CN117425736A - 用于调节宿主细胞表面与sars-cov-2相互作用的方法 - Google Patents

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Abstract

本文提供了治疗或预防SARS‑CoV‑2感染的方法，其包括调节SARS‑CoV‑2刺突蛋白与细胞质膜表达的宿主细胞蛋白之间的相互作用，以及鉴定这种相互作用的调节剂的方法。

Description

用于调节宿主细胞表面与SARS-COV-2相互作用的方法
相关申请的交叉引用
本申请要求于2020年11月23日提交的美国专利申请第63/117,440号的优先权，该美国专利申请的全部内容通过援引全部并入本文。
序列表
本申请包括序列表，该序列表已经以ASCII格式以电子方式提交并特此通过援引以其全文并入本文。该ASCII副本创建于2021年11月19日，命名为50474-246TWO2_Sequence_Listing_11_19_21_ST25，且大小为29,679字节。
技术领域
本文中提供了治疗或预防SARS-CoV-2感染的方法，其包括调节SARS-CoV-2刺突蛋白与细胞质膜表达的宿主细胞蛋白之间的相互作用，以及鉴定这种相互作用的调节剂的方法。
背景技术
冠状病毒(CoV)是正链RNA病毒，其因包膜上存在刺突糖蛋白，在电子显微镜下具有冠状外观。它们是一个庞大的病毒家族，引起的疾病从普通感冒到更严重的疾病，诸如中东呼吸综合征(MERS CoV)和严重急性呼吸综合征(SARS-CoV)。
COVID-19是“冠状病毒病2019”的首字母缩写，是由一种新的冠状病毒株(严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2))引起的，该病毒株以前未在人类中发现，并由世界卫生组织(WHO)于2020年2月11日新命名。根据世界卫生组织，截至2020年11月16日，全球已通报超过5400万例COVID-19，死亡人数超过132万。截至2021年11月16日，全球已通报超过2亿5千3百万例COVID-19，死亡人数超过5百万。
尽管有大量的研究工作，但关于介导SARS-CoV-2进入和感染起始的宿主细胞受体和细胞因子仍有许多有待了解，部分原因是缺乏用于研究膜蛋白分子互动组(interactome)的灵敏技术。这种有限的理解导致缺乏治疗和预防SARS-CoV-2感染的有效治疗选择。
大多数研究和药物开发工作都着重在哺乳动物细胞表面表达的蛋白质血管紧张素转换酶2(ACE2)上，已知该酶与冠状病毒进入有关；然而，越来越多的证据显示SARS-CoV-2的多器官向性(multi-organ tropism)无法通过ACE2表达模式来解释。例如，研究已显示，SARS-CoV-2可感染神经组织，而且，相对于SARS-CoV-1，有较高比例患者显示一系列神经症状，从偏头痛、嗅觉和味觉功能障碍到意识障碍。SARS-CoV-2的广泛向性和传播性可能是由于与其他目前未知的宿主因素相互作用所致，例如促进感染具有低ACE2表达量的细胞的因素或涉及ACE2非依赖性感染途径的因素。
因此，对于下列需求尚未得到满足：鉴别SARS CoV-2刺突蛋白的新相互作用伙伴的方法；鉴别新颖相互作用的调节剂的方法；以及使用这样的相互作用的调节剂来治疗或预防SARS-CoV-2感染的方法。
发明内容
在一个方面，本公开特征为一种治疗具有SARS-CoV-2感染的个体的方法，其包括向个体施用有效量的接触蛋白-1(CNTN1)拮抗剂、白介素12受体亚基β1(IL12RB1)拮抗剂或类白介素1受体辅助蛋白2(IL1RAPL2)拮抗剂。
在另一方面，本公开特征为一种减少对个体的细胞的SARS-CoV-2附着的方法，其包括向个体施用有效量的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
在一些方面，该施用包括使该个体的该细胞与有效量的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂接触。
在另一方面，本公开特征为一种降低个体的SARS-CoV-2感染的方法，其包括向个体施用有效量的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2刺突(S)蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；(b)该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(c)该IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低该个体SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物(mimic)、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是反义寡核苷酸(ASO)或小干扰RNA(siRNA)。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1、IL12RB1和/或IL1RAPL2的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、Il12RB1、或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白受体结合结构域(RBD)的结合。在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体结合(a)血管紧张素转换酶2(ACE2)和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)ACE2和IL1RAPL2。
在另一方面，本公开特征为一种预防具有SARS-CoV-2感染的个体的神经组织的继发感染的方法，其包括向个体施用有效量的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(b)该IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低该个体神经组织的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL1RAPL2的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL1RAPL2。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL1RAPL2；或(c)CNTN1和IL1RAPL2。
在另一方面，本公开特征为一种预防具有SARS-CoV-2感染的个体的免疫细胞和/或淋巴组织的继发感染的方法，其包括向个体施用有效量的IL12RB1拮抗剂。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，相对于不存在该IL12RB1拮抗剂时的感染，该IL12RB1拮抗剂降低该个体免疫细胞和/或淋巴组织SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是肽。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与IL12RB1的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与IL12RB1结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体与ACE2和IL12RB1结合。
在另一方面，本公开特征为一种预防具有SARS-CoV-2感染的个体的肺部的继发感染的方法，其包括向个体施用有效量的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(b)该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂的情况下的感染，降低该个体的肺部的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL12RB1的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL12RB1。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)CNTN1和IL12RB1。
在一些方面，该个体患有COVID-19。在一些方面，该个体患有COVID-19肺炎或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。
在一些方面，该方法进一步包括向个体施用至少一种附加疗法。在一些方面，在该至少一种附加疗法之前、同时或之后向个体施用该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
在一些方面，该至少一种附加疗法是ACE2拮抗剂。
在一些方面，该至少一种附加疗法是神经纤毛蛋白-2(NRP2)拮抗剂。
在一些方面，该至少一种附加疗法是支持性护理疗法、抗病毒疗法或皮质类固醇疗法。
在一些方面，该支持性护理疗法包括氧疗法。
在一些方面，该抗病毒疗法包括α-干扰素、洛匹那韦(lopinavir)、利托那韦(ritonavir)、洛匹那韦/利托那韦、瑞德西韦(remdesivir)、利巴韦林(ribavirin)、羟氯喹(hydroxychloroquine)、氯喹(chloroquine)、乌非诺韦(umifenovir)、法匹拉韦(favipiravir)、或其组合。
在一些方面，该皮质类固醇疗法包括泼尼松(prednisone)、泼尼松龙(prednisolone)、甲泼尼龙、甲泼尼龙琥珀酸钠、地塞米松(dexamethasone)、地塞米松去炎松(dexamethasone triamcinolone)、氢化可的松(hydrocortisone)、倍他米松(betamethasone)或其组合。在一些方面，该皮质类固醇疗法是低剂量皮质类固醇疗法。
在一些方面，该方法达到与标准护理(SOC)相比在临床结果上的更大改善。
在一些方面，该临床结果是至临床改善的时间(TTCI)，其定义为国家早期预警评分2(NEWS2)为≤2维持24小时。
在一些方面，该临床结果是机械通气的发生率。
在一些方面，该临床结果是重症监护室(ICU)住院的发生率。
在一些方面，该临床结果是ICU住院的持续时间。
在一些方面，该临床结果是至临床失败的时间，其定义为至死亡、机械通气、ICU入院或退出的时间，以先发生者为准。
在一些方面，该临床结果是：至出院的时间；或至准备好出院的时间，其通过正常的体温和呼吸速率、以及在环境空气中或≤2L辅助供氧时的稳定的氧饱和度来证明。
在一些方面，该临床结果是辅助供氧的持续时间。
在一些方面，该临床结果选自由以下项组成的组：血管加压药使用的发生率、血管加压药使用的持续时间、体外膜氧合(ECMO)的发生率、开始透析的发生率、第15天或出院日(以先发生者为准)的SARS-CoV-2病毒载量、以及具有继发性细菌感染的个体的比例。
在一些方面，该方法相较于SOC，与可接受的安全性结果相关联。
在一些方面，该安全性结果选自由以下项组成的组：不良事件的发生率和严重度；具有根据美国国家癌症研究所不良事件通用术语标准(NCI CTCAE)v5.0确定的严重度的不良事件的发生率和严重度；目标生命病症相对于基线的变化；以及目标临床实验室测试结果相对于基线的变化。
在一些方面，该SOC包括支持性护理、施用一种或多种抗病毒剂、和/或施用一种或多种低剂量皮质类固醇。
在一些方面，该个体为人。
在另一方面，本公开特征为一种鉴定SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2之间相互作用的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2在该候选调节剂存在或不存在下在允许该SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合的条件下接触；以及(c)测量SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的蛋白质的结合，其中在该候选调节剂存在下的结合相对于在该候选调节剂不存在下的结合的增加或降低将该候选调节剂鉴定为该SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2之间相互作用的调节剂。
在另一方面，本公开特征为一种鉴定SARS-CoV-2S蛋白的下游活性的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2在该候选调节剂存在或不存在下在允许该SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合的条件下接触；以及(c)测量该SARS-CoV-2S蛋白RBD的下游活性，其中在该候选调节剂存在下的下游活性相对于在该候选调节剂不存在下的下游活性的改变将该候选调节剂鉴定为该SARS-CoV-2S蛋白的下游活性的调节剂。
在另一方面，本公开特征为一种鉴定CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的下游活性的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD在该候选调节剂存在或不存在下在允许CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合的条件下接触；以及(c)测量CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的下游活性，其中在该候选调节剂存在下的下游活性相对于在该候选调节剂不存在下的下游活性的改变将该候选调节剂鉴定为CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的下游活性的调节剂。
在一些方面，通过表面等离子体共振、生物层干涉、或酶联免疫吸附测定(ELISA)测量，结合的增加或降低为至少50％。
在一些方面，该调节剂是该SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的下游活性的抑制剂。在一些方面，该下游活性的变化是该下游活性的量、强度或持续时间的减少。
在一些方面，该调节剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与该SARS-CoV-2S蛋白RBD结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2结合。
在一些方面，该下游活性是SARS-CoV-2对细胞的感染在一些方面，感染在存在该调节剂时降低。在一些方面，在使用SARS-CoV-2S蛋白假型颗粒的病毒感染检定或病毒进入检定中，感染降低至少40％。
在一些方面，该调节剂是与该SARS-CoV-2S蛋白RBD结合的抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该调节剂是与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2结合的抗体或其抗原结合片段。
在另一方面，本公开特征为一种SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2之间相互作用的经分离的调节剂，其中，该调节剂使得该SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合相对于不存在该调节剂的情况下的结合而降低。
在另一方面，本公开特征为一种SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的下游活性的经分离的调节剂，其中，该调节剂使得该SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的下游活性相对于不存在该调节剂的情况下的下游活性而改变。
在一些方面，通过表面等离子体共振、生物层干涉或酶联免疫吸附测定(ELISA)测量，结合降低至少50％。
在一些方面，该调节剂是该SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的下游活性的抑制剂。
在一些方面，该下游活性的变化是该下游活性的量、强度或持续时间的减少。
在一些方面，该调节剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。
在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与该SARS-CoV-2S蛋白RBD结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2结合。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)ACE2和IL1RAPL2。
在另一方面，本公开特征为一种CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂的用途，其用于制造供治疗具有SARS-CoV-2感染的个体的药物。
在另一方面，本公开特征为CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂在制造药物中的用途，该药物用于减少对个体的细胞的SARS-CoV-2附着。
在一些方面，该药物适于通过使该个体的细胞与有效量的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂接触来施用。
在另一方面，本公开特征为一种CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂的用途，其用于制造供降低个体SARS-CoV-2感染的药物。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2刺突(S)蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；(b)该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(c)该IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低该个体SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物(mimic)、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是反义寡核苷酸(ASO)或小干扰RNA(siRNA)。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1、IL12RB1和/或IL1RAPL2的结合。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、Il12RB1、或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体结合(a)血管紧张素转换酶2(ACE2)和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)ACE2和IL1RAPL2。
在另一方面，本公开特征为一种CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的用途，其用于制造供预防具有SARS-CoV-2感染的个体的神经组织继发感染的药物。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(b)该IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低该个体神经组织的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。
在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL1RAPL2的结合。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL1RAPL2。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL1RAPL2；或(c)CNTN1和IL1RAPL2。
在另一方面，本公开特征为一种IL12RB1拮抗剂的用途，其用于制造供预防具有SARS-CoV-2感染的个体的免疫细胞和/或淋巴组织继发感染的药物。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，相对于不存在该IL12RB1拮抗剂时的感染，该IL12RB1拮抗剂降低该个体免疫细胞和/或淋巴组织SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是肽。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与IL12RB1的结合。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与IL12RB1结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体与ACE2和IL12RB1结合。
在另一方面，本公开特征为一种CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂的用途，其用于制造供预防具有SARS-CoV-2感染的个体的肺继发感染的药物。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(b)该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂的情况下的感染，降低该个体的肺部的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL12RB1的结合。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL12RB1。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)CNTN1和IL12RB1。
在一些方面，该个体患有COVID-19。在一些方面，该个体患有COVID-19肺炎或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。
在一些方面，该药物适于与至少一种附加疗法向个体施用。在一些方面，该药物适于在该至少一种附加疗法之前、同时或之后向个体施用。
在一些方面，该至少一种附加疗法是ACE2拮抗剂。
在一些方面，该至少一种附加疗法是NRP2拮抗剂。
在一些方面，该至少一种附加疗法是支持性护理疗法、抗病毒疗法或皮质类固醇疗法。
在一些方面，该支持性护理疗法包括氧疗法。
在一些方面，该抗病毒疗法包括α-干扰素、洛匹那韦(lopinavir)、利托那韦(ritonavir)、洛匹那韦/利托那韦、瑞德西韦(remdesivir)、利巴韦林(ribavirin)、羟氯喹(hydroxychloroquine)、氯喹(chloroquine)、乌非诺韦(umifenovir)、法匹拉韦(favipiravir)、或其组合。
在一些方面，该皮质类固醇疗法包括泼尼松(prednisone)、泼尼松龙(prednisolone)、甲泼尼龙、甲泼尼龙琥珀酸钠、地塞米松(dexamethasone)、地塞米松去炎松(dexamethasone triamcinolone)、氢化可的松(hydrocortisone)、倍他米松(betamethasone)或其组合。
在一些方面，该皮质类固醇疗法是低剂量皮质类固醇疗法。
在一些方面，该治疗达到与SOC相比在临床结果上的更大改善。
在一些方面，该临床结果是TTCI，其定义为NEWS2为≤2维持24小时。
在一些方面，该临床结果是机械通气的发生率。
在一些方面，该临床结果是ICU住院的发生率。
在一些方面，该临床结果是ICU住院的持续时间。
在一些方面，该临床结果是至临床失败的时间，其定义为至死亡、机械通气、ICU入院或退出的时间，以先发生者为准。
在一些方面，该临床结果是：至出院的时间；或至准备好出院的时间，其通过正常的体温和呼吸速率、以及在环境空气中或≤2L辅助供氧时的稳定的氧饱和度来证明。
在一些方面，该临床结果是辅助供氧的持续时间。
在一些方面，该临床结果选自由以下项组成的组：血管加压药使用的发生率、血管加压药使用的持续时间、ECMO的发生率、开始透析的发生率、第15天或出院日(以先发生者为准)的SARS-CoV-2病毒载量、以及具有继发性细菌感染的个体的比例。
在一些方面，相较于SOC，该治疗与可接受的安全性结果相关联。
在一些方面，该安全性结果选自由以下项组成的组：不良事件的发生率和严重度；具有根据NCI CTCAE v5.0确定的严重度的不良事件的发生率和严重度；目标生命病症相对于基线的变化；以及目标临床实验室测试结果相对于基线的变化。
在一些方面，该SOC包括支持性护理、施用一种或多种抗病毒剂、和/或施用一种或多种低剂量皮质类固醇。
在一些方面，该个体为人。
在另一方面，本公开特征为一种CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其用于在治疗具有SARS-CoV-2感染的个体中使用。
在另一方面，本公开特征为一种CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其用于在减少对个体的细胞的SARS-CoV-2附着中使用。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂通过使该个体的该细胞与有效量的该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂接触来施用。
在另一方面，本公开特征为一种CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其用于在降低个体的SARS-CoV-2感染中使用。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2刺突(S)蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；(b)该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(c)该IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低该个体SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物(mimic)、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是反义寡核苷酸(ASO)或小干扰RNA(siRNA)。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1、IL12RB1和/或IL1RAPL2的结合。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、Il12RB1、或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白受体结合结构域(RBD)的结合。
在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体结合(a)血管紧张素转换酶2(ACE2)和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)ACE2和IL1RAPL2。
在另一方面，本公开特征为一种CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其用于在预防具有SARS-CoV-2感染的个体的神经组织的继发感染中使用。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(b)该IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低该个体神经组织的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL1RAPL2的结合。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL1RAPL2。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL1RAPL2；或(c)CNTN1和IL1RAPL2。
在另一方面，本公开特征为一种IL12RB1拮抗剂，其用于在预防具有SARS-CoV-2感染的个体的免疫细胞和/或淋巴组织的继发感染中使用。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，相对于不存在该IL12RB1拮抗剂时的感染，该IL12RB1拮抗剂降低该个体免疫细胞和/或淋巴组织SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是肽。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与IL12RB1的结合。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与IL12RB1结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体与ACE2和IL12RB1结合。
在另一方面，本公开特征为一种CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其用于在预防具有SARS-CoV-2感染的个体的肺部的继发感染中使用。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(b)该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂的情况下的感染，降低该个体的肺部的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL12RB1的结合。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL12RB1。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。
在一些方面，该双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)CNTN1和IL12RB1。
在一些方面，该个体患有COVID-19。
在一些方面，该个体患有COVID-19肺炎或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。
在一些方面，向个体施用至少一种附加疗法。
在一些方面，在该至少一种附加疗法之前、同时或之后向个体施用该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
在一些方面，该至少一种附加疗法是ACE2拮抗剂。
在一些方面，该至少一种附加疗法是NRP2拮抗剂。
在一些方面，该至少一种附加疗法是支持性护理疗法、抗病毒疗法或皮质类固醇疗法。
在一些方面，该支持性护理疗法包括氧疗法。
在一些方面，该抗病毒疗法包括α-干扰素、洛匹那韦(lopinavir)、利托那韦(ritonavir)、洛匹那韦/利托那韦、瑞德西韦(remdesivir)、利巴韦林(ribavirin)、羟氯喹(hydroxychloroquine)、氯喹(chloroquine)、乌非诺韦(umifenovir)、法匹拉韦(favipiravir)、或其组合。
在一些方面，该皮质类固醇疗法包括泼尼松(prednisone)、泼尼松龙(prednisolone)、甲泼尼龙、甲泼尼龙琥珀酸钠、地塞米松(dexamethasone)、地塞米松去炎松(dexamethasone triamcinolone)、氢化可的松(hydrocortisone)、倍他米松(betamethasone)或其组合。在一些方面，该皮质类固醇疗法是低剂量皮质类固醇疗法。
在一些方面，该使用达到与SOC相比在临床结果上的更大改善。
在一些方面，该临床结果是TTCI，其定义为NEWS2为≤2维持24小时。
在一些方面，该临床结果是机械通气的发生率。
在一些方面，该临床结果是ICU住院的发生率。
在一些方面，该临床结果是ICU住院的持续时间。
在一些方面，该临床结果是至临床失败的时间，其定义为至死亡、机械通气、ICU入院或退出的时间，以先发生者为准。
在一些方面，该临床结果是：至出院的时间；或至准备好出院的时间，其通过正常的体温和呼吸速率、以及在环境空气中或≤2L辅助供氧时的稳定的氧饱和度来证明。
在一些方面，该临床结果是辅助供氧的持续时间。
在一些方面，该临床结果选自由以下项组成的组：血管加压药使用的发生率、血管加压药使用的持续时间、ECMO的发生率、开始透析的发生率、第15天或出院日(以先发生者为准)的SARS-CoV-2病毒载量、以及具有继发性细菌感染的个体的比例。
在一些方面，相较于SOC，该使用与可接受的安全性结果相关联。
在一些方面，该安全性结果选自由以下项组成的组：不良事件的发生率和严重度；具有根据NCI CTCAE v5.0确定的严重度的不良事件的发生率和严重度；目标生命病症相对于基线的变化；以及目标临床实验室测试结果相对于基线的变化。
在一些方面，该SOC包括支持性护理、施用一种或多种抗病毒剂、和/或施用一种或多种低剂量皮质类固醇。
在一些方面，该个体为人。
附图说明
图1A是一组代表性显微照片，其示出了以萤光标记的重组单体胞外域(单体)抑或萤光标记的四聚体胞外域(四聚体)所表达的结合至暂时表达PD-1或PD-L2的细胞的表面的PD-L1的萤光信号，以及一对图(上图)，其示出在检定中于所指的四聚体或单体浓度下的归一化萤光强度的量化。
图1B是一组代表性显微照片，其示出了以萤光标记的重组单体胞外域(单体)抑或萤光标记的四聚体胞外域(四聚体)所表达的结合至暂时表达CD96、TIGIT、或CD226的细胞的表面的PVR的萤光信号，以及一对图(上图)，其示出在检定中于所指的四聚体或单体浓度下的归一化萤光强度的量化。
图1C是示意图，其示出了未标记的全长跨膜蛋白及包括与糖蛋白D(gD)标签和糖苷基磷脂酸肌醇(GPI)连接子(gD-GPI标签)融合的跨膜蛋白胞外域的构建体。
图1D是示意图，其示出了用于受体-配体探索的自动化基于细胞平台的设计。(1)显示一个由≈1,200个独特的STM受体和选定的同功型(STM库)组成的库，以与gD-GPI标签融合的胞外域来表达。(2)显示代表性的查询蛋白，它被表达为重组胞外域，经生物素化，并使用萤光链霉亲和素(SA)四聚化以增加结合亲和力。(3)显示包括孔的盘，其中STM库的gD-GPI标记的胞外域在哺乳动物细胞表面表达并与四聚化查询蛋白接触。通过检测测量萤光信号查询蛋白四聚体与细胞表面的结合。使用高内涵显微镜(4)获取来自个别孔的影像。计算每个影像的萤光信号强度，并代表与质膜上表达的每个受体结合的查询蛋白(5)。在数据分析和命中呼叫(hit calling)之后，使用正交技术(诸如表面等离子体共振)确认新的相互作用物(6)。
图1E是交叉图，其示出了受体B7-H3(表示为四聚化胞外域)与STM库的每种蛋白质结合的二重复检定。每个圆圈代表结合至库中独特受体的查询蛋白。独特的高分命中以红色显示。以灰色显示的命中是依经验判定的非特异性结合物。
