CN112458206A - 一种引物探针组及其应用和一种检测蜜蜂慢性麻痹病毒的试剂盒 - Google Patents
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- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
Abstract
本发明属于生物技术领域,本发明提供了一种引物探针组及其应用和一种检测蜜蜂慢性麻痹病毒的试剂盒。本发明提供的引物探针组,包括上游引物、下游引物和TaqMan探针;本发明提供的引物探针组用于蜜蜂慢性麻痹病毒的检测。本发明具有以下优点:(1)良好的稳定性和特异性:对蜜蜂慢性麻痹病毒的检测具有高度特异性,与其它蜜蜂病毒无交叉反应,且重复性好;(2)灵敏度高:灵敏度能达到约10拷贝/μL;(3)操作简便、快速:整个反应可在60min内完成;本发明提供的引物探针组及其试剂盒用于蜜蜂慢性麻痹病毒的检测以及与其他蜜蜂病毒病的鉴别诊断,对于保障我国养蜂业和自然生态的健康发展具有重要意义。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,尤其涉及一种引物探针组及其应用和一种检测蜜蜂慢性麻痹病毒的试剂盒。
背景技术
蜜蜂慢性麻痹病又叫黑蜂病、瘫痪病,是由蜜蜂慢性麻痹病毒(chronic beeparalysis virus,简称CBPV)引起的一种成年蜜蜂传染病。该病全年都可发生,大多在春秋季流行,传染很快,病情严重,顽固难治。
CBPV主要侵袭成年工蜂,被CBPV感染的蜂群可同时出现2种典型的麻痹病症,即Ⅰ型麻痹综合症和Ⅱ型麻痹综合症。Ⅰ型麻痹综合症表现为患病蜜蜂身体和双翅不正常的震颤,失去飞行能力,只能爬行。伴有腹部肿胀、下痢和双翅无法闭合等明显的病症。患病蜜蜂个体出现病症后数日内死亡。严重时使得蜂群崩溃,多发于盛夏高温季节。Ⅱ型麻痹综合症又被称为“黑盗蜂”、“黑小蜂”或“脱毛黑蜂症”等。患病蜜蜂个体初期具有飞行能力,身体绒毛逐渐脱落,体色加深变黑。病蜂个体看起来比健康蜜蜂小,并有一个相对突出、有油亮光泽的腹部。可观察到被同群健康蜜蜂攻击的现象,类似盗蜂时的进攻行为。数日后,染病蜜蜂出现失去飞行能力、身体不停颤抖等麻痹症状,之后在短时间内死亡。蜜蜂缓慢性麻痹病毒病全年均可发生,但多在春夏两季流行。法国在2007至2009年期间发生了严重的蜜蜂病害,许多出现麻痹病症的蜜蜂与染病蜜蜂体内高浓度的CBPV有明显的相关性。
目前对蜜蜂病毒病的检测主要采用免疫学检测和核酸分子检测技术。免疫检测是目前一种常用的快速检测病毒的方法,但是蜜蜂很多病毒之间具有高度的基因同源性,应用免疫学技术会造成蜜蜂病毒检测特异性较差,很难对蜜蜂病毒病进行准确诊断。基于核酸分子的PCR检测技术与免疫检测技术相比,PCR技术在病原体检测方面已取得革命性的成功,成为核酸快速检测的一个金标准,具有敏感度高、特异性强、简便、快速而且准确,是目前最常用的,也是实验室主要采用的检测技术之一。实时荧光RT-PCR方法通过利用荧光探针使特异性进一步增强,直接显示扩增结果,而无需电泳检测,更缩短了检测时间。
目前,检测CBPV的实时荧光RT-PCR试剂盒还未见报道,该技术弥补目前国内有关蜂类疫病检测的技术需求,对于保障我国养蜂业和自然生态的健康发展具有重要意义。
发明内容
本发明的目的在于提供一组检测蜜蜂慢性麻痹病毒的实时荧光RT-PCR特异性引物探针组及其试剂盒,以弥补现有检测技术的不足。本发明利用CBPV基因特异的保守序列设计引物和探针,通过对实时荧光RT-PCR反应体系的优化,利用实时荧光RT-PCR系统检测蜜蜂慢性麻痹病毒。该方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单的特点,能够对进境非人灵长类动物的蜜蜂慢性麻痹病毒进行快速、准确的检疫和鉴定。
为了实现上述发明目的,本发明提供了以下技术方案:
