CN116516016A - 一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明属于生物技术与家畜育种领域，涉及一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记及其应用。该单核苷酸多态性标记位于绵羊参考基因组第11号染色体的第37525128位，所述绵羊参考基因组的版本为ARS‑UI_Ramb_v2.0。以东弗里生羊和湖羊的杂交后代为例，该位点基因型为CC的个体尾巴长度更短。本发明确定了与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记，可适用于短尾绵羊的早期选择以快速建立具有短尾性状的绵羊种群，并加快绵羊分子标记辅助选择育种进程。
Description
技术领域
本发明属于生物技术与家畜育种领域，涉及一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记及其应用。
背景技术
自然条件下，绵羊的尾巴常常用来驱赶蚊虫，但是在实际生产中，过长的尾巴不仅容易引发感染性疾病，而且不利于交配，降低繁殖率，因此在生产实践中，常常需要对绵羊进行断尾。但是断尾不仅耗费人力、物力，而且也存在着创口易感染、易使羔羊产生应激等问题。由此可见，对绵羊短尾性状的选择是十分必要的。基于此，通过研究绵羊尾长的分子调控机制从而对短尾绵羊进行选育具有重要意义。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)指的是在个体基因组上的单个核苷酸发生变异，进而导致其所在整个基因位点的序列发生多态性变化，产生SNP的变异方式主要包括碱基的转换、颠倒、缺失和插入四种类型。SNP位点通常会影响基因的功能，导致生物性状的改变。随着分子生物技术的发展，单核苷酸多态性分析已被广泛应用于群体遗传学研究和相关致病基因的研究，发现了众多与生物性状相关联的候选基因和分子标记，成为研究生物遗传变异的重要依据，在现代家畜选种和遗传改良中也扮演着重要角色。
KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR)，即竞争性等位基因特异性PCR。其主要是通过终端荧光读取来判断基因分型的一种方法，原理是依据引物末端碱基的特异性匹配，利用Touch-down PCR与荧光淬灭探针结合，发出荧光信号来对SNP分型以及检测InDels。其具体而言需要先根据SNP位点前后序列特异性而设计的2条竞争性等位基因特异性上游引物和1条通用下游引物，2条上游引物是根据位点等位基因序列差异而设计，在KASP扩增过程中分别与两个通用淬火探针FAM和HEX结合，发出荧光信号。最后根据荧光信号进行基因分型。该技术可对广泛存在于基因组DNA中的SNPs进行精准的判断，是一种高通量、低成本、低失误率的SNP分型技术。而且KASP标记可避免实验室凝胶电泳，实现自动化、平台化操作，具有高通量、低成本、遗传稳定性好等特点。HOXB13(homeoboxB13)基因提供产生蛋白质的指令，该蛋白质附着(结合)到DNA的特定区域并调节其他基因的活性。基于这一作用，由HOXB13基因产生的蛋白质称为转录因子。该基因家族在脊椎动物中高度保守，对脊椎动物胚胎发育至关重要。该基因被认为在胎儿皮肤发育和皮肤再生中发挥作用。
基于此，本发明提供一种与绵羊尾长性状相关的SNP标记。
发明内容
为了克服传统育种周期长、效率低等缺点，本发明通过对绵羊HOXB13基因进行遗传信息分析，并结合KASP分型技术，提供了一种与绵羊尾长相关的SNP标记及其应用，该SNP标记具有针对性强、直接准确等特点，为有效提高绵羊生产性能提供指导。本发明所提供的SNP分子标记，不受绵羊年龄等限制，可用于绵羊尾长性状的早期选育，有效鉴定绵羊的尾长性状并进行分子育种。
本发明第一个目的，提供一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记，所述的单核苷酸多态性标记位于绵羊参考基因组第11号染色体的第37525128位，且短尾型绵羊在该位点处为参考型碱基C，长尾型绵羊在该位点处为突变型碱基G。
优选地，所述绵羊参考基因组的版本为ARS-UI_Ramb_v2.0。
本发明第二个目的，提供一种用于检测所述单核苷酸多态性标记的KASP引物，该KASP引物包括具有FAM接头的野生型位点特异性引物、具有HEX接头的突变型位点特异性引物和通用引物；
所述野生型位点特异性引物为末端碱基与定位于所述单核苷酸多态性标记的等位基因C相同的竞争性上游引物；
