrito por primera vez por Kohler y Milstein, Nature, 256:495 (1975), o se puede fabricar mediante procedimientos de ADN recombinante, tal y como se describe en la Patente de Estados Unidos No. 4.816.567. Los "anticuerpos monoclonales" también se pueden aislar de bibliotecas de fagos generadas utilizando las técnicas descritas en McCafferty y otros, Nature, 348: 552-554 (1990), por ejemplo.
Formas "humanizadas" de anticuerpos no humanos (por ejemplo, murinos) son inmunoglobulinas quiméricas específicas, cadenas de inmunoglobulinas, o fragmentos de las mismas (tales como Fv, Fab, Fab', F(ab')_{2} u otras subsecuencias de unión a antígeno de los anticuerpos) que contienen una secuencia mínima derivada de inmunoglobulina no humana. Para la mayoría del grupo, los anticuerpos humanizados son inmunoglobulinas humanas (anticuerpo receptor) en las que los residuos de una región determinante de complementariedad (CDR) del receptor se sustituyen por residuos de una CDR de una especie no humana (anticuerpo dador) tal como ratón, rata o conejo que tienen la especificidad, afinidad y capacidad deseadas. En algunos ejemplos, los residuos de la región de armazón (FR) Fv de la inmunoglobulina humana se sustituyen por los residuos no humanos correspondientes. Además, el anticuerpo humanizado puede comprender residuos que no se encuentran ni en el anticuerpo receptor ni en la CDR importada o las secuencias del armazón. Estas modificaciones se realizan para refinar adicionalmente y optimizar la acción del anticuerpo. En general, el anticuerpo humanizado comprenderá sustancialmente todos o por lo menos uno, y habitualmente dos, dominios variables, en que todas o sustancialmente todas las regiones CDR corresponden a aquéllas de una inmunoglobulina no humana y todas o sustancialmente todas las regiones FR son aquéllas de una secuencia de consenso de inmunoglobulina humana. El anticuerpo humanizado también comprenderá óptimamente por lo menos una parte de una región o dominio constante de inmunoglobulina (Fc), habitualmente la de una inmunoglobulina humana.
Los anticuerpos policlonales a un homólogo de ligando TIE de la presente invención se desarrollan generalmente en animales mediante inyecciones múltiples subcutáneas (sc) o intraperitoneales (ip) del ligando TIE y un adyuvante. Puede ser útil conjugar el ligando TIE o un fragmento que contiene la secuencia de aminoácidos diana a una proteína que es inmunogénica en las especies a inmunizar, por ejemplo, hemocianina de lapa californiana, albúmina sérica, tiroglobulina bovina, o inhibidor de tripsina de soja, utilizando un agente bifuncional o derivatizante, por ejemplo, éster maleimidobenzoil sulfosuccinimida (conjugación a través de residuos de cisteína), N-hidroxisuccinimida (a través de residuos de lisina), glutaraldehído, anhídrido succínico, SOCl_{2}, o R^{1}N=C=NR, donde R y R^{1} son grupos alquilo diferentes.
Los animales se inmunizan contra los conjugados inmunogénicos o derivados combinando 1 mg o 1 \mug de conjugado (para conejos o ratones, respectivamente) con 3 volúmenes de adyuvante completo de Freud e inyectando la solución de forma intradérmica en múltiples sitios. Un mes más tarde los animales se estimularon con 1/5 a 1/10 de la cantidad original de conjugado en adyuvante completo de Freud mediante inyección subcutánea en múltiples sitios. De 7 a 14 días después los animales sangraron y se examinó el suero para el título de anticuerpo de ligando anti-TIE. Los animales se estimularon hasta el nivel adecuado del título. Preferiblemente, el animal se estimuló con el conjugado del mismo ligando TIE, pero conjugado a una proteína diferente y/o a través de un reactivo de reticulación diferente. Los conjugados también se pueden fabricar en un cultivo de células recombinantes como fusiones de proteínas. Además, los agentes de agregación, tales como alumbre, se utilizan para aumentar la respuesta inmunitaria.
Los anticuerpos monoclonales se obtienen de una población de anticuerpos sustancialmente homogéneos, es decir, los anticuerpos individuales que comprenden la población son idénticos a excepción de posibles mutaciones naturales que pueden estar presentes en pequeñas cantidades. De este modo, el modificador "monoclonal" indica el carácter del anticuerpo como que no es una mezcla de anticuerpos discretos.
Por ejemplo, los anticuerpos monoclonales de homólogo de ligando anti-TIE de la invención se puede fabricar utilizando el procedimiento del hibridoma descrito por primera vez por Kohler y Milstein, Nature, 256:495 (1975), o se pueden fabricar mediante procedimientos de ADN recombinante, [Cabilly y otros, Patente de Estados Unidos No. 4.816.567].
En el procedimiento del hibridoma, se inmuniza un ratón u otro animal huésped apropiado, tal como un hámster, según se ha descrito anteriormente en la presente, para obtener linfocitos que producen o son capaces de producir anticuerpos que se unirán específicamente a la proteína utilizada para la inmunización. Alternativamente, los linfocitos se pueden inmunizar in vitro. A continuación, los linfocitos se fusionan con células de mieloma utilizando un agente de fusión adecuado, tal como polietilenglicol, para formar una célula de hibridoma [Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, pp. 59-103 (Academia Press, 1986)].
Las células de hibridoma preparadas de esta manera se cultivan y se desarrollan en un medio de cultivo adecuado que contiene preferiblemente una o más sustancias que inhiben el crecimiento o la supervivencia de las células de mieloma parentales no fusionadas. Por ejemplo, si las células de mieloma parentales no tienen la enzima hipoxantina guanina fosforibosil transferasa (HGPRT o HPRT), el medio de cultivo para los hibridomas incluirá habitualmente hipoxantina, aminopterina, y timidina (medio HAT), cuyas sustancias previenen el crecimiento de células deficientes de HGPRT.
Las células de mieloma preferidas son aquéllas que se fusionan de forma eficaz, apoyan un nivel de expresión elevado y estable de anticuerpo por las células productoras de anticuerpos determinados, y son sensibles a un medio, tal como medio HAT. Entre éstas, las líneas de células de mieloma preferidas son líneas de mieloma murinas, tales como las derivadas de tumores de ratón MOPC-21 y MPC-11 disponibles en el Salk Institute Cell Distribution Center, San Diego, California EEUU, y células SP-2 disponibles en la American Type Culture Collection, Rockville, Maryland, EEUU. Las líneas celulares de mieloma humano y heteromieloma ratón-humano también se han descrito para la producción de anticuerpos monoclonales humanos [Kozbor, J. Immunol. 133: 3001 (1984); Brodeur y otros, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., Nueva Cork, 1987)].
Se hace un ensayo del medio de cultivo en el que crecen las células del hibridoma para la producción de anticuerpos monoclonales dirigidos contra el homólogo de ligando TIE. Preferiblemente, la especificidad de unión de anticuerpos monoclonales producidos por células del hibridoma se determina mediante inmunoprecipitación o mediante un ensayo de unión in vitro, tal como radioinmunoensayo (RIA) o ensayo con sustancias inmunoabsorbentes unidas a enzima (ELISA).
La afinidad de unión del anticuerpo monoclonal se puede determinar, por ejemplo, mediante análisis Scatchard de Munson y Pollard, Anal. Biochem. 107: 220 (1980).
Después de identificar las células del hibridoma que producen anticuerpos de la especificidad, afinidad y/o actividad deseadas, los clones se pueden subclonar limitando los procedimientos de dilución y se pueden desarrollar mediante procedimientos estándar. Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, pp. 59-104 (Academia Press, 1986). Entre los medios de cultivo adecuados para este objetivo se incluyen, por ejemplo, el Medio MEM modificado por Dulbecco o medio RPMI-1640. Además, las células del hibridoma se pueden desarrollar in vivo como tumores con ascitis en un animal.
Los anticuerpos monoclonales secretados por los subclones se separan de forma adecuada del medio de cultivo, fluido de ascitis o suero mediante procedimientos convencionales de purificación de inmunoglobulinas, tales como, por ejemplo, proteína A-Sepharose, cromatografía de con hidroxilapatito, electroforesis en gel, diálisis, cromatografía de afinidad.
El ADN que codifica los anticuerpos monoclonales de la invención se puede aislar fácilmente y secuenciar utilizando procedimientos convencionales (por ejemplo, utilizando sondas de nucleótidos que son capaces de unirse específicamente a genes que codifican las cadenas pesadas y ligeras de anticuerpos murinos). Las células del hibridoma de la invención sirven como una fuente preferida de dicho ADN. Una vez aislado, el ADN se puede colocar en los vectores de expresión, que a continuación se transfectan en células huésped, tales como células COS de simio, células de ovario de hámster chino (CHO) o células de mieloma que no producen de ningún modo proteína inmunoglobulina, para obtener la síntesis de anticuerpos monoclonales en las células huésped recombinantes. El ADN también se puede modificar, por ejemplo, sustituyendo la secuencia codificante de los dominios constantes de cadena pesada y ligera humana en lugar de las secuencias de murino homólogas, Morrison y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. 81, 6851 (1984) o mediante unión covalente a la secuencia codificante de inmunoglobulinas de toda o parte de la secuencia codificante de un polipéptido que no es inmunoglobulina. De esa manera, los anticuerpos "quiméricos" o "híbridos" se preparan para que tengan la especificidad de afinidad de un anticuerpo monoclonal de ligando anti-TIE de la
presente.
Habitualmente, dichos polipéptidos que no son inmunoglobulinas se sustituyen por los dominios constantes de un anticuerpo de la invención, o se sustituyen por los dominios variables de un sitio de combinación a antígeno de un anticuerpo de la invención para crear un anticuerpo bivalente quimérico que comprende un sitio de combinación a antígeno que tiene especificidad por un ligando TIE de la presente invención y otro sitio de combinación a antígeno que tiene especificidad por un antígeno diferente.
Los anticuerpos quiméricos o híbridos se pueden preparar in vitro utilizando procedimientos conocidos en la química sintética de proteínas, incluyendo aquéllos que implican agentes reticuladores. Por ejemplo, se pueden construir inmunotoxinas utilizando una reacción de intercambio de puentes disulfuro o mediante la formación de un enlace tioéter. Entre los ejemplos de reactivos adecuados para este objetivo se incluyen iminotiolato y metil-4-mercaptobutirimidato.
Para aplicaciones de diagnóstico, los anticuerpos de la invención se marcarán habitualmente con una parte detectable. La parte detectable puede ser cualquiera que sea capaz de producir, directa o indirectamente, una señal detectable. Por ejemplo, la parte detectable puede ser un radioisótopo, tal como ^{3}H, ^{14}C, ^{32}P, ^{35}S o ^{125}I, un compuesto fluorescente o quimioluminiscente, tal como isotiocianato de fluoresceína, rodamina, o luciferina; biotina; marcadores isotópicos radioactivos, tales como, por ejemplo, ^{125}I, ^{32}P, ^{14}C, o ^{3}H o una enzima, tal como fosfatasa alcalina, beta-galactosidasa o peroxidasa de rábano picante.
Se puede utilizar cualquier procedimiento conocido en la técnica para conjugar de forma separada el anticuerpo a la parte detectable, incluyendo aquellos procedimientos por Hunter y otros, Nature 144: 945 (1962); David y otros, Biochemistry 13: 1014 (1974); Pain y otros, J. Immunol. Meth. 40: 219 (1981); y Nygren, J. Histochem. and Cytochem. 30: 407 (1982).
Los anticuerpos de la presente invención se pueden utilizar en cualquier procedimiento de ensayo conocido, tales como ensayos de unión competitiva, ensayos de sándwich directos e indirectos, y ensayos de inmunoprecipitación. Zola, Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques, pp. 147-158 (CRC Press, Inc., 1987).
Los ensayos de unión competitiva dependen de la capacidad de un patrón marcado (que puede ser un homólogo de ligando TIE o una parte inmunológicamente reactiva del mismo) para competir con el analito de muestra de prueba (ligando TIE) para la unión con una cantidad limitada de un anticuerpo. La cantidad de homólogo de ligando TIE en la muestra de prueba es inversamente proporcional a la cantidad de patrón que se une a los anticuerpos. Para facilitar la determinación de la cantidad de patrón que se une, los anticuerpos generalmente se insolubilizan antes o después de la competición, de manera que el patrón y el analito que se unen a los anticuerpos se pueden separar convenientemente del patrón y analito que permanecen no unidos.
Los ensayos de sándwich implican la utilización de dos anticuerpos, cada uno de los cuales capaces de unirse a una parte inmunogénica diferente, o epítopo, de la proteína a detectar. En un ensayo de sándwich, el analito de la muestra de prueba se une mediante un primer anticuerpo que se inmoviliza sobre un soporte sólido, y a continuación un segundo anticuerpo se une al analito, formando así un complejo de tres partes insoluble. David y Greene, Patente de Estados Unidos No. 4.376.110. El segundo anticuerpo se puede marcar en sí mismo con una parte detectable (ensayos de sándwich directo) o se pueden medir utilizando un anticuerpo anti-inmunoglobulina que está marcado con una parte detectable (ensayo de sándwich indirecto). Por ejemplo, un tipo de ensayo de sándwich es un ensayo ELISA, en el caso la parte detectable es una enzima.
Los procedimientos para humanizar anticuerpos no humanos son conocidos en la técnica. Generalmente, un anticuerpo humanizado tiene uno o más residuos de aminoácidos introducidos en el mismo a partir de un origen que no es humano. Estos residuos de aminoácidos no humanos se denominan frecuentemente como residuos de "importación", que se cogen habitualmente de un dominio variable "de importación". La humanización se puede llevar a cabo básicamente siguiendo el método de Winter y colaboradores [Jones y otros, Nature 321, 522-525 (1986); Riechmann y otros, Nature 332, 323-327 (1988); Verhoeyen y otros, Science 239, 1534-1536 (1988)] sustituyendo secuencias de CDR o CDRs de roedor por las correspondientes secuencias de un anticuerpo humano. Por consiguiente, dichos anticuerpos "humanizados" son anticuerpos quiméricos (Cabilly, supra), en los que sustancialmente menos de un dominio variable humano intacto ha sido sustituido por la correspondiente secuencia de una especie no humana, En la práctica, los anticuerpos humanizados son habitualmente anticuerpos humanos en los que algunos residuos de CDR y posiblemente algunos residuos de FR están sustituidos por residuos de sitios análogos en anticuerpos de roedores.
Es importante que los anticuerpos se humanicen manteniendo una afinidad elevada por el antígeno y otras propiedades biológicas favorables. Para conseguir este objetivo, según un procedimiento preferido, los anticuerpos humanizados se preparan mediante un proceso de análisis de las secuencias parentales y varios productos humanizados conceptuales utilizando modelos tridimensionales de las secuencias parentales y humanizadas. Los modelos de inmunoglobulinas tridimensionales están disponibles habitualmente y son conocidos para los expertos en la materia. Existen programas informáticos disponibles que ilustran y muestran las probables estructuras conformacionales en tres dimensiones de secuencias de inmunoglobulina candidatas seleccionadas. El examen de este muestreo permite el análisis del probable papel de los residuos en el funcionamiento de la secuencia de inmunoglobulina candidata, es decir, el análisis de residuos que influyen en la capacidad de la inmunoglobulina candidata para unirse a su antígeno. De esta manera, los residuos de FR se pueden seleccionar y combinar a partir de las secuencias de consenso e importación, de manera que se consigue la característica deseada del anticuerpo, tal como una mayor afinidad por el antígeno o antígenos diana. En general, los residuos de CDR están implicados directamente y más sustancialmente en la influencia de la unión a antígeno.
