CN112680461B - 雄性不育基因ZmPHD11及其在创制玉米雄性不育系中的应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了雄性不育基因ZmPHD11及其在创制玉米雄性不育系中的应用，具有SEQIDNO.1所示的核苷酸序列，该基因编码的蛋白质具有SEQIDNO.2所示的氨基酸序列。本发明通过CRISPR/Cas9基因编辑技术在野生型玉米中定点突变该基因，可以造成花药发育异常和花粉败育，导致完全的雄性不育，发现了ZmPHD11基因对玉米雄性生殖发育的调控功能。通过后代筛选，可以得到不含转基因成分的不育系，创制出稳定的玉米雄性不育系，对玉米雄性育性控制和杂交种子生产具有重要意义。本发明还针对获得的phd11雄性不育突变体设计了功能分子标记，在玉米雄性不育系培育、不育化杂交制种和分子标记辅助选择中具有重要的应用价值。

Description

雄性不育基因ZmPHD11及其在创制玉米雄性不育系中的应用

技术领域

本发明属于植物生物技术育种领域，具体涉及雄性不育基因ZmPHD11及其在创制玉米雄性不育系中的应用。

背景技术

玉米是我国第一大粮食作物，常年播种面积在5.5亿亩以上，玉米种业健康发展对保障国家粮食安全有着重大的战略意义。同时，玉米种业也是全球市值最大、商业化程度最高、科技含量最高的种业领域，是全球种业竞争的战略要地。我国玉米种业与国际领先水平相比，在科技创新和产业模式等方面，仍然存在巨大差距。一是受限于玉米雄性不育基础研究尚未取得根本性突破等因素，导致玉米自交系知识产权保护困难，造成近年来我国玉米种业长期存在跟随性、模仿性育种现象，重大新品种选育效率缓慢。二是玉米制种产业仍然处于依靠人工去雄为主的劳动密集型阶段，成本高，资源消耗巨大，种子质量难以保障。

玉米是杂种优势利用最成功的作物之一，雄性不育系是作物杂种优势利用和杂交制种的重要材料，主要包括细胞质雄性不育（CMS）和细胞核雄性不育（GMS）。CMS 是由线粒体基因和核基因共同控制的，虽然已应用于玉米育种和杂交种生产中，但存在资源利用率低、不育系胞质单一、易感病等问题。 GMS 由核基因单独控制，可以克服 CMS缺陷，但很难通过常规育种方法大量繁殖纯合不育系。近年来，随着生物技术的进步，通过基因工程和分子设计育种相结合创制的玉米多控不育技术以及植物通用型显性不育技术，可以有效地解决玉米隐性核雄性不育系的保持和繁殖问题。实现上述技术应用的重要前提是获得大量功能明确的控制玉米雄性发育的GMS基因和对应的雄性不育材料。

与模式植物拟南芥和模式作物水稻相比，玉米中已克隆和鉴定的GMS基因和创制的雄性不育材料均相对较少。CRISPR/Cas9（Clustered, Regularly Interspaced, ShortPalindromicRepeats-associated Endonuclease 9）基因编辑技术由于具有成本低廉、操作简易和突变诱导率高等特点，被越来越广泛地应用于植物基因功能研究，作物遗传改良和育种等多个方面，应用前景十分广阔。利用CRISPR/Cas9技术挖掘鉴定玉米雄性不育候选基因和创制雄性不育材料，可以快速丰富玉米GMS基因和不育材料资源，从而促进玉米不育化育种和制种的推广和应用，最终可以有效解决我国玉米种业行业长期面临缺乏稳定的玉米不育系和突破性大品种的瓶颈问题。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的目的是提供雄性不育基因ZmPHD11及其在创制玉米雄性不育系中的应用，可以用来创制玉米雄性不育系，从而应用于玉米杂交育种和制种。

为实现上述目的，本发明提供了ZmPHD11基因在控制玉米雄性生殖发育中的应用，其特征在于，所述基因的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。一般可以预见这些来自不同植物或不同玉米材料中的同源基因具有相同或者相似的功能，因此同样可以利用这些基因改良植物的农艺性状。进一步，即使不能预见这些基因的功能，本领域的一般技术人员可以根据本发明提供的方法和现有技术测定它们是否具有控制植物雄性育性的功能。

在另一方面，本发明还提供了ZmPHD11基因在控制玉米雄性生殖发育中的应用，其特征在于，所述基因的核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示。

在另一方面，本发明还提供了一种创制玉米雄性不育系的方法，其特征在于，抑制玉米中ZmPHD11基因的表达和/或活性，选择玉米雄性不育的植株。

在一些实施方案中，上述抑制基因表达和/或活性的方法包括基因编辑、RNA干扰、T-DNA插入中任一种。

在一些实施方案中，上述基因编辑采用CRISPR/Cas9方法。

在一些实施方案中，在该基因第一外显子处设计CRISPR/Cas9载体靶点，所述靶点的DNA序列如SEQ ID NO.3，SEQ ID NO.4所示。

在另一方面，本发明还提供一种获得phd11雄性不育系的方法，将通过上述方法获得的 phd11 雄性不育系与目标材料进行杂交和回交，从而使目标材料获得phd11雄性不育的性状和基因突变。

