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Die
Erfindung bezieht sich auf Aufnahmeverfahren für Fragmentionenspektren von
Biopolymermolekülen
in Tandem-Massenspektrometern, die mit separierenden Trennverfahren
gekoppelt sind.
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Die
Erfindung stellt ein Echtzeit-Verfahren zur Berechnung einer Gütezahl für jedes
Fragmentionenspektrum zur Verfügung,
wobei die Gütezahl
angibt, ob das Fragmentionenspektrum Erfolg versprechend für eine Identifizierung
des Biopolymermoleküls
verwendet werden kann oder mit anderen Aufnahmeparametern wiederholt
aufgenommen werden sollte.
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Stand der
Technik
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Die
heutige massenspektrometrische Forschung an Biopolymeren wie Peptiden,
Proteinen oder auch genetischem Material ist häufig gekoppelt mit schnellen
Trennverfahren wie Flüssigkeitschromatographie
(HPLC oder einfach LC) oder Kapillarelektrophorese (CE). Dabei tritt
häufig
die Aufgabe auf, Ionen der Biopolymere im Massenspektrometer zu
fragmentieren, um Auskünfte über die
Sequenzen der Bausteine des Biopolymers zu erhalten; im Falle der
Peptide und Proteine also Auskünfte über die
Sequenz der Aminosäuren.
Es sollen also Fragmentionenspektren aufgenommen werden. Die dazu
notwendigen Arten von Massenspektrometern sind unter dem Begriff „Tandem-Massenspektrometer" bekannt geworden.
Die Verfahren der Aufnahme von Fragmentionenspektren mit Tandem-Massenspektrometern
werden häufig
als MS/MS abgekürzt.
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Tandem-Massenspektrometer
bestehen aus einem ersten Massenspektrometer, mit dem Ionen einer
bestimmten Art ausgewählt
werden, einer Fragmentierungseinrichtung, in der diese Ionen fragmentiert
werden, und einem weiteren Massenspektrometer, mit dem die Fragmentionen
analysiert werden. In Ionenfallen-Massenspektrometern können diese
Vorgänge
der Selektion, der Fragmentierung und der Analyse der Fragmentionen
auch nacheinander in derselben Ionenfalle ausgeführt werden, man spricht dann
von „tandem-in-time", statt von „tandem-in-space" bei räumlich getrennten
Massenspektrometern.
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In
der Proteomik geht es häufig
um die Analyse von Tausenden von Peptiden, die aus einem enzymatischen
Verdau eines komplexen Proteingemisches gewonnen wurden. Im Folgenden
wird die Aufgabenstellung der Erfindung besonders im Lichte dieser
sehr komplexen Peptidgemische beschrieben.
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Das
vorgeschaltete Trennverfahren für
die Biopolymere bietet dem Massenspektrometer die Analytsubstanz,
also im speziellen Fall ein Verdaupeptid, nur wenige Sekunden lang
an. Es bieten mehrere Firmen für
einen solchen Fall Tandem-Massenspektrometer und Messverfahren zur
automatischen Aufnahme von Fragmentmassenspektren an. Es werden
Massenspektren in steter Folge aufgenommenen, beispielsweise in
schnellen Massenspektrometern ein bis zwanzig Massenspektren pro
Sekunde. Für
jedes Massenspektrum ist dann durch ein Auswerteprogramm zu ermitteln,
ob überhaupt
ein oder mehrere Verdaupeptide in genügender Konzentration angeliefert
werden. Bei den oben geschilderten komplexen Gemischen werden häufig zu
einem Zeitpunkt mehrere Verdaupeptide gleichzeitig angeliefert,
häufig
sogar zehn bis zwanzig Verdaupeptide gleichzeitig.
