CN117625836B - 与葡萄果实无核性状相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记及其应用，属于分子遗传学技术领域。本发明基于大量的自然群体研究，开发了一个新的葡萄无核分子标记，所述SNP分子标记为对应于如SEQ ID NO.1所示序列自5′端起第228位碱基是C或T，利用本发明的分子标记提高了对不同遗传背景的葡萄有核无核鉴定的准确性，可广泛用于葡萄育种。
Description
技术领域
本发明涉及分子遗传学技术领域，具体涉及一种与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记及其应用。
背景技术
葡萄（Vitis vinifera L.）为葡萄科（Vitaceae）葡萄属（Vitis L.）多年生藤本植物，原产于亚洲西部，在世界各地均有栽培。葡萄在长期的传播和栽培过程中因自然杂交、常规杂交、实生选种、芽变选种等原因，形成了许多变异资源，极大地丰富了葡萄的遗传多样性。
无核葡萄是指葡萄浆果基本上无核，或带一点小而软的残核。无核葡萄含糖量高，食用方便，风味独特，品质优良。葡萄的无核性状是葡萄生产中重要的商品特性，因而，无核葡萄育种一直是葡萄育种的重要方面。但是，由于葡萄童期较长，而无核表型只能在成年葡萄植株中筛选，且无核遗传机制尚不清楚，造成无核葡萄的育种进程很慢。
DNA标记技术为植物育种提供了广阔的应用前景，通过标记辅助选择可以提高植物育种的效率和精度。因此，筛选准确性高、通用性广的无核基因分子标记对于无核葡萄育种具有重要的意义。目前基于葡萄无核主要位点SDI尤其是无核基因VvAGL11开发了一系列分子标记，例如，通过集群分离分析法开发的与SDI位点连锁不平衡的SCAR标记GSLP1-569；以及主效基因AGL11基因在父母本为“科瑞森无核”和“红地球”的杂交后代中，有核和无核品种之间存在一个SNP，即有核葡萄品种染色体chr18:26889437位置上碱基为G，而无核品种碱基为T。但由于葡萄的遗传背景多样化，大量主栽品种存在种间杂交情况，所以这些基于纯欧亚种内杂交或特定父母本杂交后代开发的分子标记仅仅适用于特点父母本杂交育种，对于鉴定其他遗传背景的葡萄品种或杂交后代无核或有核并不准确。
发明内容
针对上述现有技术，本发明的目的是提供一种与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记及其应用。本发明基于大量的自然群体研究，开发了一个新的葡萄无核分子标记，提高了对不同遗传背景的葡萄有核无核鉴定的准确性，可广泛用于葡萄育种。
为实现上述目的，本发明采用如下技术方案：
本发明的第一方面，提供一种与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记为对应于如SEQ ID NO.1所示序列自5′端起第228位碱基是C或T。具体如下：
GGTTTTAAGAACAGTTTTTGAAAACTATGATATGATGTTTTATAGAACAAAAGTTTGTTTGAAAATCTAAAATTATTTTTAATCTGTTTTTAATATTTTTAAATATGTTTTAAAAATAATTTTTATGTCCATAGCTTTATTTTTTATCATTATATATGTTTATATAATTATACTTTAAAACAACTCTAAAAAACAATTAAAAACAACTAAAATAAGTTTTCTAAAAA[C/T]ACCTTATTTTCTGTTTTTTGATAATAAAAATCAGAAAGAAAATAAAAAACAGTTTTTGATTATTAAACGTAATTTTCAGTTTTTTTATTTTAAAAATAGAAAACTATTCTTAAAAACGGTTATCAAACAAGACCCTAGTGT。（SEQ ID NO.1）
注：序列中， “[C/T]”为SNP位点，在序列表中以“n”进行表示。
其中，所述SNP分子标记为C/T杂合型对应于葡萄果实无核性状。
上述与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记位于葡萄VIT_218s0041g02060基因启动子区里。基于该SNP分子标记可以对葡萄有核无核性状进行鉴定。
本发明的第二方面，提供上述SNP分子标记在如下（1）或（2）中的应用：
（1）早期筛选或鉴定葡萄种质资源的有核或无核性状；
（2）葡萄分子标记辅助育种。
进一步的，上述应用中，所述葡萄分子标记辅助育种具体为无核葡萄的选育。
本发明的第三方面，提供用于扩增上述SNP分子标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示；具体如下：
上游引物：5’- GGTTTTAAGAACAGTTTTTGAAAACTATG -3’；（SEQ ID NO.2）
下游引物：5’- ACACTAGGGTCTTGTTTGATAACCG -3’。（SEQ ID NO.3）
本发明的第四方面，提供含有上述引物对的试剂盒。
本发明的第五方面，提供上述引物对或试剂盒在如下（1）或（2）中的应用：
（1）早期筛选或鉴定葡萄种质资源的有核或无核性状；
（2）无核葡萄分子标记辅助育种。
本发明的第六方面，提供一种检测葡萄果实无核性状的方法，包括以下步骤：
以待测葡萄的基因组DNA为模板，利用SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物对进行PCR扩增，对扩增产物进行测序，根据测序结果对葡萄果实的有核无核性状进行鉴定。
具体的，若测序结果对应于SEQ ID NO.1所示序列自5′端起第228位碱基是C/T杂合型，则鉴定为无核性状；若是C/C纯合型，则鉴定为有核性状。
本发明的第七方面，提供一种与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记组合，包括：第一SNP分子标记和第二SNP分子标记；
所述第一SNP分子标记为对应于如SEQ ID NO.1所示序列自5′端起第228位碱基是C或T；
所述第二SNP分子标记为对应于如SEQ ID NO.4所示序列自5′端起第590位碱基是G或T。
本发明的第八方面，提供上述SNP分子标记组合在如下（1）或（2）中的应用：
（1）早期筛选或鉴定葡萄种质资源的有核无核性状；
（2）无核葡萄分子标记辅助育种。
本发明的第九方面，提供一种利用上述SNP分子标记组合检测葡萄果实无核性状的方法，包括以下步骤：
以待测葡萄的基因组DNA为模板，利用SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物对进行扩增，得到第一扩增产物；利用SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的引物对进行扩增，得到第二扩增产物；
分别对第一扩增产物和第二扩增产物进行测序，若第一扩增产物对应于第一SNP分子标记自5′端起第228位碱基是T，第二扩增产物对应于第二SNP分子标记自5′端起第590位碱基是T，则判定待测葡萄为无核葡萄。
本发明的有益效果：
（1）本发明基于大量葡萄自然群体筛选得到一个与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记，该SNP分子标记对于葡萄果实的有核或无核性状鉴定的准确性高，通用性强。由于该分子标记覆盖了葡萄自然群体和主栽品种，因此也适用于这些品种、物种的杂交后代，可广适性用于葡萄育种。
（2）将本发明的SNP分子标记与chr18:26889437位置的分子标记在检测葡萄果实有核或无核性状方面具有协同增效作用，将其组合使用，能够进一步提高葡萄果实的无核检测率。
附图说明
图1：本发明的166个葡萄品种基因型的进化树。
图2：GWAS分析结果。
图3：‘金星无核’VIT_218s0041g02060基因启动子区的SNP位点验证峰图。
图4：‘喜乐无核’VIT_218s0041g02060基因启动子区的SNP位点验证峰图。
图5：‘玫瑰香’VIT_218s0041g02060基因启动子区的SNP位点验证峰图。
图6：‘黑香蕉’VIT_218s0041g02060基因启动子区的SNP位点验证峰图。
图7：‘意大利’VIT_218s0041g02060基因启动子区的SNP位点验证峰图。
图8：‘红伊豆’VIT_218s0041g02060基因启动子区的SNP位点验证峰图。
图9：‘泽香’VIT_218s0041g02060基因启动子区的SNP位点验证峰图。
具体实施方式
应该指出，以下详细说明都是例示性的，旨在对本申请提供进一步的说明。除非另有指明，本文使用的所有技术和科学术语具有与本申请所属技术领域的普通技术人员通常理解的相同含义。
如前所述，无核葡萄育种一直是葡萄育种的重要方面，但现有的用于鉴定葡萄果实无核性状的分子标记多数仅适用于特点父母本杂交育种，对于鉴定其他遗传背景的葡萄品种或杂交后代无核或有核并不准确，因此，亟需开发广适性的用于鉴定葡萄果实有核或无核性状的分子标记。
有鉴于此，本发明基于大量的葡萄自然群体，包括了葡萄欧亚种、美洲种、欧美杂交种、东亚种等全部葡萄种、杂交种及大部分的主栽品种，通过高通量测序和全基因组关联研究，根据不同的葡萄品种，发现在有核和无核葡萄品种的一个基因组序列VIT_ 218s0041g02060基因启动子区里，存在一个SNP位点，该SNP位点与葡萄果实的有核或无核性状显著关联，利用该SNP分子标记可以实现对葡萄果实的有核或无核性状的准确鉴定，通用性强。由于该分子标记覆盖了葡萄自然群体和主栽品种，因此也适用于这些品种、物种的杂交后代，可广适性用于葡萄育种。
进一步的，本发明发现，将本发明的SNP分子标记与chr18:26889437位置的分子标记具有协同增效作用，如果结合chr18:26889437位置分子标记和本申请的分子标记，根据我们开发的引物进行PCR测序后，利用双分子标记共同鉴定自然群体、主栽品种中葡萄品种有核或无核，其对无核的检测率与单分子标记相比得到进一步的提高。
为了使得本领域技术人员能够更加清楚地了解本申请的技术方案，以下将结合具体的实施例详细说明本申请的技术方案。
本发明实施例中所用的试验材料均为本领域常规的试验材料，均可通过商业渠道购买得到。未注明详细条件的实验方法是按照常规试验方法或按照供应商所建议的操作说明书进行的。
