CN111100949B - 陆地棉纤维强度相关的主效qtl及其连锁的snp分子标记和应用 - Google Patents

陆地棉纤维强度相关的主效qtl及其连锁的snp分子标记和应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了与陆地棉D08染色体纤维强度相关主效QTL紧密连锁的SNP位点及应用，该陆地棉纤维强度主效QTL位点qFS‑D08‑1、qFS‑D08‑2和qFS‑D08‑3均位于染色体D08上，LOD值在10.299和13.774之间，可解释13.917％‑17.148％的表型变异。本发明所述的SNP分子标记是以陆地棉稳定的RIL群体为材料，通过简化基因组测序(GBS)的方法得到。本发明所公开的这些QTL和SNP分子标记可用于分子标记辅助选择育种，可有针对地选择与改进陆地棉品种的纤维强度，显著提高高强品系的选择效率，缩短育种周期。

Description

陆地棉纤维强度相关的主效QTL及其连锁的SNP分子标记和 应用
技术领域
本发明属于分子育种技术领域，具体涉及一种与陆地棉D08染色体纤维强度相关的主效QTL及其连锁的SNP分子标记和应用。
背景技术
棉花，锦葵科(Malvaceae)棉属(Gossypium)植物，原产于亚热带，包括5个四倍体棉种(2n＝4×＝52，AADD基因组)和45个二倍体棉种(2n＝2×＝26，分别属于A-G、K八个基因组)。棉花作为世界上最重要的天然纤维作物和最重要的经济作物之一，在我国国民经济中占据着重要的地位。中国更是棉花生产大国，而长期以来，纤维品质和皮棉产量之间的遗传负相关性已经是棉花育种中的主要问题。近年来，我国棉花产量得到大幅度提高，纤维品质的改良却没有引起足够的重视，随着人民生活水平的提高和纺织工业的发展，人们对棉花品质的要求越来越高。随着人多地少矛盾的进一步突出，提高棉花产量，改善棉花品质的研究一直是我国棉花育种的主攻方向。
棉花主要的农艺性状如产量、纤维品质、种子品质及抗病虫性等重要性状均为数量性状，其表现受环境和多基因共同作用影响，在分离群体中的表型性状呈连续正态分布的特性。控制数量性状的基因在基因组上的位置称为数量性状基因座(Quantitativetrait loci，QTL)。随着分子标记技术的迅速发展，利用分子标记进行QTL作图已经广泛应用于作物育种。
自2012年起，二倍体棉花雷蒙德氏棉(D基因组)、亚洲棉(SXY1，A基因组)、异源四倍体陆地棉基因组(AD1基因组)与海岛棉基因组(AD2基因组)全基因组图谱相继绘制完成(Wang KB,Wang ZW,Li FG,et al.The draft genome of a diploid cotton Gossypiumraimondii,Nature Genetics,2012,44:1098-1103；Li FG,Fan GY,Wang KB,et al.Genomesequence of the cultivated cotton Gossypium arboretum,Nature Genetics,2014,46:567-572；Li FG, Fan GY,Lu CR,et al.Genome sequence of cultivated uplandcotton(Gossypium hirsutumTM-1) provides insights into genome evolution,NatureBiotechnology,2015,33:524-530；Liu X,Zhao B, Zheng HJ,et al.Gossypiumbarbadense genome sequence provides insight into the evolution of extra-longstaple fiber and specialized metabolites,Scientific Reports,2015,5)。最近，随着三代基因组测序技术的发展，异源四倍体海岛棉和陆地棉更完整的基因组序列公布(WangMJ, Tu LL,Yuan DJ,et al.Reference genome sequences of two cultivatedallotetraploid cottons, Gossypium hirsutum and Gossypium barbadense,NatureGenetics,2018,51:224-229；Yang ZE,Ge XY,Yang ZR,et al.Extensive intraspecificgene order and gene structural variations in upland cotton cultivars,NatureCommunications,2019,10:1-13)。至此，高质量的棉花基因组参考序列测序完成，利用生物信息学技术，在材料间筛选SNP(单核苷酸多态性，Single Nucleotide Polymorphism)标记，将棉花超高密度图谱构建与目标性状QTL定位相结合，更能有效地进行QTL定位，使目标性状相关基因的挖掘及鉴定变得更容易。同时由于分子标记的基因型可以识别，如果目标性状与某个分子标记紧密连锁，就可以利用分子标记对目标性状进行选择，将传统的表型选择转变为直接选择基因型，可以大大提高检测及选择的效率。
发明内容
本发明所要解决的技术问题为：如何筛选出一种与陆地棉纤维强度性状紧密连锁且主效的QTL和SNP分子标记，将该QTL和SNP标记应用于棉花纤维品质的辅助选择。
本发明的技术方案为：与陆地棉D08染色体纤维强度相关主效QTL紧密连锁的SNP位点，QTL有三个，分别为qFS-D08-1、qFS-D08-2和qFS-D08-3，均位于染色体D08上；