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In
diesem Fall ist zunächst
durch eine mathematische Analyse des Massenspektrums eine Auswahl
zu treffen, welche Ionensorte für
die Aufnahme eines Fragmentionenspektrums zu fragmentieren ist. Für die Fragmentierung
sind doppelt geladene Ionen am besten geeignet, somit wird für gewöhnlich die
intensivste Ionensorte verwendet, die innerhalb eines vorbestimmtem
Massenbereiches doppelt geladen vorkommt und nicht in einer Ausschlusstabelle
steht. Die Ausschlusstabelle enthält die Massenwerte solcher
Peptide, die bereits in vorherigen Messzyklen analysiert wurden
oder von vornherein als nicht interessant markiert wurden. Daraufhin
ist in einer nächsten
Spektrenaufnahme die ausgewählte
Ionensorte im erstem Massenspektrometer auszufiltern und in der
Fragmentierungsstufe zu fragmentieren; die Fragmentionen sind in
Form eines Fragmentionenspektrums zu messen. Für die Fragmentierung gibt es
verschiedene Verfahren, deren Verfahrensparameter für gewöhnlich blind
so eingestellt werden, wie es sich für Ionen eines Verdaupeptids
dieser Masse im Durchschnitt als günstig erwiesen hat.
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Die
Arten der Verfahrensparameter für
die Fragmentierung sind für
verschiedene Massenspektrometer und verschiedenartigen Fragmentierungsarten
sehr verschieden. Als Fragmentierungsarten gibt es zum Einen die
Stoßfragmentierung
(CID = collisional ion decomposition), in der Stöße mit einem Stoßgas einen
Energieübertrag
auf das Ion bewirken, was, je nach Stoßenergie, nach bereits einem oder
auch erst nach vielen Stößen zu einer
Fragmentierung führt.
In besonders dazu eingerichteten Massenspektrometern gibt es des
Weiteren auch eine Fragmentierung durch niederenergetische Elektronen,
entweder durch direkten Beschuss oder durch Transfer der Elektronen
aus negativ geladenen Ionen oder hoch angeregten Neutralteilchen
(ECD = electron capture dissociation; ETD = electron transfer dissociation,
MAID = metastable-atom-induced dissociation). Für die Arten der Fragmentierung
durch Elektronen gibt es nur die Parameter der angebotenen Elektronendichte
und der Bestrahlungsdauer.
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In
Massenspektrometern, die mit quadrupolaren Stoßzellen ausgerüstet sind,
gibt es als Fragmentierungsparameter insbesondere die Stoßenergie,
mit der die selektierten Ionen in die gasbefüllte Stoßzelle eingeschossen werden,
und in einigen Massenspektrometern auch die Art des Stoßgases, das
sich aber nicht schnell, also keinesfalls von Spektrenaufnahme zu
Spektrenaufnahme wechseln lässt.
Zu diesen Geräten
mit Stoßzelle
gehören
die Dreifach-Quadrupol-Massenspektrometer
(generische Abkürzung
QqQ), aber auch bestimmte Arten von Flugzeitmassenspektrometern
mit orthogonalem Ioneneinschuss (generische Abkürzung QqOTOF). Die Flugzeitmassenspektrometer
mit orthogonalem Ioneneinschuss haben darüberhinaus auch die Möglichkeit,
die Dauer der Spektrenaufnahme zu ändern, da sie Einzelspektren
mit hoher Frequenz aufnehmen und fortlaufend zu einem Spektrum addieren.
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Für Massenspektrometern
mit Hochfrequenz-Quadrupolionenfallen, in der eine Stoßfragmentierung
durch Helium als Dämpfungs-
und Fragmentierungsgas vorgenommen wird, gibt es im Wesentlichen
nur zwei Parameter: Befüllungszeit
und Fragmentierungsdauer. Die Anregungshochfrequenzspannung wird
dabei stets so hoch gewählt, dass
die zu Oszillationen angeregten selektierten Ionen gerade nicht
an die Endkappenelektroden anstoßen. Diese Anregungshochfrequenzspannung
fällt daher
in der Regel als variierbarer Parameter aus.
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Leider
erweist sich sehr häufig
bei der Verwendung dieser Fragmentionenspektren zur Identitäts- und
Struktursuche mit Hilfe von „Suchmaschinen" in Proteinsequenzdatenbanken,
dass die Qualität
einer überwiegenden
Anzahl dieser Spektren nicht ausreichend gut war. Untersuchungen
zeigen, dass die Anzahl der qualitativ nicht ausreichend guten Fragmentionenspektren
in manchen Massenspektrometerarten häufig nicht über zehn Prozent der aufgenommenen
Fragmentionenspektren hinauskommt. Da in einem dreistündigen Lauf
einer einzigen flüssigkeitschromatographischen
oder kapillarelektrophoretischen Trennung mit massenspektrometrischer
Analyse durchaus etwa 20 000 bis 60 000 Fragmentionenspektren aufgenommen
werden können,
erscheint vielfach die Absolutanzahl von 2000 bis 6000 qualitativ
guter Spektren als erfreulich hoch; doch die analytische Aufgabe
einer Erfassung möglichst
vieler Analytsubstanzen wird nicht ausreichend gelöst.
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In
anderen Arten von Tandem-Massenspektrometern werden 20 bis 30 Prozent
gute Spektren erhalten, immer noch eine nur geringe Anzahl.
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Aufgabe der
Erfindung
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Es
ist die Aufgabe der Erfindung, aus Proben von Biopolymeren, die
durch ein Separationsverfahren getrennt wurden, die Anzahl der nutzbaren
Fragmentionenspektren mit genügend
guter Qualität
für eine
Identifizierung zu erhöhen.
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Beschreibung
der Erfindung
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Die
Erfindung verwendet eine schnelle Echtzeit-Berechnung einer Gütezahl zur
Abschätzung,
ob von einem Biopolymerion ein Fragmentionenspektrum ein zweites
Mal unter veränderten
Fragmentierungsbedingungen aufgenommen werden soll. Die Gütezahl beschreibt
die Chancen, über
das Fragmentionenspektrum das Biopolymer zu identifizieren. Sie
entspricht im Wesentlichen der längsten
Kette von Polymerbausteinen, im Falle der Verdaupeptide also der
Aminosäuren,
die im Fragmentspektrum gefunden werden kann. Dabei kommen nicht
nur Aminosäuren
als solche für
die Kettenbausteine in Betracht, sondern auch die gängigsten
Modifikationen der Aminosäuren,
wie sie für
gewöhnlich
im Proteom zu finden sind.
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Es
ist für
die Berechnung der Gütezahl
zunächst
aus den Signalen des Fragmentionenspektrums eine Tabelle der Massenwerte
dieser Signale zu erstellen. Diese Tabelle wird aus Zeitgründen bevorzugt
nur für
Signale über
einer Intensitätsschwelle
erstellt, wobei für
diese Signale auch nur der schnell zu ermittelnde Massenwert des
Maximums berechnet wird. Für
Isotopengruppen wird in bekannter Weise nur die Masse des monoisotopischen
Signals in die Tabelle eingetragen. Für mehrfach geladene Ionen, die
am Abstand der Massenwerte ihrer Isotopensignale zu erkennen sind,
werden bevorzugt nur die Massenwerte der daraus berechneten einfach
geladenen Ionen in die Tabelle eingestellt. Die Berechnung dieser
Tabelle anhand einer vorbekannten Kalibrierkurve dauert nur Millisekunden
oder weniger. Aus dieser Tabelle der virtuellen Massenwerte einfach
geladener Fragmentionen wird der Gütewert bestimmt.
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Der
Gütewert
wird dabei sukzessiv aus den Differenzen eines Massenwerts zu anderen
Massenwerten bestimmt, ausgehend von einem kleinsten oder auch größten Massenwert. Dabei
braucht aus Zeitgründen
nicht die gesamte längste
Kette der Polymerbausteine gesucht werden, es genügt, wenn eine
Länge gefunden
wird, die als Minimum für
eine gute Identifizierung steht.
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Aus
Zeitgründen
kann für
die Prüfungen
eine Prüftabelle
verwendet werden, in der für
jeden Wert einer Massendifferenz eingetragen ist, ob es für diesen
Wert eine Aminosäure
oder eine kurze Kette von Aminosäuren
gibt. In der Prüftabelle
sind dabei auch Einträge
für modifizierte
Aminosäuren
enthalten. Die Einträge
sind entweder Nullen (keine Kette möglich) oder eine kleine Zahl,
die für
eine geschlossene Kette zusammengezählt die Gütezahl ergibt. Unter einer geschlossenen
Kette wird hier auch eine Kette verstanden, bei der die Massendifferenz
für eine
einfache Aminosäure
fehlt, die Kette jedoch über
eine Lücke,
die zwei oder drei Aminosäuren
entspricht, hinweg fortgesetzt werden kann. Die Zahlenwerte der Einträge können dabei
das Vorhandensein von Lücken
berücksichtigen.
