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Technischer Bereich
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Diese
Erfindung betrifft ein Protein mit Cellulase-Aktivität und ein
Verfahren zu seiner Herstellung. Insbesondere betrifft sie eine
DNA, welche für
ein Protein mit Cellulase-Aktivität kodiert, einen Expressionsvektor, welcher
die DNA enthält,
einen Mikroorganismus, der mit dem Expressionsvektor transformiert
ist, und ein Verfahren zur Herstellung eines Proteins mit verstärkter Cellulase-Aktivität, welches
den Mikroorganismus verwendet.
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Stand der Technik
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Cellulose
stellt eine Hauptkomponente der Pflanzen dar und kommt in der Natur
häufig
vor. Da Cellulose ein schwer abbaubares, hoch molekulares Polysaccharid
ist, welches eine Wiederholungseinheit enthält, die durch eine β-1,4-glykosidische
Bindung polymerisiert ist, ist die Entwicklung von Cellulasen, die
die Glykosid-Bindung von Cellulose spalten, wodurch eine wirksame
Extraktion der Glucose-Einheit erleichtert wird, wesentlich für eine effektive
Nutzung der Cellulose-Biomasse.
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Die
Terminologie "Cellulase" ist eine allgemeine
Bezeichnung für
eine Gruppe von Enzymen, die ein enzymatisches Reaktionssystem katalysieren,
in dem Cellulose zu Glucose, Cellobiose oder Cellooligosaccharide
abgebaut wird. Zu Cellulasen zählen
Arten, die entsprechend ihrer Wirkungsweise als C1-Enzym, Cx-Enzym, β-Glucosidase,
Exo-β-Glucanase, Endo-β-Glucanase,
Cellobiase usw. bezeichnet werden, wobei die Einzelheiten bisher
nicht aufgeklärt
sind.
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Es
wurde die Nutzung von Biomasse durch Verwendung von Cellulase untersucht.
Insbesondere gab die Ölkrise
in den 70er Jahren Anlass zur technologischen Entwicklung effektiver
Nutzung von Pflanzen-Biomasse
zur konstanten Bereitstellung von Rohmaterialien für Energie,
industrielle Stoffe, Nahrungsmittel usw..
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Des
Weiteren ist Cellulase als industrielle Enzym-Präparation auf dem Markt und
wird als Hauptkomponente verschiedener Produkte, wie beispielsweise
Waschmittel, Faserbehandlungsmittel, Nahrungsmittel-Zusatzstoffe und
verdauungsfördernde
Mittel, verwendet. Aus diesem Grund ist Cellulase in der Praxis
von großem
Nutzen.
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In
der oben geschilderten Situation führten die Erfinder der vorliegenden
Erfindung Studien bezüglich enzymatischer
Verzuckerung von Cellulose durch, wobei es ihnen gelang, den Pilz
Acremonium cellulolyticus Y-94 zu isolieren, welcher entsprechend
dem Budapester Vertrag im "National
Institute of Bioscience & Human Technology,
Agency of Industrial Science and Technology" (1-3, Higashi 1-chome, Tsukuba-shi,
Ibaraki-ken 305, JAPAN) unter der internationalen Hinterlegungsnummer
FERM BP-5826, überführt aus
der ursprünglichen
Hinterlegung (FERM P-6867,
hinterlegt am 12. Januar 1983), am 19. Februar 1997 hinterlegt wurde;
dieser Pilz ist in der Lage, Cellulase zu produzieren, wie in der
Japanischen Patentveröffentlichung
Nr. 43954/85 beschrieben ist.
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Die
von diesem Stamm produzierte Cellulase ist ein komplexes Enzymsystem
(im Folgenden gelegentlich als Cellulase-System bezeichnet), welches
hauptsächlich
aus drei Enzymgruppen besteht: C1-Enzyme in Form von
Avicellase oder FPase, Cx-Enzyme, die auf
Carboxymethyl-Cellulose (CMC) wirken, und β-Glykosidase, die auf Cellooligosaccharide,
wie beispielsweise Cellubiose, wirkt. Natürliche Cellulose kann am Ende
durch diese zusammenwirkenden Enzymgruppen vollständig zu
Glucose abgebaut werden. Die Eigenschaften des oben beschriebenen
Cellulase-Systems sind in der oben zitierten Veröffentlichung beschrieben.
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Das
Cellulase-System ist dadurch gekennzeichnet, dass es eine höhere β-Glykosidase-Aktivität aufweist
als die Cellulase, die ihren Ursprung in den bisher isolierten Mikroorganismen
der Gattung Trichoderma oder Aspergillus hat; aus diesem Grund ist
sie erfolgreicher beim Abbau von Cellulose zu Glucose. Jedoch liegen
keinerlei Informationen beispielsweise bezüglich der Identifikation des
Proteins, welches das von Acremonium cellulolyticus Y-94 produzierte
Cellulase-System bildet, der Aminosäuresequenz des Proteins und
der DNA-Sequenz des für
die Aminosäuresequenz
kodierenden Gens vor.
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EP 0312121 beschreibt Cellulasen
aus Trichoderma reseei; Sheppard P. O. et al., "The use of conserved cellulose family-specific
sequences to clone cellulose homologue cDNAs from Fusarium oxysporum", GENE 150, 163-167,
1994, beschreiben die Klonierung von Cellulasen aus Fusarium oxysporum; JP-A-59166081
beschreibt einen Stamm der Gattung Acremonium; und Yamanobe T. et
al., "Purification
of Endo-1,4-β-glucanase
Components from Fungal Strain Y-94", Agric. Biol. Chem., 54(2), 301-307,
1990, beschreiben die Reinigung verschiedener Cellulase-Enzyme aus
dem Pilz Y-94.
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Offenbarung der Erfindung
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Die
Erfinder der vorliegenden Erfindung führten intensive Studien durch,
um die Aminosäuresequenz des
Proteins, welches das Cellulase-System
von Acremonium cellulolyticus Y-94 bildet, zu analysieren, das Gen
zu klonieren, das für
die Komponenten des Cellulase-Systems kodiert, und eine Technik
zu etablieren, bei der ein klonales Gen in den obigen Stamm eingebracht
wird, um eine Cellulase mit verstärkter Avicellase-Aktivität herzustellen.
