CN117037914B - 一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及生物信息技术领域,具体公开一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,该系统通过进行粪便微生物移植改善个体的健康状况,包括:受体第一信息收集模块、受体第二信息收集模块、受体第三信息收集模块、分析模块,将第二特征数据、第三特征数据进行菌群分析,并制定目标效果,根据目标效果计划目标样本;供体筛选模块,根据受体数据样本筛选供体数据样本;评估模块,用于对供体数据样本和目标样本进行差异评估,确定差异级别。本发明可以分析菌群数据并根据受体的特征制定个性化的微生物移植方案,以改善受体的健康状况。此外,系统还考虑了供体选择、差异评估等因素,以进一步提高微生物移植的安全性效果。

Description

一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统
技术领域
本发明涉及生物信息技术领域,特别涉及一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统。
背景技术
粪便微生物移植(Fecal Microbiota Transplantation,FMT)是一种有效的肠道菌群的制备方法,是指将健康人粪便中分离出的各种肠道微生物、代谢产物和天然抗菌物质等,移植到患者肠道内,重建患者肠道菌群平衡,从而达到治疗肠道内外疾病的目的,此过程也被认为是一种特殊的“器官移植”。
微生物移植对于捐献者筛选要求是极为严格的,且根据个体情况不同在粪便菌群移植中曾有移植者出现移植后产生严重的多重耐药微生物感染风险并因此身亡。
鉴于此,急需一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,在进行移植前进行充分的受体样本和供体样本分析。
发明内容
本发明提供一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,用于解决在现有技术中在进行移植前进行充分的受体样本和供体样本分析不足的技术问题。
为解决上述技术问题,本发明公开了一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,该系统通过进行粪便微生物移植改善个体的健康状况,包括:
受体第一信息收集模块,用于获取身体质量指数K;
受体第二信息收集模块,用于根据宏基因组测序获取的肠道菌群信息得出第二特征数据Y;
受体第三信息收集模块,用于根据定量PCR对所述第二特征数据Y中的特定菌种或菌群的数量进行定量分析得出第三特征数据;
分析模块,用于将所述第二特征数据、第三特征数据进行菌群分析形成受体数据样本,并制定目标效果,根据所述目标效果计划目标样本;
供体筛选模块,根据所述受体数据样本筛选供体数据样本;
评估模块,用于对所述供体数据样本和所述目标样本进行差异评估,确定差异级别;所述评估模块还用于根据差异级别和所述受体的身体质量指数确定随访周期;所述评估模块还用于评估所述受体的第二数据特征分析环境等级,根据环境等级制定饮食级别或制定肠道保护剂含量。
优选的,所述受体第二信息收集模块还用于根据Shannon-Wiener指数计算得出第二特征数据Y。
优选的,所述受体第三信息收集模块还用于根据所述第二特征数据选取特异性引物,扩增目标菌种或菌群的DNA片段,制备一系列已知浓度的DNA片段模板,建立所述目标菌种或菌群扩增标准曲线,将提取的所述第二特征数据的待测DNA作为模板,与所述特异性引物和DNA聚合酶一起放入PCR反应体系,进行定量PCR反应,根据定量PCR反应的结果,结合标准曲线来定量目标菌种或菌群的数量;通过测定目标DNA在样本中的相对丰度得出第三特征数据。
优选的,所述分析模块还用于根据Bray-Curtis距离计算样本之间的差异程度,比较供体数据样本和所述受体数据样本之间的菌群组成差异,根据所述组成差异计划所述目标样本。
优选的,所述供体筛选模块用于收集和整理供体数据样本,并将供体数据样本包含的特征进行数据标准化,根据所述目标样本的每一特征根据所述数据标准化且相应的设置权重以选定供体样本。