本发明还包括通过上述任一方法获得的phd11雄性不育系在杂交育种和制种中的应用。所述在杂交育种和制种中的应用是指将 phd11雄性不育系作为母本与其他父本进行杂交，或是将获得的phd11雄性不育系与其他目标材料进行杂交和回交，从而使目标材料获得 phd11雄性不育的性状和基因突变。

更进一步地，本发明还提供了一种phd11雄性不育系的分子标记引物，引物ZmPHD11-F和ZmPHD11-R序列分别如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。

本发明的优点及有益效果如下：ZmPHD11（Zm00001d013416）基因及编码的蛋白调控玉米雄性生殖发育是之前没有报道过的。本发明通过利用CRISPR/Cas9方法突变玉米基因PHD11（Zm00001d013416），发现了ZmPHD11（Zm00001d013416）基因对玉米雄穗发育的调控功能。利用CRISPR/Cas9基因编辑的方法和编辑后获得的雄性不育突变体，可以创制玉米雄性不育系，从而可以应用于玉米杂交育种和制种。针对三种phd11的雄性不育系开发的共分离分子标记，可用于植株的育性等位基因鉴定、分子标记辅助育种中目标单株的筛选和种子纯度鉴定等。

附图说明

图1为ZmPHD11基因在玉米不同发育时期花药中的表达模式分析

S5，造孢细胞时期；S6, 小孢子母细胞时期；S7，减数分裂开始时期；S8a，减数分裂Ⅰ，二分体时期；S8b，减数分裂Ⅱ，四分体时期；S8b-9，四分体-单核小孢子时期；S9，单核小孢子时期；S9-10，单核小孢子-小孢子空泡化时期；S10，小孢子空泡化时期；S11，小孢子第一次不均等有丝分裂，二核小孢子时期；S12，小孢子第二次有丝分裂，三核小孢子时期。

图2为pCas9-ZmPHD11定点突变表达载体的物理图谱

pCas9-ZmPHD11：从T-DNA的左边界到右边界分别是除草剂抗性基因Bar的表达盒；核酸酶编码基因Cas9的表达盒；ZmPHD11基因靶标2（MT2）的表达盒；靶标1（MT1）的表达盒。

图3为野生型ZmPHD11与其不育突变体的基因结构和DNA序列分析

野生型ZmPHD11（WT- ZmPHD11）：基因全长2871 bp，包括3个外显子和2个内含子；phd11突变体ZmPHD11-Cas9-1、ZmPHD11-Cas9-2和ZmPHD11-Cas9-3在第1个外显子处分别缺失了165 bp、173 bp和32 bp。

图4为野生型与phd11纯合突变体的雄穗、花药和花粉粒表型分析

上排为玉米野生型（WT）与 ZmPHD11-Cas9-1、ZmPHD11-Cas9-2、ZmPHD11-Cas9-3突变体雄穗的表型比较；第二排为WT与ZmPHD11-Cas9-1、ZmPHD11-Cas9-2、ZmPHD11-Cas9-3突变体花药的表型比较；下排为WT与 ZmPHD11-Cas9-1、ZmPHD11-Cas9-2、ZmPHD11-Cas9-3突变体花粉粒的I2-KI染色比较。

图5为野生型与phd11纯合突变体的花药扫描电镜（SEM）分析

从左至右依次为：野生型（WT）花药整体；phd11花药整体；剥开后的WT（上）和phd11（下）花药；WT的成熟花粉粒（上）和phd11无法扫描到花粉粒（下）；WT（上）和phd11（下）花药的外表皮角质层；WT（上）和phd11（下）花药的内表皮乌氏体。

图6为利用共分离标记对ZmPHD11-Cas9-1不育系的F2代植株进行基因分型

共分离标记ZmPHD11-F/R对4株ZmPHD11-Cas9-1不育系F2代植株的PCR和琼脂糖凝胶电泳鉴定结果：在纯合野生型（AA）植株中扩增出710 bp条带；在PHD11/ phd11杂合型（Aa）植株中扩增出710 bp和545bp两条带；在phd11/ phd11纯合突变型（aa）植株中扩增出545 bp条带。

图7为利用共分离标记对ZmPHD11-Cas9-2不育系的F2代植株进行基因分型

共分离标记ZmPHD11-F/R对6株ZmPHD11-Cas9-2不育系F2代植株的PCR和琼脂糖凝胶电泳鉴定结果：在纯合野生型（AA）植株中扩增出710bp条带；在PHD11/ phd11杂合型（Aa）植株中扩增出710 bp和537 bp两条带；在phd11/ phd11纯合突变型（aa）植株中扩增出537bp条带。

图8为利用共分离标记对ZmPHD11-Cas9-3不育系的F2代植株进行基因分型

共分离标记ZmPHD11-F/R对6株ZmPHD11-Cas9-3不育系F2代植株的PCR和琼脂糖凝胶电泳鉴定结果：在纯合野生型（AA）植株中扩增出710 bp条带；PHD11/ phd11杂合型（Aa）植株中扩增出710 bp和678 bp两条带；在phd11/ phd11纯合突变型（aa）植株中扩增出678bp条带。

具体实施方式

下述实施例用来说明本发明，但不限制本发明的范围。在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。如无特殊说明，实施例中所用引物及基因的合成和测序均由生工生物工程（上海）股份有限公司完成。其他生化试剂非特别注明外均为常规市售试剂，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。