Alternativamente, actualmente es posible producir animales transgénicos (por ejemplo, ratones) que son capaces, tras la inmunización, de producir un amplio repertorio de anticuerpos humanos en ausencia de producción endógena de inmunoglobulina. Por ejemplo, se ha descrito que la eliminación homocigótica del gen de la región de unión (J_{H}) de la cadena pesada del anticuerpo en ratones mutantes de línea germinal y quiméricos da lugar a la inhibición completa de la producción endógena de anticuerpo. La transferencia del grupo de genes de la inmunoglobulina de línea germinal humana en dichos ratones mutantes de línea germinal dará lugar a la producción de anticuerpos humanos tras la estimulación de antígeno. Ver, por ejemplo, Jakobovits y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 2551-2555 (1993); Jakobovits y otros, Nature 362, 255-258 (1993).
Los anticuerpos biespecíficos son monoclonales, preferiblemente humanos o humanizados, anticuerpos que tienen especificidades de unión para por lo menos dos antígenos diferentes. En el presente caso, una de las especificidades de unión es para un ligando TIE particular, el otro es para cualquier otro antígeno, y preferiblemente para otro ligando. Por ejemplo, los anticuerpos biespecíficos que se unen específicamente a dos homólogos de ligando TIE diferentes están dentro del alcance de la presente invención.
Los procedimientos para la fabricación de anticuerpos biespecíficos son conocidos en la técnica.
Habitualmente, la producción recombinante de anticuerpos biespecíficos se basa en la coexpresión de dos parejas de cadena pesada-cadena ligera de inmunoglobulina, donde las dos cadenas pesadas tienen especificidades diferentes (Millstein y Cuello, Nature 305, 537-539 (1983)). Debido a la variedad aleatoria de cadenas ligera y pesada de inmunoglobulina, estos hibridomas (cuadromas) producen una mezcla potencial de 10 moléculas diferentes de anticuerpo, de las cuales sólo una tiene la estructura biespecífica correcta. La purificación de la molécula correcta, que se realiza habitualmente mediante etapas de cromatografía de afinidad, es bastante incómoda, y los rendimientos del producto son bajos. En la publicación de la solicitud PCT No. WO 93/08829 (publicada el 13 de mayo de 1993) y en Traunecker y otros, EMBO 10, 3655-3659 (1991) se describen procedimientos similares.
Según una aproximación diferente y más preferida, los dominios variables de anticuerpos con las especificidades de unión deseadas (sitios de combinación anticuerpo-antígeno) se fusionan a secuencias del dominio constante de inmunoglobulina. La fusión se produce preferiblemente con una dominio constante de cadena pesada de la inmunoglobulina, comprendiendo por lo menos parte de las regiones flexibles y segunda y tercera región constante de cadena pesada de inmunoglobulina (CH2 y CH3). Se prefiere que la primera región constante de cadena pesada (CH1) contenga el sitio necesario para la unión a cadena ligera, presente en por lo menos una de las fusiones. Los ADNs que codifican las fusiones de la cadena pesada de inmunoglobulina y, si se desea, la cadena ligera de inmunoglobulina, se insertan en vectores de expresión separados y se cotransfectan a un organismo huésped adecuado. Esto proporciona una gran flexibilidad en el ajuste de las proporciones mutuas de los tres fragmentos de polipéptido en realizaciones cuando la proporción desigual de las tres cadenas de polipéptido utilizadas en la construcción proporciona rendimientos óptimos. Sin embargo, es posible insertar las secuencias codificantes para dos o las tres cadenas de polipéptido en un vector de expresión cuando la expresión de por lo menos dos cadenas de polipéptido en proporciones iguales da lugar a rendimientos elevados o cuando las proporciones no tienen particular importancia. En una realización preferida de esta aproximación, los anticuerpos biespecíficos están compuestos de una cadena pesada de inmunoglobulina híbrida con una primera especificidad de unión en un brazo, y una pareja de cadena pesada-cadena ligera de inmunoglobulina híbrida (que proporciona una segunda especificidad de unión) en el otro brazo. Se observó que esta estructura asimétrica facilita la separación del compuesto biespecífico deseado a partir de combinaciones de cadenas de inmunoglobulinas no deseadas, ya que la presencia de una cadena ligera de inmunoglobulina en sólo una mitad de la molécula biespecífica proporciona una vía sencilla de separación.
Para más detalles sobre la generación de anticuerpos biespecíficos, ver, por ejemplo, Suresh y otros, Methods in Enzimology 121, 210 (1986).
El término "diabodies" se refiere a pequeños fragmentos de anticuerpos con dos sitios de unión a antígeno, cuyos fragmentos comprenden un dominio variable de cadena pesada (V_{H}) conectado a un dominio variable de cadena ligera (V_{L}) en la misma cadena de polipéptido (V_{H}-V_{L}). Utilizando un enlazador que es demasiado corto para permitir el emparejamiento entre los dos dominios en la misma cadena, los dominios son forzados a emparejarse con los dominios complementarios de otra cadena y crean dos sitios de unión a antígeno. Los diabodies se describen más detalladamente en, por ejemplo, EP 404.097; WO 93/11161; y Hollinger y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90: 6444-6448 (1993).
Un anticuerpo "aislado" se define de forma similar a la definición proporcionada anteriormente en la presente para polipéptidos aislados. Específicamente, un anticuerpo "aislado" es el que se ha identificado y separado y/o recuperado a partir de un componente de su medio natural. Los componentes contaminantes de su medio natural son materiales que podrían interferir con las utilizaciones de diagnóstico y terapéuticas del anticuerpo, y pueden incluir enzimas, hormonas, y otros solutos proteináceos y no proteináceos. En realizaciones preferidas, el anticuerpo se purificará (1) hasta más de un 95% en peso de anticuerpo según se determina por el método de Lowry, y más preferiblemente más de un 99% en peso, (2) hasta un grado suficiente para obtener por lo menos 15 residuos de secuencia de aminoácidos N-terminal o internos mediante la utilización de un secuenciador de copa giratoria, o (3) hasta la homogeneidad mediante SDS-PAGE en condiciones reductoras o no reductoras utilizando azul de Coomassie o, preferiblemente, tinción con plata. El anticuerpo aislado incluye el anticuerpo in situ dentro de las células recombinantes ya que por lo menos un componente del medio natural del anticuerpo no estará presente. Normalmente, sin embargo, el anticuerpo aislado se preparará mediante por lo menos una etapa de purificación.
La palabra "marcador" cuando se utiliza en la presenta se refiere a un compuesto o composición detectable que se conjuga directa o indirectamente al anticuerpo para generar un anticuerpo "marcado". El "marcador" puede ser detectable por sí mismo (por ejemplo, marcadores radioisótopos o marcadores fluorescentes) o, en el caso de un marcador enzimático, puede catalizar la alteración química de compuesto o composición sustrato que es detectable.
Por "fase sólida" se entiende una matriz no acuosa a la que se puede adherir el anticuerpo de la presente invención. Entre los ejemplos de fases sólidas que se engloban en la presente se incluyen las formadas parcial o totalmente de vidrio (por ejemplo, vidrio de poro controlado), polisacáridos (por ejemplo, agarosa), poliacrilamidas, poliestireno, polivinilalcohol y siliconas. En ciertas realizaciones, dependiendo del contexto, la fase sólida puede comprender el pocillo de una placa de ensayo; en otras es una columna de purificación (por ejemplo, una columna de cromatografía de afinidad). Este término también incluye una fase sólida discontinua de partículas discretas, tales como las descritas en la Patente de Estados Unidos No. 4.275.149.
Un "liposoma" es una vesícula pequeña compuesta de varios tipos de lípidos, fosfolípidos y/o tensoactivo que es útil para la liberación de un fármaco (tal como los anticuerpos anti-ErbB2 descritos en la presente y, opcionalmente, un agente quimioterapéutico) a un mamífero. Los componentes del liposoma se disponen habitualmente en una formación de bicapa, similar a la disposición de los lípidos de las membranas biológicas.
Los anticuerpos heteroconjugados también están dentro del alcance de la presente invención. Los anticuerpos heteroconjugados están compuestos de dos anticuerpos unidos covalentemente. Se ha propuesto, por ejemplo, que dichos anticuerpos dirigen las células del sistema inmune hacia células no deseadas (Patente de Estados Unidos No. 4.676.980) y para el tratamiento de la infección por VIH (publicaciones de solicitud PCT Nos. WO91/00360 y WO 92/200373; EP 03089). Los anticuerpos heteroconjugados se pueden fabricar utilizando cualquier procedimiento de reticulación adecuado. En la técnica se conocen agentes de reticulación adecuados y se describen en la Patente de Estados Unidos No. 4.676.980, junto con un conjunto de técnicas de reticulación.
Los fragmentos de anticuerpo "Fv de cadena única" o "sFv" comprenden los dominios V_{H} y V_{L} del anticuerpo, en los que estos dominios se presentan en una única cadena de polipéptido. Preferiblemente, el polipéptido Fv comprende además un polipéptido enlazador entre los dominios V_{H} y V_{L} que permite que el sFv forme la estructura deseada para la unión a antígeno. Para una revisión de sFv ver Pluckthun en The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg y Moore eds., Springer-Verlag, Nueva York, pp. 269-315 (1994).
C. Clonación y expresión de los homólogos de ligando TIE
En el contexto de la presente invención las expresiones "célula", "línea celular" o "línea de células" y "cultivo celular" o "cultivo de células" se utilizan indistintamente, y todas estas denominaciones incluyen la progenie. También debe entenderse que toda la progenie puede no ser precisamente idéntica en el contenido de ADN debido a mutaciones deliberadas o involuntarias. Se incluye la progenie mutante que tiene la misma función o propiedad biológica, según se criba en la célula originalmente transformada.
Los términos "vector de expresión replicable" y "vector de expresión" se refieren a un trozo de ADN, habitualmente de doble cadena, al que se le puede insertar un trozo de ADN extraño. El ADN extraño se define como ADN heterólogo, que es ADN no natural hallado en la célula huésped. El vector se utiliza para transportar el ADN extraño o heterólogo a una célula huésped adecuada. Una vez en la célula huésped, el vector se puede replicar independientemente del ADN cromosómico huésped, y se pueden generar varias copias del vector y su ADN insertado (extraño). Además, el vector contiene los elementos necesarios que permiten la traducción del ADN extraño al polipéptido. De este modo se pueden sintetizar rápidamente muchas moléculas del polipéptido codificado por el ADN extraño.
La expresión y clonación de vectores son conocidas en la técnica y contienen una secuencia de ácidos nucleicos que permite la replicación del vector en una o más células huésped seleccionadas. La selección del vector apropiado dependerá de 1) si se va a utilizar para la amplificación de ADN o para la expresión de ADN, 2) el tamaño del ADN a insertar en el vector, y 3) la célula huésped a transformar con el vector. Cada vector contiene varios componentes dependiendo de su función (amplificación de ADN o expresión de ADN) y de la célula huésped para la que es compatible. Los componentes del vector incluyen generalmente, pro no se limitan a, uno o más de los siguientes: una secuencia señal, un origen de replicación, uno o más genes marcadores, un elemento potenciador, un promotor, y una secuencia de terminación de la transcripción.
(i) Componente secuencia señal
En general, la secuencia señal puede ser un componente del vector, o puede ser una parte de la molécula de ligando TIE que se inserta en el vector. Si la secuencia señal es heteróloga, debería seleccionarse de manera que es reconocida y procesada (es decir, dividida por una peptidasa señal) por la célula huésped.
Las secuencias señal heterólogas adecuadas para las células huésped procariotas son preferiblemente secuencias señal procariotas, tales como los líderes de \alpha-amilasa, ompA, ompC, ompE, ompF, fosfatasa alcalina, penicilinasa, Ipp, o enterotoxina II estable al calor. Para la secreción de levadura se pueden utilizar, por ejemplo, líderes de levadura invertasa, amilasa, factor alfa, o fosfatasa ácida. En células de mamífero, las secuencias señal de expresión en mamíferos son las más adecuadas. Las secuencias señal listadas se muestran únicamente como ilustración, y no limitan de ningún modo el alcance de la presente invención.
(ii) Origen del componente de replicación
Tanto los vectores de expresión como de clonación contienen una secuencia de ácido nucleico que permite la replicación del vector en una o más células huésped determinadas. Generalmente, en vectores de clonación, esta secuencia es la que permite la replicación del vector independientemente de los cromosomas del huésped, e incluye orígenes de replicación o secuencias replicantes autónomas. Dicha secuencia es bien conocida para una variedad de bacterias, levaduras y virus. El origen de la replicación del plásmido pBR322 conocido es adecuado para la mayoría de bacterias gram negativa, el origen del plásmido \mu para levadura y varios orígenes virales (SV40, polioma, adenovirus, VSV o BPV) son útiles para vectores de clonación en células de mamíferos. Los orígenes de replicación no son necesarios para vectores de expresión de mamíferos (el origen SV40 se puede utilizar habitualmente sólo porque contiene el promotor más temprano). La mayoría de vectores de expresión son vectores "lanzadera", es decir, son capaces de replicarse en por lo menos una clase de organismos, pero se pueden transfectar en otro organismo para su expresión. Por ejemplo, se clona un vector en E. coli y, a continuación, el mismo vector se transfecta en células de levadura o mamífero para la expresión incluso cuando no es capaz de replicarse independientemente del cromosoma de la célula huésped.
El ADN también se clona por inserción en el genoma del huésped. Esto se lleva a cabo fácilmente utilizando especies Bacillus como huéspedes, por ejemplo, incluyendo en el vector una secuencia de ADN que es complementaria a una secuencia hallada en el ADN genómico del Bacillus. La transfección de Bacillus con este vector da lugar a una recombinación homóloga con el genoma y la inserción del ADN que codifica el polipéptido heterólogo deseado. Sin embargo, la recuperación del ADN genómico es más compleja que la de un vector replicado de forma exógena ya que se requiere la digestión por la enzima de restricción para escindir la molécula de polipéptido codificada.
(iii) Componente del gen de selección
Los vectores de expresión y clonación deberían contener un gen de selección, también denominado un marcador seleccionable. Este es un gen que codifica una proteína necesaria para la supervivencia o crecimiento de una célula huésped transformada con el vector. La presencia de este gen asegura que cualquier célula huésped que elimina el vector no obtendrá una ventaja en el crecimiento o reproducción sobre los huéspedes transformados. Los genes de selección habituales codifican proteínas que (a) confieren resistencia a antibióticos u otras toxinas, por ejemplo, ampicilina, neomicina, metotrexato o tetraciclina, (b) complementan deficiencias auxotróficas, o (c) suministran nutrientes críticos no disponibles del medio complejo, por ejemplo, el gen que codifica D-alanina racemasa para los Bacillus.
Un ejemplo de un esquema de selección utiliza un fármaco para detener el crecimiento de una célula huésped. Aquellas células que se transforman de forma satisfactoria con un gen heterólogo expresan una proteína que confiere resistencia al fármaco y, de este modo, sobreviven a la pauta de selección. Los ejemplos de dicha selección dominante utilizan los fármacos neomicina [Southern y otros, J. Molec. Appl. Gener. 1, 327 (1982)], ácido micofenólico [Mulligan y otros, Science 209, 1422 (1980)], o higromicina [Sudgen y otros, Mol. Cel. Biol. 5, 410-413 (1985)]. Los tres ejemplos dados anteriormente utilizan genes de bacterias bajo control eucariótico para transmitir resistencia al fármaco adecuado G418 o neomicina (geneticina), xgpt (ácido micofenólico) o higromicina, respectivamente.