Im Ergebnis konnte ein neues und äußerst nützliches Cellulase-Gen aus
dem Y-94-Stamm isoliert werden und in einen Mikroorganismus eingeführt werden,
wodurch Transformation induziert wurde, die es ermöglicht,
Cellulase in großer
Menge durch Genexpression zu erhalten.
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Die
vorliegende Erfindung betrifft ein Protein, welches einen Teil oder
die gesamte in der Sequenzliste unter SEQ ID NO: 1 aufgeführte Aminosequenz
aufweist, und welches Cellulase-Aktivität aufweist, eine DNA, die für das Protein
kodiert, eine DNA-Sequenz, die einen Teil oder die gesamte in der
Sequenzliste unter SEQ ID NO: 2 aufgeführte DNA-Sequenz aufweist, einen Expressionsvektor,
welcher die DNA enthält,
einen Mikroorganismus, der durch den Expressionsvektor transformiert
ist, und ein Verfahren zur Herstellung eines Proteins mit Cellulase-Aktivität, welches
den Mikroorganismus verwendet.
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Das
erfindungsgemäße Protein
mit Cellulase-Aktivität
weist die in der Sequenzliste unter SEQ ID: 1 aufgeführte Aminosäuresequenz
auf. Dieses Protein hat seinen Ursprung in dem oben beschriebenen
Pilz der Gattung Acremonium. Das Protein, das die in der Sequenzliste
unter SEQ ID: 1 aufgeführte
Sequenz von der 21sten Aminosäure
bis zur 457sten Aminosäure
aufweist, ist ein Reifungsprotein, welches gelegentlich als Cellulase
ACC2 bezeichnet wird. Das Gen für
die Cellulase ACC2 wird gelegentlich als Cellulase-ACC2-Gen bezeichnet.
Von der Sequenz von der 1sten bis zur 20sten Aminosäure der
in der Sequenzliste unter SEQ ID: 1 angegebenen Sequenz wird angenommen,
dass es sich dabei um ein Signalpeptid handelt.
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Cellulase
ACC2 wirkt auf hochkristalline unlösliche Cellulose, wie beispielsweise
Avicel, wodurch reduzierende Zucker, wie beispielsweise Glucose
und Cellobiose, erzeugt werden. Sie weist ein Molekulargewicht von
ungefähr
63 KD (Kilodalton), gemessen durch SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese
(im Folgenden mit SDS-PAGE abgekürzt),
und einen isoelektrischen Punkt bei pI 4,8 auf und besitzt starke
Avicel-abbauende Wirkung, insbesondere im sauren Bereich.
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Proteine,
die einen Teil der in der Sequenzliste unter SEQ ID: 1 aufgeführten Aminosäuresequenz
aufweisen und auch Cellulase-Aktivität besitzen, werden ebenso von
dem erfindungsgemäßen Protein
umfasst.
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Zu
spezifischen Beispielen für
das erfindungsgemäße Protein
mit Cellulase-Aktivität
zählen
Proteine mit der Aminosäuresequenz
von der 21sten bis zur 457sten Aminosäure der in der Sequenzliste
unter SEQ ID: 1 aufgeführten
Sequenz und Proteine mit der Aminosäuresequenz von der 21sten bis
457sten Aminosäure der
in der Sequenzliste unter SEQ ID: 1 aufgeführten Sequenz, bei denen die
Aminosäuresequenz
von der 1sten bis zur 20sten Aminosäure an den N-Terminus angefügt ist.
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Die
Aminosäuresequenz
des oben beschriebenen Proteins kann folgendermaßen bestimmt werden.
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(1) Reinigung der Cellulase
ACC2
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Acremonium
cellulolyticus Y-94 wird kultiviert; eine Fraktion der Kultur, welche
Avicellase-Aktivität
aufweist, wird soweit gereinigt, dass die resultierende Cellulase-ACC2-Fraktion
in SDS-PAGE eine einzige Bande ergibt.
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(2) Bestimmung der N-terminalen
und inneren Aminosäurereste
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Die
in dem obigen Schritt (1) erhaltene Cellulase ACC2 wird mit verschiedenen
proteolytischen Enzymen (d. h., Proteinase und Peptidase) behandelt;
die Aminosäuresequenz
der resultierenden Peptide wird mit Hilfe einer Aminosäure-Sequenziervorrichtung
bestimmt.
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Ein
Vergleich der so bestimmten Aminosäuresequenz des Proteins mit
Cellulase-Aktivität
mit der Sequenz anderer Cellulase-Arten, wie sie in der "Protein Identification
Resource" (PIR)
R44,0, März
1995, registriert sind, ergibt kein Protein mit der gleichen Aminosäuresequenz,
was bestätigt,
dass es sich um ein neues Protein handelt.
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Die
vorliegende Erfindung stellt eine DNA zur Verfügung, die für die Aminosäuresequenz
des obigen Proteins kodiert. Die DNA umfasst typischerweise einen
Teil oder die gesamte der in der Sequenzliste unter SEQ ID NO: 2
aufgeführten
DNA-Sequenz.
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Die
in der Sequenzliste unter SEQ ID: 2 aufgeführte DNA-Sequenz hat ihren
Ursprung in der chromosomalen DNA von Acremonium cellulolyticus;
sie weist ein offenes Leseraster (ORF) auf, das mit ATG an Position
241 beginnt und mit TAG an Position 1941 endet.
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Die
Sequenz von Base 301 bis Base 1938 entspricht dem oben bezeichneten
Reifungsprotein, bestehend aus 437 Aminosäureresten. Es wurde bestätigt, dass
5 Introns in der in der Sequenzliste unter SEQ ID: 2 aufgeführten DNA-Sequenz
vorliegen (siehe Beispiel 7 unten).
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Wenn
die Aminosäuresequenz
eines Proteins vorliegt, kann die DNA-Sequenz, die für die Aminosäuresequenz
kodiert, leicht daraus gefolgert werden; eine passende DNA-Sequenz
kann aus verschiedenen DNA-Sequenzen, die für die gesamte oder einen Teil
der in der Sequenzliste unter SEQ ID: 1 aufgeführten Aminosäuresequenz
kodieren, ausgewählt
werden. Demgemäß umfasst
die "DNA, die für einen
Teil oder die gesamte in der Sequenzliste unter SEQ ID: 1 aufgeführte Aminsosäuresequenz
kodiert" nicht nur
die DNA, die teilweise oder insgesamt die in der Sequenzliste unter
SEQ ID: 2 aufgeführte
DNA-Sequenz aufweist, sondern ebenso DNA mit anderen Codons, die
für die
gleiche Aminosäure
kodieren (degenerierte Codons).
