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Technisches Gebiet
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Die
vorliegende Erfindung betrifft einen Promotor mit starker transkriptioneller
Aktivität,
der bei der Expression von heterologen Genen auf hohem Niveau nützlich ist,
einen Expressionsvektor, welcher den Promotor trägt, eine Transformante, in
die der Expressionsvektor eingeschleust worden ist, und ein Verfahren
zum Herstellen eines heterologen Proteins durch Kultivierung der
Transformante.
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Technischer Hintergrund
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Eine
Methanol-assimilierende Hefe, d. h. eine methylotrophe Hefe, ist
in der Lage, auf Methanol als einziger Kohlenstoffquelle zu wachsen.
In der Ausgangsreaktion des Methanol-Metabolismus durch die methylotrophe
Hefe werden durch Alkoholoxidase Formaldehyd und Wasserstoffperoxid
aus Methanol und Sauerstoff hergestellt. Das hergestellte Wasserstoffperoxid
wird mit Hilfe der Katalase in Wasser und Sauerstoff katabolisiert.
Das Formaledhyd wird durch die Einwirkungen der Formaldehyddehydrogenase,
der S-Formylglutathionhydrolase und der Formatdehydrogenase in Kohlendioxid
oxidiert. NADH, das sich in diesen Oxidationen bildet, wird zur
Energiequelle für
die Hefezelle. Gleichzeitig kondensiert das Formaldehyd aufgrund
der Einwirkung der Dihydroxyacetonsynthase mit Xylulose-5-phosphat,
und das Kondensationsprodukt wird in Glyceraldehyd-3-phosphat und
Dihydroaceton umgewandelt, welche über den Pentosephosphatzyklus
Bestandteile der Hefezelle werden. Wenn die methylotrophe Hefe in
Gegenwart von Methanol kultiviert wird, werden die oben erwähnten Alkoholoxidase,
Dihydroxyacetonsynthase und Formatdehydrogenase in einer extrem
großen
Menge hergestellt, welche ungefähr
40 % der intrazellulären
löslichen
Proteine erreicht.
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Wie
oben beschrieben wurde, wird die methylotrophe Hefe als geeigneter
Wirt für
ein Expressionssystem heterologer Gene angesehen, da es mit günstigem
Methanol in Massen kultiviert werden kann, und da sie einen Promotor
für einen
Methanol-verstoffwechselndes Enzym mit starker transkriptioneller
Aktivität
aufweist, der in anderen Hefen nicht gefunden wird.
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Candida
boidinii ist eine Art einer methylotrophen Hefe. Unter Verwendung
dieser Hefe sind Verfahren zum Exprimieren eines heterologen Gens durch
die Verwendung von regulatorischen Bereichen des Alkoholoxidasegens
und des Formatdehydrogenasegens untersucht worden (
JP-A-5-344895,1 WO 97/10345 , etc.). In den
meisten Fällen
eines solchen Expressionssystems wird ein heterologes Gen in einer
größeren Menge
innerhalb einer Transformante mit einem Chromosom produziert, in
der eine höhere
Kopienanzanl eines Expressionsvektors integriert worden ist (Appl.
Microbiol. Biotechnol., 42, 860-864 (1995); Proceedings of Annual Meeting
of Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry,
1997, S. 257; und Proceedings of Annual Meeting of Society for Bioscience
and Bioengineering, Japan, 1997, S. 314). Angesichts der Stabilität eines
Expressionsvektors in einer Transformante, scheint es wünschenswerter
zu sein, ein größeres Ausmaß der Expression
bei einer niedrigeren Kopienanzahl zu erreichen, und es gab einen
Bedarf für
die Entwicklung von Promotoren mit stärkerer transkriptioneller Aktivität.
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Offenbarung der Erfindung
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Die
vorliegende Erfindung zielt darauf ab, einen Promotor mit starker
transkriptioneller Aktivität
bereitzustellen, welcher bei der Expression heterologer Gene nützlich ist,
einen Expressionsvektor, der den Promotor trägt, eine Transformante, in
die der Expressionsvektor eingeschleust worden ist, und ein Verfahren
zum Herstellen eines heterologen Genexpressionsproduktes durch Benutzung
der Transformante.
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Zur
Lösung
dieses oben genannten Problems hat der vorstellige Erfinder intensive
Studien zur Entwicklung von Promotoren mit hoher transkriptioneller
Aktivität
durchgeführt.
Im Ergebnis hat der vorstellige Erfinder jetzt gefunden, dass ein
DNA-Fragment, das durch Zufügung
von Nucleotiden mit einer spezifischen Nucleotidsequenz zum Promotor-DNA-Fragment,
welches in der methylotrophen Hefe Candida boidinii funktioniert,
als Promotor verwendet wurde, um ein heterologes Gen stromabwärts des
Promotors effizient zu exprimieren. Durch diesen Befund ist die
vorliegende Erfindung erfüllt
worden.
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Demgemäß stellt
die vorliegende Erfindung eine DNA zur Verstärkung der Promotoraktivität bereit, welche
die Nucleotidsequenz umfasst, die in SEQ ID Nr. 1 gezeigt ist.
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Die
vorliegende Erfindung stellt auch einen mutierten Promotor bereit,
in dem ein oder mehrere Fragmente der oben beschriebenen DNA mindestens
eine Position vor, nach oder innerhalb irgendeines Promotors in
Vorwärts- oder Rückwärtsrichtung
lokalisiert sind.
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Die
vorliegende Erfindung stellt auch einen rekombinanten Expressionsvektor
bereit, der den mutierten Promotor zusammen mit einem heterologen
Gen umfasst. Das heterologe Gen, das hier verwendet wird, betrifft
irgendein Gen, das Ziel der Expression und nicht auf ein spezifisches
beschränkt
ist. Beispiele des heterologen Gens schließen Gene für die saure Phosphatase, α-Amylase,
zahlreiche Interferone, Erythropoietin und Granulocyten-Kolonien-stimulierenden
Faktor ein. Die heterologen Gene, welche in der vorliegenden Erfindung
nützlich
sind, sind nicht auf das Verfahren zu deren Herstellung begrenzt.
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Die
vorliegende Erfindung stellt ferner eine Transformante bereit, welche
durch Transformieren einer Wirtszelle mit dem Vektor hergestellt
wird.
