CN117778595A - 与绵羊产羔数性状相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用，属于基因工程领域，SNP有两个，分别位于绵羊参考基因组Oar_v4.0的X染色体第60387291位点和第60388727位点，第60387291位点具有G/C多态性，第60388727位点具有G/A多态性。当X染色体第60387291位点基因型为GG或GC时，产羔数显著高于CC；当X染色体第60388727位点基因型为GG或GA时，产羔数显著高于AA；本发明利用重测序方法，结合绵羊产羔数性状，寻找到了与绵羊产羔数性状相关的FOXO4基因SNP标记，为绵羊产羔数性状的标记辅助选择提供新的标记资源。
Description
技术领域
本发明属于基因工程领域，具体涉及与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用。
背景技术
绵羊是相对多产的小型反刍动物，也是动物蛋白的重要来源(Goldansaz, SeyedAli et al. “Predictive blood biomarkers of sheep pregnancy and litter size.”Scientific reports vol. 12,1 10307. 20 Jun. 2022.)。产羔数性状是绵羊最重要的繁殖性状之一，具有巨大的经济效益。由于绵羊窝产羔数遗传力低，传统育种方法难以快速提高窝产羔数。因此，探索影响绵羊产羔数的候选基因及其各种遗传变异，并将这些变异用于绵羊的分子标记辅助选择（marker-assisted selection, MAS）育种，以增加窝产羔数同时提高规模化养殖的生产效率，是目前常用的研究手段（Abd El-Hack, Mohamed E et al.“The application of gene marker-assisted selection and proteomics for thebest meat quality criteria and body measurements in Qinchuan cattle breed.”Molecular biology reports vol. 45,5 (2018): 1445-1456）。
FOXO4（Forkhead box O4）基因是FOXO家族成员之一，在细胞代谢、细胞凋亡和细胞稳态调节等生物学过程中发挥着重要作用（Liu, Wen et al. “Current perspectiveon the regulation of FOXO4 and its role in disease progression.” Cellular and molecular life sciences : CMLS vol. 77,4 (2020): 651-663.）。研究表明，FOXO4在卵泡发育各个阶段在颗粒细胞中表达，并被认为在卵母细胞成熟、排卵和黄体化中发挥重要作用（Ting et al. “Characterization of FOXO1, 3 and 4 transcription factors inovaries of fetal, prepubertal and adult rhesus macaques.” Biology ofreproduction vol. 96,5 (2017): 1052-1059）。然而，在禁食条件下，FOXO4表达量逐步升高，过表达的FOXO4可下调mTORC1信号并抑制STAT1/3的激活，进而抑制辅助T细胞反应性，造成机体免疫功能的缺陷（Mandal, Raju et al. “FOXO4 interacts with p53 TAD andCRD and inhibits its binding to DNA.” Protein science : a publication of the Protein Society vol. 31,5 (2022): e4287）。机体免疫功能缺陷，可能会导致疾病发生与发展，最终产生一系列不良事件，例如流产等。研究结果表明，FOXO4基因在绵羊妊娠不同阶段，可以通过不同调节方式参与相关生理过程，但具体机制并未完全明确。
目前，FOXO4基因对于绵羊产羔数性状调控及其分子生物学调控机制并未报道。
发明内容
本发明所要解决的技术问题为：提供绵羊产羔数性状相关SNP分子标记及其应用。
本发明的技术方案为：一种辅助预测绵羊产羔数的方法，根据绵羊X染色体第60387291位点或/和第60388727位点的基因型进行判断：
当X染色体第60387291位点基因型为GG或GC时，产羔数显著高于CC；
当X染色体第60388727位点基因型为GG或GA时，产羔数显著高于AA；
参考基因组版本为Oar_v4.0。
检测SNP位点基因型的试剂在绵羊产羔数性状鉴定或辅助育种中的应用，所述SNP位点有两个，分别位于绵羊参考基因组Oar_v4.0 的X染色体第60387291位点和第60388727位点，第60387291位点具有G/C多态性，第60388727位点具有G/A多态性。
进一步地，所述试剂为两对引物组合，其中一对引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示，另一对引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5和SEQ ID No.6所示。
一种试剂盒，含有上述所述的两队引物组合。
绵羊产羔数性状SNP分子标记组合，所述SNP分子标记组合有两个，核苷酸序列分别如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示，其中，SEQ ID No.1所示核苷酸序列的第355位具有G/C多态性，SEQ ID No.2所示核苷酸序列的第274位具有G/A多态性。
与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：
本发明利用重测序方法，结合绵羊产羔数性状，寻找到了与绵羊产羔数性状相关的FOXO4基因SNP标记，为绵羊产羔数性状的标记辅助选择提供新的标记资源。
附图说明
图1 中国地方绵羊品种选择信号定位分析；
图2 FOXO4基因分型结果图；
图3 FOXO4基因SNP位点不同基因型对应产羔数性状，A和图B分别为两个SNP位点对应的GEBV值和产羔数结果；
图4 包含FOXO4基因SNP位点的结果图，A分别为FOXO4基因中包含SNP位点的PCR产物核酸电泳结果图，B为sanger测序结果图，红框所示处为SNP位点。
具体实施方式
下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为从商业渠道购买得到的。
实施例1 产羔数SNP分子标记的挖掘
前期通过对23个绵羊品种共计508只个体进行了10x重测序，针对繁殖能力将绵羊品种分为两组，通过全基因组选择信号的方法，发现高繁殖力组绵羊除了在其他染色体存在信号外，在27号染色体上也受到强烈选择，该区段包括了FOXO4基因（图1）。针对该区段内SNP位点，利用大群再次分型验证。
利用200只湖羊和200只呼伦贝尔羊全血DNA样本针对重测序获得的SNP位点进行基因分型，并结合相应个体的产羔数性状进行关联分析，发现绵羊FOXO4基因的2个SNP位点与绵羊产羔数显著相关（图2，图3，表1），两个SNP位点均位于绵羊X染色体（NC_019484.2，参考基因组版本：Oar_v 4.0）。
我们首先利用产羔数存在显著差别的两个群体湖羊（产羔数高）和呼伦贝尔羊（产羔数低）群体进行分型验证，如表1所示，对于Chr X_60387291 G>C位点，湖羊GG基因型频率为0.64，均高于湖羊GC基因型频率（0.30）和CC基因型频率（0.06），而呼伦贝尔羊的GG基因型频率（0.12）则低于GC基因型频率（0.33）和CC基因型频率（0.55）。卡方检验结果表明，两种绵羊基因型频率呈现显著相反变化（p<0.01）。同样，对于Chr X_60388727 G>A位点，湖羊和呼伦贝尔羊基因型变化也存在相似现象，湖羊GG基因型频率（0.63）高于GA基因型频率（0.31）和AA基因型频率（0.06），而呼伦贝尔羊的GG基因型频率（0.13）则低于GA基因型频率（0.32）和AA基因型频率（0.54），卡方检验结果显示两个品种绵羊基因型频率存在显著差异（ p<0.01 ）。
表1 绵羊FOXO4基因的基因型频率和等位基因频率
其次，利用前期收集的湖羊群体中多个个体的产羔数记录进行SNP位点与产羔数性状的关联分析，其中一个SNP位于X染色体第60387291的位置，此位点具有G/C多态性，当该位点基因型为GG或GC时，产羔数显著高于CC。另一个SNP位于X染色体第60388727的位置，此位点具有G/A多态性，当该位点基因型为GG或GA时，产羔数显著高于AA。且两个SNP位点是连锁的，当第60387291位由GG突变成GC时，第60388727位也会由GG突变成GA；当第60387291位由GG突变成CC时，第60388727位也会由GG突变成AA。因此根据其中一个SNP位点的基因型或结合两个SNP位点的基因型均可判断产羔数的高低。
表2 200只湖羊的基因型和GEBV数据
| 样本编号 | LS（产羔数）GEBV | LA（产活羔数）GEBV | X_60387291 | X_60388727 |
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表3 不同基因型与湖羊产羔数关联分析
实施例2 SNP位点基因型的检测
1.根据两个SNP位点上下游序列信息（第一个SNP定位于SEQ ID No.1所示核苷酸序列的第355位，第二个SNP定位于SEQ ID No.2所示核苷酸序列的第274位），设计扩增SNP分子标记的特异性引物，引物序列如下所示：
上游引物F1：5’-TCTGCAAATCCTGTAGAGTGCCAG-3’
下游引物R1：5’-ACCAGGAGCTCTTGCCAGTA-3’
上游引物F2：5’-CTCCTACTGAAGCTCCAAGCCA-3’
下游引物R2：5’-CACGCCTGGTTCTGTCTCTGAA-3’
2.利用以上引物序列对SNP分子标记进行扩增，具体步骤为：
（1）采集湖羊抗凝血液，利用天根全血/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒提取DNA样品，采用擎科T5 DNA Polymeras和上述引物对进行PCR扩增反应扩增目的序列。
反应体系为：25μL总反应体系，DNA总量为1μg，引物终浓度为0.5μM。
PCR扩增程序为：98℃、3min，34×[98℃、10s，61℃、10s，72℃、30s]，72℃、5min，4℃保存。引物对F1/R1扩增序列长度为674bp，引物对F2/R2扩增序列长度为527bp。
（2）将步骤（1）中最终所获得的PCR扩增产物通过琼脂糖凝胶电泳检测，选择目的条带清晰的样品通过Sanger测序得到包含绵羊FOXO4基因SNP位点的序列信息（图4）。
Claims (5)
1.一种辅助预测绵羊产羔数的方法，其特征在于，根据绵羊X染色体第60387291位点或/和第60388727位点的基因型进行判断：
当X染色体第60387291位点基因型为GG或GC时，产羔数显著高于CC；
当X染色体第60388727位点基因型为GG或GA时，产羔数显著高于AA；
参考基因组版本为Oar_v4.0。
2. 检测SNP位点基因型的试剂在绵羊产羔数性状预测或辅助育种中的应用，所述SNP位点有两个，分别位于绵羊参考基因组Oar_v4.0 的X染色体第60387291位点和第60388727位点，第60387291位点具有G/C多态性，第60388727位点具有G/A多态性。
3. 根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述试剂为两对引物组合，其中一对引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示，另一对引物的核苷酸序列如SEQ IDNo.5和SEQ ID No.6所示。
4.一种试剂盒，含有权利要求3所述的两对引物组合。
5. 绵羊产羔数性状SNP分子标记组合，其特征在于，所述SNP分子标记组合有两个，核苷酸序列分别如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示，其中，SEQ ID No.1所示核苷酸序列的第355位具有G/C多态性，SEQ ID No.2所示核苷酸序列的第274位具有G/A多态性。
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|---|---|
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Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113025723A (zh) * | 2021-01-08 | 2021-06-25 | 华中农业大学 | 一种提高绵羊产羔数的snp标记、检测方法及其应用 |
| CN113637772A (zh) * | 2021-08-17 | 2021-11-12 | 华中农业大学 | 一种提高绵羊产羔数的snp标记及方法 |
| CN114717330A (zh) * | 2022-04-13 | 2022-07-08 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 与绵羊单胎产羔数相关的snp分子标记、引物组、试剂盒及检测方法和应用 |
| CN115948567A (zh) * | 2022-08-18 | 2023-04-11 | 塔里木大学 | 与绵羊产羔数性状相关的snp分子标记及其应用 |
-
2024
- 2024-02-23 CN CN202410199740.6A patent/CN117778595B/zh active Active
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113025723A (zh) * | 2021-01-08 | 2021-06-25 | 华中农业大学 | 一种提高绵羊产羔数的snp标记、检测方法及其应用 |
| CN113637772A (zh) * | 2021-08-17 | 2021-11-12 | 华中农业大学 | 一种提高绵羊产羔数的snp标记及方法 |
| CN114717330A (zh) * | 2022-04-13 | 2022-07-08 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 与绵羊单胎产羔数相关的snp分子标记、引物组、试剂盒及检测方法和应用 |
| CN115948567A (zh) * | 2022-08-18 | 2023-04-11 | 塔里木大学 | 与绵羊产羔数性状相关的snp分子标记及其应用 |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| "rs398399408", 《ENSEMBL GENOME BROWSER》, 31 January 2024 (2024-01-31), pages 1 - 2 * |
| "rs399662289", 《ENSEMBL GENOME BROWSER》, 31 January 2024 (2024-01-31), pages 1 - 2 * |
| MOHSEN GHOLIZADEH等: "Meta-analysis of genome-wide association studies for litter size in sheep", 《THERIOGENOLOGY》, vol. 180, 1 March 2022 (2022-03-01), pages 103 - 112, XP086939985, DOI: 10.1016/j.theriogenology.2021.12.025 * |
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| CN117778595B (zh) | 2024-05-07 |
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