Beispielsweise kann für
Massendifferenzen, die einzelnen Aminosäuren und deren Modifizierungen
entsprechen, eine „drei" eingetragen sein,
während
für zwei
aneinanderhängende Aminosäuren und
deren Modifikationen nur eine „zwei", und für drei aneinanderhängende Aminosäuren nur
eine „eins" eingetragen ist.
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Die
Abstufung der Massenwerte, die für
die Tabelle verwendet werden, richtet sich nach der Massengenauigkeit
des betreffenden Tandem-Massenspektrometers. Beträgt die Massengenauigkeit
beispielsweise 0,005 atomare Masseneinheiten (Dalton), so kann die
Tabelle in Massenwerten von einem Hundertstel Dalton gestuft sein.
Berücksichtigt
man in der Tabelle nur Kettenlängen
bis zu zwei Aminosäuren
und deren Modifikationen, so müssen
die Massenwerte etwa 500 Dalton überstreichen,
die Tabelle wird also 50 000 Einträge lang sein.
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Die
Gütezahl
der längsten
geschlossenen Kette bestimmt, ob das Fragmentionenspektrum noch
einmal gemessen werden sollte. Liegt die Gütezahl unterhalb eines sehr
kleinen unteren Schwellenwerts, so heißt das für gewöhnlich, dass das vorliegende
Spektrum wahrscheinlich überhaupt
kein Fragmentspektrum eines Biopolymerions ist. Dann lohnt sich
eine Neumessung nicht. Etwas größere Gütezahlen
unterhalb einer oberen Schwelle weisen darauf hin, dass eine Wiederholungsmessung
mit anderen Fragmentierungsparametern Erfolg verspricht. Gütewerte
oberhalb der oberen Schwelle zeigen an, dass die Qualität des Fragmentionenspektrums
ausreichend ist.
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Günstige Ausführungsformen
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Die
Erfindung berechnet in Echtzeit eine Gütezahl, mit der abgeschätzt wird,
ob von einem Biopolymerion ein zweites Fragmentionenspektrum unter veränderten
Fragmentierungsbedingungen aufgenommen werden soll. Die Gütezahl soll
die Aussicht beziffern, über
das Fragmentionenspektrum das Biopolymer zu identifizieren. Als
Gütezahl
wird dabei eine Zahl ermittelt, die im Wesentlichen der Länge der
längsten
geschlossenen Kette von Polymerbausteinen proportional ist. Dabei
kann unter einer „geschlossenen
Kette" auch eine
Kette verstanden werden, in der die Ionensignale für einen
oder zwei Polymerbausteine fehlen, wenn sich nur die Kette über diese
Lücke hinweg
weiter verfolgen lässt.
Unter einer „dicht
geschlossenen Kette" wird
eine Kette verstanden, die keine solchen Lücken aufweist.
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Im
Nachfolgenden beschränkt
sich die Beschreibung im Wesentlichen auf Mixturen von Verdaupeptiden.
Es soll jedoch damit eine größere Allgemeinheit
nicht ausgeschlossen werden. Es soll sich also nicht allein um Verdaupeptide
oder Proteine handeln; somit ist für eine größere Allgemeinheit statt des
Begriffs „Aminosäuren" stets der Begriff „Polymerbausteine" zu lesen. Aus der
Druckschrift
DE 689 14
372 T2 ist lediglich bekannt, dass die Länge der Kette
von Nukleinsäurefragmenten
bestimmt wird, indem die Anzahl entsprechend markierter Nukleotide massenspektrometrisch
bestimmt wird.
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Im
Falle der Verdaupeptide kann die Gütezahl beispielsweise einfach
die Anzahl der Aminosäuren
sein, die als längste
geschlossene Kette im Fragmentspektrum gefunden werden kann. Dabei können aber
nicht nur Aminosäuren
als solche in Betracht gezogen werden, sondern auch die gängigsten Modifikationen
der Aminosäuren,
wie sie üblicherweise
im Proteom zu finden sind.