Otros ejemplos de marcadores seleccionables para células de mamíferos son la dihidrofolato reductasa (DHFR) o la timidina quinasa. Dichos marcadores permiten la identificación de células que eran competentes para captar el ácido nucleico deseado. Las células de mamíferos transformantes se colocan bajo una presión de selección a la que sólo los transformantes están adaptados únicamente para sobrevivir por el hecho de haber captado el marcador. La presión de selección se impone cultivando los transformantes en condiciones en las que la concentración del agente de selección en el medio cambia de forma satisfactoria, conduciendo así a la amplificación del gen de selección y al ADN que codifica el polipéptido deseado. La amplificación es el proceso por el cual los genes con una mayor demanda de fabricación de una proteína crítica para el crecimiento se repiten en tándem en los cromosomas de generaciones sucesivas de células recombinantes. A partir del ADN amplificado se sintetizan cantidades crecientes del polipéptido deseado.
Por ejemplo, las células transformadas con el gen de selección DHFR se identifican en primer lugar cultivando todos los transformantes en un medio de cultivo sin hipoxantina, glicina y timidina. En este caso, una célula huésped apropiada es una línea de células de ovario de hámster chino (CHO) deficiente en actividad de DHFR, preparada y propagada tal y como se describe por Urlaub y Chasin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77, 4216 (1980). Una DHFR particularmente útil es una DHFR mutante que es altamente resistente a MTX (EP 117.060). Este agente de selección se puede utilizar con cualquier otro huésped adecuado, por ejemplo, ATCC No. CCL61 CHO-K1, a pesar de la presencia de DHFR endógena. El ADN que codifica la DHFR y el polipéptido deseado, respectivamente, a continuación, se amplifica mediante exposición a un agente (metotrexato o MTX) que inactiva la DHFR. Se asegura que la célula necesite más DHFR (y consecuentemente amplifique todo el ADN exógeno) mediante la selección de únicamente células que pueden crecer en rondas sucesivas de una concentración de MTX siempre superior. Alternativamente, los huéspedes cotransformados con genes que codifican el polipéptido deseado, DHFR de tipo salvaje, y otro marcador seleccionable, tal como el gen neo, se pueden identificar utilizando un agente de selección para el marcador seleccionable, tal como G418, y a continuación, se seleccionan y amplifican utilizando metotrexato en un huésped que contiene DHFR endógena. (Ver también Patente de Estados Unidos No. 4.965.199).
Un gen de selección adecuado para su utilización en levaduras es el gen trp1 presente en el plásmido YRp7 de levadura (Stinchcomb y otros, 1979, Nature 282: 39, Kingsman y otros, 1979, Gene 7: 141; o Tschemper y otros, 1980, Gene 10: 157). El gen trp1 proporciona un marcador de selección para una cepa mutante de levadura que no tiene la capacidad de crecer en triptófano, por ejemplo, ATCC No. 44076 p PEP4-1 (Jones, 1977, Genetics 85: 12). La presencia de la lesión trp1 en el genoma de la célula huésped de levadura proporciona a continuación un medio eficaz para la detección de la transformación mediante el crecimiento en ausencia de triptófano. De forma similar, las cepas de levaduras deficientes de Leu2 (ATCC 20.622 ó 38.626) se complementan mediante plásmidos conocidos que transportan el gen Leu2.
(iv) Componente promotor
Los vectores de expresión, a diferencia de vectores clonación, deberían contener un promotor que es reconocido por el organismo huésped y está unido operativamente al ácido nucleico que codifica el polipéptido deseado. Los promotores son secuencias no traducidas localizadas en dirección 5' desde el codón de inicio de un gen estructural (generalmente dentro de aproximadamente 100 a 1000 pb) que controlan la transcripción y traducción de ácido nucleico bajo su control. Habitualmente se incluyen dentro de dos clases, inducible y constitutivo. Los promotores inducibles son promotores que inician niveles crecientes de transcripción de ADN bajo su control en respuesta a algunos cambios en las condiciones de cultivo, por ejemplo, la presencia o ausencia de un nutriente o un cambio en la temperatura. Actualmente, se conocen un gran conjunto de promotores reconocidos por un conjunto de células huésped potenciales. Estos promotores se unen operativamente a ADN que codifica el polipéptido deseado eliminándolos de su gen de origen mediante la digestión por enzimas de restricción, seguido de la inserción en 5' hasta el codón de inicio del polipéptido a expresar. Esto no indica que el promotor genómico para un ligando TIE no se pueda utilizar. Sin embargo, los promotores heterólogos generalmente darán lugar a una mayor transcripción y mayores rendimientos de homólogos de ligando TIE expresados en comparación con los promotores de ligando TIE nativo.
Entre los promotores adecuados para su utilización con huéspedes procarióticos se incluyen los sistemas de promotores de la \beta-lactamasa y lactosa (Chang y otros, Nature 275: 615 (1978); y Goeddel y otros, Nature 281: 544 (1979)), fosfatasa alcalina, un sistema promotor de triptófano (trp) (Goeddel, Nucleic Acids Res. 8:4057 (1980) y EPO Appln. Publ. No. 36.776) y promotores híbridos, tales como promotor tac (H. de Boer y otros, Proc. Natl. Acad. Sci, USA 80: 21-25 (1983)). Sin embargo, son adecuados otros promotores bacterianos conocidos. Se han publicado sus secuencias de nucleótidos, permitiendo así a un técnico unirlas de forma operativa a un ADN que codifica un ligando TIE (Siebenlist y otros, Cell 20: 269 (1980)) utilizando enlazadores o adaptadores para suministrar cualquier sitio de restricción requerido. Los promotores para su utilización en sistemas bacterianos también contendrán una secuencia Shine-Dalgarno (S.D.) unida operativamente al ADN que codifica un ligando TIE.
Entre las secuencias de promotores adecuadas para su utilización con huéspedes de levadura se incluyen promotores para 3-fosfoglicerato quinasa (Hitzeman y otros, J. Biol. Chem. 255: 2073 (1980)) u otras enzimas glicolíticas (Hess y otros, J. Adv. Enzyme Reg. 7: 149 (1978); y Holland, Biochemistry 17: 4900 (1978)), tales como enolasa, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa, hexoquinasa, piruvato descarboxilasa, fosfofructoquinasa, glucosa-6-fosfato isomerasa, 3-fosfoglicerato mutasa, piruvato quinasa, triosefosfato isomerasa, fosfoglucosa isomerasa, y glucoquinasa.
Otros promotores de levadura, que son promotores inducibles que tienen la ventaja adicional de una transcripción controlada por las condiciones de crecimiento, son las regiones de promotor para alcohol deshidrogenasa 2, isocitocromo C, fosfatasa ácida, enzimas degradativas asociadas con el metabolismo del nitrógeno, metalotioneína, gliceraldehído-3-fosfatasa deshidrogenasa, y enzimas responsables de la utilización de maltosa y galactosa. Los vectores y promotores adecuados para su utilización en la expresión en levadura se describen adicionalmente en R. Hitzeman y otros, EP 73.657A. Los potenciadores de las levaduras se utilizan también de forma ventajosa con promotores de levadura.
Se conocen secuencias de promotores para eucariotas. Prácticamente todos los genes eucariotas tienen una región rica en AT localizada aproximadamente 25 a 30 bases en dirección 5' del sitio en el que se inicia la transcripción. Otra secuencia hallada 70 a 80 bases en dirección 5' desde el inicio de la transcripción de muchos genes es una región CXCAAT en la que X puede ser cualquier nucleótido. En el extremo 3' de la mayoría de genes eucariotas hay una secuencia AATAAA que puede ser la señal para la adición de la cola poliA al extremo 3' de la secuencia codificante. Todas estas secuencias se insertan de forma adecuada en vectores de expresión de mamíferos.
La transcripción de ligando TIE de los vectores en células huésped de mamíferos se puede controlar mediante promotores obtenidos de los genomas de virus, tales como virus de polioma, virus de la viruela aviar (UK 2.211.504 publicada el 5 de julio de 1989), adenovirus (tal como, Adenovirus 2), virus de papiloma bovino, virus de sarcoma aviar, citomegalovirus, un retrovirus, virus de la hepatitis-B y más preferiblemente Virus Simio 40 (SV40), de los promotores heterólogos de mamíferos, por ejemplo, el promotor de actina o un promotor de inmunoglobulina, de promotores del golpe de calor, y del promotor normalmente asociado con la secuencia de ligando TIE, siempre y cuando dichos promotores sean compatibles con los sistemas de células huésped.
Los promotores tempranos y tardíos del virus SV40 se obtienen convenientemente como un fragmento de restricción de SV40 que también contiene el origen viral SV40 de la replicación [Fiers y otros, Nature 273: 113 (1978), Mulligan y Berg, Science 209, 1422-1427 (1980); Pavlakis y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 7398-7402 (1981)]. El promotor temprano inmediato del citomegalovirus humano se obtiene convenientemente como un fragmento de restricción HindIII E [Greenway y otros, Gene 18, 355-360 (1982)]. En la Patente US 4.419.446 se describe un sistema para expresar ADN en huéspedes de mamíferos utilizando el virus de papiloma bovino como vector. En la Patente US 4.601.978 se describe una modificación de este sistema. Ver también, Gray y otros, Nature 295, 503-508 (1982) sobre la expresión de ADNc que codifica interferón inmune humano en células de mono; Reyes y otros, Nature 297, 598-601 (1982) sobre la expresión de ADNc de \beta-interferón humano en células de ratón bajo el control de un promotor timidina quinasa del virus de herpes simplex; Canaani y Berg., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 79, 5166-5170 (1982) sobre la expresión del gen del interferón \beta1 humano en células cultivadas de ratón y conejo; y Gorman y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 79, 6777-6781 (1982) sobre la expresión de secuencias CAT bacterianas en células CV-1 de riñón de mono, fibroblastos de embriones de pollo, células de ovario de hámster chino, células HeLa y células HIN-3T3 de ratón utilizando la repetición terminal larga del virus de sarcoma Rous como promotor.
(v) Componente elemento potenciador
La transcripción de un ADN que codifica los homólogos de ligando TIE de la presente invención mediante eucariotas superiores se incrementa frecuentemente mediante la inserción de una secuencia potenciadora en el vector. Los potenciadores son elementos de ADN que actúan en cis, normalmente aproximadamente de 10 a 300 pb, que actúan sobre un promotor para aumentar su transcripción. Los potenciadores son relativamente independientes de la orientación y la posición encontrándose en 5' [Laimins y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 993 (1981)] y 3' [Lasky y otros, Mol. Cel. Biol. 3, 1108 (1983)] con respecto a la unidad de transcripción, dentro de un intrón [Banerji y otros, Cell 33, 729 (1983)] así como dentro de la propia secuencia codificante [Osborne y otros, Mol. Cel. Biol. 4, 1293 (1984)]. Actualmente se conocen muchas secuencias potenciadoras de genes de mamíferos (globina, elastasa, albúmina, \alpha-fetoproteína e insulina). Habitualmente, sin embargo, se utilizará un potenciador de un virus de célula eucariota. Entre los ejemplos se incluyen el potenciador SV40 en la región tardía del origen de la replicación (pb 100-270), el potenciador del promotor temprano del citomegalovirus, el potenciador del polioma en la región tardía del origen de la replicación, y potenciadores de adenovirus. Ver también Yaniv, Nature 297, 17-18 (1982) sobre elementos potenciadores de la activación de promotores eucariotas. El potenciador se puede empalmar en el vector en una posición 5' ó 3' con respecto al ADN del ligando TIE, pero se localiza preferiblemente en un sitio 5' del promotor.
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(vi) Componente terminación de la transcripción
Los vectores de expresión utilizados en células huésped eucariotas (células de levadura, hongo, insecto, planta, animal, humano o nucleadas de otros organismos multicelulares) también contendrá secuencias necesarias para la terminación de la transcripción y para estabilizar el ARNm. Dichas secuencias están disponibles normalmente desde regiones no traducidas 5' y, ocasionalmente, 3' de ADNs o ADNcs eucariotas o virales. Estas regiones contienen segmentos de nucleótidos transcritos como fragmentos poliadenilados en la parte no traducida del ARNm que codifica el ligando TIE. Las regiones 3' no traducidas también incluyen sitios de terminación de la transcripción.
La construcción de vectores adecuados que contienen uno o más de los componentes enumerados anteriormente, las secuencias de control y codificantes deseadas, utiliza técnicas de unión estándar. Los plásmidos aislados o fragmentos de ADN se dividen, se cortan a medida, y se rejuntan en la forma deseada para generar los plásmidos requeridos.
Para el análisis de confirmación de las secuencias correctas en plásmidos construidos, las mezclas de unión se utilizan para transformar la cepa 294 de E. coli K 12 (ATCC 31.446) y transformantes satisfactorios seleccionados por la resistencia a ampicilina o tetraciclina cuando sea apropiado. Se preparan los plásmidos a partir de los transformantes, se analizan mediante la digestión por endonucleasas de restricción, y/o se secuencian mediante el método de Messing y otros, Nucleic Acids Res. 9, 309 (1981) o mediante el método de Maxam y otros, Methods in Enzymology 65, 499 (1980).
Los vectores de expresión que proporcionan la expresión transitoria en células de mamíferos de ADN que codifica un ligando TIE son particularmente útiles en la práctica de esta invención. En general, la expresión transitoria implica la utilización de un vector de expresión que es capaz de replicarse de forma eficaz en una célula huésped, de manera que la célula huésped acumula muchas copias del vector de expresión y, a su vez, sintetiza niveles elevados de un polipéptido deseado codificado por el vector de expresión. Los sistemas transitorios, que comprenden un vector de expresión adecuado y una célula huésped, permiten la identificación conveniente positiva de polipéptidos codificados por ADNs de clones, así como el rápido cribado de dichos polipéptidos para propiedades biológicas o fisiológicas deseadas. De este modo, los sistemas de expresión transitorios son particularmente útiles en la invención para el objetivo de identificar análogos y variantes de un ligando TIE.
Otros procedimientos, vectores y células huésped adecuados para la adaptación a la síntesis de los polipéptidos TIE en cultivos de células de vertebrados recombinantes se describen en Gening y otros, Nature 293, 620-625 (1981); Mantel y otros, Nature 281, 40-46 (1979); Levinson y otros; EP 117.060 y EP 117.058. Un plásmido particularmente útil para la expresión del polipéptido ligando TIE en el cultivo de células de mamíferos es pRK5 (EP 307.247), junto con sus derivados, tales como pRK5D, que tiene un sitio de iniciación de transcripción sp6 seguido por un sitio de enzima de restricción SfiI que precede los sitios de clonación de ADNc de Xho/NotII, y pRK5B, un precursor de pRK5D que no contiene el sitio SfiI; ver, Holmes y otros, Science 253, 1278-1280 (1991).
(vii) Construcción y análisis de vectores
La construcción de vectores adecuados que contienen uno o más de los componentes enumerados anteriormente utiliza técnicas de unión estándar. Los plásmidos aislados o fragmentos de ADN se dividen, se cortan a medida, y se rejuntan en la forma deseada para generar los plásmidos requeridos.