实施例一玉米ZmPHD11（Zm00001d013416）基因序列和表达模式分析

在maizeGDB库（https://www.maizegdb.org/）中，查询到玉米ZmPHD11（Zm00001d013416，GRMZM2G408897）基因，在B73中基因的核酸序列SEQ ID NO.1所示，基因功能注释为PHD11转录因子（PHD-transcription factor 11， PHD11)，其编码蛋白包含689个氨基酸，序列如SEQ ID NO.2所示。

PHD类转录因子参与植物中众多生理过程的调节，由于ZmPHD11基因在玉米中的实际功能还没有公开的研究资料，为了研究该基因与玉米雄性生殖发育的关系，本发明首先利用qRT-PCR分析了该基因在玉米花药发育不同阶段的表达模式。具体步骤如下：

1、玉米花药的取样与发育时期鉴定

从玉米自交系B73处于不同发育阶段的雄穗中，按照花药的长度，收集不同长度的花药样品；每份样品采集20个长度相近的新鲜花药，其中3个固定在FAA溶液中（Coolaber，中国）通过树脂半薄切片实验确定具体的发育阶段，其余17个花药立即冷冻在液氮中，用于RNA的提取。

利用梯度乙醇（50%、70%、90%、100%）对用于树脂切片的固定花药进行脱水，每步15-30分钟。脱水过程中花药可置于70%乙醇中长期保存；为便于后期包埋，可在90%乙醇中加入0.1%的伊红对材料进行染色；为保证脱水彻底，材料须在无水乙醇中脱水2-3次。随后进行树脂替换，将花药依次置于乙醇与Spurr树脂体积比为3:1、1:1、1:3液体中2-4小时，最后置于纯树脂中过夜。树脂置换完成后，将花药置于模具中，加入200 µL Spurr树脂，置于烘箱中，70℃聚合过夜。随后进行修块，然后可利用德国莱卡切片机进行切片，切片厚度为2µm；用镊子夹取切好的片子，置于载玻片中央的无菌水中，42℃条件下展片过夜。将固定有样品的载玻片浸入0.1%的甲苯胺蓝染液中，染色1分钟，然后用去离子水冲洗，再置于展片台上，烘干后即可用于显微观察；也可以封片后长期保存。分析树脂切片的结果，根据玉米14个不同发育时期（Stage1-Stage14：S1-S14）的细胞学特点，确定每份样品的具体发育时期。

2、qRT-PCR分析

用Trizol试剂（Invitrogen，美国）提取上述鉴定的处于不同发育时期（S5-S12）的玉米花药总RNA；然后使用5X All-in-One RT Master Mix（ABM，加拿大）合成cDNA；采用TBGreen™PreMix Ex Taq™（TaKaRa，日本）在QuantStudio5QuantStudio 5 Real-Time PCRSystem （ABI，美国）上进行定量逆转录聚合酶链反应检测，扩增引物为：qPHD11-F（5’-AACTTTGCACAGCTCTCCGT-3’）和qPHD11-R（5’-CCAGCGAGTGAACCAAGTCT-3’）；ZmActin1为参照基因，其扩增引物为：Actin1-F（5’- AAATGACGCAGATTATGTTTGA-3’）和Actin1-R（5’-GCTCGTAGTGAGGGAGTACC-3’）；每个发育时期包括三个生物学重复，每个样品有三个技术重复；数据用2-ΔΔCt方法进行分析，并以均值±标准差（Means±SD）的形式给出定量结果。

ZmPHD11基因呈现花药发育时期特异表达的模式：在玉米花药发育的中后期（S8a和S8b）表达较高，而在花药发育的前期和后期都维持低水平的表达（图1）。

实施例二玉米ZmPHD11（Zm00001d013416）基因的功能以及利用CRISPR/Cas9方法创制玉米雄性不育系

为了明确玉米ZmPHD11（Zm00001d013416）在玉米中的功能，本发明采用CRISPR/Cas9基因编辑方法突变 Zm00001d013416 基因序列，敲除该基因在玉米中的功能。本发明选取玉米杂交种Hi II 作为基因编辑的受体材料。本发明分别选取基因保守区的SEQ IDNO.3、SEQ ID NO.4所示序列作为CRISPR/Cas9基因编辑的靶标区域。

1、ZmPHD11的CRISPR/Cas9基因编辑载体的构建

本发明的基因编辑载体为pBUE411-MT1T2-Cas9，该载体的基础载体为pBUE411-Cas9，中间载体为pCBCmT1T2，提供gRNA。本发明通过在引物上设计靶点然后通过PCR获得MT-sgRNA进而通过酶切连接到基础载体中，具体的构建流程如下：

（1）靶标gRNA的设计。将ZmPHD11（Zm00001d013416）的基因序列输入http://crispr.hzau.edu.cn/cgi-bin/CRISPR2/CRISPR进行靶标设计。本发明选择的两个靶标区域的DNA序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示。本发明的sgRNA骨架序列从中间载体pCBCmT1T2直接扩增获得。

（2）通过在引物上设计靶点然后PCR扩增获得MT-sgRNA。引物ZmPHD11-MT1-F和引物ZmPHD11-MT2-R扩增中间载体pCBCmT1T2，用于获得包含第一个和第二个靶标的sgRNA的片段，产物长度为891 bp。PCR 体系和条件如下：模板DNA （中间载体pCBCmT1T2≥30 ng/μL）1.2 μL；Primer F/R：各1.2 μL；灭菌ddH2O：11.4 μL；2X MCLAB 酶（产品编号：I5HM-200）：15 μL。PCR的温度程序如下：①98 ℃ 2分钟；②98 ℃ 10秒；③58 ℃ 30秒；④72 ℃30秒；⑤从②－④循环34次；⑥72 ℃ 5分钟；⑦25 ℃ 10分钟。最后回收PCR产物。载体构建所需的引物序列如下：

ZmPHD11-MT1-F:5’-ATATATGGTCTCTGGCGAACGCGCGTGTACCCGTTGCGTTTTAGAGCTAGAAATAGCAA-3’

ZmPHD11-MT2-R:5’-ATTATTGGTCTCTAAACTGGAGGAGCTCGCGGCATCTGCTTCTTGGTGCCGC-3’

（3）通过酶切连接构建到骨架载体。将pBUE411-Cas9载体和回收的带有靶标的sgRNA片段用BsaI消化，同时加入T4连接酶将载体和sgRNA片段连接。15 μL的酶切连接体系如下，sgRNA片段：2 μL，pBUE411-Cas9载体（≥60 ng/μL) ：2 μL，10 x NEB Buffer：1.5 μL，BsaI内切酶（产品编号：#R3733S ）：1 μL，T4 连接酶（产品编号：#M0202M ）：1 μL，灭菌ddH2O：6 μL。

图2所示为目的基因ZmPHD11（Zm00001d013416）的双靶标（对应第一个靶标和第二个靶标），标记基因Cas9和bar与骨架载体pBUE411-Cas9构建的表达载体pCas9-ZmPHD11。

2、农杆菌介导的玉米遗传转化

将上述构建的pCas9-ZmPHD11载体通过热激法转入农杆菌EHA105中，PCR进行鉴定；然后将含有敲除载体的农杆菌加甘油于-80 ℃保存菌液。以新鲜剥离的1.5 mm左右的玉米杂交种HiII的幼胚作为受体材料，将剥离的玉米胚放入含有1.8 mL悬浮液的2 mL塑料离心管中，放置时间不超过1小时，每个离心管中大约放入100个幼胚；吸去悬浮液，并用新的悬浮液将幼胚清洗2遍，管底保留少量可没过幼胚的悬浮液，然后43 ℃热激2分钟，之后再冰浴1分钟，用移液枪吸尽管底残留的洗液，并加入1.0 mL的农杆菌侵染液，轻摇30秒，然后黑暗静置8分钟。接下来将离心管中的幼胚和侵染液倒入共培养基上，晃匀后用移液枪吸出多余的侵染液，所有幼胚的盾片朝上，于23 ℃黑暗共培养3天。共培养结束后，用无菌的镊子将幼胚转移至恢复培养基，于28 ℃培养7-14天，中间过程需留意及时去掉幼胚上长出的幼芽。恢复培养结束后将幼胚放至含1.5 mg/L Bialaphos筛选培养基上筛选培养3轮，每轮筛选2周，然后转到2 mg/L Bialaphos筛选培养基上筛选培养2轮，每轮筛选2周。将抗性愈伤组织转至扩繁培养基，28 ℃，暗培养2周。随后将扩繁好的抗性愈伤组织转移至诱导培养基，于28 ℃黑暗环境下培养2周。然后转到分化培养基中，25 ℃，5000 lx，光照培养2周。培养结束后将分化出的苗簇分离出单个幼苗放置于生根培养基中，25 ℃，5000 lx，光照培养直到生根；将小苗转入小营养钵中生长，生长成活后移栽于温室中，3-4个月后收获后代种子。

3、T0代植株CRISPR/Cas9突变结果检测

为确定T0代植株CRISPR/Cas9突变结果，采取如下步骤进行：

本发明首先采用CTAB法提取玉米叶片DNA，具体方法如下：剪取2厘米左右长度的幼苗叶片，放入装有钢珠的2 mL离心管；将装有叶片的离心管放入液氮浸没5分钟，然后利用研磨仪打碎叶片样品；向离心管中加入700 μL CTAB提取缓冲液（其中含有1%的β-巯基乙醇），并用力震荡混匀， 65 ℃恒温水浴中预热20-30 min，（期间取出颠倒1-2次，并注意实验样品编号的对应）；离心管冷却至室温后加入700 μL氯仿：异戊醇（24:1）萃取液，用力摇晃30s之后在室温条件下静置片刻；在4 ℃条件下，以12000 rpm速度离心5 min，取离心完成后的500 μl上清液于新的1.5 mL离心管中；将等体积的异丙醇加入到盛有上清液的离心管中轻轻震荡混匀，室温条件下静置10 min左右；随后将盛有样品的离心管放入4 ℃离心机中，以12000 rpm速度离心10 min之后，轻轻吸取上清液，弃上清，保留沉淀；加入800 μL75 %乙醇，洗涤沉淀两次，以10000 rpm速度离心5 min，弃掉上清；将样品放置在室温下自然干燥2-4小时，得到DNA沉淀，加入适量无菌水溶解，轻微震荡，充分溶解DNA。DNA样品存于-20 ℃保存。用Nanodrop检测DNA浓度，稀释至10 ng/L用作PCR模板。