图1F是交叉图，其示出了分泌因子GDF15(表示为四聚化胞外域)与STM库的每种蛋白质结合的二重复检定。每个圆圈代表结合至库中独特受体的查询蛋白。独特的高分命中以红色显示。以灰色显示的命中是依经验判定的非特异性结合物。
图2A是交叉图，其示出了用于结合严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白受体结合结构域(RBD)(表示为四聚化胞外域)与STM库的每种蛋白质结合的二重复检定。每个圆圈代表结合至库中独特受体的查询蛋白。独特的高分命中以红色显示。ACE2、IL12RB1、IL1RAPL2、接触蛋白-1(CNTN1)、和神经纤毛蛋白-2(NRP2)被鉴定为高分命中。
图2B是交叉图，其示出了SARS-CoV-1RBD(表示为四聚化胞外域)与STM库的每种蛋白质结合的二重复检定。每个圆圈代表结合至库中独特受体的查询蛋白。独特的高分命中以红色显示。ACE2被鉴定为高分命中。
图2C是一组代表性的免疫萤光显微照片，其示出了SARS-CoV-2刺突蛋白RBD(Cov-2 RBD)，其表示为萤光标记的四聚体胞外域，结合至表达全长ACE2、全长IL12RB1、表示为与gD-GPI融合的胞外域的IL12RB1、表示为与gD-GPI融合的胞外域的CNTN1、全长IL1RAPL2、全长NRP2、和表示为与gD-GPI融合的胞外域的NRP2的细胞表面。未转染的细胞显示为对照。细胞与50nM浓度的RBD四聚体接触。红色：RBD四聚体。蓝色：细胞核。比例尺＝50μM。
图2D是一组代表性的免疫萤光显微照片，其示出了SARS-CoV-1刺突蛋白RBD(Cov-1 RBD)，其表示为萤光标记的四聚体胞外域，结合至表达全长ACE2、全长IL12RB1、表示为与gD-GPI融合的胞外域的IL12RB1、表示为与gD-GPI融合的胞外域的CNTN1、全长IL1RAPL2、全长NRP2、和表示为与gD-GPI融合的胞外域的NRP2的细胞表面。未转染的细胞显示为对照。细胞与50nM浓度的RBD四聚体接触。红色：RBD四聚体。蓝色：细胞核。比例尺＝50μM。
图2E是一组(SPR)图，其示出了Cov-1 RBD(灰色)或Cov-2 RBD(红色)与ACE2、CNTN1、IL1RAPL2、或IL12RB1的结合。RBD蛋白固定在传感器芯片上，且指定的结合配偶体以500nM的浓度提供，作为用作可溶性分析物的重组Fc标记蛋白。为了测试与IL12RB1的结合，生物素化的RBD蛋白被捕捉到链霉亲和素传感器上，并使用生物层干涉术分析与可溶性IL21RB1-Fc的结合。
图2F是一组代表性的免疫萤光显微照片，其示出了SARS-CoV-1刺突三聚体(Cov-1三聚体)(表达为萤光标记的四聚体)与表达全长ACE2、全长IL12RB1、与gD-GPI融合的胞外结构域来表达的CNTN1、全长IL1RAPL2、和全长NRP2的细胞表面结合。未转染的细胞显示为对照。细胞与25nM浓度的RBD四聚体接触。红色：RBD四聚体。蓝色：细胞核。比例尺＝50μM。
图3A是点图，其显示人类组织中SARS CoV-2刺突结合配偶体的RNA表达(来自人类蛋白质地图的RNAseq数据)。归一化的表达水平由点的大小表示。
图3B是点图，其示出了ACE2和额外刺突蛋白受体IL12RB1、IL1RAPL2、NRP2和CNTN1在健康个体的36种不同组织类型的单一细胞(sc)RNAseq数据中的表达。scRNAseq数据获自GSE13455。表达水平由点的大小表示。
图3C是气泡图，其示出了指定细胞类型中ACE2和CNTN1的表达水平。N＝26。气泡的大小代表表达受体的细胞数量。气泡的大小代表表达刺突蛋白受体的细胞数量。scRNAseq数据获自GSE139522。
图3D是气泡图，其示出了指定细胞类型中ACE2和NRP2的表达水平。N＝26。气泡的大小代表表达受体的细胞数量。气泡的大小代表表达刺突蛋白受体的细胞数量。scRNAseq数据获自GSE139522。
图3E是一组小提琴图，其示出了在健康个体和COVID-19患者(n＝430位阳性，54位阴性)的鼻咽中，ACE2、CNTN1、NRP2和IL12RB1按病毒载量(阴性(健康个体)、低、中、或高)归一化表达水平。每一点代表个体样品。低、中及高病毒载量之间的统计显著性是通过MannWhitney U检定来计算，*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001。NS，不显著。RNAseq数据获自GSE152075。
图3F是一组小提琴图，其示出了NRP2在来自脉络丛的不同细胞丛中的表达(上图)，以及一组分割小提琴图，其示出了NRP2在非病毒和COVID-19感染个体之间在从脉络丛所收集的每种细胞类型中的差异基因表达(下图)。*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001。NS，不显著。
图3G是一组小提琴图，示出了NRP2在来自脑实质的不同细胞丛中的表达(上图)，以及一组分割小提琴图，其示出了NRP2在非病毒和COVID-19感染个体之间在从脑实质所收集的每种细胞类型中的差异基因表达(下图)。*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001。NS，不显著。
图3H是一组小提琴图，其示出了CNTN1在来自脉络丛的不同细胞丛中的表达(上图)，以及一组分割小提琴图，其示出了CNTN1在非病毒和COVID-19感染个体之间在从脉络丛所收集的每种细胞类型中的差异基因表达(下图)。*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001。NS，不显著。
图3I是一组小提琴图，示出了CNTN1在来自脑实质的不同细胞丛中的表达(上图)，以及一组分割小提琴图，其示出了CNTN1在非病毒和COVID-19感染个体之间在从脑实质所收集的每种细胞类型中的差异基因表达(下图)。*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001。NS，不显著。
图4A是一组代表性显微图，其示出了暂时表达对照载体或SARS CoV-2RBD受体ACE2、CNTN1、NRP1或NRP2的HEK/293T细胞的SARS CoV-2假型颗粒感染和显示感染量化的长条图。蓝色长条显示SARS CoV-2假型颗粒的量化。灰色长条显示水泡性口炎病毒G(VSV-G)假型活性，用作对照。将数据归一化到表达ACE2的细胞中的SARS CoV-2和VSV-G颗粒的各自感染。受感染的细胞以绿色表示；细胞核以蓝色描绘。比例尺＝200μm。针对进行多重比较的使用Sidak校正的二因子ANOVA；*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001。NS，不显著。
图4B是一组代表性显微图，其示出了暂时表达SARS CoV-2RBD受体ACE2或ACE2及TMPRSS2且经转染CNTN1、NRP1、及NRP2的HEK/293T细胞的SARS CoV-2假型颗粒感染和显示感染量化的长条图。蓝色长条显示SARS CoV-2假型颗粒的量化。灰色长条显示VSV-G假型活性，用作对照。将数据分别归一化到表达ACE2或表达ACE2+TMPRSS2的细胞中的感染。受感染的细胞以绿色表示；细胞核以蓝色描绘。比例尺＝200μm。针对进行多重比较的使用Sidak校正的二因子ANOVA；*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001。NS，不显著。
图5是显示使用用于检测的抗gD抗体所测量的胞外域-gD-GPI库成员表面表达(每个细胞的萤光强度)量化的图。所显示者为未检测到(无表达者)、低、中、及高表达者的表面染色的代表性影像。虚线表示不同表达水平的任意截断值。表达代表二个独立检定。
图6A是一组代表性免疫萤光显微照片，其示出了结合至表达NRP1、NRP2、或IL1RAPL2(表示为gD-GPI标记的胞外域)的细胞的SARS CoV-1RBD。RBD蛋白被生物素化和四聚化，并通过免疫萤光(结合；以红色显示)测量与细胞表面的结合。利用抗gD抗体来分析质膜上RBD结合配偶体的表达(抗gD；以绿色显示)。细胞核以蓝色表示。影像显示RBD四聚体在50nM浓度下的结合。比例尺＝50μm。
图6B是一组代表性免疫萤光显微照片，其示出了结合至表达NRP1、NRP2、或IL1RAPL2(表示为gD-GPI标记的胞外域)的细胞的SARS CoV-2RBD。RBD蛋白被生物素化和四聚化，并通过免疫萤光(结合；以红色显示)测量与细胞表面的结合。利用抗gD抗体来分析质膜上RBD结合配偶体的表达(抗gD；以绿色显示)。细胞核以蓝色表示。影像显示RBD四聚体在50nM浓度下的结合。比例尺＝50μm。
图7A是均匀流形逼近及投影(UMAP)维度缩减图，其示出了来自n＝4个个体的28,726个组合的嗅觉和呼吸粘膜细胞的基因表达数据。细胞丛表型在色键图中记录。scRNAseq数据获自GSE139522。
图7B是UMAP维度缩减图，其示出了图7A的scRNAseq数据集之中的ACE2(蓝色)和CNTN1(红色)的基因表达。
图7C是UMAP维度缩减图，其示出了图7A的scRNAseq数据集之中的ACE2(蓝色)和NRP2(绿色)的基因表达。
图7D是UMAP维度缩减图，其示出了图7A的scRNAseq数据集之中的ACE2(蓝色)和IL12RB1(洋红色)的基因表达。
图7E是UMAP维度缩减图，其示出了图7A的scRNAseq数据集之中的ACE2(蓝色)和IL1RAPL2(橘色)的基因表达。
图7F是气泡图，其示出了指定细胞类型中ACE2和IL12RB1的表达水平。N＝26。气泡的大小代表表达受体的细胞数量。气泡的大小代表表达刺突蛋白受体的细胞数量。scRNAseq数据获自GSE139522。
图7G是气泡图，其示出了指定细胞类型中ACE2和IL1RAPL2的表达水平。N＝26。气泡的大小代表表达受体的细胞数量。气泡的大小代表表达刺突蛋白受体的细胞数量。scRNAseq数据获自GSE139522。
图8A是一组小提琴图，其示出了感染SARS-CoV-2的个体(430人)或SARS-CoV-2阴性(54人)的年龄。每一点代表个体样品。通过Mann Whitney U检定来计算统计显著性，**p<0.01。
图8B是一组小提琴图，其示出了按年龄三分位数分层的SARS-CoV-2阳性和阴性样品中ACE2、CNTN1、IL12RB1、IL1RAPL2、和NRP2的表达水平。Q1：2-45岁；Q2：46-64岁；Q3：年龄65-90+。每一点代表个体样品。通过Mann Whitney U检定来计算统计显著性：*p<0.05，***p<0.001，NS，不显著。RNAseq数据获自GSE152075。
图9A是一组UMAP维度缩减图，其示出了脉络丛中7种细胞类型的24,072个细胞核的基因表达数据。单一细胞核RNAseq数据获自Yang等人，bioRxiv,doi.org/10.1101/2020.10.22,2020。细胞丛表型在色键图中记录。所显示的是来自脉络丛的ACE2(蓝色)和(从上到下)CNTN1、NRP2、IL12RB1和IL1RAPL2的UMAPS。
图9B是一组UMAP维度缩减图，其示出了皮质实质中8种细胞类型的23,626个细胞核的基因表达数据。单一细胞核RNAseq数据获自Yang等人，bioRxiv,doi.org/10.1101/2020.10.22,2020。细胞丛表型在色键图中记录。所显示的是来自皮质实质的ACE2(蓝色)和(从上到下)CNTN1、NRP2、IL12RB1和IL1RAPL2的UMAPS。
图9C是一组小提琴图，其示出了来自指定脉络丛组织的不同细胞丛中(从上到下)ACE2、NRP2、CNTN1、IL12RB1和IL1RAPL2的表达水平。
图9D是一组小提琴图，其示出了来自指定皮质实质组织的不同细胞丛中(从上到下)ACE2、NRP2、CNTN1、IL12RB1和IL1RAPL2的表达水平。
图10A是一组代表性显微图及长条图，其示出了暂时表达对照载体或SARS CoV-2RBD受体ACE2、IL12RB1、或IL1RAPL2的HEK/293T细胞的SARS CoV-2假型颗粒感染。蓝色长条显示SARS CoV-2假型颗粒的量化。灰色长条显示VSV-G假型活性，用作对照。将数据归一化到表达ACE2的细胞中的SARS CoV-2和VSV-G颗粒的各自感染量。受感染的细胞以绿色表示；细胞核以蓝色描绘。比例尺＝200μm。针对进行多重比较的使用Sidak校正的二因子ANOVA；*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001。NS，不显著。
图10B是一组代表性显微图及长条图，其示出了暂时表达ACE2或ACE2及TMPRSS2且经转染IL12RB1或IL1RAPL2的HEK/293T细胞的SARS CoV-2假型颗粒感染。蓝色长条显示SARS CoV-2假型颗粒的量化。灰色长条显示VSV-G假型活性，用作对照。将数据分别归一化到表达ACE2或表达ACE2+TMPRSS2的细胞中的个别感染水平。受感染的细胞以绿色表示；细胞核以蓝色描绘。比例尺＝200μm。针对进行多重比较的使用Sidak校正的二因子ANOVA；*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001。NS，不显著。
具体实施方式
I.定义
除非另有定义，否则本文中使用的所有技术术语、符号和其他科学术语旨在具有本发明所属领域的技术人员通常理解的含义。在某些情况下，为了清楚和/或易于参考，本文定义了具有通常理解的含义的术语，并且在本文中包括此类定义不应解释为表示与本领域通常理解的定义具有实质性区别。
如本文所用，术语“约”指的是本技术领域技术人员易于知晓的各个值的通常误差范围。在本文中，涉及“约”的值或参数包括(并描述)指向该值或参数本身的方面。
如本文所用，单数形式的“一种(a)”、“一个(an)”和“该(the)”包括复数个所指对象，除非上下文另明确指出。例如，参考“分离的肽”指的是一种或多种分离的肽。
在整个说明书和权利要求书中，词语“包括(comprise)”或诸如“包括(comprises)”或“包括(comprising)”的变形将被理解为表示包括陈述的整数或整数组，但不排除任何其他整数或整数组。
“冠状病毒”是一种感染哺乳动物(例如人类)并引起呼吸道感染的病毒。可感染人的呼吸道并导致人呼吸道疾病(例如肺炎)的冠状病毒包括但不限于导致中东呼吸综合征(MERS)的β冠状病毒、导致严重急性呼吸综合征(SARS)的β冠状病毒、和导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒。SARS-CoV-2病毒另外可引起继发感染(例如，神经系统组织、免疫细胞、和/或淋巴组织的感染)。
“COVID-19”指的是由SARS-CoV-2感染所造成的疾病，通常以发烧、咳嗽、和呼吸短促为特征，并可能发展为肺炎和呼吸衰竭。在一个实施例中，患有COVID-19的患者是通过针对来自患者的试样(例如呼吸道、血液、尿液、粪便、其他体液试样)的聚合酶链反应(PCR)测试(例如实时PCT、RT-PCT测试)SARS-CoV-2阳性来确认。在一个实施例中，患者具有SARS-CoV-2特异性抗体(例如IgG和/或IgM抗体)，例如由免疫组织化学(IHC)、酶联免疫吸附测定(ELISA)等判定。COVID-19的同义词包括但不限于“新型冠状病毒”、“2019新型冠状病毒”和“2019-nCoV”。
出于本文的目的，“发炎”指的是针对感染的免疫防御，其特征在于区域血流量增加、白血球迁移、和化学毒素释放。发炎是身体用来保护本身免受感染的一种方式。发炎的临床特征包括发红、发热、肿胀、疼痛、和身体部位功能丧失。全身性地，发炎可能产生发烧、关节和肌肉疼痛、器官功能障碍、和不适。
“肺炎”指的是一侧或双侧肺发炎，伴有密集的肺部发炎区域。在一些方面，肺炎是由于病毒感染所致。肺炎的症状可能包括发烧、发寒、咳嗽伴有痰的产生、胸痛、和呼吸短促。在一个方面，肺炎已通过胸部X射线或电脑断层(CT扫描)确认。
“严重肺炎”指的是心脏、肾脏或循环系统有衰竭风险、或肺部无法吸入足够氧气并发展为急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的肺炎。患有严重肺炎的患者通常会住院并可能在加护病房(ICU)中。通常，患者有严重的呼吸困难、呼吸窘迫、呼吸急促(>30次呼吸/min)、和缺氧，可选地伴有发烧。发绀可发生在孩童。在此定义中，诊断是临床的，且放射线造影是用于排除并发症。在一个方面，依周边微血管氧饱和度(SpO2)判定，患有严重肺炎的患者具有受损的肺功能。在一个方面，依动脉氧分压与吸入氧分率(PaO2/FiO2)的比率判定，患有严重肺炎的患者具有受损的肺功能。在一个方面，患有严重肺炎的患者具有SpO2≤93％。在一个方面，患有严重肺炎的患者具有PaO2/FiO2为<300mmHg(可选地，根据PaO2/FiO2 x[大气压力(mmHg)/760]针对高海拔地区调整)。在一个方面，患者具有呼吸窘迫(RR≥30次呼吸/分钟)。在一个方面，患者在肺造影中具有>50％的病灶。
“危急性肺炎(critical pneumonia)”指的是发生呼吸衰竭、休克和/或器官衰竭的严重肺炎患者。在一个方面，重症肺炎患者需要机械通气。
“轻度肺炎(mild pneumonia)”表现为上呼吸道病毒感染的症状，包括轻度发烧、咳嗽(干咳)、喉咙痛、鼻塞、不适、头痛、肌肉疼痛、或不适。不存在更严重疾病的病症及症状，诸如呼吸困难。
在“中度肺炎(moderate pneumonia)”中，存在诸如咳嗽和呼吸短促(或在孩童中为呼吸急促)的呼吸道症状，而没有严重肺炎的病症。中度肺炎患者可能在医院，但不在ICU或上呼吸器。
“急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory disease syndrome)”或“ARDS”指的是危及生命的肺部病况，它阻止足够的氧气进入肺部并进入血液。在一个实施例中，ARDS的诊断基于以下标准：急性发作、非心脏起源的胸部放射线摄影术上的双肺浸润，以及PaO/FiO比率<300mmHg。在一个实施例中，ARDS特征为PaO2/FiO2为200至300mmHg的“轻度ARDS”。在一个实施例中，ARDS特征为PaO2/FiO2为100至200mmHg的“中度ARDS”。在一个实施例中，ARDS特征为PaO2/FiO2为<100mmHg的“重度ARDS”。
“病毒性肺炎”指的是由一种或多种病毒进入患者所造成的肺炎。在一个方面，该病毒是DNA病毒。在一个方面，该病毒是RNA病毒。造成本文中所涵盖的病毒性肺炎的病毒实例、尤其包括由以下所造成的病毒：人类免疫不全病毒(HIV)、B型肝炎病毒、C型肝炎病毒、流感病毒(包括H1N1或“猪流感”和H5N1或“禽流感”)、兹卡病毒、轮状病毒、狂犬病病毒、西尼罗河病毒、疱疹病毒、腺病毒、呼吸道融合细胞病毒(RSV)、诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、鼻病毒、人类乳突病毒(HPV)、小儿麻痹病毒、登革热、伊波拉病毒、和冠状病毒。在一个方面，病毒性肺炎是由冠状病毒所造成。在一个方面，病毒性肺炎是由SARS CoV-2所造成。
术语“患者”在本文中指的是人患者。在一个实施例中，患者住院。
药物的“静脉内”或“iv”剂量、施用、或制剂是经由静脉、例如通过输注来施用的。
药物的“皮下”或“sc”剂量、施用、或制剂是在皮肤下，例如经由预填充注射器、自动注射器或其他装置施用的。
药物的“基于体重的剂量”指的是基于患者体重的剂量。在药物为托珠单抗(tocilizumab)的一优选实施例中，基于体重的剂量为8mg/kg(可选地为≤800mg的剂量)。
药物的“固定剂量”指的是在不考虑患者体重所施用的剂量。
出于本文的目的，“临床状态”指的是患者的健康状况。实例包括患者正在改善或恶化。在一个实施例中，临床状态基于临床状态的顺序尺度(ordinal scale)。在一个实施例中，临床状态不基于患者是否有发烧。
“临床状态的顺序尺度(ordinal scale of clinical status)”指的是用于量化无因次(non-dimensional)的结果的量表。它们包括可包括单一时间点的结果，或者可检验二个时间点之间发生的变化。在一个实施例中，两个时间点是“第1天”(当施用IL-6拮抗剂(诸如托珠单抗)的第一剂量，例如8mg/kg时)与“第28天”(当患者被评估时)，并且可选地，在“第60天”(当患者被进一步评估时)来比较。顺序尺度包括各种“类别”，每个类别评估患者状态或结果。在一个实施例中，顺序尺度为“7类顺序尺度”。
在一个实施例中，“7类顺序尺度”包括以下用于评估患者状态的类别：
1.出院(或“准备出院”，例如，通过正常的体温和呼吸速率、在环境空气中或≤2L辅助供氧时的稳定的氧饱和度来证明)
2.不需要辅助供氧的非ICU病房(或“准备住院病房”)
3.需要辅助供氧的非ICU病房(或“准备住院病房”)
4.ICU或非ICU病房，需要非侵入式通气或高流量氧气
5.ICU，需要插管和机械通气
6.ICU，需要ECMO或机械通气和另外的器官支持(例如血管加压药、肾脏替代疗法)
7.死亡。
“基线”指的是刚好在治疗之前和/或刚好在生物标记分析之前的患者状态。在一个方面，患者在基线时未用通气。在一个方面，患者在基线没有接受：a.持续气道正压(CPAP)，b.两阶段气道正压(BIPAP)，或c.侵入式通气。在一个方面，患者在环境空气中的SpO2<94％。在一个方面，患者在基线时没有活动性细菌、真菌、病毒、或其他感染(除了COVID-19)。在一个方面，患者的丙氨酸氨基转移酶(ALT)或天冬氨酸氨基转移酶(AST)>基线时正常上限(ULN)的5倍。在一个方面，患者在基线时具有绝对嗜中性球计数(ANC)<1000个/mL。在一个实施例中，患者在基线时具有血小板计数<50,000个/mL。
生物标记的“升高”量指的是患者的该生物标记的量高于正常上限(ULN)。“高于正常上限的量”指的是在受试者)包括健康受试者)或患者(包括患有肺炎或经历发炎的个体)中异常或非典型的生物标记的量。
出于本文的目的，“标准护理”或“SOC”指的是通常用于治疗肺炎(例如病毒性肺炎，诸如COVID-19肺炎)患者的治疗或药物，包括尤其是支持性护理、施用一种或多种抗病毒剂，和/或施用一种或多种皮质类固醇。在一个实施例中，SOC包括抗病毒(例如瑞德西韦或阿奇霉素)和/或皮质类固醇(例如地塞米松(dexamethasone)或泼尼松(prednisone))治疗。
“支持性护理”包括但不限于：呼吸支持(例如经由面罩或鼻插管氧疗法、高流量鼻氧疗法或非侵入式机械通气、侵入式机械通气、经由体外膜氧合(ECMO)等)；循环支持(例如输液复苏术、促进微循环(boost microcirculation)、血管活性药物(vasoactive drug))；肾脏替代疗法；血浆疗法；血液净化疗法；血必净注射(Xuebijing Injection)(例如，100mL/天，一天二次)；微生态制剂(例如益生菌、益生元(prebiotics)、和合生元(synbiotics))；抗发炎剂(例如非类固醇抗发炎药，例如NSAID)；草药；血浆(例如恢复期血浆)等。
“抗病毒”剂包括但不限于：α-干扰素、洛匹那韦、利托那韦、洛匹那韦/利托那韦、瑞德西韦、阿奇霉素、利巴韦林、羟氯喹或氯喹(有或没有阿奇霉素)、乌非诺韦、法匹拉韦等。可选地，抗病毒剂与α-干扰素、利托那韦、和/或阿奇霉素(azithromycin)组合使用。在一个实施例中，抗病毒剂是瑞德西韦或阿奇霉素。
“瑞德西韦(remdesivir)”是一种抗病毒药物，是核苷酸类似物，特别是腺苷类似物，其可插入病毒RNA链中，造成它们过早终止。其分子式为C27H35N6O8P，且IUPAC名称为2-乙基丁基(2S)-2-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基吡咯并[2,1-f][1,2,4]三嗪-7-基)-5-氰基-3,4-二羟基氧口柬(dihydroxyoxolan)-2-基]甲氧基-苯氧基磷酰基]氨基]丙酸酯。瑞德西韦的实验室名称为GS-5734，其CAS编号为1809249-37-3。它在美国专利号9,724,360中有描述，由Gilead Sciences制造。
“皮质类固醇”指的是具有类固醇的一般化学结构的几种合成或天然存在的物质中的任何一种，其模拟或增强天然存在的皮质类固醇的作用。合成皮质类固醇的实例包括泼尼松(prednisone)、泼尼松龙(prednisolone)(包括甲泼尼龙，诸如甲泼尼龙琥珀酸钠)、地塞米松(dexamethasone)或地塞米松去炎松(dexamethasone triamcinolone)、氢化可的松(hydrocortisone)和倍他米松(betamethasone)。在一个方面，皮质类固醇选自泼尼松(prednisone)、甲泼尼龙(methylprednisolone)、氢化可的松(hydrocortisone)及地塞米松(dexamethasone)。在一个方面，该皮质类固醇为甲泼尼龙。在一个方面，该皮质类固醇为“低剂量”糖皮质素(例如≤1-2mg/kg/天的甲泼尼龙，例如3-5天)。在一个方面，该皮质类固醇为地塞米松(例如，地塞米松，口服或IV施用6mg，每天一次，达至10天)或泼尼松。
“抗发炎剂”是一种减轻发炎的药物。实例包括但不限于：类固醇(例如地塞米松)抗ST2(艾特利单抗(astegolimab)；MSTT1041A)、IL-22Fc(UTTR1147A；参见例如US2014/0314711)、斯他汀类药物、IL-6拮抗剂等。
“免疫调节剂”是一种控制免疫系统的药物。实例包括例如IL-6拮抗剂、托珠单抗(tocilizumab)、沙立芦人单抗(sarilumab)、阿那白滞素(anakinra)、巴瑞替尼(baricitinib)、卡那单抗(canakinumab)、鲁索替尼(ruxolitinib)等。
“抗凝血剂”是一种有助于预防血栓的药物，例如肝素。
“抗纤维化剂”是一种减缓或阻止纤维化的药物，例如酪氨酸激酶抑制剂(例如伊马替尼(imatinib))或吡非尼酮(pirfenidone)。
“抗病毒抗体”是结合至病毒且优选地中和病毒感染患者和/或在患者体内复制能力者。在一个实施例中，它包括二种或更多种抗病毒抗体的混合物，例如REGN-COV2。
“非类固醇抗发炎药”或“NSAID”的实例包括阿司匹林(aspirin)、乙酰水杨酸、布洛芬(ibuprofen)、氟比洛芬(flurbiprofen)、萘普生(naproxen)、吲哚美洒辛(indomethacin)、舒林酸(sulindac)、托美汀(tolmetin)、丁二苯吡唑二酮、双氯芬酸、酮洛芬、贝诺酯(benorylate)、甲芬那酸(mefenamic acid)、氨甲喋呤、苯布芬(fenbufen)、阿扎丙酮(azapropazone)、COX-2抑制剂，诸如塞来昔布(celecoxib)(4-(5-(4-甲基苯基)-3-(三氟甲基)-1H-吡唑-1-基)苯磺酰氨)、伐地昔布(valdecoxib)美洛昔康(meloxicam)/>GR 253035(Glaxo Wellcome)；和MK966(Merck Sharp&Dohme)，其包括其盐和衍生物等。具体实施例包括：阿司匹林、萘普生、布洛芬、吲哚美洒辛、和托美汀。
本文中的“人白介素6”(简称“IL-6”)是一种细胞激素，又称B细胞刺激因子2(BSF-2)或干扰素β-2(IFNB2)、融合瘤生长因子、及CTL分化因子。IL-6被发现是一种促进B细胞活化的分化因子(Hirano等人，Nature324:73-76(1986))，且后来发现为一种多功能细胞介素，其影响多种不同细胞类型的功能运作(Akira等人，Adv.in Immunology54:1-78(1993))。天然存在的人IL-6变体是已知的并包括在此定义中。人IL-6氨基酸序列数据已经公开，参见例如UniProt P05231。
“有效量”指的是有效产生治疗/预防益处(例如，如本文所述)的剂(例如，治疗剂)的量，其不会被不想要的/不期望的副作用所超过。
“IL-6拮抗剂”指的是经由结合至人IL-6或人IL-6受体来抑制或阻断IL-6生物活性的药剂。在一个实施例中，该IL-6拮抗剂为抗体。在一个实施例中，该IL-6拮抗剂为结合IL-6受体的抗体。结合IL-6受体的抗体包括托珠单抗(包括静脉内iv、和皮下sc、其制剂((Chugai,Roche,建南德克)、萨特利珠单抗(satralizumab)(Chugai、Roche、建南德克)、沙立芦人单抗(sarilumab)(Sanofi,Regeneron)、NI-1201(Novimmune及Tiziana)、和沃巴利珠单抗(vobarilizumab)(Ablynx)。在一个实施例中，该IL-6拮抗剂为结合IL-6的单克隆抗体。结合IL-6的抗体包括西卢卡单抗(Sirukumab)(Centecor,Janssen)、奥洛组单抗(olokizumab)(UCB)、克拉扎珠单抗(clazakizumab)(BMS和Alder)、司妥昔单抗(siltuximab)(Janssen)、EBI-031(Eleven Biotherapeutics和Roche)。在一个实施例中，该IL-6拮抗剂为奥兰基塞(olamkicept)。
出于本文的目的，“人白介素6受体”(缩写为“IL-6R”)指的是结合IL-6的受体，包括膜结合的IL-6R(mIL-6R)和可溶性IL-6R(sIL-6R)两者。IL-6R可与白介素6信号转导糖蛋白130组合以形成活性受体复合物。已经报导了编码IL-6的不同同功型的替代性剪接转录变体，且该变体包括在此定义中。已经描述了人IL-6R的氨基酸序列结构及其胞外结构域；例如，参见Yamasaki等人，Science,241:825(1988)。
本文中的“中和”抗IL-6R抗体是结合IL-6R并且能够在可测量的程度上抑制IL-6结合和/或活化IL-6R的能力的抗体。托珠单抗是中和抗IL-6R抗体的实例。
“托珠单抗”或“TCZ”为结合至人白介素-6受体(IL-6R)的重组人源化单克隆抗体。其为具有形成二个抗原结合位点的二条重链及二条轻链的IgG1κ(γ1,κ)抗体。在一优选实施例中，托珠单抗的轻链及重链氨基酸序列分别包括SEQ ID NOs:7及8。
关于IL-6拮抗剂，“有效量”指的是IL-6拮抗剂(例如IL-6受体抗体，诸如托珠单抗)对治疗肺炎(例如病毒性肺炎，包括COVID-19肺炎)和/或用于治疗急性呼吸窘迫综合征(ARDS)有效的量。
术语“医药制剂”指的是一种制剂，其呈允许活性成分的生物活性有效的形式，且其不含对制剂所施用的受试者具有不可接受的毒性的其他组分。此类制剂为无菌的。在一个实施例中，该制剂用于静脉内(iv)施用。在另一实施例中，该制剂用于皮下(sc)施用。
本文中的“天然序列”蛋白质指的是包括自然界中发现的蛋白质的氨基酸序列的蛋白质，包括蛋白质的天然存在的变体。本文使用的术语包括从其天然来源分离的或重组产生的蛋白质。
除非另有说明，否则如本文所使用的术语“蛋白质”指的是来自任何脊椎动物来源的任何天然蛋白质，该脊椎动物包括哺乳动物，诸如灵长类动物(例如，人类)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语涵盖“全长”未经加工的蛋白质及在细胞中加工产生的任何形式的蛋白质。该术语还涵盖蛋白质的天然存在的变体，例如剪接变体或等位基因变体，例如氨基酸取代型突变或氨基酸缺失突变。该术语也包括蛋白质的分离区域或结构域，例如胞外结构域(ECD)。
“经分离的”蛋白质或多肽是从其自然环境的组分中分离出来的蛋白质或多肽。在一些方面，将抗体纯化至大于95％或99％纯度，通过(例如)电泳(例如SDS-PAGE、等电位聚焦(IEF)、毛细管电泳)或层析(例如，离子交换或反相HPLC)来测定。
“分离的”核酸指的是已经与其天然环境的组分分离的核酸分子。分离的核酸包括通常包括核酸分子的细胞中所含的核酸分子，但是核酸分子存在于染色体外或与自然染色体位置不同的染色体位置。
如本文所用，术语“单一跨膜受体(single transmembrane receptor)”、“单通道跨膜受体(single-pass transmembrane receptor)”或“STM受体”指的是具有单一跨膜结构域的蛋白质。在一些方面，STM受体在细胞表面表达。示例性STM受体提供于Martinez-Martin等人，Cell,174(5):1158-1171,2018和Clark等人，Genome Res,13:2265-2270,2003。在一些方面，STM蛋白具有UniProt注解“富含白氨酸”、“富含半胱氨酸”、“ITIM/ITAM”(基于免疫受体酪氨酸的抑制模体/基于免疫受体酪氨酸的活化模体)、“TNFR”(肿瘤坏死因子受体)、“TLR/ILR”(类铎受体/白介素受体)“、臂板蛋白(semaphorin)”、“类激酶”、“类Ig”(类免疫球蛋白样)、“纤连蛋白(fibronectin)”、“ephrin”、“EGF”、“细胞介素R”、或“钙粘蛋白(cadherin)”。STM受体可基于例如信号肽的存在或氨基酸序列中预测的跨膜区来鉴定。在一些方面，STM受体表达为胞外结构域。
如本文所用，术语“胞外结构域(extracellular domain)”或“ECD”指的是经预测为位于细胞外质膜外部的蛋白质结构域。在一些情况下，ECD是受体ECD，例如STM受体。在一些方面，ECD是血管紧张素转换酶2(ACE2)的ECD；神经纤毛蛋白-2(NRP2)的ECD；白介素12受体亚基β1(IL12RB1)的ECD；接触蛋白-1(CNTN1)的ECD，或类白介素1受体辅助蛋白2(IL1RAPL2)的ECD。在一些方面，胞外结构域的边界可通过预测表明蛋白质穿过质膜的结构域，例如跨膜结构域(例如，跨膜螺旋)来鉴定。在一些方面，胞外结构域的存在可通过结构域、序列或模体的存在来预测，所述结构域、序列或模体指示蛋白质被运输至细胞膜，例如信号序列或糖苷基磷脂酸肌醇(GPI)连接位点。在一些方面，ECD的边界根据UniProt注解来判定。在一些方面，ECD是可溶的。在一些方面，胞外结构域在全长蛋白质的背景下表达。在其他方面，胞外结构域表达为分离的胞外结构域，例如仅包括预测为胞外的蛋白质的氨基酸残基的氨基酸残基序列。
如本文所用，术语“SARS-CoV-2刺突蛋白”和“SARS-CoV-2S蛋白”指的是锚定在SARS-CoV-2病毒包膜外表面上、并形成病毒表面可见的类刺突起的蛋白质。SARS-CoV-2刺突蛋白由S1和S2亚基构成，S1亚基位于刺突的头部且包括受体结合结构域(RBD)。各刺突是由三个S蛋白构成的三聚体，在本文中称为“刺突蛋白三聚体”或“刺突三聚体”。示例性的SARS-CoV-2刺突蛋白具有SEQ ID NO:1的序列。
如本文所用，术语“SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合结构域”、“SARS-CoV-2S蛋白受体结合结构域”、“SARS-CoV-2刺突蛋白RBD”和“SARS-CoV-2S蛋白RBD”指的是SARS-CoV-2S蛋白S1亚基的一部分，其参与宿主细胞(例如人类细胞)的受体结合。示例性的SARS-CoV-2S蛋白RBD具有SEQ ID NO:3的序列。SARS-CoV-2S蛋白S1亚基的其他截断形式也涵盖。
在一些方面，分离的ECD或SARS-CoV-2S蛋白RBD包括在融合蛋白中。在一些方面，包括在融合蛋白中增加了ECD或SARS-CoV-2S蛋白RBD的溶解度、表达的容易度、捕捉的容易度(例如，在涂覆有蛋白A的板上)、多聚化、或一些其他所需的特性。在一些方面，ECD或ECD融合蛋白或SARS-CoV-2S蛋白RBD或SARS-CoV-2S蛋白RBD融合蛋白为单体。在其他方面，ECD或ECD融合蛋白或SARS-CoV-2S蛋白RBD或SARS-CoV-2S蛋白RBD融合蛋白为多聚体，例如四聚体或五聚体。在一些方面，ECD或SARS-CoV-2S蛋白RBD与人IgG融合。在一些方面，ECD或SARS-CoV-2S蛋白RBD与人Fc标签融合。在一些方面，ECD或SARS-CoV-2S蛋白RBD与AvidityAVITAGTM(Avi标签)融合。在一些方面，ECD或SARS-CoV-2S蛋白RBD与多组氨酸(His)标签融合。在一些方面，ECD或SARS-CoV-2S蛋白RBD融合到糖蛋白D(gD)标签和糖苷基磷脂酸肌醇(GPI)连接子，例如gD-GPI标签。在其他方面，ECD或SARS-CoV-2S蛋白RBD与大鼠软骨寡聚基质蛋白(COMP)和β-内酰氨酶蛋白的五聚化结构域融合，例如，如Bushell等人，Genome Res,18:622-630,2008所述。在一些方面，ECD融合蛋白或SARS-CoV-2S蛋白RBD融合蛋白进一步包括切割序列，例如TEV切割序列，以允许去除一个或多个结构域。在一些情况下，具有在可切割序列处可切割的Avi标签和Fc标签的ECD融合蛋白或SARS-CoV-2S蛋白RBD融合蛋白被进一步加工以去除Fc标签、生物素化Avi标签，并将生物素化ECD融合蛋白或SARS-CoV-2S蛋白RBD融合蛋白与萤光链霉亲和素(SA)融合，例如以形成四聚化ECD融合蛋白或SARS-CoV-2S蛋白RBD融合蛋白。在一些情况下，分离的ECD或ECD融合蛋白或SARS-CoV-2S蛋白RBD融合蛋白是经纯化的。