实施例1：与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记的开发
全基因组关联研究（GWAS）是用于确定单核苷酸多态性（SNP）与表型之间关联的主要方法。本发明以166个已知葡萄果实有核或无核表型的葡萄品种为试验材料，对其进行了全基因组重测序分析，然后进行GWAS分析。本发明构建了166个葡萄品种基因型的进化树，结果如图1所示；GWAS分析结果如图2所示，发现了与葡萄有核无核性状相关的显著相关峰，结果显示18号染色体是和葡萄无核性状关联的位点。
进一步对葡萄18号染色体的基因组序列进行分析，根据不同的葡萄品种，发现在有核和无核葡萄品种的一个基因组序列VIT_218s0041g02060基因（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/003/745/GCF_000003745.3_12X）启动子区里，存在一个SNP位点。
基于该SNP位点，本发明设计了扩增引物，具体如下：
VIT_218s0041g02060-genomic-F: GGTTTTAAGAACAGTTTTTGAAAACTATG；（SEQ IDNO.2）
VIT_218s0041g02060-genomic-R: ACACTAGGGTCTTGTTTGATAACCG。（SEQ ID NO.3）
利用上述扩增引物进行PCR扩增，扩增产物的序列如下：
GGTTTTAAGAACAGTTTTTGAAAACTATGATATGATGTTTTATAGAACAAAAGTTTGTTTGAAAATCTAAAATTATTTTTAATCTGTTTTTAATATTTTTAAATATGTTTTAAAAATAATTTTTATGTCCATAGCTTTATTTTTTATCATTATATATGTTTATATAATTATACTTTAAAACAACTCTAAAAAACAATTAAAAACAACTAAAATAAGTTTTCTAAAAA[C/T]ACCTTATTTTCTGTTTTTTGATAATAAAAATCAGAAAGAAAATAAAAAACAGTTTTTGATTATTAAACGTAATTTTCAGTTTTTTTATTTTAAAAATAGAAAACTATTCTTAAAAACGGTTATCAAACAAGACCCTAGTGT。（SEQ ID NO.1）
注：序列中， “[C/T]”为SNP位点，在序列表中以“n”进行表示。
为评估该SNP分子标记与葡萄果实有核或无核表型之间的关联，利用软件SPSS22.0对表型与SNP分子标记的等位基因及基因型之间进行卡方独立性检验，该SNP位点处的C/C基因型与有核表型的P值<0.05，该SNP位点处的C/T基因型与无核表型的P值<0.01。因此，该SNP分子标记与葡萄果实有核或无核表型之间显著关联。利用该SNP分子标记可以对葡萄果实有核或无核性状进行预测判断。预测判断方法为：利用SEQ ID NO.2和SEQ IDNO.3所示的引物对待测葡萄进行扩增，然后将扩增产物进行测序分析，若在该SNP位点处为C/C纯合，则鉴定为有核葡萄；若在该SNP位点处为C/T杂合，则鉴定为无核葡萄。
实施例2：与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记的鉴定准确性考察
1、试验方法：
对实施例1开发的SNP分子标记对葡萄果实无核或有核性状鉴定的准确性进行考察，具体方法如下：
另取100个已知葡萄果实有核或无核表型的葡萄品种样品，以葡萄基因组DNA为模板，利用SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物为引物对进行PCR扩增，扩增产物进行测序分析，根据测序结果对葡萄果实的有核或无核表型进行判断，若测序结果显示在该SNP位点处为C/C纯合，则鉴定为有核葡萄；若在该SNP位点处为C/T杂合，则鉴定为无核葡萄。
然后将分子标记鉴定的结果与实际表型进行比对，确定鉴定结果的符合情况。计算方法如下：
准确率(%)=（TP+TN）/（TP+FP+TN+FN）×100%
无核检测率(%)=TP/(TP+FN) ×100%
其中，TP表示样本分子鉴定为无核葡萄，实际表型为无核葡萄；TN表示样本分子鉴定为有核葡萄，实际表型为有核葡萄；FP表示样本分子鉴定为无核葡萄，实际表型为有核葡萄；FN表示样本分子鉴定为有核葡萄，实际表型为无核葡萄。
2、试验结果：
上述葡萄样品的测定结果见表1。其中部分葡萄样品的SNP位点验证峰图如图3-9所示。
表1：葡萄品种样品测定结果
| 样品编号 | 品种名 | SNP基因型 | 实际表型 | 符合情况 |
| 1 | 香妃 | C/C | 有核 | TN |
| 2 | 意大利 | C/C | 有核 | TN |
| 3 | 新玫瑰 | C/C | 有核 | TN |
| 4 | 塔米娜 | C/C | 有核 | TN |
| 5 | 阳光玫瑰（北京） | C/C | 有核 | TN |
| 6 | 巴西 | C/C | 有核 | TN |