然后根据ZmPHD11（Zm00001d013416）基因序列设计PCR引物。

检测靶标：MT1和MT2；产物大小：701 bp；引物序列如下：

ZmPHD11-T-F: 5’-CACTCGCAAGCCACAAATTACG-3’；

ZmPHD11-T-R: 5’-ATCACACAGAGACGGAGCATTTATAACA-3’。

提取基因组DNA，按照以下PCR参数扩增：

反应体系：15 μL MIX常规PCR体系，0.5 μL forward primer，0.5 μL reverseprimer，1 μL DNA，5.5 μL灭菌ddH2O，7.5 μL 2x taq mix（产品编号：10103ES ）。

反应程序：常规PCR：58 ℃退火、延伸1分钟、32轮循环。

接着将PCR产物回收并连接T载体测序，通过测序多个T0代独立阳性转化事件靶标区域的DNA序列，明确靶标区域是否发生基因编辑，最终发现3个T0转化事件靶标区域序列发生了变化，且均为纯合突变，编辑前后的序列如图3所示，对应3个phd11纯合突变体：ZmPHD11-Cas9-1、ZmPHD11-Cas9-2、ZmPHD11-Cas9-3。与野生型序列比对显示ZmPHD11-Cas9-1、 ZmPHD11-Cas9-2和ZmPHD11-Cas9-3在靶标1和2处发生了较大片段的缺失。

对3个phd11同源突变体中氨基酸序列进行比对分析发现，与未编辑的WT相比，突变后的品系ZmPHD11-Cas9-1、ZmPHD11-Cas9-2和ZmPHD11-Cas9-3，其编码的的核苷酸在靶标1和2处的缺失使其氨基酸都发生了移码突变，且随后的氨基酸全部发生提前终止。因此这些转化体中Zm00001d013416蛋白的功能均表现缺失。

4、F1代植株的基因分型

由于在温室生长的玉米T0代植株，经常雌穗和雄穗发育不协调，同时当编辑的基因与雄性发育相关时也会影响育性，因此为了繁殖T0代植株，并使获得的基因编辑类型遗传下去，本发明使用玉米自交系郑58的野生型花粉为上述获得的ZmPHD11-Cas9-1、ZmPHD11-Cas9-2、ZmPHD11-Cas9-3的T0代植株授粉，进而获得F1代种子，生长的植株为F1代植株。

F1代植株包括2种分离类型，一种为Cas9-阳性植株（转基因植株），另一种为Cas9-阴性植株（非转基因植株），为了避免sgRNA和Cas9对杂交授粉引入的郑58野生型等位基因进行持续编辑，从而造成突变类型的复杂性，我们需要通过基因分型从F1代植株中挑选出不含有Cas9基因，但含有T0代突变类型的植株，这类植株自交后可以得到非转基因的F2代。F1代植株的基因分型步骤如下：

按照上述的CTAB法提取叶片DNA后，首先利用Cas9基因的特异引物Cas9-F（5’-CCCGGACAATAGCGATGT-3）和Cas9-R（5’- GAGTGGGCCGACGTAGTA-3’）进行PCR扩增。PCR反应体系同上；反应程序：常规PCR：58℃退火、延伸1分钟、32轮循环。PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳后，根据结果区分出Cas9-阳性植株和Cas9-阴性植株。

进一步针对Cas9-阴性植株，采用上述的检测MT1和MT2靶标的引物ZmPHD11-T-F和ZmPHD11-T-R进行PCR扩增；PCR产物纯化后，连接T载体，进行测序；根据测序结果分析确定T0代突变类型的遗传情况。

实施例三 phd11不育系的表型分析

上述实施例二鉴定的不含有Cas9基因的F1代植株自交后获得F2代种子，三种phd11突变类型（ZmPHD11-Cas9-1、ZmPHD11-Cas9-2和ZmPHD11-Cas9-3）各取1个自交单穗进行穗行播种，在成熟期进行表型的调查。三种F2株系中，可育株与不育株的比例，均符合3:1分离，进一步表明phd11不育系的不育性状由单个隐性基因控制，然后针对F2代获得的稳定非转基因phd11不育系与野生型进行详细的表型比较。

1、雄穗、花药和花粉活力的观察

在营养生长和雌穗的发育方面， phd11不育系（ZmPHD11-Cas9-1、ZmPHD11-Cas9-2和ZmPHD11-Cas9-3）的植株与野生型相比基本无差异；在雄穗发育方面，野生型能够正常抽雄，花药能够正常开裂、散粉，自交后可正常结实，而phd11不育系虽能正常抽雄，但是不能正常开花，花药颖壳基本不能开裂，花药相比于野生型更小，并且几乎不外露（图4）；进一步对野生型和突变体的花粉进行I2-KI染色，发现野生型花粉发育正常，花粉粒染色后呈黑色，但突变体只含有少量花粉并且不能充淀粉（图4）。这表明ZmPHD11（Zm00001d013416）基因控制玉米的雄性发育，通过基因编辑方法创制的phd11不育系为花粉粒染败类型，且呈现完全败育的特点。

2、花药的扫描电镜（SEM）观察

为了深入解析phd11的细胞学特征，对野生型和突变体花药内外壁进行扫描电镜（SEM）分析。剥取处于成熟期（S13）的野生型和突变体花药，然后立即固定在FAA（Coolaber，中国）溶液中，固定液的体积不少于所取研究材料体积的20倍；对于突变体花药，可用解剖针在花药壁穿孔以提高固定液的渗透效果，或者反复抽真空至花药沉入固定液底部；室温固定2小时后，将材料置于4℃保存，或依次置于50%、60%、70%、80%、90%、100%的乙醇中进行脱水，每个梯度保持15分钟；材料可置于70%的乙醇中过夜或保存。脱水后的样品进行二氧化碳临界点干燥，然后镀金即可进行观察。发现phd11突变体的花药外表皮光滑，始终不能形成网状的角质层结构，而野生型则形成了致密的网状角质层结构；同样phd11突变体花药的内表皮也表现光滑，没有致密的颗粒状的乌氏小体形成（图5）。花药角质层是覆盖在花药表面的细胞外脂质层，保护花药免受外部非生物胁迫、内部组织失水和病原体的侵袭，位于花药内壁的乌氏体，被认为是孢粉素前体从绒毡层细胞到小孢子的转运载体。上述结果表明ZmPHD11（Zm00001d013416）基因突变后，可以影响花药角质层的形成和阻断绒毡层内孢子花粉素前体物质的合成。

实施例四 phd11不育系鉴定的共分离分子标记开发和应用

1、共分离分子标记的开发

在本发明中，针对获得的三种phd11不育系的突变位点，利用Primer5.0软件进行引物设计，开发出一对共分离分子标记：ZmPHD11-F/R，结合PCR与琼脂糖凝胶电泳检测的方法，根据获得的条带及大小即可分离出突变体的基因型。

共分离分子标记ZmPHD11-F/R包括第一引物ZmPHD11-F和第二引物ZmPHD11-R；该标记能够特异性检测玉米ZmPHD11-Cas9-1、ZmPHD11-Cas9-2和ZmPHD11-Cas9-3突变体及由其转育的玉米不育材料中的突变基因phd11，并能同时区分野生型PHD11基因和突变型phd11基因；针对突变基因phd11中能分别扩增出545 bp、537 bp和678 bp的条带，而对野生型PHD11基因扩增出710 bp的条带。引物序列如下：

ZmPHD11-F：CACTCGCAAGCCACAAATTACG

ZmPHD11-R：ATCACACAGAGACGGAGCATTTATAACA

2、共分离分子标记的应用

为了验证上述标记的有效性，以实施例三中获得的F2株系为材料，进行phd11等位基因的检测。DNA提取方法、PCR扩增体系和条件同实施例二，PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳分离。

理论上，ZmPHD11-F/R在PHD11/ PHD11纯合野生型（AA）DNA中能扩增出710 bp的条带，在phd11/ phd11纯合突变型材料（aa）DNA中分别扩增出545 bp、537 bp和678 bp的条带，而在PHD11/ phd11杂合型（Aa）材料中，则能分别同时扩增出对应的两条条带。ZmPHD11-F/R分子标记的验证结果如图6、图7和图8所示，结果显示设计的功能性分子标记对F2植株的检测结果完全符合预期，在PHD11/PHD11纯合野生型（AA）、PHD11/ phd11杂合型（Aa）和phd11/ phd11纯合突变型材料（aa）中分别扩增出对应大小的条带，可以作为PHD11，phd11等位基因检测的理想标记。

这些分子标记有助于在开花和授粉前确定突变基因型，以便在不同遗传背景下进行杂交和回交选育雄性不育系，具有重要的应用价值。

序列表

<110> 北京首佳利华科技有限公司

信阳首佳利华农业科技有限公司

<120> 雄性不育基因ZmPHD11及其在创制玉米雄性不育系中的应用

<160> 6

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 2868

<212> DNA

<213> 玉米(Zea mays)