如本文所用，“调节剂”是调节(例如，增加、降低、活化、或抑制)给定生物活性，例如相互作用或由相互作用产生的下游活性的药剂。调节剂或候选调节剂可为例如小分子、抗体、抗原结合片段(例如双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、ScFab、VH结构域、或VHH结构域)、肽、模拟物、或抑制性核酸(例如反义寡核苷酸(ASO)或小干扰RNA(siRNA))。
“增加”或“活化”意指造成总体增加例如20％或更大、50％或更大、或75％、85％、90％、或95％或更大的能力。在一些方面，增加或活化可指蛋白质-蛋白质相互作用的下游活性。
“降低”或“抑制”意指造成总体降低例如20％或更大、50％或更大、或75％、85％、90％、或95％或更大的能力。在一些方面，减少/降低或抑制可指蛋白质-蛋白质相互作用的下游活性。
“亲和力”指分子(例如受体)的单个结合位点与其结合配偶体(例如配体)之间的非共价相互作用总和的强度。除非另有说明，否则如本文中所使用的“结合亲和力”系指反映结合对成员(例如受体及配体)之间1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对于其搭配物Y的亲和力通常可通过解离常数(KD)来表示。可以通过本领域已知的常规方法测量亲和力，包括那些本文所述的方法。
如本文所使用，“复合物”或“复合的”涉及两个或多个分子不是经由肽键的键和/或力(例如，范德华力、疏水力、亲水力)相互作用的缔合。在一个方面，复合物为异多聚体。应理解，如本文所使用，术语“蛋白质复合物”或“多肽复合物”包括具有与蛋白质复合物中的蛋白质结合的非蛋白质实体的复合物(例如，包括，但不限于，例如毒素或检测剂的化学分子)。
术语“宿主细胞”、“宿主细胞系”和“宿主细胞培养物”可互换使用，指的是已向其中引入外源性核酸的细胞，包括这样的细胞的子代细胞。宿主细胞包括“转染细胞”、“转化细胞”、及“转化体”，其包括原代转化细胞及由其衍生的后代细胞，而与继代次数无关。子代细胞的核酸含量可能与亲代细胞不完全相同，但可能含有突变。本文包括与自原始转化细胞中所筛选或选择具有相同功能或生物活性的突变子代细胞。在一些方面，宿主细胞以外源核酸稳定转化。在其他方面，宿主细胞以外源核酸暂时转化。
如本文所用，术语“血管紧张素转换酶2”或“ACE2”，泛指任何哺乳动物来源的任何天然ACE2，该哺乳动物来源包括灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)，除非另有说明。该术语包括全长ACE2和ACE2的孤立区域或结构域，例如ACE2 ECD。该术语还涵盖天然ACE2变异体，例如剪接变异体或等位基因变异体。示例性人ACE2的氨基酸序列显示于UniProt登录号Q9BYF1。本发明还涵盖次要序列变异，特别是不影响ACE2的功能和/或活性的ACE2的保守氨基酸取代。
如本文所用，术语“接触蛋白-1”或“CNTN1”，泛指任何哺乳动物来源的任何天然CNTN1，该哺乳动物来源包括灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)，除非另有说明。该术语包括全长CNTN1和CNTN1的孤立区域或结构域，例如CNTN1 ECD。该术语还涵盖天然CNTN1变异体，例如剪接变异体或等位基因变异体。示例性人CNTN1的氨基酸序列显示于UniProt登录号Q12860。本发明还涵盖次要序列变异，特别是不影响CNTN1的功能和/或活性的CNTN1的保守氨基酸取代。
如本文所用，术语“神经纤毛蛋白-2”或“NRP2”，泛指任何哺乳动物来源的任何天然NRP2，该哺乳动物来源包括灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)，除非另有说明。该术语包括全长NRP2和NRP2的孤立区域或结构域，例如NRP2 ECD。该术语还涵盖天然NRP2变异体，例如剪接变异体或等位基因变异体。示例性人NRP2的氨基酸序列显示于UniProt登录号O60462。本发明还涵盖次要序列变异，特别是不影响NRP2的功能和/或活性的NRP2的保守氨基酸取代。
如本文所用，术语“白介素12受体亚基β1”或“IL12RB1”，泛指任何哺乳动物来源的任何天然IL12RB1，该哺乳动物来源包括灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)，除非另有说明。该术语包括全长IL12RB1和IL12RB1的孤立区域或结构域，例如IL12RB1ECD。该术语还涵盖天然IL12RB1变异体，例如剪接变异体或等位基因变异体。示例性人IL12RB1的氨基酸序列显示于UniProt登录号P42701。本发明还涵盖次要序列变异，特别是不影响IL12RB1的功能和/或活性的IL12RB1的保守氨基酸取代。
如本文所用，术语“类白介素1受体辅助蛋白2”或“IL1RAPL2”，泛指任何哺乳动物来源的任何天然IL1RAPL2，该哺乳动物来源包括灵长类动物(例如人)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)，除非另有说明。该术语包括全长IL1RAPL2和IL1RAPL2的孤立区域或结构域，例如IL1RAPL2 ECD。该术语还涵盖天然IL1RAPL2变异体，例如剪接变异体或等位基因变异体。示例性人IL1RAPL2的氨基酸序列显示于UniProt登录号Q9NP60。本发明还涵盖次要序列变异，特别是不影响IL1RAPL2的功能和/或活性的IL1RAPL2的保守氨基酸取代。
术语“CNTN1的拮抗剂”或“CNTN1拮抗剂”指的是降低由CNTN1与其一个或多个结合配偶体(例如SARS-CoV-2刺突(S)蛋白)相互作用产生的信号传导的分子。该CNTN1拮抗剂可使得CNTN1与其一个或多个结合配偶体(例如SARS-CoV-2S蛋白)的结合降低(相对于不存在该拮抗剂时的两种蛋白质的结合)。CNTN1活性的拮抗剂可包括抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、肽(例如多聚肽，例如多聚CNTN1多肽)、寡肽、抑制性核酸(例如ASO或siRNA)、和降低由CNTN1与其一个或多个结合配偶体(例如SARS-CoV-2S蛋白)相互作用产生的信号传导的其他分子。
术语“IL12RB1的拮抗剂”或“IL12RB1拮抗剂”指的是降低由IL12RB1与其一个或多个结合配偶体(例如SARS-CoV-2S蛋白)相互作用产生的信号传导的分子。该IL12RB1拮抗剂可使得IL12RB1与其一个或多个结合配偶体(例如SARS-CoV-2S蛋白)的结合降低(相对于不存在该拮抗剂时的两种蛋白质的结合)。IL12RB1活性的拮抗剂可包括抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、肽(例如多聚肽，例如多聚IL12RB1多肽)、寡肽、抑制性核酸(例如ASO或siRNA)、和降低由IL12RB1与其一个或多个结合配偶体(例如SARS-CoV-2S蛋白)相互作用产生的信号传导的其他分子。
术语“IL1RAPL2的拮抗剂”或“IL1RAPL2拮抗剂”指的是降低由IL1RAPL2与其一个或多个结合配偶体(例如SARS-CoV-2S蛋白)相互作用产生的信号传导的分子。该IL1RAPL2拮抗剂可使得IL1RAPL2与其一个或多个结合配偶体(例如SARS-CoV-2S蛋白)的结合降低(相对于不存在该拮抗剂时的两种蛋白质的结合)。IL1RAPL2活性的拮抗剂可包括抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、肽(例如多聚肽，例如多聚IL1RAPL2多肽)、寡肽、抑制性核酸(例如ASO或siRNA)、和降低由IL1RAPL2与其一个或多个结合配偶体(例如SARS-CoV-2S蛋白)相互作用产生的信号传导的其他分子。
如本文所用，术语“载体”指的是能够繁殖与其连接的另一核酸的核酸分子。该术语包括作为自我复制核酸结构的载体以及掺入已引入该宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够引导与其操作性连接的核酸的表达。这样的载体在本文称为“表达载体”。
本文中的术语“抗体”以最广义使用且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)及抗体片段，只要其等展示出预期抗原结合活性即可。
“抗原结合片段”或“抗体片段”指的是除完整抗体以外的分子，其包括一部分完整抗体，其结合完整抗体会结合的抗原。抗原结合片段的实例包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、单链抗体分子(例如，scFv、scFab)抗原片段形成的多特异性抗体。
单结构域抗体为包括抗体的重链可变结构域的全部或部分或抗体的轻链可变结构域的全部或部分的抗体片段。在某些实施例中，单结构域抗体为人单结构域抗体(参见例如美国第6,248,516B1号专利)。单结构域(single-domain)抗体的实例包括但不限于VHH。
“Fab”片段是通过木瓜蛋白酶消化抗体产生的抗原结合片段，并完整的L链以及H链的可变区域(VH)及一个重链的第一恒定结构域(CH1)组成。抗体的木瓜蛋白酶消化产生两个相同的Fab片段。胃蛋白酶对抗体的处理产生单一大的F(ab')2片段，该片段大致对应于两个具有两价抗原结合活性并且仍能够交联抗原的双硫键连接的Fab片段。Fab'片段与Fab片段的不同之处在于，在CH1结构域的羧基末端具有额外的少数残基，其包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab'-SH指的是恒定结构域的半胱氨酸残基带有一个游离硫醇基的Fab'。F(ab')2抗体片段最初作为成对Fab'片段产生，其具有铰链半胱氨酸。抗体片段的其他化学耦联也是已知的。
本文中术语“Fc区域”用于定义免疫球蛋白重链的C端区域，包括天然序列Fc区域及变异Fc区域。尽管免疫球蛋白重链的Fc区域的边界可能略有变化，但通常将人IgG重链的Fc区域定义为从Cys226或Pro230位置的氨基酸残基延伸至其羧基端。例如，在抗体生产或纯化过程中，或通过重组工程化编码抗体重链的核酸，可去除Fc区域的C端离氨酸(根据EU编号系统的残基447)。因此，完整抗体的组合物可包括去除所有Lys447残基的抗体群体、未去除Lys447残基的抗体群体及具有包括及不包括Lys447残基的抗体混合物的抗体群体。
“Fv”由紧密、非共价结合的一个重链可变区结构域和一个轻链可变区结构域的二聚体组成。由这两个结构域的折叠产生六个高度变异环(H和L链各3个环)，这些环形成用于抗原结合的氨基酸残基，并赋予抗体以抗原结合特异性。然而，即使单一可变结构域(或仅包括三个针对抗原的CDR的半个Fv)也具有辨识和结合抗原的能力，尽管亲和力低于整个结合位点。
术语“全长抗体”、“完整抗体”及“全抗体”在本文中可互换使用，指的是具有与天然抗体结构实质上类似的结构或具有含有如本文中所定义的Fc区域的重链的抗体。
“单链Fv”也简称为“sFv”或“scFv”，是包括连接到单一多肽链中的VH和VL抗体结构域的抗体片段。较佳地，scFv多肽在VH及VL结构域之间进一步包括多肽连接子，其使scFv能够形成用于抗原结合的所需结构。关于scFv片段的综述，参见Plückthun，ThePharmacology of Monoclonal Antibodies，第113卷，Rosenburg及Moore编，Springer-Verlag，New York，第269页至第315页(1994)；Malmborg等人，J.Immunol.Methods 183:7-13,1995。
术语“小分子”指的是分子量为约2000道耳顿或更小，例如约1000道耳顿或更小的任何分子。在一些方面，小分子是小有机分子。
如本文所用，术语“模拟物”或“分子模拟物”指的是多肽，其在构形和/或结合能力(例如，二级结构、三级结构)与给定多肽或所述多肽的一部分具有足够相似性，以结合所述多肽的结合配偶体。模拟物可用与其模拟的多肽相同、更低或更高的亲和力与结合配偶体结合。分子模拟物与其模拟的多肽可能具有或不具有明显的氨基酸序列相似性。模拟物可以是天然存在的，也可以是经过工程改造的。在一些方面，模拟物是结合对成员的模拟物。又在其他方面，模拟物是与结合对的成员结合的另一种蛋白质的模拟物。在一些方面，模拟物可进行模拟多肽的所有功能。在其他方面，模拟物不进行模拟多肽的所有功能。
如本文所用，术语“允许二种或更多种蛋白质彼此结合的条件”指的条件(例如蛋白质浓度、温度、pH、盐浓度)，是在其下，二种或更多种蛋白质在不存在调节剂或候选调节剂的情况下会相互作用。允许结合的条件可针对个别蛋白质而异，并且可因蛋白质-蛋白质相互作用检定(例如，、生物层干涉、酶联免疫吸附测定(ELISA)、细胞外相互作用检定和细胞表面相互作用检定)而异。
相对于参考多肽序列的“百分比(％)氨基酸序列同一性”，指的是候选序列中氨基酸残基与参考多肽序列中的氨基酸残基相同的百分比，在比对序列并引入差异后(如有必要)，可实现最大的序列同一性百分比，并且不考虑将任何保守性替换作为序列同一性的一部分。为确定氨基酸序列同一性百分比的目的而进行的比对可透过本领域中技术范围内的各种方式实现，例如，使用公众可取得的电脑软体诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域的技术人员可确定用于比对序列的合适参数，包括在所比较的序列全长上实现最大比对所需的任何演算法。然而，出于本文的目的，使用序列比较电脑程序ALIGN-2产生％氨基酸序列同一性值。ALIGN-2序列比较电脑程序由建南德克公司(Genentech,Inc.)编写，原始程序码已与用户文档一起存档于美国版权局，华盛顿特区，20559，并以美国版权注册号TXU510087进行注册。ALIGN-2程序可从加利福尼亚南三藩市的建南德克公司(Genentech,Inc.)公众可取得，也可以从原始程序码进行编译。ALIGN-2程序应编译为在UNIX作业系统(包括数位UNIX V4.0D)上使用。所有序列比较参数均由ALIGN-2程序设置，并且没有变化。
在使用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情况下，既定氨基酸序列A对、与、或相对于既定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(其可选地表述为既定氨基酸序列A，其对、与、或相对于既定氨基酸序列B具有或包括一定％的氨基酸序列同一性)计算如下：
100乘以分数X/Y
其中X是序列比对程序ALIGN-2在A与B程序比对中评分为同一匹配的氨基酸残基数，Y是B中氨基酸残基的总数。应当理解的是，在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况下，A与B的％氨基酸序列同一性将不等于B与A的％氨基酸序列同一性。除非另有特别说明，否则如前一段所述，使用ALIGN-2电脑程序获得本文使用的所有％氨基酸序列同一值。
如本文所用，术语“样品”指的是获自或源自目标受试者和/或个体的组合物，其包括例如，基于物理、生化、化学和/或生理特性表征和/或鉴定的细胞和/或其他分子实体。举例而言，短语“疾病样品”及其变化形式指的是获自所关注个体的任何样品，其应期望或已知含有待表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于组织样品、原代或培养细胞或细胞株、细胞上清液、细胞溶解物、血小板、血清、血浆、玻璃状液、淋巴液、滑液、滤泡液、精液、羊膜液、乳汁、全血、血浆、血清、血液来源细胞、尿液、脑脊液、唾液、口腔拭子、痰、泪液、汗液、粘液、肿瘤溶解物及组织培养基、组织萃取物(诸如均质化组织)、肿瘤组织、细胞萃取物及其组合。样品可以是档案样品、新鲜样品、或冷冻样品。在一些方面，该样品为福尔马林固定及石蜡包埋的(FFPE)肿瘤组织样品。
如本文中所使用的“治疗(treatment)”(及其语法变体，诸如“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)，指的是试图改变受治疗受试者的疾病自然病程的临床干预，并且可进行预防或在临床病理过程中执行。治疗的预期效果包括但不限于预防疾病的发生或复发(例如，预防呼吸疾病(例如肺炎(例如病毒性肺炎，包括COVID-19肺炎(例如，严重COVID-19肺炎))、ARDS、气喘、慢性阻塞性肺病(COPD)、流感(例如，A型或B型流感)、肺部疾病等)或CRS(例如，由病毒感染(例如SARS-CoV-2)所造成的CRS或CAR-T细胞诱导的CRS))，降低或预防感染患者的继发感染(例如，降低或预防神经组织、免疫细胞、淋巴组织、和/或肺组织的继发感染)，缓解症状，减少疾病的任何直接或间接病理后果，降低疾病进展的速度，疾病状态的改善或缓解，以及缓解或改善预后。
疾病或病症的“病理”包括损害患者健康的所有现象。
“改善(amelioration或ameliorating)”、“减轻(alleviation或alleviating)”或其等同物，指的是医疗治疗和预防性(prophylactic或preventative)措施，其中目的是改善、预防、减缓(减小)、减少或抑制疾病或病况，例如呼吸疾病(例如肺炎(例如病毒性肺炎，包括COVID-19肺炎(例如，严重COVID-19肺炎))、ARDS、气喘、慢性阻塞性肺病(COPD)、流感(例如，A型或B型流感)、肺部疾病等)或CRS(例如，由病毒感染(例如COVID-19)所造成的CRS或CAR-T细胞诱导的CRS)。需要治疗的人包括已患有疾病或病症的人，以及易于患疾病或病症的人或待预防疾病或病症的人。
II.鉴定蛋白质-蛋白质相互作用调节剂的方法
A.鉴定SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1之间相互作用的调节剂的方法
接触蛋白-1(CNTN1)被鉴定为以前未被识别的宿主细胞因子，可直接与SARS-CoV-2刺突(S)蛋白相互作用。本文提供了用于鉴定CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白之间相互作用的调节剂的方法(例如，CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白RBD之间相互作用的调节剂)，例如，CNTN1或SARS-CoV-2S蛋白拮抗剂可降低CNTN1和SARS-CoV-2S蛋白的结合和/或降低由相互作用引起的下游活性的量、强度或持续时间，例如降低宿主细胞受SARS-CoV-2病毒的感染。
在一些方面，本公开特征为一种鉴定SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1之间相互作用的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1在该候选调节剂存在或不存在下在允许该SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1的结合的条件下接触；以及(c)测量SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1的蛋白质的结合，其中在该候选调节剂存在下的结合相对于在该候选调节剂不存在下的结合的增加或降低将该候选调节剂鉴定为该SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1之间相互作用的调节剂。增加或降低结合可使用例如表面等离子体共振、生物层干涉、或酶联免疫吸附测定(ELISA)来评估。
在一些方面，如果结合增加至少40％，则候选调节剂被鉴定为调节剂。在一些方面，结合的增加为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少至少80％、至少90％、至少100％、多于100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、95％-100％、或多于100％)。在一些方面，结合的增加为至少40％。
在一些方面，如果结合降低至少40％，则候选调节剂被鉴定为调节剂。在一些方面，结合的降低为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、或100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，结合的降低为至少40％。
在一些方面，本公开特征为一种鉴定SARS-CoV-2S蛋白的下游活性的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1在该候选调节剂存在或不存在下在允许该SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1的结合的条件下接触；以及(c)测量该SARS-CoV-2S蛋白RBD的下游活性，其中在该候选调节剂存在下的下游活性相对于在该候选调节剂不存在下的下游活性的改变将该候选调节剂鉴定为该SARS-CoV-2S蛋白的下游活性的调节剂。
在一些方面，本公开特征为一种鉴定CNTN1的下游活性的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白RBD在该候选调节剂存在或不存在下在允许CNTN1与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合的条件下接触；以及(c)测量CNTN1的下游活性，其中在该候选调节剂存在下的下游活性相对于在该候选调节剂不存在下的下游活性的改变将该候选调节剂鉴定为CNTN1的下游活性的调节剂。
在一些方面，该调节剂是该SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1的下游活性的抑制剂。在一些方面，该下游活性的变化是该下游活性的量、强度或持续时间的减少。在一些方面，该SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1的下游活性是SARS-CoV-2对细胞的感染。在一些方面，在调节剂存在下感染降低，例如降低至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、或99％或降低100％(即消除)，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％，依在病毒感染检定中所测量(例如，如Cantuti-Castelvetri等人，Science,DOI:10.1126/science.abd2985,2020所述)或使用SARS-CoV-2S蛋白假型颗粒的病毒进入试验。在一些方面，在存在该调节剂下，感染降低至少40％。
在一些方面，该调节剂是结合该SARS-CoV-2S蛋白的抗体或其抗原结合片段，例如结合至与CNTN1相互作用的SARS-CoV-2S蛋白的表位。在一些方面，该调节剂结合至该SARS-CoV-2S蛋白RBD，例如结合至与CNTN1相互作用的SARS-CoV-2S蛋白RBD的表位。在一些方面，结合该SARS-CoV-2S蛋白RBD的抗体或其抗原结合片段阻断SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1的相互作用。
在一些方面，该调节剂是结合CNTN1的抗体或其抗原结合片段，例如结合至与SARS-CoV-2S蛋白RBD相互作用的CNTN1的表位。在一些方面，结合CNTN1的抗体或其抗原结合片段阻断CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白RBD的相互作用。表1中提供了示例性抗CNTN1抗体清单。
表1.抗CNTN1抗体
在一些方面，该调节剂是与ACE2和CNTN1结合的双特异性抗体。
B.鉴定SARS-CoV-2S蛋白与IL12RB1之间相互作用的调节剂的方法
白介素12受体亚基β1(IL12RB1)被鉴定为以前未被识别的宿主细胞因子，可直接与SARS-CoV-2S蛋白相互作用。本文提供了用于鉴定IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白之间相互作用的调节剂的方法(例如，IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白RBD之间相互作用的调节剂)，例如，IL12RB1或SARS-CoV-2S蛋白拮抗剂可降低IL12RB1和SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合和/或降低由相互作用引起的下游活性的量、强度或持续时间，例如降低宿主细胞受SARS-CoV-2病毒的感染。
在一些方面，本公开特征为一种鉴定SARS-CoV-2S蛋白与IL12RB1之间相互作用的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL12RB1在该候选调节剂存在或不存在下在允许该SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL12RB1的结合的条件下接触；以及(c)测量SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL12RB1的蛋白质的结合，其中在该候选调节剂存在下的结合相对于在该候选调节剂不存在下的结合的增加或降低将该候选调节剂鉴定为该SARS-CoV-2S蛋白与IL12RB1之间相互作用的调节剂。增加或降低结合可使用例如表面等离子体共振、生物层干涉、或酶联免疫吸附测定(ELISA)来评估。
在一些方面，如果结合增加至少40％，则候选调节剂被鉴定为调节剂。在一些方面，结合的增加为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少至少80％、至少90％、至少100％、多于100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、95％-100％、或多于100％)。在一些方面，结合的增加为至少40％。
在一些方面，如果结合降低至少40％，则候选调节剂被鉴定为调节剂。在一些方面，结合的降低为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、或100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，结合的降低为至少40％。
在一些方面，本公开特征为一种鉴定SARS-CoV-2S蛋白的下游活性的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL12RB1在该候选调节剂存在或不存在下在允许该SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL12RB1的结合的条件下接触；以及(c)测量该SARS-CoV-2S蛋白RBD的下游活性，其中在该候选调节剂存在下的下游活性相对于在该候选调节剂不存在下的下游活性的改变将该候选调节剂鉴定为该SARS-CoV-2S蛋白的下游活性的调节剂。
在一些方面，本公开特征为一种鉴定IL12RB1的下游活性的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白RBD在该候选调节剂存在或不存在下在允许IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合的条件下接触；以及(c)测量IL12RB1的下游活性，其中在该候选调节剂存在下的下游活性相对于在该候选调节剂不存在下的下游活性的改变将该候选调节剂鉴定为IL12RB1的下游活性的调节剂。
在一些方面，该调节剂是该SARS-CoV-2S蛋白或IL12RB1的下游活性的抑制剂。在一些方面，该下游活性的变化是该下游活性的量、强度或持续时间的减少。在一些方面，该SARS-CoV-2S蛋白或IL12RB1的下游活性是SARS-CoV-2对细胞的感染。在一些方面，在调节剂存在下感染降低，例如降低至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、或99％或降低100％(即消除)，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％，依在病毒感染检定中所测量(例如，如Cantuti-Castelvetri等人，Science,DOI:10.1126/science.abd2985(2020)所述)或使用SARS-CoV-2S蛋白假型颗粒的病毒进入试验。在一些方面，在存在该调节剂下，感染降低至少40％。
在一些方面，该调节剂是结合该SARS-CoV-2S蛋白的抗体或其抗原结合片段，例如结合至与IL12RB1相互作用的SARS-CoV-2S蛋白的表位。在一些方面，该调节剂结合至该SARS-CoV-2S蛋白RBD，例如结合至与IL12RB1相互作用的SARS-CoV-2S蛋白RBD的表位。在一些方面，结合该SARS-CoV-2S蛋白RBD的抗体或其抗原结合片段阻断SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL12RB1的相互作用。
在一些方面，该调节剂是结合IL12RB1的抗体或其抗原结合片段，例如结合至与SARS-CoV-2S蛋白RBD相互作用的IL12RB1的表位。在一些方面，结合IL12RB1的抗体或其抗原结合片段阻断IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白RBD的相互作用。表2中提供了示例性抗IL12RB1抗体清单。
表2.抗IL12RB1抗体
在一些方面，该调节剂是与ACE2和IL12RB1结合的双特异性抗体。
C.鉴定SARS-CoV-2S蛋白与IL1RAPL2之间相互作用的调节剂的方法
类白介素1受体辅助蛋白2(IL1RAPL2)被鉴定为以前未被识别的宿主细胞因子，可直接与SARS-CoV-2S蛋白相互作用。本文提供了用于鉴定IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白之间相互作用的调节剂的方法(例如，IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD之间相互作用的调节剂)，例如，IL1RAPL2或SARS-CoV-2S蛋白拮抗剂可降低IL1RAPL2和SARS-CoV-2S蛋白的结合和/或降低由相互作用引起的下游活性的量、强度或持续时间，例如降低宿主细胞受SARS-CoV-2病毒的感染。
在一些方面，本公开特征为一种鉴定SARS-CoV-2S蛋白与IL1RAPL2之间相互作用的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL1RAPL2在该候选调节剂存在或不存在下在允许该SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL1RAPL2的结合的条件下接触；以及(c)测量SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL1RAPL2的蛋白质的结合，其中在该候选调节剂存在下的结合相对于在该候选调节剂不存在下的结合的增加或降低将该候选调节剂鉴定为该SARS-CoV-2S蛋白与IL1RAPL2之间相互作用的调节剂。增加或降低结合可使用例如表面等离子体共振、生物层干涉、或酶联免疫吸附测定(ELISA)来评估。
在一些方面，如果结合增加至少40％，则候选调节剂被鉴定为调节剂。在一些方面，结合的增加为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少50％、至少至少80％、至少90％、至少100％、多于100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、95％-100％、或多于100％)。在一些方面，结合的增加为至少40％。
在一些方面，如果结合降低至少40％，则候选调节剂被鉴定为调节剂。在一些方面，结合的降低为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、或100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，结合的降低为至少40％。
在一些方面，本公开特征为一种鉴定SARS-CoV-2S蛋白的下游活性的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL1RAPL2在该候选调节剂存在或不存在下在允许该SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL1RAPL2的结合的条件下接触；以及(c)测量该SARS-CoV-2S蛋白RBD的下游活性，其中在该候选调节剂存在下的下游活性相对于在该候选调节剂不存在下的下游活性的改变将该候选调节剂鉴定为该SARS-CoV-2S蛋白的下游活性的调节剂。
在一些方面，本公开特征为一种鉴定IL1RAPL2的下游活性的调节剂的方法，该方法包括：(a)提供候选调节剂；(b)使IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD在该候选调节剂存在或不存在下在允许IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合的条件下接触；以及(c)测量IL1RAPL2的下游活性，其中在该候选调节剂存在下的下游活性相对于在该候选调节剂不存在下的下游活性的改变将该候选调节剂鉴定为IL1RAPL2的下游活性的调节剂。
在一些方面，该调节剂是该SARS-CoV-2S蛋白或IL1RAPL2的下游活性的抑制剂。在一些方面，该下游活性的变化是该下游活性的量、强度或持续时间的减少。在一些方面，该SARS-CoV-2S蛋白或IL1RAPL2的下游活性是SARS-CoV-2对细胞的感染。在一些方面，在调节剂存在下感染降低，例如降低至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、或99％或降低100％(即消除)，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％，依在病毒感染检定中所测量(例如，如Cantuti-Castelvetri等人，Science,DOI:10.1126/science.abd2985(2020)所述)或使用SARS-CoV-2S蛋白假型颗粒的病毒进入试验。在一些方面，在存在该调节剂下，感染降低至少40％。
在一些方面，该调节剂是结合该SARS-CoV-2S蛋白RBD的抗体或其抗原结合片段，例如结合至与IL1RAPL2相互作用的SARS-CoV-2S蛋白RBD的表位。在一些方面，结合该SARS-CoV-2S蛋白RBD的抗体或其抗原结合片段阻断SARS-CoV-2S蛋白RBD与IL1RAPL2的相互作用。
在一些方面，该调节剂是结合IL1RAPL2的抗体或其抗原结合片段，例如结合至与SARS-CoV-2S蛋白相互作用的IL1RAPL2的表位。在一些方面，该调节剂结合至该SARS-CoV-2S蛋白RBD，例如结合至与CNTN1相互作用的SARS-CoV-2S蛋白RBD的表位。在一些方面，结合IL1RAPL2的抗体或其抗原结合片段阻断IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD的相互作用。表3中提供了示例性抗IL1RAPL2抗体清单。
