CN106048032A - 一种香蕉b基因组鉴定的scar分子标记及其鉴定方法 - Google Patents

一种香蕉b基因组鉴定的scar分子标记及其鉴定方法 Download PDF

Info

Publication number
CN106048032A
CN106048032A CN201610508538.2A CN201610508538A CN106048032A CN 106048032 A CN106048032 A CN 106048032A CN 201610508538 A CN201610508538 A CN 201610508538A CN 106048032 A CN106048032 A CN 106048032A
Authority
CN
China
Prior art keywords
gene group
fructus musae
banana
broadleaf plants
several broadleaf
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201610508538.2A
Other languages
English (en)
Other versions
CN106048032B (zh
Inventor
王芳
吕顺
牛玉清
夏玲
曾莉莎
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
DONGGUAN BANANA VEGETABLES RESEARCH INSTITUTE
Original Assignee
DONGGUAN BANANA VEGETABLES RESEARCH INSTITUTE
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by DONGGUAN BANANA VEGETABLES RESEARCH INSTITUTE filed Critical DONGGUAN BANANA VEGETABLES RESEARCH INSTITUTE
Priority to CN201610508538.2A priority Critical patent/CN106048032B/zh
Publication of CN106048032A publication Critical patent/CN106048032A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN106048032B publication Critical patent/CN106048032B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13—Plant traits

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明属于植物分子生物学技术领域，具体涉及一种香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记及其鉴定方法。公开了一个可以鉴定香蕉品种是否含有B基因组的方法。利用IRAP分子标记gypsy‑IRAP扩增条带，进行B基因组特异条带的回收、克隆测序，获得其序列，进行特异性引物设计，将gypsy‑IRAP标记转化成表现为特异条带有无的SCAR分子标记，用于快速、准确的鉴定香蕉的B基因组，为品种鉴定以及香蕉的选育及品种改良提供良好的技术支持。

Description

一种香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记及其鉴定方法
技术领域
本发明属于植物分子生物学技术领域，具体涉及一种香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记及其鉴定方法。
背景技术
香蕉(Musa spp.)属于芭蕉科芭蕉属，是世界上重要的热带水果之一，是除水稻、小麦、玉米以外的第四大粮食作物(FAO，1992)，我国作为香蕉的主产国之一，至今己有两千多年的栽培历史，主要集中在我国的广东、广西、福建、云南等省区。随着香蕉生产的迅速发展，香蕉产业已经成为我国热带地区的农业支柱性产业。
香蕉有2个祖先，即尖叶蕉(M.acuminata Colla，记为A基因组)和长梗蕉(M.balbisiana Colla，记为B基因组)。香蕉栽培种就是这2个原始野生蕉种内或种间杂交后代进化而成的。香蕉的栽培品种，全世界约300多个，然而由于蕉类植物特殊的生物生态学特性，如多倍体、无性繁殖、小染色体等，同时其形态特征极为相似，使得蕉类种质资源的分类及系统学研究一直是个难题。目前国际国内对香蕉的分类比较混乱，没有统一、完善的分类标准(李宝荣等，2002，热带农业科学，22(2):35-38)。目前香蕉的分类习惯上沿用Simmonds分类法，以两个基本野生种M.acuminata(AA型)和M.balbisiana(BB型)的形态特征为参照，结合染色体倍数，将各种栽培蕉分为AA、AAA、AAB、AB等类型。但是香蕉的形态学性状易受到环境和生长发育期的影响，这种分类往往出现偏差，且周期长、需要大量人力物力。开发更为简便快速准确的香蕉基因组鉴定方法具有十分重要的意义。
Robinson等研究表明香蕉的硬度、耐旱性、抗病性、营养改良、淀粉提高等基因是受B基因组控制的(Robinson，J.C.1996.Bananas and Plantains.CAB International，U.K.)。Ramadass等研究发现，香蕉在处于干旱胁迫时，大部分A基因组占主导的品种与B基因组占主导的品种相比较，其产量性状下降严重(Ramadass R等.1993，MadrasAgricultural Journal，80(3):130-133.)。黄建昌等研究发现香蕉的遗传基础与抗旱性密切相关，即ABB类抗旱性强，AAB类次之，AAA类最弱(黄建昌.1999，仲恺农业技术学院学报，12(4):40-42.)。可见B基因组中带有重要的优良性状基因，B基因组的鉴定对香蕉品种选育及品种改良具有重要的意义。
随着生物技术的发展，许多研究者研究了利用分子生物技术的手段来研究香蕉的基因组类型，分子标记技术具有稳定、简便、可靠、不易受环境影响优点。Pilla等利用RAPD标记筛选出了A、B、BB基因组的特异性标记(Pilla等，2000，Genome，43:763-767)；Nwakanma等根据香蕉核糖体DNA内转录间隔区(ITS)限制性酶切位点的差异，利用PCR-RFLP技术来鉴定香蕉的A、B基因组(Nwakanma等，2003，Theoretical and Applied，108:154-159)；Nair等利用IRAP标记筛选出B基因组的特异性标记gypsy-IRAP、BB基因组的特异性标记copia-IRAP(Nair等，2005，Euphytica，144:285-290)。国内关于香蕉基因组的特异性标记研究报道很少。发明人应用了以上4种分子标记，其中ITS的PCR-RFLP以及copia-IRAP标记需要酶切，耗时、成本高；RAPD标记和gypsy-IRAP标记，由于其扩增后条带多而复杂，在不同的蕉类中会出现条带大小的差异，有时难于判断，对DNA提取质量以及电泳的要求比较高。
发明内容
为了解决上述问题，本发明的目的之一在于提供一种香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记；
本发明的目的之二是提供了所述香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记鉴定香蕉B基因组的方法；
本发明的目的之三是提供了所述鉴定的范围。
本发明是通过以下技术方案来实现的：
一种香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记，该标记来源于IRAP标记gypsy-IRAP的333bp的特异条带，其基因序列为：
CTTAGGCAAAACCAGCTAAGTCCGTGACAGAGTGGCCGATAGCACTGTGCCACCTGGG
GGGTTCCAGGGTGCTGAGATGGCTGACATTTCGCTCTACTCACCACGGTCACCGCAGT
ATGCAAAAAGGGCCCAAAAATGGGCCAAAACAACCCAAAAAGCTGGCCAAAATTGGT
TATTTTTGTCTGTGCGAGCGAGCAGCGAACTGTCACGACTTAGCTGGAATTGTTTAAGT