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Die
DNA-Sequenz des Gens, das für
das erfindungsgemäße Protein
mit Cellulase-Aktivität
kodiert, unterscheidet sich von allen bisher klonierten und analysierten
Cellulase-Genen. Dies wurde durch Vergleich mit Cellualse-Genen,
die in der Nukleinsäure-Datenbank "GenBank" (registrierte Handelsbezeichnung)
R88.0, Apr., 1995, registriert sind, bestätigt.
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Die
DNA mit der oben beschriebenen DNA-Sequenz kann natürlichen
oder synthetischen Ursprungs sein. Die Synthese der DNA kann durchgeführt werden,
indem ein Teil natürlich
vorkommender DNA verwendet wird.
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Die
DNA kann typischerweise aus einer genomischen Bibliothek oder cDNA-Bibliothek
von Acremonium cellulolyticus durch üblicherweise auf dem Gebiet
der Gentechnik angewendete Verfahren, beispielsweise durch ein Screening-Verfahren
unter Verwendung einer geeigneten DNA-Sonde, die auf der Basis der
Information einer Teil- Aminosäuresequenz
hergestellt wurde, erhalten werden. Die DNA kann ebenso aus dem oben
beschriebenen hinterlegten Stamm erhalten werden.
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Die
erfindungsgemäße DNA kann
folgendermaßen
bestimmt werden.
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(1) Herstellung einer
DNA-Sonde zur Klonierung
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Acremonium
cellulolyticus Y-94 wird kultiviert und die produzierte Cellulase
wird durch verschiedene chromatografische Techniken, die Cellulase-Aktivität als Maß verwenden,
gereinigt. Dann wird die gereinigte Cellulase durch verschiedene
proteolytische Enzyme abgebaut und die Aminosäuresequenz der resultierenden
Peptide auf einer Aminosäure-Sequenziervorrichtung
bestimmt.
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Es
wird eine Mischung von Oligonukleotiden hergestellt, welche alle
DNA-Sequenzen enthält,
die aus der bestimmten Aminosäuresequenz
vorausgesagt werden können.
Die DNA-Sequenzen werden durch Polymerase-Kettenreaktion (PCR) amplifiziert.
Das resultierende Oligonukleotid wird als Sonde verwendet.
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(2) Herstellung einer
genomischen DNA-Bibliothek
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Acremonium
cellulolyticus Y-94 wird kultiviert und die gesamte DNA aus den
gesammelten mikrobiellen Zellen präpariert. Die erhaltene DNA
wird durch ein Restriktionsenzym verdaut. Unter Verwendung der resultierenden
DNA wird eine genomische Phagen-Bibliothek hergestellt.
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(3) Klonierung des Cellulase-Gens
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Die
im obigen Schritt (2) hergestellte Bibliothek und das durch PCR
amplifizierte Fragment werden hybridisiert und positive Plaques
selektiert.
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(4) Bestimmung der DNA-Sequenz
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Der
so selektierte Phagen-Klon wird in einen Vektor für E. coli
subkloniert und die DNA-Sequenz der DNA auf einer DNA-Sequenziervorrichtung
bestimmt.
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Außerdem wird
die aus Acremonium cellulolyticus Y-94 erhaltene mRNA mit einer
reversen Transkriptase behandelt, um cDNA zu synthetisieren; die
cDNA des ACC2-Gens wird durch das PCR-Verfahren erhalten. Ein Vergleich
zwischen der Gesamt-DNA-Sequenz der cDNA und der oben beschriebenen
DNA-Sequenz des Genoms zeigt die Existenz von Introns und das Leseraster
(siehe Beispiel 7 und SEQ ID NO: 2 in der Sequenzliste).
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Die
vorliegende Erfindung stellt einen Expressionsvektor zur Verfügung, welcher
die obige erfindungsgemäße DNA in
einem Wirts-Mikroorganismus
replizieren kann und das durch diese DNA kodierte Protein in einer
exprimierbaren Form enthält.
Die vorliegende Erfindung stellt außerdem einen Mikroorganismus
zur Verfügung,
der mit dem Expressionsvektor transformiert ist.
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Das
Wirts-Vektor-System ist nicht besonders eingeschränkt. Beispielsweise
können
Systeme, die E. coli, Strahlenpilze, Hefen, Schimmelpilze usw. verwenden,
und fusionierte Protein-Expressions-Systeme aus dem Wirtsprotein
und einem weiteren Protein verwendet werden. Zu geeigneten Wirts-Mikroorganismen
zählen
E. coli, Hefen der Gattung Saccharomyces und Pilze der Gattung Trichoderma,
Aspergillus oder Acremonium. Zu geeigneten Vektoren zählen Plasmide,
die zur autonomen Replikation in E. coli fähig sind, wie beispielsweise
pBR322, pUC (bevorzugt pUC18) und pBluescript, und solche, die zur
autonomen Replikation in Hefe fähig
sind, wie beispielsweise pYEUra3.
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Der
erfindungsgemäße Vektor
kann durch Methoden und Verfahren, wie sie üblicherweise in der Gentechnologie
angewendet werden, erhalten werden.
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Damit
der erfindungsgemäße Expressionsvektor
in einen Wirts-Mikroorganismus
eingeführt
werden und das gewünschte
Protein exprimieren kann, kann der Expressionsvektor zusätzlich zu
der erfindungs gemäßen DNA
eine DNA zur Expressionskontrolle oder einen genetischen Marker
zur Selektion des Mikrooganismus enthalten.
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Da
angenommen wird, dass die in der Sequenzliste unter SEQ ID: 2 aufgeführte DNA-Sequenz
eine derartige regulatorische Sequenz enthält, scheint die Verwendung
dieser DNA-Sequenz in einigen Fällen
vorteilhaft zu sein.