Para el análisis de confirmación de las secuencias correctas en plásmidos construidos, las mezclas de unión se utilizan para transformar la cepa 294 de E. coli K 12 (ATCC 31.446) y transformantes satisfactorios seleccionados por la resistencia a ampicilina o tetraciclina cuando sea apropiado. Se preparan los plásmidos a partir de los transformantes, se analizan mediante la digestión por endonucleasas de restricción, y/o se secuencian mediante el método de Messing y otros, Nucleic Acids Res. 9, 309 (1981) o mediante el método de Maxam y otros, Methods in Enzymology 65, 499 (1980).
(viii) Vectores de expresión transitorios
Los vectores de expresión que proporcionan la expresión transitoria en células de mamíferos de ADN que codifica un ligando TIE son particularmente útiles en la práctica de esta invención. En general, la expresión transitoria implica la utilización de un vector de expresión que es capaz de replicarse de forma eficaz en una célula huésped, de manera que la célula huésped acumula muchas copias del vector de expresión y, a su vez, sintetiza niveles elevados de un polipéptido deseado codificado por el vector de expresión. Sambrook y otros, supra, pp. 16.17-16.22. Los sistemas de expresión transitorios, que comprenden un vector de expresión adecuado y una célula huésped, permiten el cribado conveniente positivo de dichos polipéptidos para propiedades biológicas o fisiológicas deseadas. De este modo, los sistemas de expresión transitorios son particularmente útiles en la invención para el objetivo de identificar análogos y variantes de homólogos de ligando TIE nativo con el requisito de la actividad biológica.
(ix) Vectores de células de vertebrados de ejemplo adecuados
Otros métodos, vectores y células huésped adecuadas para su adaptación a la síntesis de un ligando TIE (incluyendo los derivados funcionales de proteínas nativas) en el cultivo de células de vertebrados recombinantes se describen en Gething y otros, Nature 293, 620-625 (1981); Mantei y otros, Nature 281, 40-46 (1979); Levinson y otros, EP 117.060; y EP 117.058. Un plásmido particularmente útil para la expresión de un ligando TIE en un cultivo de células de mamífero es pRK5 (EP 307.247) o pSV16B (Publicación de PCT No. WO 91/08291).
Las células huésped adecuadas para la clonación o expresión de los vectores de la presente invención son las células procariotas, de levaduras o eucariotas superiores descritas anteriormente. Entre las procariotas adecuadas se incluyen organismos gram negativo o gram positivo, por ejemplo E. coli o bacilli. Un huésped para clonación preferido es E. coli 294 (ATCC 31.446), aunque otras procariotas gram negativo o gram positivo, tales como E. coli B, E. coli X1776 (ATCC 31.537), E. coli W3110 (ATCC 27.325), especie Pseudomonas o Serratia Marcesans son adecuadas.
Además de los procariotas, los microbios eucariotas, tales como hongos filamentosos o levaduras son huéspedes adecuados para los vectores de la presente invención. El Saccharomyces cerevisiae, o levadura de panadería común, es el microorganismo de huésped eucariota inferior más habitualmente utilizado. Sin embargo, un conjunto de otros géneros, especies y cepas están disponibles habitualmente y son útiles en la presente, tales como S. Pombe [Beach y Nurse, Nature 290, 140 (1981)], Kluyveromyces lactis [Louvencourt y otros, J. Bacteriol. 737 (1983)]; yarrowia (EP 402.226); Pichia pastoris (EP 183.070), Trichodermareesia (EP 244.234), Neurospora crassa [Case y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76, 5259-5263 (1979)]; y huéspedes Aspergillus, tales como A. nidulans [Ballance y otros, Biochem. Biophys. Res. Commun. 112, 284-289 (1983); Tilburn y otros, Gene 26, 205-221 (1983); Yelton y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81, 1470-1474 (1984)] y A. niger [Kelly y Hynes, EMBO J. 4, 475-479
(1985)].
Las células huésped adecuadas también pueden derivar de organismos multicelulares. Dichas células huésped son capaces de procesados complejos y actividades de glicosilación. En principio, cualquier cultivo de células eucariotas superiores es factible, tanto de un cultivo de vertebrados como invertebrados, aunque se prefieren células de mamíferos, tales como humanos. Entre los ejemplos de células de invertebrados se incluyen células de plantas e insectos. Se han identificado numerosas cepas de baculovirus y variantes y las correspondientes células huésped permisivas de insectos de huéspedes, tales como células huésped de Spodoptera frugiperda (oruga), Aedes aegypti (mosquito), Aedes albopictus (mosquito), Drosophila melangaster (drosófila) y Bombix mori. Ver, por ejemplo, Luckow y otros, Bio/Technology 6, 47-55 (1988); Miller y otros, en Genetic Engineering, Setlow, J.K. y otros, eds. Vol. 8 (Plenum Publishing, 1986) pp. 277-279; y Maeda y otros, Nature 315, 592-594 (1985). Un conjunto de dichas cepas virales están públicamente disponibles, por ejemplo, la variante L-1 de Autographa californica NPV, y dichos virus se pueden utilizar aquí como el virus según la presente invención, particularmente para la transfección de células de Spodoptera frugiperda.
Generalmente, las células vegetales se transfectan por incubación con ciertas cepas de la bacteria Agrobacterium tumefaciens, que ha sido previamente manipulada para que contenga el ADN del ligando TIE. Durante la incubación del cultivo de células vegetales con A. tumefaciens, el ADN que codifica un ligando TIE se transfiere a la célula vegetal huésped, de manera que se transfecta, y, en condiciones apropiadas, expresa el ADN del ligando TIE. Además, están disponibles secuencias reguladoras y de señal compatibles con las células vegetales, tales como el promotor de nopalina sintasa y secuencias señal de poliadenilación, Depicker y otros, J. Mol. Appl. Gen. 1, 561 (1982). Además, los segmentos de ADN aislados de la región en dirección 5' del gen T-ADN 780 son capaces de activar o aumentar los niveles de transcripción de genes expresables en plantas en tejidos de plantas que contienen ADN recombinante. Ver, EP 321.196, publicada el 21 de junio de 1989.
Sin embargo, ha habido un mayor interés en células de vertebrados, y la propagación de células de vertebrados en cultivos (cultivos de tejido) es per se conocida. Ver Tissue Culture, Academic Press, Kruse y Patterson, editores (1973). Algunos ejemplos de líneas de células huésped de mamíferos útiles son la línea CV1 de riñón de mono transformada por SV40 (COS-7, ATCC CRL 1651); línea de células de riñón embrionario humano [células 293 o células 293 subclonadas para el crecimiento en el cultivo de suspensión, Graham y otros, J. Gen. Virol. 36, 59 (1977)]; células de riñón de hámster bebé 9BHK, ATCC CCL 10); células de ovario de hámster chino/-DHFR [CHO, Urlaub y Chasin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77, 4216 (1980)]; células de sertolli de ratón [TM4, Mather, Biol. Reprod, 23, 243-251 (1980)]; células de riñón de mono (CV1 ATCC CCL 70); células de riñón de mono verde africano (VERO-76, ATCC CRL-1587); células de carcinoma cervical humano (HELA, ATCC CCL 2); células de riñón canino (MDCK, ATCC CCL 34); células de hígado de rata búfalo (BRL 3A, ATCC CRL 1442); células de pulmón humano (W138, ATCC CCL75); células de hígado humano (Hep G2, HB 8065); tumor de mama de ratón (MMT 060562, ATCC CCL51); células TRI [Mather y otros, Annals N.Y. Acad. Sci., 383, 44068 (1982)]; células MRC 5; células FS4; y una línea de células de hepatoma humano (Hep G2). Las células huésped preferidas son células de riñón embrionario humano 293 y células de ovario de hámster chino.
Las células particularmente preferidas para el objetivo de la presente invención son células de vertebrados que producen los homólogos de ligando TIE de la presente invención.
Las células huésped se transfectan y preferiblemente se transforman con los vectores de expresión o clonación descritos anteriormente y se cultivan en medios nutrientes convencionales modificados según sea apropiado para la inducción de promotores o la selección de transformantes que contienen genes amplificados.
Las células procariotas utilizadas para producir los homólogos de ligando TIE de la presente invención se cultivan en medios adecuados según se describe de forma general en Sambrook y otros, supra.
Las células de mamífero se pueden cultivar en un conjunto de medios. Los medios comercialmente disponibles, tales como F10 de Ham (Sigma), Medio Mínimo Esencial (MEM, Sigma), RPMI-1640 (Sigma), y Medio MEM modificado por Dulbecco (DMEM, Sigma) son adecuados para el cultivo de células huésped. Además, cualquiera de los medios descritos en Ham y Wallace, Meth. Enzymol. 58, 44 (1979); Barnes y Sato, Anal. Biochem. 102, 255 (1980), US 4.767.404; 4.657.866; 4.927.762; ó 4.560.655; WO 90/03430; WO 87/00195 o la Patente US Re. 30.985 se pueden utilizar como medios de cultivo para las células huésped. Cualquiera de estos medios se puede suplementar según sea necesario con hormonas y/u otros factores de crecimiento (tales como insulina, transferrina, o factor de crecimiento epidérmico), sales (tales como cloruro sódico, fosfato cálcico, magnésico), soluciones tampón (tales como HEPES), nucleósidos (tales como adenosina y timidina), antibióticos (tales como el fármaco Gentamycin^{TM}), elementos traza (definidos como compuestos inorgánicos presentes habitualmente en concentraciones finales a nivel micromolar), y glucosa o una fuente de energía equivalente. Cualquier otro suplemento necesario se puede también incluir en concentraciones apropiadas que serían conocidas por los expertos en la materia. Las condiciones de cultivo, tales como la temperatura, pH y similares, de forma adecuada son las utilizadas previamente con la célula huésped seleccionada para la clonación o expresión, según sea el caso, y serán obvias para un técnico habitual.
Las células huésped a las que se hace referencia en esta descripción abarcan células en cultivos de células in vitro así como células que están en el interior de un animal o planta huésped.
También se prevé que los homólogos de ligando TIE de la presente invención se pueden producir mediante recombinación homóloga, o con procedimientos de producción recombinante que utilizan elementos de control introducidos en células que ya contienen ADN que codifica el ligando TIE particular.
La amplificación y/o expresión del gen se puede medir directamente en una muestra, por ejemplo, mediante "Southern blotting" convencional, "Northern blotting" para cuantificar la transcripción de ARNm [Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77, 5201-5205 (1980)], "dot blotting" (análisis de ADN), o hibridación in situ, utilizando una sonda marcada de forma apropiada, basada en las secuencias que se proporcionan en la presente. Se pueden utilizar varios marcadores, más habitualmente radioisótopos, particularmente ^{32}P. Sin embargo, también se pueden utilizar otras técnicas, tales como la utilización de nucleótidos modificados con biotina para la introducción en un polinucleótido. A continuación, la biotina sirve como sitio para unirse a avidina o anticuerpos, que pueden estar marcados con una amplia variedad de marcadores, tales como radionúcleos, sustancias fluorescentes, enzimas, o similares. Alternativamente, se pueden utilizar anticuerpos que pueden reconocer dúplex específicos, incluyendo dúplex de ADN, dúplex de ARN, y dúplex de híbridos ADN-ARN o dúplex de ADN-proteína. Los anticuerpos a su vez se pueden marcar y se puede llevar a cabo el ensayo cuando el dúplex está unido a la superficie, de manera que tras la formación de dúplex en la superficie, se puede detectar la presencia de anticuerpo unido al dúplex.
Alternativamente, la expresión génica se puede medir mediante procedimiento inmunológicos, tales como la tinción inmunohistoquímica de secciones de tejido y el ensayo de cultivos celulares o fluidos corporales, para cuantificar directamente la expresión del producto génico. Con las técnicas de tinción inmunohistoquímica, se prepara una muestra de células, habitualmente por deshidratación y fijación, seguido por la reacción con anticuerpos marcados específicos del producto génico acoplado, donde los marcadores son normalmente detectables de forma visual, tales como marcadores enzimáticos, marcadores fluorescentes, marcadores luminiscentes, y similares. Una técnica de tinción particularmente sensible adecuada para su utilización en la presente invención se describe en Hse y otros, Am. J. Clin. Pharm., 75, 734-738 (1980).
Los anticuerpos útiles para la tinción inmunohistoquímica y/o ensayo de fluidos de muestra pueden ser monoclonales o policlonales, y se pueden preparar en cualquier animal. De forma conveniente, los anticuerpos se pueden preparar contra un polipéptido de ligando TIE nativo de la presente invención, o contra un péptido sintético basado en la secuencia de ADN proporcionada en la presente tal y como se describe posteriormente en la presente.
El homólogo de ligando TIE se puede producir en células huésped en forma de cuerpos de inclusión o secretado en el espacio periplásmico o el medio de cultivo, y se recupera habitualmente de los lisados de células huésped. Los homólogos de ligando recombinantes se pueden purificar mediante cualquier técnica que permite la posterior formación de una proteína estable.
Cuando el homólogo de ligando TIE se expresa en una célula recombinante diferente de una de origen humano, está completamente libre de proteínas o polipéptidos de origen humano. Sin embargo, es necesario purificar el homólogo de ligando TIE de proteínas o polipéptidos de células recombinantes para obtener preparaciones que son sustancialmente homogéneas en cuanto al ligando. Como primera etapa, el medio de cultivo o lisado se centrifuga para extraer los debris de células particuladas. A continuación, se separan la membrana y las fracciones de proteínas solubles. A continuación, el homólogo de ligando TIE se puede purificar a partir de la fracción de proteína soluble. Los siguientes procedimientos son ejemplos de procedimientos de purificación adecuados: fraccionamiento en columnas de inmunoafinidad o de intercambio iónico; precipitación con etanol; HPLC de fase inversa; cromatografía sobre sílice o sobre una resina de intercambio catiónico, tal como DEAE; cromatoenfoque; SDS-PAGE; precipitación con sulfato amónico; filtración en gel utilizando, por ejemplo, Sephadex G-75; y columnas de proteína A Sepharosa para eliminar los contaminantes, tales como IgG.
Los derivados funcionales de los homólogos de ligando TIE en los que los residuos se han eliminado, insertados y/o sustituidos se recuperan de la misma manera que los ligandos nativos, teniendo en cuenta cualquier cambio sustancial en las propiedades ocasionadas por la alteración. Por ejemplo, la fusión del homólogo de ligando TIE con otra proteína o polipéptido, por ejemplo, un antígeno bacteriano o viral, facilita la purificación; se puede utilizar una columna de inmunoafinidad que contiene un anticuerpo para el antígeno para absorber la fusión. Se pueden utilizar columnas de inmunoafinidad, tales como una columna de homólogo de ligando anti-TIE policlonal de conejo, para absorber las variantes de homólogo de ligando TIE mediante la unión de por lo menos un epítopo inmune remanente. Un inhibidor de proteasa, tal como fluoruro de fenil metil sulfonilo (PMSF), también puede ser útil para inhibir la degradación proteolítica durante la purificación, y se pueden incluir antibióticos para evitar el crecimiento de contaminantes accidentales. Los homólogos de ligando TIE de la presente invención se purifican de forma conveniente mediante cromatografía de afinidad, basándose en su capacidad de unirse a un receptor TIE, por ejemplo,
TIE-2.
Un experto en la materia entenderá que los procedimientos de purificación adecuados para los homólogos de ligando TIE pueden necesitar modificaciones para justificar los cambios en el carácter de un homólogo de ligando TIE nativo o sus variantes tras la expresión en cultivo de células recombinantes.
D. Uso de los homólogos de ligando TIE, molecúlas de ácidos nucleicos y anticuerpos
Se espera que los homólogos de ligando TIE de la presente invención sean útiles en la estimulación de la supervivencia y/o crecimiento y/o diferenciación de células que expresan receptores TIE en un cultivo celular.
Los homólogos de ligando TIE se pueden utilizar adicionalmente para identificar células que expresan receptores TIE nativos. Para este objetivo, se pone en contacto un ligando marcado para su detección con una célula diana en condiciones que permiten su unión a sus receptores (receptor TIE), y se monitoriza la unión.
Los homólogos de ligando TIE de la presente también se pueden utilizar para identificar moléculas que muestran una actividad biológica de un homólogo de ligando TIE, por ejemplo, exponiendo una célula que expresa un homólogo de ligando TIE de la presente a una molécula de prueba y detectando la unión específica de la molécula de prueba a un receptor TIE, mediante detección directa o basándose en efectos biológicos secundarios. Esta aproximación es particularmente adecuada para identificar nuevos miembros de la familia del ligando TIE, o para cribar bibliotecas de pequeñas moléculas de péptidos o no péptidos.
Los homólogos de ligando TIE descritos en la presente son también útiles en ensayos de cribado diseñados para identificar agonistas o antagonistas de un receptor TIE nativo que juega un papel importante en el desarrollo, maduración o crecimiento óseo, o en el crecimiento o desarrollo muscular y/o estimulación o inhibición de la angiogénesis. Por ejemplo, los antagonistas de un receptor TIE se pueden identificar en base a su capacidad de bloquear la unión de un homólogo de ligando TIE de la presente invención a un receptor TIE nativo, tal y como se mide, por ejemplo, utilizando tecnología de biosensores BiAcore (BiAcore; Pharmacia Biosensor, Midscataway, N.J.); o monitorizando su capacidad de bloquear la respuesta biológica provocada por un homólogo de ligando TIE biológicamente activo de la presente. Entre las respuestas biológicas que se pueden monitorizar se incluyen, por ejemplo, la fosforilación del receptor TIE o componentes "downstream" del mecanismo de traducción de señal de TIE, o la supervivencia, crecimiento o diferenciación de células que expresan el receptor TIE. Los ensayos basados en células, que utilizan células que no producen normalmente el receptor TIE, diseñados para expresar este receptor, o coexpresar el receptor TIE y un homólogo de ligando TIE de la presente invención, son particularmente convenientes para utilizar.
En una realización particular, se pueden identificar los agonistas y antagonistas de molécula pequeña de un receptor TIE nativo basándose en su capacidad para interferir con la interacción ligando TIE/receptor TIE. Existen numerosas maneras para medir la unión específica de una molécula de prueba a un receptor TIE, incluyendo, pero sin limitarse a, la detección o medición de la cantidad de una molécula de prueba unida a la superficie de células intactas que expresan el receptor TIE, reticulada al receptor TIE en lisados celulares, o unida al receptor TIE in vitro.
Entre los homólogos de ligando TIE marcados para su detección se incluyen, por ejemplo, homólogos de ligando TIE unidos covalentemente o no covalentemente a una sustancia radioactiva, por ejemplo ^{125}I, una sustancia fluorescente, una sustancia que tiene actividad enzimática (preferiblemente adecuada para la detección colorimétrica), un sustrato para una enzima (preferiblemente adecuada para la detección colorimétrica), o una sustancia que puede reconocerse mediante una molécula de anticuerpo (marcada para su detección).
Los ensayos se pueden llevar a cabo de manera similar a la descrita en la Publicación de PCT WO 96/11269, publicada el 18 de abril de 1996.
Los homólogos de ligando TIE de la presente invención son también útiles para purificar receptores TIE, utilizados opcionalmente en forma de inmunoadhesinas, en las que el ligando TIE o la parte de unión del receptor TIE del mismo se fusiona a una región constante de cadena pesada o ligera de inmunoglobulina.
Además, los nuevos homólogos de ligando TIE de la presente se pueden utilizar para inhibir el crecimiento tumoral.
Las moléculas de ácido nucleico de la presente invención son útiles para detectar la expresión de homólogos de ligando TIE en células o secciones de tejido. Las células o secciones de tejido se pueden poner en contacto con una molécula de ácido nucleico marcada para su detección que codifica el ligando TIE de la presente invención en condiciones de hibridación, determinar la presencia de ARNm hibridado a una molécula de ácido nucleico, detectando así la expresión del ligando TIE.
Los anticuerpos de la presente invención se pueden utilizar, por ejemplo, en inmunoensayos para medir la cantidad de un ligando TIE en una muestra biológica. La muestra biológica se pone en contacto con un anticuerpo o mezcla de anticuerpos que se unen específicamente a un ligando TIE de la presente invención, y se mide la cantidad del complejo formado con un ligando presente en la muestra de prueba.
Los anticuerpos para los homólogos de ligando TIE de la presente se pueden utilizar adicionalmente para la liberación de moléculas citotóxicas, por ejemplo, radioisótopos o toxinas, o agentes terapéuticos a células que expresan el correspondiente receptor TIE. Los agentes terapéuticos pueden ser, por ejemplo, diferentes de homólogos de ligando TIE, incluyendo el ligando TIE-2, miembros de la familia del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF), o agentes anti-tumorales conocidos, y agentes que se sabe que se asocian con el crecimiento o desarrollo muscular, o el desarrollo, la maduración o crecimiento óseo.
Para el uso terapéutico, los homólogos de ligando TIE o los anticuerpos de ligando anti-TIE de la presente invención se formulan como composiciones terapéuticas que comprenden el principio o principios activos en una mezcla con un vehículo farmacológicamente aceptable, adecuada para la aplicación sistémica o tópica. Las composiciones farmacéuticas de la presente invención se prepararan para su almacenamiento mezclando el principio activo que tiene el grado deseado de pureza con portadores, excipientes o estabilizantes opcionales fisiológicamente aceptables (Remington's Pharmaceutical Sciences 16ª edición, Osol, A. Ed. (1980)), en forma de formulaciones liofilizadas o soluciones acuosas. Los portadores, excipientes o estabilizantes aceptables no son tóxicos para los receptores en las dosis y concentraciones empleadas, e incluyen soluciones tampón, tales como fosfato, citrato y otros ácidos orgánicos; antioxidantes que incluyen ácido ascórbico; polipéptidos de peso molecular bajo (menos de aproximadamente 10 residuos); proteínas, tales como albúmina sérica, gelatina o inmunoglobulinas; polímeros hidrofílicos, tales como polivinilpirrolidona, aminoácidos, tales como glicina, glutamina, asparagina, arginina o lisina; monosacáridos, disacáridos y otros carbohidratos que incluyen glucosa, manosa o dextrinas; agentes quelantes, tales como EDTA, alcoholes de azúcares, tales como manitol o sorbitol; contraiones formadores de sales, tales como sodio; y/o tensoactivos no iónicos, tales como Tween, Pluronics o PEG.
Los principios activos también se pueden introducir en microcápsulas preparadas, por ejemplo, mediante técnicas de coacervación o mediante polimerización interfacial, por ejemplo, microcápsulas de hidroximetilcelulosa o gelatina y microcápsulas de poli-(metilmetacilato), respectivamente, en sistemas de liberación de fármacos coloidales (por ejemplo, liposomas, microesferas de albúmina, microemulsiones, nanopartículas y nanocápsulas) o en macroemulsiones. Dichas técnicas se describen en Remington's Pharmaceutical Sciences, supra.
Las formulaciones a utilizar para ser administradas in vivo deben ser estériles. Esto se consigue fácilmente mediante la filtración a través de membranas de filtración estériles, anterior o posteriormente a la liofilización y reconstitución.
Las composiciones terapéuticas de la presente se colocan generalmente en un contenedor que tiene un puerto de acceso estéril, por ejemplo, una bolsa o vial con solución intravenosa que tiene un tapón traspasable por una aguja de inyección hipodérmica.
La vía de administración se corresponde con los procedimientos conocidos, por ejemplo, inyección o infusión por vía intravenosa, intraperitoneal, intracerebral, intramuscular, intraocular, intraarterial o inatralesional, administración tópica o mediante sistemas de liberación controlada.
Entre los ejemplos de preparaciones de liberación controlada se incluyen matrices de polímeros semipermeables en forma de artículos conformados, por ejemplo, películas o microcápsulas. Entre las matrices de liberación controlada se incluyen poliésteres, hidrogeles, poliláctidos (Patente de Estados Unidos 3.773.919, EP 58.481), copolímeros de ácido L-glutámico y gamma etil-L-glutamato (U. Sidman y otros, 1983, "Biopolymers" 22 (1): 547-556), poli (2-hidroxietilmetilacrilato) (R. Langer, y otros, 1981, "J. Biomed. Mater. Res." 15: 167-277 y "R: Langer, 1982, Chem. Tech." 12: 98-105), etileno vinil acetato (R. Langer y otros, Id.) o ácido poli-D-(-)-3-hidroxibutírico (EP 133.988A). Entre las composiciones de liberación controlada se incluyen liposomas. Los liposomas que contienen una molécula dentro del alcance de la presente invención se preparan mediante procedimientos conocidos per se: DE 3.218.121 A; Epstein y otros, 1985, "Proc. Natl. Acads. Sci. USA" 82: 3688-3692; Hwang y otros, 1980, "Proc Natl. Acad. Sci. USA", 77: 4030-4034; EP 52322A; EP 36676A; EP 88046A; EP 143949A; EP 142641A; solicitud de patente japonesa 83-118008; patentes de Estados Unidos 4.485.045 y 4.544.545, y EP 102.324A. Habitualmente, los liposomas son del tipo unilamelar pequeño (aproximadamente 200-800 Angstroms) en los que el contenido de lípidos es superior a aproximadamente un 30% molar de colesterol, ajustándose la proporción seleccionada a la terapia óptima con NT-4.
Una cantidad eficaz de una molécula de la presente invención a utilizar terapéuticamente dependerá, por ejemplo, de los objetivos terapéuticos, la vía de administración, y la condición del paciente. Por consiguiente, será necesario para el terapeuta titular la dosis y modificar la vía de administración según se necesite para obtener el efecto terapéutico óptimo. Una dosis diaria habitual podría variar desde aproximadamente 1 \mug/kg hasta 100 mg/kg o más, dependiendo de los factores mencionados anteriormente. Habitualmente, el profesional sanitario administrará una molécula de la presente invención hasta alcanzar una dosis que proporciona el efecto biológico requerido. El progreso de esta terapia se monitoriza fácilmente mediante ensayos convencionales.
Si el objetivo terapéutico es prevenir o tratar tumores, los compuestos de la presente se pueden combinar con otras terapias. Por ejemplo, el paciente a tratar con dichos agentes anticancerígenos también puede recibir terapia de radiación. Alternativamente, o adicionalmente, se puede administrar un agente quimioterapéutico al paciente. La preparación y los programas de dosificación para dichos agentes quimioterapéuticos se pueden utilizar según las instrucciones del fabricante o según se determina empíricamente por el técnico. La preparación y los programas de dosificación para dicha quimioterapia también se describen en Chemotherapy Service Ed., M.C. Perry, Williams & Wilkins, Baltimore, MD (1992). El agente quimioterapéutico puede preceder o seguir a la administración del agente antitumoral, o se puede suministrar de forma simultánea con el mismo.
Se puede desear administrar también anticuerpos contra otros antígenos asociados a tumores, tales como anticuerpos que se unen a ErbB2, EGFR, ErbB3, ErbB4 o factor endotelial vascular (VEGF). Alternativamente, o adicionalmente, dos o más anticuerpos que se unen al mismo o dos o más antígenos diferentes descritos en la presente se pueden coadministrar al paciente. Algunas veces, puede ser beneficioso administrar también una o más citoquinas al paciente. En una realización preferida, los compuestos antitumorales de la presente se coadministran con un agente inhibidor del crecimiento adicional.
Para la prevención o tratamiento de la enfermedad, la dosis apropiada de un agente antitumoral, por ejemplo, un anticuerpo de la presente dependerá del tipo de enfermedad a tratar, tal y como se ha definido anteriormente, la gravedad y el transcurso de la enfermedad, tanto si el agente se administra con objetivos preventivos como terapéuticos, terapia previa, el historial clínico del paciente y la respuesta al agente, y la discreción del asistente sanitario. El agente se administra de forma adecuada al paciente en una sola vez o durante una serie de tratamientos.
Ejemplo 1
Identificación de NL3
Se identificó NL3 mediante cribado de la base de datos del Banco de Genes utilizando el programa informático BLAST (Altshul y otros, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996).
NL-3 muestra homología con las secuencias EST conocidas T57280 y T50719. Ninguna de estas secuencias EST conocidas se ha identificado como secuencias de longitud completa o descrito como ligandos asociados con los receptores TIE.
Tras su identificación, NL3 se clonó de una biblioteca de pulmón fetal humano preparada a partir de ARNm adquirido de Clontech, Inc. (Palo Alto, CA, Estados Unidos), catálogo # 6528-1, siguiendo las instrucciones del fabricante. La biblioteca se cribó mediante la hibridación con sondas de oliglonucleótidos sintéticos:
Para NL3:
NL3,5-1 TGGTTGGCAAAGGCAAGGTGGCTGACGATCCGG SEC ID No: 10
NL3,3-1 GTGGCCCTTATCTCTCCTGTACAGCTTCCGGATCGTCAGCCAC SEC ID No: 11
NL3,3-2 TCCATTCCCACCTATGACGCTGACCCA SEC ID No: 12
basadas en las ESTs de la base de datos del Banco de Genes, se secuenciaron las secuencias de ADNc en su totalidad.
Las secuencias de nucleótidos y aminoácidos de NL3 se muestran en la figura 4 (SEC ID No: 3) y figura 5 (SEC ID No: 4), respectivamente.
Se depositó un clon de NL-3 con la American Type Culture Collection (ATCC), 12301 Parklawn Drive, Rockville, Maryland 20852, el 18 de septiembre de 1997 bajo los términos del Tratado de Budapest, y se le asignó el número de depósito ATCC 209283.
Ejemplo 2
Resultados del análisis "Northern blot" e Hibridación in situ
Se examinó la expresión del ARNm de NL3 en tejidos humanos mediante análisis por "Northern blot". Los "blots" de ARNm humano se hibridaron a una sonda de ADN marcada con ^{32}P basada en ADNcs de longitud completa; las sondas se generaron digiriendo y purificando los insertos de ADNc. El "blot" de ARN fetal humano MTN - (Clontech) y el "blot" de ARN adulto humano MTN-II (Clontech) se incubaron con las sondas de ADN. Los "blots" se incubaron con las sondas en un tampón de hibridación (5 x SSPE; 2 solución de Denhardt; 100 mg/ml de ADN desnaturalizado de esperma de salmón triturado; 50% formamida, 2% SDS) durante 60 horas a 42ºC. Los blots se lavaron varias veces en 2 x SSC; 0,05% SDS durante 1 hora a temperatura ambiente, seguido de un lavado de 30 minutos en 0,1 x SSC; 0,1% SDS a 50ºC. Los blots se desarrollaron después de una exposición durante toda la noche mediante análisis con phosphorimager (Fuji).