与qFS-D08-1紧密连锁的SNP标记为D08_44897024、D08_39039468、D08_50239653、D08_50550973、D08_49521667和D08_50828199；分别位于陆地棉D08染色体44897024bp 处，碱基为T/G；39039468bp处，碱基为C/T；50239653bp处，碱基为A/T；50550973bp 处，碱基为G/T；49521667bp处，碱基为C/T和50828199bp处，碱基为T/A；
与qFS-D08-2紧密连锁的SNP标记为D08_42065205、D08_42640595、D08_40411470、D08_39933665、D08_21138928、D08_31976630、D08_41992241、D08_20497844、 D08_12664648、D08_35528090、D08_19845713和D08_32332217；分别位于陆地棉D08染色体42065205bp处，碱基为A/T；42640595bp处，碱基为G/A；40411470bp处，碱基为 T/C；39933665bp处，碱基为G/T；21138928bp处，碱基为C/G；31976630bp处，碱基为 G/A；41992241bp处，碱基为T/C；20497844bp处，碱基为A/G；12664648bp处，碱基为 A/G；35528090bp处，碱基为T/C；19845713bp处，碱基为C/A和32332217bp处，碱基为 T/C；
与qFS-D08-3紧密连锁的SNP标记为D08_59131190，位于陆地棉D08染色体59131190bp处，碱基为G/T。
进一步地，
D08_44897024的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，其201位处碱基为T/G；
D08_39039468的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，其201位处碱基为C/T；
D08_50239653的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，其201位处碱基为A/T；
D08_50550973的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示，其201位处碱基为G/T；
D08_49521667的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，其201位处碱基为C/T；
D08_50828199的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示，其201位处碱基为T/A；
D08_42065205的核苷酸序列如SEQ ID No.7所示，其201位处碱基为A/T；
D08_42640595的核苷酸序列如SEQ ID No.8所示，其201位处碱基为G/A；
D08_40411470的核苷酸序列如SEQ ID No.9所示，其201位处碱基为T/C；
D08_39933665的核苷酸序列如SEQ ID No.10所示，其201位处碱基为G/T；
D08_21138928的核苷酸序列如SEQ ID No.11所示，其201位处碱基为C/G；
D08_31976630的核苷酸序列如SEQ ID No.12所示，其201位处碱基为G/A；
D08_41992241的核苷酸序列如SEQ ID No.13所示，其201位处碱基为T/C；
D08_20497844的核苷酸序列如SEQ ID No.14所示，其201位处碱基为A/G；
D08_12664648的核苷酸序列如SEQ ID No.15所示，其201位处碱基为A/G；
D08_35528090的核苷酸序列如SEQ ID No.16所示，其201位处碱基为T/C；
D08_19845713的核苷酸序列如SEQ ID No.17所示，其201位处碱基为C/A；
D08_32332217的核苷酸序列如SEQ ID No.18所示，其201位处碱基为T/C；
D08_59131190的核苷酸序列如SEQ ID No.19所示，其201位处碱基为G/T。
本发明的SNP标记可应用与陆地棉辅助育种上。根据SNP上下游序列信息设计扩增引物，在苗期提取待检测单株DNA进行PCR扩增与一代测序，与参考序列进行比对，对不同检测单株进行分型，通过SNP基因分型实验，若待测样品的基因型与中RI015基因型一致时，则为纤维强度偏低材料，若待测样品的基因型与J02-508基因型一致时，则为高纤维强度材料，其余情况则为中等强度纤维样品。从而有效地区分不同SNP位点与不同基因型，对不同棉花样品进行筛选，达到分子标记辅助育种的目的。
上述SNP标记在染色体上的位置和和亲本基因型如下表所示：
Figure BDA0002386635620000031
Figure BDA0002386635620000041
上表中D08_44897024是指陆地棉D亚组8号染色体，44897024bp处发生碱基的突变，其他类似。
本发明中，QTL命名参考McCouch等(1997)在水稻中的命名规则，以q+性状名称英文缩写+染色体序号+同一染色体上控制该性状QTL的顺序的形式表示(McCouch SR,ChoYG, Yano M,et al.Report on QTL nomenclature,Rice Genet Newslett.,1997,14:11-13)，例如qFS- D08-1表示定位到陆地棉D08染色体与纤维强度相关的第一个QTL。
与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：
本发明涉及的陆地棉纤维强度相关的主效QTL位点qFS-D08-1、qFS-D08-2和qFS-D08-3的纤维强度增效基因来源于J02-508，LOD值在10.299和13.774之间，可解释13.917％-17.148％的表型变异，可提高纤维强度1.7343-2.0331cN/tex。
本发明利用重组自交系群体(RIL)筛选出纤维强度主效QTL位点及其紧密连锁的SNP 分子标记，所述SNP分子标记是以陆地棉稳定的RIL群体为材料，通过简化基因组测序(GBS)得到的，利用与这些QTL紧密连锁的分子标记筛选出纤维强度得到提高的株系，可进行分子标记辅助育种选择，可大大缩短育种周期，提高棉花纤维强度的育种效率。
附图说明
图1为本发明与纤维强度有关的3个主效QTL在陆地棉D08染色体连锁图谱上的位置及不同区间的LOD值。
具体实施方式
实施例中的生物材料陆地棉品系中RI015和陆地棉高强纤维优质品种J02-508均在文献“Ma ZY,He SP,Wang XF,et al.Resequencing a core collection of uplandcotton identifies genomic variation and loci influencing fiber quality andyield.Nature Genetic,2018,50:803–813.”中公开过，公众可从中国农业科学院棉花研究所国家棉花种质中期库(安阳)获得。
实施例1：
本发明与陆地棉纤维强度的三个主效QTL位点及其连锁的SNP标记，是通过以下方法筛选出的：
(1)2012年在河南省安阳市中国农业科学院棉花研究所实验基地，利用高产陆地棉品系中RI015为母本和陆地棉高强纤维优质品种J02-508为父本配制杂交组合获得F1种子，于 2013年在安阳种植自交获得F2种子。2014年春在安阳种植F2单株，自交后获得F2:3家系。选取237个F2:3家系，每世代均自交，家系内每单株各选一个自交铃，直至F2:5，9月中下旬进行田间取样，按家系收花，随机收获30个正常吐絮棉铃，取15g左右的纤维样品进行纤维品质的测定。
(2)提取亲本和重组自交系群体的DNA。
(3)以中国农业科学院棉花研究所提供的棉花四倍体基因组序列为参考基因组(Yang ZE,Ge XY,Yang ZR,et al.Extensive intraspecific gene order and genestructural variations in upland cotton cultivars,Nature Communications,2019,10:1-13)，选择限制性内切酶MseI+NlaIII 进行酶切，酶切组合，所有子代捕获率平均为99.40％，酶切效果良好。
(4)酶切后得到各个样品的reads利用Illumina HiSeqTM测序平台，进行双末端150 测序，将测序数据与参考基因组进行比对。通过生物信息学分析，对该自交系群体及其亲本进行基因型分析，经过完整度(0.75)过滤后，共获得多态性SNP标记30000个。
(5)用JoinMap4.0软件构建(中RI015×J02-508)RIL群体的连锁图谱，共有720 个SNP标记定位于染色体D08上，覆盖了遗传距离为530.394cM，调整标记之间的平均距离为0.74cM。本发明重组自交系群体染色体D08连锁图谱及主效基因位点/QTL请参见图1。
(6)结合染色体D08连锁图谱以及重组自交系群体纤维品质鉴定结果，利用WinQTLCartographer2.5进行QTLs定位，筛选到3个主效纤维强度QTL位点，即qFS-D08- 1、qFS-D08-2和qFS-D08-3。与qFS-D08-1紧密连锁的SNP标记为D08_44897024、D08_39039468、D08_50239653、D08_50550973、D08_49521667和D08_50828199；与qFS- D08-2紧密连锁的SNP标记为D08_42065205、D08_42640595、D08_40411470、 D08_39933665、D08_21138928、D08_31976630、D08_41992241、D08_20497844、 D08_12664648、D08_35528090、D08_19845713和D08_32332217；与qFS-D08-3紧密连锁的SNP标记为D08_59131190。
D08_44897024的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；D08_39039468的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；D08_50239653的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示；D08_50550973的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示；D08_49521667的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示； D08_50828199的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示；D08_42065205的核苷酸序列如SEQ ID No.7所示；D08_42640595的核苷酸序列如SEQ ID No.8所示；D08_40411470的核苷酸序列如SEQ IDNo.9所示；D08_39933665的核苷酸序列如SEQ ID No.10所示；D08_21138928 的核苷酸序列如SEQ ID No.11所示；D08_31976630的核苷酸序列如SEQ ID No.12所示； D08_41992241的核苷酸序列如SEQ ID No.13所示；D08_20497844的核苷酸序列如SEQ ID No.14所示；D08_12664648的核苷酸序列如SEQ ID No.15所示；D08_35528090的核苷酸序列如SEQ ID No.16所示；D08_19845713的核苷酸序列如SEQ ID No.17所示； D08_32332217的核苷酸序列如SEQ ID No.18所示；D08_59131190的核苷酸序列如SEQ ID No.19所示。
此3个主效QTL位点的纤维强度增效基因均来源于J02-508，LOD值在10.299和13.774之间，可解释13.917％-17.148％的表型变异，可提高纤维强度1.7343-2.0331cN/tex。
(7)通过对亲本和随机后代进行基因分型，结合纤维品质检测结果，可确定qFS-D08- 1、qFS-D08-2和qFS-D08-3认为是与纤维强度紧密相关的QTL，该QTL内标记、不同材料的基因分型及纤维强度表型结果如下表所示：
Figure BDA0002386635620000061
(NN：测序数据缺失)
可见，当子代的基因型与中RI015基因型一致时，所测样品的纤维强度均值为28.06cN/tex，为纤维强度偏低材料，当子代的基因型与J02-508基因型一致时，所测样品的纤维强度均值为38.23cN/tex，为高纤维强度材料，其余基因型的材料纤维强度均值为31.24 cN/tex，为中等强度纤维样品。利用此3个主效QTL及连锁的SNP标记，根据SNP上下游序列信息设计扩增引物，在苗期提取待检测单株DNA进行PCR扩增与一代测序，与参考序列进行比对，可对不同检测单株进行分型。通过分析统计手段即可对不同陆地棉样品进行鉴定筛选，缩短育种周期，达到分子标记辅助育种的目的。
以上所述实施例仅表达了本申请的具体实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对本申请保护范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本申请技术方案构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本申请的保护范围。
序列表
<110> 中国农业科学院棉花研究所
<120> 陆地棉纤维强度相关的主效QTL及其连锁的SNP分子标记和应用
<160> 19
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 401
<212> DNA
<213> 陆地棉(Gossypium hirsutum)
<400> 1
gtccggtatg gtgcaaggca tcaatctcag agtgacaaca atcaagacca gacaatcatg 60
tctacttcca aacttaaata ctattgtaga gcagcaatac acgatattta atggctgtag 120
gacaaaaaga gctgagcatt attttcatgg ttatcagata atcaagtatc caatagggtc 180
tcagaccatg ttaaggtttc ktccaacaaa tgcaatgcag gtgggaggtc aattcattgg 240
atatcatcga cattataact agaggctaac tacaacatac attataaaag aaactagaca 300
tattgaacct attggttcta cgttgcaaaa aatactaccc cattaccaaa gccaaaaaca 360
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<210> 2
<211> 401
<212> DNA
<213> 陆地棉(Gossypium hirsutum)
<400> 2
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aaattaaaca acaaggagga aagagtaaac tctaattcaa tttagcagcc tttcgaatct 180
ttccgactaa ggtgttcctc ygattccccc gttgctcatt tgctaagggt ttctcaaagt 240
ggtcggccaa gagatgatct tgacaagggt tttgttggct aaaatggaaa gggaaatgga 300
atggaaatga aaagagcaag agagaacgaa aggatgttat gaagagagaa tgatggatga 360
gtgatgaggg attaaaggat gctttgaaag gtgaaaggtg t 401
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<211> 401
<212> DNA
<213> 陆地棉(Gossypium hirsutum)
<400> 3
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<211> 401
<212> DNA
<213> 陆地棉(Gossypium hirsutum)
<400> 4
atttcattcc aatggaaggg catacaagcc caggcccaaa aagaaaacca cgaaaaatac 60
aaccaataga ggacaaatcc tagccttcac tgacccaccc agccaccgct gtgaacgata 120
