CN115873976B - 鉴定糜子株高性状的分子标记及应用 - Google Patents

Abstract

本发明提供鉴定糜子株高性状的分子标记及应用，属于分子生物学技术领域。所述分子标记位于longmi011496基因的启动子区，在longmi011496基因起始密码子上游的1631bp处存在插入/缺失多态性；包含所述分子标记的基因片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示；用于扩增该分子标记的引物对核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑2所示。利用本发明的GSA3.615标记能够准确鉴定出糜子极度矮化、中度矮化和高秆等多种株高性状，对于快速鉴定矮化种质材料有着重要的意义。

Description

鉴定糜子株高性状的分子标记及应用

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，特别是涉及鉴定糜子株高性状的分子标记及应用。

背景技术

糜子是一种异源四倍体作物，具有抗旱耐瘠薄、营养丰富、水分利用效率高等特点，是我国北方干旱半干旱地区的特色作物之一。现代栽培中普遍表现出高株高、大穗型、长节间、灌浆后易倒伏的特征。糜子灌浆后，因株高过高产生的倒伏，很难通过后期生长恢复直立特征，甚至穗部着地部分因通风、光照不充分出现发霉、发芽现象，极大的影响糜子的籽粒产量与品质。

通过分子生物学技术手段早期鉴定或培育矮化抗倒伏品种是禾本科作物育种的研究热点。现有技术中对于小麦和水稻，通过降低其株高，培育矮化品种，增强其抗倒伏能力，提高收获指数等方法，实现了“绿色革命”，且已经鉴定出调控株高的矮化基因sd1，d35和ddf1，极大地促进了水稻和小麦株型的矮化育种。而在糜子中，目前尚没有鉴定出调控其株高的主效QTL/QTG，因此，通过正向遗传学手段，定位糜子株高QTL，挖掘矮秆调控基因，开发分子标记，对于快速鉴定矮化种质材料有着重要的意义。

发明内容

本发明的目的是提供鉴定糜子株高性状的分子标记及应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明采用正向遗传学手段，鉴定出一个可用于糜子株高分子辅助选择的理想标记，对于快速鉴定矮化种质材料有着重要的意义。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供用于鉴定糜子株高性状的分子标记GSA 3.615，所述分子标记位于如SEQ ID NO.9所示的基因longmi011496起始密码子上游的1631bp处，存在插入/缺失多态性。

本发明还提供一种扩增所述分子标记的引物对，包括如SEQ ID NO.1所示的正向引物和如SEQ ID NO.2所示的反向引物。

本发明还提供一种包括所述引物对的试剂盒。

本发明还提供一种鉴定糜子株高性状的方法，包括以下步骤：

(1)以待测糜子基因组DNA为模板，利用所述的引物对或所述的试剂盒扩增包括所述分子标记GSA3.615的基因片段；

(2)收集扩增产物，对所述扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，若电泳条带中出现398bp的条带或366bp的条带，则为极度矮化性状；若电泳条带中出现301bp的条带，则为中度矮化性状；若电泳条带中出现227bp的条带，则为高秆性状。

进一步地，在步骤(1)中，所述扩增为PCR扩增。

进一步地，所述PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30Sec，55℃退火30Sec，72℃延伸1min，共35个循环；72℃延伸10min。

进一步地，所述PCR扩增的反应体系为：1μL 10×Buffer，0.2μL 2mmol/L dNTP，1.5μL 25mmol/LMgCl₂，正向引物和反向引物各0.5μL，0.1μL Taq DNA聚合酶，1μL DNA模板，双蒸水加至10μL。

本发明还提供一种所述的引物对或所述的试剂盒在分子标记辅助糜子育种中的应用。

进一步地，所述应用包括鉴定糜子的株高性状。

本发明公开了以下技术效果：

糜子遗传育种中，后代材料的鉴定筛选，多数依据表型特征。在株高遗传育种中，同样是依据株高表型变化鉴定高、矮秆材料，目前没有用分子标记来辅助选择矮化种质的案例。本发明采用正向遗传学手段，鉴定到一个调控糜子株高的主效QTL，并通过开发标记进一步精细定位QTL-PH1.1，将区间缩小到109kb内，且通过512份自然群体验证了其实用性，鉴定出一个可用于糜子株高分子辅助选择的理想标记，且该标记位于目的基因longmi011496启动子区，在起始密码子上游1631bp处存在插入/缺失多态性，是一个保守的插入/缺失片段，与株高QTL-PH1.1紧密连锁，克服了QTL定位通常出现的标记较目的基因物理距离远，不稳定性的问题。

