CN116287380B - 用于鉴定睡莲品种或检测睡莲种质资源遗传多样性的srap分子标记引物组及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及分子鉴定领域,特别是涉及用于鉴定睡莲品种或检测睡莲种质资源遗传多样性的SRAP分子标记引物组及其应用。本发明提供了用于鉴定睡莲品种和/或检测睡莲种质资源遗传多样性的SRAP分子标记引物组,所述引物组包括以下组合:Em1‑Me12、Em2‑Me12、Em2‑Me15、Em8‑Me12、Em8‑Me13、Em8‑Me14、Em8‑Me10、Em9‑Me12、Em9‑Me15和Em10‑Me14。利用本发明所述SRAP分子标记引物组能够准确鉴定睡莲品种和筛选不同品种睡莲的种质,能够减少育种工作量。
Description
技术领域
本发明涉及分子鉴定领域,特别是涉及用于鉴定睡莲品种或检测睡莲种质资源遗传多样性的SRAP分子标记引物组及其应用。
背景技术
睡莲是睡莲科(Nymphaeaceae)睡莲属(Nymphaea)多年生水生草本植物,花期可达7个月,因其花叶色泽丰富,花资优雅清丽,开花量大,且具花叶俱赏的特点而名闻于世,有“水中女神”之美誉,常用于城市水域景观绿化、家庭观赏或制作成鲜切花、干花等加工产品,花卉市场需求量大。
近年来,随着国际花卉市场的开放和流通,众多睡莲品种被引入国内,因此急需对其遗传多样性进行分析,有助于不同品种以及种质鉴定。同时在睡莲新品种选育过程中,优良品系的筛选面临着巨大的工作量,因此,有必要建立有效的遗传多样性分析体系,进而减少育种工作量。
发明内容
为了解决上述问题,本发明提供了用于鉴定睡莲品种或检测睡莲种质资源遗传多样性的SRAP分子标记引物组及其应用。利用本发明所述SRAP分子标记引物组能够准确筛选不同品种睡莲的种质和鉴定睡莲品种,能够减少育种工作量。
为了实现上述目的,本发明提供如下技术方案:
本发明提供了用于鉴定睡莲品种和/或检测睡莲种质资源遗传多样性的SRAP分子标记引物组,所述引物组包括以下组合:Em1-Me12、Em2-Me12、Em2-Me15、Em8-Me12、Em8-Me13、Em8-Me14、Em8-Me10、Em9-Me12、Em9-Me15和Em10-Me14;
所述Em1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;所述Em2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;所述Em8的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;所述Em9的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示;所述Em10的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示:所述Me10的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示;所述Me12的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示;所述Me13的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示;所述Me14的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示;所述Me15的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示。
本发明提供了一种用于鉴定睡莲品种和/或检测睡莲种质资源遗传多样性的试剂盒,所述试剂盒包括上述SRAP分子标记引物组。
优选的,所述试剂盒还包括PCR Mix和去离子水。
本发明提供了上述SRAP分子标记引物组或上述试剂盒在鉴定睡莲品种和/或检测睡莲种质资源遗传多样性中的应用。
本发明提供了一种鉴定睡莲品种和/或检测睡莲种质资源遗传多样性的方法,包括以下步骤:
以待测样品的DNA为模板DNA,以与上述SRAP分子标记引物组对所述模板DNA进行PCR扩增后进行电泳,PCR扩增产物在相同迁移率位置上有DNA条带记为1,无DNA条带记为0,形成SRAP的0/1数据矩阵,利用所述0/1数据矩阵,在NTSYS软件中计算样品间的遗传距离,并由NTSYS软件对所得计算样品间的遗传距离进行聚类分析。
优选的,所述PCR扩增的反应程序包括:94℃预变性2min;第一次PCR:94℃变性40s,36℃复性40s,72℃延伸80s,5个循环;第二次PCR:94℃变性40s,56℃退火40s,72℃延伸80s,36个循环,72℃延伸10min。
优选的,所述PCR扩增的反应体系以20μL计,包括模板DNA2μL、所述SRAP分子标记引物组中每个组合的引物各0.5μL、PCR Mix 10μL和ddH2O 7μL。
优选的,所述引物的浓度均为20μmol/L;所述模板DNA的浓度为50ng/μL。
优选的,所述待测样品包括睡莲的叶片。
优选的,所述睡莲的品种包括红宝石、赤子心、蓝宝石、N.Aleci、天之蓝、卵叶睡莲、丹泉石、桑给巴尔之星、狐火、岩山千瓣、天堂、紫云、苏皖那、金色光环、艾伯特、银河系、奇拉格、黄上蓝、莫达拉湾、蓝蟹爪、伊斯兰达、烟绿、斑叶蓝蟹爪、伊丽莎、蓝女士、黄蟹爪、米努它、烟火、公牛眼、雪崩、哈芬根、酸橙、暹罗玉、甘颂文、血色火焰、粉钻、粉色好望角、多丽丝、科罗拉多、斑叶红蟹爪、红色重瓣蟹爪、芭芭拉、蓝色好望角、新苏、热带风情、奥斯塔、迈阿密玫瑰、杰伦萨普、仲克尼、小花、锦黄、粉色烈鸟、蓝紫苑、蓝染、林西伍德、泰王、黄金国、纯真、玛丽安、黑美人、拉萨米、紫乔伊、卡奔、白巨、红IM、紫IM、凯斯隆、Tuonta、白IM、流苏、万维莎、绝色佳人、白千瓣、马哈巴颂、黄西瓜、山莓、艳阳、暹罗幸运、佛琴娜丽丝、小白子午莲、雪白睡莲、夹克粉、白睡莲、霍兰迪亚、诗丽吉皇后、暹罗粉1、暹罗紫1、英国红、红色闪耀、印度红、泰国粉、喀麦隆、埃及白、安塔利亚、小雪夜、秘鲁睡莲、变色澳洲、白蓝星、越南原生、印度延药、优雅睡莲、埃及蓝、美洲白睡莲、美洲白睡莲红叶、蓝星睡莲、海南延药、非洲延药、花胎生、粉巨、科曼契、墨西哥黄和黄乔伊中的至少两种。
有益效果:
本发明提供了用于鉴定睡莲品种或检测睡莲种质资源遗传多样性的SRAP分子标记引物组,所述引物组包括以下组合:Em1-Me12、Em2-Me12、Em2-Me15、Em8-Me12、Em8-Me13、Em8-Me14、Em8-Me10、Em9-Me12、Em9-Me15和Em10-Me14;其中Em1的核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示,Em2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,Em8的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示,Em9的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示,Em10的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示,Me10的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示,Me12的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示,Me13的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示,Me14的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示,Me15的核苷酸序列如SEQ IDNO.10所示。本发明所述引物组能够有效的鉴定睡莲种质资源,大大减少了人工鉴定的时间和人力投入,能够减少育种工作量;而且相对于现有的ISSR分子标记和DNA条形码技术,筛选得到的SRAP引物组可以具有更高的鉴定能力。实施例结果证明目前已经成功分析鉴定了112份睡莲样。
附图说明
图1为实施例1引物组P1~P12的筛选结果图;
图2为实施例1引物组P13~P25的筛选结果图;
图3为聚类结果图;
图4为引物对Em10-Me14对部分样品的扩增电泳图;
图5为原生种蓝星睡莲的指纹图谱二维码。
具体实施方式
本发明提供了用于鉴定睡莲品种和/或进行睡莲种质资源遗传多样性分析的SRAP分子标记引物组,所述引物组包括以下组合:Em1-Me12、Em2-Me12、Em2-Me15、Em8-Me12、Em8-Me13、Em8-Me14、Em8-Me10、Em9-Me12、Em9-Me15和Em10-Me14;所述引物组的具体信息优选如表1所示;所述引物组中的引物优选由北京博友顺生物技术有限公司合成。
表1引物组的具体信息