gaggagagct aggtagtcca ggaacaaggc tattgtaccc accgccggta tgctccccac 180
caacggagag gctatgctgt kggaaagcct aaaaacgaag ctttaacgcc accttggacc 240
cagtggaaac tctcgaaaga gagggaccca ctaccaccga gaaacaactc agatctggtg 300
cgatgaaatc aggaaccatc aagcacgagc catcggaggt taaagcagca acgacgctcc 360
aacagcgcaa aagggcctta ccggagcgag agagataaga a 401
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<212> DNA
<213> 陆地棉(Gossypium hirsutum)
<400> 5
ttctgagaaa attaatttta ataaagtaaa attatattaa tcaaattaat taaaataaat 60
atgatctttt tggaaattaa ttttcaagtt agacaattgg cttagtgggt aattaaactt 120
gaaaattaaa ctcgagatcg aaaattgaac ttgagaacca aaacccgaga ccaaaaccca 180
aaaactagtt aaactgggcc ytttgtataa aactaagctg acggtctaac ttgtggctgg 240
accgggctag taaggttatc actagcctag atcgaactgg cagacctaag ctagctaggc 300
ccatttgggc aaaatagtga cgattcgagg tgctggggga gtcgcgctga cgatggcgct 360
gcaaggcaca acggttgaga tggcagtgat ccgacggttg a 401
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aggttaagtc ctggttgtaa gacaccaatg gccaaagctt ccaagccaac tgtgaatggt 60
gaagatcaaa acagaacccc taaagcaatg ccaaacccag tgccgacaac tccttcaacc 120
gtatcagctc ctatgcttat ggcaataaca ccagctactc cagcaacctt gggtgcttat 180
aagtttgaaa agatactgga wcaagttcaa caaattgaat actcttttga agaggtcagg 240
gctgggtttt ttatgtctta aagcacccct gtccaccata ttggtttatt ccttcctaac 300
tattctcttt gagtttcttt atacagtaaa aagaaaaaca gagtggttac aaagtcaaat 360
tgggttggct tttttgtttt tcagtgtgat tgtaacttgt a 401
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gaggagcaat tttaccctta ttatggagag agaaagtgct tgcgcggtgg agtggatctg 60
taatccacct ttagcccctg gaagattgag attcatgatc aatggcatta aatccactgg 120
gcttagtgat attgagtggt ttgttatatt tacttcaaga acaaataatc gagatgttga 180
tttgttagcc aaagcagggc wgcttctttt attctgcttc ctctttagtt tttttctttc 240
ctaatgtttc gtgtttctgc ttgtttgcat tttgttttct tgcctttgct ttgtgattat 300
acaaactatg tttgttttag tgttgttgtt ttgaataaaa ttactacttt acttttttta 360
ataataataa ataaaagagt atgaattgga atcttgaaaa t 401
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gagtaggttc acttaagctc ttctaaaatc ccaagcttag caaatagtca ttaatccttg 60
catacaaggc ccttggagct tgtttcaacc catacaaggc tttcttaagc ctataaacct 120
tctcttcact tcatttgact gtaaaaccag gtggttgttc cacataaatc tcttcttgca 180
agtacctatt taaaaaggct ratttgacat ccaattgatg gattctctaa cccatttgta 240
ttactaaagc caataaaaat ctgatcgtat ccaatcttgc taatggtgtg aatgtctcca 300
aataatcaat cccatattat tgactgaaac ccttcacaac caatctttcc ttgaacttgt 360
