DE19808584C1 - Verfahren zur qualitativen Schnellauswertung analytischer Massenspektren - Google Patents
Verfahren zur qualitativen Schnellauswertung analytischer MassenspektrenInfo
- Publication number
- DE19808584C1 DE19808584C1 DE19808584A DE19808584A DE19808584C1 DE 19808584 C1 DE19808584 C1 DE 19808584C1 DE 19808584 A DE19808584 A DE 19808584A DE 19808584 A DE19808584 A DE 19808584A DE 19808584 C1 DE19808584 C1 DE 19808584C1
- Authority
- DE
- Germany
- Prior art keywords
- wave
- mass
- raw data
- spectra
- peaks
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 title claims abstract description 13
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 title claims description 8
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 title abstract description 32
- 239000012491 analyte Substances 0.000 title abstract description 5
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 22
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 2
- 230000005428 wave function Effects 0.000 claims 2
- 230000008034 disappearance Effects 0.000 claims 1
- 230000006870 function Effects 0.000 abstract description 14
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 54
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 23
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 7
- 238000011088 calibration curve Methods 0.000 description 7
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 7
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 5
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 4
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 4
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 4
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 238000009499 grossing Methods 0.000 description 3
- 238000001196 time-of-flight mass spectrum Methods 0.000 description 3
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 2
- 230000002354 daily effect Effects 0.000 description 2
- 238000011157 data evaluation Methods 0.000 description 2
- 238000003795 desorption Methods 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 238000000691 measurement method Methods 0.000 description 2
- DBABZHXKTCFAPX-UHFFFAOYSA-N probenecid Chemical compound CCCN(CCC)S(=O)(=O)C1=CC=C(C(O)=O)C=C1 DBABZHXKTCFAPX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 238000012883 sequential measurement Methods 0.000 description 2
- 238000001269 time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 238000012935 Averaging Methods 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 1
- 230000001133 acceleration Effects 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 1
- 230000006866 deterioration Effects 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 230000003203 everyday effect Effects 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 238000000752 ionisation method Methods 0.000 description 1
- 230000009191 jumping Effects 0.000 description 1
- 230000002045 lasting effect Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 238000012856 packing Methods 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- NQLVQOSNDJXLKG-UHFFFAOYSA-N prosulfocarb Chemical compound CCCN(CCC)C(=O)SCC1=CC=CC=C1 NQLVQOSNDJXLKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000013777 protein digestion Effects 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 238000004804 winding Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- H—ELECTRICITY
- H01—ELECTRIC ELEMENTS
- H01J—ELECTRIC DISCHARGE TUBES OR DISCHARGE LAMPS
- H01J49/00—Particle spectrometers or separator tubes
- H01J49/0027—Methods for using particle spectrometers
- H01J49/0036—Step by step routines describing the handling of the data generated during a measurement
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
Description
Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur qualitativen Echtzeit-Schnellauswertung von Massen
spektren für analytische Verfahren, bei denen in Zehntausenden von Spektren täglich im we
sentlichen nur festzustellen ist, ob vorbekannte Massenpeaks vorhanden oder nicht vor
handen sind.
In einigen Gebieten der Analytik macht sich zur Zeit der Begriff "High Sample Throughput"
(HST) breit, der durch einen täglichen Probendurchsatz von 50000 bis 100000 Proben defi
niert wird. Die Proben werden dabei teils durch sogenannte "massiv-parallele" Verarbeitungs
weisen, teils durch schnelle zeitsequentielle Meß- und Präparationsverfahren vorbehandelt und
analytisch vermessen. Für die zeitsequentielle Vermessung mit entsprechender Datenauswer
tung stehen im Falle von täglich 50000 Proben nur 11/2 Sekunden pro Probe, im Falle von täg
lich 100000 Proben sogar nur etwa 3/4 Sekunden pro Probe zur Verfügung, wobei ein geringer
Zeitpuffer für das Wechseln der Probenträger eingerechnet werden muß.
Die Massenspektrometrie gilt bisher als ein relativ langsames Verfahren, nicht nur im Hinblick
auf die Auswertung der Spektren, die durchaus viele Minuten bis Stunden in Anspruch nehmen
kann, sondern auch in bezug auf die Messungen. Das Argument der Langsamkeit muß jedoch
nicht unbedingt gelten. Die Flugzeitmassenspektrometrie, beispielsweise, mit einer Ionisierung
durch matrix-unterstützte Laserdesorption (MALDI) kann durchaus als einer der Kandidaten
für eine solche Technik hohen Probendurchsatzes angesehen werden. Besonders die Anwen
dung der MALDI-Flugzeitspektrometrie auf die Molekulargewichtsbestimmung von Oligonu
kleotiden, aber auch von Peptiden aus enzymatischem Proteinverdau macht eine solche Tech
nik des hohen Probendurchsatzes nicht nur wünschenswert, sondern auch möglich. Ein weiteres
Gebiet ist die Analyse aktiver Produkte in der kombinatorischen Chemie, für die ebenfalls
MALDI-Verfahren eingesetzt werden können.
Es sind inzwischen Verfahren zur massiv-parallelen Synthese, Probenaufbereitung, Probenrei
nigung, Matrixzugabe und Pipettierung auf große Probenträger für diese MALDI-Verfahren
bekannt geworden. Es existieren darüberhinaus vielversprechende Ansätze zur genauen und
dichten Präparation der Proben auf den Probenträgern, und zur automatisierten, hochempfind
lichen Laserdesorption ohne visuelle Kontrolle mit sehr schneller und exakter Positionierung
der Proben in der Ionenquelle. Das Problem reduziert sich daher besonders auf die Datenaus
wertung, die ja ebenfalls in der kurzen Zeit, die für eine Analyse zur Verfügung steht, durch
geführt werden muß, wenn kein unüberwindlicher Datenstau auftreten soll.
Die Rohdaten eines Spektrums bestehen aus einzelnen Ionenstrommeßwerten, die in einem
festen Zeittakt gemessen und in dieser Folge abgespeichert worden sind. Die Zeittaktwerte
werden dabei nicht mit gespeichert, sie ergeben sich aus der Adresse des Meßwerts in der
Speicherfolge. In der Regel werden für die Rohdaten bereits die Messungen mehrerer Ein
zelspektren aufaddiert, um das Massenpeak-zu-Rausch-Verhältnis zu verbessern. Manchmal
liegen zischen den Additionen auch noch Prüfungen, ob das neu aufgenommene Einzelspektrum
bestimmten Qualitätsanforderungen genügt, bevor es zu der Summe der bisher aufgenomme
nen Einzelspektren hinzuaddiert wird.
Ein so aus Additionen von Einzelrohspektren erhaltenes Flugzeitrohmassenspektrum von etwa
100 Mikrosekunden Aufnahmedauer besteht bei einem Meßtakt von 1 Gigahertz aus etwa 200
Kilobyte Daten, bei heute schon erhältlichen Transientenrekordern mit 4 Gigahertz Aufnahme
rate aus etwa 800 Kilobyte Daten. Mit gegenwärtigen Transientenrekordern benötigt allein das
Auslesen der Daten die zur Verfügung stehende Zeit; zukünftige (bereits angekündigte) Tran
sientenrekorder mit sehr schnellen Datenbussen können aber Abhilfe schaffen. Das Problem
kann also weiter eingeschränkt werden: Lediglich die Peaksuche und die Wandlung der Flug
zeiten in Massen dauern gegenwärtig noch viele Sekunden pro Spektrum. Es stehen aber, wie
oben beschrieben, für das Auslesen der Spektren, Bewertung, Addition, Auswertung und Ab
speichern der Ergebnisse nur diese 3/4 Sekunden zur Verfügung.
Nach jetziger Technik wird in diesen 3/4 Sekunden nicht nur ein Spektrum aufgenommen, son
dern es werden, wie oben geschildert, mehrere Spektren zur Verbesserung des Massenpeak-
zu-Rausch-Verhältnisses gemessen und addiert. Da die Einzelspektren nicht immer reprodu
zierbar sind, wird dazu jedes einzelne Spektrum ausgelesen, durch besondere Verfahren auf
seine Brauchbarkeit untersucht, und dann bei Freigabe zur Summe der übrigen Spektren hinzu
addiert. Es kann bisher nicht vorausgesetzt werden, daß jedes Spektrum auf Anhieb gelingt
und genügend Massenauflösung liefert. Es sind jedoch vielversprechende Techniken in Ent
wicklung, die eine häufige Produktion von Ausreißerspektren minimiert oder sogar auf voll
ständig beseitigt.
In der kurzen Zeit von weniger als einer Sekunde muß daher nicht nur die Auswertung laufen,
es müssen auch die Spektren aufgenommen und addiert werden. Für die Aufnahme von
MALDI-Flugzeitmassenspektren ist bekannt, daß häufig weit über hundert Einzelspektren ad
diert werden müssen, bevor gut auswertbare Massenpeaks erhalten werden. Die Aufnahmefre
quenzen sind aber auf etwa 20 Spektren pro Sekunde beschränkt, da sonst Aufladungen der
Proben stattfinden, die zu Verschiebungen der Ionen Massenpeaks führen und daher nicht zu
addierbaren Spektren führen.
Es muß daher das Bestreben sein, mit einer Addition von etwa 10 Einzelspektren auszukom
men. Das stellt wiederum besondere und erschwerende Anforderungen an die Erkennung der
Massenpeaks, die sich unter diesen Umständen häufig nur undeutlich aus dem Untergrundrau
schen herausheben.
Auch früher wurden schon Versuche gemacht, nicht das ganze Spektrum auswerten zu müs
sen. Ein Beispiel dafür ist das sogenannte Peakspringen bei niederaufgelösten Massenspektro
metern, das die Ionenströme nur bei ganzzahligen Massenzahlen ablas und so von Peak zu Pe
ak sprang (siehe beispielsweise J. R. Chapman "Computerized Mass Spectrometry", J. Phys. E: Sci. In
strum. 13, 365, 1980). Ein anderes ist das sogenannte Peakscanning, bei dem das Spektrum
nur in sehr kleinen Stücken über vorausgewählte Peaks hinweg aufgenommen wird (siehe bei
spielsweise J. E. von Montfoort und J. A. Grosz "A Simple Unit for Automatic Peak Selection
in Mass Spectrometry Applications", J. Phys. E: Sci. Instrum. 6, 697, 1973). Diese frühen Lösungen wur
den hardwaremäßig gesteuert und verschwanden mit mächtiger werdenden Computern.
Es ist Aufgabe der Erfindung, ein Verfahren für die Auswertung von Massenspektren, insbe
sondern von MALDI-Flugzeitmassenspektren, zu finden, das sich einerseits in der zur Verfü
gung stehenden sehr kurzen Zeitdauer durchführen läßt, und andererseits auch bei ungünstigen
Massenpeak-zu-Rausch-Verhältnissen eine gute Erkennung der Massenpeaks gewährleistet.
Diese Aufgabe wird erfindungsgemäß mit den im Anspruch 1 angegebenen Maßnahmen gelöst.
Vorteilhafte Ausgestaltungen sind Inhalt der Ansprüche 2 bis 5.
Die Analysenverfahren, die als Zielverfahren für hohen Probendurchsatz (HST) dienen, sind in
der Regel dadurch charakterisiert, daß sie sich auf wenige Antworten qualitativer Art pro Pro
benspektrum beschränken. Beispielsweise sind Mutationsanalysen an DNA-Proben dadurch
ausgezeichnet, daß nur ein oder zwei Massenpeaks im Spektrum vorhanden sind, die an maxi
mal vier oder sechs präzise vorbekannten Molekulargewichtsstellen erscheinen können. Alle
anderen Massenpeaks im Spektrum sind uninteressant: sie stammen entweder von der Matrix
substanz, die der Probe zugegeben werden muß, von Fragmentionen, von Dimeren oder Oli
gomeren oder von unerwünschten Beimengungen zur eigentlichen Analytsubstanz. Bei zweial
leligen Mutationen können Massenpeaks im Prinzip nur an zwei bis vier vorbekannten Stellen
auftauchen. Bei der Analyse von Mikrosatelliten kann ein richtig gemessener Massenpeak nur
an einer von maximal etwa 30 präzise vorbekannten Stellen gefunden werden. Die Analyse von
Produkten durch die kombinatorische Chemie kann Massenpeaks an einer von größenord
nungsmäßig tausend Stellen liefern.
Es ist nun der Grundgedanke der Erfindung, die Datenflut eines Rohmassenspektrums gar
nicht erst in ein Massenspektrum zu wandeln, sondern von vornherein nur an vorbekannten
Zeittaktstellen auf das Auftreten erwartbarer Massenpeaks hin zu untersuchen. Das Roh
massenspektrum wird also gar nicht erst durchlaufend auf Massenpeaks hin untersucht und
über eine Kalibrierkurve in ein Massenspektrum gewandelt, sondern es werden umgekehrt die
Massen der erwartbaren Massenpeaks über die reziprok gebrauchte Kalibrierkurve in Zeittakt
werte umgewandelt, und die Zeittaktdaten werden an den entsprechenden Zeittaktwerten
ortsfest daraufhin untersucht, ob ein Massenpeak vorhanden ist.
Im Folgenden wird die Erfindung am Beispiel der MALDI-Flugzeitmassenspektren dargestellt,
ohne daß dadurch eine Einschränkung der Erfindung auf diese Art von Massenspektren gege
ben sein soll.
Da für das Meßverfahren der Analyse ebenfalls nicht viel Zeit zur Verfügung steht, können,
wie oben dargelegt, nicht sehr viele Flugzeitspektren aufaddiert werden. Dadurch wird aber
andererseits die sichere Erkennung schwachen Massenpeaks im Untergrundrauschen schwieri
ger. MALDI-Flugzeitspektren zeigen zudem häufig ein von den Matrixionen herrührendes
Untergrundrauschen, das sich mit seiner abfallenden Flanke über das ganze Flugzeitspektrum
erstreckt.
Für die ortsfeste Untersuchung der Flugzeitdaten auf erwartete Massenpeaks müssen Verbes
serung des Massenpeak-zu-Rausch-Verhältnisses und der Abzug eines gewöhnlich vorhande
nen Untergrundes gleich mit geleistet werden. Der Untergrund kann dabei in einfacher Weise
um das Ionenmassenpeak herum konstant sein, häufiger ist jedoch der Fall eines veränderlichen
Untergrundes an der Massenpeakstelle. Dabei kann in guter Näherung angenommen werden,
daß sich die Stärke des Untergrundes in der direkten Umgebung des Ionenmassen
peaks nur linear ändert.
Für eine solche ortsfeste Untersuchung auf das Vorhandensein eines Massenpeaks an einer
vorgegebenen Stelle, bei der der Peak in einem linear mit dem Zeittakt veränderlichen Rausch
untergrund liegen kann, wird eine gewichtete Summierung unter Anwendung einer wellenför
migen Gewichts- und Glättungsfunktion geeigneter Breite und Form vorgenommen. Wenn die
Gewichtsfunktion eine geeignete Form besitzt, wird durch diese einmalige gewichtete Summie
rung gleichzeitig die Verbesserung des Massenpeak-zu-Rausch-Verhältnisses und der Abzug
des linear veränderlichen Untergrundes vorgenommen.
Um diese Vorgaben zu leisten, besteht die wellenförmige Gewichtsfunktion (für dynamisch
durchlaufende Untersuchungen einer Datenmenge auch als "Glättungsfilter" bekannt) aus drei
Teilen und genügt bestimmten Bedingungen: Auf ein Wellental negativer Gewichte mit 50%
Tiefe folgt ein Wellenberg positiver Gewichte mit 100% Höhe und ein weiteres Wellental ne
gativer Gewichte mit 50% Tiefe. Wellenberge und Wellentäler haben gleiche Breite, diese
Breite ist etwa gleich der erwarteten Peakbreite. Die Summe aller Gewichte ist Null. Die Ge
wichtsfunktion ist symmetrisch.
Bei der Erfindung wird also die Untersuchung auf das Vorkommen eines Massenpeaks durch
eine gewichtete Summierung der Datenpunkte um den Erwartungswert herum vorgenommen.
Da damit gleichzeitig ein Untergrundabzug vorgenommen wird, kann das Ergebnis dann in
einfacher Weise mit einem vorbestimmten Schwellenwert absoluter Größe verglichen werden.
Dessen Überschreitung zeigt das Vorhandensein eines Massenpeaks an. Die Summe selbst
kann als grobquantitativer Wert für die Peakhöhe benutzt werden.
Die Form der Wellenberge und Wellentäler ist dabei zweitrangig. Es können etwa sinusförmige
Wellen, aber auch rechteckige oder trapezförmige Wellen zur Anwendung kommen.
In den Prozessoren der meisten Rechner dauern Multiplikationen bedeutend länger als Addi
tionen. Ist dies der Fall, kann durch eine rechteckige Gewichtsfunktion, deren Wellentäler die
Tiefe -1, und deren Wellenberge die Höhe +2 haben, die Multiplikation in den Wellenbergen
leicht durch eine Addition ersetzt werden, in den Wellentälern ist gar keine Multiplikation,
sondern nur eine Subtraktion notwendig. In dieser Weise kann die Feststellung eines Massen
peaks, selbst bei einer Ausdehnung der gewichteten Summierung über etwa 50 Zeittaktwerte,
in modernen Rechnern mit mehreren hundert Megahertz Taktrate auf Rechenzeiten von grö
ßenordnungsmäßig etwa einer Mikrosekunde pro Erwartungsmasse reduziert werden. Selbst
bei einer Ausdehnung der Untersuchung auf tausend Erwartungsmassen kann die Untersu
chung in wenigen Millisekunden abgeschlossen sein.
Treten bei den Ionenstrommassenpeaks in aufeinanderfolgenden Spektrennahmen leichte
Verschiebungen auf ("Jitter"), so können diese durch eine leichte Verbreiterung der Wellenber
ge und Wellentäler unter nur geringer Verschlechterung der Erkennbarkeit berücksichtigt wer
den.
Haben die Ionenstrommassenpeaks einseitig auslaufende Füße, so können die Wellentäler mit
einem symmetrischen Abstand zum Wellenberg angeordnet werden. Das entspricht einer Ein
fügung einer Reihe von Nullwerten als Gewichten in der Gewichtsfunktion. Dadurch wird das
Gebiet der Füße aus der Gewichtssumme ausgeklammert, die zum Untergrundabzug benötig
ten Wellentäler befinden sich in einem nicht mehr durch Ausläufer behindertem Gebiet.
Ausführungsformen der Erfindung werden anhand der Figuren näher erläutert.
Fig. 1 zeigt eine analoge Darstellung der im Zeittakt aufgenommenen Meßwerte der Ionen
ströme mit einem nur sehr schwach erkennbaren Ionenstrompeak auf einem in etwa linear ab
fallenden Untergrundrauschen. Das mittlere Untergrundrauschen ist zur besseren Erkennbar
keit mit einer gestrichelten Linie angedeutet.
Die Fig. 2 bis 5 zeigen wellenförmige Gewichtsfunktionen, die zur Erkennung der Massen
peakpeaks benutzt werden können. Fig. 2 zeigt eine sinusförmige, Fig. 3 eine trapezförmige
und Fig. 4 eine rechteckige Gewichtsfunktion. In der rechteckigen Gewichtsfunktion der
Fig. 5, die schmalere Wellen besitzt, sind Abstände zwischen Wellenberg und Wellentälern ein
gearbeitet, wie sie für Peaks mit Ausläufern günstig sind.
Die Verfahren zur schnellen Erkennung des Vorhandenseins von Massenpeaks an vorbe
kannten Stellen sind in den betreffenden, zur Ausführung verwendeten Massenspektrometern
als Softwareverfahren installiert. Alle diese Massenspektrometer besitzen interne oder externe
Rechner zur Steuerung der Meßabläufe und zur Auswertung der als Meßwerte nach Wandlung
in Digitalwerte anfallenden Datenmengen.
In Flugzeitmassenspektrometern mit MALDI-Ionisierung werden die Analytmoleküle der Pro
ben, eingepackt in Konglomerate von Matrixkristallen, in dichter Packung auf eine Probenträ
gerplatte aufgebracht. Dieser Probenträger wird über eine Schleuse in die Vakuumkammer der
Ionenquelle des Spektrometers verbracht und dort in eine Bewegungsvorrichtungs eingescho
ben. Die Bewegungsvorrichtung kann die einzelnen Proben genau in die Achse der Ionenquelle
fahren. Durch besondere Optiken in der Ionenquelle kann die Probe in der Regel beleuchtet
und durch ein Videomikroskop betrachtet werden, doch wird die Betrachtung bei automati
sierter Meßweise nicht mehr notwendig sein.
Ein Laserblitz von etwa ein bis drei Nanosekunden Dauer verdampft ein wenig der Matrixsub
stanz, wobei auch Moleküle der Analytsubstanz ins Vakuum gebracht und dort ionisiert wer
den. Die Ionen werden durch ein starkes Beschleunigungsfeld von etwa 30 Kilovolt in Rich
tung Detektor beschleunigt. Da schwere Ionen gleicher kinetischer Energie langsamer fliegen
als leichte Ionen, kommen die Ionen nach der Flugstrecke des Spektrometers in der Reihenfol
ge ihrer Massen am Detektor an (genauer: ihrer Masse-zu-Ladungs-Verhältnisse). Die Flugzeit
ist allerdings kurz: selbst bei einer Fluglänge von etwa zwei Metern braucht ein Ion von etwa
100 000 atomaren Masseneinheiten nur etwa 100 Mikrosekunden. Es ist daher notwendig, den
Ionenstrom in sehr schnellem Meßtakt zu messen. Es haben sich dafür sogenannte Transienten
rekorder mit Meßraten von 100 Megahertz bis etwa einem Gigahertz bewährt; heute werden
bereits Transientenrekorder mit 2 Gigahertz angeboten und mit 4 Gigahertz angekündigt.
Es gibt bereits Transientenrekorder mit Möglichkeiten zur Mittelung von mehreren nacheinan
der aufgenommenen Spektren. Da jedoch die einzelnen Flugzeitspektren nicht immer gleiche
Qualität in bezug auf die Auflösung der Ionenmassenpeaks haben, hat es sich bewährt, die
Spektren vor ihrer Addition auszulesen und zunächst anhand einiger markanter Peaks (bei
spielsweise Peaks der Matrixsubstanz) auf ihre Güte zu überprüfen, bevor das Spektrum zur
Addition freigegeben wird.
Auslesen und Prüfen kann heute unter Benutzung sehr schneller Datenkanäle mit Frequenzen
bis zu etwa 20 Spektren pro Sekunde erfolgen. Diese Geschwindigkeit der Datenaufnahme ist
ausreichend, weil eine schnellere Folge der Spektrennahme sich schon aus einem anderen
Grund verbietet: Werden die Ionisierungsvorgänge durch die Laserschüsse zu häufig, so lädt
sich die Probe elektrisch auf. Dadurch verändert sich die Flugzeit, die Spektren können nicht
mehr addiert werden.
Es muß daher das Ziel der Flugzeitmassenspektrometrie in bezug auf hohen Probendurchsatz
sein, mit der Addition von etwa zehn Einzelspektren auszukommen. Dieses Ziel wird mit eini
gen bekannten Arten der MALDI-Präparation bereits erreicht, der Erfolg - also ein gut aus
wertbares Spektrum - kann aber nicht immer mit hundertprozentiger Sicherheit garantiert wer
den. Diese zehn Spektren können mit soeben auf dem Markt erscheinender Technik in etwa 1/2
Sekunde aufgenommen, ausgelesen, geprüft und addiert werden. Es bleibt dann noch 1/4 Se
kunde, um die nächste Probe in die Achse der Ionenquelle zu fahren. Es ist das Ziel dieser Er
findung, auch die Auswertung des Massenspektrums in dieser 1/4 Sekunde durchzuführen, wenn
möglich sogar noch schneller, um im (seltenen) Falle eines Mißerfolgs von der Probe in einem
zweiten Versuch ein besseres Summenspektrum (beispielsweise durch Addition von 20 Ein
zelspektren) nehmen zu können. Wenn diese zusätzliche Spektrenahme, die ja etwa 11/2 Sekun
den zusätzliche Zeit kostet, nur selten notwendig wird, kann das Gesamtziel von 100 000 Pro
ben pro Tag trotzdem erreicht werden.
Liegt das Summenspektrum vor, so ist es bisher üblich, die Datenmenge des Summenspek
trums mit einem (meist glättenden) Peaksuchprogramm auf Ionenmassenpeaks hin zu
untersuchen. Die Flugzeiten der gefundenen Peaks werden dann jeweils mit der Kalibrierkurve
für die Massenskala in Massen gewandelt und ergeben eine sogenannte "Peakliste" mit Massen,
Peakbreiten und Peakhöhen, die als Ausgangspunkt für alle weiteren Verarbeitungsschritte
dient.
Diese Erfindung verläßt diese Arbeitsweise vollkommen. Stattdessen werden die vorbekannten
Massen möglicher Peaks mit einer Umkehrung der Kalibrierkurve in Flugzeiten gewandelt.
Diese Umwandlung kann für alle Proben, für die das Analysenverfahren nach gleichen Ant
worten fragt, einmalig vor der eigentlichen Messung der Spektren geschehen. An den Stellen in
der Folge von Meßwerten des Summenspektrums, die den vorbekannten Massen entsprechen,
wird nun nach dem Auftreten von Peaks gefragt. Das geschieht nicht in einem zeitaufwendigen
Durchlauf, sondern in diesem Fall ganz gezielt an der vorbekannten Stelle und kann daher sehr
schnell ausgeführt werden.
Die Kalibrierkurve für Flugzeitmassenspektrometer hat (in stark vereinfachter Darstellung) die
Form m = a . t2, wobei m die Masse, a eine Kalibrierkonstante und t die Flugzeit ist. Somit
ergibt sich (wiederum vereinfacht) die Umkehrung der Kalibrierkurve zu t = √m/a. In der
Praxis ist die Umkehrung allerdings nicht so einfach, weil in der Kalibrierkurve Konstanten und
in t lineare Glieder auftauchen.
Für die Rechenzeit ist es am günstigsten, für die Erkennung mit einer rechteckigen Gewichts
funktion zu arbeiten, wie sie in Fig. 4 gezeigt ist. Mit dieser Gewichtsfunktion wird eine ge
wichtete Massenpeaksumme über eine kleine Teilmenge des Spektrums um den erwarteten
Massenpeakschwerpunkt herum gebildet. Die Breite der Gewichtsfunktion ist dabei so ge
wählt, daß der Wellenberg gerade so breit ist wie das zu erwartende Massenpeak an dieser
Stelle, plus einer zusätzlichen Breite, die einem Jitter des Massenpeaks im Spektrum entspricht.
Die gewichtete Massenpeaksumme muß einen vorgegebenen Schwellenwert überschreiten und
zeigt damit das Vorhandensein eines Peaks an.
Die rechteckige Gewichtsfunktion hat zwei Täler der Tiefe -1, wodurch hier für die gewichtete
Summe gar keine Multiplikation der Gewichte mit den Meßwerten stattfinden muß. Es werden
hier die Meßwerte von der Summe abgezogen. Der Wellenberg hat die Höhe +2, wodurch die
Multiplikation durch eine doppelte Addition des betreffenden Meßwerts ersetzt wird. Damit
können in modernen Rechnern, die mit Taktraten von mehreren hundert Megahertz arbeiten,
die Summen über etwa 50 Meßwerte in etwa einer Mikrosekunde gebildet werden. Das Auf
finden von Massenpeakwerten ist daher eine Sache von Millisekunden, selbst wenn größere
Anzahlen an Massen als Antworten des Spektrums infrage kommen.
Da die gewichtete Summe eine gemittelte Peakhöhe über dem Untergrund darstellt, kann diese
Summe einfach mit einer vorgegebenen Schwelle für die Peakerkennung verglichen werden.
Eine erkennungssichere Schwelle kann beipielsweise vorher aus Spektren ähnlicher Aufnahme
weise bestimmt werden.
Der in Fig. 1 gezeigte Peak, der sich etwa an der untersten Grenze der Erkennbarkeit befin
det, kann mit diesem Verfahren noch sicher erkannt werden. Je nach der erforderlicherlichen
Sicherheit der Analyse wird man aber die Schwelle höher legen, um nicht durch zufälliges Un
tergrundrauschen falsche Antworten zu erhalten.
Manchmal zeigen die Ionenstrompeaks stark einseitig auslaufende Füße. Es ist dann ange
bracht, die Wellentäler vom Wellenberg abzurücken, wie das in Fig. 5 dargestellt ist.
Zeigen aufeinanderfolgende Spektren kleinere, zufällige Verschiebungen der Peaks einer Io
nensorte, so kann man diesen Effekt durch eine etwas breitere Ausführung von Wellenbergen
und Wellentälern ausgleichen, ohne daß die Erkennbarkeit dabei wesentlich leidet.
Für andere Arten der Massenspektrometrie kann der Fachmann ähnliche Verfahren nach den
Grundgedanken dieser Erfindung eigenständig erstellen. So ist beipielsweise auch das Ionen
fallenmassenspektrometer ein Kandidat für hohen Probendurchsatz, wenn es nur gelingt, die
Proben in raschem Takt zuzuführen. Auch bei diesem Spektrometer fallen jeweils Spektren in
festem Zeittakt an, wenn dieser auch nicht so kurz wie bei Flugzeitspektrometern ist.
Aber auch gewöhnliche Quadrupolfilter-Massenspektrometer oder magnetische Sektorfeld-
Massenspektrometer können gut auswertbare Spektren in weniger als einer Sekunde liefern.
Auch hier ist es nur eine Frage der schnellen Probenzuführung.
Claims (5)
1. Verfahren für die schnelle Auswertung der im festen Zeittakt gemessenen Rohdaten von
Massenspektren auf das Vorkommen einer festen Anzahl von Massenpeaks mit vorbe
kannten Massen,
dadurch gekennzeichnet,
daß zunächst die vorbekannten Massen über eine Umkehrung der Kalibrierfunktion für die
Massen in die Zeittaktwerte der gemessenen Rohdaten der Massenspektren umgewandelt
werden, und daß dann die Rohdaten der Massenspektren in einem kleinen, symmetrischen
Bereich um die Zeittaktwerte der vorbekannten Massen herum auf das Vorhandensein
oder Nichtvorhandensein von Ionenstrompeaks untersucht werden, indem eine gewichtete
Summe der Ionenstromwerte mit einem Schwellenwert verglichen wird, wobei für die ge
wichtete Summenbildung eine symmetrische, dreiteilige Wellenfunktion mit verschwinden
der Gewichtssumme verwendet wird, mit einem Wellental negativer Gewichte relativer
Stärke von 50%, einem Wellenberg positiver Gewichte relativer Stärke von 100%, einem
weiteren Wellental negativer Gewichte relativer Stärke von 50% und mit gleicher Breite
von Wellenbergen und Wellentälern.
2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß die Wellenberge und Wellentä
ler gleich breit sind wie oder etwas breiter sind als die Breite der erwarteten Massenpeaks.
3. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es
sich um eine sinusförmige, trapezförmige oder rechteckförmige Wellenfunktion handelt.
4. Verfahren nach Anspruch 3, dadurch gekennzeichnet, daß es sich um eine rechteckförmi
ge Welle mit konstanten Gewichten des Wertes (-1) in den Wellentälern und des Wertes
(+2) im Wellenberg handelt.
5. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß zwi
schen Wellenberg und den Wellentälern ein Abstand herrscht, in dem die Gewichte Null
sind.
Priority Applications (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE19808584A DE19808584C1 (de) | 1998-02-28 | 1998-02-28 | Verfahren zur qualitativen Schnellauswertung analytischer Massenspektren |
US09/248,131 US6288389B1 (en) | 1998-02-28 | 1999-02-10 | Method of fast evaluation of analytical mass spectra |
GB9904134A GB2334813B (en) | 1998-02-28 | 1999-02-23 | Method for the qualitative fast evaluation of analytical mass spectra |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE19808584A DE19808584C1 (de) | 1998-02-28 | 1998-02-28 | Verfahren zur qualitativen Schnellauswertung analytischer Massenspektren |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
DE19808584C1 true DE19808584C1 (de) | 1999-08-26 |
Family
ID=7859282
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
DE19808584A Expired - Fee Related DE19808584C1 (de) | 1998-02-28 | 1998-02-28 | Verfahren zur qualitativen Schnellauswertung analytischer Massenspektren |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US6288389B1 (de) |
DE (1) | DE19808584C1 (de) |
GB (1) | GB2334813B (de) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE10206173A1 (de) * | 2002-02-14 | 2003-09-11 | Bruker Daltonik Gmbh | Hochauflösende Detektion für Flugzeitmassenspektrometer |
DE10152821B4 (de) * | 2001-10-25 | 2006-11-16 | Bruker Daltonik Gmbh | Massenspektren ohne elektronisches Rauschen |
DE102017129891A1 (de) | 2017-12-14 | 2019-06-19 | Bruker Daltonik Gmbh | Massenspektrometrische Bestimmung besonderer Gewebezustände |
Families Citing this family (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6787761B2 (en) * | 2000-11-27 | 2004-09-07 | Surromed, Inc. | Median filter for liquid chromatography-mass spectrometry data |
JP4810533B2 (ja) | 2004-05-24 | 2011-11-09 | アイビス バイオサイエンシズ インコーポレイティッド | ディジタルスレショルド化による選択的イオン濾過作用を用いた質量分光測定法 |
US7277799B2 (en) * | 2005-02-09 | 2007-10-02 | Bruker Daltonics, Inc. | Isotope correlation filter for mass spectrometry |
DE102015106418B3 (de) * | 2015-04-27 | 2016-08-11 | Bruker Daltonik Gmbh | Messung des elektrischen Stromverlaufs von Partikelschwärmen in Gasen und im Vakuum |
CN107219321B (zh) * | 2017-05-23 | 2018-10-19 | 湖南中烟工业有限责任公司 | 一种混合质谱筛除方法 |
US10347480B2 (en) | 2017-09-25 | 2019-07-09 | Bruker Daltonik, Gmbh | Method for evaluating the quality of mass spectrometric imaging preparations and kit-of-parts therefor |
US10950424B2 (en) | 2017-09-25 | 2021-03-16 | Bruker Daltonik, Gmbh | Method for monitoring the quality of mass spectrometric imaging preparation workflows |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4583183A (en) | 1983-02-24 | 1986-04-15 | The United States Of America As Represented By The United States Department Of Energy | Masked multichannel analyzer |
US5367162A (en) | 1993-06-23 | 1994-11-22 | Meridian Instruments, Inc. | Integrating transient recorder apparatus for time array detection in time-of-flight mass spectrometry |
US5712480A (en) | 1995-11-16 | 1998-01-27 | Leco Corporation | Time-of-flight data acquisition system |
-
1998
- 1998-02-28 DE DE19808584A patent/DE19808584C1/de not_active Expired - Fee Related
-
1999
- 1999-02-10 US US09/248,131 patent/US6288389B1/en not_active Expired - Fee Related
- 1999-02-23 GB GB9904134A patent/GB2334813B/en not_active Expired - Fee Related
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
"J. Phys. E: Sci. Instrum." 16 (1980) 365-375 * |
"J. Phys. E: Sci. Instrum." 6 (1973) 697-699 * |
Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE10152821B4 (de) * | 2001-10-25 | 2006-11-16 | Bruker Daltonik Gmbh | Massenspektren ohne elektronisches Rauschen |
DE10206173A1 (de) * | 2002-02-14 | 2003-09-11 | Bruker Daltonik Gmbh | Hochauflösende Detektion für Flugzeitmassenspektrometer |
DE10206173B4 (de) * | 2002-02-14 | 2006-08-31 | Bruker Daltonik Gmbh | Hochauflösende Detektion für Flugzeitmassenspektrometer |
DE102017129891A1 (de) | 2017-12-14 | 2019-06-19 | Bruker Daltonik Gmbh | Massenspektrometrische Bestimmung besonderer Gewebezustände |
US10886115B2 (en) | 2017-12-14 | 2021-01-05 | Bruker Daltonik Gmbh | Mass spectrometric determination of particular tissue states |
DE102017129891B4 (de) | 2017-12-14 | 2024-05-02 | Bruker Daltonics GmbH & Co. KG | Massenspektrometrische Bestimmung besonderer Gewebezustände |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
GB9904134D0 (en) | 1999-04-14 |
GB2334813A (en) | 1999-09-01 |
GB2334813B (en) | 2002-08-07 |
US6288389B1 (en) | 2001-09-11 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
DE10296885B4 (de) | Flugzeit-Massenspektrometer und Verfahren zum Detektieren der Flugzeit von Ionen | |
DE10152821B4 (de) | Massenspektren ohne elektronisches Rauschen | |
DE4317246C2 (de) | Verfahren zum Entfalten eines Massenspektrums | |
DE19808584C1 (de) | Verfahren zur qualitativen Schnellauswertung analytischer Massenspektren | |
DE4032491C2 (de) | Massenspektroskopisches Verfahren und massenspektroskopische Vorrichtung | |
DE2546225A1 (de) | Verfahren und vorrichtung zur ionenzyklotronresonanzspektroskopie mit fourier-transformation | |
DE102013006428A1 (de) | Flugzeit-Massenspektrometer und Datenkompressionsverfahren dafür | |
DE102017111067A1 (de) | Isomeren-Analyse in TIMS-Q-q-TOF Massenspektrometern | |
DE10206173A1 (de) | Hochauflösende Detektion für Flugzeitmassenspektrometer | |
DE112014003221B4 (de) | Verfahren zum Aufzeichnen einer ADC-Sättigung | |
EP3526704A1 (de) | Verfahren zum auswerten von daten einer massenspektrometrie und massenspektrometrisches verfahren sowie ein maldi tof massenspektrometer | |
DE102007043298B4 (de) | Massenanalyseverfahren | |
DE102020100030A1 (de) | Anorganisches Massenspektrometer | |
CH656229A5 (de) | Verfahren zur ionen-zyklotron-resonanz-spektroskopie. | |
DE112006001030T5 (de) | Analyseinstrumente, -Vorrichtungen und -Verfahren | |
DE102005018273B4 (de) | Rückgesteuerte Tandem-Massenspektrometrie | |
DE2458025A1 (de) | Vorrichtung fuer massenanalyse und strukturanalyse einer oberflaechenschicht durch ionenstreuung | |
DE2646394C2 (de) | Vorrichtung zur Bestimmung des Spinpolarisationsgrades eines Elektronenstrahls | |
DE102004051043B4 (de) | Angleichung von Flugzeitmassenspektren | |
DE102010013548B4 (de) | Mobilitätsspektrometrische Substanz-Identifizierung | |
DE3710935C2 (de) | Verfahren zum Betrieb eines Massenspektrometers sowie Massenspektrometer zur Durchführung des Verfahrens | |
DE10109917A1 (de) | Hoher Durchsatz an Laserdesorptionsmassenspektren in Flugzeitmassenspektrometern | |
DE2105805A1 (de) | Gerat zur Elektronenspektroskopie | |
DE102012211603A1 (de) | Korrektur des Untergrundrauschens in Quadrupol-Massenspektrometern | |
DE4105467A1 (de) | Verfahren zur mikroflaechenanalyse mittels eines fokussierten caesium-ionenstrahls |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
8100 | Publication of patent without earlier publication of application | ||
D1 | Grant (no unexamined application published) patent law 81 | ||
8364 | No opposition during term of opposition | ||
R119 | Application deemed withdrawn, or ip right lapsed, due to non-payment of renewal fee |