本发明提供了一种引物探针组,所述引物探针组包括上游引物、下游引物和TaqMan探针;所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,所述TaqMan探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
优选的,所述TaqMan探针5’端标记有荧光报告基团FAM,3’端标记有荧光淬灭基团BHQ1。
本发明还提供了一种所述引物探针组在制备检测蜜蜂慢性麻痹病毒的试剂盒中的应用。
本发明还提供了一种检测蜜蜂慢性麻痹病毒的试剂盒,包括所述的引物探针组。
优选的,所述试剂盒还包括阳性对照品、阴性对照品、10×RT-PCRbuffer缓冲液、MgCl2、dNTPs、DNA聚合酶、逆转录酶和RNA抑制剂。
优选的,所述阳性对照品为含有目的片段的阳性克隆质粒,所述目的片段如SEQID NO.4所示;所述阴性对照品为无核酸酶水。
优选的,所述试剂盒在实时荧光RT-PCR的反应体系配置为:10×RT-PCR buffer 2μL,25mmol/L MgCl2 2μL,2.5mmol/L dNTPs 1.5μL,10μmol/L上下游引物各0.5μL,10μmol/L探针0.5μL,5U/μL DNA聚合酶0.5μL,5U/μL逆转录酶0.5μL,40U/μL RNA酶抑制剂0.5μL,待测样品RNA 2μL,然后加入无核酸酶水9.5μL,使反应总体积为20.0μL。
优选的,所述实时荧光RT-PCR的反应程序为:50℃反转录30min;95℃预变性5min;95℃变性15s,55~65℃退火30s,共40~45个循环。
本发明具有以下优点:(1)良好的稳定性和特异性:对蜜蜂慢性麻痹病毒的检测具有高度特异性,与其它蜜蜂病毒无交叉反应,且重复性好;(2)灵敏度高:灵敏度能达到约10拷贝/μL;(3)操作简便、快速:整个反应可在60min内完成。本发明提供的引物探针组及其试剂盒用于蜜蜂慢性麻痹病毒的检测以及与其他蜜蜂病毒病的鉴别诊断,对于保障我国养蜂业和自然生态的健康发展具有重要意义。
附图说明
图1为实施例1的蜜蜂慢性麻痹病毒特异性目的片段PCR扩增后电泳结果;其中M:Ladder DNA Marker 50bp;1:阳性样品,大小约为73bp;2:阴性对照;
图2为实施例3的蜜蜂慢性麻痹病毒实时荧光RT-PCR检测方法的退火温度优化结果;
图3为实施例3的蜜蜂慢性麻痹病毒实时荧光RT-PCR扩增的标准曲线;图中横坐标代表样品核酸浓度对数值,纵坐标代表RT-PCR扩增循环数;R代表相关系数,决定系数R2为0.997;
图4为实施例4蜜蜂慢性麻痹病毒实时荧光RT-PCR检测方法的特异性测定结果;
图5为实施例5的临床样品检测结果;其中包括阳性对照、阴性对照、7份阳性样品以及阴性样品。
具体实施方式
为了进一步阐明本发明,以下结合实施例加以说明,但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。下述实施例中所述实验方法,如无特殊说明,均为常规方法;所述试剂和生物材料中除蜜蜂慢性麻痹病毒毒株由专门机构提供外,如无特殊说明均可从商业途径获得。
实施例1
本实施例提供了一种基于实时荧光RT-PCR检测蜜蜂慢性麻痹病毒的引物探针组。该引物探针组包括上游引物CBPV-F、下游引物CBPV-R及TaqMan探针CBPV-P。其中,上游引物CBPV-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,下游引物CBPV-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,TaqMan探针CBPV-P的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。即:
上游引物CBPV-F:5’-ACCGAATCTGATTATTGTGAAGCC-3’;
下游引物CBPV-R:5’-GCTCGCAAATGGCGTTAGA-3’;
TaqMan探针CBPV-P:5’-AACCTGGAAGTCATCCGTAGATCTGGC-3’。在TaqMan探针的5’端标记有荧光报告基团FAM,3’端标记有荧光淬灭基团BHQ1。