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Die
vorliegende Erfindung stellt auch ein Verfahren zur Verstärkung einer
Promotoraktivität
bereit, gekennzeichnet dadurch, dass ein oder mehrere Fragmente
der oben definierten DNA mindestens eine Position vor, nach oder
innerhalb irgendeines Promotors in Vorwärts- oder Rückwärtsrichtung lokalisiert sind.
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Des
Weiteren stellt die vorliegende Erfindung ein Verfahren zum Herstellen
eines Expressionsproduktes bereit, umfassend das Kultivieren der
oben beschriebenen Transformante in einem Medium, und das Gewinnen
des Expressionsproduktes eines heterologen Gens aus der erhaltenen
Kultur. Beispiele für
das Medium schließen
ein Medium ein, das Methanol als Kohlenstoffquelle enthält, ein
Medium, das Methanol, ergänzt mit
Glycerol, enthält,
und ein Medium, das Ameisensäure,
ergänzt
mit irgendeiner Kohlenstoff- und Stickstoffquelle, enthält.
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Nachfolgend
wird die vorliegende Erfindung in genaueren Details beschrieben.
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Bei
der Erfüllung
der vorliegenden Erfindung hat der vorstellige Erfinder einen Bereich
identifiziert (nachfolgend bezeichnet als „UAS-Sequenz"), welcher eine Voraussetzung
für die
transkriptionelle Aktivität
eines Formatdehydrogenasegenpromotors (nachfolgend häufig abgekürzt als „FDH-Promotor") der methylotrophen
Hefe Candida boidinii ist. Genauer gesagt, ist die DNA der vorliegenden
Erfindung eine UAS-Sequenz, umfassend die Nucleotidsquenz 841-880
des Formatdehydrogenasegenpromotors aus Candida boidinii, mit der
Nucleotidsequenz, die in SEQ ID Nr. 2 gezeigt ist.
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So
wie es hier verwendet wird, bedeutet „irgendein Promotor" ein DNA-Fragment,
das eine transkriptionelle Aktivität in einer Wirtszelle aufweist,
welche nicht auf eine spezifische begrenzt ist. Daher kann jeder Promotor
(d. h. ein Promotor-DNA-Fragment), welches in der vorliegenden Erfindung
nützlich
ist, von irgendeinem Organismus stammen, solange er transkriptionelle
Aktivität
besitzt. Außerdem
kann jeder Promotor teilweise eine Mutation, wie eine Substitution,
Deletion, Addition oder Insertion in einer Nucleotidsequenz aus dem
entsprechenden Wildtyp-Promotor enthalten, solange dieser Transkriptionsaktivität besitzt.
Die Lokalisierung und die Anzahl der Substitution, Deletion, Addition
oder Insertion ist nicht auf spezifische begrenzt. Als Promotor
der Erfindung sind beispielhaft ein Candida boidinii Formatdehydrogenasegen-Promotor
(SEQ ID Nr. 2) und ein Candida boidinii Actin-Gen-Promotor (SEQ
ID Nr. 3) angegeben. Beispielsweise kann selbst ein DNA-Fragment
mit einer Deletion der Nucleotide 1-300 in der Nucleotidsequenz,
die in SEQ ID Nr. 2 gezeigt ist, als irgendein Promotor der Erfindung
eingeschlossen sein, sofern dieser eine Transkriptionsaktivität in Candida
boidinii aufweist. Die Einschleusung der Mutation kann durch allgemeine
Gentechnikverfahren durchgeführt
werden, einschließlich
einer Behandlung mit Restriktionsenzymen, die Verwendung chemisch
synthetisierter DNA, das PCR-Verfahren, die ortsspezifische Mutagenese
und Verfahren zum Herstellen von Deletionsmutanten und Verwendung
von Exonuclease III.
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Der
mutierte Promotor der vorliegenden Erfindung kann durch Lokalisieren
der UAS-Sequenz an irgendeinem Promotor-DNA-Fragment hergestellt
werden, wie oben beschrieben wurde, entweder in Vorwärts- oder
in Rückwärtsrichtung.
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Die
Lokalisierung der UAS-Sequenz in Vorwärtsrichtung bedeutet die Lokalisierung
(z. B. die Zufügung
oder Inserierung) einer Sequenz, die zur UAS-Sequenz homolog ist,
d. h. 5'-TTTACCACTATCCAATTAAAATCCATGGATCAGACGGTAG-3' (SEQ ID Nr. 1),
am Promotor-DNA-Fragment in der gleichen 5'→3'-Richtung wie der
Richtung des Promotor-DNA-Fragments. Andererseits bedeutet Lokalisieren
der UAS-Sequenz in Rückwärtsrichtung
die Lokalisierung (z. B. die Zufügung
oder Inserierung) einer Sequenz, die komplementär zur UAS-Sequenz ist, d. h.,
5'-CTACCGTCTGATCCATGGATTTTAATTGGATAGTGGTAAA-3' (SEQ ID Nr. 4),
als Promotor-DNA-Fragment in der gleichen 5'→3'-Orientierung wie
der Orientierung des Promotor-DNA-Fragments.
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Der
mutierte Promotor, der in der Erfindung nützlich ist, kann ein Promotor-DNA-Fragment
sein, welches eine einzelne UAS-Sequenz umfasst oder eine Vielzahl
davon, vorzugsweise nicht mehr als zwei konsekutive UAS-Sequenzen.
Die Nucleotidsequenzen der einzigen UAS-Sequenz oder der Vielzahl
an UAS-Sequenzen können
entweder in Vorwärts-
oder Rückwärtsrich tung
lokalisiert sein oder gemeinsam in Vorwärts- und Rückwärtsrichtungen vorliegen.
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(1)
Die Konstruktion eines mutierten Promotors, (2) die Konstruktion
eines Expressionsvektors, und (3) die Konstruktion und Kultivierung
einer Transformante mit dem Expressionsvektor kann durchgeführt werden,
wie unten beschrieben.
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(1) Konstruktion eines mutierten Promotors
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Der
mutierte Promotor der Erfindung kann durch Zufügen einer chemisch synthetisierten
UAS-Sequenz zu einem Promotor-DNA-Fragment hergestellt werden. Das
Promotor-DNA-Fragment, das bereits als Promotor-Sequenz identifiziert
worden ist, ist durch gewöhnliche
Gen-Klonierungstechniken zu gewinnen (z. B. durch die Methoden,
die in Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Lab., 1989, beschrieben
sind), PCR-Verfahren, Verfahren zur chemischen Synthese oder ähnliche.