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Für die Berechnung
der Gütezahl
muss zunächst
aus den Signalen des Fragmentionenspektrums eine Tabelle der Massenwerte
dieser Signale erstellt werden. Ist nur sehr wenig Zeit für diese
Berechnung vorhanden, so wird diese Tabelle nur für Signale über einer
Intensitätsschwelle
erstellt. Für
alle Signale über
dieser Schwelle wird nur der schnell zu ermittelnde Massenwert des
Signalmaximums berechnet. Isotopengruppen werden in bekannter Weise
auf die Masse des monoisotopischen Signals reduziert. Dabei kann
das Intensitätsverhältnis der
ersten beiden Isotopensignale für
eine Plausibilitätsprüfung herangezogen
werden. Diese Prüfung
untersucht in einfachster Weise, ob Masse und Ladungszustand übereinstimmen
können.
Das Intensitätsverhältnis der
beiden ersten Ionensignale einer Isotopengruppe beträgt für Peptide
einer Masse von 1200 Dalton etwa 2:1, für solche einer Masse von 2400 Dalton
etwa 1:1, für
solche einer Masse von 4800 Dalton etwa 1:2, wobei hier allerdings
die beiden nächst
schwereren Isotopensignale größer sind
als die ersten beiden.
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Für mehrfach
geladene Ionen, die am Abstand der Massenwerte ihrer Isotopensignale
zu erkennen sind, werden zweckmäßiger Weise
nur die Massenwerte der daraus leicht zu berechnenden einfach geladenen
Ionen in die Tabelle eingetragen. Für ein doppelt geladenes Ion
beispielsweise wird der doppelte gemessene Massenwert minus der
Masse eines Protons eingetragen. Aus dieser Tabelle der virtuellen
Massenwerte einfach geladener, monoisotopischer Fragmentionen wird
der Gütewert
bestimmt.
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Für die Berechnung
des Gütewerts
geht man beispielsweise vom kleinsten Massenwert der Tabelle aus.
(Man kann ebenfalls vom Ionensignal mit der größten Masse oder sogar, mit
einigen Besonderheiten, die jeder Fachmann kennt, von der Masse
des fragmentierten Biopolymerions ausgehen). Man berechnet die Differenzen
zu den nächsten
Massenwerten und prüft,
ob eine dieser Massendifferenzen einer Aminosäure oder einer Modifikation
einer Aminosäure
zugeordnet werden kann. Ist das der Fall, so erhöht man den Gütewert,
berechnet von hier aus die Differenzen zu den nächsten Massenwerten und prüft wieder.
Man fährt
so lange fort, den Gütewert
zu erhöhen,
bis die Kette abbricht. Ist diese Kette im Sinne der Erfindung für die mögliche Identifizierung
lang genug, so kann man abbrechen, da kein weiteres Fragmentionenspektrum
zu messen ist. Man kann aber auch die Kette bis zum Ende verfolgen,
um diesen Gütewert
für spätere Zwecke
mit dem Fragwertspektrum zusammen zu speichern.
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Bricht
die Kette zu früh
ab, so kehrt man zu einem noch nicht in der Kette berücksichtigten
Massenwert zurück
und startet von dort eine erneute Berechnung des Gütewerts.
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Die
Massendifferenzen, die jeweils zu berechnen sind, werden dabei nur
bis zu einer jeweils maximalen Massendifferenz berechnet. Soll die
Kette dicht geschlossen sein, so brauchen nur die Massendifferenzen
nur bis zur höchsten
Masse einer Aminosäure
oder ihrer Modifikation berechnet zu werden. Sollen Lücken über eine
Aminosäure
hinweg mit betrachtet werden, so sind entsprechend auch größere Massendifferenzen
zu berechnen.
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Für die Prüfungen,
ob für
eine Massendifferenz eine Aminosäure,
eine Modifikation oder sogar eine kurze Kette aus zwei Aminosäuren oder
Modifikationen in Frage kommt, kann aus Zeitgründen eine Prüftabelle
verwendet werden. In dieser Prüftabelle ist
für jeden
Wert einer möglichen
Massendifferenz eingetragen, ob es für diesen Wert eine Aminosäure oder
eine kurze Kette von Aminosäuren
oder ihrer Modifikationen gibt. Die Abstufung der Massenwerte, die
für die
Prüftabelle
verwendet werden, richtet sich nach der Massengenauigkeit des betreffenden
Tandem-Massenspektrometers. Beträgt
die Massengenauigkeit beispielsweise 0,01 Dalton (es wird hier ein anderes
Beispiel als oben für
ein Massenspektrometer eines anderen Auflösungsvermögens wiedergegeben), so kann
die Tabelle in Massenwerten von 0,02 Dalton gestuft sein. Berücksichtigt
man in der Tabelle nur Kettenlängen
bis zu zwei Aminosäuren und
deren Modifikationen, so müssen
die Massenwerte etwa 500 Dalton überstreichen,
die Tabelle wird also 25 000 Einträge lang sein.
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Es
gibt 20 Aminosäuren,
die für
die Prüftabelle
verwendet werden müssen.
Werden auch Kombinationen aus jeweils zwei Aminosäuren berücksichtigt,
so ergeben sich 400 positive Eintrage. Werden auch noch die etwa
zehn häufigsten
Modifikationen berücksichtigt,
so ergeben sich etwa 1000 positive Einträge. Für eine rein zufällige Massendifferenz besteht
damit eine Wahrscheinlichkeit von 1/25 (4 %), dass es sich um eine
falsche Zuordnung handelt. Für
eine Kette von zwei Aminosäuren
nimmt diese Wahrscheinlichkeit schon drastisch ab; bei drei aufeinander
folgenden Zuordnungen ist kaum noch mit einer Fehlzuordnung zu rechnen.
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Als
Modifikationen werden hier Oxidierung von Methionin, die Phosphorylierung
von Cystin, Basisglycolisierungen, Methylierungen, Amidierungen entsprechender
Aminosäuren
und ähnliche
verstanden. Auch bei anderen Biopolymerbausteinen können entsprechende
Modifikationen oder Derivate auftreten.
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Die
Einträge
in dieser eindimensionalen Tabelle sind entweder Nullen, wenn die
Massendifferenz keiner bekannten Bausteinkette entspricht, oder eine
kleine Zahl, die beispielsweise für die Anzahl der Aminosäuren steht
und zusammengezählt
die Gütezahl
ergibt. Die Gütewerte
entsprechen dann direkt der Kettenlänge. In der Tabelle ist dann
eine „eins" für eine einzige
Aminosäure
eingetragen, jedoch die Zahl „zwei", wenn es sich um
die Massendifferenz aus zwei Aminosäuren oder ihrer Modifikationen
handelt.
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Die
Zahlenwerte der Einträge
können
aber auch das Vorhandensein von Lücken in anderer Weise berücksichtigen,
wenn solche Lücken
als leicht mangelhaft für
das Fragmentspektrum angesehen werden sollen. Beispielsweise kann
für Massendifferenzen,
die einzelnen Aminosäuren
und deren Modifizierungen entsprechen, eine „drei" eingetragen sein, während für zwei aneinanderhängende Aminosäuren oder
deren Modifikationen nur eine „zwei", und für drei aneinanderhängende Aminosäuren nur eine „eins" eingetragen ist.
Es wirkt sich dann das Vorhandensein von Lücken mindernd auf die Gütezahl aus.
Eine dicht geschlossene Kette erhält somit eine bessere Gütezahl als
eine geschlossene Kette mit Lücken.
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Im
Detail wird nach jeder Berechnung einer Massendifferenz sofort eine
Prüfung
in der Tabelle angeschlossen, damit nach einer positiven Zuordnung
die nutzlose Berechnung weiterer Massendifferenzen entfällt.
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Die
Gütezahl
einer geschlossenen Kette bestimmt, ob das Fragmentionenspektrum
noch einmal gemessen werden sollte. Liegt die Gütezahl unterhalb eines unteren
Schwellenwerts, so heißt
das für gewöhnlich,
dass das vorliegende Spektrum wahrscheinlich überhaupt kein Fragmentspektrum
eines Biopolymerions ist. Wird beispielsweise keine einzige oder
nur eine einzige Massendifferenz gefunden, die einer Aminosäure entspricht
(und die ja im obigen Beispiel zu 2,5 Prozent fehlerhaft eine Aminosäure vorspiegeln
kann), sind aber andererseits genügend viele Masseneinträge vorhanden,
so liegt mit sehr hoher Wahrscheinlichkeit kein Verdaupeptid vor.