| 7 | POLOSKEIA | C/C | 有核 | TN |
| 8 | 早玫瑰香 | C/C | 有核 | TN |
| 9 | 瑞都红玉 | C/C | 有核 | TN |
| 10 | 瑞都香玉 | C/C | 有核 | TN |
| 11 | 瑞都科美 | C/C | 有核 | TN |
| 12 | 瑞都早红 | C/C | 有核 | TN |
| 13 | 瑞都红玫 | C/T | 有核 | FP |
| 14 | DEMIR KAPIJAA | C/C | 有核 | TN |
| 15 | 亚历山大 | C/C | 有核 | TN |
| 16 | 红意大利 | C/C | 有核 | TN |
| 17 | 莎丽 | C/C | 有核 | TN |
| 18 | 沙芭珍珠 | C/C | 有核 | TN |
| 19 | 玫瑰香（北京） | C/C | 有核 | TN |
| 20 | 早黑宝 | C/T | 有核 | FP |
| 21 | 瑰宝 | C/C | 有核 | TN |
| 22 | canada muscat | C/C | 有核 | TN |
| 23 | 凤凰51 | C/C | 有核 | TN |
| 24 | summmer royal | C/T | 无核 | TP |
| 25 | autumn king | C/T | 无核 | TP |
| 26 | sweet scarlet | C/T | 无核 | TP |
| 27 | scarlet royal | C/T | 无核 | TP |
| 28 | flame seedlss | C/T | 无核 | TP |
| 29 | fantasyseedless | C/T | 无核 | TP |
| 30 | 美国大无核 | C/T | 无核 | TP |
| 31 | kismis | C/T | 无核 | TP |
| 32 | star light | C/T | 无核 | TP |
| 33 | 京早晶 | C/T | 无核 | TP |
| 34 | 京紫晶 | C/T | 无核 | TP |
| 35 | 京大晶 | C/T | 有核 | FP |
| 36 | 爱神玫瑰 | C/T | 无核 | TP |
| 37 | 瑞都无核怡 | C/T | 无核 | TP |
| 38 | 8611 | C/T | 无核 | TP |
| 39 | 夏黑（北京） | C/T | 无核 | TP |
| 40 | 艾莫无核 | C/T | 无核 | TP |
| 41 | 喜乐无核（北京） | C/T | 无核 | TP |
| 42 | 金星无核 | C/T | 无核 | TP |
| 43 | 无核白鸡心 | C/T | 无核 | TP |
| 44 | 甜蜜蓝宝石 | C/T | 无核 | TP |
| 45 | 波尔莱特 | C/C | 有核 | TN |
| 46 | 黎明无核 | C/T | 无核 | TP |
| 47 | crimsonseedless | C/T | 无核 | TP |
| 48 | 国立一号 | C/C | 无核 | FN |
| 49 | 郑果大无核 | C/T | 无核 | TP |
| 50 | 沪培2号 | C/C | 有核 | TN |
| 51 | 王妃 | C/T | 无核 | TP |
| 52 | maroo seedless | C/T | 无核 | TP |
| 53 | russianseedless | C/T | 无核 | TP |
| 54 | 瑞锋无核 | C/T | 无核 | TP |
| 55 | 无核翠宝 | C/T | 无核 | TP |
| 56 | 丽红宝 | C/T | 无核 | TP |
| 57 | afrodite | C/C | 有核 | TN |
| 58 | 布朗无核（北京） | C/T | 无核 | TP |
| 59 | ITUM12 | C/T | 无核 | TP |
| 60 | ITUM16 | C/T | 无核 | TP |
| 61 | ITUM9 | C/T | 无核 | TP |
| 62 | 紫甜无核 | C/T | 无核 | TP |
| 63 | 碧香无核 | C/C | 无核 | FN |
| 64 | cotton candy | C/T | 无核 | TP |
| 65 | 澳洲红宝石无核 | C/T | 无核 | TP |
| 66 | 西农大无核 | C/T | 无核 | TP |
| 67 | 绿洲宝石 | C/T | 有核 | FP |
| 68 | 火州紫玉 | C/C | 有核 | TP |
| 69 | 火州黑玉 | C/T | 无核 | TP |
| 70 | 火州翠玉 | C/C | 有核 | TP |
| 71 | ThompsonSeedless | C/T | 无核 | TP |
| 72 | spartanseedless | C/T | 无核 | TP |
| 73 | 瑞都红宝石 | C/C | 有核 | TN |
| 74 | 瑞都晚红 | C/C | 有核 | TN |