利用本发明的GSA3.615标记能够准确鉴定出糜子极度矮化、中度矮化和高秆等多种株高性状，对于快速鉴定矮化种质材料有着重要的意义。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1为512份糜子种质资源中部分资源GSA3.615标记扩增产物凝胶电泳图，其中M为Maker，泳道1-42分别为部分种质资源样品，蓝、红、绿、黑、白箭头分别指示的BB、CC、EE、DD、dd基因型条带；

图2为选取箭头标记的5份典型种质资源样品进行验证的扩增产物凝胶电泳图，其中M为Maker，泳道1-5分别为图2中箭头标记的种质资源样品，蓝、红、绿、黑、白箭头分别指示的BB、CC、EE、DD、dd基因型条带；

图3为GSA3.506、GSA3.561、GSA3.614和GSA3.615标记鉴定512份糜子种质资源株高方差分析结果，其中a-d依次为GSA3.506、GSA3.561、GSA3.614和GSA3.615标记在2020年512份糜子种质资源中株高表型与基因型方差分析结果箱型图，e-h依次为GSA3.506、GSA3.561、GSA3.614和GSA3.615标记在2021年512份糜子种质资源中株高表型与基因型方差分析结果箱型图。

具体实施方式

现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。

应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。

除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。

在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见的。本申请说明书和实施例仅是示例性的。

关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。

实施例1Indel分子标记的筛选

本发明以高秆品种陇糜12号(甘肃省农业科学院作物研究所杂粮研究室育成的自育品种)和矮秆品种778(引自张家口市农业科学院)构建F₂群体，选取株高高于160cm的50个家系、低于100cm的50个家系分别构建高、矮秆混池，采用BSA-seq，计算ΔSNP-Index，分析株高关联位点，在糜子第1染色体1259618bp—6443508bp鉴定到株高QTL-PH1.1位点。在该区间内进一步开发出28个共显性InDel标记，利用939个F₂家系基因型和F₂、F_2:3家系表型精细定位QTL-PH1.1，F₂代LOD值为87.13，加性效应为16.68cm，F_2:3代LOD值为115.3，加性效应为14.59cm，表明QTL-PH1.1是一个株高主效位点，区间缩小到109478bp范围内(3506246bp-3615724bp)，该物理区间内包含4个InDel标记，分别为GSA3.506、GSA3.561、GSA3.614和GSA3.615，其中GSA3.615位于基因longmi011496(糜子基因组注释文件从http://bigd.big.ac.cn/gwh网址下载，注册号GWHAAEZ00000000，其中基因longmi011496的注册号为GWHGAAEZ001315)启动子区，在糜子基因组的第1染色体3615611bp处存在插入/缺失多态性，与株高QTL-PH1.1紧密连锁。

实施例2Indel分子标记在鉴定糜子株高中的实用性

为验证4个标记在鉴定糜子株高中的实用性，利用收集于国内外的512份糜子种质资源(引自中国农业科学院国家作物种质资源库)，获得其基因型和表型，进行方差分析。

1.样本选择

对收集与国内外的512份糜子种质资源，2021年采集孕穗期倒2叶叶片，带回实验室，-80℃环境保存，待DNA提取。

2.糜子种质DNA提取

分别准备两套2mL和1.5mL离心管，编号待用；分别取不同种质样本的新鲜叶片1g放入加入5mm钢珠的2mL离心管中，液氮速冻，用样品组组织研磨仪打磨成粉状，加入300μL5mol/L醋酸甲溶液和700μL的裂解缓冲液(65℃预热)，快速混匀，醋酸甲溶液和裂解缓冲液的配制方法如表1-2所示。

表15mol/L醋酸钾溶液配置

表2裂解缓冲液配置

将混匀后的离心管放入65℃水浴锅中，不断颠倒混匀，水浴40-60分钟；冰浴20min；冰浴后加入等体积氯仿-异戊醇混合物(氯仿：异戊醇体积比为24:1)，多次震荡使其乳化，室温静止10min；4℃，10000rpm，离心10min；取750μL上清液到对应编号的1.5mL离心管中，加入等体积-20℃预冷的异丙醇，轻轻颠倒数次，10000rpm，离心1min，使其DNA沉淀到管底；倒掉离心管中液体，加入500μL体积浓度为75％的乙醇溶液，漂洗2次，加无水乙醇漂洗1次，将白色DNA于管内自然风干；风干后向管内加入200μLTE溶液，并放入-20℃冰箱待用。

3.PCR扩增目的片段

分别设计GSA3.506、GSA3.561、GSA3.614和GSA3.615标记序列的扩增引物，分别对4个标记所在序列片段进行PCR扩增反应，具体引物序列见表3，反应体系见表4，选用96空PCR板，配置PCR反应体系，在热循环仪上进行PCR扩增反应，反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30Sec，55℃退火30Sec，72℃延伸1min，共35个循环；72℃延伸10min。

表3 4个分子标记的引物序列

表4PCR反应体系

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GSA3.615标记所在的基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示。

SEQ ID NO.9(GSA3.615标记所在核苷酸序列：下列序列以正义链基因组序列为准，基因longmi011496为反义链注释基因，因此CTA为终止密码子位置，CAT为起始密码子位置(字体加粗)，下划线序列为GSA3.615引物序列所在位置，斜体波浪线位置为碱基插入/缺失位置)：

CTAACTGGACAGTAGCTCAAGAACCAGCTCGTCCAAAAGATCATCTTTTATCATTTTCTCAATATCCCTTCCTGCCCTGTCGATGCAATCTGCTAAATCTAGCCACTTCTGATCAAATCCTTTCTTCTCAGGCTTAGTCTCACTTGGTGCAAGTTCTTCCTGTCTCTGAGCTAAGACCTGCAGGACTTTTTCCAACAGACCCTCTGAGCCCCATAGTGGAGCCAAGTTCCTCGCAGTATTCACCCAAGGTTGCATGCTCAAGCCTGGCGCAAGGATTTGTGACAATACTGTGTTGACCATATCGAATAAAAGCTTCCTCTCTGATCTTGACCAATTAACAACTTTAGTGTACTTGTTTTCCAGCTTCTCAAACACATCATAGCCGGCAGGGCAGTCGAGTGACTGGCACACCTTGTAAAGTTGATCCTCCACAGTCCCGTGAATGCCAGAAGCAATCAGTATATCGAGCAAGTAAGAAAAATCCCTTTCCTCTTCATCTTCAAAATCTCCAAGAATATCTTCAACCAGCTGCATGGCTACGTCATTGCTCGACTCCACTTCAGAGGATAAATAGTCACTAGTTCTGCCAATGCTACTCGCCTCCTCTGCAGCAGTCTCTGTTGGTGCAAATGTGCCAAGTTCAAGTCTCAGTTGGAGATCTAAATGAATAAGACCAGAAAATTAACAATAATTAACACAAGATAAAAAATATAAGAAAGCCCTAACAGCCACATAAAATGTTTGAAGGCATAAGCACTAACCATATAGATCTGCAGGCTCTCGCCTGATGTTTTCAGAATCAGAGCAATCCTCAGGTGGAGGTTCAAGAACAGATATTGGGCTAGCCTGACCTAATTCTTTGCGGTAGATGACAGATGTAGAGTCTAGGCGTGCAGCATGAGGACAGTATACCTGTCAAAGGATAGCATGACATCAACCTTCTTATCATGCCGAGGGAAAGCAAAACTAAGGATGCACGTCAATCTTTCGTACTTTAGTACATTAATAATGATACTTAAATCTGGTTCGGTTAACCTCAGTTTTTTTTTGTTGAAAAAGAAAAGAAATCATGCAAATAAAAATCCTATTGGTGCTTCTTATTCTTCAAACTCAAGAAACATACAAGCATAGAAAATTCGAAACTGCATATCAAGAGATCAGTAATGATAGATCTCAGTACATACCTTTTTGAAGGTCATCTTCCATTGGTCATTAGCTACAACACCCAGAGATGATAAGTTGGAGCTATCACTAGTGTCACTTGAAGATGATACCTGCAAATCGTCAATGCTGTCACCTGAGGAAAAGCATACTATCTTCTCAGATTCACTGTATGCAGGACTCCATAATTCTTCAGTTTCTTTTTGATCGAGTAGATCTGAACAGCACAATTGCTTTTCTCGAACTAATGCATTATTTAACAAAACCTGTGAATGTCTTCCCAATGATGAATCAAGCTGGTCATGGAATTTCTCTGTATTAAGCAGGTCGTTTGCTCCTCTAGAATTCACAATTTTGTGTCTTCGATTCAAAGCACTGATACGGTTTTGGTTCTGATGATTACCGCCATACCGTGGTTGACGTAGCAATGACATTTTCTCAGAAAGGGAACTGTTTGCACTGGTTAAACCCATCTTAGTAGAAGCTGACCTTTCAGCACTTCTGACCAGTTGATTACTGAAATCACTCATATCACCGCAACTCTTTACAGTTGGAGGATTCTTCAAACTGCTGCTGGGATTGTTGAGACAATATTTATGCCGAATGGGCAATCTTGAAACCATACTGCCCACATGACACAATTCTATATTGCTGGCTGTTTTATTCTCTCTTGGCCGTGGAATAGAAGCTTTCTGCGAATCTACAATAACTGCACCTGCAGCATCAAAACCATCCAATTCTGCCATCACCGAGGGTTGCATGTGGCTGGTTTCTGTAACATTTTTCTCTGACCGAAGACATCTTCTAGAACCTCCATAGGAGCTCTTGTGCTTGAATTCCCCAATGTCCGAAGAAAGCTGAATAAACACAATTTTGTGAGCACGGTAATCCGAGTTAATTGTTGATAAATCGGTACCGAGCATTCAAACAGCTTACATGATCTGTGGATCCACTGCTATATCTGAAATCTGATAATACACCATGAACGCGCCGTTGCTTGTCCACATGATCAAACCCTGAGCAAAGTCAGAAGGAGAACAAGAACGGGTCAACTCTAAATGATTCAGATTTTTACCTTAAAATTGCACGATAAGAATCATTCAAACATGTTACGTGACAGGCCACGTTGATAAAAAAACCCGACAAGAATACAGTGTTGCAGCTCGTTGTCCCTAAAGGAAAGAACTAAGAAATAGACGAATCACATGGTACGACAAAATTTTCCGGTCAAATTGTGCTGTTTGATTTGCTTTTTTTTCCCGTGAGTTTATGCCCTATTTGTGCTCCCCAGGCAAACACAAAAGCATCGGGAAAATGGAAAATAAATGGTAAGATGATCCGTTGGATTGCTTTAAAAAAAAGATGCTCCGTTGGACGACTTTTAGGCTTTTAGCGAGATCTTCACCAAATTTCTGTTTGGTCGGAGCAACGCACAAGCAAGTAACCCAACGGCGCAAGCAAATTAGGCAACCCCCTCGCTTCCGCGCTTAGGACACGCTAACACTGCTGGAAGGATGACGGAGGAAGCAAAGGAAGCAGCACTACCTAGCATGCGAAATCAACCAGAAACGACGATCACATGCGACCCCAAACCGTTCGAATTCAATTGCATAAGCAAGCCAAAAACGCCGCAGAGATTCATATCGGGGAGCAACGGGCTTTCTTACCTTCCGCCACCCGCGGCGGCGCCGTGCTCGCCCCGCCCGCCGGCGCCGCGACCGTCCGCCTGACGACCCCGGCTCCCCCTCCCGTCCGGCACGACCGCCGCGCCCACCTCCGCCGCCCGCCCGCGTCGCTCGGCCCGCCCATCCACGCCCCGGCAGGCAGCGCCCAAGTCAACCCGACGACACAGCCCCCCTTGATCTGGCGCGCGGGGACGCGACGCCTATTTGAGGGAGCCCCCGCCGCGGGGAGATAGGAGGAGGGGTCAGGGGAGGGCTGGATTTCCGGGGAGCGTCGCGTCTCCTCGGGCGGGCGGGCCGCGCGGGGAAGGGAAGGGCAAGTCCGGCTCCGGCGGGGCGCGTTCGGTGGCGGCGCCTGCGCGGCAGCGGTTGGCTGGCGCCCCGCCCCCCGCCTTTTCAGGTGGGTGCCTGCCCAGTGGACTCGCCCCCGTCCCGTGGAGCCTTTTGCCCTTGGGCGCTGGGCGCTTCCGTTCCCTTGCCTTCCTGGAATATTTTGTCCCTCCCGCGCCTTGGCGGCAGTGATCGGAAATTTTTGTCTTGCTTGTTACGGAGACTGTCTCGTCTCGGCTGCTTTGGGGCACTGGGAAGGTTTGACTGGCCTAAACCGCCGACCCGGCGGTGCTTATTGTGGTGATCCGTGGTTAGGCGGCTAGCTAACTCGTGCGGACTTGATGACGGGGCGTTTTCCGATTGAGCTTGGTGATGCCGTGCACGGATCAGAGCGTGTGCGATTTGCAGACGTGAGGGGTAATCAAATCGGACCAAAAAATGTTGGATGGGTCCGGGGCTTGCTCGAGTGAAAGCAGCCTTGCGAATAAGAAAACCCGTGCGGGGTCGTCGCGGAAGGCGGTAGGAAAGTTAGGCTACGTGCAGCGGTTCGCTGGAACGGTTTTTTACTCCTGTATGCACTGCAGCGGTTTTCTCCAA

ACGGTCCTCTATTGTGCATGGAGCTCCCGTCTTCCCCCAAATCTGGGGGGTGCCTCGACGTCCGCCAAGTCCTTGCGAGGTGCCTCCTCGCGGCTCCTCACGGTGTGGCCGGCAGCGGCGGCTTCGCCTCCACCCCCTGCTCAGCCGCCTCTTCGTTGGTCCACGCGGCGTCTTCTCCTCCGTCCCTGGAATGGTTATACGAGAGTACATAAGCACTGGTACATAAACAATTTCAAATTAAATTGCACAAATATGGGGCTCGGTGCATCAAATGCAGTAAGCAACGATCTCAATAAGCATTACATGAATACTAATAGTGACCATAGTGATAAAATCAAAGAACGAAGATGAATTAGATGTAAAAGATAATAAATTTTTGCAAAAGAACAGAGGAGCGACTTGTTCGCAGCTCGTCGGCGTTCTTGGCCAAGCAGCAGCTTGCACAGCACCACCCGGCCTTCTTGGCGGCATCGAACGTCTCGCCCTTCTCGTCGGCGAGGCCGGGGCGGGGCTGGGCGCGGGGCACGTGTAATACCACTCTAGTCCACTCATCTGTCATCTCCACTCCACTCGTCCTCCTCCTGCGCTGCTTCCCGTAATACCACCGCGCGGTGGACGCCGTGATGTTATTCCCGCGTGTAATATTTGACGGCTGCGAACGAGCTTCTAGCTCGGTGGTAGGACTGCTCAGTGGAGCGCTACCCACCACGGTTCGAGCCCTCGCGCTGGCCAGAAATTCCCCCCCTCCCCCCGGGTTTATCCGCGTGTTTCTTCATCCGCTCCACTTTAAAGCACAAGTTTAAGGGTCCAGTCTCACGTGGTGACGCAGTATAATACCTTCGGGGAAGATTTACGATTCGGTCGAGC。

4.PCR产物聚丙烯酰胺凝胶电泳

4.1电泳采用北京六一厂生产的DYY-6C型电泳仪，电泳槽用DYCZ-28A型。用8孔移液枪向PCR产物中添加2.0μL上样缓冲液(表5)，静置待用。

表5上样缓冲液配置

4.2安装电泳槽：把洗净擦拭干净的玻璃板装入胶条内，将质量浓度1％的琼脂糖凝胶加热溶解后，密封玻璃板与胶条之间的缝隙，冷却5min，双手轻轻拿起胶条和玻璃板放入玻璃槽内，螺丝均匀固定好。

4.3凝胶配置：配制质量分数30％的聚丙烯酰胺凝胶溶液(表6)，混匀后快速灌入玻璃逢中，并轻轻插入梳子，倒置电泳槽40min左右，直到胶完全凝固。

表6聚丙烯酰胺凝胶溶液配置

4.4PCR产物上样：向电泳槽倒入TBE缓冲液(表7)，轻轻拔掉梳子。用10μL移液枪吸取步骤4.1中的加入上样缓冲液的PCR产物2μL小心加入梳子孔内。

表7TBE缓冲液配制

4.5电泳：350V电压电泳40min左右，待溴酚蓝距离电泳槽底部1cm时终止电泳。

4.6银染：将凝胶从电泳槽和玻璃板中取出，倒入适量500ml银染液(表8)，置于摇床上轻轻摇动10min。

表8银染液配制

4.7漂洗：弃银染液，倒入适量去离子水，轻轻晃动数次，确保其漂洗均匀。

4.8显色：弃漂洗液，加入显色液(表9)，置摇床上轻轻摇动，直到出现清晰条带。

表9显色液配制

4.9洗胶：弃显色液，用自来水漂洗凝胶数次，使其无甲醛味。

4.10拍照：将步骤4.9的凝胶平铺于灯箱，拍照保存。

凝胶电泳结果显示，在512份糜子种质资源中GSA3.506、GSA3.561和GSA3.614标记引物扩增产物出现了2种条带，包括dd基因型和DD基因型；GSA3.615标记引物扩增产物出现了5种条带，包括BB、CC、dd、DD和EE基因型，其中EE基因型仅有一份糜子种质资源，512份糜子种质资源中部分资源GSA3.615标记扩增产物凝胶电泳图见图1，其中蓝、红、绿、黑、白箭头分别指示种质资源样品中的BB、CC、EE、DD、dd基因型条带。选取箭头标记的5份典型种质资源样品进行进一步验证，扩增产物凝胶电泳图如图2所示，由图2可知当电泳条带中出现398bp的条带或366bp的条带时，对应的基因型为BB或CC；当电泳条带中出现301bp的条带时，对应的基因型为dd；当电泳条带中出现227bp的条带时，对应的基因型为DD。

利用QTL-PH1.1区间内4个标记(GSA3.506、GSA3.561、GSA3.614和GSA3.615)鉴定512份糜子种质资源株高，方差分析结果如图3所示。由图3可知，在2020和2021年512份糜子种质资源中，GSA3.506、GSA3.561和GSA3.614标记鉴定的基因型与株高关联分析显示，除2021年GSA3.561标记鉴定的基因型与株高在统计学上无显著差异外，其它结果显示DD基因型种质材料显著高于dd基因型，属高秆糜子种质资源；GSA3.615标记鉴定的基因型与株高关联分析显示BB、CC基因型种质材料株高无显著差异，且所有种质资源属极度矮化的野生糜子类型，dd基因型种质材料株高显著的高于BB、CC基因型，属中度矮化的种质资源，DD基因型显著的高于BB、CC、dd基因型，属高秆糜子种质资源。

上述结果表明，GSA3.506、GSA3.561、GSA3.614和GSA3.615均能够显著的区分高秆糜子种质，GSA3.615能够显著的区分极度矮化、中度矮化以及高秆3种不同株高的种质，是一个能够直接应用于分子辅助选择育种的理想标记。

以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。

Claims (4)

1.一种鉴定糜子株高性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)以待测糜子基因组DNA为模板，利用引物对扩增包括分子标记GSA3.615的基因片段；所述引物对包括如SEQ ID NO.1所示的正向引物和如SEQ ID NO.2所示的反向引物；所述分子标记GSA3.615位于如SEQ ID NO.9所示的基因longmi011496起始密码子上游1631bp处，存在插入/缺失多态性；

(2)收集扩增产物，对所述扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，若电泳条带中出现398bp的条带或366bp的条带，则为极度矮化性状；若电泳条带中出现301bp的条带，则为中度矮化性状；若电泳条带中出现227bp的条带，则为高秆性状。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(1)中，所述扩增为PCR扩增。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30Sec，55℃退火30Sec，72℃延伸1min，共35个循环；72℃延伸10min。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应体系为：1μL10×Buffer，0.2μL2mmol/LdNTP，1.5μL25mmol/LMgCl₂，正向引物和反向引物各0.5μL，0.1μLTaqDNA聚合酶，1μLDNA模板和双蒸水加至10μL。

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