CN113736904B

CN113736904B - 一种与天麻优形优质相关的单倍型分子标记及其应用

Info

Publication number: CN113736904B
Application number: CN202111095727.9A
Authority: CN
Inventors: 袁媛; 刘天睿; 华中一; 南铁贵; 赵玉洋; 周骏辉; 李晓琳; 黄璐琦
Original assignee: Institute of Materia Medica of CAMS
Current assignee: Institute of Materia Medica of CAMS
Priority date: 2021-09-17
Filing date: 2021-09-17
Publication date: 2023-10-27
Anticipated expiration: 2041-09-17
Also published as: CN113736904A; CN117418033A; CN117844958A; CN117418031A; CN117402995A; CN117418032A

Abstract

本发明公开了一种天麻品质相关的11个SNP位点分子标记及应用。本发明所要保护的一个技术方案是11个SNP位中的任一个或多个在鉴定或辅助鉴定天麻品质中应用。本发明所要保护的另一个技术方案是11个SNP位中的任一个或多个在天麻育种中的应用。本发明的实施例说明利用上述SNP位点可进行分子辅助育种，选育出具“酱瓜形”且具有高活性成分品种的优良天麻种质，推动促进天麻育种快速高效进行。

Description

一种与天麻优形优质相关的单倍型分子标记及其应用

技术领域

本发明涉及分子生物技术领域中一种与天麻“优形优质”相关的单倍型分子标记及其应用。

背景技术

近年来，随着中医药产业的快速发展，人民群众对“优质”中药材的需求日益增加。与此同时，中药材野生资源的日渐匮乏也对栽培中药材提出了越来越高的要求。中药材的品种选育与农作物相比，存在其特殊性；首先，评价中药材质量的一个重要指标是其临床疗效，如何在保证中药材产量的同时保证其质量，成为中药材育种过程中亟待解决的问题。其次，由于药用植物多为多年生植物，选育周期较长等，均增加了“优质”中药材的选育难度。目前，评价“优质”的主要标准是《中国药典》中指标性成分的含量，而随着道地药材研究的深入，越来越多的实验证据表明道地药材化学成分组成等表型是由其内在基因及其基因调控网络决定的，并受到生长环境、采收阶段、产地加工方式等外因的影响。道地性表型可表现为药材的“优形”和“优质”，并体现为药材使用上的“优效”，从生物学本质上来看，药材的“优形”和“优质”特征是统一的^[1]。

中药材的产量和质量主要受到种质、环境、采收时间等因素的影响，其中种质的选择是中药材选育的源头，是影响中药材品质的关键性因素。分子标记辅助育种已广泛应用于农业生产上，但在中药材培育中却应用较少。

兰科植物天麻(Gastrodia elata Bl.)的干燥块茎具有息风止痉，平抑肝阳，祛风通络的功效。主治肝风内动，惊痫抽搐，眩晕，头痛，肢体麻木，手足不遂，风湿痹痛等。如何利用分子标记辅助加快“优形优质”天麻的育种是急需解决的技术问题。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是利用分子标记辅助选育具有优形优质特征的天麻品种。

为了解决上述技术问题，本发明首先提供了应用，所述应用为如下A1-A6中的任一种或多种在鉴定或辅助鉴定天麻品质中的应用：

A1多糖含量相关的SNP位点在鉴定或辅助鉴定天麻品质中的应用，所述多糖含量相关的SNP位点为SNP1、SNP2、SNP3和SNP4这4个SNP中的4个SNP、3个SNP、2个SNP或1个SNP：

所述SNP1为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.1的第222位核苷酸，其为C或T，SEQ ID No.1中字母Y代表C和T中的任一种核苷酸；

所述SNP2为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.2的第219位核苷酸，其核苷酸为T或A，SEQ ID No.2中字母W代表T和A中的任一种核苷酸；

所述SNP3为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.3的第270位核苷酸，其核苷酸为T或A，SEQ ID No.3中字母W代表T和A中的任一种核苷酸；

所述SNP4为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.4的第193位核苷酸，其核苷酸为C或T，SEQ ID No.4中字母Y代表C和T中的任一种核苷酸；

A2天麻素含量相关的名为SNP5的SNP位点在鉴定或辅助鉴定天麻品质中的应用；所述SNP5为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.5的第228位核苷酸，其核苷酸为C或T，SEQ ID No.5中字母Y代表C和T中的任一种核苷酸；

A3对羟基苯甲醇含量相关的SNP位点在鉴定或辅助鉴定天麻品质中的应用，所述对羟基苯甲醇相关的SNP位点为SNP6和SNP7这2个SNP中的2个SNP或1个SNP：

所述SNP6为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.6的第238位核苷酸，其核苷酸为C或G，SEQ ID No.6中字母S代表C和G中的任一种核苷酸；

所述SNP7为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.7的第238位核苷酸，其核苷酸为C或T，SEQ ID No.7中字母Y代表C和T中的任一种核苷酸；

A4块茎重量相关的名为SNP8的SNP位点在鉴定或辅助鉴定天麻品质中的应用；所述SNP8为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.8的第218位核苷酸，其核苷酸为G、A或T中的任一个，SEQ ID No.8中字母D代表G、A和T中的任一种核苷酸；

A5距肚脐眼1cm处宽度相关的名为SNP9的SNP位点在鉴定或辅助鉴定天麻品质中的应用；所述SNP9为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.9的第193位核苷酸，其核苷酸为C或T，SEQ ID No.9中字母Y代表C和T中的任一种核苷酸；

A6块茎长度相关的SNP位点在鉴定或辅助鉴定天麻品质中的应用，所述块茎长度相关的SNP位点为SNP10和SNP11这2个SNP中的2个SNP或1个SNP：

所述SNP10为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.10的第176位核苷酸，其核苷酸为C或G，SEQ ID No.10中字母S代表C和G中的任一种核苷酸；

所述SNP11为天麻基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.11的第288位核苷酸，其核苷酸为C或G，SEQ ID No.11中字母S代表C和G中的任一种核苷酸。