Tal y como se muestra en la figura 9, se detectaron los transcritos de ARNm de NL3.
El patrón de expresión de tejido de NL3 se determinó también mediante hibridación in situ (observando la hibridación al ARN celular), utilizando un protocolo optimizado que utiliza ribosondas marcadas con ^{32}P generadas por PCR. (Lu y Gillett, Cell Vision 1: 169-176 (1994)). Se seccionaron tejidos humanos adultos y fetales bañados en parafina y fijados a formalina, se desparafinaron, se desproteinaron en proteinasa K (20 g/ml) durante 15 minutos a 37ºC, y se procesaron adicionalmente para una hibridación in situ tal y como se describe por Lu y Gillett (1994). Se generó una ribosonda antisentido marcada con [^{33}-P] UTP a partir de un producto de PCR y se hibridó a 55ºC durante toda la noche. Los portaobjetos se sumergieron en una emulsión nuclear Kodak NTB2 y se expusieron durante 4 semanas.
Síntesis de ribosondas con ^{33}P
Se secaron con concentradores centrífugos de tipo Speed-Vac 6,0 \mul (125 mCi) de ^{33}P-UTP (Amersham BF 1002, SA < 2000 Ci/mol). A cada tubo que contenía ^{33}P-UTP secado, se añadieron los siguientes ingredientes:
2,0 \mul 5x de tampón de transcripción
1,0 \mul de DTT (100 mM)
2,0 \mul de mezcla de NTP (2,5 mM: 10 \mul; cada uno de 10 mM de GTP, CTP y ATP + 10 \mul de H_{2}O)
1,0 \mul de UTP (50 \muM)
1,0 \mul Rnasina
1,0 \mul de plantilla de ADN (1 \mug)
1,0 \mul de H_{2}O
1,0 \mul de ARN polimerasa (para productos de PCR T3 = AS, T7 = S, normalmente)
Los tubos se incubaron a 37ºC durante una hora. Se añadió 1,0 \mul de RQ1 ADNasa, seguido de incubación a 37ºC durante 5 minutos. Se añadieron 90 \mul de TE (Tris 10 mM pH 7,6/1 mM EDTA pH 8,0), y la mezcla se pipeteó sobre papel DE81. La solución remanente se cargó en una unidad de microfiltración Microcon-50, y se centrífugo utilizando el programa 10 (6 minutos). La unidad de filtración se invirtió sobre un segundo tubo y se centrifugó utilizando el programa 2 (3 minutos). Después del giro final de recuperación, se añadieron 100 \mul de TE. Se pipeteó 1 \mul del producto final sobre papel DE81 y se contó en 6 ml de Biofluor 11.
La sonda se extendió sobre un gel de TBE/urea. Se añadieron 1-3 \mul de la sonda o 5 \mul de ARN MrkII a 3 \mul de solución tampón de carga. Después de calentar sobre un bloque de calor a 95ºC durante 3 minutos, el gel se colocó inmediatamente sobre hielo. Los pocillos del gel se nivelaron, se cargó la muestra y se operó a 180-245 voltios durante 45 minutos. El gel se envolvió en un envoltorio "saran wrap" y se expuso a una película XAR con una pantalla intensificadora en un congelador a -70ºC desde una hora hasta toda la noche.
Hibridación de ^{33}-P
Pretratamiento de las secciones congeladas. Los portaobjetos se extrajeron del congelador, se colocaron sobre bandejas de aluminio y se descongelaron a temperatura ambiente durante 5 minutos. Las bandejas se colocaron en una incubadora a 55ºC durante cinco minutos para reducir la condensación. Los portaobjetos se fijaron durante 10 minutos en paraformaldehído al 4% sobre hielo en la campana de extracción, y se lavaron en 0,5 x SSC durante 5 minutos a temperatura ambiente (25 ml 20 x SSC + 975 ml SQ H_{2}O). Después de la desproteinación en 0,5 \mug/ml de proteinasa K durante 10 minutos a 37ºC (12,5 \mul de 10 mg/ml de reserva en 250 ml de tampón de ARNasa sin ARNasa precalentado), las secciones se lavaron en 0,5 x SSC durante 10 minutos a temperatura ambiente. Las secciones se deshidrataron en etanol al 70%, 95%, 100% durante 2 minutos cada una.
Pretratamiento de las secciones bañadas en parafina. Los portaobjetos se desparafinaron, se colocaron en SQ H_{2}O, y se enjuagaron dos veces en 2 x SSC a temperatura ambiente, durante 5 minutos casa uno. Las secciones se desproteinaron en 20 \mug/ml de proteinasa K (500 \mul de 10 mg/ml en 250 ml de tampón de ARNasa sin ARNasa; 37ºC, 15 minutos) - embrión humano, u 8 x proteinasa K (100 \mul en 250 ml de tampón de ARNasa, 37ºC, 30 minutos) - tejidos en formalina. El posterior enjuague en 0,5 x SSC y deshidratación se llevaron a cabo tal y como se ha descrito anteriormente.
Prehibridación. Los portaobjetos se dispusieron en una caja de plástico recubierta por papel de filtro saturado con tampón de Caja (4 x SSC, formamida al 50%). El tejido se recubrió con 50 \mul de tampón de hibridación (3,75 g de sulfato de dextrano + 6 ml de SQ H_{2}O), se centrifugó y se calentó en el microondas durante 2 minutos con la tapa aflojada. Después de enfriar sobre hielo, se añadieron 18,75 ml de formamida, 3,75 ml de 20 x SSC y 9 ml de SQ H_{2}O, el tejido se centrifugó bien y se incubó a 42ºC durante 1-4 horas.
Hibridación. Se calentaron a 95ºC durante 3 minutos 1,0 x 10^{6} cpm de sonda y 1,0 \mul de ARNt (50 mg/ml reserva) por portaobjetos. Los portaobjetos se enfriaron sobre hielo, y se añadieron 48 \mul de tampón de hibridación por portaobjeto. Después de centrifugar, se añadieron 50 \mul de una mezcla de ^{33}P a 50 \mul de prehibridación en el portaobjetos. Los portaobjetos se incubaron durante toda la noche a 55ºC.
Lavados. El lavado se realizó 2 x 10 minutos con 2 x SSc, EDTA a temperatura ambiente (400 ml de 20 x SSC + 16 ml de EDTA 0,25 M, V_{f}=4 L), seguido de un tratamiento con ARNasaA a 37ºC durante 30 minutos (500 \mul de 10 mg/m) en 250 ml de tampón de ARNasa = 20 \mug/ml). Los portaobjetos se lavaron 2 x 10 minutos con 2 x SSC, EDTA a temperatura ambiente. Las condiciones de lavado de astringencia fueron las siguientes: 2 horas a 55ºC, 0,1 x SSC, EDTA (20 ml 20 x SSC + 16 ml de EDTA, V_{f}=4 L)
Oligos
C-141 F - NL3p1: 48 mer GGA TTC TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGC AAG TTG TCC TCC (SEC ID No: 16)
C-141 G - NL3p2: 47 mer CTA TGA AAT TAA CCC TCA CTA AAG GGA CGT GGT CAG CGT (SEC ID No: 17)
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Los tejidos adultos que se examinaron fueron: hígado, riñón, glándulas adrenales, miocardio, aorta, bazo, nódulos linfáticos, páncreas, pulmón, piel, córtex cerebral, hipocampo, cerebelo, pene, ojo, vejiga, estómago, carcinoma gástrico, colon, carcinoma colónico y condrosarcoma, daño en el hígado y cirrosis hepática causada inducida por acetaminofeno. Los tejidos fetales que se examinaron fueron: placenta, cordón umbilical, hígado, riñón, glándulas adrenales, tiroides, pulmones, corazón, vasos mayores, esófago, estómago, intestino delgado, bazo, timo, páncreas, cerebro, ojo, médula espinal, pared abdominal, pene y extremidad inferior. No se observó expresión en ninguno de los tejidos normales o fetales. La expresión se detectó en células sinusoidales hepáticas (probablemente endoteliales) en el daño hepático agudo (inducido por acetaminofeno) y el daño hepático crónico (cirrosis y adyacente a la metástasis de carcinoma colorrectal). Estos resultados indican que el NL3 juega un papel importante en la regulación de la regeneración hepática.
La expresión de NL1 también se examinó en una selección similar de tejidos de adulto y fetales pero no se observó expresión bajo las condiciones indicadas anteriormente.
Ejemplo 3
Expresión de NL3 en E. coli
Este ejemplo ilustra la preparación de una forma no glicosilada de los homólogos de ligando TIE de la presente invención en E. coli. La secuencia de ADN que codifica un ligando NL-3 (SEC ID No: 3) se amplifica inicialmente utilizando cebadores de PCR determinados. Los cebadores deberían contener sitios para enzimas de restricción que correspondan a los sitios para enzimas de restricción en el vector de expresión seleccionado. Se pueden utilizar un conjunto de vectores de expresión. El vector codificará preferiblemente un gen de resistencia a antibiótico, un origen de replicación, un promotor, y un sitio de unión a ribozima. Un ejemplo de un vector adecuado es pBR322 (derivado de E. coli; ver Bolivar y otros, Gene 2: 95 (1977)) que contiene genes para la resistencia a ampicilina y tetraciclina. El vector se digiere con enzima de restricción y se desfosforila. A continuación, las secuencias amplificadas por PCR se unen al vector.
A continuación, se utiliza la mezcla de unión para transformar una cepa de E. coli seleccionada, utilizando los procedimientos descritos en Sambrook y otros, supra. Los transformantes se identifican por su capacidad para crecer en placas LB y, a continuación, se seleccionan las colonias resistentes a antibiótico. El ADN plásmido se puede aislar y confirmar mediante análisis de restricción.
Los clones seleccionados se pueden desarrollar durante toda la noche en un medio de cultivo líquido, tal como caldo IB seleccionado con antibióticos. EL cultivo de toda la noche se puede utilizar posteriormente para inocular un cultivo a escala posterior. A continuación, se desarrollan las células hasta una densidad óptica deseada. Se puede añadir un inductor, tal como IPTG.
Después del cultivo de las células durante varias horas más, se pueden recoger las células por centrifugación. El pélet de células obtenido mediante la centrifugación se puede solubilizar utilizando varios agentes conocidos en la técnica, y la proteína solubilizada se puede purificar a continuación utilizando una columna quelante de metales en condiciones que permiten una estrecha unión de la proteína.
Ejemplo 4
Expresión de NL3 en células de mamíferos
Este ejemplo ilustra la preparación de una forma glicosilada de los homólogos de ligando NL3 mediante expresión recombinante en células de mamíferos.
El vector pRK5 (ver EP 307.247 publicada el 15 de marzo de 1989) se utiliza como vector de expresión. Opcionalmente, el ADN de NL3 se une a pRK5 con los enzimas de restricción seleccionados para permitir la inserción del ADN de NL3 utilizando procedimientos de unión, tales como los descritos en Sambrook y otros, supra. El vector resultante se denomina pRK5-NL3.
En una realización, las células huésped seleccionadas pueden ser células 293. Se desarrollan células 293 humanas (ATCC CCL 1573) para confluir en placas de cultivo de tejidos en un medio, tal como DMEM suplementado con suero de ternera fetal y opcionalmente, componentes de nutrientes y/o antibióticos. Aproximadamente 10 \mug de ADN de pRK5-NL2 se mezclan con aproximadamente 1 \mug de ADN que codifica el gen de ARN VA [Thimmappaya y otros, Cell., 31: 543 (1982)] y se disolvió en 500 \mul de Tris-HCl 1 mM, EDTA 0,1 mM, CaCl_{2} 0,227 M. A esta mezcla se añade, gota a gota, 500 \mul de HEPES 50 mM (pH 7,35), NaCl 280 mM, Na_{3}PO_{4} 1,5 mM, y se deja formar un precipitado durante 10 minutos a 25ºC. El precipitado se suspende y se añade a las células 293 y se dejan reposar durante aproximadamente 4 horas a 37ºC. El medio de cultivo se aspira y se añaden 2 ml de glicerol al 20% en PBS durante 30 segundos. A continuación, las células 293 se lavan con medio sin suero, se añade medio fresco y se incuban las células durante aproximadamente 5 días.
Aproximadamente 24 horas después de las transfecciones, se extrae el medio de cultivo y se sustituye por medio de cultivo (solo) o medio de cultivo que contiene 200 \muCi/ml de ^{35}S-cisteína y 200 \muCi/ml de ^{35}S-metionina. Después de 12 horas de incubación, se recoge el medio acondicionado, se concentra en un filtro giratorio, y se carga en gel de SDS al 15%. El gel procesado se puede secar y exponer a una película durante un período de tiempo determinado para revelar la presencia de polipéptido NL3. Los cultivos que contienen células transfectadas pueden sufrir una incubación adicional (en medio libre de suero) y se examina el medio en bioensayos determinados.
En una técnica alternativa, se puede introducir NL3 en células 293 de forma transitoria utilizando el procedimiento de sulfato de dextrano descrito por Somparyrac y otros, Proc. Natl. Acad. Sci., 12: 7575 (1981). Se desarrollan células 293 hasta la densidad máxima en un matraz de centrifugación y se añaden 700 \mug de ADN de pRK5-FLS139, -NL2 y -NL3. En primer lugar, las células se concentran a partir del matraz de centrifugación mediante centrifugación y se lavan con PBS. El precipitado de ADN-dextrano se incuba en el pélet de células durante 4 horas. Las células se tratan con glicerol al 20% durante 90 segundos, se lavan con medio de cultivo de tejido, y se reintroducen en el matraz de centrifugación que contiene medio de cultivo de tejido, 5 \mug/ml de insulina bovina y 0,1 \mug/ml de transferrina bovina. Después de aproximadamente cuatro días, el medio acondicionado se centrifuga y se filtra para eliminar las células y debris. La muestra que contiene NL3 expresado se puede entonces concentrar y purificar mediante cualquier procedimiento seleccionado, tal como diálisis y/o cromatografía en columna.
En otra realización, NL3 se puede expresar en células CHO. El pRK5-NL3 se puede transfectar en células CHO utilizando reactivos conocidos, tales como Ca_{3}PO_{4} o DEAE-dextrano. Tal y como se ha descrito anteriormente, los cultivos de células se pueden incubar, y el medio se puede sustituir por medio de cultivo (solo) o medio de cultivo que contiene un radiomarcador tal como ^{35}S-metionina. Después de determinar la presencia de polipéptido NL3, el medio de cultivo se puede sustituir por un medio libre de suero. Preferiblemente, los cultivos se incuban durante aproximadamente 6 días y, a continuación, se recoge el medio acondicionado. El medio que contiene NL3 expresado se puede entonces concentrar y purificar mediante cualquier procedimiento determinado.
El NL3 con epítopo con tag también se puede expresar en células CHO huésped. El NL3 se puede subclonar fuera del vector pRK5. La inserción del subclón puede someterse a la PCR para fusionar en el marco con un epítopo con tag determinado, tal como un tag poli-his, en un vector de expresión de Baculovirus. La inserción de NL3 con tag poli-his se puede subclonar a continuación en un vector dirigido SV40 que contiene un marcador de selección, tal como DHFR para la selección de clones estables. Finalmente, las células CHO se pueden transfectar (tal y como se ha descrito anteriormente) con el vector dirigido SV40. El marcaje se puede llevar a cabo, tal y como se ha descrito anteriormente, para verificar la expresión. A continuación, el medio de cultivo que contiene FLS139, NL2 y NL3 con tag poli-His expresados se puede concentrar y purificar mediante cualquier procedimiento determinado, tal como mediante cromatografía de afinidad con quelato-Ni^{2+}.