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Das
DNA-Fragment, welches in einer Wirtszelle Promotor-Aktivität aufweist,
kann unter Verwendung einer Bibliothek gewonnen werden, welche durch
Klonieren eines niedrig DNA-Fragments mit niedrigem Molekulargewicht
hergestellt wird, welches aus der Spaltung mit Restriktionsenzymen
oder ähnlichen
an einer stromaufwärts
gelegenen Stelle eines Markergens eines Plasmids hergestellt werden,
welches eine DNA-Sequenz umfasst, die die Fähigkeit hat, sich autonom in
einer Wirtszelle zu replizieren, und ein Markergen, welches keine
Promotor-Sequenz enthält.
Beispielhafte Markergene sind Antibiotika-Resistenzgene, z. B. das G418-Resistenzgen,
und auxotroph komplementäre
Gene, z. B. URA3- und LEU2-Gene. Wenn eine Wirtszelle mit der hergestellten
DNA-Bibliothek transformiert wird, wird eine Transformante, die
das Plasmid enthält,
in das das DNA-Fragment mit der Promotor-Aktivität in eine Stelle direkt stromaufwärts des
Markergens kloniert ist, durch den entsprechenden Marker ausgewählt werden.
Daher kann gesamte DNA aus der erhaltenen Transformante extrahiert
und in E. coli transformiert werden, wodurch das DNA-Fragment mit
der Promotor-Aktivität
effizient isoliert wird.
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Die
UAS-Sequenz kann unter Verwendung einer oder mehrere Restriktionsenzymstellen,
die in dem Promotor-DNA-Fragment vorhanden sind, eingeschleust werden,
oder durch eine Restriktionsenzymstelle/-stellen, die durch allgemeine
genetische Techniken künstlich
dem Promotor-DNA-Fragment hinzugefügt worden sind. Beispielsweise
gibt es ein Verfahren, bei dem spezifische Restriktionsenzymstellen
an beiden Enden der UAS-Sequenz eingeschleust werden; eine Sequenz,
die durch das gleiche Restriktionsenzym er kannt wird, wird in irgendeinen
Promotor eingeschleust; und die UAS-Sequenz und der Promotor werden
miteinander verbunden.
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(2) Konstruktion eines Expressionsvektors
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Der
so erhaltene mutierte Promotor wird zusammen mit einem Strukturgen
für ein
heterologes Protein, einen Terminator, einem selektiven Markergen,
einer homologen Region und ähnliche
in einen geeigneten Vektor eingeschleust, wodurch der erhaltene
Vektor als heterologer Gen-Expressionsvektor verwendet wird. Beispielhafte
Vektoren sind gut bekannte Vektoren, einschließlich der E. coli-Plasmidvektoren,
beispielsweise pBR, pUC und die Bluescript-Reihen. Der Terminator,
das Selektionsmarkergen und die homologe Region kann durch Fachleute
im Gebiet entsprechend ausgewählt
werden, sofern sie fähig
sind, in einem Wirt zu arbeiten. Als Terminator können beispielhaft
Terminatoren für
Actin und Formatdehydrogenasegene angegeben werden. Beispiele des
Selektionsmarkergens schließen
Antibiotica-Resistenzgene, beispielsweise das G418-Resistenzgen
und auxotrophe komplementäre
Gene wie URA3 und LEU2 ein. Die Insertion der oben erwähnten Elemente
in einen Vektor zum Bilden eines Expressionsvektors sollte für Fachleute
auf dem Gebiet auf Grundlage der unten beschriebenen Beispiele und
bekannter Techniken leicht durchzuführen sein.
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(3) Konstruktion und Kultivierung einer
Transformante
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Die
Transformante der vorliegenden Erfindung kann durch Einschleusen
des oben erhaltenen rekombinanten Expressionsvektors in eine geeignete
Wirtszelle hergestellt werden.
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Wirte,
die in der Erfindung nützlich,
aber nicht darauf beschränkt
sind, sind E. coli, Bacillus subtilis, Hefe oder ähnliche,
vorzugsweise Hefe, mehr bevorzugt methylotrophe Hefe (d. h. Methanol-assimilierende Hefe).
Ein spezifisches Beispiel dafür
ist Candida boidinii. Die Einschleusung des Plasmids in den Wirt
kann durch allgemeine Verfahren, die für die Transformation verwendet
werden, durchgeführt
werden, z. B. das Protoplastenverfahren, das Lithiumverfahren, das
Electroporationsverfahren, das Calciumverfahren etc.
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Der
Expressionsvektor der vorliegenden Erfindung kann in die chromosomale
Wirts-DNA integriert werden. Alternativ dazu kann der Expressionsvektor
in Form eines Plasmids vorliegen, indem ein Vektor verwendet wird,
der eine autonom replizierende Sequenz aufweist, die zur Selbstreplikation
in der Wirtszelle in der Lage ist. Die Kopienzahl des heterologen
Gens, welche in der Wirtszelle vorhanden ist, kann eine oder mehrere
sein.
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Die
so erhaltene Transformante wird dann kultiviert. Aus der erhaltenen
Kultur wird ein heterologes Genexpressionsprodukt gewonnen, wodurch
ein Genexpressionsprodukt von Interesse gewonnen wird. So wie es
hier verwendet wird, bedeutet „das
Genexpressionsprodukt wird gewonnen" das Extrahieren eines Genexpressionsproduktes
aus der kultivierten Zelle, oder das Einsammeln eines Überstands
der Kultur, oder das Reinigen eines Expressionsproduktes aus einem Überstand
der Kultur.
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Da
die oben beschriebene Transformante die Expression eines heterologen
Gens durch Methanol oder Ameisensäure induzieren kann, können beispielhaft
die folgenden Medien angegeben werden:
Wenn die Expression
mit Methanol induziert wird, kann ein Medium verwendet werden, welches
zusätzlich
zu Methanol als Kohlenstoffquelle eine oder mehrere Stickstoffquellen
enthält,
beispielsweise Hefeextrakt, Trypton, Fleischextrakt, Pepton, Casaminosäure, und
Ammoniumsalze, und organische Salze, z. B. Phosophorsäure, Natrium,
Kalium, Magnesium, Calcium, Eisen, Kupfer, Mangan und Kobalt. Gegebenenfalls
kann das Medium weitere Spurennährstoffe
einschließen,
wie verschiedene Arten an Vitaminen, Aminosäuren und Nucleotiden sowie
Zuckermaterialien, die die Induktion nicht inhibieren.