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Der
Expressionsvektor kann die Cellulase-kodierende DNA in einer Tandem-Wiederholung
enthalten. Diese Sequenzen können
in dem Expressionsvektor in konventioneller Weise vorliegen. Die
Transformation eines Mikroorganismus mit dem Vektor kann auf übliche Weise
durchgeführt
werden. Beispielweise wird das Cellulase-ACC2-Gen zusammen mit einem
selektiven genetischen Marker in ein Plasmid eingebracht und das resultierende
Plasmid durch Protoplasten in Acremonium cellulolyticus eingeführt. Der
resultierende Transformand ist resistent gegen den Selektionsmarker
und weist verbesserte Cellulase-Aktivität auf.
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Der
so erhaltene Transformand wird in einem geeigneten Medium kultiviert;
das erfindungsgemäße Protein
kann aus der Kultur isoliert werden. Die Kultivierungsbedingungen
für den
Transformanden werden in Abhängigkeit
des verwendeten Mikroorganismus entsprechend ausgewählt. Die
Gewinnung durch Aufreinigung des Proteins aus der Kultur kann auf übliche Weise
durchgeführt
werden.
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Kurze Beschreibung der
Zeichnungen
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1 ist
eine Restriktionskarte eines 7 kb großen SalI-verdauten Fragments.
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2 zeigt
die Struktur des Plasmids pAC2-5.
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Bevorzugte Ausführungsform
der Erfindung
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Die
vorliegende Erfindung wird im Folgenden detailliert anhand von Beispielen
veranschaulicht; die Erfindung ist jedoch nicht auf diese beschränkt.
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Beispiel 1:
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Aufreinigung von Cellulase
ACC2:
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Acremonium
cellulolyticus Y-94 (FERM BP-5826) wurde in einem Cellulase-induzierenden
Medium (4 % Cellulose, 1 % Bacto Pepton, 0,6 % Kaliumnitrat, 0,2
% Harnstoff, 0,16 % Kaliumchlorid, 0,12 % Magnesiumsulfat, 1,2 %
primäres
Kaliumphosphat, 0,001 % Zinksulfat, 0,001 % Mangansulfat, 0,001
% Kupfersulfat (pH 4,0)), kultiviert. Die Kultur wurde zentrifugiert
und der Überstand
sprühgetrocknet,
wodurch ein rohes Cellulase-Pulver erhalten wurde. Das Pulver (50
g) wurde in Wasser (500 ml) gelöst
und durch einen Membranfilter von 0,45 μm filtriert.
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Die
resultierende Enzymlösung
wurde durch eine Q-Sepharose-Hochleistungs-Säule (60 × 100 mm), equilibriert
mit 5 mM Acetatpuffer (pH 5,8), unter Verwendung des "Biopilot"-Systems (hergestellt
von Pharmacia Biotec), geschickt. Die Enzymlösung wurde unter den obigen
Pufferbedingungen adsorbiert und die nicht-adsorbierte Fraktion
als Fraktion 1 erhalten. Die Fraktion 1 wurde entsalzt, durch Ultrafiltration
konzentriert (fraktioniertes Molekulargewicht: 5000) und gefriergetrocknet.
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Die
gefriergetrocknete Fraktion 1 wurde in einem 20 mM Tris-Essigsäure-Puffer
(pH 7,4), enthaltend 1,2 M Ammoniumsulfat, gelöst und anschließend durch
den gleichen Membranfilter, der oben verwendet wurde, filtriert.
Das Filtrat wurde wiederum durch die obige Säule geschickt und mit einem
20 mM Tris-Essigsäure-Puffer
(pH 7,4) mit einem Ammoniumsulfat-Konzentrationsgradienten eluiert.
Die Fraktion mit Avicellase-Aktivität (Ammoniumsulfat-Konzentration:
0,3 bis 0,5 M) wurde gesammelt. Die Fraktion zeigte in der SDS-PAGE
fast ausschließ lich
eine einzige Bande des Proteins ACC2 mit einem Molekulargewicht
von ungefähr
63 KD.
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Beispiel 2:
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(1) Bestimmung der N-terminalen
Aminosäuresequenz:
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Das
in Beispiel 1 erhaltene gereinigte Protein (ACC2) wurde mit Pyroglutaminsäure-Aminopeptidase aus
Rinderleber (erhältlich
von Boehringer Mannheim) gemäß dem Verfahren
von Podell, D. N. et al., (Podell, D. N. et al., Biochem. Biophys.
Res. Commun. Vol. 81, P. 176 (1978)) behandelt, um den modifizierten
N-terminalen Rest zu entfernen; die folgenden 9 Aminosäurereste
der N-terminalen Seite wurden mit Hilfe einer Protein-Sequenziervorrichtung
Modell 492 (hergestellt von Perkin-Elmer) bestimmt. Die 9 Aminosäuren lange Sequenz
ist in der Sequenzliste unter SEQ ID NO: 3 wiedergegeben.
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(2) Peptid-Mappierung
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Um
die innere Aminosäuresequenz
des Proteins zu bestimmen, wurde das in Beispiel 1 erhaltene Protein
(gefriergetrocknet) mit V8-Protease
(hergestellt von Wako Pure Chemical Industries, Ltd.) in einem 50
mM Ammoniumbicarbonat-Puffer (pH 7,8), mit Lysyl-Endopeptidase (hergestellt
von Seikagaku Corporation) in einem 25 mM Tris-HCl-Puffer (pH 9,0)
und mit Trypsin (hergestellt von Sigma) in einem 100 mM Ammoniumbicarbonat-Puffer
(pH 8,0) behandelt. Jede Reaktion wurde bei 37 °C über Nacht durchgeführt. Jedes
Enzym wurde in einer Menge von ungefähr 1/50 Mol Substrat verwendet.
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Das
Zersetzungsprodukt wurde Säulenchromatographie
(Säule:
C8 220 × 2,1
mm) unter Verwendung eines präparativen
HPLC-Systems Model 172μ (hergestellt
von Perkin-Elmer) unterzogen. Die Gradienten-Eluierung wurde mit Wasser-Acetonitril
(5 bis 35 %) durchgeführt,
wodurch 7 Arten von Peptiden erhalten wurden. Die Amonisäuresequenz
jedes Peptids wurde mit der Protein-Sequenziervorrichtung Modell
492 bestimmt. Die resultierenden Sequenzen sind als SEQ ID NO: 4
bis 10 in der Sequenzliste wiedergegeben.
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Diese
Aminosäuresequenzen
zeigen Homologie zu der Aminosäuresequenz
des Cellobiohydrase-II (cbh-II)-Proteins von Trichoderma reesei
(Chung Mong Cen et al., Bio/Technology, Vol. 5, pp. 274-278 (1987)), was
deutlich darauf hinweist, dass das obige Protein eine Art Cellulase
ist.
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Die
obigen Sequenzen wurden außerdem
mit denen anderer Cellulase-Arten, die in der "Protein Identification Resource" (PIR) R44,0 (März 1995)
registriert sind, verglichen. Einige registrierte Sequenzen (z.
B. cbh-II) waren homolog, jedoch nicht identisch mit diesen Sequenzen,
was bestätigte,
dass das obige Protein neu ist.
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Beispiel 3:
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(1) Isolierung der genomischen
DNA
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Acremonium
cellulolyticus Y-94 (FERM BP-5826) wurde in einem (S) Medium (2
% Bouillon, 0,5 % Hefeextrakt, 2 % Glucose) bei 32 °C 2 Tage
kultiviert; die mikrobiellen Zellen wurden durch Zentrifugation
abgetrennt und gesammelt. Die Zellen wurden mit flüssigem Stickstoff
gefroren und in einem Homogenisator AM-3 (hergestellt von Nihon
Seiki K. K.) zerkleinert. Die zerkleinerten Zellen wurden in einem
TE-Puffer (10 mM Tris-HCl-Puffer (pH 8,0), 1 mM EDTA), enthaltend
1 % SDS, suspendiert und bei 65 °C
30 Minuten inkubiert. Das System wurde mit Phenol behandelt, in
Ethanol ausgefällt,
mit Proteinase K und Ribonuklease A behandelt und einer Trennung
in einer präparativen
Ultrazentrifuge 65P7 (hergestellt von Hitachi Koki Co., Ltd.) gemäß einem
Cäsiumchlorid-Dichtegradienten-Zentrifugationsverfahren
unterzogen, um die DNA zu erhalten.
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(2) Herstellung der Primer
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Es
wurden Primer, die dem 1sten bis 5ten Aminosäurerest des Peptids Lys-39
(SEQ ID NO: 9 in der Sequenzliste) und dem 1sten bis 6s0ten Aminosäurerest
des Peptids Trp-30 (SEQ ID NO: 10 in der Sequenzliste) entsprechen,
synthetisiert. Unter der Annahme, dass das Peptid Lys-39 näher am N-Terminus
positioniert ist als das Peptid Trp-30 (auf der Grundlage der Veröffentlichung
von Chung Mong Cen et al., Bio/Technology, Vol. 5, pp. 274-278 (1987)),
wurden Oligonukleotide mit den jeweiligen in der Sequenzliste als
SEQ ID NO: 11 bis 16 wiedergegebenen Sequenzen synthetisiert. Die
Primer für
die DNA, die dem Peptid Lys-39 entspricht, wurden aus den Nukleotiden
für Lysin,
eine durch Lysyl-Endopeptidase erkannte Aminosäure, synthetisiert.
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(3) Herstellung einer
langkettigen Sonde durch das PCR-Verfahren
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Es
wurde eine langkettige DNA-Sonde durch PCR-Amplifikation unter Verwendung
der in dem obigen Schritt (1) hergestellten Gesamt-DNA von Acremonium
cellulolyticus Y-94 (FERM BP-5826) als Template hergestellt.
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Die
PCR wurde folgendermaßen
durchgeführt.
Zu 1 μg
der in dem obigen Schritt (1) erhaltenen genomischen DNA wurden
1 μM von
jedem der in dem obigen Schritt (2) hergestellten Primer gegeben;
die DNA wurde bei 94 °C
für 10
Minuten in Gegenwart von dNTP denaturiert. Danach wurde Taq-DNA-Polymerase
(rekombinante Taq, hergestellt von Takara Shuzo Co., Ltd.) dazugegeben
und das System einem Replikationszyklus, bestehend aus 1 Minute
bei 94 °C,
2 Minuten bei 55 °C
und 3 Minuten bei 72 °C,
unterworfen. Der Replikationszyklus wurde 30 mal wiederholt. Im
Ergebnis wurde eine DNA von 500 bp, die eine Kombination von Lys-39B
(SEQ ID NO: 12 in der Sequenzliste) und Trp-30A (SEQ ID NO: 13 in der Sequenzliste)
oder eine Kombination von Lys-39B und Trp-30B (SEQ ID NO: 14 in
der Sequenzliste) aufweist, spezifisch amplifiziert. Das resultierende
DNA-Fragment wurde als Sonde in dem nachfolgenden Screening verwendet.
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Beispiel 4:
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Herstellung einer genomischen
DNA-Bibliothek
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Die
in Beispiel 3 hergestellte genomische DNA von Acremonium cellulolyticus
Y-94 (FERM BP-5826) wurde mit Sau3AI partiell verdaut. Das resultierende
DNA-Fragment wurde unter Verwendung von T4-Ligase (Ligation Kit Ver. 2, hergestellt
von Takara Shuzo Co., Ltd.) an den BamHI-Arm des Phagen-Vektors λEMBL3 "Cloning Kit" (hergestellt von
Stratagene) ligiert. Die ligierte DNA wurde in Ethanol ausgefällt und
in TE-Puffer gelöst.
Die gesamte Menge der Ligations-Mischung wurde unter Verwendung
von "Giga Pack II
Packaging Kit" (hergestellt
von Stratagene) in Phagen gepackt, wodurch infektiöse Phagenpartikel
gebildet wurden. Die resultierende Phase wurde in E. coli XL1-Blue
MRA (P2) eingeimpft.
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Die
Klonierung des gewünschten
Gens wurde unter Verwendung der resultierenden Bibliothek aus 7,5 × 104 Phagen-Partikeln durchgeführt.
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Beispiel 5:
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Klonierung des Cellulase-ACC2-Gens:
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(1) Screening durch Plaque-Hybridisierung
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Das
in Beispiel 3 erhaltene, PCR-amplifizierte DNA-Fragment von 500
bp wurde zunächst
in Übereinstimmung
mit dem "ECL-Direkt-System" (hergestellt von
Amersham) markiert.