表3.抗IL1RAPL2抗体
抗体 供应商
GTX46331 GeneTex
AF1007 R&D Systems
LS-C487490 Thermo Fisher Scientific
HPA036129 Atlas Antibodies
SAB2101149-100UL MilliporeSigma
在一些方面，该调节剂是与ACE2和IL1RAPL2结合的双特异性抗体。
D.调节剂
在一些方面，CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白；IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白；或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白之间相互作用的调节剂或候选调节剂，是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸(例如反义寡核苷酸(ASO)或siRNA)。在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。示例性调节剂在本文的第III节中进一步描述。
E.针对蛋白质-蛋白质相互作用调节的检定
在一些方面，在候选调节剂存在或不存在的情况下，CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合在蛋白质-蛋白质相互作用的测定中进行评估。调节CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白；IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白，或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白之间的相互作用可以被鉴定为相较于调节剂不存在情况下的蛋白质-蛋白质相互作用，在调节剂存在情况下的蛋白质-蛋白质相互作用有所增加，例如蛋白质-蛋白质相互作用增加5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、80％、90％、95％、100％或超过100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、95％-100％或超过100％)。替代性地，调节可被鉴定为相较于调节剂不存在情况下的蛋白质-蛋白质相互作用，在调节剂存在情况下的蛋白质-蛋白质相互作用降低，例如，蛋白质-蛋白质相互作用降低5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、80％、90％、95％或100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％或95％-100％)。蛋白质-蛋白质相互作用的测定可以是例如SPR测定、生物层干涉测定(BLI)测定、酶联免疫吸附测定(ELISA)、细胞外相互作用测定或细胞表面相互作用测定。
细胞表面相互作用测定
在本发明的一些方面，蛋白质-蛋白质相互作用测定是细胞表面相互作用测定。在此种类型的测定中，一种或多种猎物蛋白(例如一种或多种STM受体，例如CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2)在细胞表面上表达为胞外结构域(ECD)融合蛋白，并使用例如萤光测定测试与一种或多种表达为可溶性构建体的诱饵蛋白(例如，SARS-CoV-2S蛋白RBD)的相互作用，其中诱饵蛋白包括萤光标签。
在一些方面，一种或多种猎物蛋白包括一种或多种融合蛋白，其中感兴趣的猎物蛋白(例如，CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2)的胞外结构域(ECD)结合(例如，融合)至一个或更多的附加部分(例如，多糖磷脂肌醇(GPI)-gD(gDGPI)标签)，使得猎物融合蛋白在细胞表面上表达。
在多肽包括胞外结构域、标签及锚的一些方面，锚能够将胞外结构域束缚至细胞质膜的表面。在一些方面，锚是多糖磷脂肌醇(GPI)多肽。在一些方面，锚是用于蛋白质脂化的部分，例如用于半胱氨酸棕榈酰化、甘氨酸肉豆蔻酰化、离氨酸脂肪酰化、胆固醇酯化、半胱氨酸异戊二烯化或丝氨酸脂肪酰化的部分。
在一些方面，标签可以直接或间接可视化，或以其他方式检测。例如，标签可以包括可以使用抗体或抗体片段检测的部分，例如可以是糖蛋白D(gD)多肽。在一些方面，标签包括萤光蛋白。
诱饵蛋白(例如，SARS-CoV-2S蛋白RBD)可以与一个或多个附加部分结合，使得诱饵融合蛋白为可溶的。一个或多个附加部分还可以增加诱饵融合蛋白对猎物蛋白的亲和力，例如通过将诱饵蛋白多聚化。增加亲和力可能会增加对低亲和力相互作用的检测。在一些方面，附加部分导致诱饵蛋白(例如，SARS-CoV-2S蛋白RBD)的四聚化。
在一些方面，诱饵融合蛋白包括Avi标签、切割序列(例如，TEV切割序列)及Fc标签，使得在添加酶TEV蛋白酶后Fc标签可以从蛋白质上切割下来。为了制备该蛋白质用于细胞表面相互作用测定，Fc标签被切割，Avi标签被生物素化，且生物素化的诱饵融合蛋白与萤光链霉亲和素(SA)，例如与别藻蓝蛋白(APC)结合的链霉亲和素结合，从而形成可在萤光测定中检测到的四聚诱饵融合蛋白。
猎物融合蛋白(例如，CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2或其ECD)可以在细胞中表达(例如，转染，例如，瞬时转染)。细胞可为人细胞，例如COS7细胞。可以将转染的细胞置于孔中，例如置于384孔板中的孔中。
诱饵融合蛋白(例如，SARS-CoV-2S蛋白RBD)可以在细胞(例如哺乳动物细胞)中表达(例如，转染，例如瞬时转染)。诱饵融合蛋白可以使用标准方案进行纯化，例如，如Ramani等人,Anal Biochem,420:127-138,2012中所述。
为了进行蛋白质-蛋白质相互作用测定，可以将包括诱饵蛋白(例如，与萤光SA结合的经纯化诱饵融合蛋白)的溶液添加至含有表达猎物蛋白的细胞的一个或多个孔中(例如，添加至384孔板的一个或多个孔中)。然后可以将测定孵育并洗涤一次或多次以去除未结合的诱饵蛋白。然后可以固定细胞，例如，用4％多聚甲醛，以保持蛋白质-蛋白质相互作用。
在一些方面，检测相互作用包括检测固体表面上高于阀值水平的位置处的信号，例如萤光信号(例如，指示该位置处存在查询蛋白的信号，例如，来自诱饵融合蛋白(例如，多聚化查询蛋白)包括的部分的信号)。该信号可以是直接或间接可视化的或以其他方式可检测的。在一些方面，检测是半自动的或自动的。相互作用可以是瞬时相互作用和/或低亲和力相互作用，例如微摩尔-亲和力相互作用。
在诱饵融合蛋白(例如，多聚化查询蛋白)包括萤光SA的方面，诱饵融合蛋白与猎物融合蛋白之间的相互作用可以通过萤光显微法来检测。相对较高的萤光表明存在诱饵融合蛋白，即诱饵融合蛋白与猎物融合蛋白相互作用。
胞外相互作用测定
在本发明的一些方面，蛋白质-蛋白质相互作用测定是胞外相互作用测定，例如基于亲和力的胞外相互作用筛选(AVEXIS)(Bushell等人,Genome Res,18:622-630,2008；Martinez-Martin等人,J Immunol Res,2197615,2017)。
用于调节蛋白质-蛋白质相互作用的SPR测定
在一些方面，蛋白质-蛋白质相互作用的测定是表面等离子体共振(SPR)测定。在一些方面，SPR测定用于确认或验证在胞外相互作用测定或细胞表面相互作用测定中检测到的测定，例如高通量胞外相互作用筛选或高通量细胞表面相互作用筛选。
在一些方面，猎物蛋白被表达为融合蛋白，该融合蛋白包括与附加部分例如Fc标签结合的蛋白的胞外结构域(ECD)。可以纯化猎物融合蛋白。猎物蛋白可以通过氨偶合固定在传感器芯片例如GLC或CM5传感器芯片上。
诱饵蛋白可以以可溶性形式提供，例如作为与可溶性标签融合的蛋白结构域(例如SARS-CoV-2S蛋白RBD)。可以纯化诱饵融合蛋白。
在一些方面，CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白结合的调节被测量为存在与不存在调节剂情况下SPR信号反应单元(RU)的差异。
用于调节蛋白质-蛋白质相互作用的BLI测定
在一些方面，蛋白质-蛋白质相互作用的测定是生物层干涉(BLI)测定。在一些方面，使用分离的ECD，例如本文所述的分离的ECD，及SARS-CoV-2S蛋白RBD进行BLI测定。在一些方面，CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD结合的调节，是相较于不存在调节剂时，在存在调节剂时经测量为在生物传感器尖端所测量的波长偏移(Δλ)的差异。
针对蛋白质-蛋白质相互作用调节的ELISA
在一些方面，蛋白质-蛋白质相互作用的测定是酶联免疫吸附测定(ELISA)。在一些方面，第一种蛋白质与平板结合(例如，直接与平板结合或透过由与平板结合的抗体识别的亲和标签与平板结合)并且以可溶形式提供第二种蛋白质，例如，如本文所述的分离的ECD。可以通过提供与第二蛋白质或其亲和标签结合的抗体来检测第一蛋白质与第二蛋白质之间的相互作用，其中可以在抗体存在的测定中检测例如可视化抗体。
用于调节蛋白质-蛋白质相互作用的其他测定
在一些方面，该测定是等温滴定量热(ITC)测定、包括免疫沉淀的测定或包括ALPHASCREENTM技术的测定。
在上述测定的一些方面，将候选调节剂提供给细胞(例如哺乳动物细胞)、细胞培养基、条件培养基和/或CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2和/或SARS-CoV-2S蛋白的纯化形式。在一些方面，以至少0.1nM、0.5nM、1nM、10nM、50nM、100nM、250nM、500nM、750nM、1μM、2μM、3μM、5μM、或10μM的浓度提供候选调节剂。在一些方面，以0.1nM和10μM之间的浓度提供候选调节剂。在一些方面，候选调节剂以溶液形式提供，例如以可溶形式。
在一些方面，如果结合增加至少50％，则候选调节剂被鉴定为调节剂。在一些方面，结合的增加为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少至少80％、至少90％、至少100％、多于100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、95％-100％、或多于100％)。在一些方面，结合的增加为至少50％。
在一些方面，如果结合降低至少50％，则候选调节剂被鉴定为调节剂。在一些方面，结合的降低为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、或100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，结合的降低为至少50％。
在PCT/US2020/025471中描述了用于鉴定蛋白质-蛋白质相互作用的调节剂以及可以调节此种相互作用的药剂的示例性方法，该专利通过援引并入本文。
III.蛋白质-蛋白质相互作用的调节剂
A.SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1之间相互作用的调节剂
在一些方面，本公开特征为一种SARS-CoV-2S蛋白(例如SARS-CoV-2S蛋白RBD)与CNTN1之间相互作用的经分离的调节剂，其中，该调节剂使该SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1的结合相对于不存在该调节剂时的结合而降低。
在一些方面，相对于不存在调节剂时的结合，结合的降低为至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、或99％或是100％(即，结合被消除)，该降低为5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％。在一些方面，例如通过表面等离子体共振、生物层干涉术酶联免疫吸附测定(ELISA)测量，结合降低至少50％。
在一些方面，本公开特征为一种SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1的下游活性的经分离的调节剂，其中，该调节剂使得该SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1的下游活性相对于不存在该调节剂时的下游活性而改变。
在一些方面，该下游活性的变化是该下游活性的量、强度或持续时间的减少。在一些方面，该SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1的下游活性是SARS-CoV-2对细胞的感染。
在一些方面，该调节剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸(例如ASO或siRNA)。下面进一步描述调节剂。
B.SARS-CoV-2S蛋白与IL12RB1之间相互作用的调节剂
在一些方面，本公开特征为一种SARS-CoV-2S蛋白(例如SARS-CoV-2S蛋白)与IL12RB1之间相互作用的经分离的调节剂，其中，该调节剂使该SARS-CoV-2S蛋白与IL12RB1的结合相对于不存在该调节剂时的结合而降低。
在一些方面，相对于不存在调节剂时的结合，结合的降低为至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、或99％或是100％(即，结合被消除)，该降低为5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％。在一些方面，例如通过表面等离子体共振、生物层干涉术酶联免疫吸附测定(ELISA)测量，结合降低至少50％。
在一些方面，本公开特征为一种SARS-CoV-2S蛋白或IL12RB1的下游活性的经分离的调节剂，其中，该调节剂使得该SARS-CoV-2S蛋白或IL12RB1的下游活性相对于不存在该调节剂时的下游活性而改变。
在一些方面，该下游活性的变化是该下游活性的量、强度或持续时间的减少。在一些方面，该SARS-CoV-2S蛋白或IL12RB1的下游活性是SARS-CoV-2对细胞的感染
在一些方面，该调节剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸(例如ASO或siRNA)。下面进一步描述调节剂。
C.SARS-CoV-2S蛋白与IL1RAPL2之间相互作用的调节剂
在一些方面，本公开特征为一种SARS-CoV-2S蛋白(例如SARS-CoV-2S蛋白)与IL1RAPL2之间相互作用的经分离的调节剂，其中，该调节剂使该SARS-CoV-2S蛋白与IL1RAPL2的结合相对于不存在该调节剂时的结合而降低。
在一些方面，相对于不存在调节剂时的结合，结合的降低为至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、或99％或是100％(即，结合被消除)，该降低为5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％。在一些方面，例如通过表面等离子体共振、生物层干涉术酶联免疫吸附测定(ELISA)测量，结合降低至少50％。
在一些方面，本公开特征为一种SARS-CoV-2S蛋白或IL1RAPL2的下游活性的经分离的调节剂，其中，该调节剂使得该SARS-CoV-2S蛋白或IL1RAPL2的下游活性相对于不存在该调节剂时的下游活性而改变。
在一些方面，该下游活性的变化是该下游活性的量、强度或持续时间的减少。在一些方面，该SARS-CoV-2S蛋白或IL1RAPL2的下游活性是SARS-CoV-2对细胞的感染。
在一些方面，该调节剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸(例如ASO或siRNA)。下面进一步描述调节剂。
D.小分子
在一些方面，调节剂或候选调节剂是小分子。小分子是除本文定义的结合多肽或抗体之外的分子，它们可以结合，优选地特异性结合至CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2和/或SARS-CoV-2S蛋白。结合小分子可以使用已知方法鉴定及化学合成(参见例如PCT公开第WO00/00823及WO00/39585号)。结合小分子的大小通常小于约2000道耳顿(例如，大小小于约2000、1500、750、500、250或200道耳顿)，其中结合、优选特异性地结合至如本文所述多肽的此类有机小分子能够可以使用众所周知的技术在没有过度实验的情况下鉴定。就此而言，应注意筛选小分子文库中能够结合至多肽靶标的分子的技术是本领域公知的(参见，例如，PCT公开第WO00/00823及WO00/39585号)。结合小分子可为例如醛、酮、肟、腙、半卡腙、卡肼、一级氨、二级氨、三级氨、N-取代的肼、酰肼、醇、醚、硫醇、硫醚、二硫化物、羧酸、酯、酰氨、脲、氨基甲酸酯、碳酸酯、缩酮、硫缩酮、缩醛、硫缩醛、芳基卤化物、芳基磺酸盐、烷基卤化物、烷基磺酸盐、芳族化合物、杂环化合物、苯氨、烯烃、炔烃、二醇、氨基醇、恶唑烷、恶唑啉、噻唑烷、噻唑啉、烯氨、磺酰氨、环氧化物、氮丙啶、异氰酸酯、磺酰氯、重氮化合物、酰氯等。
在一些方面，在小分子的存在下，SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合降低(例如，降低5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，在小分子的存在下，SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的结合增加(例如，增加5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、或多于100％，例如增加5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、95％-100％，或多于100％)。在一些方面，在小分子的存在下，SARS-CoV-2S蛋白和/或CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的下游活性(例如，SARS-CoV-2对细胞的感染)降低(例如，降低5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。
E.抗体和抗原结合片段
在一些方面，调节剂或候选调节剂是结合CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2和/或SARS-CoV-2S蛋白(例如，SARS-CoV-2S蛋白RBD)的抗体或其抗原结合片段。在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、ScFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该调节剂是结合该SARS-CoV-2S蛋白(例如结合SARS-CoV-2S蛋白RBD)的抗体或其抗原结合片段，例如结合至与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2相互作用的SARS-CoV-2S蛋白的表位。在一些方面，结合SARS-CoV-2S蛋白的抗体或其抗原结合片段阻断SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的相互作用，例如阻断SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的相互作用。
在一些方面，该调节剂是结合CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2(例如结合至与SARS-CoV-2S蛋白相互作用(例如，与SARS-CoV-2S蛋白RBD相互作用)的CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的表位)的抗体或其抗原结合片段。在一些方面，结合CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的抗体或其抗原结合片段阻断CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的相互作用，例如阻断CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD的相互作用。
在一些方面，该调节剂是多特异性抗体，例如双特异性抗体。在一些方面，该调节剂是结合ACE2及CNTN1；ACE2及IL12RB1；或ACE2及IL1RAPL2的双特异性抗体。
在一些方面，在抗体或抗原结合片段的存在下，SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合降低(例如，降低5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，在抗体或抗原结合片段的存在下，SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的结合增加(例如，增加5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、或多于100％，例如增加5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、95％-100％，或多于100％)。在一些方面，在抗体或抗原结合片段的存在下，SARS-CoV-2S蛋白和/或CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的下游活性(例如，SARS-CoV-2对细胞的感染)降低(例如，降低5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。
F.肽
在一些方面，调节剂或候选调节剂是与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2和/或SARS-CoV-2S蛋白结合的肽。肽可以是可能天然存在的或可以工程化的肽。在一些方面，肽是CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2或SARS-CoV-2S蛋白(例如，SARS-CoV-2S蛋白RBD)的片段，或与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2或SARS-CoV-2S蛋白结合的另一蛋白。肽可以以与全长蛋白质相同、更低或更高的亲和力结合结合配偶体。在一些方面，肽执行全长蛋白质的所有功能。在其他方面，肽不执行全长蛋白质的所有功能。
在一些方面，在肽的存在下，SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合降低(例如，降低5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，在肽的存在下，SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的结合增加(例如，增加5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、或多于100％，例如增加5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、95％-100％，或多于100％)。在一些方面，在肽的存在下，SARS-CoV-2S蛋白和/或CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的下游活性(例如，SARS-CoV-2对细胞的感染)降低(例如降低5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。
G.模拟物
在一些方面，调节剂或候选调节剂是与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2和/或SARS-CoV-2S蛋白结合的模拟物，例如分子模拟物。模拟物可以是SARS-CoV-2S蛋白(例如，SARS-CoV-2S蛋白RBD)、CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2或与SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2结合的另一种蛋白的分子模拟物。在一些方面，模拟物可进行模拟多肽的所有功能。在其他方面，模拟物不进行模拟多肽的所有功能。
在一些方面，在模拟物的存在下，SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合降低(例如，降低5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，在模拟物的存在下，SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的结合增加(例如，增加5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、或多于100％，例如增加5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、95％-100％，或多于100％)。在一些方面，在模拟物的存在下，SARS-CoV-2S蛋白和/或CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2的下游活性(例如，SARS-CoV-2对细胞的感染)降低(例如降低5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％，例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。
IV.治疗或预防SARS-COV-2感染的方法
A.治疗具有SARS-CoV-2感染的个体的方法
在一些方面，本公开特征为一种治疗具有SARS-CoV-2感染的个体的方法，其包括向个体施用有效量的接触蛋白-1(CNTN1)拮抗剂、白介素12受体亚基β1(IL12RB1)拮抗剂、或类白介素1受体辅助蛋白2(IL1RAPL2)拮抗剂。
在一些方面，本公开特征为一种降低个体的SARS-CoV-2感染的方法，其包括向个体施用有效量的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
在一些方面，本公开特征为一种减少对个体的细胞的SARS-CoV-2附着的方法，其包括向个体施用有效量的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
在一些方面，该施用包括使该个体的该细胞与有效量的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂接触。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2刺突(S)蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；(b)该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(c)该IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。在一些方面，结合的降低为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、或100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，结合的降低为至少40％。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低该个体SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物(mimic)、或抑制性核酸。
在一些方面，该抑制性核酸是反义寡核苷酸(ASO)或小干扰RNA(siRNA)。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂、或IL1RAPL2拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1、IL12RB1和/或IL1RAPL2的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白受体结合结构域(RBD)的结合。在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体结合(a)血管紧张素转换酶2(ACE2)和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)ACE2和IL1RAPL2。
在一些方面，该个体患有COVID-19。在一些方面，该个体患有肺炎(例如病毒性肺炎，例如COVID-19肺炎)或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。
B.预防神经组织继发性SARS-CoV-2感染的方法
在一些方面，本公开的特征在于一种预防具有SARS-CoV-2感染的个体的神经系统组织(例如，脑组织、脉络丛、杏仁核、基底神经节、小脑、额叶皮层、实质、大脑皮层、胼胝体、海马体形成、下丘脑、中脑、脑桥及髓质、脊髓、黑质、室管膜细胞、神经系统细胞及相关组织中的一者或多者，诸如嗅觉上皮)的继发感染的方法，其包括向个体施用有效量的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。在一些方面，神经系统的组织是脉络丛(例如脉络丛的上皮细胞、间充质细胞、室管膜细胞、单核细胞、神经细胞、神经胶质细胞或内皮细胞)。在一些方面，神经系统的组织是皮质实质(例如，皮质实质的少树突神经胶细胞、兴奋性神经元、星状细胞、OPC、小神经胶质、中间神经元、放射状胶质细胞或成熟神经元细胞)。在一些方面，神经系统的组织是嗅觉上皮。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中具有SARS-CoV-2感染(例如呼吸道，例如上呼吸道的SARS-CoV-2感染)的患者的神经组织继发感染降低或消除，例如降低至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％(例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％或95％-100％)。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(b)该IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。在一些方面，结合的降低为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、或100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，结合的降低为至少40％。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低该个体神经组织的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中具有SARS-CoV-2感染(例如呼吸道，例如上呼吸道的SARS-CoV-2感染)的患者的神经组织SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度降低，例如降低至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％(例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％或95％-100％)。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。
在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL1RAPL2的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL1RAPL2。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，双特异性抗体结合(a)ACE2及CNTN1或(b)ACE2及IL1RAPL2。在一些方面，该双特异性抗体与CNTN1和IL1RAPL2结合。
在一些方面，该个体患有COVID-19。在一些方面，该个体患有肺炎(例如病毒性肺炎，例如COVID-19肺炎)或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。在一些方面，该个体为人。
C.预防免疫细胞及淋巴组织继发性SARS-CoV-2感染的方法
在一些方面，本公开的特征在于一种预防具有SARS-CoV-2感染的个体的免疫细胞和/或淋巴组织(例如，B细胞、树突细胞、粒细胞、单核细胞、自然杀手细胞、T细胞及总周边血单核细胞(PMBC)中的一者或多者)的继发感染的方法，其包括向个体施用有效量的IL12RB1拮抗剂。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中具有SARS-CoV-2感染(例如呼吸道，例如上呼吸道的SARS-CoV-2感染)的患者的免疫细胞和/或淋巴组织继发感染降低或消除，例如降低至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％(例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％或95％-100％)。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。在一些方面，结合的降低为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或100％。在一些方面，结合的降低为至少40％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％或95％-100％)。
在一些方面，相对于不存在该IL12RB1拮抗剂时的感染，该IL12RB1拮抗剂降低该个体免疫细胞和/或淋巴组织SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中具有SARS-CoV-2感染(例如呼吸道，例如上呼吸道的SARS-CoV-2感染)的患者的免疫细胞和/或淋巴组织SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度降低，例如降低至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％(例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％或95％-100％)。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是肽。
在一些方面，该IL12RB1拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。