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Wenn
die Expression mit Ameisensäure
induziert wird, kann das verwendete Medium zusätzlich zur Ameisensäure eine
oder mehrere Kohlenstoffquellen, beispielsweise Glucose und Glycerol
enthalten; eine oder mehrere Stickstoffquellen, beispielsweise Hefeextrakt,
Trypton, Fleischextrakt, Pepton, Casaminosäure und Ammoniumsalze; anorganische
Salze, z. B. Phosphorsäure,
Natrium, Kalium, Magnesium, Calcium, Eisen, Kupfer, Mangan und Kobalt;
und gegebenenfalls Spurennährstoffe,
z. B. verschiedene Arten an Vitaminen, Aminosäuren und Nucleotiden, und Zuckermaterialien,
die die Induzierung nicht inhibieren.
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Der
pH-Wert des Mediums liegt vorzugsweise im Bereich von 5 bis 8. Die
Kultivierungstemperatur beträgt
normalerweise 15-45°C,
vorzugsweise um 28°C.
Die Kultivierung kann entweder Batch-weise oder in kontinuierlicher
Weise über
einen Zeitraum von ungefähr
24 bis 1.000 Stunden unter Stehenlassen, Schütteln, Bewegen oder Belüftungsbedingungen
durchgeführt
werden.
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Zum
Ende der Kultivierung kann das Genexpressionsprodukt unter Verwendung
eines gewöhnlichen Proteinreinigungsverfahrens
aus der Kultur gewonnen werden etc. Beispielsweise kann es, wenn
das Genexpressionsprodukt intrazellulär in einer transformierten
Zelle produziert wird, nach irgendeinem gewöhnlichen Verfahren zum Unterwerfen
der Zelle gegenüber
Beschallung, Mahlen, Zerstörung
unter Druck oder ähnlichen extrahiert
werden. Falls notwendig, kann ein Protease-Inhibitor hinzugegeben
werden. Wenn ein Genprodukt im Überstand
einer Kultur hergestellt wird, kann die Kulturlösung als solche verwendet werden.
Die gewonnene Lösung
kann filtriert werden und anschließend können Feststoffe durch Zentrifugieren
aus dem Filtrat entfernt werden, wodurch eine Rohproteinlösung gewonnen
wird. Falls notwendig, können
Nucleinsäuren
durch Protaminbehandlung etc. entfernt werden.
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Aus
der Rohproteinlösung
kann ein Zielprotein durch eine Kombination an Reinigungstechniken
wie Aussalzen, Lösungsmittelpräzipitierung,
Dialyse, Ultrafiltration, Gelelectrophorese, Ionenaustauschchromatographie,
Gelfiltrationschromatographie, Umkehrphasenchromatographie und Affinitätschromatographie
isoliert und gereinigt werden.
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Kurze Beschreibung der Zeichnungen
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1 zeigt
die Struktur des Plasmids pPUF1.
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2 zeigt
die Aktivitäten
der sauren Phosphatase, die unter Kontrolle des stromaufwärts deletierten FDH-Promotortyps
exprimiert wird.
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3 zeigt
die Konstruktion eines Säurephosphatase-Expressionsplasmids
pPFID1, in dem die interne Region des FDH-Promotors deletiert worden
ist.
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4 zeigt
die Aktivitäten
der sauren Phosphatase, die unter Kontrolle von modifizierten FDH-Promotoren
exprimiert wird, in denen die interne Region des FDH-Promotors teilweise
deletiert worden ist.
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5 zeigt
das chemisch synthetisierte DNA-Fragment, das eine Sequenz umfasst,
die SEQ ID Nr. 1 entspricht, welche als UAS-Sequenz angesehen wird,
sowie den Weg der Inserierung des DNA-Fragments in die XhoI-Schnittstelle.
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6 zeigt
die Strukturen mutierter FDH-Promotoren mit einer Sequenz, die SEQ
ID Nr. 1 entspricht, welche als die UAS-Sequenz angesehen wird,
sowie die Aktivitäten
der sauren Phosphatase, die unter Kontrolle der mutierten FDH-Promotoren
exprimiert wird.
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7 zeigt
die Struktur des Plasmids pAcPH.
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8 zeigt
die Strukturen der mutierten Actinpromotoren mit einer Sequenz,
die SEQ ID Nr. 1 entspricht, welche als UAS-Sequenz angesehen wird,
sowie die Säurephosphatase-Aktivitäten, die
unter Kontrolle der mutierten Actin-Promotoren exprimiert wird.
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Beste Art der Durchführung der Erfindung
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Die
folgenden Beispiele stellen den Gegenstand der vorliegenden Erfindung
in genaueren Details dar, aber sie beabsichtigen nicht, irgendeinen
technischen Bereich der Erfindung zu begrenzen.
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Beispiel 1
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Im
vorliegenden Beispiel werden modifizierte FDH-Promotoren, in denen
der stromaufwärts
liegende Bereich des Candida boidinii FDH-Promotors teilweise deletiert
worden ist, hergestellt, um einen Bereich zu identifizieren, der
für die
Funktion des FDH-Promotors notwendig ist, indem die Aktivität der sauren
Phosphatase der Hefe Saccharomyces cerevisiae unter Kontrolle des
stromaufwärts
deletierten FDH-artigen Promotors bestimmt wird.
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(1-1) Herstellung des saure Phosphatase-Expressionsplasmids
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Das
saure Phosphatase-Expressionsplasmid pPUF1, welches einen FDH-Promotor/Terminator
und das URA3-Gen als Markergen (
1) enthält, wurde
gemäß dem Verfahren,
das in
WO 97/10345 beschrieben ist,
hergestellt. Der Candida boidinii-Stamm KST2515 ura3 wurde als Wirtsstamm
verwendet. Plasmid pPUF1 kann leicht gemäß dem Verfahren, das in
WO 97/10345 beschrieben
ist, gewonnen werden. Der FDH-Promotor/Terminator, das URA3-Gen,
und das PHO5-Gen können
durch chemische Synthese auf Grundlage der Sequenzen, die in
WO 97/10345 , Sakai Y. et
al., J. Ferment. Bioeng., 73, 255-260 (1992), bzw. Arima, K. et
al., Nucleic Acids Res., 11, 1657 (1983) beschrieben sind, gewonnen
werden. Obwohl der Candida boidinii-Stamm KST2515 im vorliegenden
Beispiel verwendet worden ist, kann der ura3-Stamm leicht unter
Verwendung irgendeines anderen Candida boidinii-Stamms, wie beispielsweise
IFO 10035, nach einem bekannten Verfahren (Sakai Y., et al., J.