优选的,所述评估模块设置有验证结果矩阵M和差异级别矩阵i0,对于所述差异级别矩阵i0,设定i0(i01,i02,i03,i04),其中,i01为第一差异级别,i02为第二差异级别,i03为第三差异级别,i04为第四差异级别,且i01<i02<0<i03<i04;对于所述验证结果矩阵M,设定(M1,M2,M3,M4),M1为第一浮动值,M2为第二浮动值,M3为第三浮动值,M4为第四浮动值,且M1<M2<0<M3<M4;
所述评估模块还用于提取所述选定供体样本在受体数据样本上进行验证,根据验证结果和目标效果的差值S确定差异级别;
当M1≤S<M2时,选取所述第一差异级别i01作为该差异级别;
当M2≤S<M3时,选取所述第二差异级别i02作为该差异级别;
当M3≤S<M4时,选取所述第三差异级别i03作为该差异级别;
当M4≤S时,选取所述第四差异级别i04作为该差异级别。
优选的,所述评估模块设置有身体质量矩阵L和随访周期矩阵R,设定R(R1,R2,R3,R4),其中,R1为第一随访周期,R2为第二随访周期,R3为第三随访周期,R4为第四随访周期,且1天<R1<R2<R3<R4<7天;对于所述身体质量矩阵L,设定L(L1,L2,L3,L4),L1为第一身体指数,L2为第二身体指数,L3为第三身体指数,L4为第四身体指数,且L1<L2<18.5且24<L3<L4;
所述评估模块还用于根据受体身体质量指数K与所述身体质量矩阵L的关系设定随访周期;
当L1≤K<L2时,选取所述第一随访周期R1作为该随访周期;
当L2≤K<18.5时,选取所述第二随访周期R2作为该随访周期;
当24≤K≤L3时,选取所述第三随访周期R3作为该随访周期;
当L3≤K<L4时,选取所述第四随访周期R4作为该随访周期;
所述评估模块还用于当所述受体身体质量指数18.5<K<24时,设定所述随访周期为30天。
优选的,所述评估模块设定有Shannon-Wiener预设指数矩阵A和环境等级矩阵B,对于所述Shannon-Wiener预设指数矩阵A,设定A(A1,A2,A3,A4),其中,A1为第一预设指数,A2为第二预设指数,A3为第三预设指数,A4为第四预设指数,且A1<A2<A3<A4;对于所述环境等级矩阵B,设定B(B1,B2,B3,B4),B1为第一环境等级,B2为第二环境等级,B3为第三环境等级,B4为第四环境等级,且B1<B2<B3<B4;
所述评估模块还用于根据所述第二特征数据Y与所述Shannon-Wiener预设指数矩阵A的关系设定该受体的设定环境等级;
当A1≤Y<A2时,选取所述第一环境等级B1设定为该受体的环境等级;
当A2≤Y<A3时,选取所述第二环境等级B2设定为该受体的环境等级;
当A3≤Y<A4时,选取所述第三环境等级B3设定为该受体的环境等级;
当A4≤Y时,选取所述第四环境等级B4设定为该受体的环境等级。
优选的,基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,所述评估模块还设定有保护剂剂量矩阵F,设定有F(F1,F2,)其中F1为第一剂量、F2为第二剂量,且设定有F1>F2;
所述评估模块还用于根据所述受体的环境等级制定饮食级别,通过饮食级别的纤维素含量改善受体的肠道菌群数量,用于在进行粪便微生物移植之前减少肠道内的菌群干扰;
当环境等级为B1时,选取所述第一剂量F1作为该受体的保护剂剂量;
当环境等级为B2时,选取所述第二剂量F2作为该受体的保护剂剂量。
优选的,所述评估模块还设定有饮食级别矩阵J,设定有J(J1,J2,)其中J1为第一饮食级别、J2为第二饮食级别,且根据纤维素含量的关系设定有J1>J2;
所述评估模块还用于根据所述受体的环境等级制定饮食级别,通过饮食级别的纤维素含量改善受体的肠道菌群数量,用于在进行粪便微生物移植之前减少肠道内的菌群干扰;
当环境等级为B3时,选取所述第一饮食级别J1作为该受体的饮食级别;
当环境等级为B4时,选取所述第二饮食级别J2作为该受体的饮食级别。本发明提供的一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,与现有技术相比,其有益效果在于:
利用分析模块对数据样本进行分析,以确定目标效果,并通过供体筛选模块选择适合的供体数据样本,这确保了供体与受体的微生物组成具有相似性,提高了治疗的效果和可靠性;通过获取个体的身体质量指数和肠道菌群信息,能够根据个体的特点和需求为其制定个性化的微生物移植治疗方案;通过评估模块对供体数据样本和目标样本进行差异评估,根据差异级别和受体的身体质量指数确定随访周期,这可以确保治疗方案的及时调整和个体化管理,以满足不同个体的需求,从而更好地改善个体的健康状况;评估模块评估受体的第二数据特征分析环境等级,并根据环境等级制定相应的饮食级别或肠道保护剂含量,这种个性化的调整可以更好地适应个体情况,提高粪便微生物移植的安全性。