所述突变型位点特异性引物为末端碱基与定位于所述单核苷酸多态性标记的等位基因G相同的竞争性上游引物；
通用引物为下游引物。
本发明第三个目的，提供一种所述单核苷酸多态性标记在鉴别绵羊尾长性状中的应用。
本发明第四个目的，提供一种所述单核苷酸多态性标记在绵羊尾长性状分子标记辅助选择育种中的应用。
本发明第五个目的，提供一种利用所述单核苷酸多态性标记鉴别绵羊尾长的方法，包括以下步骤：
提取待测绵羊血样基因组DNA；
以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用单核苷酸多态性标记的特异性引物进行PCR扩增，获得扩增目标产物片段；
根据扩增目标产物片段荧光信号的差异分析其基因型；
根据基因型的不同判断绵羊的尾长性状；
其中，单核苷酸多态性标记的特异性引物为：
上游引物1-FAM：
5’-gaaggtgaccaagttcatgctATGGAGCCCGGCAATTATACCAC-3’
上游引物2-HEX：
5’-gaaggtcggagtcaacggattATGGAGCCCGGCAATTATACCAG-3’
下游引物序列为：
5’-CAGCAAGCCTTCAATCTCCTTG-3’。
优选地，PCR扩增的反应程序为：94.0℃预变性15min；94.0℃变性20s，61.0℃复性延伸60s，10个循环，每个循环复性温度降低0.6℃；94.0℃变性20s，55℃复性延伸60s，重复26个循环。
优选地，PCR扩增反应体系为：20ng/μL的DNA5μL，2×KASPMastermix5μL，KASPAssaymix0.14μL；
其中，KASPAssaymix包括：上游引物1-FAM浓度为12μM，上游引物2-HEX浓度为12μM，下游引物浓度为30μM。
优选地，基因型为CC型，则为短尾型绵羊；基因型为CG或GG型，则为长尾型绵羊。
对比现有技术，本发明的有益效果体现在：
1、本发明通过对绵羊HOXB13基因的核苷酸突变检测分析，发现并鉴定了与绵羊尾长相关的HOXB13基因SNP位点(即绵羊参考基因组第11号染色体的第37525128位)，并就此提供了一种鉴别绵羊尾长的分子标记及方法，可以用于快速建立短尾型的绵羊种群，有利于缩短品种培育周期，加快品种培育进程，同时也有利于提高选种的准确性。
2、本发明提供的SNP标记具有针对性强、直接准确等特点，能够为建立短尾绵羊种群提供指导。
3、本发明所提供的SNP分子标记，不受绵羊年龄等限制，可用于绵羊尾长性状的早期选育，有效鉴定绵羊的尾长性状并进行分子育种。
附图说明
图1为绵羊HOXB13基因单核苷酸多态性的检测总体技术流程图；
图2为东湖杂交二代群体基因组DNA质检电泳图；
图3为东湖杂交二代群体第11号染色体的第37525128个位点KASP分型效果(基因型CC、CG、GG)。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细说明。需要指出的是以下实施例的给出仅是为了起到解释本发明的目的，并不是用于对本发明的范围进行限制。
(一)鉴定绵羊11号染色体上与尾长相关的单核苷酸多态性标记
1.开展对于绵羊HOXB13基因的核苷酸突变检测分析
根据对所获得的绵羊重测序数据进行单倍型分析，发现具有不同尾长的绵羊在11号染色体的HOXB13基因区域具有不同的单倍型，且在11号染色体的第37525128个位点处长尾型绵羊和短尾型绵羊的等位基因频率存在明显差异。据此，本发明利用KASP分型技术对绵羊样本11号染色体的第37525128个位点处的多态性进行检测，结果揭示该位点具有可以作为绵羊育种辅助选择的分子标记，具体说明如下：
实验中获取了包括11只大尾寒羊、54只东弗里生羊、10只萨福克羊、57只湖羊、12只小尾寒羊、7只设得兰绵羊、11只兰德瑞斯羊在内的7个品种共计162只绵羊的重测序结果。这7种绵羊按其尾长可分为两种类型：长尾型(大尾寒羊、东弗里生羊、萨福克羊)和短尾型(湖羊、小尾寒羊、设得兰绵羊、兰德瑞斯羊)。样本来源见表1。
表1.样品信息表
对上述7个品种的162只绵羊的重测序数据进行单倍型分析，发现上述长尾型绵羊和短尾型绵羊在第11号染色体的HOXB13基因区域分别呈现出2种不同的单倍型。用VCFtools软件计算上述162只绵羊样本在HOXB13基因区域各SNP位点的基因频率，发现长尾型绵羊和短尾型绵羊在绵羊参考基因组ARS-UI_Ramb_v2.0版本第11号染色体的第37525128个位点处的基因频率有明显差异(表2)。
表2.不同绵羊品种HOXB13基因突变位点的遗传多态性统计
参见表2，短尾型绵羊在上述第11号染色体的第37525128个位点处多为参考型碱基C，而长尾型绵羊多为突变型碱基G。
据此，将上述第11号染色体的第37525128个位点作为预测绵羊尾长的候选单核苷酸多态性位点，且包含该单核苷酸多态性位点的核苷酸序列如下：
GGGCCTGGGTGGGGAGAGAGAGCTGGGTGCCCCCTGTATC
CCCCACCTCC
AGCGCCTCATGAGCCGATCCTCGGCCCCATGGAGCCCGGCAATTATACCA
YTTTGGACGGCGCCAAGGAGATTGAAGGCTTGCTGGGAGC
TGGAGGGAGT
CGGAACCTGGTCACCCACTCGCCACTGACCAGCCATCCAGCGTCGGCGCCT，如SEQ ID NO.1所示；
其中，Y为参考型碱基C或突变型碱基G。
(二)利用绵羊第11号染色体单核苷酸多态性标记检测绵羊尾长的方法如图1所示，具体包括以下操作流程：
(1)采集血样
选择东弗里生羊和湖羊的第二代杂交群体(以下简称东湖杂交二代群体)为试验材料，采集静脉血。(陕西省榆林市上河羊厂，2022年6月)。
(2)基因组DNA的提取
从东湖杂交二代群体的血样中提取DNA，DNA样品全部采用北京天根生化技术有限公司生产的基因组DNA试剂盒(TIANampGenomicDNAKit)，按试剂盒提供的操作说明书进行操作和提取。
(3)样品DNA质量
使用Thermo Scientific公司的NanoDrop 2000C超微量分光光度计测量所提取得全基因组DNA浓度，样品浓度均在100ng/μL以上，260/280值在1.8～2.0之间，基因组条带清晰无杂质(图2)，表明所提取得基因组DNA完整度良好，符合后续试验标准。
(4)引物设计
以SEQ ID NO.1所示的、含有第11号染色体的第37525128个位点的HOXB13基因部分片段为模板，使用Primer5.0等软件设计PCR扩增引物，扩增引物为：
上游引物1：5’-ATGGAGCCCGGCAATTATACCAC-3’，如SEQ ID NO.2所示；
上游引物2：5’-ATGGAGCCCGGCAATTATACCAG-3’，如SEQ ID NO.3所示；
下游引物：5’-CAGCAAGCCTTCAATCTCCTTG-3’，如SEQ ID NO.4所示。
分别在两个上游特异引物5’端加上FAM和HEX两个KASP接头，和下游引物一起送康普森农业科技有限公司合成。
接上FAM接头的上游引物1-FAM的序列与接上HEX接头的上游引物2-HEX的序列如下：
上游引物1-FAM：
5’-gaaggtgaccaagttcatgctATGGAGCCCGGCAATTATACCAC-3’，如SEQNo.5所示；
上游引物2-HEX：
5’-gaaggtcggagtcaacggattATGGAGCCCGGCAATTATACCAG-3’，如SEQNo.6所示。
(5)序列扩增
以提取所得的基因组DNA为模板，以上游引物1-FAM、上游引物2-HEX、下游引物混合物作为引物进行序列扩增，具体反应体系和程序如下：
PCR扩增的反应体系为：20ng/μL的DNA5μL，2×KASPMastermix5μL，KASPAssaymix(竞争上游引物1浓度为12μM，竞争上游引物2浓度为12μM，公共下游引物浓度为30μM)0.14μL。
PCR扩增的反应程序为：94.0℃预变性15min；94.0℃变性20s，61.0℃复性延伸60s10个循环，每个循环复性温度降低0.6℃；94.0℃变性20s，55℃复性延伸60s，重复26个循环。
(6)基因分型
使用ABI7900HT实时荧光定量RCR检测系统进行基因分型，根据分析结果确定所述的第11号染色体的第37525128位的基因型，分型结果如图3所示。
(7)基因型与性状关联分析
试验共对538只东湖杂交二代的11号染色体的第37525128个位点的基因型进行了检测，并测定每个个体的尾长。将基因型与表型性状进行关联分析，建立了如下所述的最小二乘模型：
Yilkm＝μ+Genotypei+Pk+Tl+Combinationm+εilkm
其中，Yilkm是性状观察值，μ是总体均数，Genotypei为基因型效应，Pk为场次效应，Tl为胎数效应，Combinationm为组合效应，εilkm为随机误差，假定εilkm相互独立，服从N(0，σ2)分布。KASP分型结果显示在538个个体当中GG基因型有132个，CG基因型有294个，CC基因型有112个。基因型与性状的关联结果如表3所示。
表3绵羊HOXB13基因突变位点多态性与表型的关联分析
注：同列数据肩标不同大写字母表示差异极显著(P<0.01)，标不同小写字母表示差异显著(P<0.05)，标相同字母或未标字母表示差异不显著(P>0.05)。
根据表3结果显示，HOXB13基因突变位点与尾长性状呈显著相关，CC基因型个体尾巴更短。该方法可以有效地筛选出尾巴更短的绵羊。
综上，本发明提供了一种在DNA水平上检测绵羊尾长的方法，可以通过对绵羊尾长的预测，为快速建立短尾型的绵羊种群和绵羊的选种选育过程提供参考，从而加快绵羊的选种选育进程，促进绵羊的培育改良。
以上所述仅为本发明最佳的实施例，对于本领域的技术人员来说，本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (9)
1.一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记，其特征在于，所述的单核苷酸多态性标记位于绵羊参考基因组第11号染色体的第37525128位，且短尾型绵羊在该位点处为参考型碱基C，长尾型绵羊在该位点处为突变型碱基G。
2.根据权利要求1所述的单核苷酸多态性标记，其特征在于，所述绵羊参考基因组的版本为ARS-UI_Ramb_v2.0。
3.一种用于检测权利要求1所述的单核苷酸多态性标记的KASP引物，其特征在于，该KASP引物包括具有FAM接头的野生型位点特异性引物、具有HEX接头的突变型位点特异性引物和通用引物；
所述野生型位点特异性引物为末端碱基与定位于所述单核苷酸多态性标记的等位基因C相同的竞争性上游引物；
所述突变型位点特异性引物为末端碱基与定位于所述单核苷酸多态性标记的等位基因G相同的竞争性上游引物；
通用引物为下游引物。
4.一种权利要求1所述的单核苷酸多态性标记在鉴别绵羊尾长性状中的应用。
5.一种权利要求1所述的单核苷酸多态性标记在绵羊尾长性状分子标记辅助选择育种中的应用。
6.一种利用权利要求1所述单核苷酸多态性标记鉴别绵羊尾长的方法，其特征在于，包括以下步骤：
提取待测绵羊血样基因组DNA；
以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用单核苷酸多态性标记的特异性引物进行PCR扩增，获得扩增目标产物片段；
根据扩增目标产物片段荧光信号的差异分析其基因型；
根据基因型的不同判断绵羊的尾长性状；
其中，单核苷酸多态性标记的特异性引物为：
上游引物1-FAM：
5’-gaaggtgaccaagttcatgctATGGAGCCCGGCAATTATACCAC-3’
上游引物2-HEX：
5’-gaaggtcggagtcaacggattATGGAGCCCGGCAATTATACCAG-3’
下游引物序列为：
5’-CAGCAAGCCTTCAATCTCCTTG-3’。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，PCR扩增的反应程序为：94.0℃预变性15min；94.0℃变性20s，61.0℃复性延伸60s，10个循环，每个循环复性温度降低0.6℃；94.0℃变性20s，55℃复性延伸60s，重复26个循环。
8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，PCR扩增反应体系：20ng/μL的DNA5μL，2×KASP Mastermix 5μL，KASPAssay mix 0.14μL；
其中，KASPAssay mix包括：上游引物1-FAM浓度为12μM，上游引物2-HEX浓度为12μM，下游引物浓度为30μM。
9.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，基因型为CC型，则为短尾型绵羊；基因型为CG或GG型，则为长尾型绵羊。
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Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20100305188A1 (en) * | 2007-10-03 | 2010-12-02 | Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. | Nucleic acid capable of regulating the proliferation of cell |
| CN103320520A (zh) * | 2013-07-15 | 2013-09-25 | 新疆农垦科学院 | 一种辅助鉴定绵羊的脂尾性状的方法及其专用分子标记 |
| CN105886642A (zh) * | 2016-05-23 | 2016-08-24 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 与中国绵羊尾型性状相关的snp分子标记及其应用 |
| CN107828902A (zh) * | 2017-12-11 | 2018-03-23 | 临沂大学 | 一种与绵羊尾长相关的snp分子标记及其应用 |
| AU2020203675A1 (en) * | 2019-05-27 | 2021-01-14 | Inner Mongolia Academy Of Agricultural & Animal Husbandry Sciences | Method for conducting population selective-breeding of mutton sheep |
-
2023
- 2023-04-11 CN CN202310377868.2A patent/CN116516016A/zh active Pending
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20100305188A1 (en) * | 2007-10-03 | 2010-12-02 | Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. | Nucleic acid capable of regulating the proliferation of cell |
| CN103320520A (zh) * | 2013-07-15 | 2013-09-25 | 新疆农垦科学院 | 一种辅助鉴定绵羊的脂尾性状的方法及其专用分子标记 |
| CN105886642A (zh) * | 2016-05-23 | 2016-08-24 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 与中国绵羊尾型性状相关的snp分子标记及其应用 |
| CN107828902A (zh) * | 2017-12-11 | 2018-03-23 | 临沂大学 | 一种与绵羊尾长相关的snp分子标记及其应用 |
| AU2020203675A1 (en) * | 2019-05-27 | 2021-01-14 | Inner Mongolia Academy Of Agricultural & Animal Husbandry Sciences | Method for conducting population selective-breeding of mutton sheep |
Non-Patent Citations (4)
| Title |
|---|
| DOMINIK KARL LAGLER等: "Fine-mapping and identification of candidate causal genes for tail length in the Merinolandschaf breed", COMMUNICATIONS BIOLOGY, vol. 5, 6 September 2022 (2022-09-06), pages 918 * |
| ENSEMBL RELEASE 106: "rs413316737-sheep(Oar_v3.1)-25535054", EMBL-EBI, 30 April 2022 (2022-04-30), pages 1 * |
| PETER KALDS等: "Ovine HOXB13: expanding the gene repertoire of sheep tail patterning and implications in genetic improvement", COMMUNICATIONS BIOLOGY, vol. 5, 7 November 2022 (2022-11-07), pages 1196 * |
| 杨阳等: "绵羊FBXL3基因表达及其多态性与季节性发情的相关性分析", 农业生物技术学报, vol. 30, no. 1, 22 November 2021 (2021-11-22), pages 75 - 84 * |
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