CN111321139A - 用于猫基因分型的组合物及其应用 - Google Patents
用于猫基因分型的组合物及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN111321139A CN111321139A CN201811528090.6A CN201811528090A CN111321139A CN 111321139 A CN111321139 A CN 111321139A CN 201811528090 A CN201811528090 A CN 201811528090A CN 111321139 A CN111321139 A CN 111321139A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- amplification
- dna
- cat
- optionally
- genotyping
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6879—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for sex determination
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及用于猫基因分型的组合物及其应用。所述组合物包括STR位点和性别位点,所述STR位点包括FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220和FCA749,所述性别位点选自SRY或Zn‑finger中的至少一种。由此提供了引物组、试剂盒、基因分型的方法以及用于猫个体识别和亲缘鉴定的方法和系统。本发明所提供的检测位点适用范围广,能够适用全球多个国家及地区的猫类群体。
Description
技术领域
本发明涉及遗传学测定领域,具体涉及一种用于猫基因分型的组合物以及应用,尤其涉及一种用于猫基因分型的组合物、引物组、试剂盒、基因分型的方法、基因分型的系统、用于猫个体识别和亲缘鉴定的方法和设备。
背景技术
人类基因组STR(短串联重复序列)是目前普遍应用的遗传标记,是以少数几个碱基为核心单位,串联重复形成的DNA遗传标记。其长度在几十到几百bp之间。这种串联重复形成的DNA序列可以产生数以亿计的基因型组合,而每一种组合在群体中出现的频率都非常低,因此STR分型是现今国内外法医个体识别和亲子鉴定最主要的技术。
猫身体小巧,样子招人喜爱,是性情温顺、聪明活泼的动物,作为家庭宠物已经有很长久的历史了。根据统计,2018年全球猫数量最多的国家排名中,中国排名第二,拥有约5300万只猫,宠物猫比例也在不断增长。为保障广大爱猫者的权益,利用猫只STR位点分析数据进行亲缘鉴定,对血统证书记录的亲子关系进行确认显得尤为重要。此外,刑事案件中攻击者可能会在不知不觉中把受害者身上粘有的猫毛带离现场,或把攻击者身上的猫毛留在现场。因此来自家猫毛发的证据将会在未来扮演越来越重要的角色,并且有必要建立一个正式的STR法医分型系统,以精确地对猫进行个体识别,亲缘鉴定等。
对于猫的STR分型手段还需要进一步改进。
发明内容
本发明旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。为此,本发明的一个目的在于提出一种用于猫基因分型的组合物以及试剂盒,对猫进行基因分型的方法和系统。通过本发明所提供的组合物以及试剂盒可以实现猫的基因分型,从而可以用于猫的个体识别和亲缘鉴定。
本发明是基于发明人的如下发现所获得的:基因组STR片段一直是生物特征个体识别的有效工具,具有片段较小、分型准确、扩增效率高等特点,已被广泛应用于法医学个体识别和亲子鉴定等领域。而荧光标记复合扩增检测技术不仅可以同时检测多个STR基因座,还可以根据等位基因片段所带的荧光颜色不同加以区别,即使在出现等位基因片段长度有重叠的基因座时,也可以通过采取不同的荧光染料标记,来区分不同基因座的等位基因。针对猫的个体识别和鉴定,目前尚无能够应用的试剂盒。鉴于上述背景,研发基于STR位点的猫类分型试剂盒是十分有必要的,且开发出满足相应要求的猫类分型试剂盒具有重要的应用前景及价值。
而基于猫类中的所有的STR位点,是选择利用全部的位点,还是选择其中的某些个位点,或者其中的某几个位点,才能够实现方便快速,且准确的用作猫的基因分型,需要经过创造性的分析。本发明的发明人通过研究,发现了一种能够利用尽量少的STR位点,即可以获得全面的STR分型结果,从而用于猫的个体识别和亲缘鉴定。且所提供的用于猫类STR分型的位点,适用于全球多个国家及地区的猫类群体。同时稳定性好、扩增效率高及灵敏度强,能够广泛应用于猫只个体识别、亲缘鉴定、血统追溯及DNA档案数据库建立等。
为此,本发明提供了如下技术方案:
根据本发明的第一方面,本发明提供了一种组合物,包括STR位点和性别位点,所述STR位点包括:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749,所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种。各位点详细信息见表1。其中SRY或Zn-finger作为性别区分位点,用于猫的性别鉴定。其中SRY位点可以用来检测Y染色体,Zn-finger位点可以同时检测X和Y染色体。利用组合物中的各个STR位点,可以方便快速的用作猫的基因分型,同时配合性别位点SRY和/或Zn-finger,用作猫的性别鉴定,以实现猫个体识别、亲缘鉴定以及DNA档案数据库的建立等,在法医学和商业领域发挥重要的价值。其中各位点的详细信息如下表1所示。
表1各位点信息
根据本发明的第二方面,本发明提供了一种引物组,所述引物组适于特异性扩增含有下列位点的核酸序列:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749以及性别位点;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种。通过对组合物中各位点所在的核酸序列进行特异性扩增,从而能够快速方便用作猫的基因分型以及性别鉴定等,实现猫的个体识别。
根据本发明的实施例,以上引物组可以进一步附加如下技术特征:
在一些实施例中,所述引物组包括至少一对引物,所述至少一对引物选自SEQ IDNO:1~SEQ ID NO:36所示核苷酸序列中任意一对,所述SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:36所示核苷酸序列依照编号大小每两个为一对。在进行多重PCR反应的时候,引物序列的选择应该非常小心。因为引物的不恰当选择可能会产生不期望的结果,例如扩增缺乏、在预期的靶基因座之外的一个或多个位点扩增、形成引物二聚体、不同的基因座的引物间发生非期望的相互作用等等。本发明针对18个位点在其重复序列的侧翼分别设计特异性引物。每对引物的退火温度均在60摄氏度左右、而且不会产生引物二聚体或者非特异性扩增产物,最终扩增产物的长度在80-450bp之间。经过测试,不产生非特异扩增、引物二聚体,不发生其他相互作用或者交叉反应。由此可以同时实现所有STR位点和性别位点的共扩增,一次性方便快捷用作猫的基因分型和鉴定。
在一些实施例中,用于FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、Zn-finger、FCA105、FCA220、FCA749各位点特异性扩增的引物序列的浓度比为:(0.53±0.1):(0.89±0.1):(0.40±0.1):(0.40±0.1):(0.48±0.1):(0.10±0.1):(0.45±0.1):(0.86±0.1):(0.35±0.1):(0.38±0.1):(0.50±0.1):(0.50±0.1):(0.55±0.1):(0.47±0.1):(0.54±0.1):(0.98±0.1):(0.72±0.1):(0.38±0.1)。