附图说明
附图用来提供对本发明的进一步理解,并且构成说明书的一部分,与本发明的实施例一起用于解释本发明,并不构成对本发明的限制。在附图中:
图1是本发明定向制备的肠道菌群的系统结构示意图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例,对本发明的具体实施方式作进一步详细描述。以下实施例用于说明本发明,但不用来限制本发明的范围。
在本申请的描述中,需要理解的是,术语“中心”、“上”、“下”、“前”、“后”、“左”、“右”、“竖直”、“水平”、“顶”、“底”、“内”、“外”等指示的方位或位置关系为基于附图所示的方位或位置关系,仅是为了便于描述本申请和简化描述,而不是指示或暗示所指的装置或元件必须具有特定的方位、以特定的方位构造和操作,因此不能理解为对本申请的限制。术语“第一”、“第二”仅用于描述目的,而不能理解为指示或暗示相对重要性或者隐含指明所指示的技术特征的数量。由此,限定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隐含地包括一个或者更多个该特征。在本申请的描述中,除非另有说明,“多个”的含义是两个或两个以上。
在本申请的描述中,需要说明的是,除非另有明确的规定和限定,术语“安装”、“相连”、“连接”应做广义理解,例如,可以是固定连接,也可以是可拆卸连接,或一体地连接;可以是机械连接,也可以是电连接;可以是直接相连,也可以通过中间媒介间接相连,可以是两个元件内部的连通。对于本领域的普通技术人员而言,可以具体情况理解上述术语在本申请中的具体含义。
参阅图1所示,本实施例公开了一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,该系统通过进行粪便微生物移植改善个体的健康状况,包括:
受体第一信息收集模块,用于获取身体质量指数K;
受体第二信息收集模块,用于根据宏基因组测序获取的肠道菌群信息得出第二特征数据Y;
受体第三信息收集模块,用于根据定量PCR对第二特征数据Y中的特定菌种或菌群的数量进行定量分析得出第三特征数据;
分析模块,用于将第二特征数据、第三特征数据进行菌群分析形成受体数据样本,并制定目标效果,根据目标效果计划目标样本;
供体筛选模块,根据受体数据样本筛选供体数据样本;
评估模块,用于对供体数据样本和目标样本进行差异评估,确定差异级别;评估模块还用于根据差异级别和受体的身体质量指数确定随访周期;评估模块还用于评估受体的第二数据特征分析环境等级,根据环境等级制定饮食级别或制定肠道保护剂含量。
在本申请的一些实施例中,受体第二信息收集模块还用于根据Shannon-Wiener指数计算得出第二特征数据Y。
在本申请的一些实施例中,受体第三信息收集模块还用于根据第二特征数据选取特异性引物,扩增目标菌种或菌群的DNA片段,制备一系列已知浓度的DNA片段模板,建立目标菌种或菌群扩增标准曲线,将提取的第二特征数据的待测DNA作为模板,与特异性引物和DNA聚合酶一起放入PCR反应体系,进行定量PCR反应,根据定量PCR反应的结果,结合标准曲线来定量目标菌种或菌群的数量;通过测定目标DNA在样本中的相对丰度得出第三特征数据。
在本申请的一些实施例中,分析模块还用于根据Bray-Curtis距离计算样本之间的差异程度,比较供体数据样本和受体数据样本之间的菌群组成差异,根据组成差异计划目标样本。
在本申请的一些实施例中,供体筛选模块用于收集和整理供体数据样本,并将供体数据样本包含的特征进行数据标准化,根据目标样本的每一特征根据数据标准化且相应的设置权重以选定供体样本。
在本申请的一些实施例中,评估模块设置有验证结果矩阵M和差异级别矩阵i0,对于差异级别矩阵i0,设定i0(i01,i02,i03,i04),其中,i01为第一差异级别,i02为第二差异级别,i03为第三差异级别,i04为第四差异级别,且i01<i02<0<i03<i04;对于验证结果矩阵M,设定(M1,M2,M3,M4),M1为第一浮动值,M2为第二浮动值,M3为第三浮动值,M4为第四浮动值,且M1<M2<0<M3<M4;
评估模块还用于提取选定供体样本在受体数据样本上进行验证,根据验证结果和目标效果的差值S确定差异级别;
当M1≤S<M2时,选取第一差异级别i01作为该差异级别;
当M2≤S<M3时,选取第二差异级别i02作为该差异级别;
当M3≤S<M4时,选取第三差异级别i03作为该差异级别;
当M4≤S时,选取第四差异级别i04作为该差异级别。
在本申请的一些实施例中,评估模块设置有身体质量矩阵L和随访周期矩阵R,设定R(R1,R2,R3,R4),其中,R1为第一随访周期,R2为第二随访周期,R3为第三随访周期,R4为第四随访周期,且1天<R1<R2<R3<R4<7天;对于身体质量矩阵L,设定L(L1,L2,L3,L4),L1为第一身体指数,L2为第二身体指数,L3为第三身体指数,L4为第四身体指数,且L1<L2<18.5且24<L3<L4;
评估模块还用于根据受体身体质量指数K与身体质量矩阵L的关系设定随访周期;
当L1≤K<L2时,选取第一随访周期R1作为该随访周期;
当L2≤K<18.5时,选取第二随访周期R2作为该随访周期;
当24≤K≤L3时,选取第三随访周期R3作为该随访周期;
当L3≤K<L4时,选取第四随访周期R4作为该随访周期;
评估模块还用于当受体身体质量指数18.5<K<24时,设定随访周期为30天。
在本申请的一些实施例中,评估模块设定有Shannon-Wiener预设指数矩阵A和环境等级矩阵B,对于Shannon-Wiener预设指数矩阵A,设定A(A1,A2,A3,A4),其中,A1为第一预设指数,A2为第二预设指数,A3为第三预设指数,A4为第四预设指数,且A1<A2<A3<A4;对于环境等级矩阵B,设定B(B1,B2,B3,B4),B1为第一环境等级,B2为第二环境等级,B3为第三环境等级,B4为第四环境等级,且B1<B2<B3<B4;
评估模块还用于根据第二特征数据Y与Shannon-Wiener预设指数矩阵A的关系设定该受体的设定环境等级;
当A1≤Y<A2时,选取第一环境等级B1设定为该受体的环境等级;
当A2≤Y<A3时,选取第二环境等级B2设定为该受体的环境等级;
当A3≤Y<A4时,选取第三环境等级B3设定为该受体的环境等级;
当A4≤Y时,选取第四环境等级B4设定为该受体的环境等级。
在本申请的一些实施例中,基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,评估模块还设定有保护剂剂量矩阵F,设定有F(F1,F2),其中F1为第一剂量、F2为第二剂量,且设定有F1>F2;
评估模块还用于根据受体的环境等级制定饮食级别,通过饮食级别的纤维素含量改善受体的肠道菌群数量,用于在进行粪便微生物移植之前减少肠道内的菌群干扰;
当环境等级为B1时,选取第一剂量F1作为该受体的保护剂剂量;
当环境等级为B2时,选取第二剂量F2作为该受体的保护剂剂量。
在本申请的一些实施例中,评估模块还设定有饮食级别矩阵J,设定有J(J1,J2),其中J1为第一饮食级别、J2为第二饮食级别,且根据纤维素含量的关系设定有J1>J2;
评估模块还用于根据受体的环境等级制定饮食级别,通过饮食级别的纤维素含量改善受体的肠道菌群数量,用于在进行粪便微生物移植之前减少肠道内的菌群干扰;
当环境等级为B3时,选取第一饮食级别J1作为该受体的饮食级别;
当环境等级为B4时,选取第二饮食级别J2作为该受体的饮食级别。
综上本实施例提供的一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,与现有技术相比,其有益效果在于:
利用分析模块对数据样本进行分析,以确定目标效果,并通过供体筛选模块选择适合的供体数据样本,这确保了供体与受体的微生物组成具有相似性,提高了治疗的效果和可靠性;通过获取个体的身体质量指数和肠道菌群信息,能够根据个体的特点和需求为其制定个性化的微生物移植治疗方案;通过评估模块对供体数据样本和目标样本进行差异评估,根据差异级别和受体的身体质量指数确定随访周期,这可以确保治疗方案的及时调整和个体化管理,以满足不同个体的需求,从而更好地改善个体的健康状况;评估模块评估受体的第二数据特征分析环境等级,并根据环境等级制定相应的饮食级别或肠道保护剂含量,这种个性化的调整可以更好地适应个体情况,提高粪便微生物移植的安全性。
本领域内的技术人员应明白,本申请的实施例可提供为方法、系统、或计算机程序产品。因此,本申请可采用完全硬件实施例、完全软件实施例、或结合软件和硬件方面的实施例的形式。而且,本申请可采用在一个或多个其中包含有计算机可用程序代码的计算机可用存储介质(包括但不限于磁盘存储器、CD-ROM、光学存储器等)上实施的计算机程序产品的形式。