<400> 1

atgccgtcca ggcgcgcgct acggcggtct ccgccgccac gacagagccc gcaggcagcg 60

gcggacgcga aggaggcggc gagcccgtgg ctaccgtcct catcctccac ctcgtcgtct 120

tcctcctcag cctccgcgct cgtcaggcgc tccgccgcct tctcggcggc tgggccgagg 180

ggcggatcgg ggacgcgcgt gtacccgttg cgggacttcc cgggcgggga cgcggccgcg 240

ctcggcggtg cgttccggga caacgtgcgg tggctcctga agcagtggag ctgcgttccg 300

ggttccgtgt cggcgtggcg cgcgctgctg tcagacgagc ggacgggcgc cttagtcccc 360

gtcatcgccg tggaggagct cgcggcatcg tcgcccttgc cgctctgcga tctctgtcgc 420

tgcgccggtg agttggcttc gcttccctgg gccatcatcg cttatttggg cgcaacacgc 480

gcctgtttcg ttcgtggggt tttgaacgct tgatggatgc gcggattagg ttttaatcgg 540

gagttcttcc cgatttttgc tgattctttg ggtggattag tagaactgtt gttataaatg 600

ctccgtctct gtgtgattta tgggcttcgt gatcttagag agattcttgg gattctttgg 660

gggatatttt tcagtaatag ttacttgcaa ttattgttgc tacctgttga gaaatgcgct 720

gaatgagagt taaaaatact cctaattctg attacataca atttgggggt gaacaatagg 780

aattgcattt ctgttcaaca ttcttgcact tatgaccgtt attttcctct gcgcaattgc 840

caggaattga cgaccccatg ttgcttgttt caaattattt taaaccactt ccaaaaatac 900

caatgcagtt atgatggtgg tccctagcct cttaaagttt ctttcttctt ctggaaaaga 960

tgttgtttcg tgcattgatt tacttcctac tagttgtgtg aatgccaact caccagtggt 1020

cgaaataagt acatgatctg gaccgcaatt tcaggttgga gccaccactg ggtgtcaaag 1080

cggaagtacc atttcatcat tccggcagtg gtcgactggg accagccatt cagggctgat 1140

gggttacttg ggcacagcga gcacctccta catggtctga tccatagtaa tggctttggt 1200

caccttctca ccctccgtgg tcgtgttggt ggctccactt tcctctctgg ctgccagatc 1260

atggatatat gggatcaact ttgcacagct ctccgtgtaa ggtaacaata tactcttccc 1320

tgttcagaaa tactcttcag taagtacctg ttagctagct gtggtttaag tacactagca 1380

aattctgaac tttggtaact tcatgaacgc tgtaaactcg agaaagataa ttcaccttgt 1440

ttctatcttc tgagctttgg aaggtttctg tgcagagccg tctctgttgt ggacttgacc 1500

cagaagtact ctgtggacct ccgcctcctg cttggagtgg cacaaagcaa gacttggttc 1560

actcgctggg ggtactgcct tgccaagggt tgtttcagcg tgtctaggtc cacttatact 1620

gctgcacttg aagcccttgc tgccctgcct gttgattgtc tccgtagtcg tcatgtccgt 1680

cgtgtggtca ccatctaccg ccgcctctcc agcaaacctc tggttacagt ccgcgagttt 1740

ctcctctgcc tgcttgattg gaagcaccgt gagcccccgc tttctcctcc tcccgtgaag 1800

gcatcctcgc ggctgatgtt cttgctgcca aagtcatgta tgatgaagag gcccaggcag 1860

ccatgtcaac gctttgagga cgtagttgac ctgcttgagt gtcggtggtc aaagaagcgt 1920

ctgcttagtg ctgcaaatgt tgttgttgca aagctgcgag agcatgcgga tggcacaaag 1980

ataacacggc aagcagtgcg agatgctgca aggggtggca tcggtgacac tggtctcctg 2040

gacttcgtca tcaagtccct caataacact gttgttggta accacattgt gcgccgcgtg 2100

cctgaccctg agaatcgtgt gcttcacttc agccttgagg aatatgctga gcctgagcca 2160

cagccacagg cagatcatga gcttgaacca gtggaacttg atgcagagaa cacccctcct 2220

gcagtccgat ggccaaacgc agccgaggcg gagcgggatc tgcgtgctgt gtaccgagca 2280

atggtggggg cacgcagtga agcagcacag gctgtactgg actgcaagca ctgggtgaaa 2340

tggtggggcc tcagggacga gtctgatgac cagctaaggt tccttgttga gtggcgacca 2400

cagccatggg aggctactga acttacaagg ccaatgccgc ctggggatat tgtggtagta 2460

ccactgcatg catccatagg cgagctgctt gttgaggcag agcatgcact gagggataca 2520

tactgcttct ttgagaattt ccaggccgag tcactggatg gcattactgg ggataaatgg 2580

gatccggtga tgcttggtgg agcagagtct ggtgacacca ttggtgtgca cggccacgga 2640

gctgacatgg agactgggct gcggtgccag ggaggtgcag atgcgtggga ggtgcagtgc 2700

gtttgtggtg cacaggacga cgatggggag cgcatggtgg catgcgatgc atgcaatgtc 2760

tggcaccata cacgctgtgt cggcattgca gatggtgctc cggtgccacc attgtttctc 2820

tgcatatcct gcagtggcgc gctaatggcc gctggaccaa tttctgga 2868

<210> 2

<211> 689

<212> PRT

<213> 玉米(Zea mays)