CGTGAGGCACCCTTGCGGCTAAGATGCGAACTTTGCTTGAGTTACCTAAGTCGCGAAG
CACCCTTGCACCAACTTCTCGGACTTAGCTGGTTTTGCCTAAA
所述香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记，片段长度为257bp，在原特异条带的第61bp-317bp。
所述香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记，能准确用于鉴定的香蕉有香牙蕉、大蕉、粉蕉、粉大蕉、龙牙蕉、贡蕉、四倍体香蕉和野生蕉。
用所述香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记鉴定香蕉B基因组的方法：
(1)、提取香蕉叶片DNA；
(2)、用SCAR标记的特异引物I1/I3进行PCR扩增检测；
(3)、检测：结果表现为257bp特异条带的有无；有该特异条带，则该香蕉品种中有B基因组，反之，则该香蕉品种中无B基因组。
较佳地，所述用SCAR标记的特异引物I1/I3序列为：
正向引物I1：5’-CTCAAGCAAAGTTCGCATCT-3’
反向引物I3：5’-TAAGTCCGTGACAGAGTGGC-3’。
较佳地，所述扩增方法为：
最优的PCR程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸30s，循环35次；72℃延伸10min。
最优的PCR体系：20μl的反应体积含有10×buffer(含Mg2+)2ul，0.2mmol/L dNTPs(2.5nM)2ul，上下引物(10umol/L)分别1ul，DNA(50ng/L)1ul及1.25U TaqDNA聚合酶。
较佳地，所检测方法为：采用1.2％的琼脂糖凝胶，110v电压电泳30分钟，紫外灯下观察。
本发明利用IRAP分子标记gypsy-IRAP扩增条带，进行B基因组特异条带的回收、克隆测序，获得其序列，进行特异性引物设计，将gypsy-IRAP标记转化成表现为特异条带有无的SCAR分子标记，用于快速、准确的鉴定香蕉的B基因组，为品种鉴定以及香蕉的选育及品种改良提供良好的技术支持。可以准确鉴定香蕉包括香牙蕉、大蕉、粉蕉、粉大蕉、龙牙蕉、贡蕉、四倍体香蕉、野生蕉中是否含有B基因组。具有准确、简便、稳定的优点。为香蕉品种鉴定、香蕉新品种选育及品种改良提供技术支持。
附图说明
图1，M：100bp的DNA Mark；1-16号样品为：泰国贡蕉、云南小米蕉、花叶蕉、紫花蕉，红花蕉、地涌金莲、盛2、天宝矮蕉、东莞高把大蕉、加纳野蕉、粉杂1号、桂平大蕉、防城大蕉、BB野蕉、银丰1号、大蜜舍。
图2，M：2000bp DNA Mark；样品1-11为：大蜜舍、花叶蕉、农科1号、泰国贡蕉、佳丽、紫茎蕉、粉杂1号、抗病大蕉、华农中把大蕉、BB野蕉、银丰1号。
图3，M：2000bp DNA Mark；样品1-12为大蕉：东莞中把大蕉、华农中把大蕉、矮大蕉、罗坝大蕉、三江大蕉、四方大蕉、中山大蕉、番禺大蕉、潮州大蕉、广西中把大蕉、龙华大蕉、海南大蕉。
图4，M：2000bp DNA Mark；样品1-15为粉蕉：粉杂1号、中粉、东莞白粉、孟加拉粉大蕉、海南粉大蕉。香牙蕉：大蜜舍、农科1号、8818-1、龙州中把、巴西、齐尾、粤丰1号、泰国香蕉、天宝矮蕉、荷兰香蕉。
图5，M：2000bp DNA Mark；样品1-9为野蕉：BB野蕉、云南那邦野蕉、五山野蕉、天宝野蕉、广西凭祥野蕉、加纳野蕉、花叶蕉、小果野蕉、红花蕉。
图6，M：2000bp DNA Mark；样品1-9为龙牙蕉：紫茎蕉、金沙香、金指、过山香贡蕉、海贡、贡蕉、贡选、泰国贡蕉、佳丽。
图7，M：2000bp DNA Mark；样品1-7为四倍体香蕉：银丰1号、1297、1507、印尼蕉、千旁培、1307、飞亚。
具体的实施方式
通过以下实例进一步对本发明进行了说明与定义而并非限制。通过实例，科研人员可以对本发明有更清楚的了解，可以在此基础上对本发明做出一定的变更和修改，以获得不同的研究效果。下述实例中的实验方法，如无特殊说明均为常规方法。实验过程中涉及到的试剂均为常规试剂，使用均参照产品使用说明书使用。
一、香蕉叶片的DNA提取
选取不同基因型的香蕉品种(表1)，样品采至东莞市香蕉蔬菜研究所香蕉资源圃，分别进行DNA提取。
DNA提取方法采用改良CTAB法，具体操作如下：
1、香蕉的DNA提取，采用香蕉的叶片，选取没有病虫害的新抽出的嫩叶，用水冲洗干净，晾干后取0.2克，用液氮进行研磨，研磨的过程中加入少量交联聚乙烯吡咯烷酮(PVPP)，将叶片快速研磨至粉末状。
2、在研磨好的样品中加入800μl的预热好的4*CTAB，混匀，65℃水浴30min，期间轻摇样品3次，12000rpm离心10min。
3、加入600μl氯仿-异戊醇(24:1)，混匀，12000rpm离心6min。
4、吸取上清，重复步骤3，进行第二次抽提。
5、吸取上清，加入等体积的异丙醇(-20℃预冷)，室温静置5min，12000rpm离心10min。