在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与IL12RB1的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段与IL12RB1结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，该双特异性抗体与ACE2和IL12RB1结合。
在一些方面，该个体患有COVID-19。在一些方面，该个体患有肺炎(例如病毒性肺炎，例如COVID-19肺炎)或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。在一些方面，该个体为人。
D.预防肺继发性SARS-CoV-2感染的方法
在一些方面，本公开特征为一种预防具有SARS-CoV-2感染的个体的肺部的继发感染的方法，其包括向个体施用有效量的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中具有SARS-CoV-2感染(例如上呼吸道的SARS-CoV-2感染)的患者的肺继发感染降低或消除，例如降低至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％(例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％或95％-100％)。
在一些方面，(a)该CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或(b)该IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在该拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。在一些方面，结合的降低为至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、或100％(例如，5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％、或95％-100％)。在一些方面，结合的降低为至少40％。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂分别相对于不存在该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂的情况下的感染，降低该个体的肺部的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中具有SARS-CoV-2感染(例如上呼吸道的SARS-CoV-2感染)的患者的肺SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度降低，例如降低至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％(例如降低5％-15％、15％-25％、25％-35％、35％-45％、45％-55％、55％-65％、65％-75％、75％-85％、85％-95％或95％-100％)。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、或抑制性核酸。在一些方面，该抑制性核酸是ASO或siRNA。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是肽。
在一些方面，该CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂是抗体或其抗原结合片段。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合该SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL12RB1的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL12RB1。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白的结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与该SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。在一些方面，该抗原结合片段是双Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab’)2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域、或VHH结构域。
在一些方面，该抗体为双特异性抗体。在一些方面，双特异性抗体结合(a)ACE2及CNTN1或(b)ACE2及IL12RB1。在一些方面，该双特异性抗体与CNTN1和IL12RB1结合。
在一些方面，该个体患有COVID-19。在一些方面，该个体患有肺炎(例如病毒性肺炎，例如COVID-19肺炎)或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。在一些方面，该个体为人。
E.组合疗法
在上述治疗及预防方法的一些方面，该方法包括向个体施用至少一种附加疗法(例如，一种、两种、三种、四种或多于四种附加疗法)。在一些方面，CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂可在该至少一种附加疗法之前、同时或之后向个体施用。
在一些方面，该至少一种附加疗法为IL-6拮抗剂，例如托珠单抗。在一些方面，向个体施用托珠单抗的第一基于体重的8mg/kg静脉注射剂量，可选地随后在第一剂后8至24小时施用托珠单抗的第二基于体重的8mg/kg静脉注射剂量。
在一些方面，至少一种附加疗法为血管紧张素转换酶2(ACE2)拮抗剂。ACE2拮抗剂可包括例如小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸(例如，ASO或siRNA)，其降低或抑制ACE2的功能，例如，降低或抑制ACE2与SARS Cov-2 S蛋白的结合。在USPN 9,561,263及USPN 10,443,049中描述了用作治疗剂的示例性ACE2蛋白或其片段。
在一些方面，该至少一种附加疗法是神经纤毛蛋白-2(NRP2)拮抗剂。NRP2拮抗剂可包括例如小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸(例如，ASO或siRNA)，其降低或抑制NRP2的功能，例如，降低或抑制NRP2与SARS Cov-2 S蛋白的结合。USPN 8,920,905中描述了示例性抗NRP2抗体。
在一些方面，至少一种附加疗法为支持性护理疗法(例如氧疗法)、抗病毒疗法(例如α-干扰素、洛匹那韦、利托那韦、洛匹那韦/利托那韦、瑞德西韦、利巴韦林、羟氯喹、氯喹、乌非诺韦、法匹拉韦或其组合)，或皮质类固醇疗法(例如，泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、甲泼尼龙琥珀酸钠、地塞米松、地塞米松去炎松、氢化可的松、倍他米松或其组合)。在一些方面，该皮质类固醇疗法是低剂量皮质类固醇疗法。
F.临床结果
在上述治疗及预防方法的一些方面，该方法达到与标准护理(SOC)相比在临床结果上的更大改善。在一些方面，该临床结果是至临床改善的时间(TTCI)，其定义为国家早期预警评分2(NEWS2)为≤2维持24小时。NEWS2评分在Myrstad等人,Scand J Trauma ResuscEmerg Med,28(66),2020中有所描述。
在一些方面，该临床结果是机械通气的发生率。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如，标准护理(SOC))治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中，对机械通气的需要减少或消除。
在一些方面，该临床结果是重症监护室(ICU)住院的发生率。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如，SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中ICU停留的发生率降低或消除。
在一些方面，该临床结果是ICU住院的持续时间。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如，SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中ICU停留的持续时间减少。
在一些方面，该临床结果是至临床失败的时间，其定义为至死亡、机械通气、ICU入院或退出的时间，以先发生者为准。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如，SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中，临床失败的时间增加。
在一些方面，该临床结果是：至出院的时间；或至准备好出院的时间，其通过正常的体温和呼吸速率、以及在环境空气中或≤2L辅助供氧时的稳定的氧饱和度来证明。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如，SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中，出院或准备出院的时间增加。
在一些方面，该临床结果是辅助供氧的持续时间。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如，SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中，辅助供氧的持续时间减少。
在一些方面，该临床结果选自由以下项组成的组：血管加压药使用的发生率、血管加压药使用的持续时间、体外膜氧合(ECMO)的发生率、开始透析的发生率、第15天或出院日(以先发生者为准)的SARS-CoV-2病毒载量、以及具有继发性细菌感染的个体的比例。在一些方面，相对于未治疗的患者或相对于使用对照方法(例如，SOC)治疗的患者，在根据上述方法治疗的患者中，血管加压药使用的发生率、血管加压药使用的持续时间、体外膜氧合(ECMO)的发生率、开始透析的发生率、第15天或出院日(以发生者为准)的SARS-CoV-2病毒载量或具有继发性细菌感染的个体的比例中的一者或多者降低。
在上述治疗及预防方法的一些方面，相较于SOC，该方法与可接受的安全性结果相关联。在一些方面，该安全性结果选自由以下项组成的组：不良事件的发生率和严重度；具有根据美国国家癌症研究所不良事件通用术语标准(NCI CTCAE)v5.0确定的严重度的不良事件的发生率和严重度；目标生命病症相对于基线的变化；以及目标临床实验室测试结果相对于基线的变化。在一些方面，该SOC包括支持性护理、施用一种或多种抗病毒剂、和/或施用一种或多种低剂量皮质类固醇。
G.递送方法
本文所述方法中所利用的组合物(例如，SARS CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1、或IL1RAPL2之间相互作用的调节剂，例如小分子、抗体、抗原结合片段、肽、模拟物、反义寡核苷酸、或siRNA)可通过任何合适的方法施用，包括例如静脉内、肌肉内、皮下、皮内、经皮、动脉内、腹膜内、病灶内、颅内、关节内、前列腺内、胸膜内、气管内、鞘内腔、鼻内、阴道内、直肠内、局部、肿瘤内、腹膜内、结膜下、膀胱内、粘膜、心包内、脐内、眼内、眶内、口服、透皮、玻璃体内(例如，通过玻璃体内注射)、通过点眼剂、通过吸入、通过注射、通过植入、通过输注、通过连续输注、通过直接局部灌注浴标靶细胞、通过导管、通过灌洗、以乳膏、或以脂质组合物。本文所述的方法中使用的组合物也可以全身或局部施用。施用方法可以根据多种因素而变化(例如，施用的化合物或组合物以及待治疗的病状、疾病或疾患的严重程度)。在一些方面，蛋白质-蛋白质相互作用的调节剂是经静脉内、肌内、皮下、局部、口服、经皮、腹膜内、眶内、通过植入、通过吸入、鞘内腔、心室内、或鼻内施用。给药可透过任何合适的途径进行，例如透过注射，诸如静脉内或皮下注射，部分取决于短暂施用还是长期施用。本文中考虑各种给药方案，其包括但不限于在多种时间点单次或多次施用、快速注射施用和脉冲输注。
本文描述的蛋白质-蛋白质相互作用的调节剂(和任何另外治疗剂)可以符合良好医疗执业的方式调制、给药和施用。在这种情况下，考虑的因素包括待治疗的具体障碍、待治疗的具体哺乳动物、个体患者的临床病症、障碍的原因、递送药物的部位、施用方法、施用日程及医疗从业者已知的其他因素。该调节剂并非必须、但可以可选地与一种或多种目前用于预防或治疗所述疾病的药剂一起调配和/或同时施用。这样的其他药剂的有效量取决于存在于制剂中存在的调节剂量、病症或治疗的类型以及上文讨论的其他因素。这些通常以与本文中所述相同的剂量和施用途径，或本文中所述剂量的约1％至99％，或以经验上/临床上确定为适当的任何剂量和通过任何途径使用。
本说明书中引用的所有专利、专利公开和参考文献均通过援引以其全文并入本文。
V.实例
实例1.用于检测细胞外相互作用的高通量平台
大多数人类病毒的组织向性是通过表达在宿主细胞表面、介导病毒附着和进入的受体和其他辅助因子来决定。尽管它们与治疗开发相关，但介导感染的细胞外蛋白质相互作用的特征仍然很差，部分原因是它们的生化难处理性，这使得它们难以使用最常见的技术进行研究(Martinez-Martin等人,Cell,174:1158-1171e1119,2018；Martinez-Martin,JImmunol Res,2017:2197615,2017)。特别是，膜蛋白通常表现出较差的表达及溶解度，以及质膜上的受体-配体相互作用，通过质谱法(包括最近开发的邻近蛋白质组学方法)检测总体具有挑战性(Wright等人,Biochem Soc Trans,38:191-922,2010；Husain等人,Mol CellProteomics,18:2310-2323,2019；Verschueren等人,Cell,182；329-344e319,2020)。最适合检测细胞表面上的蛋白质相互作用的新技术的实施将是更好地理解病毒感染及细胞进入的关键，并最终能够鉴定治疗开发的新靶标。
为了克服当前方法的一些局限性，构建了经工程化以增强质膜上的展示的综合人类蛋白质文库，并将其与基于高亲和力四聚体的方法相结合，以增加亲和力并以高通量检测受体-配体相互作用(图1D)。
使用此高通量平台，表征了SARS CoV刺突蛋白的细胞外相互作用组。鉴定了SARSCoV-2而不是SARS CoV-1特异性靶向的宿主因子，包括在神经系统及嗅觉上皮中显著表达的受体。
A.查询蛋白四聚化
首先，使用查询蛋白四聚化来测试免疫受体PD-L1/CD274、脊髓灰质炎病毒受体(PVR)及其各自配体之间的相互作用。蛋白四聚化增加了检测弱或瞬时受体相互作用的可能性。简而言之，查询蛋白PD-L1或PVR被表达为重组生物素化胞外结构域，然后使用萤光链霉亲和素进行四聚化以达成受体-配体相互作用的量化。测试了四聚体PD-L1或PVR及单体PD-L1或PVR对照组与瞬时表达相关结合配偶体的细胞的结合。相比于单体胞外结构域，查询蛋白的四聚化显著增强对受体-配体相互作用，包括微摩尔-亲和相互作用，诸如PD1-PD-L1的检测(图1A及图1B)。
B.STM文库
接下来，为了能够控制显示及检测在细胞表面上表达的蛋白质，构建了涵盖人类基因组中大多数单程跨膜(STM)蛋白质的大型文库，其被工程化为与糖蛋白D(gD)标签及多糖磷脂肌醇(GPI)-连接子融合的胞外结构域(称为“胞外结构域-gD-GPI”)(图1C)。此种受体标记策略使蛋白质靶向质膜(经由GPI连接子)及细胞表面上蛋白质表达的量化(通过gD标签染色测量)。使用半自动转染程序测试蛋白质文库在瞬时转染细胞上的表达。值得注意的是，在分析的3,500多种STM蛋白质中，超过75％的细胞表面表达水平达到了中到高水平，而仅约10％的蛋白质在质膜上没有显示出可检测的表达，从而表明文库中的大多数受体展示在细胞表面上，且可用于与相关结合配偶体相互作用(图5)。
用于确认RBD受体的胞外结构域gD-GPI标记受体文库及质粒的产生包括STM的受体列表是根据生物信息学分析、使用预测蛋白质特征(诸如蛋白质结构域及亚细胞定位)的各种演算法，然后是手动管理及审查已发表的注释来编制的。在对信号肽及跨膜区域或GPI连接位点进行计算机预测后，对胞外结构域的边界进行了注释。每个受体的胞外结构域(含有其本地信号序列)被合成并克隆至带有gD-GPI标签的框架内的pRK5介体(建南德克)中。最终文库含有1,195个独特的STM受体，以及所选择的受体同种型，表达为胞外结构域-gD-GPI融合体。文库中包括～700种受体同种型。为了产生用于细胞表达及结合研究的全长克隆株，将相关STM蛋白作为全长、未标记的蛋白质克隆至pRK介体(建南德克)中。如所述，全长及胞外结构域-gDGPI质粒在HEK/293T细胞上瞬时表达。
C.高通量筛选
接下来，新开发的胞外结构域-gD-GPI STM蛋白质集合与基于四聚体的筛选方法结合使用，从而增强以高通量发现对受体-配体相互作用。为此，实施了一种自动细胞转染及筛选方法，然后是高内涵成像，用于检测与细胞表面结合的四聚体查询蛋白(图1D)。此高通量平台首先用于以无偏见的方式鉴定免疫受体B7-H3/CD276的细胞表面相互作用物(图1E)。白介素20受体亚基α(IL20-RA)被检测为唯一的特定高分命中，此与最近的发现一致(Husain等人,Mol Cell Proteomics,18:2310-2323,2019)。接下来，使用GDF15(属于转化生长因子β超家族的分泌因子)进行筛选。受体GFRAL被鉴定为唯一的特异性及高分命中(图1F)，如先前观察到的(Mullican等人,Nat Med,23:1150-1157,2017)。因此，新建立的平台能够以高灵敏度系统地鉴定不相关查询蛋白的结合配偶体。
基于细胞的自动化单克隆受体发现平台
STM人类受体文库在HEK/293T细胞上表达。按照使用半自动程序的反向转染方案，用单个受体克隆瞬时转染细胞。简而言之，将Opti-MEMTM培养基(Thermo)中的25μLLIPOFECTAMINETM LTX-PLUSTM混合物分配至每孔含有6ng DNA的384孔微量滴定板中。将DNA-LIPOFECTAMINETM复合物在37℃下孵育30分钟，随后使用自动细胞分配器将细胞(以12.5万个细胞/ml重悬在DMEM培养基中)等分至测定板中。转染后48小时进行RBD结合配偶体的筛选。包括许多GFP标记的克隆株以控制细胞转染效率。
使用由自动液体处理装置组成的集成机器人系统对与细胞表面结合的RBD四聚体进行分析。从细胞培养物中去除生长培养基，并将细胞与RBD四聚体在4℃下孵育45分钟。在含有补充有钙及镁的0.1％ BSA的PBS中测定细胞表面结合。与RBD孵育后，洗涤细胞并用4％ PFA固定，并在4℃避光储存。使用高内涵显微镜(In Cell 6000,GE Healthcare)从单个孔中获取影像。将影像数据导出为tiff文件，并使用Developer Toolbox v1.6版软体进行处理。将细胞表面四聚体染色表示为萤光信号强度。使用自定义分析模组分析影像，并根据阳性细胞表面染色进行分割。设置了最少的后处理分析及排除参数，以获得期望对象的最佳外廓，并将由于筛选伪影引起的任何背景信号最少化。RBD与细胞表面的结合表示为信号/噪声比。
RBD蛋白被测定为APC结合的四聚体，从而由于亲和力增强而增强对结合配偶体的检测。如上所述，RBD被随机生物素化，然后按照NIH四聚体核心设施提供的方案使用从购买的萤光链霉亲和素进行四聚化。在室温下加入链霉亲和素，将样品避光，随后将四聚体储存在冰上直至进行测定。
实例2.SARS-CoV-刺突蛋白的细胞外相互作用组的表征
该方法接下来用于研究SARS-CoV-2(COVID-19的病原体)的刺突(S)蛋白。与高度相关的SARS-CoV-1一样，SARS-CoV-2已被证明利用血管紧张素转换酶2(ACE2)作为通过刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)介导的相互作用进行宿主细胞附着及进入的主要受体(Hoffmann等人,Cell,181:271-280e278,2020；Lan等人,Nature,581:215-220,2020)。随后的膜融合由宿主细胞蛋白酶(包括TMPRSS2及丝氨酸蛋白酶组织蛋白酶)引发的S蛋白促成。虽然深入研究集中在ACE2在SARS-CoV-2感染中的作用，但ACE2的表达型态并不能解释观察到的此种病毒的多器官向性，其包括肾脏、肝脏及心脏等器官(Puelles等人,N Engl JMed,383:590-592,2020；Iadecola等人,Cell,183:16-27e11,2020；Braun等人,Lancet,396:597-598,2020)。此外，许多研究现在已经证明了SARS-CoV-2的神经侵袭潜力，且越来越多的来自体外研究、类器官培养及尸检分析的证据表明，不同的神经细胞群体容易被SARS CoV-2感染。超过一半的患者表现出神经系统症状，从偏头痛、嗅觉及味觉功能障碍到意识障碍，在许多情况下，这些症状在从感染中恢复的个体中持续存在(Alomari等人,ClinNeurol Neurosurg,198:106116,2020；Matschke等人,Lancet Neurol,19:919-929,2020；De Felice等人,Trends Neurosci,43:355-357,2020)。此种扩展的向性及增加的传播性表明存在额外的、且目前未知的宿主因素，该因素可能促进与宿主细胞的相互作用，并可能对感染的结果及SARS-CoV-2的临床严重度产生重要影响。
因此，为了能够对可能参与病毒附着及进入的SARS-CoV-2刺突蛋白靶向的细胞因子进行公正的表征，使用实例1中描述的新平台筛选了SARS-CoV-2刺突蛋白RBD(图1D)。这些努力将ACE2鉴定为突出的命中(图2A)，与最近被描述为促进病毒感染的因素的神经纤毛蛋白-2一起(Cantuti-Castelvetri等人,Science,370:856-860,2020；Daly等人,Science,370:861-865,2020)。
值得注意的是，另外三种蛋白质被鉴定并验证为SARS-CoV-2刺突蛋白RBD(包括白介素受体IL12RB1以及神经细胞相关蛋白接触蛋白-1(CNTN1)及IL1RAPL2)的高分命中(图2A)。对公开可用的转录组学数据集的分析表明，刺突靶向的细胞表面蛋白在多种组织中表达，包括在神经系统中的突出表达。CNTN1是参与轴突导向的细胞表面蛋白。
接下来，为了评估SARS CoV-2及高度相关的SARS CoV-1的细胞受体特异性，对SARS-CoV-1刺突蛋白RBD进行了类似的筛选。示例性的SARS-CoV-2刺突蛋白具有SEQ IDNO:5的序列。这些筛选将ACE2鉴定为唯一得分最高的命中(图2B)。在这些筛选中，未检测到与被鉴定为SARS CoV-1刺突蛋白RBD的推定结合配偶体的CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合(图6A及图6B)。有趣的是，尽管在仔细检查影像后观察到SARS CoV-1刺突蛋白RBD与NRP2的弱结合，但由于SARS CoV-1刺突蛋白RBD与NRP2表达细胞的弱结合，未将此推定的相互作用物检测为高分命中。
受体结合结构域(RBD)及刺突三聚体的产生及生物素化
SARS-CoV-1RBD(SEQ ID NO：6；R319-S591)及SARS-CoV-2RBD(SEQ ID NO:4；R319-F541)以及刺突(SEQ ID NO:2；M1-Q1208)的最佳化编码DNA被克隆至CMV启动子后面的pRK介体中，且在RBD的情况下，是N端分泌信号。产生的RBD构建体含有C末端Avi-His8，且产生的刺突含有C末端三聚体卷曲螺旋序列及Avi-His8标签。当细胞密度达到每毫升4×106个细胞时，使用标准方案将DNA构建体用聚乙烯亚氨转染到Expi293TM细胞中，且悬浮培养物在SMM 293T-I培养基中在5％ CO2及37℃下生长。6天后收集培养上清液，过滤，随后通过2mL的Ni-Excel树脂。将树脂用十倍柱体积的50mM Tris pH 8、100mM NaCl、20mM咪唑洗涤，并用含有250mM咪唑的相同缓冲液洗脱。将样品浓缩并通过50mM Tris pH 8、100mM NaCl中的Superdex 200 16/60柱，且使用BirA及标准方案合并峰级分并生物素化。在对Avi标签进行生物素化后，蛋白质随后通过Superdex 200 16/60柱，且合并峰级分并在-80℃冷冻直至进一步使用。
对于STM相互作用组发现筛选，使用EZ-LINKTM磺基-NHS-生物素(Cat.No.21217,Thermo Fisher)按照制造商的方案将RBD蛋白随机生物素化，并进行一些修改以将生物素掺入最小化。生物素化后，按照NIH四聚体核心设施描述的方案，使用APC结合的链霉亲和素对蛋白质进行四聚化。
重组蛋白及抗体
如上所述产生RBD及刺突蛋白。以下蛋白质购自R&D Systems：IL12RB1-Fc；IL1RAPL2-Fc；CNTN1-Fc；ACE2-Fc；神经纤毛蛋白2-Fc及神经纤毛蛋白1-His。His标记的CNTN1及ACE2-Fc购自Sino Biologicals。
实例3.SARS-CoV-刺突蛋白相互作用的验证
然后使用正交方法确认了实例2的发现。首先，推定结合配偶体在HEK/293T细胞上作为胞外结构域gD-GPI构建体或全长天然受体瞬时表达，且通过免疫萤光来分析SARSCoV-2刺突蛋白RBD作为重组四聚化蛋白的结合。正如预期的那样，观察到与瞬时过表达ACE2的细胞质膜的明确结合(图2C)。重要的是，当这些全长受体在质膜上表达时，这些测定还确认了SARS CoV-2刺突蛋白RBD与NRP2、IL12RB1及CNTN1的相互作用(图2C)。HEK/293T细胞在补充有10％ FBS、麸酰氨酸及抗生素的DMEM高葡萄糖培养基中生长，并在37℃及5％CO2下培养。对于筛选命中的瞬时表达，使用Lipofectamine LTX-Plus(Thermo)在聚D-离氨酸涂覆的96或384孔板中转染细胞。
进行了类似的测定以分析SARS CoV-1刺突蛋白RBD与为SARS CoV-2刺突蛋白RBD鉴定的受体之间的结合，以进一步评价相互作用的特异性。值得注意的是，虽然这些测定确认了与NRP2的相互作用相对较弱，但没有观察到与细胞表面上表达的其他受体CNTN1、IL12RB1及IL1RAPL2的可检测结合(图2D)，然而所有受体皆在细胞表面上以足够的水平表达(图6A及图6B)。有趣的是，在SARS CoV-1或SARS CoV-2RBD蛋白与NRP1(在细胞表面上表达为全长受体或gD-GPI胞外结构域)之间均未观察到可检测的结合(图6A及图6B)。
作为验证及表征这些相互作用的另一种方法，利用表面等离子体共振(SPR)分析来研究SARS CoV-2及SARS CoV-1RBD与细胞受体(作为纯化的蛋白质进行测定)之间的结合。这些测定进一步确认了已鉴定的相互作用，且证实了CNTN1、IL12RB1及IL1RAPL2的特异性，因为它们与SARS CoV-1刺突蛋白RBD没有可测量的结合(图2E)。
接下来，研究了为SARS CoV-2刺突蛋白RBD鉴定的宿主结合配偶体与SARS CoV-2刺突三聚体的完整胞外结构域之间的相互作用。棘突三聚体与细胞表面上表达的ACE2、CNTN1、NRP2、IL12RB1及IL12RAPL2结合(图2F)。有趣的是，检测到刺突三聚体与细胞上表达的NRP1之间的弱结合，此与最近的观察结果一致(Daly等人,Science,370:861-865,2020)。
SARS-CoV-2刺突蛋白中的多元酸切割位点(不存在于SARS CoV-1刺突蛋白中)已显示出主要融合，导致体外感染增加(Hoffmann等人,Mol Cell,78:779-784e776.2020)。弗林蛋白酶及其他宿主蛋白酶的蛋白酶切割导致暴露于溶剂的环，其可能会产生额外的受体结合位点(Walls等人,Cell,181:281-292e286,2020)。与此相一致，本文提供的结果将人IL12RB1、ILRAPL2及CNTN1鉴定为特异性结合至SARS CoV-2刺突蛋白的细胞因子，表明这些蛋白不与SARS CoV-1刺突蛋白相互作用，或者与其相互作用，在分析的实验条件下无法检测到的结合亲和力显著降低。相比之下，且值得注意的是，数据表明，最近描述的与神经纤毛蛋白辅助受体的相互作用对于SARS CoV-1及CoV-2刺突蛋白是常见的，表明，尽管神经纤毛蛋白在SARS CoV-2感染期间具有相关性，但该病毒的不同致病性及扩展的组织向性中可能涉及额外因素。有趣的是，本文的发现表明，在测试的实验条件下，SARS CoV-1及CoV-2二者的RBD足以与NRP2而非NRP1建立可测量的相互作用(图2A-2F、图8A及图8B)，表明刺突与这些辅助受体之间存在差异结合模式。刺突与NRP1的结合主要由弗林蛋白酶(furin)切割产生的S1蛋白中的CendR肽(682RRAR685)介导。该区域在本研究中使用的RBD蛋白中不存在，跨越氨基酸R319至S591，从而解释了缺乏与NRP1的结合，此在分析完整的三聚体胞外结构域时确实得到了概括(图2F)。尽管如此，在此项工作中观察到的与NRP1及NRP2结合的差异表明RBD内的不同决定因素参与了这些相互作用。
表面等离子体共振及生物层干涉
使用BIACORETM8K(GE Healthcare)或Proteon仪器(Biorad)通过SPR分析RBD与相关宿主蛋白的相互作用。使用标准氨基偶合方法将指示的蛋白质分别固定在CM5或GLC传感器芯片上。当使用Proteon仪器时，在HBS-P缓冲液(0.01M HEPES、0.15M NaCl及0.005％界面活性剂P20，pH7.4)或PBS-0.01tween 20中以每种情况下指定的浓度运行分析物。对于动力学计算，将配体固定在低共振单元处，并在平衡状态下计算KD值。使用BiaEvaluation4.1(BIACORETM)或Proteon Manager 3.1.0.6(Proteon)软体分析所有感测图。
通过免疫萤光验证RBD细胞受体
鉴定为刺突蛋白结合配偶体的宿主受体在HEK/293T细胞中瞬时表达，并在转染后48小时或72小时进行测定。使用萤光链霉亲和素将随机生物素化的RBD或位点特异性生物素化的刺突三聚体四聚化以增加亲和力。通常，将蛋白质与细胞在4℃下孵育1小时，洗涤，然后用4％ PFA固定。为了检测细胞表面上的胞外结构域-gDGPI表达，将细胞用4％ PFA固定，用含有5％ BSA的PBS封闭，然后使用抗gD抗体(Abcam)染色。洗涤样品并与萤光标记的Alexa Fluor抗体(Thermo Scientific)一起孵育。与一级抗体和二级抗体的孵育是于PBS-1％ BSA中、分别在4℃下O/N或在37℃下1小时来进行。影像是使用Leica SP5共焦或InCell 6000高内涵成像来获取，并使用Fiji软体分析。
实例4.SARS-CoV-2刺突蛋白RBD结合剂的细胞及组织表达
SARS CoV-2刺突假型粒子的感染测定
越来越多的证据表明，与感染相关的神经系统并发症可能与脉络丛感染相关联，脉络丛是防止细胞流入从而防止脑脊液及大脑过度发炎的关键屏障。为了支持SARS CoV-2可以有效感染神经细胞的观点，最近发表的已故COVID-19患者的单核转录组显示出对所有主要皮质实质及脉络丛细胞类型的转录型态有显著影响，发现与形成屏障的皮质脉管系统、脑膜及脉络丛的感染相关联(Yang等人,bioRxiv,doi.org/10.1101/2020.10.22,2020)。
病毒向性及感染性很大程度上取决于细胞表面上细胞受体及进入辅因子的表达。因此，在证明IL12RB1、IL1RAPL2、NRP2及CNTN1是以前未识别的与SARS-CoV-2刺突直接相互作用的细胞因子后，接下来使用已发表的数据库在组织水平(The Human Protein Atlas)上及在主要器官的单细胞转录组中分析了这些人类因子的表达模式(Han等人,Nature,581:303-309,2020；Durante等人,Nat Neurosci,23:323-326,2020)。
IL1RAPL2在大多数组织中的组织及单细胞(scRNA)水平上均表达出整体低表达水平(图3A及图3B)。相比之下，IL12RB1主要在免疫细胞及淋巴细胞中表达(图3A)，显示出肺细胞的scRNA转录组表达相对较高(图3B)。NRP2在脑、生殖及胃肠组织(图3A)以及在单细胞水平上在肺、食道或气管细胞类型中广泛存在并高度表达(图3B)。图3C至图3K的scRNAseq数据来自GSE139522。
有趣的是，CNTN1主要在神经系统组织中表达，并适度存在于与病毒感染相关的组织(诸如肺或食道)中(图3A)。COVID-19感染的标志是嗅觉功能障碍，其可以部分地解释为病毒能够直接感染嗅觉上皮(Fuccillo等人,J Laryngol Otol,1-10,2020)。为了评估新鉴定的RBD受体是否在该组织中表达，查询了最近发表的单细胞水平的人类嗅觉组织图谱(Durante等人,Nat Neurosci,23:323-326,2020)(图3C、3D和7A-7G)。有趣的是，虽然ACE2总体上仅以低水平表达，但CNTN1在多种细胞类型(包括基质细胞、单核细胞及神经元)中显著表达，从而显示出在某些群体(诸如嗅觉及呼吸水平基底细胞)中与ACE2的共表达水平低(图3D和图3H)。
转而，NRP2显示出在不同细胞类型中具有高表达，其中在周细胞、神经胶质或血管平滑肌细胞中的相对水平最高(图3D)。与之前的观察结果一致，IL12RB1主要在嗅觉上皮的免疫细胞群体中显著表达，而在该组织中IL1RAPL2的表达总体上非常低(图7A-7G)。
RBD结合配偶体的组织表达分析
RNA共有组织基因数据是从人类蛋白质图谱网页(HPA v19.3)下载的，其中含有HPA、GTEx及FANTOM5表达数据集之间的归一化表达数据。基于GTEx标签及组织Atlas标签指定一般组织类别。
下一代测序数据分析
对于来自健康个体的单细胞RNAseq(scRNAseq)数据，使用Han等人,Nature,581:303-309,2020(GSE134355)报告的不同组织样品的原始数位基因表达(DGE)。仅分析成人组织。在36种不同的组织中检测到CNTN1。Durante等人,,Nat Neurosci,23:323-326,2020报告的另一个人类嗅觉及呼吸道粘膜细胞scRNAseq数据集是从GSE139522收集的。UMAP坐标及细胞簇注释基于该出版物。Lieberman等人,PLoS Biol,18:e3000849,2020(如实例5所述)报告的来自感染及未感染SARS-CoV-2个体的鼻咽拭子的RNAseq数据集是从GSE152075获得的。原始计数基因表达数据使用修剪的M值的平均值(TMM)进行归一化，并使用VOOM转换为log2计数/百万并具有相关精度权重。分析了归一化的log2转化基因表达与感染状态以及病毒载量之间的关联。感染状态及病毒载量数据是从GSE152075中可用的元数据中获得的。组间统计显著性通过Mann Whitney U测试来计算。Yang等人,bioRxiv,doi.org/10.1101/2020.10.22,2020报告了来自健康及COVID-19感染个体的脑及脉络丛细胞类型的scRNAseq数据。数据含有来自10个非病毒个体及4个COVID-19个体的额叶皮层及脉络丛的47,678个基于液滴的单核转录组。在皮质中对8种主要细胞类型的23,626个细胞核进行了分析，且在脉络丛中对7种细胞类型中的24,052个细胞核进行了分析。UMAP坐标及细胞簇注释基于该出版物。
实例5.SARS-CoV-2刺突蛋白RBD结合剂在感染过程中的表达
为了深入了解新型刺突蛋白RBD结合受体在感染过程中的推定作用，使用公开可用的数据库研究了这些细胞因子在感染过程中的表达。首先，查询了最近发布的来自400多名COVID-19患者及健康对照的鼻咽拭子基因表达型态的数据集(Lieberman等人,PLoSBiol,18:e3000849,2020)。与在其他组织中观察到的低表达水平一致，在这些样品中未检测到IL1RAPL2表达。值得注意的是，IL12RB1及NRP2的水平仅随着病毒载量适度增加(图8B)，而CNTN1表达水平与COVID-19患者的病毒负荷及疾病严重度显著相关(图3E)，相关性在老年患者中更为明显(图8A)。