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Die
in Beispiel 4 gebildeten Phagen-Plaques wurden auf eine "Hibond-N+-Nylon"-Transfer-Membran (hergestellt
von Amersham) überführt, mit
Alkali denaturiert, mit 5-fach konzentriertem SSC gewaschen (SSC: 15
mM tertiäres
Natriumzitrat, 150 mM Natriumchlorid) und zur Immobilisierung der
DNA an der Nylon-Membran getrocknet. Gemäß den Anweisungen des Kits
wurde nach der Prä-Hybridisierung
(42 °C,
1 Stunde) die markierte DNA-Sonde dazugegeben und die Hybridisierung bei
42 °C über 4 Stunden
durchgeführt.
Die Sonde wurde gemäß den Anweisungen
des Kits gewaschen.
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Die
gewaschene Nylon-Membran wurde für
1 Minute in die im Kit enthaltene Detektionslösung getaucht und dann mit "Hyper-Film-ECL" des gleichen Herstellers
kontaktiert. Der Film wurde licht-exponiert und entwickelt, wodurch
4 positive Klone erhalten wurden.
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(2) Herstellung der Phagen-DNA
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Die
DNA wurde aus den positiven Klonen in Übereinstimmung mit dem Verfahren
von Maniatis et al. (J. Sambrook, E. F. Fritsch and T. Maniatis,
Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989)) hergestellt.
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LE392
als E.-coli-Wirt wurde in einem LB-Medium (1 % Bacto Trypton, 0,5
% Hefeextrakt, 0,5 % Natriumchlorid) über Nacht kultiviert und mit
einer Lösung
einer Phase aus einem einzigen Plaque infiziert; anschließend wurde
in einem LB-Medium über
Nacht weiter inkubiert. Zu der Kultur wurden 1 M Natriumchlorid und
0,8 % Chloroform gegeben, um die Lyse von E. coli zu beschleunigen.
Die Kultur wurde zentrifugiert, um die restlichen mikrobiellen Zellen
zu entfernen; die Phagen-Partikel
wurden durch Präzipitation
in Polyethylenglykol (10 % PEG 6000) gewonnen. Die Phagen-Partikel
wurden mit Proteinase K (erhältlich
von Wako Pure Chemical Industries, Ltd.) in Gegenwart von SDS behandelt,
mit Phenol extrahiert und in Ethanol ausgefällt, wodurch die Phagen-DNA
gewonnen wurde.
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Die
so hergestellte DNA wurde durch Southern-Blotting in Übereinstimmung
mit dem "ECL-Direkt-System" (hergestellt von
Amersham) analysiert. Als Ergebnis der Hybridisierung unter Verwendung
des durch PCR amplifizierten Fragments von Beispiel 3 als Sonde
wurde das SalI-verdaute
Fragment von 7 kb gemeinsam hybridisiert. Die Restriktions-Karte des SalI-verdauten
Fragments ist in 1 dargestellt.
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Das
SalI-Fragment, das gemeinsam hybridisieren kann, wurde in pUC18
(erhältlich
von Takara Shuzo Co., Ltd.) subkloniert. Das resultierende Plasmid
wird als pAC2-1 bezeichnet.
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Beispiel 6:
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Bestimmung der DNA-Sequenz:
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Die
DNA-Sequenz wurde unter Verwendung von "A.L.F. DNA Sequencer II" (hergestellt von
Pharmacia Biotec) bestimmt. Als Sequenzier-Gel wurde "Readymix-Gel" (hergestellt von
Pharmacia Biotec) oder "Long
Ranger" (hergestellt
von FMC) verwendet. Zur Gelbildung wurden verschiedene Reagenzien
mit A.L.F.-Qualität,
hergestellt von Pharmacia Biotec (N,N,N',N'-Tetramethylethylendiamin,
Harnstoff, Ammoniumpersulfat) verwendet.
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Die
Reaktionen für
die DNA-Sequenz-Analyse wurden mit dem "Autoread Sequencing Kit" (hergestellt von
Pharmacia Biotec) durchgeführt.
Die Bedingungen der Gelbildung, die Reaktionsbedingungen und die
Bedingungen der Elektrophorese wurden entsprechend den in den Kits
enthaltenen Anweisungen ausgewählt.
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Das
Template-Plasmid (im Folgenden einfach als Template bezeichnet)
zur Sequenz-Bestimmung wurde durch Verdau von pAC2-1 mit PstI und
Klonieren des resultierenden PstI-verdauten Fragments von 3,5 kb
unter Verwendung von pUC118 hergestellt. Das derart hergestellte
Plasmid (bezeichnet als pAC2-4) ist in 1 dargestellt.
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Das
Template wurde mit 2 M Natriumhydroxid Alkali-denaturiert und dann
mit ACC2-spezifischem Sequenzier-Primer (WACC-01 bis WACC-12) hybridisiert
(annealed), um eine Primer-Verlängerung
(Extension) durchzuführen.
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Als
Ergebnis der Analyse der Reaktionsprodukte mit der Sequenzier-Vorrichtung
wurde die 2196 bp lange DNA-Sequenz aus dem PstI- verdauten Fragment, wie in der Sequenzliste
unter SEQ ID NO: 2 wiedergegeben, bestimmt.
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Die
DNA-Sequenzen der ACC2-spezifischen Sequenzier-Primer (WACC-01 bis
WACC-12) sind in der Sequenzliste als SEQ ID NO: 17 bis 28 wiedergegeben.
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Beispiel 7:
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Die
nicht-kodierenden Bereiche (Introns) wurden dadurch bestimmt, dass
mRNA aus Acremonium cellulolyticus Y-94 (FERM BP-5826) auf übliche Weise hergestellt wurde,
cDNA durch die Wirkung reverser Transkriptase synthetisiert wurde,
und die DNA-Sequenz der cDNA mit chromosomaler DNA verglichen wurde.
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(1) Herstellung der Gesamt-RNA
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Acremonium
cellulolyticus Y-94 (FERM-BP-5826) wurde in einem Celulase-induzierenden
Medium, bevorzugt dem oben beschriebenen Celulose-haltigen (S) Medium
(5 % Funacel, hergestellt von Funakoshi K. K.), bei 32 °C 2 Tage
kultiviert. Nach der Kultivierung wurde die Kultur zentrifugiert
(3500 rpm × 10
Minuten), um die mikrobiellen Zellen zu sammeln. Die Zellen wurden
mit sterilisiertem Wasser gewaschen, mit flüssigem Stickstoff eingefroren
und in einem Mixer zerkleinert.
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Die
zerkleinerten Zellen wurden in einer denaturierenden Lösung, enthaltend
4 M Guanidin-Thiocyanat (4 M Guanidin-Thiocyanat, 25 mM tertiäres Natriumzitrat,
0,5 % Natrium-N-Laurylsarcosinat, 0,1 M Mercaptoethanol), suspendiert.
Nach mehrminütigem
Rühren
bei Raumtemperatur wurde die Zellsuspension mit 2 M Natriumacetat
(pH 4,5) neutralisiert. Dann wurde TE-gesättigtes Phenol zugegeben und
wieder gerührt. Dazu
wurde Chloroform-Isoamylalkohol (24:1) gegeben; anschließend wurde
gerührt.
Das System wurde zentrifugiert (3500 rpm × 10 Minuten), um die durch
Phenol denaturierten Zellen zu entfernen. Die obere Schicht (wässrige Schicht)
wurde gewonnen und die Nukleinsäure
in Isopropylalkohol ausgefällt.
Das Präzipitat
wurde durch Zentri fugation gesammelt (3500 rpm bei 10 Minuten),
in 70 % Ethanol/Wasser resuspendiert und wiederum zentrifugiert,
um den Niederschlag zu waschen.
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Der
Niederschlag wurde in TE-Puffer gelöst, so dass eine Nukleinsäure-Konzentration
von 1 mg/ml erhalten wurde, und in 2,5 M Lithiumchlorid erneut ausgefällt (5 °C × 2 Stunden).
Das Präzipitat
wurde durch Zentrifugation (12000 rpm × 10 Minuten) gesammelt und
mit 70 %-igem Ethanol gewaschen, wodurch eine Gesamt-RNA-Fraktion
erhalten wurde.
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(2) Herstellung von Poly-A-Tail-RNA
(= mRNA)
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Die
mRNA wurde unter Verwendung des "mRNA-Purification-Kits" (hergestellt von
Pharmacia Biotec) folgendermaßen
hergestellt.
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Ein
Milligramm der in Schritt (1) erhaltenen Gesamt-RNA wurde in 1 ml
Elutionspuffer gelöst,
thermisch bei 65 °C
für 10
Minuten denaturiert und schnell in Eis abgekühlt. Zu der Lösung wurden
0,2 ml Probenpuffer gegeben. Die gesamte Menge der RNA-Lösung wurde
durch eine Oligo(dT)-Cellulose-Säule
geschickt. Nachdem die Säule
nacheinander dreimal mit einem Hochsalz-Puffer und dreimal mit einem
Niedrigsalz-Puffer gewaschen
worden war, wurde die Säule
mit dem auf 65 °C
erhitzten Elutionspuffer eluiert. Diese Operation wurde einmal wiederholt,
wodurch eine mRNA-Fraktion erhalten wurde.
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(3) Synthese der cDNA
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Die
cDNA wurde unter Verwendung des "Time
Saver cDNA-Synthese
Kits" (hergestellt
von Pharmacia Biotec) folgendermaßen synthetisiert.
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In
20 μl eines
Probenpuffers wurden 5 μg
der mRNA gelöst
und 10 Minuten auf 65 °C
erhitzt. Die Lösung
wurde zusammen mit einer Dithiothreitol-Lösung und einem Oligo(dT)-Primer
zu dem Synthese-Mix für den
ersten Strang gegeben; das Ganze wurde 1 Stunde bei 37 °C umgesetzt.
Die gesamte Menge des Systems wurde zu dem Mix für den zweiten Strang gegeben
und 30 Minuten bei 12 °C
und anschließend
1 Stunde bei 22 °C
umgesetzt, wodurch die cDNA erhalten wurde.
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(4) Amplifikation der
Cellulase-ACC2-cDNA durch das PCR-Verfahren
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Die
ACC2-cDNA wurde durch das PCR-Verfahren unter Verwendung der Gesamt-cDNA
als Template amplifiziert. Die PCR wurde unter Verwendung des "LA PCR-Kits" (hergestellt von
Takara Shuzo Co., Ltd.) durchgeführt.
Die cDNA und Primer, ACC2n-Stu und ACC2c-Xho, wurden einem Replikationszyklus,
bestehend aus 1 Minute bei 94 °C,
2 Minuten bei 55 °C
und 2 Minuten bei 72 °C,
unterworfen. Der Replikationszyklus wurde 25 mal wiederholt, wodurch
die ACC2-cDNA mit einer Länge
von ungefähr
1,5 kb amplifiziert wurde.
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Die
DNA-Sequenzen der Primer ACC2n-Stu und ACC2c-Sho sind in der Sequenzliste
unter SEQ ID NO: 29 und SEQ ID NO: 30 wiedergegeben.
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Das
durch PCR amplifizierte Fragment wurde Agarosegel-Elektrophorese unterzogen,
aus dem Agarosegel mit Hilfe des "Band Prep Kits" (hergestellt von Pharmacia Biotec)
gewonnen und in pT7-Blue (hergestellt von Novagen) kloniert. Das
resultierende Plasmid pACc2-1 wurde als Template zur Intron-Bestimmung verwendet.
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(5) Bestimmung der DNA-Sequenz
der cDNA
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Die
Sequenzierungs-Reaktionen wurden mit dem oben erwähnten "Autoread Sequencing
Kit" durchgeführt. Das
Plasmid pACc2-1 wurde mit 2 M Natriumhydroxid Alkali-denaturiert
und in Ethanol ausgefällt.
Die dem Kit beigefügten "Universal" und "Reverse" und WACC-02 und
WACC-05, deren DNA-Sequenzen in der Sequenzliste unter SEQ ID NO:
18 bzw. SEQ ID NO: 21 angegeben sind, wurden als Primer verwendet
und in Gegenwart von T7-Polymerase unter Verwendung des Alkalidenaturierten
Plasmids als Template verlängert.
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Im
Ergebnis stellte sich heraus, dass 5 Introns vorliegen: 320 bis
389 bp (Intron I), 459 bis 516 bp (Intron II), 800 bis 869 bp (Intron
III), 1124 bis 1198 bp (Intron IV) und 1598 bis 1651 bp (Intron
V).