上述应用中，所述天麻品质包括如下B1-B6中的一项或多项：

B1、总多糖含量；

B2、天麻素含量；

B3、对羟基苯甲醇含量；

B4、块茎重量；

B5、距肚脐眼1cm处宽度；

B6、块茎长度。

本发明还提供检测单倍型的物质在鉴定或辅助鉴定天麻品质中的应用：所述单倍型是天麻染色体上所述SNP1、所述SNP2、所述SNP3、所述SNP4、所述SNP5、所述SNP6、所述SNP7、所述SNP8、所述SNP9、所述SNP10和/或所述SNP11中一个或多个SNP的多态性组合。

上述应用中，所述天麻品质包括如下B1-B6中的一项或多项：

B1、总多糖含量；

B2、天麻素含量；

B3、对羟基苯甲醇含量；

B4、块茎重量；

B5、距肚脐眼1cm处宽度；

B6、块茎长度。

为解决上述技术问题，本发明还提供了一种产品，所述产品含有上述检测单倍型的物质的产品，且可为下述G1)-G7)中的任一种：

G1)检测天麻品质相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；

G2)鉴定或辅助鉴定天麻品质的产品；

G3)用于天麻育种的产品；

G4)鉴定或辅助鉴定天麻多糖含量的产品；

G5)鉴定或辅助鉴定天麻素含量的产品；

G6)鉴定或辅助鉴定天麻产量的产品；

G7)鉴定或辅助鉴定天麻形状的产品。

本发明还提供了一种天麻育种的方法，包括：检测天麻基因组中SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11这十一个SNP中的一个或多个SNP的基因型，选择满足如下C1-C11中的一个或多个的天麻进行育种：

C1、SNP1的基因型为CC或TC；所述CC是所述SNP1为C的纯合型；所述TC是所述SNP1为T和C的杂合型；

C2、SNP2的基因型为TT或TA；所述TT是所述SNP2为T的纯合型；所述TA是所述SNP2为T和A的杂合型；

C3、SNP3的基因型为TT或TA；所述TT是所述SNP3为T的纯合型；所述TA是所述SNP3为T和A的杂合型；

C4、SNP4的基因型为CC或TC；所述CC是所述SNP4为C的纯合型；所述TC是所述SNP4为T和C的杂合型；

C5、SNP5的基因型为CC或CT；所述CC是所述SNP5为C的纯合型；所述CT是所述SNP5为T和C的杂合型；

C6、SNP6的基因型为CC或CG；所述CC是所述SNP6为C的纯合型；所述CG是所述SNP6为C和G的杂合型；

C7、SNP7的基因型为CC或TC；所述CC是所述SNP7为C的纯合型；所述TC是所述SNP7为T和C的杂合型；

C8、SNP8的基因型为GG或AG；所述GG是所述SNP8为G的纯合型；所述AG是所述SNP8为A和G的杂合型；

C9、SNP9的基因型为CC或CT；所述CC是所述SNP9为C的纯合型；所述CT是所述SNP9为C和T的杂合型；

C10、SNP10的基因型为GG或CG；所述GG是所述SNP10为G的纯合型；所述CG是所述SNP10为C和G的杂合型；

C11、SNP11的基因型为CC或CG；所述CC是所述SNP11为C的纯合型；所述CG是所述SNP11为C和G的杂合型。

上述方法中，所述检测天麻基因组中SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11这十一个SNP中的一个或多个SNP的基因型，可为通过下述至少一种方法确定上述天麻基因组中SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10和/或SNP11这十一位点的核苷酸种类：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片。

上述方法中，所述检测天麻基因组中SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11这十一个SNP中的一个或多个的多态性或基因型，所用的物质，可为如下D1)、D2)或D3):

D1)含有扩增包括所述SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10和/或SNP11位点在内的天麻基因组DNA片段的PCR引物对；

D2)含有D1)所述PCR引物对的PCR试剂；

D3)含有D1)所述PCR引物对或D2)所述PCR试剂的试剂盒。

上述PCR引物对为F1和R1组成的引物对、F2和R2组成的引物对、F3和R3组成的引物对、F4和R4组成的引物对、F5和R5组成的引物对、F6和R6组成的引物对、F7和R7组成的引物对、F8和R8组成的引物对、F9和R9组成的引物对、F10和R10组成的引物对和/或F11和R11组成的引物对：

F1、由序列表中SEQ ID No.12所示的单链DNA；

R1、由序列表中SEQ ID No.13所示的单链DNA；

F2、由序列表中SEQ ID No.14所示的单链DNA；

R2、由序列表中SEQ ID No.15所示的单链DNA；

F3、由序列表中SEQ ID No.16所示的单链DNA；

R3、由序列表中SEQ ID No.17所示的单链DNA；

F4、由序列表中SEQ ID No.18所示的单链DNA；

R4、由序列表中SEQ ID No.19所示的单链DNA；

F5、由序列表中SEQ ID No.20所示的单链DNA；

R5、由序列表中SEQ ID No.21所示的单链DNA；

F6、由序列表中SEQ ID No.22所示的单链DNA；

R6、由序列表中SEQ ID No.23所示的单链DNA；

F7、由序列表中SEQ ID No.24所示的单链DNA；

R7、由序列表中SEQ ID No.25所示的单链DNA；

F8、由序列表中SEQ ID No.26所示的单链DNA；

R8、由序列表中SEQ ID No.27所示的单链DNA；

F9、由序列表中SEQ ID No.28所示的单链DNA；

R9、由序列表中SEQ ID No.29所示的单链DNA；

F10、由序列表中SEQ ID No.30所示的单链DNA；

R10、由序列表中SEQ ID No.31所示的单链DNA；

F11、由序列表中SEQ ID No.32所示的单链DNA；

R11、由序列表中SEQ ID No.33所示的单链DNA。

上述方法中，所述PCR引物可被标记物标记也可不被标记物标记。所述标记物指可用于提供可检测的效果且可以连接至核酸的任何原子或分子。标记物包括但不限于染料；放射性标记，诸如³²P；结合部分，诸如生物素(biotin)；半抗原，诸如地高辛(DIG)；发光、发磷光或发荧光部分；和单独的荧光染料或与可以通过荧光共振能量转移(FRET)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料。标记可以提供可通过荧光、放射性、比色、重量测定、X射线衍射或吸收、磁性、酶活性等检测的信号。标记可以是带电荷的部分(正电荷或负电荷)或可选地，可以是电荷中性的。标记可以包括核酸或蛋白序列或由其组合，只要包含标记的序列是可检测的。在一些实施方案中，核酸在没有标记的情况下直接检测(例如，直接读取序列)。