Bacteriol., 173, 7458 (1991)) gewonnen werden.
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(1-2) Konstruktion der PHO5-Expressionsplasmide
unter Kontrolle eines stromaufwärts
deletierten FDH-Promotortyps
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Modifizierte
FDH-Promotoren, in denen der Bereich stromaufwärts des FDH-Promotors teilweise
deletiert worden ist, wurden mit dem Kilo-Sequence-Deletion-Kit (Takara
Shuzo Co., Ltd.) und PCR hergestellt. Plasmid pPUF1 wurde an den
ApaI- und XhoI-Schnittstellen gespalten und mit Kilo-Sequence-Deletion-Kit behandelt,
um die PHO5-Expressionsplasmide pPUF15, pPUF24, pPUF44, pPUF54,
pPUF56, pPUF79, pPUF308 und pPUF310 zu gewinnen, welches Plasmide
sind, die unter Kontrolle des stromaufwärts deletierten FDH-artigen
Promotors liegen. Unter Verwendung dieser Plasmide als Matrizen,
zusammen mit dem Dye Primer Cycle Sequencing Kit (Perkin-Elmer Co.),
wurden die Nucleotidsequenzen bestimmt, wodurch bestätigt wurde,
dass die Plasmide pPUF15, pPUF24, pPUF44, pPUF54, pPUF56, pPUF79,
pPUF308 und pPUF310 FDH-Promotorbereiche von 1.215 bp, 1.000 bp,
839 bp, 690 bp, 756 bp, 403 bp, 228 bp beziehungsweise 115 bp hatten.
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Um
die stromaufwärts
deletierten FDH-artigen Promotoren durch PCR herzustellen, wurden
die folgenden Oligonucleotide synthetisiert:
PF819; CCCCTCGAGGAAATAGATACATTACCCAGTGTC
(SEQ ID Nr. 5)
PF801; CCCCTCGAGTGTCATCGATATTATGCCCCGCC (SEQ
ID Nr. 6)
PF779; CCCCTCGAGGCCTTTTTCACTTGAAACAATAACTAT (SEQ
ID Nr. 7)
PF668; CCCCTCGAGTAATACTAGTCAGATGTTATAATTATATC (SEQ
ID Nr. 8)
PF642; CCCCTCGAGTATCTTTACCACTATCCAATTAAAATCC (SEQ
ID Nr. 9)
PF622; CCCCTCGAGTAAAATCCATGGATCAGACGGTAG (SEQ ID
Nr. 10)
PF602; CCCCTCGAGTAGTTTTTATATCTGTAACATCTTAC (SEQ ID
Nr. 11)
PF194; CCCCTCGAGTAAATTCAACTAAAAATTGAACTATTTAAACACTATG
(SEQ ID Nr. 12)
PF161; CCCCTCGAGATGATTTCCTTCAATTATATTAAAATCAATTTC
(SEQ ID Nr. 13)
PRV3; CAATGAGCCGTTGAATTGACGAGTG (SEQ ID Nr.
14)
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Unter
Verwendung des Oligonucleotids PRV3 und irgendeines der Oligonucleotide
PF819, PF801, PF779, PF668, PF642, PF622, PF602, PF194 und PF161
zusammen mit pPUF1 als Matrize, wurde eine PCR durchgeführt (20
Zyklen aus: 94°C
für 30
sec.; 55°C
für 1 min.
und 72°C
für 1 min.).
Jedes der amplifizierten DNA-Fragmente wurde in den pT7Blue T-Vektor
(Novagen, Inc.) kloniert, aus dem ein Restriktionsfragment XhoI-NotI
ausgeschnitten wurde, und dann in XhoI-NotI von pPUF1 insiert. PHOS-Expressionsplasmide
haben:
die Promotor-Region von 819 bp des Primers PF819;
die
Promotor-Region von 801 bp des Primers PF801;
die Promotor-Region
von 779 bp des Primers PF779;
die Promotor-Region von 668 bp
des Primers PF668;
die Promotor-Region von 642 bp des Primers
PF642;
die Promotor-Region von 622 bp des Primers PF622;
die
Promotor-Region von 602 bp des Primers PF602;
die Promotor-Region
von 194 bp des Primers PF194; und
die Promotor-Region von 161
bp des Primers PF161; und wurden bezeichnet als pPUF819, pPUF810, pPUF779,
pPUF668, pPUF642, pPUF622, pPUF602, pPUF194 beziehungsweise pPUF161.
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(1-3) Transformation
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Fünf μg jeder Plasmid-DNA,
die in (1-2) des vorliegenden Beispiels hergestellt wurden, wurden
mit BamHI ausgeschnitten und anschließend in den Candida boidinii-Stamm
KST2515 transformiert. Mehrere Kolonien der so erhaltenen Transformanten
wurden für
die entsprechenden Plasmide herausgepickt. Die Kolonien wurden in
einem Medium, pH 5,5, enthaltend 1,5 % Metha nol, 0,67 % Hefe-Stickstoffbase
und 0,5 % Hefeextrakt (ME media) kultiviert, oder in einem Medium,
pH 5,5, enthaltend 1,0 % Glucose, 0,5 % Natriumformat und 0,67 %
Hefe-Stickstoffbase (GF media), um die Aktivität der sauren Phosphatase zu
bestimmen. Die die Aktivität
der sauren Phosphatase wurde durch das Verfahren von Toh-e, A. et
al., (J. Bacteriol., 113, 727 (1973)) unter Verwendung der gewaschenen
Zellsuspension selbst als Enzym gemessen. Eine Einheit Enzymaktivität wurde
als die Menge an Enzym definiert, die für die Erzeugung 1 mmol an p-Nitrophenol
bei 30°C
in 1 min. benötigt
wurde. Nach der bekannten Literatur (Sakai Y. et al., J. Bacteriol.,
173, 7458 (1991)), inkorporieren in einer Transformation unter Verwendung
von URA3 als Marker ungefähr
die Hälfte
der transformierten Zellen einer einzelnen Kopie eines Plasmids.
Auf dieser Grundlage wurde der Wert der die Aktivität der sauren Phosphatase
mit der maximalen Verteilung jeder Transformante, die mit den oben
erwähnten
Plasmiden hergestellt worden waren, als Wert der die Aktivität der sauren
Phosphatase der Einzelkopien-inserierten Transformanten angesehen.
So wurde bestätigt
durch Southern-Analyse, dass eine Einzelkopie eines Plasmids in jeder
Transformante inkorporiert worden ist. Jede spezifische die Aktivität der sauren
Phosphatase (Einheit/OD610) der mit den
Plasmiden hergestellten Transformanten ist in 2 gezeigt,
wobei die spezifische Aktivität
der Säurephosphate
von pPUF1 100 % ist. Die Ergebnisse in 2 zeigen,
dass die spezifische Aktivität bei
80°C oder
mehr bewahrt wird, im Fall der Induktion mit Methanol, wenn der
Promotorbereich 839 bp oder größer ist,
und im Falle einer Induktion mit Ameisensäure, wenn der Promotorbereich
642 bp oder größer ist.
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Jede
spezifische Aktivität
wird als relativer Wert zur Säurephosphatase-Aktivität einer
Transformante dargestellt, welche mit dem Plasmid pPUF1 ohne Deletion
in seine Promotor-Region hergestellt wurde. Die Werte des Parentalstamms
entsprachen dem Candida boidinii-Stamm KST2515, in das kein Plasmid
eingeschleust worden ist.
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Beispiel 2
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Im
vorliegenden Beispiel wurden modifizierte FDH-Promotoren, in dessen
der innere Bereich des Candida boidinii-FDH-Promotors teilweise
deletiert worden ist, hergestellt, und anschließend wurde die Aktivität der sauren
Phosphatase aus Saccharomyces cerevisiae gemessen, welche durch
den intern deletierten FDH-Promotortyp reguliert wird, um einen
Bereich zu identifizieren, der für
die Funktion des FDH-Promotors notwendig ist.
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(2-1) Konstruktion der PHO5-Expressionsplasmide
unter Kontrolle des intern deletierten FDH-Promotortyps
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Modifizierte
FDH-Promotoren, in denen der innere Bereich des FDH-Promotors teilweise
deletiert worden ist, wurden durch PCR hergestellt (siehe 3,
welche die Konstruktion von pPFID1 zeigt). Um die intern deletierten
FDH-Promotortypen durch PCR herzustellen, wurden die folgenden Oligonucleotide
synthetisiert:
PF1478; CCCCTCGAGTCAACAAATCAATCAGCCAATCTACC
(SEQ ID Nr. 15)
PF521; CCAGATCTTGATAATAAGGTATACTACATTTTATC
(SEQ ID Nr. 16)
PC548; CCAGATCTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAAGATG
(SEQ ID Nr. 17)
PC571; CCAGATCTAGTAGTAAGATGTTACAGATATAAAAACTACCG
(SEQ ID Nr. 18)
PC599; CCAGATCTCTACCGTCTGATCCATGGATTTTAATTGG
(SEQ ID Nr. 19)
PC619; CCAGATCTTTAATTGGATAGTGGTAAAGATATAATTATAAC
(SEQ ID Nr. 20)
PC641; CCAGATCTATAATTATAACATCTGACTAGTATTACC
(SEQ ID Nr. 21)
-
Unter
Verwendung der Oligonucleotide PF521 und PRV3 zusammen mit pPUF1
als Matrize wurde eine PCR durchgeführt (20 Zyklen aus: 94°C für 30 sec.;
55°C für 1 min.
und 72° für 1 min.).
Das amplifizierte DNA-Fragment wurde in den pT7Blue T-Vektor kloniert,
aus dem das Restriktionsfragment BglII-NotI ausgeschnitten wurde.
Anschließend
wurde eine PCR unter Verwendung des Oligonucleotids PF1478 und irgendeines
der Oligonucleotide PC548, PC571, PC599, PC619 und PC642 durchgeführt (PCR-Bedingungen:
20 Zyklen aus: 94°C
für 30
sec.; 55°C
für 1 min.
und 72°C
für 1 min.).
Jedes der amplifizierten DNA-Fragmente wurde in pT7Blue T-Vektor
kloniert, aus dem das Restriktionsfragment XhoI-BglII ausgeschnitten
wurde. Dieses Restriktionsfragment wurde zusammen mit dem oben erwähnten BglII-NotI
DNA-Fragment in die XhoI-NotI-Schnittstelle
des pPUF1 inseriert. PHO5 Expressionsplasmide haben:
das FDH-Promotor-Fragment,
das mit dem Primer PC548 gewonnen wird, in dem die Nucleotide 932-957
des FDH-Promotors, welcher in SEQ ID Nr. 2 gezeigt wird, deletiert
worden sind;
das FDH-Promotor-Fragment, das mit dem Primer
PC571 gewonnen wird, in dem die Nucleotide 909-957 des FDH-Promotors,
welcher in SEQ ID Nr. 2 gezeigt wird, deletiert worden sind;
das
FDH-Promotor-Fragment, das mit dem Primer PC559 gewonnen wird, in
dem die Nucleotide 881-957 des FDH-Promotors, welcher in SEQ ID
Nr. 2 gezeigt wird, deletiert worden sind;
das FDH-Promotor-Fragment,
das mit dem Primer PC619 gewonnen wird, in dem die Nucleotide 861-957
des FDH-Promotors, welcher in SEQ ID Nr. 2 gezeigt wird, deletiert
worden sind; und
das FDH-Promotor-Fragment, das mit dem Primer
PC642 gewonnen wird, in dem die Nucleotide 839-957 des FDH-Promotors,
welcher in SEQ ID Nr. 2 gezeigt wird, deletiert worden sind;
und
wurden als pPFID1, pPFID2, pPFID3, pPFID4 beziehungsweise pPFID5
bezeichnet.