有趣的是，且与CNTN1相似，ACE2表达与该患者队列中的病毒负荷显著相关(图3E)。接下来，最近对10名健康患者及4名COVID-19患者的额叶皮层及脉络丛的单核RNA转录组进行了研究(Yang等人,bioRxiv,doi.org/10.1101/2020.10.22.349415,2020)(图9A-9D)。重要的是，在本研究中鉴定的刺突受体中，脉络丛及额叶皮层中CNTN1的表达显著较高(图3H及图3I)，并且相对于NRP2(仅以相对较低的水平表达)也更高(图3I)。有趣的是，ACE2表达非常低或可以忽略不计(图9A-9D)，尽管免疫组织化学分析表明这些脑组织中存在大量病毒载量(Yang等人,bioRxiv,doi.org/10.1101/2020.10.22.349415,2020)，支持大量体外、计算机及死后研究，这些表明中枢神经系统细胞可以支持生产性SARS CoV-2感染(Jakhmola等人,Sn Compr Clin Med,1-10,2020；Alomari等人,Clin Neurol Neurosurg,198:106116,2020；Baig等人,ACS Chem Neurosci,11:995-998,2020；Li等人,J MedVirol,92:552-555,2020；Ellul等人,Lancet Neurol,19:767-783,2020；Jacob等人,CellStem Cell,doi:10.1016/j.stem.2020.09.016,2020)。相比之下，CNTN1在大多数细胞类型，特别是脉络丛及实质中的室管膜及神经细胞中广泛且高度表达(图3H、3I和9A-9D)。NRP2最近被鉴定为ACE2介导的感染的增强因子，在COVID-19大脑的离散群体中显示出显著的上调(图3F、3G和9A-9D)。相比之下，CNTN1在额叶皮层及脉络丛二者的大多数细胞类型中持续且显著升高，在脑实质中的大多数细胞群(图3I及图9A-9D)及脉络丛内的神经细胞(图3H和图9A-9D)显示出特别显著的上调。总之，这些发现增加了CNTN1可能在神经系统细胞或相关组织(诸如嗅觉上皮)的病毒感染中发挥作用的可能性，这些易感细胞类型已显示出透过尚不清楚的机制支持病毒感染(Pellegrini等人,bioRxiv,doi:10.1101/2020.08.20.259937,2020；Yang等人,bioRxiv,doi.org/10.1101/2020.10.22.349415,2020)。
实例6.SARS-CoV-2刺突蛋白RBD结合剂在病毒进入中的作用
已经证明SARS-CoV-2刺突三聚体在RBD介导的相互作用中直接与ACE2以外的选择宿主因子结合，并且鉴于有证据表明这些宿主因子在COVID-19感染期间在相关组织中表达，研究了这些受体在病毒进入中的作用。使用了用SARS-CoV-2刺突蛋白假型化的病毒粒子，其专门允许研究病毒进入。将不表达可检测的ACE2的HEK/293细胞用编码宿主因子的质粒转染，这些宿主因子被鉴定为RBD的结合配偶体。正如预期的那样，ACE2表达使细胞容易受到感染，而CNTN1表达本身仅促进了非常低水平的感染(图4A)。引人注目的是，相对于仅表达ACE2的细胞，CNTN1与ACE2的共表达显著增加了假型粒子感染(图4B)。此外，CNTN1在ACE2及TMPRSS2存在的情况下也促进感染(图4B)，共同表明CNTN1作为增强ACE2依赖性感染的细胞因子。相比之下，CNTN1对水泡性口炎病毒(VSV)糖蛋白假型颗粒感染(用作对照)的水平没有显著影响，这与该病毒的感染不依赖于ACE2的事实一致(图4A及图4B)。
NRP2表达不会促进感染，但当与ACE2或ACE2及TMPRSS2共表达时，会增加病毒进入，正如最近报导的相关受体NRP1(Cantuti-Castelvetri等人,Science,370:856-860,2020；Daly等人,Science,370:861-865,2020)(图4A及图4B)。相比之下，IL12RB1及IL1RAPL2表达在测试的实验条件下没有显著影响病毒进入(图10A及图10B)，表明这些因素可能在病毒循环的其他方面发挥作用。合理的假设是，SARS-CoV-2感染可能透过干扰IL-12/IL-23信号传导，经由直接靶向IL12RB1(一种经常参与自体免疫疾病及细菌感染的轴)来调节发炎(Robinson等人,Cytokine,71:348-359,2015；van de Vosse等人,Hum Mutat,34:1329-1339,2013)。此外，IL1RAPL2是主要在大脑中表达的蛋白质，可以作为表面受体的辅助蛋白质，并可能影响神经系统中病毒的附着及传播(Booker和Grattan,JImmunol,198:270-278,2017；Bahi等人,Hum Mol Genet,12:1415-1425,2003)。
SARS CoV-2刺突假型粒子的感染测定
展示糖蛋白G(VSV-G)并携带GFP报导基因的复制无能水泡性口炎病毒(VSV)株印第安纳颗粒购自Integral Molecular(Philadelphia,USA)。用携带GFP报导基因的SARSCoV-2刺突蛋白假型化的病毒颗粒也购自Integral Molecular。对于假型颗粒的感染测定，将HEK/293T细胞接种在M96或M384孔板上。用空质粒对照或作为全长天然蛋白的刺突结合配偶体瞬时转染细胞，且在转染后24小时或48小时感染细胞培养物以使得能够表达细胞受体。将假型颗粒在无血清DMEM培养基中稀释，并与细胞在37℃下孵育4小时，然后用含有10％ FBS的DMEM替换生长培养基。感染后24小时或48小时后，洗涤细胞，用4％ PFA固定，并用DAPI(Thermo Scientific)染色以观察细胞核。使用高内涵显微镜(InCell 6000,GEHealthcare)或Leica SP5共聚焦(Leica)以10x放大率获取影像。为了量化感染，使用InCell Developer软体4.1版分析影像。感染是相对于在每组中观察到的表达ACE-2的细胞表示的。使用GraphPad软体v8实施双向ANOVA，并对多重比较进行Sidak校正。
结论
病毒蛋白可以靶向多种宿主因子，通常通过利用多价蛋白质-蛋白质相互作用来增加亲和力及效力，活动使病毒有可能使用有限的基因组资源干扰多种宿主功能(Martinez-Martin等人,Nat Commun,7:11473,2016)。当前研究中鉴定的SARS-CoV-2刺突的细胞外相互作用组的差异可能会增加该蛋白质的功能，此是导致病毒更广泛的向性及感染性增加的因素，包括其感染主要表达这些受体的神经系统及嗅觉上皮的能力。因此，CNTN1可能作为增强因子，促进进入表达低水平ACE2的细胞，或增强组织微环境中表达ACE2的细胞的感染。因此，开发选择性阻断CNTN1与SARS CoV-2刺突之间相互作用的试剂为治疗干预提供了潜在途径，这可能有助于降低病毒感染及传播。该项研究代表了在分子水平上研究病毒-宿主相互作用的重要资源，并突出了可能影响SARS-CoV-2增加的向性及神经侵袭潜力的靶标。
此外，细胞相关因子CNTN1作为SARS CoV-2特异性宿主受体的发现提供了潜在的途径，通过该途径病毒可以靶向神经细胞，特别是鉴于大脑中ACE2表达水平非常低。我们的结果表明，CNTN1促进了SARS-CoV-2感染表达低水平ACE2的细胞，这支持了最近对神经纤毛蛋白的类似发现。
CNTN1可能在ACE2水平低的组织(诸如脑脉络丛)中发挥作用(图3A-3I)。替代性地，或此外，CNTN1可以在具有高病毒载量的发炎组织中介导活体内ACE2非依赖性感染途径，或加强组织微环境中表达ACE2的相邻细胞的感染。
本研究中发现的新型SARS CoV-2刺突细胞受体可能部分解释了该病毒更广泛的向性及增加的感染性，包括其感染主要表达CNTN1的神经系统及嗅觉上皮的能力。新型SARS-CoV-2代表了全球大流行，预计将对人类健康产生长期影响，且未来显然有必要对这些新型刺突受体的作用进行调查。例如，开发选择性阻断CNTN1与刺突蛋白之间相互作用的试剂为治疗干预提供了潜在途径，这可能有助于降低病毒感染及传播。更一般地，本文描述的受体发现平台代表了在分子水平上研究病毒-宿主相互作用的重要资源，并突出了可能影响如SARS-CoV-2等病毒增加的向性及神经侵袭潜力的靶标。最终，该等发现为针对SARS-CoV-2及其他对全球人类健康的病毒威胁的新的或改进的治疗选择铺平了道路。
该项研究首次对SARS CoV刺突(负责病毒向性的主要蛋白质)直接靶向的宿主因素进行了系统分析。
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<213> SARS-CoV-2
<400> 1
Met Phe Val Phe Leu Val Leu Leu Pro Leu Val Ser Ser Gln Cys Val
1 5 10 15
Asn Leu Thr Thr Arg Thr Gln Leu Pro Pro Ala Tyr Thr Asn Ser Phe
20 25 30
Thr Arg Gly Val Tyr Tyr Pro Asp Lys Val Phe Arg Ser Ser Val Leu
35 40 45
His Ser Thr Gln Asp Leu Phe Leu Pro Phe Phe Ser Asn Val Thr Trp
50 55 60
Phe His Ala Ile His Val Ser Gly Thr Asn Gly Thr Lys Arg Phe Asp
65 70 75 80
Asn Pro Val Leu Pro Phe Asn Asp Gly Val Tyr Phe Ala Ser Thr Glu
85 90 95
Lys Ser Asn Ile Ile Arg Gly Trp Ile Phe Gly Thr Thr Leu Asp Ser
100 105 110
Lys Thr Gln Ser Leu Leu Ile Val Asn Asn Ala Thr Asn Val Val Ile
115 120 125
Lys Val Cys Glu Phe Gln Phe Cys Asn Asp Pro Phe Leu Gly Val Tyr
130 135 140
Tyr His Lys Asn Asn Lys Ser Trp Met Glu Ser Glu Phe Arg Val Tyr
145 150 155 160
Ser Ser Ala Asn Asn Cys Thr Phe Glu Tyr Val Ser Gln Pro Phe Leu
165 170 175
Met Asp Leu Glu Gly Lys Gln Gly Asn Phe Lys Asn Leu Arg Glu Phe
180 185 190
Val Phe Lys Asn Ile Asp Gly Tyr Phe Lys Ile Tyr Ser Lys His Thr
195 200 205
Pro Ile Asn Leu Val Arg Asp Leu Pro Gln Gly Phe Ser Ala Leu Glu
210 215 220
Pro Leu Val Asp Leu Pro Ile Gly Ile Asn Ile Thr Arg Phe Gln Thr
225 230 235 240
Leu Leu Ala Leu His Arg Ser Tyr Leu Thr Pro Gly Asp Ser Ser Ser
245 250 255
Gly Trp Thr Ala Gly Ala Ala Ala Tyr Tyr Val Gly Tyr Leu Gln Pro
260 265 270
Arg Thr Phe Leu Leu Lys Tyr Asn Glu Asn Gly Thr Ile Thr Asp Ala
275 280 285
Val Asp Cys Ala Leu Asp Pro Leu Ser Glu Thr Lys Cys Thr Leu Lys
290 295 300
Ser Phe Thr Val Glu Lys Gly Ile Tyr Gln Thr Ser Asn Phe Arg Val
305 310 315 320
Gln Pro Thr Glu Ser Ile Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn Leu Cys
325 330 335
Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Arg Phe Ala Ser Val Tyr Ala
340 345 350
Trp Asn Arg Lys Arg Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser Val Leu
355 360 365
Tyr Asn Ser Ala Ser Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val Ser Pro
370 375 380
Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Thr Asn Val Tyr Ala Asp Ser Phe
385 390 395 400
Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln Thr Gly
405 410 415
Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr Gly Cys
420 425 430
Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly Gly Asn
435 440 445
Tyr Asn Tyr Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys Pro Phe
450 455 460
Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr Pro Cys
465 470 475 480
Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser Tyr Gly
485 490 495
Phe Gln Pro Thr Asn Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Val
500 505 510
Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro Lys
515 520 525
Lys Ser Thr Asn Leu Val Lys Asn Lys Cys Val Asn Phe Asn Phe Asn
530 535 540
Gly Leu Thr Gly Thr Gly Val Leu Thr Glu Ser Asn Lys Lys Phe Leu
545 550 555 560
Pro Phe Gln Gln Phe Gly Arg Asp Ile Ala Asp Thr Thr Asp Ala Val
565 570 575
Arg Asp Pro Gln Thr Leu Glu Ile Leu Asp Ile Thr Pro Cys Ser Phe
580 585 590
Gly Gly Val Ser Val Ile Thr Pro Gly Thr Asn Thr Ser Asn Gln Val
595 600 605
Ala Val Leu Tyr Gln Asp Val Asn Cys Thr Glu Val Pro Val Ala Ile
610 615 620
His Ala Asp Gln Leu Thr Pro Thr Trp Arg Val Tyr Ser Thr Gly Ser
625 630 635 640
Asn Val Phe Gln Thr Arg Ala Gly Cys Leu Ile Gly Ala Glu His Val
645 650 655
Asn Asn Ser Tyr Glu Cys Asp Ile Pro Ile Gly Ala Gly Ile Cys Ala
660 665 670
Ser Tyr Gln Thr Gln Thr Asn Ser Pro Gly Ser Ala Ser Ser Val Ala
675 680 685
Ser Gln Ser Ile Ile Ala Tyr Thr Met Ser Leu Gly Ala Glu Asn Ser
690 695 700
Val Ala Tyr Ser Asn Asn Ser Ile Ala Ile Pro Thr Asn Phe Thr Ile
705 710 715 720
Ser Val Thr Thr Glu Ile Leu Pro Val Ser Met Thr Lys Thr Ser Val
725 730 735
Asp Cys Thr Met Tyr Ile Cys Gly Asp Ser Thr Glu Cys Ser Asn Leu
740 745 750
Leu Leu Gln Tyr Gly Ser Phe Cys Thr Gln Leu Asn Arg Ala Leu Thr
755 760 765
Gly Ile Ala Val Glu Gln Asp Lys Asn Thr Gln Glu Val Phe Ala Gln
770 775 780
Val Lys Gln Ile Tyr Lys Thr Pro Pro Ile Lys Asp Phe Gly Gly Phe
785 790 795 800
Asn Phe Ser Gln Ile Leu Pro Asp Pro Ser Lys Pro Ser Lys Arg Ser
805 810 815
Phe Ile Glu Asp Leu Leu Phe Asn Lys Val Thr Leu Ala Asp Ala Gly
820 825 830
Phe Ile Lys Gln Tyr Gly Asp Cys Leu Gly Asp Ile Ala Ala Arg Asp
835 840 845
Leu Ile Cys Ala Gln Lys Phe Asn Gly Leu Thr Val Leu Pro Pro Leu
850 855 860
Leu Thr Asp Glu Met Ile Ala Gln Tyr Thr Ser Ala Leu Leu Ala Gly
865 870 875 880
Thr Ile Thr Ser Gly Trp Thr Phe Gly Ala Gly Ala Ala Leu Gln Ile
885 890 895
Pro Phe Ala Met Gln Met Ala Tyr Arg Phe Asn Gly Ile Gly Val Thr
900 905 910
Gln Asn Val Leu Tyr Glu Asn Gln Lys Leu Ile Ala Asn Gln Phe Asn
915 920 925
Ser Ala Ile Gly Lys Ile Gln Asp Ser Leu Ser Ser Thr Ala Ser Ala
930 935 940
Leu Gly Lys Leu Gln Asp Val Val Asn Gln Asn Ala Gln Ala Leu Asn
945 950 955 960
Thr Leu Val Lys Gln Leu Ser Ser Asn Phe Gly Ala Ile Ser Ser Val
965 970 975
Leu Asn Asp Ile Leu Ser Arg Leu Asp Pro Pro Glu Ala Glu Val Gln
980 985 990
Ile Asp Arg Leu Ile Thr Gly Arg Leu Gln Ser Leu Gln Thr Tyr Val
995 1000 1005
Thr Gln Gln Leu Ile Arg Ala Ala Glu Ile Arg Ala Ser Ala Asn
1010 1015 1020
Leu Ala Ala Thr Lys Met Ser Glu Cys Val Leu Gly Gln Ser Lys
1025 1030 1035
Arg Val Asp Phe Cys Gly Lys Gly Tyr His Leu Met Ser Phe Pro
1040 1045 1050
Gln Ser Ala Pro His Gly Val Val Phe Leu His Val Thr Tyr Val
1055 1060 1065
Pro Ala Gln Glu Lys Asn Phe Thr Thr Ala Pro Ala Ile Cys His
1070 1075 1080
Asp Gly Lys Ala His Phe Pro Arg Glu Gly Val Phe Val Ser Asn
1085 1090 1095
Gly Thr His Trp Phe Val Thr Gln Arg Asn Phe Tyr Glu Pro Gln
1100 1105 1110
Ile Ile Thr Thr Asp Asn Thr Phe Val Ser Gly Asn Cys Asp Val
1115 1120 1125
Val Ile Gly Ile Val Asn Asn Thr Val Tyr Asp Pro Leu Gln Pro
1130 1135 1140
Glu Leu Asp Ser Phe Lys Glu Glu Leu Asp Lys Tyr Phe Lys Asn
1145 1150 1155
His Thr Ser Pro Asp Val Asp Leu Gly Asp Ile Ser Gly Ile Asn
1160 1165 1170
Ala Ser Val Val Asn Ile Gln Lys Glu Ile Asp Arg Leu Asn Glu
1175 1180 1185
Val Ala Lys Asn Leu Asn Glu Ser Leu Ile Asp Leu Gln Glu Leu
1190 1195 1200
Gly Lys Tyr Glu Gln Gly Ser Gly Tyr Ile Pro Glu Ala Pro Arg
1205 1210 1215
Asp Gly Gln Ala Tyr Val Arg Lys Asp Gly Glu Trp Val Leu Leu
1220 1225 1230
Ser Thr Phe Leu Gly Gly Gly
1235 1240
<210> 2
<211> 3720
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 2
atgttcgtgt ttctggtgct gctgcctctg gtgagctccc agtgcgtgaa cctgaccaca 60
aggacccagc tgccacctgc ctataccaat tccttcacac ggggcgtgta ctatcctgac 120
aaggtgttta gatctagcgt gctgcactct acacaggatc tgtttctgcc attctttagc 180
aacgtgacct ggttccacgc catccacgtg agcggcacca atggcacaaa gcggttcgac 240
aatcctgtgc tgcccttcaa cgatggcgtg tacttcgcct ccaccgagaa gtctaacatc 300
atcagaggct ggatctttgg caccacactg gacagcaaga cacagtccct gctgatcgtg 360
aacaatgcca ccaacgtggt catcaaggtg tgcgagttcc agttttgtaa tgatcccttc 420
ctgggcgtgt actatcacaa gaacaataag tcttggatgg agagcgagtt tagagtgtat 480
tcctctgcca acaattgtac atttgagtac gtgtcccagc ctttcctgat ggacctggag 540
ggcaagcagg gcaatttcaa gaacctgagg gagttcgtgt ttaagaatat cgatggctac 600
ttcaagatct actccaagca cacccccatc aacctggtgc gcgacctgcc tcagggcttc 660
tctgccctgg agcccctggt ggatctgcct atcggcatca acatcacccg gtttcagaca 720
ctgctggccc tgcacagaag ctacctgaca cccggcgaca gctcctctgg atggaccgca 780
ggagcagcag cctactatgt gggctatctg cagcctagga ccttcctgct gaagtacaac 840
gagaatggca ccatcacaga cgcagtggat tgcgcactgg accccctgag cgagaccaag 900
tgtacactga agtcctttac cgtggagaag ggcatctatc agacatccaa tttcagggtg 960
cagccaaccg agtctatcgt gcgctttcct aatatcacaa acctgtgccc atttggcgag 1020
gtgttcaacg caaccaggtt cgcaagcgtg tacgcatgga atcggaagag aatctctaac 1080
tgcgtggccg actatagcgt gctgtacaac tctgccagct tctccacctt taagtgctat 1140
ggcgtgagcc ccacaaagct gaatgacctg tgctttacca acgtgtacgc cgattccttc 1200
gtgatcaggg gcgacgaggt gagacagatc gcacctggcc agacaggcaa gatcgccgac 1260
tacaattata agctgccaga cgatttcacc ggctgcgtga tcgcctggaa ctctaacaat 1320
ctggatagca aagtgggcgg caactacaat tatctgtaca ggctgtttcg caagtctaat 1380
ctgaagccct tcgagaggga catctctaca gagatctacc aggccggcag caccccttgc 1440
aatggcgtgg agggctttaa ctgttatttc ccactgcaga gctacggctt ccagcccaca 1500
aacggcgtgg gctatcagcc ttaccgcgtg gtggtgctgt cttttgagct gctgcacgca 1560
ccagcaacag tgtgcggacc caagaagagc accaatctgg tgaagaacaa gtgcgtgaac 1620
ttcaacttca acggactgac cggaacaggc gtgctgaccg agtccaacaa gaagttcctg 1680
ccatttcagc agttcggcag ggacatcgca gataccacag acgccgtgcg cgacccacag 1740
accctggaga tcctggatat cacaccctgc tccttcggcg gcgtgtctgt gatcacaccc 1800
ggcaccaata caagcaacca ggtggccgtg ctgtatcagg acgtgaattg taccgaggtg 1860
cctgtggcca tccacgccga tcagctgacc ccaacatggc gggtgtactc caccggctct 1920
aacgtgttcc agacaagagc aggatgcctg atcggagcag agcacgtgaa caattcctat 1980
gagtgcgaca tcccaatcgg cgccggcatc tgtgcctctt accagaccca gacaaacagc 2040
ccaggctccg ccagctccgt ggcatctcag agcatcatcg cctataccat gtccctgggc 2100
gccgagaaca gcgtggccta ctctaacaat agcatcgcca tcccaaccaa cttcacaatc 2160
tccgtgacca cagagatcct gcccgtgagc atgaccaaga catccgtgga ctgcacaatg 2220
tatatctgtg gcgattccac cgagtgctct aacctgctgc tgcagtacgg cagcttttgt 2280
acccagctga atagggccct gacaggaatc gcagtggagc aggataagaa cacacaggag 2340
gtgttcgccc aggtgaagca gatctacaag accccaccca tcaaggactt tggcggcttc 2400
aatttttccc agatcctgcc agatccctcc aagccttcta agcggagctt tatcgaggac 2460
ctgctgttca acaaggtgac cctggccgat gccggcttca tcaagcagta tggcgattgc 2520
ctgggcgaca tcgccgccag agacctgatc tgtgcccaga agtttaatgg cctgaccgtg 2580
ctgcctccac tgctgacaga tgagatgatc gcacagtaca caagcgccct gctggcagga 2640
accatcacat ccggatggac cttcggcgca ggagccgccc tgcagatccc atttgccatg 2700
cagatggcct atcgcttcaa cggcatcggc gtgacccaga atgtgctgta cgagaaccag 2760
aagctgatcg ccaatcagtt taactccgcc atcggcaaga tccaggacag cctgtctagc 2820
acagcatccg ccctgggcaa gctgcaggat gtggtgaatc agaacgccca ggccctgaat 2880
accctggtga agcagctgtc ctctaacttc ggcgccatca gctccgtgct gaatgatatc 2940
ctgagcaggc tggacccccc tgaggcagag gtgcagatcg acaggctgat cacaggccgc 3000
ctgcagtccc tgcagaccta tgtgacacag cagctgatcc gggccgccga gatcagagcc 3060
tctgccaatc tggccgccac caagatgtcc gagtgcgtgc tgggccagtc taagagagtg 3120
gacttttgtg gcaagggcta tcacctgatg agcttccctc agtccgcccc acacggagtg 3180
gtgtttctgc acgtgaccta cgtgcccgcc caggagaaga acttcaccac agcccctgcc 3240
atctgccacg atggcaaggc ccactttcca agggagggcg tgttcgtgag caacggcacc 3300
cactggtttg tgacacagcg caatttctac gagccccaga tcatcaccac agacaatacc 3360
ttcgtgagcg gcaactgtga cgtggtcatc ggcatcgtga acaataccgt gtatgatccc 3420
ctgcagcctg agctggacag ctttaaggag gagctggata agtacttcaa gaatcacacc 3480
tcccccgacg tggatctggg cgacatctct ggcatcaatg ccagcgtggt gaacatccag 3540
aaggagatcg acagactgaa cgaggtggcc aagaatctga acgagtctct gatcgatctg 3600
caggagctgg gcaagtatga gcagggcagc ggatacatcc cagaggcacc aagggacgga 3660
caggcatacg tgcgcaagga tggcgagtgg gtgctgctga gcaccttcct gggcggcggc 3720
<210> 3
<211> 300
<212> PRT
<213> SARS-CoV-2
<400> 3
Met Gly Gly Thr Ala Ala Arg Leu Gly Ala Val Ile Leu Phe Val Val
1 5 10 15
Ile Val Gly Leu His Gly Val Arg Gly Gly Ser Arg Val Gln Pro Thr
20 25 30
Glu Ser Ile Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn Leu Cys Pro Phe Gly
35 40 45
Glu Val Phe Asn Ala Thr Arg Phe Ala Ser Val Tyr Ala Trp Asn Arg
50 55 60
Lys Arg Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser Val Leu Tyr Asn Ser
65 70 75 80
Ala Ser Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val Ser Pro Thr Lys Leu
85 90 95
Asn Asp Leu Cys Phe Thr Asn Val Tyr Ala Asp Ser Phe Val Ile Arg
100 105 110
Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln Thr Gly Lys Ile Ala
115 120 125
Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr Gly Cys Val Ile Ala
130 135 140
Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly Gly Asn Tyr Asn Tyr
145 150 155 160
Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys Pro Phe Glu Arg Asp
165 170 175
Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr Pro Cys Asn Gly Val
180 185 190
Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser Tyr Gly Phe Gln Pro
195 200 205
Thr Asn Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Val Leu Ser Phe
210 215 220
Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro Lys Lys Ser Thr
225 230 235 240
Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr Pro Cys Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn
245 250 255
Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser Tyr Gly Phe Gln Pro Thr Asn Gly Val
260 265 270
Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu His
275 280 285
Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro Lys Lys Ser Thr
290 295 300
<210> 4
<211> 900
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 4
atgggaggga ctgccgccag gttgggggcc gtgattttgt ttgtcgtcat agtgggcctc 60
catggggtcc gcggtggatc cagggtgcag ccaaccgagt ctatcgtgcg ctttcctaat 120
atcacaaacc tgtgcccatt tggcgaggtg ttcaacgcaa ccaggttcgc aagcgtgtac 180
gcatggaatc ggaagagaat ctctaactgc gtggccgact atagcgtgct gtacaactct 240
gccagcttct ccacctttaa gtgctatggc gtgagcccca caaagctgaa tgacctgtgc 300
tttaccaacg tgtacgccga ttccttcgtg atcaggggcg acgaggtgag acagatcgca 360
cctggccaga caggcaagat cgccgactac aattataagc tgccagacga tttcaccggc 420
tgcgtgatcg cctggaactc taacaatctg gatagcaaag tgggcggcaa ctacaattat 480
ctgtacaggc tgtttcgcaa gtctaatctg aagcccttcg agagggacat ctctacagag 540
atctaccagg ccggcagcac cccttgcaat ggcgtggagg gctttaactg ttatttccca 600
ctgcagagct acggcttcca gcccacaaac ggcgtgggct atcagcctta ccgcgtggtg 660
gtgctgtctt ttgagctgct gcacgcacca gcaacagtgt gcggacccaa gaagagcacc 720
aatctggtga agaacaagtg cgtgaacttc aacttcaacg gactgaccgg aacaggcgtg 780
ctgaccgagt ccaacaagaa gttcctgcca tttcagcagt tcggcaggga catcgcagat 840
accacagacg ccgtgcgcga cccacagacc ctggagatcc tggatatcac accctgctcc 900
<210> 5
<211> 299
<212> PRT
<213> SARS-CoV-1
<400> 5
Met Gly Gly Thr Ala Ala Arg Leu Gly Ala Val Ile Leu Phe Val Val
1 5 10 15
Ile Val Gly Leu His Gly Val Arg Gly Gly Ser Arg Val Val Pro Ser
20 25 30
Gly Asp Val Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn Leu Cys Pro Phe Gly
35 40 45
Glu Val Phe Asn Ala Thr Lys Phe Pro Ser Val Tyr Ala Trp Glu Arg
50 55 60
Lys Lys Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser Val Leu Tyr Asn Ser
65 70 75 80
Thr Phe Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val Ser Ala Thr Lys Leu
85 90 95
Asn Asp Leu Cys Phe Ser Asn Val Tyr Ala Asp Ser Phe Val Val Lys
100 105 110
Gly Asp Asp Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln Thr Gly Val Ile Ala
115 120 125
Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Met Gly Cys Val Leu Ala
130 135 140
Trp Asn Thr Arg Asn Ile Asp Ala Thr Ser Thr Gly Asn Tyr Asn Tyr
145 150 155 160
Lys Tyr Arg Tyr Leu Arg His Gly Lys Leu Arg Pro Phe Glu Arg Asp
165 170 175
Ile Ser Asn Val Pro Phe Ser Pro Asp Gly Lys Pro Cys Thr Pro Pro
180 185 190
Ala Leu Asn Cys Tyr Trp Pro Leu Asn Asp Tyr Gly Phe Tyr Thr Thr
195 200 205
Thr Gly Ile Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Val Leu Ser Phe Glu
210 215 220
Leu Leu Asn Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro Lys Leu Ser Thr Asp
225 230 235 240
Leu Ile Lys Asn Gln Cys Val Asn Phe Asn Phe Asn Gly Leu Thr Gly
245 250 255
Thr Gly Val Leu Thr Pro Ser Ser Lys Arg Phe Gln Pro Phe Gln Gln
260 265 270
Phe Gly Arg Asp Val Ser Asp Phe Thr Asp Ser Val Arg Asp Pro Lys
275 280 285
Thr Ser Glu Ile Leu Asp Ile Ser Pro Cys Ala
290 295
<210> 6
<211> 897
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 6
atgggaggga ctgccgccag gttgggggcc gtgattttgt ttgtcgtcat agtgggcctc 60
catggggtcc gcggtggatc ccgggtggtg cccagcggcg atgtggtgag attccccaat 120
atcaccaacc tgtgcccttt cggcgaggtg tttaatgcca caaagttccc ttccgtgtac 180
gcctgggagc gcaagaagat ctccaactgc gtggccgact actctgtgct gtataatagc 240
accttcttca gcaccttcaa gtgctacggc gtgagcgcca ccaagctgaa tgacctgtgc 300
ttctccaacg tgtatgccga ttcttttgtg gtgaagggcg acgatgtgcg gcagatcgca 360
ccaggacaga ccggcgtgat cgcagactac aactataagc tgcccgacga tttcatgggc 420
tgcgtgctgg cctggaatac aagaaacatc gatgccacaa gcaccggcaa ctacaattat 480
aagtaccggt atctgagaca cggcaagctg cggcctttcg agagagacat cagcaatgtg 540
cctttttccc cagatggcaa gccttgcacc ccccctgccc tgaattgtta ctggccactg 600
aacgactacg gcttctatac cacaaccggc atcggctacc agccatatcg ggtggtggtg 660
ctgtcttttg agctgctgaa cgcaccagca accgtgtgcg gacccaagct gagcacagat 720
ctgatcaaga atcagtgcgt gaacttcaac ttcaacggac tgacaggaac cggcgtgctg 780
accccatcta gcaagaggtt ccagcccttt cagcagttcg gccgcgacgt gtctgatttc 840
accgacagcg tgagggaccc caagacaagc gagatcctgg atatctcccc ttgcgcc 897
<210> 7
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<400> 7
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Tyr Thr Ser Arg Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Phe Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 8
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构建体
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> Xaa 为焦谷氨酸残基
<400> 8
Xaa Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Arg Pro Ser Gln
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Tyr Ser Ile Thr Ser Asp
20 25 30
His Ala Trp Ser Trp Val Arg Gln Pro Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp
35 40 45
Ile Gly Tyr Ile Ser Tyr Ser Gly Ile Thr Thr Tyr Asn Pro Ser Leu
50 55 60
Lys Ser Arg Val Thr Met Leu Arg Asp Thr Ser Lys Asn Gln Phe Ser
65 70 75 80
Leu Arg Leu Ser Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ser Leu Ala Arg Thr Thr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Ser Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe
115 120 125
Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu
130 135 140
Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp
145 150 155 160
Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu
165 170 175
Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser
180 185 190
Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro
195 200 205
Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys
210 215 220
Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro
225 230 235 240
Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser
245 250 255
Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp
260 265 270
Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn
275 280 285
Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val
290 295 300
Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu
305 310 315 320
Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys
325 330 335
Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr
340 345 350
Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Ser Leu Thr Cys
355 360 365
Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser
370 375 380
Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp
385 390 395 400
Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser
405 410 415
Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala
420 425 430
Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
435 440 445

Claims (277)

1.一种治疗具有SARS-CoV-2感染的个体的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的接触蛋白-1(CNTN1)拮抗剂、白介素12受体亚基β1(IL12RB1)拮抗剂或类白介素1受体辅助蛋白2(IL1RAPL2)拮抗剂。
2.一种减少对个体的细胞的SARS-CoV-2附着的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述施用包括使所述个体的所述细胞与有效量的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂接触。
4.一种降低个体的SARS-CoV-2感染的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中：
(a)所述CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2刺突(S)蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；
(b)所述IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或
(c)所述IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述抑制性核酸为反义寡核苷酸(ASO)或小干扰RNA(siRNA)。
9.根据权利要求7所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为肽。
10.根据权利要求7所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
11.根据权利要求10所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1、IL12RB1和/或IL1RAPL2的结合。
12.根据权利要求10所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2。
13.根据权利要求10所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、Il12RB1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白受体结合结构域(RBD)的结合。
15.根据权利要求7和10至14中任一项所述的方法，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
16.根据权利要求10至14中任一项所述的方法，其中所述抗体为双特异性抗体。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述双特异性抗体结合(a)血管紧张素转换酶2(ACE2)和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)ACE2和IL1RAPL2。
18.一种预防具有SARS-CoV-2感染的个体的神经组织的继发感染的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
19.根据权利要求18所述的方法，其中：
(a)所述CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；
或
(b)所述IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
20.根据权利要求18或19所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的神经组织的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
21.根据权利要求18至20中任一项所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
23.根据权利要求21所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为肽。
24.根据权利要求21所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
25.根据权利要求24所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL1RAPL2的结合。
26.根据权利要求24所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL1RAPL2。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
28.根据权利要求27所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
29.根据权利要求21和24至28中任一项所述的方法，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
30.根据权利要求24至28中任一项所述的方法，其中所述抗体为双特异性抗体。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL1RAPL2；或(c)CNTN1和IL1RAPL2。
32.一种预防具有SARS-CoV-2感染的个体的免疫细胞和/或淋巴组织的继发感染的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的IL12RB1拮抗剂。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
34.根据权利要求32或33所述的方法，其中所述IL12RB1拮抗剂相对于不存在所述IL12RB1拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的免疫细胞和/或淋巴组织的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
35.根据权利要求32至34中任一项所述的方法，其中所述IL12RB1拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
36.根据权利要求35所述的方法，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
37.根据权利要求35所述的方法，其中所述IL12RB1拮抗剂为肽。
38.根据权利要求35所述的方法，其中所述IL12RB1拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
39.根据权利要求38所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与IL12RB1的结合。
40.根据权利要求38所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合IL12RB1。
41.根据权利要求40所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
42.根据权利要求41所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
43.根据权利要求35和38至42中任一项所述的方法，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
44.根据权利要求38至42中任一项所述的方法，其中所述抗体为双特异性抗体。
45.根据权利要求44所述的方法，其中所述双特异性抗体结合ACE2和IL12RB1。
46.一种预防具有SARS-CoV-2感染的个体的肺部的继发感染的方法，所述方法包括向所述个体施用有效量的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂。
47.根据权利要求46所述的方法，其中：
(a)所述CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；
或
(b)所述IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
48.根据权利要求46或47所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂分别相对于不存在所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的肺部的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
49.根据权利要求46至48中任一项所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
50.根据权利要求49所述的方法，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
51.根据权利要求49所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂为肽。
52.根据权利要求49所述的方法，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
53.根据权利要求52所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL12RB1的结合。
54.根据权利要求52所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL12RB1。
55.根据权利要求54所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
56.根据权利要求55所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与所述SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
57.根据权利要求49和52至56中任一项所述的方法，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
58.根据权利要求52至56中任一项所述的方法，其中所述抗体为双特异性抗体。
59.根据权利要求58所述的方法，其中所述双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)CNTN1和IL12RB1。
60.根据权利要求1至59中任一项所述的方法，其中所述个体患有COVID-19。
61.根据权利要求60所述的方法，其中所述个体患有COVID-19肺炎或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。
62.根据权利要求1至61中任一项所述的方法，其进一步包括向所述个体施用至少一种附加疗法。
63.根据权利要求62所述的方法，其中在所述至少一种附加疗法之前、同时或之后向所述个体施用所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
64.根据权利要求62或63所述的方法，其中所述至少一种附加疗法为ACE2拮抗剂。
65.根据权利要求62或63所述的方法，其中所述至少一种附加疗法为神经纤毛蛋白-2(NRP2)拮抗剂。
66.根据权利要求62或63所述的方法，其中所述至少一种附加疗法为支持性护理疗法、抗病毒疗法或皮质类固醇疗法。
67.根据权利要求66所述的方法，其中所述支持性护理疗法包括氧疗法。
68.根据权利要求66所述的方法，其中所述抗病毒疗法包括α-干扰素、洛匹那韦、利托那韦、洛匹那韦/利托那韦、瑞德西韦、利巴韦林、羟氯喹、氯喹、乌非诺韦、法匹拉韦或其组合。
69.根据权利要求66所述的方法，其中所述皮质类固醇疗法包括泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、甲泼尼龙琥珀酸钠、地塞米松、地塞米松去炎松、氢化可的松、倍他米松或其组合。
70.根据权利要求69所述的方法，其中所述皮质类固醇疗法为低剂量皮质类固醇疗法。
71.根据权利要求1至70中任一项所述的方法，其达到与标准护理(SOC)相比在临床结果上的更大改善。
72.根据权利要求71所述的方法，其中所述临床结果为至临床改善的时间(TTCI)，其定义为国家早期预警评分2(NEWS2)为≤2维持24小时。
73.根据权利要求71或72所述的方法，其中所述临床结果为机械通气的发生率。
74.根据权利要求71至73中任一项所述的方法，其中所述临床结果为重症监护室(ICU)住院的发生率。
75.根据权利要求71至74中任一项所述的方法，其中所述临床结果为ICU住院的持续时间。
76.根据权利要求71至75中任一项所述的方法，其中所述临床结果为至临床失败的时间，其定义为至死亡、机械通气、ICU入院或退出的时间，以先发生者为准。
77.根据权利要求71至76中任一项所述的方法，其中所述临床结果为：至出院的时间；或至准备好出院的时间，其通过正常的体温和呼吸速率、以及在环境空气中或≤2L辅助供氧时的稳定的氧饱和度来证明。
78.根据权利要求71至77中任一项所述的方法，其中所述临床结果为辅助供氧的持续时间。
79.根据权利要求71至78中任一项所述的方法，其中所述临床结果选自由以下项组成的组：血管加压药使用的发生率、血管加压药使用的持续时间、体外膜氧合(ECMO)的发生率、开始透析的发生率、第15天或出院日(以先发生者为准)的SARS-CoV-2病毒载量、以及具有继发性细菌感染的个体的比例。
80.根据权利要求1至79中任一项所述的方法，其相较于SOC，与可接受的安全性结果相关联。
81.根据权利要求80所述的方法，其中所述安全性结果选自由以下项组成的组：不良事件的发生率和严重度；具有根据美国国家癌症研究所不良事件通用术语标准(NCI CTCAE)v5.0确定的严重度的不良事件的发生率和严重度；目标生命征象相对于基线的变化；以及目标临床实验室测试结果相对于基线的变化。
82.根据权利要求71至81中任一项所述的方法，其中所述SOC包括支持性护理、施用一种或多种抗病毒剂和/或施用一种或多种低剂量皮质类固醇。
83.根据权利要求1至82中任一项所述的方法，其中所述个体为人。
84.一种鉴定SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2之间相互作用的调节剂的方法，所述方法包括：
(a)提供候选调节剂；
(b)使SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2在所述候选调节剂存在或不存在下在允许所述SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合的条件下接触；以及
(c)测量所述SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的蛋白质的结合，其中在所述候选调节剂存在下的结合相对于在所述候选调节剂不存在下的结合的增加或降低将所述候选调节剂鉴定为所述SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2之间相互作用的调节剂。
85.一种鉴定SARS-CoV-2S蛋白的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括：
(a)提供候选调节剂；
(b)使SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2在所述候选调节剂存在或不存在下在允许所述SARS-CoV-2S蛋白RBD与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合的条件下接触；以及
(c)测量所述SARS-CoV-2S蛋白RBD的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为所述SARS-CoV-2S蛋白的所述下游活性的调节剂。
86.一种鉴定CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括：
(a)提供候选调节剂；
(b)使CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD在所述候选调节剂存在或不存在下在允许CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与所述SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合的条件下接触；以及
(c)测量CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的所述下游活性的调节剂。
87.根据权利要求84所述的方法，其中所述结合的增加或降低为至少50％，如通过表面等离子体共振、生物层干涉或酶联免疫吸附测定(ELISA)所测量的。
88.根据权利要求84至87中任一项所述的方法，其中所述调节剂为所述SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的所述下游活性的抑制剂。
89.根据权利要求85或86所述的方法，其中所述下游活性的所述改变为所述下游活性的量、强度或持续时间的减少。
90.根据权利要求84至89中任一项所述的方法，其中所述调节剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
91.根据权利要求90所述的方法，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
92.根据权利要求90所述的方法，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
93.根据权利要求90或92所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合SARS-CoV-2S蛋白RBD。
94.根据权利要求90或92所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2。
95.根据权利要求85至94中任一项所述的方法，其中所述下游活性为SARS-CoV-2对细胞的感染。
96.根据权利要求95所述的方法，其中感染在所述调节剂存在下降低。
97.根据权利要求96所述的方法，其中感染降低至少40％，如使用SARS-CoV-2S蛋白病毒假型粒子的病毒感染测定或病毒入侵测定中所测量的。
98.根据权利要求84至97中任一项所述的方法，其中所述调节剂为结合SARS-CoV-2S蛋白RBD的抗体或其抗原结合片段。
99.根据权利要求84至97中任一项所述的方法，其中所述调节剂为结合CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的抗体或其抗原结合片段。
100.一种SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2之间相互作用的经分离的调节剂，其中所述调节剂使得所述SARS-CoV-2S蛋白与CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的结合相对于不存在所述调节剂的情况下的结合而降低。
101.一种SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的下游活性的经分离的调节剂，其中所述调节剂使得所述SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的所述下游活性相对于不存在所述调节剂的情况下的下游活性而改变。
102.根据权利要求100所述的调节剂，其中所述结合的降低为至少50％，如通过表面等离子体共振、生物层干涉或酶联免疫吸附测定(ELISA)所测量的。
103.根据权利要求100至102中任一项所述的调节剂，其中所述调节剂为所述SARS-CoV-2S蛋白或CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2的所述下游活性的抑制剂。
104.根据权利要求103所述的调节剂，其中所述下游活性的所述改变为所述下游活性的量、强度或持续时间的减少。
105.根据权利要求100至104中任一项所述的调节剂，其中所述调节剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
106.根据权利要求105所述的调节剂，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
107.根据权利要求105所述的调节剂，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