本申请是参照根据本申请实施例的方法、设备(系统)、和计算机程序产品的流程图和/或方框图来描述的。应理解可由计算机程序指令实现流程图和/或方框图中的每一流程和/或方框、以及流程图和/或方框图中的流程和/或方框的结合。可提供这些计算机程序指令到通用计算机、专用计算机、嵌入式处理机或其他可编程数据处理设备的处理器以产生一个机器,使得通过计算机或其他可编程数据处理设备的处理器执行的指令产生用于实现在流程图一个流程或多个流程和/或方框图一个方框或多个方框中指定的功能的装置。
这些计算机程序指令也可存储在能引导计算机或其他可编程数据处理设备以特定方式工作的计算机可读存储器中,使得存储在该计算机可读存储器中的指令产生包括指令装置的制造品,该指令装置实现在流程图一个流程或多个流程和/或方框图一个方框或多个方框中指定的功能。
这些计算机程序指令也可装载到计算机或其他可编程数据处理设备上,使得在计算机或其他可编程设备上执行一系列操作步骤以产生计算机实现的处理,从而在计算机或其他可编程设备上执行的指令提供用于实现在流程图一个流程或多个流程和/或方框图一个方框或多个方框中指定的功能的步骤。
最后应当说明的是:以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非对其限制,尽管参照上述实施例对本发明进行了详细的说明,所属领域的普通技术人员应当理解:依然可以对本发明的具体实施方式进行修改或者等同替换,而未脱离本发明精神和范围的任何修改或者等同替换,其均应涵盖在本发明的权利要求保护范围之内。

Claims (10)

1.一种基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,该系统通过进行粪便微生物移植改善个体的健康状况,其特征在于,包括:
受体第一信息收集模块,用于获取身体质量指数K;
受体第二信息收集模块,用于根据宏基因组测序获取的肠道菌群信息得出第二特征数据Y;
受体第三信息收集模块,用于根据定量PCR对所述第二特征数据Y中的特定菌种或菌群的数量进行定量分析得出第三特征数据;
分析模块,用于将所述第二特征数据、第三特征数据进行菌群分析形成受体数据样本,并制定目标效果,根据所述目标效果计划目标样本;
供体筛选模块,根据所述受体数据样本筛选供体数据样本;
评估模块,用于对所述供体数据样本和所述目标样本进行差异评估,确定差异级别;所述评估模块还用于根据差异级别和所述受体的身体质量指数确定随访周期;所述评估模块还用于评估所述受体的第二数据特征分析环境等级,根据环境等级制定饮食级别或制定肠道保护剂含量。
2.根据权利要求1所述的基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,所述受体第二信息收集模块还用于根据Shannon-Wiener指数计算得出第二特征数据Y。
3.根据权利要求2所述的基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,所述受体第三信息收集模块还用于根据所述第二特征数据选取特异性引物,扩增目标菌种或菌群的DNA片段,制备一系列已知浓度的DNA片段模板,建立所述目标菌种或菌群扩增标准曲线,将提取的所述第二特征数据的待测DNA作为模板,与所述特异性引物和DNA聚合酶一起放入PCR反应体系,进行定量PCR反应,根据定量PCR反应的结果,结合标准曲线来定量目标菌种或菌群的数量;通过测定目标DNA在样本中的相对丰度得出第三特征数据。
4.根据权利要求3所述的基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,所述分析模块还用于根据Bray-Curtis距离计算样本之间的差异程度,比较供体数据样本和所述受体数据样本之间的菌群组成差异,根据所述组成差异计划所述目标样本。
5.根据权利要求4所述的基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,所述供体筛选模块用于收集和整理供体数据样本,并将供体数据样本包含的特征进行数据标准化,根据所述目标样本的每一特征根据所述数据标准化且相应的设置权重以选定供体样本。
6.根据权利要求5所述的基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,所述评估模块设置有验证结果矩阵M和差异级别矩阵i0,对于所述差异级别矩阵i 0,设定i 0(i01,i02,i03,i04),其中,i 01为第一差异级别,i 02为第二差异级别,i03为第三差异级别,i 04为第四差异级别,且i 01<i 02<0<i 03<i 04;对于所述验证结果矩阵M,设定(M1,M2,M3,M4),M1为第一浮动值,M2为第二浮动值,M3为第三浮动值,M4为第四浮动值,且M1<M2<0<M3<M4;
所述评估模块还用于提取所述选定供体样本在受体数据样本上进行验证,根据验证结果和目标效果的差值S确定差异级别;
当M1≤S<M2时,选取所述第一差异级别i01作为该差异级别;
当M2≤S<M3时,选取所述第二差异级别i02作为该差异级别;
当M3≤S<M4时,选取所述第三差异级别i03作为该差异级别;
当M4≤S时,选取所述第四差异级别i 04作为该差异级别。
7.根据权利要求6所述的基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,所述评估模块设置有身体质量矩阵L和随访周期矩阵R,设定R(R1,R2,R3,R4),其中,R1为第一随访周期,R2为第二随访周期,R3为第三随访周期,R4为第四随访周期,且1天<R1<R2<R3<R4<7天;对于所述身体质量矩阵L,设定L(L1,L2,L3,L4),L1为第一身体指数,L2为第二身体指数,L3为第三身体指数,L4为第四身体指数,且L1<L2<18.5且24<L3<L4;
所述评估模块还用于根据受体身体质量指数K与所述身体质量矩阵L的关系设定随访周期;
当L1≤K<L2时,选取所述第一随访周期R1作为该随访周期;
当L2≤K<18.5时,选取所述第二随访周期R2作为该随访周期;
当24≤K≤L3时,选取所述第三随访周期R3作为该随访周期;
当L3≤K<L4时,选取所述第四随访周期R4作为该随访周期;
所述评估模块还用于当所述受体身体质量指数18.5<K<24时,设定所述随访周期为30天。
8.根据权利要求7所述的基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,所述评估模块设定有Shannon-Wiener预设指数矩阵A和环境等级矩阵B,对于所述Shannon-Wiener预设指数矩阵A,设定A(A1,A2,A3,A4),其中,A1为第一预设指数,A2为第二预设指数,A3为第三预设指数,A4为第四预设指数,且A1<A2<A3<A4;对于所述环境等级矩阵B,设定B(B1,B2,B3,B4),B1为第一环境等级,B2为第二环境等级,B3为第三环境等级,B4为第四环境等级,且B1<B2<B3<B4;
所述评估模块还用于根据所述第二特征数据Y与所述Shannon-Wiener预设指数矩阵A的关系设定该受体的设定环境等级;
当A1≤Y<A2时,选取所述第一环境等级B1设定为该受体的环境等级;
当A2≤Y<A3时,选取所述第二环境等级B2设定为该受体的环境等级;
当A3≤Y<A4时,选取所述第三环境等级B3设定为该受体的环境等级;
当A4≤Y时,选取所述第四环境等级B4设定为该受体的环境等级。
9.根据权利要求8所述的基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,所述评估模块还设定有保护剂剂量矩阵F,设定有F(F1,F2),其中F1为第一剂量、F2为第二剂量,且设定有F1>F2;
所述评估模块还用于根据所述受体的环境等级制定饮食级别,通过饮食级别的纤维素含量改善受体的肠道菌群数量,用于在进行粪便微生物移植之前减少肠道内的菌群干扰;
当环境等级为B1时,选取所述第一剂量F1作为该受体的保护剂剂量;
当环境等级为B2时,选取所述第二剂量F2作为该受体的保护剂剂量。
10.根据权利要求9所述的基于个体特征定向制备的肠道菌群的系统,其特征在于,所述评估模块还设定有饮食级别矩阵J,设定有J(J1,J2),其中J1为第一饮食级别、J2为第二饮食级别,且根据纤维素含量的关系设定有J1>J2;
所述评估模块还用于根据所述受体的环境等级制定饮食级别,通过饮食级别的纤维素含量改善受体的肠道菌群数量,用于在进行粪便微生物移植之前减少肠道内的菌群干扰;
当环境等级为B3时,选取所述第一饮食级别J1作为该受体的饮食级别;
当环境等级为B4时,选取所述第二饮食级别J2作为该受体的饮食级别。