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(2-2) Transformation
-
Die
Plasmide, die in (2-1) dieses Beispiels hergestellt worden sind,
wurden in Candida boidinii wie in (1-3) des Beispiels 1 beschrieben
wurde, transformiert, um die Aktivität der sauren Phosphatase in
ME- und GF-Medien zu bestimmen. Jede spezifische Aktivität der sauren
Phosphatase (Einheit/OD610) der Transformanten,
die mit den oben erwähnten
Plasmiden hergestellt worden sind, ist in 4 gezeigt,
wobei die spezifische Aktivität
der sauren Phosphatase von pPUF1 100 % beträgt. Jede spezifische Aktivität wird als
relativer Wert zu der sauren Phosphatase-Aktivität einer Transformante dargestellt,
welche mit dem Plasmid pPUF1 ohne Deletion in seiner Promotor-Reaktion
hergestellt wurde.
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Die
Deletion der Nucleotide 881-957, welche in SEQ ID Nr. 2 gezeigt
wird, beeinflusste die FDH-Promotor-Aktivität überhaupt nicht. Jedoch wurde
beim Plasmid mit der Deletion der Nucleotide 861-957 keine Induktion
der Expression durch Methanol oder Ameisensäure beobachtet. Aus diesen
Ergebnissen und den Ergebnissen, die in Beispiel 1 gewonnen wurden,
wurde die Nucleotidsequenz 837-880 der SEQ ID Nr. 2 als notwendig
für die
FDH-Promotor-Aktivität
nach Induktion der Expression mit Methanol oder Ameisensäure angesehen.
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Beispiel 3
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In
dem vorliegenden Beispiel wurde ein Candida boidinii FDH-Promotor,
welcher zusätzliche
UAS-Sequenzen umfasst, hergestellt, um die Aktivität der Säurephosphatase
aus Saccharomyces cerevisiae unter der Kontrolle des Promotors zu
bestimmen.
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(3-1) Konstruktion des PHO5-Expressionsplasmids
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Um
eine 1.000 bp FDH-Promotor-Region mit einer XhoI-Schnittstelle am
5'-Ende zu isolieren,
wurde folgendes Oligonucleotid PXF1000 synthetisiert.
PXF1000;
CCCTCGAGGCTGGGTTTTTACTGAATTCAGTC (SEQ ID Nr. 22)
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Unter
Verwendung der Oligonucleotide PXF1000 und PRV3 zusammen mit pPUF24
als Matrize wurde eine PCR durchgeführt (20 Zyklen von: 94°C für 30 sec.;
55°C für 1 min.
und 72°C
für 1 min.).
Das amplifizierte DNA-Fragment wurde in den pT7Blue T-Vektor kloniert,
aus dem das Restriktionsfragment XhoI-NotI ausgeschnitten wurde
und anschließend
in XhoI-NotI von pPUF1 inseriert wurde. Das so erhaltene Plasmid
wurde als pPUF24X bezeichnet. Oligonucleotide UA3 und UA3C, welche
die in SEQ ID Nr. 1 gezeigte Nucleotidsequenz enthalten, von der
vermutet wurde, dass sie für
die FDH-Promotor-Aktivität
notwendig wäre,
die auf Ergebnissen der Beispiele 1 und 2 basierte, wurden synthetisiert.
UA3;
TCGAGTTTACCACTATCCAATTAAAATCCATGGATCAGACGGTAGCTTTACCACTATCCAATTAAAATCCATGGATCAGACGGTAG
(SEQ ID Nr. 23)
UA3C;
TCGACTACCGTCTGATCCATGGATTTTAATTGGATAGTGGTAAAGCTACCGTCTGATCCATGGATTTTAATTGGATAGTGGTAAC
(SEQ ID Nr. 24)
-
Nach
der Synthese wurden die 5'-Enden
der Oligonucleotide UA3 und UA3C mit T4 Polynucleotidkinase (Takaro
Shuzo Co., Ltd.) phosphoryliert. Die Oligonucleotide wurden bis
auf eine Endkonzentration von 100 pmol/μl in einem Anlagerungspuffer
(10 mM Tris-HCl, pH 8,0, 0,1 mM EDTA, 100 mM NaCl) gelöst. Die Lösungen der
Oligonucleotide UA3 und UA3C wurden 1:1 (nach Volumen) gemischt
und für
5 Minuten auf 95°C
erwärmt
und danach wurden beide Ketten aneinander gelagert, während sie
sich graduierlich abkühlen. Beide
Enden des erhaltenen doppelsträngigen
DNA-Fragments ermöglichten
die Ligation mit der XhoI-Schnittstelle. Nach der Ligierung, wie
in 5 gezeigt ist, wurde nur ein Ende mit XhoI erneut
gespalten.
-
Plasmid
pPUF24X wurde mit XhoI gespalten und dann mit dem oben beschriebenen
angelagerten DNA-Fragment ligiert. Anschließend wurden E. coli DH5 mit
dem erhaltenen Plasmid transformiert. Von den verschiedenen Transformanten
wurden Plasmid-DNAs hergestellt, und dann auf Plasmide selektiert,
in die das synthetische DNA-Fragment inseriert worden ist, in dem
eine Restriktionsenzym-Analyse durchgeführt wurde. Die Kopienanzahl
und die Richtung des inserierten DNA-Fragments wurden weiter bestimmt.
Ein Plasmid, in das 2 Kopien der Nucleotidsequenz inseriert wurden,
die durch SEQ ID Nr. 1 dargestellt wird, in Vorwärtsrichtung, ein Plasmid, in
dem in Rückwärtsrichtung
2 Kopien inseriert wurden, und ein Plasmid, in das 4 Kopien in Vorwärtsrichtung
inseriert wurden, wurden als pMFPH2, pMFPH2R beziehungsweise pMFPH4
bezeichnet. Jede Teilstruktur der Promotor-Region der so erhaltenen
Plasmide ist in 6 gezeigt.
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(3-2) Transformation
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Die
Plasmide pMFPH2, pMFPH2R, pMFPH4 und pPUF1, die in (3-1) des entsprechenden
Beispiels hergestellt worden waren, wurden in Candida boidinii wie
in (1-3) des Beispiels 1 beschrieben, transformiert, um die Aktivität der sauren
Phosphatase (Einheit/OD610) in ME- und GF-Medien
zu messen. In dieser Messung wurde 1 Einheit der Enzymaktivität als die
Menge an Enzym definiert, welche für die Erzeugung von 1 mmol p-Nitrophenol
bei 30°C
in einer Minute benötigt
wird. Jede spezifische Aktivität
der sauren Phosphatase der mit einer Einzelkopie inserierten Transformanten,
welche mit den oben erwähnten
Plasmiden hergestellt wurden, ist in 6 gezeigt,
wobei die Aktivität
in mU/OD610 dargestellt ist. Die Inserierung
des DNA-Fragments führte
zu einem drastischen Anstieg der spezifischen Aktivität der sauren
Phosphatase. Diese Wirkung hängt von
der Kopienanzahl und nicht von der Richtung der Insertion ab.
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Aus
den oben erwähnten
Ergebnissen wurde deutlich, dass die inserierte Nucleotidsequenz
SEQ ID Nr. 1 als UAS-Sequenz des FDH-Promotors diente, d. h. es
war eine Sequenz, die für
die Induzierung des FDH-Promotors mit Methanol und Ameisensäure notwendig
war, und dass die UAS-Sequenz die transkriptionelle Aktivität des Promotors
ohne Abhängigkeit
von der Richtung der Insertion verstäkt.
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Beispiel 4
-
In
diesem Beispiel wurde ein Candida boidinii Actin-Gen-Promotor mit
der UAS-Sequenz hergestellt, um die Aktivität der sauren Phosphatase von
Saccharomyces cerevisiae unter der Kontrolle des Promotors zu bestimmen.
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(4-1) Konstruktion des PHO5-Expressionsplasmids
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Um
das PHO5-Expressionsplasmid herzustellen, das den Actinpromotor
umfasst, wurde die Promotor-Region des Candida boidinii Actin-Gens
durch PCR hergestellt. Die folgenden Oligonucleotide wurden auf Grundlage
der Nucleotidsequenz der Promotorregion des Candida boidinii-Gens,
das in SEQ ID Nr. 3 gezeigt ist, synthetisiert:
XCA5; TTCTCGAGTCAATAAGAGTGTGATTATATACAATCAGC
(SEQ ID Nr. 25)
NCAC3; TTGCGGCCGCTTTTGTAATATATATTAAATTAAATTTATAAAATCTATC
(SEQ ID Nr. 26)
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Unter
Verwendung der Oligonucleotide XCAC5 und NCAC3 zusammen mit pAcl-7,
welches in
WO 97/10345 als
Matrize beschrieben wurde, wurde ein PCR durchgeführt (20
Zyklen von: 94°C
für 30
sec.; 55°C für 1 min.
und 72°C
für 1 min.).
Im vorliegenden Beispiel kann die PCR, obwohl Plasmid pAcl-7 als
Matrizen-DNA der PCR verwendet wird, die PCR ebenfalls unter Verwendung
einer chromosomalen DNA durchgeführt
werden, welche aus dem Candida boidinii-Stamm ATCC 48180 stammt. Nach der Klonierung
des amplifizierten DNA-Fragments in den pT7Blue T-Vektor, wurde
das Restriktionsfragment XhoI-NotI ausgeschnitten und anschließend in
die XhoI-NotI-Schnittstelle von pPUF1 inseriert. Das so gewonnene
Plasmid pAcPH (
7) war das PHO5-Expressionsplasmid,
welches ein URA3-Gen als Marker enthält, den Candida boidinii Actin-Gen-Promotor
und den FDH-Genterminator.
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In
die XhoI-Schnittstelle, welche am 5'-Ende des Actin-Gen-Promotors von pACPH
vorhanden ist, wurde ein DNA-Fragment, das die UAS-Sequenz enthält, in gleicher
Weise wie im Verfahren, das in (3-1) des Beispiels 1 beschrieben
ist, inseriert. Im Ergebnis wurden die folgenden Produkte gewonnen:
das Plasmid pUAcPH2, in das 2 Kopien der UAS-Sequenzen in einer
Vorwärtsrichtung
inseriert wurden; und das Plasmid pUAcPH4, in das 4 Kopien der UAS-Sequenzen
in Vorwärtsrichtung
inseriert wurden.
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(4-2) Transformation
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Die
Plasmide pAcPH, pUAcPH2, pUAcPH4 und pPUF1, die in (4-1) des vorliegenden
Beispiels hergestellt wurden, wurden in Candida boidinii in gleicher
Weise wie in dem Verfahren, das in (1-3) des Beispiels 1 beschrieben
ist, transformiert, außer
dass HindIII verwendet wurde, um die Plasmid-DNA zu spalten. Die
Aktivität
der sauren Phosphatase der erhaltenen Transformanten wurde in ME-Medium,
GF-Medium und einem Medium, pH 5,5, enthaltend 1,0 % Glucose und
0,67 % Hefestickstoff-Base (d. h. GS-Medium) bestimmt. Jede spezifische
Aktivität
der sauren Phosphatase der Transformanten, in die eine einzelne
Kopie inseriert wurde, welche mit den oben erwähnten Plasmiden hergestellt
wurden, ist in 8 gezeigt.
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Im
Fall des Actingen-Promotors ohne die UAS-Sequenz (d. h. pAcPH) gab
es keinen signifikanten Unterschied zwischen den Säurephosphatase-Aktivitäten in GS-,
GF- und ME-Medien. Im Gegensatz dazu zeigten die Actin-Gen-Promotoren
mit der UAS-Sequenz (d. h. pUAcPH2 und pUAcPH4) einen merklichen
Anstieg der Aktivität
in den GF- und ME-Medien, wobei das Ergebnis ähnlich wie im Fall des Promotors
des Formatdehydrogenasegens ist.
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Die
oben beschriebenen Ergebnisse zeigten, dass die UAS-Sequenz, die
in Beispiel 3 beschrieben wurde, die Wirkung hatte, nicht nur die
Aktivität
des FDH-Promotors zu verstärken,
sondern auch die Aktivitäten
anderer Promotoren.
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Industrielle Anwendbarkeit
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Gemäß der vorliegenden
Erfindung wird ein Promotor mit einer starken transkriptionellen
Aktivität
bereitgestellt, ein Expressionsvektor, der den Promotor trägt, eine
Transformante, in die der Expressionsvektor eingeschleust wurde,
ein Verfahren zum Verstärken
der Promotoraktivität
und ein Verfahren zum Produzieren heterologer Proteine. Der mutierte
Promotor gemäß der vorliegenden
Erfindung hat eine merklich verstärkte Promotor-Aktivität verglichen
mit der eines Wildtyp-Promotors. Das bedeutet, dass er sehr nützlich als
Promotor zum Exprimieren heterologer Gene ist. Der Expressionsvektor
der vorliegenden Erfindung ist in der Lage, zahlreiche nützliche
Proteine zu exprimieren und herzustellen.
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