DE10059776A1 - Trisomie 21-Diagnostik-Kit - Google Patents
Trisomie 21-Diagnostik-KitInfo
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Abstract
Die Erfindung betrifft ein Diagnose-Kit für die Erfassung einer Trisomie 21 eines menschlichen Fötus aus einer mütterlichen Blutprobe oder aus Amnionflüssigkeit mit mindestens zwei Paaren Oligonukleotide (Reverseprimer, Forwardprimer), wobei die beiden Oligonukleotide eines Paares als Primer zur Amplifiktation mittels Polymerase-Kettenreaktion jeweils eines der beiden komplementären Stränge mindestens zweier gesuchter DNS-Abschnitte geeignet sind, die Teil von STR-DNS-Bereichen des menschlichen Chromosoms 21 sind.
Description
Die vorliegende Erfindung bezieht sich auf ein Diag
nostik-Kit für die Erfassung einer Trisomie 21 eines
menschlichen Fötus sowie auf einen Mikroarray hierfür
und ein Verfahren zur Erfassung einer Trisomie 21.
Derartige Verfahren, Diagnostik-Kits und Mikroarrays
werden in der Prenatal-Diagnostik benötigt.
Normalerweise wird die genetische Information von Ge
neration zu Generation unverändert weitergegeben, wo
bei über den Mechanismus der "Meiose" der Genbestand
teil in jedem Elternteil neu kombiniert und tradiert
wird. Es können jedoch durch bestimmte Eigenschaften
der Gene und durch mutagene Faktoren Veränderun
gen/Mutationen am genetischen Material auftreten, die
nach Art, Entstehungsweise und Ebene des Geschehens
unterschiedlich klassifiziert werden. Bei sog. Chro
mosomenmutationen bzw. -aberrationen treten Strukturveränderungen
der Chromosomen auf. Diese Aberrationen
werden meist durch Fehler in der "Meiose" verursacht
und können numerischen oder strukturellen Charakter
haben. Im Fall einer numerischen Aberration weicht
dabei entweder die Anzahl eines einzelnen Chromosoms
(Trisomie, Monosomie) oder die eines ganzen Chromoso
mensatzes (Polyploidie) von der Norm ab. Eine der am
häufigsten auftretenden Trisomien ist Trisomie 21, im
Fall von Trisomie 21 Lebendgeburten betroffener Feten
beobachtet werden.
Die Trisomie 21 tritt mit einer Durchschnittshäufig
keit von 1 : 700 Lebendgeborenen auf, wobei die Wahr
scheinlichkeit für die Geburt eines Kindes mit Triso
mie 21 mit zunehmendem Alter der Mutter ansteigt. Et
wa 60% der Zygoten mit Trisomie 21 werden spontan ab
ortiert und mindestens 20% der Kinder tot geboren.
Trisomie 21 resultiert in mittlerer bis schwerer gei
stiger Retardierung, einem hohen Risiko für kongeni
tale Herzerkrankungen und einem breiten Spektrum an
phänotypischen Auffälligkeiten.
Die zur Zeit verwendeten Methoden einer prenatalen
Trisomie 21-Diagnostik basieren nahezu ausschließlich
auf invasiven Prozeduren, wie z. B. die Amniozentese
oder die Chorionzottenbiopsie, und sind demzufolge
mit einem hohen Gesundheitsrisiko für Mutter und das
heranwachsende Kind verbunden. Zudem sind die zur
Zeit verfügbaren Analyse- bzw. Detektionsverfahren
für Trisomie 21 wie z. B. cytogenetische Analysen oder
die Fluoreszenz-in situ-Hybridisierung sehr kostenin
tensiv und zeitaufwendig, so daß sie nicht routinemä
ßig bei allen Schwangeren sondern lediglich bei Vor
liegen von entsprechenden medizinischen Indikationen
durchgeführt werden.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es also, Ver
fahren, ein Diagnose-Kit und einen Mikroarray zur
Verfügung zu stellen, mit denen ohne große Risiken
für Fötus oder Mutter eine Trisomie 21 des Fötus auf
einfache Art und Weise erfaßt werden kann.
Diese Aufgabe wird durch das Diagnose-Kit gemäß An
spruch 1, den Mikroarray gemäß Anspruch 21 sowie das
Verfahren gemäß Anspruch 25 gelöst. Vorteilhafte Wei
terbildungen des erfindungsgemäßen Diagnose-Kits, des
erfindungsgemäßen Mikroarrays und des erfindungsgemä
ßen Verfahrens werden in den jeweiligen abhängigen
Ansprüchen gegeben.
Die Detektion von Trisomie 21 gemäß der vorliegenden
Erfindung basiert auf einer quantitativen PCR-Methode
und beinhaltet die Amplifikation von auf Chromosom 21
lokalisierten sogenannten "short tandern repeats"
(STR's) bzw. "Mini-Satelliten-DNA's". Dabei handelt
es sich um hypervariable, kurze DNA-Sequenzmotive (2
-4 bp) in Form sogenannter Tandern-Repetitionen, d. h.
hintereinander liegender Einheiten mit einer Gesamt
länge von 100-1000 bp. Die Verwendung von automati
sierbaren Fluoreszenz-basierenden Analysemethoden er
laubt eine kostengünstige und zeitlich sehr kurze
Probenverarbeitung, so daß das erfindungsgemäße Ver
fahren routinemäßig allen Schwangeren zugänglich ge
macht werden kann. In Verbindung mit einer ebenfalls
erfindungsgemäßen Methodik zur nicht-invasiven Gewin
nung von fötalen, kernhaltigen Zellen entfallen zudem
sämtliche Gesundheitsrisiken für Mutter und das her
anwachsende Kind.
Das erfindungsgemäße nicht-invasive Trisomie 21-
Diagnoseverfahrens weist zwei wichtige Aspekte auf.
Zum einen wird für die Trisomie 21-Detektion ein
quantitatives Multiplex-PCR-Verfahren verwendet, das
vorteilhafterweise vier verschiedene STR-DNA-Bereiche
des Chromosoms 21 spezifisch amplifiziert. Vorteil
hafterweise eignen sich hierzu die vier STR-Bereiche
D21S11, D21S1411, D21S1412 und D21S1414, wie sie auch
in Adinolfi et al. (1997) Prenatal Diagnosis 17: 13,
S. 1299-1311 beschrieben sind. Derartige STR-DNA-
Regionen sind äußerst heterogen, so daß ein diploides
Individuum meist zwei verschiedene Allele eines STR's
trägt, was zur Erzeugung zweier PCR-Fragmente unter
schiedlicher Länge jedoch gleicher Quantität führt.
Im Falle eines triploiden Individuums führen die drei
Kopien des Chromosoms 21 entweder zur Erzeugung von
drei PCR-Fragmenten unterschiedlicher Länge (die 3
Allele sind vollständig heterogen bzw. heterozygot),
oder es werden nur zwei verschiedene PCR-Amplifikate
erzeugt, die jedoch in einem Mengenverhältnis von 2 : 1
bzw. 1 : 2 vorliegen (2 von 3 Allelen sind homogen bzw.
homozygot). In seltenen Fällen kommt es zu einer so
genannten "equivokalen" Fragmenterzeugung, d. h. die
Amplifikation eines bestimmten STR-DNA-Bereiches
führt zur Erzeugung eines singulären Fragments. In
diesem Fall ist es nicht möglich eine Aussage über
Diploidie/Triploidie zu treffen, da sowohl zwei als
auch drei Kopien des Chromosoms 21 vorliegen könnten,
die Allele gleicher Größe tragen. Um dieses "Diagno
seloch" auszuschließen, wird vorteilhafterweise ein
Multiplex-PCR-Verfahren vorgeschlagen, bei dem
gleichzeitig vier STR-DNA-Bereiche des Chromosoms 21
analysiert werden.
Der zweite Aspekt betrifft die Anreicherung/Isolie
rung fötaler Zellen aus peripherem, mütterlichem Blut
oder aus Amnionflüssigkeit. Vorteilhafterweise er
folgt dabei eine Anreicherung fötaler, kern- bzw.
DNA-haltige Erythrozyten aus einer mütterlichen Blutprobe,
da diese bereits in frühen Schwangerschafts
stadien reproduzierbar und in relativ hohen Mengen im
mütterlichen Blut zirkulieren.
Vorteilhafterweise kann die Anreicherung fötaler Zel
len aus einer maternalen Blutprobe (Vollblut, Blut
plasma, Blutserum) oder aus Amnionfluid der Schwange
ren, wie beispielsweise fötaler Erythrozyten aus pe
ripherem, mütterlichem Blut, durch eine Percoll-
Dichtegradienten-Zentrifugation oder auch durch eine
FACS-Durchflußzytometrie erfolgen.
Im folgenden werden einige Beispiele für das erfin
dungsgemäße Kit und das erfindungsgemäße Verfahren
gegeben.
Fig. 1 zeigt dabei die Ergebnisse aus Kontrollblut
von gesunden Probanden;
Fig. 2 die Ergebnisse aus Kontrollblut von Triso
mie 21-Patienten;
Fig. 3A die Ergebnisse aus Anmionfluid bei einem
gesunden Fötus;
Fig. 3B die Ergebnisse aus Anmionfluid bei einem
Fötus mit Trisomie 21 und
Fig. 3C die Ergebnisse aus reinem Wasser als Kon
trolle.
Im folgenden werden zwei Beispiele für die Anreiche
rung fötaler Erythrozyten aus peripherem mütterlichem
Blut gegeben.
In einem ersten Beispiel erfolgt die Anreicherung
durch eine Percoll™-Dichtegradienten-Zentrifugation.
Bei einer konstanten Zentrifugalkraft und Mediumvis
kosität ist die Sedimentationsrate von Partikeln pro
portional zur Partikelgröße. Diese Gesetzmäßigkeit
nutzt das Verfahren der Dichtegradienten-Zentrifu
gation, wobei in diesem Beispiel Percoll™ als Zen
trifugationsmedium verwendet wird. Bei Percoll™ han
delt es sich um ein Silika-Derivat, das standardmäßig
zur Anreicherung/Trennung von subzellulären Partikeln
verwendet wird.
Zunächst wird ein kontinuierlicher Percoll-Gradient
erzeugt, der einen Dichtebereich von 1,02-1,13 g/ml
abdeckt. Dafür werden 14 ml einer Percoll™-NaCl-
Lösung (0,15 M NaCl), die eine Dichte von 1,07 g/ml
aufweist, 30 min bei 20000 g in einem Festwinkelrotor
Typ F 0630 (Beckman Coulter) zentrifugiert. Anschlie
ßend wird der so erzeugte kontinuierliche Gradient
mit 5 ml EDTA-Vollblut, d. h. in EDTA-Puffer bei
spielsweise in standardisierten, kommerziell verfüg
baren EDTA-Röhrchen, aufgenommenes Vollblut, über
schichtet und 15 min bei 1000 g zentrifugiert. Nach
diesem Zentrifugationsschritt verbleiben u. a. die
Thrombozyten in der Serumschicht oberhalb des Gra
dienten und werden mit einer Pasteurpipette entfernt.
Ein zweiter Zentrifugationsschritt bei 1000 g für 15 min
führt schließlich zur Trennung der verbliebenen,
unterschiedlichen Blutzelltypen entsprechend ihrer
jeweiligen isopycnischen Dichten. Die Sedimentations
schicht mit mononuklearen Blutzellen wird anschlie
ßend mit einer Pasteurpipette entnommen, dreimal mit
Phosphat-Puffer-Saline (PBS, pH = 7,4) gewaschen und
schließlich in 1 ml PBS resuspendiert. Phosphat-
Puffer-Saline (PBS, pH = 7,4) enthält in wäßriger Lö
sung KCl 0,2 g/l, KH2PO4 0,2 g/l, NaCl 8,0 g/l und
Na2HPO4 1,15 g/l und wird beispielsweise von Life
Technologies (Cat.-No.: 14190-094) vertrieben. Die
DNS der mononuklearen Blutzellen wird dann durch die
Standardprozeduren des "QIAamp Blood Kit" (Qiagen,
Hilden) isoliert und kann für eine Multiplex-PCR ein
gesetzt werden.
In einem zweiten Beispiel wurden die fötalen, kern
haltigen Erythrozyten mittels FACS-Durchflußzyto
metrie (FACS = fluoreszenzassoziierte Zellsortierung)
isoliert. Es erfolgt zunächst eine Anreicherung aller
mono-nuklearer Blutzellen mittels Percoll-Dichte
gradienten-Zentrifugtation (siehe oben). Die Sedimen
tationsschicht mit mononuklearen Blutzellen wird da
bei mit einer Pasteurpipette entnommen, dreimal mit
Phosphat-Puffer-Saline (PBS, pH = 7,4) gewaschen und
schließlich in 1 ml PBS resuspendiert.
