CN117965752A - 一种与猪阴户宽性状相关的snp标记引物对及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种与猪阴户宽性状相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs327735514核苷酸位点的分子标记，且具有G/T多态性。一种用于检测所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记可应用于猪阴户宽性状的标记辅助选择中，通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选具有阴户宽更宽的猪群体或品系。该群体或品系的建立能够提高猪的繁殖性能，并且产生更多的社会和经济效益。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与猪阴户宽性状相关的SNP标记引物对及其应用。
背景技术
阴户性状作为评价母猪繁殖性能的指标之一，越来越受到关注。阴户性状主要包括阴户长、阴户宽、阴户角度评分等。大阴户更有利于母猪的人工输精和正常分娩，且有研究报道阴户大小与母猪的总产仔数和产活仔数存在正相关关系，在适当的年龄对阴户大小进行评估是鉴定具有最大生殖潜力的后备母猪的有效方法。因此，选育具有大阴户的母猪，对养猪生产至关重要。
但是，阴户性状是数量性状，利用传统的表型选育遗传进展慢。利用全基因组关联分析鉴定与猪阴户宽显著相关的SNPs，同时使用标记辅助选择或基因组选择的方法，对后备猪个体进行早期选育，可以加快阴户性状的遗传改良。本发明以阴户宽性状为代表，提供了一个新的影响猪阴户宽的SNP标记，将对选育阴户宽更宽和产仔数更高的群体或新品系具有重要意义。
发明内容
本发明的目的在于针对传统猪阴户宽选育耗时费力，选育效果慢，提供与猪阴户宽相关的SNP标记开发而成的选育分子标记。
本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物对和检测方法。本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记、分子标记、引物的用途。
本发明的目的可通过以下技术方案实现：
一种与猪阴户宽性状相关的分子标记，所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，其中含有一个与猪阴户宽性状相关的SNP标记位点，该位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs327735514核苷酸位点(该位点是团队通过全基因组关联分析鉴定而来)，在SEQ ID NO：1中所述的SNP标记位点位于第501位，存在G/T多态性，GG型个体的阴户宽极显著大于GT型和TT型的个体。
一种用于检测与猪阴户宽性状相关的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。
一种检测所述的与猪阴户宽性状相关的SNP标记的方法，包含PCR扩增猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs327735514核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的G/T多态性。所述的方法包括以下步骤：
(1)取猪耳组织样品提取DNA；
(2)用已提取的猪基因组DNA为模板，使用所述的引物对进行PCR扩增；
(3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQ ID NO：1第501位的G/T多态性。
本发明所述的分子标记可在筛选阴户宽更宽的猪群体或新品系中的应用。
本发明所述的引物对在筛选阴户宽更宽的猪群体或新品系中的应用。
一种筛选阴户宽更宽的PIC大白猪群体的方法，包括检测猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs327735514核苷酸位点的基因型，选育rs327735514核苷酸位点的GG型个体优先作为后备种猪留种。
有益效果
本发明开发了与猪阴户宽相关的SNP标记，并且提供了检测该标记的引物对和方法。通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选具有阴户宽更宽的猪品系。该品系的建立能够提高猪的繁殖性能，并且产生更多的社会和经济效益。
附图说明
图1为PIC大白猪14号染色体rs327735514位点PCR扩增胶图。
图2为PIC大白猪14号染色体rs327735514位点分型图示例。
注：A的基因型为GG型，B的基因型为GT型，C的基因型为TT型。
具体实施方案
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神和本质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。
实施例1
1试验动物来源
内蒙古鄂尔多斯市PIC核心育种场
2提取猪基因组DNA
采集313头PIC大白猪耳组织样1份用于个体DNA提取；
参考天根生物科技公司组织DNA提取试剂盒说明书，提取步骤如下：
①先在缓冲液GD和漂洗液PW中分别加入68mL和200mL无水乙醇，充分混匀。
②采集耳组织样约100mg置于2mL EP管内，完全剪碎后加200μL缓冲液GA，振荡至彻底悬浮。
③加入20μL蛋白酶K溶液，混匀后放在56℃金属浴中消化过夜，直至组织样溶解，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
④加入200μL缓冲液GB，充分颠倒混匀，放在70℃金属浴10min，溶液应变清亮，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
⑤加入200μL无水乙醇，充分振荡混匀15sec，此时可能会出现絮状沉淀，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
⑥将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中，吸附柱放入收集管中，随后以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中。
⑦向吸附柱CB3中加入500μL缓冲液GD，12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中
⑧向吸附柱CB3中加入600μL漂洗液PW，以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
⑨重复操作步骤⑧。
⑩将吸附柱CB3放回收集管中，12,000rpm离心2min，倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位悬空滴加100μL洗脱缓冲液TE，室温放置2-5min，12,000rpm离心2min，将溶液收集到离心管中，将离心得到的溶液再加入吸附柱CB3中，室温放置2min，12,000rpm离心2min将溶液收集到离心管中。
使用Nanodrop-2000分光光度计检测DNA的质量与浓度，DNA浓度均稀释至50ng/μL，-20℃下保存备用。
3目的片段PCR扩增与测序
以大白猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，反应体系包括DNA模板1μL、SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示的引物各1μL、PCR mix 22μL；扩增程序如下：
扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，产物片段大小约252bp，电泳结果如图1所示。将剩余的扩增产物进行测序，测序结果用DNAman软件对比验证序列的准确性，使用Chromas软件对rs327735514位点判型。
4统计分析
使用SAS 9.4软件的一般线性模型进行基因型和表型的关联分析，模型如下：Yijk＝μ+Bi+Gj+Wk+eijk
其中，Yijk为阴户宽的表型值；μ为群体阴户宽均值；Bi为SNP标记的固定效应；Gj代表批次作为协变量；Wk代表日龄作为协变量；eijk是残差。
5结果
表1展示了rs327735514位点不同基因型对大白猪阴户宽的影响结果。结果表明，rs327735514位点GG型个体的阴户宽极显著大于GT型和TT型的个体(P<0.01)。因此，在大白猪中继代选育rs327735514位点GG型个体，有利于增加大白猪群体的阴户宽，进而提高大白猪的繁殖性能。
表1猪14号染色体rs327735514位点与大白猪阴户宽的关联分析
注：同行数字肩标不同字母表示差异显著(P<0.01)
Claims (5)
1.一种与猪阴户宽性状相关的分子标记，其特征在于所述的分子标记序列如SEQ IDNO：1所示，其中含有一个与猪阴户宽性状相关的SNP标记位点，该位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs327735514核苷酸位点，在SEQ ID NO：1中所述的SNP标记位点位于第501位，存在G/T多态性，GG型个体的阴户宽极显著大于GT型和TT型的个体。
2.一种用于检测权利要求1中所述的与猪阴户宽性状相关的SNP标记位点的引物对，其特征在于上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。
3.一种检测权利要求1中所述的与猪阴户宽性状相关的SNP标记位点的方法，其特征在于包含PCR扩增猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs327735514核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的G/T多态性。
4.根据权利要求3所述的方法，检测与猪阴户宽性状相关的SNP标记在筛选阴户宽更宽的猪群体中的应用，其特征在于包括以下步骤：
(1)取猪耳组织样品提取DNA；
(2)用已提取的猪基因组DNA为模板，使用权利要求2所述的引物对进行PCR扩增；
(3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQ ID NO：1第501位的G/T多态性。
5.一种筛选阴户宽更宽的PIG大白猪群体或品系的方法，其特征在于包括检测PIG大白猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs327735514核苷酸位点的基因型，选育rs327735514核苷酸位点的GG型个体优先作为后备种猪留种。
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