De hecho las formas glicosiladas de NL3 se expresaron en células CHO en las formas con tag poli-His. Tras la amplificación por PCR, el ADN de NL3 se subclonó en un vector de expresión de CHO utilizando técnicas estándar tal y como se describe en Ausubel y otros, Current Protocols of Molecular Biology, Unit 3.16, John Wiley e Hijos (1997). Los vectores de expresión de CHO se construyen para que tengan sitios de restricción 5' y 3' compatibles del ADN de interés para permitir el lanzamiento conveniente de ADNcs. El vector utilizado para la expresión de NL3 en células CHO es tal y como se describe en Lucas y otros, Nucl. Acids. Res. 24: 9 (1774-1779 (1996), y utiliza el promotor/potenciador temprano SV40 para dirigir la expresión del ADNc de interés y dihidrofolato reductasa (DHFR). La expresión de DHFR permite la selección del mantenimiento estable del plásmido tras la transfección.
Se introdujeron doce microgramos de ADN plásmido que codifica NL3 en aproximadamente 10 millones de células CHO utilizando reactivos de transfección disponibles comercialmente Superfect® (Quiagen), Dosper® o Fugene® (Boehringer Mannheim). Las células se desarrollaron y se describieron en Lucas y otros, supra. Se congelaron aproximadamente 3 x 10^{-7} células en una ampolla para el posterior crecimiento y producción tal y como se describe a continuación.
La ampolla que contenía el ADN plásmido del NL3 se descongeló al colocarlo en una baño de agua y se mezcló por centrifugación. El contenido se pipeteó a un tubo de centrifugación que contenía 10 ml de medio y se centrifugó a 1000 rpm durante 5 minutos. El sobrenadante se aspiró y las células se resuspendieron en 10 ml de medio selectivo (PS20 filtrado a 0,2 \mum con 5% de suero bovino fetal diafiltrado a 0,2 \mum). A continuación, las células se pusieron por alícuotas en un tubo de centrifugación de 100 ml que contenía 90 ml de medio selectivo. Después de 1-2 días, las células se transfirieron a un tubo de centrifugación de 250 ml rellenado con 150 ml de medio de crecimiento selectivo y se incubaron a 37ºC. Después de otros 2-3 días, se sembraron tubos de centrifugación de 250 ml, 500 ml y 2000 ml con 3 x 10^{5} células/ml. El medio se intercambió por medio nuevo mediante centrifugación y resuspensión en el medio de producción. Se puede utilizar cualquier medio de CHO adecuado, por ejemplo, tal y como se describe en la Patente de Estados Unidos 5.122.469 concedida el 16 de junio de 1992. Se sembró un tubo de centrifugación de producción de 3 ml a 1,2 x 10^{6} células/ml. En el día 0, se determinaron el número de células y el pH. En el día 1, se tomaron muestras del tubo de centrifugación y se inició la agitación con aire filtrado. En el día 2, se tomaron muestras del tubo de centrifugación, la temperatura se desplazó hasta 33ºC y se añadieron 30 ml de 500 g/l de glucosa y 0,6 ml de antiespuma al 10% (por ejemplo, emulsión de polidimetilsiloxano al 35%, Dow Coming 365 Medical Grade Emulsion). A lo largo de la producción, se ajustó el pH según fuera necesario para mantenerlo alrededor de 7,2. Después de 10 días, o hasta que la viabilidad bajó por debajo del 70%, el cultivo de células se recogió mediante centrifugación
y se filtró a través de un filtro de 0,22 \mum. El filtrado se guardó a 4ºC hasta cargarlo en una columna de purificación.
El tag poli-His se purificó utilizando una columna de Ni-NTA (Qiagen). Antes de la purificación, se añadió imidazol al medio acondicionado hasta una concentración de 5 mM. El medio acondicionado se bombeó a 6 ml de una columna de Ni-NTA equilibrada en Hepes 20 mM, pH 7,4, solución tampón que contenía NaCl 0,3 M e imidazol 5 mM a un caudal de 4-5 ml/min a 4ºC. Después de la carga, se lavó la columna con solución tampón de equilibrio adicional y se eluyó la proteína con solución tampón de equilibrio que contenía imidazol 0,25 M. La proteína purificada se desaló posteriormente en una solución tampón de almacenamiento que contenía Hepes 10 mM, NaCl 0,14 M y manitol al 4%, pH 6,8, con una columna G25 Superfine (Pharmacia) de 25 ml y se guardó a -80ºC.
La homogeneidad de las proteínas purificadas se confirmó mediante SDS-PAGE y la secuenciación de aminoácidos N-terminales llevada a cabo mediante la degradación de Edman.
Ejemplo 5
Expresión de NL3 en levadura
En primer lugar, se construyen los vectores de expresión de levadura para la producción o secreción intracelular de NL3 del promotor ADH2/GADPH. El ADN que codifica NL3, un péptido señal determinado y el promotor se insertan en sitios de enzimas de restricción adecuados en el plásmido seleccionado para dirigir la expresión intracelular de NL3. Para la secreción, el ADN que codifica NL3 se puede clonar en el plásmido determinado, junto con el ADN que codifica el promotor ADH2/GAPDH, la secuencia líder/señal secretora de factor alfa de levadura, y secuencias enlazadoras (si es necesario) para la expresión de NL3.
Las células de levadura, tales como la cepa AB110 de levadura, se pueden a continuación transformar con los plásmidos de expresión descritos anteriormente y cultivarse en medios de fermentación seleccionados. Los sobrenadantes de la levadura transformada se pueden analizar mediante precipitación con ácido tricloroacético al 10% y mediante separación por SDS-PAGE, seguido de la tinción de los geles con colorante Azul de Coomassie.
Posteriormente, el NL3 recombinante se puede aislar y purificar extrayendo las células de levadura del medio de fermentación mediante centrifugación y, a continuación, concentrar el medio utilizando filtros de cartucho. El concentrado que contiene NL3 se puede purificar adicionalmente utilizando resinas de cromatografía en columna determinadas.
Ejemplo 6
Expresión de NL3 en células de insectos transfectadas en Baculovirus
El siguiente procedimiento describe la expresión recombinante de NL3 en células de insectos transfectadas en Baculovirus.
El NL3 se fusiona en dirección 5' de un epítopo con tag que contiene un vector de expresión de baculovirus. Dichos epítopos con tag incluyen tags de poli-his y tags de inmunoglobulina (como regiones Fc de IgG). Se puede utilizar un conjunto de plásmidos, incluyendo plásmidos derivados de plásmidos disponibles comercialmente, tales como pVL1393 (Novagen). Brevemente, el NL3 o la parte deseada del NL3 (tal como la secuencia que codifica el dominio extracelular de una proteína transmembrana) se amplifican por PCR con cebadores complementarios a la regiones 5' y 3'. El cebador 5' puede incorporar sitios de enzimas de restricción (seleccionados) flanqueantes. A continuación, el producto se digiere con los enzimas de restricción seleccionados y se subclona en el vector de expresión.
El baculovirus recombinante se genera mediante la cotransfección del plásmido anterior y el ADN del virus BaculoGold^{TM} (Pharmingen) en células de Spodoptera frugiperda ("Sf9") (ATCC CRL 1711) utilizando lipofectina (disponible comercialmente en GIBCO-BRL). Después de 4-5 días de incubación a 28ºC, los virus liberados se recogen y se utilizan para amplificaciones posteriores. La infección vírica y la expresión de la proteína se llevan a cabo tal y como se describe por O'Reilley y otros, Baculovirus expression vectors: A laboratory Manual, Oxford: Oxford University Press (1994).
A continuación, se pueden purificar los NL3 con tag poli-His expresados, por ejemplo, mediante las siguientes cromatografías de afinidad de quelato-Ni^{2+}. Los extractos se preparan a partir de células Sf9 infectadas con virus recombinante tal y como se describe por Rupert y otros, Nature 362: 175-179 (1993). Brevemente, se lavan las células Sf9, se resuspenden en la solución tampón de sonicación (25 ml de Hepes, pH 7,9; 12,5 mM de MgCl_{2}; 0,1 mM de EDTA; glicerol al 10%, NP-40 al 0,1%; 0,4 M de KCl) y se sonican dos veces durante 20 segundos en hielo. Los sonicatos se aclaran por centrifugación y el sobrenadante se diluye 50 veces en una solución tampón de carga (fosfato 50 mM, NaCl 300 mM, glicerol al 10%, pH 7,8) y se filtra a través de un filtro de 0,45 \muM. Se prepara una columna de Ni^{2+}-NTA agarosa (comercialmente disponible en Qiagen) con un volumen de lecho de 5 ml, se lava con 25 ml de agua y se equilibra con 25 ml de solución tampón de carga. El extracto de células filtrado se carga en la columna a 0,5 ml por minuto. La columna se lava hasta la línea base A_{280} con la solución tampón de carga, en cuyo punto se inicia la recolección de la fracción. A continuación, la columna se lava con una segunda solución tampón de lavado (fosfato 50 mM, NaCl 300 mM, glicerol al 10%, pH 6,0), que eluye la proteína unida no específicamente. Después de alcanzar la línea base A_{280} de nuevo, la columna se desarrolla con un gradiente de imidazol de 0 a 500 mM en la segunda solución tampón de lavado. Se recogen fracciones de 1 ml y se analizan por SDS-PAGE y tinción con plata o "western blot" con Ni^{2+}-NTA conjugada con fosfatasa alcalina (Qiagen). Las fracciones que contienen el NL3 con tag His_{10} eluido se juntan y se dializan frente a una solución tampón de carga.
Alternativamente, la purificación del FLS139, NL2 y NL3 con tag en IgG (o tag en Fc) se puede llevar a cabo utilizando técnicas cromatográficas conocidas, incluyendo, por ejemplo, cromatografía en columna de Proteína A o Proteína G.
Ejemplo 7
Preparación de anticuerpos que se unen a NL3
Este ejemplo ilustra la preparación de anticuerpos monoclonales que pueden unirse específicamente a NL3.
Las técnicas para fabricar anticuerpos monoclonales son conocidas en la técnica y se describen, por ejemplo, en Goding, supra. Entre los inmunógenos que se pueden utilizar se incluyen homólogos de ligando purificados de la presente invención, proteínas de fusión que contienen dichos homólogos de ligando, y células que expresan homólogos de ligando recombinantes en la superficie de la célula. La selección del inmunógeno se puede realizar por un experto en la materia sin una excesiva experimentación.
Se inmunizan ratones, tales como Balb/c, con el inmunógeno emulsionado en adyuvante de Freund completo y se inyecta subcutáneamente o intraperitonealmente en una cantidad de 1-100 microgramos. Alternativamente, el inmunógeno se emulsiona en adyuvante MPL-TDM (Ribi Immunochemical Research, Hamilton, MT) y se inyecta en las plantas de las patas traseras de los animales. A continuación, los ratones inmunizados se estimulan 10 a 12 días después con inmunógeno adicional emulsionado en el adyuvante seleccionado. Desde ese momento, durante varias semanas, los ratones también se pueden estimular con inyecciones de inmunización adicionales. Las muestras de suero se pueden obtener periódicamente a partir de los ratones mediante el sangrado retro-orbital para realizar los ensayos ELISA y así detectar los anticuerpos.
Después de detectar una titulación de anticuerpos adecuada, los animales "positivos" para los anticuerpos se pueden inyectar con una inyección intravenosa final del ligando determinado. Tres a cuatro días después, los ratones se sacrifican y se recogen las células del bazo. A continuación, las células del bazo se fusionan (utilizando polietilenglicol al 35%) a una línea de células de mieloma murina determinada, tal como P3X63AgU.I, disponible en ATCC, No. CRL 1597. Las fusiones generan células de hibridoma que a continuación se pueden sembrar en placas de cultivo de tejidos de 96 pocillos que contienen medio HAT (hipoxantina, aminopterina, y timidina) para inhibir la proliferación de células no fusionadas, híbridos de mieloma, e híbridos de células del bazo.
Las células del hibridoma se cribarán en un ELISA de reactividad frente al antígeno. La determinación de células del hibridoma "positivos" que secretan los anticuerpos monoclonales deseados contra los homólogos de ligando TIE de la presente se conoce en el estado de la técnica.
Las células del hibridoma positivas se pueden inyectar de forma intraperitoneal en ratones Balb/c singeneicos para producir ascitis que contiene los anticuerpos monoclonales de ligando anti-TIE. Alternativamente, las células del hibridoma se pueden desarrollar en matraces o botellas "roller" para el cultivo de tejidos. La purificación de los anticuerpos monoclonales producidos en la ascitis se pueden llevar a cabo utilizando la precipitación con sulfato amónico, seguido de una cromatografía de exclusión en gel. Alternativamente, se puede utilizar la cromatografía de afinidad basada en la unión de anticuerpos a proteína A o proteína G.
Ejemplo 8
Inducción de la apoptosis de células endoteliales
Se estudió la capacidad de NL3 para inducir la apoptosis en células endoteliales con células endoteliales de vena umbilical humana (HUVEC, Cell Systems), utilizando un formato de 96 pocillos, en un medio con un 0% de suero suplementado con VEGF 100 ng/ml. (Dado que las células HUVEC se sacan fácilmente de la superficie de las placas, todo el pipeteo en los pocillos se debe realizar de forma tan suave como práctica).
El medio se aspiró y las células se lavaron una vez con PBS. Se añadieron 5 ml de I x tripsina a las células en un matraz T-175, se dejaron reposar las células hasta que se sacaron de la placa (aproximadamente 5-10 minutos). La tripsinización se detuvo añadiendo 5 ml de medio de crecimiento. Las células se centrifugaron a 1000 rpm durante 5 minutos a 4ºC. El medio se aspiró y las células se resuspendieron en 10 ml de medio complementado con 10% de suero (Cell Systems), 1 x penicilina/estreptomicina.
Las células se sembraron en placas de microtitulación de 96 pocillos (Amersham Life Science, microplaca para recuento por centelleo citostar-T, RPNQ160, estéril, cultivo de tejido tratado, envuelto individualmente), en suero al 10% (medio CSG, Cell Systems), a una densidad de 2 x 10^{4} células por pocillo en un volumen total de 100 \mul. Los polipéptidos NL5 y NL8 se añadieron por triplicado en diluciones del 1%, 0,33% y 0,11%. Los pocillos sin células se utilizaron como blanco y los pocillos con células sólo como control negativo. Como control positivo se utilizaron diluciones en serie 1:3 de 50 \mul de una reserva 3x de estaurosporina. La capacidad del polipéptido NL5 para inducir la apoptosis se determinó utilizando Annexin V, un miembro de las proteínas de unión a calcio y fosfolípido, para detectar la apoptosis.
Se diluyeron 0,2 ml de solución de reserva de Annexina V-Biotina (100 \mug/ml) en 4,6 ml 2 x solución tampón de unión de Ca^{2+} y 2,5% de BSA (dilución 1:25). Se añadieron 50 \mul de la solución de Annexina V-Biotina diluida a cada pocillo (excepto a los controles) hasta una concentración final de 1,0 \mug/ml. Las muestras se incubaron durante 10-15 minutos con Annexina-Biotina antes de la adición directa de ^{35}S-Estreptavidina. Se diluyó ^{35}S-Estreptavidina en 2 x solución tampón de unión de Ca^{2+}, 2,5% BSA y se añadió a todos los pocillos a una concentración final de 3 x 10^{4} cpm/pocillo. A continuación, se taparon las placas, se centrifugaron a 1000 rpm durante 15 minutos y se colocaron en un agitador orbital durante 2 horas. El análisis se llevó a cabo en 1450 Microbeta Trilux (Wallac).