扩增的目的片段核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。该目的片段的电泳结果如图1所示。
本实施例的引物探针组可以用于检测蜜蜂慢性麻痹病毒。
实施例2
本实施利用实施例1中的引物探针组得到了一种检测蜜蜂慢性麻痹病毒的试剂盒。
本实施例的试剂盒包括实施例1提供的引物探针组、阳性对照品、阴性对照品、10×RT-PCR buffer缓冲液、MgCl2、dNTPs、DNA聚合酶、逆转录酶和RNA抑制剂。其中,阳性对照品为含有目的片段的阳性克隆质粒,所述目的片段如SEQ ID NO.4所示;阴性对照品为无核酸酶水。
实施例3
本实施例提供了一种检测蜜蜂慢性麻痹病毒的方法。本实施例的检测方法利用了本发明实施例2提供的试剂盒,并且对检测过程中的反应条件进行了优化。包括以下步骤:
(1)提取待测样品RNA;
(2)实时荧光RT-PCR反应体系配置:10×RT-PCR buffer 2μL,25mmol/L MgCl2 2μL,2.5mmol/L dNTPs 1.5μL,10μmol/L上、下游引物各0.5μL,10μmol/L探针0.5μL,5U/μLDNA聚合酶0.5μL,5U/μL逆转录酶0.5μL,40U/μL RNA酶抑制剂0.5μL,待测样品RNA 2μL,然后加入无核酸酶水9.5μL,使反应总体积为20.0μL;
(3)实时荧光RT-PCR反应程序:50℃反转录30min;95℃预变性5min;95℃变性15s,59℃退火30s,共40个循环,在59℃进行单点荧光检测;
本实施例在实施之前还对退火温度进行了探究,具体的为:采用与上述条件相同的实时荧光RT-PCR反应体系和反应程序,区别在于,将退火温度设置为55~65℃的梯度温度,每个梯度温度设置3个重复,共40个循环;退火温度优化结果如图2所示,当退火温度为59℃时,荧光强度最强,在保持扩增效率的基础上,选择较高的退火温度来提高特异性,所以选择最佳退火温度为59℃。
(4)结果判定:阴性对照无Ct值且无扩增曲线,同时阳性对照Ct值≤35,并且出现典型的扩增曲线,说明实验为有效实验,否则实验无效。
在实验有效的情况下,待测样品无Ct值且无扩增曲线,表示样品中不含蜜蜂慢性麻痹病毒,判断为阴性;待测样品Ct值≤35,且出现典型的扩增曲线,表示样品中含有蜜蜂慢性麻痹病毒,判断为阳性;待测样品Ct值>35,则对该样品重复检测:重复检测结果无Ct值则该样品不含蜜蜂慢性麻痹病毒,判断为阴性;重复检测结果有Ct值则该样品中含有蜜蜂慢性麻痹病毒,判断为阳性。
由上述方法即可定性判断待测样品中是否含有蜜蜂慢性麻痹病毒。
本发明还通过建立标准曲线定量检测样品中蜜蜂慢性麻痹病毒浓度。蜜蜂慢性麻痹病毒实时荧光RT-PCR检测试剂盒检测标准曲线的建立:
(1)标准品DNA稀释:将含有目的片段的阳性克隆质粒用无菌水10倍递增稀释成一系列浓度的质粒DNA标准品。
(2)标准曲线方程建立:以稀释后的质粒DNA标准品为模板,每个标准样品处理重复3次,并以健康蜜蜂组织总RNA为对照,以无菌水为空白对照。按上述方式配置20μL的实时荧光RT-PCR反应体系并进行实时荧光RT-PCR反应;获得如图3所示的标准曲线,构建标准曲线方程。本实施例构建的标准曲线方程为Y=-3.098x+45.246;R代表相关系数,决定系数R2为0.997,扩增效率为110.3%。
实施例4
蜜蜂慢性麻痹病毒实时荧光RT-PCR检测试剂盒的特异性测定
分别以蜜蜂慢性麻痹病毒、黑蜂王台病毒、蜜蜂囊状幼虫病毒、急性麻痹病毒、残翅病毒等5种常见的蜜蜂病毒为样品,并设置阴性对照,按常规方法提取RNA后以实施例3的方法进行RT-PCR反应和结果判定。由图4可知,仅蜜蜂慢性麻痹病毒有产生典型的扩增曲线(Ct值为20.47),其他样品均无扩增曲线,说明本试剂盒对蜜蜂慢性麻痹病毒具有较强的特异性。
实施例5
临床样品蜜蜂慢性麻痹病毒的检测
利用本试剂盒对临床分离的20份临床样品进行检测,按照常规方法提取各个样品总RNA后根据实施例3的方法进行检测。结果如图5所示,7份临床样品均为阳性,Ct值均在23~34之间,阳性对照为20.31,阴性对照无Ct值,与预期结果相一致。
由以上实施例可知,本发明提供了一种引物探针组,可以用来检测蜜蜂慢性麻痹病毒,并且本发明还基于该引物探针组提供了一种试剂盒以及利用该试剂盒基于实时荧光RT-PCR的检测蜜蜂慢性麻痹病毒的方法。本发明的方法在检测蜜蜂慢性麻痹病毒时具有良好的稳定性和特异性,与其它蜜蜂病毒无交叉反应,且重复性好、灵敏度高,灵敏度能达到约10拷贝/μL;并且本发明的方法具有操作简便、快速的特点,整个反应可在60min内完成。
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 福州海关技术中心
<120> 一种引物探针组及其应用和一种检测蜜蜂慢性麻痹病毒的试剂盒
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
accgaatctg attattgtga agcc 24
<210> 2
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gctcgcaaat ggcgttaga 19
<210> 3
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
aacctggaag tcatccgtag atctggc 27
<210> 4
<211> 73
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
accgaatctg attattgtga agcccaaaac ctggaagtca tccgtagatc tggctctaac 60
gccatttgcg agc 73
Claims (8)
1.一种引物探针组,其特征在于,所述引物探针组包括上游引物、下游引物和TaqMan探针;所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示,所述TaqMan探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
2.如权利要求1所述的引物探针组,其特征在于,所述TaqMan探针5’端标记有荧光报告基团FAM,3’端标记有荧光淬灭基团BHQ1。
3.一种权利要求1或2所述的引物探针组在制备检测蜜蜂慢性麻痹病毒试剂盒中的应用。
4.一种检测蜜蜂慢性麻痹病毒的试剂盒,其特征在于,包括权利要求1或2所述的引物探针组。
5.如权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括阳性对照品、阴性对照品、10×RT-PCR buffer缓冲液、MgCl2、dNTPs、DNA聚合酶、逆转录酶和RNA抑制剂。
6.如权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,所述阳性对照品为含有目的片段的阳性克隆质粒,所述目的片段如SEQ ID NO.4所示;所述阴性对照品为无核酸酶水。
7.如权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,在实时荧光RT-PCR的反应体系中的配置为:10×RT-PCR buffer 2μL,25mmol/L MgCl2 2μL,2.5mmol/L dNTPs 1.5μL,10μmol/L上下游引物各0.5μL,10μmol/L探针0.5μL,5U/μL DNA聚合酶0.5μL,5U/μL逆转录酶0.5μL,40U/μL RNA酶抑制剂0.5μL,待测样品RNA 2μL,然后加入无核酸酶水9.5μL,使反应总体积为20.0μL。
8.如权利要求7所述的试剂盒,其特征在于,所述实时荧光RT-PCR的反应程序为:50℃反转录30min;95℃预变性5min;95℃变性15s,55~65℃退火30s,共40~45个循环。
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