上述方法中，所述产品可为试剂或试剂盒或系统，所述系统可包括试剂或试剂盒、仪器和分析软件的组合产品，如由PCR引物、PARMS mastermix试剂、酶标仪和在线软件SNPdecoder(http://www.snpway.com/snpdecoder01/)组成的产品，由PCR引物、PARMSmastermix试剂、在线软件SNP decoder和荧光定量PCR仪组成的组合产品。所述产品可包括上述检测天麻基因组中SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11位点的多态性或基因型的物质。

上述应用、上述产品或上述方法在天麻育种中的应用也属于本发明的保护范围。

本发明的实施例中，通过对天麻自交系关联群体的遗传变异分析，发现11个SNP，SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11，其中SNP1、SNP2、SNP3、SNP4和天麻多糖含量相关，SNP5和天麻素含量相关，SNP6和SNP7与天麻对羟基苯甲醇含量相关，SNP8与天麻块茎重量相关，SNP9与天麻块茎距肚脐眼1cm处宽度相关，SNP10与SNP11和天麻块茎长度相关。利用上述SNP位点可进行分子辅助育种，选育出具“酱瓜形”且具有高活性成分品种的优良天麻种质，推动促进天麻育种快速高效进行。

附图说明

图1为实施例1中筛选具有多态性位点的柱状图，图中所示数据为平均值±标准差，重复数为3，以双尾t检验分析两种不同等位基因种质的显著性差异，**代表显著性分析结果为P<0.01。

具体实施方式

下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本发明的限制。

下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。

下述实施例中所用仪器为VeritiTM型PCR仪，Gene Amp 9700型PCR仪(AppliedBiosystem公司)；Nanodrop 2000型微量核酸定量分析仪(美国Thermo Scientific公司)。SYNGENE SYNGENE型凝胶成像系统(Gene公司)。

下述实施例中2000bp DNA Marker为北京全式金生物技术有限公司产品，批号BM101)；rTaq DNA聚合酶为宝日医生物技术(北京)有限公司产品，批号R001A。

下述实施例中的天麻种质资源分别采自天麻产区：云南昭通、贵州大方、湖北宜昌本、湖北英山、陕西宁陕^[2]。公众可以从中国中医科学院中药研究所获得上述亲本，以重复本申请实验，不可作为其它用途使用。

基于文献对天麻“优形”相关性状进行了筛选，具体包括天麻块茎重量、块茎长、鹦哥嘴至肚脐眼总长、距肚脐眼1cm处宽度，具体测定方法参考文献《栽培天麻农艺性状的数量分类学研究》^[2]、《昭通天麻地下块茎产量与主要农艺性状的相关及通径分析》^[3]和《不同定植密度和种苗等级对乌天麻地下块茎主要农艺性状和经济指标的影响》^[4]进行。天麻“优质”相关性状基于2020版药典和文献进行了筛选，具体包括总多糖含量、对羟基本甲醇含量、天麻素总含量，测定方法参考文献《中华人民共和国药典》^[5]、《基于UPLC-MS的不同主产区天麻药材质量评价研究》^[6]、《柱前衍生化UPLC-MS/MS测定12种单糖含量的方法学研究及其应用》^[7]、《正转和反转的三羧酸循环》^[8]和《三羧酸循环的发现与启示》^[9]中的方法进行。

实施例1

1、“优形优质”特征与单核苷酸多态性位点(SNP)的关联位分析

对506个全基因组关联分析(Genome wide association study，GWAS)筛选出的“优形优质”特征相关位点进行多态性验证，筛选具有多态性的位点，并将检测到的单核苷酸多态性位点(SNP)在由200份天麻种质构成的自然群体中验证其多态性，对每个具有多态性的位点决定的性状含量统计分析结果如表1和图1所示：

表1.筛选出的具有显著功能的位点

表1和图1表明共有11个位点具有多态性，其中4个位点与天麻“优形”特征相关(SNP8-10)：Scaffold8-5761880(SNP10)与块茎长显著相关，种质为GG等位基因的天麻表现出更长的块茎长度；块茎长还与Scaffold5-8521686(SNP11)位点相关，CC等位基因表现出更长的块茎长；与重量显著相关的位点Scaffold3-10602379(SNP8)种质为GG等位基因的天麻块茎平均重量为78.41g，显著高于种质为AA等位基因的天麻块茎；距肚脐眼1cm处宽度位点Scaffold2-11556326(SNP9)种质为CC等位基因表现出优势。

7个“优质”特征相关位点(SNP1-7)包括：4个多糖含量位点，其中Scaffold3-108855(SNP1)、Scaffold0-8535479(SNP4)位点中CC等位基因表现出更高的多糖含量，而Scaffold4-5593251(SNP2)、Scaffold2-10276736(SNP3)位点中TT等位基因表现出更高的多糖含量；1个天麻素含量位点，Chr8-15360782(SNP5)位点中CC等位基因表现出更高的天麻素含量；2个对羟基苯甲醇含量位点，Chr2-62639910(SNP6)、Chr4-15523768(SNP7)，两个位点中CC等位基因表现出更高的对羟基苯甲醇含量；。

2、天麻优良种质的SNP位点验证及筛选

天麻产地陕西宁陕、湖北英山、湖北宜昌、云南昭通、贵州大方收集天麻箭麻样本进行种质资源鉴定，针对25份样本，利用SNP引物检测其位点基因型，筛选具有“优形优质”特征基因型的天麻种质。采收上述25份天麻资源样本抽薹后的花，拍照并采用改良CTAB法提取基因组DNA，操作步骤如下：