ggagagagtc atcaacattg agtttagttt tgtacaccca t 401
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attattatta ttatgtgaag atacttgaaa taaacatgat ttgtctgtat gttctttgat 60
tttgtgatgt tattattctt ttgactattg gttgaattct ttattctttt gactattact 120
attcgaatgt tgtcatgttt tttgcttttt tatctcatta atacaaaaaa aaaatttaat 180
aacttaaatg gtatgcccac yaaattattt atcaaaatgg tatggagtaa acagtaacca 240
caggtggtgc ctgacaaggt agtggcacca ccaatttttt atccaccatc atcatacaat 300
cattatgcca taaccggttt gaaaaagaaa actaatattt tattggtcct gccacactat 360
acgatggcac cagtatgtat aacttatacc gagtaaaata c 401
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ataatttttt tgatagtgag caataatatt tcttaacgca tacgttgata ctcgaacaca 60
agaccaaaga gtagacagat tcttaaccag tgaactagca agctcattct tgaaacagat 120
ttacacagaa ttgagcttaa gtcaacaagt catggatagg gttagtttaa aataaagtag 180
caaaaacttt cttaagatgc kactcgaact cctaacctca aacgcagaaa catagtaaat 240
aaccacagat atatatacac tcaaatacta caaaattcca caatcaaaca ttcaaatttt 300
tggggcgtta caactctctc cccctaaaag aaatttcagc cttgaaattt acttgactca 360
aacaaatacg aatattgctg atgaatcgaa tcttcaggtc g 401
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ggtttttgtt ggggttagcg atatctttct gatgactccg ctacttattt taggacttag 60
ttattttctc tacgttttct tatggttttc cttatatttt aatttgtgaa cttatattac 120
tttataaaca catctgtttc tcaagtataa gattttaatc caagcctaaa tgattatttc 180
ttaattgatg agttcacaac saaacacaag tttctaaaca attagtatgc caatgggaat 240
aacgtgaatg ttttctgaca aacttataaa gttcgccaag ggtgctacaa agtgataggg 300
gtcgggcttt gctaaagtgt gaaccccaat aattggtgaa ctgctatcta caaacccata 360
atctttttga gttacagaac cttgcaaatc gagtttgcat a 401
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aactcacatt tgttgaattt tgcatacaat tgtttctcgc gtagaatttg taatacagtt 60
ttcaaatgtt gagcatgctc agattctgtt ctagagtaaa tcaatatatc atcaaaaagt 120
tcaaccacaa atctatccaa ctgaggctga agaacccgat tcatcaaatc tatgaaagca 180
gcaggagcat tagttaatct raaaggcatt acgaaaaatt catagtggtt atatcgggtt 240
cgaaaagtag tctttggtac atcacattct tttactcaca tctggtaata tcccgatctg 300
agatctatct tagaaaacac ggttgcatca ttcaacttat cgaacaactc atcaatacaa 360
ggaaaaggat atttattctt tatcgtcact ttattcagct c 401
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ttaaataagt gggtgaatct tgaataacta ttgcttgctt gatcaatgaa tattttgtag 60
aattgaaaat gttatgcctt ggacaatatt tcattgttgg tttttttttt taacttgcct 120
aacgaaagta ctcattttaa ataaatatgc taatagcttg gttaagagtg aagattcaga 180
aatgtgacca agttgagtaa ycgggatgag gtgcttgggt tgtcatctca tttcgcgtca 240