| 75 | 红高 | C/C | 有核 | TN |
| 76 | Scarlotta | C/T | 无核 | TP |
| 77 | SH21 | C/C | 有核 | TN |
| 78 | 0201russalka | C/C | 无核 | FN |
| 79 | 黑瑰香 | C/C | 有核 | TN |
| 80 | 夏黑-泰安 | C/T | 无核 | TP |
| 81 | 红伊豆 | C/C | 有核 | TN |
| 82 | 巨玫瑰-济南 | C/C | 有核 | TN |
| 83 | 泽香 | C/C | 有核 | TN |
| 84 | 巨峰-泰安 | C/C | 有核 | TN |
| 85 | 妮娜皇后 | C/C | 有核 | TN |
| 86 | 户太8号 | C/C | 有核 | TN |
| 87 | 醉金香 | C/T | 有核 | FP |
| 88 | 法国蓝 | C/C | 有核 | TN |
| 89 | 美人指 | C/C | 有核 | TN |
| 90 | 康拜尔 | C/C | 有核 | TN |
| 91 | 秋密 | C/C | 有核 | TN |
| 92 | 百佳美 | C/C | 有核 | TN |
| 93 | 红巴拉多 | C/C | 有核 | TN |
| 94 | 着色香 | C/T | 无核 | TP |
| 95 | 红夏音 | C/C | 有核 | TN |
| 96 | 锦红 | C/C | 有核 | TN |
| 97 | 无核脆宝 | C/T | 无核 | TP |
| 98 | 北国红 | C/C | 有核 | TN |
| 99 | 紫地球 | C/C | 有核 | TN |
| 100 | 黑香蕉 | C/C | 有核 | TN |
结果表明，采用本发明的SNP分子标记对100个葡萄栽培品种进行有核或无核性状的鉴定，其鉴定的准确率为92%，无核检测率为93.6%。因此，本发明的SNP分子标记对于葡萄果实的有核或无核性状鉴定的准确性高，通用性强。
实施例3：与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记与其他SNP分子标记联合分析
来源于不同基因的多个分子标记间可能通过非线性协同作用共同影响基因的表达。分析标记间的协同作用有利于提高分子标记辅助选育的效率。
为进一步提高对葡萄果实有核或无核性状的鉴定效果，本发明以实施例1开发的SNP分子标记作为第一SNP分子标记；以论文“The Major Origin of Seedless Grapes IsAssociated with a Missense Mutation in the MADS-Box Gene VviAGL11”中发现的SNP作为第二SNP分子标记，即有核葡萄品种染色体chr18:26889437位置上碱基为G，而无核品种碱基为T。
基于该SNP位点，本发明设计了扩增引物，具体如下：
AGL11-F: atggggagaggaaagatcgagatc；（SEQ ID NO.5）
AGL11-R: cccgagatggaggaccttcttat。（SEQ ID NO.6）
利用上述扩增引物进行PCR扩增，扩增产物的序列如下：
atggggagaggaaagatcgagatcaagaggatcgaaaacacgaccaaccgtcaggtcacattctgcaagcgaaggaatgggcttttgaagaaggcttatgaattatcagtgctatgtgatgcagaagttgccctcatcgtcttctccagccgcggtcgagtctatgagtactcaaacaacaacataaaatcaaccatagataggtacaagaaggccagctcagatagtacaaatggaggctctaccatggagatcaatgcccaatactaccagcaagaatcagcaaagctgcgccagcaaatacagatgctgcagaattctaacaggcacttaatgggtgattccttggcttccttgactgtgaaggagctaaagcagctcgagaacaggcttgaacgaggcatcacaagaatcaggtcgaagaagcatgagttgctgttggctgagattgagtacttgcagaaaagggaaattgagctggaaaatgaaagcgtatatctccgaaccaagattgcagaagtggagaggcttcagcaagcaaacatggtatcaacacatgagttcaatgccatccaggcattagtttctc[g/t]caatttctttcagcccaatatgattgagggtggatccacaggctacccacttcctgataagaaggtcctccatctcggg。（SEQ ID NO.4）
注：序列中， “[g/t]”为SNP位点，在序列表中以“n”进行表示。
本发明将第一SNP分子标记和第二SNP分子标记组合用于葡萄果实有核或无核性状的鉴定，鉴定方案为：
以待测葡萄的基因组DNA为模板，利用SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物对进行扩增，得到第一扩增产物；利用SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的引物对进行扩增，得到第二扩增产物；
分别对第一扩增产物和第二扩增产物进行测序，若第一扩增产物对应于第一SNP分子标记自5′端起第228位碱基是T，第二扩增产物对应于第二SNP分子标记自5′端起第590位碱基是T，则判定待测葡萄为无核葡萄。
作为检测方案，一个葡萄品种必须同时符合两种分子标记的鉴定才可进行有核无核评价。经验证，采用第一SNP分子标记和第二SNP分子标记组合，对葡萄果实无核的检测率最高可达100%。
以上所述仅为本申请的优选实施例而已，并不用于限制本申请，对于本领域的技术人员来说，本申请可以有各种更改和变化。凡在本申请的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本申请的保护范围之内。
Claims (4)
1.一种与葡萄果实无核性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，其中第228位碱基是C或T；
所述SNP分子标记为C/T杂合型对应于葡萄果实无核性状。
2.权利要求1所述的SNP分子标记在如下（1）或（2）中的应用：
（1）早期筛选或鉴定葡萄种质资源的有核或无核性状；
（2）葡萄分子标记辅助育种；
所述葡萄分子标记辅助育种具体为无核葡萄的选育。
3.一种检测葡萄果实无核性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：
以待测葡萄的基因组DNA为模板，利用SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物对进行PCR扩增，对扩增产物进行测序，根据测序结果对葡萄果实的有核无核性状进行鉴定；
若测序结果对应于SEQ ID NO.1所示序列自5′端起第228位碱基是C/T杂合型，则鉴定为无核性状；若是C/C纯合型，则鉴定为有核性状。
4.一种利用SNP分子标记组合检测葡萄果实无核性状的方法，其特征在于，所述SNP分子标记组合包括：第一SNP分子标记和第二SNP分子标记；
所述第一SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，其中第228位碱基是C或T；
所述第二SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.4所示，其中第590位碱基是G或T；
检测葡萄果实无核性状的方法包括以下步骤：
以待测葡萄的基因组DNA为模板，利用SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物对进行扩增，得到第一扩增产物；利用SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的引物对进行扩增，得到第二扩增产物；
分别对第一扩增产物和第二扩增产物进行测序，若第一扩增产物对应于第一SNP分子标记自5′端起第228位碱基是T，且第二扩增产物对应于第二SNP分子标记自5′端起第590位碱基是T，则判定待测葡萄为无核葡萄。
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|---|---|---|---|---|
| CN107723378A (zh) * | 2017-11-13 | 2018-02-23 | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 葡萄果实无核主效qtl位点sdl的snp分子标记及应用 |
| CN109929942A (zh) * | 2017-12-19 | 2019-06-25 | 北京市林业果树科学研究院 | 与葡萄果皮颜色相关的snp分子标记及应用 |
| CN113817866A (zh) * | 2021-11-22 | 2021-12-21 | 南京农业大学 | 一种主效qtl位点的ssr分子标记及其筛选方法和应用 |
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2024
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Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| The Major Origin of Seedless Grapes Is Associated with a Missense Mutation in the MADS-Box Gene VviAGL11;Carolina Royo等;Plant Physiology;20180531;第177卷(第3期);1234-1253 * |
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