取天麻样品约25-50mg至2.0mL离心管中，加入液氮粉碎；加入预热到65℃的2×CTAB缓冲液900μL，震荡摇匀，放入65℃水浴锅中保温30min(加入少许的PVP和10μLβ-巯基乙醇)，每10min摇匀一次；取出，冷却到45℃以下之后，加入等体积的氯仿：异戊醇(24:1)摇匀成乳浊液，12000r·min^-1离心10min；将上清液转移至新的离心管中，再加入等体积的氯仿:异戊醇(体积24:1)，温和摇动使之充分混匀，12000r·min^-1离心10min；吸取500μL上清液加入330μL(约为上清液2/3体积)异丙醇，混匀后-20℃放置30min；4℃以下12000r·min^-1离心10min；弃上清，加入500μL 70％乙醇，悬浮DNA，12000r·min^-1离心5min，重复一次；弃上清液，加入500μL无水乙醇，悬浮DNA，12000r·min^-1离心5min；弃上清，挥干乙醇加入75μL无菌水，待DNA溶解后，采用采用Nanodrop 2000微量核酸定量分析仪测定其浓度和纯度，用于PCR反应，4℃保存。

使用表2中的引物进行PCR反应检测其“优形优质”特征相关位点的基因型。PCR反应体系为：PCR反应体系25μL，包含10×rtaq buffer 2.5μL，dNTPs(10mmol·L-1)1.5μL，上游及下游引物0.5μL，r TaqDNA聚合酶0.4μL，DNA模板1μL，加无菌水补足至25μL。PCR反应程序为94℃预变性3min，(94℃变性30s，各引物退火温度见表2，72℃延伸30s)共35个循环，72℃终延伸5min。

表2.“优形优质”位点引物

天麻“优形”相关位点的基因型检测结果如表3所示：H1-2、H2-2、H2-3、H2-5、H3-2、H3-3在块茎长位点Scaffold8-5761880(SNP10)为GG纯合、在Scaffold5-8521686(SNP11)为CC纯合；在重量位点Scaffold3-10602379(SNP8)为GG纯合，W2-2、W2-3、W2-4、W3-1、W3-2、W3-3、W3-4、W3-5、W3-6、W3-7、W3-10、W3-11、W4-2、W4-3、W4-6、W4-7、W4-12在块茎距肚脐眼1cm处宽度位点Scaffold2-11556326(SNP9)为CC纯合，而W4-1、W4-4的Scaffold2-11556326(SNP9)为CT杂合。

表3.天麻“优形”相关位点的基因型检测结果

天麻“优质”相关位点的基因型测定结果如表4所示：在天麻对羟基苯甲醇Chr4-15523768(SNP7)、Chr2-62639910(SNP6)位点中，H1-2、H2-2、H2-3、H2-5、H3-2、H3-3、W2-2、W2-3、W2-4、W3-1、W3-2、W3-3、W3-4、W3-5、W3-6、W3-7、W3-10、W3-11、W4-2、W4-3、W4-6、W4-7、W4-12均具为CC纯合，具有更高的对羟基苯甲醇含量；天麻素含量Chr8-15360782(SNP5)位点中H1-2、H2-2、H2-3、H2-5、H3-2、H3-3、W4-1、W4-3为CC纯合，可能具有更高的天麻素含量；在天麻多糖Scaffold3-108855(SNP1)位点中，H2-2、H2-3、H2-5、H3-2、H3-3、W2-2、W2-3、W2-4、W3-1、W3-2、W3-3、W3-4、W3-5、W3-6、W3-7、W3-10、W3-11、W4-2、W4-3、W4-6、W4-7、W4-12均为CC纯合，Scaffold4-5593251(SNP2)位点中，W2-2、W2-3、W2-4、W3-1、W3-2、W3-3、W3-4、W3-5、W3-6、W3-7、W3-10、W3-11、W4-2、W4-6、W4-7、W4-12均为TT纯合，Scaffold12-10275736(SNP3)位点中H2-2、H2-3、H2-5、H3-2、H3-3、W2-2、W2-3、W2-4、W3-1、W3-2、W3-3、W3-4、W3-5、W3-6、W3-7、W3-10、W3-11、W4-2、W4-3、W4-6、W4-7、W4-12均为TT纯合，Scaffold0-18535479(SNP4)位点中W2-2、W2-3、W2-4、W3-1、W3-2、W3-3、W3-4、W3-5、W3-6、W3-7、W3-10、W4-2、W4-7、W4-12为CC纯合。

表4.天麻“优质”相关位点的基因型检测结果

/>

经过上述验证发现1中筛选出的11个天麻“优形优质”相关SNP位点中，天麻总多糖含量相关包括4个SNP位点，分别为SNP1、SNP2、SNP3和SNP4：

SNP1对应于天麻基因组序列Scaffold3上第108855位，其核苷酸为C，对应序列表中SEQ ID No.1的第222位(SEQ ID No.1为以F1(SEQ ID No.12)和R1(SEQ ID No.13)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP1位点有3种基因型(简称SNP1基因型)，即CC、TT或CT：基因型CC是SNP1为C的纯合型，为高糖基因型；基因型TT是SNP1为T的纯合型，为低糖基因型；基因型CT是SNP1为杂合型。

SNP2对应于天麻基因组序列Scaffold4上第5593251位，其核苷酸为T或A，对应序列表中SEQ ID No.2的第219位(SEQ ID No.2为以F2(SEQ ID No.14)和R2(SEQ ID No.15)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP2位点有2种基因型(简称SNP2基因型)，即TT或AA：基因型TT是SNP2为T的纯合型，为高糖基因型；基因型AA是SNP2为A的纯合型，为低糖基因型。

SNP3对应于天麻基因组序列Scaffold12上第10275736位，其核苷酸为T或A，对应序列表中SEQ ID No.3的第270位(SEQ ID No.3为以F3(SEQ ID No.16)和R3(SEQ IDNo.17)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP3位点有2种基因型(简称SNP3基因型)，即TT或AA：基因型TT是SNP3为T的纯合型，为高糖基因型；基因型AA是SNP3为A的纯合型，为低糖基因型。

SNP4对应于天麻基因组序列Scaffold0上第18535479位，其核苷酸为C或T，对应序列表中SEQ ID No.4的第193位(SEQ ID No.4为以F4(SEQ ID No.18)和R4(SEQ ID No.19)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP4位点有3种基因型(简称SNP4基因型)，即CC、TT或CT：基因型CC是SNP4为C的纯合型，为高糖基因型；基因型TT是SNP4为T的纯合型，为低糖基因型；基因型CT是SNP4杂合型。

筛选出一个与天麻中天麻素含量相关的SNP位点名为SNP5，SNP5对应于天麻基因组序列Chr8上第15360782位，其核苷酸为C或T，对应序列表中SEQ ID No.5的第228位(SEQID No.5为以F5(SEQ ID No.20)和R5(SEQ ID No.21)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP5位点有2种基因型(简称SNP5基因型)，即CC或TT：基因型CC是SNP5为C的纯合型，为高天麻素基因型；基因型TT是SNP5为T的纯合型，为低天麻素基因型。

筛选出2个与天麻中对羟基苯甲醇含量相关的SNP位点名为SNP6和SNP7：

SNP6对应于天麻基因组序列Chr2上第62639910位，其核苷酸为C或G中的任一个，对应序列表中SEQ ID No.6的第238位(SEQ ID No.6为以F6(SEQ ID No.22)和R6(SEQ IDNo.23)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP6位点有1种基因型(简称SNP6基因型)，即CC：基因型CC是SNP6为C的纯合型，为高对羟基苯甲醇含量基因型。

SNP7对应于天麻基因组序列Chr4上第15523768位，其核苷酸为C或T中的任一个，对应序列表中SEQ ID No.7的第238位(SEQ ID No.7为以F7(SEQ ID No.24)和R7(SEQ IDNo.25)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP7位点有2种基因型(简称SNP7基因型)，即CC或TT：基因型CC是SNP7为C的纯合型，为高对羟基苯甲醇含量基因型；基因型TT是SNP7为T的纯合型，为低对羟基苯甲醇含量基因型。

筛选出一个与天麻重量相关的SNP位点名为SNP8，SNP8对应于天麻基因组序列Scaffold3上第10602379位，其核苷酸为G、A或T中的任一个，对应序列表中SEQ ID No.8的第218位(SEQ ID No.8为以F8(SEQ ID No.26)和R8(SEQ ID No.27)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP8位点有3种基因型(简称SNP8基因型)，即GG、AA或AT：基因型GG是SNP8为G的纯合型，为重量高的基因型；基因型AA是SNP8为A的纯合型，为重量低的基因型；基因型AT是SNP8杂合型。

筛选出一个与块茎距肚脐眼1cm处宽度相关的SNP位点名为SNP9，SNP9对应于天麻基因组序列Scaffold2上第11556326位，其核苷酸为C或T中的任一个，对应序列表中SEQ IDNo.9的第193位(SEQ ID No.9为以F9(SEQ ID No.28)和R9(SEQ ID No.29)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP9位点有3种基因型(简称SNP9基因型)，即CC、TT或CT：基因型CC是SNP9为C的纯合型，为距肚脐眼1cm处宽度宽基因型；基因型TT是SNP9为T的纯合型，为距肚脐眼1cm处宽度窄基因型；基因型CT是SNP9杂合型。

筛选出一个与天麻块茎长度相关的SNP位点组合，该组合包括2个SNP位点，分别为SNP10、SNP11：

SNP10对应于天麻基因组序列Scaffold8上第5761880位，其核苷酸为C或G中的任一个，对应序列表中SEQ ID No.10的第176位(SEQ ID No.10为以F10(SEQ ID No.30)和R10(SEQ ID No.31)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP10位点有3种基因型(简称SNP10基因型)，即CC、GG或CG：基因型CC是SNP10为C的纯合型，为短块茎基因型；基因型GG是SNP10为G的纯合型，为长块茎基因型；基因型CT是SNP10杂合型。

SNP11对应于天麻基因组序列Scaffold5上第8521686位，其核苷酸为C或G中的任一个，对应序列表中SEQ ID No.11的第288位(SEQ ID No.11为以F11(SEQ ID No.32)和R11(SEQ ID No.33)为引物扩增得到的PCR产物的核苷酸序列)。测定结果中SNP11位点有3种基因型(简称SNP11基因型)，即CC、GG或CG：基因型CC是SNP11为C的纯合型，为长块茎基因型；基因型GG是SNP11为G的纯合型，为短块茎基因型；基因型CT是SNP11杂合型。

基于上述结果，W4-3、W4-4这两份材料具有高糖基因型，且W4-3具有高天麻素基因型，但这两个亲本中其他性状中有较多位点为杂合基因型，因此后续可对这两份材料为亲本的子代进行多代选育，以期获得符合“优形优质”特征的天麻。

3、天麻优良种质的SNP位点不同基因型性状验证

为了验证“优形”相关SNP位点不同基因型和性状的对应关系，从上述25个亲本的自交后代中任意挑选了6个株系，分别编号1、2、3、4、5、6，组成小群体进行对应关系验证。每个株系取3个重复。

天麻“优形”相关位点的基因型验证结果如表5所示：1、2、3在块茎长位点Scaffold8-5761880(SNP10)为GG纯合、在Scaffold5-8521686(SNP11)为CC纯合，较4、5、6(SNP10为CC纯合、SNP11为GG纯合)表现为块茎长度更长；1、2、3在块茎重量位点Scaffold3-10602379(SNP8)为GG纯合，较4、5、6(SNP8为AA纯合)表现为块茎重量显著较重；4、5、6在块茎距肚脐眼1cm处宽度位点Scaffold2-11556326(SNP9)为CC纯合，较1、2、3(SNP9为TT纯合)，块茎距肚脐眼1cm处更宽。

表5.天麻“优形”相关位点的基因型与性状对应关系验证

为了验证“优质”相关SNP位点不同基因型和性状的对应关系，从上述25个亲本的自交后代中任意挑选了5个株系，分别编号1、2、3、4、5，组成小群体进行对应关系验证。每个株系取3个重复。

天麻“优质”相关位点的基因型验证结果如表6所示：在天麻对羟基苯甲醇Chr4-15523768(SNP7)、Chr2-62639910(SNP6)位点中，2、3、4、5均具为CC纯合，具有更高的对羟基苯甲醇含量；天麻素含量Chr8-15360782(SNP5)位点中1、2、3、4为CC纯合，可能具有更高的天麻素含量；在天麻多糖Scaffold3-108855(SNP1)位点中，2、3、4、5均为CC纯合，Scaffold4-5593251(SNP2)位点中，5为TT纯合，Scaffold12-10275736(SNP3)位点中2、3、4、5为TT纯合，Scaffold0-18535479(SNP4)位点中5为CC纯合。

表6.天麻“优质”相关位点的基因型与性状对应关系验证

以上验证结果说明筛选得到的11个SNP位点基因型可以用于分子标记复制筛选相应的性状。

综上，本发明在GWAS筛选出“优形优质”相关SNP位点的基础上，对关联到的“优形优质”位点进行了验证。在此基础上，进一步对上述位点所在的DNA片段设计引物，对天麻种质基地种植的天麻相关位点进行鉴定，筛选并验证了11个SNP位点，为天麻“优形优质”品种选育提供理论基础。本发明为今后培育出高产、高活性成分含量的“优质”天麻种质奠定了基础。

以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说，在不脱离本发明的宗旨和范围，以及无需进行不必要的实验情况下，可在等同参数、浓度和条件下，在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例，应该理解为，可以对本发明作进一步的改进。总之，按本发明的原理，本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进，包括脱离了本申请中已公开范围，而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围，可以进行一些基本特征的应用。

参考文献

[1]袁媛,黄璐琦.道地药材分子生药学研究进展和发展趋势[J].科学通报,2020,65(12):1093.

[2]钱润,李慧,华中一,等.栽培天麻农艺性状的数量分类学研究[J].中国中药杂志,2020,45(13):3085.

[3]王丽,马聪吉,刘大会,等.昭通天麻地下块茎产量与主要农艺性状的相关及通径分析[J].中国中药杂志,2017,42(4):644.

[4]王丽,马聪吉,张智慧,等.不同定植密度和种苗等级对乌天麻地下块茎主要农艺性状和经济指标的影响[J].西南农业学报,2017,30(1):62.

[5]国家药典委员会.中华人民共和国药典[S].2020年版.一部.北京:中国医药科技出版社,2020:59-60.

[6]康传志,吕朝耕,杨健,等.基于UPLC-MS的不同主产区天麻药材质量评价研究[J].中华中医药杂志,2017,32(5):2010-2015.

[7]梁宇庭,周骏辉,南铁贵,等.柱前衍生化UPLC-MS/MS测定12种单糖含量的方法学研究及其应用[J].中国中药杂志,2018,43(22):4469-4473.

[8]朱钦士.正转和反转的三羧酸循环[J].生物学通报,2015,50(1):16-19.

[9]陈牧,刘锐,翁屹.三羧酸循环的发现与启示[J].医学与哲学(A),2012,33(1):71-73.

序列表

<110> 中国中医科学院中药研究所

<120> 一种与天麻优形优质相关的单倍型分子标记及其应用

<130> GNCSY211513

<160> 33

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 394

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 1

aaccagcatc cattcaacat taaatacttt catattcaaa cgcaattgct gaaataaaaa 60

ataaatctaa aataaaaaaa cgtaggaacc ttacacaggg gaatagattt gcttccctgc 120

cacaagatgc agcgtcacat aatcatccag agaagagagg agtgatctct ttgtaatgct 180

tgtgtaaccc tgcttaggac ataatcatta tcacaactcg cytaaaaaga tattagcaac 240

caaatctaaa ataaaacaat tcagaacgag gcaatcaata ctaactgcag cctttgcaag 300

cgctttagca agtaattcta tggccgacaa acttgatgag tttaggagtt cttctgcttg 360

cacccggaac acaggaatga cactggcaca aaga 394

<210> 2

<211> 389

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

acttctggaa tgtagaggga agttcatttt gttttcatct catttggctt tcaatttttt 60

ttataattct ggatgcaaac aggaacttag atatgagtca tgtcatcaat ggcactagtt 120

tcaatgatcc atgagtaagt ttaagagtac ataatgcact aagaactcag agaatggatt 180

atcatagctg tatttatata aaacaacttc ataagagtwt atccgtagat ccaattgaga 240

atgttatttt atctgtatta ttctctttgt tgagcttgaa ctttatcatc gatacctttt 300

atgttgtacg gctgtttgcc atttttgtgc agacttggct taactttaaa ctgatttgat 360

tattttccag ctctaaaatt gtcaatttt 389

<210> 3

<211> 433

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

tgataataga atgccaatgt ttctcatcaa actaaagtag cgtatggtat tctctatggt 60

gaattaaagg atttatagac atgtacttgg gctcaattgt gggtgtttga gtgggcagat 120

tcttgttggc aatcatagga ctattagaga tgagcaaatc attcatttgt gcccatgttt 180

gagctgggat gaatataata tgggatttag caatctacag gaactagagg tgtgttgcgg 240

ttgtaaagag atcaagatat agtttttagw gatttgacta gaatttaggc caaagtttct 300

tgaaggatgg ggaataagat tataaatttg ttgggaaggt tgaaattgag caaattgatt 360

gggaccgacg atctataaat ctgggatttc tagacttagt tggaattggc agtggcttcg 420

atttcattaa att 433

<210> 4

<211> 390

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

ttgttaagca ttaattattg tgcacaaact tcaattttat ttgaaagtca tgtatatagt 60

gaatgatgtt gcaacttaat ggttgaggct caggatttat tttcctagat aatgggttca 120

tattccacac atgcatgcta atgcataagc aaacatctat catgctaagc acaactagac 180

agtcttttcc atyagccaaa ctcgagctat ttactaagca tactacgata caaaaagtgc 240

gcatttttat tatgttttgt ctgttcatcg taatttactg tacaaatact tatatctttt 300

gtcagggcaa tcttcaaaat aatggggact tggccattct ggctttgctt agctgccgtt 360

cttgtggcag ggatggttcc tcgatttact 390

<210> 5

<211> 394

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

actacaacct cttgtgatgg caccatgtct agctcaccca ctaaggtttg ggcatgtgta 60

ttccccgcta aaacatagag catgatgctt gagtgcacgc tctcgtgaat cttctactcg 120

cccaagcaca tcgttatgtg ctgacatgcc taaattatgt tgtttgtgct tgcactcaag 180

tgtacgttgt ccgaagtaat ataaaatggt gagatcccga gatttatygt catcggagaa 240

cgatgttgat ttgttactag agtttattca ctttcaataa tgttaagcaa tgatttgttg 300

gggtttgtgt tcctagatta tcaatcctaa gttactttag tttgaaatca atttgagaaa 360

attggggaga gttagagttt aacgtgcggt tcat 394

<210> 6

<211> 476

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 6

cggatgacat gttacgtgat accatgcaga tgccatcctt aatgactcac tttcacgaca 60

accattaaac caccatccct taacctcctc atgcaaactc ttgaccgcaa tcataatcct 120

gtcagcaata tccccaaatt tcttcttgtc cctcaggaca tatgctgagc tgctcctcac 180

atagcctgta agcatctcat cttcatgctg cgctccgaaa tagttcatca acaagccsag 240

cttttcggca tactgattat agaaatcttc ggcaggcttt aagaacgctt caaaaccttc 300

cacttcgaga tcaatatcat atgaagcagc cgcaaattct tgggaccatg tgatatcatt 360

gcttatttcc aagttttcat agtttatggc agccctatag agttttccca gaatgccttt 420

ggaggtatac atggatctgt cccatctttc catgaaatca ggaaattcct taggtc 476

<210> 7

<211> 462

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 7

ggatacgatc catatcacat ctcttaaact aactccgatt aagagaaaat agaatgtaaa 60

acaattcaac aaaaaaatgg attgcctcga ttgtctcggg attacgcttg tgggagtcca 120

gatgtgcaca gacaacggaa gacacggaag cagcgtcaat gcagcgggta cgtaggatta 180

agcggggaag gtgggaagca gaggagaggc gagcaaatgc gacggagttt ggagcggygc 240

gctggtgaca agggcacaag gagagagggc ataatatgga gaggcgaagc tgaagagttg 300

ttgtgacggc catgaaaaac gtttcgccgg agagctgcgg ctgagaaggc tgtgaaccgc 360

tggaggctta gaaggaacgg agggattatg gtacaaaatt atcttaagac gtaaaggtat 420

ttggtcatgt tttatgttac gagtattcta gataagaagg ca 462

<210> 8

<211> 398

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 8

aaacttggtc cgtttatagc taattttgcc tgattttgta gtgagatgat ggtctttatt 60

ggattttttt tcgttggata gtaatatgtg agattttttc ctcttttctc aggtcctagt 120

agctcatact aatggccatg ttgcagcaac aatgagcatg tcaaaagtgg ttgtatcatt 180

cactcatatt attaagtgat gagccagctt ttagtgtdtt gatttcaagg attttgcaga 240

tgagacattc cctgtgccag tgtatttgtc actacagcca tttattgatt ggtatgtgaa 300

caaaatcatt ggaatttttt ttctattgaa aagctagttt gattcggatc ttagaaactt 360

caatttgaaa aatcaatgtt gtcttctgat gaataaca 398

<210> 9

<211> 380

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 9

ttttccagta ggtcacccat cctgggagtg ctcctatctg agcacactta actctggagt 60

tattaacaaa aactccactg ttatctgaaa agactcctca atatttaaaa gttccgttta 120

atcttattta agggggtctt gcacaaggag aaaaggaaat agaaaatcac ttcactctta 180

ttttcttcta ttyggattat tgtaataaac aaggacttct ttgtagtaat tctgttcaag 240

ttgcttgtaa actataataa gcatttcggt tcaggaaaaa atggaggagc ttggaattta 300

tttcgtgagc tatgatcgcg ctggctatgg cgagagcgac ccaaaccctg gacgatcgct 360

gagaagtgag gcttcggaca 380

<210> 10

<211> 370

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 10

tgtataaata gttttgtgcc cttctcaaca tcaataaagt atctaacata gataactatc 60

ctttatttat gtttgggaaa cctctgcatt cagaagaatt ttagaagtgg gaagaaggtt 120

gagaaagcta aatattaaaa agactgtttt agcactatgg gttatggttc caacgstttg 180

cactaaaatt gaaaaaaaac acaattatta tgtattgact caattctgta ttaggatggg 240

tttcacattc attgatttaa gtttgggatt ggtggaaatc atgttaagaa aactagcact 300

aatctttaag acaaatcaat gagtgaaaag acattcaata agtattgttg cgataaatga 360

taccaggggt 370

<210> 11

<211> 499

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 11

ttgccacgtt agcaagtcag ctcatttttt acctcattgt agctacattg atataaagat 60

aatttttttt tatttaaata tttaatctta atatttaatt tttaataatt aaattttatt 120

aatcaaaatt atgattataa atttataaaa aataattaat tacataaaaa acacttttac 180

aaaaaatcac taattttctt atcaaaaatt gagttgagtt ttgaattttg tgcaaaatta 240

ggaagatgct cagcttttct acttattcga atagttattt aagggagsac gttagaatgg 300

tagtattgta aataaaaaag ggttcagtgg caatttccac ttagcactgt caccactatt 360

tctataaaga aactttctgc gagcatcaac gacctccgac ggcgattttc cctcttcttc 420

tcctttccca aatcccaatc accaaaacct aaaatcatgt gatctgtttc tccctgctca 480

tttcttctga agctcctcc 499

<210> 12

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 12

aaccagcatc cattcaacat 20

<210> 13

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 13

tctttgtgcc agtgtcattc 20

<210> 14

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 14

acttctggaa tgtagaggga 20

<210> 15

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 15

aaaattgaca attttagagc tg 22

<210> 16

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 16

tgataataga atgccaatgt tt 22

<210> 17

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 17

aatttaatga aatcgaagcc 20

<210> 18

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 18

ttgttaagca ttaattattg tgc 23

<210> 19

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 19

agtaaatcga ggaaccatcc 20

<210> 20

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 20

actacaacct cttgtgatgg ca 22

<210> 21

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 21

atgaaccgca cgttaaactc ta 22

<210> 22

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 22

cggatgacat gttacgtgat ac 22

<210> 23

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 23

gacctaagga atttcctgat tt 22

<210> 24

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 24

ggatacgatc catatcacat ctc 23

<210> 25

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 25

tgccttctta tctagaatac tcgt 24

<210> 26

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 26

aaacttggtc cgtttatagc 20

<210> 27

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 27

tgttattcat cagaagacaa ca 22

<210> 28

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 28

ttttccagta ggtcacccat c 21

<210> 29

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 29

tgtccgaagc ctcacttctc 20

<210> 30

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 30

tgtataaata gttttgtgcc ct 22

<210> 31

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 31

acccctggta tcatttatcg 20

<210> 32

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 32

ttgccacgtt agcaagtcag 20

<210> 33

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 33

ggaggagctt cagaagaaat g 21

Claims

1.多糖含量相关的分子标记在鉴定或辅助鉴定天麻品质中的应用，其特征在于：所述分子标记为序列表中SEQ ID No.1所示的DNA分子、序列表中SEQ ID No.2所示的DNA分子、序列表中SEQ ID No.3所示的DNA分子和所示的DNA分子序列表中SEQ ID No.4所示的DNA分子；

所述SEQ ID No.1，其第222位核苷酸为C或T，SEQ ID No.1中字母Y代表C和T中的任一种核苷酸；

所述SEQ ID No.2，其第219位核苷酸为T或A，SEQ ID No.2中字母W代表T和A中的任一种核苷酸；

所述SEQ ID No.3，其第270位核苷酸为T或A，SEQ ID No.3中字母W代表T和A中的任一种核苷酸；

所述SEQ ID No.4，其第193位核苷酸为C或T，SEQ ID No.4中字母Y代表C和T中的任一种核苷酸。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述天麻品质为总多糖含量。

3.检测单倍型的物质在鉴定或辅助鉴定天麻品质中的应用，其特征在于：所述单倍型是天麻染色体上SNP1、SNP2、SNP3和SNP4的多态性组合；

所述检测单倍型的物质，为如下D1)、D2)或D3):

D1)含有扩增包括所述SNP1、SNP2、SNP3和SNP4位点在内的天麻基因组DNA片段的PCR引物对；

D2)含有D1)所述PCR引物对的PCR试剂；

D3)含有D1)所述PCR引物对或D2)所述PCR试剂的试剂盒；

所述PCR引物对为F1和R1组成的引物对、F2和R2组成的引物对、F3和R3组成的引物对、和F4和R4组成的引物对：

F1、由序列表中SEQ ID No.12所示的单链DNA；

R1、由序列表中SEQ ID No.13所示的单链DNA；

F2、由序列表中SEQ ID No.14所示的单链DNA；

R2、由序列表中SEQ ID No.15所示的单链DNA；

F3、由序列表中SEQ ID No.16所示的单链DNA；

R3、由序列表中SEQ ID No.17所示的单链DNA；

F4、由序列表中SEQ ID No.18所示的单链DNA；

R4、由序列表中SEQ ID No.19所示的单链DNA。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：所述天麻品质为总多糖含量。

5.产品，其特征在于：所述产品含有权利要求3中所述检测单倍型的物质，且为下述G1)-G4)中的任一种：

G1)检测天麻品质相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；

G2)鉴定或辅助鉴定天麻品质的产品；

G3)用于天麻育种的产品；

G4)鉴定或辅助鉴定天麻多糖含量的产品。

6.一种天麻育种的方法，其特征在于：包括：检测天麻基因组中SNP1、SNP2、SNP3和SNP4的基因型，选择满足如下C1-C4的天麻进行育种：

C1、SNP1的基因型为CC；所述CC是所述SNP1为C的纯合型；

C2、SNP2的基因型为TT；所述TT是所述SNP2为T的纯合型；

C3、SNP3的基因型为TT；所述TT是所述SNP3为T的纯合型；

C4、SNP4的基因型为CC；所述CC是所述SNP4为C的纯合型；

所述检测天麻基因组中SNP1、SNP2、SNP3和SNP4的基因型，所用的物质，为如下D1)、D2)或D3):

D1)含有扩增包括所述SNP1、SNP2、SNP3和SNP4的天麻基因组DNA片段的PCR引物对；

D2)含有D1)所述PCR引物对的PCR试剂；

D3)含有D1)所述PCR引物对或D2)所述PCR试剂的试剂盒；

F1、由序列表中SEQ ID No.12所示的单链DNA；

R1、由序列表中SEQ ID No.13所示的单链DNA；

F2、由序列表中SEQ ID No.14所示的单链DNA；

R2、由序列表中SEQ ID No.15所示的单链DNA；

F3、由序列表中SEQ ID No.16所示的单链DNA；

R3、由序列表中SEQ ID No.17所示的单链DNA；

F4、由序列表中SEQ ID No.18所示的单链DNA；

R4、由序列表中SEQ ID No.19所示的单链DNA。

7.权利要求5所述的产品在天麻育种中的应用。