Im Anschluß an die Dichtegradienten-Zentrifugation
werden 800 µl der erhaltenen Blutzellsuspension für
60 min bei 4°C mit einem Phycoerythrin-konjugierten
monoklonalen Antikörper, Hersteller: BD PharMingen
(Cat.No.: 32595A) Klon: GA-R2 (HIR2) Isotype: Mouse
IgG2b, κ gegen das GlycophorinA-Oberflächenprotein
und einem Fluorescein-Isothiocyanat (T9-FITC)-kon
jugierten monoklonalen Antikörper, Hersteller: BD
PharMingen (Cat.-No.: 30984X) Klon: CB38 (NL07) Iso
type: Mouse IgM, κ gegen den Transferrin-Rezeptor
(CD36) inkubiert bzw. markiert. Ein dritter Fluores
zenzkanal wird benutzt für die negative Diskriminie
rung von T-, B- und NK-Zellen. Die Endkonzentration
beider Antikörper beträgt jeweils 0,2 µg pro 107 Zel
len. Die markierten Zellen werden zweimal mit PBS ge
waschen und im Anschluß werden 107 Zellen in 1 ml PBS
resuspendiert.
Für die Isolierung kernhaltiger Erythrozyten wird ein
FACS Vantage SE-Durchflußzytometer (Becton-Dickinson)
verwendet. Das System ist mit einem wassergekühlten
Doppelwellenlängen-Argon-Laser (Emmissionswellenlän
gen 488 nm und 365 nm-UV) und einem luftgekühlten
Helium-Neon-(HeNe) Laser konfiguriert und mit fluo
reszierenden Beads (Becton Dickinson) kalibriert. Das
CellQuest Programm, Hersteller: Becton Dickinson,
Version: 3.3 (Cat.-No.: 342182) wird verwendet für
die Datenaufnahme, Instrumentkontrolle, sowie die
statistische Auswertung. Die Sortierung der Blutzel
len erfolgt mit Zellraten von 20000-25000 Zellen
pro Sekunde, wobei die Zellgröße ("forward scatter"),
und die Granularität, sowie die Oberflächenstruktur
("side scatter"), die Emission der grünen Fluoreszenz
(Transferin-Rezeptor, T9-FITC), die Emission der
orangen Fluoreszenz (GlycophorinA, KC16-Rd) sowie die
Emission der roten Fluoreszenz für die übrigen Para
meter, wie CD45, CD3, CD19 und CD16/56 (APC oder Cy5
markiert), als Selektionskriterien verwendet werden.
Um eine zusätzliche Diskriminierung von kernhaltigen
Zellen zu gewährleisten wird der Kernfarbstoff
Hoechst 33342 eingesetzt. Die Anregung erfolgt
gleichzeitig mit der UV-Linie des Argon-Lasers. Die
sortierten Zellen werden direkt in ein 1,5 ml Reakti
onsgefäß, das mit 1 ml PBS gefüllt ist, überführt und
können bei -20°C gelagert werden.
Auch hier kann die DNS der mononuklaren Blutzellen
anschließend durch die Standardprozeduren des "QIAamp
Blood Kit" (Qiagen, Hilden) isoliert und für eine
Multiplex PCR wie im folgenden beschrieben, einge
setzt werden.
Mit der so isolierten DNS aus kernhaltigen fötalen
Erythrozyten wird eine Multiplex-PCR durchgeführt.
Als Primer wurden dabei die in Tabelle I angegebenen
Sequenzen verwendet. Die Primer PTR21S11F bzw.
PTR21S11R sind Forward (F)- und Reverse (R)-Primer
zur Amplifikation des STR D21S11, die Primer
PTR21S1411F und PTR21S1411R zur Amplifikation des
STR D21S1411, die Primer PTR21S1412 und PTR21S1412R
zur Amplifikation des STR D21S1412 sowie die Primer
PTR21S1414F und PTR21S1414R zur Amplifikation des
STR D21S1414. In der Spalte "Markierung" ist für den
jeweiligen Primer angegeben, ob und mit welchen Fluo
reszenzfarbstoffen er markiert ist. Weiterhin ist in
der vierten Spalte von Tabelle I die Größe des ampli
fizierten Abschnitts in Basenpaaren angegeben. Wie zu
erkennen ist, liegen die jeweils amplifizierten Ab
schnitte ausreichend auseinander, so daß sie eindeu
tig identifiziert werden können.