6、弃上清，用75％预冷的乙醇漂洗2次。
7、真空抽干，加入50μlTE缓冲液，常温溶解，-20℃冰箱保存备用。
通过以上改良CTAB法提取香蕉叶片DNA，采用BioDropμLite(超微量蛋白核酸分析仪)检测其浓度和纯度，DNA浓度可达到80-150ng.μL-1，OD260/OD280＝1.8-2.0，质量较好，符合试验要求。
表1供试香蕉品种表
注：东莞中把大蕉、东莞白粉、为东莞本地品种；华农中把大蕉、1297、1507、1307引自华南农业大学；大蜜舍、农科1号、8818-1、龙州中把、巴西、齐尾、粤丰1号、泰国香蕉、天宝矮蕉、荷兰香蕉、贡蕉、贡选、海贡、佳丽、泰国贡蕉、过山香、紫茎蕉、金指、金沙香、矮大蕉、罗坝大蕉、三江大蕉、四方大蕉、中山大蕉、番禺大蕉、潮州大蕉、广西中把大蕉、龙华大蕉、海南大蕉、粉杂1号、中粉、孟加拉粉大蕉、海南粉大蕉、BB野蕉、云南那邦野蕉、五山野蕉、天宝野蕉、广西凭祥野蕉、加纳野蕉、花叶蕉、小果野蕉、红花蕉、银丰1号、金手指、印尼蕉、飞亚引自广东省农科院果树研究所。
二、香蕉B基因组特异条带回收及测序
供试香蕉品种为：泰国贡蕉、云南小米蕉、花叶蕉、紫花蕉，红花蕉、地涌金莲、盛2、天宝矮蕉、东莞高把大蕉、加纳野蕉、粉杂1号、桂平大蕉、防城大蕉、BB野蕉、银丰1号、大蜜舍。PCR扩增及分离参照Nair等设计的IRAP引物Gy LTRev 5-CTTAGGCAAAACCAGCTAAGTCCG-3以及PCR程序(Nair等，2005，Euphytica，144:285-290)，采用1.5％的琼脂糖凝胶电泳，含有B基因组的香蕉品种：东莞高把大蕉、粉杂1号、桂平大蕉、防城大蕉、BB野蕉、银丰1号出现一条的特异条带(图1)。将该特异条带在紫外灯下切下，采用Tiangel Midi purificationkit试剂盒进行产物回收。将回收产物送样至上海派森诺生物科技有限公司，进行TA克隆及每个品种挑取5个克隆进行测序(PMD18-T载体连接、转化、涂板、菌检)。测序后得到了供试品种中6个品种的333bp的条带的序列。
东莞高把大蕉(333bp)
CTTAGGCAAAACCAGCTAAGTCCGTGACAGAGTGGCCGATAGCACTGTGCCACCTGGG
GGGTTCCAGGGTGCTGAGATGGCTGACATTTCGCTCTACTCACCACGGTCACCGCAGT
ATGCAAAAAGGGCCCAAAAATGGGCCAAAACAACCCAAAAAGCTGGCCAAAATTGGT
TATTTTTGTCTGTGCGAGCGAGCAGCGAACTGTCACGACTTAGCTGGAATTGTTTAAGT
CGTGAGGCACCCTTGCGGCTAAGATGCGAACTTTGCTTGAGTTACCTAAGTCGCGAAG
CACCCTTGCACCAACTTCTCGGACTTAGCTGGTTTTGCCTAAA
粉杂1号(333bp)
CTTAGGCAAAACCAGCTAAGTCCGTGACAGAGTGGCCGATAGCACTGTGCCACCTGGG
GGGTTCCAGGGTGCTGAGATGGCTGACATTTCGCTCTACTCACCACGGTCACCGCAGT
ATGCAAAAAGGGCCCAAAAATGGGCCAAAACAACCCAAAAAGCTGGCCAAAATTGGT
TATTTTTGTCTGTGCGAGCGAGCAGCGAACTGTCACGACTTAGCTGGAATTGTTTAAGT
CGTGAGGCACCCTTGCGGCTAAGATGCGAACTTTGCTTGAGTTACCTAAGTCGCGAAG
CACCCTTGCACCAACTTCTCGGACTTAGCTGGTTTTGCCTAAA
桂平大蕉(333bp)
CTTAGGCAAAACCAGCTAAGTCCGTGACAGAGTGGCCGATAGCACTGTGCCACCTGGG
GGGTTCCAGGGTGCTGAGATGGCTGACATTTCGCTCTACTCACCACGGTCACCGCAGT
ATGCAAAAAGGGCCCAAAAATGGGCCAAAACAACCCAAAAAGCTGGCCAAAATTGGT
TATTTTTGTCTGTGCGAGCGAGCAGCGAACTGTCACGACTTAGCTGGAATTGTTTAAGT
CGTGAGGCACCCTTGCGGCTAAGATGCGAACTTTGCTTGAGTTACCTAAGTCGCGAAG
CACCCTTGCACCAACTTCTCGGACTTAGCTGGTTTTGCCTAAA
防城大蕉(333bp)
CTTAGGCAAAACCAGCTAAGTCCGTGACAGAGTGGCCGATAGCACTGTGCCACCTGGG
GGGTTCCAGGGTGCTGAGATGGCTGACATTTCGCTCTACTCACCACGGTCACCGCAGT
ATGCAAAAAGGGCCCAAAAATGGGCCAAAACAACCCAAAAAGCTGGCCAAAATTGGT
TATTTTTGTCTGTGCGAGCGAGCAGCGAACTGTCACGACTTAGCTGGAATTGTTTAAGT
CGTGAGGCACCCTTGCGGCTAAGATGCGAACTTTGCTTGAGTTACCTAAGTCGCGAAG
CACCCTTGCACCAACTTCTCGGACTTAGCTGGTTTTGCCTAAA
BB野蕉(333bp)
CTTAGGCAAAACCAGCTAAGTCCGTGACAGAGTGGCCGATAGCACTGTGCCACCTGGG
GGGTTCCAGGGTGCTGAGATGGCTGACATTTCGCTCTACTCACCACGGTCACCGCAGT
ATGCAAAAAGGGCCCAAAAATGGGCCAAAACAACCCAAAAAGCTGGCCAAAATTGGT
TATTTTTGTCTGTGCGAGCGAGCAGCGAACTGTCACGACTTAGCTGGAATTGTTTAAGT
CGTGAGGCACCCTTGCGGCTAAGATGCGAACTTTGCTTGAGTTACCTAAGTCGCGAAG
CACCCTTGCACCAACTTCTCGGACTTAGCTGGTTTTGCCTAAA
银丰1号(333bp)
CTTAGGCAAAACCAGCTAAGTCCGTGACAGAGTGGCCGATAGCACTGTGCCACCTGGG
GGGTTCCAGGGTGCTGAGATGGCTGACATTTCGCTCTACTCACCACGGTCACCGCAGT
ATGCAAAAAGGGCCCAAAAATGGGCCAAAACAACCCAAAAAGCTGGCCAAAATTGGT
TATTTTTGTCTGTGCGAGCGAGCAGCGAACTGTCACGACTTAGCTGGAATTGTTTAAGT
CGTGAGGCACCCTTGCGGCTAAGATGCGAACTTTGCTTGAGTTACCTAAGTCGCGAAG
CACCCTTGCACCAACTTCTCGGACTTAGCTGGTTTTGCCTAAA
三、香蕉B基因组鉴定的SCAR标记的引物筛选及PCR扩增优化
将回收测序获得的东莞高把大蕉、粉杂1号、桂平大蕉、BB野蕉、防城大蕉、银丰1号的序列在聚类分析软件MAGE6.0中进行排列比对发现序列基本一致。采用Primer premier5.0设计了3对引物(表2)。
表2SCAR引物序列表
采用香蕉品种：大蜜舍、花叶蕉、农科1号、泰国贡蕉、佳丽、紫茎蕉、粉杂1号、抗病大蕉、华农中把大蕉、BB野蕉、银丰1号等11个香蕉品种进行引物筛选，其中I1/I3这对引物扩增的目的条带清晰(图2)，其中紫茎蕉、粉杂1号、抗病大蕉、华农中把大蕉、BB野蕉、银丰1号等品种扩增出了257bp的特异条带，大蜜舍、花叶蕉、农科1号、泰国贡蕉、佳丽等品种没有扩增出该特异条带，与其基因型一致，且无其他杂带，符合SCAR标记的要求，该条带位于原特异条带的第61bp-317bp。
其最优的PCR程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸30s，循环35次；72℃延伸10min。
其最优的PCR体系：20μl的反应体积含有10×buffer(含Mg2+)2ul，0.2mmol/LdNTPs(2.5nM)2ul，上下引物(10umol/L)分别1ul，DNA(50ng/L)1ul及1.25U TaqDNA聚合酶.
检测方法为：采用1.2％的琼脂糖凝胶上，110v电压电泳30分钟，在紫外灯下观察。
四、香蕉B基因组鉴定的SCAR标记的适用范围检测
选取不同基因型的香蕉：香牙蕉、贡蕉、龙牙蕉、大蕉、粉蕉、粉大蕉、野蕉、四倍体香蕉(品种见表1)，共计52个，采用I1/I3这对引物进行扩增检测，对本发明中香蕉B基因组鉴定的SCAR标记的适用范围进行检测。
从图3看，所有进行检测的12个大蕉品种，均能扩增出了257bp的特异条带，也就是均含有B基因组，符合大蕉的基因组类型。
从图4看，供试的3个粉蕉、2个粉大蕉均检测扩增出了257bp的特异条带，即含有B基因组；10个香牙蕉品种未扩增出该特异性条带，即不含有B基因组，符合粉蕉、粉大蕉、香芽蕉的基因组类型。
从图5看，供试的野蕉中BB基因型的野蕉：BB野蕉、云南那邦野蕉、五山野蕉、天宝野蕉、广西凭祥野蕉等5个品种扩增出了257bp的特异条带，也就是均含有B基因组，而AA基因型的野蕉：加纳野蕉、花叶蕉、小果野蕉、红花蕉等4个品种未扩增出特异条带，即不含有B基因组，符合其基因组类型。
从图6看，供试的7个四倍体香蕉品种中银丰1号、金手指、印尼蕉、1297、1507等5个品种扩增出了257bp的特异条带，即含有B基因组；1307、飞亚等2个品种未扩增出该特异性条带，即不含有B基因组，符合其基因组类型。
总之，本发明中的SCAR标记可以准确的鉴定出这52个香蕉品种中是否含有B基因组，检测的香蕉品种涵盖了香牙蕉、贡蕉、龙牙蕉、大蕉、粉蕉、粉大蕉、野蕉、四倍体香蕉，可见该SCAR标记的适用范围广，准确性高，且具有操作简单、快速的特点。
上述实施例，只是本发明的较佳实施例，并非用来限制本发明实施范围，故凡以本发明权利要求所述的特征及原理所做的等效变化或修饰，均应包括在本发明权利要求范围之内。

Claims (7)

1.一种香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记，其特征在于，该标记来源于IRAP标记gypsy-IRAP的333bp的特异条带，其序列特征为：
CTTAGGCAAAACCAGCTAAGTCCGTGACAGAGTGGCCGATAGCACTGTGCCACCTGGG
GGGTTCCAGGGTGCTGAGATGGCTGACATTTCGCTCTACTCACCACGGTCACCGCAGT
ATGCAAAAAGGGCCCAAAAATGGGCCAAAACAACCCAAAAAGCTGGCCAAAATTGGT
TATTTTTGTCTGTGCGAGCGAGCAGCGAACTGTCACGACTTAGCTGGAATTGTTTAAGT
CGTGAGGCACCCTTGCGGCTAAGATGCGAACTTTGCTTGAGTTACCTAAGTCGCGAAG
CACCCTTGCACCAACTTCTCGGACTTAGCTGGTTTTGCCTAAA。
2.如权利要求1所述香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记，其特征在于，片段长度为257bp，在原特异条带的第61bp-317bp。
3.如权利要求1所述香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记，其特征在于，所述香蕉为香牙蕉、大蕉、粉蕉、粉大蕉、龙牙蕉、贡蕉、四倍体香蕉和野生蕉。
4.用权利要求1-3中任意一项所述香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记鉴定香蕉B基因组的方法，其特征在于，
(1)、提取香蕉叶片DNA；
(2)、用SCAR标记的特异引物I1/I3进行PCR扩增检测；
(3)、检测：结果表现为257bp特异条带的有无；有该特异条带，则该香蕉品种中有B基因组，反之，则该香蕉品种中无B基因组。
5.如权利要求4所述香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记鉴定香蕉B基因组的方法，其特征在于，所述用SCAR标记的特异引物I1/I3序列为：
正向引物I1：5’-CTCAAGCAAAGTTCGCATCT-3’
反向引物I3：5’-TAAGTCCGTGACAGAGTGGC-3’。
6.如权利要求4所述香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记鉴定香蕉B基因组的方法，其特征在于，所述扩增方法为：
PCR程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸30s，循环35次；72℃延伸10min。
PCR体系：20μl的反应体积含有10×缓冲液2ul，0.2mmol/L dNTPs(2.5nM)2ul，上下引物(10umol/L)分别1ul，DNA(50ng/L)1ul及1.25U TaqDNA聚合酶。
7.如权利要求4所述香蕉B基因组鉴定的SCAR分子标记鉴定香蕉B基因组的方法，其特征在于，所检测方法为：采用1.2％的琼脂糖凝胶，110v电压电泳30分钟，紫外灯下观察。
CN201610508538.2A 2016-07-21 2016-07-21 一种香蕉b基因组鉴定的scar分子标记及其鉴定方法 Active CN106048032B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610508538.2A CN106048032B (zh) 2016-07-21 2016-07-21 一种香蕉b基因组鉴定的scar分子标记及其鉴定方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610508538.2A CN106048032B (zh) 2016-07-21 2016-07-21 一种香蕉b基因组鉴定的scar分子标记及其鉴定方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN106048032A true CN106048032A (zh) 2016-10-26
CN106048032B CN106048032B (zh) 2019-12-31

Family

ID=57200678

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201610508538.2A Active CN106048032B (zh) 2016-07-21 2016-07-21 一种香蕉b基因组鉴定的scar分子标记及其鉴定方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN106048032B (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107653335A (zh) * 2017-10-17 2018-02-02 东莞市香蕉蔬菜研究所 香蕉枯萎病抗性分子标记及其应用
CN110157830A (zh) * 2019-05-14 2019-08-23 广东省农业科学院果树研究所 一种香蕉a、b基因组的分型方法

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ASHALATHA S. NAIR等: "Genome classification of banana cultivars from South India using IRAP markers", 《EUPHYTICA》 *
LALRINFELA PACHUAU等: "Genome Classification of Musa cultivars from Northeast India as Revealed by ITS and IRAP Markers", 《APPL BIOCHEM BIOTECHNOL》 *
TEO,C.H.等: "AM905079.1", 《GENBANK》 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107653335A (zh) * 2017-10-17 2018-02-02 东莞市香蕉蔬菜研究所 香蕉枯萎病抗性分子标记及其应用
CN107653335B (zh) * 2017-10-17 2021-04-13 东莞市香蕉蔬菜研究所 香蕉枯萎病抗性分子标记及其应用
CN110157830A (zh) * 2019-05-14 2019-08-23 广东省农业科学院果树研究所 一种香蕉a、b基因组的分型方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN106048032B (zh) 2019-12-31

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN107475426B (zh) 一种鉴别栽培稻品种籼粳稻类型的分子标记及应用
CN105368935B (zh) 用于辣椒品种汇丰2号种子纯度鉴定的ssr引物组及方法
CN110305978A (zh) 一种与辣椒果实朝向紧密关联的snp位点及其通用性分子标记、获取方法和应用
CN108660246A (zh) 一组马家柚InDel分子标记及其在柑橘品种种苗早期区分粗皮马家柚中的应用
CN106701926A (zh) 茄子果色上位性基因D的定位及其InDel分子标记开发与应用
CN104313155B (zh) 一种托桂型菊花花器性状关联分子标记筛选方法及应用
CN105734124B (zh) 基于ssr标记和毛细管电泳的棉花种质遗传鉴定方法
CN113637794A (zh) 一种果桑新品种‘粤椹201’的ssr分子标记及其核心引物组、试剂盒和应用
CN105803094B (zh) 一种鉴定或辅助鉴定马铃薯熟性的scar标记及其应用
CN102154277A (zh) 芸薹属核心ssr引物组合
CN106978504A (zh) 一种菠菜ssr标记的制备方法及应用
CN106048032A (zh) 一种香蕉b基因组鉴定的scar分子标记及其鉴定方法
Zeinali et al. Molecular andmorphological diversity amonggrapevine (vitis vinifera L.) cultivars in Iran.
CN104651497B (zh) 与白菜黄色种皮基因Brsc‑ye连锁的SSR分子标记引物及应用
CN112725521B (zh) 一种鼓槌石斛ssr分子标记引物组合物及其应用
CN108239675A (zh) 一种用于鉴定甜瓜单性花的分子标记物TJcM02及其应用
CN108531636A (zh) 一种用于鉴定甜瓜单性花的分子标记物TJcM01及其应用
Kumar et al. Genetic diversity analysis of chrysanthemum (Chrysanthemum grandiflorum) cultivars using RAPD markers
CN106755288B (zh) 荷花品种摄山丹叶的分子鉴定方法
Santoso et al. Phylogeny of Indonesian durian (Durio sp.) germplasm based on polymorphism of ITS-nrDNA sequences
Rinehart et al. SSRs are useful to assess genetic diversity among Lagerstroemia species
TWI495728B (zh) 鑑定薊馬之檢驗套組及其方法
CN114438253B (zh) 用于鉴别马哇椰子的InDel标记及其应用
Hagerty et al. Occurrence of Mummy Berry Associated with Huckleberry (Vaccinium membranaceum) Caused by Monilinia spp. in Oregon
CN114634991B (zh) 一组用于鉴别高种椰子的InDel标记及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant