CN113789393B

CN113789393B - 一种与鸡屠体性状相关的分子标记及其应用

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Publication number: CN113789393B
Application number: CN202111185021.1A
Authority: CN
Inventors: 姚利君; 马荆鄂; 周敏; 朱学农; 谭玉文; 许继国; 杨艳北; 李金�; 饶友生; 文正亚; 王樟凤; 徐淘; 孙铭
Original assignee: Nanchang Normal University
Current assignee: Nanchang Normal University
Priority date: 2021-10-12
Filing date: 2021-10-12
Publication date: 2023-06-16
Anticipated expiration: 2041-10-12
Also published as: CN113789393A

Abstract

本发明公开了一种与鸡屠体性状相关的分子标记及其应用，属于基因技术领域。该分子标记核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，SEQ ID No.1所示序列的SNP位点g.762处有一个C/A的碱基突变，出现AA、AC和CC不同的基因分型。本发明还公开了检测该分子标记的引物对，包含该分子标记的试剂盒以及检测该分子标记的方法，通过该分子标记可以实现早期对地方品种种鸡进行选育，利于大大缩短育种时间，节约饲养成本，这为分子标记辅助选育工作提供理论基础和参考数据。

Description

一种与鸡屠体性状相关的分子标记及其应用

技术领域

本发明涉及基因技术领域，特别是涉及一种与鸡屠体性状相关的分子标记及其应用。

背景技术

屠宰性能是生产性能的重要指标之一，包括屠体重、半净膛重、全净膛重、背宽、单侧腿重等指标，除了饲养方式对肉鸡屠宰性能有不同程度的影响外，遗传因素也起着至关重要的作用。研究证明，生长激素(GH)基因可能调控鸡屠体性状的主效基因或与控制屠体性状的主基因连锁。筛选GH基因序列中与屠宰性状相关的多态位点作为分子育种的辅助选择标记，能够直接应用于鸡育种和生产实践中。

宁都黄鸡是江西省小型地方肉鸡品种，具有早熟脚矮、三黄、五红、体型小肉质好等特点，同时由于缺乏系统育种，目前还面临着个体生产性能层次不一，饲养效率低的问题。如果能够从宁都黄公鸡的生长发育规律及其相关基因入手，筛选屠体相关的遗传标记，可为宁都黄鸡的分子辅助选育积累理论基础，为宁都黄种公鸡的饲养管理提供数据，使得地方鸡种的选种更高效。

发明内容

本发明的目的是提供一种与鸡屠体性状相关的分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明以宁都黄鸡为材料，研究GH基因突变与生长、屠体性状的相关性，以期为宁都黄鸡的标记辅助选择提供依据。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种与鸡屠体性状相关的分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。

进一步地，SEQ ID No.1所示核苷酸序列的SNP位点g.762处有一个C/A的碱基突变，出现AA、AC和CC不同的基因分型。

进一步地，所述屠体性状包括屠体重、半净膛重、全净膛重、背宽和/或单侧腿重。

本发明还提供一种检测上述的与鸡屠体性状相关的分子标记的引物对，包括：

上游引物F：TGTTAACCGTGGGGCAGAAA；

下游引物R：TTTATGCAGGGTGGGAAGCC。

本发明还提供一种试剂盒，包括上述的引物对。

本发明还提供一种检测上述的与鸡屠体性状相关的分子标记的方法，包括以下步骤：

步骤1：提取待测鸡的基因组DNA；

步骤2：利用上述的引物对进行PCR扩增，获取扩增产物；

步骤3：将步骤2所得的扩增产物经测序后，获取分子标记的基因型；

步骤4：根据基因型分析与鸡屠体性状的相关性。

进一步地，在步骤2中，PCR扩增反应体系包括：DNA 1-2μL，2×PCR mix 7.5μL，混合引物2μL，H₂O补至15μL。

进一步地，在步骤2中，PCR扩增反应程序为：95℃3min；94℃15s，55℃15s，72℃30s，20cycles；72℃3min。

本发明还提供一种上述的分子标记、上述的引物对或上述的试剂盒在检测鸡屠体性状相关性状中的应用。

本发明还提供一种上述的分子标记、上述的引物对或上述的试剂盒在早期选育地方品种种鸡中的应用。

本发明公开了以下技术效果：

本发明公开一种与鸡屠体性状相关的分子标记，以GH基因g.762位点为分子标记，检测该位点在宁都黄公鸡中的多态性，并分析其与屠体性状的关系，通过实验发现，GH基因g.762位点等位基因A有利于鸡屠体性状发育，通过GH基因g.762基因型可实现早期选择不同屠体性状的种鸡，这为地方鸡种选育及标记辅助选择提供依据。这种选育方法相较于现在的表型数据选育，不仅成本低、操作简便，而且结果准确，并且该方法简单易行，可重复性强，在普通实验室即可进行。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1为实施例2目的位点的分型结果。

具体实施方式

现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。

应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。

除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。

在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见得的。本发明说明书和实施例仅是示例性的。

关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。

实施例1检测与鸡屠体性状相关的分子标记的方法

采用PCR方法对相应的变异位点进行分型，根据被检鸡目的位点的基因型来选择不同屠体性状的种鸡。具体步骤如下：

1.样本采集与准备

采集391只16周龄公鸡血液。

2.DNA提取

基因组DNA的抽提采用苯酚-氯仿抽提法(奥斯泊F等，1998)，具体步骤如下：

(1)取全血30μL置于1.5mL离心管，分别加入470μL 1×SET缓冲液、12.5μL20％SDS和6μL 10mg/mL蛋白酶K，混合均匀后放于55℃水浴过夜；

(2)取出样本于1.5mL离心管，加入500μL饱和苯酚，轻摇20min，10000rpm离心10min；

(3)取上清，再次加入500μL饱和苯酚，轻摇20min，10000rpm离心10min；

(4)取上清，加入500μL氯仿-异戊醇(体积比23：1)轻摇20min，10000rpm离心10min；

(5)取上清，加入1mL冰无水乙醇(-20℃)，来回摇摆以沉淀DNA，10000rpm离心10min后倒出乙醇；

(6)用1mL 75％乙醇清洗DNA一次，倒掉乙醇，置于50℃干燥箱内烘干；

(7)待DNA完全干燥后加入300μL灭菌后的双蒸水溶解，50℃水浴锅中过夜以溶解DNA；

(8)存放于-20℃冰箱中保存备用；

(9)DNA质量检测与稀释：取质量合格的DNA样品，稀释至100ng/μL，-20℃保存备用。

3.PCR扩增

将合成好的引物用1×TE溶解到浓度为10pmol，将一组中的引物加到一起，混匀，离心。

PCR扩增引物如下所示：

上游引物F(SEQ ID No.2)：TGTTAACCGTGGGGCAGAAA；

下游引物R(SEQ ID No.3)：TTTATGCAGGGTGGGAAGCC。

配制PCR体系：

将配制的PCR总管分装到200μL PCR管中，离心，每孔加入2μL DNA样品，离心，上PCR仪。

PCR扩增反应程序如下所示：

扩增序列如下所示(SEQ ID No.1)：

CACGAGCACCCCCATCCATTTTAAACAGACCCCCAGCTATATAAGGGGTGTCTCACCTGTTATCATCACCTGGATGAAAGGAGGAAACGTTCAAGCAACACCTGAGCAACTCTCCCGGCAGGAATGGCTCCAGGTACTTTGCTTTATCTCAGTTCTAATGGGTGTTCCAATGCTGCTGCATGCTTTGGGTGATGGGATACGATGGTGGGGTGTGCTGTGGTGGGCTGACACACGCAGAGCCGGCTCTGAACTAAAATGTGGCAACTTACAGATCAGTGACAAAGGATCTCCTTCCCTACAGTGCAACTTCAAACCATGAGCTGACTCAGGTAACCCTGAGC【C/A】TAACCTTGACAGGGGGCAGGAATGAGCTGCAGAATACGAAGAACAAGGCAAACCAGAGTTGTAATGGTGATTGCTATCATACGTGTTGCCAGGGATATTAAAACTCAGTTCCAAGGCTTTAAAACGGAGATCAGGATGATGTCTAATCAGACTCATAGAATGGCCCGGGTTGAAAAGCACTTCAAAGATCACCTAATTTCAACCCCTTGCACTTGTCCAAGTCCTGCAGGCTCCAGGGCATTCCTCCACTGAAGTTAAACCCTACTGAGATTAACTTTTGTAAGCGGACACTCATGTGAGCTGGATGTCGAGGGTTAATAACCTTCAGGCTTGACAGTGACCTCCAGATCCTACAGGTGTGTCCCAGAGAGCCACAGCGCAGGTAATGCAGCCACTTCTCACCCCAGTGAAGGCAGACAGTGCCATGGCAGCAGCACGGTGCAAATAGGCTCAGCTGAGCTGTTCCCAGTCCTCACCCACTGCTCTCCACCCTGTTGGCTCACGCGCCAAAGAGTGTACCGTGCTCTGCTCAGGAAGGTGAAACCTACCAAAAAACATCAAAAAACATGAGCACGTTAGGGGAAAATAAAGGGACGGACCCACATGGAGCAACATGTGGGCTTGTGTGGAGGGCTGCACTCACAGGTGGACACAACCCTGAGCCCCAGGTGCCACCAAAGGACGGGTAACCCCTCTCCTCTCCGCTCTGCTGTAGGCTCGTGGTTTTCTCCTCTCCTCATCGCTGTGGTCACGCTGGGACTGCCGCAGGAAGCTGCTGCCACCTTCCCTGCCATGCCCCTCTCCAACCTGTTTGCCAACGCTGTGCTGAGGGCTCAGCACCTCCACCTCCTGGCTGCCGAGACATATAAAGAGTTCGTAAGTGTTGGCCATCTCCTCATTAGCTTGATGCCTCCAGGACCGTGCCACGGCTTCCCACCCTGCATAAATTCCTGCAAGCAGAGACTTTTCAGCTATCGGTGCCTCCTGAGGAGGAGAAAGGGTCTTAATAGGGTAGGAGAGGTGATGACCGACCAGCCTGTCCTCCCCACAGCTCTCTGCCTCCTCCTGCAAGGAGTCACCTCCTCCTGTCCATGTGTTCTGTGCTCACCTCAACCCTTCAGTGAGAGCAATCTCTAAGACCAGTAGGTGTTGTGCCAACACGTGGGCTCTGCTTTCCCACCTGCCAGTCCTGCACAGGGATGCACATCATGTCCCACGTTTCCTTCTTGCAAAGAGCAACCTGCCGGGAAAGAGTGAGGAAAGAGTCCGTGCTCTTCTCTTATCACAC

注：“【】”内为目的位点。

测序分型

将扩增得到的PCR产物送生物公司测序，采用上游引物F进行序列测序。用DNAStar软件的SeqMan模块读取实验结果，查看目的位点基因型。

4.性状关联分析

采用SAS 9.0GLM程序进行统计分析GH基因位点g.762不同基因型与屠体性状，包括16w屠体重、16w半净膛重、16w全净膛重、16w单侧腿重、16w背宽的相关性。结果为AA基因型的屠体性状极显著高于CC型个体，具体结果如下表1所示：

表1位点C762A基因型与宁都黄公鸡屠体性状的相关性

注：表中数据1均以“最小二乘均值±标准误”表示；表中相同小写字母表示差异不显著，不同字母表示差异显著；括号内数字表示基因型的个体数；加性效应＝(CC-AA)/2；显性效应＝CA-(CC+AA)/2。

实施例2与鸡屠体性状相关的分子标记在选择不同屠体性状种鸡中的应用

通过GH基因位点g.762基因型选择不同屠体性状的种鸡。

1.样本采集与准备

(1)孵化200只宁都黄种鸡蛋；

(2)采集血液。

2.DNA提取

采用如实施例1所示的苯酚-氯仿抽提法(奥斯泊F等，1998)提取基因组DNA。

3.目的位点分型

利用实施例1所示的引物、反应体系以及反应程序进行PCR扩增，得到扩增产物。

4.测序分型

将得到的PCR扩增产物送生物公司测序，采用下游引物F进行序列测序。用DNAStar软件的SeqMan模块读取实验结果，查看目的位点基因型。

采用chromas软件查看峰图。分型结果有如图1所示的3种结果。

5.结果判定

根据分型结果，将基因型分别为AA、AC和CC个体进行标号，饲养至16周龄，测量并记录屠体性状，并进行相关性分析。屠宰性状数据如表2所示，结果表明，AA基因型个体的屠宰性状与CC基因型个体差异极显著，且AA基因型优于CC基因型，AC基因型居中，与预测结果相一致。

表2位点C762A基因型与宁都黄公鸡屠体性状的相关性

以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。

序列表

<110> 南昌师范学院

<120> 一种与鸡屠体性状相关的分子标记及其应用

<160> 3

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 1630

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<221> misc_feature

<222> (342)

<223> n=c或a

<400> 1

cacgagcacc cccatccatt ttaaacagac ccccagctat ataaggggtg tctcacctgt 60

tatcatcacc tggatgaaag gaggaaacgt tcaagcaaca cctgagcaac tctcccggca 120

ggaatggctc caggtacttt gctttatctc agttctaatg ggtgttccaa tgctgctgca 180

tgctttgggt gatgggatac gatggtgggg tgtgctgtgg tgggctgaca cacgcagagc 240

cggctctgaa ctaaaatgtg gcaacttaca gatcagtgac aaaggatctc cttccctaca 300

gtgcaacttc aaaccatgag ctgactcagg taaccctgag cntaaccttg acagggggca 360

ggaatgagct gcagaatacg aagaacaagg caaaccagag ttgtaatggt gattgctatc 420

atacgtgttg ccagggatat taaaactcag ttccaaggct ttaaaacgga gatcaggatg 480

atgtctaatc agactcatag aatggcccgg gttgaaaagc acttcaaaga tcacctaatt 540

tcaacccctt gcacttgtcc aagtcctgca ggctccaggg cattcctcca ctgaagttaa 600

accctactga gattaacttt tgtaagcgga cactcatgtg agctggatgt cgagggttaa 660

taaccttcag gcttgacagt gacctccaga tcctacaggt gtgtcccaga gagccacagc 720

gcaggtaatg cagccacttc tcaccccagt gaaggcagac agtgccatgg cagcagcacg 780

gtgcaaatag gctcagctga gctgttccca gtcctcaccc actgctctcc accctgttgg 840

ctcacgcgcc aaagagtgta ccgtgctctg ctcaggaagg tgaaacctac caaaaaacat 900

caaaaaacat gagcacgtta ggggaaaata aagggacgga cccacatgga gcaacatgtg 960

ggcttgtgtg gagggctgca ctcacaggtg gacacaaccc tgagccccag gtgccaccaa 1020

aggacgggta acccctctcc tctccgctct gctgtaggct cgtggttttc tcctctcctc 1080

atcgctgtgg tcacgctggg actgccgcag gaagctgctg ccaccttccc tgccatgccc 1140

ctctccaacc tgtttgccaa cgctgtgctg agggctcagc acctccacct cctggctgcc 1200

gagacatata aagagttcgt aagtgttggc catctcctca ttagcttgat gcctccagga 1260

ccgtgccacg gcttcccacc ctgcataaat tcctgcaagc agagactttt cagctatcgg 1320

tgcctcctga ggaggagaaa gggtcttaat agggtaggag aggtgatgac cgaccagcct 1380

gtcctcccca cagctctctg cctcctcctg caaggagtca cctcctcctg tccatgtgtt 1440

ctgtgctcac ctcaaccctt cagtgagagc aatctctaag accagtaggt gttgtgccaa 1500

cacgtgggct ctgctttccc acctgccagt cctgcacagg gatgcacatc atgtcccacg 1560

tttccttctt gcaaagagca acctgccggg aaagagtgag gaaagagtcc gtgctcttct 1620

cttatcacac 1630

<210> 2

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

tgttaaccgt ggggcagaaa 20

<210> 3

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

tttatgcagg gtgggaagcc 20

Claims

1.一种检测鸡屠体性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1：提取待测鸡的基因组DNA；其中，所述鸡为宁都黄公鸡；

步骤2：利用引物对进行PCR扩增，获取扩增产物；所述引物对包括上游引物F：TGTTAACCGTGGGGCAGAAA；下游引物R：TTTATGCAGGGTGGGAAGCC；

步骤3：将步骤2所得的扩增产物经测序后，获取分子标记的基因型；所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，在SEQ ID No.1所示序列的342bp处存在 C/A突变，出现AA、AC和CC不同的基因分型；

步骤4：根据基因型分析与鸡屠体性状的相关性，AA基因型个体的屠体性状均高于CC和AC基因型个体；

所述屠体性状包括16周龄的屠体重、半净膛重、全净膛重、背宽和/或单侧腿重。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤2中，PCR扩增反应体系包括：DNA 1-2μL，2×PCR mix 7.5μL，混合引物2μL，H₂O补至15μL。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤2中，PCR扩增反应程序为：95℃3min；94℃ 15s，55℃ 15s，72℃ 30s，20cycles；72℃ 3min。

4.一种分子标记在检测鸡屠体性状中的应用，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，在SEQ ID No.1所示序列的342bp处存在 C/A突变，出现AA、AC和CC不同的基因分型；所述屠体性状包括16周龄的屠体重、半净膛重、全净膛重、背宽和/或单侧腿重；所述鸡为宁都黄公鸡。

5.一种分子标记在早期选育地方品种种鸡中的应用，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，在SEQ ID No.1所示序列的342bp处存在 C/A突变，出现AA、AC和CC不同的基因分型，AA基因型个体的屠体性状均高于CC和AC基因型个体；所述屠体性状包括16周龄的屠体重、半净膛重、全净膛重、背宽和/或单侧腿重；所述种鸡为宁都黄公鸡。