<400> 2

Met Pro Ser Arg Arg Ala Leu Arg Arg Ser Pro Pro Pro Arg Gln Ser

1 5 10 15

Pro Gln Ala Ala Ala Asp Ala Lys Glu Ala Ala Ser Pro Trp Leu Pro

20 25 30

Ser Ser Ser Ser Thr Ser Ser Ser Ser Ser Ser Ala Ser Ala Leu Val

35 40 45

Arg Arg Ser Ala Ala Phe Ser Ala Ala Gly Pro Arg Gly Gly Ser Gly

50 55 60

Thr Arg Val Tyr Pro Leu Arg Asp Phe Pro Gly Gly Asp Ala Ala Ala

65 70 75 80

Leu Gly Gly Ala Phe Arg Asp Asn Val Arg Trp Leu Leu Lys Gln Trp

85 90 95

Ser Cys Val Pro Gly Ser Val Ser Ala Trp Arg Ala Leu Leu Ser Asp

100 105 110

Glu Arg Thr Gly Ala Leu Val Pro Val Ile Ala Val Glu Glu Leu Ala

115 120 125

Ala Ser Ser Pro Leu Pro Leu Cys Asp Leu Cys Arg Cys Ala Gly Trp

130 135 140

Ser His His Trp Val Ser Lys Arg Lys Tyr His Phe Ile Ile Pro Ala

145 150 155 160

Val Val Asp Trp Asp Gln Pro Phe Arg Ala Asp Gly Leu Leu Gly His

165 170 175

Ser Glu His Leu Leu His Gly Leu Ile His Ser Asn Gly Phe Gly His

180 185 190

Leu Leu Thr Leu Arg Gly Arg Val Gly Gly Ser Thr Phe Leu Ser Gly

195 200 205

Cys Gln Ile Met Asp Ile Trp Asp Gln Leu Cys Thr Ala Leu Arg Val

210 215 220

Arg Ala Val Ser Val Val Asp Leu Thr Gln Lys Tyr Ser Val Asp Leu

225 230 235 240

Arg Leu Leu Leu Gly Val Ala Gln Ser Lys Thr Trp Phe Thr Arg Trp

245 250 255

Gly Tyr Cys Leu Ala Lys Gly Cys Phe Ser Val Ser Arg Ser Thr Tyr

260 265 270

Thr Ala Ala Leu Glu Ala Leu Ala Ala Leu Pro Val Asp Cys Leu Arg

275 280 285

Ser Arg His Val Arg Arg Val Val Thr Ile Tyr Arg Arg Leu Ser Ser

290 295 300

Lys Pro Leu Val Thr Val Arg Glu Phe Leu Leu Cys Leu Leu Asp Trp

305 310 315 320

Lys His Arg Glu Pro Pro Leu Ser Pro Pro Pro Val Lys Ala Ser Ser

325 330 335

Arg Leu Met Phe Leu Leu Pro Lys Ser Cys Met Met Lys Arg Pro Arg

340 345 350

Gln Pro Cys Gln Arg Phe Glu Asp Val Val Asp Leu Leu Glu Cys Arg

355 360 365

Trp Ser Lys Lys Arg Leu Leu Ser Ala Ala Asn Val Val Val Ala Lys

370 375 380

Leu Arg Glu His Ala Asp Gly Thr Lys Ile Thr Arg Gln Ala Val Arg

385 390 395 400

Asp Ala Ala Arg Gly Gly Ile Gly Asp Thr Gly Leu Leu Asp Phe Val

405 410 415

Ile Lys Ser Leu Asn Asn Thr Val Val Gly Asn His Ile Val Arg Arg

420 425 430

Val Pro Asp Pro Glu Asn Arg Val Leu His Phe Ser Leu Glu Glu Tyr

435 440 445

Ala Glu Pro Glu Pro Gln Pro Gln Ala Asp His Glu Leu Glu Pro Val

450 455 460

Glu Leu Asp Ala Glu Asn Thr Pro Pro Ala Val Arg Trp Pro Asn Ala

465 470 475 480

Ala Glu Ala Glu Arg Asp Leu Arg Ala Val Tyr Arg Ala Met Val Gly

485 490 495

Ala Arg Ser Glu Ala Ala Gln Ala Val Leu Asp Cys Lys His Trp Val

500 505 510

Lys Trp Trp Gly Leu Arg Asp Glu Ser Asp Asp Gln Leu Arg Phe Leu

515 520 525

Val Glu Trp Arg Pro Gln Pro Trp Glu Ala Thr Glu Leu Thr Arg Pro

530 535 540

Met Pro Pro Gly Asp Ile Val Val Val Pro Leu His Ala Ser Ile Gly

545 550 555 560

Glu Leu Leu Val Glu Ala Glu His Ala Leu Arg Asp Thr Tyr Cys Phe

565 570 575

Phe Glu Asn Phe Gln Ala Glu Ser Leu Asp Gly Ile Thr Gly Asp Lys

580 585 590

Trp Asp Pro Val Met Leu Gly Gly Ala Glu Ser Gly Asp Thr Ile Gly

595 600 605

Val His Gly His Gly Ala Asp Met Glu Thr Gly Leu Arg Cys Gln Gly

610 615 620

Gly Ala Asp Ala Trp Glu Val Gln Cys Val Cys Gly Ala Gln Asp Asp

625 630 635 640

Asp Gly Glu Arg Met Val Ala Cys Asp Ala Cys Asn Val Trp His His

645 650 655

Thr Arg Cys Val Gly Ile Ala Asp Gly Ala Pro Val Pro Pro Leu Phe

660 665 670

Leu Cys Ile Ser Cys Ser Gly Ala Leu Met Ala Ala Gly Pro Ile Ser

675 680 685

Gly

<210> 3

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

acgcgcgtgt acccgttgc 19

<210> 4

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

tggaggagct cgcggcatc 19

<210> 5

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

cactcgcaag ccacaaatta cg 22

<210> 6

<211> 28

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 6

atcacacaga gacggagcat ttataaca 28

Claims (5)

1.ZmPHD11基因在控制玉米雄性生殖发育中的应用，其特征在于，利用CRISPR/Cas9方法抑制玉米ZmPHD11基因的表达，获得玉米zmphd11雄性不育植株；其中所述ZmPHD11基因的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示，在所述基因第一外显子处设计CRISPR/Cas9载体靶点，所述靶点的DNA序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述基因的核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示。

3.一种制备玉米雄性不育植株的方法，其特征在于，利用CRISPR/Cas9方法抑制玉米ZmPHD11基因的表达，获得玉米 zmphd11 雄性不育植株；其中， 所述基因的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示；在所述基因第一外显子处设计CRISPR/Cas9载体靶点，所述靶点的DNA序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示。

4.一种获得玉米zmphd11雄性不育系的方法，其特征在于，通过权利要求3所述方法获得的玉米zmphd11雄性不育植株作为母本与目标材料进行杂交获得F1代，然后F1代再与目标材料回交，从而使目标材料获得玉米zmphd11雄性不育的性状和基因突变。

5.通过权利要求4所述的方法获得的玉米zmphd11雄性不育系在杂交育种和制种中的应用。

Images