Etwas größere Gütezahlen,
die aber immer noch unterhalb einer oberen Schwelle liegen, beispielsweise
eine Gütezahl,
die nur eine Kette von zwei Aminosäuren anzeigt, weisen darauf
hin, dass eine Wiederholungsmessung mit anderen Fragmentierungsparametern
Erfolg verspricht.
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Gütezahlen,
die keine Wiederholungsmessung erfordern, sollen vorzugsweise mindestens
eine dicht geschlossene Kette von drei Aminosäuren oder ihrer Modifikationen,
oder eine nur lückenhaft
geschlossene Kette von mindestens vier Aminosäuren oder ihrer Modifikationen
anzeigen.
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Die
heutigen Arten der Flüssigkeitschromatographie,
einschließlich
der Nano-LC, bieten Peakbreiten von etwa fünf bis zwanzig Sekunden an.
Eine Analytsubstanz steht also mehrere Sekunden lang zur Messung
an. Damit besteht für
heutige Massenspektrometer, die meist mehrere Fragmentionenspektren
pro Sekunde aufnehmen können,
die Möglichkeit,
zwar aussichtsreiche, aber nicht genügend gute Fragmentionenspektren
noch einmal zu messen. Die Berechnung der Gütezahl kann vorgenommen werden,
während
gerade ein anderes Fragmentionenspektrum einer anderen Analytsubstanz
gemessen wird. Auch die Kapillarelektrophorese bietet die Substanzen über mehrere
Sekunden lang an.
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Das
Separationsverfahren braucht aber nicht unbedingt direkt mit der
Massenspektrometrie gekoppelt zu sein, um Nutzen aus der vorliegenden
Erfindung ziehen zu können.
Ein immer häufiger
angewendetes Messverfahren ist die nicht-direkte Kopplung der Flüssigkeitschromatographie
mit einem Massenspektrometer, das feste Proben auf einem Probenträger mit
matrix-unterstützter
Laserdesorption ionisiert („LC-MALDI"). Der Eluent aus
dem Flüssigkeitschromatographen
wird dabei in vielen einzelnen Tröpfchen auf vorpräparierte
Probenträger
aufgegeben, die Hunderte oder sogar Tausende von Proben aufnehmen
können.
Die Probentröpfchen werden
getrocknet und dann der Massenspektrometrie zugeführt.
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Auch
hier kann die Güte
eines Fragmentionenspektrums erst abgeschätzt werden, wenn dieses einem
Suchverfahren in einer Proteinsequenzdatenbank unterworfen wurde.
Das erfordert aber in der Regel so lange Rechenzeiten, dass eine
Echtzeit-Suche während
der Messungen im Massenspektrometer nicht in Frage kommt. Auch hier
kann die Gütezahl
helfen, die Eignung des Fragmentionenspektrums abzuschätzen und
gegebenenfalls sofort eine Neumessung einzuleiten.
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Neu
gemessene Fragmentionenspektren können dann mit den früher gemessenen
Fragmentionenspektren der gleichen Analytsubstanz addiert werden,
um Spektren eines besseren Signal-zu-Rausch-Verhältnisses zu liefern. Dabei
spielt es keine Rolle, ob das Separationsverfahren direkt gekoppelt
war oder nicht.
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Werden
für ein
Peptidion mehrere Fragmentierungsarten angewandt, die verschiedenartige
Kettenbrüche
erzeugen, so bestehen, wie jedem Fachmann bekannt ist, feste Massenabstände zwischen korrespondierenden
Ionensignalen in den verschiedenen Fragmentionenspektren. Aus dem
Vorhandensein dieser festen Massenabstände können leicht weitere Beiträge für die Gütezahl gewonnen
werden.
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Überhaupt
wird der Fachmann auf diesem Gebiet mit Kenntnis dieser Erfindung
weitere Modifizierungen der Verfahren vornehmen können.