CN116024388A - 鸡传染性支气管炎病毒gvi-1基因型rt-pcr检测试剂盒及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种鸡传染性支气管炎病毒GVI‑1基因型RT‑PCR检测试剂盒及其应用。本发明针对鸡传染性支气管炎病毒GVI‑1基因型保守区域设计了一对特异性引物,还建立了含有该引物组的试剂盒。研究发现,使用本发明的引物进行RT‑PCR检测,仅GVI‑1基因型IBV毒株在目标位置出现特异性扩增条带,而阴性对照和其它基因型毒株未出现目的条带。通过紫外分光光度计测量提取的IBV核酸浓度(8.7μg/ml),然后将IBV核酸进行10倍倍比稀释,用建立的RT‑PCR方法进行检测,验证该方法的敏感性。通过结果分析,该方法的最低检出限为106稀释核酸样品,即最低检出核酸浓度为8.7pg/ml。本发明的提出为GVI‑1基因型IBV流行病学监测和临床分离株的快速分型提供了有效的技术手段。
Description
技术领域
本发明涉及一种用于检测鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型RT-PCR检测试剂盒及其应用。本发明属于生物检测技术领域。
背景技术
鸡传染性支气管炎(Avian infectious bronchitis),二类传染病,是由传染性支气管炎病毒引起的鸡的一种急性高度接触性呼吸道传染病。其临诊特征是呼吸困难、发出罗音、咳嗽、张口呼吸、打喷嚏。产蛋鸡感染通常变现产蛋量降低,蛋的品质下降。本病广泛流行于世界各地,是养鸡业的重要疫病。传染性支气管炎病毒(Infectious BronchitisVirus,IBV)是一种以侵害鸡呼吸、泌尿和生殖系统的γ冠状病毒,该病毒在世界范围广泛流行,给养殖业带来严重经济损失。
IBV极易发生遗传变异,不断出现的血清型和基因型使得检测和预防变得日益复杂。基因分型是IBV毒株最常用的分类方法,确定野毒株的基因型对IBV的流行病学监测至关重要。目前对分离株进行基因分型需要首先克隆S1基因并进行测序,然后通过基因序列比对和遗传进化分析确定对应的基因型,操作繁琐且周期较长。
发明内容
本发明的目的是建立1种可特异性检测鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型的RT-PCR检测试剂盒及其应用。
为了达到上述目的,本发明采用了以下技术手段:
本发明的一种鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型RT-PCR检测引物组,所述的引物组由上游引物和下游引物组成,所述的上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示,所述的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
进一步的,本发明还提出了所述的引物组在制备鉴别或检测鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型试剂中的用途。
再进一步的,本发明还提出了一种鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型RT-PCR检测试剂盒,所述的试剂盒中含有权利要求1所述的鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型RT-PCR检测引物组。
其中,优选的,所述的试剂盒中还含有RNase-Free ddH2O、2×One Step Mix以及One Step Enzyme Mix。
其中,优选的,所述的试剂盒用于鉴别或检测鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型时,每个样品测试反应体系配制如下:
其中,优选的,所述的试剂盒用于鉴别或检测鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型时,RT-PCR检测循环条件设置为:
第一阶段,反转录42℃30min;
第二阶段,预变性95℃5min;
第三阶段,94℃/30s,51℃/30s,72℃/30s,35个循环;
第四阶段,72℃10min
第五阶段,4℃保存。
其中,优选的,所述的模板RNA最低检出核酸浓度为8.7pg/ml。
更进一步的,本发明还提出了所述的试剂盒在制备鉴别或检测鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型试剂中的用途。
相较于现有技术,本发明的有益效果是:
本发明针对鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型保守区域设计了一对特异性引物,还建立了含有该引物组的试剂盒。研究发现,使用本发明的引物进行RT-PCR检测,仅GVI-1基因型IBV毒株在目标位置出现特异性扩增条带,而阴性对照和其它基因型毒株未出现目的条带。通过紫外分光光度计测量提取的IBV核酸浓度(8.7μg/ml),然后将IBV核酸进行10倍倍比稀释,稀释度分别为101~108,用建立的RT-PCR方法进行检测,验证该方法的敏感性。通过结果分析,该方法的最低检出限为106稀释核酸样品,即最低检出核酸浓度为8.7pg/ml。本发明的提出为GVI-1基因型IBV流行病学监测和临床分离株的快速分型提供了有效的技术手段。
附图说明
图1为鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型检测电泳图;
其中,M、DL DNAMarker 2000;1、阳性对照;2、阴性对照;3、样品1;4、样品2;
图2为本发明试剂盒的特异性检测结果;
其中,M、DLDNADNAMarker 2000;1、GVI阳性对照;2、阴性对照;3、GVI-1样品;4、GI-1样品;5、GI-7样品;6、GI-13样品;7、GI-19样品;8、GI-28样品;
图3为本发明试剂盒的敏感性检测结果。
其中,M、DL DNAMarker 2000;1、阳性对照;2、阴性对照;3、IBV-VI核酸10倍稀释;4、IBV-VIM 2100倍稀释;5、IBVVI核酸1000倍稀释;6.IBV-VI核酸10000倍稀释;7、IBV-VI核酸100000倍稀释;8、IBV-VI核酸1000000倍稀释;9、IBV-VI核酸10000000倍稀释;10、IBV-VI核酸100000000倍稀释。
具体实施方式
下面结合具体实施例来进一步描述本发明,本发明的优点和特点将会随着描述而更为清楚。但实施例仅是范例性的,并不对本发明的范围构成任何限制。本领域技术人员应该理解的是,在不偏离本发明的精神和范围下可以对本发明技术方案的细节和形式进行修改或替换,但这些修改和替换均落入本发明的保护范围内。
实施例1鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型RT-PCR检测方法的建立
1材料和方法
1.1样品
1.1.1样品采集
活禽取咽喉拭子和泄殖腔拭子;肌肉或组织脏器等待检样品装入一次性塑料袋或其他灭菌容器;血清、血浆用无菌注射器直接吸取至无菌离心管中。
1.1.2样品贮运
样品采集后,放入密闭的塑料袋内(一个采样点的样品,放一个塑料袋),于保温箱中加冰、密封,送实验室。
1.1.3样品制备
1.1.3.1咽喉、泄殖腔拭子
样品在混匀器上充分混合后,用高压灭菌镊子将拭子中的液体挤出,室温放置30min,取上清液转入无菌的2ml离心管中,编号备用。
1.1.3.2肌肉或组织脏器
用无菌的剪刀、镊子取待检样品2.0g于研钵中充分研磨,加10ml PBS混匀,3000r/min离心10min,取上清液转入2ml离心管中,编号备用。
1.1.4样品存放
制备的样本在2℃~8℃条件下保存应不超过24h,若需长期保存应置-70℃以下,但应避免反复冻融(冻融不超过三次)。
1.2试剂
One Step RT-PCRKit购买自南京诺唯赞生物科技有限公司,病毒基因组DNA/RNA提取试剂盒购买自天根生化科技(北京)有限公司,其他试剂购买自湖南艾科瑞生物工程有限公司。针对鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型保守区域设计一对特异性引物,由尚亚生物公司合成,上游引物IBV-Ⅵ-175-F:5’-GGCAGTTGCGATTACTACAC-3’(SEQID NO.1所示),下游引物IBV-Ⅵ-175-R:5’-CACAATACGAATGTCACCCT-3’(SEQ ID NO.2所示),扩增片段长度为175bp。
1.3操作方法
1.3.1核酸提取
参照病毒基因组DNA/RNA提取试剂盒操作步骤进行RNA提取。
1.3.2RT-PCR检测
1.3.2.1扩增试剂准备
根据样本数量从One Step RT-PCR Kit试剂盒中取出相应的RNase-Free ddH2O、2×One Step Mix、上游引物、下游引物,在室温下融化后,2000r/min离心5s,取出One Step Enzyme Mix放置于冰盒上。设所需RT-PCR检测总数为n,其中n为被检样品、阳性对照与阴性对照的和,每个样品测试反应体系配制见下表1:
表1反应体系配制
反应成分 | 体积 |
RNase-FreedH2O | 13.5μL |
2×OneStepMix | 25μL |
IBV-Ⅵ-175-F | 2μL |
IBV-Ⅵ-175-R | 2μL |
OneStepEnzymeMix | 2.5μL |
Total | 45μL |
上述的Premix充分混合均匀,向每个RT-PCR管中各分装45μL,转移至样本处理区。
1.3.2.2加样
在各设定的PCR管中分别加入1.3.1中制备的RNA溶液各5μL,盖紧管盖,500r/min离心30s。
1.3.2.3RT-PCR检测
将1.3.2.2中离心后的PCR管放入PCR检测仪内,记录样本摆放顺序。
循环条件设置:
第一阶段,反转录42℃30min;
第二阶段,预变性95℃5min;
第三阶段,94℃/30s,51℃/30s,72℃/30s,35个循环;
第四阶段,72℃10min
第五阶段,4℃保存。
2结果分析及判定
2.1RT-PCR产物分析
将RT-PCR产物于1%琼脂糖凝胶中进行电泳。电泳仪参数设置为160V、50mA、30min,与DL DNAMarker 2000比较,在凝胶成像系统下观察结果并记录。阴性对照无电泳条带,阳性对照在目的片段175bp处有明显的电泳条带。以上两条应同时满足,否则此次实验视为无效。在目的片段处无电泳条带,表示样品中无鸡传染性支气管炎病毒基因Ⅵ型核酸。在目的片段175bp处有明显的电泳条带,表示样品中存在鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型核酸(图1)。
2.2特异性结果
提取不同基因型(GVI-1/GI-1/GI-7/GI-13/GI-19/GI-28)IBV毒株鸡胚尿囊液中的RNA,以其反转录获得的cDNA为模板进行PCR检测。结果显示,仅GVI-1基因型IBV毒株在目标位置出现特异性扩增条带,而阴性对照和其它基因型毒株未出现目的条带(图2)。
2.3敏感性结果
通过紫外分光光度计测量提取的IBV核酸浓度(8.7μg/ml),然后将IBV核酸进行10倍倍比稀释,稀释度分别为101~108,用建立的RT-PCR方法进行检测,验证该方法的敏感性(图3)。通过结果分析,该方法的最低检出限为106稀释核酸样品,即最低检出核酸浓度为8.7pg/ml。
Claims (8)
1.一种鸡传染性支气管炎病毒(InfectiousBronchitisVirus,IBV)GVI-1基因型RT-PCR检测引物组,其特征在于,所述的引物组由上游引物和下游引物组成,所述的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
2.权利要求1所述的引物组在制备鉴别或检测鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型试剂中的用途。
3.一种鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型RT-PCR检测试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒中含有权利要求1所述的鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型RT-PCR检测引物组。
4.如权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒中还含有RNase-FreeddH2O、2×OneStepMix以及OneStepEnzymeMix。
6.如权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒用于鉴别或检测鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型时,RT-PCR检测循环条件设置为:
第一阶段,反转录42℃30min;
第二阶段,预变性95℃5min;
第三阶段,94℃/30s,51℃/30s,72℃/30s,35个循环;
第四阶段,72℃10min
第五阶段,4℃保存。
7.如权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,所述的模板RNA最低检出核酸浓度为8.7pg/ml。
8.权利要求3-7任一项所述的试剂盒在制备鉴别或检测鸡传染性支气管炎病毒GVI-1基因型试剂中的用途。
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