本发明提供了一种用于鉴定睡莲品种和/或检测睡莲种质资源遗传多样性的试剂盒,所述试剂盒包括上述SRAP分子标记引物组。在本发明中,所述试剂盒优选还包括PCRMix和去离子水;所述PCR Mix优选为全式金PCR Mix;所述试剂盒优选还包括板;所述板上的每个孔优选放入上述SRAP分子标记引物组中的一个组合的引物对。
本发明所述引物组或试剂盒可以有效的鉴定睡莲种质资源,大大减少了人工鉴定的时间和人力投入;相对于现有的ISSR分子标记和DNA条形码技术,筛选得到的SRAP引物组可以具有更高的鉴定能力,因此本发明所述引物组和试剂盒能够用于检测睡莲种质资源遗传多样性。而且该引物组或试剂盒能够鉴定112份睡莲样品
本发明提供了上述SRAP分子标记引物组或上述试剂盒在鉴定睡莲品种和/或检测睡莲种质资源遗传多样性中的应用。利用本发明所述SRAP分子标记引物组能够准确筛选不同品种睡莲的种质,能够减少育种工作量。实施例结果证明目前已经成功分析鉴定了112份睡莲样品,112份睡莲样品具体如表2和表3所示。
表2 1~46号睡莲样品具体信息
表347~112号睡莲样品具体信息
注:表2和表3中,注:品种名称一栏中的“无”指的是没有通俗名称;A、B、N、H和L代表5个亚属,I是指跨亚属,分别是:A为Anecphya亚属,B指的是Brachyceras亚属,N指的是Nymphaea亚属,H指的是Hydrocallis亚属,L指的是Lotos亚属,I指的是Intersubgeneric跨亚属。
本发明提供了一种检测睡莲种质资源遗传多样性的方法,包括以下步骤:
以待测样品的DNA为模板DNA,以上述SRAP分子标记引物组对所述模板DNA进行PCR扩增后进行电泳,PCR扩增产物在相同迁移率位置上有DNA条带记为1,无DNA条带记为0,形成SRAP的0/1数据矩阵,利用所述0/1数据矩阵,在NTSYS软件中计算样品间的遗传距离,并由NTSYS软件对所得计算样品间的遗传距离进行聚类分析。
本发明以待测样品的DNA为模板DNA,以上述SRAP分子标记引物组对所述模板DNA进行PCR扩增后进行电泳,PCR扩增产物在相同迁移率位置上有DNA条带记为1,无DNA条带记为0,形成SRAP的0/1数据矩阵,利用所述0/1数据矩阵,在NTSYS软件中计算样品间的遗传距离,并由NTSYS软件对所得计算样品间的遗传距离进行聚类分析。在本发明中,所述相同迁移率位置优选指的是每个样品分别于Marker来比;因参照物是相通的,不会存在DNA条带不在相同迁移率的位置上的情况。
在本发明中,所述睡莲的品种优选包括红宝石、赤子心、蓝宝石、N.Aleci、天之蓝、卵叶睡莲、丹泉石、桑给巴尔之星、狐火、岩山千瓣、天堂、紫云、苏皖那、金色光环、艾伯特、银河系、奇拉格、黄上蓝、莫达拉湾、蓝蟹爪、伊斯兰达、烟绿、斑叶蓝蟹爪、伊丽莎、蓝女士、黄蟹爪、米努它、烟火、公牛眼、雪崩、哈芬根、酸橙、暹罗玉、甘颂文、血色火焰、粉钻、粉色好望角、多丽丝、科罗拉多、斑叶红蟹爪、红色重瓣蟹爪、芭芭拉、蓝色好望角、新苏、热带风情、奥斯塔、迈阿密玫瑰、杰伦萨普、仲克尼、小花、锦黄、粉色烈鸟、蓝紫苑、蓝染、林西伍德、泰王、黄金国、纯真、玛丽安、黑美人、拉萨米、紫乔伊、卡奔、白巨、红IM、紫IM、凯斯隆、Tuonta、白IM、流苏、万维莎、绝色佳人、白千瓣、马哈巴颂、黄西瓜、山莓、艳阳、暹罗幸运、佛琴娜丽丝、小白子午莲、雪白睡莲、夹克粉、白睡莲、霍兰迪亚、诗丽吉皇后、暹罗粉1、暹罗紫1、英国红、红色闪耀、印度红、泰国粉、喀麦隆、埃及白、安塔利亚、小雪夜、秘鲁唾莲、变色澳洲、白蓝星、越南原生、印度延药、优雅睡莲、埃及蓝、美洲白睡莲、美洲白睡莲红叶、蓝星睡莲、海南延药、非洲延药、花胎生、粉巨、科曼契、墨西哥黄和黄乔伊中的至少两种,具体的睡莲信息详见表2和表3;本发明对所述睡莲的品种的来源没有特殊的限定,本领域技术人员常规购买所得即可;在本发明具体实施例中,所述睡莲的品种优选购自南京艺莲苑、海南佛渡莲源生态农业有限公司和广西平果华莲科技研究所。
在本发明中,所述PCR扩增的反应程序优选包括:94℃预变性2min;第一次PCR:94℃变性40s,36℃复性40s,72℃延伸80s,5个循环;第二次PCR:94℃变性40s,56℃退火40s,72℃延伸80s,36个循环,72℃延伸10min;所述PCR扩增的反应体系以20μL计,优选包括模板DNA 2μL、上述技术方案所述SRAP分子标记引物组中各引物0.5μL、全式金PCR Mix 10μL和ddH2O 7μL;所述引物的浓度优选均为20μmol/L;所述模板DNA的浓度优选为50ng/μL。
本发明利用0/1数据矩阵,在NTSYS软件中计算样品间的遗传距离,并由NTSYS软件对所得计算样品间的遗传距离进行聚类分析;在本发明中,遗传距离系数越大,表明亲缘关系越远,遗传距离系数越小,表明亲缘关系越近。
为了进一步说明本发明,下面结合附图和实施例对本发明提供的技术方案进行详细地描述,但不能将它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
引物组筛选;引物组的具体信息如表4所示,其中Em1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,Em2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,Em8的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示,Em9的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示,Em10的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示,Me10的核苷酸序列如SEQ D NO.6所示,Me12的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示,Me13的核苷酸序列如SEQ IDNO.8所示,Me14的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示,Me15的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示。
表4筛选引物组的具体信息
实验编号 | 引物名称 | 实验编号 | 引物名称 |
P1 | Em1-Me12 | P14 | Em8-Me10 |
P2 | Em1-Me13 | P15 | Em8-Me15 |
P3 | Em1-Me14 | P16 | Em9-Me12 |
P4 | Em1-Me10 | P17 | Em9-Me13 |
P5 | Em1-Me15 | P18 | Em9-Me14 |
P6 | Em2-Me12 | P19 | Em9-Me10 |
P7 | Em2-Me13 | P20 | Em9-Me15 |
P8 | Em2-Me14 | P21 | Em10-Me12 |
P9 | Em2-Me10 | P22 | Em10-Me13 |
P10 | Em2-Me15 | P23 | Em10-Me14 |
P11 | Em8-Me12 | P24 | Em10-Me10 |
P12 | Em8-Me13 | P25 | Em10-Me15 |
P13 | Em8-Me14 | —— | —— |
引物组筛选过程:
1、采用CTAB法分别提取5份睡莲品种(粉巨、雪白睡莲、埃及白、小雪夜和美洲白睡莲)的叶片的DNA样品,并进行浓度和质量检测,浓度在50ng/μL以上,质量为没有明显降解即可。
2、分别用上述25对引物对5个样品进行PCR引物筛选,引物信息见表2,PCR条件:PCR扩增的反应体系(20μL)为:2μL模板DNA,1μLprimer,10μL蓝色Mix,7μL去离子水;PCR扩增的反应程序:94℃预变性2min;94℃变性40s,36℃复性40s,72℃延伸80s,5个循环;94℃变性40s,56℃复性40s,72℃延伸80s,36个循环,72℃延伸10min。
3、2%琼脂糖电泳检测。
筛选结果见表5、图1和图2,图1中引物组P1~P12的泳道均依次为粉巨、雪白睡莲、埃及白、小雪夜和美洲白睡莲,图2中引物组P13~P25的泳道均依次为粉巨、雪白睡莲、埃及白、小雪夜和美洲白睡莲。
表5筛选结果
结果如表5、图1和图2所示,引物Em1-Me12、Em2-Me12、Em2-Me15、Em8-Me12、Em8-Me13、Em8-Me14、Em8-Me10、Em9-Me12、Em9-Me15和Em10-Me14扩增效果好,Em2-Me13扩增效果较好,可以作为备选引物。
实施例2
对112份睡莲品种进行种质检测;112份睡莲品种的具体信息见表2和表3
检测过程:
1、采用CTAB法分别提取112份睡莲品种的叶片的DNA样品,并进行浓度和质量检测,浓度在50ng/ul以上,质量为没有明显降解即可。
2、采用Em1-Me12、Em2-Me12、Em2-Me15、Em8-Me12、Em8-Me13、Em8-Me14、Em8-Me10、Em9-Me12、Em9-Me15和Em10-Me14引物组进行PCR扩增,扩增体系如下:
每个孔的PCR扩增体系(20μL)为:2μL模板DNA(浓度50ng/ul),上述引物组中的每个引物对1μL(引物对中的每条引物各0.5μL),10μL全式金PCRMix,7μL去离子水。
PCR扩增程序为:94℃预变性3min,然后进行40个循环:94℃变性30s,36℃复性50s,72℃延伸1.5min:循环结束后72℃延伸10min,4℃保存。
3、2%琼脂糖电泳检测,得到谱带信息,PCR扩增产物的电泳位置在凝胶的某个相同迁移率位置上有DNA条带记为1,无DNA条带记为0,形成SRAP的0/1数据矩阵,利用所得0/1数据矩阵,在NTSYS软件中计算样品间的遗传距离(GD值),得到供试材料遗传距离矩阵;遗传距离系数越大,表明亲缘关系越远,遗传距离系数越小,表明亲缘关系越近,并由NTSYS软件进行聚类分析。结果见表6、图3和图4,其中图4为引物对Em10-Me14对部分样品的扩增电泳图,图4中的1~48为表2和表3中的1~48号睡莲样品。
表6引物扩增结果
引物 | aa* | ne* | h* | I* | 多态位点 | 多态百分数 |
Em1-Me12 | 2 | 1.1968 | 0.1471 | 0.2641 | 22 | 100 |
Em2-Me12 | 2 | 1.2686 | 0.1863 | 0.3167 | 19 | 100 |
Em2-Me15 | 2 | 1.2325 | 0.1725 | 0.299 | 20 | 100 |
Em8-Me12 | 2 | 1.3354 | 0.2266 | 0.3722 | 20 | 100 |
Em8-Me13 | 2 | 1.2352 | 0.1751 | 0.3054 | 23 | 100 |
Em8-Me14 | 2 | 1.227 | 0.163 | 0.2846 | 19 | 100 |
Em8-Me10 | 2 | 1.2462 | 0.173 | 0.296 | 19 | 100 |
Em9-Me12 | 2 | 1.3391 | 0.2355 | 0.3834 | 22 | 100 |
Em9-Me15 | 2 | 1.251 | 0.1837 | 0.3172 | 22 | 100 |
Em10-Me14 | 2 | 1.2156 | 0.1696 | 0.3042 | 24 | 100 |
总体 | 2 | 1.2535 | 0.1835 | 0.3155 | 207 | 100% |
注:na*为等位基因数,ne*为有效等位基因数,h*为Nei′s基因多样性指数,I*为Shannon多样性信息指数。
聚类结果结果如表6和图3所示,在遗传距离为1.21时将112份睡莲样品聚为6个类群,其中表2中Brachyceras亚属的45号样热带风情(II)单独聚为一个类群,Brachyceras亚属的6个原生种和54个杂交种聚为一个大类群(I);Nymphaea亚属的39号科罗拉多和80号小白子午莲聚为第III类群;Anecphya亚属的5个原生种、1个杂交种及2个跨亚属(Anecphya亚属×Brachyceras亚属)杂交种聚为第IV类群,Nymphaea亚属的13个杂交种、3个原生种、3个跨亚属(Nymphaea亚属xBrachyceras亚属)杂交种、Hydrocallis亚属的3个原生种、Anecphya亚属的2个原生种以及Brachyceras亚属的10个原生种聚为第V类,Lotos亚属的4个原生种和3个杂交种聚为IV类群。其中类群I在遗传距离0.997时聚为4个分支,第一分支(i)由Brachyceras亚属5个杂交种组成,第二分支(ii)由Brachyceras亚属6个原生种和46个杂交种组成,第三分支(iii)由Brachyceras亚属2个杂交种(拉萨米和莫达拉湾)组成,56号样品泰王单独聚为第四支(iv);较为复杂的第V类群在遗传距离0.934时聚为4个分支,第一分支(A)由Nymphaea亚属的9个杂交种组成,第二分支(B)由3个跨亚属(Nymphaea亚属×Brachyceras亚属)的杂交种组成,第三分支(B)由3个Nymphaea亚属杂交种和1个原生种组成,第四分支由Nymphaea亚属的2个杂交种、1个原生种,Brachyceras亚属的10个原生种,Hydrocallis亚属的3个原生种及Anecphya亚属2个原生种组成。112份样品能够完全分开。由此可见,本发明所述所述引物组能够用于睡莲莲种质资源遗传多样性。
实施例3
利用Excel数据库将实施例2扩增得到的谱带转换成0/1数据矩阵,将10对SRAP分子标记引物(表6)从P1~P10进行编号,其中Em1-Me12为P1,Em2-Me12为P2,Em2-Me15为P3,Em8-Me12为P4,Em8-Me13为P5,Em8-Me14为P6,Em8-Me10为P7,Em9-Me12为P8,Em9-Me15为P9,Em10-Me14为P10,以得到的0/1矩阵数据为0/1代码,按照引物编号从大到小进行排列,引物编号与0/1代码之间用“-”分隔,不同引物之间换行分隔。10对引物共同形成的0/1代码就形成了该品种的指纹代码,最后,将每份样品的样品信息(名称、编号、植物学分类)与其分子身份证代码结合后导入QRcode软件,生成该品种的DNA分子身份证二维码。以105号原生种蓝星睡莲为例,生成的二维码和扫码结果如图5,指纹代码如下:P1-01000010000010010000;P2-000010001001000001000;P3-00110100101001001000;P4-00000111001101011001101000;P5-01011001101000010000;P6-101010001000000000;P7-11011010101001100010;P8-0100110001100000100100;P9-0000001010001010000;P10-001100010101010000000。
综上所述可知,本发明所述引物组能够有效的鉴定睡莲种质资源,大大减少了人工鉴定的时间和人力投入,能够减少育种工作量;而且相对于现有的ISSR分子标记和DNA条形码技术,筛选得到的SRAP引物组可以具有更高的鉴定能力。实施例结果证明目前已经成功分析鉴定了112份睡莲样。
虽然本发明已以较佳的实施例公开如上,但其并非用以限定本发明,任何熟悉此技术的人,在不脱离本发明的精神和范围内,都可以做各种改动和修饰,因此本发明的保护范围应该以权利要求书所界定的为准。
Claims (12)
1.用于鉴定睡莲品种和/或检测睡莲种质资源遗传多样性的SRAP分子标记引物组合物,其特征在于,所述引物组合物包括以下引物对组合:Em1-Me12、Em2-Me12、Em2-Me15、Em8-Me12、Em8-Me13、Em8-Me14、Em8-Me10、Em9-Me12、Em9-Me15和Em10-Me14;
所述Em1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;所述Em2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示:所述Em8的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;所述Em9的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示;所述Em10的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示;所述Me10的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示;所述Me12的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示;所述Me13的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示;所述Me14的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示;所述Me15的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示。
2.一种用于鉴定睡莲品种和/或检测睡莲种质资源遗传多样性的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1所述SRAP分子标记引物组合物。
3.根据权利要求2所述试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括PCRMix和去离子水。
4.根据权利要求2所述试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括板,所述板上的每个孔放入所述SRAP分子标记引物组合物中的一个组合的引物对。
5.根据权利要求3所述试剂盒,其特征在于,所述PCRMix为全式金PCR Mix。
6.权利要求1所述SRAP分子标记引物组合物或权利要求2~5任意一项所述试剂盒在鉴定睡莲品种和/或检测睡莲种质资源遗传多样性中的应用;
所述睡莲品种和/或种质包括红宝石、赤子心、蓝宝石、N.Aleci、天之蓝、卵叶睡莲、丹泉石、桑给巴尔之星、狐火、岩山千瓣、天堂、紫云、苏皖那、金色光环、艾伯特、银河系、奇拉格、黄上蓝、莫达拉湾、蓝蟹爪、伊斯兰达、烟绿、斑叶蓝蟹爪、伊丽莎、蓝女士、黄蟹爪、米努它、烟火、公牛眼、雪崩、哈芬根、酸橙、暹罗玉、甘颂文、血色火焰、粉钻、粉色好望角、多丽丝、科罗拉多、斑叶红蟹爪、红色重瓣蟹爪、芭芭拉、蓝色好望角、新苏、热带风情、奥斯塔、迈阿密玫瑰、杰伦萨普、仲克尼、小花、锦黄、粉色烈鸟、蓝紫苑、蓝染、林西伍德、泰王、黄金国、纯真、玛丽安、黑美人、拉萨米、紫乔伊、卡奔、白巨、红IM、紫IM、凯斯隆、Tuonta、白IM、流苏、万维莎、绝色佳人、白千瓣、马哈巴颂、黄西瓜、山莓、艳阳、暹罗幸运、佛琴娜丽丝、小白子午莲、雪白睡莲、夹克粉、白睡莲、霍兰迪亚、诗丽吉皇后、暹罗粉1、暹罗紫1、英国红、红色闪耀、印度红、泰国粉、喀麦隆、埃及白、安塔利亚、小雪夜、秘鲁睡莲、变色澳洲、白蓝星、越南原生、印度延药、优雅睡莲、埃及蓝、美洲白睡莲、美洲白睡莲红叶、蓝星睡莲、海南延药、非洲延药、花胎生、粉巨、科曼契、墨西哥黄和黄乔伊中的至少两种。
7.一种检测睡莲种质资源遗传多样性的方法,其特征在于,包括以下步骤:
以待测样品的DNA为模板DNA,以权利要求1所述SRAP分子标记引物组合物对所述模板DNA进行PCR扩增,将扩增产物进行电泳,PCR扩增产物在相同迁移率位置上有DNA条带记为1,无DNA条带记为0,形成SRAP的0/1数据矩阵,利用所述0/1数据矩阵,在NTSYS软件中计算样品间的遗传距离,并由NTSYS软件对所得计算样品间的遗传距离进行聚类分析;
所述睡莲的种质包括红宝石、赤子心、蓝宝石、N.Aleci、天之蓝、卵叶睡莲、丹泉石、桑给巴尔之星、狐火、岩山千瓣、天堂、紫云、苏皖那、金色光环、艾伯特、银河系、奇拉格、黄上蓝、莫达拉湾、蓝蟹爪、伊斯兰达、烟绿、斑叶蓝蟹爪、伊丽莎、蓝女士、黄蟹爪、米努它、烟火、公牛眼、雪崩、哈芬根、酸橙、暹罗玉、甘颂文、血色火焰、粉钻、粉色好望角、多丽丝、科罗拉多、斑叶红蟹爪、红色重瓣蟹爪、芭芭拉、蓝色好望角、新苏、热带风情、奥斯塔、迈阿密玫瑰、杰伦萨普、仲克尼、小花、锦黄、粉色烈鸟、蓝紫苑、蓝染、林西伍德、泰王、黄金国、纯真、玛丽安、黑美人、拉萨米、紫乔伊、卡奔、白巨、红IM、紫IM、凯斯隆、Tuonta、白IM、流苏、万维莎、绝色佳人、白千瓣、马哈巴颂、黄西瓜、山莓、艳阳、暹罗幸运、佛琴娜丽丝、小白子午莲、雪白睡莲、夹克粉、白睡莲、霍兰迪亚、诗丽吉皇后、暹罗粉1、暹罗紫1、英国红、红色闪耀、印度红、泰国粉、喀麦隆、埃及白、安塔利亚、小雪夜、秘鲁睡莲、变色澳洲、白蓝星、越南原生、印度延药、优雅睡莲、埃及蓝、美洲白睡莲、美洲白睡莲红叶、蓝星睡莲、海南延药、非洲延药、花胎生、粉巨、科曼契、墨西哥黄和黄乔伊中的至少两种。
8.根据权利要求7所述方法,其特征在于,所述遗传距离系数越大,表明亲缘关系越远,所述遗传距离系数越小,表明亲缘关系越近。
9.根据权利要求7所述方法,其特征在于,所述PCR扩增的反应程序包括:94℃预变性2min;第一次PCR:94℃变性40s,36℃复性40s,72℃延伸80s,5个循环;第二次PCR:94℃变性40s,56℃退火40s,72℃延伸80s,36个循环,72℃延伸10min。
10.根据权利要求9所述方法,其特征在于,所述PCR扩增的反应体系以20μL计,包括模板DNA 2μL、所述SRAP分子标记引物组合物中每个引物对组合的引物各0.5μL、PCRMix 10μL和ddH2O 7μL。
11.根据权利要求9所述方法,其特征在于,所述引物的浓度均为20μmol/L;所述模板DNA的浓度为50ng/μL。
12.根据权利要求7所述方法,其特征在于,所述待测样品包括睡莲的叶片。
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PB01 | Publication | ||
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SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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GR01 | Patent grant | ||
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