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Die
Positionen der nicht-kodierenden Start-Sequenz, nicht-kodierenden Stop-Sequenz
und inneren regulatorischen Sequenz dieser Introns sind in der folgenden
Tabelle 1 wiedergegeben.
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Beispiel 8:
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Um
das ACC2-Gen selbst in Acremonium cellulolyticus Y-94 (FERM BP-5826)
zu klonieren, wurde pAC2-1 mit XbaI verdaut und ein DNA-Fragment mit einer
Größe von 7,2
kb gewonnen. Eine Hygromycin-B-resistente
Kassette aus pDH25 (Cullen, D., Leong, S. A., Wilson, L. J. und
Henner, D. J., Gene, Vol. 57, pp. 21-26 (1987)) wurde in das Fragment
eingefügt,
um pAC2-5 als Vektor zur Tranformation von Acremonium cellulolyticus
herzustellen (siehe 2).
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Beispiel 9:
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Tranformation von Acremonium
cellulolyticus:
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Acremonium
cellulolyticus Y-94 (FERM BP-5826) wurde in dem oben beschriebenen
(S) Medium bei 32 °C
kultiviert. Nach 24-stündiger
Kultivierung wurde die Kultur bei 3000 rpm 10 Minuten zentrifugiert, um
die mikrobiellen Zellen zu sammeln. Die Zellen wurden mit 0,5 M
Saccharose gewaschen, in einer Zellwand-auflösenden Enzymlösung suspendiert
(5 mg/ml Novozym 234, 5 mg/ml Cellulase Onozuka R-10, 0,5 M Saccharose),
die durch einen Filter von 0,45 μm
filtriert worden war, und bei 30 °C
60 bis 90 Minuten geschüttelt,
um Protoplasten zu erhalten.
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Die
resultierende Suspension wurde gefiltert und bei 2500 rpm 10 Minuten
zentrifugiert, um die Protoplasten zu sammeln, die dann mit einem
SUTC-Puffer (0,5 M Saccharose, 10 mM Calciumchlorid, 10 M Tris-HCl
(pH 7,5)) gewaschen wurden.
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Die
Protoplasten wurden in 1 ml des SUTC-Puffers suspendiert. Zu 100 μl der Suspension
wurden 10 μl
einer 1 μg/μl TE-Lösung von
pAC2-5 gegeben;
das System wurde 5 Minuten auf Eis stehengelassen. Dann wurden 400 μl einer PEG-Lösung (60
w/v % PEG 4000, 10 mM Calciumchlorid, 10 mM Tris-HCl (pH 7,5)) dazugegeben;
das System wurde 20 Minuten auf Eis stehengelassen. Zu der Suspension
wurden 10 ml eines SUTC-Puffers gegeben; das System wurde bei 2500
rpm 10 Minuten zentrifugiert. Die gesammelten Protoplasten wurden
in 1 ml des SUTC-Puffers
suspendiert und anschließend
bei 4000 rpm 5 Minuten zentrifugiert; die gesammelten Protoplasten
wurden schließlich
in 100 μl
des SUTC-Puffers suspendiert.
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Die
so behandelten Protoplasten wurden auf ein (A) Medium (0,2 % Natriumnitrat,
0,1 % Dikaliumhydrogenphosphat, 0,05 % Kaliumchlorid, 0,05 % Magnesiumsulfat-Heptahydrat,
0,001 % Eisensulfat-Heptahydrat,
17,1 % Saccharose, 1 % Bacto-Agar (pH 6,0)), enthaltend 500 μg/ml Hygromycin
B zusammen mit einem Weich-Agar-Medium (0,2 % Natriumnitrat, 0,1
% Dikaliumhydrogenphosphat, 0,05 % Kaliumchlorid, 0,05 % Magnesiumsulfat-Heptahydrat,
0,001 % Eisensulfat-Heptahydrat,
17,1 % Saccharose, 0,8 % Bacto-Agar (pH 6,0)), gegeben und bei 30 °C 5 bis 9
Tage kultiviert. Die gebildeten Kolonien wurden als Transformanden
genommen. Auf diese Weise wurde das Plasmid pAC2-5 in Acremonium
cellulolyticus Y-94 (FERM BP-5826) transformiert. Es erschienen
ungefähr
2 Kolonien mit Hygromycin-B-Resistenz pro μg DNA.
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Beispiel 10:
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Von
den in Beispiel 9 erhaltenen Transformanden wurden 2 Stämme, die
eine hohe Hydromycin-B-Resistenz aufwiesen, in dem gleichen Cellulase-induzierenden
Medium, das in Beispiel 1 verwendet wurde, bei 32 °C 7 Tage
inkubiert; dann wurde die Kultur zentrifugiert. Die Analyse der Überstands-Flüssigkeit
durch SDS-PAGE zeigte, dass die beiden Transformanden eine höhere Menge
an ACC2-Protein sekretierten als der Mutterstamm.
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Die
Cellulase-Aktivität
wurde durch Messen der Avicel-abbauenden Aktivität des Kulturüberstands
gemäß dem von
W. A. Wood, S. T. Kellogg, in Methods in Enzymology, Vol. 160, p.
97, "Biomass part
A, Cellulose and Hemicellulose",
Academic Press., beschriebenen Verfahren bestimmt. Die Ergebnisse
der Messungen sind in der folgenden Tabelle 2 wiedergegeben. Wie
aus den Ergebnissen ersichtlich, wiesen die Transformanden eine
verbesserte Cellulase-Aktivität
auf. Insbesondere war die spezifische Aktivität des Transformanden 2 1,5
mal höher
als die des Mutterstamms.
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Industrielle Anwendbarkeit
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Die
vorliegende Erfindung offenbart somit die Aminosäuresequenz eines Proteins mit
Cellulase-Aktivität
und stellt die für
das Protein kodierende DNA, einen die DNA enthaltenden Expressionsvektor,
einen mit dem Vektor transformierten Mikroorganismus und ein Verfahren
zur Herstellung eines Proteins mit Cellulase-Aktivität, welches
den Mikroorganismus verwendet, zur Verfügung.
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Die
Sequenzliste der vorliegenden Erfindung ist im Folgenden wiedergegeben.
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