NL3 fue positivo en este ensayo. Este resultado confirma adicionalmente la potencial utilidad de estas, y potencialmente relacionadas, moléculas en la terapia contra el cáncer.
Depósito de material
Tal y como se ha indicado anteriormente, se han depositado los siguientes materiales con la American Type Culture Collection, 12301 Parklawn Drive, Rockville, MD, USA (ATCC):
Material ATCC Dep. No. Fecha del depósito
NL2-DNA 22780-1078 209284 9/18/97
NL3-DNA 33457-1078 209283 9/18/97
FLS139-DNA 16451-1078 209281 9/18/97
Estos depósitos se realizaron bajo las disposiciones del Tratado de Budapest en el Reconocimiento Internacional del Depósito de Microorganismos a los fines del Procedimiento en materia de Patentes y las Regulaciones que las rigen (Tratado de Budapest). Esto asegura el mantenimiento de un cultivo viable del depósito durante 30 años desde la fecha del depósito. El depósito estará disponible por la ATCC en los términos del Tratado de Budapest, y sujeto a un acuerdo entre Genentech, Inc. y ATCC, que asegura la disponibilidad permanente y no restrictiva de la progenie del cultivo del depósito al público tras la concesión de la patente de Estados unidos correspondiente o tras la divulgación al público de cualquier solicitud de Patente de Estados Unidos o extranjera, cualquiera que sea la primera, y asegura la disponibilidad de la progenie a quien se le otorga el derecho a las mismas determinado por el Comisionado de Estados Unidos de Patentes y Marcas según 35 USC \NAK 122 y las reglas del Comisionado con respecto a la misma (incluyendo 37 C.F.R. \NAK 1.14 con particular referencia a 886 OG 683).
El cesionario de la presente solicitud está de acuerdo en si un cultivo de los materiales en el depósito se muriera o perdiera o destruyera cuando se cultiva en condiciones adecuadas, los materiales se sustituirán rápidamente en notificación con otros de los mismos. La disponibilidad de los materiales depositados no se interpreta como una licencia para realizar la invención en contra de los derechos concedidos bajo la autoridad de cualquier gobierno según sus leyes de patentes.
El presente documento se considera que es suficiente para permitir que un experto en la materia realice la invención. La presente invención no está limitada en su alcance por la construcción depositada, ya que la realización depositada tiene la intención de ser una única ilustración de ciertos aspectos de la invención y cualquier construcción que sea funcionalmente equivalente está dentro del alcance de la invención. El depósito del material de la presente no constituye un reconocimiento de que la descripción escrita sea inadecuada para permitir la realización de cualquier aspecto de la invención, incluyendo el modo óptimo de la misma, ni se debe interpretar como limitante del alcance de las reivindicaciones a las ilustraciones específicas que representan. De hecho, las diversas modificaciones de la invención además de las mostradas y descritas en la presente serán evidentes para los expertos en la materia a partir de la descripción anterior y caen dentro del alcance de las reivindicaciones adjuntas.
(1) INFORMACIÓN GENERAL:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
SOLICITANTE: Genentech, Inc.
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TÍTULO DEL INVENTO: Homólogos de ligando de receptor de tirosina quinasa tie.
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
NÚMERO DE SECUENCIAS: 17
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 1:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 1869 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SE. ID NO:1:
\vskip1.000000\baselineskip
1
2
\newpage
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 2:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 406 aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 2:
\vskip1.000000\baselineskip
4
5
6
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 3:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 1024 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 3:
7
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 4:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 288 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 4:
\vskip1.000000\baselineskip
800
8
\newpage
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 5:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 2042 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 5:
\vskip1.000000\baselineskip
9
10
\newpage
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 6:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 460 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 6:
\vskip1.000000\baselineskip
11
12
13
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 7:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 33 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 7:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ATGAGGTGGC CAAGCCTGCC CGAAGAAAGA GGC
\hfill
33
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 8:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 39 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 8:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CAACTGGCTG GGCCATCTCG GGCAGCCTCT TTCTTCGGG
\hfill
39
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 9:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 24 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.500000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 9:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CCCAGCCAGA ACTCGCCGTG GGGA
\hfill
24
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 10:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 33 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 10:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TGGTTGGCAA AGGCAAGGTG GCTGACGATC CGG
\hfill
33
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 11:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 43 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 11:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
GTGGCCCTTA TCTCTCCTGT ACAGCTTCCG GATCGTCAGC CAC
\hfill
43
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 12:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 27 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 12:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TCCATTCCCA CCTATGACGC TGACCA
\hfill
27
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 13:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 20 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 13:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CCACGTTGGC TTGAAATTGA
\hfill
20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 14:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 50 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 14:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CCTCCAGAAT TGATCAAGAC AATTCATGAT TTGATTCTCT ATCTCCAGAG
\hfill
50
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 15:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 19 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 15:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TCGTCTAACA TAGCAAATC
\hfill
19
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 16:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 36 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 16:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TTCATAATACG ACTCACTATA GGGCAAGTTG TCCTCC
\hfill
36
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 17:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 36 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 17:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TGAAATTAAC CCTCACTAAA GGGACGTGGT CAGCGT
\hfill
36
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
LISTADO DE SECUENCIAS
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<110> Genentech Inc.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<120> Homólogos de ligando de receptor de tirosina quinasa tie
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<130> GRF/FP6182638
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<140> EP 04012203.8
\vskip0.400000\baselineskip
<141> 24-05-2004
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<150> EP 98946988.7
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 14-09-1998
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<150> PCT/US98/19094
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 14-09-1998
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 08/934.494
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 19-09-1997
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<160> 17
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<170> PC-DOS/MS-DOS
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1869
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 1
\vskip1.000000\baselineskip
14
15
16
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 2
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 406
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> no seguro
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 221
\vskip0.400000\baselineskip
<223> aminoácido desconocido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 2
\vskip1.000000\baselineskip
17
18
19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1024
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo sapiens
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 3
20
\vskip0.400000\baselineskip
<220> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 288
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 3
\vskip1.000000\baselineskip
21
22
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 2042
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo sapiens
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 5
23
24
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 6
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 460
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo sapiens
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 6
25
26
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 33
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> fuente
\vskip0.400000\baselineskip
<223> /nota= "Descripción de Secuencia Artificial: Sonda de oligonucleótidos sintética"
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 7
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
atgaggtggc caagcctgcc cgaagaaaga ggc
\hfill
33
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 8
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 39
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> fuente
\vskip0.400000\baselineskip
<223> /nota= "Descripción de Secuencia Artificial: Sonda de oligonucleótidos sintética"
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 8
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
caactggctg ggccatctcg ggcagcctct ttcttcggg
\hfill
39
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> fuente
\vskip0.400000\baselineskip
<223> /nota= "Descripción de Secuencia Artificial: Sonda de oligonucleótidos sintética"
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 9
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
cccagccaga actcgccgtg ggga
\hfill
24
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 33
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> fuente
\vskip0.400000\baselineskip
<223> /nota= "Descripción de Secuencia Artificial: Sonda de oligonucleótidos sintética"
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 10
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
tggttggcaa aggcaaggtg gctgacgatc cgg
\hfill
33
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 11
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 43
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> fuente
\vskip0.400000\baselineskip
<223> /nota= "Descripción de Secuencia Artificial: Sonda de oligonucleótidos sintética"
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 11
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
gtggccctta tctctcctgt acagcttccg gatcgtcagc cac
\hfill
43
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 27
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
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\vskip0.400000\baselineskip
<220>
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<221> fuente
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<400> 12
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
tccattccca cctatgacgc tgaccca
\hfill
27
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<221> fuente
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<400> 13
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ccacgttggc ttgaaattga
\hfill
20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 14
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 50
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
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<221> fuente
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<400> 14
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
cctccagaat tgatcaagac aattcatgat ttgattctct atctccagag
\hfill
50
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 15
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> fuente
\vskip0.400000\baselineskip
<223> /nota= "Descripción de Secuencia Artificial: Sonda de oligonucleótidos sintética"
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 15
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
tcgtctaaca tagcaaatc
\hfill
19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 16
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 36
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> fuente
\vskip0.400000\baselineskip
<223> /nota= "Descripción de Secuencia Artificial: Sonda de oligonucleótidos sintética"
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 16
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ttctaatacg actcactata gggcaagttg tcctcc
\hfill
36
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 17
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 36
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> fuente
\vskip0.400000\baselineskip
<223> /nota= "Descripción de Secuencia Artificial: Sonda de oligonucleótidos sintética"
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 17
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
tgaaattaac cctcactaaa gggacgtggt cagcgt
\hfill
36
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
LISTADO DE SECUENCIAS
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(1) INFORMACIÓN GENERAL:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
SOLICITANTE: Genentech, Inc.
\vskip0.800000\baselineskip
(ii)
TÍTULO DEL INVENTO: Homólogos de ligando de receptor de tirosina quinasa tie
\vskip0.800000\baselineskip
(iii)
NÚMERO DE SECUENCIAS: 17
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No:1:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 1869 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID NO:1:
27
\vskip1.000000\baselineskip
28
29
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 2:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 406 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 2:
\vskip1.000000\baselineskip
30
31
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 3:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 1024 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 3:
\vskip1.000000\baselineskip
32
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 4:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 288 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 4:
33
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 5:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 2042 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 5:
34
35
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 6:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 460 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 6:
36
37
38
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 7:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 33 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 7:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ATGAGGTGGC CAAGCCTGCC CGAAGAAAGA GGC
\hfill
33
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 8:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 39 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 8:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CAACTGGCTG GGCCATCTCG GGCAGCCTCT TTCTTCGGG
\hfill
39
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 9:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 24 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 9:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CCCAGCCAGA ACTCGCCGTG GGGA
\hfill
24
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 10:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 33 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 10:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TGGTTGGCAA AGGCAAGGTG GCTGACGATC CGG
\hfill
33
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 11:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 43 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 11:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
GTGGCCCTTA TCTCTCCTGT ACAGCTTCCG GATCGTCAGC CAC
\hfill
43
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 12:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 27 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 12:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TCCATTCCCA CCTATGACGC TGACCCA
\hfill
27
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 13:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 20 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 13:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CCACGTTGGC TTGAAATTGA
\hfill
20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 14:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 50 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA: Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 14:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
CCTCCAGAAT TGATCAAGAC AATTCATGAT TTGATTCTCT ATCTCCAGAG
\hfill
50
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 15:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 19 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA :Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 15:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TCGTCTAACA TAGCAAATC
\hfill
19
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 16:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 36 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA :Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 16:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TTCTAATACG ACTCACTATA GGGCAAGTTG TCCTCC
\hfill
36
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEC. ID No: 17:
\vskip0.800000\baselineskip
(i)
CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
(A)
LONGITUD: 36 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
(B)
TIPO: Ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
(C)
HEBRA: Única
\vskip0.500000\baselineskip
(D)
TOPOLOGÍA :Lineal
\vskip0.800000\baselineskip
(xi)
DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEC. ID No: 17:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
TGAAATTAAC CCTCACTAAA GGGACGTGGT CAGCGT
\hfill
36

Claims (27)

1. Molécula de ácido nucleico aislada que comprende una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido que tiene por lo menos un 90% de identidad en la secuencia con la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).
2. Molécula de ácido nucleico aislada según la reivindicación 1, en la que el polipéptido codificado tiene por lo menos un 95% de identidad en la secuencia con la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).
3. Molécula de ácido nucleico aislada según la reivindicación 2, en la que el polipéptido codificado tiene por lo menos un 98% de identidad en la secuencia con la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).
4. Molécula de ácido nucleico aislada según la reivindicación 3, en la que el polipéptido codificado tiene por lo menos un 99% de identidad en la secuencia con la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).
5. Molécula de ácido nucleico aislada según la reivindicación 4, en la que el polipéptido codificado tiene la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).
6. Molécula de ácido nucleico aislada según la reivindicación 5, que comprende la región codificante de SEC ID No: 3.
7. Molécula de ácido nucleico aislada según la reivindicación 1, que comprende el dominio de tipo fibrinógeno de SEC ID No: 3.
8. Vector que comprende una molécula de ácido nucleico según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7.
9. Célula huésped recombinante transformada con una molécula de ácido nucleico según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7.
10. Célula huésped recombinante según la reivindicación 9 que es una célula procariota.
11. Célula huésped recombinante según la reivindicación 9 que es una célula eucariota.
12. Polipéptido aislado, que comprende una secuencia de aminoácidos de NL3 que tiene por lo menos un 90% de identidad en la secuencia con la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).
13. Polipéptido aislado según la reivindicación 12, que comprende una secuencia de aminoácidos de NL3 que tiene por lo menos un 95% de identidad en la secuencia con la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).
14. Polipéptido aislado según la reivindicación 13, que comprende una secuencia de aminoácidos de NL3 que tiene por lo menos un 98% de identidad en la secuencia con la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).
15. Polipéptido aislado según la reivindicación 14, que comprende una secuencia de aminoácidos de NL3 que tiene por lo menos un 99% de identidad en la secuencia con la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).
16. Polipéptido aislado según la reivindicación 15, que comprende una secuencia de aminoácidos de NL3 que tiene la secuencia de aminoácidos del polipéptido NL3 humano nativo (SEC ID No: 4).
17. Anticuerpo que se une específicamente a la secuencia de aminoácidos de NL3 del polipéptido según cualquiera de las reivindicaciones 12 a 16.
18. Anticuerpo según la reivindicación 17 que es un anticuerpo monoclonal.
19. Anticuerpo según la reivindicación 18 que tiene residuos de una región determinante de complementariedad (CDR) no humana y residuos de una región de armazón (FR) humana.
20. Anticuerpo según la reivindicación 17 que está marcado.
21. Composición que comprende un polipéptido según cualquiera de las reivindicaciones 12 a 16 en asociación con un portador.
22. Composición que comprende un anticuerpo según la reivindicación 17 en asociación con un portador.
23. Composición según la reivindicación 22 que comprende además un segundo anticuerpo o un agente citotóxico o quimioterapéutico.
24. Conjugado que comprende un polipéptido según cualquiera de las reivindicaciones 12 a 16 o un anticuerpo según la reivindicación 17, fusionado a un agente citotóxico o quimioterapéutico adicional.
25. Conjugado según la reivindicación 25, en el que el agente terapéutico adicional es una toxina, un ligando TIE diferente, o un miembro de la familia del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF).
26. Polipéptido según cualquiera de las reivindicaciones 12 a 16, o un anticuerpo según la reivindicación 17, para la utilización en un procedimiento de tratamiento médico.
27. Utilización de un polipéptido según cualquiera de las reivindicaciones 12 a 16 en la preparación de un medicamento para la inducción de la apoptosis de células endoteliales o la inhibición del crecimiento tumoral.
ES04012203T 1997-09-19 1998-09-14 Homologo nl3 del ligando del receptor trirosina quinasa tie. Expired - Lifetime ES2268538T3 (es)

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Application Number Priority Date Filing Date Title
US934494 1997-09-19
US08/934,494 US6030831A (en) 1997-09-19 1997-09-19 Tie ligand homologues

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