在一些实施例中,所述引物组的每对引物中至少一个引物上连接有可检测标记。
在一些实施例中,所述引物组的每对引物中至少一个引物的5’端连接有可检测标记。
在一些实施例中,所述引物组包含第一引物组,第二引物组,第三引物组和第四引物组,各引物组中的引物上连接有可区分的可检测标记,其中所述第一引物组包括用于FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723位点特异性扩增的引物,所述第二引物组包括用于SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742位点特异性扩增的引物,所述第三引物组包括用于FCA310、FCA736、F124位点特异性扩增的引物,所述第四引物组包括用于FCA075、Zn-finger、FCA105、FCA220、FCA749位点特异性扩增的引物。将引物组分为不同的组别,即第一引物组、第二引物组、第三引物组和第四引物组,每一引物组中的引物带有可检测标记,且不同引物组中引物所带有的可检测标记均不相同,以此实现分组。然后结合每组引物组中各引物扩增得到的产物的片段大小,确定具体是哪一个位点所得到的产物,从而实现基因的分型。
在一些实施例中,所述可检测标记包括荧光标记。
在一些实施例中,所述选自FAM荧光标记、HEX荧光标记、TAMRA荧光标记、ROX荧光标记、Cy5荧光标记中的至少一种。利用FAM(6’-羧基荧光素)蓝色荧光标记、HEX(六氯-6-甲基荧光素)绿色荧光标记、TAMRA(4-甲基-6-羧基-罗丹明)黄色荧光标记、ROX(羧基-X-罗丹明)红色荧光标记和Cy5(Indodicarbocyanine)紫色荧光标记等可以实现不同引物所扩增得到的相同或相近大小的产物片段的区分。
根据本发明的第三方面,本发明提供了一种试剂盒,所述试剂盒包括试剂,所述试剂能够特异性区分STR位点和性别位点,所述STR位点包括:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220和FCA749;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种。该试剂盒选取了稳定性好,扩增效率高,灵敏度强的位点进行检测。能够广泛应用于法医和商业中猫个体识别、亲缘鉴定及DNA档案数据库的建立等。
在本发明的一些实施例中,以上所述试剂盒可以进一步包括如下技术特征:
在一些实施例中,所述试剂包括引物组,所述引物组为本发明第二方面所述的引物组。
在一些实施例中,所述试剂盒进一步包括分子内标物,所述分子内标物为含有多条大小已知的DNA片段的混合物。利用分子内标物可以标示所获得的扩增产物的大小。分子内标物可以标记有可检测标记,这些可检测标记不同于引物上所带有的可检测标记。
根据本发明的第四方面,本发明提供了试剂在制备试剂盒中的用途,所述试剂盒用于猫的个体识别和亲缘鉴定,所述试剂用来检测下述位点:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749和性别位点;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种。
根据本发明的第五方面,本发明提供了一种基因分型的方法,包括:
对待测样品内的STR位点和性别位点进行扩增,得到经扩增的等位基因,所述STR位点包括FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种;对所述经扩增的等位基因进行分析,以获得基因分型结果。通过对待测样品中的各STR位点和性别位点进行扩增,并进行分析获得基因分型的结果,来实现猫的基因分型。
在本发明的一些实施例中,以上基因分型的方法可以进一步附加如下技术特征:
在一些实施例中,利用利用第一复合体系对所述FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723位点进行第一扩增,利用第二复合体系对所述SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742位点进行第二扩增,利用第三复合体系对所述FCA310、FCA736、F124位点进行第三扩增,利用第四复合体系对所述FCA075、Zn-finger、FCA105、FCA220、FCA749位点进行第四扩增。在同一复合体系中,指的是能够在同一环境下所完成的扩增。不同位点在不同的复合体系中,主要是由于在扩增的过程中,位于同一扩增体系中的扩增产物可以依靠产物大小本身进行区分;而位于不同扩增体系中的扩增产物可以依靠复合体系本身不同来达到区分的目的。因此,即便是位于不同体系中的不同位点的扩增产物的大小有所交叉,也会因为复合体系的不同,而形成良好的区分。
在一些实施例中,利用多重扩增反应进行所述扩增,得到经扩增的等位基因。多重扩增反应将引物以各种方式混合在同一反应中同时扩增多个基因,从而可以实现方便快速的对于所有STR位点和性别位点的扩增。
在一些实施例中,所述待测样品来自于猫的DNA。
在一些实施例中,所述待测样品来自于血液、血斑、精液、精斑、骨骼、阴道细胞、毛发、唾液、唾液斑、尿、汗液、羊水中的一种或多种。
在一些实施例中,在进行所述分析之前,还包括对所述经扩增的等位基因进行分离。
在一些实施例中,通过毛细管凝胶电泳对所述经扩增的等位基因进行分离。
在一些实施例中,使用引物组特异性扩增含有所述STR位点和性别位点的核酸序列,所述引物组为根据本发明第二方面所述的引物组。
根据本发明的第六方面,本发明提供了一种基因分型系统,所述系统包括:扩增单元,所述扩增单元用于对待测样品内的STR位点和性别位点进行扩增,得到经扩增的等位基因,所述STR位点包括:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种;等位基因确定单元,所述等位基因确定单元与所述扩增单元相连,所述等位基因确定单元用于对所述经扩增的等位基因进行分析,以获得基因分型结果。
在本发明的一些实施例中,以上基因分型的系统可以进一步附加如下技术特征:
在一些实施例中,所述扩增单元包括第一扩增单元,第二扩增单元,第三扩增单元和第四扩增单元,其中利用所述第一扩增单元对所述FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723位点进行扩增,利用所述第二扩增单元对所述SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742位点进行扩增,利用所述第三扩增单元对所述FCA310、FCA736、F124位点进行扩增,利用所述第四扩增单元对所述FCA075、Zn-finger、FCA105、FCA220、FCA749位点进行扩增。
在一些实施例中,所述扩增单元利用多重扩增反应进行所述扩增,得到经扩增的等位基因。
在一些实施例中,所述待测样品来自于猫的DNA。
在一些实施例中,所述待测样品来自于血液、血斑、精液、精斑、骨骼、阴道细胞、毛发、唾液、唾液斑、尿、汗液、羊水中的一种或多种。
在一些实施例中,所述系统还包括分离单元,所述分离单元分别与所述扩增单元和所述等位基因确定单元相连,所述分离单元用来对所述经扩增的等位基因进行分离。
在一些实施例中,所述分离单元通过毛细管凝胶电泳对所述经扩增的等位基因进行分离。
在一些实施例中,所述扩增单元使用引物组特异性扩增含有所述STR位点和性别位点的核酸序列,所述引物组为根据本发明第二方面所述的引物组。