Die PCR wurde anschließend mit den in Tabelle II ge
gebenen Parametern durchgeführt. Dabei wurde ein PCR-
Mastermix verwendet, dessen Zusammensetzung in Tabel
le III angegeben ist. Die PCR wurde dabei auf einem
PCR-Blockcycler PE 9700 der Firma Applied Biosystems
durchgeführt.
Taq-Puffer bezeichnet dabei einen Taq DNA Polymerase
Storage Buffer (Taq-Buffer B), der in wäßriger Lösung
enthält: Tris-HCl 20 mM (pH = 8,0 bei 25°C), KCl
100 mM, EDTA 0,1 mM, DTT 1 mM, Glycerol 50% (v/v),
Tween20 0,5% (v/v), Nonidet-P40 0,5% (v/v) und bei
spielsweise von Promega Corp. (Cat.-No: M166B) ver
trieben wird.
Die Ergebnisse der PCR wurden mittels ABI-Fragment
analyse ausgewertet. Hierzu wurden die einzelnen PCR-
Ansätze zunächst unverdünnt eingesetzt, wobei für die
ABI-Fragmentanalyse jeweils 1 µl verwendet wurde. Als
PCR-Template wurde zunächst Kontrollblut von gesunden
Probanden (siehe Fig. I) und von Trisomie 21-Patien
ten (siehe Fig. II) verwendet. Das Kontrollblut der
Trisomie 21-Patienten wurde hier zur Überprüfung
durch cytogenetische Standardverfahren typisiert.
Die Dokumentation dieser Fragmentanalyse ist in den
Fig. 1 und 2 zu erkennen. In Fig. 1 ist dabei unmit
telbar zu sehen, daß die Fragmente, die mit 1 bzw. 1',
2 bzw. 2', 3 bzw. 3' oder 4 bzw. 4' bezeichnet sind
jeweils etwa gleich hohe Fluoreszenzsignale erzeugen.
Mit 1, 1' sind dabei die Fragmente bezeichnet, die
durch die Primer PPR21S11 (F und R), mit 2, 2' die
Fragmente, die durch die Primer PTR21S1411, mit 3, 3'
die Fragmente, die durch die Primer PTR21S1412 und
mit 4, 4' die Fragmente, die durch die Primer
PTR21S1414 amplifiziert wurden, bezeichnet.
Aus Fig. 1 ist folglich zu erkennen, daß hier ledig
lich zwei Chromosomen 21 vorliegen, d. h. ein gesunder
Proband.
In Fig. 2 ist zu erkennen, daß bei den Fragmenten,
die mit den Bezugszeichen 1, 1' bzw. 2, 2' bzw. 4, 4'
bezeichnet sind, jeweils eines der Fluoreszenzsigna
le, nämlich 1, 2 bzw. 4 ein etwa doppelt so hohes
Fluoreszenzsignal aufweist, als die anderen, nämlich
1', 2', 4'. Dies ist darauf zurückzuführen, daß die
entsprechenden Short-Tandem-Repeat-Bereiche, d. h. das
entsprechende Chromosom 21, das mit den Fluoreszenz
signalen 1, 2 oder 4 asoziiert ist, doppelt vorliegt,
während das andere Chromosom 21, das die Signale 1',
2' und 4' verursacht, nur einfach vorliegt. Insgesamt
ist damit nachgewiesen, daß das Chromosom 21 in dem
in Fig. 2 dargestellten Probantenblut dreifach vor
lag. Dies ist auch in Fig. 2 anhand der Fluoreszenz
signale, die mit dem Bezugszeichen 3, 3', 3" be
zeichnet sind, zu erkennen. Offensichtlich besitzen
sämtliche drei Chromosomen 21 dieses Patienten ver
schiedene Fragmente, die durch die Primer PTR21S1412
(F bzw. R) amplifiziert werden. Auch dies ist ein
klarer Nachweis für die Trisomie 21 des untersuchten
Patienten, dessen ABI-Fragmentanalyse in Fig. 2 dar
gestellt ist.
Fig. 3, bei der dieselben Elemente mit demselben Be
zugszeichen wie in Fig. 1 und 2 bezeichnet sind,
zeigt die Ergebnisse einer Untersuchung an Proben von
Amnionflüssigkeit (Fig. 3A und 3B) bzw. einer Kon
trollprobe (Fig. 3C), die aus reinem Wasser besteht.
Als Ausgangsmaterial für die Extraktion von DNS wurde
in diesem Beispiel Amnionflüssigkeit verwendet, wie
sie bei der Amnionzentese gewonnen wird. Die DNA-
Isolierung erfolgte vollständig wie im obigen Bei
spiels mittels des "QIAamp DNA Blood Kit" der Firma
Qiagen, Hilden. Die weitere Amplifikation und Auswer
tung dieser Probe erfolgte exakt nach demselben Pro
tokoll wie für die Fig. 1 und 2 beschrieben. An
schließend wurde eine ABI-Fragmentanalyse durchge
führt, deren Ergebnisse in den Fig. 3A, 3B und 3C
dargestellt sind.
Wie aus Fig. 3A ersichtlich ist, sind dort die jewei
ligen Signale 1, 1' bzw. 2, 2' bzw. 3, 3' bzw. 4, 4'
der amplifizerten Fragmente etwa gleich hoch. Es han
delt sich also folglich um einen gesunden Fötus, des
sen in der Amnionflüssigkeit vorhandene Zellen be
stimmt wurden.
In Fig. 3B ist zu erkennen, daß die Fragmente, die
mit 1, 1' oder 2, 2' oder 4, 4' bezeichnet sind, sich in
einem Größenverhältnis von 2 : 1 befinden. Weiterhin
ist im Bereich zwischen 370 Basenpaaren und 430 Ba
senpaaren ein Trippel an Fragmenten 3, 3', 3" zu er
kennen, die in etwa gleiche Signalstärken zeigen. So
wohl die Verhältnisse der Fragmentpaare 1, 1' bzw.
2, 2' bzw. 4, 4' als auch das Fragmenttrippel 3, 3', 3"
weisen eindeutig auf das Vorliegen einer Trisomie 21
bei dem hier untersuchten Fötus hin.
In Fig. 3C ist eine Kontrolle dargestellt, bei der
lediglich reines Wasser gemessen wurde. Es ist zu er
kennen, daß hier keine signifikante Amplifikation von
DNS erfolgte und daher keine signifikanten Signale in
den relevanten Bereichen zu erkennen sind.
Claims (34)
1. Diagnose-Kit für die Erfassung einer Trisomie 21
eines menschlichen Fötus mit
mindestens zwei Paaren Oligonukleotide (Reverse primer, Forwardprimer),
wobei die beiden Oligonukleotide jedes Paares als Primer zur Amplifikation mittels Polymerase- Kettenreaktion jeweils eines der beiden komple mentären Stränge eines gesuchten DNS-Abschnittes geeignet sind, und
wobei der gesuchte DNS-Abschnitt ein Short- Tandern-Repeat-Bereich (STR-DNS-Bereich) des menschlichen Chromosoms 21 ist.
mindestens zwei Paaren Oligonukleotide (Reverse primer, Forwardprimer),
wobei die beiden Oligonukleotide jedes Paares als Primer zur Amplifikation mittels Polymerase- Kettenreaktion jeweils eines der beiden komple mentären Stränge eines gesuchten DNS-Abschnittes geeignet sind, und
wobei der gesuchte DNS-Abschnitt ein Short- Tandern-Repeat-Bereich (STR-DNS-Bereich) des menschlichen Chromosoms 21 ist.
2. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß es insgesamt vier
verschiedene Paare Oligonukleotide (Reverse
primer, Forwardprimer) enthält,
wobei die beiden Oligonukleotide jedes Paares
als Primer zur Amplifikation mittels Polymerase-
Kettenreaktion jeweils eines der beiden komple
mentären Stränge jeweils verschiedener Short-
Tandern-Repeat-DNS-Bereiche des menschlichen
Chromosoms 21 geeignet sind.
3. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß der Short-
Tandern-Repeat-Bereich der Bereich D21S11,
D21S1411, D21S1412 und/oder D21S1414 ist.
4. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es die zur
Durchführung einer Polymerase-Kettenreaktion er
forderlichen Substanzen enthält.
5. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es als zur
Durchführung einer Polymerase-Kettenreaktion er
forderliche Substanzen eine Pufferlösung, Mag
nesiumchlorid, Desoxynukleotid-Triphosphate, so
wie eine hitzestabile Polymerase enthält.
6. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß es als hitzestabile
Polymerase eine Polymerase aus Thermus aquaticus
(Taq-Polymerase) enthält.
7. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß zumindest
eines der beiden Oligonukleotide eines Paares
von Oligonukleotiden mit einem Fluorophor mar
kiert ist.
8. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es als Po
sitivkontrolle eine DNS-Probe mit zumindest ei
nem der gesuchten DNS-Abschnitte enthält.
9. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß zumindest
jeweils eines der beiden Oligonukleotide jedes
Paares von Oligonukleotiden mit Fluorophoren
markiert sind.
10. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß die Oligonukleotide
der verschiedenen Paares mit verschiedenen Fluo
rophoren markiert sind.
11. Diagnose-Kit nach Anspruch 9, dadurch gekenn
zeichnet, daß die Oligonukleotide des ersten und
des zweiten Paares mit verschiedenen Fluoropho
ren markiert sind.
12. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß die Oligo
nukleotide der Paare folgende Sequenzen aufwei
sen:
und/oder
und/oder
13. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonukleotid
mit folgender Sequenz
mit dem Fluorophor Carboxyfluorescein markiert ist.
mit dem Fluorophor Carboxyfluorescein markiert ist.
14. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonukleotid
mit folgender Sequenz
mit dem Fluorophor 5'-NED markiert ist.
mit dem Fluorophor 5'-NED markiert ist.
15. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonukleotid
mit der Sequenz
mit dem Fluorophor 4,7,2',4',5',7'-Hexachloro-6- Carboxyfluorescein markiert ist.
mit dem Fluorophor 4,7,2',4',5',7'-Hexachloro-6- Carboxyfluorescein markiert ist.
16. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es
eine Anleitung zur Durchführung einer DNS- Isolierung und/oder
eine Anleitung zur Durchführung der Polymerase- Kettenreaktion und/oder
eine Anleitung zur Durchführung einer Fragment analyse enthält.
eine Anleitung zur Durchführung einer DNS- Isolierung und/oder
eine Anleitung zur Durchführung der Polymerase- Kettenreaktion und/oder
eine Anleitung zur Durchführung einer Fragment analyse enthält.
17. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es ein
Schema zur Auswertung der erhaltenen Meßergeb
nisse enthält.
18. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es einen
Nucleinsäure-Mikroarray (DNS-Chip) enthält, wo
bei der Array eine Anzahl Zellen (Felder) auf
weist und in mindestens einer Zelle ein Oligonu
kleotid angeordnet ist, das mit dem gesuchten
DNS-Abschnitt hybridisiert.
19. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß in mindestens einer
weiteren Zelle des Mikroarrays ein weiteres Oli
gonukleotid angeordnet ist und die Sequenz des
Oligonukleotides, das in der mindestens einen
Zelle angeordnet ist, sich von der Sequenz des
weiteren Oligonukleotides unterscheidet.
20. Diagnose-Kit nach einem der beiden vorhergehen
den Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß in
mindestens zwei Zellen jeweils ein Oligonukleo
tid angeordnet ist, wobei die in verschiedenen
Zellen angeordneten Oligonukleotide jeweils mit
verschiedenen gesuchten DNS-Abschnitten hybridi
sieren.
21. Mikroarray zur Erfassung einer Trisomie 21, bei
spielsweise DNS-Chip, mit einer Anordnung von
mehreren, voneinander getrennten Zellen (Fel
dern), dadurch gekennzeichnet, daß in mindestens
einer Zelle ein Oligonukleotid angeordnet ist,
das mit einem DNS-Abschnitt hybridisiert, der
Teil von Short-Tandem-Repeat-Bereichen des
menschlichen Chromosoms 21 ist.
22. Mikroarray nach Anspruch 21, dadurch gekenn
zeichnet, daß in mindestens einer weiteren Zelle
ein weiteres Oligonukleotid angeordnet ist, wo
bei die Sequenz des Oligonukleotides, das in der
mindestens einen Zelle angeordnet ist, sich von
der Sequenz des weiteren Oligonukleotides unter
scheidet.
23. Mikroarray nach Anspruch 21 oder 22, dadurch ge
kennzeichnet, daß in mindestens zwei Zellen je
weils ein Oligonukleotid angeordnet ist, wobei
die in verschiedenen Zellen angeordneten Oligo
nukleotide mit verschiedenen gesuchten DNS-
Abschnitten hybridisieren.
24. Mikroarray nach einem der Ansprüche 21 bis 23,
dadurch gekennzeichnet, daß der Short-Tandem-
Repeat-Bereich der Bereich D21S11, D21S1411,
D21S1412 und/oder D21S1414 ist.
25. Verfahren zur Erfassung einer Trisomie 21 eines
menschlichen Fötus, dadurch gekennzeichnet, daß
in einer maternalen Blutprobe oder Amnionflüs
sigkeit mindestens zwei gesuchte DNS-Abschnitte,
die Teil eines Short-Tandern-Repeat-Bereiches
(STR-DNS-Bereiches) des menschlichen Chromosoms
21 sind, durch eine Polymerase-Kettenreaktion
mittels mindestens zweier verschiedener Paare
von Oligonukleotiden amplifiziert werden, wobei
die beiden Oligonukleotide des mindestens einen
Paares zur Amplifikation jeweils eines der kom
plementären Stränge der beiden gesuchten DNS-
Abschnitte geeignet sind, und
zuletzt die amplifizierte DNS quantitativ nach
gewiesen wird.
26. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß vor der Amplifikation
die DNS-haltigen Bestandteile in der maternalen
Blutprobe oder der Amnionflüssigkeit zuerst auf
konzentriert werden.
27. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß zur Aufkonzentration
der DNS-haltigen Bestandteile eine Sedimentation
der maternalen Blutprobe (Blutsatz) oder der Am
nionflüssigkeit durchgeführt wird.
28. Verfahren nach einem der beiden vorhergehenden
Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß zur Auf
konzentration der DNS-haltigen Bestandteile eine
Lyse darin enthaltener nukleierter fötaler
Erythrozyten durchgeführt und anschließend die
zellfrei vorliegende DNS abzentrifugiert und für
die weitere Diagnose gewonnen wird.
29. Verfahren nach Anspruch 25, dadurch gekennzeich
net, daß aus der maternalen Blutprobe das Blut
plasma/Blutserum gewonnen wird und anschließend
die gesuchten DNS-Abschnitte durch eine Polyme
rase-Kettenreaktion mittels der in dem Kit ent
haltenen Oligonukleotide amplifiziert werden und
zuletzt die amplifizierte DNS nachgewiesen wird.
30. Verfahren nach einem der Ansprüche 25 bis 29,
dadurch gekennzeichnet, daß als Short-Tandern-
Repeat-Bereich der Bereich D21S11, D21S1411,
D21S1412 und/oder D21S1414 verwendet wird.
31. Verfahren nach einem der Ansprüche 25 bis 30,
dadurch gekennzeichnet, daß zum Nachweis der am
plifizierten DNS die von fluoreszenzmarkierten
Oligonukleotiden abgegebene Fluoreszenzstrahlung
erfaßt wird.
32. Verfahren nach einem der Ansprüche 25 bis 31,
dadurch gekennzeichnet, daß ein Kit nach einem
der Ansprüche 1 bis 20 verwendet wird.
33. Verwendung eines Kits, eines Oligonukleotid-
Mikroarray und/oder eines Verfahrens nach einem
der vorhergehenden Ansprüche zur pränatalen,
nicht-invasiven Erfassung einer Trisomie 21 ei
nes menschlichen Fötus.
34. Verwendung nach dem vorhergehenden Anspruch zur
pränatalen, nicht-invasiven Erfassung einer Tri
somie 21 eines menschlichen Fötus aus einer ma
ternalen Blutprobe oder Amnionflüssigkeit.
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---|---|---|---|
DE10059776A DE10059776A1 (de) | 2000-12-01 | 2000-12-01 | Trisomie 21-Diagnostik-Kit |
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DE10059776A DE10059776A1 (de) | 2000-12-01 | 2000-12-01 | Trisomie 21-Diagnostik-Kit |
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DE (1) | DE10059776A1 (de) |
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