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Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110176305A (zh) * 2019-05-27 2019-08-27 天益健康科学研究院(镇江)有限公司 一种利用高通量基因测序评估肠道菌群健康的方法
CN110592246A (zh) * 2019-10-14 2019-12-20 杭州同创越诚基因科技有限公司 一种人肠道菌群定量检测方法及其应用
CN110663642A (zh) * 2019-11-19 2020-01-10 佛山科学技术学院 一种利用粪便移植改变病鸡肠道菌落的方法
CN111681733A (zh) * 2020-04-30 2020-09-18 厦门承葛生物科技有限公司 一种肠道菌群移植供体的筛选方法
CN111768810A (zh) * 2020-06-22 2020-10-13 厦门承葛生物科技有限公司 一种菌群移植治疗糖尿病的供受体配型算法
CN112435756A (zh) * 2020-11-30 2021-03-02 武汉益鼎天养生物科技有限公司 基于多数据集差异互证的肠道菌群关联疾病风险预测系统
CN112614596A (zh) * 2020-12-22 2021-04-06 厦门承葛生物科技有限公司 一种肠道菌群移植治疗溃疡性结肠炎的供受体配型方法
CN114446396A (zh) * 2021-12-17 2022-05-06 广州保量医疗科技有限公司 肠道菌群移植的群组配型方法、系统、设备及存储介质
CN114730632A (zh) * 2019-09-23 2022-07-08 迈奥塔有限责任公司 预测微生物群对膳食纤维的反应
CN115011674A (zh) * 2022-05-11 2022-09-06 北京富玛特生物科技有限公司 一种孤独症肠菌移植有效性的体外评价方法
CN116042866A (zh) * 2021-08-02 2023-05-02 伯克利南京医学研究有限责任公司 用于评估二型糖尿病患者粪菌移植疗效的微生物标志物及其应用

Patent Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110176305A (zh) * 2019-05-27 2019-08-27 天益健康科学研究院(镇江)有限公司 一种利用高通量基因测序评估肠道菌群健康的方法
CN114730632A (zh) * 2019-09-23 2022-07-08 迈奥塔有限责任公司 预测微生物群对膳食纤维的反应
CN110592246A (zh) * 2019-10-14 2019-12-20 杭州同创越诚基因科技有限公司 一种人肠道菌群定量检测方法及其应用
CN110663642A (zh) * 2019-11-19 2020-01-10 佛山科学技术学院 一种利用粪便移植改变病鸡肠道菌落的方法
CN111681733A (zh) * 2020-04-30 2020-09-18 厦门承葛生物科技有限公司 一种肠道菌群移植供体的筛选方法
CN111768810A (zh) * 2020-06-22 2020-10-13 厦门承葛生物科技有限公司 一种菌群移植治疗糖尿病的供受体配型算法
CN112435756A (zh) * 2020-11-30 2021-03-02 武汉益鼎天养生物科技有限公司 基于多数据集差异互证的肠道菌群关联疾病风险预测系统
CN112614596A (zh) * 2020-12-22 2021-04-06 厦门承葛生物科技有限公司 一种肠道菌群移植治疗溃疡性结肠炎的供受体配型方法
CN116042866A (zh) * 2021-08-02 2023-05-02 伯克利南京医学研究有限责任公司 用于评估二型糖尿病患者粪菌移植疗效的微生物标志物及其应用
CN114446396A (zh) * 2021-12-17 2022-05-06 广州保量医疗科技有限公司 肠道菌群移植的群组配型方法、系统、设备及存储介质
CN115011674A (zh) * 2022-05-11 2022-09-06 北京富玛特生物科技有限公司 一种孤独症肠菌移植有效性的体外评价方法

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