根据本发明的第七方面,本发明提供了STR位点和性别位点在猫个体识别和亲缘鉴定领域中的用途,所述STR位点包括FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种。
根据本发明的第八方面,本发明提供了一种用于猫个体识别和亲缘鉴定的方法,包括:从待测猫中获取DNA,得到含有猫DNA的样品;基于含有猫DNA的样品,获得所述DNA的基因分型结果,所述基因分型结果根据本发明第五方面所述的方法获得;根据所述基因分型结果,对所述猫进行个体识别和亲缘鉴定。
根据本发明的第九方面,本发明提供了一种用于猫个体识别和亲缘鉴定的设备,包括:DNA获取系统,所述DNA获取系统用于从待测猫中获取DNA,得到含有猫DNA的样品;基因分型系统,所述基因分型系统与所述DNA获取系统相连,所述基因分型系统基于含有猫DNA的样品,获得所述DNA的基因分型结果,所述基因分型系统为根据本发明第六方面所述的基因分型系统;分析系统,所述分析系统与所述基因分型系统相连,所述分析系统根据所述基因分型结果,对所述猫进行个体识别和亲缘鉴定。
本发明所取得的有益效果为:本发明所提供的包含位点数的组合,所含有的STR位点较多。而且检材适用范围广,不仅能对利用chelex100提取猫类血液(血斑)、组织、唾液及毛发的DNA进行扩增检测,还能对血滤纸进行检测。而且借助于本发明提供的引物组,能够在单管内一次性扩增多个STR位点和性别鉴定位点(AMEL、SRY),可在90分钟内完成PCR扩增、120分钟内得到基因分型图谱,极大地节省了物料和时间成本。且准确性高,具有重要的价值。
附图说明
图1是根据本发明的一个实施例提供的STR位点和性别位点排布示意图。
图2是根据本发明的一个实施例提供的试剂盒对于随机猫只1的基因分型图。
图3是根据本发明的一个实施例提供的基因分型系统示意图。
图4是根据本发明的一个实施例提供的基因分型系统示意图。
图5是根据本发明的一个实施例提供的用于猫个体识别和亲缘鉴定的设备的示意图。
图6是根据本发明的一个实施例提供的试剂盒对于随机猫只2的基因分型图。
图7是根据本发明的一个对比例提供的对于随机猫只1的基因分型图。
具体实施方式
下面详细描述本发明的实施例,所述实施例的示例在附图中示出,其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的,旨在用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。
下面对本发明中出现的某些术语进行解释和说明,以便能够更好的理解本发明。需要说明的是,这些解释和说明,仅用来帮助对于本发明的理解,而不应看做是对于本发明的限制。
在本文中,正如本领域通常的理解,“DNA”指的是以其各种形式存在的的脱氧核糖核酸,诸如基因组DNA、cDNA、分离的核酸分子、载体DNA以及染色体DNA。“核酸”是指任何形式的DNA或RNA(核糖核酸)。
在本文中,猫为哺乳纲食肉目猫科猫属动物。例如可以作为家庭宠物饲养的家猫(Feliscatus),或者也可以为野猫。在本文中,基因座或者位点指的是基因在染色体上所占的位置,在分子水平上,基因座是指有遗传效应的DNA序列。一个基因座可以是一个基因,一个基因的一部分,或具有某种调控作用的DNA序列。染色体中,编码在相同基因座上的DNA被称为等位基因。
在本文中,所用到的术语“STR位点”或者“STR基因座”或“多个STR位点”或者“STR基因座集”中的STR位点或者STR基因座是指由在某一个染色体处或者给定的靶核酸处,由两个或多个核苷酸重复形成的核苷酸序列。
本发明所提供的组合物,包括以下STR位点和性别位点,所述STR位点包括:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种。
在本文中,“组合物”并不单单指含有STR位点的混合物,还意指任何形式的组合物中各STR位点的组合。例如,各STR位点所在核酸序列的组合也包含在本文所述“组合物”中。
根据上述组合物,在至少一些实施例中,本发明提供了一种复合体系,所述复合体系能够扩增下列18个位点:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749以及两个性别鉴定位点SRY及Zn-finger,可快速得到18个位点信息。“复合体系”也可以表述为“复合系统”,指的是能够在同一个环境下,完成这18个位点的同时扩增。应用本发明所提供的复合体系作为猫的个体识别,稳定性好,扩增效率高,灵敏度高,且位点的选择是在全球多个国家和地区的猫群体研究结果的基础上,特异性选择了这18个位点,能广泛适用于法医和商业领域猫的个体识别、亲缘鉴定以及DNA档案数据库的建立等。
在至少一种具体实施方式中,所述复合体系可以进一步包括:第一复合体系、第二复合体系、第三复合体系和第四复合体系,所述第一复合体系用于区分FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723,所述第二复合体系用于区分SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742,所述第三复合体系用于区分FCA310、FCA736、F124,所述第四复合体系用于区分FCA075、Zn-finger、FCA105、FCA220、FCA749。所述第一复合体系、第二复合体系、第三复合体系、第四复合体系分别带有不同的荧光标记,以实现每种复合体系的区分。例如可以使用FAM(6’-羧基荧光素)蓝色荧光标记、HEX(六氯-6-甲基荧光素)绿色荧光标记、TAMRA(4-甲基-6-羧基-罗丹明)黄色荧光标记、ROX(羧基-X-罗丹明)红色荧光标记和Cy5(Indodicarbocyanine)紫色荧光标记。在本发明的一种具体实施方式中,所述第一复合体系中标记有FAM蓝色荧光标记;所述第二复合体系标记有HEX绿色荧光标记;所述第三复合体系标记有TAMRA黄色荧光标记;所述第四复合体系标记有ROX红色荧光标记。每一复合体系中各位点扩增产物根据长度差异分开,相邻两个STR位点不能有重叠,从而在一个总的复合体系中实现所有位点的区分,用于基因分型。根据不同位点的情况,将所有位点组成了四个复合体系,能够有效减少非特异性扩增、交叉反应的情况,而且避免了每个体系中各片段峰值均衡值过低,例如低于40%的情况。
应用本发明的复合体系,能够在单管内一次性扩增所有STR位点,借助于荧光标记手段,可在90分钟内完成PCR扩增、120分钟内得到基因分型图谱,极大地节省了物料和时间成本。
在至少一种具体实施方式中,所述复合体系进一步包括:引物序列SEQ ID NO:1~SEQID NO:36,各引物序列的核苷酸序列以及所对应的扩增位点如表2所示。利用这些引物扩增,各产物的长度均在80~450bp之间。
表2用于各STR位点的引物信息
而且将各引物混合,进行复合扩增试验验证,确定没有非特异性扩增现象和交叉反应等情况后,调整每对引物的浓度,可以使得组内各个片段峰值均衡性都达到40%以上。由此,所提供的表2中各对引物的浓度比为:(0.53±0.1):(0.89±0.1):(0.40±0.1):(0.40±0.1):(0.48±0.1):(0.10±0.1):(0.45±0.1):(0.86±0.1):(0.35±0.1):(0.38±0.1):(0.50±0.1):(0.50±0.1):(0.55±0.1):(0.47±0.1):(0.54±0.1):(0.98±0.1):(0.72±0.1):(0.38±0.1)。其中引物根据编号1~36从小到大,每两个引物为一对。由此可以实现所有STR基因座以及性别位点的共扩增。