108.根据权利要求105或107所述的调节剂，其中所述抗体或其抗原结合片段结合SARS-CoV-2S蛋白RBD。
109.根据权利要求105或107所述的调节剂，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2。
110.根据权利要求105和107至109中任一项所述的调节剂，其中所述抗体为双特异性抗体。
111.根据权利要求110所述的调节剂，其中所述双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)ACE2和IL1RAPL2。
112.CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂在制造药物中的用途，所述药物用于治疗具有SARS-CoV-2感染的个体。
113.CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂在制造药物中的用途，所述药物用于减少对个体的细胞的SARS-CoV-2附着。
114.根据权利要求113所述的用途，其中所述药物适于通过使所述个体的细胞与有效量的所述CNTN1拮抗剂、所述IL12RB1拮抗剂或所述IL1RAPL2拮抗剂接触来施用。
115.CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂在制造药物中的用途，所述药物用于降低个体的SARS-CoV-2感染。
116.根据权利要求112至115中任一项所述的用途，其中：
(a)所述CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2刺突(S)蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；
(b)所述IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或
(c)所述IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
117.根据权利要求112至116中任一项所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
118.根据权利要求112至117中任一项所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
119.根据权利要求118所述的用途，其中所述抑制性核酸为反义寡核苷酸(ASO)或小干扰RNA(siRNA)。
120.根据权利要求118所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为肽。
121.根据权利要求118所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
122.根据权利要求121所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1、IL12RB1和/或IL1RAPL2的结合。
123.根据权利要求121所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2。
124.根据权利要求121所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
125.根据权利要求124所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、Il12RB1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
126.根据权利要求118和121至125中任一项所述的用途，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
127.根据权利要求121至124中任一项所述的用途，其中所述抗体为双特异性抗体。
128.根据权利要求127所述的用途，其中所述双特异性抗体结合(a)血管紧张素转换酶2(ACE2)和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)ACE2和IL1RAPL2。
129.CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂在制造药物中的用途，所述药物用于预防具有SARS-CoV-2感染的个体的神经组织的继发感染。
130.根据权利要求129所述的用途，其中：
(a)所述CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；
或
(b)所述IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
131.根据权利要求129或130所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的神经组织的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
132.根据权利要求129至131中任一项所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
133.根据权利要求132所述的用途，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
134.根据权利要求132所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为肽。
135.根据权利要求132所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
136.根据权利要求135所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL1RAPL2的结合。
137.根据权利要求135所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL1RAPL2。
138.根据权利要求137所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
139.根据权利要求138所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
140.根据权利要求132和135至139中任一项所述的用途，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
141.根据权利要求135至139中任一项所述的用途，其中所述抗体为双特异性抗体。
142.根据权利要求141所述的用途，其中所述双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL1RAPL2；或(c)CNTN1和IL1RAPL2。
143.IL12RB1拮抗剂在制造药物中的用途，所述药物用于预防具有SARS-CoV-2感染的个体的免疫细胞和/或淋巴组织的继发感染。
144.根据权利要求143所述的用途，其中所述IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
145.根据权利要求143或144所述的用途，其中所述IL12RB1拮抗剂相对于不存在所述IL12RB1拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的免疫细胞和/或淋巴组织的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
146.根据权利要求143至145中任一项所述的用途，其中所述IL12RB1拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
147.根据权利要求146所述的用途，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
148.根据权利要求146所述的用途，其中所述IL12RB1拮抗剂为肽。
149.根据权利要求146所述的用途，其中所述IL12RB1拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
150.根据权利要求149所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与IL12RB1的结合。
151.根据权利要求149所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段结合IL12RB1。
152.根据权利要求151所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
153.根据权利要求152所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
154.根据权利要求146和149至153中任一项所述的方法，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
155.根据权利要求149至153中任一项所述的方法，其中所述抗体为双特异性抗体。
156.根据权利要求155所述的用途，其中所述双特异性抗体结合ACE2和IL12RB1。
157.CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂在制造药物中的用途，所述药物用于预防具有SARS-CoV-2感染的个体的肺部的继发感染。
158.根据权利要求157所述的用途，其中：
(a)所述CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；
或
(b)所述IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
159.根据权利要求157或158所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂分别相对于不存在所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的肺部的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
160.根据权利要求157至159中任一项所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
161.根据权利要求160所述的用途，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
162.根据权利要求160所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂为肽。
163.根据权利要求160所述的用途，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
164.根据权利要求163所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL12RB1的结合。
165.根据权利要求163所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL12RB1。
166.根据权利要求165所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
167.根据权利要求166所述的用途，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
168.根据权利要求160和163至167中任一项所述的用途，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
169.根据权利要求163至167中任一项所述的用途，其中所述抗体为双特异性抗体。
170.根据权利要求169所述的用途，其中所述双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)CNTN1和IL12RB1。
171.根据权利要求112至170中任一项所述的用途，其中所述个体患有COVID-19。
172.根据权利要求171所述的用途，其中所述个体患有COVID-19肺炎或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。
173.根据权利要求112至172中任一项所述的用途，其中所述药物适于与至少一种附加疗法一起向所述个体施用。
174.根据权利要求173所述的用途，其中所述药物适于在所述至少一种附加疗法之前、同时或之后向所述个体施用。
175.根据权利要求173或174所述的用途，其中所述至少一种附加疗法为ACE2拮抗剂。
176.根据权利要求173或174所述的用途，其中所述至少一种附加疗法为NRP2拮抗剂。
177.根据权利要求173或174所述的用途，其中所述至少一种附加疗法为支持性护理疗法、抗病毒疗法或皮质类固醇疗法。
178.根据权利要求177所述的用途，其中所述支持性护理疗法包括氧疗法。
179.根据权利要求177所述的用途，其中所述抗病毒疗法包括α-干扰素、洛匹那韦、利托那韦、洛匹那韦/利托那韦、瑞德西韦、利巴韦林、羟氯喹、氯喹、乌非诺韦、法匹拉韦或其组合。
180.根据权利要求177所述的用途，其中所述皮质类固醇疗法包括泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、甲泼尼龙琥珀酸钠、地塞米松、地塞米松去炎松、氢化可的松、倍他米松或其组合。
181.根据权利要求177所述的用途，其中所述皮质类固醇疗法为低剂量皮质类固醇疗法。
182.根据权利要求112至181中任一项所述的用途，其中治疗达到与SOC相比在临床结果上的更大改善。
183.根据权利要求182所述的用途，其中所述临床结果为TTCI，其定义为NEWS2为≤2维持24小时。
184.根据权利要求182或183所述的用途，其中所述临床结果为机械通气的发生率。
185.根据权利要求182至184中任一项所述的用途，其中所述临床结果为ICU住院的发生率。
186.根据权利要求182至185中任一项所述的用途，其中所述临床结果为ICU住院的持续时间。
187.根据权利要求182至186中任一项所述的用途，其中所述临床结果为至临床失败的时间，其定义为至死亡、机械通气、ICU入院或退出的时间，以先发生者为准。
188.根据权利要求182至187中任一项所述的用途，其中所述临床结果为：至出院的时间；或至准备好出院的时间，其通过正常的体温和呼吸速率、以及在环境空气中或≤2L辅助供氧时的稳定的氧饱和度来证明。
189.根据权利要求182至188中任一项所述的用途，其中所述临床结果为辅助供氧的持续时间。
190.根据权利要求182至189中任一项所述的用途，其中所述临床结果选自由以下项组成的组：血管加压药使用的发生率、血管加压药使用的持续时间、ECMO的发生率、开始透析的发生率、第15天或出院日(以先发生者为准)的SARS-CoV-2病毒载量、以及具有继发性细菌感染的个体的比例。
191.根据权利要求112至190中任一项所述的用途，其中相较于SOC，治疗与可接受的安全性结果相关联。
192.根据权利要求191所述的用途，其中所述安全性结果选自由以下项组成的组：不良事件的发生率和严重度；具有根据NCI CTCAE v5.0确定的严重度的不良事件的发生率和严重度；目标生命征象相对于基线的变化；以及目标临床实验室测试结果相对于基线的变化。
193.根据权利要求182至192中任一项所述的用途，其中所述SOC包括支持性护理、施用一种或多种抗病毒剂和/或施用一种或多种低剂量皮质类固醇。
194.根据权利要求112至193中任一项所述的用途，其中所述个体为人。
195.一种CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其用于在治疗具有SARS-CoV-2感染的个体中使用。
196.一种CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其用于在减少对个体的细胞的SARS-CoV-2附着中使用。
197.根据权利要求196所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂通过使所述个体的所述细胞与有效量的所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂接触来施用。
198.一种CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其用于在降低个体的SARS-CoV-2感染中使用。
199.根据权利要求195至198中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中：
(a)所述CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2刺突(S)蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；
(b)所述IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；或
(c)所述IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
200.根据权利要求195至199中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
201.根据权利要求195至200中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
202.根据权利要求201所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抑制性核酸为反义寡核苷酸(ASO)或小干扰RNA(siRNA)。
203.根据权利要求201所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为肽。
204.根据权利要求201所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
205.根据权利要求204所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1、IL12RB1和/或IL1RAPL2的结合。
206.根据权利要求204所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2。
207.根据权利要求206所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、IL12RB1或IL1RAPL2与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
208.根据权利要求207所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1、Il12RB1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
209.根据权利要求201和204至208中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
210.根据权利要求204至208中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗体为双特异性抗体。
211.根据权利要求210所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述双特异性抗体结合(a)血管紧张素转换酶2(ACE2)和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)ACE2和IL1RAPL2。
212.一种CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其用于在预防具有SARS-CoV-2感染的个体的神经组织的继发感染中使用。
213.根据权利要求212所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中：
(a)所述CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；
或
(b)所述IL1RAPL2拮抗剂使得IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
214.根据权利要求212或213所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂分别相对于不存在所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的神经组织的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
215.根据权利要求212至214中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
216.根据权利要求215所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
217.根据权利要求215所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为肽。
218.根据权利要求215所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
219.根据权利要求218所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL1RAPL2的结合。
220.根据权利要求218所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL1RAPL2。
221.根据权利要求220所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
222.根据权利要求221所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL1RAPL2与SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
223.根据权利要求215和218至222中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
224.根据权利要求218至222中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗体为双特异性抗体。
225.根据权利要求224所述使用的CNTN1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL1RAPL2；或(c)CNTN1和IL1RAPL2。
226.一种IL12RB1拮抗剂，其用于在预防具有SARS-CoV-2感染的个体的免疫细胞和/或淋巴组织的继发感染中使用。
227.根据权利要求226所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
228.根据权利要求226或227所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述IL12RB1拮抗剂相对于不存在所述IL12RB1拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的免疫细胞和/或淋巴组织的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
229.根据权利要求226至228中任一项所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述IL12RB1拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
230.根据权利要求229所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
231.根据权利要求229所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述IL12RB1拮抗剂为肽。
232.根据权利要求229所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述IL12RB1拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
233.根据权利要求232所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与IL12RB1的结合。
234.根据权利要求232所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段结合IL12RB1。
235.根据权利要求234所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
236.根据权利要求235所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
237.根据权利要求229和232至236中任一项所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
238.根据权利要求232至236中任一项所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述抗体为双特异性抗体。
239.根据权利要求238所述使用的IL12RB1拮抗剂，其中所述双特异性抗体结合ACE2和IL12RB1。
240.一种CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其用于在预防具有SARS-CoV-2感染的个体的肺部的继发感染中使用。
241.根据权利要求240所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中：
(a)所述CNTN1拮抗剂使得CNTN1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低；
或
(b)所述IL12RB1拮抗剂使得IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白的结合相对于不存在所述拮抗剂的情况下两种蛋白质的结合而降低。
242.根据权利要求240或241所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂分别相对于不存在所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂的情况下的感染，降低所述个体的肺部的SARS-CoV-2感染的程度和/或严重度。
243.根据权利要求240至242中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物或抑制性核酸。
244.根据权利要求243所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述抑制性核酸为ASO或siRNA。
245.根据权利要求243所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂为肽。
246.根据权利要求243所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂为抗体或其抗原结合片段。
247.根据权利要求246所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段结合所述SARS-CoV-2S蛋白且抑制其与CNTN1和/或IL12RB1的结合。
248.根据权利要求246所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段结合CNTN1或IL12RB1。
249.根据权利要求248所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与所述SARS-CoV-2S蛋白的结合。
250.根据权利要求249所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述抗体或其抗原结合片段抑制CNTN1或IL12RB1与SARS-CoV-2S蛋白RBD的结合。
251.根据权利要求243和246至250中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、scFab、VH结构域或VHH结构域。
252.根据权利要求246至250中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述抗体为双特异性抗体。
253.根据权利要求252所述使用的CNTN1拮抗剂或IL12RB1拮抗剂，其中所述双特异性抗体结合(a)ACE2和CNTN1；(b)ACE2和IL12RB1；或(c)CNTN1和IL12RB1。
254.根据权利要求195至253中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述个体患有COVID-19。
255.根据权利要求254所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述个体患有COVID-19肺炎或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。
256.根据权利要求195至255中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中将至少一种附加疗法施用于所述个体。
257.根据权利要求256所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中在所述至少一种附加疗法之前、同时或之后向所述个体施用所述CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂。
258.根据权利要求256或257所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述至少一种附加疗法为ACE2拮抗剂。
259.根据权利要求256或257所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述至少一种附加疗法为NRP2拮抗剂。
260.根据权利要求256或257所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述至少一种附加疗法为支持性护理疗法、抗病毒疗法或皮质类固醇疗法。
261.根据权利要求260所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述支持性护理疗法包括氧疗法。
262.根据权利要求260所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述抗病毒疗法包括α-干扰素、洛匹那韦、利托那韦、洛匹那韦/利托那韦、瑞德西韦、利巴韦林、羟氯喹、氯喹、乌非诺韦、法匹拉韦或其组合。
263.根据权利要求260所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述皮质类固醇疗法包括泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、甲泼尼龙琥珀酸钠、地塞米松、地塞米松去炎松、氢化可的松、倍他米松或其组合。
264.根据权利要求263所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述皮质类固醇疗法为低剂量皮质类固醇疗法。
265.根据权利要求195至264中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述使用达到与SOC相比在临床结果上的更大改善。
266.根据权利要求265所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述临床结果为TTCI，其定义为NEWS2为≤2维持24小时。
267.根据权利要求265或266所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述临床结果为机械通气的发生率。
268.根据权利要求265至267中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述临床结果为ICU住院的发生率。
269.根据权利要求265至268中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述临床结果为ICU住院的持续时间。
270.根据权利要求265至269中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述临床结果为至临床失败的时间，其定义为至死亡、机械通气、ICU入院或退出的时间，以先发生者为准。
271.根据权利要求265至270中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述临床结果为：至出院的时间；或至准备好出院的时间，其通过正常的体温和呼吸速率、以及在环境空气中或≤2L辅助供氧时的稳定的氧饱和度来证明。
272.根据权利要求265至271中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述临床结果为辅助供氧的持续时间。
273.根据权利要求265至272中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述临床结果选自由以下项组成的组：血管加压药使用的发生率、血管加压药使用的持续时间、ECMO的发生率、开始透析的发生率、第15天或出院日(以先发生者为准)的SARS-CoV-2病毒载量、以及具有继发性细菌感染的个体的比例。
274.根据权利要求195至273中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中相较于SOC，所述使用与可接受的安全性结果相关联。
275.根据权利要求274所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述安全性结果选自由以下项组成的组：不良事件的发生率和严重度；具有根据NCICTCAE v5.0确定的严重度的不良事件的发生率和严重度；目标生命征象相对于基线的变化；
以及目标临床实验室测试结果相对于基线的变化。
276.根据权利要求265至275中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述SOC包括支持性护理、施用一种或多种抗病毒剂和/或施用一种或多种低剂量皮质类固醇。
277.根据权利要求195至276中任一项所述使用的CNTN1拮抗剂、IL12RB1拮抗剂或IL1RAPL2拮抗剂，其中所述个体为人。
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