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ttgggaaaat ttgctaagtg gtcccaatgc tcgatgtatg tccaatttat tgtttgattg 60
tcgtacgtta gcatggttaa atgttaattt gaggttgcat gtcttaatat tcacatgatt 120
gctttagtaa caaaagaaag taaagatgct tgtgcattaa atgtgacaat tatgatgaag 180
tcgatgtgag acagtggtgt rgcatcctac aactcgggct tggcaatcgg gccaggccga 240
gtataaggtg ttgcaacgaa aacgtcagtt gacttagggt tgaagatgat gacaacccta 300
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attcgacaca caaattcgac cttaaaaaca caaaaatcca tcctttttca gtccataatc 60
agaagtatcg ccactctcaa tctgacaaaa ttacaaaccg aaagacttat cccctaactg 120
cttatcccga atctgatcaa tccaagttag cttaacttgc aactcggcta acagacctcc 180
atcatcaagt aaactaaaac ragcgaacat cgctctcaaa tcagtcatcg ctctatgatt 240
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ttatcttatc aaatgatatt aagtttaaat gttcctaatt gtatggtaat gctttataac 60
tctaatccgg tgacggatac aggttaaggg tgttacatcc ttttaatgtt ctaagcattg 120
ctatttatag tattcttgtt taaaggattg aattaagctt aatagaagag gctaatcatg 180
ttaaattgaa gttgtgtaga ygaaaacacc cttgacagtt tatttggcct cctcaaagca 240
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gcatgatacc atgcaaaggc ttaggaactc aaagctagtt gttgtgttgc aaaacaagaa 60
attcaatatc acaacatagg aacataatac ataattgaag gatcaagagg aactgaaaag 120
gaataggttt catatctttt ttctttttcc aaaattaaat ttaaaatcta aaattcaaaa 180
atttaaaaaa caaaccccaa matttctcaa aatctcttct tcttcatttc ccatttcgct 240
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cgctaacttt acctttttgg cttcggagta gttgtggtaa tcaaaaacga gttctatctt 120
tttctcccac tccaaatatg cttcgggatc agacttgcct tgaaatggag gaatggcaag 180
ttttatattc tttaaatcat ygtcgacaca tccacgctcc ctttggcctt gatgtcattg 240
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ctcttgtcgg cctcgctctt tgactaaatc aagcctttct t 401
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gattatgggt taggaaaatt gcttccaatt ttggataact atggtttaac taaattccat 60
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tctgaagtag ttcaagttct ggaattcatc agatctggaa t 401

Claims (1)

1.与陆地棉D08染色体纤维强度相关主效QTL紧密连锁的SNP标记组合在陆地棉纤维强度性状相关的辅助育种中的应用，其特征在于，所述SNP标记组合为SEQ ID No.1~SEQ IDNo.19所示核苷酸序列的组合，所述SNP标记的SNP位点位于SEQ ID No.1~SEQ ID No.19所示的任一个核苷酸序列的第201位碱基处，根据所述SNP位点上下游序列信息设计扩增引物，在苗期提取待检测单株DNA进行PCR扩增与一代测序，与参考序列进行比对，对不同检测单株进行分型，通过SNP基因分型实验，若待测样品的基因型与中RI015基因型一致时，则为纤维强度偏低材料，若待测样品的基因型与J02-508基因型一致时，则为高纤维强度材料。
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陆地棉优质纤维QTL 的分子标记筛选及优质来源分析;胡文静;《作物学报》;20081231;581页 *

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