根据本发明的实施例,本发明还提供了一种试剂盒。试剂盒可以包含上述复合体系。除此之外,试剂盒中还可以包括PCR缓冲液、DNA模板及1U至2U的Taq DNA聚合酶。本发明的PCR扩增反应的缓冲体系中包括:10mM DMSO,50mM KCl,10mM Tris-HCl(pH8.3,25℃),2.0mM MgCl2,0.1mg/ml BSA(牛血清白蛋白)和各0.2mM的dNTP混合物。dNTP混合物是四种脱氧核糖核苷酸(dATP、dTTP、dCTP、dGTP)等摩尔混合物。另外,试剂盒还可以进一步包括:分子量内标,分子量内标选用与复合体系中各引物不同的荧光标记进行标记。例如可以用荧光标记物Atto 633标记为橙色。分子量内标为荧光标记的多条已知片段大小的DNA片段混合物,以其为参照可计算复合扩增产物的片段大小并与等位基因阶梯进行比对,从而分析判断被检样本各位点的基因型。
根据本发明的实施例,本发明还提供了一种基因分型的方法,包括:对待测样品内的STR基因座集以及性别识别位点进行扩增,得到经扩增的等位基因,所述STR基因座集包括FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种;对所述经扩增的等位基因进行分析,以获得基因分型结果。
根据本发明的实施例,所述待测样品为含有猫DNA的样品。在至少一种实施例中,从猫类血液(血斑)、组织、唾液及毛发中提取获得所述DNA,提取方法是Chelex-100法。DNA的含量根据需要,可以在0.2到5ng范围之内。
根据本发明的实施例,利用在各种反应热循环仪上(如ABI 9700、ABI Veriti、Bio-Rad myCycler等)进行所述扩增。在至少一种实施例中,利用如下条件进行扩增:95℃预变性5分钟;95℃变性10秒钟,58℃退火1分钟,70℃延伸20秒钟,该步骤重复28个循环;60℃继续延伸30分钟;4℃~12℃保存。复合扩增后产物的检测方法采用单道或多道毛细管电泳遗传分析仪(3500、3130)上进行检测。
根据本发明的实施例,将扩增产物与与甲酰胺、分子量内标按照30:1的比例进行混合变性后,再使用毛细管电泳法分离。在毛细管电泳技术中,这些荧光标记产物由于片段大小不同而被分离,在激光激发下发出可识别的光信号,能够被遗传分析仪(ABI 3130、3100、3500等)成功接收,精准地读取其片段大小。分子量内标为荧光标记的多条已知片段大小的DNA片段混合物,以其为参照可计算复合扩增产物的片段大小并与等位基因阶梯进行比对,从而分析判断被检样本各位点的基因型。电泳后的数据可以在IDx、GeneMarker等数据分析软件上,转化、分析得到准确的STR基因分型信息和直观图谱。
在至少一些实施例中,本发明提供了一种基因分型系统,如图3所示,所述基因分型系统包括:扩增单元和等位基因确定单元,所述扩增单元用于对待测样品内的STR基因座集以及性别识别位点进行扩增,得到经扩增的等位基因,FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种;所述等位基因确定单元与所述扩增单元相连,用于对所述经扩增的等位基因进行分析,以获得基因分型结果。根据本发明的实施例,基因分型系统还可以包括分离单元,如图4所示,分离单元与所述扩增单元相连,等位基因确定单元与分离单元相连,分离单元用来对所述经扩增的等位基因进行分离。例如可以通过毛细管凝胶电泳对所述经扩增的等位基因进行分离。
在至少一些实施例中,本发明还提供了一种用于猫个体识别和亲缘鉴定的设备,如图5所示,所述设备包括DNA获取系统、基因分型系统和分析系统,基因分型系统与DNA获取系统相连,分析系统与基因分型系统相连。DNA获取系统用于从待测猫中获取DNA,得到含有猫DNA的样品;基因分型系统利用含有猫DNA的样品,获得所述DNA的基因分型结果;分析系统根据基因分型结果,对猫进行个体识别和亲缘鉴定。
下面将结合实施例对本发明的方案进行解释。本领域技术人员将会理解,下面的实施例仅用于说明本发明,而不应视为限定本发明的范围。实施例中未注明具体技术或条件的,按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市购获得的常规产品。
实施例1 STR位点的筛选
已经报道的可以用于猫类基因分型的位点至少有50种,例如F53,C08,B04,G11,FCA441,D09,F124,C12,F85,D06,FCA678等等。如此众多的位点,如果采用所有的位点用于猫只的分型,一方面会造成样品的浪费,另一方面会带来巨大的工作量,而且有些位点的基因分型结果可能会带来相互影响,反而影响分型结果的准确性。
根据国际动物遗传协会推荐的STR位点以及大量文献研究的猫类基因分型位点,经过实验摸索和验证,发明人最终确定了18个杂合度较高的位点,包括16个STR位点:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749以及两个性别鉴定位点SRY及Zn-finger。
利用本发明所选择的18个位点,可以实现一次性快速扩增得到各位点的相应信息,从而应用于猫的基因分型中,实现猫个体的识别和亲缘鉴定。
实施例2本发明试剂盒对随机两只猫的基因分型图
随机挑选2只猫的毛发样品,然后对提取猫毛中的DNA,设计引物对DNA扩增,以便扩增得到含有实施例1的18个位点的核酸序列,并进行电泳检测及分析,获得猫的基因分型图。其中DNA采用chelex-100法提取(具体方法参考《Forensic DNAProtocol》,HumanaPress,1998),然后对提取得到的DNA样本进行扩增,扩增反应在(如ABI 9700、ABI Veriti、Bio-Rad myCycler等)热循环仪上进行,电泳及检测在ABI 3500遗传分析仪上进行,数据分析采用IDx软件。本发明所用的试剂和材料诸如甲酰胺、内标等均为本领域技术人员常用的常规材料。
1、猫毛DNA浓度稀释
Chelex-100法提取猫毛中的DNA,所获得的DNA浓度为5.82ng/μL,将其稀释到1ng/μL用于实验。
2、荧光标记引物混合配制
针对实施例1中的18个位点,分别设计引物,各引物序列如表2所示。然后将各引物上连接不同的荧光基团。其中用于扩增FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723的引物,用蓝色荧光FAM标记;用于扩增SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742的引物,用绿色荧光HEX标记;用于扩增FCA310、FCA736、F124的引物,用黄色荧光TAMRA标记;用于扩增FCA075、Zn-finger、FCA105、FCA220、FCA749的引物,用红色荧光ROX标记。利用各引物进行扩增,所扩增出来的DNA片段大小示意图如图1所示。图1中100~500即为DNA片段的大小,单位是bp。
将所有引物按照表3中给出的浓度混合,配制成引物混合物。其中表3中示出的引物终浓度代表各位点所对应的正向引物和反向引物之和,正向引物和反向引物含量相同,为1:1。
表3引物混合物中各引物的终浓度
3、聚合酶链式反应(PCR)扩增
1)取缓冲液、引物混合物(引物终浓度见表3)、Taq酶,按照表4配成混合液,振荡混匀后分装至PCR反应管中,每管25μL,加入模板DNA。
表4复合扩增反应体系
组分 | 体积(μL) |
引物混合物(5×PrimerSets) | 5 |
缓冲液(2.5×PCRMasterMix) | 10 |
热启动Taq酶 | 0.4(2U) |
DNA | 0.2ng-5ng |
无核酸酶水 | 补充至25μL |
2)按照表5的反应条件设置热循环仪增仪(如ABI 9700、ABI Veriti、Bio-RadmyCycler等),将PCR反应管放入仪器中进行PCR扩增。
表5复合扩增热循环条件
3)扩增反应结束后,取出反应管。将去离子甲酰胺与系统中分子量内标(购自FGISalmon500,用Atto633标记)按30:1比例混合,获得混合物,然后取9μL该混合物与1μL扩增产物进行混合,离心除去气泡后用ABI 3500遗传分析仪进行电泳和检测。电泳结果用IDx软件进行分析,所获得的猫只1的分型结果详见图2。
同时,又按照如上方法对随机猫只2进行了分型测定。其基因分型结果如图6所示。
图2与图6的结果显示,PCR复合扩增和DNA分型检测,结果稳定、图谱清晰完整均衡性好。各位点的扩增产物峰高保持平衡。
对比例1
在筛选用于猫基因分型的位点的过程中,我们同时也进行了多种摸索,并按照如上实施例中给出的方法进行了验证。例如采用如下位点的组合来对猫只1样品进行基因分型:
包括:FCA069、FCA149、FCA229、AMEL、FCA678、FCA723、FCA731、SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220和FCA749共计19个位点。
其中与上述实施例相同的位点,利用上述表2给出的位点进行相应位点的扩增。而用于扩增AMEL、FCA731位点的引物分别为:
用于扩增AMEL位点的引物分别为:
CGAGGTAATTTTTCTGTTTACT(SEQ ID NO:37)
GAAACTGAGTCAGAGAGGC(SEQ ID NO:38)
用于扩增FCA731位点的引物分别为:
ATCCATCTGTCCATCCATCTATT(SEQ ID NO:39)
GGTCAGCATCTCCACTTGAGG(SEQ ID NO:40)
用于扩增FCA069、FCA149、FCA229、AMEL、FCA678、FCA723、FCA731的引物,用蓝色荧光FAM标记;用于扩增SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742的引物,用绿色荧光HEX标记;用于扩增FCA310、FCA736、F124的引物,用黄色荧光TAMRA标记;用于扩增FCA075、FCA105、FCA220、FCA749的引物,用红色荧光ROX标记。其中扩增体系中与上述实施例相同的位点按照上述实施例表3中各引物终浓度配制,而扩增AMEL位点和FCA731位点的引物的终浓度分别为0.52μM和0.98μM。
其结果如图7所示:
从图7可以看出,AMEL和FCA678的分型效果并不好(图7中圆圈圈起来的部分)。而且经过单个位点验证,AMEL位点位置上的峰为FCA678的分型结果,而AMEL在复合扩增下并没有出峰。FCA731位点的复合扩增效果不好,出现杂峰现象。因此将这两个位点删除了。同时考虑到分型的精确性,可以在FCA075和FCA105之间增加Zn-finger性别鉴定位点(图7中下方圆圈圈起来的部分),来提高分型的准确性。
在本发明的描述中,术语“第一”、“第二”仅用于描述目的,而不能理解为指示或暗示相对重要性或者隐含指明所指示的技术特征的数量。由此,限定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隐含地包括至少一个该特征。在本发明的描述中,“多个”的含义是至少两个,例如两个,三个等,除非另有明确具体的限定。
在本发明中,除非另有明确的规定和限定,术语“安装”、“相连”、“连接”、“固定”等术语应做广义理解,例如,可以是固定连接,也可以是可拆卸连接,或成一体;可以是机械连接,也可以是电连接或彼此可通讯;可以是直接相连,也可以通过中间媒介间接相连,可以是两个元件内部的连通或两个元件的相互作用关系,除非另有明确的限定。对于本领域的普通技术人员而言,可以根据具体情况理解上述术语在本发明中的具体含义。
在本发明中,除非另有明确的规定和限定,第一特征在第二特征“上”或“下”可以是第一和第二特征直接接触,或第一和第二特征通过中间媒介间接接触。而且,第一特征在第二特征“之上”、“上方”和“上面”可是第一特征在第二特征正上方或斜上方,或仅仅表示第一特征水平高度高于第二特征。第一特征在第二特征“之下”、“下方”和“下面”可以是第一特征在第二特征正下方或斜下方,或仅仅表示第一特征水平高度小于第二特征。
在本说明书的描述中,参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中,对上述术语的示意性表述不必针对的是相同的实施例或示例。而且,描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。此外,在不相互矛盾的情况下,本领域的技术人员可以将本说明书中描述的不同实施例或示例以及不同实施例或示例的特征进行结合和组合。
尽管上面已经示出和描述了本发明的实施例,可以理解的是,上述实施例是示例性的,不能理解为对本发明的限制,本领域的普通技术人员在本发明的范围内可以对上述实施例进行变化、修改、替换和变型。
SEQUENCE LISTING
<110> 深圳华大法医科技有限公司
<120> 用于猫基因分型的组合物及其应用
<130> PIDC3185385
<160> 40
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 1
aatcactcat gcacgaatgc 20
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 2
aatttaacgt taggcttttt gcc 23
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 3
cctatcaaag ttctcaccaa atca 24
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 4
gtctcaccat gtgtgggatg 20
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 5
caaactgaca agcttagagg gc 22
<210> 6
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 6
gcagaagtcc aatctcaaag tc 22
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 7
tccctcagca atctccagaa 20
<210> 8
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 8
gagggagcta gctgaaattg tt 22
<210> 9
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 9
tgaaggctaa ggcacgatag atagtc 26
<210> 10
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 10
gccacccagg tgtcctgctt c 21
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 11
tgcgaacttt gcacggagag 20
<210> 12
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 12
gcgttcatgg gtcgtttgac g 21
<210> 13
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 13
atcggtaggt aggtagatat ag 22
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 14
gcttgcttca aaattttcac 20
<210> 15
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 15
taaatctggt cctcacgttt tc 22
<210> 16
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 16
gcctgaaaat gtatccatca cttcagat 28
<210> 17
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 17
ccaaggagct ctgtgatgca aa 22
<210> 18
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 18
gttcccacag gtaaacatca accaa 25
<210> 19
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 19
gttggcccat gtcccatctt cc 22
<210> 20
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 20
ggattgcatg accaggaaca ccat 24
<210> 21
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 21
ttaattgtat cccaagtggt ca 22
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 22
taatgctgca atgtagggca 20
<210> 23
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 23
ccgagctctg ttctgggtat gaa 23
<210> 24
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 24
gtgtctttct agttggtcgg tctgtctatc tg 32
<210> 25
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 25
tgtgctgggt atgaagccta ctg 23
<210> 26
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 26
gtgtcttcca tgcccataaa ggctctga 28
<210> 27
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 27
atgctaatca gtggcatttg g 21
<210> 28
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 28
gaacaaaaat tccagacgtg c 21
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 29
aagtttacac aaccacctgg 20
<210> 30
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 30
cacagaattt acacttgtgc a 21
<210> 31
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 31
ttgaccctca taccttcttt gg 22
<210> 32
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 32
tgggagaata aatttgcaaa gc 22
<210> 33
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 33
cgatggaaat tgtatccatg g 21
<210> 34
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 34
gaatgaaggc agtcacaaac tg 22
<210> 35
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 35
gaggagctta cttaagagca tgcgttc 27
<210> 36
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 36
gtgtcttaaa cctatattcg gattgtgcct gct 33
<210> 37
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 37
cgaggtaatt tttctgttta ct 22
<210> 38
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 38
gaaactgagt cagagaggc 19
<210> 39
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 39
atccatctgt ccatccatct att 23
<210> 40
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 40
ggtcagcatc tccacttgag g 21
Claims (10)
1.一种组合物,其特征在于,包括STR位点和性别位点,
所述STR位点包括:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220和FCA749;
所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种。
2.一种引物组,其特征在于,所述引物组适于特异性扩增含有下列位点的核酸序列:
FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749和性别位点;
所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种。
3.根据权利要求2所述的引物组,其特征在于,所述引物组包括至少一对引物,所述至少一对引物选自SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:36所示核苷酸序列中任意一对,所述SEQ IDNO:1~SEQ ID NO:36所示核苷酸序列依照编号大小每两个为一对;
任选地,用于FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、Zn-finger、FCA105、FCA220、FCA749各位点特异性扩增的引物序列的浓度比为:(0.53±0.1):(0.89±0.1):(0.40±0.1):(0.40±0.1):(0.48±0.1):(0.10±0.1):(0.45±0.1):(0.86±0.1):(0.35±0.1):(0.38±0.1):(0.50±0.1):(0.50±0.1):(0.55±0.1):(0.47±0.1):(0.54±0.1):(0.98±0.1):(0.72±0.1):(0.38±0.1);
任选地,所述引物组的每对引物中至少一个引物上连接有可检测标记;
任选地,所述引物组的每对引物中至少一个引物的5’端连接有可检测标记;
任选地,所述引物组包含第一引物组,第二引物组,第三引物组和第四引物组,各引物组引物上连接有可区分的可检测标记,
其中所述第一引物组包括用于FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723位点特异性扩增的引物,
所述第二引物组包括用于SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742位点特异性扩增的引物,
所述第三引物组包括用于FCA310、FCA736、F124位点特异性扩增的引物,
所述第四引物组包括用于FCA075、Zn-finger、FCA105、FCA220、FCA749位点特异性扩增的引物;
任选地,所述可检测标记包括荧光标记;
任选地,所述荧光标记选自FAM荧光标记、HEX荧光标记、TAMRA荧光标记、ROX荧光标记、Cy5荧光标记、Atto633荧光标记中的至少一种。
4.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括试剂,所述试剂能够特异性区分STR位点和性别位点,所述STR位点包括:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220和FCA749;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种;
任选地,所述试剂包括权利要求2或3所述引物组;
任选地,所述试剂盒进一步包括分子内标物,所述分子内标物为含有多条大小已知的DNA片段的混合物。
5.试剂在制备试剂盒中的用途,所述试剂盒用于猫的个体识别和亲缘鉴定,所述试剂用来检测下述位点:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749和性别位点;所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种。
6.一种基因分型的方法,其特征在于,包括:
对待测样品内的STR位点和性别位点进行扩增,得到经扩增的等位基因,所述STR位点包括FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749,所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种;
对所述经扩增的等位基因进行分析,以获得基因分型结果;
任选地,利用第一复合体系对所述FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723位点进行第一扩增,利用第二复合体系对所述SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742位点进行第二扩增,利用第三复合体系对所述FCA310、FCA736、F124位点进行第三扩增,利用第四复合体系对所述FCA075、Zn-finger、FCA105、FCA220、FCA749位点进行第四扩增;
任选地,利用多重扩增反应进行所述扩增,得到经扩增的等位基因;
任选地,所述待测样品来自于猫的DNA;
任选地,所述待测样品来自于血液、血斑、精液、精斑、骨骼、阴道细胞、毛发、唾液、唾液斑、尿、汗液、羊水中的一种或多种;
任选地,在进行所述分析之前,还包括对所述经扩增的等位基因进行分离;
任选地,通过毛细管凝胶电泳对所述经扩增的等位基因进行分离;
任选地,使用引物组特异性扩增含有所述STR位点和性别位点的核酸序列,所述引物组为权利要求2或3所述的引物组。
7.一种基因分型系统,其特征在于,所述系统包括:
扩增单元,所述扩增单元用于对待测样品内的STR位点和性别位点进行扩增,得到经扩增的等位基因,所述STR位点包括:FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749,所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种;
等位基因确定单元,所述等位基因确定单元与所述扩增单元相连,所述等位基因确定单元用于对所述经扩增的等位基因进行分析,以获得基因分型结果;
任选地,所述扩增单元包括第一扩增单元,第二扩增单元,第三扩增单元和第四扩增单元,其中利用所述第一扩增单元对所述FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723位点进行扩增,利用所述第二扩增单元对所述SRY、FCA441、F85、FCA740、FCA742位点进行扩增,利用所述第三扩增单元对所述FCA310、FCA736、F124位点进行扩增,利用所述第四扩增单元对所述FCA075、Zn-finger、FCA105、FCA220、FCA749位点进行扩增;
任选地,所述扩增单元利用多重扩增反应进行所述扩增,得到经扩增的等位基因;
任选地,所述待测样品来自于猫的DNA;
任选地,所述待测样品来自于血液、血斑、精液、精斑、骨骼、阴道细胞、毛发、唾液、唾液斑、尿、汗液、羊水中的一种或多种;
任选地,所述系统还包括分离单元,所述分离单元分别与所述扩增单元和所述等位基因确定单元相连,所述分离单元用来对所述经扩增的等位基因进行分离;
任选地,所述分离单元通过毛细管凝胶电泳对所述经扩增的等位基因进行分离;
任选地,所述扩增单元使用引物组特异性扩增含有所述STR位点和性别位点的核酸序列,所述引物组为权利要求2或3所述的引物组。
8.STR位点和性别位点在猫个体识别和亲缘鉴定领域中的用途,所述STR位点包括FCA069、FCA149、FCA229、FCA678、FCA723、FCA441、F85、FCA740、FCA742、FCA310、FCA736、F124、FCA075、FCA105、FCA220、FCA749,所述性别位点选自SRY或Zn-finger中的至少一种。
9.一种用于猫个体识别和亲缘鉴定的方法,其特征在于,包括:
从待测猫中获取DNA,得到含有猫DNA的样品;
基于含有猫DNA的样品,获得所述DNA的基因分型结果,所述基因分型结果根据权利要求6所述的方法获得;
根据所述基因分型结果,对所述猫进行个体识别和亲缘鉴定。
10.一种用于猫个体识别和亲缘鉴定的设备,其特征在于,包括:
DNA获取系统,所述DNA获取系统用于从待测猫中获取DNA,得到含有猫DNA的样品;
基因分型系统,所述基因分型系统与所述DNA获取系统相连,所述基因分型系统基于含有猫DNA的样品,获得所述DNA的基因分型结果,所述基因分型系统为权利要求7所述的基因分型系统;
分析系统,所述分析系统与所述基因分型系统相连,所述分析系统根据所述基因分型结果,对所述猫进行个体识别和亲缘鉴定。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201811528090.6A CN111321139A (zh) | 2018-12-13 | 2018-12-13 | 用于猫基因分型的组合物及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201811528090.6A CN111321139A (zh) | 2018-12-13 | 2018-12-13 | 用于猫基因分型的组合物及其应用 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN111321139A true CN111321139A (zh) | 2020-06-23 |
Family
ID=71164777
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201811528090.6A Pending CN111321139A (zh) | 2018-12-13 | 2018-12-13 | 用于猫基因分型的组合物及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN111321139A (zh) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN113774146A (zh) * | 2021-09-07 | 2021-12-10 | 沈阳农业大学 | 用于猫个体识别和亲子鉴定的微卫星标记引物组及其15-plex快速分型检测方法 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20100285463A1 (en) * | 2007-06-29 | 2010-11-11 | Medizinische Univversitat Innsbruck | Selecting nucleic acid samples suitable for genotyping |
WO2012158772A1 (en) * | 2011-05-19 | 2012-11-22 | The Regents Of The University Of California | Genetic identification of domestic cat breeds and populations |
CN107760789A (zh) * | 2017-09-18 | 2018-03-06 | 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所 | 一种用于牦牛亲子鉴定和个体识别的基因分型检测试剂盒 |
-
2018
- 2018-12-13 CN CN201811528090.6A patent/CN111321139A/zh active Pending
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20100285463A1 (en) * | 2007-06-29 | 2010-11-11 | Medizinische Univversitat Innsbruck | Selecting nucleic acid samples suitable for genotyping |
WO2012158772A1 (en) * | 2011-05-19 | 2012-11-22 | The Regents Of The University Of California | Genetic identification of domestic cat breeds and populations |
CN107760789A (zh) * | 2017-09-18 | 2018-03-06 | 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所 | 一种用于牦牛亲子鉴定和个体识别的基因分型检测试剂盒 |
Non-Patent Citations (5)
Title |
---|
LESLIE A. LYONS: "Genetic testing in domestic cats", 《MOLECULAR AND CELLULAR PROBES》 * |
M. J. LIPINSKI等: "An international parentage and identification panel for the domesticcat (Felis catus)", 《ANIMAL GENETICS》 * |
MARILYN A. MENOTTI-RAYMOND等: ""An STR Forensic Typing System for Genetic Individualization of Domestic Cat (Felis catus) Samples"", 《JOURNAL OF FORENSIC SCIENCES》 * |
刘丹等: "虎(Panthera tigris altaica)多雄交配与多重父权:对猫科动物圈养种群遗传多样性保护的启示", 《科学通报》 * |
周许伟等: "非损伤采样提取DNA技术在猫科动物调查中的应用", 《兽类学报》 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN113774146A (zh) * | 2021-09-07 | 2021-12-10 | 沈阳农业大学 | 用于猫个体识别和亲子鉴定的微卫星标记引物组及其15-plex快速分型检测方法 |
CN113774146B (zh) * | 2021-09-07 | 2024-02-02 | 沈阳农业大学 | 用于猫个体识别和亲子鉴定的微卫星标记引物组及其15-plex快速分型检测方法 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN1703521B (zh) | 基因表达的定量 | |
CN110863056A (zh) | 一种人类dna精准分型的方法、试剂和应用 | |
CN105463116A (zh) | 一种基于20个三等位基因snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒及检测方法 | |
CN104745691A (zh) | 一种同时分析人基因组dna 27个基因座的荧光标记复合扩增的引物组、试剂盒及应用 | |
CN107841566B (zh) | 快速突变y染色体短串联重复序列的复合扩增体系、试剂盒及应用 | |
CN102321752B (zh) | 一种同时分析犬基因组dna 17个基因座的荧光标记检测试剂盒及其检测方法和应用 | |
CN111560442B (zh) | 一种黄牛亲权鉴定和个体识别的复合扩增试剂盒及应用 | |
CN106319079B (zh) | 一种检测22q11.2拷贝数缺失的方法 | |
CN111321139A (zh) | 用于猫基因分型的组合物及其应用 | |
CN107937493B (zh) | 一种用于等位基因pcr的发夹修饰引物 | |
CN108384884B (zh) | 一组玉米ssr分子标记及其应用 | |
CN107988334B (zh) | 口腔拭子直接pcr进行snp分型的方法 | |
CN105018604A (zh) | 一种探针室温下检测耐药基因多态性的试剂盒 | |
KR20160065233A (ko) | 말 유전자 타이핑용 프라이머 세트 | |
CN114606335A (zh) | 玉米抗甘蔗花叶病毒病基因的kasp分子标记的开发及应用 | |
CN112553349A (zh) | 一种呼伦贝尔短尾羊纯合子、杂合子的鉴定引物、探针、试剂盒及方法 | |
CN108642190B (zh) | 基于14个常染色体snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒 | |
CN111378759A (zh) | 用于犬基因分型的基因座及用途 | |
CN111909990A (zh) | 单管同时检测基因的缺失突变和点突变的荧光pcr检测方法 | |
CN110656183A (zh) | 用于犬的str基因座集及用途 | |
CN111793676A (zh) | 一种基因多态性检测的方法、试剂盒及其应用 | |
CN106282332B (zh) | 用于多重核酸测序的标签和引物 | |
JP6853523B2 (ja) | ヘリカーゼを用いたpcr | |
CN112342297B (zh) | 用于同时分析多个dip和str位点的复合扩增系统、方法、试剂盒及其用途 | |
CN113637790B (zh) | 抗条锈病基因YrAS2388R的KASP分子标记及引物、试剂盒和应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination |